Mercurial > repos > artbio > mutational_patterns

comparison test-data/I.vcf @ 2:aea952be68cb draft

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"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/mutational_patterns commit cd8f633245d53cf47eaf860a4e0ae8d806c34419"
author artbio
date Wed, 16 Sep 2020 22:58:28 +0000
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equal deleted inserted replaced
1:921c1f55481d 2:aea952be68cb
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2 ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
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5 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
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30 ##filter="SOMATIC"
31 ##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL">
32 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases">
33 ##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation">
34 ##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)">
35 ##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value">
36 ##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls">
37 ##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls">
38 ##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
39 ##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position">
40 ##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads">
41 ##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05">
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48 ##FILTER=<ID=Strand,Description="Strand representation of variant reads < 0.01">
49 ##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90">
50 ##FILTER=<ID=RefReadPos,Description="Relative average read position < 0.1">
51 ##FILTER=<ID=RefDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1">
52 ##FILTER=<ID=RefMapQual,Description="Average mapping quality of reference reads < 15">
53 ##FILTER=<ID=RefBaseQual,Description="Average base quality of ref-supporting reads < 15">
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55 ##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50">
56 ##FILTER=<ID=MinMMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) < 50">
57 ##FILTER=<ID=MapQualDiff,Description="Mapping quality difference (ref - var) > 50">
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60 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code">
61 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality">
62 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth">
63 ##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele">
64 ##FORMAT=<ID=ADF,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the forward strand">
65 ##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand">
66 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT TUMOR
67 chr1 269731 . G T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.016586;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,7:9,2:16,5
68 chr1 271443 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0016182;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:27,11:15,4:12,7
69 chr1 1248267 . A AC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.14221;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:6,1:17,3
70 chr1 2020828 . A C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00080797;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:13,4:12,7
71 chr1 2085733 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.012493;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:16,2:18,5
72 chr1 2348700 . C T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0026931;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:5,6:9,5
73 chr1 2366985 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.034197;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:13,3:13,3
74 chr1 2658795 . A T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0
75 chr1 2672087 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.11845;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:12,3:17,2
76 chr1 3668055 . C A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.00031346;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:10,5:9,8
77 chr1 4066911 . A ACT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:5,3:4,3
78 chr1 4111429 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0011142;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,8:14,6:10,2
79 chr1 4206589 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00094617;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:33,15:17,7:16,8
80 chr1 6498731 . TACGGG T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00022147;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:13,4:12,6
81 chr1 8327243 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.8465e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:11,10:13,4
82 chr1 8556639 . A G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.000154;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:10,3:10,6
83 chr1 9108397 . G T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.025922;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2
84 chr1 10758330 . T C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,7:14,4:3,3
85 chr1 10791081 . C CA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:14,2:6,3
86 chr1 10964151 . G A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00022074;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:13,7:10,6
87 chr1 11877601 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0019011;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:24,9:10,3:14,6
88 chr1 12888921 . T TCC 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:8,3:6,2
89 chr1 12938147 . C A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.049083;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:15,1:16,8
90 chr1 13070264 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:8,2:14,2
91 chr1 13369246 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.045787;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:12,5:15,4
92 chr1 13597732 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0010783;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:14,6:7,5
93 chr1 14557666 . G GTGTGGT 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:14,2:13,2
94 chr1 14883334 . G A 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,3:2,2:3,1
95 chr1 15206627 . T TGTGTTTAGGAATCGGGTGAGTTTA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0062786;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:5,6:14,4
96 chr1 16180433 . A C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.27778;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:3,2:2,1:1,1
97 chr1 16356168 . C CT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.035315;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:11,2:4,6
98 chr1 16408869 . CAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.010143;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,8:7,7:1,1
99 chr1 16509718 . T A 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.026634;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:60,17:33,8:27,9
100 chr1 16509719 . C A 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.039535;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:76:59,17:32,8:27,9
101 chr1 16512994 . A G 0 PASS DP=119;GPV=1;SPV=0.0097219;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:63:46,17:19,8:27,9
102 chr1 16513547 . G A 0 PASS DP=216;GPV=1;SPV=0.044761;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:130:114,16:61,7:53,9
103 chr1 16513636 . C T 0 PASS DP=178;GPV=1;SPV=0.010031;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:102:80,22:43,10:37,12
104 chr1 16564382 . G C 0 PASS DP=264;GPV=1;SPV=0.037792;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:156:134,22:85,12:49,10
105 chr1 16601216 . C A 0 PASS DP=226;GPV=1;SPV=0.018555;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:129:103,26:39,14:64,12
106 chr1 16725350 . C T 0 PASS DP=273;GPV=1;SPV=0.0084694;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:157:130,27:60,9:70,18
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108 chr1 16947468 . C CAAT 0 PASS DP=94;GPV=1;SPV=0.041416;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:17,4:24,5
109 chr1 17357944 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,1:7,3
110 chr1 17444539 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:12,8:4,6:8,2
111 chr1 17524364 . T TACAC 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,6:3,5:3,1
112 chr1 18060769 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.034015;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:11,8:7,4
113 chr1 18273462 . C CTCTT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040038;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:2,5:7,1
114 chr1 18474502 . G GTC 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.14244;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,5:16,3:23,2
115 chr1 20011131 . C CA 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.015316;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:9,8:16,2
116 chr1 20035496 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00017262;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:12,7:13,6
117 chr1 20668564 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=5.9655e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:23,14:9,8:14,6
118 chr1 21214809 . C CT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.00085614;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:9,15:5,11:4,4
119 chr1 22069170 . CTTTT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:2,2:2,3
120 chr1 23142700 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:1,2:0,1:1,1
121 chr1 23992096 . T TTTC 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0016669;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:5,7:9,6
122 chr1 24017891 . T G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:3,3:5,1
123 chr1 24196544 . A C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:0,2:0,2:0,0
124 chr1 24553122 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.021038;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2
125 chr1 27489252 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,5:2,4:4,1
126 chr1 27666312 . A AAT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
127 chr1 28658736 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.022713;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:13,5:11,2
128 chr1 30487019 . C CAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,9:5,7:4,2
129 chr1 31251996 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.090497;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:3,4:20,1
130 chr1 31552470 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00017822;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:19,10:8,2
131 chr1 32093399 . CT C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:1,2:4,2
132 chr1 32753269 . G C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0057147;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,16:11,11:2,5
133 chr1 32976485 . A AACACACACAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,5:6,2:2,3
134 chr1 33052839 . T TG 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:21,3:6,1
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162 chr1 56118818 . CAAATAAAATA C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014795;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:11,3:11,6
163 chr1 57153623 . GT G 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.077619;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:39,5:23,1:16,4
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172 chr1 64016839 . G A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040129;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:11,8:9,7
173 chr1 65472411 . A AACACACACACACACACACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.12189;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:6,1:14,4
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184 chr1 69778971 . T TACACACAC 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:8,2:4,2
185 chr1 70264475 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:3,8:5,1
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187 chr1 70981320 . CTTCTTTCT C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.015561;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,8:0,1:9,7
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189 chr1 72831384 . A T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00046753;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:11,4:14,7
190 chr1 73957635 . C T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.010972;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:30,7:5,3
191 chr1 75795181 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,4:5,3:4,1
192 chr1 75840369 . GGGACATGGATGAAATT G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.037594;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1
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195 chr1 76202268 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.070566;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,6:11,2:9,4
196 chr1 76936953 . G GGCGTGTGTGTGTGTGT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014907;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:6,4:1,1
197 chr1 77423219 . T TAA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:2,6:3,1
198 chr1 78025354 . GA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0013772;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,15:6,12:3,3
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200 chr1 79093208 . C CTGTG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,4:9,3:7,1
201 chr1 79919640 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.010374;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:5,3:4,6
202 chr1 80114791 . A AT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.01018;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:13,6:5,5
203 chr1 81343072 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:4,5:9,1
204 chr1 81557460 . A AAAGAAAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.046752;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,7:7,4:6,3
205 chr1 82163900 . CAATA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.008557;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:6,7:8,5
206 chr1 83122032 . TTGTGTG T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.045217;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,6:7,4:3,2
207 chr1 83892925 . AAAG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,4:5,3:10,1
208 chr1 84508565 . G T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.044393;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:30,7:18,5:12,2
209 chr1 85084250 . GTATA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.012384;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:3,10:1,8:2,2
210 chr1 85996536 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.008646;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:4,4:9,4
211 chr1 88539041 . ATGTGTG A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,4:1,4:0,0
212 chr1 90378989 . AC A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.049659;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,1:13,4
213 chr1 90522609 . G GATAA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0008665;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,11:10,8:11,3
214 chr1 90826152 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.036825;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,13:4,9:8,4
215 chr1 90826155 . T TACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,9:4,6:6,3
216 chr1 90891794 . C CG 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.049536;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:0,4:4,1
217 chr1 91929065 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.25989;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:10,2:15,2
218 chr1 91958214 . C CTTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.03148;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,9:5,5:11,4
219 chr1 92586588 . G GTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,8:2,4:2,4
220 chr1 96450604 . CAA C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.12042;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,7:12,3:4,4
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222 chr1 97735685 . CATAA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040656;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:8,5:7,1
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236 chr1 107813967 . AGT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0070965;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,8:5,4:2,4
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238 chr1 109654189 . AG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:10,4:1,0
239 chr1 109654217 . G A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.024318;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:11,7:0,1
240 chr1 110568000 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0016408;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:17,5:8,4
241 chr1 110800558 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.00069928;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:10,4:11,7
242 chr1 111065378 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.00095261;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:2,9:0,7:2,2
243 chr1 111760000 . T A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.29181;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:5,2:10,3
244 chr1 112446195 . T TG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,10:6,3
245 chr1 112839632 . CA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0064568;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,5:4,4
246 chr1 112887304 . G GT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0012521;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:10,18:3,9:7,9
247 chr1 113329679 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0084152;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,4:15,5
248 chr1 113416037 . TA T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12491;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:8,3:13,1
249 chr1 113416042 . A ATG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:8,3:13,2
250 chr1 113826659 . AT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.0069323;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:2,3:2,5
251 chr1 114023627 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0027946;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,3:11,6
252 chr1 114711520 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0018005;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:11,6:8,7
253 chr1 115973951 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:1,2:0,1:1,1
254 chr1 116760187 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0003213;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:8,3:8,6
255 chr1 118165645 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.085139;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:1,3:6,1
256 chr1 118318922 . ATAACATAGATATTATATATATAAC A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.020516;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,11:14,3:10,8
257 chr1 118318948 . T C 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.026312;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:21,11:13,3:8,8
258 chr1 119480464 . G GGAAT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1
259 chr1 120133006 . T C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.026923;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:11,6:15,5
260 chr1 120214625 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.041254;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:8,3:10,3
261 chr1 120223626 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.03602;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:7,5:4,1
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263 chr1 120516328 . CTCGAACACCTGACCTCAGG C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00055646;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,12:5,4:8,8
264 chr1 120677169 . T A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.034767;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:7,6:6,2
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266 chr1 120813144 . G T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:11,3:9,1
267 chr1 120933113 . G T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:7,2:5,2
268 chr1 120999034 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.075059;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:11,2:6,4
269 chr1 121014916 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.021449;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,12:7,10:0,2
270 chr1 121142206 . G GTGTTGCATCTAATGCA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.027219;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:11,6:3,1
271 chr1 121300216 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:7,1:4,3
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273 chr1 121632493 . G C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.046332;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:9,3:5,1
274 chr1 121633993 . C A 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.061867;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:22,3:22,3
275 chr1 121724458 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0047006;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:16,6:1,1
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277 chr1 121765204 . T C 0 PASS DP=128;GPV=1;SPV=0.021678;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:44,13:19,4:25,9
278 chr1 121825757 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4
279 chr1 122055311 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.016999;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,4:2,2
280 chr1 122126906 . T A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2
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292 chr1 124864443 . T G 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.034057;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:35,8:31,3:4,5
293 chr1 124872309 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057743;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:4,3:10,2
294 chr1 125105666 . G C 0 PASS DP=194;GPV=1;SPV=0.027872;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:103,19:65,12:38,7
295 chr1 125115225 . A G 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.037748;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:60,7:43,6:17,1
296 chr1 125115420 . A AC 0 PASS DP=143;GPV=1;SPV=0.013226;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:80:70,10:27,4:43,6
297 chr1 125115460 . G A 0 PASS DP=145;GPV=1;SPV=0.016349;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:78:69,9:27,3:42,6
298 chr1 125145353 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.14384;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:15,2:21,2
299 chr1 125183528 . T C 0 PASS DP=13535;GPV=1;SPV=0.00028913;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:7135:6347,761:6156,122:191,639
300 chr1 143186576 . G T 0 PASS DP=306;GPV=1;SPV=0.022409;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:178:159,19:107,15:52,4
301 chr1 143186698 . G C 0 PASS DP=380;GPV=1;SPV=0.016502;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:221:195,26:35,6:160,20
302 chr1 143199058 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.05461;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:6,3:14,1
303 chr1 143354257 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3
304 chr1 143507941 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.075102;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:4,1:21,3
305 chr1 143691034 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.20161;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:22,2:6,2
306 chr1 143749592 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0020871;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:7,4:17,6
307 chr1 143896059 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.039302;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:12,4:18,1
308 chr1 143899302 . C CAA 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.056683;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:18,1:10,4
309 chr1 144322435 . C T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0
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311 chr1 145563251 . CATGGTGTA C 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.034945;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:14,6:14,2
312 chr1 145697763 . ATTTTTTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:5,3:5,1
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328 chr1 149142076 . TAC T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.033332;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,7:18,6:12,1
329 chr1 149158930 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3
330 chr1 149215311 . C T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.086845;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:5,3:8,1
331 chr1 149309405 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.16556;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,4:13,1:18,3
332 chr1 149874716 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.021894;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:12,4:9,7
333 chr1 150136771 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0061864;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:9,5:6,4
334 chr1 150781906 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094071;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,3:6,2
335 chr1 150905062 . CCA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02253;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,14:3,10:2,4
336 chr1 151660825 . G A 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.001135;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:43,16:22,6:21,10
337 chr1 151780257 . ATACTATCTATACAACCAGTCCTCAATTACTTTATATACAACCTCAGT A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.073823;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,2:12,3
338 chr1 152156625 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.18237;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:12,1:9,5
339 chr1 152274875 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.079329;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:10,6:4,5:6,1
340 chr1 153785086 . A AT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.030558;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:21,14:13,9:8,5
341 chr1 154309581 . CATAT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:14,4:12,1:2,3
342 chr1 154322489 . C CTTCTTCTTCTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.023839;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:2,7:4,1
343 chr1 154937273 . A G 0 PASS DP=105;GPV=1;SPV=0.003727;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:19,5:33,5
344 chr1 156640418 . T TC 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:7,6:2,4:5,2
345 chr1 157274150 . T C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.057118;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,6:9,1:4,5
346 chr1 157300470 . CAT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.10447;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:8,3:8,1
347 chr1 157760686 . A AGAAAGAAGGAAG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12919;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,3:7,1
348 chr1 159011398 . T A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.25968;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:20,4:9,1:11,3
349 chr1 159021939 . CTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,3:3,2
350 chr1 159256266 . A T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=1.1925e-05;SS=2;SSC=49;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:25,22:10,9:15,13
351 chr1 160270143 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0096618;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,6:6,1
352 chr1 160984465 . AAT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030104;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:2,2:7,2
353 chr1 161423696 . C T 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0041082;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:23,17:18,12:5,5
354 chr1 161559730 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.012728;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:60:44,16:27,9:17,7
355 chr1 162108902 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.040006;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:22,4:16,4
356 chr1 162519003 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0041602;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:10,8:4,4:6,4
357 chr1 162825846 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00044723;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:13,5:10,8
358 chr1 163059160 . T TTATATATA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:7,7:2,1
359 chr1 163547125 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,3:6,2
360 chr1 163758208 . C G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.13498;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:16,1:20,3
361 chr1 164079940 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.020864;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:19,4:20,4
362 chr1 164563555 . T C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0028166;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:12,7:19,2
363 chr1 164773241 . G GCACACACACACA 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.049992;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:19,5:10,1
364 chr1 165139680 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.0077332;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:37,9:18,7:19,2
365 chr1 166038371 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0014163;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:21,4:10,7
366 chr1 166318281 . AT A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:18,4:9,1:9,3
367 chr1 166327704 . GGTCAGAGAACCT G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=5.6653e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:25,17:12,7:13,10
368 chr1 166384348 . G A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=5.3344e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:28,15:15,8:13,7
369 chr1 166464009 . TTA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.035929;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,12:14,6:9,6
370 chr1 166598336 . TA T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0044141;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:34,12:18,8:16,4
371 chr1 166887954 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,8:3,6:5,2
372 chr1 167044460 . C CTTTTTTTTTT 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.038102;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:11,2:11,3
373 chr1 167177215 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.065982;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:1,0:13,4
374 chr1 167208546 . G GTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.014666;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,14:3,12:1,2
375 chr1 167773894 . TA T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.18687;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:15,1:19,3
376 chr1 168100235 . G C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:3,6:2,4
377 chr1 168306397 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=6.3626e-06;SS=2;SSC=51;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:25,18:13,12:12,6
378 chr1 169172356 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.052643;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:14,6:5,2:9,4
379 chr1 171658179 . G T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,4:5,2:5,2
380 chr1 171658181 . G T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,9:5,6:5,3
381 chr1 174349693 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.077327;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:9,1:12,4
382 chr1 174350131 . G C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.047147;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:13,3:9,2
383 chr1 175087657 . T A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.0038636;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:40,14:18,6:22,8
384 chr1 175091559 . TTTTA T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.17881;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:13,2:18,2
385 chr1 175426880 . TAAAATATA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.04257;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:3,3:2,3
386 chr1 176049178 . CAAAAAAAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.026877;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:8,7:3,3
387 chr1 176174007 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:9,3:5,1
388 chr1 176275360 . CAAA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0040248;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,9:2,8:3,1
389 chr1 177867086 . A T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27357;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,5:9,4:5,1
390 chr1 178661607 . C A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.024305;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,8:8,3:8,5
391 chr1 178673275 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00051119;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,18:3,7:12,11
392 chr1 179541677 . TA T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.032155;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:20,9:7,5:13,4
393 chr1 180234012 . G A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.00055105;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,17:2,6:9,11
394 chr1 180473446 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0053012;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,12:8,9:4,3
395 chr1 181034063 . A G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.047407;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:11,1:17,4
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419 chr1 192098485 . G C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0098951;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:3,4:4,11
420 chr1 193564297 . T C 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.35726;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:18,4:7,2:11,2
421 chr1 194191688 . CTGTGTG C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.045605;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:13,8:8,7
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432 chr1 202125153 . CAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:13,6:2,1
433 chr1 202205825 . AC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.002614;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,19:13,13:2,6
434 chr1 202205968 . CA C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.12149;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:20,2:15,2
435 chr1 202799657 . C CA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.003703;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:19,18:6,9:13,9
436 chr1 203544823 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.053755;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:9,5:2,1
437 chr1 203794717 . CTTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:7,9:2,4
438 chr1 203815379 . C CT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:13,8:7,7:6,1
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444 chr1 206612949 . TA T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.20158;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,5:9,4:4,1
445 chr1 207657873 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00033391;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:17,6:9,5
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447 chr1 210191145 . G A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00022928;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:10,7:11,6
448 chr1 210217114 . AAG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.10706;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:15,3:14,2
449 chr1 210243093 . CAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:7,7:2,1
450 chr1 211222740 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0040715;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:8,4:18,5
451 chr1 211535165 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.15033;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,3:11,1
452 chr1 211906826 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.37028;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:11,1:22,3
453 chr1 212365429 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,6:5,5:3,1
454 chr1 212796547 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0037474;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:13,7:7,4
455 chr1 213046176 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,11:4,8:4,3
456 chr1 213063260 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=4.6521e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:9,5:10,10
457 chr1 213363749 . CTCTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:1,1:6,4
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459 chr1 213363815 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.013285;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:4,1:5,5
460 chr1 213440593 . T TAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0065417;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:8,6:1,2
461 chr1 213651244 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0040715;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:17,5:9,4
462 chr1 215133964 . A C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0026644;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:6,7:11,10
463 chr1 215192766 . T A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.017844;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:13,4:18,6
464 chr1 215391843 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=4.6905e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:21,29:13,14:8,15
465 chr1 216135134 . ACTCT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.087179;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,5:9,2:4,3
466 chr1 216169734 . T A 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0028525;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:34,11:19,3:15,8
467 chr1 216439725 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.051084;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:7,5:4,3:3,2
468 chr1 218145450 . G GTGTATATATATA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.13866;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,4:3,3:4,1
469 chr1 219170348 . G A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:15,5:7,1:8,4
470 chr1 219470415 . T TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAC 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.030303;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,6:1,4:1,2
471 chr1 219749979 . C CTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:4,4:0,1
472 chr1 219927681 . A C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017327;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,8:7,1
473 chr1 221766455 . T TGTGA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.010098;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,6:8,3:6,3
474 chr1 221918739 . ATATATATAT A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:3,2:2,1:1,1
475 chr1 222488773 . CG C 0 PASS DP=107;GPV=1;SPV=0.022703;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:56,7:46,4:10,3
476 chr1 223117579 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.19365;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,2:21,2
477 chr1 223937919 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:8,4:3,3
478 chr1 223986360 . C CTAACTAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.19246;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:14,3:11,1
479 chr1 224128983 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.044851;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,8:7,7:1,1
480 chr1 224276911 . TTGACACATAAAACTAGTTTTA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,3:12,2
481 chr1 224913826 . A ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.24176;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:3,1:4,3
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504 chr1 237584647 . C CTGTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,5:3,3:4,2
505 chr1 238337592 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.054281;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:8,1:11,5
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507 chr1 239959448 . G A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:7,2:2,2
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518 chr1 248005651 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025917;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,3:10,2
519 chr1 248084006 . A C 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.045183;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:39,9:22,7:17,2
520 chr10 479328 . C CTT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.045113;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:6,3:1,1
521 chr10 1672704 . C G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.037811;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,11:7,5:8,6
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523 chr10 3458378 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:3,6:6,1
524 chr10 3466719 . G GTA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.016109;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,12:11,8:7,4
525 chr10 3957167 . T TTTATTATTA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010479;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,11:8,6:4,5
526 chr10 4308075 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,6:4,4:3,2
527 chr10 4802231 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.012987;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:35:1,5:1,1:0,4
528 chr10 5047200 . G C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.008739;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:24,6:19,2:5,4
529 chr10 5957593 . C CT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10134;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,5:7,1
530 chr10 6392542 . C A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0035931;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:13,2:5,5
531 chr10 6707263 . T TATCC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00037514;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:5,11:3,6:2,5
532 chr10 7817849 . GTTT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:7,3:4,1
533 chr10 7994977 . GA G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.040741;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:6,3:3,1
534 chr10 8007562 . TTATATATATATA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029412;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,4:3,2:1,2
535 chr10 8335904 . C CAA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,4:8,3:4,1
536 chr10 9656343 . A G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.044512;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:14,2:12,4
537 chr10 10005606 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.16912;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,3:11,1
538 chr10 10747900 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.010322;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:4,8:10,3
539 chr10 11446557 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0060788;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:7,4:8,8
540 chr10 11876574 . T TTGTGTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0060349;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:1,7:10,1
541 chr10 12330746 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.003663;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:18:1,10:1,7:0,3
542 chr10 12408848 . C CT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.069881;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,6:8,5:3,1
543 chr10 12413570 . T TTGC 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.14404;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:6,2:8,3
544 chr10 12538885 . C CA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.01049;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:2,4:1,2
545 chr10 12801333 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.088935;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:8,1:10,3
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547 chr10 12929264 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.46667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:5,2:1,1:4,1
548 chr10 13908164 . T TA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.017149;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,10:3,8:3,2
549 chr10 14373925 . A ATTTT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,11:3,2:5,9
550 chr10 15644122 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0040413;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,5:13,2
551 chr10 16533321 . A AT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00075779;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,9:17,6:6,3
552 chr10 17102252 . C CTTAT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.014064;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:8,5:9,3
553 chr10 17774798 . T TTCTCTCTC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,7:2,3:0,4
554 chr10 19563250 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.021448;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1
555 chr10 19748703 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=3.8037e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:21,14:14,5:7,9
556 chr10 20140405 . A AAATATCTATCTATC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,8:4,6:3,2
557 chr10 20721458 . G GT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0053523;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:12,8:8,5:4,3
558 chr10 21048697 . T A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0017392;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:11,5:13,5
559 chr10 21325974 . C T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.14737;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1
560 chr10 21325977 . TA T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1
561 chr10 21405648 . C CA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.052629;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,5:19,2:3,3
562 chr10 21871118 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00038475;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:12,4:11,7
563 chr10 21883251 . A AACACAC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.031121;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:8,9:5,5:3,4
564 chr10 23064079 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0013903;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:28,10:18,5:10,5
565 chr10 23527144 . C G 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=9.1723e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:12,8:13,8
566 chr10 23824646 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.00065258;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:4,4:2,3
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568 chr10 23943176 . G T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.012535;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:11,4:7,2
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640 chr10 51480004 . C CA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0094816;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:26,19:13,8:13,11
641 chr10 51542814 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0053553;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:32,11:18,7:14,4
642 chr10 52166827 . ATG A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,1:6,4
643 chr10 52244854 . T TAA 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.064826;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:17,2:6,2
644 chr10 52287706 . A T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.12458;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:13,3:8,1:5,2
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646 chr10 54389144 . GGAAAAA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.033333;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:0,3:0,2:0,1
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649 chr10 56175689 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.23077;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,3:3,2:3,1
650 chr10 57693902 . G A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:14,2:5,2
651 chr10 58139554 . T G 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.084902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,1:6,3
652 chr10 58723476 . A C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00074243;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:29,12:17,5:12,7
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726 chr10 111407403 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.10049;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:33,6:16,2:17,4
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729 chr10 112300319 . G GAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.22206;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:20,3:6,1
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737 chr10 119101623 . CTCCA C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.036962;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,4:11,4
738 chr10 119101673 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.022365;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:20,4:8,3
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777 chr11 9880116 . T C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.010716;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,8:3,3:6,5
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779 chr11 10310678 . A AGAGAGAGC 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,5:11,1:2,4
780 chr11 10562946 . C CT 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:5,4:0,0
781 chr11 11086280 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.274e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:10,5:9,10
782 chr11 11923048 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.016783;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,6:1,2:2,4
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785 chr11 15639211 . A AAG 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.43134;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:24,2:12,2
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788 chr11 16906224 . T TAGGA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.046139;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,6:13,4:6,2
789 chr11 18247346 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0016408;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:6,3:19,6
790 chr11 18251982 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.50909;SS=2;SSC=2;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,2:1,1:5,1
791 chr11 19351976 . A AGT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.020223;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,11:10,5:6,6
792 chr11 20798970 . GATAAATACGGACAAAATTAAACCTAATGATAAACGTCATGGAAGAAA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.18814;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:6,1:7,3
793 chr11 21192060 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00034257;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:21,15:11,6:10,9
794 chr11 21358565 . A ATTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:2,6:3,1
795 chr11 21403606 . CAA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0015106;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:13,15:9,4:4,11
796 chr11 21403609 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0027281;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:15,14:9,4:6,10
797 chr11 22269501 . G A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.1037;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,4:7,3:5,1
798 chr11 22641298 . ATATC A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.03942;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:6,5:10,3
799 chr11 24079271 . AAG A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.12152;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,6:8,1:10,5
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801 chr11 24388935 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,2:13,2
802 chr11 24455988 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00027241;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:6,4:10,6
803 chr11 24984719 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0024374;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:8,8:11,2
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805 chr11 26016983 . GAA G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.023031;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,11:10,8:4,3
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807 chr11 27439901 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,8:5,5:0,3
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809 chr11 28181258 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:16,3:11,1
810 chr11 28312566 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,2:0,0:0,2
811 chr11 28455216 . CTTT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.024887;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,7:2,5:2,2
812 chr11 28799096 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0065944;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:33,10:16,3:17,7
813 chr11 29145810 . A AAAAAAAAAAAAAAAGG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.027053;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3
814 chr11 29504566 . C T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.015152;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:0,6:0,2:0,4
815 chr11 30945750 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:4,2:18,3
816 chr11 31518494 . A AT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.029832;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,4:5,4
817 chr11 32498387 . G GTCTTTCTT 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.038499;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:12,3:16,5
818 chr11 33118747 . TA T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.006003;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:25,24:10,12:15,12
819 chr11 33154486 . ACTTT A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:11,3:6,1
820 chr11 34194702 . G C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0063293;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:8,4:15,5
821 chr11 34520476 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.033948;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,8:2,3:5,5
822 chr11 35002384 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.037623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:2,5:4,2
823 chr11 35419998 . G C 0 PASS DP=83;GPV=1;SPV=3.7727e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:28,18:13,13:15,5
824 chr11 35827781 . T TAATAATAATAATAATAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,3:9,2:2,1
825 chr11 36128154 . ATTAAAC A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035568;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:8,4:7,1
826 chr11 37099828 . C T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,4:2,1:4,3
827 chr11 37099830 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.10577;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,5:3,1:3,4
828 chr11 37190545 . AAGAGAGAG A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:8,4:2,1
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832 chr11 39612074 . CA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00072552;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:10,12:8,7:2,5
833 chr11 40381954 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1
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843 chr11 46169560 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03274;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:12,9:2,3
844 chr11 46328664 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,4:3,2:6,2
845 chr11 47250805 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=2.0361e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:20,15:13,8:7,7
846 chr11 47488306 . A T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.069354;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:12,4:12,1
847 chr11 47765374 . A AAAAAGAAAAGAAAAG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,6:3,1:6,5
848 chr11 48571931 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.082251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,4:12,2:4,2
849 chr11 49406779 . GTATATATATATATATATATATCTGTA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,4:4,2:1,2
850 chr11 49803343 . CTTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,9:1,7:1,2
851 chr11 49859015 . C CAAAA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0063246;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,8:3,7:2,1
852 chr11 49885040 . A ATTTCTTTC 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:17,4:1,2:16,2
853 chr11 51157750 . A C 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.011806;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:41,10:17,4:24,6
854 chr11 51248292 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:15,7:14,4
855 chr11 51911615 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.092258;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:8,1:19,3
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857 chr11 52284240 . T A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.15679;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:7,1:16,3
858 chr11 52341887 . G A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.022999;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:6,5:1,1
859 chr11 52495354 . C A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.048152;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:27,1:6,4
860 chr11 52739176 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.098889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:21,3:11,1
861 chr11 53141533 . G C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.028921;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,6:2,2:8,4
862 chr11 53563809 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.060214;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:21,1:5,3
863 chr11 54269194 . T A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0
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865 chr11 54401653 . C G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.2538;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:9,1:13,3
866 chr11 54410525 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.12884;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:5,1:9,3
867 chr11 54412246 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0057488;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:15,11:1,1
868 chr11 54414499 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.02311;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:17,4:11,5
869 chr11 55403395 . A T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:16:1,6:1,3:0,3
870 chr11 55403571 . C CTTTGCTTACTTTGACA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.032805;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:3,8:8,2
871 chr11 55403572 . C A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023692;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:3,9:8,1
872 chr11 55639158 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0063358;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:10,2:13,4
873 chr11 55765156 . A T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.019042;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:8,8:6,2
874 chr11 56497195 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.012401;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:38,8:24,2:14,6
875 chr11 56756712 . G A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,2:7,2:0,0
876 chr11 56759810 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.025141;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:13,8:12,1
877 chr11 57515518 . G A 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.00035161;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:40,16:19,8:21,8
878 chr11 57558174 . G T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.020953;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:24,8:14,1
879 chr11 57918856 . A C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.011037;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,6:4,3:1,3
880 chr11 57996477 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.042491;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:9,6:10,1
881 chr11 58008340 . G GT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3
882 chr11 58677727 . TCATC T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,2:2,1:3,1
883 chr11 59195438 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:34:0,2:0,1:0,1
884 chr11 60950325 . C T 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0011003;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:17,5:18,6
885 chr11 61601275 . G A 0 PASS DP=81;GPV=1;SPV=0.0017165;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:38,12:16,4:22,8
886 chr11 63177856 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:0,2:0,2:0,0
887 chr11 63177859 . TATATA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.14286;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:1,2:1,2:0,0
888 chr11 63382288 . T G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00078184;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,4:9,8
889 chr11 63500547 . G C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00026014;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:22,10:8,5:14,5
890 chr11 63860485 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00031973;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:8,8:12,6
891 chr11 64582170 . CTCA C 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:3,1:8,3
892 chr11 65843220 . CAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.036522;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:7,12:5,9:2,3
893 chr11 68000043 . G A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0040978;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:15,3:12,5
894 chr11 68870443 . AAG A 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1
895 chr11 69351971 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.04647;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:34,6:16,3:18,3
896 chr11 71135483 . T G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.25455;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,3:3,2:2,1
897 chr11 72079109 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00040558;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:29,14:16,9:13,5
898 chr11 75318174 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:5,2:7,3
899 chr11 75821122 . C T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=5.2903e-05;SS=2;SSC=42;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:19,13:12,5:7,8
900 chr11 76103537 . G GT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026092;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:13,4:8,3
901 chr11 76602194 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0025828;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:16,6:13,5
902 chr11 77479602 . CT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,5:7,3:2,2
903 chr11 77617367 . C CAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.43846;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,6:7,5:10,1
904 chr11 77646783 . A C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.030474;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,5:8,4
905 chr11 78160253 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.058905;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:16,4:11,2:5,2
906 chr11 79150786 . G T 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=1.7558e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:10,3:6,10
907 chr11 79164083 . T A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:2,3:8,2
908 chr11 79337046 . A C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.0061819;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:32,9:7,5:25,4
909 chr11 80400038 . T A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0007584;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:11,7:6,12
910 chr11 82380028 . G T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.014488;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:5,3:15,3
911 chr11 84408706 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.014243;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:15,4:12,4
912 chr11 84434118 . C CA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.019899;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,6:9,5:5,1
913 chr11 85500561 . T TAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:3,2:3,2:0,0
914 chr11 85862285 . G C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00051706;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:12,7:11,3
915 chr11 86139968 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00019835;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,6:10,4
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936 chr11 100610603 . T TAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0022326;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:13,14:6,8:7,6
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939 chr11 101100605 . C CCACA 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.006848;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:9,5:7,5
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951 chr11 113980141 . C A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0015657;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:33,11:20,7:13,4
952 chr11 114330231 . C T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0077158;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,7:8,3
953 chr11 114786893 . G A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00024383;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:29,13:14,7:15,6
954 chr11 114948253 . GT G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.001548;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,5:1,2
955 chr11 115053884 . A AATGG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0014606;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:12,14:4,10:8,4
956 chr11 115694770 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0017887;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:15,8:15,5
957 chr11 116434916 . C CTGTGTGTGTG 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.017609;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,7:7,6:5,1
958 chr11 116673394 . T TATTTA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.1143;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:9,2:8,2
959 chr11 117473268 . G A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00032976;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:12,8:13,5
960 chr11 117515713 . C G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0027092;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:4,5:10,3
961 chr11 118246585 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.12566;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:8,5:8,1
962 chr11 118888521 . G T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.01745;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:26,8:12,3:14,5
963 chr11 118975509 . C T 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:5,2:3,1:2,1
964 chr11 119805179 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0041454;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:6,2:12,4
965 chr11 119848761 . C CA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.12905;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,4:9,3:8,1
966 chr11 121865084 . A ATT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.02043;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:10,3:5,4
967 chr11 122837751 . G A 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.3193;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:11,6:7,3:4,3
968 chr11 124885580 . G GTTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.025685;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:14,9:7,5:7,4
969 chr11 125346787 . C CAGGAAGGGAGGA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.01594;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:10,7:10,5
970 chr11 125726507 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0023569;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:7,10:1,9:6,1
971 chr11 126551652 . C CT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0079902;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,14:8,10:4,4
972 chr11 129485119 . C T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=3.7374e-06;SS=2;SSC=54;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:24,19:13,7:11,12
973 chr11 129518147 . T TAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0092505;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:4,4:6,1
974 chr11 130091211 . C G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.012389;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:10,5:13,3
975 chr11 130091323 . A C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.15365;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:9,1:17,3
976 chr11 130501444 . G A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00025408;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:11,9:12,3
977 chr11 131337917 . G C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=8.8691e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:9,4:7,8
978 chr11 131566736 . C A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.0004313;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:13,4:10,5
979 chr11 131873625 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.020047;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:4,3:6,6
980 chr11 132275701 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.040348;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:5,3:10,3
981 chr11 132867624 . C A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.021382;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:9,2:9,5
982 chr11 133021718 . G C 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.070228;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:10,1:13,3
983 chr11 133231910 . AAATGGACACATGATGTAAAAGGCTTAGGATCCTACAAGGAAGGGC A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.12928;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:14,2:9,2
984 chr11 133538191 . C CT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.072018;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,4:4,2
985 chr11 134344730 . C G 0 PASS DP=95;GPV=1;SPV=0.038105;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:48,9:26,6:22,3
986 chr11 134454134 . G GT 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.076397;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:12,3:21,1
987 chr12 11409 . G T 0 PASS DP=166;GPV=1;SPV=0.028618;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:91:75,16:26,3:49,13
988 chr12 13514 . C T 0 PASS DP=225;GPV=1;SPV=0.036054;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:116:99,17:49,11:50,6
989 chr12 187635 . A C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.02028;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,7:1,2:1,5
990 chr12 580598 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.20342;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:18,4:10,2:8,2
991 chr12 964966 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.087068;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:9,2:23,3
992 chr12 1121638 . A G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.024893;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:6,1:8,9
993 chr12 1259506 . C CTCTT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.23663;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,4:10,2:6,2
994 chr12 1484165 . C T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0095299;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:16,14:9,9:7,5
995 chr12 1958016 . A AAT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2
996 chr12 2790464 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0025828;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,5:12,6
997 chr12 2835159 . A ATGTG 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.013095;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,8:12,5:3,3
998 chr12 2842204 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0012781;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,13:4,5:3,8
999 chr12 2883511 . ATTTTTTTT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.016317;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:15:1,7:1,2:0,5
1000 chr12 3023790 . C CAA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.12406;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,10:3,9:5,1
1001 chr12 4482205 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.21888;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:13,2:17,2
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1021 chr12 17063515 . TTTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0084291;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,6:3,1:6,5
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1032 chr12 24811355 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0022392;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:13,5:8,3
1033 chr12 24955965 . C CTTTTTTTTT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:1,6:1,5:0,1
1034 chr12 25015163 . T C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3
1035 chr12 25174553 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.047937;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,10:13,2:5,8
1036 chr12 25487810 . G GCT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.083578;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1
1037 chr12 25591811 . C CAGAGAG 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034547;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:9,6:5,1
1038 chr12 26308736 . C T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.015698;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:7,3:4,2
1039 chr12 28758041 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.082705;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:28,5:16,3:12,2
1040 chr12 29253263 . A T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.15731;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,3:18,2:7,1
1041 chr12 29960382 . GT G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.023174;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:12,3:8,4
1042 chr12 31094748 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.088975;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:34,5:11,2:23,3
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1046 chr12 32407121 . ATT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00091984;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,11:6,8:1,3
1047 chr12 32432051 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,6:2,1:0,5
1048 chr12 33886040 . T TATA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:8,3:5,1
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1050 chr12 33996090 . T C 0 PASS DP=102;GPV=1;SPV=0.0015714;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:37,16:23,9:14,7
1051 chr12 34343706 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00055843;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:31,14:17,9:14,5
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1054 chr12 34946259 . C A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.054545;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:14,1:20,3
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1068 chr12 36151977 . G T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.23248;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:9,3:9,1
1069 chr12 36469140 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.12656;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:1,0:32,4
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1071 chr12 36518398 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:2,2:9,5
1072 chr12 36674609 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.071318;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:13,3:7,1
1073 chr12 36674944 . C A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:1,0:16,4
1074 chr12 36959746 . G T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.052652;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:25,6:7,1:18,5
1075 chr12 37014517 . A T 0 PASS DP=167;GPV=1;SPV=0.049161;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:104:92,12:66,4:26,8
1076 chr12 37239948 . GA G 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.01632;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:17,4:9,2
1077 chr12 37455881 . C G 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.044228;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:15,7:16,1
1078 chr12 37656089 . C G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.036872;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:15,2:12,3
1079 chr12 37784945 . AC A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.062963;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:7,2:5,3
1080 chr12 38058859 . CTTTCTT C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,4:2,2:12,2
1081 chr12 38453032 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00032936;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:25,15:12,10:13,5
1082 chr12 38538884 . GTGA G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.027067;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:10,8:8,3
1083 chr12 38538890 . C CATATAAAGAAGTTAAGAAG 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0080824;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,11:9,8:9,3
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1085 chr12 38973727 . T A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0078484;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:8,3:18,6
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1153 chr12 87007903 . A T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.028995;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:13,4:15,3
1154 chr12 87774931 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0028652;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:25,13:11,5:14,8
1155 chr12 88365088 . G T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.020419;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:10,7:10,3
1156 chr12 88992260 . ATAT A 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.043711;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:13,4:10,4
1157 chr12 89324028 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.093231;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:16,7:9,2:7,5
1158 chr12 91106690 . T TAAA 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.0023454;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:8:2,6:1,4:1,2
1159 chr12 91851986 . T TGATAG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036036;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:4,2:9,2
1160 chr12 93017161 . CTT C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1
1161 chr12 93729785 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.022983;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:17,14:11,9:6,5
1162 chr12 94759340 . ATT A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.017028;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:4,9:2,2:2,7
1163 chr12 95813784 . G A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1
1164 chr12 96199480 . C CTG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0025584;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,10:8,7:0,3
1165 chr12 98327081 . A AGTGTGTGT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0068111;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:5,7:4,6:1,1
1166 chr12 98475036 . GACACACACACACACACACAC G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,6:3,3:0,3
1167 chr12 98555416 . C CTTTTTTTTTTT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.036405;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,7:2,6:1,1
1168 chr12 99730324 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.11627;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:20,4:8,2:12,2
1169 chr12 99897852 . TA T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.05062;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:15,2:6,2
1170 chr12 101451303 . G GTTTTT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:1,6:1,4:0,2
1171 chr12 101591855 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.11761;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:6,1:21,4
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1173 chr12 103385770 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.001027;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:9,4:8,5
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1200 chr12 116697288 . CAAAA C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.02039;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,7:5,6:6,1
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1206 chr12 120174789 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.32536;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:9,3:4,1
1207 chr12 120876808 . T TAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016242;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,10:9,7:3,3
1208 chr12 120899888 . C CAA 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,7:12,6:4,1
1209 chr12 120926962 . ATATATATTATATAATATGTAT A 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.175;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:5,2:2,1:3,1
1210 chr12 121219615 . GGATA G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0052134;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,11:6,6:8,5
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1213 chr12 121582304 . CT C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.03989;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,5:2,1
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1219 chr12 124230450 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0040457;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:26,10:13,8:13,2
1220 chr12 124258456 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:5,8:3,7:2,1
1221 chr12 124260258 . C CACCAGGGGCTGGGGCGAAG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.049781;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:20,14:9,6:11,8
1222 chr12 124367275 . GGCACACACAGAGGCCCA G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.020935;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:10,8:13,5
1223 chr12 124922325 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2
1224 chr12 125368947 . G T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0083551;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:7,4:9,6
1225 chr12 126008544 . AT A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.047759;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:6,2:9,3
1226 chr12 126224220 . A AATTT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0264;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:6,4:10,5
1227 chr12 126612633 . T C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.017866;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:19,10:10,3:9,7
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1230 chr12 128242360 . T TCA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.18293;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:22,3:2,1
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1243 chr12 131451477 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.014757;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:6,8:3,7:3,1
1244 chr12 131574660 . C T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.058443;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:8,1:10,4
1245 chr12 131925532 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:3,1:7,3
1246 chr12 132460047 . CT C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00019001;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:3,16:1,10:2,6
1247 chr12 132618228 . A AAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,4:6,2:7,2
1248 chr12 132965125 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,5:8,3:2,2
1249 chr12 132981089 . T A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,4:5,1:2,3
1250 chr12 133223445 . C CT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.062192;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:15,5:2,1
1251 chr13 18176119 . ATTGT A 0 PASS DP=349;GPV=1;SPV=0.049953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:181:129,19:57,11:72,8
1252 chr13 18196357 . G A 0 PASS DP=101;GPV=1;SPV=0.013484;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:49,7:25,3:24,4
1253 chr13 18242421 . C T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.00038112;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:11,6:13,6
1254 chr13 18349087 . TTC T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:14,1:4,4
1255 chr13 18460379 . T A 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.14853;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:7,5:11,1
1256 chr13 20290669 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0015113;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:10,3:12,5
1257 chr13 20937932 . C CT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0033344;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,10:3,7:5,3
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1259 chr13 22184374 . C CTT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.10288;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:6,5:8,1
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1270 chr13 26472514 . ATATAT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.15441;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:5,2:4,1:1,1
1271 chr13 26683494 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.076923;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:2,2:1,1:1,1
1272 chr13 27051795 . G GATAT 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.032508;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:2,2:3,2
1273 chr13 28326520 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031623;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,4:5,2
1274 chr13 28358395 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00056171;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:28,13:14,4:14,9
1275 chr13 28737317 . TTCTTTCTTTC T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,5:1,2:4,3
1276 chr13 28772119 . GAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGA G 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0015605;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:15,5:16,5
1277 chr13 29081781 . TTTTG T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.090553;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:14,2:9,4
1278 chr13 29195540 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018182;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:21:0,8:0,6:0,2
1279 chr13 29978615 . AAT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.037681;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:4,4:4,3
1280 chr13 30101349 . CA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.00086221;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:20:4,16:2,12:2,4
1281 chr13 30474759 . C CT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,3:4,1
1282 chr13 30674886 . AT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,5:6,2:3,3
1283 chr13 31657376 . CAA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.013867;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,8:3,7:6,1
1284 chr13 31730519 . TTGTGTGTG T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0077803;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,9:4,6:4,3
1285 chr13 31860415 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0014516;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,7:4,2
1286 chr13 32096802 . C CA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.030702;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,4:3,4:0,0
1287 chr13 32571160 . CT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.00052721;SS=2;SSC=32;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,15:7,6:3,9
1288 chr13 32631118 . C T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0075758;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:30:1,5:1,2:0,3
1289 chr13 33499606 . T C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.34286;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:7,2:0,0:7,2
1290 chr13 34586081 . GAAAGAA G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029515;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:7,6:0,1
1291 chr13 34624031 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:11,4:0,3
1292 chr13 34752795 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=1.7354e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:10,19:5,12:5,7
1293 chr13 34760342 . C A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=2.9244e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:8,9:10,9
1294 chr13 35298213 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:19:1,4:1,2:0,2
1295 chr13 36376549 . C CT 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.027569;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:2,3:0,2:2,1
1296 chr13 37309075 . CT C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.037112;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:3,6:1,1
1297 chr13 37320734 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.040224;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:15,4:12,1
1298 chr13 37830561 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.030612;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:14,5:10,2
1299 chr13 39542096 . T TATAATAATA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.023788;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,8:2,3:7,5
1300 chr13 39581532 . C CA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0070393;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,9:5,7:4,2
1301 chr13 40176928 . AAG A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.03876;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:10,1:10,4
1302 chr13 40368888 . A C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.083011;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:8,5:5,2:3,3
1303 chr13 40867524 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.023188;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:3,3:4,3
1304 chr13 40867542 . AT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0046977;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,4:3,4
1305 chr13 41596788 . T TACAC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01391;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1
1306 chr13 41758415 . T TGGA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.027972;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:3,5:2,1:1,4
1307 chr13 41758421 . T TGGA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:8,1:2,4
1308 chr13 41863360 . TTA T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011229;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:2,4:7,5
1309 chr13 42109651 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0023411;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:3,4:1,1:2,3
1310 chr13 42420881 . A G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00011169;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:21,13:11,3:10,10
1311 chr13 42735776 . CGTGT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.046518;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,13:6,8:5,5
1312 chr13 43003290 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00043872;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:14,5:9,5
1313 chr13 43940611 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0084069;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:11,13:1,7:10,6
1314 chr13 44595734 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00020063;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:10,9:21,2
1315 chr13 44914001 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.066667;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:11:0,2:0,2:0,0
1316 chr13 45191215 . C CAAAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,6:6,5:5,1
1317 chr13 45367313 . TAAA T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.026533;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:6,5:3,3:3,2
1318 chr13 45438626 . A AC 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.048951;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:3,4:1,3:2,1
1319 chr13 45958653 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.03735;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:8,5:4,1
1320 chr13 47126806 . TAC T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.043255;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:7,14:5,10:2,4
1321 chr13 47223657 . C G 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.031056;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1
1322 chr13 47638039 . T TA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01726;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,10:5,8:6,2
1323 chr13 48316719 . TCACACACA T 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:9,4:2,1
1324 chr13 50100936 . CA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.017385;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:1,8:2,1
1325 chr13 50298168 . T TTTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:6,1:4,3
1326 chr13 50939361 . G A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.20468;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,1:6,3
1327 chr13 51173109 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.019857;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:20,6:12,2
1328 chr13 51173229 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.04213;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:56:42,14:19,9:23,5
1329 chr13 52260651 . C CAA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027415;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:6,7:4,6:2,1
1330 chr13 52269146 . T A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.00024273;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:5,6:3,6
1331 chr13 52273946 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:3,5:4,2
1332 chr13 52294613 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.01473;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:7,5:4,4
1333 chr13 53138999 . C G 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00019282;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:24,11:13,5:11,6
1334 chr13 53306335 . C CAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:6,9:4,4:2,5
1335 chr13 53506715 . TTATA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.00090577;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,15:4,10:4,5
1336 chr13 54937574 . G T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.037267;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:5,2:2,2
1337 chr13 55469091 . CA C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0051869;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:5,8:1,1
1338 chr13 55470460 . G A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0088503;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:10,3:11,4
1339 chr13 55789913 . T TTC 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.056428;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,6:3,4:18,2
1340 chr13 56330838 . T TCACACA 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.01174;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:11,10:9,7:2,3
1341 chr13 56885075 . TTA T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.021672;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:5,9:3,7:2,2
1342 chr13 56972897 . A G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.11618;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:19,2:15,2
1343 chr13 57819712 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0016513;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:26,9:15,2:11,7
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1369 chr13 69719209 . TGAGAGA T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.026515;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:2,5:2,1:0,4
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1371 chr13 70366060 . G GTGTGTGTGTGTGTA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.001026;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:4,12:1,9:3,3
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1374 chr13 72603496 . AAGAAAGAAAAAG A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.020232;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:15,6:3,6
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1379 chr13 74545816 . C CA 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,9:10,8:1,1
1380 chr13 74547840 . ATAT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1958;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,3:4,1:1,2
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1382 chr13 75915955 . C CT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.018691;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:7,15:5,10:2,5
1383 chr13 76715899 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.26667;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:6,2:3,1:3,1
1384 chr13 77360844 . C CTT 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0007326;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:0,11:0,8:0,3
1385 chr13 78558913 . C CT 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.035714;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:24,7:8,1:16,6
1386 chr13 79706055 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.060184;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,8:9,5:27,3
1387 chr13 80095207 . C T 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.045809;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:1,2:15,10
1388 chr13 80728695 . A T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.021073;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:10,5:6,2:4,3
1389 chr13 80771699 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0058774;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:12,15:9,13:3,2
1390 chr13 81039678 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0051535;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:54:43,11:19,5:24,6
1391 chr13 81457537 . T TTATATATATATATATA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.06993;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:2,2:2,2
1392 chr13 81666746 . T A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.052719;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:13,4:14,1
1393 chr13 81717309 . G GTATATATATA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.051282;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,4:3,1:1,3
1394 chr13 82246369 . ATG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.24135;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:18,2:10,2
1395 chr13 82667206 . AT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:7,1:1,3
1396 chr13 83096328 . GAA G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.28142;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:17,2:2,2
1397 chr13 85051181 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.021739;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,6:5,5:4,1
1398 chr13 85437381 . G A 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031686;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:8,8:10,1
1399 chr13 85744942 . T TTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,4:11,1:11,3
1400 chr13 86281340 . A C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.087004;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:14,1:18,3
1401 chr13 86303868 . T TTATTATATTA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.13793;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:13,14:7,5:6,9
1402 chr13 86551900 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.00025277;SS=2;SSC=35;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:8,23:6,19:2,4
1403 chr13 86847055 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.099672;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:38,5:16,2:22,3
1404 chr13 87679835 . AGTATATATATAGTATATATAGTATATAT A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.021743;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,3:9,3
1405 chr13 87679863 . T TATA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0032306;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:5,7:2,2:3,5
1406 chr13 87807205 . C CATATATATATAT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:8,2:0,3
1407 chr13 87961529 . T G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:6,3:4,1:2,2
1408 chr13 88130374 . TAAAC T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0091533;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:6,6:2,3:4,3
1409 chr13 88700035 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0019186;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:5,11:4,2
1410 chr13 88870847 . C A 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.0024264;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,9:4,6:2,3
1411 chr13 89520126 . T TAA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:8,4:5,4
1412 chr13 89774044 . A G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.011071;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:7,9:4,5:3,4
1413 chr13 89782008 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.23683;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,5:21,4:9,1
1414 chr13 90158149 . GT G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:4,4:1,1:3,3
1415 chr13 90467158 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.00059141;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:36,15:16,7:20,8
1416 chr13 90654924 . A AT 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00129;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:25:0,4:0,1:0,3
1417 chr13 90715022 . A G 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.030397;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:12,4:16,4
1418 chr13 90795124 . CTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.25496;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:11,1:16,3
1419 chr13 92109061 . G GT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.019341;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,9:6,6:5,3
1420 chr13 92264878 . C CTGTG 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.021691;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:11,16:6,10:5,6
1421 chr13 92513552 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:6,3:1,1:5,2
1422 chr13 92513554 . T C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.38182;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:6,3:1,1:5,2
1423 chr13 92965085 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.013985;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,11:6,7:3,4
1424 chr13 93003909 . T TA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.27368;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,7:4,5:7,2
1425 chr13 93300166 . G T 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.01564;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:57:47,10:22,5:25,5
1426 chr13 93324613 . A T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.001548;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:4,8:3,6:1,2
1427 chr13 93495730 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=3.4001e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:8,18:3,12:5,6
1428 chr13 93596614 . T A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.03028;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:8,5:6,3:2,2
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1463 chr13 109095234 . G T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=1.5926e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:30,22:14,15:16,7
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1494 chr14 18882906 . T G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.11302;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:0,0:21,4
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1498 chr14 18977294 . C T 0 PASS DP=122;GPV=1;SPV=0.039232;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:64:55,9:12,3:43,6
1499 chr14 18979413 . G T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.23333;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
1500 chr14 19060893 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2
1501 chr14 19073256 . T C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.088889;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,3:2,1
1502 chr14 19120520 . C A 0 PASS DP=148;GPV=1;SPV=0.041668;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:68,11:32,6:36,5
1503 chr14 19121026 . T G 0 PASS DP=124;GPV=1;SPV=0.045497;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:68:55,13:30,8:25,5
1504 chr14 19201477 . C T 0 PASS DP=116;GPV=1;SPV=0.0075608;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:50,20:21,17:29,3
1505 chr14 19284994 . T A 0 PASS DP=224;GPV=1;SPV=0.04268;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:122:107,15:71,10:36,5
1506 chr14 19292460 . G A 0 PASS DP=206;GPV=1;SPV=0.011417;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:125:105,20:46,13:59,7
1507 chr14 19338757 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.022851;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:23,5:4,4
1508 chr14 19366231 . G A 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.058162;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4
1509 chr14 19399403 . A G 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.099968;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:16,2:5,3
1510 chr14 19420974 . A C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.015138;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:43,12:1,1:42,11
1511 chr14 19432749 . A G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.086656;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:19,3:7,1
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1513 chr14 19480483 . G A 0 PASS DP=133;GPV=1;SPV=0.0081832;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:71:55,16:28,11:27,5
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1530 chr14 28593149 . G GTT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.3064;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1
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1533 chr14 31124809 . AT A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.014776;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,12:9,10:9,2
1534 chr14 33024172 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.077206;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:36,6:15,5:21,1
1535 chr14 33981523 . AAC A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.024242;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:31:1,3:0,2:1,1
1536 chr14 34463652 . CAG C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.001388;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,17:4,6:13,11
1537 chr14 34876605 . A AT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0032683;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,11:4,6:9,5
1538 chr14 35131533 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,2:5,1:2,1
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1540 chr14 35727310 . CATAT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=5.3843e-05;SS=2;SSC=42;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,10:2,5:1,5
1541 chr14 36083488 . T C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0032051;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:3,2:7,9
1542 chr14 36824460 . T G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0014372;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4
1543 chr14 39761386 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.10738;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:18,2:13,2
1544 chr14 40247215 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.035377;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:35,10:16,3:19,7
1545 chr14 41023865 . T C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015886;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:31,8:11,4:20,4
1546 chr14 41044383 . A AAAGAAG 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.044901;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,5:9,2:9,3
1547 chr14 41079335 . CAAAAAA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0032765;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,7:1,5:3,2
1548 chr14 41405734 . T TA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.091388;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:11,5:4,1
1549 chr14 41886019 . C CAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,5:9,4:0,1
1550 chr14 44191188 . ATGTG A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.009628;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:10,10:7,7:3,3
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1555 chr14 50344469 . T G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.10613;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:6,4:7,1
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1559 chr14 51324352 . T C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0027568;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,9:9,5:10,4
1560 chr14 51932246 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0040134;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:4,5:2,1
1561 chr14 52104297 . G GGTGTGTGTGT 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.0020744;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,11:6,9:7,2
1562 chr14 52625481 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.065801;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3
1563 chr14 52807896 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.17128;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,4:5,2:7,2
1564 chr14 53213985 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0032284;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,6:8,3
1565 chr14 54085541 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:2,8:2,6:0,2
1566 chr14 54614462 . G GA 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=6.3368e-05;SS=2;SSC=41;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:10,8:7,5
1567 chr14 54683675 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.015088;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:29,7:12,4:17,3
1568 chr14 54684619 . C G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.014142;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,6:1,1:4,5
1569 chr14 55109888 . CA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.0088413;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:4,5:0,1
1570 chr14 55281255 . T TAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.074661;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:6,6:2,3:4,3
1571 chr14 55295533 . T C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.019947;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:27,6:14,4:13,2
1572 chr14 56031544 . C CTT 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.25463;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,5:9,4:4,1
1573 chr14 59048006 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=8.0194e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:15,24:9,10:6,14
1574 chr14 60008136 . T C 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.0040978;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:27,8:16,4:11,4
1575 chr14 60695300 . G A 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.016495;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:7,5:13,3
1576 chr14 61341395 . A G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0055492;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:27,7:15,2:12,5
1577 chr14 62242991 . T C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.010153;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:17,5:12,6
1578 chr14 62599975 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.040363;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,8:13,6:9,2
1579 chr14 64014929 . TTATATATATATA T 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:5,2:1,2
1580 chr14 64358998 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.071698;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:13,3:10,2
1581 chr14 64359307 . T TG 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.048122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,8:1,4:6,4
1582 chr14 64518904 . G GTATATA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0
1583 chr14 65307895 . GT G 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.0029526;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:16,16:7,10:9,6
1584 chr14 66048070 . T G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.01095;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,10:5,7:4,3
1585 chr14 67506487 . T G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.00067152;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:16,9:7,5:9,4
1586 chr14 69180568 . T G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.0006809;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:13,5:18,5
1587 chr14 69249069 . A C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:1,2:1,1:0,1
1588 chr14 69533808 . A G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.057437;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:15,2:16,4
1589 chr14 72113100 . A ATG 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.11505;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:16,3:15,1
1590 chr14 72148129 . TAA T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.002173;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:12:3,9:1,6:2,3
1591 chr14 72664643 . T A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.020413;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:19,7:4,1:15,6
1592 chr14 72915303 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0033813;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:14,3:1,5
1593 chr14 73095606 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.013111;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:16,13:6,8:10,5
1594 chr14 74477088 . A T 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.12174;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3
1595 chr14 75494381 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.0026122;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:11,14:8,6:3,8
1596 chr14 75636481 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0047469;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:23,10:13,4:10,6
1597 chr14 77645594 . T TAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0058007;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:3,9:1,6:2,3
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1599 chr14 78225972 . TTG T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.057853;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:12,3:10,4
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1620 chr14 92167014 . C CTT 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.031857;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:1,7:0,6:1,1
1621 chr14 94472507 . G C 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.028465;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:13,3:12,2
1622 chr14 94737322 . CA C 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.012829;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:12,5:5,2
1623 chr14 95066559 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.046615;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:15,8:6,5:9,3
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1631 chr14 98204657 . A G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0020369;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:4,5:19,3
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1633 chr14 98744899 . GT G 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,5:2,2
1634 chr14 98781380 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.035372;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:4,4:4,2
1635 chr14 100621256 . G C 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.032567;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:16,5:9,6
1636 chr14 102228700 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.3956;SS=2;SSC=4;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:7,2:5,1:2,1
1637 chr14 102315820 . TACACACACACACACACACACACACAC T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:9,6:8,4:1,2
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1639 chr14 103952216 . ATATATTTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.12821;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:3,1:0,1
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1642 chr14 104683291 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0067142;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:18,18:11,15:7,3
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1644 chr14 105327896 . G A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.0019162;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:39,12:26,7:13,5
1645 chr14 105633937 . T A 0 PASS DP=112;GPV=1;SPV=0.036062;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:62:52,10:27,5:25,5
1646 chr14 105639924 . C T 0 PASS DP=111;GPV=1;SPV=0.032003;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:65:56,9:36,7:20,2
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1650 chr14 106626217 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=1.7288e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:24,15:10,9:14,6
1651 chr15 18533186 . T G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0
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1653 chr15 19859576 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0024274;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,12:1,10:7,2
1654 chr15 19913009 . A AATGTGGTC 0 PASS DP=109;GPV=1;SPV=0.049607;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:47,8:20,2:27,6
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1667 chr15 20738533 . A T 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.090639;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:34,4:0,0:34,4
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1670 chr15 20756584 . G A 0 PASS DP=288;GPV=1;SPV=0.019754;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:158:129,29:84,18:45,11
1671 chr15 20785986 . G C 0 PASS DP=229;GPV=1;SPV=0.028546;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:136:115,21:53,10:62,11
1672 chr15 20900873 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.059574;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:18,3:2,1
1673 chr15 20940208 . C A 0 PASS DP=345;GPV=1;SPV=0.01286;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:193:172,21:73,4:99,17
1674 chr15 21024854 . G A 0 PASS DP=307;GPV=1;SPV=0.033866;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:169:143,26:58,12:85,14
1675 chr15 21061789 . GA G 0 PASS DP=130;GPV=1;SPV=0.030763;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:61:53,8:35,7:18,1
1676 chr15 21069794 . A G 0 PASS DP=205;GPV=1;SPV=0.037504;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:113:94,19:46,12:48,7
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1680 chr15 21310653 . G A 0 PASS DP=156;GPV=1;SPV=0.018842;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:66:57,9:20,1:37,8
1681 chr15 21360144 . G A 0 PASS DP=184;GPV=1;SPV=0.043197;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:83,12:47,7:36,5
1682 chr15 21374563 . C T 0 PASS DP=369;GPV=1;SPV=0.038401;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:218:192,26:104,14:88,12
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1751 chr15 58573125 . T TAAAA 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.17679;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:16,4:8,3:8,1
1752 chr15 59448526 . A AAGATAGATAGAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.042122;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:2,4:14,4
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1755 chr15 59761668 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:1,1:16,3
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1757 chr15 60060005 . G C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.03809;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:18,7:16,4:2,3
1758 chr15 60065017 . CT C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.035088;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,3:2,1
1759 chr15 60624399 . C T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.01971;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,5:4,4
1760 chr15 61277734 . T TC 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.047386;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:3,4:1,1:2,3
1761 chr15 61293976 . G GAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.024476;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,8:0,6:2,2
1762 chr15 61304939 . G T 0 PASS DP=78;GPV=1;SPV=0.00010991;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:18,4:8,7
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1768 chr15 63376598 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.030729;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:4,4:8,1
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1804 chr15 91417686 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00052;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:23,15:11,8:12,7
1805 chr15 91631790 . CTG C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0026899;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:11,13:4,9:7,4
1806 chr15 92889476 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,5:5,4:8,1
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1816 chr15 101615634 . TGCATGCACTGTGGATGTGGCCTGCCCTCTAAGTGCC T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.046824;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:38,9:18,6:20,3
1817 chr15 101766901 . T G 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0031408;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:10,3:4,10
1818 chr15 101870043 . T C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.10105;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:16,5:5,1:11,4
1819 chr15 101892736 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.15775;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:3,3:12,2
1820 chr16 12060 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0493;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:15,4:11,1
1821 chr16 29811 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.023415;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:33,12:23,9:10,3
1822 chr16 239457 . CA C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.00044356;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:14,18:11,14:3,4
1823 chr16 382087 . C CG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:6,4:7,4
1824 chr16 661016 . G C 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.0067873;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:3,6:0,1:3,5
1825 chr16 665325 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.072845;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:29,5:11,2:18,3
1826 chr16 1267169 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:9,9:4,5
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1831 chr16 3190749 . T TA 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.068571;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:25,6:17,3:8,3
1832 chr16 4181197 . TA T 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:5,5:6,3
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1834 chr16 4262559 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=5.0036e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:24,14:10,8:14,6
1835 chr16 4889232 . G T 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11404;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:8,2:2,3
1836 chr16 5010188 . CAA C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0
1837 chr16 5255342 . A C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.029934;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,6:5,2:13,4
1838 chr16 5825800 . T G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.015558;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:19,12:12,4:7,8
1839 chr16 6253673 . GCA G 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.23992;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:21,3:9,1:12,2
1840 chr16 6398866 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.010118;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:42,8:23,6:19,2
1841 chr16 6480050 . G GA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.0079095;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,11:5,10:0,1
1842 chr16 7557619 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,5:3,4:1,1
1843 chr16 7932626 . CAT C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:5,3:10,1
1844 chr16 9607235 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.0015608;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,6:3,5:2,1
1845 chr16 10802286 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:13,6:5,5:8,1
1846 chr16 11330221 . ATT A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.014884;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:3,8:3,7:0,1
1847 chr16 12019587 . T TATAG 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0045492;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:13,5:9,4
1848 chr16 12075215 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0011386;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:10,4:11,5
1849 chr16 12851012 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0737;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:7,4:8,2
1850 chr16 13987297 . CT C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.010728;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:6,6:3,3:3,3
1851 chr16 14329386 . C CA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:11,7:4,5:7,2
1852 chr16 14371882 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.15773;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:18,4:10,3:8,1
1853 chr16 14834687 . G GT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.057037;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,4:6,2:4,2
1854 chr16 14938413 . C T 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.036143;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:38,10:19,2:19,8
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1856 chr16 15127800 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.0088777;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:47,12:24,5:23,7
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1892 chr16 26766055 . TA T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.003503;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:10,6:7,4
1893 chr16 26770773 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021659;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,10:9,7:7,3
1894 chr16 26770775 . TAAATGATA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.026993;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,9:8,6:7,3
1895 chr16 27855740 . AG A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:9,13:4,11:5,2
1896 chr16 28225839 . CT C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.011625;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:3,3:1,3
1897 chr16 28579203 . G C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0088148;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:7,5:11,3
1898 chr16 29343974 . TTTTTTG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.097251;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2
1899 chr16 30219809 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.039921;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:15,7:6,2:9,5
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1901 chr16 31062783 . G A 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.26471;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1
1902 chr16 31268395 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00035646;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:22,8:8,4
1903 chr16 31716997 . GT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.16725;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:6,3:4,1
1904 chr16 31962146 . T A 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.026412;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:12,4:15,1
1905 chr16 32069030 . T C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.021726;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,4:7,5
1906 chr16 32192091 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.01768;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:10,8:20,5
1907 chr16 32303731 . G T 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.01064;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:70:53,17:25,5:28,12
1908 chr16 32327877 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.086635;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:12,4:12,1
1909 chr16 32626055 . C CTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.040221;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:14,4:8,2
1910 chr16 32883828 . GCCACTGACTCGGGCC G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.031686;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:7,6:11,3
1911 chr16 32925585 . G A 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.011252;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:37,10:21,5:16,5
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1913 chr16 33018589 . G A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.035086;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:9,2:13,4
1914 chr16 33337144 . C T 0 PASS DP=174;GPV=1;SPV=0.049179;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:106:87,18:40,10:47,8
1915 chr16 33582391 . G GCAA 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.030653;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:42,16:22,9:20,7
1916 chr16 33625825 . T C 0 PASS DP=99;GPV=1;SPV=0.038713;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:20,3:20,7
1917 chr16 33727080 . CTTT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024256;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:7,8:3,7:4,1
1918 chr16 33733632 . C T 0 PASS DP=294;GPV=1;SPV=0.014655;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:167:135,32:61,14:74,18
1919 chr16 33918582 . T G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.022734;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:30,13:14,2:16,11
1920 chr16 34014924 . A G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.028638;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:4,6:2,5:2,1
1921 chr16 34165244 . G A 0 PASS DP=108;GPV=1;SPV=0.012235;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:52,7:32,6:20,1
1922 chr16 34174419 . C CA 0 PASS DP=173;GPV=1;SPV=0.038871;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:96:77,19:41,12:36,7
1923 chr16 34716233 . T C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.091036;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:19,2:9,2
1924 chr16 35478339 . C T 0 PASS DP=98;GPV=1;SPV=0.00073344;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:40,10:19,4:21,6
1925 chr16 36100822 . CAT C 0 PASS DP=207;GPV=1;SPV=0.040003;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:114:92,22:50,12:42,10
1926 chr16 36111053 . C T 0 PASS DP=146;GPV=1;SPV=0.031943;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:64,13:27,3:37,10
1927 chr16 36120992 . GA G 0 PASS DP=247;GPV=1;SPV=0.0098825;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:139:113,15:41,8:72,7
1928 chr16 37989067 . G C 0 PASS DP=86;GPV=1;SPV=0.044889;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:36,11:20,3:16,8
1929 chr16 38130001 . G A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.17436;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4
1930 chr16 38166303 . T A 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
1931 chr16 46743532 . G A 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.00034236;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:25,10:12,5:13,5
1932 chr16 46780086 . A T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.00024776;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:13,6:8,4
1933 chr16 47675519 . A T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.046254;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:22,6:9,2:13,4
1934 chr16 48416181 . T A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.41667;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:4,2:2,1:2,1
1935 chr16 48772945 . C T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
1936 chr16 49099105 . CAT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.089257;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,3:6,2
1937 chr16 49873866 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:2,4:6,2
1938 chr16 51288370 . AAAAGAAAGAAAG A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0091476;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:15,7:8,4:7,3
1939 chr16 51644253 . T C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038709;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:23,6:21,4:2,2
1940 chr16 53025955 . T C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2
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1995 chr16 83000574 . CT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.021859;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:4,6:4,3
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1997 chr16 84050735 . GC G 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.016523;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:38,11:11,7:27,4
1998 chr16 87434994 . A C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:6,2:4,1:2,1
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2007 chr17 2218028 . CA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0047709;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:17,13:6,6:11,7
2008 chr17 3699052 . G GACACACACACACAC 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.035819;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:7,2:7,3
2009 chr17 4640699 . A G 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.014135;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:30,10:12,5:18,5
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2011 chr17 5749632 . G A 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.15275;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:8,3:11,2
2012 chr17 6296216 . A ATGTGTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.026054;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,6:7,5:4,1
2013 chr17 6300670 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.00046907;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:24,12:12,5:12,7
2014 chr17 7662623 . CT C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.029565;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:8,5:2,2
2015 chr17 7754833 . C T 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=9.577e-06;SS=2;SSC=50;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:31,18:15,7:16,11
2016 chr17 7793522 . TTC T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.036676;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:5,1:12,3
2017 chr17 7871493 . T C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0035252;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:10,3:11,5
2018 chr17 8087257 . C G 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.056596;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:16,2:12,2
2019 chr17 8339237 . GTT G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0033069;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:18,11:11,8:7,3
2020 chr17 8343815 . AGTGTGT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.043511;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:10,2:8,7
2021 chr17 8363840 . T TC 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.22332;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:15,3:7,2:8,1
2022 chr17 10005162 . T C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.29013;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:22,5:9,3:13,2
2023 chr17 11294120 . G A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0030237;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:12,2:12,5
2024 chr17 11350186 . T A 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.14555;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3
2025 chr17 11727047 . CAAA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.10277;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:11,5:6,4:5,1
2026 chr17 12197620 . G C 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=0.0020908;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:17,7:14,3
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2101 chr17 44950763 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.032647;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:8,10:4,4:4,6
2102 chr17 45662311 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0001093;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:23,18:10,12:13,6
2103 chr17 46245030 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.018803;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:4,2:3,2
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2105 chr17 47653271 . A ATT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.018626;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,3:4,4
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2107 chr17 48069597 . C CA 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.042556;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:5,6:7,1
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2110 chr17 50128482 . TCA T 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0019469;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:12,10:3,9:9,1
2111 chr17 50530493 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.031065;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:16,8:9,3:7,5
2112 chr17 51455573 . G GGTGTGT 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0018565;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:17,12:8,7:9,5
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2184 chr18 13880126 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.26692;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,4:9,2:9,2
2185 chr18 14672212 . A G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.22636;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,2:11,2
2186 chr18 14689035 . G GTAAA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.016865;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,8:4,5:9,3
2187 chr18 15317868 . CTAAT C 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.025917;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:14,1:10,4
2188 chr18 15393025 . T TG 0 PASS DP=100;GPV=1;SPV=0.034393;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:45,13:20,4:25,9
2189 chr18 15519095 . A C 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.026373;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:87:76,11:15,2:61,9
2190 chr18 15521441 . A T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.004315;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:26,13:9,10:17,3
2191 chr18 15530255 . A G 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,3:8,1
2192 chr18 15540190 . G T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.11076;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:17,4:1,0
2193 chr18 15601295 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0006152;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:9,6:2,3
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2197 chr18 15709768 . G C 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.16867;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:35,4:1,0:34,4
2198 chr18 15875759 . A C 0 PASS DP=132;GPV=1;SPV=0.025693;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:67:56,11:22,3:34,8
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2282 chr18 69335023 . T A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.00099736;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:30,15:14,10:16,5
2283 chr18 70444986 . GTTTTT G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:7,3:4,1
2284 chr18 71000492 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0048426;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:10,4:11,4
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2532 chr2 87429621 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.064666;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:12,1:13,3
2533 chr2 87429622 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.059209;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,5:14,2:12,3
2534 chr2 87430689 . AAGCC A 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.02276;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:83:68,15:34,5:34,10
2535 chr2 88983107 . A G 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.018478;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:41,6:22,3:19,3
2536 chr2 89592132 . C T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.00069917;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,10:1,3:10,7
2537 chr2 89617384 . AAT A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.029803;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:11,7:18,4
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2541 chr2 90294162 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.043004;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:18,5:16,2
2542 chr2 90312003 . G A 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.002038;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:7,4:16,7
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2629 chr2 116873420 . CTGT C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0027601;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:7,7:7,7
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2698 chr2 160681459 . C CTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.15385;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,4:2,1:4,3
2699 chr2 161109807 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.029557;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:39,8:20,5:19,3
2700 chr2 162820033 . CT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:8,3:6,1
2701 chr2 163102493 . CA C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.011899;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:8,8:4,6:4,2
2702 chr2 163758054 . C A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=3.7651e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:20,12:8,8:12,4
2703 chr2 165147294 . GGT G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.021659;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,10:10,9:6,1
2704 chr2 166154444 . G C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.031046;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:11,3:10,2
2705 chr2 168752279 . A ATGTGTGTG 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.052941;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,4:3,2:2,2
2706 chr2 169656413 . A G 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.16794;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:13,1:13,3
2707 chr2 169838387 . TTG T 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.011312;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:4,6:2,4:2,2
2708 chr2 170160245 . C CTT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.045738;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,6:6,4:8,2
2709 chr2 170866189 . A C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0040937;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:28,8:19,2:9,6
2710 chr2 170921192 . GTT G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.016957;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:8,6:4,4:4,2
2711 chr2 171272618 . AT A 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.049667;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,7:6,4:7,3
2712 chr2 172709045 . TC T 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.042184;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:16,3:15,2
2713 chr2 172911758 . CTT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,7:7,5:3,2
2714 chr2 173939765 . A C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,2:4,1:3,1
2715 chr2 174347609 . CTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.21107;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:14,3:5,2
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2788 chr2 231017939 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.065325;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:15,5:6,1:9,4
2789 chr2 231628970 . GA G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,7:3,6:3,1
2790 chr2 231837173 . C A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.17925;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:20,3:13,2:7,1
2791 chr2 232180329 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2
2792 chr2 232673907 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.010538;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,10:4,9:3,1
2793 chr2 233494920 . A T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.00024999;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:13:3,10:3,6:0,4
2794 chr2 233567321 . T G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.089909;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:13,2:16,2
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2797 chr2 235090896 . CTTCT C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.082337;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:16,6:5,1:11,5
2798 chr2 236160238 . AGTGT A 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0055603;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:15,15:3,3:12,12
2799 chr2 236358897 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.00054254;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:11,6:13,7
2800 chr2 236736477 . C T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0032397;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:10,5:17,5
2801 chr2 236893471 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.23529;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:7,2:6,1:1,1
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2877 chr20 31064593 . T TGGAAA 0 PASS DP=330;GPV=1;SPV=0.0271;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:197:129,22:58,5:71,17
2878 chr20 31072067 . G GTGGAATGGAA 0 PASS DP=453;GPV=1;SPV=0.0097515;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:266:150,27:81,19:69,8
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2880 chr20 32094705 . AAAAGAAAGAAAG A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.076981;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:11,6:10,1
2881 chr20 32176929 . C G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:12,1:3,3
2882 chr20 32683247 . C A 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.049275;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2
2883 chr20 32964005 . C CCTTCTT 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.18393;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:26,4:14,2:12,2
2884 chr20 33087753 . C CACACACACACAA 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.017877;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:21,12:12,6:9,6
2885 chr20 33128672 . T C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.035909;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,6:18,3:15,3
2886 chr20 33486424 . TTG T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.10954;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:33,5:18,2:15,3
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2957 chr21 8441992 . GGGC G 0 PASS DP=2900;GPV=1;SPV=0.042171;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:1670:1429,170:517,60:912,110
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2959 chr21 8563236 . AC A 0 PASS DP=120;GPV=1;SPV=0.0071452;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:50,9:19,2:31,7
2960 chr21 8591154 . A T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.086103;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:10,3:10,1
2961 chr21 8664871 . GAAATGATGAGACA G 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.038552;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:39,10:26,3:13,7
2962 chr21 8683354 . C T 0 PASS DP=161;GPV=1;SPV=0.0040996;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:85:66,19:39,11:27,8
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2966 chr21 8786423 . TTCC T 0 PASS DP=266;GPV=1;SPV=0.047543;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:153:124,22:79,15:45,7
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2968 chr21 8806432 . A G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0024099;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,11:4,3:6,8
2969 chr21 8819260 . C CT 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.0059286;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:12,8:18,3
2970 chr21 8824094 . T TA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.11785;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:4,3:9,3
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3120 chr21 21343352 . T TACACACACAC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.015238;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:3,4:6,5
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3127 chr21 27502369 . A G 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0015405;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:9,6:9,3
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3131 chr21 28179992 . C CTA 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.15237;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:40,6:18,5:22,1
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3135 chr21 29860020 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0085539;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:17,8:14,1
3136 chr21 29905619 . ATTTT A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0219;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,7:7,4:3,3
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3217 chr22 11928081 . A G 0 PASS DP=655;GPV=1;SPV=0.048726;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:375:336,39:183,20:153,19
3218 chr22 11936070 . A T 0 PASS DP=418;GPV=1;SPV=0.00059618;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:209:167,42:88,25:79,17
3219 chr22 11942334 . C G 0 PASS DP=347;GPV=1;SPV=0.021383;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:198:165,33:44,21:121,12
3220 chr22 11947623 . C A 0 PASS DP=158;GPV=1;SPV=0.0050579;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:85,10:45,3:40,7
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3285 chr22 18945973 . T G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.020498;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:35,14:19,2:16,12
3286 chr22 19761611 . G C 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.0020111;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:39,11:17,6:22,5
3287 chr22 20336043 . TA T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.045135;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:32,5:13,2:19,3
3288 chr22 20695805 . A G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.04045;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:39,6:14,4:25,2
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3293 chr22 21223209 . C CT 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.045809;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:4,5:12,5
3294 chr22 21224952 . G A 0 PASS DP=164;GPV=1;SPV=0.015733;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:88:73,15:37,9:36,6
3295 chr22 21256883 . C T 0 PASS DP=141;GPV=1;SPV=0.022731;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:72:56,16:31,6:25,10
3296 chr22 21306870 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2
3297 chr22 22393137 . GA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,5:9,2:10,3
3298 chr22 22485355 . C T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0012565;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:23,11:11,5:12,6
3299 chr22 22501019 . CA C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.011299;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,8:5,1
3300 chr22 23953122 . A G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.020062;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:10,5:15,3
3301 chr22 24251077 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.077531;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:10,4:20,1
3302 chr22 24611773 . TTG T 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0081121;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,9:5,8:3,1
3303 chr22 24647131 . G C 0 PASS DP=87;GPV=1;SPV=0.026665;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:55:39,16:14,6:25,10
3304 chr22 24649431 . G T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.047266;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:32,12:15,5:17,7
3305 chr22 25499786 . TCC T 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.060606;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:2,3:2,1:0,2
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3307 chr22 25913947 . G T 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.0021771;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:31,9:12,8:19,1
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3330 chr22 41312439 . G A 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.091143;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,6:10,1:7,5
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3354 chr3 2658965 . GACAC G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.045366;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:13,8:5,3
3355 chr3 2677449 . T TAGAG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.13842;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:13,2:8,2
3356 chr3 2937137 . T C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=3.2852e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:24,16:12,9:12,7
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3358 chr3 3284839 . T TTTCTTCTTCTTC 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.053471;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3
3359 chr3 3763961 . GT G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0017181;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:2,10:1,7:1,3
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3361 chr3 4255552 . CAAG C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.044074;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,8:9,5:9,3
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3364 chr3 6802586 . C CT 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.015866;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:2,4:5,5
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3366 chr3 8149448 . A C 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.16484;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:4,2:3,1:1,1
3367 chr3 9218606 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.001437;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:15,5:10,6
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3369 chr3 10410412 . C G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00021271;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:27,12:15,7:12,5
3370 chr3 12108899 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0043761;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:20,7:8,3:12,4
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3372 chr3 15272630 . CAT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.049315;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:25,9:16,3:9,6
3373 chr3 16761247 . T TTC 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.036566;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:10,4:7,2
3374 chr3 16761248 . C T 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.026224;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,6:1,5:3,1
3375 chr3 18084532 . T A 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.040248;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,6:4,4:4,2
3376 chr3 18097749 . CTCA C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.14084;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:26,4:12,2:14,2
3377 chr3 18097755 . CTGA C 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.12547;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,2:12,2
3378 chr3 18097762 . A T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.096637;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:10,2:14,2
3379 chr3 18097763 . T C 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.10745;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:12,2:15,2
3380 chr3 18097765 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.1228;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:28,4:12,2:16,2
3381 chr3 18362860 . C CAAAAA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:5,4:0,0
3382 chr3 19434174 . C G 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0062647;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:28,12:11,5:17,7
3383 chr3 19562991 . AACACAC A 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2
3384 chr3 20061990 . A T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,4:8,3:11,1
3385 chr3 21229506 . A T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.00059631;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:9,3:14,9
3386 chr3 21681698 . G GA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.091659;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,6:9,4:4,2
3387 chr3 21838694 . A T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.00088019;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:24,13:15,6:9,7
3388 chr3 21881627 . A G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=4.5681e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:11,19:7,12:4,7
3389 chr3 22697698 . G GAAAAGAAA 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.047619;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:1,3:1,2:0,1
3390 chr3 23102581 . C G 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.012894;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:8,5:13,1
3391 chr3 23420498 . G T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=7.6729e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,11:12,7:5,4
3392 chr3 23579384 . CA C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:4,5:3,1
3393 chr3 23716050 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0029924;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:5,5:3,7
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3441 chr3 54141061 . C CTGTGTGTGTGTGTGTG 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.013369;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:2,6:0,3:2,3
3442 chr3 54910793 . A C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.013909;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:20,5:8,2:12,3
3443 chr3 55549477 . C CT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.031702;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,6:0,2:2,4
3444 chr3 55842076 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.028886;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:30,5:14,2:16,3
3445 chr3 56032975 . A G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.038416;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:21,5:15,4:6,1
3446 chr3 56906975 . A ATT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.098383;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,5:8,4:1,1
3447 chr3 58033635 . C T 0 PASS DP=89;GPV=1;SPV=0.0039417;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:41,9:18,4:23,5
3448 chr3 58328961 . A G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.2;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:1,2:0,0:1,2
3449 chr3 59215302 . ATATAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.094902;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:10,4:12,1
3450 chr3 59797192 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0054287;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:27,9:18,6:9,3
3451 chr3 60038012 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0074978;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:38:30,8:19,4:11,4
3452 chr3 60614820 . G T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.12913;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,6:6,5:3,1
3453 chr3 61600173 . AAT A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.092437;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,5:2,4:5,1
3454 chr3 65122609 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.00064998;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:12,19:5,9:7,10
3455 chr3 67947115 . T TTTTATTTATTTATTTATTTATTTA 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.077195;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:18,5:10,3:8,2
3456 chr3 68262307 . GTATATATATATATATATA G 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.29371;SS=2;SSC=5;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:3,2:3,2
3457 chr3 68461282 . A AAAAC 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:9,7:5,5:4,2
3458 chr3 69225519 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.015535;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,11:6,9:2,2
3459 chr3 69242478 . ATTTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.038248;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:8,5:6,3:2,2
3460 chr3 69418822 . A ATGTG 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.029963;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:5,6:10,4
3461 chr3 71937988 . C CTGTG 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.015417;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:20,11:11,5:9,6
3462 chr3 72633690 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0034744;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:17,6:10,8
3463 chr3 73347437 . T C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.16358;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:14,1:8,3
3464 chr3 73534019 . C A 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.0064143;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:35,9:19,5:16,4
3465 chr3 74269048 . G GA 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0043101;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,7:9,6:5,1
3466 chr3 75096062 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.040085;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,4:5,1
3467 chr3 75643476 . C T 0 PASS DP=142;GPV=1;SPV=0.046603;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:77:61,16:36,8:25,8
3468 chr3 75785855 . G GA 0 PASS DP=163;GPV=1;SPV=0.039244;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:95:76,19:36,10:40,9
3469 chr3 75811514 . G A 0 PASS DP=138;GPV=1;SPV=0.037707;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:84:72,12:30,5:42,7
3470 chr3 76425510 . G C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.18176;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:22,4:11,1:11,3
3471 chr3 76719798 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.020851;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,5:10,4:17,1
3472 chr3 76811818 . CTTCCTTCCTTCCTTCCTTCT C 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.016673;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,6:7,2:7,4
3473 chr3 76834013 . C T 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.036896;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:10,10:2,3:8,7
3474 chr3 77077386 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0004715;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,5:14,4
3475 chr3 77323024 . ATATAT A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.038499;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:28,8:19,4:9,4
3476 chr3 78310768 . GAAGA G 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.014912;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:10,5:6,2:4,3
3477 chr3 78388527 . C CATCTGCCTGTTACCCAGTTCCAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0090305;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:10,8:2,2:8,6
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3547 chr3 122145747 . G C 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00044867;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:9,6:9,4
3548 chr3 124044897 . C CT 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011574;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:14,9:3,2:11,7
3549 chr3 124495729 . T TAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0071396;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:0,4:7,3
3550 chr3 124668043 . G GAC 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,11:3,4:3,7
3551 chr3 125813770 . A T 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00041251;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:13,7:8,3
3552 chr3 126336272 . A C 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.087731;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:25,4:13,1:12,3
3553 chr3 127184619 . C A 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0089538;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:16,4:14,5
3554 chr3 127947372 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.0058348;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:8,5:13,2
3555 chr3 131586850 . G T 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=0.00065864;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:53:36,17:20,5:16,12
3556 chr3 133003397 . A ATG 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.033935;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,9:9,6:6,3
3557 chr3 133044974 . T TTC 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.029233;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:29,6:15,1:14,5
3558 chr3 133091223 . C A 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00041251;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,7:9,3
3559 chr3 133158465 . TA T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0079864;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:9,19:6,13:3,6
3560 chr3 133425913 . G GGGCAAGGGAA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.089245;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:10,5:5,2:5,3
3561 chr3 134321577 . CT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.0057971;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:2,3:5,3
3562 chr3 134401573 . C T 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.18741;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:36,4:17,3:19,1
3563 chr3 134858009 . C A 0 PASS DP=82;GPV=1;SPV=0.00021937;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:34,14:16,6:18,8
3564 chr3 135253682 . A C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.045822;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:11,9:6,2:5,7
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3632 chr3 175061728 . A AATATATAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.0085423;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:16,10:10,7:6,3
3633 chr3 175849410 . C CATATAT 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:4,5:2,4:2,1
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3635 chr3 177312931 . CT C 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.028986;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:8,12:2,8:6,4
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3637 chr3 177939576 . A AAG 0 PASS DP=84;GPV=1;SPV=0.039093;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:44,6:28,2:16,4
3638 chr3 178163969 . T TA 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.038251;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:15,6:6,5
3639 chr3 178517187 . CTGTG C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0023791;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:13,16:7,11:6,5
3640 chr3 178568854 . T TA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.16643;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:17,4:10,2:7,2
3641 chr3 178757829 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.055901;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,2:3,2
3642 chr3 178757830 . C T 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.12422;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:9,3:6,1:3,2
3643 chr3 178838570 . CA C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.034981;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:19,15:10,9:9,6
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3646 chr3 180873483 . T G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.14912;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:17,2:15,2
3647 chr3 181121602 . G T 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.00022269;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:51:33,18:12,13:21,5
3648 chr3 181950827 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=0.11468;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:45,5:18,1:27,4
3649 chr3 182590903 . T A 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.06044;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:15,2:14,2
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3714 chr4 23859780 . CAAAATAAAATAAAATAAAAT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.20158;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,5:5,2:8,3
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3721 chr4 26244403 . ATG A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.034438;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:14,8:11,4:3,4
3722 chr4 27930275 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.018404;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:5,3:6,2
3723 chr4 29338563 . T G 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.0020609;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:30,11:18,7:12,4
3724 chr4 29990623 . A C 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=0.0049228;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,8:8,5:11,3
3725 chr4 30265706 . T A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.00014298;SS=2;SSC=38;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:26,15:16,7:10,8
3726 chr4 30545108 . ATT A 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.014318;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:13,9:11,4:2,5
3727 chr4 30969410 . C T 0 PASS DP=49;GPV=1;SPV=4.5431e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:11,21:5,10:6,11
3728 chr4 32619397 . TTA T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.00064391;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:17,19:10,9:7,10
3729 chr4 32868624 . A AT 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.009581;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:11,8:6,3:5,5
3730 chr4 32870349 . C T 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.0064316;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:18,3:15,4
3731 chr4 33477438 . C CT 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.11157;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:37,5:12,2:25,3
3732 chr4 36484889 . AATATATATTAGTTTATATATATAAT A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.1733;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:9,2:14,2
3733 chr4 37667875 . C G 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.00037684;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:11,17:5,7:6,10
3734 chr4 37717454 . G GA 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.02381;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:0,4:0,4:0,0
3735 chr4 37846536 . C G 0 PASS DP=75;GPV=1;SPV=0.00041007;SS=2;SSC=33;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:17,8:14,5
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3812 chr4 67112889 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.02659;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:25,11:10,4:15,7
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3814 chr4 68708239 . C A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0072434;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:10,1:15,7
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3816 chr4 69762168 . AC A 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.16752;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:25,5:12,4:13,1
3817 chr4 72935056 . A C 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.011854;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:11,4:10,3
3818 chr4 73199221 . CTG C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0022326;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:13,14:7,9:6,5
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3821 chr4 74876177 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.0051097;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:20,6:8,5:12,1
3822 chr4 75444380 . A C 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.012154;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:9,4:19,3
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3847 chr4 96073939 . G A 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=0.00062529;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:35,11:16,6:19,5
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3858 chr4 103577197 . CTCTT C 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.009884;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:4,1:16,7
3859 chr4 104085363 . A G 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.072765;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:12,1:5,3
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3890 chr4 122262148 . T TTGTGTGTG 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.0031331;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:7,17:2,10:5,7
3891 chr4 122659627 . C CT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.027077;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,9:6,8:4,1
3892 chr4 123101433 . G C 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=0.002347;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:31,11:19,3:12,8
3893 chr4 124860352 . G A 0 PASS DP=77;GPV=1;SPV=4.1153e-06;SS=2;SSC=53;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:27,25:12,13:15,12
3894 chr4 125873987 . C G 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.4736e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:7,4:20,11
3895 chr4 125977342 . GT G 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,4:10,2:5,2
3896 chr4 127022288 . G A 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.0039729;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:8,2:10,11
3897 chr4 127584099 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.097639;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:49:43,6:22,1:21,5
3898 chr4 128391550 . TTCTCAGCATC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0013772;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:6,7:3,5
3899 chr4 129093245 . C G 0 PASS DP=91;GPV=1;SPV=0.0002415;SS=2;SSC=36;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:59:42,17:21,7:21,10
3900 chr4 129508436 . G C 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=3.2196e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:25,16:10,11:15,5
3901 chr4 130548217 . G GA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.19203;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:17,2:6,2
3902 chr4 130999757 . CT C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.11647;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,5:7,2:5,3
3903 chr4 131382119 . G A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.057437;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:14,4:17,2
3904 chr4 131601676 . CT C 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.0011236;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:12,15:10,8:2,7
3905 chr4 131739922 . G A 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.07595;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:48:41,7:18,6:23,1
3906 chr4 132254108 . G T 0 PASS DP=90;GPV=1;SPV=0.0011222;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:58:44,14:22,3:22,11
3907 chr4 133188665 . G GT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.20626;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:24,5:15,2:9,3
3908 chr4 133465011 . G T 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.003755;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:8,7:18,4
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3981 chr4 172487367 . C CTTCTT 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.060124;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:13,5:2,3:11,2
3982 chr4 172887682 . G C 0 PASS DP=85;GPV=1;SPV=4.7666e-07;SS=2;SSC=63;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:52:28,24:14,11:14,13
3983 chr4 173022078 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.12418;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:18,4:11,1:7,3
3984 chr4 173074876 . AG A 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.1713;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:11,2:19,2
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3993 chr4 178691496 . CA C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.036129;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,9:11,7:3,2
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4043 chr5 7143259 . G GTGTGTATATATA 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.13115;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2
4044 chr5 7589498 . G GAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.20553;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:12,4:11,4:1,0
4045 chr5 8720398 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.094203;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,4:9,4:1,0
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4048 chr5 9593951 . G GTATATATATATATATATATA 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.12238;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,6:2,5:2,1
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4066 chr5 19917432 . T A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.019651;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:12,3:6,2
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4068 chr5 20755141 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.057471;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,3:8,1
4069 chr5 20757924 . C A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=0.030818;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:33,7:15,3:18,4
4070 chr5 20865871 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.048994;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,5:4,3:10,2
4071 chr5 21211538 . T G 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0136;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:30,6:12,2:18,4
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4073 chr5 23118340 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.049017;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:9,6:4,2:5,4
4074 chr5 23671914 . ATT A 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:6,1:7,3
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4079 chr5 24626897 . T TAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.17768;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:29,4:11,3:18,1
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4149 chr5 69164026 . AATAT A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,5:2,2:3,3
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4151 chr5 70427617 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.12093;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:11,3:7,2
4152 chr5 74925221 . TG T 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.012101;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,12:10,5:4,7
4153 chr5 77816249 . G GA 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.0072464;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:7,6:1,1
4154 chr5 78279850 . A AATAT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.11479;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:12,3:12,1
4155 chr5 78279867 . AAT A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.067038;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,5:9,4:9,1
4156 chr5 80035844 . T C 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.068498;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2
4157 chr5 80505749 . A ATT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.10784;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,4:2,2:5,2
4158 chr5 81116837 . G T 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0045171;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:28,9:13,4:15,5
4159 chr5 81737787 . C CA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.052666;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:21,7:17,4:4,3
4160 chr5 82370810 . G A 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.1672;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:33,4:22,2:11,2
4161 chr5 84864162 . AT A 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.04073;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:22,7:9,3:13,4
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4164 chr5 85677331 . A G 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.00034555;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:9,21:3,10:6,11
4165 chr5 88191956 . CA C 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.016254;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,5:1,4:4,1
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4238 chr5 153577078 . A ATGGATGGATGGG 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.030435;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:6,4:3,1
4239 chr5 153577162 . A T 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.30769;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,2:3,1:3,1
4240 chr5 154586572 . G GA 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.037198;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:10,5:8,4:2,1
4241 chr5 154646237 . GT G 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.026636;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:2,4:4,2
4242 chr5 155487913 . A T 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.0001844;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:14,9:11,7:3,2
4243 chr5 155796806 . C CA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.10791;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,4:6,3:5,1
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4245 chr5 156957512 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.05132;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:13,4:7,3:6,1
4246 chr5 156981148 . CTCTTTCTTTCTT C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0069996;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:6,10:1,5:5,5
4247 chr5 157280363 . A ATTTTTTT 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0024977;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:6,3:5,5
4248 chr5 158163405 . T G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.28571;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:2,2:2,1:0,1
4249 chr5 160202798 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.023376;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,6:7,2
4250 chr5 160236016 . G GT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.029563;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:7,6:2,1
4251 chr5 161571650 . CATAT C 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.18462;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:6,6:1,5:5,1
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4289 chr6 4674905 . G A 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.00028843;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:17,10:11,3:6,7
4290 chr6 5444493 . AGAG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.046953;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:1,1:1,3
4291 chr6 7450593 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.046407;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1
4292 chr6 8044283 . C CAA 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.037461;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,8:1,6:4,2
4293 chr6 8628542 . C T 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.016425;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:7,7:2,3:5,4
4294 chr6 8628547 . TTC T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.0026779;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,3:7,4
4295 chr6 8978319 . C T 0 PASS DP=17;GPV=1;SPV=0.020362;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:4,5:2,1:2,4
4296 chr6 9516350 . A C 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=0.0049562;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:30,9:16,5:14,4
4297 chr6 9752208 . A G 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=6.9341e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:11,7:5,5
4298 chr6 10563774 . A T 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.26923;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:5,2:4,1:1,1
4299 chr6 11052766 . CA C 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.080745;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:9,4:6,3:3,1
4300 chr6 11083103 . C CTTTTTT 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.042541;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:19,8:10,4:9,4
4301 chr6 11319730 . ACT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:13,4:10,2:3,2
4302 chr6 11319742 . A ACT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.045652;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,5:7,2:3,3
4303 chr6 11636065 . CA C 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0027473;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:0,11:0,8:0,3
4304 chr6 11700420 . A AATATATATAT 0 PASS DP=18;GPV=1;SPV=0.070707;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:3,4:2,2:1,2
4305 chr6 11855203 . T TTGTGTG 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.015843;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,6:6,1:3,5
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4307 chr6 12753779 . A T 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.016493;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:19,6:10,2:9,4
4308 chr6 14031306 . TAACACACA T 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.0080824;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:12,6:6,5
4309 chr6 14163457 . CT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.017499;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:8,8:5,5:3,3
4310 chr6 14353495 . G T 0 PASS DP=72;GPV=1;SPV=6.4422e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:27,16:15,12:12,4
4311 chr6 14382908 . T TCTTC 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.16171;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,4:15,3:12,1
4312 chr6 15094541 . A AC 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.048379;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,7:6,2:5,5
4313 chr6 15220872 . CGGGGGAGAGGAAAT C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.010097;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:16,12:7,9:9,3
4314 chr6 15620983 . T G 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00060146;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:30,12:17,6:13,6
4315 chr6 16121816 . G C 0 PASS DP=64;GPV=1;SPV=0.0011498;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:18,5:8,6
4316 chr6 16289848 . ATTTTTTTTTTT A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.026006;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:5,4:2,1:3,3
4317 chr6 17020444 . G A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0024472;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:8,7:6,3:2,4
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4319 chr6 20992037 . T C 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.037203;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:14,4:6,2:8,2
4320 chr6 21635083 . G T 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18479;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:17,5:9,3:8,2
4321 chr6 22077805 . T TTAA 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0070729;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:9,13:4,10:5,3
4322 chr6 22481638 . A G 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:7,4:3,2:4,2
4323 chr6 22868282 . CAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.0021831;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:3,8:2,7:1,1
4324 chr6 23276844 . C A 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0009678;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:21,9:13,6:8,3
4325 chr6 23827822 . C A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0025987;SS=2;SSC=25;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:39:25,14:13,11:12,3
4326 chr6 24378956 . G GA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.12587;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:5,4:5,4:0,0
4327 chr6 24389373 . A C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.083333;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:1,2:0,1:1,1
4328 chr6 26042796 . A ATT 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.13093;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:7,1:12,4
4329 chr6 27045173 . G A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.001551;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:45:36,9:19,5:17,4
4330 chr6 27221394 . T G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.093861;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1
4331 chr6 27803526 . TCACACA T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.040458;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:10,8:9,3:1,5
4332 chr6 28080543 . A AT 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.036419;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:12,5:6,4:6,1
4333 chr6 28891642 . C T 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.021198;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:13,4:9,3
4334 chr6 29187357 . T C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=7.3665e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:11,6:12,7
4335 chr6 29707390 . T TACACAC 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,4:4,3:2,1
4336 chr6 30415665 . C G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0014573;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:16,17:6,9:10,8
4337 chr6 30515671 . CTAGA C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.0010237;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:15,13:11,10:4,3
4338 chr6 31409323 . A G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.037466;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:12,7:6,2:6,5
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4405 chr6 72500306 . AAG A 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.47431;SS=2;SSC=3;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:14,2:10,1:4,1
4406 chr6 72500330 . AAG A 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.091304;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:5,2:6,2
4407 chr6 72587312 . AAAAGAAAG A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.041365;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2
4408 chr6 74165440 . C G 0 PASS DP=69;GPV=1;SPV=9.4662e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:23,12:9,5:14,7
4409 chr6 74797476 . C CAT 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.092308;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,4:1,3:4,1
4410 chr6 74810977 . T C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.0041136;SS=2;SSC=23;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:6,6:12,4
4411 chr6 75326112 . G T 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.041869;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:31,6:13,4:18,2
4412 chr6 75370340 . T C 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.027357;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:17,5:12,1:5,4
4413 chr6 75563329 . C CTGTGTGTG 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.0024526;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,7:1,5:3,2
4414 chr6 76048137 . C A 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.020112;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:26,6:8,3:18,3
4415 chr6 76687005 . A C 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:2,2:2,1:0,1
4416 chr6 78186375 . CAAAA C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.017534;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:2,9:2,7:0,2
4417 chr6 78541340 . GAGAGAGCCAGACAGCA G 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0010369;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:15,10:12,6:3,4
4418 chr6 79461984 . C G 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0087781;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:23,7:12,5:11,2
4419 chr6 80145831 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=1.1889e-06;SS=2;SSC=59;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:21,16:12,9:9,7
4420 chr6 81647497 . A T 0 PASS DP=74;GPV=1;SPV=0.00096111;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:32,12:21,8:11,4
4421 chr6 83221158 . C CAAAAAAAAA 0 PASS DP=42;GPV=1;SPV=0.018671;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:8,7:5,1
4422 chr6 83237314 . GA G 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.0093841;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:15,12:10,6:5,6
4423 chr6 83497818 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.082213;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:11,5:4,4:7,1
4424 chr6 84254247 . G GT 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=3.216e-05;SS=2;SSC=44;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:7,18:2,11:5,7
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4496 chr6 143580508 . C CA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.019763;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:6,4:3,3:3,1
4497 chr6 143977473 . T C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.11275;SS=2;SSC=9;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:19,5:11,2:8,3
4498 chr6 145034839 . CTGTCA C 0 PASS DP=68;GPV=1;SPV=0.000451;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:34:24,10:9,7:15,3
4499 chr6 145934473 . T TAAATAAAATAAAATA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.031374;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:14,7:7,6:7,1
4500 chr6 146089679 . T A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.015414;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:19,5:9,2
4501 chr6 146455122 . T C 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.039565;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:23,9:16,6:7,3
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4508 chr6 148368772 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.055478;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:16,6:9,4:7,2
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4562 chr7 11638318 . T A 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.00054466;SS=2;SSC=32;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:22,9:8,5:14,4
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4579 chr7 23154355 . A AAAAC 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.031691;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:21,11:8,5:13,6
4580 chr7 24779498 . G GGTGTGTGTGT 0 PASS DP=53;GPV=1;SPV=0.020195;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:18,10:13,5:5,5
4581 chr7 24940809 . CT C 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0336;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:12,1:8,3
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4584 chr7 28000618 . C T 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.019346;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,8:9,6:4,2
4585 chr7 28000622 . C T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:14,5:8,4:6,1
4586 chr7 28348385 . CTCTCTCTCTCTG C 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.053885;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,4:8,2:10,2
4587 chr7 28624676 . G GAA 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.13055;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,5:10,4:5,1
4588 chr7 32443079 . CAAA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.034965;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:2,7:1,2:1,5
4589 chr7 33020563 . T C 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0012119;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:12,5:15,9
4590 chr7 33783473 . CTT C 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.23498;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:12,5:4,3:8,2
4591 chr7 34386872 . C T 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=9.3501e-05;SS=2;SSC=40;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:17,24:9,14:8,10
4592 chr7 35574098 . AG A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.031059;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:8,4:0,2
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4594 chr7 36056080 . T A 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0022392;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:21,8:14,4:7,4
4595 chr7 36056083 . T TG 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.0053469;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:16,3:8,4
4596 chr7 36056086 . T TA 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.0040413;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:15,3:7,4
4597 chr7 36198359 . G A 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.097902;SS=2;SSC=10;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,4:3,1:1,3
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4718 chr7 101320558 . C T 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.018182;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:10:0,3:0,1:0,2
4719 chr7 101342021 . T TTTC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.21569;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:19,3:5,1:14,2
4720 chr7 101355066 . TTTTTC T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.011229;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:9,9:4,4:5,5
4721 chr7 101946544 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.15021;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:8,5:5,4:3,1
4722 chr7 102060580 . CATATAT C 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.042412;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:9,3:6,1
4723 chr7 102564422 . C CAA 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.13663;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:27,4:22,3:5,1
4724 chr7 102566067 . G C 0 PASS DP=80;GPV=1;SPV=0.036714;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:27,10:11,7:16,3
4725 chr7 102576894 . G A 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.03782;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:13,5:12,3
4726 chr7 102592796 . G A 0 PASS DP=159;GPV=1;SPV=0.00012025;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:79:56,23:27,13:29,10
4727 chr7 102618555 . C T 0 PASS DP=67;GPV=1;SPV=4.7617e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,10:7,3
4728 chr7 105501970 . ATAT A 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:2,2:2,1:0,1
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4731 chr7 108692388 . A ATTT 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.0055944;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:2,6:1,3:1,3
4732 chr7 108725935 . A AGAGAGG 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.026316;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:5,7:4,2:1,5
4733 chr7 110192628 . T A 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.063158;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:9:6,3:2,2:4,1
4734 chr7 110315561 . C CCT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.020229;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,7:4,5:2,2
4735 chr7 110963987 . A T 0 PASS DP=55;GPV=1;SPV=0.029051;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:9,6:4,4:5,2
4736 chr7 110989531 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.037021;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:6,2:0,3
4737 chr7 115821961 . A ATTTT 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.004902;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:0,14:0,10:0,4
4738 chr7 117059807 . C CA 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.082707;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1
4739 chr7 119335917 . GT G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.027438;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:3,4:3,1
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4743 chr7 125248961 . G GT 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:7,7:5,6:2,1
4744 chr7 126360474 . C G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.042184;SS=2;SSC=13;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:31,5:11,2:20,3
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4747 chr7 129963936 . G GT 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.00068862;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:9,12:7,10:2,2
4748 chr7 130782419 . CTCTT C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0019985;SS=2;SSC=26;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,8:3,3:3,5
4749 chr7 131983250 . A G 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.00029663;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,9:3,5:4,4
4750 chr7 132020640 . G A 0 PASS DP=38;GPV=1;SPV=0.019656;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:10,5:5,1
4751 chr7 132716676 . C CA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.001026;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:4,10:3,8:1,2
4752 chr7 133227300 . TATA T 0 PASS DP=16;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:3,2:2,1:1,1
4753 chr7 134371720 . C G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00095953;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:15,9:8,7:7,2
4754 chr7 134544731 . G C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0014954;SS=2;SSC=28;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:15,6:6,1:9,5
4755 chr7 136452552 . G A 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.013177;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:6,5:5,1:1,4
4756 chr7 139490533 . CA C 0 PASS DP=19;GPV=1;SPV=0.00098508;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:9:1,8:0,6:1,2
4757 chr7 139623517 . CAA C 0 PASS DP=22;GPV=1;SPV=0.01548;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:4,6:2,3:2,3
4758 chr7 140583926 . G GA 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.21839;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:17,4:7,3:10,1
4759 chr7 141002399 . C T 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14141;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:4,4:3,1:1,3
4760 chr7 141604374 . G GTATATATATA 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.034325;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:6,6:2,5:4,1
4761 chr7 142383337 . T TTCTATAA 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.043344;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:10:6,4:4,2:2,2
4762 chr7 143208151 . A AAGTAT 0 PASS DP=29;GPV=1;SPV=0.03311;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,4:6,3:2,1
4763 chr7 143540747 . A G 0 PASS DP=60;GPV=1;SPV=0.010482;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:18,11:4,8:14,3
4764 chr7 144149689 . C A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.16667;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:2,2:0,1:2,1
4765 chr7 144244550 . C T 0 PASS DP=41;GPV=1;SPV=0.013378;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:4,4:14,5
4766 chr7 144285525 . T C 0 PASS DP=97;GPV=1;SPV=0.01061;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:47:34,13:20,5:14,8
4767 chr7 145196271 . TTTTTCTTTTC T 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.023384;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:9,7:2,5:7,2
4768 chr7 146856297 . G C 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.024462;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:10,4:7,2:3,2
4769 chr7 147010007 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0032575;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:4,8:3,7:1,1
4770 chr7 147317800 . A ATATATGTG 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066185;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:13,4:4,2:9,2
4771 chr7 147995532 . G T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.012694;SS=2;SSC=18;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:7,7:3,4:4,3
4772 chr7 147997556 . CAA C 0 PASS DP=30;GPV=1;SPV=0.01192;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:13:5,6:4,5:1,1
4773 chr7 148737558 . G GTA 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.037585;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:17,9:6,4:11,5
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4814 chr8 8675975 . CA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.018778;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:17:5,7:3,6:2,1
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4818 chr8 12439341 . T G 0 PASS DP=28;GPV=1;SPV=0.1893;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:15,4:11,2:4,2
4819 chr8 12504320 . G T 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.029799;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2
4820 chr8 12560699 . TATAC T 0 PASS DP=93;GPV=1;SPV=0.047445;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:50:43,7:26,3:17,4
4821 chr8 12560716 . ATATATACG A 0 PASS DP=88;GPV=1;SPV=0.039034;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:46:39,7:25,2:14,5
4822 chr8 12739967 . G C 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.16038;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:32,4:20,2:12,2
4823 chr8 12902624 . A G 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.034045;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:9,5:2,3
4824 chr8 14471992 . G T 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.00089348;SS=2;SSC=30;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:44:31,13:12,3:19,10
4825 chr8 14507129 . C CAAACTGTCTTTTCAATTGATCGGGACAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.16591;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:24,4:11,2:13,2
4826 chr8 15430011 . G A 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.0037259;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:14,14:6,7:8,7
4827 chr8 16297238 . G GTAAGT 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.2164;SS=2;SSC=6;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:19,4:12,2:7,2
4828 chr8 16961661 . CT C 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.11304;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2
4829 chr8 17267469 . G T 0 PASS DP=52;GPV=1;SPV=0.050264;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:35:28,7:12,3:16,4
4830 chr8 18018899 . C T 0 PASS DP=46;GPV=1;SPV=0.0072464;SS=2;SSC=21;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:8,7:3,3:5,4
4831 chr8 18164474 . C T 0 PASS DP=65;GPV=1;SPV=0.0062626;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:31,10:21,3:10,7
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4844 chr8 26002932 . A G 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055469;SS=2;SSC=22;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:10,8:3,5:7,3
4845 chr8 26004673 . CA C 0 PASS DP=21;GPV=1;SPV=0.047472;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:8:4,4:3,2:1,2
4846 chr8 26618481 . GT G 0 PASS DP=35;GPV=1;SPV=0.051469;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:17,7:13,4:4,3
4847 chr8 26680343 . CTCTT C 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.07564;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:13,4:4,1:9,3
4848 chr8 26968288 . C T 0 PASS DP=51;GPV=1;SPV=0.0023514;SS=2;SSC=26;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:20,10:7,4:13,6
4849 chr8 27525370 . C T 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.0010271;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:21,10:12,5:9,5
4850 chr8 27865789 . T A 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.21429;SS=2;SSC=6;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,2:2,1:0,1
4851 chr8 28773463 . CA C 0 PASS DP=31;GPV=1;SPV=0.049571;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:11,8:4,2:7,6
4852 chr8 30904446 . CA C 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0077494;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:8,8:6,6:2,2
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4854 chr8 31903148 . C CTTTTT 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.029748;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1
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4856 chr8 32861894 . C CA 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.0055972;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:18:7,9:2,8:5,1
4857 chr8 34653359 . T TACACAC 0 PASS DP=33;GPV=1;SPV=0.034106;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:11,11:5,6:6,5
4858 chr8 34981471 . T C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.27277;SS=2;SSC=5;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:25:21,4:10,2:11,2
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4934 chr8 84563053 . C T 0 PASS DP=50;GPV=1;SPV=0.0018707;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:18,9:11,4:7,5
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4944 chr8 90307988 . T TAA 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.011343;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:14,10:5,5:9,5
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5017 chr8 144913678 . A AACACAC 0 PASS DP=39;GPV=1;SPV=0.051826;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:17,6:12,5:5,1
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5020 chr9 3707361 . C T 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.0097742;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:33:25,8:11,6:14,2
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5024 chr9 8353818 . ATATATGTATATATGT A 0 PASS DP=43;GPV=1;SPV=0.045818;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,8:4,4:13,4
5025 chr9 8870687 . A AACACACAC 0 PASS DP=44;GPV=1;SPV=0.010195;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:8,10:7,7:1,3
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5116 chr9 64722888 . T A 0 PASS DP=23;GPV=1;SPV=0.15415;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:11,4:0,0
5117 chr9 65061096 . C T 0 PASS DP=32;GPV=1;SPV=0.07699;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:15,5:2,1:13,4
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5187 chr9 127713496 . CTT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.097744;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,4:5,2:4,2
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5192 chr9 132832063 . GA G 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.066957;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:10,4:9,4:1,0
5193 chr9 134098711 . T A 0 PASS DP=79;GPV=1;SPV=1.8301e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:27,15:13,9:14,6
5194 chr9 134948374 . T G 0 PASS DP=63;GPV=1;SPV=0.0011495;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:27,13:12,7:15,6
5195 chr9 136131338 . C CGGG 0 PASS DP=20;GPV=1;SPV=0.045455;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:11:2,4:2,4:0,0
5196 chr9 136150424 . G A 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.18039;SS=2;SSC=7;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:20,4:5,1:15,3
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5200 chr9 138144598 . A G 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.14387;SS=2;SSC=8;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:12,4:10,1:2,3
5201 chr9 138214206 . T C 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.018754;SS=2;SSC=17;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:34,7:17,1:17,6
5202 chr9 138237340 . AG A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:9,5:8,4:1,1
5203 chrX 2904903 . CT C 0 PASS DP=25;GPV=1;SPV=0.0070433;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:5,9:4,8:1,1
5204 chrX 3534618 . C A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=2.1749e-05;SS=2;SSC=46;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:24:14,10:5,5:9,5
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5244 chrX 40914902 . A G 0 PASS DP=47;GPV=1;SPV=0.00070944;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:3,7:2,2:1,5
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5277 chrX 66218774 . C T 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00016675;SS=2;SSC=37;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:19,21:8,6:11,15
5278 chrX 66303397 . A C 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.054139;SS=2;SSC=12;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:32,8:10,2:22,6
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5280 chrX 67150890 . A G 0 PASS DP=36;GPV=1;SPV=0.0083333;SS=2;SSC=20;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 1/1:.:17:0,3:0,2:0,1
5281 chrX 67150912 . A G 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.49123;SS=2;SSC=3;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:22:13,4:9,1:4,3
5282 chrX 67419912 . G C 0 PASS DP=73;GPV=1;SPV=0.00064966;SS=2;SSC=31;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:29,11:12,3:17,8
5283 chrX 67992259 . CAAAAAAAA C 0 PASS DP=34;GPV=1;SPV=0.017544;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:19:7,8:5,7:2,1
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5285 chrX 73361697 . C CT 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.013595;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:12:5,7:5,5:0,2
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5287 chrX 76790727 . C CAAAAAA 0 PASS DP=26;GPV=1;SPV=0.056522;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:14:9,4:9,4:0,0
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5289 chrX 79578104 . G A 0 PASS DP=45;GPV=1;SPV=0.066077;SS=2;SSC=11;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:22,5:14,4:8,1
5290 chrX 79748440 . G A 0 PASS DP=56;GPV=1;SPV=0.00010913;SS=2;SSC=39;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:18,13:9,7:9,6
5291 chrX 80039055 . C G 0 PASS DP=62;GPV=1;SPV=0.00027813;SS=2;SSC=35;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:36:23,13:7,3:16,10
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5361 chrX 129606990 . A AGAAG 0 PASS DP=48;GPV=1;SPV=0.074336;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:22,5:12,3:10,2
5362 chrX 131500587 . G GAAAAGA 0 PASS DP=27;GPV=1;SPV=0.32967;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:16:7,3:4,2:3,1
5363 chrX 131861544 . G A 0 PASS DP=70;GPV=1;SPV=0.00039513;SS=2;SSC=34;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:37:26,11:15,3:11,8
5364 chrX 134571038 . T TA 0 PASS DP=54;GPV=1;SPV=0.0029872;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:28:20,8:11,4:9,4
5365 chrX 135523978 . T A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0019773;SS=2;SSC=27;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:24,7:10,3:14,4
5366 chrX 136904766 . T TA 0 PASS DP=40;GPV=1;SPV=0.017286;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:14,13:7,4:7,9
5367 chrX 138341932 . T A 0 PASS DP=24;GPV=1;SPV=0.011374;SS=2;SSC=19;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:5,10:1,3:4,7
5368 chrX 139082520 . G A 0 PASS DP=61;GPV=1;SPV=0.0035775;SS=2;SSC=24;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:29:22,7:9,5:13,2
5369 chrX 141695017 . A G 0 PASS DP=66;GPV=1;SPV=0.025802;SS=2;SSC=15;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:31:23,8:12,3:11,5
5370 chrX 141790862 . A G 0 PASS DP=57;GPV=1;SPV=0.036947;SS=2;SSC=14;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:27:21,6:7,1:14,5
5371 chrX 142118797 . A AAAAG 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.033189;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:17,9:8,5:9,4
5372 chrX 142298163 . C A 0 PASS DP=76;GPV=1;SPV=3.3767e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:40:26,14:18,7:8,7
5373 chrX 143689782 . A ATTACCAGTTAGATAACCAAACT 0 PASS DP=58;GPV=1;SPV=0.0034744;SS=2;SSC=24;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:41:27,14:12,6:15,8
5374 chrX 143689783 . C G 0 PASS DP=59;GPV=1;SPV=0.024998;SS=2;SSC=16;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:42:28,14:13,6:15,8
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5376 chrX 144516420 . G A 0 PASS DP=71;GPV=1;SPV=0.0011981;SS=2;SSC=29;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:43:31,12:15,7:16,5
5377 chrX 144668547 . TATGC T 0 PASS DP=37;GPV=1;SPV=0.020668;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:15:11,4:3,3:8,1
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