Mercurial > repos > bimib > cobraxy

comparison COBRAxy/flux_to_map.py @ 253:9f54608b776c draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
Uploaded
author francesco_lapi
date Wed, 19 Feb 2025 11:51:07 +0000
parents 6385bb95563d
children 32d015071c5c
comparison
equal deleted inserted replaced
252:6385bb95563d 253:9f54608b776c
866 np.clip(dataset.loc['EX_gln__L_e'].to_numpy(), a_min=None, a_max=0), 866 np.clip(dataset.loc['EX_gln__L_e'].to_numpy(), a_min=None, a_max=0),
867 out=np.full_like(dataset.loc['EX_lac__L_e'].to_numpy(), np.nan), 867 out=np.full_like(dataset.loc['EX_lac__L_e'].to_numpy(), np.nan),
868 where=dataset.loc['EX_gln__L_e'].to_numpy() != 0 868 where=dataset.loc['EX_gln__L_e'].to_numpy() != 0
869 ) 869 )
870 870
871 # Controllo e sostituzione dei NaN con 0 se necessario 871
872 values = {'lact_glc': lact_glc, 'lact_gln': lact_gln, 'lact_o2': lact_o2, 'glu_gln': glu_gln} 872 values = {'lact_glc': lact_glc, 'lact_gln': lact_gln, 'lact_o2': lact_o2, 'glu_gln': glu_gln}
873 873
874 # Sostituzione di inf e NaN con 0 se necessario 874 # Sostituzione di inf e NaN con 0 se necessario
875 for key, value in values.items(): 875 for key in values:
876 values[key] = np.where(np.isinf(value) | np.isnan(value), 0, value) 876 values[key] = np.nan_to_num(values[key], nan=0.0, posinf=0.0, neginf=0.0)
877 877
878 # Creazione delle nuove righe da aggiungere al dataset 878 # Creazione delle nuove righe da aggiungere al dataset
879 new_rows = pd.DataFrame({ 879 new_rows = pd.DataFrame({
880 dataset.index.name: ['LactGlc', 'LactGln', 'LactO2', 'GluGln'], 880 dataset.index.name: ['LactGlc', 'LactGln', 'LactO2', 'GluGln'],
881 **{col: [values['lact_glc'][i], values['lact_gln'][i], values['lact_o2'][i], values['glu_gln'][i]] 881 **{col: [values['lact_glc'][i], values['lact_gln'][i], values['lact_o2'][i], values['glu_gln'][i]]