# HG changeset patch
# User chemteam
# Date 1553782854 14400
# Node ID 609d93596b61d2048225682aab3be7de1fc2c4d0
# Parent d97433b7d482d05435462ae030e1216cb2264d83
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit 7ba07c3130a2170e8f91acc4a81f5626563a79eb
diff -r d97433b7d482 -r 609d93596b61 md.xml
--- a/md.xml Thu Oct 04 18:23:17 2018 -0400
+++ b/md.xml Thu Mar 28 10:20:54 2019 -0400
@@ -147,7 +147,7 @@
diff -r d97433b7d482 -r 609d93596b61 merge_top.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/merge_top.py Thu Mar 28 10:20:54 2019 -0400
@@ -0,0 +1,38 @@
+import re
+import sys
+
+
+def combine_tops(top_text, itp_texts):
+ """
+ Search through parent topology top_text and replace
+ #include lines with the relevant child topologies
+ from the dictionary itp_texts
+ """
+ for itp in itp_texts:
+ # split on include string, then rejoin around itp file
+ spl = re.split('#include ".*{}"\n'.format(itp), top_text)
+ top_text = itp_texts[itp].join(spl)
+ return top_text
+
+
+top = sys.argv[1] # parent topology file
+itps_file = sys.argv[2] # file with list of child topologies (.itp files)
+
+with open(itps_file) as f:
+ itps = f.read().split()
+
+with open(top, 'r') as f:
+ top_text = f.read()
+
+itp_texts = {} # create dictionary of child topologies
+for itp in itps:
+ with open(itp, 'r') as f:
+ itp_texts[itp] = f.read()
+
+for itp in itp_texts:
+ # child tops may also refer to each other; we need to check this
+ itp_texts[itp] = combine_tops(itp_texts[itp], itp_texts)
+
+with open('top_output.top', 'w') as f:
+ # now combine all children into the parent
+ f.write(combine_tops(top_text, itp_texts))
diff -r d97433b7d482 -r 609d93596b61 test-data/top_output.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/top_output.top Thu Mar 28 10:20:54 2019 -0400
@@ -0,0 +1,19416 @@
+;
+; File 'topol.top' was generated
+; By user: unknown (1000)
+; On host: simon-laptop
+; At date: Thu Aug 16 20:54:28 2018
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2018.2 (-:
+;
+; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2/bin/gmx
+; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2
+; Working dir: /home/simon/moldyn-galaxy/protein/test-data
+; Command line:
+; gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein_chain_A 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027 ; qtot -0.3
+ 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008 ; qtot 0.03
+ 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008 ; qtot 0.36
+ 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008 ; qtot 0.69
+ 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011 ; qtot 0.94
+ 6 opls_140 1 LYS HA 1 0.06 1.008 ; qtot 1
+ 7 opls_136 1 LYS CB 2 -0.12 12.011 ; qtot 0.88
+ 8 opls_140 1 LYS HB1 2 0.06 1.008 ; qtot 0.94
+ 9 opls_140 1 LYS HB2 2 0.06 1.008 ; qtot 1
+ 10 opls_136 1 LYS CG 3 -0.12 12.011 ; qtot 0.88
+ 11 opls_140 1 LYS HG1 3 0.06 1.008 ; qtot 0.94
+ 12 opls_140 1 LYS HG2 3 0.06 1.008 ; qtot 1
+ 13 opls_136 1 LYS CD 4 -0.12 12.011 ; qtot 0.88
+ 14 opls_140 1 LYS HD1 4 0.06 1.008 ; qtot 0.94
+ 15 opls_140 1 LYS HD2 4 0.06 1.008 ; qtot 1
+ 16 opls_292 1 LYS CE 5 0.19 12.011 ; qtot 1.19
+ 17 opls_140 1 LYS HE1 5 0.06 1.008 ; qtot 1.25
+ 18 opls_140 1 LYS HE2 5 0.06 1.008 ; qtot 1.31
+ 19 opls_287 1 LYS NZ 6 -0.3 14.0067 ; qtot 1.01
+ 20 opls_290 1 LYS HZ1 6 0.33 1.008 ; qtot 1.34
+ 21 opls_290 1 LYS HZ2 6 0.33 1.008 ; qtot 1.67
+ 22 opls_290 1 LYS HZ3 6 0.33 1.008 ; qtot 2
+ 23 opls_235 1 LYS C 7 0.5 12.011 ; qtot 2.5
+ 24 opls_236 1 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 2 VAL rtp VAL q 0.0
+ 25 opls_238 2 VAL N 8 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5
+ 26 opls_241 2 VAL H 8 0.3 1.008 ; qtot 1.8
+ 27 opls_224B 2 VAL CA 8 0.14 12.011 ; qtot 1.94
+ 28 opls_140 2 VAL HA 8 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 29 opls_137 2 VAL CB 9 -0.06 12.011 ; qtot 1.94
+ 30 opls_140 2 VAL HB 9 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 31 opls_135 2 VAL CG1 10 -0.18 12.011 ; qtot 1.82
+ 32 opls_140 2 VAL HG11 10 0.06 1.008 ; qtot 1.88
+ 33 opls_140 2 VAL HG12 10 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 34 opls_140 2 VAL HG13 10 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 35 opls_135 2 VAL CG2 11 -0.18 12.011 ; qtot 1.82
+ 36 opls_140 2 VAL HG21 11 0.06 1.008 ; qtot 1.88
+ 37 opls_140 2 VAL HG22 11 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 38 opls_140 2 VAL HG23 11 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 39 opls_235 2 VAL C 12 0.5 12.011 ; qtot 2.5
+ 40 opls_236 2 VAL O 12 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 3 PHE rtp PHE q 0.0
+ 41 opls_238 3 PHE N 13 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5
+ 42 opls_241 3 PHE H 13 0.3 1.008 ; qtot 1.8
+ 43 opls_224B 3 PHE CA 13 0.14 12.011 ; qtot 1.94
+ 44 opls_140 3 PHE HA 13 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 45 opls_149 3 PHE CB 14 -0.005 12.011 ; qtot 1.995
+ 46 opls_140 3 PHE HB1 14 0.06 1.008 ; qtot 2.055
+ 47 opls_140 3 PHE HB2 14 0.06 1.008 ; qtot 2.115
+ 48 opls_145 3 PHE CG 14 -0.115 12.011 ; qtot 2
+ 49 opls_145 3 PHE CD1 15 -0.115 12.011 ; qtot 1.885
+ 50 opls_146 3 PHE HD1 15 0.115 1.008 ; qtot 2
+ 51 opls_145 3 PHE CD2 16 -0.115 12.011 ; qtot 1.885
+ 52 opls_146 3 PHE HD2 16 0.115 1.008 ; qtot 2
+ 53 opls_145 3 PHE CE1 17 -0.115 12.011 ; qtot 1.885
+ 54 opls_146 3 PHE HE1 17 0.115 1.008 ; qtot 2
+ 55 opls_145 3 PHE CE2 18 -0.115 12.011 ; qtot 1.885
+ 56 opls_146 3 PHE HE2 18 0.115 1.008 ; qtot 2
+ 57 opls_145 3 PHE CZ 19 -0.115 12.011 ; qtot 1.885
+ 58 opls_146 3 PHE HZ 19 0.115 1.008 ; qtot 2
+ 59 opls_235 3 PHE C 20 0.5 12.011 ; qtot 2.5
+ 60 opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0
+ 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5
+ 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008 ; qtot 1.8
+ 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011 ; qtot 1.88
+ 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011 ; qtot 2.5
+ 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 5 ARG rtp ARG q +1.0
+ 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5
+ 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008 ; qtot 1.8
+ 70 opls_224B 5 ARG CA 23 0.14 12.011 ; qtot 1.94
+ 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011 ; qtot 1.88
+ 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011 ; qtot 1.95
+ 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008 ; qtot 2.01
+ 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008 ; qtot 2.07
+ 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011 ; qtot 2.26
+ 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008 ; qtot 2.32
+ 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008 ; qtot 2.38
+ 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067 ; qtot 1.68
+ 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008 ; qtot 2.12
+ 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011 ; qtot 2.76
+ 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067 ; qtot 1.96
+ 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008 ; qtot 2.42
+ 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008 ; qtot 2.88
+ 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067 ; qtot 2.08
+ 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008 ; qtot 2.54
+ 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008 ; qtot 3
+ 90 opls_235 5 ARG C 30 0.5 12.011 ; qtot 3.5
+ 91 opls_236 5 ARG O 30 -0.5 15.9994 ; qtot 3
+; residue 6 CYS rtp CYS2 q 0.0
+ 92 opls_238 6 CYS N 31 -0.5 14.0067 ; qtot 2.5
+ 93 opls_241 6 CYS H 31 0.3 1.008 ; qtot 2.8
+ 94 opls_224B 6 CYS CA 31 0.14 12.011 ; qtot 2.94
+ 95 opls_140 6 CYS HA 31 0.06 1.008 ; qtot 3
+ 96 opls_214 6 CYS CB 32 0.0975 12.011 ; qtot 3.098
+ 97 opls_140 6 CYS HB1 32 0.06 1.008 ; qtot 3.158
+ 98 opls_140 6 CYS HB2 32 0.06 1.008 ; qtot 3.218
+ 99 opls_203 6 CYS SG 32 -0.2175 32.06 ; qtot 3
+ 100 opls_235 6 CYS C 33 0.5 12.011 ; qtot 3.5
+ 101 opls_236 6 CYS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 3
+; residue 7 GLU rtp GLU q -1.0
+ 102 opls_238 7 GLU N 34 -0.5 14.0067 ; qtot 2.5
+ 103 opls_241 7 GLU H 34 0.3 1.008 ; qtot 2.8
+ 104 opls_224B 7 GLU CA 34 0.14 12.011 ; qtot 2.94
+ 105 opls_140 7 GLU HA 34 0.06 1.008 ; qtot 3
+ 106 opls_136 7 GLU CB 35 -0.12 12.011 ; qtot 2.88
+ 107 opls_140 7 GLU HB1 35 0.06 1.008 ; qtot 2.94
+ 108 opls_140 7 GLU HB2 35 0.06 1.008 ; qtot 3
+ 109 opls_274 7 GLU CG 36 -0.22 12.011 ; qtot 2.78
+ 110 opls_140 7 GLU HG1 36 0.06 1.008 ; qtot 2.84
+ 111 opls_140 7 GLU HG2 36 0.06 1.008 ; qtot 2.9
+ 112 opls_271 7 GLU CD 37 0.7 12.011 ; qtot 3.6
+ 113 opls_272 7 GLU OE1 37 -0.8 15.9994 ; qtot 2.8
+ 114 opls_272 7 GLU OE2 37 -0.8 15.9994 ; qtot 2
+ 115 opls_235 7 GLU C 38 0.5 12.011 ; qtot 2.5
+ 116 opls_236 7 GLU O 38 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 8 LEU rtp LEU q 0.0
+ 117 opls_238 8 LEU N 39 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5
+ 118 opls_241 8 LEU H 39 0.3 1.008 ; qtot 1.8
+ 119 opls_224B 8 LEU CA 39 0.14 12.011 ; qtot 1.94
+ 120 opls_140 8 LEU HA 39 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 121 opls_136 8 LEU CB 40 -0.12 12.011 ; qtot 1.88
+ 122 opls_140 8 LEU HB1 40 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 123 opls_140 8 LEU HB2 40 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 124 opls_137 8 LEU CG 41 -0.06 12.011 ; qtot 1.94
+ 125 opls_140 8 LEU HG 41 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 126 opls_135 8 LEU CD1 42 -0.18 12.011 ; qtot 1.82
+ 127 opls_140 8 LEU HD11 42 0.06 1.008 ; qtot 1.88
+ 128 opls_140 8 LEU HD12 42 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 129 opls_140 8 LEU HD13 42 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 130 opls_135 8 LEU CD2 43 -0.18 12.011 ; qtot 1.82
+ 131 opls_140 8 LEU HD21 43 0.06 1.008 ; qtot 1.88
+ 132 opls_140 8 LEU HD22 43 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 133 opls_140 8 LEU HD23 43 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 134 opls_235 8 LEU C 44 0.5 12.011 ; qtot 2.5
+ 135 opls_236 8 LEU O 44 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 9 ALA rtp ALA q 0.0
+ 136 opls_238 9 ALA N 45 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5
+ 137 opls_241 9 ALA H 45 0.3 1.008 ; qtot 1.8
+ 138 opls_224B 9 ALA CA 45 0.14 12.011 ; qtot 1.94
+ 139 opls_140 9 ALA HA 45 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 140 opls_135 9 ALA CB 46 -0.18 12.011 ; qtot 1.82
+ 141 opls_140 9 ALA HB1 46 0.06 1.008 ; qtot 1.88
+ 142 opls_140 9 ALA HB2 46 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 143 opls_140 9 ALA HB3 46 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 144 opls_235 9 ALA C 47 0.5 12.011 ; qtot 2.5
+ 145 opls_236 9 ALA O 47 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 10 ALA rtp ALA q 0.0
+ 146 opls_238 10 ALA N 48 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5
+ 147 opls_241 10 ALA H 48 0.3 1.008 ; qtot 1.8
+ 148 opls_224B 10 ALA CA 48 0.14 12.011 ; qtot 1.94
+ 149 opls_140 10 ALA HA 48 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 150 opls_135 10 ALA CB 49 -0.18 12.011 ; qtot 1.82
+ 151 opls_140 10 ALA HB1 49 0.06 1.008 ; qtot 1.88
+ 152 opls_140 10 ALA HB2 49 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 153 opls_140 10 ALA HB3 49 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 154 opls_235 10 ALA C 50 0.5 12.011 ; qtot 2.5
+ 155 opls_236 10 ALA O 50 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 11 ALA rtp ALA q 0.0
+ 156 opls_238 11 ALA N 51 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5
+ 157 opls_241 11 ALA H 51 0.3 1.008 ; qtot 1.8
+ 158 opls_224B 11 ALA CA 51 0.14 12.011 ; qtot 1.94
+ 159 opls_140 11 ALA HA 51 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 160 opls_135 11 ALA CB 52 -0.18 12.011 ; qtot 1.82
+ 161 opls_140 11 ALA HB1 52 0.06 1.008 ; qtot 1.88
+ 162 opls_140 11 ALA HB2 52 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 163 opls_140 11 ALA HB3 52 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 164 opls_235 11 ALA C 53 0.5 12.011 ; qtot 2.5
+ 165 opls_236 11 ALA O 53 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 166 opls_238 12 MET N 54 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5
+ 167 opls_241 12 MET H 54 0.3 1.008 ; qtot 1.8
+ 168 opls_224B 12 MET CA 54 0.14 12.011 ; qtot 1.94
+ 169 opls_140 12 MET HA 54 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 170 opls_136 12 MET CB 55 -0.12 12.011 ; qtot 1.88
+ 171 opls_140 12 MET HB1 55 0.06 1.008 ; qtot 1.94
+ 172 opls_140 12 MET HB2 55 0.06 1.008 ; qtot 2
+ 173 opls_210 12 MET CG 56 0.048 12.011 ; qtot 2.048
+ 174 opls_140 12 MET HG1 56 0.06 1.008 ; qtot 2.108
+ 175 opls_140 12 MET HG2 56 0.06 1.008 ; qtot 2.168
+ 176 opls_202 12 MET SD 57 -0.335 32.06 ; qtot 1.833
+ 177 opls_209 12 MET CE 58 -0.013 12.011 ; qtot 1.82
+ 178 opls_140 12 MET HE1 58 0.06 1.008 ; qtot 1.88
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+ 181 opls_235 12 MET C 59 0.5 12.011 ; qtot 2.5
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+; residue 14 ARG rtp ARG q +1.0
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+ 213 opls_140 14 ARG HG1 69 0.06 1.008 ; qtot 3.01
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+ 215 opls_307 14 ARG CD 70 0.19 12.011 ; qtot 3.26
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+; residue 15 HIS rtp HISE q 0.0
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+ 238 opls_508 15 HIS CD2 78 0.015 12.011 ; qtot 3.625
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+ 240 opls_506 15 HIS CE1 79 0.295 12.011 ; qtot 4.035
+ 241 opls_146 15 HIS HE1 79 0.115 1.008 ; qtot 4.15
+ 242 opls_503 15 HIS NE2 80 -0.57 14.0067 ; qtot 3.58
+ 243 opls_504 15 HIS HE2 80 0.42 1.008 ; qtot 4
+ 244 opls_235 15 HIS C 81 0.5 12.011 ; qtot 4.5
+ 245 opls_236 15 HIS O 81 -0.5 15.9994 ; qtot 4
+; residue 16 GLY rtp GLY q 0.0
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+; residue 18 ASP rtp ASP q -1.0
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+; residue 19 ASN rtp ASN q 0.0
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+; residue 20 TYR rtp TYR q 0.0
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+ 309 opls_146 20 TYR HD2 103 0.115 1.008 ; qtot 3
+ 310 opls_145 20 TYR CE1 104 -0.115 12.011 ; qtot 2.885
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+ 313 opls_146 20 TYR HE2 105 0.115 1.008 ; qtot 3
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+ 329 opls_307 21 ARG CD 111 0.19 12.011 ; qtot 3.26
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+ 332 opls_303 21 ARG NE 112 -0.7 14.0067 ; qtot 2.68
+ 333 opls_304 21 ARG HE 112 0.44 1.008 ; qtot 3.12
+ 334 opls_302 21 ARG CZ 112 0.64 12.011 ; qtot 3.76
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+ 337 opls_301 21 ARG HH12 113 0.46 1.008 ; qtot 3.88
+ 338 opls_300 21 ARG NH2 114 -0.8 14.0067 ; qtot 3.08
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+; residue 22 GLY rtp GLY q 0.0
+ 343 opls_238 22 GLY N 116 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
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+ 345 opls_223B 22 GLY CA 116 0.08 12.011 ; qtot 3.88
+ 346 opls_140 22 GLY HA1 116 0.06 1.008 ; qtot 3.94
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+ 348 opls_235 22 GLY C 117 0.5 12.011 ; qtot 4.5
+ 349 opls_236 22 GLY O 117 -0.5 15.9994 ; qtot 4
+; residue 23 TYR rtp TYR q 0.0
+ 350 opls_238 23 TYR N 118 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
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+ 352 opls_224B 23 TYR CA 118 0.14 12.011 ; qtot 3.94
+ 353 opls_140 23 TYR HA 118 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 354 opls_149 23 TYR CB 119 -0.005 12.011 ; qtot 3.995
+ 355 opls_140 23 TYR HB1 119 0.06 1.008 ; qtot 4.055
+ 356 opls_140 23 TYR HB2 119 0.06 1.008 ; qtot 4.115
+ 357 opls_145 23 TYR CG 119 -0.115 12.011 ; qtot 4
+ 358 opls_145 23 TYR CD1 120 -0.115 12.011 ; qtot 3.885
+ 359 opls_146 23 TYR HD1 120 0.115 1.008 ; qtot 4
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+ 363 opls_146 23 TYR HE1 122 0.115 1.008 ; qtot 4
+ 364 opls_145 23 TYR CE2 123 -0.115 12.011 ; qtot 3.885
+ 365 opls_146 23 TYR HE2 123 0.115 1.008 ; qtot 4
+ 366 opls_166 23 TYR CZ 124 0.15 12.011 ; qtot 4.15
+ 367 opls_167 23 TYR OH 124 -0.585 15.9994 ; qtot 3.565
+ 368 opls_168 23 TYR HH 124 0.435 1.008 ; qtot 4
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+ 414 opls_140 27 ASN HB2 140 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 415 opls_235 27 ASN CG 141 0.5 12.011 ; qtot 4.5
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+; residue 28 TRP rtp TRP q 0.0
+ 422 opls_238 28 TRP N 144 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
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+ 424 opls_224B 28 TRP CA 144 0.14 12.011 ; qtot 3.94
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+ 441 opls_146 28 TRP HZ3 152 0.115 1.008 ; qtot 4
+ 442 opls_145 28 TRP CH2 153 -0.115 12.011 ; qtot 3.885
+ 443 opls_146 28 TRP HH2 153 0.115 1.008 ; qtot 4
+ 444 opls_235 28 TRP C 154 0.5 12.011 ; qtot 4.5
+ 445 opls_236 28 TRP O 154 -0.5 15.9994 ; qtot 4
+; residue 29 VAL rtp VAL q 0.0
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+ 450 opls_137 29 VAL CB 156 -0.06 12.011 ; qtot 3.94
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+; residue 30 CYS rtp CYS2 q 0.0
+ 462 opls_238 30 CYS N 160 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
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+ 469 opls_203 30 CYS SG 161 -0.2175 32.06 ; qtot 4
+ 470 opls_235 30 CYS C 162 0.5 12.011 ; qtot 4.5
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+; residue 31 ALA rtp ALA q 0.0
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+ 474 opls_224B 31 ALA CA 163 0.14 12.011 ; qtot 3.94
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+ 479 opls_140 31 ALA HB3 164 0.06 1.008 ; qtot 4
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+; residue 32 ALA rtp ALA q 0.0
+ 482 opls_238 32 ALA N 166 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
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+; residue 33 LYS rtp LYSH q +1.0
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+ 493 opls_241 33 LYS H 169 0.3 1.008 ; qtot 3.8
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+ 502 opls_136 33 LYS CD 172 -0.12 12.011 ; qtot 3.88
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+ 504 opls_140 33 LYS HD2 172 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 505 opls_292 33 LYS CE 173 0.19 12.011 ; qtot 4.19
+ 506 opls_140 33 LYS HE1 173 0.06 1.008 ; qtot 4.25
+ 507 opls_140 33 LYS HE2 173 0.06 1.008 ; qtot 4.31
+ 508 opls_287 33 LYS NZ 174 -0.3 14.0067 ; qtot 4.01
+ 509 opls_290 33 LYS HZ1 174 0.33 1.008 ; qtot 4.34
+ 510 opls_290 33 LYS HZ2 174 0.33 1.008 ; qtot 4.67
+ 511 opls_290 33 LYS HZ3 174 0.33 1.008 ; qtot 5
+ 512 opls_235 33 LYS C 175 0.5 12.011 ; qtot 5.5
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+; residue 34 PHE rtp PHE q 0.0
+ 514 opls_238 34 PHE N 176 -0.5 14.0067 ; qtot 4.5
+ 515 opls_241 34 PHE H 176 0.3 1.008 ; qtot 4.8
+ 516 opls_224B 34 PHE CA 176 0.14 12.011 ; qtot 4.94
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+ 518 opls_149 34 PHE CB 177 -0.005 12.011 ; qtot 4.995
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+ 521 opls_145 34 PHE CG 177 -0.115 12.011 ; qtot 5
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+ 523 opls_146 34 PHE HD1 178 0.115 1.008 ; qtot 5
+ 524 opls_145 34 PHE CD2 179 -0.115 12.011 ; qtot 4.885
+ 525 opls_146 34 PHE HD2 179 0.115 1.008 ; qtot 5
+ 526 opls_145 34 PHE CE1 180 -0.115 12.011 ; qtot 4.885
+ 527 opls_146 34 PHE HE1 180 0.115 1.008 ; qtot 5
+ 528 opls_145 34 PHE CE2 181 -0.115 12.011 ; qtot 4.885
+ 529 opls_146 34 PHE HE2 181 0.115 1.008 ; qtot 5
+ 530 opls_145 34 PHE CZ 182 -0.115 12.011 ; qtot 4.885
+ 531 opls_146 34 PHE HZ 182 0.115 1.008 ; qtot 5
+ 532 opls_235 34 PHE C 183 0.5 12.011 ; qtot 5.5
+ 533 opls_236 34 PHE O 183 -0.5 15.9994 ; qtot 5
+; residue 35 GLU rtp GLU q -1.0
+ 534 opls_238 35 GLU N 184 -0.5 14.0067 ; qtot 4.5
+ 535 opls_241 35 GLU H 184 0.3 1.008 ; qtot 4.8
+ 536 opls_224B 35 GLU CA 184 0.14 12.011 ; qtot 4.94
+ 537 opls_140 35 GLU HA 184 0.06 1.008 ; qtot 5
+ 538 opls_136 35 GLU CB 185 -0.12 12.011 ; qtot 4.88
+ 539 opls_140 35 GLU HB1 185 0.06 1.008 ; qtot 4.94
+ 540 opls_140 35 GLU HB2 185 0.06 1.008 ; qtot 5
+ 541 opls_274 35 GLU CG 186 -0.22 12.011 ; qtot 4.78
+ 542 opls_140 35 GLU HG1 186 0.06 1.008 ; qtot 4.84
+ 543 opls_140 35 GLU HG2 186 0.06 1.008 ; qtot 4.9
+ 544 opls_271 35 GLU CD 187 0.7 12.011 ; qtot 5.6
+ 545 opls_272 35 GLU OE1 187 -0.8 15.9994 ; qtot 4.8
+ 546 opls_272 35 GLU OE2 187 -0.8 15.9994 ; qtot 4
+ 547 opls_235 35 GLU C 188 0.5 12.011 ; qtot 4.5
+ 548 opls_236 35 GLU O 188 -0.5 15.9994 ; qtot 4
+; residue 36 SER rtp SER q 0.0
+ 549 opls_238 36 SER N 189 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
+ 550 opls_241 36 SER H 189 0.3 1.008 ; qtot 3.8
+ 551 opls_224B 36 SER CA 189 0.14 12.011 ; qtot 3.94
+ 552 opls_140 36 SER HA 189 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 553 opls_157 36 SER CB 190 0.145 12.011 ; qtot 4.145
+ 554 opls_140 36 SER HB1 190 0.06 1.008 ; qtot 4.205
+ 555 opls_140 36 SER HB2 190 0.06 1.008 ; qtot 4.265
+ 556 opls_154 36 SER OG 191 -0.683 15.9994 ; qtot 3.582
+ 557 opls_155 36 SER HG 191 0.418 1.008 ; qtot 4
+ 558 opls_235 36 SER C 192 0.5 12.011 ; qtot 4.5
+ 559 opls_236 36 SER O 192 -0.5 15.9994 ; qtot 4
+; residue 37 ASN rtp ASN q 0.0
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+ 561 opls_241 37 ASN H 193 0.3 1.008 ; qtot 3.8
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+; residue 38 PHE rtp PHE q 0.0
+ 574 opls_238 38 PHE N 199 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
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+; residue 39 ASN rtp ASN q 0.0
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+; residue 40 THR rtp THR q 0.0
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+; residue 41 GLN rtp GLN q 0.0
+ 622 opls_238 41 GLN N 217 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
+ 623 opls_241 41 GLN H 217 0.3 1.008 ; qtot 3.8
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+ 631 opls_140 41 GLN HG2 220 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 632 opls_235 41 GLN CD 221 0.5 12.011 ; qtot 4.5
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+ 634 opls_237 41 GLN NE2 222 -0.76 14.0067 ; qtot 3.24
+ 635 opls_240 41 GLN HE21 222 0.38 1.008 ; qtot 3.62
+ 636 opls_240 41 GLN HE22 222 0.38 1.008 ; qtot 4
+ 637 opls_235 41 GLN C 223 0.5 12.011 ; qtot 4.5
+ 638 opls_236 41 GLN O 223 -0.5 15.9994 ; qtot 4
+; residue 42 ALA rtp ALA q 0.0
+ 639 opls_238 42 ALA N 224 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
+ 640 opls_241 42 ALA H 224 0.3 1.008 ; qtot 3.8
+ 641 opls_224B 42 ALA CA 224 0.14 12.011 ; qtot 3.94
+ 642 opls_140 42 ALA HA 224 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 643 opls_135 42 ALA CB 225 -0.18 12.011 ; qtot 3.82
+ 644 opls_140 42 ALA HB1 225 0.06 1.008 ; qtot 3.88
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+ 646 opls_140 42 ALA HB3 225 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 647 opls_235 42 ALA C 226 0.5 12.011 ; qtot 4.5
+ 648 opls_236 42 ALA O 226 -0.5 15.9994 ; qtot 4
+; residue 43 THR rtp THR q 0.0
+ 649 opls_238 43 THR N 227 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
+ 650 opls_241 43 THR H 227 0.3 1.008 ; qtot 3.8
+ 651 opls_224B 43 THR CA 227 0.14 12.011 ; qtot 3.94
+ 652 opls_140 43 THR HA 227 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 653 opls_158 43 THR CB 228 0.205 12.011 ; qtot 4.205
+ 654 opls_140 43 THR HB 228 0.06 1.008 ; qtot 4.265
+ 655 opls_154 43 THR OG1 228 -0.683 15.9994 ; qtot 3.582
+ 656 opls_155 43 THR HG1 228 0.418 1.008 ; qtot 4
+ 657 opls_135 43 THR CG2 229 -0.18 12.011 ; qtot 3.82
+ 658 opls_140 43 THR HG21 229 0.06 1.008 ; qtot 3.88
+ 659 opls_140 43 THR HG22 229 0.06 1.008 ; qtot 3.94
+ 660 opls_140 43 THR HG23 229 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 661 opls_235 43 THR C 230 0.5 12.011 ; qtot 4.5
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+; residue 44 ASN rtp ASN q 0.0
+ 663 opls_238 44 ASN N 231 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
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+ 669 opls_140 44 ASN HB2 233 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 670 opls_235 44 ASN CG 234 0.5 12.011 ; qtot 4.5
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+ 673 opls_240 44 ASN HD21 235 0.38 1.008 ; qtot 3.62
+ 674 opls_240 44 ASN HD22 235 0.38 1.008 ; qtot 4
+ 675 opls_235 44 ASN C 236 0.5 12.011 ; qtot 4.5
+ 676 opls_236 44 ASN O 236 -0.5 15.9994 ; qtot 4
+; residue 45 ARG rtp ARG q +1.0
+ 677 opls_238 45 ARG N 237 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5
+ 678 opls_241 45 ARG H 237 0.3 1.008 ; qtot 3.8
+ 679 opls_224B 45 ARG CA 237 0.14 12.011 ; qtot 3.94
+ 680 opls_140 45 ARG HA 237 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 681 opls_136 45 ARG CB 238 -0.12 12.011 ; qtot 3.88
+ 682 opls_140 45 ARG HB1 238 0.06 1.008 ; qtot 3.94
+ 683 opls_140 45 ARG HB2 238 0.06 1.008 ; qtot 4
+ 684 opls_308 45 ARG CG 239 -0.05 12.011 ; qtot 3.95
+ 685 opls_140 45 ARG HG1 239 0.06 1.008 ; qtot 4.01
+ 686 opls_140 45 ARG HG2 239 0.06 1.008 ; qtot 4.07
+ 687 opls_307 45 ARG CD 240 0.19 12.011 ; qtot 4.26
+ 688 opls_140 45 ARG HD1 240 0.06 1.008 ; qtot 4.32
+ 689 opls_140 45 ARG HD2 240 0.06 1.008 ; qtot 4.38
+ 690 opls_303 45 ARG NE 241 -0.7 14.0067 ; qtot 3.68
+ 691 opls_304 45 ARG HE 241 0.44 1.008 ; qtot 4.12
+ 692 opls_302 45 ARG CZ 241 0.64 12.011 ; qtot 4.76
+ 693 opls_300 45 ARG NH1 242 -0.8 14.0067 ; qtot 3.96
+ 694 opls_301 45 ARG HH11 242 0.46 1.008 ; qtot 4.42
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+ 696 opls_300 45 ARG NH2 243 -0.8 14.0067 ; qtot 4.08
+ 697 opls_301 45 ARG HH21 243 0.46 1.008 ; qtot 4.54
+ 698 opls_301 45 ARG HH22 243 0.46 1.008 ; qtot 5
+ 699 opls_235 45 ARG C 244 0.5 12.011 ; qtot 5.5
+ 700 opls_236 45 ARG O 244 -0.5 15.9994 ; qtot 5
+; residue 46 ASN rtp ASN q 0.0
+ 701 opls_238 46 ASN N 245 -0.5 14.0067 ; qtot 4.5
+ 702 opls_241 46 ASN H 245 0.3 1.008 ; qtot 4.8
+ 703 opls_224B 46 ASN CA 246 0.14 12.011 ; qtot 4.94
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+ 706 opls_140 46 ASN HB1 247 0.06 1.008 ; qtot 4.94
+ 707 opls_140 46 ASN HB2 247 0.06 1.008 ; qtot 5
+ 708 opls_235 46 ASN CG 248 0.5 12.011 ; qtot 5.5
+ 709 opls_236 46 ASN OD1 248 -0.5 15.9994 ; qtot 5
+ 710 opls_237 46 ASN ND2 249 -0.76 14.0067 ; qtot 4.24
+ 711 opls_240 46 ASN HD21 249 0.38 1.008 ; qtot 4.62
+ 712 opls_240 46 ASN HD22 249 0.38 1.008 ; qtot 5
+ 713 opls_235 46 ASN C 250 0.5 12.011 ; qtot 5.5
+ 714 opls_236 46 ASN O 250 -0.5 15.9994 ; qtot 5
+; residue 47 THR rtp THR q 0.0
+ 715 opls_238 47 THR N 251 -0.5 14.0067 ; qtot 4.5
+ 716 opls_241 47 THR H 251 0.3 1.008 ; qtot 4.8
+ 717 opls_224B 47 THR CA 251 0.14 12.011 ; qtot 4.94
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+ 719 opls_158 47 THR CB 252 0.205 12.011 ; qtot 5.205
+ 720 opls_140 47 THR HB 252 0.06 1.008 ; qtot 5.265
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+ 722 opls_155 47 THR HG1 252 0.418 1.008 ; qtot 5
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+ 724 opls_140 47 THR HG21 253 0.06 1.008 ; qtot 4.88
+ 725 opls_140 47 THR HG22 253 0.06 1.008 ; qtot 4.94
+ 726 opls_140 47 THR HG23 253 0.06 1.008 ; qtot 5
+ 727 opls_235 47 THR C 254 0.5 12.011 ; qtot 5.5
+ 728 opls_236 47 THR O 254 -0.5 15.9994 ; qtot 5
+; residue 48 ASP rtp ASP q -1.0
+ 729 opls_238 48 ASP N 255 -0.5 14.0067 ; qtot 4.5
+ 730 opls_241 48 ASP H 255 0.3 1.008 ; qtot 4.8
+ 731 opls_224B 48 ASP CA 255 0.14 12.011 ; qtot 4.94
+ 732 opls_140 48 ASP HA 255 0.06 1.008 ; qtot 5
+ 733 opls_274 48 ASP CB 256 -0.22 12.011 ; qtot 4.78
+ 734 opls_140 48 ASP HB1 256 0.06 1.008 ; qtot 4.84
+ 735 opls_140 48 ASP HB2 256 0.06 1.008 ; qtot 4.9
+ 736 opls_271 48 ASP CG 257 0.7 12.011 ; qtot 5.6
+ 737 opls_272 48 ASP OD1 257 -0.8 15.9994 ; qtot 4.8
+ 738 opls_272 48 ASP OD2 257 -0.8 15.9994 ; qtot 4
+ 739 opls_235 48 ASP C 258 0.5 12.011 ; qtot 4.5
+ 740 opls_236 48 ASP O 258 -0.5 15.9994 ; qtot 4
+; residue 49 GLY rtp GLY q 0.0
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+; residue 99 VAL rtp VAL q 0.0
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+ 1850 opls_146 123 TRP HZ2 646 0.115 1.008 ; qtot 7
+ 1851 opls_145 123 TRP CZ3 647 -0.115 12.011 ; qtot 6.885
+ 1852 opls_146 123 TRP HZ3 647 0.115 1.008 ; qtot 7
+ 1853 opls_145 123 TRP CH2 648 -0.115 12.011 ; qtot 6.885
+ 1854 opls_146 123 TRP HH2 648 0.115 1.008 ; qtot 7
+ 1855 opls_235 123 TRP C 649 0.5 12.011 ; qtot 7.5
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+ 1887 opls_140 125 ARG HD1 659 0.06 1.008 ; qtot 7.32
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+
+[ bonds ]
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+
+[ dihedrals ]
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+ 103 102 104 115 3
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+ 994 996 1006 1008 3
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+ 1052 1051 1053 1063 3
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+ 1063 1053 1055 1057 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
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+ 1051 1053 1055 1059 3
+ 1054 1053 1055 1056 3
+ 1054 1053 1055 1057 3
+ 1054 1053 1055 1059 3
+ 1063 1053 1055 1056 3
+ 1063 1053 1055 1059 3
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+ 1051 1053 1063 1065 3
+ 1054 1053 1063 1064 3
+ 1054 1053 1063 1065 3
+ 1055 1053 1063 1064 3
+ 1055 1053 1063 1065 3
+ 1053 1055 1057 1058 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
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+ 1064 1063 1065 1074 3
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+ 1070 1068 1071 1073 3
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+ 1082 1081 1084 1086 3
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+ 1083 1081 1084 1086 3
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+ 1081 1084 1086 1088 3
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+ 1085 1084 1086 1088 3
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+ 1084 1086 1088 1095 3
+ 1087 1086 1088 1089 3
+ 1087 1086 1088 1090 3
+ 1087 1086 1088 1095 3
+ 1086 1088 1090 1093 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 1095 1088 1090 1093 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
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+ 1089 1088 1090 1092 3
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+ 1086 1088 1095 1096 3
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+ 1089 1088 1095 1097 3
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+ 1090 1088 1095 1097 3
+ 1088 1090 1093 1094 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
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+ 1095 1097 1099 1100 3
+ 1095 1097 1099 1101 3
+ 1095 1097 1099 1119 3
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+ 1098 1097 1099 1101 3
+ 1098 1097 1099 1119 3
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+ 1097 1099 1119 1121 3
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+ 1100 1099 1119 1121 3
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+ 1099 1101 1104 1105 3
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+ 1099 1101 1104 1107 3
+ 1102 1101 1104 1105 3
+ 1102 1101 1104 1106 3
+ 1102 1101 1104 1107 3
+ 1103 1101 1104 1105 3
+ 1103 1101 1104 1106 3
+ 1103 1101 1104 1107 3
+ 1101 1104 1107 1108 3
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+ 1101 1104 1107 1110 3
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+ 1106 1104 1107 1109 3
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+ 1108 1107 1110 1112 3
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+ 1109 1107 1110 1112 3
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+ 1107 1110 1112 1116 3
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+ 1120 1119 1121 1123 3
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+ 1119 1121 1123 1133 3
+ 1122 1121 1123 1124 3
+ 1122 1121 1123 1125 3
+ 1122 1121 1123 1133 3
+ 1121 1123 1125 1128 3 dih_ASN_chi1_N_C_C_C
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+ 1121 1123 1125 1127 3
+ 1124 1123 1125 1126 3
+ 1124 1123 1125 1127 3
+ 1124 1123 1125 1128 3
+ 1133 1123 1125 1126 3
+ 1133 1123 1125 1127 3
+ 1121 1123 1133 1134 3
+ 1121 1123 1133 1135 3
+ 1124 1123 1133 1134 3
+ 1124 1123 1133 1135 3
+ 1125 1123 1133 1134 3
+ 1125 1123 1133 1135 3
+ 1123 1125 1128 1130 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
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+ 1126 1125 1128 1130 3
+ 1127 1125 1128 1129 3
+ 1127 1125 1128 1130 3
+ 1125 1128 1130 1131 3
+ 1125 1128 1130 1132 3
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+ 1129 1128 1130 1132 3
+ 1123 1133 1135 1136 3
+ 1123 1133 1135 1137 3
+ 1134 1133 1135 1136 3
+ 1134 1133 1135 1137 3
+ 1133 1135 1137 1138 3
+ 1133 1135 1137 1139 3
+ 1133 1135 1137 1152 3
+ 1136 1135 1137 1138 3
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+ 1136 1135 1137 1152 3
+ 1135 1137 1139 1142 3 dih_LEU_chi1_N_C_C_C
+ 1152 1137 1139 1142 3 dih_LEU_chi1_C_C_C_CO
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+ 1138 1137 1139 1141 3
+ 1138 1137 1139 1142 3
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+ 1152 1137 1139 1141 3
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+ 1138 1137 1152 1154 3
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+ 1139 1137 1152 1154 3
+ 1137 1139 1142 1143 3
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+ 1137 1139 1142 1148 3
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+ 1140 1139 1142 1148 3
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+ 1141 1139 1142 1144 3
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+ 1139 1142 1144 1145 3
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+ 1143 1142 1144 1145 3
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+ 1143 1142 1144 1147 3
+ 1148 1142 1144 1145 3
+ 1148 1142 1144 1146 3
+ 1148 1142 1144 1147 3
+ 1139 1142 1148 1149 3
+ 1139 1142 1148 1150 3
+ 1139 1142 1148 1151 3
+ 1143 1142 1148 1149 3
+ 1143 1142 1148 1150 3
+ 1143 1142 1148 1151 3
+ 1144 1142 1148 1149 3
+ 1144 1142 1148 1150 3
+ 1144 1142 1148 1151 3
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+ 1137 1152 1154 1156 3
+ 1153 1152 1154 1155 3
+ 1153 1152 1154 1156 3
+ 1152 1154 1156 1157 3
+ 1152 1154 1156 1158 3
+ 1152 1154 1156 1162 3
+ 1155 1154 1156 1157 3
+ 1155 1154 1156 1158 3
+ 1155 1154 1156 1162 3
+ 1154 1156 1158 1161 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
+ 1162 1156 1158 1161 3 dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
+ 1154 1156 1158 1159 3
+ 1154 1156 1158 1160 3
+ 1157 1156 1158 1159 3
+ 1157 1156 1158 1160 3
+ 1157 1156 1158 1161 3
+ 1162 1156 1158 1159 3
+ 1162 1156 1158 1160 3
+ 1154 1156 1162 1163 3
+ 1154 1156 1162 1164 3
+ 1157 1156 1162 1163 3
+ 1157 1156 1162 1164 3
+ 1158 1156 1162 1163 3
+ 1158 1156 1162 1164 3
+ 1156 1158 1161 1405 3
+ 1159 1158 1161 1405 3
+ 1160 1158 1161 1405 3
+ 1158 1161 1405 1402 3
+ 1156 1162 1164 1165 3
+ 1156 1162 1164 1166 3
+ 1163 1162 1164 1165 3
+ 1163 1162 1164 1166 3
+ 1162 1164 1166 1167 3
+ 1162 1164 1166 1168 3
+ 1162 1164 1166 1176 3
+ 1165 1164 1166 1167 3
+ 1165 1164 1166 1168 3
+ 1165 1164 1166 1176 3
+ 1164 1166 1168 1171 3 dih_ASN_chi1_N_C_C_C
+ 1176 1166 1168 1171 3 dih_ASN_chi1_C_C_C_CO
+ 1164 1166 1168 1169 3
+ 1164 1166 1168 1170 3
+ 1167 1166 1168 1169 3
+ 1167 1166 1168 1170 3
+ 1167 1166 1168 1171 3
+ 1176 1166 1168 1169 3
+ 1176 1166 1168 1170 3
+ 1164 1166 1176 1177 3
+ 1164 1166 1176 1178 3
+ 1167 1166 1176 1177 3
+ 1167 1166 1176 1178 3
+ 1168 1166 1176 1177 3
+ 1168 1166 1176 1178 3
+ 1166 1168 1171 1173 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
+ 1166 1168 1171 1172 3
+ 1169 1168 1171 1172 3
+ 1169 1168 1171 1173 3
+ 1170 1168 1171 1172 3
+ 1170 1168 1171 1173 3
+ 1168 1171 1173 1174 3
+ 1168 1171 1173 1175 3
+ 1172 1171 1173 1174 3
+ 1172 1171 1173 1175 3
+ 1166 1176 1178 1179 3
+ 1166 1176 1178 1180 3
+ 1177 1176 1178 1179 3
+ 1177 1176 1178 1180 3
+ 1176 1178 1180 1181 3
+ 1176 1178 1180 1182 3
+ 1176 1178 1180 1195 3
+ 1179 1178 1180 1181 3
+ 1179 1178 1180 1182 3
+ 1179 1178 1180 1195 3
+ 1178 1180 1182 1184 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 1178 1180 1182 1187 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 1195 1180 1182 1184 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 1195 1180 1182 1187 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 1178 1180 1182 1183 3
+ 1181 1180 1182 1183 3
+ 1181 1180 1182 1184 3
+ 1181 1180 1182 1187 3
+ 1195 1180 1182 1183 3
+ 1178 1180 1195 1196 3
+ 1178 1180 1195 1197 3
+ 1181 1180 1195 1196 3
+ 1181 1180 1195 1197 3
+ 1182 1180 1195 1196 3
+ 1182 1180 1195 1197 3
+ 1180 1182 1184 1185 3
+ 1180 1182 1184 1186 3
+ 1180 1182 1184 1191 3
+ 1183 1182 1184 1185 3
+ 1183 1182 1184 1186 3
+ 1183 1182 1184 1191 3
+ 1187 1182 1184 1185 3
+ 1187 1182 1184 1186 3
+ 1187 1182 1184 1191 3
+ 1180 1182 1187 1188 3
+ 1180 1182 1187 1189 3
+ 1180 1182 1187 1190 3
+ 1183 1182 1187 1188 3
+ 1183 1182 1187 1189 3
+ 1183 1182 1187 1190 3
+ 1184 1182 1187 1188 3
+ 1184 1182 1187 1189 3
+ 1184 1182 1187 1190 3
+ 1182 1184 1191 1192 3
+ 1182 1184 1191 1193 3
+ 1182 1184 1191 1194 3
+ 1185 1184 1191 1192 3
+ 1185 1184 1191 1193 3
+ 1185 1184 1191 1194 3
+ 1186 1184 1191 1192 3
+ 1186 1184 1191 1193 3
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+ 1180 1195 1197 1206 3
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+ 1196 1195 1197 1206 3
+ 1195 1197 1198 1199 3
+ 1195 1197 1198 1200 3
+ 1195 1197 1198 1209 3
+ 1206 1197 1198 1199 3
+ 1206 1197 1198 1200 3
+ 1206 1197 1198 1209 3
+ 1195 1197 1206 1203 3
+ 1195 1197 1206 1207 3
+ 1195 1197 1206 1208 3
+ 1198 1197 1206 1203 3
+ 1198 1197 1206 1207 3
+ 1198 1197 1206 1208 3
+ 1197 1198 1200 1201 3
+ 1197 1198 1200 1202 3
+ 1197 1198 1200 1203 3
+ 1199 1198 1200 1201 3
+ 1199 1198 1200 1202 3
+ 1199 1198 1200 1203 3
+ 1209 1198 1200 1201 3
+ 1209 1198 1200 1202 3
+ 1209 1198 1200 1203 3
+ 1197 1198 1209 1210 3
+ 1197 1198 1209 1211 3
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+ 1200 1198 1209 1210 3
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+ 1198 1200 1203 1204 3
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+ 1198 1209 1211 1213 3
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+ 1210 1209 1211 1213 3
+ 1209 1211 1213 1214 3
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+ 1209 1211 1213 1219 3
+ 1212 1211 1213 1214 3
+ 1212 1211 1213 1215 3
+ 1212 1211 1213 1219 3
+ 1211 1213 1215 1218 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
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+ 1211 1213 1215 1216 3
+ 1211 1213 1215 1217 3
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+ 1211 1213 1219 1221 3
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+ 1215 1213 1219 1221 3
+ 1213 1215 1218 991 3
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+ 1213 1219 1221 1223 3
+ 1220 1219 1221 1222 3
+ 1220 1219 1221 1223 3
+ 1219 1221 1223 1224 3
+ 1219 1221 1223 1225 3
+ 1219 1221 1223 1230 3
+ 1222 1221 1223 1224 3
+ 1222 1221 1223 1225 3
+ 1222 1221 1223 1230 3
+ 1221 1223 1225 1228 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
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+ 1224 1223 1225 1228 3
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+ 1233 1232 1234 1235 3
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+ 1233 1232 1234 1240 3
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+ 1236 1234 1240 1241 3
+ 1236 1234 1240 1242 3
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+ 1259 1244 1246 1248 3
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+ 1265 1263 1278 1280 3
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+ 1279 1278 1280 1282 3
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+ 1281 1280 1282 1289 3
+ 1280 1282 1284 1287 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 1289 1282 1284 1287 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 1280 1282 1284 1285 3
+ 1280 1282 1284 1286 3
+ 1283 1282 1284 1285 3
+ 1283 1282 1284 1286 3
+ 1283 1282 1284 1287 3
+ 1289 1282 1284 1285 3
+ 1289 1282 1284 1286 3
+ 1280 1282 1289 1290 3
+ 1280 1282 1289 1291 3
+ 1283 1282 1289 1290 3
+ 1283 1282 1289 1291 3
+ 1284 1282 1289 1290 3
+ 1284 1282 1289 1291 3
+ 1282 1284 1287 1288 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 1285 1284 1287 1288 3
+ 1286 1284 1287 1288 3
+ 1282 1289 1291 1292 3
+ 1282 1289 1291 1293 3
+ 1290 1289 1291 1292 3
+ 1290 1289 1291 1293 3
+ 1289 1291 1293 1294 3
+ 1289 1291 1293 1295 3
+ 1289 1291 1293 1300 3
+ 1292 1291 1293 1294 3
+ 1292 1291 1293 1295 3
+ 1292 1291 1293 1300 3
+ 1291 1293 1295 1298 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 1300 1293 1295 1298 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 1291 1293 1295 1296 3
+ 1291 1293 1295 1297 3
+ 1294 1293 1295 1296 3
+ 1294 1293 1295 1297 3
+ 1294 1293 1295 1298 3
+ 1300 1293 1295 1296 3
+ 1300 1293 1295 1297 3
+ 1291 1293 1300 1301 3
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+ 1294 1293 1300 1302 3
+ 1295 1293 1300 1301 3
+ 1295 1293 1300 1302 3
+ 1293 1295 1298 1299 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 1296 1295 1298 1299 3
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+ 1293 1300 1302 1303 3
+ 1293 1300 1302 1304 3
+ 1301 1300 1302 1303 3
+ 1301 1300 1302 1304 3
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+ 1300 1302 1304 1306 3
+ 1300 1302 1304 1312 3
+ 1303 1302 1304 1305 3
+ 1303 1302 1304 1306 3
+ 1303 1302 1304 1312 3
+ 1302 1304 1306 1309 3 dih_ASP_chi1_N_C_C_C
+ 1312 1304 1306 1309 3 dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
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+ 1305 1304 1306 1308 3
+ 1305 1304 1306 1309 3
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+ 1306 1304 1312 1314 3
+ 1304 1306 1309 1310 3
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+ 1308 1306 1309 1311 3
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+ 1304 1312 1314 1316 3
+ 1313 1312 1314 1315 3
+ 1313 1312 1314 1316 3
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+ 1312 1314 1316 1331 3
+ 1315 1314 1316 1317 3
+ 1315 1314 1316 1318 3
+ 1315 1314 1316 1331 3
+ 1314 1316 1318 1320 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 1314 1316 1318 1323 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 1331 1316 1318 1320 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 1331 1316 1318 1323 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 1314 1316 1318 1319 3
+ 1317 1316 1318 1319 3
+ 1317 1316 1318 1320 3
+ 1317 1316 1318 1323 3
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+ 1317 1316 1331 1333 3
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+ 1334 1333 1335 1337 3
+ 1334 1333 1335 1345 3
+ 1333 1335 1337 1339 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
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+ 1336 1335 1345 1347 3
+ 1337 1335 1345 1346 3
+ 1337 1335 1345 1347 3
+ 1335 1337 1339 1340 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
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+ 1347 1349 1355 1357 3
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+ 1351 1349 1355 1357 3
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+ 1361 1359 1366 1368 3
+ 1359 1361 1364 1365 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
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+ 1382 1370 1372 1378 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 1368 1370 1372 1373 3
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+ 1382 1384 1386 1396 3
+ 1385 1384 1386 1387 3
+ 1385 1384 1386 1388 3
+ 1385 1384 1386 1396 3
+ 1384 1386 1388 1391 3 dih_ASN_chi1_N_C_C_C
+ 1396 1386 1388 1391 3 dih_ASN_chi1_C_C_C_CO
+ 1384 1386 1388 1389 3
+ 1384 1386 1388 1390 3
+ 1387 1386 1388 1389 3
+ 1387 1386 1388 1390 3
+ 1387 1386 1388 1391 3
+ 1396 1386 1388 1389 3
+ 1396 1386 1388 1390 3
+ 1384 1386 1396 1397 3
+ 1384 1386 1396 1398 3
+ 1387 1386 1396 1397 3
+ 1387 1386 1396 1398 3
+ 1388 1386 1396 1397 3
+ 1388 1386 1396 1398 3
+ 1386 1388 1391 1393 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
+ 1386 1388 1391 1392 3
+ 1389 1388 1391 1392 3
+ 1389 1388 1391 1393 3
+ 1390 1388 1391 1392 3
+ 1390 1388 1391 1393 3
+ 1388 1391 1393 1394 3
+ 1388 1391 1393 1395 3
+ 1392 1391 1393 1394 3
+ 1392 1391 1393 1395 3
+ 1386 1396 1398 1399 3
+ 1386 1396 1398 1400 3
+ 1397 1396 1398 1399 3
+ 1397 1396 1398 1400 3
+ 1396 1398 1400 1401 3
+ 1396 1398 1400 1402 3
+ 1396 1398 1400 1406 3
+ 1399 1398 1400 1401 3
+ 1399 1398 1400 1402 3
+ 1399 1398 1400 1406 3
+ 1398 1400 1402 1405 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
+ 1406 1400 1402 1405 3 dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
+ 1398 1400 1402 1403 3
+ 1398 1400 1402 1404 3
+ 1401 1400 1402 1403 3
+ 1401 1400 1402 1404 3
+ 1401 1400 1402 1405 3
+ 1406 1400 1402 1403 3
+ 1406 1400 1402 1404 3
+ 1398 1400 1406 1407 3
+ 1398 1400 1406 1408 3
+ 1401 1400 1406 1407 3
+ 1401 1400 1406 1408 3
+ 1402 1400 1406 1407 3
+ 1402 1400 1406 1408 3
+ 1400 1402 1405 1161 3
+ 1403 1402 1405 1161 3
+ 1404 1402 1405 1161 3
+ 1400 1406 1408 1409 3
+ 1400 1406 1408 1410 3
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+ 1416 1410 1412 1414 3
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+ 1408 1410 1416 1418 3
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+ 1411 1410 1416 1418 3
+ 1412 1410 1416 1417 3
+ 1412 1410 1416 1418 3
+ 1410 1416 1418 1419 3
+ 1410 1416 1418 1420 3
+ 1417 1416 1418 1419 3
+ 1417 1416 1418 1420 3
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+ 1416 1418 1420 1422 3
+ 1416 1418 1420 1438 3
+ 1419 1418 1420 1421 3
+ 1419 1418 1420 1422 3
+ 1419 1418 1420 1438 3
+ 1418 1420 1422 1425 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
+ 1438 1420 1422 1425 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
+ 1418 1420 1422 1423 3
+ 1418 1420 1422 1424 3
+ 1421 1420 1422 1423 3
+ 1421 1420 1422 1424 3
+ 1421 1420 1422 1425 3
+ 1438 1420 1422 1423 3
+ 1438 1420 1422 1424 3
+ 1418 1420 1438 1439 3
+ 1418 1420 1438 1440 3
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+ 1421 1420 1438 1440 3
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+ 1422 1420 1438 1440 3
+ 1420 1422 1425 1426 3
+ 1420 1422 1425 1427 3
+ 1420 1422 1425 1428 3
+ 1423 1422 1425 1426 3
+ 1423 1422 1425 1427 3
+ 1423 1422 1425 1428 3
+ 1424 1422 1425 1426 3
+ 1424 1422 1425 1427 3
+ 1424 1422 1425 1428 3
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+ 1427 1425 1428 1430 3
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+ 1429 1428 1431 1433 3
+ 1429 1428 1431 1434 3
+ 1430 1428 1431 1432 3
+ 1430 1428 1431 1433 3
+ 1430 1428 1431 1434 3
+ 1428 1431 1434 1435 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 1428 1431 1434 1436 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 1428 1431 1434 1437 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 1432 1431 1434 1435 3
+ 1432 1431 1434 1436 3
+ 1432 1431 1434 1437 3
+ 1433 1431 1434 1435 3
+ 1433 1431 1434 1436 3
+ 1433 1431 1434 1437 3
+ 1420 1438 1440 1441 3
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+ 1439 1438 1440 1442 3
+ 1438 1440 1442 1443 3
+ 1438 1440 1442 1444 3
+ 1438 1440 1442 1460 3
+ 1441 1440 1442 1443 3
+ 1441 1440 1442 1444 3
+ 1441 1440 1442 1460 3
+ 1440 1442 1444 1447 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
+ 1460 1442 1444 1447 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
+ 1440 1442 1444 1445 3
+ 1440 1442 1444 1446 3
+ 1443 1442 1444 1445 3
+ 1443 1442 1444 1446 3
+ 1443 1442 1444 1447 3
+ 1460 1442 1444 1445 3
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+ 1440 1442 1460 1462 3
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+ 1443 1442 1460 1462 3
+ 1444 1442 1460 1461 3
+ 1444 1442 1460 1462 3
+ 1442 1444 1447 1448 3
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+ 1442 1444 1447 1450 3
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+ 1445 1444 1447 1449 3
+ 1445 1444 1447 1450 3
+ 1446 1444 1447 1448 3
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+ 1446 1444 1447 1450 3
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+ 1451 1450 1453 1456 3
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+ 1452 1450 1453 1455 3
+ 1452 1450 1453 1456 3
+ 1450 1453 1456 1457 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 1450 1453 1456 1458 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 1450 1453 1456 1459 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 1454 1453 1456 1457 3
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+ 1455 1453 1456 1458 3
+ 1455 1453 1456 1459 3
+ 1442 1460 1462 1463 3
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+ 1460 1462 1464 1466 3
+ 1460 1462 1464 1479 3
+ 1463 1462 1464 1465 3
+ 1463 1462 1464 1466 3
+ 1463 1462 1464 1479 3
+ 1462 1464 1466 1468 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 1462 1464 1466 1471 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 1479 1464 1466 1468 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 1479 1464 1466 1471 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 1462 1464 1466 1467 3
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+ 1465 1464 1466 1468 3
+ 1465 1464 1466 1471 3
+ 1479 1464 1466 1467 3
+ 1462 1464 1479 1480 3
+ 1462 1464 1479 1481 3
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+ 1465 1464 1479 1481 3
+ 1466 1464 1479 1480 3
+ 1466 1464 1479 1481 3
+ 1464 1466 1468 1469 3
+ 1464 1466 1468 1470 3
+ 1464 1466 1468 1475 3
+ 1467 1466 1468 1469 3
+ 1467 1466 1468 1470 3
+ 1467 1466 1468 1475 3
+ 1471 1466 1468 1469 3
+ 1471 1466 1468 1470 3
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+ 1468 1466 1471 1472 3
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+ 1468 1466 1471 1474 3
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+ 1470 1468 1475 1476 3
+ 1470 1468 1475 1477 3
+ 1470 1468 1475 1478 3
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+ 1482 1481 1483 1485 3
+ 1482 1481 1483 1495 3
+ 1481 1483 1485 1487 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 1481 1483 1485 1491 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 1495 1483 1485 1487 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 1495 1483 1485 1491 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 1481 1483 1485 1486 3
+ 1484 1483 1485 1486 3
+ 1484 1483 1485 1487 3
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+ 1485 1483 1495 1496 3
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+ 1483 1485 1487 1488 3
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+ 1486 1485 1487 1488 3
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+ 1491 1485 1487 1489 3
+ 1491 1485 1487 1490 3
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+ 1487 1485 1491 1492 3
+ 1487 1485 1491 1493 3
+ 1487 1485 1491 1494 3
+ 1483 1495 1497 1498 3
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+ 1496 1495 1497 1499 3
+ 1495 1497 1499 1500 3
+ 1495 1497 1499 1501 3
+ 1495 1497 1499 1506 3
+ 1498 1497 1499 1500 3
+ 1498 1497 1499 1501 3
+ 1498 1497 1499 1506 3
+ 1497 1499 1501 1504 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 1506 1499 1501 1504 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 1497 1499 1501 1502 3
+ 1497 1499 1501 1503 3
+ 1500 1499 1501 1502 3
+ 1500 1499 1501 1503 3
+ 1500 1499 1501 1504 3
+ 1506 1499 1501 1502 3
+ 1506 1499 1501 1503 3
+ 1497 1499 1506 1507 3
+ 1497 1499 1506 1508 3
+ 1500 1499 1506 1507 3
+ 1500 1499 1506 1508 3
+ 1501 1499 1506 1507 3
+ 1501 1499 1506 1508 3
+ 1499 1501 1504 1505 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 1502 1501 1504 1505 3
+ 1503 1501 1504 1505 3
+ 1499 1506 1508 1509 3
+ 1499 1506 1508 1510 3
+ 1507 1506 1508 1509 3
+ 1507 1506 1508 1510 3
+ 1506 1508 1510 1511 3
+ 1506 1508 1510 1512 3
+ 1506 1508 1510 1518 3
+ 1509 1508 1510 1511 3
+ 1509 1508 1510 1512 3
+ 1509 1508 1510 1518 3
+ 1508 1510 1512 1515 3 dih_ASP_chi1_N_C_C_C
+ 1518 1510 1512 1515 3 dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
+ 1508 1510 1512 1513 3
+ 1508 1510 1512 1514 3
+ 1511 1510 1512 1513 3
+ 1511 1510 1512 1514 3
+ 1511 1510 1512 1515 3
+ 1518 1510 1512 1513 3
+ 1518 1510 1512 1514 3
+ 1508 1510 1518 1519 3
+ 1508 1510 1518 1520 3
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+ 1511 1510 1518 1520 3
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+ 1637 1639 1641 1661 3
+ 1640 1639 1641 1642 3
+ 1640 1639 1641 1643 3
+ 1640 1639 1641 1661 3
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+ 1643 1641 1661 1662 3
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+ 1663 1665 1685 1687 3
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+ 1667 1665 1685 1686 3
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+ 1679 1678 1682 1684 3
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+ 1665 1685 1687 1689 3
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+ 1686 1685 1687 1689 3
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+ 1690 1689 1691 1693 3
+ 1690 1689 1691 1694 3
+ 1699 1689 1691 1692 3
+ 1699 1689 1691 1693 3
+ 1687 1689 1699 1700 3
+ 1687 1689 1699 1701 3
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+ 1690 1689 1699 1701 3
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+ 1689 1691 1694 1696 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
+ 1689 1691 1694 1695 3
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+ 1692 1691 1694 1696 3
+ 1693 1691 1694 1695 3
+ 1693 1691 1694 1696 3
+ 1691 1694 1696 1697 3
+ 1691 1694 1696 1698 3
+ 1695 1694 1696 1697 3
+ 1695 1694 1696 1698 3
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+ 1689 1699 1701 1703 3
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+ 1700 1699 1701 1703 3
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+ 1702 1701 1703 1704 3
+ 1702 1701 1703 1705 3
+ 1702 1701 1703 1723 3
+ 1701 1703 1705 1708 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
+ 1723 1703 1705 1708 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
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+ 1701 1703 1705 1707 3
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+ 1704 1703 1705 1708 3
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+ 1723 1703 1705 1707 3
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+ 1701 1703 1723 1725 3
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+ 1704 1703 1723 1725 3
+ 1705 1703 1723 1724 3
+ 1705 1703 1723 1725 3
+ 1703 1705 1708 1709 3
+ 1703 1705 1708 1710 3
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+ 1709 1708 1711 1714 3
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+ 1717 1716 1720 1722 3
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+ 1703 1723 1725 1727 3
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+ 1728 1727 1729 1731 3
+ 1728 1727 1729 1732 3
+ 1733 1727 1729 1730 3
+ 1733 1727 1729 1731 3
+ 1725 1727 1733 1734 3
+ 1725 1727 1733 1735 3
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+ 1729 1727 1733 1735 3
+ 1727 1729 1732 469 3
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+ 1755 1737 1739 1742 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
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+ 1738 1737 1739 1742 3
+ 1755 1737 1739 1740 3
+ 1755 1737 1739 1741 3
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+ 1735 1737 1755 1757 3
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+ 1744 1742 1745 1747 3
+ 1744 1742 1745 1748 3
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+ 1747 1745 1748 1750 3
+ 1747 1745 1748 1751 3
+ 1745 1748 1751 1752 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 1745 1748 1751 1753 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
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+ 1749 1748 1751 1752 3
+ 1749 1748 1751 1753 3
+ 1749 1748 1751 1754 3
+ 1750 1748 1751 1752 3
+ 1750 1748 1751 1753 3
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+ 1765 1764 1766 1776 3
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+ 1776 1766 1768 1772 3
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+ 1768 1766 1776 1778 3
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+ 1770 1768 1772 1774 3
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+ 1779 1778 1780 1782 3
+ 1779 1778 1780 1788 3
+ 1778 1780 1782 1785 3 dih_ASP_chi1_N_C_C_C
+ 1788 1780 1782 1785 3 dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
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+ 1788 1780 1782 1784 3
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+ 1780 1782 1785 1787 3
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+ 1784 1782 1785 1787 3
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+ 1791 1790 1792 1804 3
+ 1790 1792 1794 1796 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 1790 1792 1794 1800 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 1804 1792 1794 1796 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 1804 1792 1794 1800 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
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+ 1857 1859 1861 1866 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
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+ 1874 1859 1861 1866 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
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+ 1864 1863 1870 1871 3
+ 1864 1863 1870 1872 3
+ 1864 1863 1870 1873 3
+ 1865 1863 1870 1871 3
+ 1865 1863 1870 1872 3
+ 1865 1863 1870 1873 3
+ 1859 1874 1876 1877 3
+ 1859 1874 1876 1878 3
+ 1875 1874 1876 1877 3
+ 1875 1874 1876 1878 3
+ 1874 1876 1878 1879 3
+ 1874 1876 1878 1880 3
+ 1874 1876 1878 1898 3
+ 1877 1876 1878 1879 3
+ 1877 1876 1878 1880 3
+ 1877 1876 1878 1898 3
+ 1876 1878 1880 1883 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
+ 1898 1878 1880 1883 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
+ 1876 1878 1880 1881 3
+ 1876 1878 1880 1882 3
+ 1879 1878 1880 1881 3
+ 1879 1878 1880 1882 3
+ 1879 1878 1880 1883 3
+ 1898 1878 1880 1881 3
+ 1898 1878 1880 1882 3
+ 1876 1878 1898 1899 3
+ 1876 1878 1898 1900 3
+ 1879 1878 1898 1899 3
+ 1879 1878 1898 1900 3
+ 1880 1878 1898 1899 3
+ 1880 1878 1898 1900 3
+ 1878 1880 1883 1884 3
+ 1878 1880 1883 1885 3
+ 1878 1880 1883 1886 3
+ 1881 1880 1883 1884 3
+ 1881 1880 1883 1885 3
+ 1881 1880 1883 1886 3
+ 1882 1880 1883 1884 3
+ 1882 1880 1883 1885 3
+ 1882 1880 1883 1886 3
+ 1880 1883 1886 1887 3
+ 1880 1883 1886 1888 3
+ 1880 1883 1886 1889 3
+ 1884 1883 1886 1887 3
+ 1884 1883 1886 1888 3
+ 1884 1883 1886 1889 3
+ 1885 1883 1886 1887 3
+ 1885 1883 1886 1888 3
+ 1885 1883 1886 1889 3
+ 1883 1886 1889 1890 3
+ 1883 1886 1889 1891 3
+ 1887 1886 1889 1890 3
+ 1887 1886 1889 1891 3
+ 1888 1886 1889 1890 3
+ 1888 1886 1889 1891 3
+ 1886 1889 1891 1892 3
+ 1886 1889 1891 1895 3
+ 1890 1889 1891 1892 3
+ 1890 1889 1891 1895 3
+ 1889 1891 1892 1893 3
+ 1889 1891 1892 1894 3
+ 1895 1891 1892 1893 3
+ 1895 1891 1892 1894 3
+ 1889 1891 1895 1896 3
+ 1889 1891 1895 1897 3
+ 1892 1891 1895 1896 3
+ 1892 1891 1895 1897 3
+ 1878 1898 1900 1901 3
+ 1878 1898 1900 1902 3
+ 1899 1898 1900 1901 3
+ 1899 1898 1900 1902 3
+ 1898 1900 1902 1903 3
+ 1898 1900 1902 1904 3
+ 1898 1900 1902 1905 3
+ 1901 1900 1902 1903 3
+ 1901 1900 1902 1904 3
+ 1901 1900 1902 1905 3
+ 1900 1902 1905 1906 3
+ 1900 1902 1905 1907 3
+ 1903 1902 1905 1906 3
+ 1903 1902 1905 1907 3
+ 1904 1902 1905 1906 3
+ 1904 1902 1905 1907 3
+ 1902 1905 1907 1908 3
+ 1902 1905 1907 1909 3
+ 1906 1905 1907 1908 3
+ 1906 1905 1907 1909 3
+ 1905 1907 1909 1910 3
+ 1905 1907 1909 1911 3
+ 1905 1907 1909 1915 3
+ 1908 1907 1909 1910 3
+ 1908 1907 1909 1911 3
+ 1908 1907 1909 1915 3
+ 1907 1909 1911 1914 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
+ 1915 1909 1911 1914 3 dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
+ 1907 1909 1911 1912 3
+ 1907 1909 1911 1913 3
+ 1910 1909 1911 1912 3
+ 1910 1909 1911 1913 3
+ 1910 1909 1911 1914 3
+ 1915 1909 1911 1912 3
+ 1915 1909 1911 1913 3
+ 1907 1909 1915 1916 3
+ 1907 1909 1915 1917 3
+ 1910 1909 1915 1916 3
+ 1910 1909 1915 1917 3
+ 1911 1909 1915 1916 3
+ 1911 1909 1915 1917 3
+ 1909 1911 1914 99 3
+ 1912 1911 1914 99 3
+ 1913 1911 1914 99 3
+ 1909 1915 1917 1918 3
+ 1909 1915 1917 1919 3
+ 1916 1915 1917 1918 3
+ 1916 1915 1917 1919 3
+ 1915 1917 1919 1920 3
+ 1915 1917 1919 1921 3
+ 1915 1917 1919 1939 3
+ 1918 1917 1919 1920 3
+ 1918 1917 1919 1921 3
+ 1918 1917 1919 1939 3
+ 1917 1919 1921 1924 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
+ 1939 1919 1921 1924 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
+ 1917 1919 1921 1922 3
+ 1917 1919 1921 1923 3
+ 1920 1919 1921 1922 3
+ 1920 1919 1921 1923 3
+ 1920 1919 1921 1924 3
+ 1939 1919 1921 1922 3
+ 1939 1919 1921 1923 3
+ 1917 1919 1939 1940 3
+ 1917 1919 1939 1941 3
+ 1920 1919 1939 1940 3
+ 1920 1919 1939 1941 3
+ 1921 1919 1939 1940 3
+ 1921 1919 1939 1941 3
+ 1919 1921 1924 1925 3
+ 1919 1921 1924 1926 3
+ 1919 1921 1924 1927 3
+ 1922 1921 1924 1925 3
+ 1922 1921 1924 1926 3
+ 1922 1921 1924 1927 3
+ 1923 1921 1924 1925 3
+ 1923 1921 1924 1926 3
+ 1923 1921 1924 1927 3
+ 1921 1924 1927 1928 3
+ 1921 1924 1927 1929 3
+ 1921 1924 1927 1930 3
+ 1925 1924 1927 1928 3
+ 1925 1924 1927 1929 3
+ 1925 1924 1927 1930 3
+ 1926 1924 1927 1928 3
+ 1926 1924 1927 1929 3
+ 1926 1924 1927 1930 3
+ 1924 1927 1930 1931 3
+ 1924 1927 1930 1932 3
+ 1928 1927 1930 1931 3
+ 1928 1927 1930 1932 3
+ 1929 1927 1930 1931 3
+ 1929 1927 1930 1932 3
+ 1927 1930 1932 1933 3
+ 1927 1930 1932 1936 3
+ 1931 1930 1932 1933 3
+ 1931 1930 1932 1936 3
+ 1930 1932 1933 1934 3
+ 1930 1932 1933 1935 3
+ 1936 1932 1933 1934 3
+ 1936 1932 1933 1935 3
+ 1930 1932 1936 1937 3
+ 1930 1932 1936 1938 3
+ 1933 1932 1936 1937 3
+ 1933 1932 1936 1938 3
+ 1919 1939 1941 1942 3
+ 1919 1939 1941 1943 3
+ 1940 1939 1941 1942 3
+ 1940 1939 1941 1943 3
+ 1939 1941 1943 1944 3
+ 1939 1941 1943 1945 3
+ 1939 1941 1943 1958 3
+ 1942 1941 1943 1944 3
+ 1942 1941 1943 1945 3
+ 1942 1941 1943 1958 3
+ 1941 1943 1945 1948 3 dih_LEU_chi1_N_C_C_C
+ 1958 1943 1945 1948 3 dih_LEU_chi1_C_C_C_CO
+ 1941 1943 1945 1946 3
+ 1941 1943 1945 1947 3
+ 1944 1943 1945 1946 3
+ 1944 1943 1945 1947 3
+ 1944 1943 1945 1948 3
+ 1958 1943 1945 1946 3
+ 1958 1943 1945 1947 3
+ 1941 1943 1958 1959 3
+ 1941 1943 1958 1960 3
+ 1944 1943 1958 1959 3
+ 1944 1943 1958 1960 3
+ 1945 1943 1958 1959 3
+ 1945 1943 1958 1960 3
+ 1943 1945 1948 1949 3
+ 1943 1945 1948 1950 3
+ 1943 1945 1948 1954 3
+ 1946 1945 1948 1949 3
+ 1946 1945 1948 1950 3
+ 1946 1945 1948 1954 3
+ 1947 1945 1948 1949 3
+ 1947 1945 1948 1950 3
+ 1947 1945 1948 1954 3
+ 1945 1948 1950 1951 3
+ 1945 1948 1950 1952 3
+ 1945 1948 1950 1953 3
+ 1949 1948 1950 1951 3
+ 1949 1948 1950 1952 3
+ 1949 1948 1950 1953 3
+ 1954 1948 1950 1951 3
+ 1954 1948 1950 1952 3
+ 1954 1948 1950 1953 3
+ 1945 1948 1954 1955 3
+ 1945 1948 1954 1956 3
+ 1945 1948 1954 1957 3
+ 1949 1948 1954 1955 3
+ 1949 1948 1954 1956 3
+ 1949 1948 1954 1957 3
+ 1950 1948 1954 1955 3
+ 1950 1948 1954 1956 3
+ 1950 1948 1954 1957 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 25 23 24 1 improper_O_C_X_Y
+ 23 27 25 26 1 improper_Z_N_X_Y
+ 27 41 39 40 1 improper_O_C_X_Y
+ 39 43 41 42 1 improper_Z_N_X_Y
+ 43 61 59 60 1 improper_O_C_X_Y
+ 45 48 51 49 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 48 53 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 48 55 51 52 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 49 57 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 51 57 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 53 55 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 59 63 61 62 1 improper_Z_N_X_Y
+ 63 68 66 67 1 improper_O_C_X_Y
+ 66 70 68 69 1 improper_Z_N_X_Y
+ 70 92 90 91 1 improper_O_C_X_Y
+ 78 83 81 82 1 improper_Z_N_X_Y
+ 81 84 83 87 1 improper_O_C_X_Y
+ 83 85 84 86 1 improper_Z_N_X_Y
+ 83 88 87 89 1 improper_Z_N_X_Y
+ 90 94 92 93 1 improper_Z_N_X_Y
+ 94 102 100 101 1 improper_O_C_X_Y
+ 100 104 102 103 1 improper_Z_N_X_Y
+ 104 117 115 116 1 improper_O_C_X_Y
+ 109 113 112 114 1 improper_O_C_X_Y
+ 115 119 117 118 1 improper_Z_N_X_Y
+ 119 136 134 135 1 improper_O_C_X_Y
+ 134 138 136 137 1 improper_Z_N_X_Y
+ 138 146 144 145 1 improper_O_C_X_Y
+ 144 148 146 147 1 improper_Z_N_X_Y
+ 148 156 154 155 1 improper_O_C_X_Y
+ 154 158 156 157 1 improper_Z_N_X_Y
+ 158 166 164 165 1 improper_O_C_X_Y
+ 164 168 166 167 1 improper_Z_N_X_Y
+ 168 183 181 182 1 improper_O_C_X_Y
+ 181 185 183 184 1 improper_Z_N_X_Y
+ 185 205 203 204 1 improper_O_C_X_Y
+ 203 207 205 206 1 improper_Z_N_X_Y
+ 207 229 227 228 1 improper_O_C_X_Y
+ 215 220 218 219 1 improper_Z_N_X_Y
+ 218 221 220 224 1 improper_O_C_X_Y
+ 220 222 221 223 1 improper_Z_N_X_Y
+ 220 225 224 226 1 improper_Z_N_X_Y
+ 227 231 229 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 246 244 245 1 improper_O_C_X_Y
+ 233 236 238 237 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 236 242 238 239 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 237 242 240 241 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 240 238 242 243 1 improper_Z_N_X_Y
+ 244 248 246 247 1 improper_Z_N_X_Y
+ 248 253 251 252 1 improper_O_C_X_Y
+ 251 255 253 254 1 improper_Z_N_X_Y
+ 255 272 270 271 1 improper_O_C_X_Y
+ 270 274 272 273 1 improper_Z_N_X_Y
+ 274 284 282 283 1 improper_O_C_X_Y
+ 276 280 279 281 1 improper_O_C_X_Y
+ 282 286 284 285 1 improper_Z_N_X_Y
+ 286 298 296 297 1 improper_O_C_X_Y
+ 288 293 291 292 1 improper_O_C_X_Y
+ 291 294 293 295 1 improper_Z_N_X_Y
+ 296 300 298 299 1 improper_Z_N_X_Y
+ 300 319 317 318 1 improper_O_C_X_Y
+ 302 305 308 306 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 305 310 306 307 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 305 312 308 309 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 306 314 310 311 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 308 314 312 313 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 310 312 314 315 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 317 321 319 320 1 improper_Z_N_X_Y
+ 321 343 341 342 1 improper_O_C_X_Y
+ 329 334 332 333 1 improper_Z_N_X_Y
+ 332 335 334 338 1 improper_O_C_X_Y
+ 334 336 335 337 1 improper_Z_N_X_Y
+ 334 339 338 340 1 improper_Z_N_X_Y
+ 341 345 343 344 1 improper_Z_N_X_Y
+ 345 350 348 349 1 improper_O_C_X_Y
+ 348 352 350 351 1 improper_Z_N_X_Y
+ 352 371 369 370 1 improper_O_C_X_Y
+ 354 357 360 358 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 357 362 358 359 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 357 364 360 361 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 358 366 362 363 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 360 366 364 365 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 362 364 366 367 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 369 373 371 372 1 improper_Z_N_X_Y
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+ 380 384 382 383 1 improper_Z_N_X_Y
+ 384 401 399 400 1 improper_O_C_X_Y
+ 399 403 401 402 1 improper_Z_N_X_Y
+ 403 408 406 407 1 improper_O_C_X_Y
+ 406 410 408 409 1 improper_Z_N_X_Y
+ 410 422 420 421 1 improper_O_C_X_Y
+ 412 417 415 416 1 improper_O_C_X_Y
+ 415 418 417 419 1 improper_Z_N_X_Y
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+ 521 526 522 523 1 improper_Z_CA_X_Y
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+ 524 530 528 529 1 improper_Z_CA_X_Y
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+ 1137 1154 1152 1153 1 improper_O_C_X_Y
+ 1152 1156 1154 1155 1 improper_Z_N_X_Y
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+ 1577 1581 1579 1580 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1581 1589 1587 1588 1 improper_O_C_X_Y
+ 1587 1591 1589 1590 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1591 1613 1611 1612 1 improper_O_C_X_Y
+ 1593 1596 1599 1597 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1596 1600 1597 1598 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1597 1602 1600 1601 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1602 1609 1605 1606 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1604 1603 1599 1607 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1605 1607 1609 1610 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1608 1607 1603 1609 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1611 1615 1613 1614 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1615 1629 1627 1628 1 improper_O_C_X_Y
+ 1627 1631 1629 1630 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1631 1639 1637 1638 1 improper_O_C_X_Y
+ 1637 1641 1639 1640 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1641 1663 1661 1662 1 improper_O_C_X_Y
+ 1643 1646 1649 1647 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1646 1650 1647 1648 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1647 1652 1650 1651 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1652 1659 1655 1656 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1654 1653 1649 1657 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1655 1657 1659 1660 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1658 1657 1653 1659 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1661 1665 1663 1664 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1665 1687 1685 1686 1 improper_O_C_X_Y
+ 1673 1678 1676 1677 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1676 1679 1678 1682 1 improper_O_C_X_Y
+ 1678 1680 1679 1681 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1678 1683 1682 1684 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1685 1689 1687 1688 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1689 1701 1699 1700 1 improper_O_C_X_Y
+ 1691 1696 1694 1695 1 improper_O_C_X_Y
+ 1694 1697 1696 1698 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1699 1703 1701 1702 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1703 1725 1723 1724 1 improper_O_C_X_Y
+ 1711 1716 1714 1715 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1714 1717 1716 1720 1 improper_O_C_X_Y
+ 1716 1718 1717 1719 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1716 1721 1720 1722 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1723 1727 1725 1726 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1727 1735 1733 1734 1 improper_O_C_X_Y
+ 1733 1737 1735 1736 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1737 1757 1755 1756 1 improper_O_C_X_Y
+ 1755 1759 1757 1758 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1759 1764 1762 1763 1 improper_O_C_X_Y
+ 1762 1766 1764 1765 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1766 1778 1776 1777 1 improper_O_C_X_Y
+ 1776 1780 1778 1779 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1780 1790 1788 1789 1 improper_O_C_X_Y
+ 1782 1786 1785 1787 1 improper_O_C_X_Y
+ 1788 1792 1790 1791 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1792 1806 1804 1805 1 improper_O_C_X_Y
+ 1804 1808 1806 1807 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1808 1823 1821 1822 1 improper_O_C_X_Y
+ 1813 1818 1816 1817 1 improper_O_C_X_Y
+ 1816 1819 1818 1820 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1821 1825 1823 1824 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1825 1833 1831 1832 1 improper_O_C_X_Y
+ 1831 1835 1833 1834 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1835 1857 1855 1856 1 improper_O_C_X_Y
+ 1837 1840 1843 1841 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1840 1844 1841 1842 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1841 1846 1844 1845 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1846 1853 1849 1850 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1848 1847 1843 1851 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1849 1851 1853 1854 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1852 1851 1847 1853 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 1855 1859 1857 1858 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1859 1876 1874 1875 1 improper_O_C_X_Y
+ 1874 1878 1876 1877 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1878 1900 1898 1899 1 improper_O_C_X_Y
+ 1886 1891 1889 1890 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1889 1892 1891 1895 1 improper_O_C_X_Y
+ 1891 1893 1892 1894 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1891 1896 1895 1897 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1898 1902 1900 1901 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1902 1907 1905 1906 1 improper_O_C_X_Y
+ 1905 1909 1907 1908 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1909 1917 1915 1916 1 improper_O_C_X_Y
+ 1915 1919 1917 1918 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1919 1941 1939 1940 1 improper_O_C_X_Y
+ 1927 1932 1930 1931 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1930 1933 1932 1936 1 improper_O_C_X_Y
+ 1932 1934 1933 1935 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1932 1937 1936 1938 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1939 1943 1941 1942 1 improper_Z_N_X_Y
+ 1943 1959 1958 1960 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+; In this topology include file, you will find position restraint
+; entries for all the heavy atoms in your original pdb file.
+; This means that all the protons which were added by pdb2gmx are
+; not restrained.
+
+[ position_restraints ]
+; atom type fx fy fz
+ 1 1 1000 1000 1000
+ 5 1 1000 1000 1000
+ 7 1 1000 1000 1000
+ 10 1 1000 1000 1000
+ 13 1 1000 1000 1000
+ 16 1 1000 1000 1000
+ 19 1 1000 1000 1000
+ 23 1 1000 1000 1000
+ 24 1 1000 1000 1000
+ 25 1 1000 1000 1000
+ 27 1 1000 1000 1000
+ 29 1 1000 1000 1000
+ 31 1 1000 1000 1000
+ 35 1 1000 1000 1000
+ 39 1 1000 1000 1000
+ 40 1 1000 1000 1000
+ 41 1 1000 1000 1000
+ 43 1 1000 1000 1000
+ 45 1 1000 1000 1000
+ 48 1 1000 1000 1000
+ 49 1 1000 1000 1000
+ 51 1 1000 1000 1000
+ 53 1 1000 1000 1000
+ 55 1 1000 1000 1000
+ 57 1 1000 1000 1000
+ 59 1 1000 1000 1000
+ 60 1 1000 1000 1000
+ 61 1 1000 1000 1000
+ 63 1 1000 1000 1000
+ 66 1 1000 1000 1000
+ 67 1 1000 1000 1000
+ 68 1 1000 1000 1000
+ 70 1 1000 1000 1000
+ 72 1 1000 1000 1000
+ 75 1 1000 1000 1000
+ 78 1 1000 1000 1000
+ 81 1 1000 1000 1000
+ 83 1 1000 1000 1000
+ 84 1 1000 1000 1000
+ 87 1 1000 1000 1000
+ 90 1 1000 1000 1000
+ 91 1 1000 1000 1000
+ 92 1 1000 1000 1000
+ 94 1 1000 1000 1000
+ 96 1 1000 1000 1000
+ 99 1 1000 1000 1000
+ 100 1 1000 1000 1000
+ 101 1 1000 1000 1000
+ 102 1 1000 1000 1000
+ 104 1 1000 1000 1000
+ 106 1 1000 1000 1000
+ 109 1 1000 1000 1000
+ 112 1 1000 1000 1000
+ 113 1 1000 1000 1000
+ 114 1 1000 1000 1000
+ 115 1 1000 1000 1000
+ 116 1 1000 1000 1000
+ 117 1 1000 1000 1000
+ 119 1 1000 1000 1000
+ 121 1 1000 1000 1000
+ 124 1 1000 1000 1000
+ 126 1 1000 1000 1000
+ 130 1 1000 1000 1000
+ 134 1 1000 1000 1000
+ 135 1 1000 1000 1000
+ 136 1 1000 1000 1000
+ 138 1 1000 1000 1000
+ 140 1 1000 1000 1000
+ 144 1 1000 1000 1000
+ 145 1 1000 1000 1000
+ 146 1 1000 1000 1000
+ 148 1 1000 1000 1000
+ 150 1 1000 1000 1000
+ 154 1 1000 1000 1000
+ 155 1 1000 1000 1000
+ 156 1 1000 1000 1000
+ 158 1 1000 1000 1000
+ 160 1 1000 1000 1000
+ 164 1 1000 1000 1000
+ 165 1 1000 1000 1000
+ 166 1 1000 1000 1000
+ 168 1 1000 1000 1000
+ 170 1 1000 1000 1000
+ 173 1 1000 1000 1000
+ 176 1 1000 1000 1000
+ 177 1 1000 1000 1000
+ 181 1 1000 1000 1000
+ 182 1 1000 1000 1000
+ 183 1 1000 1000 1000
+ 185 1 1000 1000 1000
+ 187 1 1000 1000 1000
+ 190 1 1000 1000 1000
+ 193 1 1000 1000 1000
+ 196 1 1000 1000 1000
+ 199 1 1000 1000 1000
+ 203 1 1000 1000 1000
+ 204 1 1000 1000 1000
+ 205 1 1000 1000 1000
+ 207 1 1000 1000 1000
+ 209 1 1000 1000 1000
+ 212 1 1000 1000 1000
+ 215 1 1000 1000 1000
+ 218 1 1000 1000 1000
+ 220 1 1000 1000 1000
+ 221 1 1000 1000 1000
+ 224 1 1000 1000 1000
+ 227 1 1000 1000 1000
+ 228 1 1000 1000 1000
+ 229 1 1000 1000 1000
+ 231 1 1000 1000 1000
+ 233 1 1000 1000 1000
+ 236 1 1000 1000 1000
+ 237 1 1000 1000 1000
+ 238 1 1000 1000 1000
+ 240 1 1000 1000 1000
+ 242 1 1000 1000 1000
+ 244 1 1000 1000 1000
+ 245 1 1000 1000 1000
+ 246 1 1000 1000 1000
+ 248 1 1000 1000 1000
+ 251 1 1000 1000 1000
+ 252 1 1000 1000 1000
+ 253 1 1000 1000 1000
+ 255 1 1000 1000 1000
+ 257 1 1000 1000 1000
+ 260 1 1000 1000 1000
+ 262 1 1000 1000 1000
+ 266 1 1000 1000 1000
+ 270 1 1000 1000 1000
+ 271 1 1000 1000 1000
+ 272 1 1000 1000 1000
+ 274 1 1000 1000 1000
+ 276 1 1000 1000 1000
+ 279 1 1000 1000 1000
+ 280 1 1000 1000 1000
+ 281 1 1000 1000 1000
+ 282 1 1000 1000 1000
+ 283 1 1000 1000 1000
+ 284 1 1000 1000 1000
+ 286 1 1000 1000 1000
+ 288 1 1000 1000 1000
+ 291 1 1000 1000 1000
+ 292 1 1000 1000 1000
+ 293 1 1000 1000 1000
+ 296 1 1000 1000 1000
+ 297 1 1000 1000 1000
+ 298 1 1000 1000 1000
+ 300 1 1000 1000 1000
+ 302 1 1000 1000 1000
+ 305 1 1000 1000 1000
+ 306 1 1000 1000 1000
+ 308 1 1000 1000 1000
+ 310 1 1000 1000 1000
+ 312 1 1000 1000 1000
+ 314 1 1000 1000 1000
+ 315 1 1000 1000 1000
+ 317 1 1000 1000 1000
+ 318 1 1000 1000 1000
+ 319 1 1000 1000 1000
+ 321 1 1000 1000 1000
+ 323 1 1000 1000 1000
+ 326 1 1000 1000 1000
+ 329 1 1000 1000 1000
+ 332 1 1000 1000 1000
+ 334 1 1000 1000 1000
+ 335 1 1000 1000 1000
+ 338 1 1000 1000 1000
+ 341 1 1000 1000 1000
+ 342 1 1000 1000 1000
+ 343 1 1000 1000 1000
+ 345 1 1000 1000 1000
+ 348 1 1000 1000 1000
+ 349 1 1000 1000 1000
+ 350 1 1000 1000 1000
+ 352 1 1000 1000 1000
+ 354 1 1000 1000 1000
+ 357 1 1000 1000 1000
+ 358 1 1000 1000 1000
+ 360 1 1000 1000 1000
+ 362 1 1000 1000 1000
+ 364 1 1000 1000 1000
+ 366 1 1000 1000 1000
+ 367 1 1000 1000 1000
+ 369 1 1000 1000 1000
+ 370 1 1000 1000 1000
+ 371 1 1000 1000 1000
+ 373 1 1000 1000 1000
+ 375 1 1000 1000 1000
+ 378 1 1000 1000 1000
+ 380 1 1000 1000 1000
+ 381 1 1000 1000 1000
+ 382 1 1000 1000 1000
+ 384 1 1000 1000 1000
+ 386 1 1000 1000 1000
+ 389 1 1000 1000 1000
+ 391 1 1000 1000 1000
+ 395 1 1000 1000 1000
+ 399 1 1000 1000 1000
+ 400 1 1000 1000 1000
+ 401 1 1000 1000 1000
+ 403 1 1000 1000 1000
+ 406 1 1000 1000 1000
+ 407 1 1000 1000 1000
+ 408 1 1000 1000 1000
+ 410 1 1000 1000 1000
+ 412 1 1000 1000 1000
+ 415 1 1000 1000 1000
+ 416 1 1000 1000 1000
+ 417 1 1000 1000 1000
+ 420 1 1000 1000 1000
+ 421 1 1000 1000 1000
+ 422 1 1000 1000 1000
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+ 1716 1 1000 1000 1000
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+ 1729 1 1000 1000 1000
+ 1732 1 1000 1000 1000
+ 1733 1 1000 1000 1000
+ 1734 1 1000 1000 1000
+ 1735 1 1000 1000 1000
+ 1737 1 1000 1000 1000
+ 1739 1 1000 1000 1000
+ 1742 1 1000 1000 1000
+ 1745 1 1000 1000 1000
+ 1748 1 1000 1000 1000
+ 1751 1 1000 1000 1000
+ 1755 1 1000 1000 1000
+ 1756 1 1000 1000 1000
+ 1757 1 1000 1000 1000
+ 1759 1 1000 1000 1000
+ 1762 1 1000 1000 1000
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+ 1768 1 1000 1000 1000
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+ 1772 1 1000 1000 1000
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+ 1777 1 1000 1000 1000
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+ 1921 1 1000 1000 1000
+ 1924 1 1000 1000 1000
+ 1927 1 1000 1000 1000
+ 1930 1 1000 1000 1000
+ 1932 1 1000 1000 1000
+ 1933 1 1000 1000 1000
+ 1936 1 1000 1000 1000
+ 1939 1 1000 1000 1000
+ 1940 1 1000 1000 1000
+ 1941 1 1000 1000 1000
+ 1943 1 1000 1000 1000
+ 1945 1 1000 1000 1000
+ 1948 1 1000 1000 1000
+ 1950 1 1000 1000 1000
+ 1954 1 1000 1000 1000
+ 1958 1 1000 1000 1000
+ 1959 1 1000 1000 1000
+ 1960 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+LYSOZYME
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein_chain_A 1
+SOL 78