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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/paired_collection_example_results3.txt Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -0,0 +1,86 @@ + +SUMMARISING RUN PARAMETERS +========================== +Input filename: ./input_mate1 +Trimming mode: paired-end +Trim Galore version: 0.3.7 +Quality Phred score cutoff: 20 +Quality encoding type selected: ASCII+33 +Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Maximum trimming error rate: 0.1 (default) +Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp +Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp + + +cutadapt version 1.1 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1 +Maximum error rate: 10.00% + Processed reads: 100 + Trimmed reads: 20 ( 20.0%) + Total basepairs: 24894 (0.0 Mbp) + Trimmed basepairs: 26 (0.0 Mbp) (0.10% of total) + Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Total time: 0.00 s + Time per read: 0.03 ms + +=== Adapter 1 === + +Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times. + +Lengths of removed sequences +length count expected +1 16 25.0 +2 2 6.2 +3 2 1.6 + + +RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate1 +============================================= +100 sequences processed in total + + +SUMMARISING RUN PARAMETERS +========================== +Input filename: ./input_mate2 +Trimming mode: paired-end +Trim Galore version: 0.3.7 +Quality Phred score cutoff: 20 +Quality encoding type selected: ASCII+33 +Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Maximum trimming error rate: 0.1 (default) +Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp +Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp + + +cutadapt version 1.1 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate2 +Maximum error rate: 10.00% + Processed reads: 100 + Trimmed reads: 24 ( 24.0%) + Total basepairs: 24354 (0.0 Mbp) + Trimmed basepairs: 36 (0.0 Mbp) (0.15% of total) + Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Total time: 0.01 s + Time per read: 0.10 ms + +=== Adapter 1 === + +Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 24 times. + +Lengths of removed sequences +length count expected +1 15 25.0 +2 7 6.2 +3 1 1.6 +4 1 0.4 + + +RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate2 +============================================= +100 sequences processed in total + +Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 100 + +Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.00%)
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+TTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCTGTCTCTTATACACATCTG ++ +BCCCBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHFHHHGHHHGFGHGGHGGHHHHHHGHHHHHHHGGGGFHHHHHHEGHHHHHHHHFGGFCGEHFHFGEGHHHFGGGGGHHHGGGEHGGGGGHHHHHHGDCCCGHHHHDGGGGCD/FCC-><FGFGEHEBDF0DGFFFFGGFFHCE.;.A;CF0;BFBFFGF/9C0;0CFGGF0F09FGGGFFFBBFEFFFB0FFEF0 +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:25528:14016/2 +GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTAC ++ +BAABCFCCCCCFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHGHHHHHHHHHHGGHHHHGHHGGHHHEGGGGGHHHHHHHHHGHHHHHGHHHHHGGHGHGHHGGGGGGGGGFEACFFFFFFFFFFFFFFFDFFFAFFFFBFAB@EFAAEFFFFF.ACF.BBFFEBFFFEB;FFFFFFFA/BFBFBBBFFFBFFFFFED.>DFFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:5741:16959/2 +GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTAC ++ +BBBBCFCCCCCFGGGGGGGGGGHHHHHHHGHHHHHHHHGHHHHGHDGHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGEGGHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHGGGGGHHHHHHHHHHHGHHHFHHHHHHGHGHGHGGGGCGGFGGFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFAFFFFEAEFFFFFFFFFFF9BFFBFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFADAB-/BF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:10130:11959/2 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+CDCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGHHHHHHGGGGGHGIHHHIH5DEGHHHF?FGHGGHGGHEGGHFHHGHGEHHGGGGGFFFGHFBG2GHEBGHHGHGGEG/GFGABEDFGHEED?GGHHFFGGGCFEGD/GFHFFGEFGCGG?CC??D-EF@EEEFGCDDBBFGGGEBBFFF09090A.BFGA.9CCA0;EBAB00BBFF.@-./;BB;BFFF0:00099AAFFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:2404:13066/2 +ATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGACCATACTTACTAAAGTGTGTTAATTAATTAATGCTTGTAGGACTGTCTCTTATACACAT ++ +CCCCCFFFFFFCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHFFHHHHGGGGGHFFFHHFHHHHHHHHHHHHHHHGFEGGGHGEDFCDFHGHFG@@DGGHHHHHHGGGGCGGGGGEHGGCGBB?CF99EGFGGFGG?D9CFFFF/BBFFFFFEF9BFFAFFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.FFBBFFFFFFFFFFFF-9;;;BFFFFFB9BFBFBFABFFEFFFFFFFFFF::BFFBFFFF.9//;FFFFF/BFFB +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:9184:6959/2 +AAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCCTGTCTCTT ++ +CCCCBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHEHIHHGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGHHFHHHHHBGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHGHHGGGGCFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.CFFFFAF=D=EAEFFF0B:0AF-DAFBFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFBFFFEFF9B900B
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/paired_example_results2.txt Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -0,0 +1,86 @@ + +SUMMARISING RUN PARAMETERS +========================== +Input filename: ./input_mate1 +Trimming mode: paired-end +Trim Galore version: 0.3.7 +Quality Phred score cutoff: 20 +Quality encoding type selected: ASCII+33 +Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Maximum trimming error rate: 0.1 (default) +Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp +Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp + + +cutadapt version 1.1 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1 +Maximum error rate: 10.00% + Processed reads: 100 + Trimmed reads: 20 ( 20.0%) + Total basepairs: 24894 (0.0 Mbp) + Trimmed basepairs: 26 (0.0 Mbp) (0.10% of total) + Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Total time: 0.00 s + Time per read: 0.02 ms + +=== Adapter 1 === + +Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times. + +Lengths of removed sequences +length count expected +1 16 25.0 +2 2 6.2 +3 2 1.6 + + +RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate1 +============================================= +100 sequences processed in total + + +SUMMARISING RUN PARAMETERS +========================== +Input filename: ./input_mate2 +Trimming mode: paired-end +Trim Galore version: 0.3.7 +Quality Phred score cutoff: 20 +Quality encoding type selected: ASCII+33 +Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Maximum trimming error rate: 0.1 (default) +Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp +Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp + + +cutadapt version 1.1 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate2 +Maximum error rate: 10.00% + Processed reads: 100 + Trimmed reads: 24 ( 24.0%) + Total basepairs: 24354 (0.0 Mbp) + Trimmed basepairs: 36 (0.0 Mbp) (0.15% of total) + Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Total time: 0.01 s + Time per read: 0.12 ms + +=== Adapter 1 === + +Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 24 times. + +Lengths of removed sequences +length count expected +1 15 25.0 +2 7 6.2 +3 1 1.6 +4 1 0.4 + + +RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate2 +============================================= +100 sequences processed in total + +Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: 100 + +Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff (20 bp): 1 (1.00%)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger_full_range_original_sanger.fastqsanger Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +@FAKE0001 Original version has PHRED scores from 0 to 93 inclusive (in that order) +ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTAC ++ +!"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~ +@FAKE0002 Original version has PHRED scores from 93 to 0 inclusive (in that order) +CATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCA ++ +~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876543210/.-,+*)('&%$#"!
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger_full_range_report_results1.txt Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -0,0 +1,40 @@ + +SUMMARISING RUN PARAMETERS +========================== +Input filename: ./input_singles +Trimming mode: single-end +Trim Galore version: 0.3.7 +Quality Phred score cutoff: 20 +Quality encoding type selected: ASCII+33 +Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Maximum trimming error rate: 0.1 (default) +Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp +Minimum required sequence length before a sequence gets removed: 20 bp + + +cutadapt version 1.1 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_singles +Maximum error rate: 10.00% + Processed reads: 2 + Trimmed reads: 1 ( 50.0%) + Total basepairs: 168 (0.0 Mbp) + Trimmed basepairs: 1 (0.0 Mbp) (0.60% of total) + Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Total time: 0.00 s + Time per read: 0.32 ms + +=== Adapter 1 === + +Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 1 times. + +Lengths of removed sequences +length count expected +1 1 0.5 + + +RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_singles +============================================= +2 sequences processed in total +Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of 20 bp: 0 (0.0%) +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger_full_range_report_results2.txt Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -0,0 +1,40 @@ + +SUMMARISING RUN PARAMETERS +========================== +Input filename: ./input_mate1 +Quality Phred score cutoff: 20 +Quality encoding type selected: ASCII+33 +Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' +Maximum trimming error rate: 0.1 (default) +Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp +Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp + + +cutadapt version 1.1 +Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC ./input_mate1 +Maximum error rate: 10.00% + Processed reads: 100 + Trimmed reads: 20 ( 20.0%) + Total basepairs: 24894 (0.0 Mbp) + Trimmed basepairs: 26 (0.0 Mbp) (0.10% of total) + Too short reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Too long reads: 0 ( 0.0% of processed reads) + Total time: 0.01 s + Time per read: 0.05 ms + +=== Adapter 1 === + +Adapter 'AGATCGGAAGAGC', length 13, was trimmed 20 times. + +Lengths of removed sequences +length count expected +1 16 25.0 +2 2 6.2 +3 2 1.6 + + +RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: ./input_mate1 +============================================= +100 sequences processed in total +Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of 20 bp: 0 (0.0%) +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger_full_range_results1.fastqsanger Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +@FAKE0001 Original version has PHRED scores from 0 to 93 inclusive (in that order) +ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTAC ++ +!"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~ +@FAKE0002 Original version has PHRED scores from 93 to 0 inclusive (in that order) +CATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ++ +~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger_full_range_results2.fastqsanger Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -0,0 +1,396 @@ +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:14518:9998/1 +GTTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGGGATAGACCTGTGATCCATCGTG ++ +AAAAAFFFFFFFGGGGGGGGGGHGGHHHHGHHHHHHHGCGHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHGHHGFHFE5BGEEHFGGGHHHHHHHHFBHHGGGGFHGHHFGHHHHGHHHHHHGEGGGGFHFHGEGHHGGCDGDGHGGGDGGHGGCGGGHGHHH/ACDG?.1FGCDCCGCA.CC@CDCHFHGFFGGGEBFGAB//CEFBFGG.:;D;;A0AFFFFFB..:@ABFF//;BFFFFFBF/9D:A +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:18422:19051/1 +GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTAC ++ +CCCCCFDDDDDFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHGGGGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHGGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGFDHGFHCFGGGGFGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF;FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFBFFFFFFFFFF:FFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:25545:21098/1 +ATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATAAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGGCTTATTTAAGGGGAACGGGTGG ++ +33AA?DFD5BDFGGGFEBDGEGHEGHGEGHCEGGHHCHGHHFFHHGFGAGE53FF2FAFFGDE5FFFE5GFBFGAEE1GHHHGHHHEHE3FGHF@GEGEGGHHGG3FAGFFDE?EEE3GFEGFGFGGCG?GHHHFHGGGC@DHFFHD/A<C@EGFDCGGGHFHHHEGFGHBFHG0:CEHFCHGGED.;0CEF.F99B0CFFEEFGGG0FBFBBF0F/FFBDE?/9//9B.FFBFFFFFFBF..A..;@B +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:5446:12248/1 +AATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTAT ++ +CCCCDFFFFCCFGGGGGGGGFGHHHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGBGHGGHGGHHHHHHHHHHGHGHGGGGGHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGGGGHHHHFFGHHHGGGGGGHHHGFGGHHGGGGHHHHHHGGGGGGHGHHGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHFHGGGHHHHGGGGGG:FE;EGEGGGGG/;?FGGGGGGGFFFFGGFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFBFFFFFFEFFFFFEFFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:5861:6452/1 +ATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTT ++ +ABCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHFHHHHHHGGHGHGGHGGHHHHHHHGGHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHEGGHHGGGGGGHHHGGGGHGGGGGHHHHHHGGGDCGHHHHGGGGGGGHEFGGGGHGHHHGHGGGFGGGGGGGEGGGGGGG?E0CEFGGGGGFEE9EEFFFFFBFFFFFFFBFFBD.AFFFFFFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:10403:6021/1 +CGCTCCGGGCCCATAACACTTGGGGGTAGCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTG ++ +>A@AAAAD2ADDFFGGGGGFGGHA?EAEFBEAGHFABFGG5FDF5DB1EEGAFDFB53FF5FH@G5FFEHGHEFHFFHBE333GF43GCGGGGE@0?BFGGB0B?FHGFDGGHHHBFFDEGGHGFFFDFE@<1>@FFFGHHHHFHEFGDABFFGG/@DCE<CG1<GF0/DD000=<DHGBDFDCECE/:AC?-;-;9B/ABBB-AD9BFB99AB?BDFBAD-.9..@;=;;..9..9/9;BEF;A:9/BFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:10677:23253/1 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+GATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGAGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTTGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATATGTCTTTGATTCCTGCCTCTTCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAACTGTCTCTTATACACATATCCACGCCCACGAGACTAAGGCG ++ +AA>1>11F1D1DDFFFFGGG1FH3GHGHGHGHFHEC?EC0B1FBGFB1GHHH21AF2HH2FEGEHAE10AAE/>/FFHE?/E/?E1@EFFH?E@/EGGG//B11B//<@@C0F/<0<FFDGGCC?FF221<BDD11@<11@DDCGEF1<111F1<F1FBGHGHCF-CHHFA./</0CGHF<0CC/;C-:-;;09;FFBFBBFFBC0FFFGGFC0009C00090/-:--9--;-;AFFE;/99 +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:25528:14016/1 +CCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGG ++ +>AAAAFFFBFFFGGGGGGGGGGHHFHGHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGHHHHFHHHHFHGHHHHGAFFEFHEGHHHHHHHHGHEHHGGFGGGHHHHHHFHHHHHGGHHHHGGGGGHFHHFF?HHGGFECEFFGHFFGFHGECDGHGBGFHGDF@@?CGFHCEGGGFD.CCC?EGHBHHHFHHFBCFFGEB/CEGGGGDAA.90C9CEBFGGBBF/9.9FBFFFBBFF//99FFFFEABF//99FFEFFFBFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1113:5741:16959/1 +TAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTAT ++ +ABBBBFFFFFFFGGGFGGGGGGHHHGHHGGHBGHGAGFFCAFGHGFFGHHGFHHHHHGGGGGHGHHHHHHHHE3BFFHHHGG0EDF@GHFFGGGHGGGGGGGGGGGGGHHGGEEFHGFHHDDG@DGGGHHGDGGGGGHGG?CF?HHGHHHGHGHHHFFHGGGHHHHGGCD.;0<C;CGGGGEFF/.;0;FFFBF/0;0CFGFFB..9B/;0CBFFBBFFFFBAC?DED9;B9AD;.FFFB/B/;FBA/B +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:10130:11959/1 +CGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTCTGATCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTAAGGCGAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGCA ++ +>A33>FFFFFF@FFFGGGGFGGD4EGGGGGHHGFFGHFGGHHHFEFHECFHHHEHGAGBCCGCCEGGHGHEGFBFHFHHHHGGGHFHGHEGGGFEGEGG??@DBGHGGC-@FFGHFHFHB-??DA-DD@9:BEBG@B?E?A.ABBFBFA??F.FF/BFFB/B9B/9;BF9FF9FFFFFFFFFFFFFF?BB?;9EE;-;DDB9//;B-B@;ABFFEFFFF/-.9A.;//9/BF./ +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:14540:5315/1 +CTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGGGGGCTATTTAGGTTTT ++ +AABCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHFHHHHGHHGHHGGGHGGHHHHHHHGHHHHHHGGGGGHHFHHHFGHHGGFHHHHHGGGGGHHHGHGGHHHGGGGGGHGHGGGGHHGGGGHHHHHEGDDFGFFFHHGGGGGCDAFCFGFDHHHHGGHGHHHHHHBCGEHHHHGGHG.ACGEHGG0CBFFF:A;BB0;09CGF00CFFFE0AA?//CFFFFFFFFFFFFFFFBEF;A.-=A--:BBFB90;;FE +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:15066:16302/1 +TAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAACGGTTGTTAATTAATTATT ++ +BBBBAFFBDFBFBGGGGGFGGGBGFFFHGFHHGFFFHGHHHGHHHHFFHHHGHGC?AEFFHEFBFFFGHHHHH1FDGFFHGHGHFEGCGC-<<AHHHGGGGGGGFHH0GHFCCCADGGG?.9/A-???DGGFFF.9F9/EE-;;BBBFFBFFFFFFFFFEFFFFBFFBBFFFFF/BFFBFFFFF-DBFFF;/BFF//BB//9/BEA---9:BFFFFFF/F/.;.:@9.BBFF/;BFF/; +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:16639:15258/1 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+CCCCCFFFFCFFGGGGGGGGGGHHHHHGHHHHHHHHHFFHHHHHGGGGHHHHHHHHFHHHHHHFGGHHGGHGGHHHHHHGHHFHHHHGGGGGGHHHHHHGHHHHHHHHHHGGGGGGGHH?FGHHHGGGGGGHHGGFGGHHGGGGHHHHHFGGGGFGHGHHGGGGGGGHGGGEGGHHGHHHHHHHHHGFBFFDA0FGGGFFGG0:EFGGGGGGGG;AEBF0B0BFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1114:9184:6959/1 +GGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGTTTTATGACCCTGAAGTAGGAACCAGATGTCGGATACAGTTCACTTTCTGTCTCTT ++ +AABBBFFFCCCBFGGGGGGGGGHHHHHHHHGGGGGGHHHG3FFHHHFGFGGGHHHGGGEHHGGGGHHHHHHGGGGGGHGHGGGGGGGDEGGGGEGGFHHHHHHHHHHHHGGGFGEHHGGFDGGGDFFGFHHHHGFCFHHHHHEFHFHGGFFGHHGGGHHHHDGHHHFHHHFFFFGFGGG.EFGGGGFGEBFGGGFGFGGGGFFBFGGBBFFFFFB/FEFF?///;A::AABBFFFBFFFFFFFFFBFFFF
--- a/tool_dependencies.xml Fri Jul 19 09:49:25 2013 -0400 +++ b/tool_dependencies.xml Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -1,26 +1,6 @@ <?xml version="1.0"?> <tool_dependency> - <package name="cutadapt" version="1.1"> - <install version="1.0"> - <actions> - <action type="download_by_url">http://cutadapt.googlecode.com/files/cutadapt-1.1.tar.gz</action> - <action type="move_directory_files"> - <source_directory>bin</source_directory> - <destination_directory>$INSTALL_DIR/bin</destination_directory> - </action> - <action type="move_directory_files"> - <source_directory>cutadapt</source_directory> - <destination_directory>$INSTALL_DIR/cutadapt</destination_directory> - </action> - <action type="set_environment"> - <environment_variable name="PATH" action="prepend_to">$INSTALL_DIR/bin</environment_variable> - </action> - </actions> - </install> - <readme> - </readme> + <package name="cutadapt" version="1.8"> + <repository changeset_revision="980a47047f57" name="package_cutadapt_1_8" owner="iuc" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" /> </package> </tool_dependency> - - -
--- a/trim_galore Fri Jul 19 09:49:25 2013 -0400 +++ b/trim_galore Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -7,7 +7,7 @@ use File::Basename; use Cwd; -## This program is Copyright (C) 2012-13, Felix Krueger (felix.krueger@babraham.ac.uk) +## This program is Copyright (C) 2012-14, Felix Krueger (felix.krueger@babraham.ac.uk) ## This program is free software: you can redistribute it and/or modify ## it under the terms of the GNU General Public License as published by @@ -25,7 +25,10 @@ ## this script is taking in FastQ sequences and trims them with Cutadapt -## last modified on 10 April 2013 + +## last modified on 16 July 2014 + + ######################################################################## @@ -36,15 +39,15 @@ ######################################################################## - -my $trimmer_version = '0.2.8'; +my $trimmer_version = '0.3.7'; my $DOWARN = 1; # print on screen warning and text by default BEGIN { $SIG{'__WARN__'} = sub { warn $_[0] if $DOWARN } }; -my ($cutoff,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$a2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2) = process_commandline(); +my ($cutoff,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$a2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2) = process_commandline(); my @filenames = @ARGV; + die "\nPlease provide the filename(s) of one or more FastQ file(s) to launch Trim Galore!\n USAGE: 'trim_galore [options] <filename(s)>' or 'trim_galore --help' for more options\n\n" unless (@filenames); @@ -66,10 +69,6 @@ $stringency = 1; } -unless (defined $length_cutoff){ - $length_cutoff = 20; -} - if ($phred_encoding == 64){ $cutoff += 31; } @@ -86,24 +85,36 @@ my $filename = shift; my $output_filename = (split (/\//,$filename))[-1]; - # warn "Here is the outputfile name: $output_filename\n"; my $report = $output_filename; $report =~ s/$/_trimming_report.txt/; if ($no_report_file) { $report = File::Spec->devnull; - open (REPORT,'>',$report) or die "Failed to write to file: $!\n"; + open (REPORT,'>',$report) or die "Failed to write to file '$report': $!\n"; # warn "Redirecting report output to /dev/null\n"; } else{ - open (REPORT,'>',$output_dir.$report) or die "Failed to write to file: $!\n"; + open (REPORT,'>',$output_dir.$report) or die "Failed to write to file '$report': $!\n"; warn "Writing report to '$output_dir$report'\n"; } warn "\nSUMMARISING RUN PARAMETERS\n==========================\nInput filename: $filename\n"; print REPORT "\nSUMMARISING RUN PARAMETERS\n==========================\nInput filename: $filename\n"; + if ($validate){ # paired-end mode + warn "Trimming mode: paired-end\n"; + print REPORT "Trimming mode: paired-end\n"; + } + else{ + warn "Trimming mode: single-end\n"; + print REPORT "Trimming mode: single-end\n"; + } + + + warn "Trim Galore version: $trimmer_version\n"; + print REPORT "Trim Galore version: $trimmer_version\n"; + warn "Quality Phred score cutoff: $phred_score_cutoff\n"; print REPORT "Quality Phred score cutoff: $phred_score_cutoff\n"; @@ -193,6 +204,14 @@ print REPORT "All Read 2 sequences will be trimmed by $clip_r2 bp from their 5' end to avoid poor qualities or biases (e.g. M-bias for BS-Seq applications)\n"; } + if ($three_prime_clip_r1){ + warn "All Read 1 sequences will be trimmed by $three_prime_clip_r1 bp from their 3' end to avoid poor qualities or biases\n"; + print REPORT "All Read 1 sequences will be trimmed by $three_prime_clip_r1 bp from their 3' end to avoid poor qualities or biases\n"; + } + if ($three_prime_clip_r2){ + warn "All Read 2 sequences will be trimmed by $three_prime_clip_r2 bp from their 3' end to avoid poor qualities or biases\n"; + print REPORT "All Read 2 sequences will be trimmed by $three_prime_clip_r2 bp from their 3' end to avoid poor qualities or biases\n"; + } if ($fastqc){ warn "Running FastQC on the data once trimming has completed\n"; @@ -235,8 +254,9 @@ else{ $temp = $filename; + $temp =~ s/^.*\///; # replacing optional file path information $temp =~ s/$/_qual_trimmed.fastq/; - open (TEMP,'>',$output_dir.$temp) or die "Can't write to $temp: $!"; + open (TEMP,'>',$output_dir.$temp) or die "Can't write to '$temp': $!"; warn " >>> Now performing adaptive quality trimming with a Phred-score cutoff of: $cutoff <<<\n\n"; sleep (3); @@ -260,7 +280,7 @@ } warn "\n >>> Quality trimming completed <<<\n$qual_count sequences processed in total\n\n"; - close QUAL or die "Unable to close filehandle: $!\n"; + close QUAL or die "Unable to close QUAL filehandle: $!\n"; sleep (3); } @@ -284,21 +304,20 @@ } if ($gzip or $filename =~ /\.gz$/){ - unless ($dont_gzip){ - if ($validate){ - open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open $output_filename: $!\n"; # don't need to gzip intermediate file - } - else{ - $output_filename .= '.gz'; - open (OUT,"| gzip -c - > ${output_dir}${output_filename}") or die "Can't write to $output_filename: $!\n"; - } + if ($dont_gzip){ + open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open '$output_filename': $!\n"; # don't need to gzip intermediate file } else{ - open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open $output_filename: $!\n"; # don't need to gzip intermediate file + ### 6 Jan 2014: had a request to also gzip intermediate files to save disk space + # if ($validate){ + # open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open '$output_filename': $!\n"; # don't need to gzip intermediate file + # } + $output_filename .= '.gz'; + open (OUT,"| gzip -c - > ${output_dir}${output_filename}") or die "Can't write to '$output_filename': $!\n"; } } else{ - open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open $output_filename: $!\n"; + open (OUT,'>',$output_dir.$output_filename) or die "Can't open '$output_filename': $!\n"; } warn "Writing final adapter and quality trimmed output to $output_filename\n\n"; @@ -310,6 +329,8 @@ my $CAA = 0; my $CGA = 0; + my $pid; + if ($rrbs and $cutoff != 0){ ### optionally using 2 different adapters for read 1 and read 2 @@ -318,19 +339,19 @@ if ( scalar(@filenames)%2 == 0){ # this is read 1 of a pair warn "\n >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$adapter' from file $temp <<< \n"; sleep (3); - open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; + $pid = open (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; } else{ # this is read 2 of a pair warn "\n >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$a2' from file $temp <<< \n"; sleep (3); - open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $a2 $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; + $pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $a2 $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; } } ### Using the same adapter for both read 1 and read 2 else{ warn "\n >>> Now performing adapter trimming for the adapter sequence: '$adapter' from file $temp <<< \n"; sleep (3); - open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; + $pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR,"$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -O $stringency -a $adapter $output_dir$temp") or die "Failed to launch Cutadapt: $!\n"; } close WRITER or die $!; # not needed @@ -424,8 +445,21 @@ else{ # single end if ($clip_r1){ - $seq = substr($seq,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence - $qual = substr($qual,$clip_r1); + if (length $seq > $clip_r1){ # sequences that are already too short won't be clipped again + $seq = substr($seq,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence + $qual = substr($qual,$clip_r1); + } + } + + if ($three_prime_clip_r1){ + + if (length $seq > $three_prime_clip_r1){ # sequences that are already too short won't be clipped again + # warn "seq/qual before/after trimming:\n$seq\n$qual\n"; + $seq = substr($seq,0,(length($seq) - $three_prime_clip_r1)); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence + $qual = substr($qual,0,(length($qual) - $three_prime_clip_r1 )); + # warn "$seq\n$qual\n"; + } + } if (length $seq < $length_cutoff){ @@ -448,6 +482,7 @@ close QUAL or die "Unable to close QUAL filehandle: $!"; close TRIM or die "Unable to close TRIM filehandle: $!"; close OUT or die "Unable to close OUT filehandle: $!"; + } else{ @@ -457,19 +492,19 @@ if ( scalar(@filenames)%2 == 0){ # this is read 1 of a pair warn "\n >>> Now performing quality (cutoff $cutoff) and adapter trimming in a single pass for the adapter sequence: '$adapter' from file $filename <<< \n"; sleep (3); - open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $adapter $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!"; + $pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $adapter $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!"; } else{ # this is read 2 of a pair warn "\n >>> Now performing quality (cutoff $cutoff) and adapter trimming in a single pass for the adapter sequence: '$a2' from file $filename <<< \n"; sleep (3); - open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $a2 $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!"; + $pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $a2 $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!"; } } ### Using the same adapter for both read 1 and read 2 else{ warn "\n >>> Now performing quality (cutoff $cutoff) and adapter trimming in a single pass for the adapter sequence: '$adapter' from file $filename <<< \n"; sleep (3); - open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $adapter $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!"; + $pid = open3 (\*WRITER, \*TRIM, \*ERROR, "$path_to_cutadapt -f fastq -e $error_rate -q $cutoff -O $stringency -a $adapter $filename") or die "Failed to launch Cutadapt: $!"; } close WRITER or die $!; # not needed @@ -502,12 +537,23 @@ print OUT "$l1$seq\n$l3$qual\n"; } else{ # single end - + if ($clip_r1){ - $seq = substr($seq,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence - $qual = substr($qual,$clip_r1); - } + if (length $seq > $clip_r1){ # sequences that are already too short won't be clipped again + $seq = substr($seq,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence + $qual = substr($qual,$clip_r1); + } + } + if ($three_prime_clip_r1){ + if (length $seq > $three_prime_clip_r1){ # sequences that are already too short won't be clipped again + # warn "seq/qual before/after trimming:\n$seq\n$qual\n"; + $seq = substr($seq,0,(length($seq) - $three_prime_clip_r1)); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence + $qual = substr($qual,0,(length($qual) - $three_prime_clip_r1)); + # warn "$seq\n$qual\n";sleep(1); + } + } + if (length $seq < $length_cutoff){ ++$too_short; next; @@ -530,6 +576,7 @@ } + if ($rrbs){ unless ($keep){ # keeping the quality trimmed intermediate file for RRBS files @@ -545,6 +592,12 @@ } } + ### Wait and reap the child process (Cutadapt) so that it doesn't become a zombie process + waitpid $pid, 0; + unless ($? == 0){ + die "\n\nCutadapt terminated with exit signal: '$?'.\nTerminating Trim Galore run, please check error message(s) to get an idea what went wrong...\n\n"; + } + warn "\nRUN STATISTICS FOR INPUT FILE: $filename\n"; print REPORT "\nRUN STATISTICS FOR INPUT FILE: $filename\n"; @@ -556,14 +609,35 @@ ### only reporting this separately if quality and adapter trimming were performed separately if ($rrbs){ - my $percentage_shortened = sprintf ("%.1f",$quality_trimmed/$count*100); + my $percentage_shortened; + if ($count){ + $percentage_shortened = sprintf ("%.1f",$quality_trimmed/$count*100); + warn "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n"; + print REPORT "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n"; + } + else{ + warn "Unable to determine percentage of reads that were shortened because 0 lines were processed\n\n"; + print REPORT "Unable to determine percentage of reads that were shortened because 0 lines were processed\n\n"; + } warn "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n"; print REPORT "Sequences were truncated to a varying degree because of deteriorating qualities (Phred score quality cutoff: $cutoff):\t$quality_trimmed ($percentage_shortened%)\n"; } - my $percentage_too_short = sprintf ("%.1f",$too_short/$count*100); - warn "Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of $length_cutoff bp:\t$too_short ($percentage_too_short%)\n"; - print REPORT "Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of $length_cutoff bp:\t$too_short ($percentage_too_short%)\n"; + my $percentage_too_short; + if ($count){ + $percentage_too_short = sprintf ("%.1f",$too_short/$count*100); + } + else{ + $percentage_too_short = 'N/A'; + } + + if ($validate){ ### only for paired-end files + warn "The length threshold of paired-end sequences gets evaluated later on (in the validation step)\n"; + } + else{ ### Single-end file + warn "Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of $length_cutoff bp:\t$too_short ($percentage_too_short%)\n"; + print REPORT "Sequences removed because they became shorter than the length cutoff of $length_cutoff bp:\t$too_short ($percentage_too_short%)\n"; + } if ($rrbs){ my $percentage_rrbs_trimmed = sprintf ("%.1f",$rrbs_trimmed/$count*100); @@ -811,16 +885,37 @@ chomp $seq_1; chomp $seq_2; + chomp $qual_1; + chomp $qual_2; if ($clip_r1){ - $seq_1 = substr($seq_1,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence - $qual_1 = substr($qual_1,$clip_r1); + if (length $seq_1 > $clip_r1){ # sequences that are already too short won't be trimmed again + $seq_1 = substr($seq_1,$clip_r1); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence + $qual_1 = substr($qual_1,$clip_r1); + } } if ($clip_r2){ - $seq_2 = substr($seq_2,$clip_r2); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence - $qual_2 = substr($qual_2,$clip_r2); + if (length $seq_2 > $clip_r2){ # sequences that are already too short won't be trimmed again + $seq_2 = substr($seq_2,$clip_r2); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence + $qual_2 = substr($qual_2,$clip_r2); + } } + if ($three_prime_clip_r1){ + if (length $seq_1 > $three_prime_clip_r1){ # sequences that are already too short won't be clipped again + $seq_1 = substr($seq_1,0,(length($seq_1) - $three_prime_clip_r1)); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence + $qual_1 = substr($qual_1,0,(length($qual_1) - $three_prime_clip_r1)); + } + } + if ($three_prime_clip_r2){ + if (length $seq_2 > $three_prime_clip_r2){ # sequences that are already too short won't be clipped again + $seq_2 = substr($seq_2,0,(length($seq_2) - $three_prime_clip_r2)); # starting after the sequences to be trimmed until the end of the sequence + $qual_2 = substr($qual_2,0,(length($qual_2) - $three_prime_clip_r2)); + } + } + + + ### making sure that the reads do have a sensible length if ( (length($seq_1) < $length_cutoff) or (length($seq_2) < $length_cutoff) ){ ++$sequence_pairs_removed; @@ -830,7 +925,7 @@ print UNPAIRED1 $id_1; print UNPAIRED1 "$seq_1\n"; print UNPAIRED1 $l3_1; - print UNPAIRED1 $qual_1; + print UNPAIRED1 "$qual_1\n"; ++$read_1_printed; } @@ -838,7 +933,7 @@ print UNPAIRED2 $id_2; print UNPAIRED2 "$seq_2\n"; print UNPAIRED2 $l3_2; - print UNPAIRED2 $qual_2; + print UNPAIRED2 "$qual_2\n"; ++$read_2_printed; } @@ -848,18 +943,28 @@ print R1 $id_1; print R1 "$seq_1\n"; print R1 $l3_1; - print R1 $qual_1; + print R1 "$qual_1\n"; print R2 $id_2; print R2 "$seq_2\n"; print R2 $l3_2; - print R2 $qual_2; + print R2 "$qual_2\n"; } } - my $percentage = sprintf("%.2f",$sequence_pairs_removed/$count*100); + + + my $percentage; + + if ($count){ + $percentage = sprintf("%.2f",$sequence_pairs_removed/$count*100); + } + else{ + $percentage = 'N/A'; + } + warn "Total number of sequences analysed: $count\n\n"; - warn "Number of sequence pairs removed: $sequence_pairs_removed ($percentage%)\n"; + warn "Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff ($length_cutoff bp): $sequence_pairs_removed ($percentage%)\n"; print REPORT "Total number of sequences analysed for the sequence pair length validation: $count\n\n"; print REPORT "Number of sequence pairs removed because at least one read was shorter than the length cutoff ($length_cutoff bp): $sequence_pairs_removed ($percentage%)\n"; @@ -915,6 +1020,8 @@ my $dont_gzip; my $clip_r1; my $clip_r2; + my $three_prime_clip_r1; + my $three_prime_clip_r2; my $command_line = GetOptions ('help|man' => \$help, 'q|quality=i' => \$quality, @@ -944,9 +1051,10 @@ 'dont_gzip' => \$dont_gzip, 'clip_R1=i' => \$clip_r1, 'clip_R2=i' => \$clip_r2, + 'three_prime_clip_R1=i' => \$three_prime_clip_r1, + 'three_prime_clip_R2=i' => \$three_prime_clip_r2, ); - ### EXIT ON ERROR if there were errors with any of the supplied options unless ($command_line){ die "Please respecify command line options\n"; @@ -968,7 +1076,7 @@ (powered by Cutadapt) version $trimmer_version - Last update: 10 04 2013 + Last update: 15 04 2014 VERSION exit; @@ -1030,7 +1138,7 @@ } if (defined $adapter){ - unless ($adapter =~ /^[ACTGNactgn]+$/){ + unless ($adapter =~ /^[ACTGNXactgnx]+$/){ die "Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)!\n"; } $adapter = uc$adapter; @@ -1046,6 +1154,11 @@ $adapter2 = uc$adapter2; } + ### LENGTH CUTOFF + unless (defined $length_cutoff){ + $length_cutoff = 20; + } + ### files are supposed to be paired-end files if ($validate){ @@ -1055,8 +1168,8 @@ } ## CUTOFF FOR VALIDATED READ-PAIRS + if (defined $length_read_1 or defined $length_read_2){ - if (defined $length_read_1 or defined $length_read_2){ unless ($retain){ die "Please specify --keep_unpaired to alter the unpaired single-end read length cut off(s)\n\n"; } @@ -1066,7 +1179,7 @@ die "Please select a sensible cutoff for when a read pair should be filtered out due to short length (allowed range: 15-100 bp)\n\n"; } unless ($length_read_1 > $length_cutoff){ - die "The single-end unpaired read length needs to be longer than the paired-end cut-off value\n\n"; + die "The single-end unpaired read length needs to be longer than the paired-end cut-off value ($length_cutoff bp)\n\n"; } } @@ -1075,7 +1188,7 @@ die "Please select a sensible cutoff for when a read pair should be filtered out due to short length (allowed range: 15-100 bp)\n\n"; } unless ($length_read_2 > $length_cutoff){ - die "The single-end unpaired read length needs to be longer than the paired-end cut-off value\n\n"; + die "The single-end unpaired read length needs to be longer than the paired-end cut-off value ($length_cutoff bp)\n\n"; } } } @@ -1117,8 +1230,21 @@ } } + ### Trimming at the 3' end + if (defined $three_prime_clip_r1){ # trimming 3' bases of read 1 + unless ($three_prime_clip_r1 > 0 and $three_prime_clip_r1 < 100){ + die "The 3' clipping value for read 1 should have a sensible value (> 0 and < read length)\n\n"; + } + } - return ($quality,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$adapter2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2); + if (defined $three_prime_clip_r2){ # trimming 3' bases of read 2 + unless ($three_prime_clip_r2 > 0 and $three_prime_clip_r2 < 100){ + die "The 3' clipping value for read 2 should have a sensible value (> 0 and < read length)\n\n"; + } + } + + + return ($quality,$adapter,$stringency,$rrbs,$length_cutoff,$keep,$fastqc,$non_directional,$phred_encoding,$fastqc_args,$trim,$gzip,$validate,$retain,$length_read_1,$length_read_2,$adapter2,$error_rate,$output_dir,$no_report_file,$dont_gzip,$clip_r1,$clip_r2,$three_prime_clip_r1,$three_prime_clip_r2); } @@ -1165,9 +1291,9 @@ option requires '--paired' to be specified as well. --s/--stringency <INT> Overlap with adapter sequence required to trim a sequence. Defaults to a - very stringent setting of '1', i.e. even a single bp of overlapping sequence - will be trimmed of the 3' end of any read. +--stringency <INT> Overlap with adapter sequence required to trim a sequence. Defaults to a + very stringent setting of 1, i.e. even a single bp of overlapping sequence + will be trimmed off from the 3' end of any read. -e <ERROR RATE> Maximum allowed error rate (no. of errors divided by the length of the matching region) (default: 0.1) @@ -1205,6 +1331,15 @@ methylation. Please refer to the M-bias plot section in the Bismark User Guide for some examples. Default: OFF. +--three_prime_clip_R1 <int> Instructs Trim Galore to remove <int> bp from the 3' end of read 1 (or single-end + reads) AFTER adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted + bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. + Default: OFF. + +--three_prime_clip_R2 <int> Instructs Trim Galore to remove <int> bp from the 3' end of read 2 AFTER + adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from + the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. + Default: OFF. RRBS-specific options (MspI digested material): @@ -1273,7 +1408,7 @@ Default: 35 bp. -Last modified on 15 July 2013. +Last modified on 16 July 2014. HELP exit;
--- a/trim_galore_wrapper.xml Fri Jul 19 09:49:25 2013 -0400 +++ b/trim_galore_wrapper.xml Wed Apr 15 11:32:11 2015 -0400 @@ -1,62 +1,63 @@ -<tool id="trim_galore" name="Trim Galore" version="0.2.8.1"> - <!-- Wrapper compatible with Trim Galore version 0.2.8 --> +<tool id="trim_galore" name="Trim Galore" version="0.3.7.0"> + <!-- Wrapper compatible with Trim Galore version 0.3.7 --> <description>adaptive quality and adapter trimmer</description> <version_command interpreter="perl">trim_galore --version</version_command> <requirements> - <requirement type="package" version="1.1">cutadapt</requirement> + <requirement type="package" version="1.8">cutadapt</requirement> </requirements> - <command interpreter="perl"> - #from glob import glob - #import tempfile, os + <macros> + <macro name="paired_adapter_trimming"> + <param name="trim1" type="boolean" truevalue="--trim1" falsevalue="" checked="False" label="Trims 1 bp off every read from its 3' end." help="" /> + <param name="adapter" type="text" value="AGATCGGAAGAGC" label="Adapter sequence to be trimmed off read 1"> + <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> + </param> + <param name="adapter2" type="text" optional="True" value="" label="Adapter sequence to be trimmed off read 2"> + <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> + </param> - ## - ## Creating a temporary directory where trim_galore will store all result files - ## + <param name="three_prime_clip_R1" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end of read 1"> + <help>Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. + This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. + (--three_prime_clip_R1)</help> + </param> + <param name="three_prime_clip_R2" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end of read 1"> + <help>Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 2 after + adapter/quality trimming has been performed. This may remove some unwanted bias from + the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. (--three_prime_clip_R2)</help> + </param> + </macro> + </macros> + <command> +<![CDATA[ - #set $temp_dir = os.path.abspath(tempfile.mkdtemp()) - - - ## trim_galore removes .fastq and .fq file extensions of input files. - ## That is essential if Galaxy provides links to files (these can have real extensions), but that behaviour is causing an inconsitency in output filenaming. - ## Fix: link every file to $TMP without file extension + ## trim_galore removes .fastq and .fq file extensions of input files. + ## This is essential if Galaxy provides links to files (with real extensions) + ## but that behaviour is causing an inconsitency in output filenaming. + ## We work around this by linking every file to cwd without file extension #if $singlePaired.sPaired == "single": - #set $input_singles_tmp_handle = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=$temp_dir ) - #set $input_singles_tmp = $input_singles_tmp_handle.name - #silent $input_singles_tmp_handle.close() - #silent os.system("ln -s %s %s" % (str($singlePaired.input_singles), $input_singles_tmp)) + ln -s "${singlePaired.input_singles}" ./input_singles; + #elif $singlePaired.sPaired == "paired": + ln -s "${singlePaired.input_mate1}" ./input_mate1; + ln -s "${singlePaired.input_mate2}" ./input_mate2; #else: - #set $input_mate1_tmp_handle = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=$temp_dir ) - #set $input_mate2_tmp_handle = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=$temp_dir ) - - #set $input_mate1_tmp = $input_mate1_tmp_handle.name - #silent $input_mate1_tmp_handle.close() - - #set $input_mate2_tmp = $input_mate2_tmp_handle.name - #silent $input_mate2_tmp_handle.close() - - #silent os.system("ln -s %s %s" % (str($singlePaired.input_mate1), $input_mate1_tmp)) - #silent os.system("ln -s %s %s" % (str($singlePaired.input_mate2), $input_mate2_tmp)) + ln -s "${singlePaired.input_mate_pairs.forward}" ./input_mate1; + ln -s "${singlePaired.input_mate_pairs.reverse}" ./input_mate2; #end if - trim_galore + perl $__tool_directory__/trim_galore - ## - ## Input parameters - ## - + ## we only support fastqsanger + --phred33 #if $params.settingsType == "custom": ## default 20 --quality $params.quality - ## default 'AGATCGGAAGAGC' - #if $params.adapter.strip() != '': - --adapter $params.adapter - #end if + ## default 1 --stringency $params.stringency - + ## default 0.1 -e $params.error_rate @@ -66,7 +67,7 @@ #if int($params.clip_R1) > 0: --clip_R1 $params.clip_R1 #end if - + #if int($params.clip_R2) > 0: --clip_R2 $params.clip_R2 #end if @@ -79,128 +80,91 @@ #end if - ## ## RBBS specific options. - ## - #if $rrbs.settingsType == "custom": - $rrbs.rrbs $rrbs.non_directional + #end if + --output_dir ./ + --suppress_warn + + #if $params.settingsType == "custom" and not $params.report: + --no_report_file #end if - --output_dir $temp_dir - --suppress_warn + ## default 'AGATCGGAAGAGC' + #if $singlePaired.adapter.strip() != '': + --adapter $singlePaired.adapter + #end if + + #if $singlePaired.three_prime_clip_R1: + --three_prime_clip_R1 $singlePaired.three_prime_clip_R1 + #end if #if $singlePaired.sPaired == "single": - - #if $singlePaired.input_singles.ext == "fastqillumina": - --phred64 - #elif $singlePaired.input_singles.ext == "fastqsanger": - --phred33 - #end if - - #if $params.settingsType == "custom": - #if not $params.report: - --no_report_file - #end if - #end if - ## input sequence - $input_singles_tmp + ./input_singles #else: - --paired - #if $singlePaired.input_mate1.ext == "fastqillumina": - --phred64 - #elif $singlePaired.input_mate1.ext == "fastqsanger": - --phred33 - #end if + --paired $singlePaired.trim1 - #if $singlePaired.adapter2.strip() != '': + + #if $singlePaired.adapter2 and $singlePaired.adapter2.strip() != '': --adapter2 $singlePaired.adapter2 #end if - #if $params.settingsType == "custom": - #if not $params.report: - --no_report_file - #end if + #if $singlePaired.three_prime_clip_R2: + --three_prime_clip_R2 $singlePaired.three_prime_clip_R2 #end if ## input sequences - $input_mate1_tmp - $input_mate2_tmp + ./input_mate1 + ./input_mate2 #end if - && - - ## - ## Trim Galore! run is finished. Move the result files to the proper place - ## - - - #if $singlePaired.sPaired == "single": - #set $single_end_path = os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_singles_tmp)) + '_trimmed.fq') - mv $single_end_path $trimmed_reads_single; - - #if $params.settingsType == "custom": - #if $params.report: - #set $report_path = os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_singles_tmp)) + '_trimming_report.txt') - mv $report_path $report_file; - #end if - #end if + && - #else: - #set $paired_end_path_1 = os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate1_tmp)) + '_val_1.fq') - #set $paired_end_path_2 = os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate2_tmp)) + '_val_2.fq') - mv $paired_end_path_1 $trimmed_reads_pair1; - mv $paired_end_path_2 $trimmed_reads_pair2; - - #if $params.settingsType == "custom": - #if $params.retain_unpaired.settingsType == "retain_unpaired_output": - #set $unpaired_path_1 = os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate1_tmp)) + '_unpaired_1.fq') - #set $unpaired_path_2 = os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate2_tmp)) + '_unpaired_2.fq') - mv $unpaired_path_1 $unpaired_reads_1; - mv $unpaired_path_2 $unpaired_reads_2; - #end if - - #if $params.report: - #set $report_path = os.path.join($temp_dir, os.path.basename(str($input_mate1_tmp)) + '_trimming_report.txt') - mv $report_path $report_file; - #end if - - #end if + ## Trim Galore! run is finished. Move the report files to the proper place + #if $params.settingsType == "custom" and $params.report: + cat ./*_trimming_report.txt > $report_file; #end if - ## delete the temp_dir - rm -rf $temp_dir - +]]> </command> <inputs> - <!-- Input Parameters --> <conditional name="singlePaired"> - <param name="sPaired" type="select" label="Is this library mate-paired?"> - <option value="single">Single-end</option> - <option value="paired">Paired-end</option> + <param name="sPaired" type="select" label="Is this library paired- or single-end?"> + <option value="single">Single-end</option> + <option value="paired">Paired-end</option> + <option value="paired_collection">Paired Collection</option> </param> <when value="single"> - <param name="input_singles" type="data" format="fastqsanger,fastqillumina,fastq,fasta" label="FASTQ/FASTA file" help="FASTQ or FASTA files." /> + <param name="input_singles" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" /> + <param name="adapter" type="text" value="AGATCGGAAGAGC" label="Adapter sequence to be trimmed"> + <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> + </param> + <param name="three_prime_clip_R1" type="integer" value="" optional="True" label="Remove N bp from the 3' end"> + <help>Instructs Trim Galore to remove N bp from the 3' end of read 1 after adapter/quality trimming has been performed. + This may remove some unwanted bias from the 3' end that is not directly related to adapter sequence or basecall quality. + (--three_prime_clip_R1)</help> + </param> </when> <when value="paired"> - <param name="input_mate1" type="data" format="fastqsanger,fastqillumina,fastq,fasta" label="FASTQ/FASTA file" help="FASTQ or FASTA files." /> - <param name="input_mate2" type="data" format="fastqsanger,fastqillumina,fastq,fasta" label="FASTQ/FASTA file" help="FASTQ or FASTA files." /> - <param name="trim1" type="boolean" truevalue="--trim1" falsevalue="" checked="False" label="Trims 1 bp off every read from its 3' end." help="" /> - <param name="adapter2" type="text" value="" label="Optional adapter sequence to be trimmed off read 2"> - <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> - </param> + <param name="input_mate1" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" /> + <param name="input_mate2" type="data" format="fastqsanger" label="Reads in FASTQ format" /> + <expand macro="paired_adapter_trimming" /> + </when> + <when value="paired_collection"> + <param name="input_mate_pairs" format="fastqsanger" type="data_collection" collection_type="paired" + label="Select a paired collection" help="See help section for an explanation of dataset collections"/> + <expand macro="paired_adapter_trimming" /> </when> </conditional> - <conditional name="params"> <param name="settingsType" type="select" label="Trim galore! advanced settings" help="You can use the default settings or set custom values for any of Trim Galore's parameters."> <option value="default">Use Defaults</option> @@ -209,16 +173,14 @@ <when value="default" /> <!-- Full/advanced params. --> <when value="custom"> - <param name="quality" type="integer" value="20" label="Trim low-quality ends from reads in addition to adapter removal." help="For more information please see below." /> - <param name="adapter" type="text" value="AGATCGGAAGAGC" label="Adapter sequence to be trimmed"> - <validator type="regex" message="Adapter sequence must contain DNA characters only (A,C,T,G or N)">^[ACTGNactgn]*$</validator> - </param> + <param name="quality" type="integer" value="20" label="Trim low-quality ends from reads in addition to adapter removal" + help="For more information please see below." /> <param name="stringency" type="integer" value="1" label="Overlap with adapter sequence required to trim a sequence" /> <param name="error_rate" type="float" value="0.1" label="Maximum allowed error rate" /> <param name="min_length" type="integer" value="20" label="Discard reads that became shorter than length INT" /> - <param name="clip_R1" type="integer" value="0" label="nstructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 1" /> - <param name="clip_R2" type="integer" value="0" label="nstructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 2" /> + <param name="clip_R1" type="integer" value="0" label="Instructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 1" /> + <param name="clip_R2" type="integer" value="0" label="Instructs Trim Galore to remove INT bp from the 5' end of read 2" /> <param name="report" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" checked="False" label="Generate a report file" help="" /> @@ -246,95 +208,144 @@ <when value="default" /> <!-- Full/advanced params. --> <when value="custom"> - <param name="rrbs" type="boolean" truevalue="--rrbs" falsevalue="" checked="True" label="Specifies that the input file was an MspI digested RRBS sample" /> - <param name="non_directional" type="boolean" truevalue="--non_directional" falsevalue="" checked="False" label="Selecting this option for non-directional RRBS libraries" /> + <param name="rrbs" type="boolean" truevalue="--rrbs" falsevalue="" checked="True" + label="Specifies that the input file was an MspI digested RRBS sample" /> + <param name="non_directional" type="boolean" truevalue="--non_directional" falsevalue="" checked="False" + label="Selecting this option for non-directional RRBS libraries" /> </when> <!-- full --> - </conditional> <!-- params --> + </conditional> <!-- params --> </inputs> <outputs> - <data format="fastq" name="trimmed_reads_single" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads"> + <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_single" from_work_dir="input_singles_trimmed.fq" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads"> <filter>singlePaired['sPaired'] == "single"</filter> - <actions> - <action type="format"> - <option type="from_param" name="singlePaired.input_singles" param_attribute="ext" /> - </action> - </actions> - </data> - - <data format="fastq" name="trimmed_reads_pair1" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 1"> - <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> - <actions> - <action type="format"> - <option type="from_param" name="singlePaired.input_mate1" param_attribute="ext" /> - </action> - </actions> - </data> - - <data format="fastq" name="trimmed_reads_pair2" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 2"> - <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> - <actions> - <action type="format"> - <option type="from_param" name="singlePaired.input_mate1" param_attribute="ext" /> - </action> - </actions> </data> - <data format="fastq" name="unpaired_reads_1" label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (1)"> - <filter> + <collection name="trimmed_reads_paired_collection" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads"> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired_collection"</filter> + <data name="forward" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" /> + <data name="reverse" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" /> + </collection> + + <collection name="trimmed_reads_unpaired_collection" type="paired" label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads"> + <filter> (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" + params['settingsType'] == "custom" and + params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and + singlePaired['sPaired'] == "paired_collection" )) - </filter> - <actions> - <action type="format"> - <option type="from_param" name="singlePaired.input_mate1" param_attribute="ext" /> - </action> - </actions> + </filter> + <data name="forward" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate1_unpaired_1.fq" /> + <data name="reverse" format="fastqsanger" from_work_dir="input_mate2_unpaired_2.fq" /> + </collection> + + + <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_pair1" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" + label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 1"> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> </data> - <data format="fastq" name="unpaired_reads_2" label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (2)"> - <filter> + <data format="fastqsanger" name="trimmed_reads_pair2" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" + label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed reads pair 2"> + <filter>singlePaired['sPaired'] == "paired"</filter> + </data> + + <data format="fastqsanger" name="unpaired_reads_1" from_work_dir="input_mate1_val_1.fq" + label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (1)"> + <filter> (( - params['settingsType'] == "custom" and - params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" + params['settingsType'] == "custom" and + params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and + singlePaired['sPaired'] == "paired" )) - </filter> - <actions> - <action type="format"> - <option type="from_param" name="singlePaired.input_mate1" param_attribute="ext" /> - </action> - </actions> + </filter> + </data> + + <data format="fastqsanger" name="unpaired_reads_2" from_work_dir="input_mate2_val_2.fq" + label="${tool.name} on ${on_string}: unpaired reads (2)"> + <filter> + (( + params['settingsType'] == "custom" and + params['retain_unpaired']['settingsType'] == "retain_unpaired_output" and + singlePaired['sPaired'] == "paired" + )) + </filter> </data> <data format="txt" name="report_file" label="${tool.name} on ${on_string}: report file"> - <filter> + <filter> (( params['settingsType'] == "custom" and params['report'] == True )) - </filter> + </filter> </data> </outputs> <tests> - </tests> + <test> + <!-- Trim entire sequences; keep empty reads --> + <param name="input_singles" value="sanger_full_range_original_sanger.fastqsanger" ftype="fastqsanger" /> + <param name="sPaired" value="single" /> + <param name="settingsType" value="custom" /> + <param name="report" value="true" /> + <output name="trimmed_reads_single" file="sanger_full_range_results1.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <output name="report_file" file="sanger_full_range_report_results1.txt" ftype="txt" lines_diff="2" /> + </test> + + <test> + <!-- Trim entire sequences; keep empty reads --> + <param name="input_mate1" value="bwa-mem-fastq1.fq" ftype="fastqsanger" /> + <param name="input_mate2" value="bwa-mem-fastq2.fq" ftype="fastqsanger" /> + <param name="sPaired" value="paired" /> + <param name="settingsType" value="custom" /> + <param name="report" value="true" /> + <output name="trimmed_reads_pair1" file="paired_example_pair1_results2.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <output name="trimmed_reads_pair2" file="paired_example_pair2_results2.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <output name="report_file" file="paired_example_results2.txt" ftype="txt" lines_diff="8" /> + </test> + <test> + <!-- Trim entire sequences; keep empty reads --> + <param name="input_mate_pairs"> + <collection type="paired"> + <element name="forward" value="bwa-mem-fastq1.fq" /> + <element name="reverse" value="bwa-mem-fastq2.fq" /> + </collection> + </param> + <param name="sPaired" value="paired_collection" /> + <param name="settingsType" value="custom" /> + <param name="report" value="true" /> + <param name="retain_unpaired" value="retain_unpaired_output" /> + + <output name="report_file" file="paired_collection_example_results3.txt" ftype="txt" lines_diff="8" /> + + <output_collection name="trimmed_reads_paired_collection" type="paired"> + <element name="forward" file="paired_collection_example_pair1_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <element name="reverse" file="paired_collection_example_pair2_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + </output_collection> + + <output_collection name="trimmed_reads_unpaired_collection" type="paired"> + <element name="forward" file="paired_collection_example_unpair1_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + <element name="reverse" file="paired_collection_example_unpair2_results3.fastqsanger" ftype="fastqsanger"/> + </output_collection> + </test> + </tests> <help> +<![CDATA[ **What it does** -TrimGalore!_ is a wrapper script that makes use of the publically available +TrimGalore_ is a wrapper script that makes use of the publically available adapter trimming tool Cutadapt. +.. _TrimGalore: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ + -.. _TrimGalore!: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ +It is developed by Felix Krueger at the Babraham Institute. -It is developed by Krueger F at the Babraham Institute. - - - </help> +]]> + </help> </tool>