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changeset 7:79f570a89e3d draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit 3c440a43396b4d815ef35f45ed562e22bf37c028"
| author | chemteam |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/LigA_output.top Tue Feb 16 21:56:40 2021 +0000 @@ -0,0 +1,239 @@ +; base_GMX.itp created by acpype (v: 2020-10-24T12:16:34CEST) on Tue Feb 16 21:55:09 2021 + +[ atomtypes ] +;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb + c2 c2 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + ha ha 0.00000 0.00000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46 0.0150 + ce ce 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + c c 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + o o 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100 + os os 0.00000 0.00000 A 3.00001e-01 7.11280e-01 ; 1.68 0.1700 + c3 c3 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91 0.1094 + h1 h1 0.00000 0.00000 A 2.47135e-01 6.56888e-02 ; 1.39 0.0157 + oh oh 0.00000 0.00000 A 3.06647e-01 8.80314e-01 ; 1.72 0.2104 + ho ho 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000 + +[ moleculetype ] +;name nrexcl + base 3 + +[ atoms ] +; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type + 1 c2 1 MOL C 1 -0.311000 12.01000 ; qtot -0.311 + 2 ha 1 MOL H 2 0.109500 1.00800 ; qtot -0.202 + 3 ha 1 MOL H1 3 0.109500 1.00800 ; qtot -0.092 + 4 ce 1 MOL C1 4 0.022900 12.01000 ; qtot -0.069 + 5 c 1 MOL C2 5 0.384200 12.01000 ; qtot 0.315 + 6 o 1 MOL O 6 -0.575500 16.00000 ; qtot -0.260 + 7 o 1 MOL O1 7 -0.575500 16.00000 ; qtot -0.836 + 8 os 1 MOL O2 8 -0.351900 16.00000 ; qtot -1.188 + 9 c3 1 MOL C3 9 0.157300 12.01000 ; qtot -1.031 + 10 h1 1 MOL H2 10 0.051700 1.00800 ; qtot -0.979 + 11 c2 1 MOL C4 11 -0.174200 12.01000 ; qtot -1.153 + 12 ha 1 MOL H3 12 0.141000 1.00800 ; qtot -1.012 + 13 ce 1 MOL C5 13 -0.149200 12.01000 ; qtot -1.161 + 14 ce 1 MOL C6 14 -0.081000 12.01000 ; qtot -1.242 + 15 ha 1 MOL H4 15 0.142000 1.00800 ; qtot -1.100 + 16 c2 1 MOL C7 16 -0.248200 12.01000 ; qtot -1.348 + 17 ha 1 MOL H5 17 0.104000 1.00800 ; qtot -1.244 + 18 c3 1 MOL C8 18 0.131300 12.01000 ; qtot -1.113 + 19 h1 1 MOL H6 19 0.151700 1.00800 ; qtot -0.961 + 20 oh 1 MOL O3 20 -0.614800 16.00000 ; qtot -1.576 + 21 ho 1 MOL H7 21 0.374000 1.00800 ; qtot -1.202 + 22 c 1 MOL C9 22 0.376200 12.01000 ; qtot -0.826 + 23 o 1 MOL O4 23 -0.587000 16.00000 ; qtot -1.413 + 24 o 1 MOL O5 24 -0.587000 16.00000 ; qtot -2.000 + +[ bonds ] +; ai aj funct r k + 1 2 1 1.0879e-01 2.8711e+05 ; C - H + 1 3 1 1.0879e-01 2.8711e+05 ; C - H1 + 1 4 1 1.3461e-01 4.5798e+05 ; C - C1 + 4 5 1 1.4825e-01 2.9665e+05 ; C1 - C2 + 4 8 1 1.3710e-01 3.1372e+05 ; C1 - O2 + 5 6 1 1.2183e-01 5.3363e+05 ; C2 - O + 5 7 1 1.2183e-01 5.3363e+05 ; C2 - O1 + 8 9 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ; O2 - C3 + 9 10 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C3 - H2 + 9 11 1 1.5095e-01 2.7347e+05 ; C3 - C4 + 9 18 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C3 - C8 + 11 12 1 1.0879e-01 2.8711e+05 ; C4 - H3 + 11 13 1 1.3461e-01 4.5798e+05 ; C4 - C5 + 13 14 1 1.4574e-01 3.2033e+05 ; C5 - C6 + 13 22 1 1.4825e-01 2.9665e+05 ; C5 - C9 + 14 15 1 1.0883e-01 2.8660e+05 ; C6 - H4 + 14 16 1 1.3461e-01 4.5798e+05 ; C6 - C7 + 16 17 1 1.0879e-01 2.8711e+05 ; C7 - H5 + 16 18 1 1.5095e-01 2.7347e+05 ; C7 - C8 + 18 19 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C8 - H6 + 18 20 1 1.4233e-01 2.6501e+05 ; C8 - O3 + 20 21 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O3 - H7 + 22 23 1 1.2183e-01 5.3363e+05 ; C9 - O4 + 22 24 1 1.2183e-01 5.3363e+05 ; C9 - O5 + +[ pairs ] +; ai aj funct + 1 6 1 ; C - O + 1 7 1 ; C - O1 + 1 9 1 ; C - C3 + 2 5 1 ; H - C2 + 2 8 1 ; H - O2 + 3 5 1 ; H1 - C2 + 3 8 1 ; H1 - O2 + 4 10 1 ; C1 - H2 + 4 11 1 ; C1 - C4 + 4 18 1 ; C1 - C8 + 5 9 1 ; C2 - C3 + 6 8 1 ; O - O2 + 7 8 1 ; O1 - O2 + 8 12 1 ; O2 - H3 + 8 13 1 ; O2 - C5 + 8 16 1 ; O2 - C7 + 8 19 1 ; O2 - H6 + 8 20 1 ; O2 - O3 + 9 14 1 ; C3 - C6 + 9 17 1 ; C3 - H5 + 9 21 1 ; C3 - H7 + 9 22 1 ; C3 - C9 + 10 12 1 ; H2 - H3 + 10 13 1 ; H2 - C5 + 10 16 1 ; H2 - C7 + 10 19 1 ; H2 - H6 + 10 20 1 ; H2 - O3 + 11 15 1 ; C4 - H4 + 11 16 1 ; C4 - C7 + 11 19 1 ; C4 - H6 + 11 20 1 ; C4 - O3 + 11 23 1 ; C4 - O4 + 11 24 1 ; C4 - O5 + 12 14 1 ; H3 - C6 + 12 18 1 ; H3 - C8 + 12 22 1 ; H3 - C9 + 13 17 1 ; C5 - H5 + 13 18 1 ; C5 - C8 + 14 19 1 ; C6 - H6 + 14 20 1 ; C6 - O3 + 14 23 1 ; C6 - O4 + 14 24 1 ; C6 - O5 + 15 17 1 ; H4 - H5 + 15 18 1 ; H4 - C8 + 15 22 1 ; H4 - C9 + 16 21 1 ; C7 - H7 + 16 22 1 ; C7 - C9 + 17 19 1 ; H5 - H6 + 17 20 1 ; H5 - O3 + 19 21 1 ; H6 - H7 + +[ angles ] +; ai aj ak funct theta cth + 1 4 5 1 1.2042e+02 5.4810e+02 ; C - C1 - C2 + 1 4 8 1 1.2370e+02 5.8660e+02 ; C - C1 - O2 + 2 1 3 1 1.1690e+02 3.1882e+02 ; H - C - H1 + 2 1 4 1 1.2045e+02 4.1422e+02 ; H - C - C1 + 3 1 4 1 1.2045e+02 4.1422e+02 ; H1 - C - C1 + 4 5 6 1 1.2320e+02 5.7572e+02 ; C1 - C2 - O + 4 5 7 1 1.2320e+02 5.7572e+02 ; C1 - C2 - O1 + 4 8 9 1 1.1609e+02 5.2718e+02 ; C1 - O2 - C3 + 5 4 8 1 1.1467e+02 5.7404e+02 ; C2 - C1 - O2 + 6 5 7 1 1.3025e+02 6.5187e+02 ; O - C2 - O1 + 8 9 10 1 1.0978e+02 4.2509e+02 ; O2 - C3 - H2 + 8 9 11 1 1.0856e+02 5.7321e+02 ; O2 - C3 - C4 + 8 9 18 1 1.0797e+02 5.6902e+02 ; O2 - C3 - C8 + 9 11 12 1 1.1568e+02 3.8409e+02 ; C3 - C4 - H3 + 9 11 13 1 1.2315e+02 5.3555e+02 ; C3 - C4 - C5 + 9 18 16 1 1.1156e+02 5.3053e+02 ; C3 - C8 - C7 + 9 18 19 1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C3 - C8 - H6 + 9 18 20 1 1.1019e+02 5.6484e+02 ; C3 - C8 - O3 + 10 9 11 1 1.0996e+02 3.9413e+02 ; H2 - C3 - C4 + 10 9 18 1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; H2 - C3 - C8 + 11 9 18 1 1.1156e+02 5.3053e+02 ; C4 - C3 - C8 + 11 13 14 1 1.2326e+02 5.4727e+02 ; C4 - C5 - C6 + 11 13 22 1 1.2042e+02 5.4810e+02 ; C4 - C5 - C9 + 12 11 13 1 1.2045e+02 4.1422e+02 ; H3 - C4 - C5 + 13 14 15 1 1.1665e+02 3.9497e+02 ; C5 - C6 - H4 + 13 14 16 1 1.2326e+02 5.4727e+02 ; C5 - C6 - C7 + 13 22 23 1 1.2320e+02 5.7572e+02 ; C5 - C9 - O4 + 13 22 24 1 1.2320e+02 5.7572e+02 ; C5 - C9 - O5 + 14 13 22 1 1.2098e+02 5.2802e+02 ; C6 - C5 - C9 + 14 16 17 1 1.2045e+02 4.1422e+02 ; C6 - C7 - H5 + 14 16 18 1 1.2315e+02 5.3555e+02 ; C6 - C7 - C8 + 15 14 16 1 1.1994e+02 4.1505e+02 ; H4 - C6 - C7 + 16 18 19 1 1.0996e+02 3.9413e+02 ; C7 - C8 - H6 + 16 18 20 1 1.1035e+02 5.7070e+02 ; C7 - C8 - O3 + 17 16 18 1 1.1568e+02 3.8409e+02 ; H5 - C7 - C8 + 18 20 21 1 1.0726e+02 3.9664e+02 ; C8 - O3 - H7 + 19 18 20 1 1.1026e+02 4.2593e+02 ; H6 - C8 - O3 + 23 22 24 1 1.3025e+02 6.5187e+02 ; O4 - C9 - O5 + +[ dihedrals ] ; propers +; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 +; i j k l func phase kd pn + 1 4 5 6 9 180.00 9.10020 2 ; C- C1- C2- O + 1 4 5 7 9 180.00 9.10020 2 ; C- C1- C2- O1 + 1 4 8 9 9 180.00 4.39320 2 ; C- C1- O2- C3 + 2 1 4 5 9 180.00 27.82360 2 ; H- C- C1- C2 + 2 1 4 8 9 180.00 27.82360 2 ; H- C- C1- O2 + 3 1 4 5 9 180.00 27.82360 2 ; H1- C- C1- C2 + 3 1 4 8 9 180.00 27.82360 2 ; H1- C- C1- O2 + 4 8 9 10 9 0.00 1.60387 3 ; C1- O2- C3- H2 + 4 8 9 11 9 0.00 1.60387 3 ; C1- O2- C3- C4 + 4 8 9 18 9 0.00 1.60387 3 ; C1- O2- C3- C8 + 5 4 8 9 9 180.00 4.39320 2 ; C2- C1- O2- C3 + 6 5 4 8 9 180.00 9.10020 2 ; O- C2- C1- O2 + 7 5 4 8 9 180.00 9.10020 2 ; O1- C2- C1- O2 + 8 9 11 12 9 0.00 0.00000 0 ; O2- C3- C4- H3 + 8 9 11 13 9 0.00 0.00000 0 ; O2- C3- C4- C5 + 8 9 18 16 9 0.00 0.65084 3 ; O2- C3- C8- C7 + 8 9 18 19 9 0.00 0.00000 0 ; O2- C3- C8- H6 + 8 9 18 19 9 0.00 1.04600 1 ; O2- C3- C8- H6 + 8 9 18 20 9 0.00 0.60250 3 ; O2- C3- C8- O3 + 8 9 18 20 9 0.00 4.91620 2 ; O2- C3- C8- O3 + 9 11 13 14 9 180.00 27.82360 2 ; C3- C4- C5- C6 + 9 11 13 22 9 180.00 27.82360 2 ; C3- C4- C5- C9 + 9 18 16 14 9 0.00 0.00000 0 ; C3- C8- C7- C6 + 9 18 16 17 9 0.00 0.00000 0 ; C3- C8- C7- H5 + 9 18 20 21 9 0.00 0.66944 3 ; C3- C8- O3- H7 + 9 18 20 21 9 0.00 1.04600 1 ; C3- C8- O3- H7 + 10 9 11 12 9 0.00 0.00000 0 ; H2- C3- C4- H3 + 10 9 11 13 9 0.00 0.00000 0 ; H2- C3- C4- C5 + 10 9 18 16 9 0.00 0.65084 3 ; H2- C3- C8- C7 + 10 9 18 19 9 0.00 0.65084 3 ; H2- C3- C8- H6 + 10 9 18 20 9 0.00 0.00000 0 ; H2- C3- C8- O3 + 10 9 18 20 9 0.00 1.04600 1 ; H2- C3- C8- O3 + 11 9 18 16 9 0.00 0.65084 3 ; C4- C3- C8- C7 + 11 9 18 19 9 0.00 0.65084 3 ; C4- C3- C8- H6 + 11 9 18 20 9 0.00 0.65084 3 ; C4- C3- C8- O3 + 11 13 14 15 9 180.00 4.18400 2 ; C4- C5- C6- H4 + 11 13 14 16 9 180.00 4.18400 2 ; C4- C5- C6- C7 + 11 13 22 23 9 180.00 9.10020 2 ; C4- C5- C9- O4 + 11 13 22 24 9 180.00 9.10020 2 ; C4- C5- C9- O5 + 12 11 9 18 9 0.00 0.00000 0 ; H3- C4- C3- C8 + 12 11 13 14 9 180.00 27.82360 2 ; H3- C4- C5- C6 + 12 11 13 22 9 180.00 27.82360 2 ; H3- C4- C5- C9 + 13 11 9 18 9 0.00 0.00000 0 ; C5- C4- C3- C8 + 13 14 16 17 9 180.00 27.82360 2 ; C5- C6- C7- H5 + 13 14 16 18 9 180.00 27.82360 2 ; C5- C6- C7- C8 + 14 13 22 23 9 180.00 9.10020 2 ; C6- C5- C9- O4 + 14 13 22 24 9 180.00 9.10020 2 ; C6- C5- C9- O5 + 14 16 18 19 9 0.00 0.00000 0 ; C6- C7- C8- H6 + 14 16 18 20 9 0.00 0.00000 0 ; C6- C7- C8- O3 + 15 14 13 22 9 180.00 4.18400 2 ; H4- C6- C5- C9 + 15 14 16 17 9 180.00 27.82360 2 ; H4- C6- C7- H5 + 15 14 16 18 9 180.00 27.82360 2 ; H4- C6- C7- C8 + 16 14 13 22 9 180.00 4.18400 2 ; C7- C6- C5- C9 + 16 18 20 21 9 0.00 0.69733 3 ; C7- C8- O3- H7 + 17 16 18 19 9 0.00 0.00000 0 ; H5- C7- C8- H6 + 17 16 18 20 9 0.00 0.00000 0 ; H5- C7- C8- O3 + 19 18 20 21 9 0.00 0.69733 3 ; H6- C8- O3- H7 + +[ dihedrals ] ; impropers +; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function +; i j k l func phase kd pn + 3 1 2 4 4 180.00 4.60240 2 ; H1- C- H- C1 + 4 6 5 7 4 180.00 4.60240 2 ; C1- O- C2- O1 + 5 1 4 8 4 180.00 4.60240 2 ; C2- C- C1- O2 + 9 13 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C5- C4- H3 + 13 23 22 24 4 180.00 4.60240 2 ; C5- O4- C9- O5 + 16 13 14 15 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C5- C6- H4 + 18 14 16 17 4 180.00 4.60240 2 ; C8- C6- C7- H5 + 22 11 13 14 4 180.00 4.60240 2 ; C9- C4- C5- C6