--- a/rfam.pl	Tue Oct 28 01:35:32 2014 -0400
+++ b/rfam.pl	Thu Oct 30 21:29:19 2014 -0400
@@ -47,7 +47,7 @@
 	$index="$rfam";
 }
 ### genome mapping
-`bowtie -v $mis -f -p $threads -k 1 $index $filein --al rfam_mapped.fa --un rfam_not_mapped.fa > rfam_mapped.bwt`;
+`bowtie -v $mis -f -p $threads -k 1 $index $filein --al rfam_mapped.fa --un rfam_not_mapped.fa > rfam_mapped.bwt 2> run.log`;
 
 sub checkACGT{
 	my $string;