# HG changeset patch
# User bgruening
# Date 1665924079 0
# Node ID f1a157358d4de6df0824a2deb92989369389b462
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/edta commit 24cb0421330e54b144b3e6f1be4ae35ac0e48c1c
diff -r 000000000000 -r f1a157358d4d annotate_pan_genome.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/annotate_pan_genome.sh Sun Oct 16 12:41:19 2022 +0000
@@ -0,0 +1,6 @@
+#!/usr/bin/env bash
+
+lib=NAM.EDTA1.8.0.MTEC02052020.TElib.fa
+genome=($1)
+
+RepeatMasker -pa 36 -q -div 40 -lib $lib -cutoff 225 -gff $genome
\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r f1a157358d4d edta.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/edta.xml Sun Oct 16 12:41:19 2022 +0000
@@ -0,0 +1,455 @@
+
+
+ Whole-genome de-novo TE annotation
+
+
+ 2.1.0
+ galaxy0
+ edta_macros.xml
+
+
+
+ edta
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ function_select['function'] == "genome"
+
+
+ function_select['function'] == "genome" and function_select['curatedlib']
+
+
+ function_select['function'] == "genome" and function_select['anno_select']['anno'] == "yes"
+
+
+ function_select['function'] == "genome" and function_select['anno_select']['anno'] == "yes"
+
+
+ function_select['function'] == "genome" and function_select['anno_select']['anno'] == "yes"
+
+
+ function_select['function'] == "genome" and function_select['anno_select']['anno'] == "yes" and function_select['anno_select']['evaluate'] is True
+
+
+ function_select['function'] == "genome" and function_select['anno_select']['anno'] == "yes" and function_select['anno_select']['evaluate'] is True
+
+
+ function_select['function'] == "genome" and function_select['anno_select']['anno'] == "yes" and function_select['anno_select']['evaluate'] is True
+
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'ltr'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'ltr'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'ltr'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'tir'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'tir'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'tir'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'helitron'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'helitron'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'helitron'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'all'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'all'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'all'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'all'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'all'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'all'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'all'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'all'
+
+
+ function_select['function'] == "te" and function_select['te_type'] == 'all'
+
+
+
+ function_select['function'] == 'pan-edta'
+
+
+ function_select['function'] == 'pan-edta'
+
+
+ function_select['function'] == 'pan-edta'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ =1 kb) being masked. You may use this for de novo gene annotations. In practice, this approach will reduce overmasking for genic regions, which can improve gene prediction quality. However, initial gene models should contain TEs and need further filtering (`anno` required).
+5. Annotation inconsistency for simple TEs: (`anno and evaluate` required).
+6. Annotation inconsistency for nested TEs: (`anno and evaluate` required).
+7. Overall annotation inconsistency: (`anno and evaluate` required).
+
+'''''''''''''''
+**EDTA Usage**
+'''''''''''''''
+`````````````````````
+**From head to toe:**
+`````````````````````
+*You got a genome and you want to get a high-quality TE annotation:*
+
+
+- **--genome** [File] The genome FASTA file. Required.
+
+- **--species** [Rice|Maize|others] Specify the species for identification of TIR candidates. Default: others
+
+- **--step** [all|filter|final|anno] Specify which steps you want to run EDTA.
+
+ 1. all: run the entire pipeline (default
+ 2. filter: start from raw TEs to the end.
+ 3. final: start from filtered TEs to finalizing the run.
+ 4. anno: perform whole-genome annotation/analysis after TE library construction.
+
+- **--overwrite** [0|1] If previous results are found, decide to overwrite (1, rerun) or not (0, default).
+
+- **--cds** [File] Provide a FASTA file containing the coding sequence (no introns, UTRs, nor TEs) of this genome or its close relative.
+
+- **--curatedlib** [file] Provided a curated library to keep consistant naming and classification for known TEs. All TEs in this file will be trusted 100%, so please ONLY provide MANUALLY CURATED ones here.This option is not mandatory. It's totally OK if no file is provided (default).
+
+- **--sensitive** [0|1] Use RepeatModeler to identify remaining TEs (1) or not (0, default). This step is very slow and MAY help to recover some TEs.
+
+- **--anno** [0|1] Perform (1) or not perform (0, default) whole-genome TE annotation after TE library construction.
+
+- **--rmout** [File] Provide your own homology-based TE annotation instead of using the EDTA library for masking. File is in RepeatMasker .out format. This file will be merged with the structural-based TE annotation. (--anno 1 required). Default: use the EDTA library for annotation.
+
+- **--evaluate** [0|1] Evaluate (1) classification consistency of the TE annotation. (--anno 1 required). Default: 0. This step is slow and does not affect the annotation result.
+
+- **--exclude** [File] Exclude bed format regions from TE annotation. Default: undef. (--anno 1 required).
+
+- **--u** [float] Neutral mutation rate to calculate the age of intact LTR elements.
+
+----
+
+```````````````````````
+**Divide and conquer:**
+```````````````````````
+*Identify intact elements of a paticular TE type*
+
+
+- **--genome** [File] The genome FASTA
+
+- **--species** [Rice|Maize|others] Specify the species for identification of TIR candidates. Default: others
+
+- **--type** [ltr|tir|helitron|all] Specify which type of raw TE candidates you want to get. Default: all
+
+----
+
+````````````
+**PAN-EDTA**
+````````````
+
+For pan-genome annotations, you need to annotate each genome with EDTA, generate a pan-genome library, then reannotate each genome with the pan-genome library.
+
+.. image:: https://github.com/HuffordLab/NAM-genomes/raw/master/te-annotation/assets/Pan-EDTA_scheme.png
+ :alt: several example circos plots
+ :width: 70%
+
+For more information see the EDTA documentation_.
+
+.. _documentation: https://github.com/oushujun/EDTA
+
+]]>
+
+ 10.1186/s13059-019-1905-y
+
+
diff -r 000000000000 -r f1a157358d4d edta_macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/edta_macros.xml Sun Oct 16 12:41:19 2022 +0000
@@ -0,0 +1,70 @@
+
+
+
+ edta
+
+
+
+
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+
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r f1a157358d4d filter_out_single_copies.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/filter_out_single_copies.sh Sun Oct 16 12:41:19 2022 +0000
@@ -0,0 +1,19 @@
+#!/usr/bin/env bash
+
+data=($1)
+
+echo 'Filter out single-copy annotations'
+
+for i in `echo $data|awk '{print $1}'`; do
+ perl /EDTA/util/output_by_list.pl \
+ 1 \
+ <(perl -nle 's/#.*//; print $_' $i.mod.EDTA.TElib.novel.fa) \
+ 1 \
+ <(perl /EDTA/util/find_flTE.pl $i.mod.out | \
+ awk '{print $10}'| \
+ sort| \
+ uniq -c |\
+ perl -nle 'my ($count, $id) = (split); if ($id=~/LTR/){next if $count<=2} else {next if $count ==1} print $_' |\
+ awk '{print $2}') -FA > $i.mod.EDTA.TElib.novel.fa.real &
+done
+
diff -r 000000000000 -r f1a157358d4d make_pan_library.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/make_pan_library.sh Sun Oct 16 12:41:19 2022 +0000
@@ -0,0 +1,47 @@
+#!/usr/bin/env bash
+
+known_te=($1)
+
+echo 'get classification info and convert #unknown to #DNA/Helitron'
+for j in *mod.EDTA.TElib.novel.fa; do
+ for i in `cat $j.real`; do
+ grep $i $j;
+ done| \
+ perl -nle 's/#unknown/#DNA\/Helitron/; print $_' > $j.real.ori &
+done
+
+wait
+
+echo 'aggregate novel TE libraries'
+i=0
+for j in *real.ori; do
+ i=$(($i+5000));
+ perl /EDTA/util/rename_TE.pl $j $i;
+done > NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa.raw
+perl /EDTA/util/rename_TE.pl NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa.raw > NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa.raw2
+mv NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa.raw2 NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa.raw
+
+# wait
+
+# echo 'remove redundant'
+# nohup perl /EDTA/util/cleanup_nested.pl \
+# -in NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa.raw \
+# -cov 0.95 \
+# -minlen 80 \
+# -miniden 80\
+# -blast /opt/conda/lib/python3.6/site-packages/Bio/Blast &
+
+# ls
+# wait
+
+# echo 'remove a number of false TEs and rename IDs'
+# RepeatMasker -pa 36 -q -no_is -norna -nolow -div 40 -lib rm.fa -cutoff 225 NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa.raw.cln
+# perl /EDTA/util/output_by_list.pl 1 NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa.raw.cln 1 \
+# <(awk '{print $5}' NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa.raw.cln.out|grep TE) -ex -FA | \
+# perl /EDTA/util/rename_TE.pl - > NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa
+
+# echo 'make comprehensive TE library'
+# cat $known_te NAM.EDTA1.8.0.EDTA.TElib.novel.fa > NAM.EDTA1.8.0.TE11122019.TElib.fa
+
+# echo 'finished make_pan_library'
+
diff -r 000000000000 -r f1a157358d4d test-data/rice6.9.5.liban
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/rice6.9.5.liban Sun Oct 16 12:41:19 2022 +0000
@@ -0,0 +1,105600 @@
+>RST-Osativa-Cluster_0#SINE/unknown match=NEW
+GCGAAAGGGCCTGTAGCCTAGTGGTTACAAGAGCCTCAGTAGCACCTGAGGTCCTGGGTTCGACTCCCCATGGGAGCGAATTTTCCAGGATTTAACGGCGTTGTGCTTTCAGTGGTAGGCGACGTACCCGTCGACAGCGAGGCGCCTGTGGTGACTTCGTCAATCTCTCCAGGATTTGCCGGCCCAGTCTTCGAAGATGCTCATAGGGGTAGGGTTTGCGTGCGTGGTTCATAGGGGTGAGGCGCTGTGGTGACTTCGTCAATCTCTCCAGGATTTGCCGGCCCAGTCTTCGAAGATGCTCATAGGGGTAGGGTTTGCGTGCGTGCGTTCATAGGGGTGAGTGCGCGTGCGTTGTGAGTGTCTGCGTTGTACTGTGTAATTCTAA
+>RST-Osativa-Cluster_1#SINE/unknown match=OsSN1|tRNA|rice/Planta|SINE_Bank
+GCGAAAGGGCCTGTAGCCTAGTGGTTACAAGAGCCTCAGTAGCACCTGAGGTCCTGGGTTCGACTCCCCATGGGAGCGAATTTTCCAGGATTTAACGGCGTTGTGCTTTCAGTGGTAGGCGACGTACCCGTCGACAGCGAGGCGCCTGTGGTGACTTCGTCAATCTCTCCAGGATTTGCCGGCCCAGTCTTCGAAGATGCTCATAGGGGTAGGGTTTGCGTGCGTGTGTTCATAGGGGTGAGTGCGCGTGCGTTGTGAGTGTCTGCGTTGTACTGTGTAATTCTCAAA
+>RST-Osativa-Cluster_2#SINE/unknown match=SINE9_OS|tRNA|Oryza_sativa|Repbase
+GCGAAGTGAGCATAGCTCAACTGGTTAGGTTCCTTGTGGTGGAACCAGCCCACCCGGGTTCAAATCCTAGATTTGACACGGGTGCTCGCATTTACGGCTAATTATTCTTTCAGTGGTAGGCGACGTACCCGTCGACAGCGAGGCGCCTGTGGTGACTTCGTCAATCTCAAGATATGTCGGCCCAGTCTTCCGGAGGTGCTCATAGGGGTAGGGTGTGCGTGTGTGCGTTCATAGGGGTGAGTGTGCGCACGTTGTGAGCGCCTGCGTTTGTACTGTGTTTCTCAAAA
+>RST-Osativa-Cluster_3#SINE/unknown match=OsSN1|tRNA|rice/Planta|SINE_Bank
+GCGAAAGGGCCTGTAGCCTAGTGGTTACAAGAGCCTCAGTAGCACCTGAGGTCCTGGGTTCGACTCCCCATGGGAGCGAATTTTCCAGGATTTAACGGCGTTGTGCTTTCAGTGGTAGGCGACGTACCCGTCGACAGCGAGGCGCCTGTGGTGACTTCGTCAATCTCTCAGGATTTGCCGGCCCAGTCTTCGAAGATGCTCATAGGGGTGAGTGCGCGTGCGTTGTGAGTGTCTGCGTTGTACTGTGTAATTCTAA
+>RST-Osativa-Cluster_4#SINE/unknown match=OsSN1|tRNA|rice/Planta|SINE_Bank
+GCGAAAGGGCCTGTAGCCTAGTGGTTACAAGAGCCTCAGTAGCACCTGAGGTCCTGGGTTCGACTCCCCATGGGAGCGAATTTTCCAGGATTTAACGGCGTTGTGCTTTCAGTGGTAGGCGACGTACCCGTCGACAGCGCGGCCCAGTCTTCGAAGATGCTCATAGAGGTAGGGTTTGCGTGCGTGTGTTCATAGGGGTGAGTGCGCGTGCGTTGTAAGTGTCTGCGTTGTACTGTGTAATTCTCTT
+>RST-Osativa-Cluster_5#SINE/unknown match=OsSN3|tRNA|Oryza_sativa|Repbase
+GTGAAAGGGCATGTAGCCTAGTGGTTGCAGTGACCTGAGTAGCACCCCAAGGTCCTGAGTTCAAATCTCCATAGGAGCGAATTTCAGATTGGGTTATTTGAGGGCTAAGTTCCCTATTTGATAGGCTAAGTTCCTAATTTAAAAAGGCTGCATATATCCGGTTGGATATAGAGGCCGGGTAAAAAATACCCTTCTCTCT
+>RST-Osativa-Cluster_6#SINE/unknown match=OsSN3|tRNA|Oryza_sativa|Repbase
+ACGAAAGGGCATGTAGCCTAGTGGTTACAGTGACCTGAGTAGTACCCCAAGGTCCTGAGTTCAAATCTCCTATGGAGCGAATTTCAGATTGGGTTGTTTGCGGGGCTAAGTTCCCTATTTCAATGGCCGTATATATCCGGTTGGATATAGAGGCCGGGTAAAAAATACCCTTCTCTAAAAAAAATAT
+>RST-Osativa-Cluster_7#SINE/unknown match=OsSN3|tRNA|Oryza_sativa|Repbase
+TTGCGAAAGGGCATGTAGCCTAGTGGTTGCAGTGACCTGAGTAGCACCCCAAGGTCCTGAGTTTAAATCTCCATAGGAGCGAATTTCAGATTAGGTTATTTGAGGGGCTAAGTTACCAATTTAAAATGGCTGCATATATCCGGTTGGATGTAGAGGCCGGGTAAAAAAATACCCTTCTCTAAAAA
+>RST-Osativa-Cluster_8#SINE/unknown match=OsSN3|tRNA|Oryza_sativa|Repbase
+GTGAAAGGGCATGTAGCCTAGTGGTTGCAGTGACCTGAGTAGCACCCCAAGGTCCTGAGTTCAAATCTCCATAGGAGCGAATTTCAGTGTTTTAAAGGCTGCATATATCCGGTTGGATGTAGAGGCCGGGTAAAAAATACCCTTCTCTAAA
+>RST-Osativa-Cluster_9#SINE/unknown match=NEW
+GAGATGCGCTAGTAGCGCAGTGGCAGGGGTCGCTGGCATGCACCCCGCCGGCCCGGGTTCGACCCTTGTCGAGCACGCTCACCAGGGGAAATATTTACCTCTTCCTTCTTAAAACCATTGACTCCAAGTCCTTCTTTGGTGTCCAACCTT
+>RST-Osativa-Cluster_10#SINE/unknown match=NEW
+TAGAGATGCACTTGATAGTGCAGTGGCAAGGGGTGTGTGGTTTCAACCCCGAGGTCCCGTGTTCAATCCCCAACACGCTCACAATTTCTTCTTAAAAAATGTTTGGAGGGACATCTCTCCCTCCAAATCTCTC
+>RST-Osativa-Cluster_11#SINE/unknown match=NEW
+GAGATGCACTTGATAGTGCAGTGGAAGGTGTGTGGTTTAACCGATCTGTTAATCCAACACGCTCACAATTTCTTCTTAAAAATTTTGGAGGGAGTCTCTCCCTCCAAATCTC
+>RST-Osativa-Cluster_12#SINE/unknown match=p-SINE1|tRNA|rice/Planta|SINE_Bank
+GAGAAAGCCAGGGGTCTTCGGCTAGCTCCACAAGGTGGTGGGCTAGACGACCTGGGTTCAAGCCTCACCCCTCTAATTATTTGATATTAGGTCTTCCCTATAATATTCCG
+>Os0001_Olo24#MITE/Tourist
+GGGGTGTTTAGATCCAAGGGTTTAAAGTATTGGAGTGTCACATCGGGTAT
+TATATAGGGTGTCGCATGGGGTGTTCGGACACTAATAAAAAAAACTAATT
+ACAGAATTCGTCAGTAAACCGCGAGACGAATTTATTAAGCCTAATTAATC
+CGTCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCACCACATTGTCAAATCATGGAGCA
+ATTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCGCAAATTAGTCGCAATCTGTGCAATTA
+GTTATTTTTTAGTCTATATTTAATACTTTATACATGTGTTCAAACATTCG
+ATGTGACAGGGTGTAAAATTTTGGGGTGGGATCTAAACACCCC
+>Os0002_Gaijin#MITE/Tourist
+GGCTGTGTTTAGATCCAAAGTTTGGATCCAAACTTCAGTCATTTTCCATC
+ACATCAACCTGTCATACACACACAACTTTTCAGTCACATCATCTCCAATT
+TTAACCAAAATCCAAACTTTGCGCTGAACTAAACACAGCC
+>Os0003#MITE/Stow
+CTCCCTCCGTTTTTTAATATATGACGCCGTTGACTTTTTAACAAATGTTT
+GACCATTCGTCTTATTCAAAAAATTTATGCAAATATATAAATATATATTT
+CACAATTAAAGTATATTTAATGATAAAACAACTCATAACAAAATAAATTA
+TAATTACATAAATTTTTTGAATAAGACGAATGGTCAAACATGTGTAAAAA
+AGTCAACGGCGTCATATATTAAAAAATGGAGGGAG
+>Os0004_Gaijin#MITE/Tourist
+GGCCGAGTTTAGTTCTAAACTTTTTCTTCAAACTTTCAACTTTTTCATCA
+CATCAAAACTTTCCTACACACACAAACTTCCAACTTTTCCGTCACATCGT
+TCCAATTTCAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCC
+>Os0005#MITE/Stow
+CTCCCTCCGTTTCACAATATAAGACTTTCTAGCATTGCTCACCTATATTC
+ATATAGATGTTAATGAATCTAGACATATATATATAATATCTAGATTCATT
+AACATAAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACAATATGAAACG
+GAGGAAG
+>Os0006#SINE/unknown
+AGCGAAAGGGCCTGTAGCCTAGTGGTTACAAGAGCCTCATAGCACCTGAG
+GTCCTGGGTTCGACTCCTCATGGGAGCGAATTTTCCAGGATTTAACGGCG
+TTGTGCTTTCAGTGGTAGGCGACGTACCCGTCGACAGCGAGGCGCCTGTG
+GTAACTTCGTTCTCCAGGATTTGCCGGCCCAGTCTTCGAAGATGCTCATA
+GGGGTAGGGTTTGCGTGCGTGCGTTCATAGGGGTGAGTGTGCGTGCGTTG
+TGAGTGTCTGCGTTGTACTGTGTAATTCTCAAAAAAAAA
+>Os0007_Castaway#MITE/Tourist
+GGGCCCCTTTGAATCGCAGGATTGAAAAAACAGAGGAATAGGAAAAACAC
+AGGATTCTGATAGGAATGTAAGTGTAAAACAGAGGATTGCAAAACACAGG
+AAAAACACAGGAATGACCGTTTGATTGGACCGCAGGAAAAACACAGGAAT
+CGGATGAGAGAGATAGACTCAAAGGAAAATTTCCAAGAGGTTGAAGCTCT
+TGCTAAATTTCCTCCAAAATCTATATGGAATGTGCCATTCCATAGGAATT
+TCATAGGATTTGATAGGATTCAATCCTTTGATTCAAAGGGCTACATAGGA
+AAATTTCCTATAGGATTGAAATCCTATAAAATTCCTATGTATTTCCTTTG
+ATTCAAAGGGGCCC
+>Os0008_INT#LTR/Copia
+AGTGGTATCAGAGCCTTGTTTTCTTCTTTGGATTTTTATTGATTTAGAGT
+TTTTGCCATGGCTACTCCCGCTAGGTTTTCAACTAAGCCTCATGTTTTCG
+ATGGAACGGATTTTCCTCATCGGTGTAGTAGGATGCAATCTTATATTATG
+GCTGAAGATTATGATATTTGGAGAAAAGTCTCTCATCCTTATGTGATTCC
+TGAAGTTATTAATACTGCTGCTTTAAAAATAGAGTTTGAACAAAATTGCA
+AAGCTCGCAATATTCTTTTGAGTGGGATTTCTCATTCGGATTATGATCGT
+GTTGCTCATCTTCAAACTACCCATGAGATTTGGATTGCTTTGAGTAATTT
+TCATCAGGGAACAAATAACATTAAAGAACTTCGTCGTGATCTCTTCAAAA
+AGGAGTATATTAAATTTGAGATGAAACCTGGAGAAGCTTTGGATGACTAT
+CTTTCTCGGTTTAATAAAATTTTGAGTGATCTTAGATCTGTCTTATGATG
+CTAATTATCCACAATCTGAGATTTCTCGTCACTTTTTGAATGGTCTTGAT
+ATGTCTATTTGGGAAATGAAAGTTACATTTATTCAGGAGTATGTTAACAT
+GTCTACTTTGACTTTGGATTCACTTTATACAAAATTGAAAACACATGAGA
+TGAATGTTCTTTCTCGAAAAGTTGATTCTAAGTCGAGTGCTTTGGTTTCT
+TCTTCTTCTTCTTTAGATGTTGATGCTTCTTCATCTAAGCCTTCGTTTCT
+TGCTGTTTTTAATGCCACATCCGATGATCAACTCGAACAAATCGAGGAGG
+AGGATTTGGCTTTGGTTGCTAACAGAATTGCTCGAGCTATGAATAATGCC
+AGGAACAGGAAAAGAGGTGGTCCAAATCGTTGCTTTGAATGTGGTTCAAT
+CGATCATCTTCGTTCGCATTGTCCTAAGCTTGGGAGAGGCAAAAGAGAAG
+ACAAAGATGGTGAGAAGAACAACAACAACAAGCCGAAGGGTTCATACCAA
+GGGAGGAAGATGGAGAATCTCAGGAAGGCTTTTCAACAAGTTTGCGCCGC
+CTTCGAGCCACTAAGTGATGTAGATGGTGAGAGTGGAGATGATGATAAGG
+GAAAGAACATCTCCGATGTTTGCTTCATGGCGCGTGGTGAATCTGACACA
+GAGTATGAAGATAATGAGGTAAGTGCTTTTGAGGAAGCTATTAATATTTT
+GAGTGAAAAGAATAAGAAGTGTGAGAAGATGTATAGAAAAGAGGAATTTA
+TCGATGAATCTCTTAAATCTGAAATTGCTAGATTAAAATCTCTTATTCCT
+AATGATGATAATTGCAAAAATTGTGAGGTTTTAATGAATGAGATTTCAAA
+AATTAGAGATATTAATGCTGCATATGATTTGAAAAATAGATCTTCTCTTG
+CTTGTAGTTTTGCTTTGCACACACGCACTTTGGATGAGTTGTTTTTAACT
+AAAAAGTTGTTGCAAAAATATCAAATTGCTTTTCATGCTAGTTTGATGTT
+TAATATGATTTCTGCTAAAAAGTTAAAACAACCTCATGATGTTTTGGATT
+GCTCAACATGTAATTTGAATAAGTTGAAATTGAAAGATGCTTTAGGTTGT
+GTTGAGTACATGGAAGATGTTGTAAAAAAACAATGAAGTGCTTTCTTGCA
+CTAAATGTCGTAAAAGCAAAAGTGTGATGGTAGATTGTGAAAATTGTGCT
+AATTTGAAAAAAGAGGTTTCTTATTTGAAAAATTCTTTGCTAAGATTTTC
+TGATGGTAAAAAGAACCTCAACATGATTTTGGATCAATCAAAGGTTAGCA
+CACATAATCGTGGTTTAGGTTTTAATCCTTATGCTCATAATTCTAGACAT
+CCTCCTGTTGTGTTAGGTGTTGGTGCTAGAAGGGGTGAGATTTTGGTTAA
+ACCTGATACTAACAAAACTGTGTTTAAATCTGCTGGTATCATGTCTACTA
+TGAGTGCATCTTCTTCAAAATCCAATGTTGTGCATGTAAAATCTCTTGGT
+GTTGCTTGTATTGCTAAATCTTCTAATTCTACCAATGTGTCTAATCATTA
+TGAAAAATATATTTGTTCTTTTTGTGGCAAAGATGGACATATTGTTGGTT
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+GCAAAATCAAAGTGGCAAAAATCGGGTTTTCCCTCGAGGAAACCGGTCAG
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+AGGCGAAGATTGCAGACCTAGAGTTCCGGGTATCGAGCTACGAACTCAAC
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+GCATCGACTCCTCCTCAGGATCCTGCACCGACTCCTCCTCGTGCTCCTAC
+ACCTACTCCCCCGCAAGCTCCTCTTCCGGCACCTTCAAAGTCAAGGGCCC
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+ACGCCGCCAAGAACAAGGACCCGGGGTACGATTGCACGCAAGAGGAGCTT
+GACGCTTACGTTGCATCAGAAGTCAAGAGACAATTCAAGCCTCGAAGTCC
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+ACCGCTTGTCAAGCCTGAGCTGCTGCAGTCCCTACCCACACAAATGTACA
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+TAACGCCGGGGGCTAC
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+GCTTCTAGGTGCTCGTCCCCAGCTGGAGCTAGCGTGTTACCTCCCAGAGA
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+CACGTGGTGGACAAGAATGACCGACGTGACTGGTCTGACTCCGGTCATGT
+CGACAGCAGACAGCCACGATTCCACGTCGCATCTGCTCCCGGCGAAAGTG
+GAGGTAGTTGTGGGCCGTCCCATCAGAAGGTGACTCGGACGGCAACTATA
+CAAATCTCCGTCCATTTATGAAAAGGTAGGGGAAGTCCCCACAAAAAAGA
+GGGAAATGGTGCATGTGGTATCCCCTTAAGATATAAAAGGAGGACCTTGC
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+AAGGGAGAGGCTGGCTCATACTTTGTAGCTTCTTCATATGCGAATCCACC
+AAAACACAGGAGTAGGGTATTACGCTTCTCAGCGGCCTGAACCTGTATAC
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+AGCGCGGTCTCCCGGTGAGGAGCCCCACGCTCCGTCA
+>Os0017_Ditto#MITE/Tourist
+GAGCAAGTTTAATAGTATAGCTAACTACTAGCTCCAATTCATCTATAGCC
+AATCTAATAGCCCATTCATACAATAGTTACATACTACACTATTAATACCT
+GGTCCCACCTATCATACACACATTGTGTCTTAGAGTCCGTGCTACAGCTG
+GCTACAAATCTGTAGCCCGCTGCTCTTCTCTCTCCTCATTTATCTTCTTA
+AAATATGTTTACAGCTGGCTTATAGCCTGCTATTGTACCTGCTC
+>Os0018_Wanderer#MITE/Tourist
+GGCTGCGTTCGTTTGGGTAATAGGGAGTGAGAATACACATTATTTTCCGC
+GCGCACGCTTCCCAAACTACTAAACGGTGTGTTTTTTAAAAAAAATTTCT
+ATATGAAAGTTGCTTTAAAAAAATCATATTAATCCATTTTTGAAATTTAA
+AATAGTTAATACTCAATTAATCATGCGCTAATGGCTCACCTCGTTTTGCG
+TATCTTCCCAATCTCCTCAATCCCCTTCTCCTCAAACACACCC
+>Os0019_INT#LTR/Gypsy
+CGCTTTTGGCACGTCCAGTAGGACCGATAAGAAGTCAGCAAGCAATTCTT
+CCTCATGGCCGAGAAACCACCGCTGTCGCCATCCTCGGCTGGCCCAGGTT
+CTGTTAAAGAAAAGATCCAGCAGTTGGGTCTGTCTGAGGTTAATGAAGGC
+AACATCGTGACCATCACTCTAGACAAGTTGACACCTGATCAAAAGAAGGA
+TTTCGAAGCAATGATGCAGCAAGCACGGAACCAGTTCTTAAGCTCGTTCA
+TGCAGACCCGCAAGGGGACAGTGGTAAGTATAAGGTGAAGGTAGTTGCTG
+ATGTTCCTGGGACCGGTTCTTCTAAGGATGGAGAAGTGAAACAAGCTCCA
+GATGGTTCGGCTCAACCAAGTAATAAAGGTGCTGCAGATGGCTATCAAGG
+AAATCAAGGTGATAGCTCTCAAGGAGTACAGGGTGTTCAAGGTGATGGTT
+CTCAGGGAGTTCAAGGTGGAGGCCCTAATCAAGACGGCAATGCGGCACAG
+TTGCAGTTCAACAACTTCCAAGATCAGGTTGACTATGCTGTACACCATGC
+TTTGATCAATCAATCTGGAATATTAGTCAACACTTTGTCAAACATGGTGA
+AAACAATGGTTGATGGTTCAATGGCTGAGTATCAAGCTACAGGACCGGTT
+TATCTACCAGGAGGAGTGTTCCCAAATTATCGGCCATTAATCACTGATAA
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+CGGCACCAGTATCGGCTCCTGCACCTGCTGCACCACCATCGGCTCCAGGC
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+GTGGCATTGTCGTCATGCGAAGCTGAGTACATCGCAGCGACAACGGTGGC
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+ACTC
+>Os0116#DNAnona/MULE
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+>Os0119_LTR#LTR/Gypsy
+TGTCACGCCCAGAAGTTTCCCCCCTTTTCTTGCTTTAAAAATTGGTTAAA
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+>Os1309#DNAauto/MULE
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+AA
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