[up]
|
|
drwxr-xr-x |
find_TADs/
|
|
drwxr-xr-x |
Li_chrX30-35_cool.png
|
34954 |
-rw-r--r-- |
Li_et_al_2015.cool
|
3220802 |
-rw-r--r-- |
Li_et_al_2015.h5
|
14215139 |
-rw-r--r-- |
bedgraph_chrx_2e6_5e6.bg
|
262649 |
-rw-r--r-- |
bigwig_chrx_2e6_5e6.bw
|
109391 |
-rw-r--r-- |
compare_matrices_log2ratio.h5
|
105480 |
-rw-r--r-- |
compare_matrices_pearson_ratio.cool
|
624482 |
-rw-r--r-- |
covariance_small_50kb.cool
|
9937387 |
-rw-r--r-- |
covariance_small_50kb.h5
|
8812778 |
-rw-r--r-- |
diagnostic_plot.png
|
12249 |
-rw-r--r-- |
distVsCounts.txt
|
3988 |
-rw-r--r-- |
dm3_genes.bed.gz
|
98624 |
-rw-r--r-- |
dm3_genes.bed6.gz
|
33265 |
-rw-r--r-- |
domains.bed
|
33733 |
-rw-r--r-- |
hicAggregateContacts_results1.png
|
14354 |
-rw-r--r-- |
hicCorrectMatrix_result1.npz.h5
|
51969 |
-rw-r--r-- |
hicCorrelate_heatmap_result1.png
|
17235 |
-rw-r--r-- |
hicCorrelate_scatter_result1.png
|
5168 |
-rw-r--r-- |
hicFindTADs_TAD_score.tabular
|
821275 |
-rw-r--r-- |
hicFindTADs_find_score.bedgraph
|
815904 |
-rw-r--r-- |
hicMergeMatrixBins_result1.npz.h5
|
115489 |
-rw-r--r-- |
hicPlotDistVsCounts_result1.png
|
26097 |
-rw-r--r-- |
hicPlotDistVsCounts_result2.png
|
246884 |
-rw-r--r-- |
hicPlotTADs_result1.svg
|
517449 |
-rw-r--r-- |
hicSumMatrices_result1.npz.h5
|
51968 |
-rw-r--r-- |
li_32-33mb_interactions.bedgraph
|
537727 |
-rw-r--r-- |
li_32mb_interactions.bedgraph
|
11446 |
-rw-r--r-- |
li_viewpoint_32-33Mb.png
|
126913 |
-rw-r--r-- |
li_viewpoint_32Mb.png
|
104683 |
-rw-r--r-- |
master_TADs_plot.png
|
275963 |
-rw-r--r-- |
master_matrix_plot.png
|
139656 |
-rw-r--r-- |
obs_exp_small_50kb.cool
|
155027 |
-rw-r--r-- |
obs_exp_small_50kb.h5
|
156306 |
-rw-r--r-- |
pca1.bedgraph
|
104642 |
-rw-r--r-- |
pca1.bw
|
27925 |
-rw-r--r-- |
pca2.bedgraph
|
104642 |
-rw-r--r-- |
pca2.bw
|
27934 |
-rw-r--r-- |
pearson_small_50kb.cool
|
4821667 |
-rw-r--r-- |
pearson_small_50kb.h5
|
8494947 |
-rw-r--r-- |
pearson_small_50kb_transform.cool
|
9789836 |
-rw-r--r-- |
raw_qc_report
|
786 |
-rw-r--r-- |
small_matrix_50kb_pearson_pca1_plot.png
|
750752 |
-rw-r--r-- |
small_matrix_50kb_pearson_pca1_plot.svg
|
1309957 |
-rw-r--r-- |
small_test_R1_unsorted.bam
|
6135374 |
-rw-r--r-- |
small_test_R1_unsorted.sam
|
206058 |
-rw-r--r-- |
small_test_R2_unsorted.bam
|
6139816 |
-rw-r--r-- |
small_test_R2_unsorted.sam
|
202880 |
-rw-r--r-- |
small_test_matrix.h5
|
275687 |
-rw-r--r-- |
small_test_matrix_2.h5
|
132228 |
-rw-r--r-- |
small_test_matrix_50kb_res.h5
|
125850 |
-rw-r--r-- |
small_test_matrix_result_sorted.bam
|
28556 |
-rw-r--r-- |
tad_classification.bed
|
164265 |
-rw-r--r-- |
tad_score.gz
|
1309246 |
-rw-r--r-- |
test_regions.bed
|
2558 |
-rw-r--r-- |