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"planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/mutational_patterns commit ca3b3ab85c8224821c76ebd56b1be2441a28f609"
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date Sun, 13 Sep 2020 22:27:03 +0000
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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	TUMOR
chr1	64976	.	C	T	0	PASS	DP=51;GPV=1;SPV=0.045103;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:30:22,8:13,1:9,7
chr1	103756	.	G	T	0	PASS	DP=66;GPV=1;SPV=0.032644;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:22,7:16,5:6,2
chr1	185034	.	A	G	0	PASS	DP=89;GPV=1;SPV=0.00088719;SS=2;SSC=30;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:43:34,9:15,3:19,6
chr1	186728	.	A	T	0	PASS	DP=139;GPV=1;SPV=0.018661;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:76:61,15:31,5:30,10
chr1	739365	.	G	A	0	PASS	DP=125;GPV=1;SPV=0.043949;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:66:59,7:27,3:32,4
chr1	790461	.	T	G	0	PASS	DP=77;GPV=1;SPV=0.047347;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:31,8:17,4:14,4
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chr1	1749629	.	G	A	0	PASS	DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:14:9,5:5,3:4,2
chr1	2687442	.	A	G	0	PASS	DP=67;GPV=1;SPV=0.045135;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:32,5:19,4:13,1
chr1	3934011	.	C	CTT	0	PASS	DP=45;GPV=1;SPV=0.004222;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:9,9:6,6:3,3
chr1	5673561	.	C	T	0	PASS	DP=71;GPV=1;SPV=0.00023464;SS=2;SSC=36;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:25,11:12,8:13,3
chr1	5750713	.	G	A	0	PASS	DP=87;GPV=1;SPV=0.00053311;SS=2;SSC=32;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:40:31,9:15,5:16,4
chr1	6160432	.	GAGA	G	0	PASS	DP=42;GPV=1;SPV=0.096892;SS=2;SSC=10;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:19,4:18,4:1,0
chr1	6662128	.	G	GT	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.039538;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:33:23,9:13,5:10,4
chr1	7083961	.	C	CT	0	PASS	DP=52;GPV=1;SPV=0.00097732;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:24:16,8:7,4:9,4
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chr1	8007444	.	T	A	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.026369;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:18,8:11,4:7,4
chr1	8263331	.	ACG	A	0	PASS	DP=79;GPV=1;SPV=0.037745;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:42:37,5:22,3:15,2
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chr1	10538613	.	T	TTC	0	PASS	DP=94;GPV=1;SPV=0.00068981;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:51:40,11:24,5:16,6
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chr1	13251355	.	G	A	0	PASS	DP=30;GPV=1;SPV=0.025641;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:10:5,5:2,4:3,1
chr1	14124658	.	C	T	0	PASS	DP=92;GPV=1;SPV=8.4105e-07;SS=2;SSC=60;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:43:27,16:14,13:13,3
chr1	15251295	.	C	A	0	PASS	DP=75;GPV=1;SPV=0.052464;SS=2;SSC=12;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:44:17,5:6,4:11,1
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chr1	16200383	.	A	G	0	PASS	DP=103;GPV=1;SPV=6.2138e-11;SS=2;SSC=102;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:57:26,31:21,15:5,16
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chr1	16553056	.	T	G	0	PASS	DP=150;GPV=1;SPV=0.045458;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:74:59,15:26,12:33,3
chr1	16561095	.	C	A	0	PASS	DP=347;GPV=1;SPV=0.0093043;SS=2;SSC=20;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:184:156,28:85,16:71,12
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chr1	25098735	.	G	A	0	PASS	DP=100;GPV=1;SPV=2.3507e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:52:32,20:13,10:19,10
chr1	25764475	.	C	T	0	PASS	DP=85;GPV=1;SPV=1.2544e-07;SS=2;SSC=69;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:44:24,20:12,11:12,9
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chr1	26407725	.	A	G	0	PASS	DP=39;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:30:14,16:8,5:6,11
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chr1	26818069	.	T	TG	0	PASS	DP=46;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:15,4:7,1:8,3
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