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planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 1310371ed706e7cf287c848363102f8a476647de
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/lig.itp Mon Oct 24 22:35:01 2022 +0000 @@ -0,0 +1,202 @@ +; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020 + +[ atomtypes ] +;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb + C C 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CZ CZ 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CK CK 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CM CM 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CD CD 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + NB NB 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 + N* N* 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 + DU DU 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000 + F F 0.00000 0.00000 A 3.11815e-01 2.55224e-01 ; 1.75 0.0610 + O O 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100 + +[ moleculetype ] +;name nrexcl + base 3 + +[ atoms ] +; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type + 1 C 1 G5E C1 1 0.545501 12.01000 ; qtot 0.546 + 2 CZ 1 G5E C2 2 0.075000 12.01000 ; qtot 0.621 + 3 C 1 G5E C3 3 0.508501 12.01000 ; qtot 1.129 + 4 CK 1 G5E C7 4 0.208200 12.01000 ; qtot 1.337 + 5 C 1 G5E C10 5 0.352800 12.01000 ; qtot 1.690 + 6 CM 1 G5E C12 6 0.002500 12.01000 ; qtot 1.693 + 7 CM 1 G5E C13 7 0.233400 12.01000 ; qtot 1.926 + 8 CZ 1 G5E C14 8 -0.087900 12.01000 ; qtot 1.838 + 9 CZ 1 G5E C15 9 0.072000 12.01000 ; qtot 1.910 + 10 CZ 1 G5E C16 10 0.028000 12.01000 ; qtot 1.938 + 11 CD 1 G5E C4 11 -0.048900 12.01000 ; qtot 1.889 + 12 CZ 1 G5E C5 12 -0.123300 12.01000 ; qtot 1.766 + 13 CZ 1 G5E C6 13 -0.161200 12.01000 ; qtot 1.605 + 14 NB 1 G5E N8 14 -0.082600 14.01000 ; qtot 1.522 + 15 NB 1 G5E N9 15 -0.125400 14.01000 ; qtot 1.397 + 16 N* 1 G5E N11 16 -0.261200 14.01000 ; qtot 1.135 + 17 CZ 1 G5E C17 17 -0.043900 12.01000 ; qtot 1.092 + 18 DU 1 G5E S18 18 -0.081400 0.00000 ; qtot 1.010 + 19 F 1 G5E F19 19 -0.100500 19.00000 ; qtot 0.910 + 20 O 1 G5E O20 20 -0.460300 16.00000 ; qtot 0.449 + 21 O 1 G5E O21 21 -0.449300 16.00000 ; qtot -0.000 + +[ bonds ] +; ai aj funct r k + 1 2 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C2 + 1 13 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C6 + 1 21 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C1 - O21 + 2 3 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C2 - C3 + 3 11 1 1.4680e-01 3.1045e+05 ; C3 - C4 + 3 20 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C3 - O20 + 4 11 1 1.4280e-01 3.5129e+05 ; C7 - C4 + 4 14 1 1.3040e-01 4.4267e+05 ; C7 - N8 + 4 16 1 1.3710e-01 3.6819e+05 ; C7 - N11 + 5 15 1 1.3870e-01 3.4886e+05 ; C10 - N9 + 5 16 1 1.3830e-01 3.5480e+05 ; C10 - N11 + 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; C10 - S18 + 6 7 1 1.3500e-01 4.5940e+05 ; C12 - C13 + 6 16 1 1.3650e-01 3.7489e+05 ; C12 - N11 + 6 17 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C12 - C17 + 7 8 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C13 - C14 + 7 19 1 1.3490e-01 2.9941e+05 ; C13 - F19 + 8 9 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C14 - C15 + 9 10 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C15 - C16 + 10 17 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C16 - C17 + 11 12 1 1.3150e-01 5.0827e+05 ; C4 - C5 + 12 13 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C5 - C6 + 14 15 1 1.3650e-01 4.2710e+05 ; N8 - N9 + +[ pairs ] +; ai aj funct + 1 11 1 ; C1 - C4 + 1 20 1 ; C1 - O20 + 2 4 1 ; C2 - C7 + 2 12 1 ; C2 - C5 + 3 13 1 ; C3 - C6 + 3 14 1 ; C3 - N8 + 3 16 1 ; C3 - N11 + 4 7 1 ; C7 - C13 + 4 13 1 ; C7 - C6 + 4 17 1 ; C7 - C17 + 4 18 1 ; C7 - S18 + 4 20 1 ; C7 - O20 + 5 7 1 ; C10 - C13 + 5 11 1 ; C10 - C4 + 5 17 1 ; C10 - C17 + 6 9 1 ; C12 - C15 + 6 11 1 ; C12 - C4 + 6 14 1 ; C12 - N8 + 6 15 1 ; C12 - N9 + 6 18 1 ; C12 - S18 + 7 10 1 ; C13 - C16 + 8 16 1 ; C14 - N11 + 8 17 1 ; C14 - C17 + 9 19 1 ; C15 - F19 + 10 16 1 ; C16 - N11 + 11 15 1 ; C4 - N9 + 12 14 1 ; C5 - N8 + 12 16 1 ; C5 - N11 + 12 20 1 ; C5 - O20 + 14 18 1 ; N8 - S18 + 16 19 1 ; N11 - F19 + 17 19 1 ; C17 - F19 + 21 3 1 ; O21 - C3 + 21 12 1 ; O21 - C5 + +[ angles ] +; ai aj ak funct theta cth + 1 2 3 1 1.8000e+02 4.4183e+02 ; C1 - C2 - C3 + 1 13 12 1 1.8000e+02 4.6944e+02 ; C1 - C6 - C5 + 2 1 13 1 1.1532e+02 5.4476e+02 ; C2 - C1 - C6 + 2 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C1 - O21 + 2 3 11 1 1.1558e+02 5.4266e+02 ; C2 - C3 - C4 + 2 3 20 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C3 - O20 + 3 11 4 1 1.2269e+02 5.3220e+02 ; C3 - C4 - C7 + 3 11 12 1 1.1788e+02 5.4392e+02 ; C3 - C4 - C5 + 4 11 12 1 1.2591e+02 5.3388e+02 ; C7 - C4 - C5 + 4 14 15 1 1.0862e+02 6.1003e+02 ; C7 - N8 - N9 + 4 16 5 1 1.2049e+02 5.5815e+02 ; C7 - N11 - C10 + 4 16 6 1 1.0424e+02 5.9664e+02 ; C7 - N11 - C12 + 5 15 14 1 1.0834e+02 6.1505e+02 ; C10 - N9 - N8 + 5 16 6 1 1.2160e+02 5.8576e+02 ; C10 - N11 - C12 + 6 7 8 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C12 - C13 - C14 + 6 7 19 1 1.1896e+02 5.6149e+02 ; C12 - C13 - F19 + 6 17 10 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C12 - C17 - C16 + 7 6 16 1 1.2120e+02 5.8576e+02 ; C13 - C12 - N11 + 7 6 17 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C13 - C12 - C17 + 7 8 9 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C13 - C14 - C15 + 8 7 19 1 1.1875e+02 5.5274e+02 ; C14 - C13 - F19 + 8 9 10 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C14 - C15 - C16 + 9 10 17 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C15 - C16 - C17 + 11 3 20 1 1.2393e+02 5.7823e+02 ; C4 - C3 - O20 + 11 4 14 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N8 + 11 4 16 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N11 + 11 12 13 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C4 - C5 - C6 + 13 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C6 - C1 - O21 + 14 4 16 1 1.1390e+02 5.8576e+02 ; N8 - C7 - N11 + 15 5 16 1 1.1031e+02 6.1337e+02 ; N9 - C10 - N11 + 15 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N9 - C10 - S18 + 16 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N11 - C10 - S18 + 16 6 17 1 1.1687e+02 5.8241e+02 ; N11 - C12 - C17 + +[ dihedrals ] ; propers +; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 +; i j k l func phase kd pn + 1 2 3 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- C4 + 1 2 3 20 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- O20 + 1 13 12 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C6- C5- C4 + 2 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; C2- C1- C6- C5 + 2 3 11 4 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C7 + 2 3 11 12 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C5 + 3 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N8 + 3 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N11 + 3 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C3- C4- C5- C6 + 4 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C7- C4- C3- O20 + 4 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C7- C4- C5- C6 + 4 14 15 5 9 180.00 16.73600 2 ; C7- N8- N9- C10 + 4 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- N9 + 4 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- S18 + 4 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C13 + 4 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C17 + 5 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- C4 + 5 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- N8 + 5 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C13 + 5 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C17 + 6 7 8 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C13- C14- C15 + 6 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- C4 + 6 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- N8 + 6 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- N9 + 6 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- S18 + 6 17 10 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C17- C16- C15 + 7 6 17 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C12- C17- C16 + 7 8 9 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C14- C15- C16 + 8 7 6 16 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- N11 + 8 7 6 17 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- C17 + 8 9 10 17 9 180.00 0.00000 2 ; C14- C15- C16- C17 + 9 8 7 19 9 180.00 0.00000 2 ; C15- C14- C13- F19 + 10 17 6 16 9 180.00 0.00000 2 ; C16- C17- C12- N11 + 11 4 14 15 9 180.00 41.84000 2 ; C4- C7- N8- N9 + 12 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C5- C4- C3- O20 + 12 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N8 + 12 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N11 + 13 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; C6- C1- C2- C3 + 14 15 5 16 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- N11 + 14 15 5 18 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- S18 + 15 14 4 16 9 180.00 41.84000 2 ; N9- N8- C7- N11 + 16 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; N11- C12- C13- F19 + 17 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; C17- C12- C13- F19 + 21 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C2- C3 + 21 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C6- C5 + +[ dihedrals ] ; impropers +; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function +; i j k l func phase kd pn + 3 4 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C7- C4- C5 + 5 4 16 6 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C7- N11- C12 + 6 8 7 19 4 180.00 4.60240 2 ; C12- C14- C13- F19 + 7 17 6 16 4 180.00 4.60240 2 ; C13- C17- C12- N11 + 11 2 3 20 4 180.00 43.93200 2 ; C4- C2- C3- O20 + 11 16 4 14 4 180.00 4.60240 2 ; C4- N11- C7- N8 + 18 16 5 15 4 180.00 4.60240 2 ; S18- N11- C10- N9 + 21 1 13 2 4 180.00 43.93200 2 ; O21- C1- C6- C2