# HG changeset patch # User luca_milaz # Date 1721492050 0 # Node ID 699cb55d47ad774600166bdcb37b9d96177ab54f # Parent 043d917bd44c4ff466c9d13c3cbae47007066530 Uploaded diff -r 043d917bd44c -r 699cb55d47ad marea_2/local/svg metabolic maps/models/svg metabolic maps/ENGRO2_map.svg --- a/marea_2/local/svg metabolic maps/models/svg metabolic maps/ENGRO2_map.svg Sat Jul 20 16:12:20 2024 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3104 +0,0 @@ - - - - -Thickness is proportional to fold change - - - -= Up regulated - - - -= Up regulated (conflicting data) - - - - -= Not significant - - - - - - -= Not classified - - - - -= Down regulated - - - -= Down regulated (conflicting data) - - - - -= Fold change under threshold - - - -Legend: - - - - - - - -CySS -CySS -Leu -Leu - - - - - - -CySS -CySS -Ala -Ala - - - - - -Ser -Ser -CySS -CySS - - - - - - -CySS -CySS -Glu -Glu - -Palm - - - - - - -Chol - - - - - - - - -Ala -Asp - - - - - - - - - -Arg - - - - - -Glu - - - - - - - - -Ser -Gly - - - - -Asn - - - - - - - - -Tyr - - - - -Cys - - - - -Pro - - - - -Gln - - -His - - -Leu - - -Ile - - -Lys -Met - - -Phe - - -Thr - - -Trp - - - -Val - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -BH4 - - - - - - - -BH2 - - - - - - - - - - - - - - - -O - - - - - -Pi - - - -HO - - - - - - -H - - - - -CO - - - - - - - - - - -hcarn - - - - -4abut - - - - -anth - - - - - - - - -Orn -Arg - -HO - - - -NH - - -Ci -Gly -GA - - - - - - -Creatine -SAM -SAH - - - - - -CreatineP -ATP -ADP - - -Creatinine - -H - - -Pi - - - - - - - - - - - - - - -DHF - - - - - - - -NADP - - - -H - - -NADPH - - -Folate - - - - - - - -NADP - - - -H - - -NADPH - -10formylTHF - - -H - - - -HO - - - - - - - - -HO - - - -NADP - - -NADPH - -CO - - - -H - - -Formate -THF -Pi -ADP - - - - - - -ATP - - - - - - - - -5,10mTHF -5,10meTHF - - - - -NADH - -NAD - - - - - - - -NADPH - -NADP - - - - - - -2 H - -NH - - -5forthf - - - -NADPH - -2 -H - -NADP - -5mTHF - - - - - -Amino acids synthesis / degradation - - - - - -Pentose Phosphate pathway - - - - - -Nucleotide synthesis - - - - - -Fatty acids / Cholesterol synthesis - - - - - -Urea cycle - - - - - -Ammonia detox - - - - - -Biomass - - - - - -Fatty acids β-oxidation - - - - - -Glutathione synthesis - - - - - -Glycolysis / Gluconeogenesis - - - -Ala -AKG -Glu - - - - - -GSSG - -GSH - - -H - - -NADH - -NAD - - - -HO - - -GSH - - -2 HO - - -GSH - - - - -NADP - - -GSH - - -H - - -NADPH - - - - - - - - - -GC -Cys - -ATP - - -Gly -Pi -ADP - - -ATP - - -Glu -Pi -ADP - - - - -Mitochondrial space - - - -Glc -Glc -G6P -F6P -F1,6BP -GA3P -ATP -ADP - -NAD - - -NADH - - - - - - - -ATP -ADP - - - - - -Pi - - - - - -HO - - -Pi - -HO - - -Pi - - - - - - - -1,3BPGA -3PG -2PG -ADP -ATP - - - - - -2,3BPG - -HO - - -Pi - - - - - - - - -PEP - - -Pyr - -ADP -ATP - - -Lact - - -H - - -NADH - -NAD - - - - - - - - - - - - -HO - - - - - -Putr - - - -ametam -5mta - -spermidine - - - -ametam -5mta - -spermine - - - -H - - - -CO - - - -SAM - -5mdr1p - - -5mdru1p - - - - - -HO - - -dkmpp -met - -Gln - -2 H - - -Glu - - - - - -HO - - -ATP -Pi -PPi - - - -SAM - -THF -5mTHF - - - -SAH - - -HO - - -Adenosine - - - - - -Pi -adenine - - - -PRPP -PPi -AMP - - - - -ATP - -H - - -ADP -AMP - - - - -Hcys - - -5mTHF -THF - - - - - - - - - - -HO - - - -O - -Pi - - -2 H - -formate - -2kmb - - - -Glu -AKG - - - - - - -CO - - - -hcarn -ATP -AMP -PPi -His - -2 H - - - - - - - - - -HO - -His - - - -4abutn - - - -HO - - -NAD - - - - - -4abut - - -CO - - -H - - -NADH - - -Glu - - - - - -HO - - - -O - - - -HO - - - -NH - - - - -Putr - - - - - - - -spermine - - - - -spermidine - - - - - -2obut - - - -6Pgl - -NADP - - -NADPH - -H - - -6PDG - -NADP - - -NADPH - -CO - - - -H - - -Ru5P - - -HO - - - - - - - - -AMP -ATP - - -R5P - - - - -Xil5P - - - - -Sed7P -GA3P - - - -F6P -Sed1,7BP -Ery4P -DHAP -ATP -ADP - - - - - - -Ery4P - - - -GA3P -F6P -Xil5P - - - -ADP -ATP -dTTP - - - - - - - -PRPP -Gly -2 10fTHF -2 THF -PPi -4 ADP -Fum -2 Gln -2 Glu -4 ATP -Asp - -HO - - - -CO - - -Asp -2 ATP - -QH - - -2 ADP -Gln -Glu - -HCO - - - -Q - -H - - -PPi - -CO - - -UDP -ATP -ADP -dUDP - -HO - - - - -dUMP -ADP -ATP -dTMP -5,10meTHF -DHF -UTP -CTP -ADP -Pi -ATP - -NH - - -CDP - -HO - - -dCDP -ATP -ADP - - - - - - - - - - - - - - - - - -UMP -GMP -GDP -dGDP - -2 -HO - -AMP -ADP -ADP -ATP - -HO - - -dADP - - - - - - - - -ADP -ATP -dGTP -ADP -ATP - - - - - - -dATP -dCTP -dTDP -4 Pi - - -IMP -2 Pi - - - - - - - -ADP -ATP - - - - - - -ADP -ATP - - - - - - -ADP -ATP - - - - - - - - - - - -GTP -Asp -GDP -Pi -Fum - -NAD - - - -HO - - -ATP - -NH - - -NADH - -H - - -AMP -PPi - - -NADP - - - -NH - - - -H - - -NADPH - - - - - -ADP -ATP - - - - - - - - - - - - - - - - - -ADP -ATP -GTP - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ATP - -HCO - - - - -H - - -ADP -Pi - - - -CoA -AcACP -ACP - - - - - -CO - - - -ACP - - - -MalCoA - -CoA -MalACP -ACP - - - -AcCoA - -HO - - -CoA -AcAcCoA - - - - -PalmCoA -CoA -AMP -PPi -ATP - - -Palm - - -AcAcACP -14 NADPH - -14 NADP - - - -6 HO - - - -6 CO - - -6 MalACP -7 ACP - - -14 H - - - - - -HMGCoA -3 ATP -CoA -2 NADPH - -2 NADP - - -3 ADP - -CO - - -Pi - - - - -2 PPi -fPP -2 ippPP -ippPP - - - - -13 NADPH - -2 -10 O - - -13 NADP - - -2 PPi -formate - -2 CO - - -Chol -fPP - -15 HO - - - - - -16 H - - - -AcCoA - -HMGCoA - - - - - -AcCoA -CoA - - - - - - - -3 -NH - - - - - -Ci - - -3 -NH - - -H - - - - - -HCO - -2 ADP -Pi - - -2 ATP - -Orn - -H - - - -Orn - -H - - - -Ci - -CP -Pi -Orn - - - - - - - - -Pi - -H - - -Pi - - -ATP -ADP -ATP -ADP - - -GTP -GDP -GTP -GDP - - - - -HO - - - -HO - - - - -O - - - -O - - - - - -NADH - -NAD - - - -0.95 QH - - - -4.75 H - - -0.95 Q - -3.8 H - - - -FADH - - -FAD - -QH - - -Q - -2 Cytc-ox -2 Cytc-red -Q - -2 H - - - -QH - - - - -4 H - - -4 Cytc-red -4 Cytc-ox - -2 HO - - - -8 H - - - -O - - - - -GSH -GSH - - - -Pi -Pi - - - -Gly -Gly - -Mal -AKG -AKG - - - -ADP -Pi -ATP - -HO - - - -4 H - - -10-formylTHF -5,10mTHF - -HO - - -5,10meTHF - - - -NADPH - -NADP - - - -H - - -THF - -HO - - - -CO - - - -CO - - - - - - -NADH -NADPH - -NADP - - - -NAD - - - - -H - - - - -H - - - - - -HO - - - -2 HO - - -2 GSH - -O - - - - -O - - - - -2 H - - - -O - - - - -GSSG - - - - -NADH - -H - - - -NAD - - -NADPH - -H - - - -NADP - - - - - - - - - -CO - - - -HCO - - - - - -H - - - -HO - - - - -ADP - - - -Ser -Ser - - - -0.05 O - - - - -0.05 O - - - - - -DHAP -DHAP -FAD - - -FADH - - - -Gly3P -Gly3P - - - - -AcCoA -Pyr - - -NAD - - - -NADP - - -NADH - -CO - - - -H - - - - - - -Pi -ADP - -H - - -ATP - -HCO - - - - -NAD - - -CoA - -2 -CO - - -H - - -NADH - - - - - - - - -NADPH - -H - - - -CO - - - - - - -Pi - - - - - -ATP - - - -Formate - - -Formate - -Formate - - - - - - - - - -H - - - -H - - - -H - - -Mal - -H - - - -OAA -Cit -Isocit -AKG - -NADP - - -SuCoA -Succ -Fum -Mal - -FAD - -FADH - - - -NAD - - - - -HO - - -CoA - - - - -HO - - - - - - - - -NADH - -H - - - - - -GDP -Pi -CoA -GTP - - - - -CoA - -NAD - - - - -NADH - -CO - - - -H - - - - -NADPH - - - -CO - - - -H - - - - - - -NAD - - - -NADH - - - -H - - - -CO - - - - - - - - - - - - - - - - - -NADH - -H - - - -NH - - - -NAD - - - -HO - - -NADPH - -H - - - -NH - - - -NADP - - - -HO - - - - - - - - - - -NADP - - -NADPH - -H - - -DHF - - - - -NADP - - -NADPH - -H - - -Folate - - - - -4 H - - - -4 H - - - -NADH - -H - - - -HO - - - -NAD - - - - - -Gln -Glu - - -Gln - - - -NH - - -Glu - -HO - - - - - -H - - - -H - - - -H - - - -H - - - -Folate - - - -+ -H - -Mal - -Fum - - - -Pi -Pi -Fum - - -GluSA - - - -GluSA - - - - - - - - - - - - - - - - -Val, 3mob, propCoA - - -Leu -Leu - - - - - -Val -Val - - - - - - - - -H - - - -H - - -Lys -Lys - - -3mob -3mob - -H - - - -H - - - - - - -4mop -4mop - -H - - - -H - - - - - - -2oxoadp -2oxoadp - -AKG -AKG - - -propCoA -propCoA - - - - - -5,10meTHF -5,10meTHF - - - - - -AKG -Glu - - - - - - -Asp -Glu - -H - - - -H - - -Glu - - - - -AcAcCoA - - -CoA -2 AcCoA - - - -NADH - -NAD - - - -H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -HMGCoA -Leu, 4mop -Lys, 2oxoadp - -AcCoA - -HO - - -CoA - -H - - - - -HO - - - - - - - - - - - - - - -Ci -Orn -ArgSuc -Arg -Fum - - -HO - - - -Urea - - - - - - - - -3 -NH - - - - -PalmCarn -PalmCarn - - - -Carn -Carn -PalmCoA - - - -Carn -CoA -8 AcCoA -7 FAD - -7 NAD - - -7 CoA - -7 HO - - - - -7 FADH - - -7 NADH - -7 H - - - - - - -H - - - -CO - - - -HCO - - - - - -HO - - - -ADP -Pi - -HO - - -ATP - - - -H - - -PPi -Pi -Pi - -HO - - - - - - -0.01 dTTP -0.01 dATP -0.01 dGTP -0.05 UTP -0.01 dCTP -0.04CTP -0.27 Palm -0.20 Chol - -0.28 G6P - - -20.65 H20 -20.70 ATP - -0.04 GTP -0.36 Arg -0.05 Cys -0.39 Glu -0.35 Asp -0.33 Gln -0.28 Asn -0.29 Ile -0.12 His -0.54 Gly -0.59Lys -0.41 Pro -0.26 Phe -0.15 Met -0.55 Leu -0.01 Trp -0.31Thr -0.16 Tyr -0.35Val -0.39 Ser -0.51 Ala -Biomass -20.65 Pi -20.65ADP -20.65 H - - - - - - - - - -H - - - -NADH - -NAD - - - -Gly3P - - - -GTP - -CO - - -GDP - - - - - - - - - - - - - -AKG -Iso -NADPH - -H - - - -NADP - - - - - - -CO - - - - -ATP -CoA -Pi -ADP - -Cit - - -Mal -Glu - - - -Asp -Fum - - - -NH - - - - - -NADPH - -H - - - -CO - - - -NADP - - - - -OAA - -H - - -NADH - -NAD - - - - - - - - - - -HO - - - - -3PPyr -NADH - -H - - - -NAD - - - - - - - -CySS - -2 GSH -GSSG -2 Cys - - - - -H - - -NADPH -NADP -NADH - -H - - -NAD - - - -HO - - - -NH - - - - -Pyr - - - - - -Asn -AMP -Glu -PPi -ATP -Gln - -HO - - - - -HO - - - -NH - - - - - -Asp - - -P5C -Pro - - - - - -H - - -NADH - -H - - -NADPH - -NAD - - - -NADP - - - -GluSA - -HO - - - - - - - - - - -NH - - -Gln - -HO - - - -NH - - -ATP - - -ADP -Pi - - - -O - - -Trp - - -Lfmkynr - - -formate - -H - - - - - -HO - - - -Glu -urcan - - - -NH - - - -His - - - - -HO - - - - -4izp -forglu - -H - - -5forthf - - -H - -HO - - - - - - -THF - -Lkynr - - -anth - -H - - - -HO - - - - - - - - - - - - - - - -2oxoadp - - - -Thr - - -NH - - - - - - - - - - - - - - - - -2obut -propCoA - - -CoA -NAD -NADH - -CO - - - - - -hgentis - -hpp - - -O - - - -CO - - - - - -4mlacac - - -O - - - -H - - - - - - -4fumacac - - - - - -HO - - - -H - - -Fum -AcAc - - - - -CoA -ATP -PPi -AMP -AcAcCoA - - - -Tyr - - - -AKG -Glu - - -Phe - - - - - - -BH4 -BH2 - -HO - - - -O - - - - - -3mob - -Val - -Glu -AKG - - - - - - - - - - - - - - -4mop - -Leu - -Glu -AKG - - - - - - - - - - - - - - -Cyst -Cys - - -NH - - -2-obut - -HO - - - - - - - - -HO - - -Hcys - - -Gly -THF - -HO - - -5,10meTHF - - - - - -HO - - -Pi - - - - -Ser - -NH - - - - - - - - - -3PSer -Glu -AKG - - - - - - diff -r 043d917bd44c -r 699cb55d47ad marea_2/local/svg metabolic maps/models/svg metabolic maps/HMRcore_map.svg --- a/marea_2/local/svg metabolic maps/models/svg metabolic maps/HMRcore_map.svg Sat Jul 20 16:12:20 2024 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,7702 +0,0 @@ - - - -image/svg+xml= Up regulated -= Down regulated -Legend -= Not classified -= Not significant -= Fold change under threshold -Thickness is proportional to fold change -F6P -F16BP -GA3P -1,3BPGA -3PG -2PG -PEP -Pyr -Lact -ATP -ADP -NAD -+ -Pi -NADH+H -ADP -ATP -ADP -ATP -DHAP -H -2 -O -NAD -6Pgl -NADP -6PDG -NADP -Ru5P -R5P -AMP -ATP -H -2 -O -Xil5P -Sed7P -GA3P -Ery4P -F6P -GA3P -F6P -Xil5P -Sed1,7BP -ATP -ADP -Ery4P -DHAP -PRPP -Gly -2 10-forTHF -2 THF -PPi -4 ADP -Fum -IMP -2 Gln -2 Glu -4 ATP -H -2 -O -CO -2 -GDP -ATP -ADP -ATP -ADP -CoA -AcCoA -OAA -ippPP -fPP -Chol -ATP -HCO -3 -- -H -ADP -Pi -MalCoA -CO -2 -AcAcACP -14NADPH -14NADP -6 H -2 -O -6 CO -2 -Palm -6 MalACP -7 ACP -CoA -MalACP -ACP -CoA -AcACP -ACP -ACP -H -Pi -H -Pi -ATP -ADP -ATP -ADP -GTP -GDP -GTP -GDP -H -2 -O -H -2 -O -O -2 -O -2 -CO -2 -CO -2 -CoA -CoA -NH -3 -NH -3 -AKG -AKG -Pi -OAA -AcCoA -Cit -Isocit -AKG -NADP -NADPH -NAD -NADH -SuCoA -Succ -Fum -Mal -NAD -+ -CoA -GDP -+ -Pi -GTP -+ -CoA -FAD -FADH -2 -NAD -Pyr -H -2 -O -CoA -CO -2 -CO -2 -H -2 -O -Fum -Fum -Pi -Pi -H -H -NAD -QH -2 -5 H -2 Cytc-ox -2 Cytc-red -Q -2H -QH -2 -4 H -4 Cytc-red -4 Cytc-ox -2H -2 -O -8H -O -2 -4 H -CO -2 -HCO -3 -- -H -H -2 -O -Glc -H -2 -O -O -2 -Gln -NH -3 -Folate -Urea -Putr -Lact -H -Glu -Arg -CO -2 -Pi -GA -Asp -2 ATP -QH -2 -2 ADP -UMP -Gln -Glu -HCO -3 -- -Q -H -PPi -UDP -ATP -ADP -dUDP -H -2 -O -dUMP -ADP -ATP -CO -2 -dTMP -meTHF -DHF -UTP -CTP -ADP+Pi -ATP+NH -3 -ATP -ADP -CDP -CMP -H -2 -O -dCDP -3PPyr -NADH -+ -H -NAD -3PSer -Glu -AKG -Ser -H -2 -O -Pi -Gly -THF -Pyr -NH -3 -DHF -Folate -NADP -NADPH -+H -THF -NADP -NADPH -+H -10-formyl -THF -ADP -+ -Pi -for+ATP -NADP -+ -H -2 -O -NADPH+ -H+CO -2 -mTHF -H -meTHF -NADPH -NADP -DHF -Folate -NADP -NADPH+H -THF -NADP -NADPH+H -10-formylTHF -mTHF -H -2 -O -meTHF -NADPH -NADP -OAA -Gln -Glu -NH -3 -H -2 -O -ATP -ADP -NH -3 -Pi -H -H -H -H -Gln -Glu -NH -3 -H -2 -O -NH -3 -Orn -Ci -Ci -ArgSuc -Arg -Orn -Asp -+ -ATP -AMP -+ -PPi -Fum -H -2 -O -Urea -H -Orn -Putr -CO -2 -GluSA -AKG -Glu -GluSA -P5C -H -2 -O -NADH+H -NAD -Pro -NADPH+H -NADP -NADH -+ -H -NAD+H -2 -O -Glu -NAD -+ -H -2 -O -NADH+ -H+NH -3 -NADP -+ -H -2 -O -NADPH+ -H+NH -3 -Ser -Gly -THF -Asp -Asp -H -Glu -H -Glu -Ser -Ser -Gly -Gly -Folate -Folate -Formate -Formate -ATP -H -Orn -H -PPi -Pi -Pi -H -2 -O -CO -2 -HCO -3 -- -H -H -2 -O -Orn -Arg -H -2 -O -NH -3 -Ci -Asn -Glu -+ -AMP -+ -PPi -Gln+ATP+H -2 -O -H -2 -O -NH -3 -Fum -Mal -H -2 -O -OAA -GTP -GDP+CO -2 -Iso -NADPH -AKG -NADP -CO -2 -Fum -NH -3 -Ala -AKG -Glu -Biomass -NADPH+ -H+CO2 -NADPH -+H -NADH -+ -H -NAD -CoA -CO -2 -NADH -H -Mal -Mal -Cit -2 Pi -4 Pi -Pi -CoA -3ADP -2 NADP -Pi -CO2 -2 NADPH -2 H -3 ATP -2 ippPP -2 PPi -fPP -15 H -2 -O -2 PPi -13 NADP -for -2 CO -2 -13 NADPH -16 H -10 O -2 -14 H -ADP -Pi -ATP -HCO -3 -- -H -H -H -NADH -+ -H -+ -CO -2 -NADH+H -NAD -NADH -H -CO -2 -NADP -NADPH -H -CO -2 -H -NAD -NADH -+ -H -Q -NADH -4 H -ADP -ATP -2 H -2 -O -Pi -4 H -4 H -AKG -AKG -Mal -Mal -HCO -3 -- -2 ATP -H -2 ADP -Pi -Pi -H -2 -O -Glu -AKG -Glu -AKG -Asp -AMP -GTP -Asp -Fum -GDP -GMP -NAD -H -2 -O -NADH -H -AMP -ATP -NH -3 -PPi -NADPH -H -NADP -NH -3 -H -2 -O -dGDP -ADP -ATP -ADP -H -2 -O -dADP -ATP -ADP -ADP -G6P -Glc -CoA -AcCoA -AcAcCoA -H -2 -O -AcCoA -CoA -HMGCoA -Pi -ADP -ATP -dGMP -ATP -ADP -dCMP -ATP -ADP -H -2 -O -NADH -NAD -CP -Gly -GA -H -2 -O -formate+ATP -ADP+Pi -AMP+PPi -ATP+CoA -Palm -PalmCoA -CoA -carnitine -PalmCarnitine -carnitine -carnitine -PalmCarnitine -CoA -carnitine -PalmCoA -7 CoA -7 NAD -7 FAD -7 H -2 -O -7 NADH -7 FADH -2 -7 H -8 AcCoA -ATP -ADP -Pi -Orn -H -H -Orn -Orn -Orn -H -H -Arg -Arg -Orn -Orn -H -H -Arg -Arg -Ci -Ci -H -H -Arg -Arg -H -H -Arg -Arg -Ci -Ci -Arg -H -H -Arg -Ci -H -H -Ci -10-formylTHF -carnitine -Palm -ATP -ADP -dAMP -H -2 -O -Pi -H -2 -O -Pi -Cit -TITOLO: TITOLOTITOLO Fold Changemin: max: \ No newline at end of file diff -r 043d917bd44c -r 699cb55d47ad marea_2/local/svg metabolic maps/svg metabolic maps/ENGRO2_map.svg --- a/marea_2/local/svg metabolic maps/svg metabolic maps/ENGRO2_map.svg Sat Jul 20 16:12:20 2024 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3104 +0,0 @@ - - - - -Thickness is proportional to fold change - - - -= Up regulated - - - -= Up regulated (conflicting data) - - - - -= Not significant - - - - - - -= Not classified - - - - -= Down regulated - - - -= Down regulated (conflicting data) - - - - -= Fold change under threshold - - - -Legend: - - - - - - - -CySS -CySS -Leu -Leu - - - - - - -CySS -CySS -Ala -Ala - - - - - -Ser -Ser -CySS -CySS - - - - - - -CySS -CySS -Glu -Glu - -Palm - - - - - - -Chol - - - - - - - - -Ala -Asp - - - - - - - - - -Arg - - - - - -Glu - - - - - - - - -Ser -Gly - - - - -Asn - - - - - - - - -Tyr - - - - -Cys - - - - -Pro - - - - -Gln - - -His - - -Leu - - -Ile - - -Lys -Met - - -Phe - - -Thr - - -Trp - - - -Val - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -BH4 - - - - - - - -BH2 - - - - - - - - - - - - - - - -O - - - - - -Pi - - - -HO - - - - - - -H - - - - -CO - - - - - - - - - - -hcarn - - - - -4abut - - - - -anth - - - - - - - - -Orn -Arg - -HO - - - -NH - - -Ci -Gly -GA - - - - - - -Creatine -SAM -SAH - - - - - -CreatineP -ATP -ADP - - -Creatinine - -H - - -Pi - - - - - - - - - - - - - - -DHF - - - - - - - -NADP - - - -H - - -NADPH - - -Folate - - - - - - - -NADP - - - -H - - -NADPH - -10formylTHF - - -H - - - -HO - - - - - - - - -HO - - - -NADP - - -NADPH - -CO - - - -H - - -Formate -THF -Pi -ADP - - - - - - -ATP - - - - - - - - -5,10mTHF -5,10meTHF - - - - -NADH - -NAD - - - - - - - -NADPH - -NADP - - - - - - -2 H - -NH - - -5forthf - - - -NADPH - -2 -H - -NADP - -5mTHF - - - - - -Amino acids synthesis / degradation - - - - - -Pentose Phosphate pathway - - - - - -Nucleotide synthesis - - - - - -Fatty acids / Cholesterol synthesis - - - - - -Urea cycle - - - - - -Ammonia detox - - - - - -Biomass - - - - - -Fatty acids β-oxidation - - - - - -Glutathione synthesis - - - - - -Glycolysis / Gluconeogenesis - - - -Ala -AKG -Glu - - - - - -GSSG - -GSH - - -H - - -NADH - -NAD - - - -HO - - -GSH - - -2 HO - - -GSH - - - - -NADP - - -GSH - - -H - - -NADPH - - - - - - - - - -GC -Cys - -ATP - - -Gly -Pi -ADP - - -ATP - - -Glu -Pi -ADP - - - - -Mitochondrial space - - - -Glc -Glc -G6P -F6P -F1,6BP -GA3P -ATP -ADP - -NAD - - -NADH - - - - - - - -ATP -ADP - - - - - -Pi - - - - - -HO - - -Pi - -HO - - -Pi - - - - - - - -1,3BPGA -3PG -2PG -ADP -ATP - - - - - -2,3BPG - -HO - - -Pi - - - - - - - - -PEP - - -Pyr - -ADP -ATP - - -Lact - - -H - - -NADH - -NAD - - - - - - - - - - - - -HO - - - - - -Putr - - - -ametam -5mta - -spermidine - - - -ametam -5mta - -spermine - - - -H - - - -CO - - - -SAM - -5mdr1p - - -5mdru1p - - - - - -HO - - -dkmpp -met - -Gln - -2 H - - -Glu - - - - - -HO - - -ATP -Pi -PPi - - - -SAM - -THF -5mTHF - - - -SAH - - -HO - - -Adenosine - - - - - -Pi -adenine - - - -PRPP -PPi -AMP - - - - -ATP - -H - - -ADP -AMP - - - - -Hcys - - -5mTHF -THF - - - - - - - - - - -HO - - - -O - -Pi - - -2 H - -formate - -2kmb - - - -Glu -AKG - - - - - - -CO - - - -hcarn -ATP -AMP -PPi -His - -2 H - - - - - - - - - -HO - -His - - - -4abutn - - - -HO - - -NAD - - - - - -4abut - - -CO - - -H - - -NADH - - -Glu - - - - - -HO - - - -O - - - -HO - - - -NH - - - - -Putr - - - - - - - -spermine - - - - -spermidine - - - - - -2obut - - - -6Pgl - -NADP - - -NADPH - -H - - -6PDG - -NADP - - -NADPH - -CO - - - -H - - -Ru5P - - -HO - - - - - - - - -AMP -ATP - - -R5P - - - - -Xil5P - - - - -Sed7P -GA3P - - - -F6P -Sed1,7BP -Ery4P -DHAP -ATP -ADP - - - - - - -Ery4P - - - -GA3P -F6P -Xil5P - - - -ADP -ATP -dTTP - - - - - - - -PRPP -Gly -2 10fTHF -2 THF -PPi -4 ADP -Fum -2 Gln -2 Glu -4 ATP -Asp - -HO - - - -CO - - -Asp -2 ATP - -QH - - -2 ADP -Gln -Glu - -HCO - - - -Q - -H - - -PPi - -CO - - -UDP -ATP -ADP -dUDP - -HO - - - - -dUMP -ADP -ATP -dTMP -5,10meTHF -DHF -UTP -CTP -ADP -Pi -ATP - -NH - - -CDP - -HO - - -dCDP -ATP -ADP - - - - - - - - - - - - - - - - - -UMP -GMP -GDP -dGDP - -2 -HO - -AMP -ADP -ADP -ATP - -HO - - -dADP - - - - - - - - -ADP -ATP -dGTP -ADP -ATP - - - - - - -dATP -dCTP -dTDP -4 Pi - - -IMP -2 Pi - - - - - - - -ADP -ATP - - - - - - -ADP -ATP - - - - - - -ADP -ATP - - - - - - - - - - - -GTP -Asp -GDP -Pi -Fum - -NAD - - - -HO - - -ATP - -NH - - -NADH - -H - - -AMP -PPi - - -NADP - - - -NH - - - -H - - -NADPH - - - - - -ADP -ATP - - - - - - - - - - - - - - - - - -ADP -ATP -GTP - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ATP - -HCO - - - - -H - - -ADP -Pi - - - -CoA -AcACP -ACP - - - - - -CO - - - -ACP - - - -MalCoA - -CoA -MalACP -ACP - - - -AcCoA - -HO - - -CoA -AcAcCoA - - - - -PalmCoA -CoA -AMP -PPi -ATP - - -Palm - - -AcAcACP -14 NADPH - -14 NADP - - - -6 HO - - - -6 CO - - -6 MalACP -7 ACP - - -14 H - - - - - -HMGCoA -3 ATP -CoA -2 NADPH - -2 NADP - - -3 ADP - -CO - - -Pi - - - - -2 PPi -fPP -2 ippPP -ippPP - - - - -13 NADPH - -2 -10 O - - -13 NADP - - -2 PPi -formate - -2 CO - - -Chol -fPP - -15 HO - - - - - -16 H - - - -AcCoA - -HMGCoA - - - - - -AcCoA -CoA - - - - - - - -3 -NH - - - - - -Ci - - -3 -NH - - -H - - - - - -HCO - -2 ADP -Pi - - -2 ATP - -Orn - -H - - - -Orn - -H - - - -Ci - -CP -Pi -Orn - - - - - - - - -Pi - -H - - -Pi - - -ATP -ADP -ATP -ADP - - -GTP -GDP -GTP -GDP - - - - -HO - - - -HO - - - - -O - - - -O - - - - - -NADH - -NAD - - - -0.95 QH - - - -4.75 H - - -0.95 Q - -3.8 H - - - -FADH - - -FAD - -QH - - -Q - -2 Cytc-ox -2 Cytc-red -Q - -2 H - - - -QH - - - - -4 H - - -4 Cytc-red -4 Cytc-ox - -2 HO - - - -8 H - - - -O - - - - -GSH -GSH - - - -Pi -Pi - - - -Gly -Gly - -Mal -AKG -AKG - - - -ADP -Pi -ATP - -HO - - - -4 H - - -10-formylTHF -5,10mTHF - -HO - - -5,10meTHF - - - -NADPH - -NADP - - - -H - - -THF - -HO - - - -CO - - - -CO - - - - - - -NADH -NADPH - -NADP - - - -NAD - - - - -H - - - - -H - - - - - -HO - - - -2 HO - - -2 GSH - -O - - - - -O - - - - -2 H - - - -O - - - - -GSSG - - - - -NADH - -H - - - -NAD - - -NADPH - -H - - - -NADP - - - - - - - - - -CO - - - -HCO - - - - - -H - - - -HO - - - - -ADP - - - -Ser -Ser - - - -0.05 O - - - - -0.05 O - - - - - -DHAP -DHAP -FAD - - -FADH - - - -Gly3P -Gly3P - - - - -AcCoA -Pyr - - -NAD - - - -NADP - - -NADH - -CO - - - -H - - - - - - -Pi -ADP - -H - - -ATP - -HCO - - - - -NAD - - -CoA - -2 -CO - - -H - - -NADH - - - - - - - - -NADPH - -H - - - -CO - - - - - - -Pi - - - - - -ATP - - - -Formate - - -Formate - -Formate - - - - - - - - - -H - - - -H - - - -H - - -Mal - -H - - - -OAA -Cit -Isocit -AKG - -NADP - - -SuCoA -Succ -Fum -Mal - -FAD - -FADH - - - -NAD - - - - -HO - - -CoA - - - - -HO - - - - - - - - -NADH - -H - - - - - -GDP -Pi -CoA -GTP - - - - -CoA - -NAD - - - - -NADH - -CO - - - -H - - - - -NADPH - - - -CO - - - -H - - - - - - -NAD - - - -NADH - - - -H - - - -CO - - - - - - - - - - - - - - - - - -NADH - -H - - - -NH - - - -NAD - - - -HO - - -NADPH - -H - - - -NH - - - -NADP - - - -HO - - - - - - - - - - -NADP - - -NADPH - -H - - -DHF - - - - -NADP - - -NADPH - -H - - -Folate - - - - -4 H - - - -4 H - - - -NADH - -H - - - -HO - - - -NAD - - - - - -Gln -Glu - - -Gln - - - -NH - - -Glu - -HO - - - - - -H - - - -H - - - -H - - - -H - - - -Folate - - - -+ -H - -Mal - -Fum - - - -Pi -Pi -Fum - - -GluSA - - - -GluSA - - - - - - - - - - - - - - - - -Val, 3mob, propCoA - - -Leu -Leu - - - - - -Val -Val - - - - - - - - -H - - - -H - - -Lys -Lys - - -3mob -3mob - -H - - - -H - - - - - - -4mop -4mop - -H - - - -H - - - - - - -2oxoadp -2oxoadp - -AKG -AKG - - -propCoA -propCoA - - - - - -5,10meTHF -5,10meTHF - - - - - -AKG -Glu - - - - - - -Asp -Glu - -H - - - -H - - -Glu - - - - -AcAcCoA - - -CoA -2 AcCoA - - - -NADH - -NAD - - - -H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -HMGCoA -Leu, 4mop -Lys, 2oxoadp - -AcCoA - -HO - - -CoA - -H - - - - -HO - - - - - - - - - - - - - - -Ci -Orn -ArgSuc -Arg -Fum - - -HO - - - -Urea - - - - - - - - -3 -NH - - - - -PalmCarn -PalmCarn - - - -Carn -Carn -PalmCoA - - - -Carn -CoA -8 AcCoA -7 FAD - -7 NAD - - -7 CoA - -7 HO - - - - -7 FADH - - -7 NADH - -7 H - - - - - - -H - - - -CO - - - -HCO - - - - - -HO - - - -ADP -Pi - -HO - - -ATP - - - -H - - -PPi -Pi -Pi - -HO - - - - - - -0.01 dTTP -0.01 dATP -0.01 dGTP -0.05 UTP -0.01 dCTP -0.04CTP -0.27 Palm -0.20 Chol - -0.28 G6P - - -20.65 H20 -20.70 ATP - -0.04 GTP -0.36 Arg -0.05 Cys -0.39 Glu -0.35 Asp -0.33 Gln -0.28 Asn -0.29 Ile -0.12 His -0.54 Gly -0.59Lys -0.41 Pro -0.26 Phe -0.15 Met -0.55 Leu -0.01 Trp -0.31Thr -0.16 Tyr -0.35Val -0.39 Ser -0.51 Ala -Biomass -20.65 Pi -20.65ADP -20.65 H - - - - - - - - - -H - - - -NADH - -NAD - - - -Gly3P - - - -GTP - -CO - - -GDP - - - - - - - - - - - - - -AKG -Iso -NADPH - -H - - - -NADP - - - - - - -CO - - - - -ATP -CoA -Pi -ADP - -Cit - - -Mal -Glu - - - -Asp -Fum - - - -NH - - - - - -NADPH - -H - - - -CO - - - -NADP - - - - -OAA - -H - - -NADH - -NAD - - - - - - - - - - -HO - - - - -3PPyr -NADH - -H - - - -NAD - - - - - - - -CySS - -2 GSH -GSSG -2 Cys - - - - -H - - -NADPH -NADP -NADH - -H - - -NAD - - - -HO - - - -NH - - - - -Pyr - - - - - -Asn -AMP -Glu -PPi -ATP -Gln - -HO - - - - -HO - - - -NH - - - - - -Asp - - -P5C -Pro - - - - - -H - - -NADH - -H - - -NADPH - -NAD - - - -NADP - - - -GluSA - -HO - - - - - - - - - - -NH - - -Gln - -HO - - - -NH - - -ATP - - -ADP -Pi - - - -O - - -Trp - - -Lfmkynr - - -formate - -H - - - - - -HO - - - -Glu -urcan - - - -NH - - - -His - - - - -HO - - - - -4izp -forglu - -H - - -5forthf - - -H - -HO - - - - - - -THF - -Lkynr - - -anth - -H - - - -HO - - - - - - - - - - - - - - - -2oxoadp - - - -Thr - - -NH - - - - - - - - - - - - - - - - -2obut -propCoA - - -CoA -NAD -NADH - -CO - - - - - -hgentis - -hpp - - -O - - - -CO - - - - - -4mlacac - - -O - - - -H - - - - - - -4fumacac - - - - - -HO - - - -H - - -Fum -AcAc - - - - -CoA -ATP -PPi -AMP -AcAcCoA - - - -Tyr - - - -AKG -Glu - - -Phe - - - - - - -BH4 -BH2 - -HO - - - -O - - - - - -3mob - -Val - -Glu -AKG - - - - - - - - - - - - - - -4mop - -Leu - -Glu -AKG - - - - - - - - - - - - - - -Cyst -Cys - - -NH - - -2-obut - -HO - - - - - - - - -HO - - -Hcys - - -Gly -THF - -HO - - -5,10meTHF - - - - - -HO - - -Pi - - - - -Ser - -NH - - - - - - - - - -3PSer -Glu -AKG - - - - - - diff -r 043d917bd44c -r 699cb55d47ad marea_2/local/svg metabolic maps/svg metabolic maps/HMRcore_map.svg --- a/marea_2/local/svg metabolic maps/svg metabolic maps/HMRcore_map.svg Sat Jul 20 16:12:20 2024 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,7702 +0,0 @@ - - - -image/svg+xml= Up regulated -= Down regulated -Legend -= Not classified -= Not significant -= Fold change under threshold -Thickness is proportional to fold change -F6P -F16BP -GA3P -1,3BPGA -3PG -2PG -PEP -Pyr -Lact -ATP -ADP -NAD -+ -Pi -NADH+H -ADP -ATP -ADP -ATP -DHAP -H -2 -O -NAD -6Pgl -NADP -6PDG -NADP -Ru5P -R5P -AMP -ATP -H -2 -O -Xil5P -Sed7P -GA3P -Ery4P -F6P -GA3P -F6P -Xil5P -Sed1,7BP -ATP -ADP -Ery4P -DHAP -PRPP -Gly -2 10-forTHF -2 THF -PPi -4 ADP -Fum -IMP -2 Gln -2 Glu -4 ATP -H -2 -O -CO -2 -GDP -ATP -ADP -ATP -ADP -CoA -AcCoA -OAA -ippPP -fPP -Chol -ATP -HCO -3 -- -H -ADP -Pi -MalCoA -CO -2 -AcAcACP -14NADPH -14NADP -6 H -2 -O -6 CO -2 -Palm -6 MalACP -7 ACP -CoA -MalACP -ACP -CoA -AcACP -ACP -ACP -H -Pi -H -Pi -ATP -ADP -ATP -ADP -GTP -GDP -GTP -GDP -H -2 -O -H -2 -O -O -2 -O -2 -CO -2 -CO -2 -CoA -CoA -NH -3 -NH -3 -AKG -AKG -Pi -OAA -AcCoA -Cit -Isocit -AKG -NADP -NADPH -NAD -NADH -SuCoA -Succ -Fum -Mal -NAD -+ -CoA -GDP -+ -Pi -GTP -+ -CoA -FAD -FADH -2 -NAD -Pyr -H -2 -O -CoA -CO -2 -CO -2 -H -2 -O -Fum -Fum -Pi -Pi -H -H -NAD -QH -2 -5 H -2 Cytc-ox -2 Cytc-red -Q -2H -QH -2 -4 H -4 Cytc-red -4 Cytc-ox -2H -2 -O -8H -O -2 -4 H -CO -2 -HCO -3 -- -H -H -2 -O -Glc -H -2 -O -O -2 -Gln -NH -3 -Folate -Urea -Putr -Lact -H -Glu -Arg -CO -2 -Pi -GA -Asp -2 ATP -QH -2 -2 ADP -UMP -Gln -Glu -HCO -3 -- -Q -H -PPi -UDP -ATP -ADP -dUDP -H -2 -O -dUMP -ADP -ATP -CO -2 -dTMP -meTHF -DHF -UTP -CTP -ADP+Pi -ATP+NH -3 -ATP -ADP -CDP -CMP -H -2 -O -dCDP -3PPyr -NADH -+ -H -NAD -3PSer -Glu -AKG -Ser -H -2 -O -Pi -Gly -THF -Pyr -NH -3 -DHF -Folate -NADP -NADPH -+H -THF -NADP -NADPH -+H -10-formyl -THF -ADP -+ -Pi -for+ATP -NADP -+ -H -2 -O -NADPH+ -H+CO -2 -mTHF -H -meTHF -NADPH -NADP -DHF -Folate -NADP -NADPH+H -THF -NADP -NADPH+H -10-formylTHF -mTHF -H -2 -O -meTHF -NADPH -NADP -OAA -Gln -Glu -NH -3 -H -2 -O -ATP -ADP -NH -3 -Pi -H -H -H -H -Gln -Glu -NH -3 -H -2 -O -NH -3 -Orn -Ci -Ci -ArgSuc -Arg -Orn -Asp -+ -ATP -AMP -+ -PPi -Fum -H -2 -O -Urea -H -Orn -Putr -CO -2 -GluSA -AKG -Glu -GluSA -P5C -H -2 -O -NADH+H -NAD -Pro -NADPH+H -NADP -NADH -+ -H -NAD+H -2 -O -Glu -NAD -+ -H -2 -O -NADH+ -H+NH -3 -NADP -+ -H -2 -O -NADPH+ -H+NH -3 -Ser -Gly -THF -Asp -Asp -H -Glu -H -Glu -Ser -Ser -Gly -Gly -Folate -Folate -Formate -Formate -ATP -H -Orn -H -PPi -Pi -Pi -H -2 -O -CO -2 -HCO -3 -- -H -H -2 -O -Orn -Arg -H -2 -O -NH -3 -Ci -Asn -Glu -+ -AMP -+ -PPi -Gln+ATP+H -2 -O -H -2 -O -NH -3 -Fum -Mal -H -2 -O -OAA -GTP -GDP+CO -2 -Iso -NADPH -AKG -NADP -CO -2 -Fum -NH -3 -Ala -AKG -Glu -Biomass -NADPH+ -H+CO2 -NADPH -+H -NADH -+ -H -NAD -CoA -CO -2 -NADH -H -Mal -Mal -Cit -2 Pi -4 Pi -Pi -CoA -3ADP -2 NADP -Pi -CO2 -2 NADPH -2 H -3 ATP -2 ippPP -2 PPi -fPP -15 H -2 -O -2 PPi -13 NADP -for -2 CO -2 -13 NADPH -16 H -10 O -2 -14 H -ADP -Pi -ATP -HCO -3 -- -H -H -H -NADH -+ -H -+ -CO -2 -NADH+H -NAD -NADH -H -CO -2 -NADP -NADPH -H -CO -2 -H -NAD -NADH -+ -H -Q -NADH -4 H -ADP -ATP -2 H -2 -O -Pi -4 H -4 H -AKG -AKG -Mal -Mal -HCO -3 -- -2 ATP -H -2 ADP -Pi -Pi -H -2 -O -Glu -AKG -Glu -AKG -Asp -AMP -GTP -Asp -Fum -GDP -GMP -NAD -H -2 -O -NADH -H -AMP -ATP -NH -3 -PPi -NADPH -H -NADP -NH -3 -H -2 -O -dGDP -ADP -ATP -ADP -H -2 -O -dADP -ATP -ADP -ADP -G6P -Glc -CoA -AcCoA -AcAcCoA -H -2 -O -AcCoA -CoA -HMGCoA -Pi -ADP -ATP -dGMP -ATP -ADP -dCMP -ATP -ADP -H -2 -O -NADH -NAD -CP -Gly -GA -H -2 -O -formate+ATP -ADP+Pi -AMP+PPi -ATP+CoA -Palm -PalmCoA -CoA -carnitine -PalmCarnitine -carnitine -carnitine -PalmCarnitine -CoA -carnitine -PalmCoA -7 CoA -7 NAD -7 FAD -7 H -2 -O -7 NADH -7 FADH -2 -7 H -8 AcCoA -ATP -ADP -Pi -Orn -H -H -Orn -Orn -Orn -H -H -Arg -Arg -Orn -Orn -H -H -Arg -Arg -Ci -Ci -H -H -Arg -Arg -H -H -Arg -Arg -Ci -Ci -Arg -H -H -Arg -Ci -H -H -Ci -10-formylTHF -carnitine -Palm -ATP -ADP -dAMP -H -2 -O -Pi -H -2 -O -Pi -Cit -TITOLO: TITOLOTITOLO Fold Changemin: max: \ No newline at end of file