--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/mirs_unclipped_count.tab	Mon Jul 24 06:27:50 2017 -0400
@@ -0,0 +1,467 @@
+Gene	Counts
+dme-bantam-3p	11
+dme-bantam-5p	0
+dme-let-7-3p	0
+dme-let-7-5p	5
+dme-miR-1-3p	483
+dme-miR-1-5p	0
+dme-miR-10-3p	0
+dme-miR-10-5p	2
+dme-miR-100-3p	0
+dme-miR-100-5p	0
+dme-miR-1000-3p	0
+dme-miR-1000-5p	0
+dme-miR-1001-3p	0
+dme-miR-1001-5p	0
+dme-miR-1002-3p	0
+dme-miR-1002-5p	0
+dme-miR-1003-3p	0
+dme-miR-1003-5p	0
+dme-miR-1004-3p	0
+dme-miR-1004-5p	0
+dme-miR-1005-3p	0
+dme-miR-1006-3p	0
+dme-miR-1006-5p	0
+dme-miR-1007-3p	0
+dme-miR-1007-5p	0
+dme-miR-1008-3p	0
+dme-miR-1008-5p	0
+dme-miR-1009-3p	0
+dme-miR-1010-3p	0
+dme-miR-1010-5p	0
+dme-miR-1011-3p	0
+dme-miR-1012-3p	0
+dme-miR-1012-5p	0
+dme-miR-1013-3p	0
+dme-miR-1014-3p	0
+dme-miR-1014-5p	0
+dme-miR-1015-3p	0
+dme-miR-1016-3p	0
+dme-miR-1016-5p	0
+dme-miR-1017-3p	0
+dme-miR-11-3p	0
+dme-miR-11-5p	6
+dme-miR-12-3p	0
+dme-miR-12-5p	5
+dme-miR-124-3p	0
+dme-miR-124-5p	0
+dme-miR-125-3p	0
+dme-miR-125-5p	0
+dme-miR-133-3p	0
+dme-miR-133-5p	0
+dme-miR-137-3p	0
+dme-miR-137-5p	0
+dme-miR-13a-3p	0
+dme-miR-13a-5p	0
+dme-miR-13b-1-5p	6
+dme-miR-13b-2-5p	0
+dme-miR-13b-3p	8
+dme-miR-14-3p	0
+dme-miR-14-5p	17
+dme-miR-184-3p	0
+dme-miR-184-5p	833
+dme-miR-190-3p	0
+dme-miR-190-5p	0
+dme-miR-193-3p	0
+dme-miR-193-5p	0
+dme-miR-210-3p	0
+dme-miR-210-5p	0
+dme-miR-219-3p	0
+dme-miR-219-5p	0
+dme-miR-2279-3p	0
+dme-miR-2279-5p	0
+dme-miR-2280-3p	0
+dme-miR-2280-5p	0
+dme-miR-2281-3p	0
+dme-miR-2281-5p	0
+dme-miR-2282-3p	0
+dme-miR-2283-3p	0
+dme-miR-2283-5p	0
+dme-miR-2489-3p	0
+dme-miR-2489-5p	0
+dme-miR-2490-3p	0
+dme-miR-2490-5p	0
+dme-miR-2491-3p	0
+dme-miR-2491-5p	0
+dme-miR-2492-3p	0
+dme-miR-2492-5p	0
+dme-miR-2493-3p	0
+dme-miR-2493-5p	0
+dme-miR-2494-3p	0
+dme-miR-2494-5p	0
+dme-miR-2495-3p	0
+dme-miR-2495-5p	0
+dme-miR-2496-3p	0
+dme-miR-2496-5p	0
+dme-miR-2497-3p	0
+dme-miR-2497-5p	0
+dme-miR-2498-3p	0
+dme-miR-2498-5p	0
+dme-miR-2499-3p	0
+dme-miR-2499-5p	0
+dme-miR-2500-3p	0
+dme-miR-2500-5p	0
+dme-miR-2501-3p	0
+dme-miR-2501-5p	0
+dme-miR-252-3p	0
+dme-miR-252-5p	0
+dme-miR-2535b-3p	0
+dme-miR-263a-3p	71
+dme-miR-263a-5p	0
+dme-miR-263b-3p	0
+dme-miR-263b-5p	0
+dme-miR-274-3p	0
+dme-miR-274-5p	1
+dme-miR-275-3p	125
+dme-miR-275-5p	0
+dme-miR-276a-3p	24
+dme-miR-276a-5p	2
+dme-miR-276b-3p	0
+dme-miR-276b-5p	2
+dme-miR-277-3p	0
+dme-miR-277-5p	0
+dme-miR-278-3p	0
+dme-miR-278-5p	2
+dme-miR-279-3p	24
+dme-miR-279-5p	0
+dme-miR-280-5p	0
+dme-miR-281-1-5p	0
+dme-miR-281-2-5p	0
+dme-miR-281-3p	0
+dme-miR-282-3p	1
+dme-miR-282-5p	0
+dme-miR-283-3p	0
+dme-miR-283-5p	0
+dme-miR-284-3p	0
+dme-miR-284-5p	0
+dme-miR-285-3p	0
+dme-miR-285-5p	0
+dme-miR-286-3p	0
+dme-miR-286-5p	0
+dme-miR-287-3p	0
+dme-miR-288-3p	0
+dme-miR-289-5p	0
+dme-miR-2a-1-5p	2
+dme-miR-2a-2-5p	2
+dme-miR-2a-3p	0
+dme-miR-2b-1-5p	0
+dme-miR-2b-2-5p	1
+dme-miR-2b-3p	0
+dme-miR-2c-3p	0
+dme-miR-2c-5p	0
+dme-miR-3-3p	0
+dme-miR-3-5p	0
+dme-miR-303-3p	0
+dme-miR-303-5p	0
+dme-miR-304-3p	0
+dme-miR-304-5p	0
+dme-miR-305-3p	26
+dme-miR-305-5p	2
+dme-miR-306-3p	0
+dme-miR-306-5p	0
+dme-miR-307a-3p	0
+dme-miR-307a-5p	0
+dme-miR-307b-3p	0
+dme-miR-307b-5p	0
+dme-miR-308-3p	0
+dme-miR-308-5p	1
+dme-miR-309-3p	0
+dme-miR-309-5p	0
+dme-miR-310-3p	0
+dme-miR-310-5p	1
+dme-miR-311-3p	11
+dme-miR-311-5p	2
+dme-miR-312-3p	3
+dme-miR-312-5p	24
+dme-miR-313-3p	0
+dme-miR-313-5p	0
+dme-miR-314-3p	0
+dme-miR-314-5p	0
+dme-miR-315-3p	0
+dme-miR-315-5p	0
+dme-miR-316-3p	0
+dme-miR-316-5p	1
+dme-miR-317-3p	2
+dme-miR-317-5p	0
+dme-miR-318-3p	5
+dme-miR-318-5p	0
+dme-miR-31a-3p	6
+dme-miR-31a-5p	0
+dme-miR-31b-3p	5
+dme-miR-31b-5p	0
+dme-miR-33-3p	0
+dme-miR-33-5p	13
+dme-miR-34-3p	0
+dme-miR-34-5p	0
+dme-miR-3641-3p	0
+dme-miR-3641-5p	0
+dme-miR-3642-3p	0
+dme-miR-3642-5p	0
+dme-miR-3643-3p	0
+dme-miR-3643-5p	0
+dme-miR-3644-3p	0
+dme-miR-3644-5p	0
+dme-miR-3645-3p	0
+dme-miR-3645-5p	0
+dme-miR-375-3p	0
+dme-miR-375-5p	0
+dme-miR-4-3p	0
+dme-miR-4-5p	0
+dme-miR-4908-3p	0
+dme-miR-4909-3p	0
+dme-miR-4910-5p	0
+dme-miR-4911-3p	0
+dme-miR-4912-5p	0
+dme-miR-4913-3p	0
+dme-miR-4914-5p	0
+dme-miR-4915-5p	0
+dme-miR-4916-3p	0
+dme-miR-4917-3p	0
+dme-miR-4918-5p	0
+dme-miR-4919-3p	0
+dme-miR-4919-5p	0
+dme-miR-4939-3p	0
+dme-miR-4940-3p	0
+dme-miR-4940-5p	0
+dme-miR-4941-3p	0
+dme-miR-4941-5p	0
+dme-miR-4942-3p	0
+dme-miR-4943-3p	0
+dme-miR-4943-5p	0
+dme-miR-4944-3p	0
+dme-miR-4944-5p	0
+dme-miR-4945-5p	0
+dme-miR-4946-5p	0
+dme-miR-4947-5p	0
+dme-miR-4948-3p	0
+dme-miR-4948-5p	0
+dme-miR-4949-3p	0
+dme-miR-4949-5p	0
+dme-miR-4950-3p	0
+dme-miR-4950-5p	0
+dme-miR-4951-3p	0
+dme-miR-4951-5p	0
+dme-miR-4952-3p	0
+dme-miR-4952-5p	0
+dme-miR-4953-3p	0
+dme-miR-4954-3p	0
+dme-miR-4954-5p	0
+dme-miR-4955-3p	0
+dme-miR-4955-5p	0
+dme-miR-4956-3p	0
+dme-miR-4956-5p	0
+dme-miR-4957-3p	0
+dme-miR-4957-5p	0
+dme-miR-4958-3p	0
+dme-miR-4958-5p	0
+dme-miR-4959-5p	0
+dme-miR-4960-3p	0
+dme-miR-4961-3p	0
+dme-miR-4961-5p	0
+dme-miR-4962-3p	0
+dme-miR-4962-5p	0
+dme-miR-4963-3p	0
+dme-miR-4963-5p	0
+dme-miR-4964-3p	0
+dme-miR-4965-3p	0
+dme-miR-4965-5p	0
+dme-miR-4966-3p	0
+dme-miR-4966-5p	0
+dme-miR-4967-3p	0
+dme-miR-4967-5p	0
+dme-miR-4968-3p	0
+dme-miR-4968-5p	0
+dme-miR-4969-3p	0
+dme-miR-4969-5p	0
+dme-miR-4970-5p	0
+dme-miR-4971-5p	0
+dme-miR-4972-3p	0
+dme-miR-4972-5p	0
+dme-miR-4973-3p	0
+dme-miR-4973-5p	0
+dme-miR-4974-3p	0
+dme-miR-4974-5p	0
+dme-miR-4975-5p	0
+dme-miR-4976-3p	0
+dme-miR-4976-5p	0
+dme-miR-4977-3p	0
+dme-miR-4977-5p	0
+dme-miR-4978-5p	0
+dme-miR-4979-3p	0
+dme-miR-4979-5p	0
+dme-miR-4980-3p	0
+dme-miR-4981-3p	0
+dme-miR-4982-3p	0
+dme-miR-4982-5p	0
+dme-miR-4983-3p	0
+dme-miR-4983-5p	0
+dme-miR-4984-3p	0
+dme-miR-4984-5p	0
+dme-miR-4985-3p	0
+dme-miR-4985-5p	0
+dme-miR-4986-3p	0
+dme-miR-4986-5p	0
+dme-miR-4987-3p	0
+dme-miR-4987-5p	0
+dme-miR-5-3p	0
+dme-miR-5-5p	0
+dme-miR-6-1-5p	0
+dme-miR-6-2-5p	0
+dme-miR-6-3-5p	0
+dme-miR-6-3p	0
+dme-miR-7-3p	0
+dme-miR-7-5p	1
+dme-miR-79-3p	27
+dme-miR-79-5p	0
+dme-miR-8-3p	2
+dme-miR-8-5p	8
+dme-miR-87-3p	0
+dme-miR-87-5p	0
+dme-miR-927-3p	0
+dme-miR-927-5p	0
+dme-miR-929-3p	0
+dme-miR-929-5p	0
+dme-miR-92a-3p	3
+dme-miR-92a-5p	5
+dme-miR-92b-3p	7
+dme-miR-92b-5p	0
+dme-miR-932-3p	0
+dme-miR-932-5p	0
+dme-miR-9369-3p	0
+dme-miR-9369-5p	0
+dme-miR-9370-3p	0
+dme-miR-9370-5p	0
+dme-miR-9371-3p	0
+dme-miR-9371-5p	0
+dme-miR-9372-3p	0
+dme-miR-9372-5p	0
+dme-miR-9373-3p	0
+dme-miR-9373-5p	0
+dme-miR-9374-3p	0
+dme-miR-9374-5p	0
+dme-miR-9375-3p	0
+dme-miR-9375-5p	0
+dme-miR-9376-3p	0
+dme-miR-9376-5p	0
+dme-miR-9377-3p	0
+dme-miR-9377-5p	0
+dme-miR-9378-3p	0
+dme-miR-9378-5p	0
+dme-miR-9379-3p	0
+dme-miR-9379-5p	0
+dme-miR-9380-3p	0
+dme-miR-9380-5p	0
+dme-miR-9381-3p	0
+dme-miR-9381-5p	0
+dme-miR-9382-3p	0
+dme-miR-9382-5p	0
+dme-miR-9383-3p	0
+dme-miR-9383-5p	0
+dme-miR-9384-3p	0
+dme-miR-9384-5p	0
+dme-miR-9385-3p	0
+dme-miR-9385-5p	0
+dme-miR-9388-3p	0
+dme-miR-9388-5p	0
+dme-miR-954-3p	0
+dme-miR-954-5p	0
+dme-miR-955-3p	0
+dme-miR-955-5p	0
+dme-miR-956-3p	0
+dme-miR-956-5p	0
+dme-miR-957-3p	0
+dme-miR-957-5p	0
+dme-miR-958-3p	0
+dme-miR-958-5p	0
+dme-miR-959-3p	0
+dme-miR-959-5p	0
+dme-miR-960-3p	0
+dme-miR-960-5p	0
+dme-miR-961-3p	0
+dme-miR-961-5p	0
+dme-miR-962-3p	0
+dme-miR-962-5p	1
+dme-miR-963-3p	0
+dme-miR-963-5p	0
+dme-miR-964-3p	0
+dme-miR-964-5p	0
+dme-miR-965-3p	1
+dme-miR-965-5p	0
+dme-miR-966-3p	0
+dme-miR-966-5p	0
+dme-miR-967-3p	0
+dme-miR-967-5p	0
+dme-miR-968-3p	0
+dme-miR-968-5p	0
+dme-miR-969-3p	0
+dme-miR-969-5p	0
+dme-miR-970-3p	0
+dme-miR-970-5p	0
+dme-miR-971-3p	0
+dme-miR-971-5p	0
+dme-miR-972-3p	0
+dme-miR-972-5p	0
+dme-miR-973-3p	0
+dme-miR-973-5p	0
+dme-miR-974-3p	0
+dme-miR-974-5p	0
+dme-miR-975-3p	0
+dme-miR-975-5p	0
+dme-miR-976-3p	0
+dme-miR-976-5p	0
+dme-miR-977-3p	0
+dme-miR-977-5p	0
+dme-miR-978-3p	0
+dme-miR-978-5p	0
+dme-miR-979-3p	0
+dme-miR-979-5p	0
+dme-miR-980-3p	0
+dme-miR-980-5p	0
+dme-miR-981-3p	0
+dme-miR-981-5p	0
+dme-miR-982-3p	0
+dme-miR-982-5p	0
+dme-miR-983-3p	0
+dme-miR-983-5p	0
+dme-miR-984-3p	0
+dme-miR-984-5p	0
+dme-miR-985-3p	0
+dme-miR-985-5p	0
+dme-miR-986-3p	0
+dme-miR-986-5p	3
+dme-miR-987-3p	0
+dme-miR-987-5p	0
+dme-miR-988-3p	0
+dme-miR-988-5p	0
+dme-miR-989-3p	0
+dme-miR-989-5p	262
+dme-miR-990-3p	0
+dme-miR-990-5p	0
+dme-miR-991-3p	0
+dme-miR-991-5p	0
+dme-miR-992-3p	0
+dme-miR-992-5p	0
+dme-miR-993-3p	0
+dme-miR-993-5p	0
+dme-miR-994-3p	0
+dme-miR-994-5p	16
+dme-miR-995-3p	4
+dme-miR-995-5p	0
+dme-miR-996-3p	2
+dme-miR-996-5p	2
+dme-miR-997-3p	0
+dme-miR-997-5p	0
+dme-miR-998-3p	0
+dme-miR-998-5p	0
+dme-miR-999-3p	1
+dme-miR-999-5p	0
+dme-miR-9a-3p	0
+dme-miR-9a-5p	0
+dme-miR-9b-3p	0
+dme-miR-9b-5p	0
+dme-miR-9c-3p	1
+dme-miR-9c-5p	3
+dme-miR-iab-4-3p	0
+dme-miR-iab-4-5p	0
+dme-miR-iab-8-3p	0
+dme-miR-iab-8-5p	0