--- a/test-data/sigmatrix.tab	Fri Jun 04 22:35:48 2021 +0000
+++ b/test-data/sigmatrix.tab	Sun Oct 03 09:29:04 2021 +0000
@@ -1,97 +1,97 @@
 substitution	context	NewSig_1	NewSig_2	NewSig_3	NewSig_4
-C>A	A.A	2.012349e-02	2.099063e-02	1.788529e-02	2.529973e-02
-C>A	A.C	1.232623e-02	5.099845e-05	2.019020e-02	8.344265e-03
-C>A	A.G	2.056317e-03	5.061512e-03	5.110667e-03	5.598599e-04
-C>A	A.T	4.276274e-03	7.030586e-03	1.433976e-02	9.044799e-03
-C>A	C.A	9.858499e-03	6.774294e-03	1.254817e-02	1.109854e-02
-C>A	C.C	7.182083e-03	5.137412e-03	1.754580e-02	7.871756e-03
-C>A	C.G	3.071657e-03	7.744685e-04	3.478215e-03	3.033573e-03
-C>A	C.T	9.805120e-04	1.022892e-02	8.612445e-03	1.089991e-02
-C>A	G.A	1.295094e-02	5.191677e-03	2.838657e-03	1.229298e-02
-C>A	G.C	4.262714e-03	5.183579e-03	8.941540e-03	5.390685e-03
-C>A	G.G	3.769228e-03	1.557726e-03	1.699600e-03	3.945304e-03
-C>A	G.T	6.573060e-03	1.031818e-04	1.059791e-02	7.185424e-03
-C>A	T.A	3.862713e-03	1.624881e-02	5.519485e-03	1.246359e-02
-C>A	T.C	8.824563e-03	6.792814e-03	4.042968e-03	1.212436e-02
-C>A	T.G	1.024188e-03	9.815808e-04	2.029646e-03	1.087012e-03
-C>A	T.T	1.181704e-02	9.618044e-03	1.665114e-02	1.307952e-02
-C>G	A.A	1.983228e-02	1.270519e-02	1.655687e-02	1.398506e-02
-C>G	A.C	4.742892e-11	1.043116e-02	9.102239e-03	2.314023e-20
-C>G	A.G	2.906055e-03	1.687383e-03	5.265593e-03	2.218107e-03
-C>G	A.T	6.407465e-03	8.581278e-03	1.079483e-02	9.668306e-03
-C>G	C.A	3.411641e-03	6.888991e-03	7.212837e-03	7.949635e-03
-C>G	C.C	1.962245e-04	9.715947e-03	1.158418e-12	7.156965e-03
-C>G	C.G	3.300401e-20	1.855024e-03	4.346525e-03	6.200559e-03
-C>G	C.T	9.865314e-03	1.922285e-03	6.273441e-03	6.226190e-03
-C>G	G.A	1.351834e-19	2.119713e-03	1.072168e-02	8.229779e-03
-C>G	G.C	2.379848e-03	4.610717e-03	8.965747e-04	6.505033e-03
-C>G	G.G	6.979718e-04	1.181697e-03	4.111756e-03	2.523959e-03
-C>G	G.T	2.220903e-03	5.934769e-03	8.611327e-03	6.739344e-03
-C>G	T.A	3.709345e-03	8.786940e-03	7.620791e-03	8.983741e-03
-C>G	T.C	3.827093e-03	8.865683e-03	6.057793e-03	6.240498e-03
-C>G	T.G	1.899263e-04	4.938065e-03	3.040335e-03	1.626378e-03
-C>G	T.T	3.860261e-03	2.446381e-02	2.353559e-02	1.511199e-02
-C>T	A.A	3.499419e-02	3.714546e-02	4.085734e-02	3.151538e-02
-C>T	A.C	1.719840e-02	1.389005e-02	5.154001e-03	1.603745e-02
-C>T	A.G	7.482535e-02	1.348050e-02	3.052063e-02	1.592390e-02
-C>T	A.T	1.607143e-02	1.438585e-02	1.967215e-02	1.741898e-02
-C>T	C.A	1.606874e-02	1.435234e-02	1.105389e-02	1.125796e-02
-C>T	C.C	1.700219e-02	9.214402e-03	1.282668e-02	1.377429e-02
-C>T	C.G	4.356691e-02	1.624586e-02	1.169686e-02	1.963077e-02
-C>T	C.T	2.301602e-02	3.266347e-02	1.574218e-02	2.039183e-02
-C>T	G.A	1.970589e-02	7.742080e-03	1.178227e-02	1.297792e-02
-C>T	G.C	1.466426e-02	1.914382e-02	6.909098e-03	1.355502e-02
-C>T	G.G	3.701827e-02	2.542796e-02	1.262381e-02	3.190790e-02
-C>T	G.T	1.382222e-02	2.392818e-02	6.174897e-03	1.508942e-02
-C>T	T.A	1.143013e-02	1.914536e-02	1.002998e-02	7.458921e-03
-C>T	T.C	1.879514e-02	2.009898e-02	1.421423e-02	1.556176e-02
-C>T	T.G	3.061491e-02	4.743450e-03	1.167740e-02	7.144683e-03
-C>T	T.T	3.133938e-02	2.219653e-02	3.807693e-02	3.192865e-02
-T>A	A.A	1.841481e-02	8.914346e-03	1.741295e-02	1.361688e-02
-T>A	A.C	3.425691e-03	8.698638e-03	3.992626e-03	5.443164e-03
-T>A	A.G	9.072656e-03	1.149533e-02	1.354019e-03	8.223373e-03
-T>A	A.T	9.659453e-03	1.830189e-02	1.174139e-02	1.710128e-02
-T>A	C.A	2.727069e-03	7.915424e-03	5.772823e-03	4.530720e-03
-T>A	C.C	1.215316e-02	3.470147e-03	7.886743e-03	1.369393e-02
-T>A	C.G	3.791221e-03	6.605963e-03	3.294232e-03	8.818173e-03
-T>A	C.T	6.289729e-03	1.435186e-02	3.597548e-03	1.211551e-02
-T>A	G.A	6.615841e-04	4.146662e-03	4.933783e-03	4.863214e-03
-T>A	G.C	1.515807e-03	4.210462e-03	3.382936e-03	9.183128e-04
-T>A	G.G	1.070023e-02	1.089710e-02	5.492536e-03	8.802992e-03
-T>A	G.T	8.128051e-03	4.233917e-03	9.103699e-03	1.259684e-02
-T>A	T.A	1.476324e-02	6.549494e-03	1.579044e-02	7.620545e-03
-T>A	T.C	6.738527e-03	8.767946e-04	7.353978e-03	5.436410e-03
-T>A	T.G	2.186518e-03	5.445354e-03	2.568144e-03	7.932364e-03
-T>A	T.T	1.942541e-02	1.590353e-02	2.306069e-02	3.009347e-02
-T>C	A.A	3.011297e-02	3.375076e-02	4.906885e-02	3.383597e-02
-T>C	A.C	9.041893e-03	8.933211e-03	8.243474e-03	6.303632e-03
-T>C	A.G	2.247578e-02	9.001629e-03	1.950973e-02	8.972544e-03
-T>C	A.T	1.210116e-02	1.578255e-02	1.360358e-02	9.528566e-03
-T>C	C.A	6.835997e-03	6.652934e-03	1.036887e-02	7.994706e-03
-T>C	C.C	9.462334e-03	6.392714e-03	8.437885e-03	1.653238e-02
-T>C	C.G	7.156018e-03	1.612832e-02	1.225799e-02	9.579249e-03
-T>C	C.T	1.040136e-02	2.530647e-02	1.208573e-02	1.371705e-02
-T>C	G.A	8.743261e-03	1.074754e-02	5.087249e-03	1.090594e-02
-T>C	G.C	6.111817e-03	6.456267e-03	3.668932e-20	6.346677e-03
-T>C	G.G	1.768834e-02	1.377477e-02	1.512171e-02	1.240640e-02
-T>C	G.T	3.605052e-03	1.397132e-02	1.282818e-02	1.036663e-02
-T>C	T.A	5.577357e-03	1.122841e-02	7.516272e-03	9.852123e-03
-T>C	T.C	2.142753e-02	1.003311e-02	1.311934e-02	1.883301e-02
-T>C	T.G	3.231084e-03	7.639140e-03	1.374439e-02	6.010940e-03
-T>C	T.T	1.771125e-02	5.247659e-02	2.430165e-02	3.016747e-02
-T>G	A.A	1.331124e-02	1.426333e-02	7.805243e-05	7.473665e-03
-T>G	A.C	3.887921e-03	1.684454e-03	1.435130e-04	6.445063e-04
-T>G	A.G	2.394241e-03	5.040173e-03	6.853239e-03	6.994037e-03
-T>G	A.T	6.066623e-03	7.374853e-03	2.079215e-10	5.136694e-03
-T>G	C.A	5.000218e-10	8.218020e-03	3.668932e-20	2.314023e-20
-T>G	C.C	3.300401e-20	1.904378e-03	4.043369e-03	4.672135e-03
-T>G	C.G	4.310666e-03	2.256883e-03	8.181657e-03	1.928646e-03
-T>G	C.T	2.128603e-03	9.425709e-04	8.787753e-03	6.815812e-04
-T>G	G.A	2.012235e-03	4.628783e-04	4.459546e-03	1.814827e-03
-T>G	G.C	3.997247e-03	1.335924e-03	1.270853e-03	3.568581e-03
-T>G	G.G	7.790802e-03	1.175435e-02	8.700500e-03	8.985015e-03
-T>G	G.T	6.538479e-03	1.329525e-02	4.903674e-03	1.074729e-02
-T>G	T.A	2.781217e-03	4.774228e-03	2.965653e-03	7.301491e-03
-T>G	T.C	5.182071e-03	5.200467e-03	5.617300e-03	2.629881e-03
-T>G	T.G	5.245736e-03	1.345072e-02	1.698469e-02	9.832179e-03
-T>G	T.T	2.041928e-02	1.752970e-02	3.978473e-02	1.976735e-02
+C>A	A.A	1.856821e-02	2.482023e-02	1.879304e-02	2.144868e-02
+C>A	A.C	1.985096e-02	8.856811e-03	4.176376e-03	7.275623e-03
+C>A	A.G	4.613707e-03	1.032560e-03	7.399596e-03	1.283205e-03
+C>A	A.T	1.077097e-02	1.152945e-02	1.110411e-02	3.506614e-03
+C>A	C.A	1.234686e-02	1.058479e-02	7.778853e-03	8.511073e-03
+C>A	C.C	1.527507e-02	9.706857e-03	1.091358e-02	3.977471e-03
+C>A	C.G	3.595068e-03	3.053798e-03	1.065706e-03	2.488491e-03
+C>A	C.T	4.654944e-03	1.331055e-02	1.146678e-02	3.015206e-03
+C>A	G.A	5.984606e-03	9.241989e-03	1.639336e-13	1.380331e-02
+C>A	G.C	7.683094e-03	6.339795e-03	8.137271e-03	3.391593e-03
+C>A	G.G	2.406023e-03	3.640987e-03	1.456895e-04	3.942915e-03
+C>A	G.T	1.020608e-02	7.739365e-03	2.399885e-03	4.235560e-03
+C>A	T.A	3.961933e-03	1.275900e-02	1.466472e-02	6.814391e-03
+C>A	T.C	5.337093e-03	1.162648e-02	9.105310e-04	1.013653e-02
+C>A	T.G	1.877937e-03	6.162730e-04	1.878461e-03	6.682628e-04
+C>A	T.T	1.560352e-02	1.326934e-02	1.247051e-02	9.445224e-03
+C>G	A.A	1.972775e-02	1.228149e-02	1.195633e-02	1.727448e-02
+C>G	A.C	5.836059e-03	1.655810e-03	1.694621e-02	9.062109e-07
+C>G	A.G	5.200216e-03	2.559643e-03	3.166565e-03	1.532897e-03
+C>G	A.T	9.324164e-03	1.095739e-02	1.081958e-02	6.258396e-03
+C>G	C.A	5.617809e-03	9.345902e-03	8.284139e-03	3.880938e-03
+C>G	C.C	3.534086e-20	8.210895e-03	7.727184e-03	2.254830e-03
+C>G	C.G	2.262327e-03	7.340603e-03	3.022013e-03	9.156563e-05
+C>G	C.T	8.224646e-03	5.017294e-03	7.003901e-04	8.665738e-03
+C>G	G.A	6.954941e-03	1.139806e-02	4.622361e-03	3.514270e-20
+C>G	G.C	7.064656e-04	6.998058e-03	2.537477e-03	3.965493e-03
+C>G	G.G	3.080436e-03	3.328074e-03	2.929015e-03	1.461945e-04
+C>G	G.T	6.360999e-03	8.512373e-03	9.008932e-03	2.005772e-03
+C>G	T.A	5.553775e-03	1.062558e-02	9.424149e-03	4.924035e-03
+C>G	T.C	5.248185e-03	7.233109e-03	9.634964e-03	4.359934e-03
+C>G	T.G	1.845306e-03	2.417185e-03	6.595859e-03	6.782687e-04
+C>G	T.T	1.587889e-02	2.049222e-02	3.439640e-02	5.050564e-03
+C>T	A.A	3.911250e-02	3.225079e-02	4.206848e-02	3.385188e-02
+C>T	A.C	8.757053e-03	1.352629e-02	6.991724e-03	1.974727e-02
+C>T	A.G	5.231138e-02	1.925044e-07	3.026394e-03	6.399169e-02
+C>T	A.T	1.874677e-02	1.836710e-02	1.620182e-02	1.541248e-02
+C>T	C.A	1.408680e-02	9.572305e-03	1.224985e-02	1.529038e-02
+C>T	C.C	1.412526e-02	1.293054e-02	7.720717e-03	1.618405e-02
+C>T	C.G	2.458679e-02	1.097265e-02	2.704009e-03	4.320455e-02
+C>T	C.T	1.682814e-02	1.962601e-02	2.870932e-02	2.757164e-02
+C>T	G.A	1.501424e-02	1.146890e-02	4.373561e-03	1.710170e-02
+C>T	G.C	8.581633e-03	1.197143e-02	1.469853e-02	1.798870e-02
+C>T	G.G	2.050911e-02	2.694316e-02	1.193358e-02	4.080066e-02
+C>T	G.T	6.725450e-03	1.485333e-02	2.022066e-02	1.821305e-02
+C>T	T.A	9.790349e-03	7.433059e-03	1.994759e-02	1.263779e-02
+C>T	T.C	1.594645e-02	1.460332e-02	1.802766e-02	1.886875e-02
+C>T	T.G	2.019449e-02	4.552012e-04	8.162605e-12	2.690217e-02
+C>T	T.T	3.604766e-02	3.365274e-02	2.789390e-02	2.769743e-02
+T>A	A.A	1.765667e-02	1.321109e-02	1.065894e-02	1.583119e-02
+T>A	A.C	1.820098e-03	5.510611e-03	8.183147e-03	4.599082e-03
+T>A	A.G	4.665541e-03	6.215514e-03	6.135328e-03	1.001896e-02
+T>A	A.T	9.785657e-03	1.833578e-02	1.768249e-02	1.248205e-02
+T>A	C.A	4.242335e-03	5.517088e-03	9.041105e-03	3.634763e-03
+T>A	C.C	8.948010e-03	1.166917e-02	2.179799e-05	1.148913e-02
+T>A	C.G	2.492456e-03	9.694116e-03	4.293775e-03	5.700343e-03
+T>A	C.T	2.882218e-03	1.297743e-02	1.071267e-02	1.009712e-02
+T>A	G.A	3.223737e-03	6.245735e-03	5.842451e-03	9.200857e-04
+T>A	G.C	2.805377e-03	1.213230e-03	5.828460e-03	1.503090e-03
+T>A	G.G	6.898206e-03	7.300718e-03	8.003532e-03	1.222177e-02
+T>A	G.T	9.120314e-03	1.347850e-02	3.249901e-03	7.453304e-03
+T>A	T.A	1.622536e-02	6.931133e-03	9.627554e-03	1.174564e-02
+T>A	T.C	6.760912e-03	5.595476e-03	9.698282e-04	5.499357e-03
+T>A	T.G	1.866485e-03	8.652201e-03	2.256983e-03	3.519494e-03
+T>A	T.T	2.145214e-02	3.177788e-02	1.505847e-02	1.981508e-02
+T>C	A.A	4.427759e-02	3.786828e-02	4.544423e-02	2.650778e-02
+T>C	A.C	8.998306e-03	4.599474e-03	1.004905e-02	8.722935e-03
+T>C	A.G	2.243087e-02	6.118842e-03	1.134205e-02	1.802892e-02
+T>C	A.T	1.373384e-02	9.886587e-03	1.685322e-02	1.176445e-02
+T>C	C.A	8.656233e-03	9.072748e-03	8.862799e-03	6.112781e-03
+T>C	C.C	8.714585e-03	1.690442e-02	3.565029e-03	9.871972e-03
+T>C	C.G	1.071206e-02	1.004291e-02	1.850434e-02	7.540034e-03
+T>C	C.T	1.017263e-02	1.448259e-02	2.608108e-02	1.403170e-02
+T>C	G.A	5.126616e-03	1.108508e-02	8.768450e-03	1.036693e-02
+T>C	G.C	5.204634e-12	5.747845e-03	3.143501e-03	8.849255e-03
+T>C	G.G	1.669831e-02	1.133208e-02	1.267705e-02	1.603702e-02
+T>C	G.T	8.671437e-03	1.325475e-02	1.721725e-02	5.039773e-03
+T>C	T.A	6.260030e-03	1.102551e-02	1.167533e-02	7.016389e-03
+T>C	T.C	1.517718e-02	1.699912e-02	6.470473e-03	2.077129e-02
+T>C	T.G	9.336917e-03	8.764205e-03	1.160437e-02	2.331889e-03
+T>C	T.T	1.903513e-02	3.432098e-02	5.540849e-02	2.562376e-02
+T>G	A.A	3.993541e-03	4.978625e-03	8.356632e-03	1.578506e-02
+T>G	A.C	1.728186e-03	3.099935e-20	6.777648e-15	3.511484e-03
+T>G	A.G	5.502959e-03	8.711266e-03	5.367147e-03	2.059172e-03
+T>G	A.T	1.499753e-03	4.210842e-03	3.978567e-03	7.977656e-03
+T>G	C.A	3.534086e-20	4.234149e-16	8.909125e-03	1.246735e-03
+T>G	C.C	1.909719e-03	6.194908e-03	2.037866e-03	5.448839e-04
+T>G	C.G	7.443573e-03	2.206694e-03	4.942085e-03	2.758675e-03
+T>G	C.T	7.417469e-03	1.454301e-03	5.521245e-03	5.632697e-19
+T>G	G.A	4.032749e-03	2.126988e-03	2.146375e-03	9.845592e-04
+T>G	G.C	2.308308e-03	3.091434e-03	3.322218e-20	3.632777e-03
+T>G	G.G	8.852942e-03	9.064804e-03	1.199615e-02	7.843944e-03
+T>G	G.T	4.276432e-03	1.084606e-02	1.101937e-02	9.425060e-03
+T>G	T.A	2.351390e-03	8.100255e-03	3.683601e-03	3.923489e-03
+T>G	T.C	5.580464e-03	2.444033e-03	5.806015e-03	5.018502e-03
+T>G	T.G	1.287955e-02	1.265933e-02	1.969184e-02	4.871262e-03
+T>G	T.T	3.545360e-02	2.295036e-02	2.946636e-02	1.477102e-02