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comparison test-data/complex.top @ 0:7f64dd60f5d7 draft

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planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 27f3e0b555b8178299ada42df33006e2f69b4e80
author chemteam
date Mon, 24 Oct 2022 22:12:01 +0000
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:7f64dd60f5d7
1 ;
2 ; File 'topol.top' was generated
3 ; By user: unknown (1000)
4 ; On host: simon-notebook
5 ; At date: Tue May 12 12:59:21 2020
6 ;
7 ; This is a standalone topology file
8 ;
9 ; Created by:
10 ; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:
11 ;
12 ; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx
13 ; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1
14 ; Working dir: /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working
15 ; Command line:
16 ; gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all
17 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
18 ;
19
20 ; Include forcefield parameters
21 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
22
23 ; Include ligand atomtypes
24 [ atomtypes ]
25 ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
26 C C 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
27 CZ CZ 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
28 CK CK 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
29 CM CM 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
30 CD CD 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
31 NB NB 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
32 N* N* 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
33 DU DU 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000
34 F F 0.00000 0.00000 A 3.11815e-01 2.55224e-01 ; 1.75 0.0610
35 O O 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100
36
37 [ moleculetype ]
38 ; Name nrexcl
39 Protein 3
40
41 [ atoms ]
42 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
43 ; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0
44 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027
45 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008
46 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008
47 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008
48 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011
49 6 opls_140 1 LYS HA 1 0.06 1.008
50 7 opls_136 1 LYS CB 2 -0.12 12.011
51 8 opls_140 1 LYS HB1 2 0.06 1.008
52 9 opls_140 1 LYS HB2 2 0.06 1.008
53 10 opls_136 1 LYS CG 3 -0.12 12.011
54 11 opls_140 1 LYS HG1 3 0.06 1.008
55 12 opls_140 1 LYS HG2 3 0.06 1.008
56 13 opls_136 1 LYS CD 4 -0.12 12.011
57 14 opls_140 1 LYS HD1 4 0.06 1.008
58 15 opls_140 1 LYS HD2 4 0.06 1.008
59 16 opls_292 1 LYS CE 5 0.19 12.011
60 17 opls_140 1 LYS HE1 5 0.06 1.008
61 18 opls_140 1 LYS HE2 5 0.06 1.008
62 19 opls_287 1 LYS NZ 6 -0.3 14.0067
63 20 opls_290 1 LYS HZ1 6 0.33 1.008
64 21 opls_290 1 LYS HZ2 6 0.33 1.008
65 22 opls_290 1 LYS HZ3 6 0.33 1.008
66 23 opls_235 1 LYS C 7 0.5 12.011
67 24 opls_236 1 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
68 ; residue 2 VAL rtp VAL q 0.0
69 25 opls_238 2 VAL N 8 -0.5 14.0067
70 26 opls_241 2 VAL H 8 0.3 1.008
71 27 opls_224B 2 VAL CA 8 0.14 12.011
72 28 opls_140 2 VAL HA 8 0.06 1.008
73 29 opls_137 2 VAL CB 9 -0.06 12.011
74 30 opls_140 2 VAL HB 9 0.06 1.008
75 31 opls_135 2 VAL CG1 10 -0.18 12.011
76 32 opls_140 2 VAL HG11 10 0.06 1.008
77 33 opls_140 2 VAL HG12 10 0.06 1.008
78 34 opls_140 2 VAL HG13 10 0.06 1.008
79 35 opls_135 2 VAL CG2 11 -0.18 12.011
80 36 opls_140 2 VAL HG21 11 0.06 1.008
81 37 opls_140 2 VAL HG22 11 0.06 1.008
82 38 opls_140 2 VAL HG23 11 0.06 1.008
83 39 opls_235 2 VAL C 12 0.5 12.011
84 40 opls_236 2 VAL O 12 -0.5 15.9994 ; qtot 2
85 ; residue 3 PHE rtp PHE q 0.0
86 41 opls_238 3 PHE N 13 -0.5 14.0067
87 42 opls_241 3 PHE H 13 0.3 1.008
88 43 opls_224B 3 PHE CA 13 0.14 12.011
89 44 opls_140 3 PHE HA 13 0.06 1.008
90 45 opls_149 3 PHE CB 14 -0.005 12.011
91 46 opls_140 3 PHE HB1 14 0.06 1.008
92 47 opls_140 3 PHE HB2 14 0.06 1.008
93 48 opls_145 3 PHE CG 14 -0.115 12.011
94 49 opls_145 3 PHE CD1 15 -0.115 12.011
95 50 opls_146 3 PHE HD1 15 0.115 1.008
96 51 opls_145 3 PHE CD2 16 -0.115 12.011
97 52 opls_146 3 PHE HD2 16 0.115 1.008
98 53 opls_145 3 PHE CE1 17 -0.115 12.011
99 54 opls_146 3 PHE HE1 17 0.115 1.008
100 55 opls_145 3 PHE CE2 18 -0.115 12.011
101 56 opls_146 3 PHE HE2 18 0.115 1.008
102 57 opls_145 3 PHE CZ 19 -0.115 12.011
103 58 opls_146 3 PHE HZ 19 0.115 1.008
104 59 opls_235 3 PHE C 20 0.5 12.011
105 60 opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2
106 ; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0
107 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067
108 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008
109 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011
110 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008
111 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008
112 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011
113 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2
114 ; residue 5 ARG rtp ARG q 0.0
115 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067
116 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008
117 70 opls_283 5 ARG CA 23 0.04 12.011
118 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008
119 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011
120 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008
121 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008
122 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011
123 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008
124 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008
125 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011
126 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008
127 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008
128 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067
129 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008
130 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011
131 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067
132 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008
133 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008
134 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067
135 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008
136 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008
137 90 opls_271 5 ARG C 30 0.7 12.011
138 91 opls_272 5 ARG O1 30 -0.8 15.9994
139 92 opls_272 5 ARG O2 30 -0.8 15.9994 ; qtot 2
140
141 [ bonds ]
142 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
143 1 2 1
144 1 3 1
145 1 4 1
146 1 5 1
147 5 6 1
148 5 7 1
149 5 23 1
150 7 8 1
151 7 9 1
152 7 10 1
153 10 11 1
154 10 12 1
155 10 13 1
156 13 14 1
157 13 15 1
158 13 16 1
159 16 17 1
160 16 18 1
161 16 19 1
162 19 20 1
163 19 21 1
164 19 22 1
165 23 24 1
166 23 25 1
167 25 26 1
168 25 27 1
169 27 28 1
170 27 29 1
171 27 39 1
172 29 30 1
173 29 31 1
174 29 35 1
175 31 32 1
176 31 33 1
177 31 34 1
178 35 36 1
179 35 37 1
180 35 38 1
181 39 40 1
182 39 41 1
183 41 42 1
184 41 43 1
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186 43 45 1
187 43 59 1
188 45 46 1
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192 48 51 1
193 49 50 1
194 49 53 1
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199 55 56 1
200 55 57 1
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202 59 60 1
203 59 61 1
204 61 62 1
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206 63 64 1
207 63 65 1
208 63 66 1
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210 66 68 1
211 68 69 1
212 68 70 1
213 70 71 1
214 70 72 1
215 70 90 1
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218 72 75 1
219 75 76 1
220 75 77 1
221 75 78 1
222 78 79 1
223 78 80 1
224 78 81 1
225 81 82 1
226 81 83 1
227 83 84 1
228 83 87 1
229 84 85 1
230 84 86 1
231 87 88 1
232 87 89 1
233 90 91 1
234 90 92 1
235
236 [ pairs ]
237 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
238 1 8 1
239 1 9 1
240 1 10 1
241 1 24 1
242 1 25 1
243 2 6 1
244 2 7 1
245 2 23 1
246 3 6 1
247 3 7 1
248 3 23 1
249 4 6 1
250 4 7 1
251 4 23 1
252 5 11 1
253 5 12 1
254 5 13 1
255 5 26 1
256 5 27 1
257 6 8 1
258 6 9 1
259 6 10 1
260 6 24 1
261 6 25 1
262 7 14 1
263 7 15 1
264 7 16 1
265 7 24 1
266 7 25 1
267 8 11 1
268 8 12 1
269 8 13 1
270 8 23 1
271 9 11 1
272 9 12 1
273 9 13 1
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277 10 19 1
278 10 23 1
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280 11 15 1
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298 18 21 1
299 18 22 1
300 23 28 1
301 23 29 1
302 23 39 1
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304 24 27 1
305 25 30 1
306 25 31 1
307 25 35 1
308 25 40 1
309 25 41 1
310 26 28 1
311 26 29 1
312 26 39 1
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314 27 33 1
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322 28 31 1
323 28 35 1
324 28 40 1
325 28 41 1
326 29 40 1
327 29 41 1
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330 30 34 1
331 30 36 1
332 30 37 1
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334 30 39 1
335 31 36 1
336 31 37 1
337 31 38 1
338 31 39 1
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340 33 35 1
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408 64 68 1
409 65 67 1
410 65 68 1
411 66 71 1
412 66 72 1
413 66 90 1
414 67 69 1
415 67 70 1
416 68 73 1
417 68 74 1
418 68 75 1
419 68 91 1
420 68 92 1
421 69 71 1
422 69 72 1
423 69 90 1
424 70 76 1
425 70 77 1
426 70 78 1
427 71 73 1
428 71 74 1
429 71 75 1
430 71 91 1
431 71 92 1
432 72 79 1
433 72 80 1
434 72 81 1
435 72 91 1
436 72 92 1
437 73 76 1
438 73 77 1
439 73 78 1
440 73 90 1
441 74 76 1
442 74 77 1
443 74 78 1
444 74 90 1
445 75 82 1
446 75 83 1
447 75 90 1
448 76 79 1
449 76 80 1
450 76 81 1
451 77 79 1
452 77 80 1
453 77 81 1
454 78 84 1
455 78 87 1
456 79 82 1
457 79 83 1
458 80 82 1
459 80 83 1
460 81 85 1
461 81 86 1
462 81 88 1
463 81 89 1
464 82 84 1
465 82 87 1
466 84 88 1
467 84 89 1
468 85 87 1
469 86 87 1
470
471 [ angles ]
472 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
473 2 1 3 1
474 2 1 4 1
475 2 1 5 1
476 3 1 4 1
477 3 1 5 1
478 4 1 5 1
479 1 5 6 1
480 1 5 7 1
481 1 5 23 1
482 6 5 7 1
483 6 5 23 1
484 7 5 23 1
485 5 7 8 1
486 5 7 9 1
487 5 7 10 1
488 8 7 9 1
489 8 7 10 1
490 9 7 10 1
491 7 10 11 1
492 7 10 12 1
493 7 10 13 1
494 11 10 12 1
495 11 10 13 1
496 12 10 13 1
497 10 13 14 1
498 10 13 15 1
499 10 13 16 1
500 14 13 15 1
501 14 13 16 1
502 15 13 16 1
503 13 16 17 1
504 13 16 18 1
505 13 16 19 1
506 17 16 18 1
507 17 16 19 1
508 18 16 19 1
509 16 19 20 1
510 16 19 21 1
511 16 19 22 1
512 20 19 21 1
513 20 19 22 1
514 21 19 22 1
515 5 23 24 1
516 5 23 25 1
517 24 23 25 1
518 23 25 26 1
519 23 25 27 1
520 26 25 27 1
521 25 27 28 1
522 25 27 29 1
523 25 27 39 1
524 28 27 29 1
525 28 27 39 1
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528 27 29 31 1
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537 32 31 34 1
538 33 31 34 1
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540 29 35 37 1
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544 37 35 38 1
545 27 39 40 1
546 27 39 41 1
547 40 39 41 1
548 39 41 42 1
549 39 41 43 1
550 42 41 43 1
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552 41 43 45 1
553 41 43 59 1
554 44 43 45 1
555 44 43 59 1
556 45 43 59 1
557 43 45 46 1
558 43 45 47 1
559 43 45 48 1
560 46 45 47 1
561 46 45 48 1
562 47 45 48 1
563 45 48 49 1
564 45 48 51 1
565 49 48 51 1
566 48 49 50 1
567 48 49 53 1
568 50 49 53 1
569 48 51 52 1
570 48 51 55 1
571 52 51 55 1
572 49 53 54 1
573 49 53 57 1
574 54 53 57 1
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576 51 55 57 1
577 56 55 57 1
578 53 57 55 1
579 53 57 58 1
580 55 57 58 1
581 43 59 60 1
582 43 59 61 1
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585 59 61 63 1
586 62 61 63 1
587 61 63 64 1
588 61 63 65 1
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591 64 63 66 1
592 65 63 66 1
593 63 66 67 1
594 63 66 68 1
595 67 66 68 1
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598 69 68 70 1
599 68 70 71 1
600 68 70 72 1
601 68 70 90 1
602 71 70 72 1
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608 73 72 74 1
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610 74 72 75 1
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613 72 75 78 1
614 76 75 77 1
615 76 75 78 1
616 77 75 78 1
617 75 78 79 1
618 75 78 80 1
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620 79 78 80 1
621 79 78 81 1
622 80 78 81 1
623 78 81 82 1
624 78 81 83 1
625 82 81 83 1
626 81 83 84 1
627 81 83 87 1
628 84 83 87 1
629 83 84 85 1
630 83 84 86 1
631 85 84 86 1
632 83 87 88 1
633 83 87 89 1
634 88 87 89 1
635 70 90 91 1
636 70 90 92 1
637 91 90 92 1
638
639 [ dihedrals ]
640 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
641 2 1 5 6 3
642 2 1 5 7 3
643 2 1 5 23 3
644 3 1 5 6 3
645 3 1 5 7 3
646 3 1 5 23 3
647 4 1 5 6 3
648 4 1 5 7 3
649 4 1 5 23 3
650 1 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
651 23 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
652 1 5 7 8 3
653 1 5 7 9 3
654 6 5 7 8 3
655 6 5 7 9 3
656 6 5 7 10 3
657 23 5 7 8 3
658 23 5 7 9 3
659 1 5 23 24 3
660 1 5 23 25 3
661 6 5 23 24 3
662 6 5 23 25 3
663 7 5 23 24 3
664 7 5 23 25 3
665 5 7 10 11 3
666 5 7 10 12 3
667 5 7 10 13 3
668 8 7 10 11 3
669 8 7 10 12 3
670 8 7 10 13 3
671 9 7 10 11 3
672 9 7 10 12 3
673 9 7 10 13 3
674 7 10 13 14 3
675 7 10 13 15 3
676 7 10 13 16 3
677 11 10 13 14 3
678 11 10 13 15 3
679 11 10 13 16 3
680 12 10 13 14 3
681 12 10 13 15 3
682 12 10 13 16 3
683 10 13 16 17 3
684 10 13 16 18 3
685 10 13 16 19 3
686 14 13 16 17 3
687 14 13 16 18 3
688 14 13 16 19 3
689 15 13 16 17 3
690 15 13 16 18 3
691 15 13 16 19 3
692 13 16 19 20 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
693 13 16 19 21 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
694 13 16 19 22 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
695 17 16 19 20 3
696 17 16 19 21 3
697 17 16 19 22 3
698 18 16 19 20 3
699 18 16 19 21 3
700 18 16 19 22 3
701 5 23 25 26 3
702 5 23 25 27 3
703 24 23 25 26 3
704 24 23 25 27 3
705 23 25 27 28 3
706 23 25 27 29 3
707 23 25 27 39 3
708 26 25 27 28 3
709 26 25 27 29 3
710 26 25 27 39 3
711 25 27 29 31 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
712 25 27 29 35 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
713 39 27 29 31 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
714 39 27 29 35 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
715 25 27 29 30 3
716 28 27 29 30 3
717 28 27 29 31 3
718 28 27 29 35 3
719 39 27 29 30 3
720 25 27 39 40 3
721 25 27 39 41 3
722 28 27 39 40 3
723 28 27 39 41 3
724 29 27 39 40 3
725 29 27 39 41 3
726 27 29 31 32 3
727 27 29 31 33 3
728 27 29 31 34 3
729 30 29 31 32 3
730 30 29 31 33 3
731 30 29 31 34 3
732 35 29 31 32 3
733 35 29 31 33 3
734 35 29 31 34 3
735 27 29 35 36 3
736 27 29 35 37 3
737 27 29 35 38 3
738 30 29 35 36 3
739 30 29 35 37 3
740 30 29 35 38 3
741 31 29 35 36 3
742 31 29 35 37 3
743 31 29 35 38 3
744 27 39 41 42 3
745 27 39 41 43 3
746 40 39 41 42 3
747 40 39 41 43 3
748 39 41 43 44 3
749 39 41 43 45 3
750 39 41 43 59 3
751 42 41 43 44 3
752 42 41 43 45 3
753 42 41 43 59 3
754 41 43 45 46 3
755 41 43 45 47 3
756 41 43 45 48 3
757 44 43 45 46 3
758 44 43 45 47 3
759 44 43 45 48 3
760 59 43 45 46 3
761 59 43 45 47 3
762 59 43 45 48 3
763 41 43 59 60 3
764 41 43 59 61 3
765 44 43 59 60 3
766 44 43 59 61 3
767 45 43 59 60 3
768 45 43 59 61 3
769 43 45 48 49 3
770 43 45 48 51 3
771 46 45 48 49 3
772 46 45 48 51 3
773 47 45 48 49 3
774 47 45 48 51 3
775 45 48 49 50 3
776 45 48 49 53 3
777 51 48 49 50 3
778 51 48 49 53 3
779 45 48 51 52 3
780 45 48 51 55 3
781 49 48 51 52 3
782 49 48 51 55 3
783 48 49 53 54 3
784 48 49 53 57 3
785 50 49 53 54 3
786 50 49 53 57 3
787 48 51 55 56 3
788 48 51 55 57 3
789 52 51 55 56 3
790 52 51 55 57 3
791 49 53 57 55 3
792 49 53 57 58 3
793 54 53 57 55 3
794 54 53 57 58 3
795 51 55 57 53 3
796 51 55 57 58 3
797 56 55 57 53 3
798 56 55 57 58 3
799 43 59 61 62 3
800 43 59 61 63 3
801 60 59 61 62 3
802 60 59 61 63 3
803 59 61 63 64 3
804 59 61 63 65 3
805 59 61 63 66 3
806 62 61 63 64 3
807 62 61 63 65 3
808 62 61 63 66 3
809 61 63 66 67 3
810 61 63 66 68 3
811 64 63 66 67 3
812 64 63 66 68 3
813 65 63 66 67 3
814 65 63 66 68 3
815 63 66 68 69 3
816 63 66 68 70 3
817 67 66 68 69 3
818 67 66 68 70 3
819 66 68 70 71 3
820 66 68 70 72 3
821 66 68 70 90 3
822 69 68 70 71 3
823 69 68 70 72 3
824 69 68 70 90 3
825 68 70 72 75 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
826 90 70 72 75 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
827 68 70 72 73 3
828 68 70 72 74 3
829 71 70 72 73 3
830 71 70 72 74 3
831 71 70 72 75 3
832 90 70 72 73 3
833 90 70 72 74 3
834 68 70 90 91 3
835 68 70 90 92 3
836 71 70 90 91 3
837 71 70 90 92 3
838 72 70 90 91 3
839 72 70 90 92 3
840 70 72 75 76 3
841 70 72 75 77 3
842 70 72 75 78 3
843 73 72 75 76 3
844 73 72 75 77 3
845 73 72 75 78 3
846 74 72 75 76 3
847 74 72 75 77 3
848 74 72 75 78 3
849 72 75 78 79 3
850 72 75 78 80 3
851 72 75 78 81 3
852 76 75 78 79 3
853 76 75 78 80 3
854 76 75 78 81 3
855 77 75 78 79 3
856 77 75 78 80 3
857 77 75 78 81 3
858 75 78 81 82 3
859 75 78 81 83 3
860 79 78 81 82 3
861 79 78 81 83 3
862 80 78 81 82 3
863 80 78 81 83 3
864 78 81 83 84 3
865 78 81 83 87 3
866 82 81 83 84 3
867 82 81 83 87 3
868 81 83 84 85 3
869 81 83 84 86 3
870 87 83 84 85 3
871 87 83 84 86 3
872 81 83 87 88 3
873 81 83 87 89 3
874 84 83 87 88 3
875 84 83 87 89 3
876
877 [ dihedrals ]
878 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
879 5 25 23 24 1 improper_O_C_X_Y
880 23 27 25 26 1 improper_Z_N_X_Y
881 27 41 39 40 1 improper_O_C_X_Y
882 39 43 41 42 1 improper_Z_N_X_Y
883 43 61 59 60 1 improper_O_C_X_Y
884 45 48 51 49 1 improper_Z_CA_X_Y
885 48 53 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
886 48 55 51 52 1 improper_Z_CA_X_Y
887 49 57 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
888 51 57 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
889 53 55 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
890 59 63 61 62 1 improper_Z_N_X_Y
891 63 68 66 67 1 improper_O_C_X_Y
892 66 70 68 69 1 improper_Z_N_X_Y
893 70 91 90 92 1 improper_O_C_X_Y
894 78 83 81 82 1 improper_Z_N_X_Y
895 81 84 83 87 1 improper_O_C_X_Y
896 83 85 84 86 1 improper_Z_N_X_Y
897 83 88 87 89 1 improper_Z_N_X_Y
898
899 ; Include Position restraint file
900 #ifdef POSRES
901 #include "posres.itp"
902 #endif
903
904 ; Include ligand topology
905 ; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020
906
907 [ moleculetype ]
908 ;name nrexcl
909 base 3
910
911 [ atoms ]
912 ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
913 1 C 1 G5E C1 1 0.545501 12.01000 ; qtot 0.546
914 2 CZ 1 G5E C2 2 0.075000 12.01000 ; qtot 0.621
915 3 C 1 G5E C3 3 0.508501 12.01000 ; qtot 1.129
916 4 CK 1 G5E C7 4 0.208200 12.01000 ; qtot 1.337
917 5 C 1 G5E C10 5 0.352800 12.01000 ; qtot 1.690
918 6 CM 1 G5E C12 6 0.002500 12.01000 ; qtot 1.693
919 7 CM 1 G5E C13 7 0.233400 12.01000 ; qtot 1.926
920 8 CZ 1 G5E C14 8 -0.087900 12.01000 ; qtot 1.838
921 9 CZ 1 G5E C15 9 0.072000 12.01000 ; qtot 1.910
922 10 CZ 1 G5E C16 10 0.028000 12.01000 ; qtot 1.938
923 11 CD 1 G5E C4 11 -0.048900 12.01000 ; qtot 1.889
924 12 CZ 1 G5E C5 12 -0.123300 12.01000 ; qtot 1.766
925 13 CZ 1 G5E C6 13 -0.161200 12.01000 ; qtot 1.605
926 14 NB 1 G5E N8 14 -0.082600 14.01000 ; qtot 1.522
927 15 NB 1 G5E N9 15 -0.125400 14.01000 ; qtot 1.397
928 16 N* 1 G5E N11 16 -0.261200 14.01000 ; qtot 1.135
929 17 CZ 1 G5E C17 17 -0.043900 12.01000 ; qtot 1.092
930 18 DU 1 G5E S18 18 -0.081400 0.00000 ; qtot 1.010
931 19 F 1 G5E F19 19 -0.100500 19.00000 ; qtot 0.910
932 20 O 1 G5E O20 20 -0.460300 16.00000 ; qtot 0.449
933 21 O 1 G5E O21 21 -0.449300 16.00000 ; qtot -0.000
934
935 [ bonds ]
936 ; ai aj funct r k
937 1 2 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C2
938 1 13 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C6
939 1 21 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C1 - O21
940 2 3 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C2 - C3
941 3 11 1 1.4680e-01 3.1045e+05 ; C3 - C4
942 3 20 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C3 - O20
943 4 11 1 1.4280e-01 3.5129e+05 ; C7 - C4
944 4 14 1 1.3040e-01 4.4267e+05 ; C7 - N8
945 4 16 1 1.3710e-01 3.6819e+05 ; C7 - N11
946 5 15 1 1.3870e-01 3.4886e+05 ; C10 - N9
947 5 16 1 1.3830e-01 3.5480e+05 ; C10 - N11
948 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; C10 - S18
949 6 7 1 1.3500e-01 4.5940e+05 ; C12 - C13
950 6 16 1 1.3650e-01 3.7489e+05 ; C12 - N11
951 6 17 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C12 - C17
952 7 8 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C13 - C14
953 7 19 1 1.3490e-01 2.9941e+05 ; C13 - F19
954 8 9 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C14 - C15
955 9 10 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C15 - C16
956 10 17 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C16 - C17
957 11 12 1 1.3150e-01 5.0827e+05 ; C4 - C5
958 12 13 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C5 - C6
959 14 15 1 1.3650e-01 4.2710e+05 ; N8 - N9
960
961 [ pairs ]
962 ; ai aj funct
963 1 11 1 ; C1 - C4
964 1 20 1 ; C1 - O20
965 2 4 1 ; C2 - C7
966 2 12 1 ; C2 - C5
967 3 13 1 ; C3 - C6
968 3 14 1 ; C3 - N8
969 3 16 1 ; C3 - N11
970 4 7 1 ; C7 - C13
971 4 13 1 ; C7 - C6
972 4 17 1 ; C7 - C17
973 4 18 1 ; C7 - S18
974 4 20 1 ; C7 - O20
975 5 7 1 ; C10 - C13
976 5 11 1 ; C10 - C4
977 5 17 1 ; C10 - C17
978 6 9 1 ; C12 - C15
979 6 11 1 ; C12 - C4
980 6 14 1 ; C12 - N8
981 6 15 1 ; C12 - N9
982 6 18 1 ; C12 - S18
983 7 10 1 ; C13 - C16
984 8 16 1 ; C14 - N11
985 8 17 1 ; C14 - C17
986 9 19 1 ; C15 - F19
987 10 16 1 ; C16 - N11
988 11 15 1 ; C4 - N9
989 12 14 1 ; C5 - N8
990 12 16 1 ; C5 - N11
991 12 20 1 ; C5 - O20
992 14 18 1 ; N8 - S18
993 16 19 1 ; N11 - F19
994 17 19 1 ; C17 - F19
995 21 3 1 ; O21 - C3
996 21 12 1 ; O21 - C5
997
998 [ angles ]
999 ; ai aj ak funct theta cth
1000 1 2 3 1 1.8000e+02 4.4183e+02 ; C1 - C2 - C3
1001 1 13 12 1 1.8000e+02 4.6944e+02 ; C1 - C6 - C5
1002 2 1 13 1 1.1532e+02 5.4476e+02 ; C2 - C1 - C6
1003 2 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C1 - O21
1004 2 3 11 1 1.1558e+02 5.4266e+02 ; C2 - C3 - C4
1005 2 3 20 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C3 - O20
1006 3 11 4 1 1.2269e+02 5.3220e+02 ; C3 - C4 - C7
1007 3 11 12 1 1.1788e+02 5.4392e+02 ; C3 - C4 - C5
1008 4 11 12 1 1.2591e+02 5.3388e+02 ; C7 - C4 - C5
1009 4 14 15 1 1.0862e+02 6.1003e+02 ; C7 - N8 - N9
1010 4 16 5 1 1.2049e+02 5.5815e+02 ; C7 - N11 - C10
1011 4 16 6 1 1.0424e+02 5.9664e+02 ; C7 - N11 - C12
1012 5 15 14 1 1.0834e+02 6.1505e+02 ; C10 - N9 - N8
1013 5 16 6 1 1.2160e+02 5.8576e+02 ; C10 - N11 - C12
1014 6 7 8 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C12 - C13 - C14
1015 6 7 19 1 1.1896e+02 5.6149e+02 ; C12 - C13 - F19
1016 6 17 10 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C12 - C17 - C16
1017 7 6 16 1 1.2120e+02 5.8576e+02 ; C13 - C12 - N11
1018 7 6 17 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C13 - C12 - C17
1019 7 8 9 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C13 - C14 - C15
1020 8 7 19 1 1.1875e+02 5.5274e+02 ; C14 - C13 - F19
1021 8 9 10 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C14 - C15 - C16
1022 9 10 17 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C15 - C16 - C17
1023 11 3 20 1 1.2393e+02 5.7823e+02 ; C4 - C3 - O20
1024 11 4 14 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N8
1025 11 4 16 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N11
1026 11 12 13 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C4 - C5 - C6
1027 13 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C6 - C1 - O21
1028 14 4 16 1 1.1390e+02 5.8576e+02 ; N8 - C7 - N11
1029 15 5 16 1 1.1031e+02 6.1337e+02 ; N9 - C10 - N11
1030 15 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N9 - C10 - S18
1031 16 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N11 - C10 - S18
1032 16 6 17 1 1.1687e+02 5.8241e+02 ; N11 - C12 - C17
1033
1034 [ dihedrals ] ; propers
1035 ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
1036 ; i j k l func phase kd pn
1037 1 2 3 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- C4
1038 1 2 3 20 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- O20
1039 1 13 12 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C6- C5- C4
1040 2 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; C2- C1- C6- C5
1041 2 3 11 4 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C7
1042 2 3 11 12 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C5
1043 3 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N8
1044 3 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N11
1045 3 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C3- C4- C5- C6
1046 4 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C7- C4- C3- O20
1047 4 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C7- C4- C5- C6
1048 4 14 15 5 9 180.00 16.73600 2 ; C7- N8- N9- C10
1049 4 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- N9
1050 4 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- S18
1051 4 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C13
1052 4 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C17
1053 5 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- C4
1054 5 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- N8
1055 5 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C13
1056 5 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C17
1057 6 7 8 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C13- C14- C15
1058 6 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- C4
1059 6 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- N8
1060 6 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- N9
1061 6 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- S18
1062 6 17 10 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C17- C16- C15
1063 7 6 17 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C12- C17- C16
1064 7 8 9 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C14- C15- C16
1065 8 7 6 16 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- N11
1066 8 7 6 17 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- C17
1067 8 9 10 17 9 180.00 0.00000 2 ; C14- C15- C16- C17
1068 9 8 7 19 9 180.00 0.00000 2 ; C15- C14- C13- F19
1069 10 17 6 16 9 180.00 0.00000 2 ; C16- C17- C12- N11
1070 11 4 14 15 9 180.00 41.84000 2 ; C4- C7- N8- N9
1071 12 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C5- C4- C3- O20
1072 12 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N8
1073 12 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N11
1074 13 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; C6- C1- C2- C3
1075 14 15 5 16 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- N11
1076 14 15 5 18 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- S18
1077 15 14 4 16 9 180.00 41.84000 2 ; N9- N8- C7- N11
1078 16 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; N11- C12- C13- F19
1079 17 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; C17- C12- C13- F19
1080 21 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C2- C3
1081 21 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C6- C5
1082
1083 [ dihedrals ] ; impropers
1084 ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
1085 ; i j k l func phase kd pn
1086 3 4 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C7- C4- C5
1087 5 4 16 6 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C7- N11- C12
1088 6 8 7 19 4 180.00 4.60240 2 ; C12- C14- C13- F19
1089 7 17 6 16 4 180.00 4.60240 2 ; C13- C17- C12- N11
1090 11 2 3 20 4 180.00 43.93200 2 ; C4- C2- C3- O20
1091 11 16 4 14 4 180.00 4.60240 2 ; C4- N11- C7- N8
1092 18 16 5 15 4 180.00 4.60240 2 ; S18- N11- C10- N9
1093 21 1 13 2 4 180.00 43.93200 2 ; O21- C1- C6- C2
1094
1095 ; Include water topology
1096 #include "oplsaa.ff/spce.itp"
1097
1098 #ifdef POSRES_WATER
1099 ; Position restraint for each water oxygen
1100 [ position_restraints ]
1101 ; i funct fcx fcy fcz
1102 1 1 1000 1000 1000
1103 #endif
1104
1105 ; Include topology for ions
1106 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
1107
1108 [ system ]
1109 ; Name
1110 TEST
1111
1112 [ molecules ]
1113 ; Compound #mols
1114 Protein 1
1115 base 1