diff test-data/lig.itp @ 0:7f64dd60f5d7 draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 27f3e0b555b8178299ada42df33006e2f69b4e80
author chemteam
date Mon, 24 Oct 2022 22:12:01 +0000
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/lig.itp	Mon Oct 24 22:12:01 2022 +0000
@@ -0,0 +1,202 @@
+; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020
+
+[ atomtypes ]
+;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
+ C        C           0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
+ CZ       CZ          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
+ CK       CK          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
+ CM       CM          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
+ CD       CD          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
+ NB       NB          0.00000  0.00000   A     3.25000e-01   7.11280e-01 ; 1.82  0.1700
+ N*       N*          0.00000  0.00000   A     3.25000e-01   7.11280e-01 ; 1.82  0.1700
+ DU       DU          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000
+ F        F           0.00000  0.00000   A     3.11815e-01   2.55224e-01 ; 1.75  0.0610
+ O        O           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100
+
+[ moleculetype ]
+;name            nrexcl
+ base             3
+
+[ atoms ]
+;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
+     1    C     1   G5E    C1    1     0.545501     12.01000 ; qtot 0.546
+     2   CZ     1   G5E    C2    2     0.075000     12.01000 ; qtot 0.621
+     3    C     1   G5E    C3    3     0.508501     12.01000 ; qtot 1.129
+     4   CK     1   G5E    C7    4     0.208200     12.01000 ; qtot 1.337
+     5    C     1   G5E   C10    5     0.352800     12.01000 ; qtot 1.690
+     6   CM     1   G5E   C12    6     0.002500     12.01000 ; qtot 1.693
+     7   CM     1   G5E   C13    7     0.233400     12.01000 ; qtot 1.926
+     8   CZ     1   G5E   C14    8    -0.087900     12.01000 ; qtot 1.838
+     9   CZ     1   G5E   C15    9     0.072000     12.01000 ; qtot 1.910
+    10   CZ     1   G5E   C16   10     0.028000     12.01000 ; qtot 1.938
+    11   CD     1   G5E    C4   11    -0.048900     12.01000 ; qtot 1.889
+    12   CZ     1   G5E    C5   12    -0.123300     12.01000 ; qtot 1.766
+    13   CZ     1   G5E    C6   13    -0.161200     12.01000 ; qtot 1.605
+    14   NB     1   G5E    N8   14    -0.082600     14.01000 ; qtot 1.522
+    15   NB     1   G5E    N9   15    -0.125400     14.01000 ; qtot 1.397
+    16   N*     1   G5E   N11   16    -0.261200     14.01000 ; qtot 1.135
+    17   CZ     1   G5E   C17   17    -0.043900     12.01000 ; qtot 1.092
+    18   DU     1   G5E   S18   18    -0.081400      0.00000 ; qtot 1.010
+    19    F     1   G5E   F19   19    -0.100500     19.00000 ; qtot 0.910
+    20    O     1   G5E   O20   20    -0.460300     16.00000 ; qtot 0.449
+    21    O     1   G5E   O21   21    -0.449300     16.00000 ; qtot -0.000
+
+[ bonds ]
+;   ai     aj funct   r             k
+     1      2   1    1.4600e-01    3.1782e+05 ;     C1 - C2    
+     1     13   1    1.4600e-01    3.1782e+05 ;     C1 - C6    
+     1     21   1    1.2290e-01    4.7698e+05 ;     C1 - O21   
+     2      3   1    1.4600e-01    3.1782e+05 ;     C2 - C3    
+     3     11   1    1.4680e-01    3.1045e+05 ;     C3 - C4    
+     3     20   1    1.2290e-01    4.7698e+05 ;     C3 - O20   
+     4     11   1    1.4280e-01    3.5129e+05 ;     C7 - C4    
+     4     14   1    1.3040e-01    4.4267e+05 ;     C7 - N8    
+     4     16   1    1.3710e-01    3.6819e+05 ;     C7 - N11   
+     5     15   1    1.3870e-01    3.4886e+05 ;    C10 - N9    
+     5     16   1    1.3830e-01    3.5480e+05 ;    C10 - N11   
+     5     18   1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;    C10 - S18   
+     6      7   1    1.3500e-01    4.5940e+05 ;    C12 - C13   
+     6     16   1    1.3650e-01    3.7489e+05 ;    C12 - N11   
+     6     17   1    1.4400e-01    3.3815e+05 ;    C12 - C17   
+     7      8   1    1.4400e-01    3.3815e+05 ;    C13 - C14   
+     7     19   1    1.3490e-01    2.9941e+05 ;    C13 - F19   
+     8      9   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;    C14 - C15   
+     9     10   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;    C15 - C16   
+    10     17   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;    C16 - C17   
+    11     12   1    1.3150e-01    5.0827e+05 ;     C4 - C5    
+    12     13   1    1.2060e-01    5.0208e+05 ;     C5 - C6    
+    14     15   1    1.3650e-01    4.2710e+05 ;     N8 - N9    
+
+[ pairs ]
+;   ai     aj    funct
+     1     11      1 ;     C1 - C4    
+     1     20      1 ;     C1 - O20   
+     2      4      1 ;     C2 - C7    
+     2     12      1 ;     C2 - C5    
+     3     13      1 ;     C3 - C6    
+     3     14      1 ;     C3 - N8    
+     3     16      1 ;     C3 - N11   
+     4      7      1 ;     C7 - C13   
+     4     13      1 ;     C7 - C6    
+     4     17      1 ;     C7 - C17   
+     4     18      1 ;     C7 - S18   
+     4     20      1 ;     C7 - O20   
+     5      7      1 ;    C10 - C13   
+     5     11      1 ;    C10 - C4    
+     5     17      1 ;    C10 - C17   
+     6      9      1 ;    C12 - C15   
+     6     11      1 ;    C12 - C4    
+     6     14      1 ;    C12 - N8    
+     6     15      1 ;    C12 - N9    
+     6     18      1 ;    C12 - S18   
+     7     10      1 ;    C13 - C16   
+     8     16      1 ;    C14 - N11   
+     8     17      1 ;    C14 - C17   
+     9     19      1 ;    C15 - F19   
+    10     16      1 ;    C16 - N11   
+    11     15      1 ;     C4 - N9    
+    12     14      1 ;     C5 - N8    
+    12     16      1 ;     C5 - N11   
+    12     20      1 ;     C5 - O20   
+    14     18      1 ;     N8 - S18   
+    16     19      1 ;    N11 - F19   
+    17     19      1 ;    C17 - F19   
+    21      3      1 ;    O21 - C3    
+    21     12      1 ;    O21 - C5    
+
+[ angles ]
+;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
+     1      2      3      1    1.8000e+02    4.4183e+02 ;     C1 - C2     - C3    
+     1     13     12      1    1.8000e+02    4.6944e+02 ;     C1 - C6     - C5    
+     2      1     13      1    1.1532e+02    5.4476e+02 ;     C2 - C1     - C6    
+     2      1     21      1    1.2234e+02    5.8409e+02 ;     C2 - C1     - O21   
+     2      3     11      1    1.1558e+02    5.4266e+02 ;     C2 - C3     - C4    
+     2      3     20      1    1.2234e+02    5.8409e+02 ;     C2 - C3     - O20   
+     3     11      4      1    1.2269e+02    5.3220e+02 ;     C3 - C4     - C7    
+     3     11     12      1    1.1788e+02    5.4392e+02 ;     C3 - C4     - C5    
+     4     11     12      1    1.2591e+02    5.3388e+02 ;     C7 - C4     - C5    
+     4     14     15      1    1.0862e+02    6.1003e+02 ;     C7 - N8     - N9    
+     4     16      5      1    1.2049e+02    5.5815e+02 ;     C7 - N11    - C10   
+     4     16      6      1    1.0424e+02    5.9664e+02 ;     C7 - N11    - C12   
+     5     15     14      1    1.0834e+02    6.1505e+02 ;    C10 - N9     - N8    
+     5     16      6      1    1.2160e+02    5.8576e+02 ;    C10 - N11    - C12   
+     6      7      8      1    1.2000e+02    5.4894e+02 ;    C12 - C13    - C14   
+     6      7     19      1    1.1896e+02    5.6149e+02 ;    C12 - C13    - F19   
+     6     17     10      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;    C12 - C17    - C16   
+     7      6     16      1    1.2120e+02    5.8576e+02 ;    C13 - C12    - N11   
+     7      6     17      1    1.2000e+02    5.4894e+02 ;    C13 - C12    - C17   
+     7      8      9      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;    C13 - C14    - C15   
+     8      7     19      1    1.1875e+02    5.5274e+02 ;    C14 - C13    - F19   
+     8      9     10      1    1.8000e+02    5.3137e+02 ;    C14 - C15    - C16   
+     9     10     17      1    1.8000e+02    5.3137e+02 ;    C15 - C16    - C17   
+    11      3     20      1    1.2393e+02    5.7823e+02 ;     C4 - C3     - O20   
+    11      4     14      1    1.2198e+02    5.6568e+02 ;     C4 - C7     - N8    
+    11      4     16      1    1.2198e+02    5.6568e+02 ;     C4 - C7     - N11   
+    11     12     13      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;     C4 - C5     - C6    
+    13      1     21      1    1.2234e+02    5.8409e+02 ;     C6 - C1     - O21   
+    14      4     16      1    1.1390e+02    5.8576e+02 ;     N8 - C7     - N11   
+    15      5     16      1    1.1031e+02    6.1337e+02 ;     N9 - C10    - N11   
+    15      5     18      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;     N9 - C10    - S18   
+    16      5     18      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;    N11 - C10    - S18   
+    16      6     17      1    1.1687e+02    5.8241e+02 ;    N11 - C12    - C17   
+
+[ dihedrals ] ; propers
+; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
+;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
+     1      2      3     11      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C2-    C3-    C4
+     1      2      3     20      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C2-    C3-   O20
+     1     13     12     11      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C6-    C5-    C4
+     2      1     13     12      9   180.00   0.00000   2 ;     C2-    C1-    C6-    C5
+     2      3     11      4      9   180.00  12.02900   2 ;     C2-    C3-    C4-    C7
+     2      3     11     12      9   180.00  12.02900   2 ;     C2-    C3-    C4-    C5
+     3     11      4     14      9   180.00  16.73600   2 ;     C3-    C4-    C7-    N8
+     3     11      4     16      9   180.00  16.73600   2 ;     C3-    C4-    C7-   N11
+     3     11     12     13      9   180.00   0.00000   2 ;     C3-    C4-    C5-    C6
+     4     11      3     20      9   180.00  12.02900   2 ;     C7-    C4-    C3-   O20
+     4     11     12     13      9   180.00   0.00000   2 ;     C7-    C4-    C5-    C6
+     4     14     15      5      9   180.00  16.73600   2 ;     C7-    N8-    N9-   C10
+     4     16      5     15      9   180.00   6.06680   2 ;     C7-   N11-   C10-    N9
+     4     16      5     18      9   180.00   6.06680   2 ;     C7-   N11-   C10-   S18
+     4     16      6      7      9   180.00   7.74040   2 ;     C7-   N11-   C12-   C13
+     4     16      6     17      9   180.00   7.74040   2 ;     C7-   N11-   C12-   C17
+     5     16      4     11      9   180.00   7.11280   2 ;    C10-   N11-    C7-    C4
+     5     16      4     14      9   180.00   7.11280   2 ;    C10-   N11-    C7-    N8
+     5     16      6      7      9   180.00   7.74040   2 ;    C10-   N11-   C12-   C13
+     5     16      6     17      9   180.00   7.74040   2 ;    C10-   N11-   C12-   C17
+     6      7      8      9      9   180.00   0.00000   2 ;    C12-   C13-   C14-   C15
+     6     16      4     11      9   180.00   7.11280   2 ;    C12-   N11-    C7-    C4
+     6     16      4     14      9   180.00   7.11280   2 ;    C12-   N11-    C7-    N8
+     6     16      5     15      9   180.00   6.06680   2 ;    C12-   N11-   C10-    N9
+     6     16      5     18      9   180.00   6.06680   2 ;    C12-   N11-   C10-   S18
+     6     17     10      9      9   180.00   0.00000   2 ;    C12-   C17-   C16-   C15
+     7      6     17     10      9   180.00   0.00000   2 ;    C13-   C12-   C17-   C16
+     7      8      9     10      9   180.00   0.00000   2 ;    C13-   C14-   C15-   C16
+     8      7      6     16      9   180.00  27.82360   2 ;    C14-   C13-   C12-   N11
+     8      7      6     17      9   180.00  27.82360   2 ;    C14-   C13-   C12-   C17
+     8      9     10     17      9   180.00   0.00000   2 ;    C14-   C15-   C16-   C17
+     9      8      7     19      9   180.00   0.00000   2 ;    C15-   C14-   C13-   F19
+    10     17      6     16      9   180.00   0.00000   2 ;    C16-   C17-   C12-   N11
+    11      4     14     15      9   180.00  41.84000   2 ;     C4-    C7-    N8-    N9
+    12     11      3     20      9   180.00  12.02900   2 ;     C5-    C4-    C3-   O20
+    12     11      4     14      9   180.00  16.73600   2 ;     C5-    C4-    C7-    N8
+    12     11      4     16      9   180.00  16.73600   2 ;     C5-    C4-    C7-   N11
+    13      1      2      3      9   180.00   0.00000   2 ;     C6-    C1-    C2-    C3
+    14     15      5     16      9   180.00  16.73600   2 ;     N8-    N9-   C10-   N11
+    14     15      5     18      9   180.00  16.73600   2 ;     N8-    N9-   C10-   S18
+    15     14      4     16      9   180.00  41.84000   2 ;     N9-    N8-    C7-   N11
+    16      6      7     19      9   180.00  27.82360   2 ;    N11-   C12-   C13-   F19
+    17      6      7     19      9   180.00  27.82360   2 ;    C17-   C12-   C13-   F19
+    21      1      2      3      9   180.00   0.00000   2 ;    O21-    C1-    C2-    C3
+    21      1     13     12      9   180.00   0.00000   2 ;    O21-    C1-    C6-    C5
+
+[ dihedrals ] ; impropers
+; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
+;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
+     3      4     11     12      4   180.00   4.60240   2 ;     C3-    C7-    C4-    C5
+     5      4     16      6      4   180.00   4.60240   2 ;    C10-    C7-   N11-   C12
+     6      8      7     19      4   180.00   4.60240   2 ;    C12-   C14-   C13-   F19
+     7     17      6     16      4   180.00   4.60240   2 ;    C13-   C17-   C12-   N11
+    11      2      3     20      4   180.00  43.93200   2 ;     C4-    C2-    C3-   O20
+    11     16      4     14      4   180.00   4.60240   2 ;     C4-   N11-    C7-    N8
+    18     16      5     15      4   180.00   4.60240   2 ;    S18-   N11-   C10-    N9
+    21      1     13      2      4   180.00  43.93200   2 ;    O21-    C1-    C6-    C2