Mercurial > repos > brasset_jensen > srnapipe
comparison sRNAPipe.xml @ 72:b140b740f828 draft
"planemo upload for repository https://github.com/GReD-Clermont/sRNAPipe/ commit e90f8c18f63f21f99b1a0fc9c381290f3fd31e16"
author | brasset_jensen |
---|---|
date | Tue, 30 Jun 2020 06:38:36 -0400 |
parents | 71d5983dd41e |
children | e19192b12af7 |
comparison
equal
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71:71d5983dd41e | 72:b140b740f828 |
---|---|
88 --snRNAs '$snrnas.snrnas.source.file' | 88 --snRNAs '$snrnas.snrnas.source.file' |
89 --build_snRNAs | 89 --build_snRNAs |
90 #else | 90 #else |
91 --snRNAs '$snrnas.snrnas.source.indices.fields.path' | 91 --snRNAs '$snrnas.snrnas.source.indices.fields.path' |
92 #end if | 92 #end if |
93 #else | |
94 --snRNAs "None" | |
93 #end if | 95 #end if |
94 | 96 |
95 #if str($rrnas.rrnas.use_ref) == 'true' | 97 #if str($rrnas.rrnas.use_ref) == 'true' |
96 #if str($rrnas.rrnas.source.source) == "history" | 98 #if str($rrnas.rrnas.source.source) == "history" |
97 --rRNAs '$rrnas.rrnas.source.file' | 99 --rRNAs '$rrnas.rrnas.source.file' |
98 --build_rRNAs | 100 --build_rRNAs |
99 #else | 101 #else |
100 --rRNAs '$rrnas.rrnas.source.indices.fields.path' | 102 --rRNAs '$rrnas.rrnas.source.indices.fields.path' |
101 #end if | 103 #end if |
104 #else | |
105 --rRNAs "None" | |
102 #end if | 106 #end if |
103 | 107 |
104 #if str($trnas.trnas.use_ref) == 'true' | 108 #if str($trnas.trnas.use_ref) == 'true' |
105 #if str($trnas.trnas.source.source) == "history" | 109 #if str($trnas.trnas.source.source) == "history" |
106 --tRNAs '$trnas.trnas.source.file' | 110 --tRNAs '$trnas.trnas.source.file' |
107 --build_tRNAs | 111 --build_tRNAs |
108 #else | 112 #else |
109 --tRNAs '$trnas.trnas.source.indices.fields.path' | 113 --tRNAs '$trnas.trnas.source.indices.fields.path' |
110 #end if | 114 #end if |
115 #else | |
116 --tRNAs "None" | |
111 #end if | 117 #end if |
112 | 118 |
113 --si_min $sirna.si_min | 119 --si_min $sirna.si_min |
114 --si_max $sirna.si_max | 120 --si_max $sirna.si_max |
115 --pi_min $pirna.pi_min | 121 --pi_min $pirna.pi_min |