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view test-data/complex.top @ 0:26467f738ed4 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 8660ff51cd1a65b04f862562957592fe152fc81d
| author | chemteam |
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; ; File 'topol.top' was generated ; By user: unknown (1000) ; On host: simon-notebook ; At date: Tue May 12 12:59:21 2020 ; ; This is a standalone topology file ; ; Created by: ; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-: ; ; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx ; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1 ; Working dir: /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working ; Command line: ; gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all ; Force field was read from the standard GROMACS share directory. ; ; Include forcefield parameters #include "oplsaa.ff/forcefield.itp" ; Include ligand atomtypes [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb C C 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CZ CZ 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CK CK 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CM CM 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 CD CD 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 NB NB 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 N* N* 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 DU DU 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000 F F 0.00000 0.00000 A 3.11815e-01 2.55224e-01 ; 1.75 0.0610 O O 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100 [ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB ; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011 6 opls_140 1 LYS HA 1 0.06 1.008 7 opls_136 1 LYS CB 2 -0.12 12.011 8 opls_140 1 LYS HB1 2 0.06 1.008 9 opls_140 1 LYS HB2 2 0.06 1.008 10 opls_136 1 LYS CG 3 -0.12 12.011 11 opls_140 1 LYS HG1 3 0.06 1.008 12 opls_140 1 LYS HG2 3 0.06 1.008 13 opls_136 1 LYS CD 4 -0.12 12.011 14 opls_140 1 LYS HD1 4 0.06 1.008 15 opls_140 1 LYS HD2 4 0.06 1.008 16 opls_292 1 LYS CE 5 0.19 12.011 17 opls_140 1 LYS HE1 5 0.06 1.008 18 opls_140 1 LYS HE2 5 0.06 1.008 19 opls_287 1 LYS NZ 6 -0.3 14.0067 20 opls_290 1 LYS HZ1 6 0.33 1.008 21 opls_290 1 LYS HZ2 6 0.33 1.008 22 opls_290 1 LYS HZ3 6 0.33 1.008 23 opls_235 1 LYS C 7 0.5 12.011 24 opls_236 1 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 2 VAL rtp VAL q 0.0 25 opls_238 2 VAL N 8 -0.5 14.0067 26 opls_241 2 VAL H 8 0.3 1.008 27 opls_224B 2 VAL CA 8 0.14 12.011 28 opls_140 2 VAL HA 8 0.06 1.008 29 opls_137 2 VAL CB 9 -0.06 12.011 30 opls_140 2 VAL HB 9 0.06 1.008 31 opls_135 2 VAL CG1 10 -0.18 12.011 32 opls_140 2 VAL HG11 10 0.06 1.008 33 opls_140 2 VAL HG12 10 0.06 1.008 34 opls_140 2 VAL HG13 10 0.06 1.008 35 opls_135 2 VAL CG2 11 -0.18 12.011 36 opls_140 2 VAL HG21 11 0.06 1.008 37 opls_140 2 VAL HG22 11 0.06 1.008 38 opls_140 2 VAL HG23 11 0.06 1.008 39 opls_235 2 VAL C 12 0.5 12.011 40 opls_236 2 VAL O 12 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 3 PHE rtp PHE q 0.0 41 opls_238 3 PHE N 13 -0.5 14.0067 42 opls_241 3 PHE H 13 0.3 1.008 43 opls_224B 3 PHE CA 13 0.14 12.011 44 opls_140 3 PHE HA 13 0.06 1.008 45 opls_149 3 PHE CB 14 -0.005 12.011 46 opls_140 3 PHE HB1 14 0.06 1.008 47 opls_140 3 PHE HB2 14 0.06 1.008 48 opls_145 3 PHE CG 14 -0.115 12.011 49 opls_145 3 PHE CD1 15 -0.115 12.011 50 opls_146 3 PHE HD1 15 0.115 1.008 51 opls_145 3 PHE CD2 16 -0.115 12.011 52 opls_146 3 PHE HD2 16 0.115 1.008 53 opls_145 3 PHE CE1 17 -0.115 12.011 54 opls_146 3 PHE HE1 17 0.115 1.008 55 opls_145 3 PHE CE2 18 -0.115 12.011 56 opls_146 3 PHE HE2 18 0.115 1.008 57 opls_145 3 PHE CZ 19 -0.115 12.011 58 opls_146 3 PHE HZ 19 0.115 1.008 59 opls_235 3 PHE C 20 0.5 12.011 60 opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 5 ARG rtp ARG q 0.0 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008 70 opls_283 5 ARG CA 23 0.04 12.011 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008 90 opls_271 5 ARG C 30 0.7 12.011 91 opls_272 5 ARG O1 30 -0.8 15.9994 92 opls_272 5 ARG O2 30 -0.8 15.9994 ; 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ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 2 1 5 6 3 2 1 5 7 3 2 1 5 23 3 3 1 5 6 3 3 1 5 7 3 3 1 5 23 3 4 1 5 6 3 4 1 5 7 3 4 1 5 23 3 1 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C 23 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO 1 5 7 8 3 1 5 7 9 3 6 5 7 8 3 6 5 7 9 3 6 5 7 10 3 23 5 7 8 3 23 5 7 9 3 1 5 23 24 3 1 5 23 25 3 6 5 23 24 3 6 5 23 25 3 7 5 23 24 3 7 5 23 25 3 5 7 10 11 3 5 7 10 12 3 5 7 10 13 3 8 7 10 11 3 8 7 10 12 3 8 7 10 13 3 9 7 10 11 3 9 7 10 12 3 9 7 10 13 3 7 10 13 14 3 7 10 13 15 3 7 10 13 16 3 11 10 13 14 3 11 10 13 15 3 11 10 13 16 3 12 10 13 14 3 12 10 13 15 3 12 10 13 16 3 10 13 16 17 3 10 13 16 18 3 10 13 16 19 3 14 13 16 17 3 14 13 16 18 3 14 13 16 19 3 15 13 16 17 3 15 13 16 18 3 15 13 16 19 3 13 16 19 20 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H 13 16 19 21 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H 13 16 19 22 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H 17 16 19 20 3 17 16 19 21 3 17 16 19 22 3 18 16 19 20 3 18 16 19 21 3 18 16 19 22 3 5 23 25 26 3 5 23 25 27 3 24 23 25 26 3 24 23 25 27 3 23 25 27 28 3 23 25 27 29 3 23 25 27 39 3 26 25 27 28 3 26 25 27 29 3 26 25 27 39 3 25 27 29 31 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C 25 27 29 35 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C 39 27 29 31 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO 39 27 29 35 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO 25 27 29 30 3 28 27 29 30 3 28 27 29 31 3 28 27 29 35 3 39 27 29 30 3 25 27 39 40 3 25 27 39 41 3 28 27 39 40 3 28 27 39 41 3 29 27 39 40 3 29 27 39 41 3 27 29 31 32 3 27 29 31 33 3 27 29 31 34 3 30 29 31 32 3 30 29 31 33 3 30 29 31 34 3 35 29 31 32 3 35 29 31 33 3 35 29 31 34 3 27 29 35 36 3 27 29 35 37 3 27 29 35 38 3 30 29 35 36 3 30 29 35 37 3 30 29 35 38 3 31 29 35 36 3 31 29 35 37 3 31 29 35 38 3 27 39 41 42 3 27 39 41 43 3 40 39 41 42 3 40 39 41 43 3 39 41 43 44 3 39 41 43 45 3 39 41 43 59 3 42 41 43 44 3 42 41 43 45 3 42 41 43 59 3 41 43 45 46 3 41 43 45 47 3 41 43 45 48 3 44 43 45 46 3 44 43 45 47 3 44 43 45 48 3 59 43 45 46 3 59 43 45 47 3 59 43 45 48 3 41 43 59 60 3 41 43 59 61 3 44 43 59 60 3 44 43 59 61 3 45 43 59 60 3 45 43 59 61 3 43 45 48 49 3 43 45 48 51 3 46 45 48 49 3 46 45 48 51 3 47 45 48 49 3 47 45 48 51 3 45 48 49 50 3 45 48 49 53 3 51 48 49 50 3 51 48 49 53 3 45 48 51 52 3 45 48 51 55 3 49 48 51 52 3 49 48 51 55 3 48 49 53 54 3 48 49 53 57 3 50 49 53 54 3 50 49 53 57 3 48 51 55 56 3 48 51 55 57 3 52 51 55 56 3 52 51 55 57 3 49 53 57 55 3 49 53 57 58 3 54 53 57 55 3 54 53 57 58 3 51 55 57 53 3 51 55 57 58 3 56 55 57 53 3 56 55 57 58 3 43 59 61 62 3 43 59 61 63 3 60 59 61 62 3 60 59 61 63 3 59 61 63 64 3 59 61 63 65 3 59 61 63 66 3 62 61 63 64 3 62 61 63 65 3 62 61 63 66 3 61 63 66 67 3 61 63 66 68 3 64 63 66 67 3 64 63 66 68 3 65 63 66 67 3 65 63 66 68 3 63 66 68 69 3 63 66 68 70 3 67 66 68 69 3 67 66 68 70 3 66 68 70 71 3 66 68 70 72 3 66 68 70 90 3 69 68 70 71 3 69 68 70 72 3 69 68 70 90 3 68 70 72 75 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C 90 70 72 75 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO 68 70 72 73 3 68 70 72 74 3 71 70 72 73 3 71 70 72 74 3 71 70 72 75 3 90 70 72 73 3 90 70 72 74 3 68 70 90 91 3 68 70 90 92 3 71 70 90 91 3 71 70 90 92 3 72 70 90 91 3 72 70 90 92 3 70 72 75 76 3 70 72 75 77 3 70 72 75 78 3 73 72 75 76 3 73 72 75 77 3 73 72 75 78 3 74 72 75 76 3 74 72 75 77 3 74 72 75 78 3 72 75 78 79 3 72 75 78 80 3 72 75 78 81 3 76 75 78 79 3 76 75 78 80 3 76 75 78 81 3 77 75 78 79 3 77 75 78 80 3 77 75 78 81 3 75 78 81 82 3 75 78 81 83 3 79 78 81 82 3 79 78 81 83 3 80 78 81 82 3 80 78 81 83 3 78 81 83 84 3 78 81 83 87 3 82 81 83 84 3 82 81 83 87 3 81 83 84 85 3 81 83 84 86 3 87 83 84 85 3 87 83 84 86 3 81 83 87 88 3 81 83 87 89 3 84 83 87 88 3 84 83 87 89 3 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 5 25 23 24 1 improper_O_C_X_Y 23 27 25 26 1 improper_Z_N_X_Y 27 41 39 40 1 improper_O_C_X_Y 39 43 41 42 1 improper_Z_N_X_Y 43 61 59 60 1 improper_O_C_X_Y 45 48 51 49 1 improper_Z_CA_X_Y 48 53 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y 48 55 51 52 1 improper_Z_CA_X_Y 49 57 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y 51 57 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y 53 55 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y 59 63 61 62 1 improper_Z_N_X_Y 63 68 66 67 1 improper_O_C_X_Y 66 70 68 69 1 improper_Z_N_X_Y 70 91 90 92 1 improper_O_C_X_Y 78 83 81 82 1 improper_Z_N_X_Y 81 84 83 87 1 improper_O_C_X_Y 83 85 84 86 1 improper_Z_N_X_Y 83 88 87 89 1 improper_Z_N_X_Y ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "posres.itp" #endif ; Include ligand topology ; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020 [ moleculetype ] ;name nrexcl base 3 [ atoms ] ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type 1 C 1 G5E C1 1 0.545501 12.01000 ; qtot 0.546 2 CZ 1 G5E C2 2 0.075000 12.01000 ; qtot 0.621 3 C 1 G5E C3 3 0.508501 12.01000 ; qtot 1.129 4 CK 1 G5E C7 4 0.208200 12.01000 ; qtot 1.337 5 C 1 G5E C10 5 0.352800 12.01000 ; qtot 1.690 6 CM 1 G5E C12 6 0.002500 12.01000 ; qtot 1.693 7 CM 1 G5E C13 7 0.233400 12.01000 ; qtot 1.926 8 CZ 1 G5E C14 8 -0.087900 12.01000 ; qtot 1.838 9 CZ 1 G5E C15 9 0.072000 12.01000 ; qtot 1.910 10 CZ 1 G5E C16 10 0.028000 12.01000 ; qtot 1.938 11 CD 1 G5E C4 11 -0.048900 12.01000 ; qtot 1.889 12 CZ 1 G5E C5 12 -0.123300 12.01000 ; qtot 1.766 13 CZ 1 G5E C6 13 -0.161200 12.01000 ; qtot 1.605 14 NB 1 G5E N8 14 -0.082600 14.01000 ; qtot 1.522 15 NB 1 G5E N9 15 -0.125400 14.01000 ; qtot 1.397 16 N* 1 G5E N11 16 -0.261200 14.01000 ; qtot 1.135 17 CZ 1 G5E C17 17 -0.043900 12.01000 ; qtot 1.092 18 DU 1 G5E S18 18 -0.081400 0.00000 ; qtot 1.010 19 F 1 G5E F19 19 -0.100500 19.00000 ; qtot 0.910 20 O 1 G5E O20 20 -0.460300 16.00000 ; qtot 0.449 21 O 1 G5E O21 21 -0.449300 16.00000 ; qtot -0.000 [ bonds ] ; ai aj funct r k 1 2 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C2 1 13 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C6 1 21 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C1 - O21 2 3 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C2 - C3 3 11 1 1.4680e-01 3.1045e+05 ; C3 - C4 3 20 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C3 - O20 4 11 1 1.4280e-01 3.5129e+05 ; C7 - C4 4 14 1 1.3040e-01 4.4267e+05 ; C7 - N8 4 16 1 1.3710e-01 3.6819e+05 ; C7 - N11 5 15 1 1.3870e-01 3.4886e+05 ; C10 - N9 5 16 1 1.3830e-01 3.5480e+05 ; C10 - N11 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; C10 - S18 6 7 1 1.3500e-01 4.5940e+05 ; C12 - C13 6 16 1 1.3650e-01 3.7489e+05 ; C12 - N11 6 17 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C12 - C17 7 8 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C13 - C14 7 19 1 1.3490e-01 2.9941e+05 ; C13 - F19 8 9 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C14 - C15 9 10 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C15 - C16 10 17 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C16 - C17 11 12 1 1.3150e-01 5.0827e+05 ; C4 - C5 12 13 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C5 - C6 14 15 1 1.3650e-01 4.2710e+05 ; N8 - N9 [ pairs ] ; ai aj funct 1 11 1 ; C1 - C4 1 20 1 ; C1 - O20 2 4 1 ; C2 - C7 2 12 1 ; C2 - C5 3 13 1 ; C3 - C6 3 14 1 ; C3 - N8 3 16 1 ; C3 - N11 4 7 1 ; C7 - C13 4 13 1 ; C7 - C6 4 17 1 ; C7 - C17 4 18 1 ; C7 - S18 4 20 1 ; C7 - O20 5 7 1 ; C10 - C13 5 11 1 ; C10 - C4 5 17 1 ; C10 - C17 6 9 1 ; C12 - C15 6 11 1 ; C12 - C4 6 14 1 ; C12 - N8 6 15 1 ; C12 - N9 6 18 1 ; C12 - S18 7 10 1 ; C13 - C16 8 16 1 ; C14 - N11 8 17 1 ; C14 - C17 9 19 1 ; C15 - F19 10 16 1 ; C16 - N11 11 15 1 ; C4 - N9 12 14 1 ; C5 - N8 12 16 1 ; C5 - N11 12 20 1 ; C5 - O20 14 18 1 ; N8 - S18 16 19 1 ; N11 - F19 17 19 1 ; C17 - F19 21 3 1 ; O21 - C3 21 12 1 ; O21 - C5 [ angles ] ; ai aj ak funct theta cth 1 2 3 1 1.8000e+02 4.4183e+02 ; C1 - C2 - C3 1 13 12 1 1.8000e+02 4.6944e+02 ; C1 - C6 - C5 2 1 13 1 1.1532e+02 5.4476e+02 ; C2 - C1 - C6 2 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C1 - O21 2 3 11 1 1.1558e+02 5.4266e+02 ; C2 - C3 - C4 2 3 20 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C3 - O20 3 11 4 1 1.2269e+02 5.3220e+02 ; C3 - C4 - C7 3 11 12 1 1.1788e+02 5.4392e+02 ; C3 - C4 - C5 4 11 12 1 1.2591e+02 5.3388e+02 ; C7 - C4 - C5 4 14 15 1 1.0862e+02 6.1003e+02 ; C7 - N8 - N9 4 16 5 1 1.2049e+02 5.5815e+02 ; C7 - N11 - C10 4 16 6 1 1.0424e+02 5.9664e+02 ; C7 - N11 - C12 5 15 14 1 1.0834e+02 6.1505e+02 ; C10 - N9 - N8 5 16 6 1 1.2160e+02 5.8576e+02 ; C10 - N11 - C12 6 7 8 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C12 - C13 - C14 6 7 19 1 1.1896e+02 5.6149e+02 ; C12 - C13 - F19 6 17 10 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C12 - C17 - C16 7 6 16 1 1.2120e+02 5.8576e+02 ; C13 - C12 - N11 7 6 17 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C13 - C12 - C17 7 8 9 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C13 - C14 - C15 8 7 19 1 1.1875e+02 5.5274e+02 ; C14 - C13 - F19 8 9 10 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C14 - C15 - C16 9 10 17 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C15 - C16 - C17 11 3 20 1 1.2393e+02 5.7823e+02 ; C4 - C3 - O20 11 4 14 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N8 11 4 16 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N11 11 12 13 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C4 - C5 - C6 13 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C6 - C1 - O21 14 4 16 1 1.1390e+02 5.8576e+02 ; N8 - C7 - N11 15 5 16 1 1.1031e+02 6.1337e+02 ; N9 - C10 - N11 15 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N9 - C10 - S18 16 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N11 - C10 - S18 16 6 17 1 1.1687e+02 5.8241e+02 ; N11 - C12 - C17 [ dihedrals ] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l func phase kd pn 1 2 3 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- C4 1 2 3 20 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- O20 1 13 12 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C6- C5- C4 2 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; C2- C1- C6- C5 2 3 11 4 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C7 2 3 11 12 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C5 3 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N8 3 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N11 3 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C3- C4- C5- C6 4 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C7- C4- C3- O20 4 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C7- C4- C5- C6 4 14 15 5 9 180.00 16.73600 2 ; C7- N8- N9- C10 4 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- N9 4 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- S18 4 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C13 4 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C17 5 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- C4 5 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- N8 5 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C13 5 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C17 6 7 8 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C13- C14- C15 6 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- C4 6 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- N8 6 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- N9 6 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- S18 6 17 10 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C17- C16- C15 7 6 17 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C12- C17- C16 7 8 9 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C14- C15- C16 8 7 6 16 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- N11 8 7 6 17 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- C17 8 9 10 17 9 180.00 0.00000 2 ; C14- C15- C16- C17 9 8 7 19 9 180.00 0.00000 2 ; C15- C14- C13- F19 10 17 6 16 9 180.00 0.00000 2 ; C16- C17- C12- N11 11 4 14 15 9 180.00 41.84000 2 ; C4- C7- N8- N9 12 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C5- C4- C3- O20 12 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N8 12 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N11 13 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; C6- C1- C2- C3 14 15 5 16 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- N11 14 15 5 18 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- S18 15 14 4 16 9 180.00 41.84000 2 ; N9- N8- C7- N11 16 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; N11- C12- C13- F19 17 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; C17- C12- C13- F19 21 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C2- C3 21 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C6- C5 [ dihedrals ] ; impropers ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function ; i j k l func phase kd pn 3 4 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C7- C4- C5 5 4 16 6 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C7- N11- C12 6 8 7 19 4 180.00 4.60240 2 ; C12- C14- C13- F19 7 17 6 16 4 180.00 4.60240 2 ; C13- C17- C12- N11 11 2 3 20 4 180.00 43.93200 2 ; C4- C2- C3- O20 11 16 4 14 4 180.00 4.60240 2 ; C4- N11- C7- N8 18 16 5 15 4 180.00 4.60240 2 ; S18- N11- C10- N9 21 1 13 2 4 180.00 43.93200 2 ; O21- C1- C6- C2 ; Include water topology #include "oplsaa.ff/spce.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include topology for ions #include "oplsaa.ff/ions.itp" [ system ] ; Name TEST [ molecules ] ; Compound #mols Protein 1 base 1