Mercurial > repos > chemteam > ambertools_parmchk2
view test-data/base_GMX.itp @ 14:ecc43bf27a49 draft default tip
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit def3e8d4a983ab47ceedde678f585b54c79bb8d1"
| author | chemteam |
|---|---|
| date | Thu, 27 Jan 2022 17:19:33 +0000 |
| parents | a0099ea2ef8b |
| children |
line wrap: on
line source
; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-03-22T14:36:00UTC) on Fri May 31 15:21:44 2019 [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb c3 c3 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91 0.1094 ca ca 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 oh oh 0.00000 0.00000 A 3.06647e-01 8.80314e-01 ; 1.72 0.2104 hc hc 0.00000 0.00000 A 2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49 0.0157 ha ha 0.00000 0.00000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46 0.0150 ho ho 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000 [ moleculetype ] ;name nrexcl base 3 [ atoms ] ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type 1 c3 1 JZ4 C4 1 -0.093100 12.01000 ; qtot -0.093 2 ca 1 JZ4 C7 2 -0.162000 12.01000 ; qtot -0.255 3 ca 1 JZ4 C8 3 -0.095000 12.01000 ; qtot -0.350 4 ca 1 JZ4 C9 4 -0.211000 12.01000 ; qtot -0.561 5 ca 1 JZ4 C10 5 0.124100 12.01000 ; qtot -0.437 6 ca 1 JZ4 C11 6 -0.099000 12.01000 ; qtot -0.536 7 ca 1 JZ4 C12 7 -0.098300 12.01000 ; qtot -0.634 8 c3 1 JZ4 C13 8 -0.032100 12.01000 ; qtot -0.666 9 c3 1 JZ4 C14 9 -0.075400 12.01000 ; qtot -0.742 10 oh 1 JZ4 OAB 10 -0.500101 16.00000 ; qtot -1.242 11 hc 1 JZ4 H 11 0.032700 1.00800 ; qtot -1.209 12 hc 1 JZ4 H1 12 0.032700 1.00800 ; qtot -1.177 13 hc 1 JZ4 H2 13 0.032700 1.00800 ; qtot -1.144 14 ha 1 JZ4 H3 14 0.133000 1.00800 ; qtot -1.011 15 ha 1 JZ4 H4 15 0.132000 1.00800 ; qtot -0.879 16 ha 1 JZ4 H5 16 0.132000 1.00800 ; qtot -0.747 17 ha 1 JZ4 H6 17 0.134000 1.00800 ; qtot -0.613 18 hc 1 JZ4 H7 18 0.055700 1.00800 ; qtot -0.557 19 hc 1 JZ4 H8 19 0.055700 1.00800 ; qtot -0.501 20 hc 1 JZ4 H9 20 0.041700 1.00800 ; qtot -0.460 21 hc 1 JZ4 H10 21 0.041700 1.00800 ; qtot -0.418 22 ho 1 JZ4 H11 22 0.418000 1.00800 ; qtot -0.000 [ bonds ] ; ai aj funct r k 1 9 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C4 - C14 1 11 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C4 - H 1 12 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C4 - H1 1 13 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C4 - H2 2 3 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C7 - C8 2 6 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C7 - C11 2 14 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C7 - H3 3 4 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C8 - C9 3 15 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C8 - H4 4 5 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C9 - C10 4 16 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C9 - H5 5 7 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C10 - C12 5 10 1 1.3637e-01 3.2133e+05 ; C10 - OAB 6 7 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C11 - C12 6 17 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C11 - H6 7 8 1 1.5156e-01 2.6861e+05 ; C12 - C13 8 9 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C13 - C14 8 18 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C13 - H7 8 19 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C13 - H8 9 20 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C14 - H9 9 21 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C14 - H10 10 22 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; OAB - H11 [ pairs ] ; ai aj funct 1 7 1 ; C4 - C12 1 18 1 ; C4 - H7 1 19 1 ; C4 - H8 2 5 1 ; C7 - C10 2 8 1 ; C7 - C13 2 16 1 ; C7 - H5 3 7 1 ; C8 - C12 3 10 1 ; C8 - OAB 3 17 1 ; C8 - H6 4 6 1 ; C9 - C11 4 8 1 ; C9 - C13 4 14 1 ; C9 - H3 4 22 1 ; C9 - H11 5 9 1 ; C10 - C14 5 15 1 ; C10 - H4 5 17 1 ; C10 - H6 5 18 1 ; C10 - H7 5 19 1 ; C10 - H8 6 9 1 ; C11 - C14 6 10 1 ; C11 - OAB 6 15 1 ; C11 - H4 6 18 1 ; C11 - H7 6 19 1 ; C11 - H8 7 14 1 ; C12 - H3 7 16 1 ; C12 - H5 7 20 1 ; C12 - H9 7 21 1 ; C12 - H10 7 22 1 ; C12 - H11 8 10 1 ; C13 - OAB 8 17 1 ; C13 - H6 10 16 1 ; OAB - H5 11 8 1 ; H - C13 11 20 1 ; H - H9 11 21 1 ; H - H10 12 8 1 ; H1 - C13 12 20 1 ; H1 - H9 12 21 1 ; H1 - H10 13 8 1 ; H2 - C13 13 20 1 ; H2 - H9 13 21 1 ; H2 - H10 14 15 1 ; H3 - H4 14 17 1 ; H3 - H6 15 16 1 ; H4 - H5 18 20 1 ; H7 - H9 18 21 1 ; H7 - H10 19 20 1 ; H8 - H9 19 21 1 ; H8 - H10 [ angles ] ; ai aj ak funct theta cth 1 9 8 1 1.1151e+02 5.2635e+02 ; C4 - C14 - C13 1 9 20 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C4 - C14 - H9 1 9 21 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C4 - C14 - H10 2 3 4 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C7 - C8 - C9 2 3 15 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C7 - C8 - H4 2 6 7 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C7 - C11 - C12 2 6 17 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C7 - C11 - H6 3 2 6 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C8 - C7 - C11 3 2 14 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C8 - C7 - H3 3 4 5 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C8 - C9 - C10 3 4 16 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C8 - C9 - H5 4 3 15 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C9 - C8 - H4 4 5 7 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C9 - C10 - C12 4 5 10 1 1.1990e+02 5.8158e+02 ; C9 - C10 - OAB 5 4 16 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C10 - C9 - H5 5 7 6 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C10 - C12 - C11 5 7 8 1 1.2077e+02 5.3137e+02 ; C10 - C12 - C13 5 10 22 1 1.0858e+02 4.1003e+02 ; C10 - OAB - H11 6 2 14 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C11 - C7 - H3 6 7 8 1 1.2077e+02 5.3137e+02 ; C11 - C12 - C13 7 5 10 1 1.1990e+02 5.8158e+02 ; C12 - C10 - OAB 7 6 17 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C12 - C11 - H6 7 8 9 1 1.1207e+02 5.2802e+02 ; C12 - C13 - C14 7 8 18 1 1.1047e+02 3.9162e+02 ; C12 - C13 - H7 7 8 19 1 1.1047e+02 3.9162e+02 ; C12 - C13 - H8 8 9 20 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C13 - C14 - H9 8 9 21 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C13 - C14 - H10 9 1 11 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C4 - H 9 1 12 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C4 - H1 9 1 13 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C4 - H2 9 8 18 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C13 - H7 9 8 19 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C13 - H8 11 1 12 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H - C4 - H1 11 1 13 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H - C4 - H2 12 1 13 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H1 - C4 - H2 18 8 19 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H7 - C13 - H8 20 9 21 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H9 - C14 - H10 [ dihedrals ] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l func phase kd pn 1 9 8 7 9 0.00 0.65084 3 ; C4- C14- C13- C12 1 9 8 18 9 0.00 0.66944 3 ; C4- C14- C13- H7 1 9 8 19 9 0.00 0.66944 3 ; C4- C14- C13- H8 2 3 4 5 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C8- C9- C10 2 3 4 16 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C8- C9- H5 2 6 7 5 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C11- C12- C10 2 6 7 8 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C11- C12- C13 3 2 6 7 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C7- C11- C12 3 2 6 17 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C7- C11- H6 3 4 5 7 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C9- C10- C12 3 4 5 10 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C9- C10- OAB 4 3 2 6 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C8- C7- C11 4 3 2 14 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C8- C7- H3 4 5 7 6 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C10- C12- C11 4 5 7 8 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C10- C12- C13 4 5 10 22 9 180.00 3.76560 2 ; C9- C10- OAB- H11 5 4 3 15 9 180.00 15.16700 2 ; C10- C9- C8- H4 5 7 6 17 9 180.00 15.16700 2 ; C10- C12- C11- H6 5 7 8 9 9 0.00 0.00000 0 ; C10- C12- C13- C14 5 7 8 18 9 0.00 0.00000 0 ; C10- C12- C13- H7 5 7 8 19 9 0.00 0.00000 0 ; C10- C12- C13- H8 6 2 3 15 9 180.00 15.16700 2 ; C11- C7- C8- H4 6 7 5 10 9 180.00 15.16700 2 ; C11- C12- C10- OAB 6 7 8 9 9 0.00 0.00000 0 ; C11- C12- C13- C14 6 7 8 18 9 0.00 0.00000 0 ; C11- C12- C13- H7 6 7 8 19 9 0.00 0.00000 0 ; C11- C12- C13- H8 7 5 4 16 9 180.00 15.16700 2 ; C12- C10- C9- H5 7 5 10 22 9 180.00 3.76560 2 ; C12- C10- OAB- H11 7 6 2 14 9 180.00 15.16700 2 ; C12- C11- C7- H3 7 8 9 20 9 0.00 0.65084 3 ; C12- C13- C14- H9 7 8 9 21 9 0.00 0.65084 3 ; C12- C13- C14- H10 8 7 5 10 9 180.00 15.16700 2 ; C13- C12- C10- OAB 8 7 6 17 9 180.00 15.16700 2 ; C13- C12- C11- H6 10 5 4 16 9 180.00 15.16700 2 ; OAB- C10- C9- H5 11 1 9 8 9 0.00 0.66944 3 ; H- C4- C14- C13 11 1 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H- C4- C14- H9 11 1 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H- C4- C14- H10 12 1 9 8 9 0.00 0.66944 3 ; H1- C4- C14- C13 12 1 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H1- C4- C14- H9 12 1 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H1- C4- C14- H10 13 1 9 8 9 0.00 0.66944 3 ; H2- C4- C14- C13 13 1 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H2- C4- C14- H9 13 1 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H2- C4- C14- H10 14 2 3 15 9 180.00 15.16700 2 ; H3- C7- C8- H4 14 2 6 17 9 180.00 15.16700 2 ; H3- C7- C11- H6 15 3 4 16 9 180.00 15.16700 2 ; H4- C8- C9- H5 18 8 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H7- C13- C14- H9 18 8 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H7- C13- C14- H10 19 8 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H8- C13- C14- H9 19 8 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H8- C13- C14- H10 [ dihedrals ] ; impropers ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function ; i j k l func phase kd pn 2 4 3 15 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C9- C8- H4 2 7 6 17 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C12- C11- H6 3 5 4 16 4 180.00 4.60240 2 ; C8- C10- C9- H5 3 6 2 14 4 180.00 4.60240 2 ; C8- C11- C7- H3 4 7 5 10 4 180.00 4.60240 2 ; C9- C12- C10- OAB 5 6 7 8 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C11- C12- C13