Mercurial > repos > chemteam > gmx_setup
diff test-data/check_info_structure.txt @ 21:ea2287ee360b draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 8660ff51cd1a65b04f862562957592fe152fc81d
| author | chemteam |
|---|---|
| date | Tue, 12 Jul 2022 12:46:53 +0000 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/check_info_structure.txt Tue Jul 12 12:46:53 2022 +0000 @@ -0,0 +1,480 @@ + :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-: + +Executable: /usr/local/bin.AVX2_256/gmx +Data prefix: /usr/local +Working dir: /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working +Command line: + gmx check -c ./struc.gro -vdwfac 0.8 -bonlo 0.4 -bonhi 0.7 + +Checking coordinate file ./struc.gro +94 atoms in file +coordinates found +box found +velocities absent + +Checking for atoms closer than 0.8 and not between 0.4 and 0.7, +relative to sum of Van der Waals distance: + +WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed + based on residue and atom names, since they could not be + definitively assigned from the information in your input + files. These guessed numbers might deviate from the mass + and radius of the atom type. Please check the output + files if necessary. Note, that this functionality may + be removed in a future GROMACS version. Please, consider + using another file format for your input. + + +WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed + based on residue and atom names, since they could not be + definitively assigned from the information in your input + files. These guessed numbers might deviate from the mass + and radius of the atom type. Please check the output + files if necessary. Note, that this functionality may + be removed in a future GROMACS version. Please, consider + using another file format for your input. + +NOTE: From version 5.0 gmx check uses the Van der Waals radii +from the source below. This means the results may be different +compared to previous GROMACS versions. + +++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++ +A. Bondi +van der Waals Volumes and Radii +J. Phys. Chem. 68 (1964) pp. 441-451 +-------- -------- --- Thank You --- -------- -------- + + +atom# name residue r_vdw atom# name residue r_vdw distance + + 1 N LYS 1 0.155 2 H1 LYS 1 0.12 0.1008 + + 1 N LYS 1 0.155 3 H2 LYS 1 0.12 0.1012 + + 1 N LYS 1 0.155 4 H3 LYS 1 0.12 0.1019 + + 1 N LYS 1 0.155 6 HA LYS 1 0.12 0.2103 + + 1 N LYS 1 0.155 7 CB LYS 1 0.17 0.2447 + + 1 N LYS 1 0.155 23 C LYS 1 0.17 0.2437 + + 2 H1 LYS 1 0.12 5 CA LYS 1 0.17 0.205 + + 3 H2 LYS 1 0.12 5 CA LYS 1 0.17 0.204 + + 5 CA LYS 1 0.17 6 HA LYS 1 0.12 0.1093 + + 5 CA LYS 1 0.17 8 HB1 LYS 1 0.12 0.2166 + + 5 CA LYS 1 0.17 9 HB2 LYS 1 0.12 0.2169 + + 5 CA LYS 1 0.17 10 CG LYS 1 0.17 0.2598 + + 5 CA LYS 1 0.17 24 O LYS 1 0.152 0.235 + + 5 CA LYS 1 0.17 25 N VAL 2 0.155 0.2455 + + 6 HA LYS 1 0.12 7 CB LYS 1 0.17 0.2176 + + 6 HA LYS 1 0.12 23 C LYS 1 0.17 0.215 + + 7 CB LYS 1 0.17 8 HB1 LYS 1 0.12 0.1093 + + 7 CB LYS 1 0.17 9 HB2 LYS 1 0.12 0.1089 + + 7 CB LYS 1 0.17 11 HG1 LYS 1 0.12 0.2154 + + 7 CB LYS 1 0.17 12 HG2 LYS 1 0.12 0.217 + + 7 CB LYS 1 0.17 13 CD LYS 1 0.17 0.252 + + 7 CB LYS 1 0.17 23 C LYS 1 0.17 0.2504 + + 8 HB1 LYS 1 0.12 9 HB2 LYS 1 0.12 0.1744 + + 8 HB1 LYS 1 0.12 10 CG LYS 1 0.17 0.2149 + + 9 HB2 LYS 1 0.12 10 CG LYS 1 0.17 0.2132 + + 10 + 10 CG LYS 1 0.17 11 HG1 LYS 1 0.12 0.1093 + + 10 CG LYS 1 0.17 12 HG2 LYS 1 0.12 0.1094 + + 10 CG LYS 1 0.17 14 HD1 LYS 1 0.12 0.2135 + + 10 CG LYS 1 0.17 15 HD2 LYS 1 0.12 0.2152 + + 10 CG LYS 1 0.17 16 CE LYS 1 0.17 0.251 + + 11 HG1 LYS 1 0.12 12 HG2 LYS 1 0.12 0.1752 + + 11 HG1 LYS 1 0.12 13 CD LYS 1 0.17 0.2145 + + 12 HG2 LYS 1 0.12 13 CD LYS 1 0.17 0.2141 + + 13 CD LYS 1 0.17 14 HD1 LYS 1 0.12 0.1091 + + 13 CD LYS 1 0.17 15 HD2 LYS 1 0.12 0.1097 + + 13 CD LYS 1 0.17 17 HE1 LYS 1 0.12 0.2158 + + 13 CD LYS 1 0.17 18 HE2 LYS 1 0.12 0.2161 + + 13 CD LYS 1 0.17 19 NZ LYS 1 0.155 0.2464 + + 14 HD1 LYS 1 0.12 15 HD2 LYS 1 0.12 0.1756 + + 14 HD1 LYS 1 0.12 16 CE LYS 1 0.17 0.2168 + + 15 HD2 LYS 1 0.12 16 CE LYS 1 0.17 0.2152 + + 16 CE LYS 1 0.17 17 HE1 LYS 1 0.12 0.1087 + + 16 CE LYS 1 0.17 18 HE2 LYS 1 0.12 0.1097 + + 16 CE LYS 1 0.17 20 HZ1 LYS 1 0.12 0.205 + + 16 CE LYS 1 0.17 21 HZ2 LYS 1 0.12 0.2042 + + 16 CE LYS 1 0.17 22 HZ3 LYS 1 0.12 0.2043 + + 17 HE1 LYS 1 0.12 18 HE2 LYS 1 0.12 0.1752 + + 17 HE1 LYS 1 0.12 19 NZ LYS 1 0.155 0.2104 + + 18 HE2 LYS 1 0.12 19 NZ LYS 1 0.155 0.2104 + + 19 NZ LYS 1 0.155 20 HZ1 LYS 1 0.12 0.1013 + + 19 NZ LYS 1 0.155 21 HZ2 LYS 1 0.12 0.1007 + + 19 NZ LYS 1 0.155 22 HZ3 LYS 1 0.12 0.1008 + + 20 + 23 C LYS 1 0.17 24 O LYS 1 0.152 0.1227 + + 23 C LYS 1 0.17 26 H VAL 2 0.12 0.2057 + + 23 C LYS 1 0.17 27 CA VAL 2 0.17 0.2452 + + 24 O LYS 1 0.152 25 N VAL 2 0.155 0.2265 + + 25 N VAL 2 0.155 26 H VAL 2 0.12 0.1012 + + 25 N VAL 2 0.155 28 HA VAL 2 0.12 0.212 + + 25 N VAL 2 0.155 29 CB VAL 2 0.17 0.2483 + + 25 N VAL 2 0.155 39 C VAL 2 0.17 0.2402 + + 26 H VAL 2 0.12 27 CA VAL 2 0.17 0.2099 + + 27 CA VAL 2 0.17 28 HA VAL 2 0.12 0.1087 + + 27 CA VAL 2 0.17 30 HB VAL 2 0.12 0.2176 + + 27 CA VAL 2 0.17 31 CG1 VAL 2 0.17 0.2542 + + 27 CA VAL 2 0.17 35 CG2 VAL 2 0.17 0.2536 + + 27 CA VAL 2 0.17 40 O VAL 2 0.152 0.2414 + + 27 CA VAL 2 0.17 41 N PHE 3 0.155 0.2429 + + 28 HA VAL 2 0.12 29 CB VAL 2 0.17 0.2139 + + 28 HA VAL 2 0.12 39 C VAL 2 0.17 0.2153 + + 29 CB VAL 2 0.17 30 HB VAL 2 0.12 0.1099 + + 29 CB VAL 2 0.17 32 HG11 VAL 2 0.12 0.2179 + + 29 CB VAL 2 0.17 33 HG12 VAL 2 0.12 0.2189 + + 29 CB VAL 2 0.17 34 HG13 VAL 2 0.12 0.2179 + + 29 CB VAL 2 0.17 36 HG21 VAL 2 0.12 0.2167 + + 29 CB VAL 2 0.17 37 HG22 VAL 2 0.12 0.2176 + + 29 CB VAL 2 0.17 38 HG23 VAL 2 0.12 0.2192 + + 29 CB VAL 2 0.17 39 C VAL 2 0.17 0.2543 + + 30 + 30 HB VAL 2 0.12 31 CG1 VAL 2 0.17 0.215 + + 30 HB VAL 2 0.12 35 CG2 VAL 2 0.17 0.2146 + + 31 CG1 VAL 2 0.17 32 HG11 VAL 2 0.12 0.1091 + + 31 CG1 VAL 2 0.17 33 HG12 VAL 2 0.12 0.1089 + + 31 CG1 VAL 2 0.17 34 HG13 VAL 2 0.12 0.1094 + + 31 CG1 VAL 2 0.17 35 CG2 VAL 2 0.17 0.2487 + + 32 HG11 VAL 2 0.12 33 HG12 VAL 2 0.12 0.1757 + + 32 HG11 VAL 2 0.12 34 HG13 VAL 2 0.12 0.1765 + + 33 HG12 VAL 2 0.12 34 HG13 VAL 2 0.12 0.1761 + + 35 CG2 VAL 2 0.17 36 HG21 VAL 2 0.12 0.1084 + + 35 CG2 VAL 2 0.17 37 HG22 VAL 2 0.12 0.1092 + + 35 CG2 VAL 2 0.17 38 HG23 VAL 2 0.12 0.1092 + + 36 HG21 VAL 2 0.12 37 HG22 VAL 2 0.12 0.176 + + 36 HG21 VAL 2 0.12 38 HG23 VAL 2 0.12 0.1755 + + 37 HG22 VAL 2 0.12 38 HG23 VAL 2 0.12 0.1767 + + 39 C VAL 2 0.17 40 O VAL 2 0.152 0.1239 + + 39 C VAL 2 0.17 43 CA PHE 3 0.17 0.2449 + + 40 + 40 O VAL 2 0.152 41 N PHE 3 0.155 0.226 + + 41 N PHE 3 0.155 42 H PHE 3 0.12 0.1006 + + 41 N PHE 3 0.155 44 HA PHE 3 0.12 0.2084 + + 41 N PHE 3 0.155 45 CB PHE 3 0.17 0.2467 + + 41 N PHE 3 0.155 59 C PHE 3 0.17 0.2453 + + 42 H PHE 3 0.12 43 CA PHE 3 0.17 0.2117 + + 43 CA PHE 3 0.17 44 HA PHE 3 0.12 0.109 + + 43 CA PHE 3 0.17 46 HB1 PHE 3 0.12 0.2198 + + 43 CA PHE 3 0.17 47 HB2 PHE 3 0.12 0.2178 + + 43 CA PHE 3 0.17 48 CG PHE 3 0.17 0.2554 + + 43 CA PHE 3 0.17 60 O PHE 3 0.152 0.2405 + + 43 CA PHE 3 0.17 61 N GLY 4 0.155 0.2431 + + 44 HA PHE 3 0.12 45 CB PHE 3 0.17 0.2178 + + 44 HA PHE 3 0.12 59 C PHE 3 0.17 0.2144 + + 45 CB PHE 3 0.17 46 HB1 PHE 3 0.12 0.109 + + 45 CB PHE 3 0.17 47 HB2 PHE 3 0.12 0.1089 + + 45 CB PHE 3 0.17 49 CD1 PHE 3 0.17 0.2542 + + 45 CB PHE 3 0.17 51 CD2 PHE 3 0.17 0.2528 + + 45 CB PHE 3 0.17 59 C PHE 3 0.17 0.2487 + + 46 HB1 PHE 3 0.12 47 HB2 PHE 3 0.12 0.1734 + + 46 HB1 PHE 3 0.12 48 CG PHE 3 0.17 0.2139 + + 47 HB2 PHE 3 0.12 48 CG PHE 3 0.17 0.2104 + + 48 CG PHE 3 0.17 50 HD1 PHE 3 0.12 0.2158 + + 48 CG PHE 3 0.17 52 HD2 PHE 3 0.12 0.2172 + + 48 CG PHE 3 0.17 53 CE1 PHE 3 0.17 0.2437 + + 48 CG PHE 3 0.17 55 CE2 PHE 3 0.17 0.2448 + + 49 CD1 PHE 3 0.17 50 HD1 PHE 3 0.12 0.1082 + + 49 CD1 PHE 3 0.17 51 CD2 PHE 3 0.17 0.244 + + 49 CD1 PHE 3 0.17 54 HE1 PHE 3 0.12 0.2153 + + 49 CD1 PHE 3 0.17 57 CZ PHE 3 0.17 0.2436 + + 50 + 50 HD1 PHE 3 0.12 53 CE1 PHE 3 0.17 0.2161 + + 51 CD2 PHE 3 0.17 52 HD2 PHE 3 0.12 0.1089 + + 51 CD2 PHE 3 0.17 56 HE2 PHE 3 0.12 0.2157 + + 51 CD2 PHE 3 0.17 57 CZ PHE 3 0.17 0.2439 + + 52 HD2 PHE 3 0.12 55 CE2 PHE 3 0.17 0.2171 + + 53 CE1 PHE 3 0.17 54 HE1 PHE 3 0.12 0.108 + + 53 CE1 PHE 3 0.17 55 CE2 PHE 3 0.17 0.2446 + + 53 CE1 PHE 3 0.17 58 HZ PHE 3 0.12 0.216 + + 54 HE1 PHE 3 0.12 57 CZ PHE 3 0.17 0.2166 + + 55 CE2 PHE 3 0.17 56 HE2 PHE 3 0.12 0.1079 + + 55 CE2 PHE 3 0.17 58 HZ PHE 3 0.12 0.2152 + + 56 HE2 PHE 3 0.12 57 CZ PHE 3 0.17 0.2174 + + 57 CZ PHE 3 0.17 58 HZ PHE 3 0.12 0.1074 + + 59 C PHE 3 0.17 60 O PHE 3 0.152 0.1233 + + 59 C PHE 3 0.17 63 CA GLY 4 0.17 0.2439 + + 60 + 60 O PHE 3 0.152 61 N GLY 4 0.155 0.2261 + + 61 N GLY 4 0.155 62 H GLY 4 0.12 0.1014 + + 61 N GLY 4 0.155 64 HA1 GLY 4 0.12 0.2097 + + 61 N GLY 4 0.155 65 HA2 GLY 4 0.12 0.208 + + 61 N GLY 4 0.155 66 C GLY 4 0.17 0.2418 + + 62 H GLY 4 0.12 63 CA GLY 4 0.17 0.2113 + + 63 CA GLY 4 0.17 64 HA1 GLY 4 0.12 0.109 + + 63 CA GLY 4 0.17 65 HA2 GLY 4 0.12 0.1096 + + 63 CA GLY 4 0.17 67 O GLY 4 0.152 0.2357 + + 63 CA GLY 4 0.17 68 N ARG 5 0.155 0.2453 + + 64 HA1 GLY 4 0.12 65 HA2 GLY 4 0.12 0.1769 + + 64 HA1 GLY 4 0.12 66 C GLY 4 0.17 0.2199 + + 65 HA2 GLY 4 0.12 66 C GLY 4 0.17 0.214 + + 66 C GLY 4 0.17 67 O GLY 4 0.152 0.1224 + + 66 C GLY 4 0.17 70 CA ARG 5 0.17 0.2528 + + 67 O GLY 4 0.152 68 N ARG 5 0.155 0.2269 + + 68 N ARG 5 0.155 69 H ARG 5 0.12 0.1006 + + 68 N ARG 5 0.155 71 HA ARG 5 0.12 0.2006 + + 68 N ARG 5 0.155 72 CB ARG 5 0.17 0.2455 + + 69 H ARG 5 0.12 70 CA ARG 5 0.17 0.2121 + + 70 + 70 CA ARG 5 0.17 71 HA ARG 5 0.12 0.1085 + + 70 CA ARG 5 0.17 73 HB1 ARG 5 0.12 0.217 + + 70 CA ARG 5 0.17 74 HB2 ARG 5 0.12 0.2158 + + 70 CA ARG 5 0.17 75 CG ARG 5 0.17 0.2571 + + 70 CA ARG 5 0.17 91 O1 ARG 5 0.152 0.2432 + + 70 CA ARG 5 0.17 92 O2 ARG 5 0.152 0.2442 + + 71 HA ARG 5 0.12 72 CB ARG 5 0.17 0.2124 + + 71 HA ARG 5 0.12 90 C ARG 5 0.17 0.2062 + + 72 CB ARG 5 0.17 73 HB1 ARG 5 0.12 0.1104 + + 72 CB ARG 5 0.17 74 HB2 ARG 5 0.12 0.1091 + + 72 CB ARG 5 0.17 76 HG1 ARG 5 0.12 0.2188 + + 72 CB ARG 5 0.17 77 HG2 ARG 5 0.12 0.2156 + + 72 CB ARG 5 0.17 78 CD ARG 5 0.17 0.2564 + + 72 CB ARG 5 0.17 90 C ARG 5 0.17 0.2656 + + 73 HB1 ARG 5 0.12 74 HB2 ARG 5 0.12 0.1759 + + 73 HB1 ARG 5 0.12 75 CG ARG 5 0.17 0.2148 + + 74 HB2 ARG 5 0.12 75 CG ARG 5 0.17 0.217 + + 75 CG ARG 5 0.17 76 HG1 ARG 5 0.12 0.1079 + + 75 CG ARG 5 0.17 77 HG2 ARG 5 0.12 0.1091 + + 75 CG ARG 5 0.17 79 HD1 ARG 5 0.12 0.2096 + + 75 CG ARG 5 0.17 80 HD2 ARG 5 0.12 0.2119 + + 75 CG ARG 5 0.17 81 NE ARG 5 0.155 0.2454 + + 76 HG1 ARG 5 0.12 77 HG2 ARG 5 0.12 0.1745 + + 77 HG2 ARG 5 0.12 78 CD ARG 5 0.17 0.2156 + + 78 CD ARG 5 0.17 79 HD1 ARG 5 0.12 0.1082 + + 78 CD ARG 5 0.17 80 HD2 ARG 5 0.12 0.1091 + + 78 CD ARG 5 0.17 82 HE ARG 5 0.12 0.2079 + + 78 CD ARG 5 0.17 83 CZ ARG 5 0.17 0.2528 + + 79 HD1 ARG 5 0.12 80 HD2 ARG 5 0.12 0.177 + + 79 HD1 ARG 5 0.12 81 NE ARG 5 0.155 0.2117 + + 80 + 80 HD2 ARG 5 0.12 81 NE ARG 5 0.155 0.211 + + 81 NE ARG 5 0.155 82 HE ARG 5 0.12 0.1011 + + 81 NE ARG 5 0.155 84 NH1 ARG 5 0.155 0.2347 + + 81 NE ARG 5 0.155 87 NH2 ARG 5 0.155 0.2296 + + 82 HE ARG 5 0.12 83 CZ ARG 5 0.17 0.2053 + + 83 CZ ARG 5 0.17 85 HH11 ARG 5 0.12 0.2047 + + 83 CZ ARG 5 0.17 86 HH12 ARG 5 0.12 0.2067 + + 83 CZ ARG 5 0.17 88 HH21 ARG 5 0.12 0.204 + + 83 CZ ARG 5 0.17 89 HH22 ARG 5 0.12 0.2059 + + 84 NH1 ARG 5 0.155 85 HH11 ARG 5 0.12 0.1019 + + 84 NH1 ARG 5 0.155 86 HH12 ARG 5 0.12 0.1006 + + 84 NH1 ARG 5 0.155 87 NH2 ARG 5 0.155 0.231 + + 85 HH11 ARG 5 0.12 86 HH12 ARG 5 0.12 0.1717 + + 87 NH2 ARG 5 0.155 88 HH21 ARG 5 0.12 0.1001 + + 87 NH2 ARG 5 0.155 89 HH22 ARG 5 0.12 0.1018 + + 88 HH21 ARG 5 0.12 89 HH22 ARG 5 0.12 0.1722 + + 90 + 90 C ARG 5 0.17 91 O1 ARG 5 0.152 0.125 + + 90 C ARG 5 0.17 92 O2 ARG 5 0.152 0.1236 + + 91 O1 ARG 5 0.152 92 O2 ARG 5 0.152 0.217 + + +no atoms found outside box + + +GROMACS reminds you: "The only greatness for man is immortality." (James Dean) +