# HG changeset patch # User artbio # Date 1553080373 14400 # Node ID e11f91575af63eb070d9cc941218dcf03576efbf # Parent 008de522b3eaf66d61b37f40b4da1c2f7a2b5de4 planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/sr_bowtie_dataset_annotation commit 618a7892f6af26278364a75ab23b3c6d8cdc73db diff -r 008de522b3ea -r e11f91575af6 barplot.r --- a/barplot.r Sun Feb 10 18:31:51 2019 -0500 +++ b/barplot.r Wed Mar 20 07:12:53 2019 -0400 @@ -11,8 +11,7 @@ warnings() library(optparse) library(ggplot2) -library(scales) - +library(ggrepel) #Arguments @@ -37,12 +36,20 @@ ## annotations = read.delim(opt$input, header=F) -colnames(annotations) = c("class", "counts") -annotations = cbind(annotations, fraction=annotations$counts/annotations$counts[1]) -annotations = annotations[-1,] +colnames(annotations) = c("sample", "class", "percent_of_reads", "total") +annotations$percent=round(annotations$percent_of_reads/annotations$total*100, digits=2) # ggplot2 plotting 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