comparison test-data/topol_md.top @ 8:14a7bf3e03df draft

"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 2f3d14b4f200100881e362b0f3b97f0e8a36d1f3"
author chemteam
date Wed, 29 Sep 2021 07:41:24 +0000
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
7:642ce5c16ae8 8:14a7bf3e03df
1 ;
2 ; File 'topol.top' was generated
3 ; By user: unknown (1000)
4 ; On host: simon-notebook
5 ; At date: Tue May 12 12:59:21 2020
6 ;
7 ; This is a standalone topology file
8 ;
9 ; Created by:
10 ; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:
11 ;
12 ; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx
13 ; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1
14 ; Working dir: /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working
15 ; Command line:
16 ; gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all
17 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
18 ;
19
20 ; Include forcefield parameters
21 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
22
23 [ moleculetype ]
24 ; Name nrexcl
25 Protein 3
26
27 [ atoms ]
28 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
29 ; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0
30 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027
31 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008
32 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008
33 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008
34 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011
35 6 opls_140 1 LYS HA 1 0.06 1.008
36 7 opls_136 1 LYS CB 2 -0.12 12.011
37 8 opls_140 1 LYS HB1 2 0.06 1.008
38 9 opls_140 1 LYS HB2 2 0.06 1.008
39 10 opls_136 1 LYS CG 3 -0.12 12.011
40 11 opls_140 1 LYS HG1 3 0.06 1.008
41 12 opls_140 1 LYS HG2 3 0.06 1.008
42 13 opls_136 1 LYS CD 4 -0.12 12.011
43 14 opls_140 1 LYS HD1 4 0.06 1.008
44 15 opls_140 1 LYS HD2 4 0.06 1.008
45 16 opls_292 1 LYS CE 5 0.19 12.011
46 17 opls_140 1 LYS HE1 5 0.06 1.008
47 18 opls_140 1 LYS HE2 5 0.06 1.008
48 19 opls_287 1 LYS NZ 6 -0.3 14.0067
49 20 opls_290 1 LYS HZ1 6 0.33 1.008
50 21 opls_290 1 LYS HZ2 6 0.33 1.008
51 22 opls_290 1 LYS HZ3 6 0.33 1.008
52 23 opls_235 1 LYS C 7 0.5 12.011
53 24 opls_236 1 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
54 ; residue 2 VAL rtp VAL q 0.0
55 25 opls_238 2 VAL N 8 -0.5 14.0067
56 26 opls_241 2 VAL H 8 0.3 1.008
57 27 opls_224B 2 VAL CA 8 0.14 12.011
58 28 opls_140 2 VAL HA 8 0.06 1.008
59 29 opls_137 2 VAL CB 9 -0.06 12.011
60 30 opls_140 2 VAL HB 9 0.06 1.008
61 31 opls_135 2 VAL CG1 10 -0.18 12.011
62 32 opls_140 2 VAL HG11 10 0.06 1.008
63 33 opls_140 2 VAL HG12 10 0.06 1.008
64 34 opls_140 2 VAL HG13 10 0.06 1.008
65 35 opls_135 2 VAL CG2 11 -0.18 12.011
66 36 opls_140 2 VAL HG21 11 0.06 1.008
67 37 opls_140 2 VAL HG22 11 0.06 1.008
68 38 opls_140 2 VAL HG23 11 0.06 1.008
69 39 opls_235 2 VAL C 12 0.5 12.011
70 40 opls_236 2 VAL O 12 -0.5 15.9994 ; qtot 2
71 ; residue 3 PHE rtp PHE q 0.0
72 41 opls_238 3 PHE N 13 -0.5 14.0067
73 42 opls_241 3 PHE H 13 0.3 1.008
74 43 opls_224B 3 PHE CA 13 0.14 12.011
75 44 opls_140 3 PHE HA 13 0.06 1.008
76 45 opls_149 3 PHE CB 14 -0.005 12.011
77 46 opls_140 3 PHE HB1 14 0.06 1.008
78 47 opls_140 3 PHE HB2 14 0.06 1.008
79 48 opls_145 3 PHE CG 14 -0.115 12.011
80 49 opls_145 3 PHE CD1 15 -0.115 12.011
81 50 opls_146 3 PHE HD1 15 0.115 1.008
82 51 opls_145 3 PHE CD2 16 -0.115 12.011
83 52 opls_146 3 PHE HD2 16 0.115 1.008
84 53 opls_145 3 PHE CE1 17 -0.115 12.011
85 54 opls_146 3 PHE HE1 17 0.115 1.008
86 55 opls_145 3 PHE CE2 18 -0.115 12.011
87 56 opls_146 3 PHE HE2 18 0.115 1.008
88 57 opls_145 3 PHE CZ 19 -0.115 12.011
89 58 opls_146 3 PHE HZ 19 0.115 1.008
90 59 opls_235 3 PHE C 20 0.5 12.011
91 60 opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2
92 ; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0
93 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067
94 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008
95 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011
96 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008
97 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008
98 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011
99 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2
100 ; residue 5 ARG rtp ARG q 0.0
101 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067
102 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008
103 70 opls_283 5 ARG CA 23 0.04 12.011
104 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008
105 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011
106 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008
107 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008
108 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011
109 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008
110 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008
111 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011
112 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008
113 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008
114 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067
115 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008
116 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011
117 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067
118 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008
119 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008
120 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067
121 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008
122 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008
123 90 opls_271 5 ARG C 30 0.7 12.011
124 91 opls_272 5 ARG O1 30 -0.8 15.9994
125 92 opls_272 5 ARG O2 30 -0.8 15.9994 ; qtot 2
126
127 [ bonds ]
128 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
129 1 2 1
130 1 3 1
131 1 4 1
132 1 5 1
133 5 6 1
134 5 7 1
135 5 23 1
136 7 8 1
137 7 9 1
138 7 10 1
139 10 11 1
140 10 12 1
141 10 13 1
142 13 14 1
143 13 15 1
144 13 16 1
145 16 17 1
146 16 18 1
147 16 19 1
148 19 20 1
149 19 21 1
150 19 22 1
151 23 24 1
152 23 25 1
153 25 26 1
154 25 27 1
155 27 28 1
156 27 29 1
157 27 39 1
158 29 30 1
159 29 31 1
160 29 35 1
161 31 32 1
162 31 33 1
163 31 34 1
164 35 36 1
165 35 37 1
166 35 38 1
167 39 40 1
168 39 41 1
169 41 42 1
170 41 43 1
171 43 44 1
172 43 45 1
173 43 59 1
174 45 46 1
175 45 47 1
176 45 48 1
177 48 49 1
178 48 51 1
179 49 50 1
180 49 53 1
181 51 52 1
182 51 55 1
183 53 54 1
184 53 57 1
185 55 56 1
186 55 57 1
187 57 58 1
188 59 60 1
189 59 61 1
190 61 62 1
191 61 63 1
192 63 64 1
193 63 65 1
194 63 66 1
195 66 67 1
196 66 68 1
197 68 69 1
198 68 70 1
199 70 71 1
200 70 72 1
201 70 90 1
202 72 73 1
203 72 74 1
204 72 75 1
205 75 76 1
206 75 77 1
207 75 78 1
208 78 79 1
209 78 80 1
210 78 81 1
211 81 82 1
212 81 83 1
213 83 84 1
214 83 87 1
215 84 85 1
216 84 86 1
217 87 88 1
218 87 89 1
219 90 91 1
220 90 92 1
221
222 [ pairs ]
223 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
224 1 8 1
225 1 9 1
226 1 10 1
227 1 24 1
228 1 25 1
229 2 6 1
230 2 7 1
231 2 23 1
232 3 6 1
233 3 7 1
234 3 23 1
235 4 6 1
236 4 7 1
237 4 23 1
238 5 11 1
239 5 12 1
240 5 13 1
241 5 26 1
242 5 27 1
243 6 8 1
244 6 9 1
245 6 10 1
246 6 24 1
247 6 25 1
248 7 14 1
249 7 15 1
250 7 16 1
251 7 24 1
252 7 25 1
253 8 11 1
254 8 12 1
255 8 13 1
256 8 23 1
257 9 11 1
258 9 12 1
259 9 13 1
260 9 23 1
261 10 17 1
262 10 18 1
263 10 19 1
264 10 23 1
265 11 14 1
266 11 15 1
267 11 16 1
268 12 14 1
269 12 15 1
270 12 16 1
271 13 20 1
272 13 21 1
273 13 22 1
274 14 17 1
275 14 18 1
276 14 19 1
277 15 17 1
278 15 18 1
279 15 19 1
280 17 20 1
281 17 21 1
282 17 22 1
283 18 20 1
284 18 21 1
285 18 22 1
286 23 28 1
287 23 29 1
288 23 39 1
289 24 26 1
290 24 27 1
291 25 30 1
292 25 31 1
293 25 35 1
294 25 40 1
295 25 41 1
296 26 28 1
297 26 29 1
298 26 39 1
299 27 32 1
300 27 33 1
301 27 34 1
302 27 36 1
303 27 37 1
304 27 38 1
305 27 42 1
306 27 43 1
307 28 30 1
308 28 31 1
309 28 35 1
310 28 40 1
311 28 41 1
312 29 40 1
313 29 41 1
314 30 32 1
315 30 33 1
316 30 34 1
317 30 36 1
318 30 37 1
319 30 38 1
320 30 39 1
321 31 36 1
322 31 37 1
323 31 38 1
324 31 39 1
325 32 35 1
326 33 35 1
327 34 35 1
328 35 39 1
329 39 44 1
330 39 45 1
331 39 59 1
332 40 42 1
333 40 43 1
334 41 46 1
335 41 47 1
336 41 48 1
337 41 60 1
338 41 61 1
339 42 44 1
340 42 45 1
341 42 59 1
342 43 49 1
343 43 51 1
344 43 62 1
345 43 63 1
346 44 46 1
347 44 47 1
348 44 48 1
349 44 60 1
350 44 61 1
351 45 50 1
352 45 52 1
353 45 53 1
354 45 55 1
355 45 60 1
356 45 61 1
357 46 49 1
358 46 51 1
359 46 59 1
360 47 49 1
361 47 51 1
362 47 59 1
363 48 54 1
364 48 56 1
365 48 57 1
366 48 59 1
367 49 52 1
368 49 55 1
369 49 58 1
370 50 51 1
371 50 54 1
372 50 57 1
373 51 53 1
374 51 58 1
375 52 56 1
376 52 57 1
377 53 56 1
378 54 55 1
379 54 58 1
380 56 58 1
381 59 64 1
382 59 65 1
383 59 66 1
384 60 62 1
385 60 63 1
386 61 67 1
387 61 68 1
388 62 64 1
389 62 65 1
390 62 66 1
391 63 69 1
392 63 70 1
393 64 67 1
394 64 68 1
395 65 67 1
396 65 68 1
397 66 71 1
398 66 72 1
399 66 90 1
400 67 69 1
401 67 70 1
402 68 73 1
403 68 74 1
404 68 75 1
405 68 91 1
406 68 92 1
407 69 71 1
408 69 72 1
409 69 90 1
410 70 76 1
411 70 77 1
412 70 78 1
413 71 73 1
414 71 74 1
415 71 75 1
416 71 91 1
417 71 92 1
418 72 79 1
419 72 80 1
420 72 81 1
421 72 91 1
422 72 92 1
423 73 76 1
424 73 77 1
425 73 78 1
426 73 90 1
427 74 76 1
428 74 77 1
429 74 78 1
430 74 90 1
431 75 82 1
432 75 83 1
433 75 90 1
434 76 79 1
435 76 80 1
436 76 81 1
437 77 79 1
438 77 80 1
439 77 81 1
440 78 84 1
441 78 87 1
442 79 82 1
443 79 83 1
444 80 82 1
445 80 83 1
446 81 85 1
447 81 86 1
448 81 88 1
449 81 89 1
450 82 84 1
451 82 87 1
452 84 88 1
453 84 89 1
454 85 87 1
455 86 87 1
456
457 [ angles ]
458 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
459 2 1 3 1
460 2 1 4 1
461 2 1 5 1
462 3 1 4 1
463 3 1 5 1
464 4 1 5 1
465 1 5 6 1
466 1 5 7 1
467 1 5 23 1
468 6 5 7 1
469 6 5 23 1
470 7 5 23 1
471 5 7 8 1
472 5 7 9 1
473 5 7 10 1
474 8 7 9 1
475 8 7 10 1
476 9 7 10 1
477 7 10 11 1
478 7 10 12 1
479 7 10 13 1
480 11 10 12 1
481 11 10 13 1
482 12 10 13 1
483 10 13 14 1
484 10 13 15 1
485 10 13 16 1
486 14 13 15 1
487 14 13 16 1
488 15 13 16 1
489 13 16 17 1
490 13 16 18 1
491 13 16 19 1
492 17 16 18 1
493 17 16 19 1
494 18 16 19 1
495 16 19 20 1
496 16 19 21 1
497 16 19 22 1
498 20 19 21 1
499 20 19 22 1
500 21 19 22 1
501 5 23 24 1
502 5 23 25 1
503 24 23 25 1
504 23 25 26 1
505 23 25 27 1
506 26 25 27 1
507 25 27 28 1
508 25 27 29 1
509 25 27 39 1
510 28 27 29 1
511 28 27 39 1
512 29 27 39 1
513 27 29 30 1
514 27 29 31 1
515 27 29 35 1
516 30 29 31 1
517 30 29 35 1
518 31 29 35 1
519 29 31 32 1
520 29 31 33 1
521 29 31 34 1
522 32 31 33 1
523 32 31 34 1
524 33 31 34 1
525 29 35 36 1
526 29 35 37 1
527 29 35 38 1
528 36 35 37 1
529 36 35 38 1
530 37 35 38 1
531 27 39 40 1
532 27 39 41 1
533 40 39 41 1
534 39 41 42 1
535 39 41 43 1
536 42 41 43 1
537 41 43 44 1
538 41 43 45 1
539 41 43 59 1
540 44 43 45 1
541 44 43 59 1
542 45 43 59 1
543 43 45 46 1
544 43 45 47 1
545 43 45 48 1
546 46 45 47 1
547 46 45 48 1
548 47 45 48 1
549 45 48 49 1
550 45 48 51 1
551 49 48 51 1
552 48 49 50 1
553 48 49 53 1
554 50 49 53 1
555 48 51 52 1
556 48 51 55 1
557 52 51 55 1
558 49 53 54 1
559 49 53 57 1
560 54 53 57 1
561 51 55 56 1
562 51 55 57 1
563 56 55 57 1
564 53 57 55 1
565 53 57 58 1
566 55 57 58 1
567 43 59 60 1
568 43 59 61 1
569 60 59 61 1
570 59 61 62 1
571 59 61 63 1
572 62 61 63 1
573 61 63 64 1
574 61 63 65 1
575 61 63 66 1
576 64 63 65 1
577 64 63 66 1
578 65 63 66 1
579 63 66 67 1
580 63 66 68 1
581 67 66 68 1
582 66 68 69 1
583 66 68 70 1
584 69 68 70 1
585 68 70 71 1
586 68 70 72 1
587 68 70 90 1
588 71 70 72 1
589 71 70 90 1
590 72 70 90 1
591 70 72 73 1
592 70 72 74 1
593 70 72 75 1
594 73 72 74 1
595 73 72 75 1
596 74 72 75 1
597 72 75 76 1
598 72 75 77 1
599 72 75 78 1
600 76 75 77 1
601 76 75 78 1
602 77 75 78 1
603 75 78 79 1
604 75 78 80 1
605 75 78 81 1
606 79 78 80 1
607 79 78 81 1
608 80 78 81 1
609 78 81 82 1
610 78 81 83 1
611 82 81 83 1
612 81 83 84 1
613 81 83 87 1
614 84 83 87 1
615 83 84 85 1
616 83 84 86 1
617 85 84 86 1
618 83 87 88 1
619 83 87 89 1
620 88 87 89 1
621 70 90 91 1
622 70 90 92 1
623 91 90 92 1
624
625 [ dihedrals ]
626 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
627 2 1 5 6 3
628 2 1 5 7 3
629 2 1 5 23 3
630 3 1 5 6 3
631 3 1 5 7 3
632 3 1 5 23 3
633 4 1 5 6 3
634 4 1 5 7 3
635 4 1 5 23 3
636 1 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
637 23 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
638 1 5 7 8 3
639 1 5 7 9 3
640 6 5 7 8 3
641 6 5 7 9 3
642 6 5 7 10 3
643 23 5 7 8 3
644 23 5 7 9 3
645 1 5 23 24 3
646 1 5 23 25 3
647 6 5 23 24 3
648 6 5 23 25 3
649 7 5 23 24 3
650 7 5 23 25 3
651 5 7 10 11 3
652 5 7 10 12 3
653 5 7 10 13 3
654 8 7 10 11 3
655 8 7 10 12 3
656 8 7 10 13 3
657 9 7 10 11 3
658 9 7 10 12 3
659 9 7 10 13 3
660 7 10 13 14 3
661 7 10 13 15 3
662 7 10 13 16 3
663 11 10 13 14 3
664 11 10 13 15 3
665 11 10 13 16 3
666 12 10 13 14 3
667 12 10 13 15 3
668 12 10 13 16 3
669 10 13 16 17 3
670 10 13 16 18 3
671 10 13 16 19 3
672 14 13 16 17 3
673 14 13 16 18 3
674 14 13 16 19 3
675 15 13 16 17 3
676 15 13 16 18 3
677 15 13 16 19 3
678 13 16 19 20 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
679 13 16 19 21 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
680 13 16 19 22 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
681 17 16 19 20 3
682 17 16 19 21 3
683 17 16 19 22 3
684 18 16 19 20 3
685 18 16 19 21 3
686 18 16 19 22 3
687 5 23 25 26 3
688 5 23 25 27 3
689 24 23 25 26 3
690 24 23 25 27 3
691 23 25 27 28 3
692 23 25 27 29 3
693 23 25 27 39 3
694 26 25 27 28 3
695 26 25 27 29 3
696 26 25 27 39 3
697 25 27 29 31 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
698 25 27 29 35 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
699 39 27 29 31 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
700 39 27 29 35 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
701 25 27 29 30 3
702 28 27 29 30 3
703 28 27 29 31 3
704 28 27 29 35 3
705 39 27 29 30 3
706 25 27 39 40 3
707 25 27 39 41 3
708 28 27 39 40 3
709 28 27 39 41 3
710 29 27 39 40 3
711 29 27 39 41 3
712 27 29 31 32 3
713 27 29 31 33 3
714 27 29 31 34 3
715 30 29 31 32 3
716 30 29 31 33 3
717 30 29 31 34 3
718 35 29 31 32 3
719 35 29 31 33 3
720 35 29 31 34 3
721 27 29 35 36 3
722 27 29 35 37 3
723 27 29 35 38 3
724 30 29 35 36 3
725 30 29 35 37 3
726 30 29 35 38 3
727 31 29 35 36 3
728 31 29 35 37 3
729 31 29 35 38 3
730 27 39 41 42 3
731 27 39 41 43 3
732 40 39 41 42 3
733 40 39 41 43 3
734 39 41 43 44 3
735 39 41 43 45 3
736 39 41 43 59 3
737 42 41 43 44 3
738 42 41 43 45 3
739 42 41 43 59 3
740 41 43 45 46 3
741 41 43 45 47 3
742 41 43 45 48 3
743 44 43 45 46 3
744 44 43 45 47 3
745 44 43 45 48 3
746 59 43 45 46 3
747 59 43 45 47 3
748 59 43 45 48 3
749 41 43 59 60 3
750 41 43 59 61 3
751 44 43 59 60 3
752 44 43 59 61 3
753 45 43 59 60 3
754 45 43 59 61 3
755 43 45 48 49 3
756 43 45 48 51 3
757 46 45 48 49 3
758 46 45 48 51 3
759 47 45 48 49 3
760 47 45 48 51 3
761 45 48 49 50 3
762 45 48 49 53 3
763 51 48 49 50 3
764 51 48 49 53 3
765 45 48 51 52 3
766 45 48 51 55 3
767 49 48 51 52 3
768 49 48 51 55 3
769 48 49 53 54 3
770 48 49 53 57 3
771 50 49 53 54 3
772 50 49 53 57 3
773 48 51 55 56 3
774 48 51 55 57 3
775 52 51 55 56 3
776 52 51 55 57 3
777 49 53 57 55 3
778 49 53 57 58 3
779 54 53 57 55 3
780 54 53 57 58 3
781 51 55 57 53 3
782 51 55 57 58 3
783 56 55 57 53 3
784 56 55 57 58 3
785 43 59 61 62 3
786 43 59 61 63 3
787 60 59 61 62 3
788 60 59 61 63 3
789 59 61 63 64 3
790 59 61 63 65 3
791 59 61 63 66 3
792 62 61 63 64 3
793 62 61 63 65 3
794 62 61 63 66 3
795 61 63 66 67 3
796 61 63 66 68 3
797 64 63 66 67 3
798 64 63 66 68 3
799 65 63 66 67 3
800 65 63 66 68 3
801 63 66 68 69 3
802 63 66 68 70 3
803 67 66 68 69 3
804 67 66 68 70 3
805 66 68 70 71 3
806 66 68 70 72 3
807 66 68 70 90 3
808 69 68 70 71 3
809 69 68 70 72 3
810 69 68 70 90 3
811 68 70 72 75 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
812 90 70 72 75 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
813 68 70 72 73 3
814 68 70 72 74 3
815 71 70 72 73 3
816 71 70 72 74 3
817 71 70 72 75 3
818 90 70 72 73 3
819 90 70 72 74 3
820 68 70 90 91 3
821 68 70 90 92 3
822 71 70 90 91 3
823 71 70 90 92 3
824 72 70 90 91 3
825 72 70 90 92 3
826 70 72 75 76 3
827 70 72 75 77 3
828 70 72 75 78 3
829 73 72 75 76 3
830 73 72 75 77 3
831 73 72 75 78 3
832 74 72 75 76 3
833 74 72 75 77 3
834 74 72 75 78 3
835 72 75 78 79 3
836 72 75 78 80 3
837 72 75 78 81 3
838 76 75 78 79 3
839 76 75 78 80 3
840 76 75 78 81 3
841 77 75 78 79 3
842 77 75 78 80 3
843 77 75 78 81 3
844 75 78 81 82 3
845 75 78 81 83 3
846 79 78 81 82 3
847 79 78 81 83 3
848 80 78 81 82 3
849 80 78 81 83 3
850 78 81 83 84 3
851 78 81 83 87 3
852 82 81 83 84 3
853 82 81 83 87 3
854 81 83 84 85 3
855 81 83 84 86 3
856 87 83 84 85 3
857 87 83 84 86 3
858 81 83 87 88 3
859 81 83 87 89 3
860 84 83 87 88 3
861 84 83 87 89 3
862
863 [ dihedrals ]
864 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
865 5 25 23 24 1 improper_O_C_X_Y
866 23 27 25 26 1 improper_Z_N_X_Y
867 27 41 39 40 1 improper_O_C_X_Y
868 39 43 41 42 1 improper_Z_N_X_Y
869 43 61 59 60 1 improper_O_C_X_Y
870 45 48 51 49 1 improper_Z_CA_X_Y
871 48 53 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
872 48 55 51 52 1 improper_Z_CA_X_Y
873 49 57 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
874 51 57 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
875 53 55 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
876 59 63 61 62 1 improper_Z_N_X_Y
877 63 68 66 67 1 improper_O_C_X_Y
878 66 70 68 69 1 improper_Z_N_X_Y
879 70 91 90 92 1 improper_O_C_X_Y
880 78 83 81 82 1 improper_Z_N_X_Y
881 81 84 83 87 1 improper_O_C_X_Y
882 83 85 84 86 1 improper_Z_N_X_Y
883 83 88 87 89 1 improper_Z_N_X_Y
884
885 ; Include Position restraint file
886 #ifdef POSRES
887 #include "posres.itp"
888 #endif
889
890 ; Include water topology
891 #include "oplsaa.ff/spce.itp"
892
893 #ifdef POSRES_WATER
894 ; Position restraint for each water oxygen
895 [ position_restraints ]
896 ; i funct fcx fcy fcz
897 1 1 1000 1000 1000
898 #endif
899
900 ; Include topology for ions
901 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
902
903 [ system ]
904 ; Name
905 TEST in water
906
907 [ molecules ]
908 ; Compound #mols
909 Protein 1
910 CL 2