view test-data/base_GMX.itp @ 11:26876112c25b draft

"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit 7583aecdb001e76ca6ddf440f60de4c534f61c66"
author chemteam
date Mon, 20 Sep 2021 09:47:50 +0000
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; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-03-22T14:36:00UTC) on Fri May 31 15:21:44 2019

[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
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 ho       ho          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000

[ moleculetype ]
;name            nrexcl
 base             3

[ atoms ]
;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
     1   c3     1   JZ4    C4    1    -0.093100     12.01000 ; qtot -0.093
     2   ca     1   JZ4    C7    2    -0.162000     12.01000 ; qtot -0.255
     3   ca     1   JZ4    C8    3    -0.095000     12.01000 ; qtot -0.350
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     5   ca     1   JZ4   C10    5     0.124100     12.01000 ; qtot -0.437
     6   ca     1   JZ4   C11    6    -0.099000     12.01000 ; qtot -0.536
     7   ca     1   JZ4   C12    7    -0.098300     12.01000 ; qtot -0.634
     8   c3     1   JZ4   C13    8    -0.032100     12.01000 ; qtot -0.666
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    13   hc     1   JZ4    H2   13     0.032700      1.00800 ; qtot -1.144
    14   ha     1   JZ4    H3   14     0.133000      1.00800 ; qtot -1.011
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    17   ha     1   JZ4    H6   17     0.134000      1.00800 ; qtot -0.613
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    22   ho     1   JZ4   H11   22     0.418000      1.00800 ; qtot -0.000

[ bonds ]
;   ai     aj funct   r             k
     1      9   1    1.5375e-01    2.5179e+05 ;     C4 - C14   
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     1     13   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;     C4 - H2    
     2      3   1    1.3984e-01    3.8585e+05 ;     C7 - C8    
     2      6   1    1.3984e-01    3.8585e+05 ;     C7 - C11   
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     3      4   1    1.3984e-01    3.8585e+05 ;     C8 - C9    
     3     15   1    1.0860e-01    2.8937e+05 ;     C8 - H4    
     4      5   1    1.3984e-01    3.8585e+05 ;     C9 - C10   
     4     16   1    1.0860e-01    2.8937e+05 ;     C9 - H5    
     5      7   1    1.3984e-01    3.8585e+05 ;    C10 - C12   
     5     10   1    1.3637e-01    3.2133e+05 ;    C10 - OAB   
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     8      9   1    1.5375e-01    2.5179e+05 ;    C13 - C14   
     8     18   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C13 - H7    
     8     19   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C13 - H8    
     9     20   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C14 - H9    
     9     21   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;    C14 - H10   
    10     22   1    9.7300e-02    3.1079e+05 ;    OAB - H11   

[ pairs ]
;   ai     aj    funct
     1      7      1 ;     C4 - C12   
     1     18      1 ;     C4 - H7    
     1     19      1 ;     C4 - H8    
     2      5      1 ;     C7 - C10   
     2      8      1 ;     C7 - C13   
     2     16      1 ;     C7 - H5    
     3      7      1 ;     C8 - C12   
     3     10      1 ;     C8 - OAB   
     3     17      1 ;     C8 - H6    
     4      6      1 ;     C9 - C11   
     4      8      1 ;     C9 - C13   
     4     14      1 ;     C9 - H3    
     4     22      1 ;     C9 - H11   
     5      9      1 ;    C10 - C14   
     5     15      1 ;    C10 - H4    
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     5     18      1 ;    C10 - H7    
     5     19      1 ;    C10 - H8    
     6      9      1 ;    C11 - C14   
     6     10      1 ;    C11 - OAB   
     6     15      1 ;    C11 - H4    
     6     18      1 ;    C11 - H7    
     6     19      1 ;    C11 - H8    
     7     14      1 ;    C12 - H3    
     7     16      1 ;    C12 - H5    
     7     20      1 ;    C12 - H9    
     7     21      1 ;    C12 - H10   
     7     22      1 ;    C12 - H11   
     8     10      1 ;    C13 - OAB   
     8     17      1 ;    C13 - H6    
    10     16      1 ;    OAB - H5    
    11      8      1 ;      H - C13   
    11     20      1 ;      H - H9    
    11     21      1 ;      H - H10   
    12      8      1 ;     H1 - C13   
    12     20      1 ;     H1 - H9    
    12     21      1 ;     H1 - H10   
    13      8      1 ;     H2 - C13   
    13     20      1 ;     H2 - H9    
    13     21      1 ;     H2 - H10   
    14     15      1 ;     H3 - H4    
    14     17      1 ;     H3 - H6    
    15     16      1 ;     H4 - H5    
    18     20      1 ;     H7 - H9    
    18     21      1 ;     H7 - H10   
    19     20      1 ;     H8 - H9    
    19     21      1 ;     H8 - H10   

[ angles ]
;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
     1      9      8      1    1.1151e+02    5.2635e+02 ;     C4 - C14    - C13   
     1      9     20      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;     C4 - C14    - H9    
     1      9     21      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;     C4 - C14    - H10   
     2      3      4      1    1.2002e+02    5.5731e+02 ;     C7 - C8     - C9    
     2      3     15      1    1.1988e+02    4.0334e+02 ;     C7 - C8     - H4    
     2      6      7      1    1.2002e+02    5.5731e+02 ;     C7 - C11    - C12   
     2      6     17      1    1.1988e+02    4.0334e+02 ;     C7 - C11    - H6    
     3      2      6      1    1.2002e+02    5.5731e+02 ;     C8 - C7     - C11   
     3      2     14      1    1.1988e+02    4.0334e+02 ;     C8 - C7     - H3    
     3      4      5      1    1.2002e+02    5.5731e+02 ;     C8 - C9     - C10   
     3      4     16      1    1.1988e+02    4.0334e+02 ;     C8 - C9     - H5    
     4      3     15      1    1.1988e+02    4.0334e+02 ;     C9 - C8     - H4    
     4      5      7      1    1.2002e+02    5.5731e+02 ;     C9 - C10    - C12   
     4      5     10      1    1.1990e+02    5.8158e+02 ;     C9 - C10    - OAB   
     5      4     16      1    1.1988e+02    4.0334e+02 ;    C10 - C9     - H5    
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     5      7      8      1    1.2077e+02    5.3137e+02 ;    C10 - C12    - C13   
     5     10     22      1    1.0858e+02    4.1003e+02 ;    C10 - OAB    - H11   
     6      2     14      1    1.1988e+02    4.0334e+02 ;    C11 - C7     - H3    
     6      7      8      1    1.2077e+02    5.3137e+02 ;    C11 - C12    - C13   
     7      5     10      1    1.1990e+02    5.8158e+02 ;    C12 - C10    - OAB   
     7      6     17      1    1.1988e+02    4.0334e+02 ;    C12 - C11    - H6    
     7      8      9      1    1.1207e+02    5.2802e+02 ;    C12 - C13    - C14   
     7      8     18      1    1.1047e+02    3.9162e+02 ;    C12 - C13    - H7    
     7      8     19      1    1.1047e+02    3.9162e+02 ;    C12 - C13    - H8    
     8      9     20      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;    C13 - C14    - H9    
     8      9     21      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;    C13 - C14    - H10   
     9      1     11      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;    C14 - C4     - H     
     9      1     12      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;    C14 - C4     - H1    
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     9      8     18      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;    C14 - C13    - H7    
     9      8     19      1    1.0980e+02    3.8744e+02 ;    C14 - C13    - H8    
    11      1     12      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;      H - C4     - H1    
    11      1     13      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;      H - C4     - H2    
    12      1     13      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;     H1 - C4     - H2    
    18      8     19      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;     H7 - C13    - H8    
    20      9     21      1    1.0758e+02    3.2970e+02 ;     H9 - C14    - H10   

[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     1      9      8      7      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-   C14-   C13-   C12
     1      9      8     18      9     0.00   0.66944   3 ;     C4-   C14-   C13-    H7
     1      9      8     19      9     0.00   0.66944   3 ;     C4-   C14-   C13-    H8
     2      3      4      5      9   180.00  15.16700   2 ;     C7-    C8-    C9-   C10
     2      3      4     16      9   180.00  15.16700   2 ;     C7-    C8-    C9-    H5
     2      6      7      5      9   180.00  15.16700   2 ;     C7-   C11-   C12-   C10
     2      6      7      8      9   180.00  15.16700   2 ;     C7-   C11-   C12-   C13
     3      2      6      7      9   180.00  15.16700   2 ;     C8-    C7-   C11-   C12
     3      2      6     17      9   180.00  15.16700   2 ;     C8-    C7-   C11-    H6
     3      4      5      7      9   180.00  15.16700   2 ;     C8-    C9-   C10-   C12
     3      4      5     10      9   180.00  15.16700   2 ;     C8-    C9-   C10-   OAB
     4      3      2      6      9   180.00  15.16700   2 ;     C9-    C8-    C7-   C11
     4      3      2     14      9   180.00  15.16700   2 ;     C9-    C8-    C7-    H3
     4      5      7      6      9   180.00  15.16700   2 ;     C9-   C10-   C12-   C11
     4      5      7      8      9   180.00  15.16700   2 ;     C9-   C10-   C12-   C13
     4      5     10     22      9   180.00   3.76560   2 ;     C9-   C10-   OAB-   H11
     5      4      3     15      9   180.00  15.16700   2 ;    C10-    C9-    C8-    H4
     5      7      6     17      9   180.00  15.16700   2 ;    C10-   C12-   C11-    H6
     5      7      8      9      9     0.00   0.00000   0 ;    C10-   C12-   C13-   C14
     5      7      8     18      9     0.00   0.00000   0 ;    C10-   C12-   C13-    H7
     5      7      8     19      9     0.00   0.00000   0 ;    C10-   C12-   C13-    H8
     6      2      3     15      9   180.00  15.16700   2 ;    C11-    C7-    C8-    H4
     6      7      5     10      9   180.00  15.16700   2 ;    C11-   C12-   C10-   OAB
     6      7      8      9      9     0.00   0.00000   0 ;    C11-   C12-   C13-   C14
     6      7      8     18      9     0.00   0.00000   0 ;    C11-   C12-   C13-    H7
     6      7      8     19      9     0.00   0.00000   0 ;    C11-   C12-   C13-    H8
     7      5      4     16      9   180.00  15.16700   2 ;    C12-   C10-    C9-    H5
     7      5     10     22      9   180.00   3.76560   2 ;    C12-   C10-   OAB-   H11
     7      6      2     14      9   180.00  15.16700   2 ;    C12-   C11-    C7-    H3
     7      8      9     20      9     0.00   0.65084   3 ;    C12-   C13-   C14-    H9
     7      8      9     21      9     0.00   0.65084   3 ;    C12-   C13-   C14-   H10
     8      7      5     10      9   180.00  15.16700   2 ;    C13-   C12-   C10-   OAB
     8      7      6     17      9   180.00  15.16700   2 ;    C13-   C12-   C11-    H6
    10      5      4     16      9   180.00  15.16700   2 ;    OAB-   C10-    C9-    H5
    11      1      9      8      9     0.00   0.66944   3 ;      H-    C4-   C14-   C13
    11      1      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;      H-    C4-   C14-    H9
    11      1      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;      H-    C4-   C14-   H10
    12      1      9      8      9     0.00   0.66944   3 ;     H1-    C4-   C14-   C13
    12      1      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;     H1-    C4-   C14-    H9
    12      1      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;     H1-    C4-   C14-   H10
    13      1      9      8      9     0.00   0.66944   3 ;     H2-    C4-   C14-   C13
    13      1      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;     H2-    C4-   C14-    H9
    13      1      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;     H2-    C4-   C14-   H10
    14      2      3     15      9   180.00  15.16700   2 ;     H3-    C7-    C8-    H4
    14      2      6     17      9   180.00  15.16700   2 ;     H3-    C7-   C11-    H6
    15      3      4     16      9   180.00  15.16700   2 ;     H4-    C8-    C9-    H5
    18      8      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;     H7-   C13-   C14-    H9
    18      8      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;     H7-   C13-   C14-   H10
    19      8      9     20      9     0.00   0.62760   3 ;     H8-   C13-   C14-    H9
    19      8      9     21      9     0.00   0.62760   3 ;     H8-   C13-   C14-   H10

[ dihedrals ] ; impropers
; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     2      4      3     15      4   180.00   4.60240   2 ;     C7-    C9-    C8-    H4
     2      7      6     17      4   180.00   4.60240   2 ;     C7-   C12-   C11-    H6
     3      5      4     16      4   180.00   4.60240   2 ;     C8-   C10-    C9-    H5
     3      6      2     14      4   180.00   4.60240   2 ;     C8-   C11-    C7-    H3
     4      7      5     10      4   180.00   4.60240   2 ;     C9-   C12-   C10-   OAB
     5      6      7      8      4   180.00   4.60240   2 ;    C10-   C11-   C12-   C13