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# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
# Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
# This software is distributed under the terms of the GNU General
# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.

#!/bin/bash

CONTROLFILE=""

while getopts "f:c:t:o:s:q:p:" optionName; do
case "$optionName" in

f) CHIPFILE="$OPTARG";;
c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
t) TYPE="$OPTARG";;
s) CHIPOUTPUT="$OPTARG";;
o) CONTROLOUTPUT="$OPTARG";;
q) IFPROCSAMPLE="$OPTARG";;
p) IFOUTSAM="$OPTARG";;

esac
done


LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`

if [[ $IFPROCSAMPLE == "Yes" ]]
 then
  perl $LOCAL_PATH/createControlSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -t $TYPE -s $CHIPOUTPUT -o $CONTROLOUTPUT >/dev/null 2>>/dev/null
else 
  perl $LOCAL_PATH/createControlSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -t $TYPE -o $CONTROLOUTPUT  >>/dev/null 2>>/dev/null
fi

if [[ $TYPE == "bam" && $IFOUTSAM == "No" ]]
 then

    samtools view -S -b $CONTROLOUTPUT 2>>/dev/null | samtools sort -m 4000000000 - $CONTROLOUTPUT 2>>/dev/null
    rm $CONTROLOUTPUT
    mv $CONTROLOUTPUT.bam $CONTROLOUTPUT

  if [[ $IFPROCSAMPLE == "Yes" ]]
   then   
    samtools view -S -b $CHIPOUTPUT 2>>/dev/null | samtools sort -m 4000000000 - $CHIPOUTPUT 2>>/dev/null
    rm $CHIPOUTPUT
    mv $CHIPOUTPUT.bam $CHIPOUTPUT
  fi 
fi
