# HG changeset patch # User artbio # Date 1521323038 14400 # Node ID b3fe7c4ca5aa2698367d8aa821437dc1ff0c0a52 planemo upload for repository https://github.com/artbio/tools-artbio/tree/master/tools/trinity commit bfb22f460d6f3825ff1bd3eed924a5760c99c96d diff -r 000000000000 -r b3fe7c4ca5aa README.rst --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.rst Sat Mar 17 17:43:58 2018 -0400 @@ -0,0 +1,30 @@ +Trinity memory usage +==================== + +As described on the official Trinity website +`FAQ `_, +trinity requires a large amount of memory to perform the assembly: "roughly +~1G of RAM per 1M reads to be assembled" + +By default, this tool is configured to limit the memory consumption to 1G. +You might need to lower this limit if the machine(s) executing the jobs have less memory available. +If you have a lot of reads to assemble and a machine with enough memory, you can increase it. +In both cases, you can set the GALAXY_MEMORY_MB environmental variable in the destination section of the job_conf.xml file:: + + + + + + + + + + + + + 1G + + + + + diff -r 000000000000 -r b3fe7c4ca5aa macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Sat Mar 17 17:43:58 2018 -0400 @@ -0,0 +1,39 @@ + + + + + trinity + + + + + 2.4.0 + + + #if $pool.inputs.strand.is_strand_specific: + --SS_lib_type $pool.inputs.strand.library_type + #end if + + $pool.inputs.jaccard_clip + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 10.1038/nbt.1883 + + + diff -r 000000000000 -r b3fe7c4ca5aa test-data/norm/Trinity.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/norm/Trinity.fasta Sat Mar 17 17:43:58 2018 -0400 @@ -0,0 +1,46 @@ +>TRINITY_DN1_c0_g1_i1 len=229 path=[207:0-228] [-1, 207, -2] +AAATATCACAACCACCTGAACAGGAACTTGGGATAAACAGGCAATGATGAGAGCCGATGT +TTTTCTGTTGGTGTTTACATTGCTCTGCTCTGTGAAAGGATCCTGCAGCAGAGGCTTCCT +ACCTGAAAAATGTTTCTCTCAATTGTAGTGTGTGAGTTACTGGTAAGACGCTTACACCTA +TAACTCAAGGTCGGAATAGTCCCTCCAGTCCCTTTAGTAACCCAGTGGC +>TRINITY_DN0_c0_g1_i1 len=380 path=[358:0-379] [-1, 358, -2] +CCAAGGTAGAAAACATCCCTGCTGACAAGACCTACCTGTGACATACTCACTCTCTTAGGG +CTTTTAAAGACAAGCCATTAAAATAGATGACCTTTCACAGACTGAAACTTGAATCACTGC +AAAATGAATCTAGGTTGCTGTCACTTTTTCTTTTGGGTGGCGGGGCTTGATGTAGATTTT +ATTCTATGTACAGAATTTAATGTTGAATATATTAAAAATAACAAACCTGGCATGGTTTTG +GGAGGTTAGATTTACTGGAAATGTATTCATACTGTGAACTGTGCTCTGATGGTTAGAATG +AAAAGCTTATCAAGCATTCCATATAACAGTGGATGTAGAAAATGTTTTCAGGTGGATATG +TATATGGTACAGATGTAAAG +>TRINITY_DN2_c0_g1_i1 len=279 path=[257:0-278] [-1, 257, -2] +TCCAGACCATCGACAACATTGTCTTCTTCCCAGCCACAAGCAAGAAGGAGGATGCAGAGA +ACTTAGCTGCAGCCCAGAGAGATGCAGTAGACTTCGATGTTCGAGTTGATACTCAAGACC +AAGGAATGTACCGCTTTTTAACATCACAACAACTGTTCAAGCTACTGGACTGCTTATTAG +AGTCGCATAGATTTGCAAAAGCATTTAATTCCAACAATGAACAGAGGACTGCTCTGTGGA +AAGCAGGCTTCAAAGGCAAGTCCAAGCCCAATCTTCTAA +>TRINITY_DN2_c1_g1_i1 len=541 path=[519:0-540] [-1, 519, -2] +GTCTGAATTCGCATGTAATGCAGCTTTCCCAGACACAAGTATGGAAGCAATCCGACTTAT +TCGCCATTGTGCAAAATATGTGTCTGATAGACCGCAGGCTTTCAAGGAGTACACAAGTGA +TGACATGAGCGTGGCACCTGAAGACAGGGTGTGGGTGAGAGGGTGGTTCCCGATCCTCTT +TGAGTTGTCTTGTATCATCAATAGATGCAAATTAGATGTAAGAACCAGGGGCTTAACAGT +AATGTTTGAAATAATGAAAACATATGGCCACACTTATGAAAAACATTGGTGGCAGGACTT +ATTCAGAATTGTTTTCAGAATCTTTGACAACATGAAATTGCCAGAACAGCAGACAGAGAA +AGCTGAATGGATGACAACAACTTGTAACCATGTCCTTTATGCAATATGTGATGTATTCAC +CCAGTATTTAGAAGTTCTCAGCGATGTACTTTTGGATGATATTTTTGCCCAGCTTTACTG +GTGTGTACAACAAGACAATGAGCAGTTAGCACGATCTGGTACAAACTGCTTAGAAAACGT +G +>TRINITY_DN2_c2_g1_i1 len=240 path=[218:0-239] [-1, 218, -2] +ACAAGCAGCCTGGCGTGTGGGCTGCGCATTCTCTTCCGGATGTACATGGACGAGAGCAGA +GTCAGTGCCTGGGAAGAAGTCCAGCAGAGGCTTTTAAACGTCTGCAGGGAAGCGCTGAGC +TACTTCCTCACTCTAACATCCGAAAGTCACCGGGAAGCCTGGACTAACTTACTGTTACTG +TTCCTCACTAAAGTTCTGAAGATCAGTGACAGCAGGTTTAAAGCTCACGCATCATTCTAC +>TRINITY_DN2_c3_g1_i1 len=202 path=[180:0-201] [-1, 180, -2] +GGTGAAAAGTTTACTCTTGAAATCTGGGATAAAACGTGTAACTGCACCCTGGATATCTTC +AAAACCACAATTCCTCACGCGCTTCTGACTTGGCGTCCCACCTCTGGCGAGGCCGAACCC +CCATCTCCATCAGCTGTGAGTGAAAAGCCGTTGGATGCAATATCACAAAAATCTGTAGAC +ATACATGATTCTATTCAACCAA +>TRINITY_DN3_c0_g1_i1 len=216 path=[194:0-215] [-1, 194, -2] +ATTGATTTATTTAATAAGAAACCAAAGAGAGGAATACAATACCTCCAAGAACAAGGGATG +CTTGGCACCACACCCGAAGATATAGCTCAGTTCTTACATCAAGAAGAAAGATTAGACTCT +ACTCAGGTGGGTGAGTTCCTGGGAGATAATGATAAATTCAATAAAGAAGTCATGTATGCA +TATGTAGACCAACATGACTTTTCAGGAAAAGACTTT + diff -r 000000000000 -r b3fe7c4ca5aa test-data/norm/Trinity_paired_unmerged_1.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/norm/Trinity_paired_unmerged_1.fasta Sat Mar 17 17:43:58 2018 -0400 @@ -0,0 +1,47 @@ +>TRINITY_DN0_c0_g1_i1 len=216 path=[1:0-215] [-1, 1, -2] +ATTGATTTATTTAATAAGAAACCAAAGAGAGGAATACAATACCTCCAAGAACAAGGGATG +CTTGGCACCACACCCGAAGATATAGCTCAGTTCTTACATCAAGAAGAAAGATTAGACTCT +ACTCAGGTGGGTGAGTTCCTGGGAGATAATGATAAATTCAATAAAGAAGTCATGTATGCA +TATGTAGACCAACATGACTTTTCAGGAAAAGACTTT +>TRINITY_DN1_c0_g1_i1 len=380 path=[1:0-379] [-1, 1, -2] +CCAAGGTAGAAAACATCCCTGCTGACAAGACCTACCTGTGACATACTCACTCTCTTAGGG +CTTTTAAAGACAAGCCATTAAAATAGATGACCTTTCACAGACTGAAACTTGAATCACTGC +AAAATGAATCTAGGTTGCTGTCACTTTTTCTTTTGGGTGGCGGGGCTTGATGTAGATTTT +ATTCTATGTACAGAATTTAATGTTGAATATATTAAAAATAACAAACCTGGCATGGTTTTG +GGAGGTTAGATTTACTGGAAATGTATTCATACTGTGAACTGTGCTCTGATGGTTAGAATG +AAAAGCTTATCAAGCATTCCATATAACAGTGGATGTAGAAAATGTTTTCAGGTGGATATG +TATATGGTACAGATGTAAAG +>TRINITY_DN2_c0_g1_i1 len=229 path=[135:0-228] [-1, 135, -2] +AAATATCACAACCACCTGAACAGGAACTTGGGATAAACAGGCAATGATGAGAGCCGATGT +TTTTCTGTTGGTGTTTACATTGCTCTGCTCTGTGAAAGGATCCTGCAGCAGAGGCTTCCT +ACCTGAAAAATGTTTCTCTCAATTGTAGTGTGTGAGTTACTGGTAAGACGCTTACACCTA +TAACTCAAGGTCGGAATAGTCCCTCCAGTCCCTTTAGTAACCCAGTGGC +>TRINITY_DN3_c0_g1_i1 len=202 path=[1346:0-201] [-1, 1346, -2] +GGTGAAAAGTTTACTCTTGAAATCTGGGATAAAACGTGTAACTGCACCCTGGATATCTTC +AAAACCACAATTCCTCACGCGCTTCTGACTTGGCGTCCCACCTCTGGCGAGGCCGAACCC +CCATCTCCATCAGCTGTGAGTGAAAAGCCGTTGGATGCAATATCACAAAAATCTGTAGAC +ATACATGATTCTATTCAACCAA +>TRINITY_DN3_c0_g2_i1 len=669 path=[736:0-161 12:162-668] [-1, 736, 12, -2] +GCTGCATCAGACCAAGATGAAAGCATAGTAGAACTTGCATTTCAGACAACAGGGCACATT +GTCACTCTTGTATTTGAAAAACACTTTCCGGCCACCATTGATTCTTTCCAGGATGCAGTG +AAGTGTTTGTCTGAATTCACATGTAATGCAGCTTTCCCAGACACAAGTATGGAAGCAATC +CGACTTATTCGCCATTGTGCAAAATATGTGTCTGATAGACCGCAGGCTTTCAAGGAGTAC +ACAAGTGATGACATGAGCGTGGCACCTGAAGACAGGGTGTGGGTGAGAGGGTGGTTCCCG +ATCCTCTTTGAGTTGTCTTGTATCATCAATAGATGCAAATTAGATGTAAGAACCAGGGGC +TTAACAGTAATGTTTGAAATAATGAAAACATATGGCCACACTTATGAAAAACATTGGTGG +CAGGACTTATTCAGAATTGTTTTCAGAATCTTTGACAACATGAAATTGCCAGAACAGCAG +ACAGAGAAAGCTGAATGGATGACAACAACTTGTAACCATGTCCTTTATGCAATATGTGAT +GTATTCACCCAGTATTTAGAAGTTCTCAGCGATGTACTTTTGGATGATATTTTTGCCCAG +CTTTACTGGTGTGTACAACAAGACAATGAGCAGTTAGCACGATCTGGTACAAACTGCTTA +GAAAACGTG +>TRINITY_DN3_c0_g3_i1 len=240 path=[519:0-239] [-1, 519, -2] +ACAAGCAGCCTGGCGTGTGGGCTGCGCATTCTCTTCCGGATGTACATGGACGAGAGCAGA +GTCAGTGCCTGGGAAGAAGTCCAGCAGAGGCTTTTAAACGTCTGCAGGGAAGCGCTGAGC +TACTTCCTCACTCTAACATCCGAAAGTCACCGGGAAGCCTGGACTAACTTACTGTTACTG +TTCCTCACTAAAGTTCTGAAGATCAGTGACAGCAGGTTTAAAGCTCACGCATCATTCTAC +>TRINITY_DN3_c0_g4_i1 len=279 path=[983:0-278] [-1, 983, -2] +TCCAGACCATCGACAACATTGTCTTCTTCCCAGCCACAAGCAAGAAGGAGGATGCAGAGA +ACTTAGCTGCAGCCCAGAGAGATGCAGTAGACTTCGATGTTCGAGTTGATACTCAAGACC +AAGGAATGTACCGCTTTTTAACATCACAACAACTGTTCAAGCTACTGGACTGCTTATTAG +AGTCGCATAGATTTGCAAAAGCATTTAATTCCAACAATGAACAGAGGACTGCTCTGTGGA +AAGCAGGCTTCAAAGGCAAGTCCAAGCCCAATCTTCTAA diff -r 000000000000 -r b3fe7c4ca5aa test-data/raw/Trinity.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/raw/Trinity.fasta Sat Mar 17 17:43:58 2018 -0400 @@ -0,0 +1,46 @@ +>TRINITY_DN1_c0_g1_i1 len=380 path=[358:0-379] [-1, 358, -2] +CCAAGGTAGAAAACATCCCTGCTGACAAGACCTACCTGTGACATACTCACTCTCTTAGGG +CTTTTAAAGACAAGCCATTAAAATAGATGACCTTTCACAGACTGAAACTTGAATCACTGC +AAAATGAATCTAGGTTGCTGTCACTTTTTCTTTTGGGTGGCGGGGCTTGATGTAGATTTT +ATTCTATGTACAGAATTTAATGTTGAATATATTAAAAATAACAAACCTGGCATGGTTTTG +GGAGGTTAGATTTACTGGAAATGTATTCATACTGTGAACTGTGCTCTGATGGTTAGAATG +AAAAGCTTATCAAGCATTCCATATAACAGTGGATGTAGAAAATGTTTTCAGGTGGATATG +TATATGGTACAGATGTAAAG +>TRINITY_DN0_c0_g1_i1 len=229 path=[207:0-228] [-1, 207, -2] +AAATATCACAACCACCTGAACAGGAACTTGGGATAAACAGGCAATGATGAGAGCCGATGT +TTTTCTGTTGGTGTTTACATTGCTCTGCTCTGTGAAAGGATCCTGCAGCAGAGGCTTCCT +ACCTGAAAAATGTTTCTCTCAATTGTAGTGTGTGAGTTACTGGTAAGACGCTTACACCTA +TAACTCAAGGTCGGAATAGTCCCTCCAGTCCCTTTAGTAACCCAGTGGC +>TRINITY_DN2_c0_g1_i1 len=279 path=[257:0-278] [-1, 257, -2] +TCCAGACCATCGACAACATTGTCTTCTTCCCAGCCACAAGCAAGAAGGAGGATGCAGAGA +ACTTAGCTGCAGCCCAGAGAGATGCAGTAGACTTCGATGTTCGAGTTGATACTCAAGACC +AAGGAATGTACCGCTTTTTAACATCACAACAACTGTTCAAGCTACTGGACTGCTTATTAG +AGTCGCATAGATTTGCAAAAGCATTTAATTCCAACAATGAACAGAGGACTGCTCTGTGGA +AAGCAGGCTTCAAAGGCAAGTCCAAGCCCAATCTTCTAA +>TRINITY_DN2_c1_g1_i1 len=541 path=[519:0-540] [-1, 519, -2] +GTCTGAATTCGCATGTAATGCAGCTTTCCCAGACACAAGTATGGAAGCAATCCGACTTAT +TCGCCATTGTGCAAAATATGTGTCTGATAGACCGCAGGCTTTCAAGGAGTACACAAGTGA +TGACATGAGCGTGGCACCTGAAGACAGGGTGTGGGTGAGAGGGTGGTTCCCGATCCTCTT +TGAGTTGTCTTGTATCATCAATAGATGCAAATTAGATGTAAGAACCAGGGGCTTAACAGT +AATGTTTGAAATAATGAAAACATATGGCCACACTTATGAAAAACATTGGTGGCAGGACTT +ATTCAGAATTGTTTTCAGAATCTTTGACAACATGAAATTGCCAGAACAGCAGACAGAGAA +AGCTGAATGGATGACAACAACTTGTAACCATGTCCTTTATGCAATATGTGATGTATTCAC +CCAGTATTTAGAAGTTCTCAGCGATGTACTTTTGGATGATATTTTTGCCCAGCTTTACTG +GTGTGTACAACAAGACAATGAGCAGTTAGCACGATCTGGTACAAACTGCTTAGAAAACGT +G +>TRINITY_DN2_c2_g1_i1 len=240 path=[218:0-239] [-1, 218, -2] +ACAAGCAGCCTGGCGTGTGGGCTGCGCATTCTCTTCCGGATGTACATGGACGAGAGCAGA +GTCAGTGCCTGGGAAGAAGTCCAGCAGAGGCTTTTAAACGTCTGCAGGGAAGCGCTGAGC +TACTTCCTCACTCTAACATCCGAAAGTCACCGGGAAGCCTGGACTAACTTACTGTTACTG +TTCCTCACTAAAGTTCTGAAGATCAGTGACAGCAGGTTTAAAGCTCACGCATCATTCTAC +>TRINITY_DN2_c3_g1_i1 len=202 path=[180:0-201] [-1, 180, -2] +GGTGAAAAGTTTACTCTTGAAATCTGGGATAAAACGTGTAACTGCACCCTGGATATCTTC +AAAACCACAATTCCTCACGCGCTTCTGACTTGGCGTCCCACCTCTGGCGAGGCCGAACCC +CCATCTCCATCAGCTGTGAGTGAAAAGCCGTTGGATGCAATATCACAAAAATCTGTAGAC +ATACATGATTCTATTCAACCAA +>TRINITY_DN3_c0_g1_i1 len=216 path=[194:0-215] [-1, 194, -2] +ATTGATTTATTTAATAAGAAACCAAAGAGAGGAATACAATACCTCCAAGAACAAGGGATG +CTTGGCACCACACCCGAAGATATAGCTCAGTTCTTACATCAAGAAGAAAGATTAGACTCT +ACTCAGGTGGGTGAGTTCCTGGGAGATAATGATAAATTCAATAAAGAAGTCATGTATGCA +TATGTAGACCAACATGACTTTTCAGGAAAAGACTTT + diff -r 000000000000 -r b3fe7c4ca5aa test-data/raw/Trinity_single_unmerged_1.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/raw/Trinity_single_unmerged_1.fasta Sat Mar 17 17:43:58 2018 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +>TRINITY_DN0_c0_g1_i1 len=226 path=[1:0-225] [-1, 1, -2] +CTTTACATCTGTACCATATACATATCCACCTGAAAACATTTTCTACATCCACTGTTATAT +GGAATGCTTGATAAGCTTTTCATTCTAACCATCAGAGCACAGTTCACAGTATGAATACAT +TTCCAGTAAATCTAACCTCCCAAAACCATGCCAGGTTTGTTATTTTTAATATATTCAACA +TTAAATTCTGTACATAGAATAAAATCTACATCAAGCCCCGCCACCC diff -r 000000000000 -r b3fe7c4ca5aa test-data/reads.left.fq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/reads.left.fq Sat Mar 17 17:43:58 2018 -0400 @@ -0,0 +1,400 @@ +@61DFRAAXX100204:1:100:10494:3070/1 +ACTGCATCCTGGAAAGAATCAATGGTGGCCGGAAAGTGTTTTTCAAATACAAGAGTGACAATGTGCCCTGTTGTTT ++ +ACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBC?CCCCCCCCC@@CACCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:100:10497:13422/1 +GTAATTTCCGTACCTGCCACAGTGTGGGCTCACCCTGCTTAGAGGACAGGGAAGGACCCTAAAGGTAGGCTGATGC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDDCCDDCDCBDCCDDDDBADDADDB@DBBBA@ +@61DFRAAXX100204:1:100:10546:4478/1 +CTGGGCTGCAGCTAAGTTCTCTGCATCCTCCTTCTTGCTTGTGGCTGGGAAGAAGACAATGTTGTCGATGGTCTGG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC7CB@CA:>AB?C=C@@@@?A@?5:88: +@61DFRAAXX100204:1:100:10609:6818/1 +CACGTTTTCTAAGCAGTTTGTACCAGATCGTGCTAACTGCTCATTGTCTTGTTGTACACACCAGTAAAGCTGGGCA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:100:10648:5988/1 +TGCTCATTGTCTTGTTGTACACACCAGTAAAGCTGGGCAAAAATATCATCCAAAAGTACATCGCTGAGAACTCCTA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:100:11486:13583/1 +CCCACCTGAAAACATTTTCTACATCCACTGTTATATGGAATGCTTGATAAGCTTTTCATTCTAACCATCAGAGCAC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBC +@61DFRAAXX100204:1:100:1176:14271/1 +TCTGAATAAGTCCTGCCACCAATGTTTTTCATAAGTGTGGCCATATGTTTTCATTATTTCAAACATTACTGTTAAG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCDBBABDB +@61DFRAAXX100204:1:100:12152:16425/1 +CTCCGTTTTTTGAGAGTGCAACACATAGATACTGCTTGATAGCATTAATAAACATCTCATTTGTCCTGAAAACAGG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:100:14680:13081/1 +GCCTGAGTGTGCAAAAATCTTCAGAGTAAGAATACCATAGTTGCTAAATATCTTTTACCATGAGCAATAATTTTTT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC;CCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:100:16086:14019/1 +TCTGGTGCAGCTAGATGGAATACTGAGAAAATGTTCTTCCATCCTGAACGAATATTTGCAGCCTGAGAATTAACCA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCBCCDDCDCC +@61DFRAAXX100204:1:100:17458:1622/1 +GTGAAAGGTCATCTATTTTAATGGCTTGTCTTTAAAAACCCTAAGAGAGGGAGGATGTCACAGGGAGGGCTTGTCA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC5A############################################### +@61DFRAAXX100204:1:100:17716:21197/1 +CCAGGCTTCCCGGTGACTTTCGGATGTTAGAGTGAGGAAGTAGCTCAGCGCTTCCCTGCAGACGTTTAAAAGCCTC ++ +CCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCC@CCCCCC@BBCCCCCCCBDB>CCCCAC@BCBBCDDBD@?BCBA@6BBB>;A;: +@61DFRAAXX100204:1:100:19734:13092/1 +ATCATCTTGGAGACTTTTATCCACATCATGTGTTTGGGGCTCAAGATCCCCTTCATGCTCTTGGTTTATATGATCA ++ +;CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCDC +@61DFRAAXX100204:1:100:2082:1789/1 +ACGGGTGTGGTGCCAAGCATCCCTTGTTCTTGGAGGTATTGTATTCCTCTCTTTGGTTTCTTATTAAATAAATCAA ++ +CCCCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC@CCADCCCDBCCCCCCCCCCDABBCCDCC@CBBBDDDD;@B?= +@61DFRAAXX100204:1:100:2172:8797/1 +GCCAAAACATAAGCAGTATCTGCACTAGCAAAAAGGGTTTGTCCTTGGTTGCACTCTAGGGATCTTGCAGCAAATT ++ +############################################################################ +@61DFRAAXX100204:1:100:2238:12815/1 +ACCATAGTTGCTAAATATCTTTTACCATGAGCAATAATTTTTTTCTCCCTTCCCCCACCCCCAATTATAAACATTT ++ +############################################################################ +@61DFRAAXX100204:1:100:2327:5980/1 +CTCCTAAATAATTTCCATCAGTGTGGGCCACCGTGATGAGTGTTTTTATTGTGTCGATATTCTTCTGTTTCATTTC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC0BBBACCCBCCCCCC=CCCCCB@B@=DC@CCDDBCC-CC@CABBBBDC +@61DFRAAXX100204:1:100:6480:5393/1 +TGGAGACTTTTATCCACATCATGTGTTTGGGGCTCAAGATCCCCTTCATGCTCTTGGTTTATATGATCAACAGTCT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCBCCCCBDCBDDADBDC +@61DFRAAXX100204:1:100:8693:14085/1 +AGCTATTTCGTTATAAATGGCTGATAGATACTCTTCAGGGAGATCTTTACTGTCATTGATACCACGATTCATTTTA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:100:9306:14527/1 +GTAGAATGATGCGTGAGCTTTAAACCTGCTGTCACTGATCTTCAGAACTTTAGTGAGGAACAGTAACAGTAAGTTA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCBACDCCBCDCBCC +@61DFRAAXX100204:1:100:9656:2687/1 +CTTCTAGGCAAAGAGAGGCTACTTCAGTATCATCACAGTCTTGGAGACCCACACTGAATGCAGCCAGAAAAGGTGT ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB>>B>;=;=7>>?>>B>>;>BB>B################################ +@61DFRAAXX100204:1:101:11219:19264/1 +TTTGCTAACTTCTTCACTCACAGTAGAAACAGAAACCAGTGGTGCTTGCTGTCTGTTATCTGAAGATCTNGGTTGA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCABCCCCCCCCCCCCCC@CBCC;DB<>>A&>99>;@ +@61DFRAAXX100204:1:101:11349:8542/1 +GGGTAATTTCCGTACCTGCCACAGTGTGGGCTCACCCTGCTTAGAGGACAGGGAAGGACCCTAAAGGTANGCTGAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCAA;A'??@=@> +@61DFRAAXX100204:1:101:11674:10443/1 +CACCCACACCCTGTCTTCAGGTGCCACGCTCATGTCATCACTTGTGTACTCCTTGAAAGCCTGCGGTCTNTCAGAC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCACC&AAA?AC +@61DFRAAXX100204:1:101:1179:19106/1 +TTGGTTGAATAGAATCATGTATGTCTACAGATTTTTGTGATATTGCATCCAACGGCTTTTCACTCACAGNTGATGG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC@BCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCADCCBCA@'AA=@?? +@61DFRAAXX100204:1:101:12110:12654/1 +CTTCCCAGGCACTGACTCTGCTCTCGTCCATGTACATCCGGAAGAGAATGCGCAGCCCACACGCCAGGCNGCTTGT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCDCCCBCCDCCBCCDCCDCBCDAD@ABBDDDAD@BABB.625'?A=:@0 +@61DFRAAXX100204:1:101:13165:4417/1 +CTGGATTATCAGTGCCAGACATCTGTGTACTGTAGCTGCCAATTCCTGATGATGATGTGGATTCTAAGGNGTTTAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCA?&75:;8C +@61DFRAAXX100204:1:101:13420:13159/1 +GGTGGATCCCCTCCTGTTGTCATCTTGACAGGCATCAGCCACAACAGATTCAGGGCACAGCAAGCCCTCNAAATGA ++ +CCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACAC&89848C +@61DFRAAXX100204:1:101:14810:10441/1 +CAGGAAAGAATCAATGGTGGCCGGAAAGTGTTTTTCAAATACAAGAGTGACAATGTGCCCTGTTGTCTGNAATGCA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCBCBCCCBBCCCCCCCBCCCDCCCCCCCDCCDCCCDCC:A?A'AAAAAC +@61DFRAAXX100204:1:101:15025:8342/1 +GTGGGTAGGAAGCCTCTGCTGCAGGATCCTTTCACAGAGCAGAGCAATGTAAACACCAACAGAAAAACANCGGCTC ++ +CCCCCDCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCBDBCCBCDCCCDCCDCBDACBBD=999%8====B +@61DFRAAXX100204:1:101:15551:15592/1 +CTCCCAAAACCATGCCAGGTTTGTTATTTTTAATATATTCAACATTAAATTCTGTACATAGAATAAAATNTACATC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCA=7A'AAB?AC +@61DFRAAXX100204:1:101:16061:6897/1 +ATGGAATGCTTGATAAGCTTTTCATTCTAACCATCAGAGCACAGTTCACAGTATGAATACATTTCCAGTNAATCTA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCDCCCCCCCDCCCCDC=C@'ABAAAC +@61DFRAAXX100204:1:101:16516:11581/1 +GGCCCTAAAGGTAGGCTGATGCTGTGGGAACAGCCTTTCTGCTCAATATGAGCCCAACACGCGACAGAGNCCACTG ++ +74/8588857;-84;<<<<<-88;8488+8A<286A9AA##################################### +@61DFRAAXX100204:1:101:17825:1193/1 +ACGCTCATGTCATCACTTGTGTACTCCTTGAAAGCCTGCGGTCTATCAGACACATATTTTGCACAATGGNGAATAA ++ +BCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCC@CBCCCCCCC@CCCCCBCDCCCCCCCCCCCCCCCCCAABA&A>>??A +@61DFRAAXX100204:1:101:2920:3823/1 +TCCATCAGAGCACAGTTCACAGTATGAATACATTTCCAGTAAATCTAACCTCCCAAAACCATGCCAGGTNTGTTAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCB'CCBC@C +@61DFRAAXX100204:1:101:4549:18278/1 +AGGTGGATCCCCTCCTGTTGTCATCTTGACAGGCATCAGCCACAACAGATTCAGGGCACAGCAAGCCCTNAAAATG ++ +AB?BA:?B:>:7;=BB=??>A>>>:+>//000BBBB@B@BBBBABBBB>B@?ABBBBBB>@############ +@61DFRAAXX100204:1:101:5059:19347/1 +TTTGGACTTGCCTTTGAAGCCTGCTTTCCACAGAGCAGTCCTCTGTTCATTGTTGGAATTAAATGCTTTNGCAAAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCC&89:79C +@61DFRAAXX100204:1:101:5741:4886/1 +CCCACCCCCAATTATAAACATTTTATCCTTCAAAATACAGCTCTCCTGAGTTGTACTTCTCGCAGAAGCNCAGTCT ++ +CCCCCCBBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC'B?BAAC +@61DFRAAXX100204:1:101:6207:10801/1 +GCCAAAACATAAGCAGTATCTGCACTAGCAAAAAGGGTTTGTCCTTGGTTGCACTCTAGGTATCTTGCANCAAATT ++ +DCCCCCCCDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAC@CAA9AACCCCCCCC@CCCCCCCCCCB@CCCC########### +@61DFRAAXX100204:1:101:6228:11229/1 +CAGTGATTCAAGTTTCAGTCTGTGAAAGGTCATCTATTTTAATGGCTTTTCTTTAAAAGCCCTAAGAGANTGAGTA ++ +CBCCCCCCCCCCCCC@CCBBCC@CC@>:<5?/:>A?:A########### +@61DFRAAXX100204:1:101:7284:17741/1 +CAGGTTTGTTATTTTTAATATATTCAACATTAAATTCTGTACATAGAATAAAATCTACATCAAGCCCCGNCACCCA ++ +CCCCCCCCCCCCCCBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCC@'CCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:101:7317:19738/1 +ATGAGAATCAATATTGTACAGAAAGTTGTACAGAATTTTTTTACATAGAAAACTTTACATCTGTACCATNTACATA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACC'AAAAA@ +@61DFRAAXX100204:1:101:7386:20759/1 +CCCGGAAAGTGTTTTTCAAATACAAGAGTGACAATGTGCCCTGTTGTCTGAAATGCAAGTTCTACTATGNTTTCAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCBCCCCCCCDCCCCCCDCCBCCCCCCDCCBBCBCCCCCCBBC)ACBA@D +@61DFRAAXX100204:1:101:7661:3279/1 +TTGGGGCTCAAGATCCCCTTCATGCTCTTGGTTTATATGATCAACAGTCTGAGGTGGCAAATATCTAAGNTGAGGT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCCCC'@????= +@61DFRAAXX100204:1:101:7989:14539/1 +CGTGCTCCAAGTGTGTTGCACTTGTAAAAGGTGCCTGAACATGGCTCACAGCTTCCATGAGTGCTTTAGNCGTCTT ++ +CCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBDCCCCCCCCCABCCCCCBCCCCCCBCC=CBCCCCCCC'AA????DCCCCCCCCCCCCC@BACCCCCCBCDCCCDCDBDDB +@61DFRAAXX100204:1:102:12757:13134/1 +GGGATGTATTGAACCACTGCTCTCAGGACAGGAANAAACAATGCACAAGCAATTTTCTTCCTAAATAACAATTCAG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC)BBBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCC@BCCCCCCCCCCACCCCC +@61DFRAAXX100204:1:102:13549:15464/1 +GTCCATGTACATCCGGAAGAGAATGCGCAGCCCANACGCCAGGCTGCTTGTCTCCTGTTTTAGAAGATTGGGCTTG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCC'CCCCCCCCCCC?CCCDCCBCCCBDCDBDDBBCADA:A########################## +@61DFRAAXX100204:1:102:17711:7491/1 +ACTCTGGACAATATCAAGTGGCTTTTCTTCATAGNCTCCATCATACAAGATATCATTTTTAGATAATGTTTCAGCT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBCCCC'CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCDCCCCBCA +@61DFRAAXX100204:1:102:17798:2084/1 +CCTTGTTCTTGGAGGTTTTGTATTCCTCTCTTTGNTTTCTTATTAAATAAATCAATCCCTTGTTCTATTATTTCTT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBBB'BBBBBCCCCCCCCCCBBCCACCCCCCCCCCCCCCDCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:102:18807:10059/1 +CTGCACTGGAAATATCAGATCCGTTTTCAGGCTCNGTATCATCTTGGAGACTTTTATCCACATCATGTGTTTGGGG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC&CBCCCCCCCCCC@CDCCCCCCCDCDCDC@ACDBADDBB;BA +@61DFRAAXX100204:1:102:19518:11565/1 +CCTGGGAAGAAGACAATGTTGTCGATGGTCTGGANGAGTTCCAGCTGCACAACACATTTAATCAACAGGGCAGCAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCC'BAB>BCCCBCCCCCCCDDACABCCBACCACDAD@DDBD<>C +@61DFRAAXX100204:1:102:2639:2051/1 +CTGCCTCAGAGAGTCTACTGCAAATATGGCTACANCTTCATTAGGATTACAACCAACCTTATTAAAATGATCTCCA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAA3A########################################## +@61DFRAAXX100204:1:102:3101:2926/1 +CTTCCCAGGCACTGACTCTGCTCTCGTCCATGTANATCCGGAAGAGAATGCGCAGCCCACACGCCAGGCTGCTTGT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC'BBBBBCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBB>BB>BBB?>??<99:<9:AB################# +@61DFRAAXX100204:1:102:8037:6949/1 +TCTAGGTATCTTGCAGCAAATTTTTCCATTAATCNATCAATTTTCTGAGCTTCTCCTGGAAGCCGGAATCCTTCCA ++ +CCCCCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(BBBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCDDDCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:102:8724:1888/1 +CGGGTGTGGTGCCAAGCATCCCTTGTTCTTGGAGNTATTGTATTCCTCTCTTTGGTTTCTTATTAAATAAATCAAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBB@B&28;88DCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCBCCDC@BCA>@BD@B +@61DFRAAXX100204:1:102:8903:16361/1 +CCTATAAGTTGTGCCAGCTCTAACTGACTGATGCNCTTCAGGATCTCATGCCACGAATTTCCTAAATAATTTCCAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:102:9691:18717/1 +ATAAGTTGTGCCAGCTCTAACTGACTGATGCACTNCAGGATCTCATGCCACGAATTTCCTAAATAATTTCCATCAG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC'BABBACCCCCCC;CCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCAC +@61DFRAAXX100204:1:103:10201:1449/1 +CTGAACACTAGAAAGGCATCCTTTTGTAAAATGTGGGAAAACTTAGCACCAGGTGAAGGTCCTGAAGAATTTCCAG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCDCCCCCCCC?CCBCCCCCACC;CCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:11572:6697/1 +CAAAATTGAAACTAAACATTCTAACCCCTTTTTTCGCAGGCTCAATTCCTGAACATTACTCATACCGAGTTCTTGG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC8CDCCCCDD +@61DFRAAXX100204:1:103:12517:20251/1 +GCCGGAAAGTGTTTTTCAAATACAAGAGTGACAATGTGCCCTGTTGTCTGAAATGCAAGTTCTACTATGCTTTCAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:13105:12342/1 +CTGGACTTCTTCCCAGGCACTGACTCTGCTCTCGTCCATGTACATCCGGAAGAGAATGCGCAGCCCACACGCCAGG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCCCCCBCCCB@CCCCCB?BCCCCCCB@C@B; +@61DFRAAXX100204:1:103:13548:1359/1 +GGTGACTTTCGGATGTTAGAGTGAGGAAGAAGCTCAGCGCTTCCCTGCAGACGTTTAAAAGCCTCTGCTGGACTTC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC+??AA?CCCCCCCCCCDCCDCBDCBCC@BBDDBDDDDBBABBACAAB +@61DFRAAXX100204:1:103:13762:1440/1 +CTCCCTTCCCCCACCCCCAATTATAAACATTTTATCCTCCAAAATACAGCTCTCCTGAGTTGTACTTCTCGCTGAA ++ +CCCCCCCCCCCCCBBBBBBCCCCCCCCCC?CCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCDCCDCCCCCCCACCBB@ +@61DFRAAXX100204:1:103:13776:4298/1 +TGATATTTGAAATACTATTCCAATTCGCAGGAAAAATCTTCTAAGAACAGCACGCAGTTCCGGAATCAAGTCAAAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDC@BCC +@61DFRAAXX100204:1:103:13798:6365/1 +GGTCACAGTCATAATTTACATAAATGTCCACCACACTCTGAGCATCTGCACAGATCCTTGTCAGTGTCTGAATAAC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:14748:1375/1 +CCAGGTTTGTTATTTTTAATATATTCAACATTAAATTCTGTACATAGAATAAAATCTACATCAAGCCCCGCCACCC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC@BCCCCCCCCCACCCDBD@@DDB +@61DFRAAXX100204:1:103:16156:9928/1 +CATGAGCAATAATTTTTTTCTCCCTTCCCCCACCCCCAATTATAAACATTTTATCCTTCAAAATACAGCTCTCCTG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCBBBBCCCCCCCCCC@B@BB@CCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCAACCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:16292:7311/1 +CTGGTTCTTACATCTAATTTGCATCTATTGATGATACAAGACAACTCAAAGAGGATCGGGAACCACCCTCTCACCC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDBCDCDCCCCCCCCCCBDC +@61DFRAAXX100204:1:103:1757:15756/1 +GGCAAAAATATCATCCAAAAGTACATCGCTGAGAACTTCTAAATACTGGGTGAATACATCACATATTGCATAAAGG ++ +CCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:19512:1223/1 +CTGTTAAGCCCCTGGTTCTTACATCTAATTTGCATCTATTGATGATACAAGACAACTCAAAGAGGATCGGGAACCA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCDCCDADBB@C@BB@ +@61DFRAAXX100204:1:103:2005:9846/1 +TGCTTCCCTGCAGACGTTTAAAAGCCTCTGCTGGACTTCTTCCCAGGCACTGACTCTGCTCTCGTCCATGTACATC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCABDBBCBBDDDC +@61DFRAAXX100204:1:103:2755:14644/1 +CTTACATCTAATTTGCATCTATTGATGATACAAGACAACTCAAAGAGGATCGGGAACCACCCTCTCACCCACACCC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC=C +@61DFRAAXX100204:1:103:3597:13520/1 +GTTGTTGTGATGTTAAAAAGCGGTACATTCCTTGGTCTTGAGTATCAACTCGAACATCGAAGTCTACTACATCTCT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCDCBCCCCDADDCDCDC +@61DFRAAXX100204:1:103:4062:11566/1 +GATGATACAAGACAACTCAAAGAGGATCGGGAACCACCCTCTCACCCACACCCTGTCTTCAGGTGCCACGCTCATG ++ +CCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCBCCCCC@CACCBCCCCCCCCCACCBCC=@BCBAC3;;-6AC@C@C?@:AB +@61DFRAAXX100204:1:103:5147:16732/1 +CATGGTTACAAGTTGTTGTCATCCATTCAGCTTTCTCTGTCTGCTGTTCTGGCAATTTCATGTTGTCAAAGATTCT ++ +CCCCCCCCCC;????CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:6646:12936/1 +GTGCAACACATAGATACTGCTTGATAGCATTAATAAACATCTCATTTGTCCTGAAAACAGGTCCTGCATTCTGCAG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCCDC +@61DFRAAXX100204:1:103:7220:15954/1 +GAGGAATTGTGGTTTTGAAGATATCCAGGGTGCAGTTACACGTTTTATCCCAGATTTCAAGAGTAAACTTTTCACC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCABCCCCCCCA +@61DFRAAXX100204:1:103:7253:3680/1 +CTTTACATCTGTACCATATACATATCCACCTGAAAACATTTTCTACATCCACTGTTATATGGAATGCTTGATAAGC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:8055:11636/1 +TTCCTGATGATGATGTGGATTCTAAGGAGTTTAAACTTCCATATCTGTTTATAGTCTCTGGGTGTTTAACTTCACT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCA diff -r 000000000000 -r b3fe7c4ca5aa test-data/reads.right.fq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/reads.right.fq Sat Mar 17 17:43:58 2018 -0400 @@ -0,0 +1,400 @@ +@61DFRAAXX100204:1:100:10494:3070/2 +CTCAAATGGTTAATTCTCAGGCTGCAAATATTCGTTCAGGATGGAAGAACATTTTCTCAGTATTCCATCTAGCTGC ++ +C@=@@@B>@BC@ACBB@>CBB=0;C@BBCC/? +@61DFRAAXX100204:1:101:1179:19106/2 +AAAACATTGGTGGCAGGACTTATTCAGAATTGTTTTCAGAATCTTTGACAACATGAAATTGCCAGAACAGCAGACA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCBCCBBCCCCACCCCACCCCCCCCCCCCCCCCBABDB>D@BDDD@ +@61DFRAAXX100204:1:101:12110:12654/2 +GCAAGCACCACTGGTTTCTGTTTCTACTGTGAGTGAAGAAGTTAGCAAAGTGAAATCCACAGCAAAATTCCCAGAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCBCDCCCCCBCCCCCDCCBCDCCBCAACCDCCAA>BBC=B@@CCC>C>@>ABCCBCC +@61DFRAAXX100204:1:101:17825:1193/2 +AACGAAGCAGGTCTCCAACAATTCGAGATATGGTTGTACGGTGTATAGCACAAATGGTTAATTCTCAGGCTGCAAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCDCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCACCCDCCCCBBC??>@BCCCCCBBCCCCC@CCCBC@@@CC@@CC@@@C@>CCCCCCCCCCC@C +@61DFRAAXX100204:1:101:7284:17741/2 +AAAAATCTTAAACATATTGTTCCTCCTGCACTGTTTTATTTCTTTATTTTCTTATCTACTTGCTAAATACCCATAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBBCCB@CCBBBCBBCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCBA +@61DFRAAXX100204:1:101:7317:19738/2 +CATGGTTTTGGGAGGTTAGATTTACTGGAAATGTATTCATACTGTGAACTGTGCTCTGATGGTTAGAATGAAAAGC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCAAC?BCCCCDCCCCCDC@ +@61DFRAAXX100204:1:101:7386:20759/2 +GATGTAGCCATATTTGCAGTAGACTCTCTGAGGCAGCTATCAATGAAGTTTTTAGAGAAAGGAGAGCTTGCAAACT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCD@CACBDDB@CABCCCB@BBABBAABB>>BAB>?AA>AB +@61DFRAAXX100204:1:101:7661:3279/2 +GCTGCAAGCTGTGAGGACATGCTACAATATCTATTTAGCCAGCAAAAATCTCATCAATCAGACAACAGCCAAAGCT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCD@CCC +@61DFRAAXX100204:1:101:7989:14539/2 +TGACTACAGACCTTCACAGTCCACAGGTTAAAAACAAAATGACAAAAGAACAGTACATTAAAATGAATCGTGGTAT ++ +CDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBBBBCCCCCCCC?BBCCCCCCCCCC@CCCCCCC?BCCBC= +@61DFRAAXX100204:1:101:8630:9416/2 +GGCGCAGGCACCTCCACCGGCCCCGCCTTCTCTCCGCAAACGCTCCACGCACACAAAGGAGGCCCTTGAGCCTCAA ++ +############################################################################ +@61DFRAAXX100204:1:101:9622:17436/2 +ACCTCCAAGAACAAGGGATGCTTGGCACCACACCCGAAGATATAGCTCAGTTCTTACATCAAGAAGAAAGATTAGA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCACCBCCCBCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:102:10071:12692/2 +GCCCAGAGAGATGCAGTAGACTTCGATGTTCGAGTTGATACTCAAGACCAAGGAATGTACCGCTTTTTAACATCAC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCDCCCCCDCCCCDCCCCCBC +@61DFRAAXX100204:1:102:10556:11503/2 +CGGATCTGATATTTCCAGTGCAGAAAATGAACAGACAGAAGCTGATCAGGCAACTGCAGCTGAAACATTATCTAAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCDCCC +@61DFRAAXX100204:1:102:10558:14342/2 +AGAGATGCAGGTCTGTAATATAAAAATCTTAAACATATTGTTCCTCCTGCACTGTTTTATTTCTTTATTTTCTTAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBBCCBBCCBBBCBBC +@61DFRAAXX100204:1:102:12109:19420/2 +AAGTTCTCAGCGATGTACTTTTGGATGATATTTTTGCCCAGCTTTACTGGTGTGTACAACAAGACAATGAGCAGTT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCCBCCC@CCCCCCCC?CCBCCADCDCAB +@61DFRAAXX100204:1:102:12757:13134/2 +CAACGGAGCAGATTGCGTCTCACACAGAGGAACGAGAGGAAGTCTGTAACGCTCAGAGACTTGATGACAGTTCTTG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCBCCCDCCCCCBCDCDCDDDDDBDCBBBDCBDBDD +@61DFRAAXX100204:1:102:13549:15464/2 +GCAAGAAGGAGGATGCAGAGAACTTAGCTGCAGCCCAGAGAGATGCAGTAGACTTCGATGTTCGAGTTGATACTCA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCBCDCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCBCCCACC@CCCCCCCBDCCC=CC?CC?CCACA +@61DFRAAXX100204:1:102:13777:6235/2 +GAAGGCCTCAGCGATGTACTTTTGGATGATATTTTTGCCCAGCTTTACTGGTGTGTACAACACGACCATGAGCCGC ++ +############################################################################ +@61DFRAAXX100204:1:102:14960:18241/2 +GCTGCATTCAGTGTGGGTCTCCAAGACTGTGATGATACTGAAGTAGCCTCTCTTTGCCTAGAAGGGATAAGATGTG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCACCCCCCCCCDC +@61DFRAAXX100204:1:102:15063:6971/2 +GTATCTATCAGCCATTTATAACGAAATAGCTGGGAAAAAAATATCAATGAAAGAAACAAAAGAACTAACAATCCCT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBBBCCCCCCCCCCCBBCC@BBCBBCCCCC?CCCAC +@61DFRAAXX100204:1:102:16420:15231/2 +CTACTACCCTCTCTTATGTGAAATTATGCAATTTGACTTGATTCCGGAACTGCGTGCTGTTCTTAGAAGATTTTTC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCC@CCCCCCCC>@CCCCCCCCCBC@DCBCCC +@61DFRAAXX100204:1:102:16908:12433/2 +TGGGAGGTTAGATTTACTGGAAATGTATTCATACTGTGAACTGTGCTCTGATGGTTAGAATGAAAAGCTTATCAAG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCDCCCCCBCCACCCCBCC +@61DFRAAXX100204:1:102:17677:10400/2 +CAATCCCTACAAAGTCAACTAAACAGAATGTAGCCAGTGAAAAGCAAAGACGACTTCTGTATAACTTAGAAATGGA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCBCCCCACDCC;@BBB@C +@61DFRAAXX100204:1:102:17711:7491/2 +TATAAACCAAGAGCATGAAGGGGATCTTGAGCCCCAAACACATGATGTGGATAAAAGTCTCCAAGATGATACAGAG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCDCCCCCCCADC=DCCBCDA +@61DFRAAXX100204:1:102:17798:2084/2 +AGTGAAGTTAAACACCCAGAGACTATAAACAGATATGGAAGTTTAAACTCCTTAGAATCCACATCATCATCAGGAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCDC +@61DFRAAXX100204:1:102:18807:10059/2 +CTACAATATCTATTTAGCCAGCAAAAATCTCATCAATCAGACAACAGCCAAAGCTACTCTTACTCAAATGCTGAAC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCACC +@61DFRAAXX100204:1:102:19518:11565/2 +CTTCAAAACCACAATTCCTCACGCGCTTCTGACTTGGCGTCCCACCTCTGGCGAGGCCGAACCCCCATCTCCATCA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCBCC@BCCCDBCCDABDDDDCDBCBDCBDDA +@61DFRAAXX100204:1:102:2639:2051/2 +CAGGAGTCTATTGGAGAAACCAGCTCTCAAAGTGTGGTAGTTGCTGTGGATAGAATATTCACCGGATCCACAAGGC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCDCCACCDCCCCCACCBCB@>5?>@>@17>A1;5;:=; +@61DFRAAXX100204:1:102:3101:2926/2 +GAGAACTTAGCTGCAGCCCAGAGAGATGCAGTAGACTTCGATGTTCGAGTTGATACTCAAGACCAAGGAATGTACC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCDBCC +@61DFRAAXX100204:1:102:5977:14503/2 +GAAGTTCTCAGCGATGTACTTTTGGATGATATTTTTGCCCAGCTTTACTGGTGTGTACAACAAGACAATGAGCAGT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCCDCDCDCCCCCCDCDCCCCCDBCDCB +@61DFRAAXX100204:1:102:6251:21399/2 +GTGAGTTCCTGGGAGATAATGATAAATTCAATAAAGAAGTCATGTATGCATATGTAGACCAACATGACTTTTCAGG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCDCCCCDCCCCDCACCBCBCCBDDCC@D?BB==<@=@A?B=<DB2(?=;@ +@61DFRAAXX100204:1:102:8903:16361/2 +GCATTTTCAGCATTCAGCTGGAAAGAGATGCATATGTCCAAGCACTAGCCAGATTTACCTTACTTACAGTGAGTTC ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCBCBCC +@61DFRAAXX100204:1:102:9691:18717/2 +CTAGAAGGGATAAGATGTGCTATCAGGATTGCATGCATTTTCAGCATTCAGCTGGAAAGAGATGCATATGTCCAAG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:10201:1449/2 +GAGACTATGAAGAAAAGCCACTTGATATTGTCCAGAGCATTGTAGAAGAAATGTTGAACATCATTGTTGGAGACAT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCDCBCCCCDCCCCCCCDCCCCDCA@BCBBB? +@61DFRAAXX100204:1:103:11572:6697/2 +AGCTCATTTGACCATAAGTGGATGGTTATTCAGACACTGACAAGGATCTGTGCAGATGCTCAGAGTGTGGTGGACA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCAC???AAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCC@CABCCCCAACBC>CB +@61DFRAAXX100204:1:103:13776:4298/2 +CCGAAAGTCACCGGGAAGCCTGGACTAACTTACTGTTACTGTTCCTCACTAAAGTTCTGAAGATCAGTGACAGCAG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:13798:6365/2 +GTTTATTAATGCTATCAAGCAGTATCTATGTGTTGCACTCTCAAAAAACGGAGTCTCATCTGTTCCAGAGGTTTTT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCDCCCCCCCCDCCDDCDCCBDDC@ +@61DFRAAXX100204:1:103:14748:1375/2 +TAAAAATCTTAAACATATTGTTCCTCCTGCACTGTTTTATTTCTTTATTTTCTTATCTACTTGCTAAATACCCATA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCB@BCCB=CCBBBC@@CCCACCCACCCCBCCCDD>DC +@61DFRAAXX100204:1:103:16156:9928/2 +CTCATGTTGAGCAGAAAGGCTGTTCCCACAGCATCAGCCTACCTTTAGGGTCCTTCCCTGTCCTCTAAGCAGGGTG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCDCCCDCCDCCA@ACBABB?B +@61DFRAAXX100204:1:103:16292:7311/2 +CACCATTGATTCTTTCCAGGATGCAGTGAAGTGTTTGTCTGAATTCACATGTAATGCAGCTTTCCCAGACACAAGT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCCCC5CCCCDCCCCCBCCBCCCBDDDBDBBBBCD +@61DFRAAXX100204:1:103:1757:15756/2 +TGCAAATTAGATGTAAGAACCAGGGGCTTAACAGTAATGTTTGAAATAATGAAAACATATGGCCACACTTATGAAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC +@61DFRAAXX100204:1:103:19512:1223/2 +TGTCACTCTTGTATTTGAAAAACACTTTCCGGCCACCATTGATTCTTTCCAGGATGCAGTGAAGTGTTTGTCTGAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCC@CBA8=A=CCACCCBCCA# +@61DFRAAXX100204:1:103:2005:9846/2 +TTTAATTCCAACAATGAACAGAGGGCTGCTCTGTGGAAAGCAGGCTTCAAAGGCAAGTCCAAGCCCAATCTTCTAA ++ +CCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBDDBCDCCDBDCBCCDDDCDADBBDDC +@61DFRAAXX100204:1:103:2755:14644/2 +GCTGCATCAGACCAAGATGAAAGCATAGTAGAACTTGCATTTCAGACAACAGGGCACATTGTCACTCTTGTATTTG ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC@CCACCCCC>CCC@CBACDCCDCC +@61DFRAAXX100204:1:103:3597:13520/2 +CACCTCTGGCGAGGCCGAACCCCCATCTCCATCAGCTGTGAGTGAAAAGCCGTTGGATGCAATATCACAAAAATCT ++ +CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCACACDDCCDDCCB@A?B@BB@ABBBBADABDAA +@61DFRAAXX100204:1:103:4062:11566/2 +CAACAATTCGAGATATGGTTGTACGGTGTATAGCACAAATGGTTAATTCTCAGGCTGCAAATATTCGTTCAGGATG ++ +CCCCCCCBCCCCCCCCCCCCC?CCCC=CCCCCA=@A@CCACBCC?ABAABCCCCACC>BC + de novo assembly of RNA-Seq data + + macros.xml + + + $trinity_log 2>&1 + + && + + if [ ! -z "\$TRINITY_SCRATCH_DIR" ] ; then + mkdir -p "\$workdir/trinity_out_dir"; + cp -p trinity_out_dir/Trinity* "\$workdir/trinity_out_dir"; + cd "\$workdir"; + fi ; + + ]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +Trinity_ assembles transcript sequences from Illumina RNA-Seq data. + +.. _Trinity: http://trinityrnaseq.github.io + + +