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comparison test-data/topol_md.top @ 8:14a7bf3e03df draft

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"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 2f3d14b4f200100881e362b0f3b97f0e8a36d1f3"
author chemteam
date Wed, 29 Sep 2021 07:41:24 +0000
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
7:642ce5c16ae8 8:14a7bf3e03df
1 ;
2 ; File 'topol.top' was generated
3 ; By user: unknown (1000)
4 ; On host: simon-notebook
5 ; At date: Tue May 12 12:59:21 2020
6 ;
7 ; This is a standalone topology file
8 ;
9 ; Created by:
10 ; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:
11 ;
12 ; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx
13 ; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1
14 ; Working dir: /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working
15 ; Command line:
16 ; gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all
17 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
18 ;
19
20 ; Include forcefield parameters
21 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
22
23 [ moleculetype ]
24 ; Name nrexcl
25 Protein 3
26
27 [ atoms ]
28 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
29 ; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0
30 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027
31 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008
32 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008
33 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008
34 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011
35 6 opls_140 1 LYS HA 1 0.06 1.008
36 7 opls_136 1 LYS CB 2 -0.12 12.011
37 8 opls_140 1 LYS HB1 2 0.06 1.008
38 9 opls_140 1 LYS HB2 2 0.06 1.008
39 10 opls_136 1 LYS CG 3 -0.12 12.011
40 11 opls_140 1 LYS HG1 3 0.06 1.008
41 12 opls_140 1 LYS HG2 3 0.06 1.008
42 13 opls_136 1 LYS CD 4 -0.12 12.011
43 14 opls_140 1 LYS HD1 4 0.06 1.008
44 15 opls_140 1 LYS HD2 4 0.06 1.008
45 16 opls_292 1 LYS CE 5 0.19 12.011
46 17 opls_140 1 LYS HE1 5 0.06 1.008
47 18 opls_140 1 LYS HE2 5 0.06 1.008
48 19 opls_287 1 LYS NZ 6 -0.3 14.0067
49 20 opls_290 1 LYS HZ1 6 0.33 1.008
50 21 opls_290 1 LYS HZ2 6 0.33 1.008
51 22 opls_290 1 LYS HZ3 6 0.33 1.008
52 23 opls_235 1 LYS C 7 0.5 12.011
53 24 opls_236 1 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
54 ; residue 2 VAL rtp VAL q 0.0
55 25 opls_238 2 VAL N 8 -0.5 14.0067
56 26 opls_241 2 VAL H 8 0.3 1.008
57 27 opls_224B 2 VAL CA 8 0.14 12.011
58 28 opls_140 2 VAL HA 8 0.06 1.008
59 29 opls_137 2 VAL CB 9 -0.06 12.011
60 30 opls_140 2 VAL HB 9 0.06 1.008
61 31 opls_135 2 VAL CG1 10 -0.18 12.011
62 32 opls_140 2 VAL HG11 10 0.06 1.008
63 33 opls_140 2 VAL HG12 10 0.06 1.008
64 34 opls_140 2 VAL HG13 10 0.06 1.008
65 35 opls_135 2 VAL CG2 11 -0.18 12.011
66 36 opls_140 2 VAL HG21 11 0.06 1.008
67 37 opls_140 2 VAL HG22 11 0.06 1.008
68 38 opls_140 2 VAL HG23 11 0.06 1.008
69 39 opls_235 2 VAL C 12 0.5 12.011
70 40 opls_236 2 VAL O 12 -0.5 15.9994 ; qtot 2
71 ; residue 3 PHE rtp PHE q 0.0
72 41 opls_238 3 PHE N 13 -0.5 14.0067
73 42 opls_241 3 PHE H 13 0.3 1.008
74 43 opls_224B 3 PHE CA 13 0.14 12.011
75 44 opls_140 3 PHE HA 13 0.06 1.008
76 45 opls_149 3 PHE CB 14 -0.005 12.011
77 46 opls_140 3 PHE HB1 14 0.06 1.008
78 47 opls_140 3 PHE HB2 14 0.06 1.008
79 48 opls_145 3 PHE CG 14 -0.115 12.011
80 49 opls_145 3 PHE CD1 15 -0.115 12.011
81 50 opls_146 3 PHE HD1 15 0.115 1.008
82 51 opls_145 3 PHE CD2 16 -0.115 12.011
83 52 opls_146 3 PHE HD2 16 0.115 1.008
84 53 opls_145 3 PHE CE1 17 -0.115 12.011
85 54 opls_146 3 PHE HE1 17 0.115 1.008
86 55 opls_145 3 PHE CE2 18 -0.115 12.011
87 56 opls_146 3 PHE HE2 18 0.115 1.008
88 57 opls_145 3 PHE CZ 19 -0.115 12.011
89 58 opls_146 3 PHE HZ 19 0.115 1.008
90 59 opls_235 3 PHE C 20 0.5 12.011
91 60 opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2
92 ; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0
93 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067
94 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008
95 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011
96 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008
97 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008
98 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011
99 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2
100 ; residue 5 ARG rtp ARG q 0.0
101 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067
102 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008
103 70 opls_283 5 ARG CA 23 0.04 12.011
104 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008
105 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011
106 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008
107 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008
108 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011
109 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008
110 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008
111 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011
112 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008
113 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008
114 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067
115 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008
116 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011
117 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067
118 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008
119 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008
120 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067
121 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008
122 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008
123 90 opls_271 5 ARG C 30 0.7 12.011
124 91 opls_272 5 ARG O1 30 -0.8 15.9994
125 92 opls_272 5 ARG O2 30 -0.8 15.9994 ; qtot 2
126
127 [ bonds ]
128 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
129 1 2 1
130 1 3 1
131 1 4 1
132 1 5 1
133 5 6 1
134 5 7 1
135 5 23 1
136 7 8 1
137 7 9 1
138 7 10 1
139 10 11 1
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220 90 92 1
221
222 [ pairs ]
223 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
224 1 8 1
225 1 9 1
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443 79 83 1
444 80 82 1
445 80 83 1
446 81 85 1
447 81 86 1
448 81 88 1
449 81 89 1
450 82 84 1
451 82 87 1
452 84 88 1
453 84 89 1
454 85 87 1
455 86 87 1
456
457 [ angles ]
458 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
459 2 1 3 1
460 2 1 4 1
461 2 1 5 1
462 3 1 4 1
463 3 1 5 1
464 4 1 5 1
465 1 5 6 1
466 1 5 7 1
467 1 5 23 1
468 6 5 7 1
469 6 5 23 1
470 7 5 23 1
471 5 7 8 1
472 5 7 9 1
473 5 7 10 1
474 8 7 9 1
475 8 7 10 1
476 9 7 10 1
477 7 10 11 1
478 7 10 12 1
479 7 10 13 1
480 11 10 12 1
481 11 10 13 1
482 12 10 13 1
483 10 13 14 1
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485 10 13 16 1
486 14 13 15 1
487 14 13 16 1
488 15 13 16 1
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491 13 16 19 1
492 17 16 18 1
493 17 16 19 1
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496 16 19 21 1
497 16 19 22 1
498 20 19 21 1
499 20 19 22 1
500 21 19 22 1
501 5 23 24 1
502 5 23 25 1
503 24 23 25 1
504 23 25 26 1
505 23 25 27 1
506 26 25 27 1
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530 37 35 38 1
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617 85 84 86 1
618 83 87 88 1
619 83 87 89 1
620 88 87 89 1
621 70 90 91 1
622 70 90 92 1
623 91 90 92 1
624
625 [ dihedrals ]
626 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
627 2 1 5 6 3
628 2 1 5 7 3
629 2 1 5 23 3
630 3 1 5 6 3
631 3 1 5 7 3
632 3 1 5 23 3
633 4 1 5 6 3
634 4 1 5 7 3
635 4 1 5 23 3
636 1 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
637 23 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
638 1 5 7 8 3
639 1 5 7 9 3
640 6 5 7 8 3
641 6 5 7 9 3
642 6 5 7 10 3
643 23 5 7 8 3
644 23 5 7 9 3
645 1 5 23 24 3
646 1 5 23 25 3
647 6 5 23 24 3
648 6 5 23 25 3
649 7 5 23 24 3
650 7 5 23 25 3
651 5 7 10 11 3
652 5 7 10 12 3
653 5 7 10 13 3
654 8 7 10 11 3
655 8 7 10 12 3
656 8 7 10 13 3
657 9 7 10 11 3
658 9 7 10 12 3
659 9 7 10 13 3
660 7 10 13 14 3
661 7 10 13 15 3
662 7 10 13 16 3
663 11 10 13 14 3
664 11 10 13 15 3
665 11 10 13 16 3
666 12 10 13 14 3
667 12 10 13 15 3
668 12 10 13 16 3
669 10 13 16 17 3
670 10 13 16 18 3
671 10 13 16 19 3
672 14 13 16 17 3
673 14 13 16 18 3
674 14 13 16 19 3
675 15 13 16 17 3
676 15 13 16 18 3
677 15 13 16 19 3
678 13 16 19 20 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
679 13 16 19 21 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
680 13 16 19 22 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
681 17 16 19 20 3
682 17 16 19 21 3
683 17 16 19 22 3
684 18 16 19 20 3
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686 18 16 19 22 3
687 5 23 25 26 3
688 5 23 25 27 3
689 24 23 25 26 3
690 24 23 25 27 3
691 23 25 27 28 3
692 23 25 27 29 3
693 23 25 27 39 3
694 26 25 27 28 3
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697 25 27 29 31 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
698 25 27 29 35 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
699 39 27 29 31 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
700 39 27 29 35 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
701 25 27 29 30 3
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703 28 27 29 31 3
704 28 27 29 35 3
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707 25 27 39 41 3
708 28 27 39 40 3
709 28 27 39 41 3
710 29 27 39 40 3
711 29 27 39 41 3
712 27 29 31 32 3
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714 27 29 31 34 3
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717 30 29 31 34 3
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720 35 29 31 34 3
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731 27 39 41 43 3
732 40 39 41 42 3
733 40 39 41 43 3
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735 39 41 43 45 3
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737 42 41 43 44 3
738 42 41 43 45 3
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741 41 43 45 47 3
742 41 43 45 48 3
743 44 43 45 46 3
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746 59 43 45 46 3
747 59 43 45 47 3
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749 41 43 59 60 3
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751 44 43 59 60 3
752 44 43 59 61 3
753 45 43 59 60 3
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755 43 45 48 49 3
756 43 45 48 51 3
757 46 45 48 49 3
758 46 45 48 51 3
759 47 45 48 49 3
760 47 45 48 51 3
761 45 48 49 50 3
762 45 48 49 53 3
763 51 48 49 50 3
764 51 48 49 53 3
765 45 48 51 52 3
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771 50 49 53 54 3
772 50 49 53 57 3
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798 64 63 66 68 3
799 65 63 66 67 3
800 65 63 66 68 3
801 63 66 68 69 3
802 63 66 68 70 3
803 67 66 68 69 3
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806 66 68 70 72 3
807 66 68 70 90 3
808 69 68 70 71 3
809 69 68 70 72 3
810 69 68 70 90 3
811 68 70 72 75 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
812 90 70 72 75 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
813 68 70 72 73 3
814 68 70 72 74 3
815 71 70 72 73 3
816 71 70 72 74 3
817 71 70 72 75 3
818 90 70 72 73 3
819 90 70 72 74 3
820 68 70 90 91 3
821 68 70 90 92 3
822 71 70 90 91 3
823 71 70 90 92 3
824 72 70 90 91 3
825 72 70 90 92 3
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827 70 72 75 77 3
828 70 72 75 78 3
829 73 72 75 76 3
830 73 72 75 77 3
831 73 72 75 78 3
832 74 72 75 76 3
833 74 72 75 77 3
834 74 72 75 78 3
835 72 75 78 79 3
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839 76 75 78 80 3
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841 77 75 78 79 3
842 77 75 78 80 3
843 77 75 78 81 3
844 75 78 81 82 3
845 75 78 81 83 3
846 79 78 81 82 3
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848 80 78 81 82 3
849 80 78 81 83 3
850 78 81 83 84 3
851 78 81 83 87 3
852 82 81 83 84 3
853 82 81 83 87 3
854 81 83 84 85 3
855 81 83 84 86 3
856 87 83 84 85 3
857 87 83 84 86 3
858 81 83 87 88 3
859 81 83 87 89 3
860 84 83 87 88 3
861 84 83 87 89 3
862
863 [ dihedrals ]
864 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
865 5 25 23 24 1 improper_O_C_X_Y
866 23 27 25 26 1 improper_Z_N_X_Y
867 27 41 39 40 1 improper_O_C_X_Y
868 39 43 41 42 1 improper_Z_N_X_Y
869 43 61 59 60 1 improper_O_C_X_Y
870 45 48 51 49 1 improper_Z_CA_X_Y
871 48 53 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
872 48 55 51 52 1 improper_Z_CA_X_Y
873 49 57 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
874 51 57 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
875 53 55 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
876 59 63 61 62 1 improper_Z_N_X_Y
877 63 68 66 67 1 improper_O_C_X_Y
878 66 70 68 69 1 improper_Z_N_X_Y
879 70 91 90 92 1 improper_O_C_X_Y
880 78 83 81 82 1 improper_Z_N_X_Y
881 81 84 83 87 1 improper_O_C_X_Y
882 83 85 84 86 1 improper_Z_N_X_Y
883 83 88 87 89 1 improper_Z_N_X_Y
884
885 ; Include Position restraint file
886 #ifdef POSRES
887 #include "posres.itp"
888 #endif
889
890 ; Include water topology
891 #include "oplsaa.ff/spce.itp"
892
893 #ifdef POSRES_WATER
894 ; Position restraint for each water oxygen
895 [ position_restraints ]
896 ; i funct fcx fcy fcz
897 1 1 1000 1000 1000
898 #endif
899
900 ; Include topology for ions
901 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
902
903 [ system ]
904 ; Name
905 TEST in water
906
907 [ molecules ]
908 ; Compound #mols
909 Protein 1
910 CL 2