| [up] |  | drwxr-xr-x | 
|  find_TADs/ |  | drwxr-xr-x | 
|  Li_chrX30-35_cool.png | 28441 | -rw-r--r-- | 
|  Li_et_al_2015.cool | 14371559 | -rw-r--r-- | 
|  Li_et_al_2015.h5 | 14215139 | -rw-r--r-- | 
|  bedgraph_chrx_2e6_5e6.bg | 262649 | -rw-r--r-- | 
|  bigwig_chrx_2e6_5e6.bw | 109391 | -rw-r--r-- | 
|  compare_matrices_log2ratio.h5 | 171798 | -rw-r--r-- | 
|  compare_matrices_pearson_ratio.cool | 624310 | -rw-r--r-- | 
|  covariance_small_50kb.cool | 9937387 | -rw-r--r-- | 
|  covariance_small_50kb.h5 | 9304961 | -rw-r--r-- | 
|  diagnostic_plot.png | 12249 | -rw-r--r-- | 
|  dm3_genes.bed.gz | 98624 | -rw-r--r-- | 
|  dm3_genes.bed6.gz | 33265 | -rw-r--r-- | 
|  domains.bed | 33733 | -rw-r--r-- | 
|  hicAggregateContacts_results1.png | 14354 | -rw-r--r-- | 
|  hicBuildMatrix_result1.bam | 5045696 | -rw-r--r-- | 
|  hicCorrectMatrix_result1.npz.h5 | 64468 | -rw-r--r-- | 
|  hicCorrelate_heatmap_result1.png | 17235 | -rw-r--r-- | 
|  hicCorrelate_scatter_result1.png | 5168 | -rw-r--r-- | 
|  hicFindTADs_TAD_score.tabular | 821275 | -rw-r--r-- | 
|  hicFindTADs_find_boundaries.bed | 0 | -rw-r--r-- | 
|  hicFindTADs_find_boundaries.gff | 0 | -rw-r--r-- | 
|  hicFindTADs_find_domains.bed | 0 | -rw-r--r-- | 
|  hicFindTADs_find_score.bedgraph | 815904 | -rw-r--r-- | 
|  hicMergeMatrixBins_result1.npz.h5 | 138261 | -rw-r--r-- | 
|  hicPlotDistVsCounts_result1.png | 26097 | -rw-r--r-- | 
|  hicPlotDistVsCounts_result2.png | 246478 | -rw-r--r-- | 
|  hicPlotTADs_result1.svg | 517449 | -rw-r--r-- | 
|  hicSumMatrices_result1.npz.h5 | 64467 | -rw-r--r-- | 
|  li_32-33mb_interactions.bedgraph | 537727 | -rw-r--r-- | 
|  li_32mb_interactions.bedgraph | 11446 | -rw-r--r-- | 
|  li_viewpoint_32-33Mb.png | 126323 | -rw-r--r-- | 
|  li_viewpoint_32Mb.png | 104567 | -rw-r--r-- | 
|  master_TADs_plot.png | 275963 | -rw-r--r-- | 
|  master_matrix_plot.png | 139656 | -rw-r--r-- | 
|  merged_matrix.npz.h5 | 614905 | -rw-r--r-- | 
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|  multiFDR_boundaries.gff | 277 | -rw-r--r-- | 
|  multiFDR_domains.bed | 0 | -rw-r--r-- | 
|  multiFDR_score.bedgraph | 915494 | -rw-r--r-- | 
|  multiFDR_tad_score.bm | 1457213 | -rw-r--r-- | 
|  multiFDR_zscore_matrix.h5 | 3462443 | -rw-r--r-- | 
|  obs_exp_small_50kb.cool | 155027 | -rw-r--r-- | 
|  obs_exp_small_50kb.h5 | 185575 | -rw-r--r-- | 
|  pca1.bedgraph | 104642 | -rw-r--r-- | 
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|  pca2.bw | 27934 | -rw-r--r-- | 
|  pearson_small_50kb.cool | 4821667 | -rw-r--r-- | 
|  pearson_small_50kb.h5 | 8569154 | -rw-r--r-- | 
|  pearson_small_50kb_transform.cool | 9789836 | -rw-r--r-- | 
|  raw_qc_report | 786 | -rw-r--r-- | 
|  small_matrix_50kb_pearson_pca1_plot.png | 750752 | -rw-r--r-- | 
|  small_matrix_50kb_pearson_pca1_plot.svg | 1310747 | -rw-r--r-- | 
|  small_test_R1_unsorted.bam | 6135374 | -rw-r--r-- | 
|  small_test_R1_unsorted.sam | 206058 | -rw-r--r-- | 
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|  small_test_R2_unsorted.sam | 202880 | -rw-r--r-- | 
|  small_test_matrix.h5 | 275687 | -rw-r--r-- | 
|  small_test_matrix_2.h5 | 132228 | -rw-r--r-- | 
|  small_test_matrix_50kb_res.h5 | 125850 | -rw-r--r-- | 
|  small_test_matrix_result.bam | 4724313 | -rw-r--r-- | 
|  small_test_matrix_result_sorted.bam | 28556 | -rw-r--r-- | 
|  tad_classification.bed | 164265 | -rw-r--r-- | 
|  tad_score.gz | 1309246 | -rw-r--r-- | 
|  test_regions.bed | 2558 | -rw-r--r-- |