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-CCCCCFFCCDCCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHGHHHHFHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGGHHHFHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHHHGGGFGHHHHHHHHFHHHHHF?1FHHGHGHGHGHHGGFFFFDBFBE;BCC.:BFFFFFFFFFFFFFF;AFFFFF-=-.AEDEFFFFF..9A;9FFFF0FFFFE00FFF0:BA +CCCCCFFCCDCCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHGHHHHFHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGGHHHFHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHHHGGGFGHHHHHHHHFHHHHHF?1FHHGHGHGHGHHGGFFFFDBFBE;BCC.:BFFFFFFFFFFFFFF;AFFFFF-=-.AEDEFFFFF..9A;9FFFF0FFFFE00FFF0:B @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:15066:16302/2 -TTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAAT +TTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAG + 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--- a/test-data/paired_collection_example_results3.txt Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ b/test-data/paired_collection_example_results3.txt Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -3,84 +3,168 @@ ========================== Input filename: ./input_mate1 Trimming mode: paired-end -Trim Galore version: 0.3.7 +Trim Galore version: 0.4.0 +Cutadapt version: 1.8 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Adapter sequence: 'CTGTCTCTTATA' (Nextera Transposase sequence; auto-detected) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp +Length cut-off for read 1: 35 bp (default) +Length cut-off for read 2: 35 bp (default) -cutadapt version 1.1 -Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1 -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 100 - Trimmed reads: 20 ( 20.0%) - Total basepairs: 24894 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 26 (0.0 Mbp) (0.10% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.00 s - Time per read: 0.03 ms +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a CTGTCTCTTATA ./input_mate1 +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (1010 us/read; 0.06 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 99 +Reads with adapters: 52 (52.5%) +Reads written (passing filters): 99 (100.0%) + +Total basepairs processed: 24,849 bp +Quality-trimmed: 205 bp (0.8%) +Total written (filtered): 23,339 bp (93.9%) === Adapter 1 === -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times. +Sequence: CTGTCTCTTATA; Type: regular 3'; Length: 12; Trimmed: 52 times. + +No. of allowed errors: +0-9 bp: 0; 10-12 bp: 1 + +Bases preceding removed adapters: + A: 9.6% + C: 38.5% + G: 23.1% + T: 28.8% + none/other: 0.0% -Lengths of removed sequences -length count expected -1 16 25.0 -2 2 6.2 -3 2 1.6 +Overview of removed sequences +length count expect max.err error counts +1 11 24.8 0 11 +2 5 6.2 0 5 +3 3 1.5 0 3 +4 3 0.4 0 3 +12 1 0.0 1 1 +13 2 0.0 1 2 +14 1 0.0 1 1 +16 1 0.0 1 1 +17 1 0.0 1 0 1 +20 2 0.0 1 2 +21 1 0.0 1 1 +24 1 0.0 1 1 +26 2 0.0 1 2 +31 1 0.0 1 1 +33 1 0.0 1 1 +41 2 0.0 1 2 +49 1 0.0 1 1 +50 1 0.0 1 1 +54 1 0.0 1 1 +56 1 0.0 1 1 +58 2 0.0 1 2 +60 1 0.0 1 1 +67 2 0.0 1 2 +68 1 0.0 1 1 +69 1 0.0 1 1 +73 1 0.0 1 1 +80 1 0.0 1 1 +86 1 0.0 1 1 RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate1 ============================================= -100 sequences processed in total +99 sequences processed in total SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: ./input_mate2 Trimming mode: paired-end -Trim Galore version: 0.3.7 +Trim Galore version: 0.4.0 +Cutadapt version: 1.8 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Adapter sequence: 'CTGTCTCTTATA' (Nextera Transposase sequence; auto-detected) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp +Length cut-off for read 1: 35 bp (default) +Length cut-off for read 2: 35 bp (default) -cutadapt version 1.1 -Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate2 -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 100 - Trimmed reads: 24 ( 24.0%) - Total basepairs: 24354 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 36 (0.0 Mbp) (0.15% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.01 s - Time per read: 0.10 ms +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a CTGTCTCTTATA ./input_mate2 +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (1000 us/read; 0.06 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 100 +Reads with adapters: 59 (59.0%) +Reads written (passing filters): 100 (100.0%) + +Total basepairs processed: 25,100 bp +Quality-trimmed: 746 bp (3.0%) +Total written (filtered): 23,276 bp (92.7%) === Adapter 1 === -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 24 times. +Sequence: CTGTCTCTTATA; Type: regular 3'; Length: 12; Trimmed: 59 times. + +No. of allowed errors: +0-9 bp: 0; 10-12 bp: 1 + +Bases preceding removed adapters: + A: 11.9% + C: 39.0% + G: 8.5% + T: 40.7% + none/other: 0.0% -Lengths of removed sequences -length count expected -1 15 25.0 -2 7 6.2 -3 1 1.6 -4 1 0.4 +Overview of removed sequences +length count expect max.err error counts +1 16 25.0 0 16 +2 7 6.2 0 7 +3 1 1.6 0 1 +4 2 0.4 0 2 +6 2 0.0 0 2 +9 2 0.0 0 2 +10 1 0.0 1 1 +13 1 0.0 1 1 +14 2 0.0 1 2 +15 1 0.0 1 1 +16 1 0.0 1 1 +17 1 0.0 1 1 +19 2 0.0 1 2 +21 1 0.0 1 1 +25 1 0.0 1 1 +30 1 0.0 1 1 +32 2 0.0 1 2 +34 1 0.0 1 1 +36 2 0.0 1 2 +38 1 0.0 1 1 +40 1 0.0 1 1 +41 1 0.0 1 1 +42 1 0.0 1 1 +43 1 0.0 1 1 +49 1 0.0 1 1 +51 1 0.0 1 1 +56 1 0.0 1 1 +57 1 0.0 1 1 +60 1 0.0 1 1 +67 1 0.0 1 1 +80 1 0.0 1 1 RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate2 ============================================= 100 sequences processed in total -Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 100 +Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 99 -Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.00%) +Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.01%)
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->A@AAAAD2ADDFFGGGGGFGGHA?EAEFBEAGHFABFGG5FDF5DB1EEGAFDFB53FF5FH@G5FFEHGHEFHFFHBE333GF43GCGGGGE@0?BFGGB0B?FHGFDGGHHHBFFDEGGHGFFFDFE@<1>@FFFGHHHHFHEFGDABFFGG/@DCE<CG1<GF0/DD000=<DHGBDFDCECE/:AC?-;-;9B/ABBB-AD9BFB99AB?BDFBAD-.9..@;=;;..9..9/9;BEF;A:9/BFF +>A@AAAAD2ADDFFGGGGGFGGHA?EAEFBEAGHFABFGG5FDF5DB1EEGAFDFB53FF5FH@G5FFEHGHEFHFFHBE333GF43GCGGGGE@0?BFGGB0B?FHGFDGGHHHBFFDEGGHGFFFDFE@<1>@FFFGHHHHFHEFGDABFFGG/@DCE<CG1<GF0/DD000=<DHGBDFDCECE/:AC?-;-;9B/ABBB-AD9BFB99AB?BDFBAD-.9..@;=;;..9..9/9;BEF;A:9/ @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:10677:23253/1 -CCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAAGTGTGTTAATTCTGTCTCTTATACAC +CCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAAGTGTGTTAATT + -ABBBBFFFFFFFGGGGGGGCGGGHHHHHGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHGHHHHHHHHHHHHHBGFHHHHGHGHGGHGGGCGGGHHHGGGGGGGHHHGHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFDFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFEDBDFFFFFFFEFFFE0F0FBFFFF0FFFFFFFFFFFFFFFFF +ABBBBFFFFFFFGGGGGGGCGGGHHHHHGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHGHHHHHHHHHHHHHBGFHHHHGHGHGGHGGGCGGGHHHGGGGGGGHHHGHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFDFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFEDBDFFFFFFFEFFFE0F0FBFFFF0FF @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:13809:1733/1 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@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:17584:10050/1 -ATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGACCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTAAGGCGAATCTCGTATGCCGTCTTC +ATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGAC + -CCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGGHHHHHGGHHHGGGGGGHHHGFGDHHGGGGHHHHHHGGGGGGHHHHGGGGGGGHGGGEGGHHHHHHHGHGHHGHHHHGHHHHGGGGFDGHFHGEHHHHHHGFFHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHFHHHHHHGGGGGHHHHGGGHHGHHHGGGGGGGGGGGFGFFGGGGGGGCFGGGFGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFF;.BF9ADF/9;A;DFFF +CCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGGHHHHHGGHHHGGGGGGHHHGFGDHHGGGGHHHHHHGGGGGGHHHHGGGGGGGHGGGEGGHHHHHHHGHGHHGHHHHGHHHHGGGGFDGHFHGEHHHHHHGFFHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHFHHHHHHGGGGGHHHHGGGHHGHHHGGGGGGGGGGG @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:18842:24844/1 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+BBBCBFF@CCBBGGGGGGGGGGHHGHGGHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHGGHHHHHHGHBFGHHHHHHHHBGHHHHHHGHGGGHFGCGGFHHFHFFHHBHHHHFFHFHHHHGGDHGGBC?;@DFBFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFF.B?FB.@;;DFFFFFFFFFFFEE-A./BBBFBFBFFF//BFB/BF @M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:21788:11027/1 -GCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAAGTGTGTTAATTCT +GCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAAGTGTGTTAATT + 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--- a/test-data/paired_example_results2.txt Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ b/test-data/paired_example_results2.txt Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -3,84 +3,164 @@ ========================== Input filename: ./input_mate1 Trimming mode: paired-end -Trim Galore version: 0.3.7 +Trim Galore version: 0.4.0 +Cutadapt version: 1.8 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Adapter sequence: 'CTGTCTCTTATA' (Nextera Transposase sequence; auto-detected) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp -cutadapt version 1.1 -Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1 -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 100 - Trimmed reads: 20 ( 20.0%) - Total basepairs: 24894 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 26 (0.0 Mbp) (0.10% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.00 s - Time per read: 0.02 ms +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a CTGTCTCTTATA ./input_mate1 +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (1010 us/read; 0.06 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 99 +Reads with adapters: 52 (52.5%) +Reads written (passing filters): 99 (100.0%) + +Total basepairs processed: 24,849 bp +Quality-trimmed: 205 bp (0.8%) +Total written (filtered): 23,339 bp (93.9%) === Adapter 1 === -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times. +Sequence: CTGTCTCTTATA; Type: regular 3'; Length: 12; Trimmed: 52 times. + +No. of allowed errors: +0-9 bp: 0; 10-12 bp: 1 + +Bases preceding removed adapters: + A: 9.6% + C: 38.5% + G: 23.1% + T: 28.8% + none/other: 0.0% -Lengths of removed sequences -length count expected -1 16 25.0 -2 2 6.2 -3 2 1.6 +Overview of removed sequences +length count expect max.err error counts +1 11 24.8 0 11 +2 5 6.2 0 5 +3 3 1.5 0 3 +4 3 0.4 0 3 +12 1 0.0 1 1 +13 2 0.0 1 2 +14 1 0.0 1 1 +16 1 0.0 1 1 +17 1 0.0 1 0 1 +20 2 0.0 1 2 +21 1 0.0 1 1 +24 1 0.0 1 1 +26 2 0.0 1 2 +31 1 0.0 1 1 +33 1 0.0 1 1 +41 2 0.0 1 2 +49 1 0.0 1 1 +50 1 0.0 1 1 +54 1 0.0 1 1 +56 1 0.0 1 1 +58 2 0.0 1 2 +60 1 0.0 1 1 +67 2 0.0 1 2 +68 1 0.0 1 1 +69 1 0.0 1 1 +73 1 0.0 1 1 +80 1 0.0 1 1 +86 1 0.0 1 1 RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate1 ============================================= -100 sequences processed in total +99 sequences processed in total SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: ./input_mate2 Trimming mode: paired-end -Trim Galore version: 0.3.7 +Trim Galore version: 0.4.0 +Cutadapt version: 1.8 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Adapter sequence: 'CTGTCTCTTATA' (Nextera Transposase sequence; auto-detected) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp -cutadapt version 1.1 -Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate2 -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 100 - Trimmed reads: 24 ( 24.0%) - Total basepairs: 24354 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 36 (0.0 Mbp) (0.15% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.01 s - Time per read: 0.12 ms +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a CTGTCTCTTATA ./input_mate2 +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (1000 us/read; 0.06 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 100 +Reads with adapters: 59 (59.0%) +Reads written (passing filters): 100 (100.0%) + +Total basepairs processed: 25,100 bp +Quality-trimmed: 746 bp (3.0%) +Total written (filtered): 23,276 bp (92.7%) === Adapter 1 === -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 24 times. +Sequence: CTGTCTCTTATA; Type: regular 3'; Length: 12; Trimmed: 59 times. + +No. of allowed errors: +0-9 bp: 0; 10-12 bp: 1 + +Bases preceding removed adapters: + A: 11.9% + C: 39.0% + G: 8.5% + T: 40.7% + none/other: 0.0% -Lengths of removed sequences -length count expected -1 15 25.0 -2 7 6.2 -3 1 1.6 -4 1 0.4 +Overview of removed sequences +length count expect max.err error counts +1 16 25.0 0 16 +2 7 6.2 0 7 +3 1 1.6 0 1 +4 2 0.4 0 2 +6 2 0.0 0 2 +9 2 0.0 0 2 +10 1 0.0 1 1 +13 1 0.0 1 1 +14 2 0.0 1 2 +15 1 0.0 1 1 +16 1 0.0 1 1 +17 1 0.0 1 1 +19 2 0.0 1 2 +21 1 0.0 1 1 +25 1 0.0 1 1 +30 1 0.0 1 1 +32 2 0.0 1 2 +34 1 0.0 1 1 +36 2 0.0 1 2 +38 1 0.0 1 1 +40 1 0.0 1 1 +41 1 0.0 1 1 +42 1 0.0 1 1 +43 1 0.0 1 1 +49 1 0.0 1 1 +51 1 0.0 1 1 +56 1 0.0 1 1 +57 1 0.0 1 1 +60 1 0.0 1 1 +67 1 0.0 1 1 +80 1 0.0 1 1 RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate2 ============================================= 100 sequences processed in total -Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 100 +Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 99 -Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.00%) +Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.01%)
--- a/test-data/sanger_full_range_report_results1.txt Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ b/test-data/sanger_full_range_report_results1.txt Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -3,34 +3,48 @@ ========================== Input filename: ./input_singles Trimming mode: single-end -Trim Galore version: 0.3.7 +Trim Galore version: 0.4.0 +Cutadapt version: 1.8 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' (Illumina TruSeq, Sanger iPCR; default (inconclusive auto-detection)) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length before a sequence gets removed: 20 bp -cutadapt version 1.1 +This is cutadapt 1.8 with Python 2.7.9 Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_singles -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 2 - Trimmed reads: 1 ( 50.0%) - Total basepairs: 168 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 1 (0.0 Mbp) (0.60% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.00 s - Time per read: 0.32 ms +Trimming 1 adapter(s) with at most 10.0% errors in single-end mode ... +Finished in 0.10 s (50000 us/read; 0.00 M reads/minute). + +=== Summary === + +Total reads processed: 2 +Reads with adapters: 1 (50.0%) +Reads written (passing filters): 2 (100.0%) + +Total basepairs processed: 188 bp +Quality-trimmed: 20 bp (10.6%) +Total written (filtered): 167 bp (88.8%) === Adapter 1 === -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 1 times. +Sequence: AGATCGGAAGAGC; Type: regular 3'; Length: 13; Trimmed: 1 times. + +No. of allowed errors: +0-9 bp: 0; 10-13 bp: 1 -Lengths of removed sequences -length count expected -1 1 0.5 +Bases preceding removed adapters: + A: 0.0% + C: 100.0% + G: 0.0% + T: 0.0% + none/other: 0.0% + +Overview of removed sequences +length count expect max.err error counts +1 1 0.5 0 1 RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_singles
--- a/test-data/sanger_full_range_report_results2.txt Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,40 +0,0 @@ - -SUMMARISING RUN PARAMETERS -========================== -Input filename: ./input_mate1 -Quality Phred score cutoff: 20 -Quality encoding type selected: ASCII+33 -Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' -Maximum trimming error rate: 0.1 (default) -Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp -Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp - - -cutadapt version 1.1 -Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1 -Maximum error rate: 10.00% - Processed reads: 100 - Trimmed reads: 20 ( 20.0%) - Total basepairs: 24894 (0.0 Mbp) - Trimmed basepairs: 26 (0.0 Mbp) (0.10% of total) - Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) - Total time: 0.01 s - Time per read: 0.05 ms - -=== Adapter 1 === - -Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times. - -Lengths of removed sequences -length count expected -1 16 25.0 -2 2 6.2 -3 2 1.6 - - -RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate1 -============================================= -100 sequences processed in total -Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of 20 bp: 0 (0.0%) -
--- a/test-data/sanger_full_range_results2.fastqsanger Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ b/test-data/sanger_full_range_results2.fastqsanger Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -1,396 +1,8 @@ -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:14518:9998/1 -GTTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGGGATAGACCTGTGATCCATCGTG -+ -AAAAAFFFFFFFGGGGGGGGGGHGGHHHHGHHHHHHHGCGHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHGHHGFHFE5BGEEHFGGGHHHHHHHHFBHHGGGGFHGHHFGHHHHGHHHHHHGEGGGGFHFHGEGHHGGCDGDGHGGGDGGHGGCGGGHGHHH/ACDG?.1FGCDCCGCA.CC@CDCHFHGFFGGGEBFGAB//CEFBFGG.:;D;;A0AFFFFFB..:@ABFF//;BFFFFFBF/9D:A -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:18422:19051/1 -GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTAC -+ -CCCCCFDDDDDFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHGGGGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHGGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGFDHGFHCFGGGGFGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF;FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFBFFFFFFFFFF:FFF -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:25545:21098/1 -ATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATAAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGGCTTATTTAAGGGGAACGGGTGG -+ -33AA?DFD5BDFGGGFEBDGEGHEGHGEGHCEGGHHCHGHHFFHHGFGAGE53FF2FAFFGDE5FFFE5GFBFGAEE1GHHHGHHHEHE3FGHF@GEGEGGHHGG3FAGFFDE?EEE3GFEGFGFGGCG?GHHHFHGGGC@DHFFHD/A<C@EGFDCGGGHFHHHEGFGHBFHG0:CEHFCHGGED.;0CEF.F99B0CFFEEFGGG0FBFBBF0F/FFBDE?/9//9B.FFBFFFFFFBF..A..;@B -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:5446:12248/1 -AATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTAT -+ -CCCCDFFFFCCFGGGGGGGGFGHHHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGBGHGGHGGHHHHHHHHHHGHGHGGGGGHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGGGGHHHHFFGHHHGGGGGGHHHGFGGHHGGGGHHHHHHGGGGGGHGHHGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHFHGGGHHHHGGGGGG:FE;EGEGGGGG/;?FGGGGGGGFFFFGGFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFBFFFFFFEFFFFFEFFF -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:5861:6452/1 -ATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTT -+ -ABCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHFHHHHHHGGHGHGGHGGHHHHHHHGGHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHEGGHHGGGGGGHHHGGGGHGGGGGHHHHHHGGGDCGHHHHGGGGGGGHEFGGGGHGHHHGHGGGFGGGGGGGEGGGGGGG?E0CEFGGGGGFEE9EEFFFFFBFFFFFFFBFFBD.AFFFFFFF -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:10403:6021/1 -CGCTCCGGGCCCATAACACTTGGGGGTAGCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTG -+ ->A@AAAAD2ADDFFGGGGGFGGHA?EAEFBEAGHFABFGG5FDF5DB1EEGAFDFB53FF5FH@G5FFEHGHEFHFFHBE333GF43GCGGGGE@0?BFGGB0B?FHGFDGGHHHBFFDEGGHGFFFDFE@<1>@FFFGHHHHFHEFGDABFFGG/@DCE<CG1<GF0/DD000=<DHGBDFDCECE/:AC?-;-;9B/ABBB-AD9BFB99AB?BDFBAD-.9..@;=;;..9..9/9;BEF;A:9/BFF -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:10677:23253/1 -CCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAAGTGTGTTAATTCTGTCTCTTATACAC -+ -ABBBBFFFFFFFGGGGGGGCGGGHHHHHGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHGHHHHHHHHHHHHHBGFHHHHGHGHGGHGGGCGGGHHHGGGGGGGHHHGHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFDFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFEDBDFFFFFFFEFFFE0F0FBFFFF0FFFFFFFFFFFFFFFFF -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:13809:1733/1 -ATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGAGGGCTATTTAGGTTTTATGCTGTCTCTTATACACATCTCC -+ -BCCBCFFFFFBFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGHHGGGGGH3EHHHGHGHHHHHHHHHGGCEGGGHHHGGGFHGGGGGGHHGEAEFHHGGGGHHHHHHGGGGGGHHHHGGGGGGGHGGCFFGHHFGHHHGHHHHHHCHGFHHHHGGHGGG00EHGHHHGFHHGEHGHFFFHHGGFHHHGGGGGGGGGB;;CFFGGFGFFBFFDFED;E.:A?DFFFFFFFF:FFFFF0BFFBBBFFFFFBFF0BFBF9F -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:17584:10050/1 -ATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGACCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTAAGGCGAATCTCGTATGCCGTCTTC -+ -CCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGGHHHHHGGHHHGGGGGGHHHGFGDHHGGGGHHHHHHGGGGGGHHHHGGGGGGGHGGGEGGHHHHHHHGHGHHGHHHHGHHHHGGGGFDGHFHGEHHHHHHGFFHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHFHHHHHHGGGGGHHHHGGGHHGHHHGGGGGGGGGGGFGFFGGGGGGGCFGGGFGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFF;.BF9ADF/9;A;DFFF -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:18842:24844/1 -CACTTGGGGGTAGCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCC -+ -BBBCBFF@CCBBGGGGGGGGGGHHGHGGHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHGGHHHHHHGHBFGHHHHHHHHBGHHHHHHGHGGGHFGCGGFHHFHFFHHBHHHHFFHFHHHHGGDHGGBC?;@DFBFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFF.B?FB.@;;DFFFFFFFFFFFEE-A./BBBFBFBFFF//BFB/BFF -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:21788:11027/1 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-CCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGCGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTCCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAATTGTGT -+ -11>>ABFFFFFFGGCGC1BBF1GHHHBHHHHGFHGH1A100AA/GGEHGFBAA1FFD2FHHHHECG2F1BB/E0FC/A>EE/FGGFGEF1EGBBEHHCGGGHBGEHFHE0B?E--;C?CCGGG@A@GBFBBBB09?@??A-AB--ABE@=-=-9AE9A;FFFFFE=9-//;//;9FF/////;;///9B///;/B////9FFBB;--A@-;/9;9-:-/;;FFFE9BF?@;-9-99/B9F/://///99/; -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:2404:13066/1 -TCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCTGTCTATTATACACAT -+ -CCCCCFFFFCFFGGGGGGGGGGHHHHHGHHHHHHHHHFFHHHHHGGGGHHHHHHHHFHHHHHHFGGHHGGHGGHHHHHHGHHFHHHHGGGGGGHHHHHHGHHHHHHHHHHGGGGGGGHH?FGHHHGGGGGGHHGGFGGHHGGGGHHHHHFGGGGFGHGHHGGGGGGGHGGGEGGHHGHHHHHHHHHGFBFFDA0FGGGFFGG0:EFGGGGGGGG;AEBF0B0BFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFF -@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:9184:6959/1 -GGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGACCCTGAAGTAGGAACCAGATGTCGGATACAGTTCACTTTCTGTCTCTT -+ -AABBBFFFCCCBFGGGGGGGGGHHHHHHHHGGGGGGHHHG3FFHHHFGFGGGHHHGGGEHHGGGGHHHHHHGGGGGGHGHGGGGGGGDEGGGGEGGFHHHHHHHHHHHHGGGFGEHHGGFDGGGDFFGFHHHHGFCFHHHHHEFHFHGGFFGHHGGGHHHHDGHHHFHHHFFFFGFGGG.EFGGGGFGEBFGGGFGFGGGGFFBFGGBBFFFFFB/FEFF?///;A::AABBFFFBFFFFFFFFFBFFFF +~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger_full_range_results3.fastqsanger Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +@FAKE0001 Original version has PHRED scores from 0 to 93 inclusive (in that order) +ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTAC ++ +!"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~ +@FAKE0002 Original version has PHRED scores from 93 to 0 inclusive (in that order) +CATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ++ +~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876
--- a/trim_galore Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ b/trim_galore Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -23,33 +23,146 @@ ## along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +## this script is taking in FastQ sequences and trims them using Cutadapt -## this script is taking in FastQ sequences and trims them with Cutadapt +## last modified on 01 May 2015 + +my $DOWARN = 1; # print on screen warning and text by default +BEGIN { $SIG{'__WARN__'} = sub { warn $_[0] if $DOWARN } }; + +my $trimmer_version = '0.4.0'; + + +my ($cutoff,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$a2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2,$nextera,$small_rna,$path_to_cutadapt,$illumina) = process_commandline(); + +my @filenames = @ARGV; +die "\nPlease provide the filename(s) of one or more FastQ file(s) to launch Trim Galore!\n +USAGE: 'trim_galore [options] <filename(s)>' or 'trim_galore --help' for more options\n\n" unless (@filenames); +file_sanity_check($filenames[0]); + + +######################################################################## + +my $path_to_fastqc = 'fastqc'; -## last modified on 16 July 2014 +# Before we start let's have quick look if Cutadapt seems to be working with the path information provided +# To change the path to Cutadapt use --path_to_cutadapt /full/path/to/the/Cutadapt/executable +if(defined $path_to_cutadapt){ + warn "Path to Cutadapt set as: '$path_to_cutadapt' (user defined)\n"; + # we'll simply use this +} +else{ + $path_to_cutadapt = 'cutadapt'; # default, assuming it is in the PATH + warn "Path to Cutadapt set as: '$path_to_cutadapt' (default)\n"; +} +my $cutadapt_version; +my $return = system "$path_to_cutadapt --version"; #>/dev/null 2>&1"; +if ($return == -1){ + die "Failed to execute Cutadapt porperly. Please install Cutadapt first and make sure it is in the PATH, or specify the path to the Cutadapt executable using --path_to_cutadapt /path/to/cutadapt\n\n"; +} +else{ + warn "Cutadapt seems to be working fine (tested command '$path_to_cutadapt --version')\n"; + $cutadapt_version = `$path_to_cutadapt --version`; + chomp $cutadapt_version; + # warn "Cutadapt version: $cutadapt_version\n"; +} ######################################################################## -# change these paths if needed +sub autodetect_adapter_type{ + warn "\n\nAUTO-DETECTING ADAPTER TYPE\n===========================\n"; + warn "Attempting to auto-detect adapter type from the first 1 million sequences of the first file (>> $ARGV[0] <<)\n\n"; -my $path_to_cutadapt = 'cutadapt'; -my $path_to_fastqc = 'fastqc'; - -######################################################################## + if ($ARGV[0] =~ /gz$/){ + open (AUTODETECT,"zcat $ARGV[0] |") or die "Failed to read from file $ARGV[0]\n"; + } + else{ + open (AUTODETECT,$ARGV[0]) or die "Failed to read from file $ARGV[0]\n"; + } -my $trimmer_version = '0.3.7'; -my $DOWARN = 1; # print on screen warning and text by default -BEGIN { $SIG{'__WARN__'} = sub { warn $_[0] if $DOWARN } }; + my %adapters; + + $adapters{'Illumina'} -> {seq} = 'AGATCGGAAGAGC'; + $adapters{'Illumina'} -> {count}= 0; + $adapters{'Illumina'} -> {name}= 'Illumina TruSeq, Sanger iPCR; auto-detected'; -my ($cutoff,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$a2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2) = process_commandline(); + $adapters{'Nextera'} -> {seq} = 'CTGTCTCTTATA'; + $adapters{'Nextera'} -> {count}= 0; + $adapters{'Nextera'} -> {name}= 'Nextera Transposase sequence; auto-detected'; -my @filenames = @ARGV; + $adapters{'smallRNA'} -> {seq} = 'ATGGAATTCTCG'; + $adapters{'smallRNA'} -> {count}= 0; + $adapters{'smallRNA'} -> {name}= 'Illumina small RNA adapter; auto-detected'; -die "\nPlease provide the filename(s) of one or more FastQ file(s) to launch Trim Galore!\n -USAGE: 'trim_galore [options] <filename(s)>' or 'trim_galore --help' for more options\n\n" unless (@filenames); + # we will read the first 1 million sequences, or until the end of the file whatever comes first, and then use the adapter that for trimming which was found to occcur most often + my $count = 0; + while (1){ + + my $line1 = <AUTODETECT>; + my $line2 = <AUTODETECT>; + my $line3 = <AUTODETECT>; + my $line4 = <AUTODETECT>; + last unless ($line4); + $count++; + last if ($count == 1000000); + + chomp $line2; + $adapters{'Illumina'}->{count}++ unless (index($line2,'AGATCGGAAGAGC')== -1); + $adapters{'Nextera'} ->{count}++ unless (index($line2,'CTGTCTCTTATA') == -1); + $adapters{'smallRNA'}->{count}++ unless (index($line2,'ATGGAATTCTCG') == -1); + + } + + my $highest; + my $second; + my $seq; + my $adapter_name; + + warn "Found perfect matches for the following adapter sequences:\nAdapter type\tCount\tSequence\tSequences analysed\tPercentage\n"; + foreach my $adapter (sort {$adapters{$b}->{count}<=>$adapters{$a}->{count}} keys %adapters){ + + my $percentage = sprintf("%.2f",$adapters{$adapter}->{count}/$count*100); + + warn "$adapter\t$adapters{$adapter}->{count}\t$adapters{$adapter}->{seq}\t$count\t$percentage\n"; + + unless (defined $highest){ + $highest = $adapter; + $seq = $adapters{$adapter}->{seq}; + $adapter_name = $adapters{$adapter}->{name}; + next; + } + unless (defined $second){ + $second = $adapter; + } + } + + + # using the highest occurrence as adapter to look out for + if ($adapters{$highest}->{count} == $adapters{$second}->{count}){ + warn "Unable to auto-detect most prominent adapter from the first specified file (count $highest: $adapters{$highest}->{count}, count $second: $adapters{$second}->{second})\n"; + + if ($adapters{$highest}->{count} == 0){ + warn "Defaulting to Illumina universal adapter ( AGATCGGAAGAGC ). Specify -a SEQUENCE to avoid this behavior).\n\n"; + $adapter_name = 'Illumina TruSeq, Sanger iPCR; default (inconclusive auto-detection)'; + $seq = 'AGATCGGAAGAGC'; + } + else{ + warn "Using $highest adapter for trimming (count: $adapters{$highest}->{count}). Second best hit was $second (count: $adapters{$second}->{count})\n\n"; + } + } + else{ + warn "Using $highest adapter for trimming (count: $adapters{$highest}->{count}). Second best hit was $second (count: $adapters{$second}->{count})\n\n"; + } + + close AUTODETECT; + + return ($seq,$adapter_name); + +} + ### SETTING DEFAULTS UNLESS THEY WERE SPECIFIED @@ -57,9 +170,23 @@ $cutoff = 20; } my $phred_score_cutoff = $cutoff; # only relevant for report - +my $adapter_name = ''; unless (defined $adapter){ - $adapter = 'AGATCGGAAGAGC'; + if ($nextera){ + $adapter = 'CTGTCTCTTATA'; + $adapter_name = 'Nextera Transposase sequence; user defined'; + } + elsif($small_rna){ + $adapter = 'ATGGAATTCTCG'; + $adapter_name = 'Illumina small RNA adapter; user defined'; + } + elsif($illumina){ + $adapter = 'AGATCGGAAGAGC'; + $adapter_name = 'Illumina TruSeq, Sanger iPCR; user defined'; + } + else{ # default + ($adapter,$adapter_name) = autodetect_adapter_type(); + } } unless (defined $a2){ # optional adapter for the second read in a pair. Only works for --paired trimming $a2 = ''; @@ -115,14 +242,17 @@ warn "Trim Galore version: $trimmer_version\n"; print REPORT "Trim Galore version: $trimmer_version\n"; + warn "Cutadapt version: $cutadapt_version\n"; + print REPORT "Cutadapt version: $cutadapt_version\n"; + warn "Quality Phred score cutoff: $phred_score_cutoff\n"; print REPORT "Quality Phred score cutoff: $phred_score_cutoff\n"; warn "Quality encoding type selected: ASCII+$phred_encoding\n"; print REPORT "Quality encoding type selected: ASCII+$phred_encoding\n"; - warn "Adapter sequence: '$adapter'\n"; - print REPORT "Adapter sequence: '$adapter'\n"; + warn "Adapter sequence: '$adapter' ($adapter_name)\n"; + print REPORT "Adapter sequence: '$adapter' ($adapter_name)\n"; if ($error_rate == 0.1){ warn "Maximum trimming error rate: $error_rate (default)\n"; @@ -339,7 +469,7 @@ if ( scalar(@filenames)%2 == 0){ # this is read 1 of a pair warn "\n >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$adapter' from file $temp <<< \n"; sleep (3); - $pid = open (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; + $pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; } else{ # this is read 2 of a pair warn "\n >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$a2' from file $temp <<< \n"; @@ -619,8 +749,6 @@ warn "Unable to determine percentage of reads that were shortened because 0 lines were processed\n\n"; print REPORT "Unable to determine percentage of reads that were shortened because 0 lines were processed\n\n"; } - warn "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n"; - print REPORT "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n"; } my $percentage_too_short; @@ -991,6 +1119,33 @@ } } + +sub file_sanity_check{ + + my $file = shift; + open (SANITY,$file) or die "Failed to read from file '$file' to perform sanity check\n"; + + # just processing a single FastQ entry + my $id = <SANITY>; + my $seq = <SANITY>; + my $three = <SANITY>; + my $qual = <SANITY>; + + unless ($id and $seq and $three and $qual){ + warn "Input file '$file' seems to be completely empty. Consider respecifying!\n\n"; + } + return; + chomp $seq; + + # testing if the file is a colorspace file in which case we bail + if ($seq =~ /\d+/){ + die "File seems to be in SOLiD colorspace format which is not supported by Trim Galore (sequence is: '$seq')! Please use Cutadapt on colorspace files separately and check its documentation!\n\n"; + } + + close SANITY; +} + + sub process_commandline{ my $help; my $quality; @@ -1022,6 +1177,10 @@ my $clip_r2; my $three_prime_clip_r1; my $three_prime_clip_r2; + my $nextera; + my $small_rna; + my $illumina; + my $path_to_cutadapt; my $command_line = GetOptions ('help|man' => \$help, 'q|quality=i' => \$quality, @@ -1053,6 +1212,10 @@ 'clip_R2=i' => \$clip_r2, 'three_prime_clip_R1=i' => \$three_prime_clip_r1, 'three_prime_clip_R2=i' => \$three_prime_clip_r2, + 'illumina' => \$illumina, + 'nextera' => \$nextera, + 'small_rna' => \$small_rna, + 'path_to_cutadapt=s' => \$path_to_cutadapt, ); ### EXIT ON ERROR if there were errors with any of the supplied options @@ -1069,6 +1232,7 @@ + if ($version){ print << "VERSION"; @@ -1076,7 +1240,7 @@ (powered by Cutadapt) version $trimmer_version - Last update: 15 04 2014 + Last update: 06 05 2015 VERSION exit; @@ -1106,7 +1270,7 @@ unless ($phred33 or $phred64){ warn "No quality encoding type selected. Assuming that the data provided uses Sanger encoded Phred scores (default)\n\n"; $phred_encoding = 33; - sleep (3); + sleep (1); } ### NON-DIRECTIONAL RRBS @@ -1137,11 +1301,25 @@ $error_rate = 0.1; # (default) } + if ($nextera and $small_rna or $nextera and $illumina or $illumina and $small_rna ){ + die "You can't use several different adapter types at the same time. Make your choice or consider using -a and -a2\n\n"; + } + if (defined $adapter){ unless ($adapter =~ /^[ACTGNXactgnx]+$/){ die "Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)!\n"; } $adapter = uc$adapter; + + if ($illumina){ + die "You can't supply an adapter sequence AND use the Illumina universal adapter sequence. Make your choice.\n\n"; + } + if ($nextera){ + die "You can't supply an adapter sequence AND use the Nextera transposase adapter sequence. Make your choice.\n\n"; + } + if ($small_rna){ + die "You can't supply an adapter sequence AND use the Illumina small RNA adapter sequence. Make your choice.\n\n"; + } } if (defined $adapter2){ @@ -1244,7 +1422,7 @@ } - return ($quality,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$adapter2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2); + return ($quality,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$adapter2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2,$nextera,$small_rna,$path_to_cutadapt,$illumina); } @@ -1284,12 +1462,24 @@ automatically invoke FastQC, so --fastqc does not have to be specified separately. --a/--adapter <STRING> Adapter sequence to be trimmed. If not specified explicitely, the first 13 - bp of the Illumina adapter 'AGATCGGAAGAGC' will be used by default. +-a/--adapter <STRING> Adapter sequence to be trimmed. If not specified explicitly, Trim Galore will + try to auto-detect whether the Illumina universal, Nextera transposase or Illumina + small RNA adapter sequence was used. Also see '--illumina', '--nextera' and + '--small_rna'. If no adapter can be detected within the first 1 million sequences + of the first file specified Trim Galore defaults to '--illumina'. -a2/--adapter2 <STRING> Optional adapter sequence to be trimmed off read 2 of paired-end files. This option requires '--paired' to be specified as well. +--illumina Adapter sequence to be trimmed is the first 13bp of the Illumina universal adapter + 'AGATCGGAAGAGC' instead of the default auto-detection of adapter sequence. + +--nextera Adapter sequence to be trimmed is the first 12bp of the Nextera adapter + 'CTGTCTCTTATA' instead of the default auto-detection of adapter sequence. + +--small_rna Adapter sequence to be trimmed is the first 12bp of the Illumina Small RNA Adapter + 'ATGGAATTCTCG' instead of the default auto-detection of adapter sequence. + --stringency <INT> Overlap with adapter sequence required to trim a sequence. Defaults to a very stringent setting of 1, i.e. even a single bp of overlapping sequence @@ -1331,16 +1521,20 @@ methylation. Please refer to the M-bias plot section in the Bismark User Guide for some examples. Default: OFF. ---three_prime_clip_R1 <int> Instructs Trim Galore to remove <int> bp from the 3' end of read 1 (or single-end +--three_prime_clip_R1 <int> Instructs Trim Galore to remove <int> bp from the 3' end of read 1 (or single-end reads) AFTER adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. Default: OFF. ---three_prime_clip_R2 <int> Instructs Trim Galore to remove <int> bp from the 3' end of read 2 AFTER +--three_prime_clip_R2 <int> Instructs Trim Galore to remove <int> bp from the 3' end of read 2 AFTER adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. Default: OFF. +--path_to_cutadapt </path/to/cutadapt> You may use this option to specify a path to the Cutadapt executable, + e.g. /my/home/cutadapt-1.7.1/bin/cutadapt. Else it is assumed that Cutadapt is in + the PATH. + RRBS-specific options (MspI digested material): @@ -1408,7 +1602,7 @@ Default: 35 bp. -Last modified on 16 July 2014. +Last modified on 06 May 2015. HELP exit;
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/trim_galore.xml Wed Oct 07 08:39:59 2015 -0400 @@ -0,0 +1,372 @@ +<tool id="trim_galore" name="Trim Galore!" version="0.4.0"> + <!-- Wrapper compatible with Trim Galore! version 0.4 --> + <description>adaptive quality and adapter trimmer</description> + <macros> + <macro name="adapter_trimming"> + <conditional name="trimming"> + <param name="trimming_select" type="select" label="Trimming reads?"> + <option value="">Automatic detection</option> + <option value="--illumina">Illumina universal</option> + <option value="--nextera">Nextera transposase</option> + <option value="--small_rna">Illumina small RNA adapters</option> + <option value="user">User defined adapter trimming</option> + </param> + <when value="auto"/> + <when value="--illumina"/> + <when value="--nextera"/> + <when value="--small_rna"/> + <when value="user"> + <param name="adapter" type="text" value="AGATCGGAAGAGC" label="Adapter sequence to be trimmed off"> + <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> + </param> + <yield/> + </when> + </conditional> + </macro> + <macro name="paired_adapter_trimming"> + + <expand macro="adapter_trimming"> + <param name="adapter2" type="text" optional="True" value="" label="Adapter sequence to be trimmed off read 2"> + <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> + </param> + </expand> + <param name="trim1" type="boolean" truevalue="--trim1" falsevalue="" checked="False" label="Trims 1 bp off every read from its 3' end." help="" /> + <param name="three_prime_clip_R1" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end of read 1"> + <help>Instructs Trim Galore! to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. + This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. + (--three_prime_clip_R1)</help> + </param> + <param name="three_prime_clip_R2" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end of read 1"> + <help>Instructs Trim Galore! to remove N bp from the 3' end of read 2 after + adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from + the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. (--three_prime_clip_R2)</help> + </param> + </macro> + </macros> + <requirements> + <requirement type="package" version="1.8">cutadapt</requirement> + </requirements> + <version_command interpreter="perl">trim_galore --version</version_command> + <command> +<![CDATA[ + + ## trim_galore removes .fastq and .fq file extensions of input files. + ## This is essential if Galaxy provides links to files (with real extensions) + ## but that behaviour is causing an inconsistency in output filenaming. + ## We work around this by linking every file to cwd without file extension + + #if $singlePaired.sPaired == "single": + ln -s "${singlePaired.input_singles}" ./input_singles; + #elif $singlePaired.sPaired == "paired": + ln -s "${singlePaired.input_mate1}" ./input_mate1; + ln -s "${singlePaired.input_mate2}" ./input_mate2; + #else: + ln -s "${singlePaired.input_mate_pairs.forward}" ./input_mate1; + ln -s "${singlePaired.input_mate_pairs.reverse}" ./input_mate2; + #end if + + perl $__tool_directory__/trim_galore + + ## we only support fastqsanger + --phred33 + + #if $params.settingsType == "custom": + + ## default 20 + --quality $params.quality + + ## default 1 + --stringency $params.stringency + + ## default 0.1 + -e $params.error_rate + + ## default 20 + --length $params.min_length + + #if $params.clip_R1: + --clip_R1 $params.clip_R1 + #end if + + #if $params.clip_R2: + --clip_R2 $params.clip_R2 + #end if + + #if $params.retain_unpaired.retain_unpaired_select == "retain_unpaired_output": + --retain_unpaired + --length_1 $params.retain_unpaired.length_1 + --length_2 $params.retain_unpaired.length_2 + #end if + + #end if + + ## RBBS specific options. + #if $rrbs.settingsType == "custom": + $rrbs.rrbs + $rrbs.non_directional + #end if + + --output_dir ./ + --suppress_warn + + #if $params.settingsType == "custom" and not $params.report: + --no_report_file + #end if + + #if $singlePaired.trimming.trimming_select == 'user': + ## default 'AGATCGGAAGAGC' + #if $singlePaired.trimming.adapter.strip() != '': + --adapter $singlePaired.trimming.adapter + #end if + #else: + $singlePaired.trimming.trimming_select + #end if + + + #if $singlePaired.three_prime_clip_R1: + --three_prime_clip_R1 $singlePaired.three_prime_clip_R1 + #end if + + #if $singlePaired.sPaired == "single": + ## input sequence + ./input_singles + #else: + --paired + + $singlePaired.trim1 + + #if $singlePaired.trimming.trimming_select == 'user': + #if $singlePaired.trimming.adapter2 and $singlePaired.trimming.adapter2.strip() != '': + --adapter2 $singlePaired.trimming.adapter2 + #end if + #end if + + #if $singlePaired.three_prime_clip_R2: + --three_prime_clip_R2 $singlePaired.three_prime_clip_R2 + #end if + + ## input sequences + ./input_mate1 + ./input_mate2 + + #end if + + ## Trim Galore! run is finished. Move the report files to the proper place + #if $params.settingsType == "custom" and $params.report: + && + cat ./*_trimming_report.txt > $report_file; + #end if + +]]> + </command> + <inputs> + <!-- Input Parameters --> + <conditional name="singlePaired"> + <param name="sPaired" type="select" label="Is this library paired- or single-end?"> + <option value="single">Single-end</option> + <option value="paired">Paired-end</option> + <option value="paired_collection">Paired Collection</option> + </param> + <when value="single"> + <param name="input_singles" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" /> + <expand macro="adapter_trimming"/> + + <param name="three_prime_clip_R1" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end"> + <help>Instructs Trim Galore! to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. + This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. + (--three_prime_clip_R1)</help> + </param> + </when> + <when value="paired"> + <param name="input_mate1" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" /> + <param name="input_mate2" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" /> + <expand macro="paired_adapter_trimming" /> + </when> + <when value="paired_collection"> + <param name="input_mate_pairs" format="fastqsanger" type="data_collection" collection_type="paired" + label="Select a paired collection" help="See help section for an explanation of dataset collections"/> + <expand macro="paired_adapter_trimming" /> + </when> + </conditional> + + <conditional name="params"> + <param name="settingsType" type="select" label="Trim Galore! advanced settings" help="You can use the default settings or set custom values for any of Trim Galore!'s parameters."> + <option value="default">Use defaults</option> + <option value="custom">Full parameter list</option> + </param> + <when value="default" /> + <!-- Full/advanced params. --> + <when value="custom"> + <param name="quality" type="integer" value="20" label="Trim low-quality ends from reads in addition to adapter removal" + help="For more information please see below." /> + <param name="stringency" type="integer" value="1" label="Overlap with adapter sequence required to trim a sequence" /> + <param name="error_rate" type="float" value="0.1" label="Maximum allowed error rate" /> + <param name="min_length" type="integer" value="20" label="Discard reads that became shorter than length INT" /> + + <param name="clip_R1" type="integer" optional="True" min="0" label="Instructs Trim Galore! to remove INT bp from the 5' end of read 1" /> + <param name="clip_R2" type="integer" optional="True" min="0" label="Instructs Trim Galore! to remove INT bp from the 5' end of read 2" /> + + <param name="report" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" checked="False" label="Generate a report file" help="" /> + + <conditional name="retain_unpaired"> + <param name="retain_unpaired_select" type="select" label="specify if you would like to retain unpaired reads"> + <option value="no_output">Do not output unpaired reads</option> + <option value="retain_unpaired_output">Output unpaired reads</option> + </param> + <when value="no_output" /> + <!-- Output params. --> + <when value="retain_unpaired_output"> + <param name="length_1" type="integer" value="35" label="Unpaired single-end read length cutoff needed for read 1 to be written" /> + <param name="length_2" type="integer" value="35" label="Unpaired single-end read length cutoff needed for read 2 to be written" /> + </when> <!-- output --> + </conditional> <!-- retain_unpaired --> + + </when> <!-- full --> + </conditional> <!-- params --> + + <conditional name="rrbs"> + <param name="settingsType" type="select" label="RRBS specific settings"> + <option value="default">Use defaults (no RRBS)</option> + <option value="custom">Full parameter list</option> + </param> + <when value="default" /> + <!-- Full/advanced params. --> + <when value="custom"> + <param name="rrbs" type="boolean" truevalue="--rrbs" falsevalue="" checked="True" + label="Specifies that the input file was an MspI digested RRBS sample" /> + <param name="non_directional" type="boolean" truevalue="--non_directional" falsevalue="" checked="False" + label="Selecting this option for non-directional RRBS libraries" /> + </when> <!-- full --> + </conditional> <!-- params --> + + </inputs> + <outputs> + <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_single" from_work_dir="input_singles_trimmed.fq" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads"> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "single"</filter> + </data> + + <collection name="trimmed_reads_paired_collection" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}: paired reads"> + <data name="forward" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" /> + <data name="reverse" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" /> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired_collection"</filter> + </collection> + + <collection name="trimmed_reads_unpaired_collection" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads"> + <data name="forward" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate1_unpaired_1.fq" /> + <data name="reverse" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate2_unpaired_2.fq" /> + <filter>params['settingsType'] == "custom"</filter> + <filter>params['retain_unpaired']['retain_unpaired_select'] == "retain_unpaired_output"</filter> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired_collection"</filter> + </collection> + + <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_pair1" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" + label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 1"> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> + </data> + + <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_pair2" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" + label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 2"> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> + </data> + + <data format="fastqsanger" name="unpaired_reads_1" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" + label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (1)"> + <filter>params['settingsType'] == "custom"</filter> + <filter>params['retain_unpaired']['retain_unpaired_select'] == "retain_unpaired_output"</filter> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> + </data> + + <data format="fastqsanger" name="unpaired_reads_2" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" + label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (2)"> + <filter>params['settingsType'] == "custom"</filter> + <filter>params['retain_unpaired']['retain_unpaired_select'] == "retain_unpaired_output"</filter> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> + </data> + <data format="txt" name="report_file" label="${tool.name} on ${on_string}: report file"> + <filter>params['settingsType'] == "custom"</filter> + <filter>params['report'] == True</filter> + </data> + + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="input_singles" value="sanger_full_range_original_sanger.fastqsanger" ftype="fastqsanger" /> + <param name="sPaired" value="single" /> + <param name="settingsType" value="custom" /> + <param name="report" value="true" /> + <output name="trimmed_reads_single" file="sanger_full_range_results1.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <output name="report_file" file="sanger_full_range_report_results1.txt" ftype="txt" lines_diff="2" /> + </test> + + <test> + <param name="input_singles" value="sanger_full_range_original_sanger.fastqsanger" ftype="fastqsanger" /> + <param name="sPaired" value="single" /> + <param name="trimming_select" value="--illumina" /> + <output name="trimmed_reads_single" file="sanger_full_range_results2.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + </test> + + <test> + <param name="input_singles" value="sanger_full_range_original_sanger.fastqsanger" ftype="fastqsanger" /> + <param name="sPaired" value="single" /> + <param name="adapter" value="AAAGAGC" /> + <output name="trimmed_reads_single" file="sanger_full_range_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + </test> + + <test> + <param name="input_mate1" value="bwa-mem-fastq1.fq" ftype="fastqsanger" /> + <param name="input_mate2" value="bwa-mem-fastq2.fq" ftype="fastqsanger" /> + <param name="sPaired" value="paired" /> + <param name="settingsType" value="custom" /> + <param name="report" value="true" /> + <output name="trimmed_reads_pair1" file="paired_example_pair1_results2.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <output name="trimmed_reads_pair2" file="paired_example_pair2_results2.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <output name="report_file" file="paired_example_results2.txt" ftype="txt" lines_diff="8" /> + </test> + + <test> + <param name="input_mate_pairs"> + <collection type="paired"> + <element name="forward" value="bwa-mem-fastq1.fq" ftype="fastqsanger" /> + <element name="reverse" value="bwa-mem-fastq2.fq" ftype="fastqsanger" /> + </collection> + </param> + + <param name="sPaired" value="paired_collection" /> + <param name="settingsType" value="custom" /> + <param name="report" value="true" /> + <param name="retain_unpaired_select" value="retain_unpaired_output" /> + + <output name="report_file" file="paired_collection_example_results3.txt" ftype="txt" lines_diff="8" /> + + <output_collection name="trimmed_reads_paired_collection" type="paired"> + <element name="forward" file="paired_collection_example_pair1_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <element name="reverse" file="paired_collection_example_pair2_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + </output_collection> + + <output_collection name="trimmed_reads_unpaired_collection" type="paired"> + <element name="forward" file="paired_collection_example_unpair1_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <element name="reverse" file="paired_collection_example_unpair2_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + </output_collection> + + </test> + </tests> + <help> +<![CDATA[ +**What it does** + +`Trim Galore!`_ is a wrapper script to automate quality and adapter trimming as well as quality control, with some added functionality to remove biased methylation positions for RRBS sequence files (for directional, non-directional (or paired-end) sequencing). It's main features are: + + * For adapter trimming, Trim Galore! uses the first 13 bp of Illumina standard adapters ('AGATCGGAAGAGC') by default (suitable for both ends of paired-end libraries), but accepts other adapter sequence, too + * For MspI-digested RRBS libraries, Trim Galore! performs quality and adapter trimming in two subsequent steps. This allows it to remove 2 additional bases that contain a cytosine which was artificially introduced in the end-repair step during the library preparation + * For any kind of FASTQ file other than MspI-digested RRBS, Trim Galore! can perform single-pass adapter and quality trimming + * The Phred quality of basecalls and the stringency for adapter removal can be specified individually + * Trim Galore! can remove sequences if they become too short during the trimming process. For paired-end files Trim Galore! removes entire sequence pairs if one (or both) of the two reads became shorter than the set length cutoff. Reads of a read-pair that are longer than a given threshold but for which the partner read has become too short can optionally be written out to single-end files. This ensures that the information of a read pair is not lost entirely if only one read is of good quality + * Trim Galore! can trim paired-end files by 1 additional bp from the 3' end of all reads to avoid problems with invalid alignments with Bowtie 1 + +.. _Trim Galore!: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ + +It is developed by Felix Krueger at the Babraham Institute. +]]> + </help> + <citations></citations> +</tool>
--- a/trim_galore_wrapper.xml Wed Apr 15 17:31:52 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,350 +0,0 @@ -<tool id="trim_galore" name="Trim Galore" version="0.3.7.0"> - <!-- Wrapper compatible with Trim Galore version 0.3.7 --> - <description>adaptive quality and adapter trimmer</description> - <version_command interpreter="perl">trim_galore --version</version_command> - <requirements> - <requirement type="package" version="1.8">cutadapt</requirement> - </requirements> - <macros> - <macro name="paired_adapter_trimming"> - <param name="trim1" type="boolean" truevalue="--trim1" falsevalue="" checked="False" label="Trims 1 bp off every read from its 3' end." help="" /> - <param name="adapter" type="text" value="AGATCGGAAGAGC" label="Adapter sequence to be trimmed off read 1"> - <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> - </param> - <param name="adapter2" type="text" optional="True" value="" label="Adapter sequence to be trimmed off read 2"> - <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> - </param> - - <param name="three_prime_clip_R1" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end of read 1"> - <help>Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. - This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. - (--three_prime_clip_R1)</help> - </param> - <param name="three_prime_clip_R2" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end of read 1"> - <help>Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 2 after - adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from - the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. (--three_prime_clip_R2)</help> - </param> - </macro> - </macros> - <command> -<![CDATA[ - - ## trim_galore removes .fastq and .fq file extensions of input files. - ## This is essential if Galaxy provides links to files (with real extensions) - ## but that behaviour is causing an inconsitency in output filenaming. - ## We work around this by linking every file to cwd without file extension - - #if $singlePaired.sPaired == "single": - ln -s "${singlePaired.input_singles}" ./input_singles; - #elif $singlePaired.sPaired == "paired": - ln -s "${singlePaired.input_mate1}" ./input_mate1; - ln -s "${singlePaired.input_mate2}" ./input_mate2; - #else: - ln -s "${singlePaired.input_mate_pairs.forward}" ./input_mate1; - ln -s "${singlePaired.input_mate_pairs.reverse}" ./input_mate2; - #end if - - perl $__tool_directory__/trim_galore - - ## we only support fastqsanger - --phred33 - - #if $params.settingsType == "custom": - - ## default 20 - --quality $params.quality - - ## default 1 - --stringency $params.stringency - - ## default 0.1 - -e $params.error_rate - - ## default 20 - --length $params.min_length - - #if int($params.clip_R1) > 0: - --clip_R1 $params.clip_R1 - #end if - - #if int($params.clip_R2) > 0: - --clip_R2 $params.clip_R2 - #end if - - #if $params.retain_unpaired.settingsType == "retain_unpaired_output": - --retain_unpaired - --length_1 $params.retain_unpaired.length_1 - --length_2 $params.retain_unpaired.length_2 - #end if - - #end if - - ## RBBS specific options. - #if $rrbs.settingsType == "custom": - $rrbs.rrbs - $rrbs.non_directional - #end if - - --output_dir ./ - --suppress_warn - - #if $params.settingsType == "custom" and not $params.report: - --no_report_file - #end if - - - ## default 'AGATCGGAAGAGC' - #if $singlePaired.adapter.strip() != '': - --adapter $singlePaired.adapter - #end if - - #if $singlePaired.three_prime_clip_R1: - --three_prime_clip_R1 $singlePaired.three_prime_clip_R1 - #end if - - #if $singlePaired.sPaired == "single": - ## input sequence - ./input_singles - #else: - --paired - - $singlePaired.trim1 - - #if $singlePaired.adapter2 and $singlePaired.adapter2.strip() != '': - --adapter2 $singlePaired.adapter2 - #end if - - #if $singlePaired.three_prime_clip_R2: - --three_prime_clip_R2 $singlePaired.three_prime_clip_R2 - #end if - - ## input sequences - ./input_mate1 - ./input_mate2 - - #end if - - ## Trim Galore! run is finished. Move the report files to the proper place - #if $params.settingsType == "custom" and $params.report: - && - cat ./*_trimming_report.txt > $report_file; - #end if - -]]> - </command> - <inputs> - <!-- Input Parameters --> - <conditional name="singlePaired"> - <param name="sPaired" type="select" label="Is this library paired- or single-end?"> - <option value="single">Single-end</option> - <option value="paired">Paired-end</option> - <option value="paired_collection">Paired Collection</option> - </param> - <when value="single"> - <param name="input_singles" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" /> - <param name="adapter" type="text" value="AGATCGGAAGAGC" label="Adapter sequence to be trimmed"> - <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> - </param> - <param name="three_prime_clip_R1" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end"> - <help>Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. - This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. - (--three_prime_clip_R1)</help> - </param> - </when> - <when value="paired"> - <param name="input_mate1" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" /> - <param name="input_mate2" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" /> - <expand macro="paired_adapter_trimming" /> - </when> - <when value="paired_collection"> - <param name="input_mate_pairs" format="fastqsanger" type="data_collection" collection_type="paired" - label="Select a paired collection" help="See help section for an explanation of dataset collections"/> - <expand macro="paired_adapter_trimming" /> - </when> - </conditional> - - <conditional name="params"> - <param name="settingsType" type="select" label="Trim galore! advanced settings" help="You can use the default settings or set custom values for any of Trim Galore's parameters."> - <option value="default">Use Defaults</option> - <option value="custom">Full parameter list</option> - </param> - <when value="default" /> - <!-- Full/advanced params. --> - <when value="custom"> - <param name="quality" type="integer" value="20" label="Trim low-quality ends from reads in addition to adapter removal" - help="For more information please see below." /> - <param name="stringency" type="integer" value="1" label="Overlap with adapter sequence required to trim a sequence" /> - <param name="error_rate" type="float" value="0.1" label="Maximum allowed error rate" /> - <param name="min_length" type="integer" value="20" label="Discard reads that became shorter than length INT" /> - - <param name="clip_R1" type="integer" value="0" label="Instructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 1" /> - <param name="clip_R2" type="integer" value="0" label="Instructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 2" /> - - <param name="report" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" checked="False" label="Generate a report file" help="" /> - - <conditional name="retain_unpaired"> - <param name="settingsType" type="select" label="specify if you would like to retain unpaired reads"> - <option value="no_output">Do not output unpaired reads</option> - <option value="retain_unpaired_output">Output unpaired reads</option> - </param> - <when value="no_output" /> - <!-- Output params. --> - <when value="retain_unpaired_output"> - <param name="length_1" type="integer" value="35" label="Unpaired single-end read length cutoff needed for read 1 to be written" /> - <param name="length_2" type="integer" value="35" label="Unpaired single-end read length cutoff needed for read 2 to be written" /> - </when> <!-- output --> - </conditional> <!-- retain_unpaired --> - - </when> <!-- full --> - </conditional> <!-- params --> - - <conditional name="rrbs"> - <param name="settingsType" type="select" label="RRBS specific settings"> - <option value="default">Use Defaults (no RRBS)</option> - <option value="custom">Full parameter list</option> - </param> - <when value="default" /> - <!-- Full/advanced params. --> - <when value="custom"> - <param name="rrbs" type="boolean" truevalue="--rrbs" falsevalue="" checked="True" - label="Specifies that the input file was an MspI digested RRBS sample" /> - <param name="non_directional" type="boolean" truevalue="--non_directional" falsevalue="" checked="False" - label="Selecting this option for non-directional RRBS libraries" /> - </when> <!-- full --> - </conditional> <!-- params --> - - </inputs> - <outputs> - - <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_single" from_work_dir="input_singles_trimmed.fq" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads"> - <filter>singlePaired['sPaired'] == "single"</filter> - </data> - - <collection name="trimmed_reads_paired_collection" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads"> - <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired_collection"</filter> - <data name="forward" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" /> - <data name="reverse" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" /> - </collection> - - <collection name="trimmed_reads_unpaired_collection" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads"> - <filter> - (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and - singlePaired['sPaired'] == "paired_collection" - )) - </filter> - <data name="forward" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate1_unpaired_1.fq" /> - <data name="reverse" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate2_unpaired_2.fq" /> - </collection> - - - <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_pair1" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" - label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 1"> - <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> - </data> - - <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_pair2" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" - label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 2"> - <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> - </data> - - <data format="fastqsanger" name="unpaired_reads_1" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" - label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (1)"> - <filter> - (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and - singlePaired['sPaired'] == "paired" - )) - </filter> - </data> - - <data format="fastqsanger" name="unpaired_reads_2" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" - label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (2)"> - <filter> - (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and - singlePaired['sPaired'] == "paired" - )) - </filter> - </data> - - <data format="txt" name="report_file" label="${tool.name} on ${on_string}: report file"> - <filter> - (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['report'] == True - )) - </filter> - </data> - - </outputs> - <tests> - <test> - <!-- Trim entire sequences; keep empty reads --> - <param name="input_singles" value="sanger_full_range_original_sanger.fastqsanger" ftype="fastqsanger" /> - <param name="sPaired" value="single" /> - <param name="settingsType" value="custom" /> - <param name="report" value="true" /> - <output name="trimmed_reads_single" file="sanger_full_range_results1.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> - <output name="report_file" file="sanger_full_range_report_results1.txt" ftype="txt" lines_diff="2" /> - </test> - - <test> - <!-- Trim entire sequences; keep empty reads --> - <param name="input_mate1" value="bwa-mem-fastq1.fq" ftype="fastqsanger" /> - <param name="input_mate2" value="bwa-mem-fastq2.fq" ftype="fastqsanger" /> - <param name="sPaired" value="paired" /> - <param name="settingsType" value="custom" /> - <param name="report" value="true" /> - <output name="trimmed_reads_pair1" file="paired_example_pair1_results2.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> - <output name="trimmed_reads_pair2" file="paired_example_pair2_results2.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> - <output name="report_file" file="paired_example_results2.txt" ftype="txt" lines_diff="8" /> - </test> - - <test> - <!-- Trim entire sequences; keep empty reads --> - <param name="input_mate_pairs"> - <collection type="paired"> - <element name="forward" value="bwa-mem-fastq1.fq" /> - <element name="reverse" value="bwa-mem-fastq2.fq" /> - </collection> - </param> - <param name="sPaired" value="paired_collection" /> - <param name="settingsType" value="custom" /> - <param name="report" value="true" /> - <param name="retain_unpaired" value="retain_unpaired_output" /> - - <output name="report_file" file="paired_collection_example_results3.txt" ftype="txt" lines_diff="8" /> - - <output_collection name="trimmed_reads_paired_collection" type="paired"> - <element name="forward" file="paired_collection_example_pair1_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> - <element name="reverse" file="paired_collection_example_pair2_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> - </output_collection> - - <output_collection name="trimmed_reads_unpaired_collection" type="paired"> - <element name="forward" file="paired_collection_example_unpair1_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> - <element name="reverse" file="paired_collection_example_unpair2_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> - </output_collection> - </test> - </tests> - <help> -<![CDATA[ - -**What it does** - -TrimGalore_ is a wrapper script that makes use of the publically available -adapter trimming tool Cutadapt. - -.. _TrimGalore: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ - - -It is developed by Felix Krueger at the Babraham Institute. - - -]]> - </help> -</tool>