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comparison test-data/EGF167.vcf @ 0:924c527fb379 draft

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author artbio
date Sun, 13 Sep 2020 18:40:29 +0000
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30 ##filter="SOMATIC"
31 ##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL">
32 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases">
33 ##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation">
34 ##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)">
35 ##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value">
36 ##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls">
37 ##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls">
38 ##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
39 ##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position">
40 ##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads">
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49 ##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90">
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52 ##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15">
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55 ##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50">
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60 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code">
61 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality">
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63 ##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele">
64 ##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand">
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66 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR
67 chr1 64976 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.045103;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,1:9,7
68 chr1 103756 . G T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.032644;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:16,5:6,2
69 chr1 185034 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.00088719;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,9:15,3:19,6
70 chr1 186728 . A T 0 PASS DP=139;GPV=1;SPV=0.018661;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:61,15:31,5:30,10
71 chr1 739365 . G A 0 PASS DP=125;GPV=1;SPV=0.043949;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:59,7:27,3:32,4
72 chr1 790461 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.047347;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:17,4:14,4
73 chr1 1290925 . G A 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=2.0989e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:38,21:20,12:18,9
74 chr1 1749629 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,3:4,2
75 chr1 2687442 . A G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045135;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:19,4:13,1
76 chr1 3934011 . C CTT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.004222;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:6,6:3,3
77 chr1 5673561 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00023464;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:12,8:13,3
78 chr1 5750713 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00053311;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,5:16,4
79 chr1 6160432 . GAGA G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:18,4:1,0
80 chr1 6662128 . G GT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.039538;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,9:13,5:10,4
81 chr1 7083961 . C CT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00097732;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:7,4:9,4
82 chr1 7572902 . T C 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=2.2819e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:39,26:18,16:21,10
83 chr1 8007444 . T A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.026369;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:11,4:7,4
84 chr1 8263331 . ACG A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.037745;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:37,5:22,3:15,2
85 chr1 8781356 . C CAA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.004796;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:11,9:9,3
86 chr1 10273740 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:8,5:5,2:3,3
87 chr1 10538613 . T TTC 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.00068981;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:24,5:16,6
88 chr1 11631652 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.0105e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,5:7,4
89 chr1 12043425 . C A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.13907;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:16,3:10,2
90 chr1 12876485 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.07913;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0
91 chr1 12879513 . G A 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=0.01756;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:39,13:19,9:20,4
92 chr1 12887164 . A T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.022406;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:44,9:18,3:26,6
93 chr1 12936058 . G T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=4.5404e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:65,15:49,8:16,7
94 chr1 13251355 . G A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:2,4:3,1
95 chr1 14124658 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=8.4105e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:14,13:13,3
96 chr1 15251295 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:17,5:6,4:11,1
97 chr1 15971571 . A C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2
98 chr1 16200383 . A G 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=6.2138e-11;SS=2;SSC=102;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:26,31:21,15:5,16
99 chr1 16508168 . C T 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.032064;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:115:103,12:52,3:51,9
100 chr1 16553056 . T G 0 PASS DP=150;GPV=1;SPV=0.045458;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:74:59,15:26,12:33,3
101 chr1 16561095 . C A 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.0093043;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:156,28:85,16:71,12
102 chr1 16575059 . C T 0 PASS DP=179;GPV=1;SPV=0.048526;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:75,12:35,5:40,7
103 chr1 16578491 . T C 0 PASS DP=300;GPV=1;SPV=0.032164;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:143:118,25:48,12:70,13
104 chr1 16596571 . G A 0 PASS DP=339;GPV=1;SPV=0.032119;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:184:160,24:80,16:80,8
105 chr1 16610160 . C T 0 PASS DP=376;GPV=1;SPV=0.031944;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:195:170,25:88,14:82,11
106 chr1 16613024 . G T 0 PASS DP=390;GPV=1;SPV=0.017709;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:186,35:94,15:92,20
107 chr1 16632466 . C G 0 PASS DP=303;GPV=1;SPV=0.025558;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:149:122,27:68,10:54,17
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111 chr1 16731644 . T C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.027018;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:54,9:29,2:25,7
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115 chr1 16896455 . C G 0 PASS DP=202;GPV=1;SPV=0.03107;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:118:100,18:34,7:66,11
116 chr1 16902883 . G A 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.048236;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:20,6:27,3
117 chr1 17175906 . CTA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0065492;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,5:2,2
118 chr1 17487165 . T A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.8454e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:22,7:9,8
119 chr1 19683758 . CTTTTTTTT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0074891;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,5:3,4:2,1
120 chr1 20651805 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.029828;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:10,3:17,8
121 chr1 21387063 . CG C 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1
122 chr1 21945968 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016624;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,8:4,5:1,3
123 chr1 24901173 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=8.7093e-09;SS=2;SSC=80;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:22,23:12,12:10,11
124 chr1 25098735 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.3507e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:13,10:19,10
125 chr1 25764475 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.2544e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:24,20:12,11:12,9
126 chr1 26037226 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:7,3:7,2
127 chr1 26095828 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.9557e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:35,16:18,10:17,6
128 chr1 26407725 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,16:8,5:6,11
129 chr1 26593918 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.03809;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,7:13,6:5,1
130 chr1 26818069 . T TG 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3
131 chr1 28236460 . T A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.8875e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:16,6:14,9
132 chr1 29873254 . T TA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.035132;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,7:7,1
133 chr1 31186395 . T G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,4:2,3:2,1
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148 chr1 44091635 . CA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.016023;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:9,9:4,1
149 chr1 44259924 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.022447;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:40,11:30,7:10,4
150 chr1 44386736 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=8.408e-10;SS=2;SSC=90;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:24,25:9,9:15,16
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152 chr1 47550338 . CTT C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:4,5:4,2
153 chr1 54476217 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.14664;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:4,2:26,2
154 chr1 55047134 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.8594e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:4,3:14,7
155 chr1 56322079 . C CAA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.021839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,12:8,9:4,3
156 chr1 57924627 . T A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.046726;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2
157 chr1 58387722 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:6,3:6,3:0,0
158 chr1 59846599 . TC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.04724;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:0,1:7,3
159 chr1 60376642 . A ACAC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:3,6:1,2:2,4
160 chr1 61952253 . T TGAGAGAGA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0020298;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:13,12:13,4
161 chr1 64603266 . G A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=2.2204e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:19,19:13,10:6,9
162 chr1 65708676 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.00087413;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,6:0,5:1,1
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164 chr1 67953866 . T TCTC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:3,2:2,5
165 chr1 68354547 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:6,1:3,4
166 chr1 69004827 . T G 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=1.1895e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:13,11:18,8
167 chr1 70658070 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:6,2:10,2
168 chr1 71597432 . G C 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:3,2:2,1
169 chr1 72088796 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,7:6,6:2,1
170 chr1 74056251 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.1076e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:16,15:11,4
171 chr1 77449659 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04342;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:17,2:19,3
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173 chr1 79649737 . C CTCTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.022632;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:5,7:12,2
174 chr1 82541637 . C A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=4.3414e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:9,7:15,9
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176 chr1 84498559 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.028003;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,3:11,2
177 chr1 86738252 . G GT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.027342;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:18,7:13,4
178 chr1 86768048 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=2.5366e-07;SS=2;SSC=65;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:12,9:16,9
179 chr1 87891193 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,8:10,7:3,1
180 chr1 88047083 . GAA G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13561;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,4:9,3:4,1
181 chr1 89502764 . T TCACACACACA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.047956;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:5,3:8,2
182 chr1 89776380 . TA T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.077619;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:22,3:17,2
183 chr1 89776412 . T TA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.041061;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,10:10,7:9,3
184 chr1 96825934 . ATGTGTGTG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0054311;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,10:5,5:8,5
185 chr1 100327770 . G GTGTGT 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0045922;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,14:6,8:11,6
186 chr1 100327773 . T G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.01147;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,13:8,7:9,6
187 chr1 100550598 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.17898;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,5:6,2:30,3
188 chr1 101258579 . GTCTTTCTT G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,5:6,3:15,2
189 chr1 101855904 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=5.197e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:16,6:14,9
190 chr1 102769692 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.1765e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:12,3:14,12
191 chr1 105154315 . A C 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.11429;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:46:1,3:1,1:0,2
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197 chr1 111502084 . AAT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0025292;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:6,4:9,9
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199 chr1 111502124 . A ATAGG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0019759;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:7,3:12,9
200 chr1 111502125 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0025754;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,3:9,9
201 chr1 112337596 . CTTTTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,8:5,6:2,2
202 chr1 113069477 . C CA 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,7:1,1:1,6
203 chr1 113070430 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:21,4:2,0
204 chr1 113938941 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.006865;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,6:2,3:4,3
205 chr1 114660139 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=3.1203e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:27,18:9,11:18,7
206 chr1 114789069 . C CTTTCTTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:6,1:7,3
207 chr1 115079137 . C CCACA 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0041929;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:7,4:7,6
208 chr1 115415941 . G GATATATATATATATATAT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.11013;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:10,3:12,1
209 chr1 115910145 . C CA 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0017056;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:11,6:6,1
210 chr1 116253903 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.00092166;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:11,2:19,6
211 chr1 117134134 . G GTGTACGTA 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.01036;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:33,7:14,5:19,2
212 chr1 118139338 . A G 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0025423;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:46,10:27,2:19,8
213 chr1 118784421 . C CATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.024724;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,8:2,6:3,2
214 chr1 120168801 . T TCA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.082831;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2
215 chr1 120169213 . T C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.051443;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:21,4:18,1
216 chr1 120345124 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.031399;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,4:12,3
217 chr1 120446150 . A T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.006307;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:44,15:24,11:20,4
218 chr1 120860952 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:2,6:6,1
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220 chr1 121537819 . C G 0 PASS DP=113;GPV=1;SPV=0.0057897;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:42,18:26,7:16,11
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287 chr1 156578259 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:25,12:6,5:19,7
288 chr1 157180917 . A ACTCTCTCTCTCTCT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0020002;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,12:8,3:6,9
289 chr1 159483237 . T C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.007626;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:23,4:16,7
290 chr1 159932249 . C T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=2.2441e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:42,19:25,12:17,7
291 chr1 160112965 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.033188;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:20,7:11,2
292 chr1 160751856 . CTCTCTCTATATATATA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:5,4:15,5
293 chr1 160853782 . TA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.14184;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,8:7,7:14,1
294 chr1 161471866 . G C 0 PASS DP=297;GPV=1;SPV=0.048391;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:166:147,19:71,5:76,14
295 chr1 161559730 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.039102;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:47,9:26,4:21,5
296 chr1 161641777 . T A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.051843;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:53,6:29,4:24,2
297 chr1 161646609 . G T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0037074;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:54,16:25,10:29,6
298 chr1 162403488 . GAAAAAAAAA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,4:15,2:9,2
299 chr1 163548254 . GTTTTTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0089185;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,4:7,5
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303 chr1 165820486 . T TAC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,2:8,2
304 chr1 166677437 . G GTATATATATA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.028036;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,12:14,10:10,2
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371 chr1 202938064 . AAAAG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030401;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,7:8,3
372 chr1 203479706 . CAA C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.060553;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,9:19,8:9,1
373 chr1 204158411 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.014079;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,8:6,7:4,1
374 chr1 204452288 . C CTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,6:3,2:10,4
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376 chr1 206267113 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.021607;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:30,3:25,4
377 chr1 206523350 . AT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.035283;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:4,1:15,6
378 chr1 207617691 . CCTTT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.023024;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:5,11:8,5
379 chr1 208086990 . TGAGA T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.004662;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:1,7:0,5:1,2
380 chr1 208221381 . GTT G 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.039921;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,7:12,6:3,1
381 chr1 208844667 . GAAAGGA G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0091986;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,7:11,1
382 chr1 208845676 . AATAG A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=9.3443e-05;SS=2;SSC=40;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:23,19:14,11:9,8
383 chr1 209698180 . TAGA T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.040883;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:25,6:12,2:13,4
384 chr1 210109590 . AG A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.057106;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:12,1:19,3
385 chr1 210867364 . T C 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=0.1569;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:39,7:19,3:20,4
386 chr1 211029334 . TA T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,6:10,7
387 chr1 212168573 . A ATATTTTTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023342;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,6:10,3:5,3
388 chr1 212481402 . T TAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.15614;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,4:14,2:14,2
389 chr1 212633936 . C CT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.027364;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:19,4:8,2
390 chr1 212851790 . TA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00096505;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:19,13:2,1
391 chr1 213363772 . T C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0045767;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,3:4,3
392 chr1 214350707 . A ATTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.032805;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:11,10:7,6:4,4
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429 chr1 232568977 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=5.4628e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:41,15:27,6:14,9
430 chr1 232656016 . A ATTTTT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.011272;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:10,14:6,10:4,4
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433 chr1 234143288 . C CT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.13974;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:21,3:8,1
434 chr1 234446633 . A AAATTATATAATTTCTTAATATAT 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.014645;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:23,4:17,10
435 chr1 234779794 . C T 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.009407;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:148:118,30:62,18:56,12
436 chr1 234946032 . AAAAAAATATATATATAT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.018593;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,9:4,6:4,3
437 chr1 236842784 . G GTATATATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:9,10:5,6:4,4
438 chr1 237565157 . C CTT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.015259;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,12:1,3:24,9
439 chr1 237952151 . TATATATATATATA T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066403;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:6,1:5,4
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441 chr1 238153670 . TTCTCTCTCTC T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.021719;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,13:5,7:12,6
442 chr1 238188360 . CCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.20294;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,4:1,0:19,4
443 chr1 240178447 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0055469;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:10,8:8,3:2,5
444 chr1 240742610 . CTTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1
445 chr1 240919005 . G T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=9.1325e-14;SS=2;SSC=130;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:19,46:9,18:10,28
446 chr1 241017411 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=2.0643e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:21,30:8,11:13,19
447 chr1 241068203 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0020554;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,12:9,3:13,9
448 chr1 241744410 . T C 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0032559;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:46,12:19,5:27,7
449 chr1 242207878 . TTATATA T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.022676;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:8,5:13,9
450 chr1 242337258 . T TCATGAGGCAGTAGATTGTATTTTAAAGATGAC 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.003144;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,13:7,10:18,3
451 chr1 242490879 . A G 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.00025984;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:40,15:17,7:23,8
452 chr1 243583193 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,1:11,4
453 chr1 245045757 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.10542;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:34,5:20,1:14,4
454 chr1 245857516 . T TGCATAGGTCTGGTCCTGGATTCTCCCTCTGCTTC 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.034415;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:34,14:16,6:18,8
455 chr1 246362764 . G C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.023364;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:84,20:46,15:38,5
456 chr1 246892301 . CTTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:2,2:8,2
457 chr1 247219140 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.011658;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:16,9:27,4
458 chr1 247852918 . CAGAGAGAGAGAGAGAG C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:3,5:2,2:1,3
459 chr1 247907113 . TTTTTTC T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.073271;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:5,1:27,4
460 chr1 248168028 . G T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.012992;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:8,3:9,7
461 chr1 248306538 . CG C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046615;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:3,4:12,4
462 chr1 248452271 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.064856;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:13,2:2,5
463 chr1 248943908 . C G 0 PASS DP=170;GPV=1;SPV=0.0028471;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:100:76,24:42,12:34,12
464 chr10 1265691 . C G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12934;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:10,3:16,1
465 chr10 3818912 . T TC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.001984;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,13:7,5:1,8
466 chr10 4149533 . G C 0 PASS DP=126;GPV=1;SPV=0.027754;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:55,7:28,4:27,3
467 chr10 6155205 . C CTTTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,5:13,4:6,1
468 chr10 6170702 . AGG A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,4:10,2:11,2
469 chr10 6932014 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.04735;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,12:6,8:4,4
470 chr10 7220830 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:12,1:17,5
471 chr10 8026028 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040384;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,5:4,4
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473 chr10 8422085 . C CTTTCTTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.19021;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3
474 chr10 8545427 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:6,4:2,1:4,3
475 chr10 9358808 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1265e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:9,11:7,6
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477 chr10 14209718 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0030692;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:12,7:12,2
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497 chr10 33028330 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12337;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:8,2:16,3
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499 chr10 33671715 . A ATATGAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0099416;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:5,4:4,1
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504 chr10 36050368 . A T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0056445;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:18,3:17,6
505 chr10 36322330 . G A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.015e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:21,20:11,10:10,10
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511 chr10 38576386 . AAATGG A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:5,3:2,1
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514 chr10 38689754 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.00022978;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:89:76,13:42,6:34,7
515 chr10 38923521 . T C 0 PASS DP=336;GPV=1;SPV=0.0033879;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:177:157,20:87,10:70,10
516 chr10 39835327 . A T 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.041879;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:150:135,15:74,6:61,9
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526 chr10 40965940 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0005505;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:17,9:9,1
527 chr10 41104823 . G C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10755;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:22,4:1,0
528 chr10 41494604 . C G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:24,4:2,0
529 chr10 41527518 . A C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.059209;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:11,3:15,2
530 chr10 41584168 . C T 0 PASS DP=669;GPV=1;SPV=0.022969;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:351:303,48:227,41:76,7
531 chr10 41881947 . CGAGTGTAATT C 0 PASS DP=310;GPV=1;SPV=0.030017;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:164:144,20:112,14:32,6
532 chr10 41882734 . T C 0 PASS DP=371;GPV=1;SPV=0.033617;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:208:176,32:93,21:83,11
533 chr10 41891344 . C A 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.031173;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:21,4:15,1
534 chr10 41892391 . A T 0 PASS DP=123;GPV=1;SPV=0.042405;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:54,7:29,2:25,5
535 chr10 41896230 . G GGAATGGAATC 0 PASS DP=169;GPV=1;SPV=0.018345;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:90:77,9:46,5:31,4
536 chr10 41900107 . A T 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.0011011;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:53,10:30,1:23,9
537 chr10 41906114 . C CAATGG 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.026485;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:34,7:22,4:12,3
538 chr10 41912903 . T A 0 PASS DP=251;GPV=1;SPV=0.031646;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:111,19:47,15:64,4
539 chr10 41914068 . G A 0 PASS DP=203;GPV=1;SPV=0.0015108;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:84,29:39,17:45,12
540 chr10 42080954 . C T 0 PASS DP=1854;GPV=1;SPV=0.0032918;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:979:878,99:59,15:819,84
541 chr10 42130201 . C G 0 PASS DP=604;GPV=1;SPV=0.010879;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:328:286,42:114,11:172,31
542 chr10 42152600 . GTATATC G 0 PASS DP=151;GPV=1;SPV=0.042771;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:61,16:24,3:37,13
543 chr10 42182059 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.16534;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:23,2:3,1
544 chr10 42213791 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.038396;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:17,1:4,6
545 chr10 42213848 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.028463;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:14,1:5,4
546 chr10 42281418 . A G 0 PASS DP=157;GPV=1;SPV=0.029327;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:65,18:29,3:36,15
547 chr10 42299381 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.11288;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:32,4:20,2:12,2
548 chr10 44878064 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19205;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:15,5:9,2:6,3
549 chr10 45391072 . CCACGG C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037648;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:4,5:5,2
550 chr10 45749836 . A AAAAAAAATATATAT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.05321;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,8:15,1:10,7
551 chr10 45823138 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017469;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,3:5,5
552 chr10 45889994 . C CA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,2:5,5
553 chr10 45890429 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0035718;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:15,1:9,7
554 chr10 46408881 . T G 0 PASS DP=129;GPV=1;SPV=0.0042791;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:59,8:33,3:26,5
555 chr10 46660447 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.047124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:15,4:0,0
556 chr10 46768125 . G A 0 PASS DP=110;GPV=1;SPV=0.019877;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:43,13:25,10:18,3
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558 chr10 46979530 . A G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.046521;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:36,5:14,3:22,2
559 chr10 47235996 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.3434e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:27,17:13,14:14,3
560 chr10 47938554 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.034525;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:17,4:1,0
561 chr10 47987548 . G A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.042061;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:23,4:15,3
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632 chr10 113948684 . TATATATATATATATATATATACACAC T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.013932;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,5:3,3:0,2
633 chr10 114066524 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0021577;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:15,3:17,5
634 chr10 114202173 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.8111e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:11,12:20,6
635 chr10 115383511 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0045408;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:33,8:13,5:20,3
636 chr10 118949359 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.020734;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:2,3:1,1
637 chr10 119411842 . CTT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,2:2,1:3,1
638 chr10 119955275 . T A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0003337;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,10:3,8:5,2
639 chr10 120368900 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=3.0775e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:11,11:15,2
640 chr10 121636873 . C CTTTT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.022531;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,14:15,10:8,4
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644 chr10 123181855 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,2:4,4
645 chr10 123653723 . AG A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:5,4:5,5
646 chr10 123738268 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.065402;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:40,6:20,4:20,2
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729 chr11 56157088 . A T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.5006e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:7,10:14,4
730 chr11 56267744 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.00092696;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,8:5,6:3,2
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749 chr11 83148729 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=2.3326e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:14,7:10,6
750 chr11 84313641 . A AAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.010101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:0,4:0,3:0,1
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754 chr11 85630075 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=4.9752e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:10,7:9,11
755 chr11 85816915 . C CAAAA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014934;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,7:6,5:3,2
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757 chr11 86319242 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.01623;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,9:0,6:6,3
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761 chr11 88928484 . GTATATATGTA G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.07299;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,4:9,2:21,2
762 chr11 89751342 . G GACTA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.045385;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,7:8,3:8,4
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766 chr11 92754700 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1
767 chr11 96522974 . C A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.3;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,2:1,1:6,1
768 chr11 96585172 . AT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.059099;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3
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770 chr11 98636046 . AT A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.3143e-07;SS=2;SSC=62;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:30,23:21,11:9,12
771 chr11 104119230 . T C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,4:4,1
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773 chr11 106272580 . ATATAT A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.050554;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:16,2:8,3
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779 chr11 112273033 . TCTTTCCTTCTTC T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0094722;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:13,1:13,7
780 chr11 113894392 . C CAAAAAAAAAA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.020274;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:10,8:7,1
781 chr11 115134000 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.02121;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:14,9:6,2:8,7
782 chr11 115257841 . GCAT G 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.3324e-05;SS=2;SSC=48;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,14:15,7:12,7
783 chr11 116818336 . TA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.036166;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:12,4:13,2
784 chr11 117329839 . C CT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.012248;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:13,4:6,5
785 chr11 117769222 . TTGTATATATTATATATTTTATATA T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:3,3:6,1
786 chr11 120943107 . T TACACAC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041917;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,9:7,6:5,3
787 chr11 122167018 . C CAT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,11:3,8:3,3
788 chr11 123318282 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0395;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:21,5:12,1
789 chr11 123704349 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.6295e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:10,8:13,4
790 chr11 124317257 . TTG T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0084125;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:10,7:7,4
791 chr11 125401768 . T A 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.026556;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:16,5:36,2
792 chr11 125665869 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:2,2:7,4
793 chr11 126131217 . A ATGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.025685;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:5,5:9,4
794 chr11 126683357 . A T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.6465e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:22,20:11,9:11,11
795 chr11 127323554 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.10283;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,7:9,5:8,2
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797 chr11 129095191 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=1.0506e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:15,10:8,8
798 chr11 129564218 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.019156;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,4:9,4
799 chr11 130090969 . C T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:16,1:17,3
800 chr11 130294538 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.10034;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:20,4:2,0
801 chr11 130590053 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.032575;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:9,2:12,5
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803 chr11 131265322 . GAT G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034789;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:9,3:10,2
804 chr11 131265436 . C A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,3:8,3
805 chr11 131577151 . A G 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.768e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:32,17:13,8:19,9
806 chr11 131680400 . C T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0972;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:10,4:14,1
807 chr11 133766032 . T C 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=5.6e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:31,17:19,7:12,10
808 chr11 134284924 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.070652;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,9:6,6:4,3
809 chr11 134840333 . T C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.11818;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:25,3:13,2:12,1
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811 chr12 748212 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.1866;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:4,1:7,3
812 chr12 4874098 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.077778;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:11,4:5,2:6,2
813 chr12 5489833 . G T 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=1.9282e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:32,20:14,12:18,8
814 chr12 9284447 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.017823;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:48,12:22,6:26,6
815 chr12 9308117 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.016746;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:46,9:24,1:22,8
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817 chr12 9869858 . CAA C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.033575;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:19,1:17,5
818 chr12 11938175 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0054163;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,1:5,3
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863 chr12 48207769 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,6:1,3:2,3
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869 chr12 50872860 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.080441;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:14,1:9,4
870 chr12 50872864 . C CG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.031932;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:17,1:9,6
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873 chr12 52938136 . C CTATA 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,3:4,1
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886 chr12 65639747 . T TCTCTCTGACACA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00052506;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,11:6,7:4,4
887 chr12 65639748 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.00096036;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,7:3,5
888 chr12 68277320 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.048259;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:17,3:7,1
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891 chr12 68528198 . CTTT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,4:2,3:0,1
892 chr12 68937641 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.277e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:16,10:12,9
893 chr12 69357532 . C CTT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.073359;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:8,2:8,2
894 chr12 69817653 . T TACACACACACACAC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0401;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:10,11:5,7:5,4
895 chr12 70018140 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,2:5,2
896 chr12 71468709 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0069996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,7:4,6:2,1
897 chr12 73061526 . AAT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0051416;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:8,6:7,4
898 chr12 73488896 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.6127e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:19,16:11,8:8,8
899 chr12 76077980 . C CAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0073947;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:7,9:4,1
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901 chr12 80962382 . AC A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.047571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:26,1:8,4
902 chr12 81145358 . G A 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=1.9952e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:28,22:13,11:15,11
903 chr12 81498080 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=1.6776e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:28,23:15,10:13,13
904 chr12 81562574 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.00082339;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:42,12:21,8:21,4
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955 chr12 120960569 . G GA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00018161;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:9,9:7,1
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958 chr12 122712596 . C CAA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.006529;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,9:11,6:6,3
959 chr12 123693376 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.081597;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:3,3:11,3
960 chr12 124134997 . C CTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:8,2:9,2
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972 chr12 130015247 . CT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.058687;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3
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974 chr12 132267812 . C CAT 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.01279;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:14,7:18,7
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978 chr13 20283337 . G A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.2226e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:37,22:20,12:17,10
979 chr13 21447930 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.043206;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:13,6:4,1
980 chr13 21743410 . T C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11166;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,1:8,3
981 chr13 22215066 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:5,3:3,1:2,2
982 chr13 22625441 . C CATATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.043512;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,5:2,2:1,3
983 chr13 22781019 . T TTG 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00023992;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:19,11:10,6:9,5
984 chr13 22868769 . TATA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.040541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:6,3:10,2
985 chr13 24318682 . T C 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.030381;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:45,10:24,6:21,4
986 chr13 26178591 . C CGTGTGTGTGT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11053;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0
987 chr13 28493115 . C CA 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=4.1567e-05;SS=2;SSC=43;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:34,16:16,5:18,11
988 chr13 28819747 . A AGCTGGG 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.010181;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:25,9:8,3
989 chr13 30928825 . G A 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=6.8293e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:37,12:20,2:17,10
990 chr13 32405892 . CTT C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,6:9,3:8,3
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1016 chr13 54978196 . T TCTG 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0031698;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,9:15,4:17,5
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1028 chr13 65030733 . CTTTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:10,12:4,6:6,6
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1030 chr13 65550403 . A AT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.014256;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:32,7:15,5:17,2
1031 chr13 65937905 . CTCTCTCAGTGTG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.030107;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:11,2:9,5
1032 chr13 67280322 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.3034e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:15,6:9,8
1033 chr13 67861113 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0094953;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:4,4:3,9
1034 chr13 68341888 . C G 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=1.1616e-09;SS=2;SSC=89;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:26,24:14,11:12,13
1035 chr13 68520918 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.043461;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:20,6:17,3
1036 chr13 69231759 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1
1037 chr13 71477108 . T A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.042772;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:6,5:8,1
1038 chr13 71864180 . T TACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.028284;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:1,5:6,2
1039 chr13 72628285 . C T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.467e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:32,19:18,12:14,7
1040 chr13 72809132 . C CTTTT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,8:3,6:3,2
1041 chr13 75106360 . AC A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=2.1173e-06;SS=2;SSC=56;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:31,19:12,8:19,11
1042 chr13 75391036 . A C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.13333;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,2:1,1:1,1
1043 chr13 75687265 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=9.9664e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:23,5:10,11
1044 chr13 76031962 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:8,2:12,2
1045 chr13 76259937 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00079043;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,10:2,8:12,2
1046 chr13 79438248 . AT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2
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1048 chr13 79669998 . A AACACACACAC 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1
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1051 chr13 80648035 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,4:3,2:4,2
1052 chr13 80803021 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.22704;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:9,7:7,4:2,3
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1054 chr13 84745270 . G GA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,4:6,3:8,1
1055 chr13 85437319 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.027663;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:17,4:15,2
1056 chr13 85437344 . G T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.027663;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:32,6:18,2:14,4
1057 chr13 85560807 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.721e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:12,13:5,4
1058 chr13 86078171 . TACAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.028261;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:4,1:5,5
1059 chr13 86078187 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085739;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4
1060 chr13 86538288 . G GTGTA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:1,3:1,1:0,2
1061 chr13 86655220 . CTT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3
1062 chr13 88224501 . C G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,4:2,3:1,1
1063 chr13 88930417 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.095238;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:3,2:3,1:0,1
1064 chr13 89441265 . A AATGGATGG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0095925;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4
1065 chr13 90249759 . A AGAAAG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2
1066 chr13 90372376 . CA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.11845;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:23,3:6,2
1067 chr13 91398650 . GGGCGGCGGAGGCGGC G 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0060488;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:20,2:19,4
1068 chr13 93491145 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:10,1:18,3
1069 chr13 95025502 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.00054667;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:1,9:1,8:0,1
1070 chr13 96468477 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.010062;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:6,9:3,8:3,1
1071 chr13 96499030 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:7,2:5,1:2,1
1072 chr13 97001186 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04045;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:22,5:17,1
1073 chr13 97001187 . C T 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,8:19,6:15,2
1074 chr13 97320261 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.042555;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:8,6:6,2
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1076 chr13 98559002 . TAAAAAAAAAAA T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,10:4,7:5,3
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1125 chr14 19331110 . T C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0
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1144 chr14 26975883 . T C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=7.5582e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:12,9:20,5
1145 chr14 27030195 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.04958;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:7,6:2,2
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1147 chr14 27420828 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=8.4049e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:10,6:20,6
1148 chr14 28242328 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=3.8111e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:18,8:13,10
1149 chr14 28370799 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.8466e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:9,8:16,7
1150 chr14 29722786 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=5.3456e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:10,9:10,7
1151 chr14 30003083 . CT C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.0086439;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,4:17,2
1152 chr14 30084265 . C A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.2077e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:13,11:12,10
1153 chr14 31650291 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.044578;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:21,6:6,2
1154 chr14 31831518 . T C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.040005;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:32,10:21,5:11,5
1155 chr14 31831522 . CT C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.011327;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:22,3:12,4
1156 chr14 32068460 . C CATACATACATAGATAG 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0051214;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:11,5:7,6
1157 chr14 32532619 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=1.5483e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:28,19:14,11:14,8
1158 chr14 32800165 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.042367;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:29,8:19,5:10,3
1159 chr14 32967914 . T A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:3,3:1,2:2,1
1160 chr14 33165234 . C T 0 PASS DP=103;GPV=1;SPV=3.0434e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:31,22:18,8:13,14
1161 chr14 34341564 . G GTTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.12591;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:18,2:9,2
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1212 chr14 86443424 . T TATTA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,2:7,2
1213 chr14 86443426 . A AT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:4,2:7,2
1214 chr14 86443457 . ATAT A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:4,3:3,2
1215 chr14 87053919 . C CAT 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=0.031137;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,11:17,4:19,7
1216 chr14 87298808 . A T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0042046;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,4:16,5
1217 chr14 87592377 . TACATATATATAC T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.025112;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,4:0,2:3,2
1218 chr14 87625150 . G GGTGTGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0047438;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,13:6,7:12,6
1219 chr14 87690858 . C CAAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,8:10,7:4,1
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1227 chr14 90235234 . G T 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=9.4293e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:33,24:19,13:14,11
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1230 chr14 91967135 . CTTTT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046124;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:14,8:6,3
1231 chr14 92661723 . T TCACACACACACACA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.011835;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,12:9,8:12,4
1232 chr14 93758594 . CA C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0021328;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,16:10,13:7,3
1233 chr14 94577597 . A AATGGATGGATGGATGG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.040876;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:7,6:8,2
1234 chr14 94577713 . A G 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,6:7,3:9,3
1235 chr14 95565365 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0012204;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:3,6:1,3
1236 chr14 95731012 . CA C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:17,4:3,1
1237 chr14 96288807 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,5:17,1:1,4
1238 chr14 96340090 . ATATGC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0063215;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:5,5:10,2
1239 chr14 96340102 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0041611;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:5,6:8,2
1240 chr14 96340103 . A C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.016908;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:3,4:6,2
1241 chr14 96402185 . G GCA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.040001;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,11:15,9:9,2
1242 chr14 96923926 . C G 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.14923;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:24,3:15,2:9,1
1243 chr14 97788393 . AT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.024094;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:10,7:8,3
1244 chr14 99040695 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=4.9392e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:18,5:7,10
1245 chr14 99090775 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.5041e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:11,8:14,8
1246 chr14 101724124 . C CTATA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0075746;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:2,3:6,2
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1308 chr15 35083633 . G GGCTTCTATCAATGTTGTCCTTA 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.079262;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:46,6:18,3:28,3
1309 chr15 35732877 . C CAA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00083319;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,16:14,10:7,6
1310 chr15 36743179 . G A 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=1.843e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:29,23:14,13:15,10
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1315 chr15 43537708 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.54545;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:7,2:2,1:5,1
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1321 chr15 46625108 . C T 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=5.2105e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:39,24:23,15:16,9
1322 chr15 47025527 . CAA C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0037333;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,11:14,8:3,3
1323 chr15 47903612 . A T 0 PASS DP=118;GPV=1;SPV=1.2618e-08;SS=2;SSC=78;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:41,29:19,18:22,11
1324 chr15 47989175 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.099494;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:13,1:14,3
1325 chr15 50085959 . ATATT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,4:9,3
1326 chr15 51353734 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.00033652;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,8:1,6:2,2
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1330 chr15 55089869 . G A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=4.6867e-08;SS=2;SSC=73;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:27,21:13,9:14,12
1331 chr15 55363799 . C CTTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1
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1395 chr16 5180418 . CA C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.044221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:17,1:17,4
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1397 chr16 6077684 . T TTTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.04992;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,7:13,4:14,3
1398 chr16 6315386 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0059873;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,6:9,2
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1401 chr16 7165410 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.20253;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,3:8,1
1402 chr16 7567242 . C CCTAT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.030984;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,5:9,2:9,3
1403 chr16 8056147 . C T 0 PASS DP=96;GPV=1;SPV=1.308e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:29,20:13,7:16,13
1404 chr16 8111775 . TATATATAC T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,3:7,2
1405 chr16 9028587 . C CT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00080108;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:3,9:8,5
1406 chr16 9264919 . T TATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:2,2:4,3
1407 chr16 9744591 . AT A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=6.589e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6
1408 chr16 9894592 . ATGGAC A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.060567;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,1:18,3
1409 chr16 10372566 . A ATCTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,4:0,0:7,4
1410 chr16 10730016 . T TAC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.077477;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,6:5,4:3,2
1411 chr16 11251294 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=5.9061e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:18,10:15,8
1412 chr16 11515850 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,4:0,3:9,1
1413 chr16 11637880 . C CA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.021584;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1
1414 chr16 12063366 . CTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0059497;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:5,7:2,1
1415 chr16 13052959 . C CTTTTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049808;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:5,2:6,2
1416 chr16 13469407 . AAG A 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.046654;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,5:20,2:4,3
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1484 chr16 50126791 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=4.4085e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:23,16:15,10:8,6
1485 chr16 51301860 . G T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=5.7568e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:11,8:17,7
1486 chr16 52536627 . C CTA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.022876;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,4:1,3:3,1
1487 chr16 52700844 . A T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=4.2987e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:22,15:10,8:12,7
1488 chr16 52837994 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=5.286e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:11,13:13,6
1489 chr16 52929139 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=2.443e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:14,19:6,11:8,8
1490 chr16 53017812 . A T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,4:15,1:6,3
1491 chr16 54127403 . GGTT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,10:7,8:0,2
1492 chr16 54681096 . C T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:14,2:6,3
1493 chr16 55721867 . GT G 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.041747;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:20,7:17,3
1494 chr16 56568213 . GAGAAAGAAAGAAAGAA G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.037596;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,7:7,6:3,1
1495 chr16 56740769 . G A 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.0026422;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:69,23:39,8:30,15
1496 chr16 57230005 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:3,2:2,2
1497 chr16 57832990 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=7.7207e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:26,16:9,6:17,10
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1499 chr16 59697172 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.015836;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:13,3:11,5
1500 chr16 60296883 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,4:5,3:7,1
1501 chr16 60739479 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0037019;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:32,15:15,8:17,7
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1554 chr17 672109 . G GACACACACAC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01623;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,9:4,7:2,2
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1556 chr17 963214 . G GAC 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=7.5053e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:13,7:11,6
1557 chr17 1427030 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:8,3:5,1
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1573 chr17 8585286 . G GTATATATATATATATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,1:4,3
1574 chr17 8685358 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.032869;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:4,3:0,1
1575 chr17 10428686 . C CA 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.9497e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,13:15,5:13,8
1576 chr17 10432289 . C T 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=2.0936e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:33,16:15,9:18,7
1577 chr17 11277284 . A T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:5,5:1,3:4,2
1578 chr17 11459218 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0042808;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,15:11,13:6,2
1579 chr17 11954769 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.085668;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:15,2:12,2
1580 chr17 12351263 . G A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,2:4,1:3,1
1581 chr17 12410555 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.010837;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1
1582 chr17 12828028 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.037417;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,6:6,5:4,1
1583 chr17 13045725 . GA G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00055029;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:16,6:15,5
1584 chr17 13396788 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=6.7231e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:5,8:14,5
1585 chr17 14186986 . T G 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.21212;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:4,3:2,2:2,1
1586 chr17 15585912 . A G 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.041058;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:20,2:16,2
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1660 chr17 59999606 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.037566;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:7,2:11,6
1661 chr17 62021134 . C A 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.018274;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:34,3:19,5
1662 chr17 62316628 . C CAAA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,6:5,5:7,1
1663 chr17 62457987 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.027098;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:38,7:16,6:22,1
1664 chr17 64048951 . G A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=8.6716e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:14,5:15,9
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1666 chr17 64916942 . CAA C 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:26,8:6,3
1667 chr17 65346040 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.008934;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,7:16,2:3,5
1668 chr17 65639836 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:9,4:5,1
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1670 chr17 67300610 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=8.6693e-08;SS=2;SSC=70;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:9,10:12,9
1671 chr17 69177955 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055138;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,4:5,3:2,1
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1696 chr17 77334421 . CA C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.037837;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,7:13,3
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1722 chr18 9645519 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.7753e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:20,16:14,7:6,9
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1745 chr18 15595349 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:2,3:7,2
1746 chr18 15601574 . G C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.049775;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:28,11:10,5:18,6
1747 chr18 15647625 . C A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.14143;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:15,4:0,0
1748 chr18 15659226 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.054264;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2
1749 chr18 15659867 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.019899;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,4:7,2
1750 chr18 15689453 . GC G 0 PASS DP=282;GPV=1;SPV=0.016853;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:140,16:35,12:105,4
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1754 chr18 16047156 . C G 0 PASS DP=152;GPV=1;SPV=0.025835;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:69:55,13:35,9:20,4
1755 chr18 16855255 . T C 0 PASS DP=171;GPV=1;SPV=0.033504;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:74,14:31,2:43,12
1756 chr18 17261111 . G T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0
1757 chr18 17415801 . C T 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.030376;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:36,12:14,5:22,7
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1793 chr18 53663093 . C A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.02021;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2
1794 chr18 55511329 . T TAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,6:13,5:4,1
1795 chr18 55866048 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=8.8861e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:8,10:15,4
1796 chr18 56379548 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:1,8:3,1
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1800 chr18 61780003 . A ACACC 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.17857;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,3:0,1:2,2
1801 chr18 61971779 . A ATT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.046785;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,5:11,4
1802 chr18 62951812 . AT A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.044481;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:9,7:13,3
1803 chr18 62993737 . G GGTGT 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0046122;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:18,8:9,7
1804 chr18 63050845 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.14757;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:9,4:8,2:1,2
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1806 chr18 64955064 . T A 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=1.4977e-06;SS=2;SSC=58;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:33,20:16,7:17,13
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1811 chr18 66111606 . AG A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0098105;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,5:5,1:2,4
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1813 chr18 67746907 . C CA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0017074;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:9,5:6,2
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1817 chr18 70211425 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.016051;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:15,5:2,3
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1820 chr18 74229041 . CAA C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0096376;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:15,11:10,5
1821 chr18 74276528 . G GCACA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0090069;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,9:11,6:2,3
1822 chr18 74616946 . ACCACACG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.06407;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,2:15,3
1823 chr18 75406241 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=3.9474e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:31,16:8,10:23,6
1824 chr18 76764892 . GT G 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1
1825 chr18 79340984 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.034849;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:9,1:22,3
1826 chr18 79479582 . G T 0 PASS DP=115;GPV=1;SPV=3.6015e-07;SS=2;SSC=64;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:40,20:19,8:21,12
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1829 chr19 236375 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0076814;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,6:8,1
1830 chr19 351062 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.26815;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,3:8,2:10,1
1831 chr19 718514 . C T 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.00102;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:17,4:19,5
1832 chr19 735177 . G A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.067288;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2
1833 chr19 1780973 . T TAAAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:13,3:7,5
1834 chr19 2349302 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10021;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:4,1:9,3
1835 chr19 2707883 . A C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=2.2804e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:18,20:12,13:6,7
1836 chr19 3078048 . GAAGA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.080354;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:19,2:7,2
1837 chr19 3078056 . A G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:22,2:11,2
1838 chr19 3815759 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0004679;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:9,9:12,6
1839 chr19 3885109 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.13077;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,5:12,4:5,1
1840 chr19 3977414 . C T 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.0055282;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:46,7:29,3:17,4
1841 chr19 4737346 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.22727;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:0,0:4,2
1842 chr19 5409321 . A T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.012883;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:13,6:9,5
1843 chr19 5477430 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:5,3:5,1:0,2
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1878 chr19 22984571 . AAAAAATAC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020382;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:14,4:9,3
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1917 chr19 47064721 . T TA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0025984;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:7,5:11,8
1918 chr19 47300513 . T TTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:4,1:11,3
1919 chr19 47707784 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00025886;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,16:6,13:4,3
1920 chr19 47840703 . C CTTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044583;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:8,2:6,5
1921 chr19 47841571 . A AT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,2:11,2
1922 chr19 47953157 . A C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.043478;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:15,4:15,6
1923 chr19 48153773 . C CACACACACACTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013014;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,7:3,1:7,6
1924 chr19 48521892 . G GTCTCTCTC 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.094721;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:1,2:14,2
1925 chr19 48648203 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:11,9:4,2
1926 chr19 48664051 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.4081e-08;SS=2;SSC=76;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:25,26:15,17:10,9
1927 chr19 48710414 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015942;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,4:0,1
1928 chr19 50452504 . G GTATCTATC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.031844;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,9:9,6:11,3
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2001 chr2 44805528 . G GC 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=4.6364e-06;SS=2;SSC=53;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:31,15:14,7:17,8
2002 chr2 45414714 . GTATA G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.060943;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:42,6:27,3:15,3
2003 chr2 45418677 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:29:1,4:1,2:0,2
2004 chr2 45877089 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.25496;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:27,4:17,1:10,3
2005 chr2 46004180 . C G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=5.3433e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:12,2:12,9
2006 chr2 46607781 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=3.2598e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:23,23:17,14:6,9
2007 chr2 46944430 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0001796;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:9,6:12,7
2008 chr2 47900609 . C CACACGT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:1,3:8,2
2009 chr2 48059603 . A ATTTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.026073;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,5:7,3:5,2
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2013 chr2 54087912 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.028571;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,3:0,1:0,2
2014 chr2 54753664 . T G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:6,2:2,1:4,1
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2101 chr2 93219004 . T C 0 PASS DP=231;GPV=1;SPV=0.019646;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:127:108,19:36,8:72,11
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2139 chr2 116976996 . G GTATATATATA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0072004;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4
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2149 chr2 125776549 . A ATTTATTTATTTATTTG 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.029853;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:16,9:11,1
2150 chr2 127252159 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.03908;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1
2151 chr2 128816521 . ATATATAATATG A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.083396;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:10,3:10,3
2152 chr2 129272202 . A C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,2:1,1:1,1
2153 chr2 130031192 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00021386;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:14,7:14,5
2154 chr2 131270314 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.0091489;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:19,6:17,3
2155 chr2 131318005 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=5.7314e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:16,9:10,10
2156 chr2 131357474 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.022225;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,6:8,3
2157 chr2 131945583 . A G 0 PASS DP=104;GPV=1;SPV=0.037818;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:48,10:34,8:14,2
2158 chr2 132016825 . TACA T 0 PASS DP=368;GPV=1;SPV=0.023337;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:199:165,34:84,24:81,10
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2161 chr2 133177183 . T TATATATATAC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,4:11,3:11,1
2162 chr2 134869706 . G GTA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.015231;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,6:6,3
2163 chr2 135619021 . C CAA 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.026092;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:21,7:9,6:12,1
2164 chr2 135975753 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0044346;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:12,9:10,8:2,1
2165 chr2 136760923 . A G 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=4.0612e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:11,5:13,14
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2167 chr2 140228200 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,5:13,1:5,4
2168 chr2 140228202 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.14178;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,5:14,1:4,4
2169 chr2 140228204 . T TATATATTC 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,4:13,1:5,3
2170 chr2 140228419 . AATAT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.013346;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,10:8,3
2171 chr2 142111478 . A C 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.889e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,18:15,7:14,11
2172 chr2 144394989 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:8,3:1,1
2173 chr2 144663035 . GTTTATGAAGATGCAAAGTCACATGGCAAATTATCAATATTT G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030046;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:4,4:6,3
2174 chr2 146287171 . C CT 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=2.4395e-06;SS=2;SSC=56;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:18,14:8,7:10,7
2175 chr2 146566577 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.019062;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:16,2:18,4
2176 chr2 147035532 . GAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.027191;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,6:8,5:1,1
2177 chr2 147611680 . A G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=6.7474e-07;SS=2;SSC=61;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:26,18:14,12:12,6
2178 chr2 148294505 . T G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.1114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,2:6,4
2179 chr2 150205885 . C CA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,5:7,4:6,1
2180 chr2 151133461 . AGAAAGAAG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.13357;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,4:15,2:7,2
2181 chr2 152719764 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.072331;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,2:18,2
2182 chr2 152923482 . A ATTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:3,1:2,3
2183 chr2 153089504 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0039417;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:16,4:25,5
2184 chr2 154939176 . A ATATATT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.028708;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:5,1:1,3
2185 chr2 154939185 . T A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:4,1:2,4
2186 chr2 155754615 . T TAAATAAAATA 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.0090863;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:29,16:13,10:16,6
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2258 chr2 225758347 . CGTGGTGGCGGG C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00082087;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:18,8:6,3
2259 chr2 226041206 . C A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0038251;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:13,3:30,6
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2261 chr2 227745978 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:28:0,2:0,1:0,1
2262 chr2 227762536 . T TCTTTC 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:1,2:0,1:1,1
2263 chr2 228092463 . TGTGCC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,1:5,4
2264 chr2 228271845 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=4.2648e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:25,19:12,11:13,8
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2266 chr2 228505700 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.6974e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:15,11:12,2
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2268 chr2 229762700 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=2.7847e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:38,19:25,5:13,14
2269 chr2 229938845 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.16375;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:17,2:12,2
2270 chr2 231692705 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019794;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:19,3:9,3
2271 chr2 231848489 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:8,4:9,1
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2346 chr20 31070023 . G A 0 PASS DP=131;GPV=1;SPV=0.0041726;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:26,10:17,6
2347 chr20 31070181 . G T 0 PASS DP=149;GPV=1;SPV=0.0078692;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:56,15:29,7:27,8
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2430 chr21 8881102 . AC A 0 PASS DP=367;GPV=1;SPV=0.0046877;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:195:170,25:118,17:52,8
2431 chr21 9000317 . A T 0 PASS DP=382;GPV=1;SPV=0.022287;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:202:178,24:94,15:84,9
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2435 chr21 9001046 . A G 0 PASS DP=364;GPV=1;SPV=0.033603;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:196:174,22:73,4:101,18
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2439 chr21 9033212 . G A 0 PASS DP=434;GPV=1;SPV=0.0085647;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:204,23:102,15:102,8
2440 chr21 9043378 . G A 0 PASS DP=498;GPV=1;SPV=0.0059937;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:253:217,36:106,20:111,16
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2596 chr22 11910108 . C T 0 PASS DP=508;GPV=1;SPV=0.044125;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:279:249,30:105,14:144,16
2597 chr22 11919665 . G A 0 PASS DP=689;GPV=1;SPV=0.044565;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:365:319,46:163,26:156,20
2598 chr22 11949405 . A T 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.023767;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:53,9:33,8:20,1
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2603 chr22 12141119 . T C 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.0016122;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:126:112,14:41,6:71,8
2604 chr22 12141913 . T A 0 PASS DP=175;GPV=1;SPV=0.035797;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:101:90,11:37,8:53,3
2605 chr22 12150278 . A T 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.03149;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:131:107,14:36,6:71,8
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2668 chr22 33220224 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.4311e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:10,11:20,8
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2673 chr22 34437204 . GA G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.0526e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:11,8:10,7
2674 chr22 34664854 . A AT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00025582;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,10:8,8:7,2
2675 chr22 35875607 . GGTGT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,5:5,3:6,2
2676 chr22 36210011 . C T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=6.4115e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:14,7:10,7
2677 chr22 36251070 . C CA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.019126;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,8:17,7:4,1
2678 chr22 36354956 . A AACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.11312;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:14,4:16,1
2679 chr22 37711592 . AC A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.010299;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,8:7,6:12,2
2680 chr22 37728262 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:5,2:2,1:3,1
2681 chr22 38478534 . C CA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0093932;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,10:4,4:7,6
2682 chr22 39620766 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.16591;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:24,4:13,2:11,2
2683 chr22 40145067 . C CAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.041183;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,8:9,7:11,1
2684 chr22 41033338 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.013602;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:16,5:12,8
2685 chr22 41066798 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=2.8289e-08;SS=2;SSC=75;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:21,22:14,12:7,10
2686 chr22 41357774 . G A 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=6.1491e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:37,14:16,8:21,6
2687 chr22 41457120 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.012882;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:6,6:3,1
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2689 chr22 41864326 . T A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.01192;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:9,8:5,6:4,2
2690 chr22 42666228 . C CAA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,13:11,11:5,2
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2714 chr3 20856087 . CCAGAGT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.023613;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:9,5:3,1
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2716 chr3 20988867 . CTT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.017612;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,8:8,4:6,4
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2719 chr3 22530753 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1
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2724 chr3 24787864 . TATACAC T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.041843;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:13,6:10,5
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2727 chr3 27587474 . A AT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=3.7952e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:5,9:12,4
2728 chr3 28015880 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12846;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:6,1:5,3
2729 chr3 29435973 . C CAA 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00034388;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,18:12,15:18,3
2730 chr3 30186088 . T TTAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.088833;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,1:19,3
2731 chr3 33434289 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,1:2,3
2732 chr3 34654288 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.080042;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:0,0:18,4
2733 chr3 36918610 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.030957;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:10,4:7,1
2734 chr3 38033298 . A ATTT 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.045792;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:2,4:10,3
2735 chr3 38259441 . CAT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.20798;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:5,4:3,1
2736 chr3 38759067 . C T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0035502;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:33,9:16,5:17,4
2737 chr3 39512143 . G C 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.0027042;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:43,10:27,4:16,6
2738 chr3 42271566 . C T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.6217e-08;SS=2;SSC=74;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:17,18:11,10:6,8
2739 chr3 42427757 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0059941;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:14,9:8,7:6,2
2740 chr3 44191534 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,4:8,2:4,2
2741 chr3 45205918 . CATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.02087;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3
2742 chr3 46699060 . A ATT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0037707;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:3,7:2,5:1,2
2743 chr3 47316564 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3
2744 chr3 47539503 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.10559;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:19,2:13,2
2745 chr3 47650304 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.069378;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2
2746 chr3 47708086 . T TTTTTC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1
2747 chr3 47769210 . C CCA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024224;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,5:2,4:6,1
2748 chr3 48100231 . A ATTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.0012432;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:1,7:0,4:1,3
2749 chr3 48825028 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.022489;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,5:4,2
2750 chr3 49145119 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:3,4:10,1
2751 chr3 49564269 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=2.295e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:26,21:17,11:9,10
2752 chr3 50729353 . TTA T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.053325;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:24,3:17,3
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2755 chr3 51777374 . A AACACAC 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.032319;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,10:13,6:10,4
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2757 chr3 53316596 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.04469;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:6,10:3,5:3,5
2758 chr3 53555439 . T TGG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,4:14,2:7,2
2759 chr3 55589215 . C CA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.13408;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:12,3:7,1
2760 chr3 57649530 . T TA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0026369;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:9,6:8,7
2761 chr3 59646497 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:2,4:3,1
2762 chr3 64193563 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.0579e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:26,12:13,6:13,6
2763 chr3 66941692 . TCTAG T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.017873;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,6:10,4:4,2
2764 chr3 67679793 . T TA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,7:3,6:3,1
2765 chr3 68148279 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.8779e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:25,21:13,12:12,9
2766 chr3 69656637 . TGTGCAACA T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=3.2589e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:12,4:11,9
2767 chr3 73162166 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0034955;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:16,14:7,9:9,5
2768 chr3 74233543 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=5.8154e-07;SS=2;SSC=62;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:17,14:6,7:11,7
2769 chr3 75443072 . CATATATAT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.056191;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:10,7:5,3:5,4
2770 chr3 75466093 . TTCTCTC T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049667;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:13,7:9,6:4,1
2771 chr3 75544518 . T TA 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030143;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,3:4,5
2772 chr3 75630855 . T C 0 PASS DP=432;GPV=1;SPV=0.0086559;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:227:193,34:89,14:104,20
2773 chr3 75636215 . TTTACA T 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.00073785;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:34,18:23,7:11,11
2774 chr3 75799240 . G A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.043876;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:73:65,8:37,6:28,2
2775 chr3 76160831 . A G 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00040665;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:15,4:18,8
2776 chr3 76603332 . CAAAAAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:6,3:6,1
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2852 chr3 126807268 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=1.0613e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:10,8:4,5
2853 chr3 133107455 . G GGT 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0033467;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,8:9,4:5,4
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2941 chr4 4857672 . G A 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.023724;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:18,5:21,2
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2945 chr4 7525810 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.022074;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,1:4,3
2946 chr4 7862415 . C G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,2:6,2:0,0
2947 chr4 8823593 . CAAAAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.010536;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:2,5:7,1
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3032 chr4 51482938 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.17143;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2
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3100 chr4 128112466 . A AT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.022704;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,3:3,2
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3103 chr4 130205019 . C A 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=1.7469e-08;SS=2;SSC=77;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:31,26:16,13:15,13
3104 chr4 130270827 . G GT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,5:1,4:7,1
3105 chr4 130854009 . T A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00013424;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:17,11:16,4
3106 chr4 131135835 . G GCACACA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.045915;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,10:10,8:11,2
3107 chr4 131740266 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.004483;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:2,2:9,4
3108 chr4 132831138 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00029821;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:18,6:14,6
3109 chr4 132902637 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.060413;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,4:5,1
3110 chr4 133496249 . TATATAC T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037594;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1
3111 chr4 134641189 . A G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.010272;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:15,7:10,3
3112 chr4 134956521 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,1:12,3
3113 chr4 137022669 . G GA 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.040564;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:21,5:6,2
3114 chr4 138854401 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.22535;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:26,3:11,2:15,1
3115 chr4 138923840 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11029;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:4,2:2,1:2,1
3116 chr4 140614921 . CA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0095364;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,9:11,6:2,3
3117 chr4 140983742 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0014575;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:11,4:10,4
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3185 chr5 1047356 . ATGAG A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0033308;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,13:7,4:6,9
3186 chr5 1238415 . G GA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:13,2:9,2
3187 chr5 2124221 . G A 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=6.3214e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:9,9:26,5
3188 chr5 2406565 . CT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0062506;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:6,2:7,3
3189 chr5 3961564 . T C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.0255e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:30,14:11,10:19,4
3190 chr5 4064997 . A C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:36:0,2:0,2:0,0
3191 chr5 5610645 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.16368;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:4,1:23,2
3192 chr5 5816583 . ATG A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:6,2:2,8
3193 chr5 7372251 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.083867;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,4:14,1
3194 chr5 8775499 . CTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010145;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:1,4:7,2
3195 chr5 9186029 . T G 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=3.4522e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:30,19:14,8:16,11
3196 chr5 9581458 . C T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=1.4522e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:10,4:16,11
3197 chr5 9761414 . GA G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021052;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:26,7:20,5:6,2
3198 chr5 10733208 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.012681;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:11,10:2,3:9,7
3199 chr5 13816555 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0023514;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,9:10,1
3200 chr5 14609621 . ATTTTTTTTTT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:6,4:1,3
3201 chr5 14878438 . ATTT A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0014893;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,11:7,9:6,2
3202 chr5 15089076 . G T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.00062483;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:16,6:13,3
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3246 chr5 52891262 . C CTT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.025265;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,9:8,7:5,2
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3279 chr5 83737041 . T TAGAGAG 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:5,2:7,2
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3282 chr5 85396299 . C T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=3.295e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:14,3:11,10
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3287 chr5 95078039 . C CATGTATCTGTCT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.13473;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2
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3339 chr5 142608583 . TACAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,3:0,1:3,2
3340 chr5 144047478 . G A 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=2e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:24,17:11,13:13,4
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3344 chr5 146438006 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,2:4,2
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3348 chr5 148979723 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=1.0446e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:10,11:13,4
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3360 chr5 161336814 . C CAA 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0013479;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,11:12,8:9,3
3361 chr5 161509760 . C T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=1.1149e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:21,19:11,9:10,10
3362 chr5 161829603 . AAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAC A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.048922;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,5:8,4:12,1
3363 chr5 164130085 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.010394;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,9:1,6:3,3
3364 chr5 164995450 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.042605;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:8,5:13,4
3365 chr5 165021986 . AATAT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.072149;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:10,4:3,1
3366 chr5 166028483 . CT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0014035;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:6,9:18,3
3367 chr5 167872316 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,2:0,1:0,1
3368 chr5 168703226 . T TTG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,4:7,2:7,2
3369 chr5 168714743 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=2.2297e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:28,17:12,9:16,8
3370 chr5 169137303 . CAT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,2:4,1:0,1
3371 chr5 169189527 . GATATATATATATAT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,4:8,3:3,1
3372 chr5 171562612 . T TATATAA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01393;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:6,3:7,3
3373 chr5 171562655 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0047113;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:1,3:3,5
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3450 chr6 65737373 . T C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.035086;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,6:11,3:11,3
3451 chr6 65737415 . T TATAC 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,4:12,2:16,2
3452 chr6 67213948 . GATAT G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.060034;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,4:9,2:15,2
3453 chr6 68471407 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.065934;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:2,1:0,1
3454 chr6 70113842 . CTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.066203;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,5:3,2
3455 chr6 70831938 . A T 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.00070294;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:29,9:21,4:8,5
3456 chr6 72549326 . A G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0084228;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:36,8:18,4:18,4
3457 chr6 72941373 . TTTCCTCC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:4,2:0,0:4,2
3458 chr6 73034859 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.10966;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:15,3:11,1
3459 chr6 73573302 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=1.6753e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:9,11:14,7
3460 chr6 75046689 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:5,2:2,1:3,1
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3535 chr6 161516848 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.23684;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:8,2:3,1:5,1
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3597 chr7 30126168 . C CAGGCTTGTGTGAAGGCCCTGA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.018715;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,2:9,7
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3614 chr7 46494124 . CA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0041535;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,8:8,7:1,1
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3617 chr7 48779323 . C T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0040452;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,5:12,2
3618 chr7 50125285 . CACAT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.23279;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:22,3:13,2:9,1
3619 chr7 50125311 . C T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22793;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:14,2:6,1
3620 chr7 52119708 . C G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,4:21,1:3,3
3621 chr7 52960966 . A G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1
3622 chr7 53352375 . C T 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=1.9877e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:29,30:17,16:12,14
3623 chr7 53511530 . C CT 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=3.6174e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,12:11,8:14,4
3624 chr7 53725863 . T C 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=1.6173e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:32,14:20,7:12,7
3625 chr7 54140025 . G A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=7.4436e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:36,14:21,10:15,4
3626 chr7 54464390 . C A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=2.6047e-06;SS=2;SSC=55;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:23,21:8,14:15,7
3627 chr7 55783389 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0054024;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,7:8,5:8,2
3628 chr7 56127231 . C CA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0011989;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,10:4,7:3,3
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3630 chr7 56638434 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=3.2896e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:18,17:7,13:11,4
3631 chr7 56836506 . T A 0 PASS DP=92;GPV=1;SPV=0.038534;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:37,8:21,4:16,4
3632 chr7 58080955 . G A 0 PASS DP=316;GPV=1;SPV=0.032754;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:158,23:92,16:66,7
3633 chr7 59230222 . C T 0 PASS DP=616;GPV=1;SPV=0.02511;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:343:302,41:188,22:114,19
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3881 chr8 71712677 . A T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,2:4,2
3882 chr8 73007093 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0039926;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,7:7,4:5,3
3883 chr8 73996368 . CATTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.024823;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:5,1:14,4
3884 chr8 74872603 . G T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00035827;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:17,8:14,2
3885 chr8 76922395 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024348;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,1:4,2
3886 chr8 77520698 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.46154;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:7,2:3,1:4,1
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3890 chr8 81908285 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=3.3703e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:15,9:12,7
3891 chr8 82217222 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.067367;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:16,6:5,1:11,5
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3969 chr9 5131435 . A ATTTTTTTT 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.066061;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:28,6:17,4:11,2
3970 chr9 10065141 . T TAGAAAGAAAGAAAGAAAGAA 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.012389;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,8:12,4:11,4
3971 chr9 10908115 . C T 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=2.1076e-06;SS=2;SSC=56;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:27,19:18,10:9,9
3972 chr9 11546252 . GT G 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=3.0028e-06;SS=2;SSC=55;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:39,17:18,9:21,8
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3975 chr9 13981005 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.13232;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,1:20,3
3976 chr9 14825488 . CAA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.005418;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,1:2,5
3977 chr9 17996165 . AT A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=8.9651e-09;SS=2;SSC=80;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:13,24:11,12:2,12
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4063 chr9 60569052 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066077;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:8,3:14,2
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4225 chrX 8388917 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.13316;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3
4226 chrX 9411334 . T G 0 PASS DP=267;GPV=1;SPV=0.031284;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:138:119,19:56,12:63,7
4227 chrX 9792178 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.03024;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2
4228 chrX 11320766 . T TAC 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.025477;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,5:9,5
4229 chrX 11323811 . G C 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=1.2794e-07;SS=2;SSC=68;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:20,21:13,9:7,12
4230 chrX 12773205 . C A 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=1.0504e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:32,16:14,8:18,8
4231 chrX 14223751 . CA C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0009678;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,2:8,7
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4236 chrX 17977306 . CT C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.00057277;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:11,8:7,3
4237 chrX 18844332 . T G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.062923;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:19,3:20,2
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4311 chrX 87234360 . TACATATATATTATATATAC T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,2:4,3
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4391 chrX 137523728 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=2.5625e-10;SS=2;SSC=95;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:17,23:10,13:7,10
4392 chrX 139523037 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00025079;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:12,4:7,5
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4394 chrX 142287597 . T C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.9669e-07;SS=2;SSC=67;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:19,22:12,9:7,13
4395 chrX 142551074 . A ATATG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.031028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2
4396 chrX 143600240 . C CA 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00047367;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:13,5:18,6
4397 chrX 143631629 . A T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=8.729e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:20,13:9,7:11,6
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4400 chrX 144848827 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=1.3393e-05;SS=2;SSC=48;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:11,7:12,7
4401 chrX 144878667 . C CT 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0057228;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:6,16:1,12:5,4
4402 chrX 145173170 . AAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.047988;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:10,3:11,2
4403 chrX 145612584 . C T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.0017437;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:20,3:19,6
4404 chrX 145938390 . A ATGTGTG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.015839;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:22,11:16,8:6,3
4405 chrX 146835816 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.14626;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,4:13,2:4,2
4406 chrX 146972101 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.03614;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:43,9:26,1:17,8
4407 chrX 147512886 . TTACACATTGTAATACACATTGCAATACAA T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.036707;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,2:16,2
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4409 chrX 148430035 . TATATAATATATAAATATATTATATATTATATAA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.094639;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:6,4:11,1
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4429 chrY 11479240 . G A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.082353;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:1,2:4,1
4430 chrY 56827498 . A G 0 PASS DP=301;GPV=1;SPV=0.0040244;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:154:132,22:54,7:78,15
4431 chrY 56864133 . A G 0 PASS DP=616;GPV=1;SPV=0.0023512;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:342:293,49:163,26:130,23
4432 chrY 56881916 . T C 0 PASS DP=172;GPV=1;SPV=0.043553;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:92:81,11:35,6:46,5