Mercurial > repos > chemteam > gmx_setup
view test-data/topol_solv.top @ 4:b43abebffad6 draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit 3b99f08f22b9e0c16c0a0adc82f8c16c1a25cedf"
| author | chemteam |
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| date | Mon, 07 Oct 2019 12:50:01 -0400 |
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; ; File 'topol.top' was generated ; By user: unknown (1000) ; On host: simon-notebook ; At date: Wed Aug 28 14:35:18 2019 ; ; This is a standalone topology file ; ; Created by: ; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-: ; ; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx ; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/gmx ; Working dir: /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs ; Command line: ; gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh ; Force field was read from the standard GROMACS share directory. ; ; Include forcefield parameters #include "oplsaa.ff/forcefield.itp" [ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein_chain_A 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB ; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011 6 opls_140 1 LYS HA 1 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opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 5 ARG rtp ARG q +1.0 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008 70 opls_224B 5 ARG CA 23 0.14 12.011 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008 90 opls_235 5 ARG C 30 0.5 12.011 91 opls_236 5 ARG O 30 -0.5 15.9994 ; qtot 3 ; residue 6 CYS rtp CYS2 q 0.0 92 opls_238 6 CYS N 31 -0.5 14.0067 93 opls_241 6 CYS H 31 0.3 1.008 94 opls_224B 6 CYS CA 31 0.14 12.011 95 opls_140 6 CYS HA 31 0.06 1.008 96 opls_214 6 CYS CB 32 0.0975 12.011 97 opls_140 6 CYS HB1 32 0.06 1.008 98 opls_140 6 CYS HB2 32 0.06 1.008 99 opls_203 6 CYS SG 32 -0.2175 32.06 100 opls_235 6 CYS C 33 0.5 12.011 101 opls_236 6 CYS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 3 ; residue 7 GLU rtp GLU q -1.0 102 opls_238 7 GLU N 34 -0.5 14.0067 103 opls_241 7 GLU H 34 0.3 1.008 104 opls_224B 7 GLU CA 34 0.14 12.011 105 opls_140 7 GLU HA 34 0.06 1.008 106 opls_136 7 GLU CB 35 -0.12 12.011 107 opls_140 7 GLU HB1 35 0.06 1.008 108 opls_140 7 GLU HB2 35 0.06 1.008 109 opls_274 7 GLU CG 36 -0.22 12.011 110 opls_140 7 GLU HG1 36 0.06 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ALA rtp ALA q 0.0 136 opls_238 9 ALA N 45 -0.5 14.0067 137 opls_241 9 ALA H 45 0.3 1.008 138 opls_224B 9 ALA CA 45 0.14 12.011 139 opls_140 9 ALA HA 45 0.06 1.008 140 opls_135 9 ALA CB 46 -0.18 12.011 141 opls_140 9 ALA HB1 46 0.06 1.008 142 opls_140 9 ALA HB2 46 0.06 1.008 143 opls_140 9 ALA HB3 46 0.06 1.008 144 opls_235 9 ALA C 47 0.5 12.011 145 opls_236 9 ALA O 47 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 10 ALA rtp ALA q 0.0 146 opls_238 10 ALA N 48 -0.5 14.0067 147 opls_241 10 ALA H 48 0.3 1.008 148 opls_224B 10 ALA CA 48 0.14 12.011 149 opls_140 10 ALA HA 48 0.06 1.008 150 opls_135 10 ALA CB 49 -0.18 12.011 151 opls_140 10 ALA HB1 49 0.06 1.008 152 opls_140 10 ALA HB2 49 0.06 1.008 153 opls_140 10 ALA HB3 49 0.06 1.008 154 opls_235 10 ALA C 50 0.5 12.011 155 opls_236 10 ALA O 50 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 11 ALA rtp ALA q 0.0 156 opls_238 11 ALA N 51 -0.5 14.0067 157 opls_241 11 ALA H 51 0.3 1.008 158 opls_224B 11 ALA CA 51 0.14 12.011 159 opls_140 11 ALA HA 51 0.06 1.008 160 opls_135 11 ALA CB 52 -0.18 12.011 161 opls_140 11 ALA HB1 52 0.06 1.008 162 opls_140 11 ALA HB2 52 0.06 1.008 163 opls_140 11 ALA HB3 52 0.06 1.008 164 opls_235 11 ALA C 53 0.5 12.011 165 opls_236 11 ALA O 53 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 12 MET rtp MET q 0.0 166 opls_238 12 MET N 54 -0.5 14.0067 167 opls_241 12 MET H 54 0.3 1.008 168 opls_224B 12 MET CA 54 0.14 12.011 169 opls_140 12 MET HA 54 0.06 1.008 170 opls_136 12 MET CB 55 -0.12 12.011 171 opls_140 12 MET HB1 55 0.06 1.008 172 opls_140 12 MET HB2 55 0.06 1.008 173 opls_210 12 MET CG 56 0.048 12.011 174 opls_140 12 MET HG1 56 0.06 1.008 175 opls_140 12 MET HG2 56 0.06 1.008 176 opls_202 12 MET SD 57 -0.335 32.06 177 opls_209 12 MET CE 58 -0.013 12.011 178 opls_140 12 MET HE1 58 0.06 1.008 179 opls_140 12 MET HE2 58 0.06 1.008 180 opls_140 12 MET HE3 58 0.06 1.008 181 opls_235 12 MET C 59 0.5 12.011 182 opls_236 12 MET O 59 -0.5 15.9994 ; qtot 2 ; residue 13 LYS rtp LYSH q +1.0 183 opls_238 13 LYS N 60 -0.5 14.0067 184 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1.008 426 opls_136 28 TRP CB 145 -0.12 12.011 427 opls_140 28 TRP HB1 145 0.06 1.008 428 opls_140 28 TRP HB2 145 0.06 1.008 429 opls_500 28 TRP CG 146 0.075 12.011 430 opls_514 28 TRP CD1 147 -0.115 12.011 431 opls_146 28 TRP HD1 147 0.115 1.008 432 opls_501 28 TRP CD2 148 -0.055 12.011 433 opls_503 28 TRP NE1 149 -0.57 14.0067 434 opls_504 28 TRP HE1 149 0.42 1.008 435 opls_502 28 TRP CE2 149 0.13 12.011 436 opls_145 28 TRP CE3 150 -0.115 12.011 437 opls_146 28 TRP HE3 150 0.115 1.008 438 opls_145 28 TRP CZ2 151 -0.115 12.011 439 opls_146 28 TRP HZ2 151 0.115 1.008 440 opls_145 28 TRP CZ3 152 -0.115 12.011 441 opls_146 28 TRP HZ3 152 0.115 1.008 442 opls_145 28 TRP CH2 153 -0.115 12.011 443 opls_146 28 TRP HH2 153 0.115 1.008 444 opls_235 28 TRP C 154 0.5 12.011 445 opls_236 28 TRP O 154 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 29 VAL rtp VAL q 0.0 446 opls_238 29 VAL N 155 -0.5 14.0067 447 opls_241 29 VAL H 155 0.3 1.008 448 opls_224B 29 VAL CA 155 0.14 12.011 449 opls_140 29 VAL HA 155 0.06 1.008 450 opls_137 29 VAL CB 156 -0.06 12.011 451 opls_140 29 VAL HB 156 0.06 1.008 452 opls_135 29 VAL CG1 157 -0.18 12.011 453 opls_140 29 VAL HG11 157 0.06 1.008 454 opls_140 29 VAL HG12 157 0.06 1.008 455 opls_140 29 VAL HG13 157 0.06 1.008 456 opls_135 29 VAL CG2 158 -0.18 12.011 457 opls_140 29 VAL HG21 158 0.06 1.008 458 opls_140 29 VAL HG22 158 0.06 1.008 459 opls_140 29 VAL HG23 158 0.06 1.008 460 opls_235 29 VAL C 159 0.5 12.011 461 opls_236 29 VAL O 159 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 30 CYS rtp CYS2 q 0.0 462 opls_238 30 CYS N 160 -0.5 14.0067 463 opls_241 30 CYS H 160 0.3 1.008 464 opls_224B 30 CYS CA 160 0.14 12.011 465 opls_140 30 CYS HA 160 0.06 1.008 466 opls_214 30 CYS CB 161 0.0975 12.011 467 opls_140 30 CYS HB1 161 0.06 1.008 468 opls_140 30 CYS HB2 161 0.06 1.008 469 opls_203 30 CYS SG 161 -0.2175 32.06 470 opls_235 30 CYS C 162 0.5 12.011 471 opls_236 30 CYS O 162 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 31 ALA rtp ALA q 0.0 472 opls_238 31 ALA N 163 -0.5 14.0067 473 opls_241 31 ALA H 163 0.3 1.008 474 opls_224B 31 ALA CA 163 0.14 12.011 475 opls_140 31 ALA HA 163 0.06 1.008 476 opls_135 31 ALA CB 164 -0.18 12.011 477 opls_140 31 ALA HB1 164 0.06 1.008 478 opls_140 31 ALA HB2 164 0.06 1.008 479 opls_140 31 ALA HB3 164 0.06 1.008 480 opls_235 31 ALA C 165 0.5 12.011 481 opls_236 31 ALA O 165 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 32 ALA rtp ALA q 0.0 482 opls_238 32 ALA N 166 -0.5 14.0067 483 opls_241 32 ALA H 166 0.3 1.008 484 opls_224B 32 ALA CA 166 0.14 12.011 485 opls_140 32 ALA HA 166 0.06 1.008 486 opls_135 32 ALA CB 167 -0.18 12.011 487 opls_140 32 ALA HB1 167 0.06 1.008 488 opls_140 32 ALA HB2 167 0.06 1.008 489 opls_140 32 ALA HB3 167 0.06 1.008 490 opls_235 32 ALA C 168 0.5 12.011 491 opls_236 32 ALA O 168 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 33 LYS rtp LYSH q +1.0 492 opls_238 33 LYS N 169 -0.5 14.0067 493 opls_241 33 LYS H 169 0.3 1.008 494 opls_224B 33 LYS CA 169 0.14 12.011 495 opls_140 33 LYS HA 169 0.06 1.008 496 opls_136 33 LYS CB 170 -0.12 12.011 497 opls_140 33 LYS HB1 170 0.06 1.008 498 opls_140 33 LYS HB2 170 0.06 1.008 499 opls_136 33 LYS CG 171 -0.12 12.011 500 opls_140 33 LYS HG1 171 0.06 1.008 501 opls_140 33 LYS HG2 171 0.06 1.008 502 opls_136 33 LYS CD 172 -0.12 12.011 503 opls_140 33 LYS HD1 172 0.06 1.008 504 opls_140 33 LYS HD2 172 0.06 1.008 505 opls_292 33 LYS CE 173 0.19 12.011 506 opls_140 33 LYS HE1 173 0.06 1.008 507 opls_140 33 LYS HE2 173 0.06 1.008 508 opls_287 33 LYS NZ 174 -0.3 14.0067 509 opls_290 33 LYS HZ1 174 0.33 1.008 510 opls_290 33 LYS HZ2 174 0.33 1.008 511 opls_290 33 LYS HZ3 174 0.33 1.008 512 opls_235 33 LYS C 175 0.5 12.011 513 opls_236 33 LYS O 175 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 34 PHE rtp PHE q 0.0 514 opls_238 34 PHE N 176 -0.5 14.0067 515 opls_241 34 PHE H 176 0.3 1.008 516 opls_224B 34 PHE CA 176 0.14 12.011 517 opls_140 34 PHE HA 176 0.06 1.008 518 opls_149 34 PHE CB 177 -0.005 12.011 519 opls_140 34 PHE HB1 177 0.06 1.008 520 opls_140 34 PHE HB2 177 0.06 1.008 521 opls_145 34 PHE CG 177 -0.115 12.011 522 opls_145 34 PHE CD1 178 -0.115 12.011 523 opls_146 34 PHE HD1 178 0.115 1.008 524 opls_145 34 PHE CD2 179 -0.115 12.011 525 opls_146 34 PHE HD2 179 0.115 1.008 526 opls_145 34 PHE CE1 180 -0.115 12.011 527 opls_146 34 PHE HE1 180 0.115 1.008 528 opls_145 34 PHE CE2 181 -0.115 12.011 529 opls_146 34 PHE HE2 181 0.115 1.008 530 opls_145 34 PHE CZ 182 -0.115 12.011 531 opls_146 34 PHE HZ 182 0.115 1.008 532 opls_235 34 PHE C 183 0.5 12.011 533 opls_236 34 PHE O 183 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 35 GLU rtp GLU q -1.0 534 opls_238 35 GLU N 184 -0.5 14.0067 535 opls_241 35 GLU H 184 0.3 1.008 536 opls_224B 35 GLU CA 184 0.14 12.011 537 opls_140 35 GLU HA 184 0.06 1.008 538 opls_136 35 GLU CB 185 -0.12 12.011 539 opls_140 35 GLU HB1 185 0.06 1.008 540 opls_140 35 GLU HB2 185 0.06 1.008 541 opls_274 35 GLU CG 186 -0.22 12.011 542 opls_140 35 GLU HG1 186 0.06 1.008 543 opls_140 35 GLU HG2 186 0.06 1.008 544 opls_271 35 GLU CD 187 0.7 12.011 545 opls_272 35 GLU OE1 187 -0.8 15.9994 546 opls_272 35 GLU OE2 187 -0.8 15.9994 547 opls_235 35 GLU C 188 0.5 12.011 548 opls_236 35 GLU O 188 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 36 SER rtp SER q 0.0 549 opls_238 36 SER N 189 -0.5 14.0067 550 opls_241 36 SER H 189 0.3 1.008 551 opls_224B 36 SER CA 189 0.14 12.011 552 opls_140 36 SER HA 189 0.06 1.008 553 opls_157 36 SER CB 190 0.145 12.011 554 opls_140 36 SER HB1 190 0.06 1.008 555 opls_140 36 SER HB2 190 0.06 1.008 556 opls_154 36 SER OG 191 -0.683 15.9994 557 opls_155 36 SER HG 191 0.418 1.008 558 opls_235 36 SER C 192 0.5 12.011 559 opls_236 36 SER O 192 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 37 ASN rtp ASN q 0.0 560 opls_238 37 ASN N 193 -0.5 14.0067 561 opls_241 37 ASN H 193 0.3 1.008 562 opls_224B 37 ASN CA 194 0.14 12.011 563 opls_140 37 ASN HA 194 0.06 1.008 564 opls_136 37 ASN CB 195 -0.12 12.011 565 opls_140 37 ASN HB1 195 0.06 1.008 566 opls_140 37 ASN HB2 195 0.06 1.008 567 opls_235 37 ASN CG 196 0.5 12.011 568 opls_236 37 ASN OD1 196 -0.5 15.9994 569 opls_237 37 ASN ND2 197 -0.76 14.0067 570 opls_240 37 ASN HD21 197 0.38 1.008 571 opls_240 37 ASN HD22 197 0.38 1.008 572 opls_235 37 ASN C 198 0.5 12.011 573 opls_236 37 ASN O 198 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 38 PHE rtp PHE q 0.0 574 opls_238 38 PHE N 199 -0.5 14.0067 575 opls_241 38 PHE H 199 0.3 1.008 576 opls_224B 38 PHE CA 199 0.14 12.011 577 opls_140 38 PHE HA 199 0.06 1.008 578 opls_149 38 PHE CB 200 -0.005 12.011 579 opls_140 38 PHE HB1 200 0.06 1.008 580 opls_140 38 PHE HB2 200 0.06 1.008 581 opls_145 38 PHE CG 200 -0.115 12.011 582 opls_145 38 PHE CD1 201 -0.115 12.011 583 opls_146 38 PHE HD1 201 0.115 1.008 584 opls_145 38 PHE CD2 202 -0.115 12.011 585 opls_146 38 PHE HD2 202 0.115 1.008 586 opls_145 38 PHE CE1 203 -0.115 12.011 587 opls_146 38 PHE HE1 203 0.115 1.008 588 opls_145 38 PHE CE2 204 -0.115 12.011 589 opls_146 38 PHE HE2 204 0.115 1.008 590 opls_145 38 PHE CZ 205 -0.115 12.011 591 opls_146 38 PHE HZ 205 0.115 1.008 592 opls_235 38 PHE C 206 0.5 12.011 593 opls_236 38 PHE O 206 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 39 ASN rtp ASN q 0.0 594 opls_238 39 ASN N 207 -0.5 14.0067 595 opls_241 39 ASN H 207 0.3 1.008 596 opls_224B 39 ASN CA 208 0.14 12.011 597 opls_140 39 ASN HA 208 0.06 1.008 598 opls_136 39 ASN CB 209 -0.12 12.011 599 opls_140 39 ASN HB1 209 0.06 1.008 600 opls_140 39 ASN HB2 209 0.06 1.008 601 opls_235 39 ASN CG 210 0.5 12.011 602 opls_236 39 ASN OD1 210 -0.5 15.9994 603 opls_237 39 ASN ND2 211 -0.76 14.0067 604 opls_240 39 ASN HD21 211 0.38 1.008 605 opls_240 39 ASN HD22 211 0.38 1.008 606 opls_235 39 ASN C 212 0.5 12.011 607 opls_236 39 ASN O 212 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 40 THR rtp THR q 0.0 608 opls_238 40 THR N 213 -0.5 14.0067 609 opls_241 40 THR H 213 0.3 1.008 610 opls_224B 40 THR CA 213 0.14 12.011 611 opls_140 40 THR HA 213 0.06 1.008 612 opls_158 40 THR CB 214 0.205 12.011 613 opls_140 40 THR HB 214 0.06 1.008 614 opls_154 40 THR OG1 214 -0.683 15.9994 615 opls_155 40 THR HG1 214 0.418 1.008 616 opls_135 40 THR CG2 215 -0.18 12.011 617 opls_140 40 THR HG21 215 0.06 1.008 618 opls_140 40 THR HG22 215 0.06 1.008 619 opls_140 40 THR HG23 215 0.06 1.008 620 opls_235 40 THR C 216 0.5 12.011 621 opls_236 40 THR O 216 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 41 GLN rtp GLN q 0.0 622 opls_238 41 GLN N 217 -0.5 14.0067 623 opls_241 41 GLN H 217 0.3 1.008 624 opls_224B 41 GLN CA 218 0.14 12.011 625 opls_140 41 GLN HA 218 0.06 1.008 626 opls_136 41 GLN CB 219 -0.12 12.011 627 opls_140 41 GLN HB1 219 0.06 1.008 628 opls_140 41 GLN HB2 219 0.06 1.008 629 opls_136 41 GLN CG 220 -0.12 12.011 630 opls_140 41 GLN HG1 220 0.06 1.008 631 opls_140 41 GLN HG2 220 0.06 1.008 632 opls_235 41 GLN CD 221 0.5 12.011 633 opls_236 41 GLN OE1 221 -0.5 15.9994 634 opls_237 41 GLN NE2 222 -0.76 14.0067 635 opls_240 41 GLN HE21 222 0.38 1.008 636 opls_240 41 GLN HE22 222 0.38 1.008 637 opls_235 41 GLN C 223 0.5 12.011 638 opls_236 41 GLN O 223 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 42 ALA rtp ALA q 0.0 639 opls_238 42 ALA N 224 -0.5 14.0067 640 opls_241 42 ALA H 224 0.3 1.008 641 opls_224B 42 ALA CA 224 0.14 12.011 642 opls_140 42 ALA HA 224 0.06 1.008 643 opls_135 42 ALA CB 225 -0.18 12.011 644 opls_140 42 ALA HB1 225 0.06 1.008 645 opls_140 42 ALA HB2 225 0.06 1.008 646 opls_140 42 ALA HB3 225 0.06 1.008 647 opls_235 42 ALA C 226 0.5 12.011 648 opls_236 42 ALA O 226 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 43 THR rtp THR q 0.0 649 opls_238 43 THR N 227 -0.5 14.0067 650 opls_241 43 THR H 227 0.3 1.008 651 opls_224B 43 THR CA 227 0.14 12.011 652 opls_140 43 THR HA 227 0.06 1.008 653 opls_158 43 THR CB 228 0.205 12.011 654 opls_140 43 THR HB 228 0.06 1.008 655 opls_154 43 THR OG1 228 -0.683 15.9994 656 opls_155 43 THR HG1 228 0.418 1.008 657 opls_135 43 THR CG2 229 -0.18 12.011 658 opls_140 43 THR HG21 229 0.06 1.008 659 opls_140 43 THR HG22 229 0.06 1.008 660 opls_140 43 THR HG23 229 0.06 1.008 661 opls_235 43 THR C 230 0.5 12.011 662 opls_236 43 THR O 230 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 44 ASN rtp ASN q 0.0 663 opls_238 44 ASN N 231 -0.5 14.0067 664 opls_241 44 ASN H 231 0.3 1.008 665 opls_224B 44 ASN CA 232 0.14 12.011 666 opls_140 44 ASN HA 232 0.06 1.008 667 opls_136 44 ASN CB 233 -0.12 12.011 668 opls_140 44 ASN HB1 233 0.06 1.008 669 opls_140 44 ASN HB2 233 0.06 1.008 670 opls_235 44 ASN CG 234 0.5 12.011 671 opls_236 44 ASN OD1 234 -0.5 15.9994 672 opls_237 44 ASN ND2 235 -0.76 14.0067 673 opls_240 44 ASN HD21 235 0.38 1.008 674 opls_240 44 ASN HD22 235 0.38 1.008 675 opls_235 44 ASN C 236 0.5 12.011 676 opls_236 44 ASN O 236 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 45 ARG rtp ARG q +1.0 677 opls_238 45 ARG N 237 -0.5 14.0067 678 opls_241 45 ARG H 237 0.3 1.008 679 opls_224B 45 ARG CA 237 0.14 12.011 680 opls_140 45 ARG HA 237 0.06 1.008 681 opls_136 45 ARG CB 238 -0.12 12.011 682 opls_140 45 ARG HB1 238 0.06 1.008 683 opls_140 45 ARG HB2 238 0.06 1.008 684 opls_308 45 ARG CG 239 -0.05 12.011 685 opls_140 45 ARG HG1 239 0.06 1.008 686 opls_140 45 ARG HG2 239 0.06 1.008 687 opls_307 45 ARG CD 240 0.19 12.011 688 opls_140 45 ARG HD1 240 0.06 1.008 689 opls_140 45 ARG HD2 240 0.06 1.008 690 opls_303 45 ARG NE 241 -0.7 14.0067 691 opls_304 45 ARG HE 241 0.44 1.008 692 opls_302 45 ARG CZ 241 0.64 12.011 693 opls_300 45 ARG NH1 242 -0.8 14.0067 694 opls_301 45 ARG HH11 242 0.46 1.008 695 opls_301 45 ARG HH12 242 0.46 1.008 696 opls_300 45 ARG NH2 243 -0.8 14.0067 697 opls_301 45 ARG HH21 243 0.46 1.008 698 opls_301 45 ARG HH22 243 0.46 1.008 699 opls_235 45 ARG C 244 0.5 12.011 700 opls_236 45 ARG O 244 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 46 ASN rtp ASN q 0.0 701 opls_238 46 ASN N 245 -0.5 14.0067 702 opls_241 46 ASN H 245 0.3 1.008 703 opls_224B 46 ASN CA 246 0.14 12.011 704 opls_140 46 ASN HA 246 0.06 1.008 705 opls_136 46 ASN CB 247 -0.12 12.011 706 opls_140 46 ASN HB1 247 0.06 1.008 707 opls_140 46 ASN HB2 247 0.06 1.008 708 opls_235 46 ASN CG 248 0.5 12.011 709 opls_236 46 ASN OD1 248 -0.5 15.9994 710 opls_237 46 ASN ND2 249 -0.76 14.0067 711 opls_240 46 ASN HD21 249 0.38 1.008 712 opls_240 46 ASN HD22 249 0.38 1.008 713 opls_235 46 ASN C 250 0.5 12.011 714 opls_236 46 ASN O 250 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 47 THR rtp THR q 0.0 715 opls_238 47 THR N 251 -0.5 14.0067 716 opls_241 47 THR H 251 0.3 1.008 717 opls_224B 47 THR CA 251 0.14 12.011 718 opls_140 47 THR HA 251 0.06 1.008 719 opls_158 47 THR CB 252 0.205 12.011 720 opls_140 47 THR HB 252 0.06 1.008 721 opls_154 47 THR OG1 252 -0.683 15.9994 722 opls_155 47 THR HG1 252 0.418 1.008 723 opls_135 47 THR CG2 253 -0.18 12.011 724 opls_140 47 THR HG21 253 0.06 1.008 725 opls_140 47 THR HG22 253 0.06 1.008 726 opls_140 47 THR HG23 253 0.06 1.008 727 opls_235 47 THR C 254 0.5 12.011 728 opls_236 47 THR O 254 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 48 ASP rtp ASP q -1.0 729 opls_238 48 ASP N 255 -0.5 14.0067 730 opls_241 48 ASP H 255 0.3 1.008 731 opls_224B 48 ASP CA 255 0.14 12.011 732 opls_140 48 ASP HA 255 0.06 1.008 733 opls_274 48 ASP CB 256 -0.22 12.011 734 opls_140 48 ASP HB1 256 0.06 1.008 735 opls_140 48 ASP HB2 256 0.06 1.008 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residue 90 ALA rtp ALA q 0.0 1347 opls_238 90 ALA N 470 -0.5 14.0067 1348 opls_241 90 ALA H 470 0.3 1.008 1349 opls_224B 90 ALA CA 470 0.14 12.011 1350 opls_140 90 ALA HA 470 0.06 1.008 1351 opls_135 90 ALA CB 471 -0.18 12.011 1352 opls_140 90 ALA HB1 471 0.06 1.008 1353 opls_140 90 ALA HB2 471 0.06 1.008 1354 opls_140 90 ALA HB3 471 0.06 1.008 1355 opls_235 90 ALA C 472 0.5 12.011 1356 opls_236 90 ALA O 472 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 91 SER rtp SER q 0.0 1357 opls_238 91 SER N 473 -0.5 14.0067 1358 opls_241 91 SER H 473 0.3 1.008 1359 opls_224B 91 SER CA 473 0.14 12.011 1360 opls_140 91 SER HA 473 0.06 1.008 1361 opls_157 91 SER CB 474 0.145 12.011 1362 opls_140 91 SER HB1 474 0.06 1.008 1363 opls_140 91 SER HB2 474 0.06 1.008 1364 opls_154 91 SER OG 475 -0.683 15.9994 1365 opls_155 91 SER HG 475 0.418 1.008 1366 opls_235 91 SER C 476 0.5 12.011 1367 opls_236 91 SER O 476 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 92 VAL rtp VAL q 0.0 1368 opls_238 92 VAL N 477 -0.5 14.0067 1369 opls_241 92 VAL H 477 0.3 1.008 1370 opls_224B 92 VAL CA 477 0.14 12.011 1371 opls_140 92 VAL HA 477 0.06 1.008 1372 opls_137 92 VAL CB 478 -0.06 12.011 1373 opls_140 92 VAL HB 478 0.06 1.008 1374 opls_135 92 VAL CG1 479 -0.18 12.011 1375 opls_140 92 VAL HG11 479 0.06 1.008 1376 opls_140 92 VAL HG12 479 0.06 1.008 1377 opls_140 92 VAL HG13 479 0.06 1.008 1378 opls_135 92 VAL CG2 480 -0.18 12.011 1379 opls_140 92 VAL HG21 480 0.06 1.008 1380 opls_140 92 VAL HG22 480 0.06 1.008 1381 opls_140 92 VAL HG23 480 0.06 1.008 1382 opls_235 92 VAL C 481 0.5 12.011 1383 opls_236 92 VAL O 481 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 93 ASN rtp ASN q 0.0 1384 opls_238 93 ASN N 482 -0.5 14.0067 1385 opls_241 93 ASN H 482 0.3 1.008 1386 opls_224B 93 ASN CA 483 0.14 12.011 1387 opls_140 93 ASN HA 483 0.06 1.008 1388 opls_136 93 ASN CB 484 -0.12 12.011 1389 opls_140 93 ASN HB1 484 0.06 1.008 1390 opls_140 93 ASN HB2 484 0.06 1.008 1391 opls_235 93 ASN CG 485 0.5 12.011 1392 opls_236 93 ASN OD1 485 -0.5 15.9994 1393 opls_237 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95 ALA C 493 0.5 12.011 1417 opls_236 95 ALA O 493 -0.5 15.9994 ; qtot 4 ; residue 96 LYS rtp LYSH q +1.0 1418 opls_238 96 LYS N 494 -0.5 14.0067 1419 opls_241 96 LYS H 494 0.3 1.008 1420 opls_224B 96 LYS CA 494 0.14 12.011 1421 opls_140 96 LYS HA 494 0.06 1.008 1422 opls_136 96 LYS CB 495 -0.12 12.011 1423 opls_140 96 LYS HB1 495 0.06 1.008 1424 opls_140 96 LYS HB2 495 0.06 1.008 1425 opls_136 96 LYS CG 496 -0.12 12.011 1426 opls_140 96 LYS HG1 496 0.06 1.008 1427 opls_140 96 LYS HG2 496 0.06 1.008 1428 opls_136 96 LYS CD 497 -0.12 12.011 1429 opls_140 96 LYS HD1 497 0.06 1.008 1430 opls_140 96 LYS HD2 497 0.06 1.008 1431 opls_292 96 LYS CE 498 0.19 12.011 1432 opls_140 96 LYS HE1 498 0.06 1.008 1433 opls_140 96 LYS HE2 498 0.06 1.008 1434 opls_287 96 LYS NZ 499 -0.3 14.0067 1435 opls_290 96 LYS HZ1 499 0.33 1.008 1436 opls_290 96 LYS HZ2 499 0.33 1.008 1437 opls_290 96 LYS HZ3 499 0.33 1.008 1438 opls_235 96 LYS C 500 0.5 12.011 1439 opls_236 96 LYS O 500 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 97 LYS rtp LYSH q +1.0 1440 opls_238 97 LYS N 501 -0.5 14.0067 1441 opls_241 97 LYS H 501 0.3 1.008 1442 opls_224B 97 LYS CA 501 0.14 12.011 1443 opls_140 97 LYS HA 501 0.06 1.008 1444 opls_136 97 LYS CB 502 -0.12 12.011 1445 opls_140 97 LYS HB1 502 0.06 1.008 1446 opls_140 97 LYS HB2 502 0.06 1.008 1447 opls_136 97 LYS CG 503 -0.12 12.011 1448 opls_140 97 LYS HG1 503 0.06 1.008 1449 opls_140 97 LYS HG2 503 0.06 1.008 1450 opls_136 97 LYS CD 504 -0.12 12.011 1451 opls_140 97 LYS HD1 504 0.06 1.008 1452 opls_140 97 LYS HD2 504 0.06 1.008 1453 opls_292 97 LYS CE 505 0.19 12.011 1454 opls_140 97 LYS HE1 505 0.06 1.008 1455 opls_140 97 LYS HE2 505 0.06 1.008 1456 opls_287 97 LYS NZ 506 -0.3 14.0067 1457 opls_290 97 LYS HZ1 506 0.33 1.008 1458 opls_290 97 LYS HZ2 506 0.33 1.008 1459 opls_290 97 LYS HZ3 506 0.33 1.008 1460 opls_235 97 LYS C 507 0.5 12.011 1461 opls_236 97 LYS O 507 -0.5 15.9994 ; qtot 6 ; residue 98 ILE rtp ILE q 0.0 1462 opls_238 98 ILE N 508 -0.5 14.0067 1463 opls_241 98 ILE H 508 0.3 1.008 1464 opls_224B 98 ILE CA 508 0.14 12.011 1465 opls_140 98 ILE HA 508 0.06 1.008 1466 opls_137 98 ILE CB 509 -0.06 12.011 1467 opls_140 98 ILE HB 509 0.06 1.008 1468 opls_136 98 ILE CG1 510 -0.12 12.011 1469 opls_140 98 ILE HG11 510 0.06 1.008 1470 opls_140 98 ILE HG12 510 0.06 1.008 1471 opls_135 98 ILE CG2 511 -0.18 12.011 1472 opls_140 98 ILE HG21 511 0.06 1.008 1473 opls_140 98 ILE HG22 511 0.06 1.008 1474 opls_140 98 ILE HG23 511 0.06 1.008 1475 opls_135 98 ILE CD 512 -0.18 12.011 1476 opls_140 98 ILE HD1 512 0.06 1.008 1477 opls_140 98 ILE HD2 512 0.06 1.008 1478 opls_140 98 ILE HD3 512 0.06 1.008 1479 opls_235 98 ILE C 513 0.5 12.011 1480 opls_236 98 ILE O 513 -0.5 15.9994 ; qtot 6 ; residue 99 VAL rtp VAL q 0.0 1481 opls_238 99 VAL N 514 -0.5 14.0067 1482 opls_241 99 VAL H 514 0.3 1.008 1483 opls_224B 99 VAL CA 514 0.14 12.011 1484 opls_140 99 VAL HA 514 0.06 1.008 1485 opls_137 99 VAL CB 515 -0.06 12.011 1486 opls_140 99 VAL HB 515 0.06 1.008 1487 opls_135 99 VAL CG1 516 -0.18 12.011 1488 opls_140 99 VAL HG11 516 0.06 1.008 1489 opls_140 99 VAL HG12 516 0.06 1.008 1490 opls_140 99 VAL HG13 516 0.06 1.008 1491 opls_135 99 VAL CG2 517 -0.18 12.011 1492 opls_140 99 VAL HG21 517 0.06 1.008 1493 opls_140 99 VAL HG22 517 0.06 1.008 1494 opls_140 99 VAL HG23 517 0.06 1.008 1495 opls_235 99 VAL C 518 0.5 12.011 1496 opls_236 99 VAL O 518 -0.5 15.9994 ; qtot 6 ; residue 100 SER rtp SER q 0.0 1497 opls_238 100 SER N 519 -0.5 14.0067 1498 opls_241 100 SER H 519 0.3 1.008 1499 opls_224B 100 SER CA 519 0.14 12.011 1500 opls_140 100 SER HA 519 0.06 1.008 1501 opls_157 100 SER CB 520 0.145 12.011 1502 opls_140 100 SER HB1 520 0.06 1.008 1503 opls_140 100 SER HB2 520 0.06 1.008 1504 opls_154 100 SER OG 521 -0.683 15.9994 1505 opls_155 100 SER HG 521 0.418 1.008 1506 opls_235 100 SER C 522 0.5 12.011 1507 opls_236 100 SER O 522 -0.5 15.9994 ; qtot 6 ; residue 101 ASP rtp ASP q -1.0 1508 opls_238 101 ASP N 523 -0.5 14.0067 1509 opls_241 101 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1532 opls_140 103 ASN HB1 531 0.06 1.008 1533 opls_140 103 ASN HB2 531 0.06 1.008 1534 opls_235 103 ASN CG 532 0.5 12.011 1535 opls_236 103 ASN OD1 532 -0.5 15.9994 1536 opls_237 103 ASN ND2 533 -0.76 14.0067 1537 opls_240 103 ASN HD21 533 0.38 1.008 1538 opls_240 103 ASN HD22 533 0.38 1.008 1539 opls_235 103 ASN C 534 0.5 12.011 1540 opls_236 103 ASN O 534 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 104 GLY rtp GLY q 0.0 1541 opls_238 104 GLY N 535 -0.5 14.0067 1542 opls_241 104 GLY H 535 0.3 1.008 1543 opls_223B 104 GLY CA 535 0.08 12.011 1544 opls_140 104 GLY HA1 535 0.06 1.008 1545 opls_140 104 GLY HA2 535 0.06 1.008 1546 opls_235 104 GLY C 536 0.5 12.011 1547 opls_236 104 GLY O 536 -0.5 15.9994 ; qtot 5 ; residue 105 MET rtp MET q 0.0 1548 opls_238 105 MET N 537 -0.5 14.0067 1549 opls_241 105 MET H 537 0.3 1.008 1550 opls_224B 105 MET CA 537 0.14 12.011 1551 opls_140 105 MET HA 537 0.06 1.008 1552 opls_136 105 MET CB 538 -0.12 12.011 1553 opls_140 105 MET HB1 538 0.06 1.008 1554 opls_140 105 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-0.7 14.0067 1715 opls_304 114 ARG HE 600 0.44 1.008 1716 opls_302 114 ARG CZ 600 0.64 12.011 1717 opls_300 114 ARG NH1 601 -0.8 14.0067 1718 opls_301 114 ARG HH11 601 0.46 1.008 1719 opls_301 114 ARG HH12 601 0.46 1.008 1720 opls_300 114 ARG NH2 602 -0.8 14.0067 1721 opls_301 114 ARG HH21 602 0.46 1.008 1722 opls_301 114 ARG HH22 602 0.46 1.008 1723 opls_235 114 ARG C 603 0.5 12.011 1724 opls_236 114 ARG O 603 -0.5 15.9994 ; qtot 7 ; residue 115 CYS rtp CYS2 q 0.0 1725 opls_238 115 CYS N 604 -0.5 14.0067 1726 opls_241 115 CYS H 604 0.3 1.008 1727 opls_224B 115 CYS CA 604 0.14 12.011 1728 opls_140 115 CYS HA 604 0.06 1.008 1729 opls_214 115 CYS CB 605 0.0975 12.011 1730 opls_140 115 CYS HB1 605 0.06 1.008 1731 opls_140 115 CYS HB2 605 0.06 1.008 1732 opls_203 115 CYS SG 605 -0.2175 32.06 1733 opls_235 115 CYS C 606 0.5 12.011 1734 opls_236 115 CYS O 606 -0.5 15.9994 ; qtot 7 ; residue 116 LYS rtp LYSH q +1.0 1735 opls_238 116 LYS N 607 -0.5 14.0067 1736 opls_241 116 LYS H 607 0.3 1.008 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topology for ions #include "oplsaa.ff/ions.itp" [ system ] ; Name LYSOZYME in water [ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1 SOL 78 SOL 12058 CL 8