diff test-data/check_info_structure.txt @ 4:018628703771 draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 8660ff51cd1a65b04f862562957592fe152fc81d
author chemteam
date Tue, 12 Jul 2022 12:46:17 +0000
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/check_info_structure.txt	Tue Jul 12 12:46:17 2022 +0000
@@ -0,0 +1,480 @@
+                 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:
+
+Executable:   /usr/local/bin.AVX2_256/gmx
+Data prefix:  /usr/local
+Working dir:  /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working
+Command line:
+  gmx check -c ./struc.gro -vdwfac 0.8 -bonlo 0.4 -bonhi 0.7
+
+Checking coordinate file ./struc.gro
+94 atoms in file
+coordinates found
+box         found
+velocities  absent
+
+Checking for atoms closer than 0.8 and not between 0.4 and 0.7,
+relative to sum of Van der Waals distance:
+
+WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed
+         based on residue and atom names, since they could not be
+         definitively assigned from the information in your input
+         files. These guessed numbers might deviate from the mass
+         and radius of the atom type. Please check the output
+         files if necessary. Note, that this functionality may
+         be removed in a future GROMACS version. Please, consider
+         using another file format for your input.
+
+
+WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed
+         based on residue and atom names, since they could not be
+         definitively assigned from the information in your input
+         files. These guessed numbers might deviate from the mass
+         and radius of the atom type. Please check the output
+         files if necessary. Note, that this functionality may
+         be removed in a future GROMACS version. Please, consider
+         using another file format for your input.
+
+NOTE: From version 5.0 gmx check uses the Van der Waals radii
+from the source below. This means the results may be different
+compared to previous GROMACS versions.
+
+++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
+A. Bondi
+van der Waals Volumes and Radii
+J. Phys. Chem. 68 (1964) pp. 441-451
+-------- -------- --- Thank You --- -------- --------
+
+
+atom# name  residue r_vdw  atom# name  residue r_vdw  distance
+
+    1    N  LYS   1 0.155      2   H1  LYS   1 0.12   0.1008
+
+    1    N  LYS   1 0.155      3   H2  LYS   1 0.12   0.1012
+
+    1    N  LYS   1 0.155      4   H3  LYS   1 0.12   0.1019
+
+    1    N  LYS   1 0.155      6   HA  LYS   1 0.12   0.2103
+
+    1    N  LYS   1 0.155      7   CB  LYS   1 0.17   0.2447
+
+    1    N  LYS   1 0.155     23    C  LYS   1 0.17   0.2437
+
+    2   H1  LYS   1 0.12       5   CA  LYS   1 0.17   0.205 
+
+    3   H2  LYS   1 0.12       5   CA  LYS   1 0.17   0.204 
+
+    5   CA  LYS   1 0.17       6   HA  LYS   1 0.12   0.1093
+
+    5   CA  LYS   1 0.17       8  HB1  LYS   1 0.12   0.2166
+
+    5   CA  LYS   1 0.17       9  HB2  LYS   1 0.12   0.2169
+
+    5   CA  LYS   1 0.17      10   CG  LYS   1 0.17   0.2598
+
+    5   CA  LYS   1 0.17      24    O  LYS   1 0.152  0.235 
+
+    5   CA  LYS   1 0.17      25    N  VAL   2 0.155  0.2455
+
+    6   HA  LYS   1 0.12       7   CB  LYS   1 0.17   0.2176
+
+    6   HA  LYS   1 0.12      23    C  LYS   1 0.17   0.215 
+
+    7   CB  LYS   1 0.17       8  HB1  LYS   1 0.12   0.1093
+
+    7   CB  LYS   1 0.17       9  HB2  LYS   1 0.12   0.1089
+
+    7   CB  LYS   1 0.17      11  HG1  LYS   1 0.12   0.2154
+
+    7   CB  LYS   1 0.17      12  HG2  LYS   1 0.12   0.217 
+
+    7   CB  LYS   1 0.17      13   CD  LYS   1 0.17   0.252 
+
+    7   CB  LYS   1 0.17      23    C  LYS   1 0.17   0.2504
+
+    8  HB1  LYS   1 0.12       9  HB2  LYS   1 0.12   0.1744
+
+    8  HB1  LYS   1 0.12      10   CG  LYS   1 0.17   0.2149
+
+    9  HB2  LYS   1 0.12      10   CG  LYS   1 0.17   0.2132
+
+   10
+   10   CG  LYS   1 0.17      11  HG1  LYS   1 0.12   0.1093
+
+   10   CG  LYS   1 0.17      12  HG2  LYS   1 0.12   0.1094
+
+   10   CG  LYS   1 0.17      14  HD1  LYS   1 0.12   0.2135
+
+   10   CG  LYS   1 0.17      15  HD2  LYS   1 0.12   0.2152
+
+   10   CG  LYS   1 0.17      16   CE  LYS   1 0.17   0.251 
+
+   11  HG1  LYS   1 0.12      12  HG2  LYS   1 0.12   0.1752
+
+   11  HG1  LYS   1 0.12      13   CD  LYS   1 0.17   0.2145
+
+   12  HG2  LYS   1 0.12      13   CD  LYS   1 0.17   0.2141
+
+   13   CD  LYS   1 0.17      14  HD1  LYS   1 0.12   0.1091
+
+   13   CD  LYS   1 0.17      15  HD2  LYS   1 0.12   0.1097
+
+   13   CD  LYS   1 0.17      17  HE1  LYS   1 0.12   0.2158
+
+   13   CD  LYS   1 0.17      18  HE2  LYS   1 0.12   0.2161
+
+   13   CD  LYS   1 0.17      19   NZ  LYS   1 0.155  0.2464
+
+   14  HD1  LYS   1 0.12      15  HD2  LYS   1 0.12   0.1756
+
+   14  HD1  LYS   1 0.12      16   CE  LYS   1 0.17   0.2168
+
+   15  HD2  LYS   1 0.12      16   CE  LYS   1 0.17   0.2152
+
+   16   CE  LYS   1 0.17      17  HE1  LYS   1 0.12   0.1087
+
+   16   CE  LYS   1 0.17      18  HE2  LYS   1 0.12   0.1097
+
+   16   CE  LYS   1 0.17      20  HZ1  LYS   1 0.12   0.205 
+
+   16   CE  LYS   1 0.17      21  HZ2  LYS   1 0.12   0.2042
+
+   16   CE  LYS   1 0.17      22  HZ3  LYS   1 0.12   0.2043
+
+   17  HE1  LYS   1 0.12      18  HE2  LYS   1 0.12   0.1752
+
+   17  HE1  LYS   1 0.12      19   NZ  LYS   1 0.155  0.2104
+
+   18  HE2  LYS   1 0.12      19   NZ  LYS   1 0.155  0.2104
+
+   19   NZ  LYS   1 0.155     20  HZ1  LYS   1 0.12   0.1013
+
+   19   NZ  LYS   1 0.155     21  HZ2  LYS   1 0.12   0.1007
+
+   19   NZ  LYS   1 0.155     22  HZ3  LYS   1 0.12   0.1008
+
+   20
+   23    C  LYS   1 0.17      24    O  LYS   1 0.152  0.1227
+
+   23    C  LYS   1 0.17      26    H  VAL   2 0.12   0.2057
+
+   23    C  LYS   1 0.17      27   CA  VAL   2 0.17   0.2452
+
+   24    O  LYS   1 0.152     25    N  VAL   2 0.155  0.2265
+
+   25    N  VAL   2 0.155     26    H  VAL   2 0.12   0.1012
+
+   25    N  VAL   2 0.155     28   HA  VAL   2 0.12   0.212 
+
+   25    N  VAL   2 0.155     29   CB  VAL   2 0.17   0.2483
+
+   25    N  VAL   2 0.155     39    C  VAL   2 0.17   0.2402
+
+   26    H  VAL   2 0.12      27   CA  VAL   2 0.17   0.2099
+
+   27   CA  VAL   2 0.17      28   HA  VAL   2 0.12   0.1087
+
+   27   CA  VAL   2 0.17      30   HB  VAL   2 0.12   0.2176
+
+   27   CA  VAL   2 0.17      31  CG1  VAL   2 0.17   0.2542
+
+   27   CA  VAL   2 0.17      35  CG2  VAL   2 0.17   0.2536
+
+   27   CA  VAL   2 0.17      40    O  VAL   2 0.152  0.2414
+
+   27   CA  VAL   2 0.17      41    N  PHE   3 0.155  0.2429
+
+   28   HA  VAL   2 0.12      29   CB  VAL   2 0.17   0.2139
+
+   28   HA  VAL   2 0.12      39    C  VAL   2 0.17   0.2153
+
+   29   CB  VAL   2 0.17      30   HB  VAL   2 0.12   0.1099
+
+   29   CB  VAL   2 0.17      32 HG11  VAL   2 0.12   0.2179
+
+   29   CB  VAL   2 0.17      33 HG12  VAL   2 0.12   0.2189
+
+   29   CB  VAL   2 0.17      34 HG13  VAL   2 0.12   0.2179
+
+   29   CB  VAL   2 0.17      36 HG21  VAL   2 0.12   0.2167
+
+   29   CB  VAL   2 0.17      37 HG22  VAL   2 0.12   0.2176
+
+   29   CB  VAL   2 0.17      38 HG23  VAL   2 0.12   0.2192
+
+   29   CB  VAL   2 0.17      39    C  VAL   2 0.17   0.2543
+
+   30
+   30   HB  VAL   2 0.12      31  CG1  VAL   2 0.17   0.215 
+
+   30   HB  VAL   2 0.12      35  CG2  VAL   2 0.17   0.2146
+
+   31  CG1  VAL   2 0.17      32 HG11  VAL   2 0.12   0.1091
+
+   31  CG1  VAL   2 0.17      33 HG12  VAL   2 0.12   0.1089
+
+   31  CG1  VAL   2 0.17      34 HG13  VAL   2 0.12   0.1094
+
+   31  CG1  VAL   2 0.17      35  CG2  VAL   2 0.17   0.2487
+
+   32 HG11  VAL   2 0.12      33 HG12  VAL   2 0.12   0.1757
+
+   32 HG11  VAL   2 0.12      34 HG13  VAL   2 0.12   0.1765
+
+   33 HG12  VAL   2 0.12      34 HG13  VAL   2 0.12   0.1761
+
+   35  CG2  VAL   2 0.17      36 HG21  VAL   2 0.12   0.1084
+
+   35  CG2  VAL   2 0.17      37 HG22  VAL   2 0.12   0.1092
+
+   35  CG2  VAL   2 0.17      38 HG23  VAL   2 0.12   0.1092
+
+   36 HG21  VAL   2 0.12      37 HG22  VAL   2 0.12   0.176 
+
+   36 HG21  VAL   2 0.12      38 HG23  VAL   2 0.12   0.1755
+
+   37 HG22  VAL   2 0.12      38 HG23  VAL   2 0.12   0.1767
+
+   39    C  VAL   2 0.17      40    O  VAL   2 0.152  0.1239
+
+   39    C  VAL   2 0.17      43   CA  PHE   3 0.17   0.2449
+
+   40
+   40    O  VAL   2 0.152     41    N  PHE   3 0.155  0.226 
+
+   41    N  PHE   3 0.155     42    H  PHE   3 0.12   0.1006
+
+   41    N  PHE   3 0.155     44   HA  PHE   3 0.12   0.2084
+
+   41    N  PHE   3 0.155     45   CB  PHE   3 0.17   0.2467
+
+   41    N  PHE   3 0.155     59    C  PHE   3 0.17   0.2453
+
+   42    H  PHE   3 0.12      43   CA  PHE   3 0.17   0.2117
+
+   43   CA  PHE   3 0.17      44   HA  PHE   3 0.12   0.109 
+
+   43   CA  PHE   3 0.17      46  HB1  PHE   3 0.12   0.2198
+
+   43   CA  PHE   3 0.17      47  HB2  PHE   3 0.12   0.2178
+
+   43   CA  PHE   3 0.17      48   CG  PHE   3 0.17   0.2554
+
+   43   CA  PHE   3 0.17      60    O  PHE   3 0.152  0.2405
+
+   43   CA  PHE   3 0.17      61    N  GLY   4 0.155  0.2431
+
+   44   HA  PHE   3 0.12      45   CB  PHE   3 0.17   0.2178
+
+   44   HA  PHE   3 0.12      59    C  PHE   3 0.17   0.2144
+
+   45   CB  PHE   3 0.17      46  HB1  PHE   3 0.12   0.109 
+
+   45   CB  PHE   3 0.17      47  HB2  PHE   3 0.12   0.1089
+
+   45   CB  PHE   3 0.17      49  CD1  PHE   3 0.17   0.2542
+
+   45   CB  PHE   3 0.17      51  CD2  PHE   3 0.17   0.2528
+
+   45   CB  PHE   3 0.17      59    C  PHE   3 0.17   0.2487
+
+   46  HB1  PHE   3 0.12      47  HB2  PHE   3 0.12   0.1734
+
+   46  HB1  PHE   3 0.12      48   CG  PHE   3 0.17   0.2139
+
+   47  HB2  PHE   3 0.12      48   CG  PHE   3 0.17   0.2104
+
+   48   CG  PHE   3 0.17      50  HD1  PHE   3 0.12   0.2158
+
+   48   CG  PHE   3 0.17      52  HD2  PHE   3 0.12   0.2172
+
+   48   CG  PHE   3 0.17      53  CE1  PHE   3 0.17   0.2437
+
+   48   CG  PHE   3 0.17      55  CE2  PHE   3 0.17   0.2448
+
+   49  CD1  PHE   3 0.17      50  HD1  PHE   3 0.12   0.1082
+
+   49  CD1  PHE   3 0.17      51  CD2  PHE   3 0.17   0.244 
+
+   49  CD1  PHE   3 0.17      54  HE1  PHE   3 0.12   0.2153
+
+   49  CD1  PHE   3 0.17      57   CZ  PHE   3 0.17   0.2436
+
+   50
+   50  HD1  PHE   3 0.12      53  CE1  PHE   3 0.17   0.2161
+
+   51  CD2  PHE   3 0.17      52  HD2  PHE   3 0.12   0.1089
+
+   51  CD2  PHE   3 0.17      56  HE2  PHE   3 0.12   0.2157
+
+   51  CD2  PHE   3 0.17      57   CZ  PHE   3 0.17   0.2439
+
+   52  HD2  PHE   3 0.12      55  CE2  PHE   3 0.17   0.2171
+
+   53  CE1  PHE   3 0.17      54  HE1  PHE   3 0.12   0.108 
+
+   53  CE1  PHE   3 0.17      55  CE2  PHE   3 0.17   0.2446
+
+   53  CE1  PHE   3 0.17      58   HZ  PHE   3 0.12   0.216 
+
+   54  HE1  PHE   3 0.12      57   CZ  PHE   3 0.17   0.2166
+
+   55  CE2  PHE   3 0.17      56  HE2  PHE   3 0.12   0.1079
+
+   55  CE2  PHE   3 0.17      58   HZ  PHE   3 0.12   0.2152
+
+   56  HE2  PHE   3 0.12      57   CZ  PHE   3 0.17   0.2174
+
+   57   CZ  PHE   3 0.17      58   HZ  PHE   3 0.12   0.1074
+
+   59    C  PHE   3 0.17      60    O  PHE   3 0.152  0.1233
+
+   59    C  PHE   3 0.17      63   CA  GLY   4 0.17   0.2439
+
+   60
+   60    O  PHE   3 0.152     61    N  GLY   4 0.155  0.2261
+
+   61    N  GLY   4 0.155     62    H  GLY   4 0.12   0.1014
+
+   61    N  GLY   4 0.155     64  HA1  GLY   4 0.12   0.2097
+
+   61    N  GLY   4 0.155     65  HA2  GLY   4 0.12   0.208 
+
+   61    N  GLY   4 0.155     66    C  GLY   4 0.17   0.2418
+
+   62    H  GLY   4 0.12      63   CA  GLY   4 0.17   0.2113
+
+   63   CA  GLY   4 0.17      64  HA1  GLY   4 0.12   0.109 
+
+   63   CA  GLY   4 0.17      65  HA2  GLY   4 0.12   0.1096
+
+   63   CA  GLY   4 0.17      67    O  GLY   4 0.152  0.2357
+
+   63   CA  GLY   4 0.17      68    N  ARG   5 0.155  0.2453
+
+   64  HA1  GLY   4 0.12      65  HA2  GLY   4 0.12   0.1769
+
+   64  HA1  GLY   4 0.12      66    C  GLY   4 0.17   0.2199
+
+   65  HA2  GLY   4 0.12      66    C  GLY   4 0.17   0.214 
+
+   66    C  GLY   4 0.17      67    O  GLY   4 0.152  0.1224
+
+   66    C  GLY   4 0.17      70   CA  ARG   5 0.17   0.2528
+
+   67    O  GLY   4 0.152     68    N  ARG   5 0.155  0.2269
+
+   68    N  ARG   5 0.155     69    H  ARG   5 0.12   0.1006
+
+   68    N  ARG   5 0.155     71   HA  ARG   5 0.12   0.2006
+
+   68    N  ARG   5 0.155     72   CB  ARG   5 0.17   0.2455
+
+   69    H  ARG   5 0.12      70   CA  ARG   5 0.17   0.2121
+
+   70
+   70   CA  ARG   5 0.17      71   HA  ARG   5 0.12   0.1085
+
+   70   CA  ARG   5 0.17      73  HB1  ARG   5 0.12   0.217 
+
+   70   CA  ARG   5 0.17      74  HB2  ARG   5 0.12   0.2158
+
+   70   CA  ARG   5 0.17      75   CG  ARG   5 0.17   0.2571
+
+   70   CA  ARG   5 0.17      91   O1  ARG   5 0.152  0.2432
+
+   70   CA  ARG   5 0.17      92   O2  ARG   5 0.152  0.2442
+
+   71   HA  ARG   5 0.12      72   CB  ARG   5 0.17   0.2124
+
+   71   HA  ARG   5 0.12      90    C  ARG   5 0.17   0.2062
+
+   72   CB  ARG   5 0.17      73  HB1  ARG   5 0.12   0.1104
+
+   72   CB  ARG   5 0.17      74  HB2  ARG   5 0.12   0.1091
+
+   72   CB  ARG   5 0.17      76  HG1  ARG   5 0.12   0.2188
+
+   72   CB  ARG   5 0.17      77  HG2  ARG   5 0.12   0.2156
+
+   72   CB  ARG   5 0.17      78   CD  ARG   5 0.17   0.2564
+
+   72   CB  ARG   5 0.17      90    C  ARG   5 0.17   0.2656
+
+   73  HB1  ARG   5 0.12      74  HB2  ARG   5 0.12   0.1759
+
+   73  HB1  ARG   5 0.12      75   CG  ARG   5 0.17   0.2148
+
+   74  HB2  ARG   5 0.12      75   CG  ARG   5 0.17   0.217 
+
+   75   CG  ARG   5 0.17      76  HG1  ARG   5 0.12   0.1079
+
+   75   CG  ARG   5 0.17      77  HG2  ARG   5 0.12   0.1091
+
+   75   CG  ARG   5 0.17      79  HD1  ARG   5 0.12   0.2096
+
+   75   CG  ARG   5 0.17      80  HD2  ARG   5 0.12   0.2119
+
+   75   CG  ARG   5 0.17      81   NE  ARG   5 0.155  0.2454
+
+   76  HG1  ARG   5 0.12      77  HG2  ARG   5 0.12   0.1745
+
+   77  HG2  ARG   5 0.12      78   CD  ARG   5 0.17   0.2156
+
+   78   CD  ARG   5 0.17      79  HD1  ARG   5 0.12   0.1082
+
+   78   CD  ARG   5 0.17      80  HD2  ARG   5 0.12   0.1091
+
+   78   CD  ARG   5 0.17      82   HE  ARG   5 0.12   0.2079
+
+   78   CD  ARG   5 0.17      83   CZ  ARG   5 0.17   0.2528
+
+   79  HD1  ARG   5 0.12      80  HD2  ARG   5 0.12   0.177 
+
+   79  HD1  ARG   5 0.12      81   NE  ARG   5 0.155  0.2117
+
+   80
+   80  HD2  ARG   5 0.12      81   NE  ARG   5 0.155  0.211 
+
+   81   NE  ARG   5 0.155     82   HE  ARG   5 0.12   0.1011
+
+   81   NE  ARG   5 0.155     84  NH1  ARG   5 0.155  0.2347
+
+   81   NE  ARG   5 0.155     87  NH2  ARG   5 0.155  0.2296
+
+   82   HE  ARG   5 0.12      83   CZ  ARG   5 0.17   0.2053
+
+   83   CZ  ARG   5 0.17      85 HH11  ARG   5 0.12   0.2047
+
+   83   CZ  ARG   5 0.17      86 HH12  ARG   5 0.12   0.2067
+
+   83   CZ  ARG   5 0.17      88 HH21  ARG   5 0.12   0.204 
+
+   83   CZ  ARG   5 0.17      89 HH22  ARG   5 0.12   0.2059
+
+   84  NH1  ARG   5 0.155     85 HH11  ARG   5 0.12   0.1019
+
+   84  NH1  ARG   5 0.155     86 HH12  ARG   5 0.12   0.1006
+
+   84  NH1  ARG   5 0.155     87  NH2  ARG   5 0.155  0.231 
+
+   85 HH11  ARG   5 0.12      86 HH12  ARG   5 0.12   0.1717
+
+   87  NH2  ARG   5 0.155     88 HH21  ARG   5 0.12   0.1001
+
+   87  NH2  ARG   5 0.155     89 HH22  ARG   5 0.12   0.1018
+
+   88 HH21  ARG   5 0.12      89 HH22  ARG   5 0.12   0.1722
+
+   90
+   90    C  ARG   5 0.17      91   O1  ARG   5 0.152  0.125 
+
+   90    C  ARG   5 0.17      92   O2  ARG   5 0.152  0.1236
+
+   91   O1  ARG   5 0.152     92   O2  ARG   5 0.152  0.217 
+
+      
+no atoms found outside box
+
+
+GROMACS reminds you: "The only greatness for man is immortality." (James Dean)
+