Mercurial > repos > artbio > mutational_patterns

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##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value">
##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls">
##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls">
##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	TUMOR
chr1	167967	.	G	A	0	PASS	DP=23;GPV=1;SPV=0.14229;SS=2;SSC=8;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
chr1	271578	.	A	AT	0	PASS	DP=69;GPV=1;SPV=0.012429;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:17,5:7,2:10,3
chr1	636494	.	A	G	0	PASS	DP=113;GPV=1;SPV=0.031633;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:60:47,13:24,9:23,4
chr1	996625	.	A	G	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.083867;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:22,5:19,2:3,3
chr1	1644921	.	A	G	0	PASS	DP=75;GPV=1;SPV=0.045371;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:29,10:16,5:13,5
chr1	1864314	.	C	CAAAA	0	PASS	DP=26;GPV=1;SPV=0.049428;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:15:8,7:6,6:2,1
chr1	1976870	.	C	CAG	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.00016042;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:9,16:2,6:7,10
chr1	2142262	.	A	C	0	PASS	DP=20;GPV=1;SPV=0.18947;SS=2;SSC=7;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:9:7,2:5,1:2,1
chr1	2913844	.	C	G	0	PASS	DP=75;GPV=1;SPV=4.1392e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:40:26,14:14,6:12,8
chr1	3181193	.	C	T	0	PASS	DP=50;GPV=1;SPV=0.024399;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:18,7:5,5:13,2
chr1	4251782	.	A	ATTTTTTT	0	PASS	DP=33;GPV=1;SPV=0.085095;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:14,4:9,3:5,1
chr1	5606389	.	A	AATATATATATATAT	0	PASS	DP=27;GPV=1;SPV=0.018648;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:15:3,7:2,6:1,1
chr1	5732600	.	A	AG	0	PASS	DP=31;GPV=1;SPV=0.0043505;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:9,7:6,3:3,4
chr1	7051663	.	C	CTGCCAGGACAGACTCATCCCTGTT	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.031156;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:24:20,4:11,1:9,3
chr1	8167511	.	GCACA	G	0	PASS	DP=26;GPV=1;SPV=0.18132;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:14:7,5:4,3:3,2
chr1	8233826	.	A	ATATATTTT	0	PASS	DP=16;GPV=1;SPV=0.35714;SS=2;SSC=4;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:8:3,2:1,1:2,1
chr1	8501213	.	G	A	0	PASS	DP=36;GPV=1;SPV=0.1016;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:21:17,4:3,2:14,2
chr1	8647643	.	G	A	0	PASS	DP=51;GPV=1;SPV=0.048962;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:11,5:8,4:3,1
chr1	9647481	.	A	AATTATTATT	0	PASS	DP=46;GPV=1;SPV=0.0046297;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:22:11,10:3,5:8,5
chr1	9916882	.	G	A	0	PASS	DP=45;GPV=1;SPV=0.059432;SS=2;SSC=12;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:19,4:12,1:7,3
chr1	10583224	.	C	CT	0	PASS	DP=39;GPV=1;SPV=0.022127;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:12,4:5,1:7,3
chr1	10616234	.	G	A	0	PASS	DP=58;GPV=1;SPV=3.9275e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:19,18:7,10:12,8
chr1	11045998	.	C	T	0	PASS	DP=71;GPV=1;SPV=0.00030325;SS=2;SSC=35;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:41:28,13:10,6:18,7
chr1	11771345	.	C	A	0	PASS	DP=58;GPV=1;SPV=3.4859e-05;SS=2;SSC=44;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:33:18,15:13,9:5,6
chr1	12381912	.	C	CTTTCT	0	PASS	DP=45;GPV=1;SPV=0.022593;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:24:16,8:1,4:15,4
chr1	12871201	.	C	CT	0	PASS	DP=61;GPV=1;SPV=0.018007;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:19,10:10,3:9,7
chr1	12881560	.	G	A	0	PASS	DP=63;GPV=1;SPV=0.013032;SS=2;SSC=18;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:19,6:8,3:11,3
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chr1	13199161	.	C	A	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.03148;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:16,9:9,6:7,3
chr1	13217209	.	G	A	0	PASS	DP=19;GPV=1;SPV=0.21053;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:9:7,2:2,1:5,1
chr1	13341194	.	G	A	0	PASS	DP=90;GPV=1;SPV=0.0036109;SS=2;SSC=24;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:42:35,7:21,6:14,1
chr1	13926652	.	T	TA	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.00036335;SS=2;SSC=34;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:10,7:6,3:4,4
chr1	14528362	.	G	A	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.057503;SS=2;SSC=12;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:31:19,8:6,3:13,5
chr1	15194917	.	CT	C	0	PASS	DP=39;GPV=1;SPV=0.0074752;SS=2;SSC=21;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:6,11:5,8:1,3
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chr1	17822187	.	G	A	0	PASS	DP=73;GPV=1;SPV=0.0017389;SS=2;SSC=27;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:21,6:8,2:13,4
chr1	18611271	.	GAGGA	G	0	PASS	DP=28;GPV=1;SPV=0.023715;SS=2;SSC=16;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:12:6,4:6,3:0,1
chr1	21699192	.	AT	A	0	PASS	DP=26;GPV=1;SPV=0.1592;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:17:13,4:8,3:5,1
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chr1	24266066	.	T	TTGGA	0	PASS	DP=39;GPV=1;SPV=0.018564;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:21:12,8:7,4:5,4
chr1	24407443	.	A	AT	0	PASS	DP=52;GPV=1;SPV=0.0010171;SS=2;SSC=29;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:12,10:6,8:6,2
chr1	26214945	.	A	C	0	PASS	DP=42;GPV=1;SPV=0.21465;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:11,5:5,3:6,2
chr1	27824672	.	C	CT	0	PASS	DP=21;GPV=1;SPV=0.068111;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:12:7,5:2,4:5,1
chr1	28923111	.	C	T	0	PASS	DP=35;GPV=1;SPV=0.12308;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:5,3:3,1:2,2
chr1	33493334	.	G	T	0	PASS	DP=58;GPV=1;SPV=4.8916e-05;SS=2;SSC=43;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:30:17,13:8,4:9,9
chr1	33510173	.	A	T	0	PASS	DP=19;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:8:6,2:2,1:4,1
chr1	33890232	.	C	CT	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.0081527;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:15,12:9,8:6,4
chr1	34128594	.	G	A	0	PASS	DP=66;GPV=1;SPV=0.001651;SS=2;SSC=27;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:27,10:12,4:15,6
chr1	34959242	.	CA	C	0	PASS	DP=31;GPV=1;SPV=0.12318;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:15,4:10,3:5,1
chr1	35207403	.	AT	A	0	PASS	DP=30;GPV=1;SPV=0.0014564;SS=2;SSC=28;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:18:8,10:6,8:2,2
chr1	36806360	.	G	A	0	PASS	DP=62;GPV=1;SPV=2.6735e-05;SS=2;SSC=45;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:20,16:9,6:11,10
chr1	37427639	.	G	GAAGAAAGAAAGAAAGA	0	PASS	DP=23;GPV=1;SPV=0.071429;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:12:2,4:2,4:0,0
chr1	38514430	.	C	CT	0	PASS	DP=31;GPV=1;SPV=0.046962;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:14:8,5:5,3:3,2
chr1	39021177	.	C	T	0	PASS	DP=32;GPV=1;SPV=0.068627;SS=2;SSC=11;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:5,3:0,0:5,3
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chr7	60914309	.	GATGATGATTCCTTTCGATATCATTTGATGATTCCATTCAATTCCATTCT	G	0	PASS	DP=59;GPV=1;SPV=0.079011;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:28,4:12,3:16,1
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author	artbio
date	Fri, 09 Oct 2020 17:06:51 +0000
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