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diff test-data/base_GMX.itp @ 0:79c856227ff1 draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit f6acbf6f5875904c5b0c69445da0bf44932611c6"
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/base_GMX.itp Tue Nov 30 10:00:44 2021 +0000 @@ -0,0 +1,218 @@ +; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-03-22T14:36:00UTC) on Fri May 31 15:21:44 2019 + +[ atomtypes ] +;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb + c3 c3 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91 0.1094 + ca ca 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + oh oh 0.00000 0.00000 A 3.06647e-01 8.80314e-01 ; 1.72 0.2104 + hc hc 0.00000 0.00000 A 2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49 0.0157 + ha ha 0.00000 0.00000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46 0.0150 + ho ho 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000 + +[ moleculetype ] +;name nrexcl + base 3 + +[ atoms ] +; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type + 1 c3 1 JZ4 C4 1 -0.093100 12.01000 ; qtot -0.093 + 2 ca 1 JZ4 C7 2 -0.162000 12.01000 ; qtot -0.255 + 3 ca 1 JZ4 C8 3 -0.095000 12.01000 ; qtot -0.350 + 4 ca 1 JZ4 C9 4 -0.211000 12.01000 ; qtot -0.561 + 5 ca 1 JZ4 C10 5 0.124100 12.01000 ; qtot -0.437 + 6 ca 1 JZ4 C11 6 -0.099000 12.01000 ; qtot -0.536 + 7 ca 1 JZ4 C12 7 -0.098300 12.01000 ; qtot -0.634 + 8 c3 1 JZ4 C13 8 -0.032100 12.01000 ; qtot -0.666 + 9 c3 1 JZ4 C14 9 -0.075400 12.01000 ; qtot -0.742 + 10 oh 1 JZ4 OAB 10 -0.500101 16.00000 ; qtot -1.242 + 11 hc 1 JZ4 H 11 0.032700 1.00800 ; qtot -1.209 + 12 hc 1 JZ4 H1 12 0.032700 1.00800 ; qtot -1.177 + 13 hc 1 JZ4 H2 13 0.032700 1.00800 ; qtot -1.144 + 14 ha 1 JZ4 H3 14 0.133000 1.00800 ; qtot -1.011 + 15 ha 1 JZ4 H4 15 0.132000 1.00800 ; qtot -0.879 + 16 ha 1 JZ4 H5 16 0.132000 1.00800 ; qtot -0.747 + 17 ha 1 JZ4 H6 17 0.134000 1.00800 ; qtot -0.613 + 18 hc 1 JZ4 H7 18 0.055700 1.00800 ; qtot -0.557 + 19 hc 1 JZ4 H8 19 0.055700 1.00800 ; qtot -0.501 + 20 hc 1 JZ4 H9 20 0.041700 1.00800 ; qtot -0.460 + 21 hc 1 JZ4 H10 21 0.041700 1.00800 ; qtot -0.418 + 22 ho 1 JZ4 H11 22 0.418000 1.00800 ; qtot -0.000 + +[ bonds ] +; ai aj funct r k + 1 9 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C4 - C14 + 1 11 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C4 - H + 1 12 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C4 - H1 + 1 13 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C4 - H2 + 2 3 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C7 - C8 + 2 6 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C7 - C11 + 2 14 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C7 - H3 + 3 4 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C8 - C9 + 3 15 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C8 - H4 + 4 5 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C9 - C10 + 4 16 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C9 - H5 + 5 7 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C10 - C12 + 5 10 1 1.3637e-01 3.2133e+05 ; C10 - OAB + 6 7 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C11 - C12 + 6 17 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C11 - H6 + 7 8 1 1.5156e-01 2.6861e+05 ; C12 - C13 + 8 9 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C13 - C14 + 8 18 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C13 - H7 + 8 19 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C13 - H8 + 9 20 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C14 - H9 + 9 21 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C14 - H10 + 10 22 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; OAB - H11 + +[ pairs ] +; ai aj funct + 1 7 1 ; C4 - C12 + 1 18 1 ; C4 - H7 + 1 19 1 ; C4 - H8 + 2 5 1 ; C7 - C10 + 2 8 1 ; C7 - C13 + 2 16 1 ; C7 - H5 + 3 7 1 ; C8 - C12 + 3 10 1 ; C8 - OAB + 3 17 1 ; C8 - H6 + 4 6 1 ; C9 - C11 + 4 8 1 ; C9 - C13 + 4 14 1 ; C9 - H3 + 4 22 1 ; C9 - H11 + 5 9 1 ; C10 - C14 + 5 15 1 ; C10 - H4 + 5 17 1 ; C10 - H6 + 5 18 1 ; C10 - H7 + 5 19 1 ; C10 - H8 + 6 9 1 ; C11 - C14 + 6 10 1 ; C11 - OAB + 6 15 1 ; C11 - H4 + 6 18 1 ; C11 - H7 + 6 19 1 ; C11 - H8 + 7 14 1 ; C12 - H3 + 7 16 1 ; C12 - H5 + 7 20 1 ; C12 - H9 + 7 21 1 ; C12 - H10 + 7 22 1 ; C12 - H11 + 8 10 1 ; C13 - OAB + 8 17 1 ; C13 - H6 + 10 16 1 ; OAB - H5 + 11 8 1 ; H - C13 + 11 20 1 ; H - H9 + 11 21 1 ; H - H10 + 12 8 1 ; H1 - C13 + 12 20 1 ; H1 - H9 + 12 21 1 ; H1 - H10 + 13 8 1 ; H2 - C13 + 13 20 1 ; H2 - H9 + 13 21 1 ; H2 - H10 + 14 15 1 ; H3 - H4 + 14 17 1 ; H3 - H6 + 15 16 1 ; H4 - H5 + 18 20 1 ; H7 - H9 + 18 21 1 ; H7 - H10 + 19 20 1 ; H8 - H9 + 19 21 1 ; H8 - H10 + +[ angles ] +; ai aj ak funct theta cth + 1 9 8 1 1.1151e+02 5.2635e+02 ; C4 - C14 - C13 + 1 9 20 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C4 - C14 - H9 + 1 9 21 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C4 - C14 - H10 + 2 3 4 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C7 - C8 - C9 + 2 3 15 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; 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H8- C13- C14- H10 + +[ dihedrals ] ; impropers +; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function +; i j k l func phase kd pn + 2 4 3 15 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C9- C8- H4 + 2 7 6 17 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C12- C11- H6 + 3 5 4 16 4 180.00 4.60240 2 ; C8- C10- C9- H5 + 3 6 2 14 4 180.00 4.60240 2 ; C8- C11- C7- H3 + 4 7 5 10 4 180.00 4.60240 2 ; C9- C12- C10- OAB + 5 6 7 8 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C11- C12- C13