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view test-data/input_bcell_command_line.txt @ 1:57555f63bbd3 draft
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input: 5C0N_A Chain A of Development of a therapeutic monoclonal antibody that targets secreted fatty acid-binding protein aP2 to treat type 2 diabetes. 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complex with MERS Co-V RBD Position Residue Score Assignment 0 V 0.269 E 1 E 0.332 E 2 C 0.394 E 3 D 0.452 E 4 F 0.519 E 5 S 0.526 E 6 P 0.542 E 7 L 0.539 E 8 L 0.532 E 9 S 0.525 E 10 G 0.525 E 11 T 0.519 E 12 P 0.523 E 13 P 0.513 E 14 Q 0.501 E 15 V 0.501 E 16 Y 0.503 E 17 N 0.505 E 18 F 0.505 E 19 K 0.493 E 20 R 0.489 E 21 L 0.495 E 22 V 0.501 E 23 F 0.521 E 24 T 0.531 E 25 N 0.544 E 26 C 0.542 E 27 N 0.548 E 28 Y 0.565 E 29 N 0.561 E 30 L 0.559 E 31 T 0.560 E 32 K 0.548 E 33 L 0.552 E 34 L 0.550 E 35 S 0.556 E 36 L 0.569 E 37 F 0.566 E 38 S 0.579 E 39 V 0.580 E 40 N 0.571 E 41 D 0.576 E 42 F 0.573 E 43 T 0.564 E 44 C 0.569 E 45 S 0.551 E 46 Q 0.542 E 47 I 0.538 E 48 S 0.518 E 49 P 0.512 E 50 A 0.513 E 51 A 0.511 E 52 I 0.522 E 53 A 0.530 E 54 S 0.545 E 55 N 0.554 E 56 C 0.562 E 57 Y 0.570 E 58 S 0.577 E 59 S 0.567 E 60 L 0.558 E 61 I 0.547 E 62 L 0.536 E 63 D 0.531 E 64 Y 0.519 E 65 F 0.515 E 66 S 0.525 E 67 Y 0.536 E 68 P 0.549 E 69 L 0.562 E 70 S 0.572 E 71 M 0.582 E 72 K 0.593 E 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Score Assignment 0 R 0.182 E 1 S 0.223 E 2 T 0.268 E 3 T 0.291 E 4 L 0.316 E 5 L 0.313 E 6 A 0.310 E 7 L 0.295 E 8 L 0.285 E 9 A 0.279 E 10 L 0.269 E 11 V 0.252 E 12 L 0.251 E 13 L 0.266 E 14 Y 0.276 E 15 L 0.291 E 16 V 0.313 E 17 S 0.324 E 18 G 0.309 E 19 A 0.328 E 20 L 0.351 E 21 V 0.358 E 22 F 0.366 E 23 R 0.398 E 24 A 0.426 E 25 L 0.440 E 26 E 0.464 E 27 Q 0.507 E 28 P 0.524 E 29 H 0.533 E 30 E 0.572 E 31 Q 0.593 E 32 Q 0.591 E 33 A 0.574 E 34 Q 0.574 E 35 R 0.572 E 36 E 0.572 E 37 L 0.566 E 38 G 0.575 E 39 E 0.566 E 40 V 0.537 E 41 R 0.528 E 42 E 0.548 E 43 K 0.549 E 44 F 0.545 E 45 L 0.541 E 46 R 0.542 E 47 A 0.536 E 48 H 0.541 E 49 P 0.567 E 50 C 0.572 E 51 V 0.584 E 52 S 0.577 E 53 D 0.583 E 54 Q 0.577 E 55 E 0.550 E 56 L 0.533 E 57 G 0.526 E 58 L 0.507 E 59 L 0.471 E 60 I 0.444 E 61 K 0.443 E 62 E 0.432 E 63 V 0.416 E 64 A 0.443 E 65 D 0.455 E 66 A 0.463 E 67 L 0.473 E 68 G 0.514 E 69 G 0.532 E 70 G 0.553 E 71 A 0.588 E 72 D 0.623 E 73 P 0.631 E 74 E 0.647 E 75 T 0.651 E 76 S 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0.585 E 150 L 0.604 E 151 K 0.606 E 152 W 0.617 E 153 H 0.628 E 154 V 0.644 E 155 P 0.648 E 156 P 0.664 E 157 E 0.648 E 158 L 0.642 E 159 V 0.638 E 160 R 0.630 E 161 V 0.627 E 162 L 0.619 E 163 S 0.607 E 164 A 0.604 E 165 M 0.569 E 166 L 0.564 E 167 F 0.532 E 168 L 0.493 E 169 L 0.466 E 170 I 0.433 E 171 G 0.401 E 172 C 0.356 E 173 L 0.305 E 174 L 0.282 E 175 F 0.261 E 176 V 0.255 E 177 L 0.261 E 178 T 0.262 E 179 P 0.263 E 180 T 0.271 E 181 F 0.304 E 182 V 0.342 E 183 F 0.379 E 184 C 0.420 E 185 Y 0.445 E 186 M 0.481 E 187 E 0.509 E 188 D 0.532 E 189 W 0.540 E 190 S 0.528 E 191 K 0.515 E 192 L 0.470 E 193 E 0.427 E 194 A 0.393 E 195 I 0.352 E 196 Y 0.320 E 197 F 0.288 E 198 V 0.262 E 199 V 0.253 E 200 T 0.243 E 201 L 0.258 E 202 T 0.280 E 203 T 0.318 E 204 V 0.345 E 205 G 0.372 E 206 F 0.404 E 207 G 0.431 E 208 D 0.459 E 209 Y 0.488 E 210 V 0.513 E 211 A 0.538 E 212 G 0.559 E 213 A 0.578 E 214 D 0.591 E 215 P 0.602 E 216 R 0.624 E 217 Q 0.639 E 218 D 0.638 E 219 S 0.631 E 220 P 0.607 E 221 A 0.579 E 222 Y 0.545 E 223 Q 0.519 E 224 P 0.487 E 225 L 0.446 E 226 V 0.400 E 227 W 0.365 E 228 F 0.329 E 229 W 0.304 E 230 I 0.282 E 231 L 0.281 E 232 L 0.288 E 233 G 0.281 E 234 L 0.274 E 235 A 0.285 E 236 Y 0.293 E 237 F 0.317 E 238 A 0.339 E 239 S 0.367 E 240 V 0.360 E 241 L 0.349 E 242 T 0.374 E 243 T 0.406 E 244 I 0.403 E 245 G 0.427 E 246 N 0.435 E 247 W 0.426 E 248 L 0.372 E 249 R 0.337 E 250 V 0.296 E 251 V 0.243 E input: 4WFF_B Chain B of Human TRAAK K+ channel in a K+ bound nonconductive conformation Position Residue Score Assignment 0 R 0.185 E 1 S 0.226 E 2 T 0.274 E 3 T 0.297 E 4 L 0.323 E 5 L 0.319 E 6 A 0.314 E 7 L 0.300 E 8 L 0.291 E 9 A 0.286 E 10 L 0.275 E 11 V 0.255 E 12 L 0.253 E 13 L 0.269 E 14 Y 0.281 E 15 L 0.297 E 16 V 0.318 E 17 S 0.327 E 18 G 0.314 E 19 A 0.333 E 20 L 0.360 E 21 V 0.368 E 22 F 0.375 E 23 R 0.406 E 24 A 0.438 E 25 L 0.455 E 26 E 0.484 E 27 Q 0.526 E 28 P 0.543 E 29 H 0.551 E 30 E 0.589 E 31 Q 0.610 E 32 Q 0.609 E 33 A 0.586 E 34 Q 0.581 E 35 R 0.576 E 36 E 0.577 E 37 L 0.570 E 38 G 0.581 E 39 E 0.575 E 40 V 0.548 E 41 R 0.528 E 42 E 0.551 E 43 K 0.552 E 44 F 0.546 E 45 L 0.537 E 46 R 0.538 E 47 A 0.531 E 48 H 0.534 E 49 P 0.556 E 50 C 0.569 E 51 V 0.578 E 52 S 0.573 E 53 D 0.577 E 54 Q 0.575 E 55 E 0.546 E 56 L 0.520 E 57 G 0.509 E 58 L 0.490 E 59 L 0.456 E 60 I 0.426 E 61 K 0.424 E 62 E 0.413 E 63 V 0.393 E 64 A 0.418 E 65 D 0.436 E 66 A 0.444 E 67 L 0.442 E 68 G 0.480 E 69 G 0.503 E 70 G 0.523 E 71 A 0.552 E 72 D 0.591 E 73 P 0.618 E 74 E 0.634 E 75 T 0.649 E 76 Q 0.682 E 77 S 0.682 E 78 S 0.684 E 79 H 0.673 E 80 S 0.651 E 81 A 0.632 E 82 W 0.607 E 83 D 0.587 E 84 L 0.553 E 85 G 0.535 E 86 S 0.516 E 87 A 0.482 E 88 F 0.458 E 89 F 0.434 E 90 F 0.403 E 91 S 0.371 E 92 G 0.349 E 93 T 0.357 E 94 I 0.350 E 95 I 0.355 E 96 T 0.375 E 97 T 0.405 E 98 I 0.441 E 99 G 0.478 E 100 Y 0.524 E 101 G 0.569 E 102 N 0.598 E 103 V 0.602 E 104 A 0.619 E 105 L 0.623 E 106 R 0.621 E 107 T 0.616 E 108 D 0.603 E 109 A 0.576 E 110 G 0.541 E 111 R 0.497 E 112 L 0.463 E 113 F 0.425 E 114 C 0.390 E 115 I 0.347 E 116 F 0.316 E 117 Y 0.294 E 118 A 0.282 E 119 L 0.284 E 120 V 0.287 E 121 G 0.299 E 122 I 0.300 E 123 P 0.313 E 124 L 0.324 E 125 F 0.329 E 126 G 0.338 E 127 I 0.352 E 128 L 0.362 E 129 L 0.381 E 130 A 0.403 E 131 G 0.440 E 132 V 0.464 E 133 G 0.484 E 134 D 0.501 E 135 R 0.524 E 136 L 0.538 E 137 G 0.553 E 138 S 0.555 E 139 S 0.555 E 140 L 0.549 E 141 R 0.542 E 142 H 0.547 E 143 G 0.553 E 144 I 0.563 E 145 G 0.564 E 146 H 0.573 E 147 I 0.590 E 148 E 0.593 E 149 A 0.602 E 150 I 0.616 E 151 F 0.629 E 152 L 0.644 E 153 K 0.637 E 154 W 0.641 E 155 H 0.642 E 156 V 0.640 E 157 P 0.649 E 158 P 0.665 E 159 E 0.654 E 160 L 0.645 E 161 V 0.631 E 162 R 0.619 E 163 V 0.598 E 164 L 0.577 E 165 S 0.557 E 166 A 0.548 E 167 M 0.522 E 168 L 0.533 E 169 F 0.527 E 170 L 0.529 E 171 L 0.545 E 172 I 0.559 E 173 G 0.562 E 174 C 0.549 E 175 L 0.517 E 176 L 0.485 E 177 F 0.447 E 178 V 0.429 E 179 L 0.411 E 180 T 0.391 E 181 P 0.387 E 182 T 0.387 E 183 F 0.407 E 184 V 0.438 E 185 F 0.471 E 186 C 0.503 E 187 Y 0.524 E 188 M 0.538 E 189 E 0.543 E 190 D 0.530 E 191 W 0.526 E 192 S 0.505 E 193 K 0.479 E 194 L 0.454 E 195 E 0.413 E 196 A 0.371 E 197 I 0.335 E 198 Y 0.302 E 199 F 0.281 E 200 V 0.254 E 201 I 0.255 E 202 V 0.260 E 203 T 0.267 E 204 L 0.287 E 205 T 0.318 E 206 T 0.355 E 207 V 0.387 E 208 G 0.421 E 209 F 0.451 E 210 G 0.461 E 211 D 0.478 E 212 Y 0.493 E 213 V 0.513 E 214 A 0.538 E 215 G 0.558 E 216 A 0.578 E 217 D 0.592 E 218 P 0.604 E 219 R 0.626 E 220 Q 0.640 E 221 D 0.637 E 222 S 0.628 E 223 P 0.603 E 224 A 0.572 E 225 Y 0.538 E 226 Q 0.511 E 227 P 0.480 E 228 L 0.441 E 229 V 0.398 E 230 W 0.368 E 231 F 0.337 E 232 W 0.312 E 233 I 0.289 E 234 L 0.289 E 235 L 0.297 E 236 G 0.288 E 237 L 0.279 E 238 A 0.286 E 239 Y 0.290 E 240 F 0.304 E 241 A 0.325 E 242 S 0.350 E 243 V 0.349 E 244 L 0.335 E 245 T 0.357 E 246 T 0.390 E 247 I 0.397 E 248 G 0.413 E 249 N 0.374 E 250 W 0.329 E 251 L 0.278 E 252 R 0.237 E input: 4Z5R_A Chain A of Rontalizumab Fab bound to Interferon-a2 Position Residue Score Assignment 0 L 0.257 E 1 G 0.312 E 2 S 0.367 E 3 R 0.427 E 4 R 0.476 E 5 T 0.462 E 6 L 0.471 E 7 M 0.472 E 8 L 0.444 E 9 L 0.458 E 10 A 0.472 E 11 Q 0.484 E 12 M 0.492 E 13 R 0.505 E 14 K 0.544 E 15 I 0.553 E 16 S 0.552 E 17 L 0.588 E 18 F 0.578 E 19 S 0.571 E 20 C 0.572 E 21 L 0.575 E 22 K 0.579 E 23 D 0.564 E 24 R 0.569 E 25 H 0.568 E 26 D 0.555 E 27 F 0.552 E 28 G 0.550 E 29 F 0.542 E 30 P 0.533 E 31 Q 0.542 E 32 E 0.554 E 33 E 0.562 E 34 F 0.583 E 35 G 0.602 E 36 N 0.603 E 37 Q 0.605 E 38 F 0.608 E 39 Q 0.600 E 40 K 0.568 E 41 A 0.552 E 42 E 0.509 E 43 T 0.464 E 44 I 0.439 E 45 P 0.414 E 46 V 0.378 E 47 L 0.349 E 48 H 0.343 E 49 E 0.352 E 50 M 0.338 E 51 I 0.355 E 52 Q 0.391 E 53 Q 0.377 E 54 I 0.377 E 55 F 0.409 E 56 N 0.438 E 57 L 0.461 E 58 F 0.491 E 59 S 0.535 E 60 T 0.563 E 61 K 0.575 E 62 D 0.604 E 63 S 0.621 E 64 S 0.624 E 65 A 0.626 E 66 A 0.617 E 67 W 0.593 E 68 D 0.556 E 69 E 0.530 E 70 T 0.517 E 71 L 0.479 E 72 L 0.478 E 73 D 0.467 E 74 K 0.449 E 75 F 0.417 E 76 Y 0.426 E 77 T 0.442 E 78 E 0.443 E 79 L 0.434 E 80 Y 0.463 E 81 Q 0.468 E 82 Q 0.458 E 83 L 0.484 E 84 N 0.508 E 85 D 0.476 E 86 L 0.476 E 87 E 0.482 E 88 A 0.497 E 89 C 0.502 E 90 V 0.512 E 91 I 0.535 E 92 Q 0.528 E 93 G 0.538 E 94 M 0.560 E 95 K 0.568 E 96 E 0.570 E 97 D 0.560 E 98 S 0.531 E 99 I 0.524 E 100 L 0.525 E 101 A 0.513 E 102 V 0.486 E 103 R 0.482 E 104 K 0.480 E 105 Y 0.455 E 106 F 0.456 E 107 Q 0.486 E 108 R 0.476 E 109 I 0.444 E 110 T 0.444 E 111 L 0.468 E 112 Y 0.480 E 113 L 0.472 E 114 K 0.495 E 115 E 0.491 E 116 K 0.480 E 117 K 0.481 E 118 Y 0.485 E 119 S 0.475 E 120 P 0.463 E 121 C 0.445 E 122 A 0.414 E 123 W 0.402 E 124 E 0.394 E 125 V 0.384 E 126 V 0.362 E 127 R 0.389 E 128 A 0.398 E 129 E 0.387 E 130 I 0.370 E 131 M 0.400 E 132 R 0.411 E 133 S 0.405 E 134 F 0.423 E 135 S 0.446 E 136 L 0.429 E 137 S 0.432 E 138 T 0.446 E 139 N 0.468 E 140 L 0.447 E 141 Q 0.392 E 142 E 0.355 E 143 S 0.294 E 144 L 0.242 E