diff test-data/base_GMX.itp @ 1:a0099ea2ef8b draft

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date Thu, 13 Jun 2019 06:15:51 -0400
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+
+[ pairs ]
+;   ai     aj    funct
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+
+[ angles ]
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+     9      8     18      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;    C14 - C13    - H7    
+     9      8     19      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;    C14 - C13    - H8    
+    11      1     12      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;      H - C4     - H1    
+    11      1     13      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;      H - C4     - H2    
+    12      1     13      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;     H1 - C4     - H2    
+    18      8     19      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;     H7 - C13    - H8    
+    20      9     21      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;     H9 - C14    - H10   
+
+[ dihedrals ] ; propers
+; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
+;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
+     1      9      8      7      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-   C14-   C13-   C12
+     1      9      8     18      9     0.00   0.66944   3 ;     C4-   C14-   C13-    H7
+     1      9      8     19      9     0.00   0.66944   3 ;     C4-   C14-   C13-    H8
+     2      3      4      5      9   180.00  15.16700   2 ;     C7-    C8-    C9-   C10
+     2      3      4     16      9   180.00  15.16700   2 ;     C7-    C8-    C9-    H5
+     2      6      7      5      9   180.00  15.16700   2 ;     C7-   C11-   C12-   C10
+     2      6      7      8      9   180.00  15.16700   2 ;     C7-   C11-   C12-   C13
+     3      2      6      7      9   180.00  15.16700   2 ;     C8-    C7-   C11-   C12
+     3      2      6     17      9   180.00  15.16700   2 ;     C8-    C7-   C11-    H6
+     3      4      5      7      9   180.00  15.16700   2 ;     C8-    C9-   C10-   C12
+     3      4      5     10      9   180.00  15.16700   2 ;     C8-    C9-   C10-   OAB
+     4      3      2      6      9   180.00  15.16700   2 ;     C9-    C8-    C7-   C11
+     4      3      2     14      9   180.00  15.16700   2 ;     C9-    C8-    C7-    H3
+     4      5      7      6      9   180.00  15.16700   2 ;     C9-   C10-   C12-   C11
+     4      5      7      8      9   180.00  15.16700   2 ;     C9-   C10-   C12-   C13
+     4      5     10     22      9   180.00   3.76560   2 ;     C9-   C10-   OAB-   H11
+     5      4      3     15      9   180.00  15.16700   2 ;    C10-    C9-    C8-    H4
+     5      7      6     17      9   180.00  15.16700   2 ;    C10-   C12-   C11-    H6
+     5      7      8      9      9     0.00   0.00000   0 ;    C10-   C12-   C13-   C14
+     5      7      8     18      9     0.00   0.00000   0 ;    C10-   C12-   C13-    H7
+     5      7      8     19      9     0.00   0.00000   0 ;    C10-   C12-   C13-    H8
+     6      2      3     15      9   180.00  15.16700   2 ;    C11-    C7-    C8-    H4
+     6      7      5     10      9   180.00  15.16700   2 ;    C11-   C12-   C10-   OAB
+     6      7      8      9      9     0.00   0.00000   0 ;    C11-   C12-   C13-   C14
+     6      7      8     18      9     0.00   0.00000   0 ;    C11-   C12-   C13-    H7
+     6      7      8     19      9     0.00   0.00000   0 ;    C11-   C12-   C13-    H8
+     7      5      4     16      9   180.00  15.16700   2 ;    C12-   C10-    C9-    H5
+     7      5     10     22      9   180.00   3.76560   2 ;    C12-   C10-   OAB-   H11
+     7      6      2     14      9   180.00  15.16700   2 ;    C12-   C11-    C7-    H3
+     7      8      9     20      9     0.00   0.65084   3 ;    C12-   C13-   C14-    H9
+     7      8      9     21      9     0.00   0.65084   3 ;    C12-   C13-   C14-   H10
+     8      7      5     10      9   180.00  15.16700   2 ;    C13-   C12-   C10-   OAB
+     8      7      6     17      9   180.00  15.16700   2 ;    C13-   C12-   C11-    H6
+    10      5      4     16      9   180.00  15.16700   2 ;    OAB-   C10-    C9-    H5
+    11      1      9      8      9     0.00   0.66944   3 ;      H-    C4-   C14-   C13
+    11      1      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;      H-    C4-   C14-    H9
+    11      1      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;      H-    C4-   C14-   H10
+    12      1      9      8      9     0.00   0.66944   3 ;     H1-    C4-   C14-   C13
+    12      1      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;     H1-    C4-   C14-    H9
+    12      1      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;     H1-    C4-   C14-   H10
+    13      1      9      8      9     0.00   0.66944   3 ;     H2-    C4-   C14-   C13
+    13      1      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;     H2-    C4-   C14-    H9
+    13      1      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;     H2-    C4-   C14-   H10
+    14      2      3     15      9   180.00  15.16700   2 ;     H3-    C7-    C8-    H4
+    14      2      6     17      9   180.00  15.16700   2 ;     H3-    C7-   C11-    H6
+    15      3      4     16      9   180.00  15.16700   2 ;     H4-    C8-    C9-    H5
+    18      8      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;     H7-   C13-   C14-    H9
+    18      8      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;     H7-   C13-   C14-   H10
+    19      8      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;     H8-   C13-   C14-    H9
+    19      8      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;     H8-   C13-   C14-   H10
+
+[ dihedrals ] ; impropers
+; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
+;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
+     2      4      3     15      4   180.00   4.60240   2 ;     C7-    C9-    C8-    H4
+     2      7      6     17      4   180.00   4.60240   2 ;     C7-   C12-   C11-    H6
+     3      5      4     16      4   180.00   4.60240   2 ;     C8-   C10-    C9-    H5
+     3      6      2     14      4   180.00   4.60240   2 ;     C8-   C11-    C7-    H3
+     4      7      5     10      4   180.00   4.60240   2 ;     C9-   C12-   C10-   OAB
+     5      6      7      8      4   180.00   4.60240   2 ;    C10-   C11-   C12-   C13