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changeset 10:cac1886249a2 draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit 71a3084d6e402b31563b1662bb629d5a959ce7b7"
| author | chemteam |
|---|---|
| date | Wed, 15 Apr 2020 14:36:05 -0400 |
| parents | ccdf0b30a422 |
| children | 8b2553f4f114 |
| files | merge_top.py test-data/complex.gro test-data/complex.top test-data/lig.gro test-data/lig.itp test-data/top_output.top |
| diffstat | 6 files changed, 21116 insertions(+), 19446 deletions(-) [+] |
line wrap: on
line diff
--- a/merge_top.py Tue Jan 21 07:27:13 2020 -0500 +++ b/merge_top.py Wed Apr 15 14:36:05 2020 -0400 @@ -1,38 +1,65 @@ -import re -import sys +import argparse + +import parmed as pmd -def combine_tops(top_text, itp_texts): - """ - Search through parent topology top_text and replace - #include lines with the relevant child topologies - from the dictionary itp_texts - """ - for itp in itp_texts: - # split on include string, then rejoin around itp file - spl = re.split('#include ".*{}"\n'.format(itp), top_text) - top_text = itp_texts[itp].join(spl) - return top_text +def merge_gro_files(prot_gro, lig_gro, cmplx_gro): + prot = pmd.load_file(prot_gro) + lig = pmd.load_file(lig_gro) + cmplx = prot + lig + cmplx.save(cmplx_gro) -top = sys.argv[1] # parent topology file -itps_file = sys.argv[2] # file with list of child topologies (.itp files) +def merge_top_files(prot_top, lig_top, cmplx_top): + with open(lig_top, 'r') as f: + lig_top_sections = f.read().split('\n[') -with open(itps_file) as f: - itps = f.read().split() - -with open(top, 'r') as f: - top_text = f.read() + # open ligand topology + for n in range(len(lig_top_sections)): + if 'atomtypes' in lig_top_sections[n][:10]: + lig_atomtypes = lig_top_sections[n] + del lig_top_sections[n] + break + else: + lig_atomtypes = None + lig_top_updated = '\n['.join(lig_top_sections) -itp_texts = {} # create dictionary of child topologies -for itp in itps: - with open(itp, 'r') as f: - itp_texts[itp] = f.read() + # open protein topology + with open(prot_top, 'r') as f: + prot_top_combined = f.read() + if lig_atomtypes: + prot_top_sections = prot_top_combined.split('[ moleculetype ]\n') + prot_top_combined = (prot_top_sections[0] + + '; Include ligand atomtypes\n[' + + lig_atomtypes + + '\n[ moleculetype ]\n' + + prot_top_sections[1]) + prot_top_sections = prot_top_combined.split('; Include water topology') + prot_top_combined = (prot_top_sections[0] + + '; Include ligand topology\n' + + lig_top_updated + + '\n; Include water topology' + + prot_top_sections[1]) + prot_top_combined += 'base 1\n' -for itp in itp_texts: - # child tops may also refer to each other; we need to check this - itp_texts[itp] = combine_tops(itp_texts[itp], itp_texts) + # save complex topology + with open(cmplx_top, 'w') as f: + f.write(prot_top_combined) + -with open('top_output.top', 'w') as f: - # now combine all children into the parent - f.write(combine_tops(top_text, itp_texts)) +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser( + description='Perform SMD runs for dynamic undocking') + parser.add_argument('--lig-top', help='Ligand TOP file.') + parser.add_argument('--prot-top', help='Protein TOP file.') + parser.add_argument('--lig-gro', help='Ligand GRO file.') + parser.add_argument('--prot-gro', help='Protein GRO file.') + parser.add_argument('--complex-top', help='Complex TOP file.') + parser.add_argument('--complex-gro', help='Complex GRO file.') + args = parser.parse_args() + merge_gro_files(args.prot_gro, args.lig_gro, args.complex_gro) + merge_top_files(args.prot_top, args.lig_top, args.complex_top) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/complex.gro Wed Apr 15 14:36:05 2020 -0400 @@ -0,0 +1,2218 @@ +GROningen MAchine for Chemical Simulation + 2215 + 1LYS N 1 4.434 3.396 2.469 + 1LYS H1 2 4.510 3.450 2.431 + 1LYS H2 3 4.368 3.376 2.397 + 1LYS H3 4 4.390 3.448 2.542 + 1LYS CA 5 4.487 3.269 2.524 + 1LYS HA 6 4.531 3.217 2.451 + 1LYS CB 7 4.585 3.306 2.636 + 1LYS HB1 8 4.661 3.357 2.597 + 1LYS HB2 9 4.537 3.363 2.703 + 1LYS CG 10 4.643 3.187 2.711 + 1LYS HG1 11 4.574 3.151 2.773 + 1LYS HG2 12 4.668 3.116 2.644 + 1LYS CD 13 4.767 3.227 2.790 + 1LYS HD1 14 4.843 3.245 2.727 + 1LYS HD2 15 4.747 3.309 2.843 + 1LYS CE 16 4.804 3.113 2.883 + 1LYS HE1 17 4.739 3.108 2.959 + 1LYS HE2 18 4.804 3.026 2.834 + 1LYS NZ 19 4.940 3.139 2.937 + 1LYS HZ1 20 4.967 3.065 2.999 + 1LYS HZ2 21 5.006 3.144 2.861 + 1LYS HZ3 22 4.940 3.226 2.987 + 1LYS C 23 4.372 3.188 2.583 + 1LYS O 24 4.293 3.243 2.659 + 2VAL N 25 4.372 3.058 2.563 + 2VAL H 26 4.434 3.022 2.493 + 2VAL CA 27 4.288 2.962 2.634 + 2VAL HA 28 4.215 3.014 2.677 + 2VAL CB 29 4.212 2.865 2.544 + 2VAL HB 30 4.284 2.814 2.497 + 2VAL CG1 31 4.123 2.770 2.624 + 2VAL HG11 32 4.075 2.709 2.561 + 2VAL HG12 33 4.180 2.717 2.686 + 2VAL HG13 34 4.056 2.823 2.676 + 2VAL CG2 35 4.127 2.933 2.438 + 2VAL HG21 36 4.081 2.864 2.383 + 2VAL HG22 37 4.060 2.992 2.482 + 2VAL HG23 38 4.186 2.989 2.379 + 2VAL C 39 4.378 2.893 2.738 + 2VAL O 40 4.474 2.823 2.701 + 3PHE N 41 4.347 2.917 2.863 + 3PHE H 42 4.273 2.981 2.883 + 3PHE CA 43 4.417 2.852 2.975 + 3PHE HA 44 4.513 2.859 2.950 + 3PHE CB 45 4.395 2.925 3.108 + 3PHE HB1 46 4.303 2.964 3.109 + 3PHE HB2 47 4.404 2.860 3.183 + 3PHE CG 48 4.492 3.036 3.129 + 3PHE CD1 49 4.465 3.167 3.087 + 3PHE HD1 50 4.379 3.187 3.040 + 3PHE CD2 51 4.598 3.018 3.220 + 3PHE HD2 52 4.611 2.928 3.262 + 3PHE CE1 53 4.556 3.270 3.110 + 3PHE HE1 54 4.546 3.357 3.063 + 3PHE CE2 55 4.685 3.121 3.251 + 3PHE HE2 56 4.764 3.104 3.310 + 3PHE CZ 57 4.662 3.249 3.200 + 3PHE HZ 58 4.720 3.326 3.228 + 3PHE C 59 4.372 2.706 2.990 + 3PHE O 60 4.250 2.678 2.981 + 4GLY N 61 4.470 2.626 3.034 + 4GLY H 62 4.565 2.657 3.035 + 4GLY CA 63 4.435 2.490 3.080 + 4GLY HA1 64 4.360 2.454 3.024 + 4GLY HA2 65 4.514 2.430 3.073 + 4GLY C 66 4.390 2.504 3.225 + 4GLY O 67 4.428 2.602 3.289 + 5ARG N 68 4.303 2.416 3.270 + 5ARG H 69 4.269 2.346 3.207 + 5ARG CA 70 4.254 2.416 3.408 + 5ARG HA 71 4.196 2.496 3.415 + 5ARG CB 72 4.174 2.288 3.434 + 5ARG HB1 73 4.098 2.284 3.370 + 5ARG HB2 74 4.234 2.209 3.420 + 5ARG CG 75 4.119 2.282 3.575 + 5ARG HG1 76 4.195 2.279 3.640 + 5ARG HG2 77 4.063 2.363 3.592 + 5ARG CD 78 4.036 2.162 3.595 + 5ARG HD1 79 4.002 2.161 3.689 + 5ARG HD2 80 3.958 2.167 3.532 + 5ARG NE 81 4.104 2.037 3.571 + 5ARG HE 82 4.100 2.002 3.478 + 5ARG CZ 83 4.171 1.963 3.657 + 5ARG NH1 84 4.182 1.995 3.786 + 5ARG HH11 85 4.137 2.078 3.820 + 5ARG HH12 86 4.234 1.937 3.848 + 5ARG NH2 87 4.223 1.846 3.614 + 5ARG HH21 88 4.209 1.817 3.520 + 5ARG HH22 89 4.274 1.788 3.677 + 5ARG C 90 4.365 2.435 3.511 + 5ARG O 91 4.365 2.527 3.597 + 6CYS N 92 4.465 2.347 3.506 + 6CYS H 93 4.465 2.278 3.434 + 6CYS CA 94 4.576 2.349 3.602 + 6CYS HA 95 4.529 2.364 3.689 + 6CYS CB 96 4.647 2.215 3.605 + 6CYS HB1 97 4.668 2.196 3.509 + 6CYS HB2 98 4.732 2.234 3.654 + 6CYS SG 99 4.552 2.082 3.681 + 6CYS C 100 4.673 2.467 3.589 + 6CYS O 101 4.713 2.523 3.693 + 7GLU N 102 4.684 2.510 3.465 + 7GLU H 103 4.638 2.462 3.391 + 7GLU CA 104 4.766 2.631 3.436 + 7GLU HA 105 4.858 2.617 3.474 + 7GLU CB 106 4.776 2.647 3.285 + 7GLU HB1 107 4.821 2.564 3.250 + 7GLU HB2 108 4.683 2.651 3.250 + 7GLU CG 109 4.852 2.767 3.229 + 7GLU HG1 110 4.811 2.849 3.268 + 7GLU HG2 111 4.947 2.760 3.260 + 7GLU CD 112 4.856 2.786 3.080 + 7GLU OE1 113 4.765 2.726 3.018 + 7GLU OE2 114 4.940 2.857 3.029 + 7GLU C 115 4.703 2.755 3.501 + 7GLU O 116 4.772 2.835 3.566 + 8LEU N 117 4.572 2.767 3.485 + 8LEU H 118 4.524 2.697 3.432 + 8LEU CA 119 4.494 2.878 3.542 + 8LEU HA 120 4.538 2.963 3.511 + 8LEU CB 121 4.351 2.879 3.486 + 8LEU HB1 122 4.355 2.884 3.386 + 8LEU HB2 123 4.304 2.795 3.514 + 8LEU CG 124 4.270 2.997 3.536 + 8LEU HG 125 4.276 3.004 3.636 + 8LEU CD1 126 4.328 3.128 3.483 + 8LEU HD11 127 4.274 3.205 3.517 + 8LEU HD12 128 4.422 3.137 3.514 + 8LEU HD13 129 4.325 3.127 3.383 + 8LEU CD2 130 4.123 2.976 3.507 + 8LEU HD21 131 4.070 3.055 3.541 + 8LEU HD22 132 4.109 2.967 3.409 + 8LEU HD23 133 4.091 2.893 3.553 + 8LEU C 134 4.503 2.875 3.694 + 8LEU O 135 4.514 2.979 3.759 + 9ALA N 136 4.473 2.760 3.750 + 9ALA H 137 4.444 2.684 3.691 + 9ALA CA 138 4.482 2.738 3.895 + 9ALA HA 139 4.406 2.788 3.936 + 9ALA CB 140 4.464 2.591 3.929 + 9ALA HB1 141 4.470 2.578 4.028 + 9ALA HB2 142 4.374 2.560 3.897 + 9ALA HB3 143 4.535 2.537 3.885 + 9ALA C 144 4.612 2.793 3.951 + 9ALA O 145 4.613 2.860 4.057 + 10ALA N 146 4.725 2.760 3.887 + 10ALA H 147 4.718 2.701 3.807 + 10ALA CA 148 4.859 2.805 3.929 + 10ALA HA 149 4.867 2.781 4.025 + 10ALA CB 150 4.969 2.733 3.851 + 10ALA HB1 151 5.058 2.765 3.882 + 10ALA HB2 152 4.962 2.634 3.868 + 10ALA HB3 153 4.958 2.751 3.753 + 10ALA C 154 4.872 2.956 3.913 + 10ALA O 155 4.917 3.012 4.014 + 11ALA N 156 4.821 3.014 3.806 + 11ALA H 157 4.779 2.957 3.734 + 11ALA CA 158 4.824 3.160 3.789 + 11ALA HA 159 4.921 3.185 3.800 + 11ALA CB 160 4.785 3.204 3.649 + 11ALA HB1 161 4.789 3.304 3.643 + 11ALA HB2 162 4.848 3.164 3.583 + 11ALA HB3 163 4.692 3.173 3.630 + 11ALA C 164 4.747 3.232 3.899 + 11ALA O 165 4.793 3.328 3.962 + 12MET N 166 4.627 3.183 3.926 + 12MET H 167 4.595 3.104 3.874 + 12MET CA 168 4.538 3.240 4.028 + 12MET HA 169 4.532 3.337 4.006 + 12MET CB 170 4.397 3.183 4.019 + 12MET HB1 171 4.402 3.083 4.015 + 12MET HB2 172 4.344 3.212 4.098 + 12MET CG 173 4.330 3.234 3.894 + 12MET HG1 174 4.330 3.334 3.900 + 12MET HG2 175 4.388 3.206 3.817 + 12MET SD 176 4.161 3.161 3.890 + 12MET CE 177 4.077 3.276 3.781 + 12MET HE1 178 3.982 3.247 3.770 + 12MET HE2 179 4.080 3.367 3.820 + 12MET HE3 180 4.122 3.276 3.692 + 12MET C 181 4.597 3.234 4.168 + 12MET O 182 4.589 3.326 4.251 + 13LYS N 183 4.667 3.125 4.198 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127CYS C 1915 4.840 2.000 4.060 + 127CYS O 1916 4.819 1.989 4.181 + 128ARG N 1917 4.957 2.031 4.006 + 128ARG H 1918 4.964 2.037 3.907 + 128ARG CA 1919 5.075 2.058 4.089 + 128ARG HA 1920 5.064 2.009 4.175 + 128ARG CB 1921 5.203 1.992 4.038 + 128ARG HB1 1922 5.198 1.987 3.938 + 128ARG HB2 1923 5.281 2.049 4.065 + 128ARG CG 1924 5.221 1.851 4.095 + 128ARG HG1 1925 5.132 1.805 4.101 + 128ARG HG2 1926 5.282 1.798 4.035 + 128ARG CD 1927 5.281 1.853 4.232 + 128ARG HD1 1928 5.233 1.921 4.288 + 128ARG HD2 1929 5.272 1.763 4.274 + 128ARG NE 1930 5.423 1.888 4.231 + 128ARG HE 1931 5.481 1.830 4.174 + 128ARG CZ 1932 5.484 1.988 4.295 + 128ARG NH1 1933 5.422 2.069 4.382 + 128ARG HH11 1934 5.325 2.056 4.401 + 128ARG HH12 1935 5.473 2.142 4.428 + 128ARG NH2 1936 5.611 2.017 4.264 + 128ARG HH21 1937 5.659 1.965 4.194 + 128ARG HH22 1938 5.658 2.092 4.312 + 128ARG C 1939 5.080 2.206 4.125 + 128ARG O 1940 5.096 2.291 4.036 + 129LEU N 1941 5.027 2.233 4.244 + 129LEU H 1942 4.999 2.157 4.302 + 129LEU CA 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HW1 1971 3.055 5.395 2.908 + 133HOH HW2 1972 3.136 5.477 2.793 + 134HOH OW 1973 3.822 3.924 3.300 + 134HOH HW1 1974 3.740 3.924 3.358 + 134HOH HW2 1975 3.822 3.842 3.242 + 135HOH OW 1976 3.844 4.938 2.618 + 135HOH HW1 1977 3.844 5.020 2.560 + 135HOH HW2 1978 3.844 4.856 2.560 + 136HOH OW 1979 2.979 4.793 2.559 + 136HOH HW1 1980 3.060 4.793 2.617 + 136HOH HW2 1981 2.897 4.793 2.617 + 137HOH OW 1982 5.030 2.947 3.529 + 137HOH HW1 1983 5.111 2.947 3.587 + 137HOH HW2 1984 5.030 3.029 3.471 + 138HOH OW 1985 4.368 4.068 3.263 + 138HOH HW1 1986 4.449 4.068 3.321 + 138HOH HW2 1987 4.368 3.986 3.205 + 139HOH OW 1988 3.585 2.892 5.017 + 139HOH HW1 1989 3.503 2.892 5.074 + 139HOH HW2 1990 3.585 2.973 4.959 + 140HOH OW 1991 4.111 2.267 3.085 + 140HOH HW1 1992 4.029 2.267 3.143 + 140HOH HW2 1993 4.111 2.185 3.028 + 141HOH OW 1994 3.245 5.166 3.430 + 141HOH HW1 1995 3.245 5.248 3.372 + 141HOH HW2 1996 3.245 5.084 3.372 + 142HOH OW 1997 3.037 5.714 2.563 + 142HOH HW1 1998 3.119 5.714 2.621 + 142HOH 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OW 2027 2.111 3.321 3.971 + 152HOH HW1 2028 2.029 3.321 4.029 + 152HOH HW2 2029 2.111 3.239 3.914 + 153HOH OW 2030 2.466 5.054 3.086 + 153HOH HW1 2031 2.466 5.136 3.028 + 153HOH HW2 2032 2.466 4.973 3.028 + 154HOH OW 2033 1.963 3.585 4.010 + 154HOH HW1 2034 2.045 3.585 4.068 + 154HOH HW2 2035 1.882 3.585 4.068 + 155HOH OW 2036 5.305 2.960 3.952 + 155HOH HW1 2037 5.387 2.960 4.010 + 155HOH HW2 2038 5.305 3.041 3.894 + 156HOH OW 2039 4.101 2.470 2.856 + 156HOH HW1 2040 4.183 2.470 2.914 + 156HOH HW2 2041 4.101 2.388 2.798 + 157HOH OW 2042 4.540 3.123 5.184 + 157HOH HW1 2043 4.459 3.123 5.242 + 157HOH HW2 2044 4.540 3.205 5.127 + 158HOH OW 2045 4.692 4.212 3.298 + 158HOH HW1 2046 4.610 4.212 3.356 + 158HOH HW2 2047 4.692 4.131 3.241 + 159HOH OW 2048 3.969 5.436 3.038 + 159HOH HW1 2049 3.969 5.518 2.980 + 159HOH HW2 2050 3.969 5.354 2.980 + 160HOH OW 2051 3.290 5.599 2.902 + 160HOH HW1 2052 3.372 5.599 2.959 + 160HOH HW2 2053 3.209 5.599 2.959 + 161HOH OW 2054 4.281 4.587 3.730 + 161HOH 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/complex.top Wed Apr 15 14:36:05 2020 -0400 @@ -0,0 +1,18615 @@ +; +; File 'topol.top' was generated +; By user: unknown (1000) +; On host: simon-notebook +; At date: Wed Aug 28 14:35:18 2019 +; +; This is a standalone topology file +; +; Created by: +; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-: +; +; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx +; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/gmx +; Working dir: /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs +; Command line: +; gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh +; Force field was read from the standard GROMACS share directory. +; + +; Include forcefield parameters +#include "oplsaa.ff/forcefield.itp" + +; Include ligand atomtypes +[ atomtypes ] +;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb + C C 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CZ CZ 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CK CK 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CM CM 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CD CD 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + NB NB 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 + N* N* 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 + DU DU 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000 + F F 0.00000 0.00000 A 3.11815e-01 2.55224e-01 ; 1.75 0.0610 + O O 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100 + +[ moleculetype ] +; Name nrexcl +Protein_chain_A 3 + +[ atoms ] +; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB +; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0 + 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027 + 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008 + 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008 + 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008 + 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011 + 6 opls_140 1 LYS HA 1 0.06 1.008 + 7 opls_136 1 LYS CB 2 -0.12 12.011 + 8 opls_140 1 LYS HB1 2 0.06 1.008 + 9 opls_140 1 LYS HB2 2 0.06 1.008 + 10 opls_136 1 LYS CG 3 -0.12 12.011 + 11 opls_140 1 LYS HG1 3 0.06 1.008 + 12 opls_140 1 LYS HG2 3 0.06 1.008 + 13 opls_136 1 LYS CD 4 -0.12 12.011 + 14 opls_140 1 LYS HD1 4 0.06 1.008 + 15 opls_140 1 LYS HD2 4 0.06 1.008 + 16 opls_292 1 LYS CE 5 0.19 12.011 + 17 opls_140 1 LYS HE1 5 0.06 1.008 + 18 opls_140 1 LYS HE2 5 0.06 1.008 + 19 opls_287 1 LYS NZ 6 -0.3 14.0067 + 20 opls_290 1 LYS HZ1 6 0.33 1.008 + 21 opls_290 1 LYS HZ2 6 0.33 1.008 + 22 opls_290 1 LYS HZ3 6 0.33 1.008 + 23 opls_235 1 LYS C 7 0.5 12.011 + 24 opls_236 1 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 2 VAL rtp VAL q 0.0 + 25 opls_238 2 VAL N 8 -0.5 14.0067 + 26 opls_241 2 VAL H 8 0.3 1.008 + 27 opls_224B 2 VAL CA 8 0.14 12.011 + 28 opls_140 2 VAL HA 8 0.06 1.008 + 29 opls_137 2 VAL CB 9 -0.06 12.011 + 30 opls_140 2 VAL HB 9 0.06 1.008 + 31 opls_135 2 VAL CG1 10 -0.18 12.011 + 32 opls_140 2 VAL HG11 10 0.06 1.008 + 33 opls_140 2 VAL HG12 10 0.06 1.008 + 34 opls_140 2 VAL HG13 10 0.06 1.008 + 35 opls_135 2 VAL CG2 11 -0.18 12.011 + 36 opls_140 2 VAL HG21 11 0.06 1.008 + 37 opls_140 2 VAL HG22 11 0.06 1.008 + 38 opls_140 2 VAL HG23 11 0.06 1.008 + 39 opls_235 2 VAL C 12 0.5 12.011 + 40 opls_236 2 VAL O 12 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 3 PHE rtp PHE q 0.0 + 41 opls_238 3 PHE N 13 -0.5 14.0067 + 42 opls_241 3 PHE H 13 0.3 1.008 + 43 opls_224B 3 PHE CA 13 0.14 12.011 + 44 opls_140 3 PHE HA 13 0.06 1.008 + 45 opls_149 3 PHE CB 14 -0.005 12.011 + 46 opls_140 3 PHE HB1 14 0.06 1.008 + 47 opls_140 3 PHE HB2 14 0.06 1.008 + 48 opls_145 3 PHE CG 14 -0.115 12.011 + 49 opls_145 3 PHE CD1 15 -0.115 12.011 + 50 opls_146 3 PHE HD1 15 0.115 1.008 + 51 opls_145 3 PHE CD2 16 -0.115 12.011 + 52 opls_146 3 PHE HD2 16 0.115 1.008 + 53 opls_145 3 PHE CE1 17 -0.115 12.011 + 54 opls_146 3 PHE HE1 17 0.115 1.008 + 55 opls_145 3 PHE CE2 18 -0.115 12.011 + 56 opls_146 3 PHE HE2 18 0.115 1.008 + 57 opls_145 3 PHE CZ 19 -0.115 12.011 + 58 opls_146 3 PHE HZ 19 0.115 1.008 + 59 opls_235 3 PHE C 20 0.5 12.011 + 60 opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0 + 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067 + 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008 + 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011 + 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008 + 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008 + 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011 + 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 5 ARG rtp ARG q +1.0 + 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067 + 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008 + 70 opls_224B 5 ARG CA 23 0.14 12.011 + 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008 + 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011 + 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008 + 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008 + 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011 + 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008 + 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008 + 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011 + 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008 + 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008 + 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067 + 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008 + 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011 + 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067 + 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008 + 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008 + 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067 + 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008 + 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008 + 90 opls_235 5 ARG C 30 0.5 12.011 + 91 opls_236 5 ARG O 30 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 6 CYS rtp CYS2 q 0.0 + 92 opls_238 6 CYS N 31 -0.5 14.0067 + 93 opls_241 6 CYS H 31 0.3 1.008 + 94 opls_224B 6 CYS CA 31 0.14 12.011 + 95 opls_140 6 CYS HA 31 0.06 1.008 + 96 opls_214 6 CYS CB 32 0.0975 12.011 + 97 opls_140 6 CYS HB1 32 0.06 1.008 + 98 opls_140 6 CYS HB2 32 0.06 1.008 + 99 opls_203 6 CYS SG 32 -0.2175 32.06 + 100 opls_235 6 CYS C 33 0.5 12.011 + 101 opls_236 6 CYS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 7 GLU rtp GLU q -1.0 + 102 opls_238 7 GLU N 34 -0.5 14.0067 + 103 opls_241 7 GLU H 34 0.3 1.008 + 104 opls_224B 7 GLU CA 34 0.14 12.011 + 105 opls_140 7 GLU HA 34 0.06 1.008 + 106 opls_136 7 GLU CB 35 -0.12 12.011 + 107 opls_140 7 GLU HB1 35 0.06 1.008 + 108 opls_140 7 GLU HB2 35 0.06 1.008 + 109 opls_274 7 GLU CG 36 -0.22 12.011 + 110 opls_140 7 GLU HG1 36 0.06 1.008 + 111 opls_140 7 GLU HG2 36 0.06 1.008 + 112 opls_271 7 GLU CD 37 0.7 12.011 + 113 opls_272 7 GLU OE1 37 -0.8 15.9994 + 114 opls_272 7 GLU OE2 37 -0.8 15.9994 + 115 opls_235 7 GLU C 38 0.5 12.011 + 116 opls_236 7 GLU O 38 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 8 LEU rtp LEU q 0.0 + 117 opls_238 8 LEU N 39 -0.5 14.0067 + 118 opls_241 8 LEU H 39 0.3 1.008 + 119 opls_224B 8 LEU CA 39 0.14 12.011 + 120 opls_140 8 LEU HA 39 0.06 1.008 + 121 opls_136 8 LEU CB 40 -0.12 12.011 + 122 opls_140 8 LEU HB1 40 0.06 1.008 + 123 opls_140 8 LEU HB2 40 0.06 1.008 + 124 opls_137 8 LEU CG 41 -0.06 12.011 + 125 opls_140 8 LEU HG 41 0.06 1.008 + 126 opls_135 8 LEU CD1 42 -0.18 12.011 + 127 opls_140 8 LEU HD11 42 0.06 1.008 + 128 opls_140 8 LEU HD12 42 0.06 1.008 + 129 opls_140 8 LEU HD13 42 0.06 1.008 + 130 opls_135 8 LEU CD2 43 -0.18 12.011 + 131 opls_140 8 LEU HD21 43 0.06 1.008 + 132 opls_140 8 LEU HD22 43 0.06 1.008 + 133 opls_140 8 LEU HD23 43 0.06 1.008 + 134 opls_235 8 LEU C 44 0.5 12.011 + 135 opls_236 8 LEU O 44 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 9 ALA rtp ALA q 0.0 + 136 opls_238 9 ALA N 45 -0.5 14.0067 + 137 opls_241 9 ALA H 45 0.3 1.008 + 138 opls_224B 9 ALA CA 45 0.14 12.011 + 139 opls_140 9 ALA HA 45 0.06 1.008 + 140 opls_135 9 ALA CB 46 -0.18 12.011 + 141 opls_140 9 ALA HB1 46 0.06 1.008 + 142 opls_140 9 ALA HB2 46 0.06 1.008 + 143 opls_140 9 ALA HB3 46 0.06 1.008 + 144 opls_235 9 ALA C 47 0.5 12.011 + 145 opls_236 9 ALA O 47 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 10 ALA rtp ALA q 0.0 + 146 opls_238 10 ALA N 48 -0.5 14.0067 + 147 opls_241 10 ALA H 48 0.3 1.008 + 148 opls_224B 10 ALA CA 48 0.14 12.011 + 149 opls_140 10 ALA HA 48 0.06 1.008 + 150 opls_135 10 ALA CB 49 -0.18 12.011 + 151 opls_140 10 ALA HB1 49 0.06 1.008 + 152 opls_140 10 ALA HB2 49 0.06 1.008 + 153 opls_140 10 ALA HB3 49 0.06 1.008 + 154 opls_235 10 ALA C 50 0.5 12.011 + 155 opls_236 10 ALA O 50 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 11 ALA rtp ALA q 0.0 + 156 opls_238 11 ALA N 51 -0.5 14.0067 + 157 opls_241 11 ALA H 51 0.3 1.008 + 158 opls_224B 11 ALA CA 51 0.14 12.011 + 159 opls_140 11 ALA HA 51 0.06 1.008 + 160 opls_135 11 ALA CB 52 -0.18 12.011 + 161 opls_140 11 ALA HB1 52 0.06 1.008 + 162 opls_140 11 ALA HB2 52 0.06 1.008 + 163 opls_140 11 ALA HB3 52 0.06 1.008 + 164 opls_235 11 ALA C 53 0.5 12.011 + 165 opls_236 11 ALA O 53 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 12 MET rtp MET q 0.0 + 166 opls_238 12 MET N 54 -0.5 14.0067 + 167 opls_241 12 MET H 54 0.3 1.008 + 168 opls_224B 12 MET CA 54 0.14 12.011 + 169 opls_140 12 MET HA 54 0.06 1.008 + 170 opls_136 12 MET CB 55 -0.12 12.011 + 171 opls_140 12 MET HB1 55 0.06 1.008 + 172 opls_140 12 MET HB2 55 0.06 1.008 + 173 opls_210 12 MET CG 56 0.048 12.011 + 174 opls_140 12 MET HG1 56 0.06 1.008 + 175 opls_140 12 MET HG2 56 0.06 1.008 + 176 opls_202 12 MET SD 57 -0.335 32.06 + 177 opls_209 12 MET CE 58 -0.013 12.011 + 178 opls_140 12 MET HE1 58 0.06 1.008 + 179 opls_140 12 MET HE2 58 0.06 1.008 + 180 opls_140 12 MET HE3 58 0.06 1.008 + 181 opls_235 12 MET C 59 0.5 12.011 + 182 opls_236 12 MET O 59 -0.5 15.9994 ; qtot 2 +; residue 13 LYS rtp LYSH q +1.0 + 183 opls_238 13 LYS N 60 -0.5 14.0067 + 184 opls_241 13 LYS H 60 0.3 1.008 + 185 opls_224B 13 LYS CA 60 0.14 12.011 + 186 opls_140 13 LYS HA 60 0.06 1.008 + 187 opls_136 13 LYS CB 61 -0.12 12.011 + 188 opls_140 13 LYS HB1 61 0.06 1.008 + 189 opls_140 13 LYS HB2 61 0.06 1.008 + 190 opls_136 13 LYS CG 62 -0.12 12.011 + 191 opls_140 13 LYS HG1 62 0.06 1.008 + 192 opls_140 13 LYS HG2 62 0.06 1.008 + 193 opls_136 13 LYS CD 63 -0.12 12.011 + 194 opls_140 13 LYS HD1 63 0.06 1.008 + 195 opls_140 13 LYS HD2 63 0.06 1.008 + 196 opls_292 13 LYS CE 64 0.19 12.011 + 197 opls_140 13 LYS HE1 64 0.06 1.008 + 198 opls_140 13 LYS HE2 64 0.06 1.008 + 199 opls_287 13 LYS NZ 65 -0.3 14.0067 + 200 opls_290 13 LYS HZ1 65 0.33 1.008 + 201 opls_290 13 LYS HZ2 65 0.33 1.008 + 202 opls_290 13 LYS HZ3 65 0.33 1.008 + 203 opls_235 13 LYS C 66 0.5 12.011 + 204 opls_236 13 LYS O 66 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 14 ARG rtp ARG q +1.0 + 205 opls_238 14 ARG N 67 -0.5 14.0067 + 206 opls_241 14 ARG H 67 0.3 1.008 + 207 opls_224B 14 ARG CA 67 0.14 12.011 + 208 opls_140 14 ARG HA 67 0.06 1.008 + 209 opls_136 14 ARG CB 68 -0.12 12.011 + 210 opls_140 14 ARG HB1 68 0.06 1.008 + 211 opls_140 14 ARG HB2 68 0.06 1.008 + 212 opls_308 14 ARG CG 69 -0.05 12.011 + 213 opls_140 14 ARG HG1 69 0.06 1.008 + 214 opls_140 14 ARG HG2 69 0.06 1.008 + 215 opls_307 14 ARG CD 70 0.19 12.011 + 216 opls_140 14 ARG HD1 70 0.06 1.008 + 217 opls_140 14 ARG HD2 70 0.06 1.008 + 218 opls_303 14 ARG NE 71 -0.7 14.0067 + 219 opls_304 14 ARG HE 71 0.44 1.008 + 220 opls_302 14 ARG CZ 71 0.64 12.011 + 221 opls_300 14 ARG NH1 72 -0.8 14.0067 + 222 opls_301 14 ARG HH11 72 0.46 1.008 + 223 opls_301 14 ARG HH12 72 0.46 1.008 + 224 opls_300 14 ARG NH2 73 -0.8 14.0067 + 225 opls_301 14 ARG HH21 73 0.46 1.008 + 226 opls_301 14 ARG HH22 73 0.46 1.008 + 227 opls_235 14 ARG C 74 0.5 12.011 + 228 opls_236 14 ARG O 74 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 15 HIS rtp HISE q 0.0 + 229 opls_238 15 HIS N 75 -0.5 14.0067 + 230 opls_241 15 HIS H 75 0.3 1.008 + 231 opls_224B 15 HIS CA 75 0.14 12.011 + 232 opls_140 15 HIS HA 75 0.06 1.008 + 233 opls_505 15 HIS CB 76 -0.005 12.011 + 234 opls_140 15 HIS HB1 76 0.06 1.008 + 235 opls_140 15 HIS HB2 76 0.06 1.008 + 236 opls_507 15 HIS CG 77 -0.015 12.011 + 237 opls_511 15 HIS ND1 77 -0.49 14.0067 + 238 opls_508 15 HIS CD2 78 0.015 12.011 + 239 opls_146 15 HIS HD2 78 0.115 1.008 + 240 opls_506 15 HIS CE1 79 0.295 12.011 + 241 opls_146 15 HIS HE1 79 0.115 1.008 + 242 opls_503 15 HIS NE2 80 -0.57 14.0067 + 243 opls_504 15 HIS HE2 80 0.42 1.008 + 244 opls_235 15 HIS C 81 0.5 12.011 + 245 opls_236 15 HIS O 81 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 16 GLY rtp GLY q 0.0 + 246 opls_238 16 GLY N 82 -0.5 14.0067 + 247 opls_241 16 GLY H 82 0.3 1.008 + 248 opls_223B 16 GLY CA 82 0.08 12.011 + 249 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+ 272 opls_238 18 ASP N 90 -0.5 14.0067 + 273 opls_241 18 ASP H 90 0.3 1.008 + 274 opls_224B 18 ASP CA 90 0.14 12.011 + 275 opls_140 18 ASP HA 90 0.06 1.008 + 276 opls_274 18 ASP CB 91 -0.22 12.011 + 277 opls_140 18 ASP HB1 91 0.06 1.008 + 278 opls_140 18 ASP HB2 91 0.06 1.008 + 279 opls_271 18 ASP CG 92 0.7 12.011 + 280 opls_272 18 ASP OD1 92 -0.8 15.9994 + 281 opls_272 18 ASP OD2 92 -0.8 15.9994 + 282 opls_235 18 ASP C 93 0.5 12.011 + 283 opls_236 18 ASP O 93 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 19 ASN rtp ASN q 0.0 + 284 opls_238 19 ASN N 94 -0.5 14.0067 + 285 opls_241 19 ASN H 94 0.3 1.008 + 286 opls_224B 19 ASN CA 95 0.14 12.011 + 287 opls_140 19 ASN HA 95 0.06 1.008 + 288 opls_136 19 ASN CB 96 -0.12 12.011 + 289 opls_140 19 ASN HB1 96 0.06 1.008 + 290 opls_140 19 ASN HB2 96 0.06 1.008 + 291 opls_235 19 ASN CG 97 0.5 12.011 + 292 opls_236 19 ASN OD1 97 -0.5 15.9994 + 293 opls_237 19 ASN ND2 98 -0.76 14.0067 + 294 opls_240 19 ASN HD21 98 0.38 1.008 + 295 opls_240 19 ASN HD22 98 0.38 1.008 + 296 opls_235 19 ASN C 99 0.5 12.011 + 297 opls_236 19 ASN O 99 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 20 TYR rtp TYR q 0.0 + 298 opls_238 20 TYR N 100 -0.5 14.0067 + 299 opls_241 20 TYR H 100 0.3 1.008 + 300 opls_224B 20 TYR CA 100 0.14 12.011 + 301 opls_140 20 TYR HA 100 0.06 1.008 + 302 opls_149 20 TYR CB 101 -0.005 12.011 + 303 opls_140 20 TYR HB1 101 0.06 1.008 + 304 opls_140 20 TYR HB2 101 0.06 1.008 + 305 opls_145 20 TYR CG 101 -0.115 12.011 + 306 opls_145 20 TYR CD1 102 -0.115 12.011 + 307 opls_146 20 TYR HD1 102 0.115 1.008 + 308 opls_145 20 TYR CD2 103 -0.115 12.011 + 309 opls_146 20 TYR HD2 103 0.115 1.008 + 310 opls_145 20 TYR CE1 104 -0.115 12.011 + 311 opls_146 20 TYR HE1 104 0.115 1.008 + 312 opls_145 20 TYR CE2 105 -0.115 12.011 + 313 opls_146 20 TYR HE2 105 0.115 1.008 + 314 opls_166 20 TYR CZ 106 0.15 12.011 + 315 opls_167 20 TYR OH 106 -0.585 15.9994 + 316 opls_168 20 TYR HH 106 0.435 1.008 + 317 opls_235 20 TYR C 107 0.5 12.011 + 318 opls_236 20 TYR O 107 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 21 ARG rtp ARG q +1.0 + 319 opls_238 21 ARG N 108 -0.5 14.0067 + 320 opls_241 21 ARG H 108 0.3 1.008 + 321 opls_224B 21 ARG CA 108 0.14 12.011 + 322 opls_140 21 ARG HA 108 0.06 1.008 + 323 opls_136 21 ARG CB 109 -0.12 12.011 + 324 opls_140 21 ARG HB1 109 0.06 1.008 + 325 opls_140 21 ARG HB2 109 0.06 1.008 + 326 opls_308 21 ARG CG 110 -0.05 12.011 + 327 opls_140 21 ARG HG1 110 0.06 1.008 + 328 opls_140 21 ARG HG2 110 0.06 1.008 + 329 opls_307 21 ARG CD 111 0.19 12.011 + 330 opls_140 21 ARG HD1 111 0.06 1.008 + 331 opls_140 21 ARG HD2 111 0.06 1.008 + 332 opls_303 21 ARG NE 112 -0.7 14.0067 + 333 opls_304 21 ARG HE 112 0.44 1.008 + 334 opls_302 21 ARG CZ 112 0.64 12.011 + 335 opls_300 21 ARG NH1 113 -0.8 14.0067 + 336 opls_301 21 ARG HH11 113 0.46 1.008 + 337 opls_301 21 ARG HH12 113 0.46 1.008 + 338 opls_300 21 ARG NH2 114 -0.8 14.0067 + 339 opls_301 21 ARG HH21 114 0.46 1.008 + 340 opls_301 21 ARG HH22 114 0.46 1.008 + 341 opls_235 21 ARG C 115 0.5 12.011 + 342 opls_236 21 ARG O 115 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 22 GLY rtp GLY q 0.0 + 343 opls_238 22 GLY N 116 -0.5 14.0067 + 344 opls_241 22 GLY H 116 0.3 1.008 + 345 opls_223B 22 GLY CA 116 0.08 12.011 + 346 opls_140 22 GLY HA1 116 0.06 1.008 + 347 opls_140 22 GLY HA2 116 0.06 1.008 + 348 opls_235 22 GLY C 117 0.5 12.011 + 349 opls_236 22 GLY O 117 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 23 TYR rtp TYR q 0.0 + 350 opls_238 23 TYR N 118 -0.5 14.0067 + 351 opls_241 23 TYR H 118 0.3 1.008 + 352 opls_224B 23 TYR CA 118 0.14 12.011 + 353 opls_140 23 TYR HA 118 0.06 1.008 + 354 opls_149 23 TYR CB 119 -0.005 12.011 + 355 opls_140 23 TYR HB1 119 0.06 1.008 + 356 opls_140 23 TYR HB2 119 0.06 1.008 + 357 opls_145 23 TYR CG 119 -0.115 12.011 + 358 opls_145 23 TYR CD1 120 -0.115 12.011 + 359 opls_146 23 TYR HD1 120 0.115 1.008 + 360 opls_145 23 TYR CD2 121 -0.115 12.011 + 361 opls_146 23 TYR HD2 121 0.115 1.008 + 362 opls_145 23 TYR CE1 122 -0.115 12.011 + 363 opls_146 23 TYR HE1 122 0.115 1.008 + 364 opls_145 23 TYR CE2 123 -0.115 12.011 + 365 opls_146 23 TYR HE2 123 0.115 1.008 + 366 opls_166 23 TYR CZ 124 0.15 12.011 + 367 opls_167 23 TYR OH 124 -0.585 15.9994 + 368 opls_168 23 TYR HH 124 0.435 1.008 + 369 opls_235 23 TYR C 125 0.5 12.011 + 370 opls_236 23 TYR O 125 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 24 SER rtp SER q 0.0 + 371 opls_238 24 SER N 126 -0.5 14.0067 + 372 opls_241 24 SER H 126 0.3 1.008 + 373 opls_224B 24 SER CA 126 0.14 12.011 + 374 opls_140 24 SER HA 126 0.06 1.008 + 375 opls_157 24 SER CB 127 0.145 12.011 + 376 opls_140 24 SER HB1 127 0.06 1.008 + 377 opls_140 24 SER HB2 127 0.06 1.008 + 378 opls_154 24 SER OG 128 -0.683 15.9994 + 379 opls_155 24 SER HG 128 0.418 1.008 + 380 opls_235 24 SER C 129 0.5 12.011 + 381 opls_236 24 SER O 129 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 25 LEU rtp LEU q 0.0 + 382 opls_238 25 LEU N 130 -0.5 14.0067 + 383 opls_241 25 LEU H 130 0.3 1.008 + 384 opls_224B 25 LEU CA 130 0.14 12.011 + 385 opls_140 25 LEU HA 130 0.06 1.008 + 386 opls_136 25 LEU CB 131 -0.12 12.011 + 387 opls_140 25 LEU HB1 131 0.06 1.008 + 388 opls_140 25 LEU HB2 131 0.06 1.008 + 389 opls_137 25 LEU CG 132 -0.06 12.011 + 390 opls_140 25 LEU HG 132 0.06 1.008 + 391 opls_135 25 LEU CD1 133 -0.18 12.011 + 392 opls_140 25 LEU HD11 133 0.06 1.008 + 393 opls_140 25 LEU HD12 133 0.06 1.008 + 394 opls_140 25 LEU HD13 133 0.06 1.008 + 395 opls_135 25 LEU CD2 134 -0.18 12.011 + 396 opls_140 25 LEU HD21 134 0.06 1.008 + 397 opls_140 25 LEU HD22 134 0.06 1.008 + 398 opls_140 25 LEU HD23 134 0.06 1.008 + 399 opls_235 25 LEU C 135 0.5 12.011 + 400 opls_236 25 LEU O 135 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 26 GLY rtp GLY q 0.0 + 401 opls_238 26 GLY N 136 -0.5 14.0067 + 402 opls_241 26 GLY H 136 0.3 1.008 + 403 opls_223B 26 GLY CA 136 0.08 12.011 + 404 opls_140 26 GLY HA1 136 0.06 1.008 + 405 opls_140 26 GLY HA2 136 0.06 1.008 + 406 opls_235 26 GLY C 137 0.5 12.011 + 407 opls_236 26 GLY O 137 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 27 ASN rtp ASN q 0.0 + 408 opls_238 27 ASN N 138 -0.5 14.0067 + 409 opls_241 27 ASN H 138 0.3 1.008 + 410 opls_224B 27 ASN CA 139 0.14 12.011 + 411 opls_140 27 ASN HA 139 0.06 1.008 + 412 opls_136 27 ASN CB 140 -0.12 12.011 + 413 opls_140 27 ASN HB1 140 0.06 1.008 + 414 opls_140 27 ASN HB2 140 0.06 1.008 + 415 opls_235 27 ASN CG 141 0.5 12.011 + 416 opls_236 27 ASN OD1 141 -0.5 15.9994 + 417 opls_237 27 ASN ND2 142 -0.76 14.0067 + 418 opls_240 27 ASN HD21 142 0.38 1.008 + 419 opls_240 27 ASN HD22 142 0.38 1.008 + 420 opls_235 27 ASN C 143 0.5 12.011 + 421 opls_236 27 ASN O 143 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 28 TRP rtp TRP q 0.0 + 422 opls_238 28 TRP N 144 -0.5 14.0067 + 423 opls_241 28 TRP H 144 0.3 1.008 + 424 opls_224B 28 TRP CA 144 0.14 12.011 + 425 opls_140 28 TRP HA 144 0.06 1.008 + 426 opls_136 28 TRP CB 145 -0.12 12.011 + 427 opls_140 28 TRP HB1 145 0.06 1.008 + 428 opls_140 28 TRP HB2 145 0.06 1.008 + 429 opls_500 28 TRP CG 146 0.075 12.011 + 430 opls_514 28 TRP CD1 147 -0.115 12.011 + 431 opls_146 28 TRP HD1 147 0.115 1.008 + 432 opls_501 28 TRP CD2 148 -0.055 12.011 + 433 opls_503 28 TRP NE1 149 -0.57 14.0067 + 434 opls_504 28 TRP HE1 149 0.42 1.008 + 435 opls_502 28 TRP CE2 149 0.13 12.011 + 436 opls_145 28 TRP CE3 150 -0.115 12.011 + 437 opls_146 28 TRP HE3 150 0.115 1.008 + 438 opls_145 28 TRP CZ2 151 -0.115 12.011 + 439 opls_146 28 TRP HZ2 151 0.115 1.008 + 440 opls_145 28 TRP CZ3 152 -0.115 12.011 + 441 opls_146 28 TRP HZ3 152 0.115 1.008 + 442 opls_145 28 TRP CH2 153 -0.115 12.011 + 443 opls_146 28 TRP HH2 153 0.115 1.008 + 444 opls_235 28 TRP C 154 0.5 12.011 + 445 opls_236 28 TRP O 154 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 29 VAL rtp VAL q 0.0 + 446 opls_238 29 VAL N 155 -0.5 14.0067 + 447 opls_241 29 VAL H 155 0.3 1.008 + 448 opls_224B 29 VAL CA 155 0.14 12.011 + 449 opls_140 29 VAL HA 155 0.06 1.008 + 450 opls_137 29 VAL CB 156 -0.06 12.011 + 451 opls_140 29 VAL HB 156 0.06 1.008 + 452 opls_135 29 VAL CG1 157 -0.18 12.011 + 453 opls_140 29 VAL HG11 157 0.06 1.008 + 454 opls_140 29 VAL HG12 157 0.06 1.008 + 455 opls_140 29 VAL HG13 157 0.06 1.008 + 456 opls_135 29 VAL CG2 158 -0.18 12.011 + 457 opls_140 29 VAL HG21 158 0.06 1.008 + 458 opls_140 29 VAL HG22 158 0.06 1.008 + 459 opls_140 29 VAL HG23 158 0.06 1.008 + 460 opls_235 29 VAL C 159 0.5 12.011 + 461 opls_236 29 VAL O 159 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 30 CYS rtp CYS2 q 0.0 + 462 opls_238 30 CYS N 160 -0.5 14.0067 + 463 opls_241 30 CYS H 160 0.3 1.008 + 464 opls_224B 30 CYS CA 160 0.14 12.011 + 465 opls_140 30 CYS HA 160 0.06 1.008 + 466 opls_214 30 CYS CB 161 0.0975 12.011 + 467 opls_140 30 CYS HB1 161 0.06 1.008 + 468 opls_140 30 CYS HB2 161 0.06 1.008 + 469 opls_203 30 CYS SG 161 -0.2175 32.06 + 470 opls_235 30 CYS C 162 0.5 12.011 + 471 opls_236 30 CYS O 162 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 31 ALA rtp ALA q 0.0 + 472 opls_238 31 ALA N 163 -0.5 14.0067 + 473 opls_241 31 ALA H 163 0.3 1.008 + 474 opls_224B 31 ALA CA 163 0.14 12.011 + 475 opls_140 31 ALA HA 163 0.06 1.008 + 476 opls_135 31 ALA CB 164 -0.18 12.011 + 477 opls_140 31 ALA HB1 164 0.06 1.008 + 478 opls_140 31 ALA HB2 164 0.06 1.008 + 479 opls_140 31 ALA HB3 164 0.06 1.008 + 480 opls_235 31 ALA C 165 0.5 12.011 + 481 opls_236 31 ALA O 165 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 32 ALA rtp ALA q 0.0 + 482 opls_238 32 ALA N 166 -0.5 14.0067 + 483 opls_241 32 ALA H 166 0.3 1.008 + 484 opls_224B 32 ALA CA 166 0.14 12.011 + 485 opls_140 32 ALA HA 166 0.06 1.008 + 486 opls_135 32 ALA CB 167 -0.18 12.011 + 487 opls_140 32 ALA HB1 167 0.06 1.008 + 488 opls_140 32 ALA HB2 167 0.06 1.008 + 489 opls_140 32 ALA HB3 167 0.06 1.008 + 490 opls_235 32 ALA C 168 0.5 12.011 + 491 opls_236 32 ALA O 168 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 33 LYS rtp LYSH q +1.0 + 492 opls_238 33 LYS N 169 -0.5 14.0067 + 493 opls_241 33 LYS H 169 0.3 1.008 + 494 opls_224B 33 LYS CA 169 0.14 12.011 + 495 opls_140 33 LYS HA 169 0.06 1.008 + 496 opls_136 33 LYS CB 170 -0.12 12.011 + 497 opls_140 33 LYS HB1 170 0.06 1.008 + 498 opls_140 33 LYS HB2 170 0.06 1.008 + 499 opls_136 33 LYS CG 171 -0.12 12.011 + 500 opls_140 33 LYS HG1 171 0.06 1.008 + 501 opls_140 33 LYS HG2 171 0.06 1.008 + 502 opls_136 33 LYS CD 172 -0.12 12.011 + 503 opls_140 33 LYS HD1 172 0.06 1.008 + 504 opls_140 33 LYS HD2 172 0.06 1.008 + 505 opls_292 33 LYS CE 173 0.19 12.011 + 506 opls_140 33 LYS HE1 173 0.06 1.008 + 507 opls_140 33 LYS HE2 173 0.06 1.008 + 508 opls_287 33 LYS NZ 174 -0.3 14.0067 + 509 opls_290 33 LYS HZ1 174 0.33 1.008 + 510 opls_290 33 LYS HZ2 174 0.33 1.008 + 511 opls_290 33 LYS HZ3 174 0.33 1.008 + 512 opls_235 33 LYS C 175 0.5 12.011 + 513 opls_236 33 LYS O 175 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 34 PHE rtp PHE q 0.0 + 514 opls_238 34 PHE N 176 -0.5 14.0067 + 515 opls_241 34 PHE H 176 0.3 1.008 + 516 opls_224B 34 PHE CA 176 0.14 12.011 + 517 opls_140 34 PHE HA 176 0.06 1.008 + 518 opls_149 34 PHE CB 177 -0.005 12.011 + 519 opls_140 34 PHE HB1 177 0.06 1.008 + 520 opls_140 34 PHE HB2 177 0.06 1.008 + 521 opls_145 34 PHE CG 177 -0.115 12.011 + 522 opls_145 34 PHE CD1 178 -0.115 12.011 + 523 opls_146 34 PHE HD1 178 0.115 1.008 + 524 opls_145 34 PHE CD2 179 -0.115 12.011 + 525 opls_146 34 PHE HD2 179 0.115 1.008 + 526 opls_145 34 PHE CE1 180 -0.115 12.011 + 527 opls_146 34 PHE HE1 180 0.115 1.008 + 528 opls_145 34 PHE CE2 181 -0.115 12.011 + 529 opls_146 34 PHE HE2 181 0.115 1.008 + 530 opls_145 34 PHE CZ 182 -0.115 12.011 + 531 opls_146 34 PHE HZ 182 0.115 1.008 + 532 opls_235 34 PHE C 183 0.5 12.011 + 533 opls_236 34 PHE O 183 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 35 GLU rtp GLU q -1.0 + 534 opls_238 35 GLU N 184 -0.5 14.0067 + 535 opls_241 35 GLU H 184 0.3 1.008 + 536 opls_224B 35 GLU CA 184 0.14 12.011 + 537 opls_140 35 GLU HA 184 0.06 1.008 + 538 opls_136 35 GLU CB 185 -0.12 12.011 + 539 opls_140 35 GLU HB1 185 0.06 1.008 + 540 opls_140 35 GLU HB2 185 0.06 1.008 + 541 opls_274 35 GLU CG 186 -0.22 12.011 + 542 opls_140 35 GLU HG1 186 0.06 1.008 + 543 opls_140 35 GLU HG2 186 0.06 1.008 + 544 opls_271 35 GLU CD 187 0.7 12.011 + 545 opls_272 35 GLU OE1 187 -0.8 15.9994 + 546 opls_272 35 GLU OE2 187 -0.8 15.9994 + 547 opls_235 35 GLU C 188 0.5 12.011 + 548 opls_236 35 GLU O 188 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 36 SER rtp SER q 0.0 + 549 opls_238 36 SER N 189 -0.5 14.0067 + 550 opls_241 36 SER H 189 0.3 1.008 + 551 opls_224B 36 SER CA 189 0.14 12.011 + 552 opls_140 36 SER HA 189 0.06 1.008 + 553 opls_157 36 SER CB 190 0.145 12.011 + 554 opls_140 36 SER HB1 190 0.06 1.008 + 555 opls_140 36 SER HB2 190 0.06 1.008 + 556 opls_154 36 SER OG 191 -0.683 15.9994 + 557 opls_155 36 SER HG 191 0.418 1.008 + 558 opls_235 36 SER C 192 0.5 12.011 + 559 opls_236 36 SER O 192 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 37 ASN rtp ASN q 0.0 + 560 opls_238 37 ASN N 193 -0.5 14.0067 + 561 opls_241 37 ASN H 193 0.3 1.008 + 562 opls_224B 37 ASN CA 194 0.14 12.011 + 563 opls_140 37 ASN HA 194 0.06 1.008 + 564 opls_136 37 ASN CB 195 -0.12 12.011 + 565 opls_140 37 ASN HB1 195 0.06 1.008 + 566 opls_140 37 ASN HB2 195 0.06 1.008 + 567 opls_235 37 ASN CG 196 0.5 12.011 + 568 opls_236 37 ASN OD1 196 -0.5 15.9994 + 569 opls_237 37 ASN ND2 197 -0.76 14.0067 + 570 opls_240 37 ASN HD21 197 0.38 1.008 + 571 opls_240 37 ASN HD22 197 0.38 1.008 + 572 opls_235 37 ASN C 198 0.5 12.011 + 573 opls_236 37 ASN O 198 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 38 PHE rtp PHE q 0.0 + 574 opls_238 38 PHE N 199 -0.5 14.0067 + 575 opls_241 38 PHE H 199 0.3 1.008 + 576 opls_224B 38 PHE CA 199 0.14 12.011 + 577 opls_140 38 PHE HA 199 0.06 1.008 + 578 opls_149 38 PHE CB 200 -0.005 12.011 + 579 opls_140 38 PHE HB1 200 0.06 1.008 + 580 opls_140 38 PHE HB2 200 0.06 1.008 + 581 opls_145 38 PHE CG 200 -0.115 12.011 + 582 opls_145 38 PHE CD1 201 -0.115 12.011 + 583 opls_146 38 PHE HD1 201 0.115 1.008 + 584 opls_145 38 PHE CD2 202 -0.115 12.011 + 585 opls_146 38 PHE HD2 202 0.115 1.008 + 586 opls_145 38 PHE CE1 203 -0.115 12.011 + 587 opls_146 38 PHE HE1 203 0.115 1.008 + 588 opls_145 38 PHE CE2 204 -0.115 12.011 + 589 opls_146 38 PHE HE2 204 0.115 1.008 + 590 opls_145 38 PHE CZ 205 -0.115 12.011 + 591 opls_146 38 PHE HZ 205 0.115 1.008 + 592 opls_235 38 PHE C 206 0.5 12.011 + 593 opls_236 38 PHE O 206 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 39 ASN rtp ASN q 0.0 + 594 opls_238 39 ASN N 207 -0.5 14.0067 + 595 opls_241 39 ASN H 207 0.3 1.008 + 596 opls_224B 39 ASN CA 208 0.14 12.011 + 597 opls_140 39 ASN HA 208 0.06 1.008 + 598 opls_136 39 ASN CB 209 -0.12 12.011 + 599 opls_140 39 ASN HB1 209 0.06 1.008 + 600 opls_140 39 ASN HB2 209 0.06 1.008 + 601 opls_235 39 ASN CG 210 0.5 12.011 + 602 opls_236 39 ASN OD1 210 -0.5 15.9994 + 603 opls_237 39 ASN ND2 211 -0.76 14.0067 + 604 opls_240 39 ASN HD21 211 0.38 1.008 + 605 opls_240 39 ASN HD22 211 0.38 1.008 + 606 opls_235 39 ASN C 212 0.5 12.011 + 607 opls_236 39 ASN O 212 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 40 THR rtp THR q 0.0 + 608 opls_238 40 THR N 213 -0.5 14.0067 + 609 opls_241 40 THR H 213 0.3 1.008 + 610 opls_224B 40 THR CA 213 0.14 12.011 + 611 opls_140 40 THR HA 213 0.06 1.008 + 612 opls_158 40 THR CB 214 0.205 12.011 + 613 opls_140 40 THR HB 214 0.06 1.008 + 614 opls_154 40 THR OG1 214 -0.683 15.9994 + 615 opls_155 40 THR HG1 214 0.418 1.008 + 616 opls_135 40 THR CG2 215 -0.18 12.011 + 617 opls_140 40 THR HG21 215 0.06 1.008 + 618 opls_140 40 THR HG22 215 0.06 1.008 + 619 opls_140 40 THR HG23 215 0.06 1.008 + 620 opls_235 40 THR C 216 0.5 12.011 + 621 opls_236 40 THR O 216 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 41 GLN rtp GLN q 0.0 + 622 opls_238 41 GLN N 217 -0.5 14.0067 + 623 opls_241 41 GLN H 217 0.3 1.008 + 624 opls_224B 41 GLN CA 218 0.14 12.011 + 625 opls_140 41 GLN HA 218 0.06 1.008 + 626 opls_136 41 GLN CB 219 -0.12 12.011 + 627 opls_140 41 GLN HB1 219 0.06 1.008 + 628 opls_140 41 GLN HB2 219 0.06 1.008 + 629 opls_136 41 GLN CG 220 -0.12 12.011 + 630 opls_140 41 GLN HG1 220 0.06 1.008 + 631 opls_140 41 GLN HG2 220 0.06 1.008 + 632 opls_235 41 GLN CD 221 0.5 12.011 + 633 opls_236 41 GLN OE1 221 -0.5 15.9994 + 634 opls_237 41 GLN NE2 222 -0.76 14.0067 + 635 opls_240 41 GLN HE21 222 0.38 1.008 + 636 opls_240 41 GLN HE22 222 0.38 1.008 + 637 opls_235 41 GLN C 223 0.5 12.011 + 638 opls_236 41 GLN O 223 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 42 ALA rtp ALA q 0.0 + 639 opls_238 42 ALA N 224 -0.5 14.0067 + 640 opls_241 42 ALA H 224 0.3 1.008 + 641 opls_224B 42 ALA CA 224 0.14 12.011 + 642 opls_140 42 ALA HA 224 0.06 1.008 + 643 opls_135 42 ALA CB 225 -0.18 12.011 + 644 opls_140 42 ALA HB1 225 0.06 1.008 + 645 opls_140 42 ALA HB2 225 0.06 1.008 + 646 opls_140 42 ALA HB3 225 0.06 1.008 + 647 opls_235 42 ALA C 226 0.5 12.011 + 648 opls_236 42 ALA O 226 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 43 THR rtp THR q 0.0 + 649 opls_238 43 THR N 227 -0.5 14.0067 + 650 opls_241 43 THR H 227 0.3 1.008 + 651 opls_224B 43 THR CA 227 0.14 12.011 + 652 opls_140 43 THR HA 227 0.06 1.008 + 653 opls_158 43 THR CB 228 0.205 12.011 + 654 opls_140 43 THR HB 228 0.06 1.008 + 655 opls_154 43 THR OG1 228 -0.683 15.9994 + 656 opls_155 43 THR HG1 228 0.418 1.008 + 657 opls_135 43 THR CG2 229 -0.18 12.011 + 658 opls_140 43 THR HG21 229 0.06 1.008 + 659 opls_140 43 THR HG22 229 0.06 1.008 + 660 opls_140 43 THR HG23 229 0.06 1.008 + 661 opls_235 43 THR C 230 0.5 12.011 + 662 opls_236 43 THR O 230 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 44 ASN rtp ASN q 0.0 + 663 opls_238 44 ASN N 231 -0.5 14.0067 + 664 opls_241 44 ASN H 231 0.3 1.008 + 665 opls_224B 44 ASN CA 232 0.14 12.011 + 666 opls_140 44 ASN HA 232 0.06 1.008 + 667 opls_136 44 ASN CB 233 -0.12 12.011 + 668 opls_140 44 ASN HB1 233 0.06 1.008 + 669 opls_140 44 ASN HB2 233 0.06 1.008 + 670 opls_235 44 ASN CG 234 0.5 12.011 + 671 opls_236 44 ASN OD1 234 -0.5 15.9994 + 672 opls_237 44 ASN ND2 235 -0.76 14.0067 + 673 opls_240 44 ASN HD21 235 0.38 1.008 + 674 opls_240 44 ASN HD22 235 0.38 1.008 + 675 opls_235 44 ASN C 236 0.5 12.011 + 676 opls_236 44 ASN O 236 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 45 ARG rtp ARG q +1.0 + 677 opls_238 45 ARG N 237 -0.5 14.0067 + 678 opls_241 45 ARG H 237 0.3 1.008 + 679 opls_224B 45 ARG CA 237 0.14 12.011 + 680 opls_140 45 ARG HA 237 0.06 1.008 + 681 opls_136 45 ARG CB 238 -0.12 12.011 + 682 opls_140 45 ARG HB1 238 0.06 1.008 + 683 opls_140 45 ARG HB2 238 0.06 1.008 + 684 opls_308 45 ARG CG 239 -0.05 12.011 + 685 opls_140 45 ARG HG1 239 0.06 1.008 + 686 opls_140 45 ARG HG2 239 0.06 1.008 + 687 opls_307 45 ARG CD 240 0.19 12.011 + 688 opls_140 45 ARG HD1 240 0.06 1.008 + 689 opls_140 45 ARG HD2 240 0.06 1.008 + 690 opls_303 45 ARG NE 241 -0.7 14.0067 + 691 opls_304 45 ARG HE 241 0.44 1.008 + 692 opls_302 45 ARG CZ 241 0.64 12.011 + 693 opls_300 45 ARG NH1 242 -0.8 14.0067 + 694 opls_301 45 ARG HH11 242 0.46 1.008 + 695 opls_301 45 ARG HH12 242 0.46 1.008 + 696 opls_300 45 ARG NH2 243 -0.8 14.0067 + 697 opls_301 45 ARG HH21 243 0.46 1.008 + 698 opls_301 45 ARG HH22 243 0.46 1.008 + 699 opls_235 45 ARG C 244 0.5 12.011 + 700 opls_236 45 ARG O 244 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 46 ASN rtp ASN q 0.0 + 701 opls_238 46 ASN N 245 -0.5 14.0067 + 702 opls_241 46 ASN H 245 0.3 1.008 + 703 opls_224B 46 ASN CA 246 0.14 12.011 + 704 opls_140 46 ASN HA 246 0.06 1.008 + 705 opls_136 46 ASN CB 247 -0.12 12.011 + 706 opls_140 46 ASN HB1 247 0.06 1.008 + 707 opls_140 46 ASN HB2 247 0.06 1.008 + 708 opls_235 46 ASN CG 248 0.5 12.011 + 709 opls_236 46 ASN OD1 248 -0.5 15.9994 + 710 opls_237 46 ASN ND2 249 -0.76 14.0067 + 711 opls_240 46 ASN HD21 249 0.38 1.008 + 712 opls_240 46 ASN HD22 249 0.38 1.008 + 713 opls_235 46 ASN C 250 0.5 12.011 + 714 opls_236 46 ASN O 250 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 47 THR rtp THR q 0.0 + 715 opls_238 47 THR N 251 -0.5 14.0067 + 716 opls_241 47 THR H 251 0.3 1.008 + 717 opls_224B 47 THR CA 251 0.14 12.011 + 718 opls_140 47 THR HA 251 0.06 1.008 + 719 opls_158 47 THR CB 252 0.205 12.011 + 720 opls_140 47 THR HB 252 0.06 1.008 + 721 opls_154 47 THR OG1 252 -0.683 15.9994 + 722 opls_155 47 THR HG1 252 0.418 1.008 + 723 opls_135 47 THR CG2 253 -0.18 12.011 + 724 opls_140 47 THR HG21 253 0.06 1.008 + 725 opls_140 47 THR HG22 253 0.06 1.008 + 726 opls_140 47 THR HG23 253 0.06 1.008 + 727 opls_235 47 THR C 254 0.5 12.011 + 728 opls_236 47 THR O 254 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 48 ASP rtp ASP q -1.0 + 729 opls_238 48 ASP N 255 -0.5 14.0067 + 730 opls_241 48 ASP H 255 0.3 1.008 + 731 opls_224B 48 ASP CA 255 0.14 12.011 + 732 opls_140 48 ASP HA 255 0.06 1.008 + 733 opls_274 48 ASP CB 256 -0.22 12.011 + 734 opls_140 48 ASP HB1 256 0.06 1.008 + 735 opls_140 48 ASP HB2 256 0.06 1.008 + 736 opls_271 48 ASP CG 257 0.7 12.011 + 737 opls_272 48 ASP OD1 257 -0.8 15.9994 + 738 opls_272 48 ASP OD2 257 -0.8 15.9994 + 739 opls_235 48 ASP C 258 0.5 12.011 + 740 opls_236 48 ASP O 258 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 49 GLY rtp GLY q 0.0 + 741 opls_238 49 GLY N 259 -0.5 14.0067 + 742 opls_241 49 GLY H 259 0.3 1.008 + 743 opls_223B 49 GLY CA 259 0.08 12.011 + 744 opls_140 49 GLY HA1 259 0.06 1.008 + 745 opls_140 49 GLY HA2 259 0.06 1.008 + 746 opls_235 49 GLY C 260 0.5 12.011 + 747 opls_236 49 GLY O 260 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 50 SER rtp SER q 0.0 + 748 opls_238 50 SER N 261 -0.5 14.0067 + 749 opls_241 50 SER H 261 0.3 1.008 + 750 opls_224B 50 SER CA 261 0.14 12.011 + 751 opls_140 50 SER HA 261 0.06 1.008 + 752 opls_157 50 SER CB 262 0.145 12.011 + 753 opls_140 50 SER HB1 262 0.06 1.008 + 754 opls_140 50 SER HB2 262 0.06 1.008 + 755 opls_154 50 SER OG 263 -0.683 15.9994 + 756 opls_155 50 SER HG 263 0.418 1.008 + 757 opls_235 50 SER C 264 0.5 12.011 + 758 opls_236 50 SER O 264 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 51 THR rtp THR q 0.0 + 759 opls_238 51 THR N 265 -0.5 14.0067 + 760 opls_241 51 THR H 265 0.3 1.008 + 761 opls_224B 51 THR CA 265 0.14 12.011 + 762 opls_140 51 THR HA 265 0.06 1.008 + 763 opls_158 51 THR CB 266 0.205 12.011 + 764 opls_140 51 THR HB 266 0.06 1.008 + 765 opls_154 51 THR OG1 266 -0.683 15.9994 + 766 opls_155 51 THR HG1 266 0.418 1.008 + 767 opls_135 51 THR CG2 267 -0.18 12.011 + 768 opls_140 51 THR HG21 267 0.06 1.008 + 769 opls_140 51 THR HG22 267 0.06 1.008 + 770 opls_140 51 THR HG23 267 0.06 1.008 + 771 opls_235 51 THR C 268 0.5 12.011 + 772 opls_236 51 THR O 268 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 52 ASP rtp ASP q -1.0 + 773 opls_238 52 ASP N 269 -0.5 14.0067 + 774 opls_241 52 ASP H 269 0.3 1.008 + 775 opls_224B 52 ASP CA 269 0.14 12.011 + 776 opls_140 52 ASP HA 269 0.06 1.008 + 777 opls_274 52 ASP CB 270 -0.22 12.011 + 778 opls_140 52 ASP HB1 270 0.06 1.008 + 779 opls_140 52 ASP HB2 270 0.06 1.008 + 780 opls_271 52 ASP CG 271 0.7 12.011 + 781 opls_272 52 ASP OD1 271 -0.8 15.9994 + 782 opls_272 52 ASP OD2 271 -0.8 15.9994 + 783 opls_235 52 ASP C 272 0.5 12.011 + 784 opls_236 52 ASP O 272 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0 + 785 opls_238 53 TYR N 273 -0.5 14.0067 + 786 opls_241 53 TYR H 273 0.3 1.008 + 787 opls_224B 53 TYR CA 273 0.14 12.011 + 788 opls_140 53 TYR HA 273 0.06 1.008 + 789 opls_149 53 TYR CB 274 -0.005 12.011 + 790 opls_140 53 TYR HB1 274 0.06 1.008 + 791 opls_140 53 TYR HB2 274 0.06 1.008 + 792 opls_145 53 TYR CG 274 -0.115 12.011 + 793 opls_145 53 TYR CD1 275 -0.115 12.011 + 794 opls_146 53 TYR HD1 275 0.115 1.008 + 795 opls_145 53 TYR CD2 276 -0.115 12.011 + 796 opls_146 53 TYR HD2 276 0.115 1.008 + 797 opls_145 53 TYR CE1 277 -0.115 12.011 + 798 opls_146 53 TYR HE1 277 0.115 1.008 + 799 opls_145 53 TYR CE2 278 -0.115 12.011 + 800 opls_146 53 TYR HE2 278 0.115 1.008 + 801 opls_166 53 TYR CZ 279 0.15 12.011 + 802 opls_167 53 TYR OH 279 -0.585 15.9994 + 803 opls_168 53 TYR HH 279 0.435 1.008 + 804 opls_235 53 TYR C 280 0.5 12.011 + 805 opls_236 53 TYR O 280 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 54 GLY rtp GLY q 0.0 + 806 opls_238 54 GLY N 281 -0.5 14.0067 + 807 opls_241 54 GLY H 281 0.3 1.008 + 808 opls_223B 54 GLY CA 281 0.08 12.011 + 809 opls_140 54 GLY HA1 281 0.06 1.008 + 810 opls_140 54 GLY HA2 281 0.06 1.008 + 811 opls_235 54 GLY C 282 0.5 12.011 + 812 opls_236 54 GLY O 282 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 55 ILE rtp ILE q 0.0 + 813 opls_238 55 ILE N 283 -0.5 14.0067 + 814 opls_241 55 ILE H 283 0.3 1.008 + 815 opls_224B 55 ILE CA 283 0.14 12.011 + 816 opls_140 55 ILE HA 283 0.06 1.008 + 817 opls_137 55 ILE CB 284 -0.06 12.011 + 818 opls_140 55 ILE HB 284 0.06 1.008 + 819 opls_136 55 ILE CG1 285 -0.12 12.011 + 820 opls_140 55 ILE HG11 285 0.06 1.008 + 821 opls_140 55 ILE HG12 285 0.06 1.008 + 822 opls_135 55 ILE CG2 286 -0.18 12.011 + 823 opls_140 55 ILE HG21 286 0.06 1.008 + 824 opls_140 55 ILE HG22 286 0.06 1.008 + 825 opls_140 55 ILE HG23 286 0.06 1.008 + 826 opls_135 55 ILE CD 287 -0.18 12.011 + 827 opls_140 55 ILE HD1 287 0.06 1.008 + 828 opls_140 55 ILE HD2 287 0.06 1.008 + 829 opls_140 55 ILE HD3 287 0.06 1.008 + 830 opls_235 55 ILE C 288 0.5 12.011 + 831 opls_236 55 ILE O 288 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 56 LEU rtp LEU q 0.0 + 832 opls_238 56 LEU N 289 -0.5 14.0067 + 833 opls_241 56 LEU H 289 0.3 1.008 + 834 opls_224B 56 LEU CA 289 0.14 12.011 + 835 opls_140 56 LEU HA 289 0.06 1.008 + 836 opls_136 56 LEU CB 290 -0.12 12.011 + 837 opls_140 56 LEU HB1 290 0.06 1.008 + 838 opls_140 56 LEU HB2 290 0.06 1.008 + 839 opls_137 56 LEU CG 291 -0.06 12.011 + 840 opls_140 56 LEU HG 291 0.06 1.008 + 841 opls_135 56 LEU CD1 292 -0.18 12.011 + 842 opls_140 56 LEU HD11 292 0.06 1.008 + 843 opls_140 56 LEU HD12 292 0.06 1.008 + 844 opls_140 56 LEU HD13 292 0.06 1.008 + 845 opls_135 56 LEU CD2 293 -0.18 12.011 + 846 opls_140 56 LEU HD21 293 0.06 1.008 + 847 opls_140 56 LEU HD22 293 0.06 1.008 + 848 opls_140 56 LEU HD23 293 0.06 1.008 + 849 opls_235 56 LEU C 294 0.5 12.011 + 850 opls_236 56 LEU O 294 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 57 GLN rtp GLN q 0.0 + 851 opls_238 57 GLN N 295 -0.5 14.0067 + 852 opls_241 57 GLN H 295 0.3 1.008 + 853 opls_224B 57 GLN CA 296 0.14 12.011 + 854 opls_140 57 GLN HA 296 0.06 1.008 + 855 opls_136 57 GLN CB 297 -0.12 12.011 + 856 opls_140 57 GLN HB1 297 0.06 1.008 + 857 opls_140 57 GLN HB2 297 0.06 1.008 + 858 opls_136 57 GLN CG 298 -0.12 12.011 + 859 opls_140 57 GLN HG1 298 0.06 1.008 + 860 opls_140 57 GLN HG2 298 0.06 1.008 + 861 opls_235 57 GLN CD 299 0.5 12.011 + 862 opls_236 57 GLN OE1 299 -0.5 15.9994 + 863 opls_237 57 GLN NE2 300 -0.76 14.0067 + 864 opls_240 57 GLN HE21 300 0.38 1.008 + 865 opls_240 57 GLN HE22 300 0.38 1.008 + 866 opls_235 57 GLN C 301 0.5 12.011 + 867 opls_236 57 GLN O 301 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 58 ILE rtp ILE q 0.0 + 868 opls_238 58 ILE N 302 -0.5 14.0067 + 869 opls_241 58 ILE H 302 0.3 1.008 + 870 opls_224B 58 ILE CA 302 0.14 12.011 + 871 opls_140 58 ILE HA 302 0.06 1.008 + 872 opls_137 58 ILE CB 303 -0.06 12.011 + 873 opls_140 58 ILE HB 303 0.06 1.008 + 874 opls_136 58 ILE CG1 304 -0.12 12.011 + 875 opls_140 58 ILE HG11 304 0.06 1.008 + 876 opls_140 58 ILE HG12 304 0.06 1.008 + 877 opls_135 58 ILE CG2 305 -0.18 12.011 + 878 opls_140 58 ILE HG21 305 0.06 1.008 + 879 opls_140 58 ILE HG22 305 0.06 1.008 + 880 opls_140 58 ILE HG23 305 0.06 1.008 + 881 opls_135 58 ILE CD 306 -0.18 12.011 + 882 opls_140 58 ILE HD1 306 0.06 1.008 + 883 opls_140 58 ILE HD2 306 0.06 1.008 + 884 opls_140 58 ILE HD3 306 0.06 1.008 + 885 opls_235 58 ILE C 307 0.5 12.011 + 886 opls_236 58 ILE O 307 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 59 ASN rtp ASN q 0.0 + 887 opls_238 59 ASN N 308 -0.5 14.0067 + 888 opls_241 59 ASN H 308 0.3 1.008 + 889 opls_224B 59 ASN CA 309 0.14 12.011 + 890 opls_140 59 ASN HA 309 0.06 1.008 + 891 opls_136 59 ASN CB 310 -0.12 12.011 + 892 opls_140 59 ASN HB1 310 0.06 1.008 + 893 opls_140 59 ASN HB2 310 0.06 1.008 + 894 opls_235 59 ASN CG 311 0.5 12.011 + 895 opls_236 59 ASN OD1 311 -0.5 15.9994 + 896 opls_237 59 ASN ND2 312 -0.76 14.0067 + 897 opls_240 59 ASN HD21 312 0.38 1.008 + 898 opls_240 59 ASN HD22 312 0.38 1.008 + 899 opls_235 59 ASN C 313 0.5 12.011 + 900 opls_236 59 ASN O 313 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 60 SER rtp SER q 0.0 + 901 opls_238 60 SER N 314 -0.5 14.0067 + 902 opls_241 60 SER H 314 0.3 1.008 + 903 opls_224B 60 SER CA 314 0.14 12.011 + 904 opls_140 60 SER HA 314 0.06 1.008 + 905 opls_157 60 SER CB 315 0.145 12.011 + 906 opls_140 60 SER HB1 315 0.06 1.008 + 907 opls_140 60 SER HB2 315 0.06 1.008 + 908 opls_154 60 SER OG 316 -0.683 15.9994 + 909 opls_155 60 SER HG 316 0.418 1.008 + 910 opls_235 60 SER C 317 0.5 12.011 + 911 opls_236 60 SER O 317 -0.5 15.9994 ; qtot 3 +; residue 61 ARG rtp ARG q +1.0 + 912 opls_238 61 ARG N 318 -0.5 14.0067 + 913 opls_241 61 ARG H 318 0.3 1.008 + 914 opls_224B 61 ARG CA 318 0.14 12.011 + 915 opls_140 61 ARG HA 318 0.06 1.008 + 916 opls_136 61 ARG CB 319 -0.12 12.011 + 917 opls_140 61 ARG HB1 319 0.06 1.008 + 918 opls_140 61 ARG HB2 319 0.06 1.008 + 919 opls_308 61 ARG CG 320 -0.05 12.011 + 920 opls_140 61 ARG HG1 320 0.06 1.008 + 921 opls_140 61 ARG HG2 320 0.06 1.008 + 922 opls_307 61 ARG CD 321 0.19 12.011 + 923 opls_140 61 ARG HD1 321 0.06 1.008 + 924 opls_140 61 ARG HD2 321 0.06 1.008 + 925 opls_303 61 ARG NE 322 -0.7 14.0067 + 926 opls_304 61 ARG HE 322 0.44 1.008 + 927 opls_302 61 ARG CZ 322 0.64 12.011 + 928 opls_300 61 ARG NH1 323 -0.8 14.0067 + 929 opls_301 61 ARG HH11 323 0.46 1.008 + 930 opls_301 61 ARG HH12 323 0.46 1.008 + 931 opls_300 61 ARG NH2 324 -0.8 14.0067 + 932 opls_301 61 ARG HH21 324 0.46 1.008 + 933 opls_301 61 ARG HH22 324 0.46 1.008 + 934 opls_235 61 ARG C 325 0.5 12.011 + 935 opls_236 61 ARG O 325 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 62 TRP rtp TRP q 0.0 + 936 opls_238 62 TRP N 326 -0.5 14.0067 + 937 opls_241 62 TRP H 326 0.3 1.008 + 938 opls_224B 62 TRP CA 326 0.14 12.011 + 939 opls_140 62 TRP HA 326 0.06 1.008 + 940 opls_136 62 TRP CB 327 -0.12 12.011 + 941 opls_140 62 TRP HB1 327 0.06 1.008 + 942 opls_140 62 TRP HB2 327 0.06 1.008 + 943 opls_500 62 TRP CG 328 0.075 12.011 + 944 opls_514 62 TRP CD1 329 -0.115 12.011 + 945 opls_146 62 TRP HD1 329 0.115 1.008 + 946 opls_501 62 TRP CD2 330 -0.055 12.011 + 947 opls_503 62 TRP NE1 331 -0.57 14.0067 + 948 opls_504 62 TRP HE1 331 0.42 1.008 + 949 opls_502 62 TRP CE2 331 0.13 12.011 + 950 opls_145 62 TRP CE3 332 -0.115 12.011 + 951 opls_146 62 TRP HE3 332 0.115 1.008 + 952 opls_145 62 TRP CZ2 333 -0.115 12.011 + 953 opls_146 62 TRP HZ2 333 0.115 1.008 + 954 opls_145 62 TRP CZ3 334 -0.115 12.011 + 955 opls_146 62 TRP HZ3 334 0.115 1.008 + 956 opls_145 62 TRP CH2 335 -0.115 12.011 + 957 opls_146 62 TRP HH2 335 0.115 1.008 + 958 opls_235 62 TRP C 336 0.5 12.011 + 959 opls_236 62 TRP O 336 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 63 TRP rtp TRP q 0.0 + 960 opls_238 63 TRP N 337 -0.5 14.0067 + 961 opls_241 63 TRP H 337 0.3 1.008 + 962 opls_224B 63 TRP CA 337 0.14 12.011 + 963 opls_140 63 TRP HA 337 0.06 1.008 + 964 opls_136 63 TRP CB 338 -0.12 12.011 + 965 opls_140 63 TRP HB1 338 0.06 1.008 + 966 opls_140 63 TRP HB2 338 0.06 1.008 + 967 opls_500 63 TRP CG 339 0.075 12.011 + 968 opls_514 63 TRP CD1 340 -0.115 12.011 + 969 opls_146 63 TRP HD1 340 0.115 1.008 + 970 opls_501 63 TRP CD2 341 -0.055 12.011 + 971 opls_503 63 TRP NE1 342 -0.57 14.0067 + 972 opls_504 63 TRP HE1 342 0.42 1.008 + 973 opls_502 63 TRP CE2 342 0.13 12.011 + 974 opls_145 63 TRP CE3 343 -0.115 12.011 + 975 opls_146 63 TRP HE3 343 0.115 1.008 + 976 opls_145 63 TRP CZ2 344 -0.115 12.011 + 977 opls_146 63 TRP 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414 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 78 ILE rtp ILE q 0.0 + 1178 opls_238 78 ILE N 415 -0.5 14.0067 + 1179 opls_241 78 ILE H 415 0.3 1.008 + 1180 opls_224B 78 ILE CA 415 0.14 12.011 + 1181 opls_140 78 ILE HA 415 0.06 1.008 + 1182 opls_137 78 ILE CB 416 -0.06 12.011 + 1183 opls_140 78 ILE HB 416 0.06 1.008 + 1184 opls_136 78 ILE CG1 417 -0.12 12.011 + 1185 opls_140 78 ILE HG11 417 0.06 1.008 + 1186 opls_140 78 ILE HG12 417 0.06 1.008 + 1187 opls_135 78 ILE CG2 418 -0.18 12.011 + 1188 opls_140 78 ILE HG21 418 0.06 1.008 + 1189 opls_140 78 ILE HG22 418 0.06 1.008 + 1190 opls_140 78 ILE HG23 418 0.06 1.008 + 1191 opls_135 78 ILE CD 419 -0.18 12.011 + 1192 opls_140 78 ILE HD1 419 0.06 1.008 + 1193 opls_140 78 ILE HD2 419 0.06 1.008 + 1194 opls_140 78 ILE HD3 419 0.06 1.008 + 1195 opls_235 78 ILE C 420 0.5 12.011 + 1196 opls_236 78 ILE O 420 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 79 PRO rtp PRO q 0.0 + 1197 opls_239 79 PRO N 421 -0.14 14.0067 + 1198 opls_246 79 PRO CA 421 0.01 12.011 + 1199 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1221 opls_238 81 SER N 429 -0.5 14.0067 + 1222 opls_241 81 SER H 429 0.3 1.008 + 1223 opls_224B 81 SER CA 429 0.14 12.011 + 1224 opls_140 81 SER HA 429 0.06 1.008 + 1225 opls_157 81 SER CB 430 0.145 12.011 + 1226 opls_140 81 SER HB1 430 0.06 1.008 + 1227 opls_140 81 SER HB2 430 0.06 1.008 + 1228 opls_154 81 SER OG 431 -0.683 15.9994 + 1229 opls_155 81 SER HG 431 0.418 1.008 + 1230 opls_235 81 SER C 432 0.5 12.011 + 1231 opls_236 81 SER O 432 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 82 ALA rtp ALA q 0.0 + 1232 opls_238 82 ALA N 433 -0.5 14.0067 + 1233 opls_241 82 ALA H 433 0.3 1.008 + 1234 opls_224B 82 ALA CA 433 0.14 12.011 + 1235 opls_140 82 ALA HA 433 0.06 1.008 + 1236 opls_135 82 ALA CB 434 -0.18 12.011 + 1237 opls_140 82 ALA HB1 434 0.06 1.008 + 1238 opls_140 82 ALA HB2 434 0.06 1.008 + 1239 opls_140 82 ALA HB3 434 0.06 1.008 + 1240 opls_235 82 ALA C 435 0.5 12.011 + 1241 opls_236 82 ALA O 435 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 83 LEU rtp LEU q 0.0 + 1242 opls_238 83 LEU N 436 -0.5 14.0067 + 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-0.12 12.011 + 1266 opls_140 84 LEU HB1 443 0.06 1.008 + 1267 opls_140 84 LEU HB2 443 0.06 1.008 + 1268 opls_137 84 LEU CG 444 -0.06 12.011 + 1269 opls_140 84 LEU HG 444 0.06 1.008 + 1270 opls_135 84 LEU CD1 445 -0.18 12.011 + 1271 opls_140 84 LEU HD11 445 0.06 1.008 + 1272 opls_140 84 LEU HD12 445 0.06 1.008 + 1273 opls_140 84 LEU HD13 445 0.06 1.008 + 1274 opls_135 84 LEU CD2 446 -0.18 12.011 + 1275 opls_140 84 LEU HD21 446 0.06 1.008 + 1276 opls_140 84 LEU HD22 446 0.06 1.008 + 1277 opls_140 84 LEU HD23 446 0.06 1.008 + 1278 opls_235 84 LEU C 447 0.5 12.011 + 1279 opls_236 84 LEU O 447 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 85 SER rtp SER q 0.0 + 1280 opls_238 85 SER N 448 -0.5 14.0067 + 1281 opls_241 85 SER H 448 0.3 1.008 + 1282 opls_224B 85 SER CA 448 0.14 12.011 + 1283 opls_140 85 SER HA 448 0.06 1.008 + 1284 opls_157 85 SER CB 449 0.145 12.011 + 1285 opls_140 85 SER HB1 449 0.06 1.008 + 1286 opls_140 85 SER HB2 449 0.06 1.008 + 1287 opls_154 85 SER OG 450 -0.683 15.9994 + 1288 opls_155 85 SER HG 450 0.418 1.008 + 1289 opls_235 85 SER C 451 0.5 12.011 + 1290 opls_236 85 SER O 451 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 86 SER rtp SER q 0.0 + 1291 opls_238 86 SER N 452 -0.5 14.0067 + 1292 opls_241 86 SER H 452 0.3 1.008 + 1293 opls_224B 86 SER CA 452 0.14 12.011 + 1294 opls_140 86 SER HA 452 0.06 1.008 + 1295 opls_157 86 SER CB 453 0.145 12.011 + 1296 opls_140 86 SER HB1 453 0.06 1.008 + 1297 opls_140 86 SER HB2 453 0.06 1.008 + 1298 opls_154 86 SER OG 454 -0.683 15.9994 + 1299 opls_155 86 SER HG 454 0.418 1.008 + 1300 opls_235 86 SER C 455 0.5 12.011 + 1301 opls_236 86 SER O 455 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 87 ASP rtp ASP q -1.0 + 1302 opls_238 87 ASP N 456 -0.5 14.0067 + 1303 opls_241 87 ASP H 456 0.3 1.008 + 1304 opls_224B 87 ASP CA 456 0.14 12.011 + 1305 opls_140 87 ASP HA 456 0.06 1.008 + 1306 opls_274 87 ASP CB 457 -0.22 12.011 + 1307 opls_140 87 ASP HB1 457 0.06 1.008 + 1308 opls_140 87 ASP HB2 457 0.06 1.008 + 1309 opls_271 87 ASP CG 458 0.7 12.011 + 1310 opls_272 87 ASP OD1 458 -0.8 15.9994 + 1311 opls_272 87 ASP OD2 458 -0.8 15.9994 + 1312 opls_235 87 ASP C 459 0.5 12.011 + 1313 opls_236 87 ASP O 459 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 88 ILE rtp ILE q 0.0 + 1314 opls_238 88 ILE N 460 -0.5 14.0067 + 1315 opls_241 88 ILE H 460 0.3 1.008 + 1316 opls_224B 88 ILE CA 460 0.14 12.011 + 1317 opls_140 88 ILE HA 460 0.06 1.008 + 1318 opls_137 88 ILE CB 461 -0.06 12.011 + 1319 opls_140 88 ILE HB 461 0.06 1.008 + 1320 opls_136 88 ILE CG1 462 -0.12 12.011 + 1321 opls_140 88 ILE HG11 462 0.06 1.008 + 1322 opls_140 88 ILE HG12 462 0.06 1.008 + 1323 opls_135 88 ILE CG2 463 -0.18 12.011 + 1324 opls_140 88 ILE HG21 463 0.06 1.008 + 1325 opls_140 88 ILE HG22 463 0.06 1.008 + 1326 opls_140 88 ILE HG23 463 0.06 1.008 + 1327 opls_135 88 ILE CD 464 -0.18 12.011 + 1328 opls_140 88 ILE HD1 464 0.06 1.008 + 1329 opls_140 88 ILE HD2 464 0.06 1.008 + 1330 opls_140 88 ILE HD3 464 0.06 1.008 + 1331 opls_235 88 ILE C 465 0.5 12.011 + 1332 opls_236 88 ILE O 465 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 89 THR rtp THR q 0.0 + 1333 opls_238 89 THR N 466 -0.5 14.0067 + 1334 opls_241 89 THR H 466 0.3 1.008 + 1335 opls_224B 89 THR CA 466 0.14 12.011 + 1336 opls_140 89 THR HA 466 0.06 1.008 + 1337 opls_158 89 THR CB 467 0.205 12.011 + 1338 opls_140 89 THR HB 467 0.06 1.008 + 1339 opls_154 89 THR OG1 467 -0.683 15.9994 + 1340 opls_155 89 THR HG1 467 0.418 1.008 + 1341 opls_135 89 THR CG2 468 -0.18 12.011 + 1342 opls_140 89 THR HG21 468 0.06 1.008 + 1343 opls_140 89 THR HG22 468 0.06 1.008 + 1344 opls_140 89 THR HG23 468 0.06 1.008 + 1345 opls_235 89 THR C 469 0.5 12.011 + 1346 opls_236 89 THR O 469 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 90 ALA rtp ALA q 0.0 + 1347 opls_238 90 ALA N 470 -0.5 14.0067 + 1348 opls_241 90 ALA H 470 0.3 1.008 + 1349 opls_224B 90 ALA CA 470 0.14 12.011 + 1350 opls_140 90 ALA HA 470 0.06 1.008 + 1351 opls_135 90 ALA CB 471 -0.18 12.011 + 1352 opls_140 90 ALA HB1 471 0.06 1.008 + 1353 opls_140 90 ALA HB2 471 0.06 1.008 + 1354 opls_140 90 ALA HB3 471 0.06 1.008 + 1355 opls_235 90 ALA C 472 0.5 12.011 + 1356 opls_236 90 ALA O 472 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 91 SER rtp SER q 0.0 + 1357 opls_238 91 SER N 473 -0.5 14.0067 + 1358 opls_241 91 SER H 473 0.3 1.008 + 1359 opls_224B 91 SER CA 473 0.14 12.011 + 1360 opls_140 91 SER HA 473 0.06 1.008 + 1361 opls_157 91 SER CB 474 0.145 12.011 + 1362 opls_140 91 SER HB1 474 0.06 1.008 + 1363 opls_140 91 SER HB2 474 0.06 1.008 + 1364 opls_154 91 SER OG 475 -0.683 15.9994 + 1365 opls_155 91 SER HG 475 0.418 1.008 + 1366 opls_235 91 SER C 476 0.5 12.011 + 1367 opls_236 91 SER O 476 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 92 VAL rtp VAL q 0.0 + 1368 opls_238 92 VAL N 477 -0.5 14.0067 + 1369 opls_241 92 VAL H 477 0.3 1.008 + 1370 opls_224B 92 VAL CA 477 0.14 12.011 + 1371 opls_140 92 VAL HA 477 0.06 1.008 + 1372 opls_137 92 VAL CB 478 -0.06 12.011 + 1373 opls_140 92 VAL HB 478 0.06 1.008 + 1374 opls_135 92 VAL CG1 479 -0.18 12.011 + 1375 opls_140 92 VAL HG11 479 0.06 1.008 + 1376 opls_140 92 VAL HG12 479 0.06 1.008 + 1377 opls_140 92 VAL HG13 479 0.06 1.008 + 1378 opls_135 92 VAL CG2 480 -0.18 12.011 + 1379 opls_140 92 VAL HG21 480 0.06 1.008 + 1380 opls_140 92 VAL HG22 480 0.06 1.008 + 1381 opls_140 92 VAL HG23 480 0.06 1.008 + 1382 opls_235 92 VAL C 481 0.5 12.011 + 1383 opls_236 92 VAL O 481 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 93 ASN rtp ASN q 0.0 + 1384 opls_238 93 ASN N 482 -0.5 14.0067 + 1385 opls_241 93 ASN H 482 0.3 1.008 + 1386 opls_224B 93 ASN CA 483 0.14 12.011 + 1387 opls_140 93 ASN HA 483 0.06 1.008 + 1388 opls_136 93 ASN CB 484 -0.12 12.011 + 1389 opls_140 93 ASN HB1 484 0.06 1.008 + 1390 opls_140 93 ASN HB2 484 0.06 1.008 + 1391 opls_235 93 ASN CG 485 0.5 12.011 + 1392 opls_236 93 ASN OD1 485 -0.5 15.9994 + 1393 opls_237 93 ASN ND2 486 -0.76 14.0067 + 1394 opls_240 93 ASN HD21 486 0.38 1.008 + 1395 opls_240 93 ASN HD22 486 0.38 1.008 + 1396 opls_235 93 ASN C 487 0.5 12.011 + 1397 opls_236 93 ASN O 487 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 94 CYS rtp CYS2 q 0.0 + 1398 opls_238 94 CYS N 488 -0.5 14.0067 + 1399 opls_241 94 CYS H 488 0.3 1.008 + 1400 opls_224B 94 CYS CA 488 0.14 12.011 + 1401 opls_140 94 CYS HA 488 0.06 1.008 + 1402 opls_214 94 CYS CB 489 0.0975 12.011 + 1403 opls_140 94 CYS HB1 489 0.06 1.008 + 1404 opls_140 94 CYS HB2 489 0.06 1.008 + 1405 opls_203 94 CYS SG 489 -0.2175 32.06 + 1406 opls_235 94 CYS C 490 0.5 12.011 + 1407 opls_236 94 CYS O 490 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 95 ALA rtp ALA q 0.0 + 1408 opls_238 95 ALA N 491 -0.5 14.0067 + 1409 opls_241 95 ALA H 491 0.3 1.008 + 1410 opls_224B 95 ALA CA 491 0.14 12.011 + 1411 opls_140 95 ALA HA 491 0.06 1.008 + 1412 opls_135 95 ALA CB 492 -0.18 12.011 + 1413 opls_140 95 ALA HB1 492 0.06 1.008 + 1414 opls_140 95 ALA HB2 492 0.06 1.008 + 1415 opls_140 95 ALA HB3 492 0.06 1.008 + 1416 opls_235 95 ALA C 493 0.5 12.011 + 1417 opls_236 95 ALA O 493 -0.5 15.9994 ; qtot 4 +; residue 96 LYS rtp LYSH q +1.0 + 1418 opls_238 96 LYS N 494 -0.5 14.0067 + 1419 opls_241 96 LYS H 494 0.3 1.008 + 1420 opls_224B 96 LYS CA 494 0.14 12.011 + 1421 opls_140 96 LYS HA 494 0.06 1.008 + 1422 opls_136 96 LYS CB 495 -0.12 12.011 + 1423 opls_140 96 LYS HB1 495 0.06 1.008 + 1424 opls_140 96 LYS HB2 495 0.06 1.008 + 1425 opls_136 96 LYS CG 496 -0.12 12.011 + 1426 opls_140 96 LYS HG1 496 0.06 1.008 + 1427 opls_140 96 LYS HG2 496 0.06 1.008 + 1428 opls_136 96 LYS CD 497 -0.12 12.011 + 1429 opls_140 96 LYS HD1 497 0.06 1.008 + 1430 opls_140 96 LYS HD2 497 0.06 1.008 + 1431 opls_292 96 LYS CE 498 0.19 12.011 + 1432 opls_140 96 LYS HE1 498 0.06 1.008 + 1433 opls_140 96 LYS HE2 498 0.06 1.008 + 1434 opls_287 96 LYS NZ 499 -0.3 14.0067 + 1435 opls_290 96 LYS HZ1 499 0.33 1.008 + 1436 opls_290 96 LYS HZ2 499 0.33 1.008 + 1437 opls_290 96 LYS HZ3 499 0.33 1.008 + 1438 opls_235 96 LYS C 500 0.5 12.011 + 1439 opls_236 96 LYS O 500 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 97 LYS rtp LYSH q +1.0 + 1440 opls_238 97 LYS N 501 -0.5 14.0067 + 1441 opls_241 97 LYS H 501 0.3 1.008 + 1442 opls_224B 97 LYS CA 501 0.14 12.011 + 1443 opls_140 97 LYS HA 501 0.06 1.008 + 1444 opls_136 97 LYS CB 502 -0.12 12.011 + 1445 opls_140 97 LYS HB1 502 0.06 1.008 + 1446 opls_140 97 LYS HB2 502 0.06 1.008 + 1447 opls_136 97 LYS CG 503 -0.12 12.011 + 1448 opls_140 97 LYS HG1 503 0.06 1.008 + 1449 opls_140 97 LYS HG2 503 0.06 1.008 + 1450 opls_136 97 LYS CD 504 -0.12 12.011 + 1451 opls_140 97 LYS HD1 504 0.06 1.008 + 1452 opls_140 97 LYS HD2 504 0.06 1.008 + 1453 opls_292 97 LYS CE 505 0.19 12.011 + 1454 opls_140 97 LYS HE1 505 0.06 1.008 + 1455 opls_140 97 LYS HE2 505 0.06 1.008 + 1456 opls_287 97 LYS NZ 506 -0.3 14.0067 + 1457 opls_290 97 LYS HZ1 506 0.33 1.008 + 1458 opls_290 97 LYS HZ2 506 0.33 1.008 + 1459 opls_290 97 LYS HZ3 506 0.33 1.008 + 1460 opls_235 97 LYS C 507 0.5 12.011 + 1461 opls_236 97 LYS O 507 -0.5 15.9994 ; qtot 6 +; residue 98 ILE rtp ILE q 0.0 + 1462 opls_238 98 ILE N 508 -0.5 14.0067 + 1463 opls_241 98 ILE H 508 0.3 1.008 + 1464 opls_224B 98 ILE CA 508 0.14 12.011 + 1465 opls_140 98 ILE HA 508 0.06 1.008 + 1466 opls_137 98 ILE CB 509 -0.06 12.011 + 1467 opls_140 98 ILE HB 509 0.06 1.008 + 1468 opls_136 98 ILE CG1 510 -0.12 12.011 + 1469 opls_140 98 ILE HG11 510 0.06 1.008 + 1470 opls_140 98 ILE HG12 510 0.06 1.008 + 1471 opls_135 98 ILE CG2 511 -0.18 12.011 + 1472 opls_140 98 ILE HG21 511 0.06 1.008 + 1473 opls_140 98 ILE HG22 511 0.06 1.008 + 1474 opls_140 98 ILE HG23 511 0.06 1.008 + 1475 opls_135 98 ILE CD 512 -0.18 12.011 + 1476 opls_140 98 ILE HD1 512 0.06 1.008 + 1477 opls_140 98 ILE HD2 512 0.06 1.008 + 1478 opls_140 98 ILE HD3 512 0.06 1.008 + 1479 opls_235 98 ILE C 513 0.5 12.011 + 1480 opls_236 98 ILE O 513 -0.5 15.9994 ; qtot 6 +; residue 99 VAL rtp VAL q 0.0 + 1481 opls_238 99 VAL N 514 -0.5 14.0067 + 1482 opls_241 99 VAL H 514 0.3 1.008 + 1483 opls_224B 99 VAL CA 514 0.14 12.011 + 1484 opls_140 99 VAL HA 514 0.06 1.008 + 1485 opls_137 99 VAL CB 515 -0.06 12.011 + 1486 opls_140 99 VAL HB 515 0.06 1.008 + 1487 opls_135 99 VAL CG1 516 -0.18 12.011 + 1488 opls_140 99 VAL HG11 516 0.06 1.008 + 1489 opls_140 99 VAL HG12 516 0.06 1.008 + 1490 opls_140 99 VAL HG13 516 0.06 1.008 + 1491 opls_135 99 VAL CG2 517 -0.18 12.011 + 1492 opls_140 99 VAL HG21 517 0.06 1.008 + 1493 opls_140 99 VAL HG22 517 0.06 1.008 + 1494 opls_140 99 VAL HG23 517 0.06 1.008 + 1495 opls_235 99 VAL C 518 0.5 12.011 + 1496 opls_236 99 VAL O 518 -0.5 15.9994 ; qtot 6 +; residue 100 SER rtp SER q 0.0 + 1497 opls_238 100 SER N 519 -0.5 14.0067 + 1498 opls_241 100 SER H 519 0.3 1.008 + 1499 opls_224B 100 SER CA 519 0.14 12.011 + 1500 opls_140 100 SER HA 519 0.06 1.008 + 1501 opls_157 100 SER CB 520 0.145 12.011 + 1502 opls_140 100 SER HB1 520 0.06 1.008 + 1503 opls_140 100 SER HB2 520 0.06 1.008 + 1504 opls_154 100 SER OG 521 -0.683 15.9994 + 1505 opls_155 100 SER HG 521 0.418 1.008 + 1506 opls_235 100 SER C 522 0.5 12.011 + 1507 opls_236 100 SER O 522 -0.5 15.9994 ; qtot 6 +; residue 101 ASP rtp ASP q -1.0 + 1508 opls_238 101 ASP N 523 -0.5 14.0067 + 1509 opls_241 101 ASP H 523 0.3 1.008 + 1510 opls_224B 101 ASP CA 523 0.14 12.011 + 1511 opls_140 101 ASP HA 523 0.06 1.008 + 1512 opls_274 101 ASP CB 524 -0.22 12.011 + 1513 opls_140 101 ASP HB1 524 0.06 1.008 + 1514 opls_140 101 ASP HB2 524 0.06 1.008 + 1515 opls_271 101 ASP CG 525 0.7 12.011 + 1516 opls_272 101 ASP OD1 525 -0.8 15.9994 + 1517 opls_272 101 ASP OD2 525 -0.8 15.9994 + 1518 opls_235 101 ASP C 526 0.5 12.011 + 1519 opls_236 101 ASP O 526 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 102 GLY rtp GLY q 0.0 + 1520 opls_238 102 GLY N 527 -0.5 14.0067 + 1521 opls_241 102 GLY H 527 0.3 1.008 + 1522 opls_223B 102 GLY CA 527 0.08 12.011 + 1523 opls_140 102 GLY HA1 527 0.06 1.008 + 1524 opls_140 102 GLY HA2 527 0.06 1.008 + 1525 opls_235 102 GLY C 528 0.5 12.011 + 1526 opls_236 102 GLY O 528 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 103 ASN rtp ASN q 0.0 + 1527 opls_238 103 ASN N 529 -0.5 14.0067 + 1528 opls_241 103 ASN H 529 0.3 1.008 + 1529 opls_224B 103 ASN CA 530 0.14 12.011 + 1530 opls_140 103 ASN HA 530 0.06 1.008 + 1531 opls_136 103 ASN CB 531 -0.12 12.011 + 1532 opls_140 103 ASN HB1 531 0.06 1.008 + 1533 opls_140 103 ASN HB2 531 0.06 1.008 + 1534 opls_235 103 ASN CG 532 0.5 12.011 + 1535 opls_236 103 ASN OD1 532 -0.5 15.9994 + 1536 opls_237 103 ASN ND2 533 -0.76 14.0067 + 1537 opls_240 103 ASN HD21 533 0.38 1.008 + 1538 opls_240 103 ASN HD22 533 0.38 1.008 + 1539 opls_235 103 ASN C 534 0.5 12.011 + 1540 opls_236 103 ASN O 534 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 104 GLY rtp GLY q 0.0 + 1541 opls_238 104 GLY N 535 -0.5 14.0067 + 1542 opls_241 104 GLY H 535 0.3 1.008 + 1543 opls_223B 104 GLY CA 535 0.08 12.011 + 1544 opls_140 104 GLY HA1 535 0.06 1.008 + 1545 opls_140 104 GLY HA2 535 0.06 1.008 + 1546 opls_235 104 GLY C 536 0.5 12.011 + 1547 opls_236 104 GLY O 536 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 105 MET rtp MET q 0.0 + 1548 opls_238 105 MET N 537 -0.5 14.0067 + 1549 opls_241 105 MET H 537 0.3 1.008 + 1550 opls_224B 105 MET CA 537 0.14 12.011 + 1551 opls_140 105 MET HA 537 0.06 1.008 + 1552 opls_136 105 MET CB 538 -0.12 12.011 + 1553 opls_140 105 MET HB1 538 0.06 1.008 + 1554 opls_140 105 MET HB2 538 0.06 1.008 + 1555 opls_210 105 MET CG 539 0.048 12.011 + 1556 opls_140 105 MET HG1 539 0.06 1.008 + 1557 opls_140 105 MET HG2 539 0.06 1.008 + 1558 opls_202 105 MET SD 540 -0.335 32.06 + 1559 opls_209 105 MET CE 541 -0.013 12.011 + 1560 opls_140 105 MET HE1 541 0.06 1.008 + 1561 opls_140 105 MET HE2 541 0.06 1.008 + 1562 opls_140 105 MET HE3 541 0.06 1.008 + 1563 opls_235 105 MET C 542 0.5 12.011 + 1564 opls_236 105 MET O 542 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 106 ASN rtp ASN q 0.0 + 1565 opls_238 106 ASN N 543 -0.5 14.0067 + 1566 opls_241 106 ASN H 543 0.3 1.008 + 1567 opls_224B 106 ASN CA 544 0.14 12.011 + 1568 opls_140 106 ASN HA 544 0.06 1.008 + 1569 opls_136 106 ASN CB 545 -0.12 12.011 + 1570 opls_140 106 ASN HB1 545 0.06 1.008 + 1571 opls_140 106 ASN HB2 545 0.06 1.008 + 1572 opls_235 106 ASN CG 546 0.5 12.011 + 1573 opls_236 106 ASN OD1 546 -0.5 15.9994 + 1574 opls_237 106 ASN ND2 547 -0.76 14.0067 + 1575 opls_240 106 ASN HD21 547 0.38 1.008 + 1576 opls_240 106 ASN HD22 547 0.38 1.008 + 1577 opls_235 106 ASN C 548 0.5 12.011 + 1578 opls_236 106 ASN O 548 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 107 ALA rtp ALA q 0.0 + 1579 opls_238 107 ALA N 549 -0.5 14.0067 + 1580 opls_241 107 ALA H 549 0.3 1.008 + 1581 opls_224B 107 ALA CA 549 0.14 12.011 + 1582 opls_140 107 ALA HA 549 0.06 1.008 + 1583 opls_135 107 ALA CB 550 -0.18 12.011 + 1584 opls_140 107 ALA HB1 550 0.06 1.008 + 1585 opls_140 107 ALA HB2 550 0.06 1.008 + 1586 opls_140 107 ALA HB3 550 0.06 1.008 + 1587 opls_235 107 ALA C 551 0.5 12.011 + 1588 opls_236 107 ALA O 551 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 108 TRP rtp TRP q 0.0 + 1589 opls_238 108 TRP N 552 -0.5 14.0067 + 1590 opls_241 108 TRP H 552 0.3 1.008 + 1591 opls_224B 108 TRP CA 552 0.14 12.011 + 1592 opls_140 108 TRP HA 552 0.06 1.008 + 1593 opls_136 108 TRP CB 553 -0.12 12.011 + 1594 opls_140 108 TRP HB1 553 0.06 1.008 + 1595 opls_140 108 TRP HB2 553 0.06 1.008 + 1596 opls_500 108 TRP CG 554 0.075 12.011 + 1597 opls_514 108 TRP CD1 555 -0.115 12.011 + 1598 opls_146 108 TRP HD1 555 0.115 1.008 + 1599 opls_501 108 TRP CD2 556 -0.055 12.011 + 1600 opls_503 108 TRP NE1 557 -0.57 14.0067 + 1601 opls_504 108 TRP HE1 557 0.42 1.008 + 1602 opls_502 108 TRP CE2 557 0.13 12.011 + 1603 opls_145 108 TRP CE3 558 -0.115 12.011 + 1604 opls_146 108 TRP HE3 558 0.115 1.008 + 1605 opls_145 108 TRP CZ2 559 -0.115 12.011 + 1606 opls_146 108 TRP HZ2 559 0.115 1.008 + 1607 opls_145 108 TRP CZ3 560 -0.115 12.011 + 1608 opls_146 108 TRP HZ3 560 0.115 1.008 + 1609 opls_145 108 TRP CH2 561 -0.115 12.011 + 1610 opls_146 108 TRP HH2 561 0.115 1.008 + 1611 opls_235 108 TRP C 562 0.5 12.011 + 1612 opls_236 108 TRP O 562 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 109 VAL rtp VAL q 0.0 + 1613 opls_238 109 VAL N 563 -0.5 14.0067 + 1614 opls_241 109 VAL H 563 0.3 1.008 + 1615 opls_224B 109 VAL CA 563 0.14 12.011 + 1616 opls_140 109 VAL HA 563 0.06 1.008 + 1617 opls_137 109 VAL CB 564 -0.06 12.011 + 1618 opls_140 109 VAL HB 564 0.06 1.008 + 1619 opls_135 109 VAL CG1 565 -0.18 12.011 + 1620 opls_140 109 VAL HG11 565 0.06 1.008 + 1621 opls_140 109 VAL HG12 565 0.06 1.008 + 1622 opls_140 109 VAL HG13 565 0.06 1.008 + 1623 opls_135 109 VAL CG2 566 -0.18 12.011 + 1624 opls_140 109 VAL HG21 566 0.06 1.008 + 1625 opls_140 109 VAL HG22 566 0.06 1.008 + 1626 opls_140 109 VAL HG23 566 0.06 1.008 + 1627 opls_235 109 VAL C 567 0.5 12.011 + 1628 opls_236 109 VAL O 567 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 110 ALA rtp ALA q 0.0 + 1629 opls_238 110 ALA N 568 -0.5 14.0067 + 1630 opls_241 110 ALA H 568 0.3 1.008 + 1631 opls_224B 110 ALA CA 568 0.14 12.011 + 1632 opls_140 110 ALA HA 568 0.06 1.008 + 1633 opls_135 110 ALA CB 569 -0.18 12.011 + 1634 opls_140 110 ALA HB1 569 0.06 1.008 + 1635 opls_140 110 ALA HB2 569 0.06 1.008 + 1636 opls_140 110 ALA HB3 569 0.06 1.008 + 1637 opls_235 110 ALA C 570 0.5 12.011 + 1638 opls_236 110 ALA O 570 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 111 TRP rtp TRP q 0.0 + 1639 opls_238 111 TRP N 571 -0.5 14.0067 + 1640 opls_241 111 TRP H 571 0.3 1.008 + 1641 opls_224B 111 TRP CA 571 0.14 12.011 + 1642 opls_140 111 TRP HA 571 0.06 1.008 + 1643 opls_136 111 TRP CB 572 -0.12 12.011 + 1644 opls_140 111 TRP HB1 572 0.06 1.008 + 1645 opls_140 111 TRP HB2 572 0.06 1.008 + 1646 opls_500 111 TRP CG 573 0.075 12.011 + 1647 opls_514 111 TRP CD1 574 -0.115 12.011 + 1648 opls_146 111 TRP HD1 574 0.115 1.008 + 1649 opls_501 111 TRP CD2 575 -0.055 12.011 + 1650 opls_503 111 TRP NE1 576 -0.57 14.0067 + 1651 opls_504 111 TRP HE1 576 0.42 1.008 + 1652 opls_502 111 TRP CE2 576 0.13 12.011 + 1653 opls_145 111 TRP CE3 577 -0.115 12.011 + 1654 opls_146 111 TRP HE3 577 0.115 1.008 + 1655 opls_145 111 TRP CZ2 578 -0.115 12.011 + 1656 opls_146 111 TRP HZ2 578 0.115 1.008 + 1657 opls_145 111 TRP CZ3 579 -0.115 12.011 + 1658 opls_146 111 TRP HZ3 579 0.115 1.008 + 1659 opls_145 111 TRP CH2 580 -0.115 12.011 + 1660 opls_146 111 TRP HH2 580 0.115 1.008 + 1661 opls_235 111 TRP C 581 0.5 12.011 + 1662 opls_236 111 TRP O 581 -0.5 15.9994 ; qtot 5 +; residue 112 ARG rtp ARG q +1.0 + 1663 opls_238 112 ARG N 582 -0.5 14.0067 + 1664 opls_241 112 ARG H 582 0.3 1.008 + 1665 opls_224B 112 ARG CA 582 0.14 12.011 + 1666 opls_140 112 ARG HA 582 0.06 1.008 + 1667 opls_136 112 ARG CB 583 -0.12 12.011 + 1668 opls_140 112 ARG HB1 583 0.06 1.008 + 1669 opls_140 112 ARG HB2 583 0.06 1.008 + 1670 opls_308 112 ARG CG 584 -0.05 12.011 + 1671 opls_140 112 ARG HG1 584 0.06 1.008 + 1672 opls_140 112 ARG HG2 584 0.06 1.008 + 1673 opls_307 112 ARG CD 585 0.19 12.011 + 1674 opls_140 112 ARG HD1 585 0.06 1.008 + 1675 opls_140 112 ARG HD2 585 0.06 1.008 + 1676 opls_303 112 ARG NE 586 -0.7 14.0067 + 1677 opls_304 112 ARG HE 586 0.44 1.008 + 1678 opls_302 112 ARG CZ 586 0.64 12.011 + 1679 opls_300 112 ARG NH1 587 -0.8 14.0067 + 1680 opls_301 112 ARG HH11 587 0.46 1.008 + 1681 opls_301 112 ARG HH12 587 0.46 1.008 + 1682 opls_300 112 ARG NH2 588 -0.8 14.0067 + 1683 opls_301 112 ARG HH21 588 0.46 1.008 + 1684 opls_301 112 ARG HH22 588 0.46 1.008 + 1685 opls_235 112 ARG C 589 0.5 12.011 + 1686 opls_236 112 ARG O 589 -0.5 15.9994 ; qtot 6 +; residue 113 ASN rtp ASN q 0.0 + 1687 opls_238 113 ASN N 590 -0.5 14.0067 + 1688 opls_241 113 ASN H 590 0.3 1.008 + 1689 opls_224B 113 ASN CA 591 0.14 12.011 + 1690 opls_140 113 ASN HA 591 0.06 1.008 + 1691 opls_136 113 ASN CB 592 -0.12 12.011 + 1692 opls_140 113 ASN HB1 592 0.06 1.008 + 1693 opls_140 113 ASN HB2 592 0.06 1.008 + 1694 opls_235 113 ASN CG 593 0.5 12.011 + 1695 opls_236 113 ASN OD1 593 -0.5 15.9994 + 1696 opls_237 113 ASN ND2 594 -0.76 14.0067 + 1697 opls_240 113 ASN HD21 594 0.38 1.008 + 1698 opls_240 113 ASN HD22 594 0.38 1.008 + 1699 opls_235 113 ASN C 595 0.5 12.011 + 1700 opls_236 113 ASN O 595 -0.5 15.9994 ; qtot 6 +; residue 114 ARG rtp ARG q +1.0 + 1701 opls_238 114 ARG N 596 -0.5 14.0067 + 1702 opls_241 114 ARG H 596 0.3 1.008 + 1703 opls_224B 114 ARG CA 596 0.14 12.011 + 1704 opls_140 114 ARG HA 596 0.06 1.008 + 1705 opls_136 114 ARG CB 597 -0.12 12.011 + 1706 opls_140 114 ARG HB1 597 0.06 1.008 + 1707 opls_140 114 ARG HB2 597 0.06 1.008 + 1708 opls_308 114 ARG CG 598 -0.05 12.011 + 1709 opls_140 114 ARG HG1 598 0.06 1.008 + 1710 opls_140 114 ARG HG2 598 0.06 1.008 + 1711 opls_307 114 ARG CD 599 0.19 12.011 + 1712 opls_140 114 ARG HD1 599 0.06 1.008 + 1713 opls_140 114 ARG HD2 599 0.06 1.008 + 1714 opls_303 114 ARG NE 600 -0.7 14.0067 + 1715 opls_304 114 ARG HE 600 0.44 1.008 + 1716 opls_302 114 ARG CZ 600 0.64 12.011 + 1717 opls_300 114 ARG NH1 601 -0.8 14.0067 + 1718 opls_301 114 ARG HH11 601 0.46 1.008 + 1719 opls_301 114 ARG HH12 601 0.46 1.008 + 1720 opls_300 114 ARG NH2 602 -0.8 14.0067 + 1721 opls_301 114 ARG HH21 602 0.46 1.008 + 1722 opls_301 114 ARG HH22 602 0.46 1.008 + 1723 opls_235 114 ARG C 603 0.5 12.011 + 1724 opls_236 114 ARG O 603 -0.5 15.9994 ; qtot 7 +; residue 115 CYS rtp CYS2 q 0.0 + 1725 opls_238 115 CYS N 604 -0.5 14.0067 + 1726 opls_241 115 CYS H 604 0.3 1.008 + 1727 opls_224B 115 CYS CA 604 0.14 12.011 + 1728 opls_140 115 CYS HA 604 0.06 1.008 + 1729 opls_214 115 CYS CB 605 0.0975 12.011 + 1730 opls_140 115 CYS HB1 605 0.06 1.008 + 1731 opls_140 115 CYS HB2 605 0.06 1.008 + 1732 opls_203 115 CYS SG 605 -0.2175 32.06 + 1733 opls_235 115 CYS C 606 0.5 12.011 + 1734 opls_236 115 CYS O 606 -0.5 15.9994 ; qtot 7 +; residue 116 LYS rtp LYSH q +1.0 + 1735 opls_238 116 LYS N 607 -0.5 14.0067 + 1736 opls_241 116 LYS H 607 0.3 1.008 + 1737 opls_224B 116 LYS CA 607 0.14 12.011 + 1738 opls_140 116 LYS HA 607 0.06 1.008 + 1739 opls_136 116 LYS CB 608 -0.12 12.011 + 1740 opls_140 116 LYS HB1 608 0.06 1.008 + 1741 opls_140 116 LYS HB2 608 0.06 1.008 + 1742 opls_136 116 LYS CG 609 -0.12 12.011 + 1743 opls_140 116 LYS HG1 609 0.06 1.008 + 1744 opls_140 116 LYS HG2 609 0.06 1.008 + 1745 opls_136 116 LYS CD 610 -0.12 12.011 + 1746 opls_140 116 LYS HD1 610 0.06 1.008 + 1747 opls_140 116 LYS HD2 610 0.06 1.008 + 1748 opls_292 116 LYS CE 611 0.19 12.011 + 1749 opls_140 116 LYS HE1 611 0.06 1.008 + 1750 opls_140 116 LYS HE2 611 0.06 1.008 + 1751 opls_287 116 LYS NZ 612 -0.3 14.0067 + 1752 opls_290 116 LYS HZ1 612 0.33 1.008 + 1753 opls_290 116 LYS HZ2 612 0.33 1.008 + 1754 opls_290 116 LYS HZ3 612 0.33 1.008 + 1755 opls_235 116 LYS C 613 0.5 12.011 + 1756 opls_236 116 LYS O 613 -0.5 15.9994 ; qtot 8 +; residue 117 GLY rtp GLY q 0.0 + 1757 opls_238 117 GLY N 614 -0.5 14.0067 + 1758 opls_241 117 GLY H 614 0.3 1.008 + 1759 opls_223B 117 GLY CA 614 0.08 12.011 + 1760 opls_140 117 GLY HA1 614 0.06 1.008 + 1761 opls_140 117 GLY HA2 614 0.06 1.008 + 1762 opls_235 117 GLY C 615 0.5 12.011 + 1763 opls_236 117 GLY O 615 -0.5 15.9994 ; qtot 8 +; residue 118 THR rtp THR q 0.0 + 1764 opls_238 118 THR N 616 -0.5 14.0067 + 1765 opls_241 118 THR H 616 0.3 1.008 + 1766 opls_224B 118 THR CA 616 0.14 12.011 + 1767 opls_140 118 THR HA 616 0.06 1.008 + 1768 opls_158 118 THR CB 617 0.205 12.011 + 1769 opls_140 118 THR HB 617 0.06 1.008 + 1770 opls_154 118 THR OG1 617 -0.683 15.9994 + 1771 opls_155 118 THR HG1 617 0.418 1.008 + 1772 opls_135 118 THR CG2 618 -0.18 12.011 + 1773 opls_140 118 THR HG21 618 0.06 1.008 + 1774 opls_140 118 THR HG22 618 0.06 1.008 + 1775 opls_140 118 THR HG23 618 0.06 1.008 + 1776 opls_235 118 THR C 619 0.5 12.011 + 1777 opls_236 118 THR O 619 -0.5 15.9994 ; qtot 8 +; residue 119 ASP rtp ASP q -1.0 + 1778 opls_238 119 ASP N 620 -0.5 14.0067 + 1779 opls_241 119 ASP H 620 0.3 1.008 + 1780 opls_224B 119 ASP CA 620 0.14 12.011 + 1781 opls_140 119 ASP HA 620 0.06 1.008 + 1782 opls_274 119 ASP CB 621 -0.22 12.011 + 1783 opls_140 119 ASP HB1 621 0.06 1.008 + 1784 opls_140 119 ASP HB2 621 0.06 1.008 + 1785 opls_271 119 ASP CG 622 0.7 12.011 + 1786 opls_272 119 ASP OD1 622 -0.8 15.9994 + 1787 opls_272 119 ASP OD2 622 -0.8 15.9994 + 1788 opls_235 119 ASP C 623 0.5 12.011 + 1789 opls_236 119 ASP O 623 -0.5 15.9994 ; qtot 7 +; residue 120 VAL rtp VAL q 0.0 + 1790 opls_238 120 VAL N 624 -0.5 14.0067 + 1791 opls_241 120 VAL H 624 0.3 1.008 + 1792 opls_224B 120 VAL CA 624 0.14 12.011 + 1793 opls_140 120 VAL HA 624 0.06 1.008 + 1794 opls_137 120 VAL CB 625 -0.06 12.011 + 1795 opls_140 120 VAL HB 625 0.06 1.008 + 1796 opls_135 120 VAL CG1 626 -0.18 12.011 + 1797 opls_140 120 VAL HG11 626 0.06 1.008 + 1798 opls_140 120 VAL HG12 626 0.06 1.008 + 1799 opls_140 120 VAL HG13 626 0.06 1.008 + 1800 opls_135 120 VAL CG2 627 -0.18 12.011 + 1801 opls_140 120 VAL HG21 627 0.06 1.008 + 1802 opls_140 120 VAL HG22 627 0.06 1.008 + 1803 opls_140 120 VAL HG23 627 0.06 1.008 + 1804 opls_235 120 VAL C 628 0.5 12.011 + 1805 opls_236 120 VAL O 628 -0.5 15.9994 ; qtot 7 +; residue 121 GLN rtp GLN q 0.0 + 1806 opls_238 121 GLN N 629 -0.5 14.0067 + 1807 opls_241 121 GLN H 629 0.3 1.008 + 1808 opls_224B 121 GLN CA 630 0.14 12.011 + 1809 opls_140 121 GLN HA 630 0.06 1.008 + 1810 opls_136 121 GLN CB 631 -0.12 12.011 + 1811 opls_140 121 GLN HB1 631 0.06 1.008 + 1812 opls_140 121 GLN HB2 631 0.06 1.008 + 1813 opls_136 121 GLN CG 632 -0.12 12.011 + 1814 opls_140 121 GLN HG1 632 0.06 1.008 + 1815 opls_140 121 GLN HG2 632 0.06 1.008 + 1816 opls_235 121 GLN CD 633 0.5 12.011 + 1817 opls_236 121 GLN OE1 633 -0.5 15.9994 + 1818 opls_237 121 GLN NE2 634 -0.76 14.0067 + 1819 opls_240 121 GLN HE21 634 0.38 1.008 + 1820 opls_240 121 GLN HE22 634 0.38 1.008 + 1821 opls_235 121 GLN C 635 0.5 12.011 + 1822 opls_236 121 GLN O 635 -0.5 15.9994 ; qtot 7 +; residue 122 ALA rtp ALA q 0.0 + 1823 opls_238 122 ALA N 636 -0.5 14.0067 + 1824 opls_241 122 ALA H 636 0.3 1.008 + 1825 opls_224B 122 ALA CA 636 0.14 12.011 + 1826 opls_140 122 ALA HA 636 0.06 1.008 + 1827 opls_135 122 ALA CB 637 -0.18 12.011 + 1828 opls_140 122 ALA HB1 637 0.06 1.008 + 1829 opls_140 122 ALA HB2 637 0.06 1.008 + 1830 opls_140 122 ALA HB3 637 0.06 1.008 + 1831 opls_235 122 ALA C 638 0.5 12.011 + 1832 opls_236 122 ALA O 638 -0.5 15.9994 ; qtot 7 +; residue 123 TRP rtp TRP q 0.0 + 1833 opls_238 123 TRP N 639 -0.5 14.0067 + 1834 opls_241 123 TRP H 639 0.3 1.008 + 1835 opls_224B 123 TRP CA 639 0.14 12.011 + 1836 opls_140 123 TRP HA 639 0.06 1.008 + 1837 opls_136 123 TRP CB 640 -0.12 12.011 + 1838 opls_140 123 TRP HB1 640 0.06 1.008 + 1839 opls_140 123 TRP HB2 640 0.06 1.008 + 1840 opls_500 123 TRP CG 641 0.075 12.011 + 1841 opls_514 123 TRP CD1 642 -0.115 12.011 + 1842 opls_146 123 TRP HD1 642 0.115 1.008 + 1843 opls_501 123 TRP CD2 643 -0.055 12.011 + 1844 opls_503 123 TRP NE1 644 -0.57 14.0067 + 1845 opls_504 123 TRP HE1 644 0.42 1.008 + 1846 opls_502 123 TRP CE2 644 0.13 12.011 + 1847 opls_145 123 TRP CE3 645 -0.115 12.011 + 1848 opls_146 123 TRP HE3 645 0.115 1.008 + 1849 opls_145 123 TRP CZ2 646 -0.115 12.011 + 1850 opls_146 123 TRP HZ2 646 0.115 1.008 + 1851 opls_145 123 TRP CZ3 647 -0.115 12.011 + 1852 opls_146 123 TRP HZ3 647 0.115 1.008 + 1853 opls_145 123 TRP CH2 648 -0.115 12.011 + 1854 opls_146 123 TRP HH2 648 0.115 1.008 + 1855 opls_235 123 TRP C 649 0.5 12.011 + 1856 opls_236 123 TRP O 649 -0.5 15.9994 ; qtot 7 +; residue 124 ILE rtp ILE q 0.0 + 1857 opls_238 124 ILE N 650 -0.5 14.0067 + 1858 opls_241 124 ILE H 650 0.3 1.008 + 1859 opls_224B 124 ILE CA 650 0.14 12.011 + 1860 opls_140 124 ILE HA 650 0.06 1.008 + 1861 opls_137 124 ILE CB 651 -0.06 12.011 + 1862 opls_140 124 ILE HB 651 0.06 1.008 + 1863 opls_136 124 ILE CG1 652 -0.12 12.011 + 1864 opls_140 124 ILE HG11 652 0.06 1.008 + 1865 opls_140 124 ILE HG12 652 0.06 1.008 + 1866 opls_135 124 ILE CG2 653 -0.18 12.011 + 1867 opls_140 124 ILE HG21 653 0.06 1.008 + 1868 opls_140 124 ILE HG22 653 0.06 1.008 + 1869 opls_140 124 ILE HG23 653 0.06 1.008 + 1870 opls_135 124 ILE CD 654 -0.18 12.011 + 1871 opls_140 124 ILE HD1 654 0.06 1.008 + 1872 opls_140 124 ILE HD2 654 0.06 1.008 + 1873 opls_140 124 ILE HD3 654 0.06 1.008 + 1874 opls_235 124 ILE C 655 0.5 12.011 + 1875 opls_236 124 ILE O 655 -0.5 15.9994 ; qtot 7 +; residue 125 ARG rtp ARG q +1.0 + 1876 opls_238 125 ARG N 656 -0.5 14.0067 + 1877 opls_241 125 ARG H 656 0.3 1.008 + 1878 opls_224B 125 ARG CA 656 0.14 12.011 + 1879 opls_140 125 ARG HA 656 0.06 1.008 + 1880 opls_136 125 ARG CB 657 -0.12 12.011 + 1881 opls_140 125 ARG HB1 657 0.06 1.008 + 1882 opls_140 125 ARG HB2 657 0.06 1.008 + 1883 opls_308 125 ARG CG 658 -0.05 12.011 + 1884 opls_140 125 ARG HG1 658 0.06 1.008 + 1885 opls_140 125 ARG HG2 658 0.06 1.008 + 1886 opls_307 125 ARG CD 659 0.19 12.011 + 1887 opls_140 125 ARG HD1 659 0.06 1.008 + 1888 opls_140 125 ARG HD2 659 0.06 1.008 + 1889 opls_303 125 ARG NE 660 -0.7 14.0067 + 1890 opls_304 125 ARG HE 660 0.44 1.008 + 1891 opls_302 125 ARG CZ 660 0.64 12.011 + 1892 opls_300 125 ARG NH1 661 -0.8 14.0067 + 1893 opls_301 125 ARG HH11 661 0.46 1.008 + 1894 opls_301 125 ARG HH12 661 0.46 1.008 + 1895 opls_300 125 ARG NH2 662 -0.8 14.0067 + 1896 opls_301 125 ARG HH21 662 0.46 1.008 + 1897 opls_301 125 ARG HH22 662 0.46 1.008 + 1898 opls_235 125 ARG C 663 0.5 12.011 + 1899 opls_236 125 ARG O 663 -0.5 15.9994 ; qtot 8 +; residue 126 GLY rtp GLY q 0.0 + 1900 opls_238 126 GLY N 664 -0.5 14.0067 + 1901 opls_241 126 GLY H 664 0.3 1.008 + 1902 opls_223B 126 GLY CA 664 0.08 12.011 + 1903 opls_140 126 GLY HA1 664 0.06 1.008 + 1904 opls_140 126 GLY HA2 664 0.06 1.008 + 1905 opls_235 126 GLY C 665 0.5 12.011 + 1906 opls_236 126 GLY O 665 -0.5 15.9994 ; qtot 8 +; residue 127 CYS rtp CYS2 q 0.0 + 1907 opls_238 127 CYS N 666 -0.5 14.0067 + 1908 opls_241 127 CYS H 666 0.3 1.008 + 1909 opls_224B 127 CYS CA 666 0.14 12.011 + 1910 opls_140 127 CYS HA 666 0.06 1.008 + 1911 opls_214 127 CYS CB 667 0.0975 12.011 + 1912 opls_140 127 CYS HB1 667 0.06 1.008 + 1913 opls_140 127 CYS HB2 667 0.06 1.008 + 1914 opls_203 127 CYS SG 667 -0.2175 32.06 + 1915 opls_235 127 CYS C 668 0.5 12.011 + 1916 opls_236 127 CYS O 668 -0.5 15.9994 ; qtot 8 +; residue 128 ARG rtp ARG q +1.0 + 1917 opls_238 128 ARG N 669 -0.5 14.0067 + 1918 opls_241 128 ARG H 669 0.3 1.008 + 1919 opls_224B 128 ARG CA 669 0.14 12.011 + 1920 opls_140 128 ARG HA 669 0.06 1.008 + 1921 opls_136 128 ARG CB 670 -0.12 12.011 + 1922 opls_140 128 ARG HB1 670 0.06 1.008 + 1923 opls_140 128 ARG HB2 670 0.06 1.008 + 1924 opls_308 128 ARG CG 671 -0.05 12.011 + 1925 opls_140 128 ARG HG1 671 0.06 1.008 + 1926 opls_140 128 ARG HG2 671 0.06 1.008 + 1927 opls_307 128 ARG CD 672 0.19 12.011 + 1928 opls_140 128 ARG HD1 672 0.06 1.008 + 1929 opls_140 128 ARG HD2 672 0.06 1.008 + 1930 opls_303 128 ARG NE 673 -0.7 14.0067 + 1931 opls_304 128 ARG HE 673 0.44 1.008 + 1932 opls_302 128 ARG CZ 673 0.64 12.011 + 1933 opls_300 128 ARG NH1 674 -0.8 14.0067 + 1934 opls_301 128 ARG HH11 674 0.46 1.008 + 1935 opls_301 128 ARG HH12 674 0.46 1.008 + 1936 opls_300 128 ARG NH2 675 -0.8 14.0067 + 1937 opls_301 128 ARG HH21 675 0.46 1.008 + 1938 opls_301 128 ARG HH22 675 0.46 1.008 + 1939 opls_235 128 ARG C 676 0.5 12.011 + 1940 opls_236 128 ARG O 676 -0.5 15.9994 ; qtot 9 +; residue 129 LEU rtp LEU q -1.0 + 1941 opls_238 129 LEU N 677 -0.5 14.0067 + 1942 opls_241 129 LEU H 677 0.3 1.008 + 1943 opls_283 129 LEU CA 677 0.04 12.011 + 1944 opls_140 129 LEU HA 677 0.06 1.008 + 1945 opls_136 129 LEU CB 678 -0.12 12.011 + 1946 opls_140 129 LEU HB1 678 0.06 1.008 + 1947 opls_140 129 LEU HB2 678 0.06 1.008 + 1948 opls_137 129 LEU CG 679 -0.06 12.011 + 1949 opls_140 129 LEU HG 679 0.06 1.008 + 1950 opls_135 129 LEU CD1 680 -0.18 12.011 + 1951 opls_140 129 LEU HD11 680 0.06 1.008 + 1952 opls_140 129 LEU HD12 680 0.06 1.008 + 1953 opls_140 129 LEU HD13 680 0.06 1.008 + 1954 opls_135 129 LEU CD2 681 -0.18 12.011 + 1955 opls_140 129 LEU HD21 681 0.06 1.008 + 1956 opls_140 129 LEU HD22 681 0.06 1.008 + 1957 opls_140 129 LEU HD23 681 0.06 1.008 + 1958 opls_271 129 LEU C 682 0.7 12.011 + 1959 opls_272 129 LEU O1 682 -0.8 15.9994 + 1960 opls_272 129 LEU O2 682 -0.8 15.9994 ; qtot 8 + +[ bonds ] +; ai aj funct c0 c1 c2 c3 + 1 2 1 + 1 3 1 + 1 4 1 + 1 5 1 + 5 6 1 + 5 7 1 + 5 23 1 + 7 8 1 + 7 9 1 + 7 10 1 + 10 11 1 + 10 12 1 + 10 13 1 + 13 14 1 + 13 15 1 + 13 16 1 + 16 17 1 + 16 18 1 + 16 19 1 + 19 20 1 + 19 21 1 + 19 22 1 + 23 24 1 + 23 25 1 + 25 26 1 + 25 27 1 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1934 1933 1935 1 improper_Z_N_X_Y + 1932 1937 1936 1938 1 improper_Z_N_X_Y + 1939 1943 1941 1942 1 improper_Z_N_X_Y + 1943 1959 1958 1960 1 improper_O_C_X_Y + +; Include Position restraint file +#ifdef POSRES +#include "posres.itp" +#endif + +; Include ligand topology +; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020 + +[ moleculetype ] +;name nrexcl + base 3 + +[ atoms ] +; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type + 1 C 1 G5E C1 1 0.545501 12.01000 ; qtot 0.546 + 2 CZ 1 G5E C2 2 0.075000 12.01000 ; qtot 0.621 + 3 C 1 G5E C3 3 0.508501 12.01000 ; qtot 1.129 + 4 CK 1 G5E C7 4 0.208200 12.01000 ; qtot 1.337 + 5 C 1 G5E C10 5 0.352800 12.01000 ; qtot 1.690 + 6 CM 1 G5E C12 6 0.002500 12.01000 ; qtot 1.693 + 7 CM 1 G5E C13 7 0.233400 12.01000 ; qtot 1.926 + 8 CZ 1 G5E C14 8 -0.087900 12.01000 ; qtot 1.838 + 9 CZ 1 G5E C15 9 0.072000 12.01000 ; qtot 1.910 + 10 CZ 1 G5E C16 10 0.028000 12.01000 ; qtot 1.938 + 11 CD 1 G5E C4 11 -0.048900 12.01000 ; qtot 1.889 + 12 CZ 1 G5E C5 12 -0.123300 12.01000 ; qtot 1.766 + 13 CZ 1 G5E C6 13 -0.161200 12.01000 ; qtot 1.605 + 14 NB 1 G5E N8 14 -0.082600 14.01000 ; qtot 1.522 + 15 NB 1 G5E N9 15 -0.125400 14.01000 ; qtot 1.397 + 16 N* 1 G5E N11 16 -0.261200 14.01000 ; qtot 1.135 + 17 CZ 1 G5E C17 17 -0.043900 12.01000 ; qtot 1.092 + 18 DU 1 G5E S18 18 -0.081400 0.00000 ; qtot 1.010 + 19 F 1 G5E F19 19 -0.100500 19.00000 ; qtot 0.910 + 20 O 1 G5E O20 20 -0.460300 16.00000 ; qtot 0.449 + 21 O 1 G5E O21 21 -0.449300 16.00000 ; qtot -0.000 + +[ bonds ] +; ai aj funct r k + 1 2 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C2 + 1 13 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C6 + 1 21 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C1 - O21 + 2 3 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C2 - C3 + 3 11 1 1.4680e-01 3.1045e+05 ; C3 - C4 + 3 20 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C3 - O20 + 4 11 1 1.4280e-01 3.5129e+05 ; C7 - C4 + 4 14 1 1.3040e-01 4.4267e+05 ; C7 - N8 + 4 16 1 1.3710e-01 3.6819e+05 ; C7 - N11 + 5 15 1 1.3870e-01 3.4886e+05 ; C10 - N9 + 5 16 1 1.3830e-01 3.5480e+05 ; C10 - N11 + 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; C10 - S18 + 6 7 1 1.3500e-01 4.5940e+05 ; C12 - C13 + 6 16 1 1.3650e-01 3.7489e+05 ; C12 - N11 + 6 17 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C12 - C17 + 7 8 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C13 - C14 + 7 19 1 1.3490e-01 2.9941e+05 ; C13 - F19 + 8 9 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C14 - C15 + 9 10 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C15 - C16 + 10 17 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C16 - C17 + 11 12 1 1.3150e-01 5.0827e+05 ; C4 - C5 + 12 13 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C5 - C6 + 14 15 1 1.3650e-01 4.2710e+05 ; N8 - N9 + +[ pairs ] +; ai aj funct + 1 11 1 ; C1 - C4 + 1 20 1 ; C1 - O20 + 2 4 1 ; C2 - C7 + 2 12 1 ; C2 - C5 + 3 13 1 ; C3 - C6 + 3 14 1 ; C3 - N8 + 3 16 1 ; C3 - N11 + 4 7 1 ; C7 - C13 + 4 13 1 ; C7 - C6 + 4 17 1 ; C7 - C17 + 4 18 1 ; C7 - S18 + 4 20 1 ; C7 - O20 + 5 7 1 ; C10 - C13 + 5 11 1 ; C10 - C4 + 5 17 1 ; C10 - C17 + 6 9 1 ; C12 - C15 + 6 11 1 ; C12 - C4 + 6 14 1 ; C12 - N8 + 6 15 1 ; C12 - N9 + 6 18 1 ; C12 - S18 + 7 10 1 ; C13 - C16 + 8 16 1 ; C14 - N11 + 8 17 1 ; C14 - C17 + 9 19 1 ; C15 - F19 + 10 16 1 ; C16 - N11 + 11 15 1 ; C4 - N9 + 12 14 1 ; C5 - N8 + 12 16 1 ; C5 - N11 + 12 20 1 ; C5 - O20 + 14 18 1 ; N8 - S18 + 16 19 1 ; N11 - F19 + 17 19 1 ; C17 - F19 + 21 3 1 ; O21 - C3 + 21 12 1 ; O21 - C5 + +[ angles ] +; ai aj ak funct theta cth + 1 2 3 1 1.8000e+02 4.4183e+02 ; C1 - C2 - C3 + 1 13 12 1 1.8000e+02 4.6944e+02 ; C1 - C6 - C5 + 2 1 13 1 1.1532e+02 5.4476e+02 ; C2 - C1 - C6 + 2 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C1 - O21 + 2 3 11 1 1.1558e+02 5.4266e+02 ; C2 - C3 - C4 + 2 3 20 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C3 - O20 + 3 11 4 1 1.2269e+02 5.3220e+02 ; C3 - C4 - C7 + 3 11 12 1 1.1788e+02 5.4392e+02 ; C3 - C4 - C5 + 4 11 12 1 1.2591e+02 5.3388e+02 ; C7 - C4 - C5 + 4 14 15 1 1.0862e+02 6.1003e+02 ; C7 - N8 - N9 + 4 16 5 1 1.2049e+02 5.5815e+02 ; C7 - N11 - C10 + 4 16 6 1 1.0424e+02 5.9664e+02 ; C7 - N11 - C12 + 5 15 14 1 1.0834e+02 6.1505e+02 ; C10 - N9 - N8 + 5 16 6 1 1.2160e+02 5.8576e+02 ; C10 - N11 - C12 + 6 7 8 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C12 - C13 - C14 + 6 7 19 1 1.1896e+02 5.6149e+02 ; C12 - C13 - F19 + 6 17 10 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C12 - C17 - C16 + 7 6 16 1 1.2120e+02 5.8576e+02 ; C13 - C12 - N11 + 7 6 17 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C13 - C12 - C17 + 7 8 9 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C13 - C14 - C15 + 8 7 19 1 1.1875e+02 5.5274e+02 ; C14 - C13 - F19 + 8 9 10 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C14 - C15 - C16 + 9 10 17 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C15 - C16 - C17 + 11 3 20 1 1.2393e+02 5.7823e+02 ; C4 - C3 - O20 + 11 4 14 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N8 + 11 4 16 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N11 + 11 12 13 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C4 - C5 - C6 + 13 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C6 - C1 - O21 + 14 4 16 1 1.1390e+02 5.8576e+02 ; N8 - C7 - N11 + 15 5 16 1 1.1031e+02 6.1337e+02 ; N9 - C10 - N11 + 15 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N9 - C10 - S18 + 16 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N11 - C10 - S18 + 16 6 17 1 1.1687e+02 5.8241e+02 ; N11 - C12 - C17 + +[ dihedrals ] ; propers +; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 +; i j k l func phase kd pn + 1 2 3 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- C4 + 1 2 3 20 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- O20 + 1 13 12 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C6- C5- C4 + 2 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; C2- C1- C6- C5 + 2 3 11 4 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C7 + 2 3 11 12 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C5 + 3 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N8 + 3 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N11 + 3 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C3- C4- C5- C6 + 4 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C7- C4- C3- O20 + 4 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C7- C4- C5- C6 + 4 14 15 5 9 180.00 16.73600 2 ; C7- N8- N9- C10 + 4 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- N9 + 4 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- S18 + 4 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C13 + 4 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C17 + 5 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- C4 + 5 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- N8 + 5 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C13 + 5 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C17 + 6 7 8 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C13- C14- C15 + 6 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- C4 + 6 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- N8 + 6 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- N9 + 6 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- S18 + 6 17 10 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C17- C16- C15 + 7 6 17 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C12- C17- C16 + 7 8 9 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C14- C15- C16 + 8 7 6 16 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- N11 + 8 7 6 17 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- C17 + 8 9 10 17 9 180.00 0.00000 2 ; C14- C15- C16- C17 + 9 8 7 19 9 180.00 0.00000 2 ; C15- C14- C13- F19 + 10 17 6 16 9 180.00 0.00000 2 ; C16- C17- C12- N11 + 11 4 14 15 9 180.00 41.84000 2 ; C4- C7- N8- N9 + 12 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C5- C4- C3- O20 + 12 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N8 + 12 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N11 + 13 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; C6- C1- C2- C3 + 14 15 5 16 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- N11 + 14 15 5 18 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- S18 + 15 14 4 16 9 180.00 41.84000 2 ; N9- N8- C7- N11 + 16 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; N11- C12- C13- F19 + 17 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; C17- C12- C13- F19 + 21 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C2- C3 + 21 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C6- C5 + +[ dihedrals ] ; impropers +; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function +; i j k l func phase kd pn + 3 4 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C7- C4- C5 + 5 4 16 6 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C7- N11- C12 + 6 8 7 19 4 180.00 4.60240 2 ; C12- C14- C13- F19 + 7 17 6 16 4 180.00 4.60240 2 ; C13- C17- C12- N11 + 11 2 3 20 4 180.00 43.93200 2 ; C4- C2- C3- O20 + 11 16 4 14 4 180.00 4.60240 2 ; C4- N11- C7- N8 + 18 16 5 15 4 180.00 4.60240 2 ; S18- N11- C10- N9 + 21 1 13 2 4 180.00 43.93200 2 ; O21- C1- C6- C2 + +; Include water topology +#include "oplsaa.ff/spce.itp" + +#ifdef POSRES_WATER +; Position restraint for each water oxygen +[ position_restraints ] +; i funct fcx fcy fcz + 1 1 1000 1000 1000 +#endif + +; Include topology for ions +#include "oplsaa.ff/ions.itp" + +[ system ] +; Name +LYSOZYME + +[ molecules ] +; Compound #mols +Protein_chain_A 1 +SOL 78 +base 1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/lig.gro Wed Apr 15 14:36:05 2020 -0400 @@ -0,0 +1,24 @@ +base_GMX.gro created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020 + 21 + 1 G5E C1 1 6.456 3.250 2.707 + 1 G5E C2 2 6.330 3.283 2.656 + 1 G5E C3 3 6.321 3.361 2.541 + 1 G5E C7 4 6.426 3.498 2.362 + 1 G5E C10 5 6.449 3.677 2.236 + 1 G5E C12 6 6.570 3.684 2.448 + 1 G5E C13 7 6.707 3.692 2.422 + 1 G5E C14 8 6.793 3.751 2.516 + 1 G5E C15 9 6.742 3.801 2.635 + 1 G5E C16 10 6.605 3.793 2.661 + 1 G5E C4 11 6.438 3.406 2.478 + 1 G5E C5 12 6.564 3.375 2.531 + 1 G5E C6 13 6.572 3.297 2.645 + 1 G5E N8 14 6.353 3.478 2.256 + 1 G5E N9 15 6.368 3.590 2.173 + 1 G5E N11 16 6.485 3.623 2.353 + 1 G5E C17 17 6.519 3.734 2.568 + 1 G5E S18 18 6.498 3.829 2.176 + 1 G5E F19 19 6.755 3.642 2.306 + 1 G5E O20 20 6.199 3.392 2.489 + 1 G5E O21 21 6.465 3.175 2.819 + 11.88000 13.08400 12.91800
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/lig.itp Wed Apr 15 14:36:05 2020 -0400 @@ -0,0 +1,202 @@ +; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020 + +[ atomtypes ] +;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb + C C 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CZ CZ 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CK CK 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CM CM 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + CD CD 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 + NB NB 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 + N* N* 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 + DU DU 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000 + F F 0.00000 0.00000 A 3.11815e-01 2.55224e-01 ; 1.75 0.0610 + O O 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100 + +[ moleculetype ] +;name nrexcl + base 3 + +[ atoms ] +; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type + 1 C 1 G5E C1 1 0.545501 12.01000 ; qtot 0.546 + 2 CZ 1 G5E C2 2 0.075000 12.01000 ; qtot 0.621 + 3 C 1 G5E C3 3 0.508501 12.01000 ; qtot 1.129 + 4 CK 1 G5E C7 4 0.208200 12.01000 ; qtot 1.337 + 5 C 1 G5E C10 5 0.352800 12.01000 ; qtot 1.690 + 6 CM 1 G5E C12 6 0.002500 12.01000 ; qtot 1.693 + 7 CM 1 G5E C13 7 0.233400 12.01000 ; qtot 1.926 + 8 CZ 1 G5E C14 8 -0.087900 12.01000 ; qtot 1.838 + 9 CZ 1 G5E C15 9 0.072000 12.01000 ; qtot 1.910 + 10 CZ 1 G5E C16 10 0.028000 12.01000 ; qtot 1.938 + 11 CD 1 G5E C4 11 -0.048900 12.01000 ; qtot 1.889 + 12 CZ 1 G5E C5 12 -0.123300 12.01000 ; qtot 1.766 + 13 CZ 1 G5E C6 13 -0.161200 12.01000 ; qtot 1.605 + 14 NB 1 G5E N8 14 -0.082600 14.01000 ; qtot 1.522 + 15 NB 1 G5E N9 15 -0.125400 14.01000 ; qtot 1.397 + 16 N* 1 G5E N11 16 -0.261200 14.01000 ; qtot 1.135 + 17 CZ 1 G5E C17 17 -0.043900 12.01000 ; qtot 1.092 + 18 DU 1 G5E S18 18 -0.081400 0.00000 ; qtot 1.010 + 19 F 1 G5E F19 19 -0.100500 19.00000 ; qtot 0.910 + 20 O 1 G5E O20 20 -0.460300 16.00000 ; qtot 0.449 + 21 O 1 G5E O21 21 -0.449300 16.00000 ; qtot -0.000 + +[ bonds ] +; ai aj funct r k + 1 2 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C2 + 1 13 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C6 + 1 21 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C1 - O21 + 2 3 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C2 - C3 + 3 11 1 1.4680e-01 3.1045e+05 ; C3 - C4 + 3 20 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C3 - O20 + 4 11 1 1.4280e-01 3.5129e+05 ; C7 - C4 + 4 14 1 1.3040e-01 4.4267e+05 ; C7 - N8 + 4 16 1 1.3710e-01 3.6819e+05 ; C7 - N11 + 5 15 1 1.3870e-01 3.4886e+05 ; C10 - N9 + 5 16 1 1.3830e-01 3.5480e+05 ; C10 - N11 + 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; C10 - S18 + 6 7 1 1.3500e-01 4.5940e+05 ; C12 - C13 + 6 16 1 1.3650e-01 3.7489e+05 ; C12 - N11 + 6 17 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C12 - C17 + 7 8 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C13 - C14 + 7 19 1 1.3490e-01 2.9941e+05 ; C13 - F19 + 8 9 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C14 - C15 + 9 10 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C15 - C16 + 10 17 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C16 - C17 + 11 12 1 1.3150e-01 5.0827e+05 ; C4 - C5 + 12 13 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C5 - C6 + 14 15 1 1.3650e-01 4.2710e+05 ; N8 - N9 + +[ pairs ] +; ai aj funct + 1 11 1 ; C1 - C4 + 1 20 1 ; C1 - O20 + 2 4 1 ; C2 - C7 + 2 12 1 ; C2 - C5 + 3 13 1 ; C3 - C6 + 3 14 1 ; C3 - N8 + 3 16 1 ; C3 - N11 + 4 7 1 ; C7 - C13 + 4 13 1 ; C7 - C6 + 4 17 1 ; C7 - C17 + 4 18 1 ; C7 - S18 + 4 20 1 ; C7 - O20 + 5 7 1 ; C10 - C13 + 5 11 1 ; C10 - C4 + 5 17 1 ; C10 - C17 + 6 9 1 ; C12 - C15 + 6 11 1 ; C12 - C4 + 6 14 1 ; C12 - N8 + 6 15 1 ; C12 - N9 + 6 18 1 ; C12 - S18 + 7 10 1 ; C13 - C16 + 8 16 1 ; C14 - N11 + 8 17 1 ; C14 - C17 + 9 19 1 ; C15 - F19 + 10 16 1 ; C16 - N11 + 11 15 1 ; C4 - N9 + 12 14 1 ; C5 - N8 + 12 16 1 ; C5 - N11 + 12 20 1 ; C5 - O20 + 14 18 1 ; N8 - S18 + 16 19 1 ; N11 - F19 + 17 19 1 ; C17 - F19 + 21 3 1 ; O21 - C3 + 21 12 1 ; O21 - C5 + +[ angles ] +; ai aj ak funct theta cth + 1 2 3 1 1.8000e+02 4.4183e+02 ; C1 - C2 - C3 + 1 13 12 1 1.8000e+02 4.6944e+02 ; C1 - C6 - C5 + 2 1 13 1 1.1532e+02 5.4476e+02 ; C2 - C1 - C6 + 2 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C1 - O21 + 2 3 11 1 1.1558e+02 5.4266e+02 ; C2 - C3 - C4 + 2 3 20 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C3 - O20 + 3 11 4 1 1.2269e+02 5.3220e+02 ; C3 - C4 - C7 + 3 11 12 1 1.1788e+02 5.4392e+02 ; C3 - C4 - C5 + 4 11 12 1 1.2591e+02 5.3388e+02 ; C7 - C4 - C5 + 4 14 15 1 1.0862e+02 6.1003e+02 ; C7 - N8 - N9 + 4 16 5 1 1.2049e+02 5.5815e+02 ; C7 - N11 - C10 + 4 16 6 1 1.0424e+02 5.9664e+02 ; C7 - N11 - C12 + 5 15 14 1 1.0834e+02 6.1505e+02 ; C10 - N9 - N8 + 5 16 6 1 1.2160e+02 5.8576e+02 ; C10 - N11 - C12 + 6 7 8 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C12 - C13 - C14 + 6 7 19 1 1.1896e+02 5.6149e+02 ; C12 - C13 - F19 + 6 17 10 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C12 - C17 - C16 + 7 6 16 1 1.2120e+02 5.8576e+02 ; C13 - C12 - N11 + 7 6 17 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C13 - C12 - C17 + 7 8 9 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C13 - C14 - C15 + 8 7 19 1 1.1875e+02 5.5274e+02 ; C14 - C13 - F19 + 8 9 10 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C14 - C15 - C16 + 9 10 17 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C15 - C16 - C17 + 11 3 20 1 1.2393e+02 5.7823e+02 ; C4 - C3 - O20 + 11 4 14 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N8 + 11 4 16 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N11 + 11 12 13 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C4 - C5 - C6 + 13 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C6 - C1 - O21 + 14 4 16 1 1.1390e+02 5.8576e+02 ; N8 - C7 - N11 + 15 5 16 1 1.1031e+02 6.1337e+02 ; N9 - C10 - N11 + 15 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N9 - C10 - S18 + 16 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N11 - C10 - S18 + 16 6 17 1 1.1687e+02 5.8241e+02 ; N11 - C12 - C17 + +[ dihedrals ] ; propers +; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 +; i j k l func phase kd pn + 1 2 3 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- C4 + 1 2 3 20 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- O20 + 1 13 12 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C6- C5- C4 + 2 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; C2- C1- C6- C5 + 2 3 11 4 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C7 + 2 3 11 12 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C5 + 3 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N8 + 3 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N11 + 3 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C3- C4- C5- C6 + 4 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C7- C4- C3- O20 + 4 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C7- C4- C5- C6 + 4 14 15 5 9 180.00 16.73600 2 ; C7- N8- N9- C10 + 4 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- N9 + 4 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- S18 + 4 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C13 + 4 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C17 + 5 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- C4 + 5 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- N8 + 5 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C13 + 5 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C17 + 6 7 8 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C13- C14- C15 + 6 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- C4 + 6 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- N8 + 6 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- N9 + 6 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- S18 + 6 17 10 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C17- C16- C15 + 7 6 17 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C12- C17- C16 + 7 8 9 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C14- C15- C16 + 8 7 6 16 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- N11 + 8 7 6 17 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- C17 + 8 9 10 17 9 180.00 0.00000 2 ; C14- C15- C16- C17 + 9 8 7 19 9 180.00 0.00000 2 ; C15- C14- C13- F19 + 10 17 6 16 9 180.00 0.00000 2 ; C16- C17- C12- N11 + 11 4 14 15 9 180.00 41.84000 2 ; C4- C7- N8- N9 + 12 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C5- C4- C3- O20 + 12 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N8 + 12 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N11 + 13 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; C6- C1- C2- C3 + 14 15 5 16 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- N11 + 14 15 5 18 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- S18 + 15 14 4 16 9 180.00 41.84000 2 ; N9- N8- C7- N11 + 16 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; N11- C12- C13- F19 + 17 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; C17- C12- C13- F19 + 21 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C2- C3 + 21 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C6- C5 + +[ dihedrals ] ; impropers +; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function +; i j k l func phase kd pn + 3 4 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C7- C4- C5 + 5 4 16 6 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C7- N11- C12 + 6 8 7 19 4 180.00 4.60240 2 ; C12- C14- C13- F19 + 7 17 6 16 4 180.00 4.60240 2 ; C13- C17- C12- N11 + 11 2 3 20 4 180.00 43.93200 2 ; C4- C2- C3- O20 + 11 16 4 14 4 180.00 4.60240 2 ; C4- N11- C7- N8 + 18 16 5 15 4 180.00 4.60240 2 ; S18- N11- C10- N9 + 21 1 13 2 4 180.00 43.93200 2 ; O21- C1- C6- C2
--- a/test-data/top_output.top Tue Jan 21 07:27:13 2020 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,19416 +0,0 @@ -; -; File 'topol.top' was generated -; By user: unknown (1000) -; On host: simon-notebook -; At date: Wed Aug 28 14:35:18 2019 -; -; This is a standalone topology file -; -; Created by: -; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-: -; -; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx -; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/gmx -; Working dir: /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs -; Command line: -; gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -; Force field was read from the standard GROMACS share directory. -; - -; Include forcefield parameters -#include "oplsaa.ff/forcefield.itp" - -[ moleculetype ] -; Name nrexcl -Protein_chain_A 3 - -[ atoms ] -; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB -; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0 - 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027 - 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008 - 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008 - 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008 - 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011 - 6 opls_140 1 LYS HA 1 0.06 1.008 - 7 opls_136 1 LYS CB 2 -0.12 12.011 - 8 opls_140 1 LYS HB1 2 0.06 1.008 - 9 opls_140 1 LYS HB2 2 0.06 1.008 - 10 opls_136 1 LYS CG 3 -0.12 12.011 - 11 opls_140 1 LYS HG1 3 0.06 1.008 - 12 opls_140 1 LYS HG2 3 0.06 1.008 - 13 opls_136 1 LYS CD 4 -0.12 12.011 - 14 opls_140 1 LYS HD1 4 0.06 1.008 - 15 opls_140 1 LYS HD2 4 0.06 1.008 - 16 opls_292 1 LYS CE 5 0.19 12.011 - 17 opls_140 1 LYS HE1 5 0.06 1.008 - 18 opls_140 1 LYS HE2 5 0.06 1.008 - 19 opls_287 1 LYS NZ 6 -0.3 14.0067 - 20 opls_290 1 LYS HZ1 6 0.33 1.008 - 21 opls_290 1 LYS HZ2 6 0.33 1.008 - 22 opls_290 1 LYS HZ3 6 0.33 1.008 - 23 opls_235 1 LYS C 7 0.5 12.011 - 24 opls_236 1 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 2 VAL rtp VAL q 0.0 - 25 opls_238 2 VAL N 8 -0.5 14.0067 - 26 opls_241 2 VAL H 8 0.3 1.008 - 27 opls_224B 2 VAL CA 8 0.14 12.011 - 28 opls_140 2 VAL HA 8 0.06 1.008 - 29 opls_137 2 VAL CB 9 -0.06 12.011 - 30 opls_140 2 VAL HB 9 0.06 1.008 - 31 opls_135 2 VAL CG1 10 -0.18 12.011 - 32 opls_140 2 VAL HG11 10 0.06 1.008 - 33 opls_140 2 VAL HG12 10 0.06 1.008 - 34 opls_140 2 VAL HG13 10 0.06 1.008 - 35 opls_135 2 VAL CG2 11 -0.18 12.011 - 36 opls_140 2 VAL HG21 11 0.06 1.008 - 37 opls_140 2 VAL HG22 11 0.06 1.008 - 38 opls_140 2 VAL HG23 11 0.06 1.008 - 39 opls_235 2 VAL C 12 0.5 12.011 - 40 opls_236 2 VAL O 12 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 3 PHE rtp PHE q 0.0 - 41 opls_238 3 PHE N 13 -0.5 14.0067 - 42 opls_241 3 PHE H 13 0.3 1.008 - 43 opls_224B 3 PHE CA 13 0.14 12.011 - 44 opls_140 3 PHE HA 13 0.06 1.008 - 45 opls_149 3 PHE CB 14 -0.005 12.011 - 46 opls_140 3 PHE HB1 14 0.06 1.008 - 47 opls_140 3 PHE HB2 14 0.06 1.008 - 48 opls_145 3 PHE CG 14 -0.115 12.011 - 49 opls_145 3 PHE CD1 15 -0.115 12.011 - 50 opls_146 3 PHE HD1 15 0.115 1.008 - 51 opls_145 3 PHE CD2 16 -0.115 12.011 - 52 opls_146 3 PHE HD2 16 0.115 1.008 - 53 opls_145 3 PHE CE1 17 -0.115 12.011 - 54 opls_146 3 PHE HE1 17 0.115 1.008 - 55 opls_145 3 PHE CE2 18 -0.115 12.011 - 56 opls_146 3 PHE HE2 18 0.115 1.008 - 57 opls_145 3 PHE CZ 19 -0.115 12.011 - 58 opls_146 3 PHE HZ 19 0.115 1.008 - 59 opls_235 3 PHE C 20 0.5 12.011 - 60 opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0 - 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067 - 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008 - 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011 - 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008 - 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008 - 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011 - 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 5 ARG rtp ARG q +1.0 - 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067 - 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008 - 70 opls_224B 5 ARG CA 23 0.14 12.011 - 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008 - 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011 - 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008 - 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008 - 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011 - 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008 - 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008 - 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011 - 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008 - 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008 - 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067 - 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008 - 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011 - 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067 - 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008 - 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008 - 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067 - 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008 - 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008 - 90 opls_235 5 ARG C 30 0.5 12.011 - 91 opls_236 5 ARG O 30 -0.5 15.9994 ; qtot 3 -; residue 6 CYS rtp CYS2 q 0.0 - 92 opls_238 6 CYS N 31 -0.5 14.0067 - 93 opls_241 6 CYS H 31 0.3 1.008 - 94 opls_224B 6 CYS CA 31 0.14 12.011 - 95 opls_140 6 CYS HA 31 0.06 1.008 - 96 opls_214 6 CYS CB 32 0.0975 12.011 - 97 opls_140 6 CYS HB1 32 0.06 1.008 - 98 opls_140 6 CYS HB2 32 0.06 1.008 - 99 opls_203 6 CYS SG 32 -0.2175 32.06 - 100 opls_235 6 CYS C 33 0.5 12.011 - 101 opls_236 6 CYS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 3 -; residue 7 GLU rtp GLU q -1.0 - 102 opls_238 7 GLU N 34 -0.5 14.0067 - 103 opls_241 7 GLU H 34 0.3 1.008 - 104 opls_224B 7 GLU CA 34 0.14 12.011 - 105 opls_140 7 GLU HA 34 0.06 1.008 - 106 opls_136 7 GLU CB 35 -0.12 12.011 - 107 opls_140 7 GLU HB1 35 0.06 1.008 - 108 opls_140 7 GLU HB2 35 0.06 1.008 - 109 opls_274 7 GLU CG 36 -0.22 12.011 - 110 opls_140 7 GLU HG1 36 0.06 1.008 - 111 opls_140 7 GLU HG2 36 0.06 1.008 - 112 opls_271 7 GLU CD 37 0.7 12.011 - 113 opls_272 7 GLU OE1 37 -0.8 15.9994 - 114 opls_272 7 GLU OE2 37 -0.8 15.9994 - 115 opls_235 7 GLU C 38 0.5 12.011 - 116 opls_236 7 GLU O 38 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 8 LEU rtp LEU q 0.0 - 117 opls_238 8 LEU N 39 -0.5 14.0067 - 118 opls_241 8 LEU H 39 0.3 1.008 - 119 opls_224B 8 LEU CA 39 0.14 12.011 - 120 opls_140 8 LEU HA 39 0.06 1.008 - 121 opls_136 8 LEU CB 40 -0.12 12.011 - 122 opls_140 8 LEU HB1 40 0.06 1.008 - 123 opls_140 8 LEU HB2 40 0.06 1.008 - 124 opls_137 8 LEU CG 41 -0.06 12.011 - 125 opls_140 8 LEU HG 41 0.06 1.008 - 126 opls_135 8 LEU CD1 42 -0.18 12.011 - 127 opls_140 8 LEU HD11 42 0.06 1.008 - 128 opls_140 8 LEU HD12 42 0.06 1.008 - 129 opls_140 8 LEU HD13 42 0.06 1.008 - 130 opls_135 8 LEU CD2 43 -0.18 12.011 - 131 opls_140 8 LEU HD21 43 0.06 1.008 - 132 opls_140 8 LEU HD22 43 0.06 1.008 - 133 opls_140 8 LEU HD23 43 0.06 1.008 - 134 opls_235 8 LEU C 44 0.5 12.011 - 135 opls_236 8 LEU O 44 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 9 ALA rtp ALA q 0.0 - 136 opls_238 9 ALA N 45 -0.5 14.0067 - 137 opls_241 9 ALA H 45 0.3 1.008 - 138 opls_224B 9 ALA CA 45 0.14 12.011 - 139 opls_140 9 ALA HA 45 0.06 1.008 - 140 opls_135 9 ALA CB 46 -0.18 12.011 - 141 opls_140 9 ALA HB1 46 0.06 1.008 - 142 opls_140 9 ALA HB2 46 0.06 1.008 - 143 opls_140 9 ALA HB3 46 0.06 1.008 - 144 opls_235 9 ALA C 47 0.5 12.011 - 145 opls_236 9 ALA O 47 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 10 ALA rtp ALA q 0.0 - 146 opls_238 10 ALA N 48 -0.5 14.0067 - 147 opls_241 10 ALA H 48 0.3 1.008 - 148 opls_224B 10 ALA CA 48 0.14 12.011 - 149 opls_140 10 ALA HA 48 0.06 1.008 - 150 opls_135 10 ALA CB 49 -0.18 12.011 - 151 opls_140 10 ALA HB1 49 0.06 1.008 - 152 opls_140 10 ALA HB2 49 0.06 1.008 - 153 opls_140 10 ALA HB3 49 0.06 1.008 - 154 opls_235 10 ALA C 50 0.5 12.011 - 155 opls_236 10 ALA O 50 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 11 ALA rtp ALA q 0.0 - 156 opls_238 11 ALA N 51 -0.5 14.0067 - 157 opls_241 11 ALA H 51 0.3 1.008 - 158 opls_224B 11 ALA CA 51 0.14 12.011 - 159 opls_140 11 ALA HA 51 0.06 1.008 - 160 opls_135 11 ALA CB 52 -0.18 12.011 - 161 opls_140 11 ALA HB1 52 0.06 1.008 - 162 opls_140 11 ALA HB2 52 0.06 1.008 - 163 opls_140 11 ALA HB3 52 0.06 1.008 - 164 opls_235 11 ALA C 53 0.5 12.011 - 165 opls_236 11 ALA O 53 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 12 MET rtp MET q 0.0 - 166 opls_238 12 MET N 54 -0.5 14.0067 - 167 opls_241 12 MET H 54 0.3 1.008 - 168 opls_224B 12 MET CA 54 0.14 12.011 - 169 opls_140 12 MET HA 54 0.06 1.008 - 170 opls_136 12 MET CB 55 -0.12 12.011 - 171 opls_140 12 MET HB1 55 0.06 1.008 - 172 opls_140 12 MET HB2 55 0.06 1.008 - 173 opls_210 12 MET CG 56 0.048 12.011 - 174 opls_140 12 MET HG1 56 0.06 1.008 - 175 opls_140 12 MET HG2 56 0.06 1.008 - 176 opls_202 12 MET SD 57 -0.335 32.06 - 177 opls_209 12 MET CE 58 -0.013 12.011 - 178 opls_140 12 MET HE1 58 0.06 1.008 - 179 opls_140 12 MET HE2 58 0.06 1.008 - 180 opls_140 12 MET HE3 58 0.06 1.008 - 181 opls_235 12 MET C 59 0.5 12.011 - 182 opls_236 12 MET O 59 -0.5 15.9994 ; qtot 2 -; residue 13 LYS rtp LYSH q +1.0 - 183 opls_238 13 LYS N 60 -0.5 14.0067 - 184 opls_241 13 LYS H 60 0.3 1.008 - 185 opls_224B 13 LYS CA 60 0.14 12.011 - 186 opls_140 13 LYS HA 60 0.06 1.008 - 187 opls_136 13 LYS CB 61 -0.12 12.011 - 188 opls_140 13 LYS HB1 61 0.06 1.008 - 189 opls_140 13 LYS HB2 61 0.06 1.008 - 190 opls_136 13 LYS CG 62 -0.12 12.011 - 191 opls_140 13 LYS HG1 62 0.06 1.008 - 192 opls_140 13 LYS HG2 62 0.06 1.008 - 193 opls_136 13 LYS CD 63 -0.12 12.011 - 194 opls_140 13 LYS HD1 63 0.06 1.008 - 195 opls_140 13 LYS HD2 63 0.06 1.008 - 196 opls_292 13 LYS CE 64 0.19 12.011 - 197 opls_140 13 LYS HE1 64 0.06 1.008 - 198 opls_140 13 LYS HE2 64 0.06 1.008 - 199 opls_287 13 LYS NZ 65 -0.3 14.0067 - 200 opls_290 13 LYS HZ1 65 0.33 1.008 - 201 opls_290 13 LYS HZ2 65 0.33 1.008 - 202 opls_290 13 LYS HZ3 65 0.33 1.008 - 203 opls_235 13 LYS C 66 0.5 12.011 - 204 opls_236 13 LYS O 66 -0.5 15.9994 ; qtot 3 -; residue 14 ARG rtp ARG q +1.0 - 205 opls_238 14 ARG N 67 -0.5 14.0067 - 206 opls_241 14 ARG H 67 0.3 1.008 - 207 opls_224B 14 ARG CA 67 0.14 12.011 - 208 opls_140 14 ARG HA 67 0.06 1.008 - 209 opls_136 14 ARG CB 68 -0.12 12.011 - 210 opls_140 14 ARG HB1 68 0.06 1.008 - 211 opls_140 14 ARG HB2 68 0.06 1.008 - 212 opls_308 14 ARG CG 69 -0.05 12.011 - 213 opls_140 14 ARG HG1 69 0.06 1.008 - 214 opls_140 14 ARG HG2 69 0.06 1.008 - 215 opls_307 14 ARG CD 70 0.19 12.011 - 216 opls_140 14 ARG HD1 70 0.06 1.008 - 217 opls_140 14 ARG HD2 70 0.06 1.008 - 218 opls_303 14 ARG NE 71 -0.7 14.0067 - 219 opls_304 14 ARG HE 71 0.44 1.008 - 220 opls_302 14 ARG CZ 71 0.64 12.011 - 221 opls_300 14 ARG NH1 72 -0.8 14.0067 - 222 opls_301 14 ARG HH11 72 0.46 1.008 - 223 opls_301 14 ARG HH12 72 0.46 1.008 - 224 opls_300 14 ARG NH2 73 -0.8 14.0067 - 225 opls_301 14 ARG HH21 73 0.46 1.008 - 226 opls_301 14 ARG HH22 73 0.46 1.008 - 227 opls_235 14 ARG C 74 0.5 12.011 - 228 opls_236 14 ARG O 74 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 15 HIS rtp HISE q 0.0 - 229 opls_238 15 HIS N 75 -0.5 14.0067 - 230 opls_241 15 HIS H 75 0.3 1.008 - 231 opls_224B 15 HIS CA 75 0.14 12.011 - 232 opls_140 15 HIS HA 75 0.06 1.008 - 233 opls_505 15 HIS CB 76 -0.005 12.011 - 234 opls_140 15 HIS HB1 76 0.06 1.008 - 235 opls_140 15 HIS HB2 76 0.06 1.008 - 236 opls_507 15 HIS CG 77 -0.015 12.011 - 237 opls_511 15 HIS ND1 77 -0.49 14.0067 - 238 opls_508 15 HIS CD2 78 0.015 12.011 - 239 opls_146 15 HIS HD2 78 0.115 1.008 - 240 opls_506 15 HIS CE1 79 0.295 12.011 - 241 opls_146 15 HIS HE1 79 0.115 1.008 - 242 opls_503 15 HIS NE2 80 -0.57 14.0067 - 243 opls_504 15 HIS HE2 80 0.42 1.008 - 244 opls_235 15 HIS C 81 0.5 12.011 - 245 opls_236 15 HIS O 81 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 16 GLY rtp GLY q 0.0 - 246 opls_238 16 GLY N 82 -0.5 14.0067 - 247 opls_241 16 GLY H 82 0.3 1.008 - 248 opls_223B 16 GLY CA 82 0.08 12.011 - 249 opls_140 16 GLY HA1 82 0.06 1.008 - 250 opls_140 16 GLY HA2 82 0.06 1.008 - 251 opls_235 16 GLY C 83 0.5 12.011 - 252 opls_236 16 GLY O 83 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 17 LEU rtp LEU q 0.0 - 253 opls_238 17 LEU N 84 -0.5 14.0067 - 254 opls_241 17 LEU H 84 0.3 1.008 - 255 opls_224B 17 LEU CA 84 0.14 12.011 - 256 opls_140 17 LEU HA 84 0.06 1.008 - 257 opls_136 17 LEU CB 85 -0.12 12.011 - 258 opls_140 17 LEU HB1 85 0.06 1.008 - 259 opls_140 17 LEU HB2 85 0.06 1.008 - 260 opls_137 17 LEU CG 86 -0.06 12.011 - 261 opls_140 17 LEU HG 86 0.06 1.008 - 262 opls_135 17 LEU CD1 87 -0.18 12.011 - 263 opls_140 17 LEU HD11 87 0.06 1.008 - 264 opls_140 17 LEU HD12 87 0.06 1.008 - 265 opls_140 17 LEU HD13 87 0.06 1.008 - 266 opls_135 17 LEU CD2 88 -0.18 12.011 - 267 opls_140 17 LEU HD21 88 0.06 1.008 - 268 opls_140 17 LEU HD22 88 0.06 1.008 - 269 opls_140 17 LEU HD23 88 0.06 1.008 - 270 opls_235 17 LEU C 89 0.5 12.011 - 271 opls_236 17 LEU O 89 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 18 ASP rtp ASP q -1.0 - 272 opls_238 18 ASP N 90 -0.5 14.0067 - 273 opls_241 18 ASP H 90 0.3 1.008 - 274 opls_224B 18 ASP CA 90 0.14 12.011 - 275 opls_140 18 ASP HA 90 0.06 1.008 - 276 opls_274 18 ASP CB 91 -0.22 12.011 - 277 opls_140 18 ASP HB1 91 0.06 1.008 - 278 opls_140 18 ASP HB2 91 0.06 1.008 - 279 opls_271 18 ASP CG 92 0.7 12.011 - 280 opls_272 18 ASP OD1 92 -0.8 15.9994 - 281 opls_272 18 ASP OD2 92 -0.8 15.9994 - 282 opls_235 18 ASP C 93 0.5 12.011 - 283 opls_236 18 ASP O 93 -0.5 15.9994 ; qtot 3 -; residue 19 ASN rtp ASN q 0.0 - 284 opls_238 19 ASN N 94 -0.5 14.0067 - 285 opls_241 19 ASN H 94 0.3 1.008 - 286 opls_224B 19 ASN CA 95 0.14 12.011 - 287 opls_140 19 ASN HA 95 0.06 1.008 - 288 opls_136 19 ASN CB 96 -0.12 12.011 - 289 opls_140 19 ASN HB1 96 0.06 1.008 - 290 opls_140 19 ASN HB2 96 0.06 1.008 - 291 opls_235 19 ASN CG 97 0.5 12.011 - 292 opls_236 19 ASN OD1 97 -0.5 15.9994 - 293 opls_237 19 ASN ND2 98 -0.76 14.0067 - 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317 opls_235 20 TYR C 107 0.5 12.011 - 318 opls_236 20 TYR O 107 -0.5 15.9994 ; qtot 3 -; residue 21 ARG rtp ARG q +1.0 - 319 opls_238 21 ARG N 108 -0.5 14.0067 - 320 opls_241 21 ARG H 108 0.3 1.008 - 321 opls_224B 21 ARG CA 108 0.14 12.011 - 322 opls_140 21 ARG HA 108 0.06 1.008 - 323 opls_136 21 ARG CB 109 -0.12 12.011 - 324 opls_140 21 ARG HB1 109 0.06 1.008 - 325 opls_140 21 ARG HB2 109 0.06 1.008 - 326 opls_308 21 ARG CG 110 -0.05 12.011 - 327 opls_140 21 ARG HG1 110 0.06 1.008 - 328 opls_140 21 ARG HG2 110 0.06 1.008 - 329 opls_307 21 ARG CD 111 0.19 12.011 - 330 opls_140 21 ARG HD1 111 0.06 1.008 - 331 opls_140 21 ARG HD2 111 0.06 1.008 - 332 opls_303 21 ARG NE 112 -0.7 14.0067 - 333 opls_304 21 ARG HE 112 0.44 1.008 - 334 opls_302 21 ARG CZ 112 0.64 12.011 - 335 opls_300 21 ARG NH1 113 -0.8 14.0067 - 336 opls_301 21 ARG HH11 113 0.46 1.008 - 337 opls_301 21 ARG HH12 113 0.46 1.008 - 338 opls_300 21 ARG NH2 114 -0.8 14.0067 - 339 opls_301 21 ARG HH21 114 0.46 1.008 - 340 opls_301 21 ARG HH22 114 0.46 1.008 - 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527 opls_146 34 PHE HE1 180 0.115 1.008 - 528 opls_145 34 PHE CE2 181 -0.115 12.011 - 529 opls_146 34 PHE HE2 181 0.115 1.008 - 530 opls_145 34 PHE CZ 182 -0.115 12.011 - 531 opls_146 34 PHE HZ 182 0.115 1.008 - 532 opls_235 34 PHE C 183 0.5 12.011 - 533 opls_236 34 PHE O 183 -0.5 15.9994 ; qtot 5 -; residue 35 GLU rtp GLU q -1.0 - 534 opls_238 35 GLU N 184 -0.5 14.0067 - 535 opls_241 35 GLU H 184 0.3 1.008 - 536 opls_224B 35 GLU CA 184 0.14 12.011 - 537 opls_140 35 GLU HA 184 0.06 1.008 - 538 opls_136 35 GLU CB 185 -0.12 12.011 - 539 opls_140 35 GLU HB1 185 0.06 1.008 - 540 opls_140 35 GLU HB2 185 0.06 1.008 - 541 opls_274 35 GLU CG 186 -0.22 12.011 - 542 opls_140 35 GLU HG1 186 0.06 1.008 - 543 opls_140 35 GLU HG2 186 0.06 1.008 - 544 opls_271 35 GLU CD 187 0.7 12.011 - 545 opls_272 35 GLU OE1 187 -0.8 15.9994 - 546 opls_272 35 GLU OE2 187 -0.8 15.9994 - 547 opls_235 35 GLU C 188 0.5 12.011 - 548 opls_236 35 GLU O 188 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 36 SER rtp SER q 0.0 - 549 opls_238 36 SER N 189 -0.5 14.0067 - 550 opls_241 36 SER H 189 0.3 1.008 - 551 opls_224B 36 SER CA 189 0.14 12.011 - 552 opls_140 36 SER HA 189 0.06 1.008 - 553 opls_157 36 SER CB 190 0.145 12.011 - 554 opls_140 36 SER HB1 190 0.06 1.008 - 555 opls_140 36 SER HB2 190 0.06 1.008 - 556 opls_154 36 SER OG 191 -0.683 15.9994 - 557 opls_155 36 SER HG 191 0.418 1.008 - 558 opls_235 36 SER C 192 0.5 12.011 - 559 opls_236 36 SER O 192 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 37 ASN rtp ASN q 0.0 - 560 opls_238 37 ASN N 193 -0.5 14.0067 - 561 opls_241 37 ASN H 193 0.3 1.008 - 562 opls_224B 37 ASN CA 194 0.14 12.011 - 563 opls_140 37 ASN HA 194 0.06 1.008 - 564 opls_136 37 ASN CB 195 -0.12 12.011 - 565 opls_140 37 ASN HB1 195 0.06 1.008 - 566 opls_140 37 ASN HB2 195 0.06 1.008 - 567 opls_235 37 ASN CG 196 0.5 12.011 - 568 opls_236 37 ASN OD1 196 -0.5 15.9994 - 569 opls_237 37 ASN ND2 197 -0.76 14.0067 - 570 opls_240 37 ASN HD21 197 0.38 1.008 - 571 opls_240 37 ASN HD22 197 0.38 1.008 - 572 opls_235 37 ASN C 198 0.5 12.011 - 573 opls_236 37 ASN O 198 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 38 PHE rtp PHE q 0.0 - 574 opls_238 38 PHE N 199 -0.5 14.0067 - 575 opls_241 38 PHE H 199 0.3 1.008 - 576 opls_224B 38 PHE CA 199 0.14 12.011 - 577 opls_140 38 PHE HA 199 0.06 1.008 - 578 opls_149 38 PHE CB 200 -0.005 12.011 - 579 opls_140 38 PHE HB1 200 0.06 1.008 - 580 opls_140 38 PHE HB2 200 0.06 1.008 - 581 opls_145 38 PHE CG 200 -0.115 12.011 - 582 opls_145 38 PHE CD1 201 -0.115 12.011 - 583 opls_146 38 PHE HD1 201 0.115 1.008 - 584 opls_145 38 PHE CD2 202 -0.115 12.011 - 585 opls_146 38 PHE HD2 202 0.115 1.008 - 586 opls_145 38 PHE CE1 203 -0.115 12.011 - 587 opls_146 38 PHE HE1 203 0.115 1.008 - 588 opls_145 38 PHE CE2 204 -0.115 12.011 - 589 opls_146 38 PHE HE2 204 0.115 1.008 - 590 opls_145 38 PHE CZ 205 -0.115 12.011 - 591 opls_146 38 PHE HZ 205 0.115 1.008 - 592 opls_235 38 PHE C 206 0.5 12.011 - 593 opls_236 38 PHE O 206 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 39 ASN rtp ASN q 0.0 - 594 opls_238 39 ASN N 207 -0.5 14.0067 - 595 opls_241 39 ASN H 207 0.3 1.008 - 596 opls_224B 39 ASN CA 208 0.14 12.011 - 597 opls_140 39 ASN HA 208 0.06 1.008 - 598 opls_136 39 ASN CB 209 -0.12 12.011 - 599 opls_140 39 ASN HB1 209 0.06 1.008 - 600 opls_140 39 ASN HB2 209 0.06 1.008 - 601 opls_235 39 ASN CG 210 0.5 12.011 - 602 opls_236 39 ASN OD1 210 -0.5 15.9994 - 603 opls_237 39 ASN ND2 211 -0.76 14.0067 - 604 opls_240 39 ASN HD21 211 0.38 1.008 - 605 opls_240 39 ASN HD22 211 0.38 1.008 - 606 opls_235 39 ASN C 212 0.5 12.011 - 607 opls_236 39 ASN O 212 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 40 THR rtp THR q 0.0 - 608 opls_238 40 THR N 213 -0.5 14.0067 - 609 opls_241 40 THR H 213 0.3 1.008 - 610 opls_224B 40 THR CA 213 0.14 12.011 - 611 opls_140 40 THR HA 213 0.06 1.008 - 612 opls_158 40 THR CB 214 0.205 12.011 - 613 opls_140 40 THR HB 214 0.06 1.008 - 614 opls_154 40 THR OG1 214 -0.683 15.9994 - 615 opls_155 40 THR HG1 214 0.418 1.008 - 616 opls_135 40 THR CG2 215 -0.18 12.011 - 617 opls_140 40 THR HG21 215 0.06 1.008 - 618 opls_140 40 THR HG22 215 0.06 1.008 - 619 opls_140 40 THR HG23 215 0.06 1.008 - 620 opls_235 40 THR C 216 0.5 12.011 - 621 opls_236 40 THR O 216 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 41 GLN rtp GLN q 0.0 - 622 opls_238 41 GLN N 217 -0.5 14.0067 - 623 opls_241 41 GLN H 217 0.3 1.008 - 624 opls_224B 41 GLN CA 218 0.14 12.011 - 625 opls_140 41 GLN HA 218 0.06 1.008 - 626 opls_136 41 GLN CB 219 -0.12 12.011 - 627 opls_140 41 GLN HB1 219 0.06 1.008 - 628 opls_140 41 GLN HB2 219 0.06 1.008 - 629 opls_136 41 GLN CG 220 -0.12 12.011 - 630 opls_140 41 GLN HG1 220 0.06 1.008 - 631 opls_140 41 GLN HG2 220 0.06 1.008 - 632 opls_235 41 GLN CD 221 0.5 12.011 - 633 opls_236 41 GLN OE1 221 -0.5 15.9994 - 634 opls_237 41 GLN NE2 222 -0.76 14.0067 - 635 opls_240 41 GLN HE21 222 0.38 1.008 - 636 opls_240 41 GLN HE22 222 0.38 1.008 - 637 opls_235 41 GLN C 223 0.5 12.011 - 638 opls_236 41 GLN O 223 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 42 ALA rtp ALA q 0.0 - 639 opls_238 42 ALA N 224 -0.5 14.0067 - 640 opls_241 42 ALA H 224 0.3 1.008 - 641 opls_224B 42 ALA CA 224 0.14 12.011 - 642 opls_140 42 ALA HA 224 0.06 1.008 - 643 opls_135 42 ALA CB 225 -0.18 12.011 - 644 opls_140 42 ALA HB1 225 0.06 1.008 - 645 opls_140 42 ALA HB2 225 0.06 1.008 - 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903 opls_224B 60 SER CA 314 0.14 12.011 - 904 opls_140 60 SER HA 314 0.06 1.008 - 905 opls_157 60 SER CB 315 0.145 12.011 - 906 opls_140 60 SER HB1 315 0.06 1.008 - 907 opls_140 60 SER HB2 315 0.06 1.008 - 908 opls_154 60 SER OG 316 -0.683 15.9994 - 909 opls_155 60 SER HG 316 0.418 1.008 - 910 opls_235 60 SER C 317 0.5 12.011 - 911 opls_236 60 SER O 317 -0.5 15.9994 ; qtot 3 -; residue 61 ARG rtp ARG q +1.0 - 912 opls_238 61 ARG N 318 -0.5 14.0067 - 913 opls_241 61 ARG H 318 0.3 1.008 - 914 opls_224B 61 ARG CA 318 0.14 12.011 - 915 opls_140 61 ARG HA 318 0.06 1.008 - 916 opls_136 61 ARG CB 319 -0.12 12.011 - 917 opls_140 61 ARG HB1 319 0.06 1.008 - 918 opls_140 61 ARG HB2 319 0.06 1.008 - 919 opls_308 61 ARG CG 320 -0.05 12.011 - 920 opls_140 61 ARG HG1 320 0.06 1.008 - 921 opls_140 61 ARG HG2 320 0.06 1.008 - 922 opls_307 61 ARG CD 321 0.19 12.011 - 923 opls_140 61 ARG HD1 321 0.06 1.008 - 924 opls_140 61 ARG HD2 321 0.06 1.008 - 925 opls_303 61 ARG NE 322 -0.7 14.0067 - 926 opls_304 61 ARG HE 322 0.44 1.008 - 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1019 opls_236 66 ASP O 360 -0.5 15.9994 ; qtot 3 -; residue 67 GLY rtp GLY q 0.0 - 1020 opls_238 67 GLY N 361 -0.5 14.0067 - 1021 opls_241 67 GLY H 361 0.3 1.008 - 1022 opls_223B 67 GLY CA 361 0.08 12.011 - 1023 opls_140 67 GLY HA1 361 0.06 1.008 - 1024 opls_140 67 GLY HA2 361 0.06 1.008 - 1025 opls_235 67 GLY C 362 0.5 12.011 - 1026 opls_236 67 GLY O 362 -0.5 15.9994 ; qtot 3 -; residue 68 ARG rtp ARG q +1.0 - 1027 opls_238 68 ARG N 363 -0.5 14.0067 - 1028 opls_241 68 ARG H 363 0.3 1.008 - 1029 opls_224B 68 ARG CA 363 0.14 12.011 - 1030 opls_140 68 ARG HA 363 0.06 1.008 - 1031 opls_136 68 ARG CB 364 -0.12 12.011 - 1032 opls_140 68 ARG HB1 364 0.06 1.008 - 1033 opls_140 68 ARG HB2 364 0.06 1.008 - 1034 opls_308 68 ARG CG 365 -0.05 12.011 - 1035 opls_140 68 ARG HG1 365 0.06 1.008 - 1036 opls_140 68 ARG HG2 365 0.06 1.008 - 1037 opls_307 68 ARG CD 366 0.19 12.011 - 1038 opls_140 68 ARG HD1 366 0.06 1.008 - 1039 opls_140 68 ARG HD2 366 0.06 1.008 - 1040 opls_303 68 ARG NE 367 -0.7 14.0067 - 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1266 opls_140 84 LEU HB1 443 0.06 1.008 - 1267 opls_140 84 LEU HB2 443 0.06 1.008 - 1268 opls_137 84 LEU CG 444 -0.06 12.011 - 1269 opls_140 84 LEU HG 444 0.06 1.008 - 1270 opls_135 84 LEU CD1 445 -0.18 12.011 - 1271 opls_140 84 LEU HD11 445 0.06 1.008 - 1272 opls_140 84 LEU HD12 445 0.06 1.008 - 1273 opls_140 84 LEU HD13 445 0.06 1.008 - 1274 opls_135 84 LEU CD2 446 -0.18 12.011 - 1275 opls_140 84 LEU HD21 446 0.06 1.008 - 1276 opls_140 84 LEU HD22 446 0.06 1.008 - 1277 opls_140 84 LEU HD23 446 0.06 1.008 - 1278 opls_235 84 LEU C 447 0.5 12.011 - 1279 opls_236 84 LEU O 447 -0.5 15.9994 ; qtot 5 -; residue 85 SER rtp SER q 0.0 - 1280 opls_238 85 SER N 448 -0.5 14.0067 - 1281 opls_241 85 SER H 448 0.3 1.008 - 1282 opls_224B 85 SER CA 448 0.14 12.011 - 1283 opls_140 85 SER HA 448 0.06 1.008 - 1284 opls_157 85 SER CB 449 0.145 12.011 - 1285 opls_140 85 SER HB1 449 0.06 1.008 - 1286 opls_140 85 SER HB2 449 0.06 1.008 - 1287 opls_154 85 SER OG 450 -0.683 15.9994 - 1288 opls_155 85 SER HG 450 0.418 1.008 - 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1311 opls_272 87 ASP OD2 458 -0.8 15.9994 - 1312 opls_235 87 ASP C 459 0.5 12.011 - 1313 opls_236 87 ASP O 459 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 88 ILE rtp ILE q 0.0 - 1314 opls_238 88 ILE N 460 -0.5 14.0067 - 1315 opls_241 88 ILE H 460 0.3 1.008 - 1316 opls_224B 88 ILE CA 460 0.14 12.011 - 1317 opls_140 88 ILE HA 460 0.06 1.008 - 1318 opls_137 88 ILE CB 461 -0.06 12.011 - 1319 opls_140 88 ILE HB 461 0.06 1.008 - 1320 opls_136 88 ILE CG1 462 -0.12 12.011 - 1321 opls_140 88 ILE HG11 462 0.06 1.008 - 1322 opls_140 88 ILE HG12 462 0.06 1.008 - 1323 opls_135 88 ILE CG2 463 -0.18 12.011 - 1324 opls_140 88 ILE HG21 463 0.06 1.008 - 1325 opls_140 88 ILE HG22 463 0.06 1.008 - 1326 opls_140 88 ILE HG23 463 0.06 1.008 - 1327 opls_135 88 ILE CD 464 -0.18 12.011 - 1328 opls_140 88 ILE HD1 464 0.06 1.008 - 1329 opls_140 88 ILE HD2 464 0.06 1.008 - 1330 opls_140 88 ILE HD3 464 0.06 1.008 - 1331 opls_235 88 ILE C 465 0.5 12.011 - 1332 opls_236 88 ILE O 465 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 89 THR rtp THR q 0.0 - 1333 opls_238 89 THR N 466 -0.5 14.0067 - 1334 opls_241 89 THR H 466 0.3 1.008 - 1335 opls_224B 89 THR CA 466 0.14 12.011 - 1336 opls_140 89 THR HA 466 0.06 1.008 - 1337 opls_158 89 THR CB 467 0.205 12.011 - 1338 opls_140 89 THR HB 467 0.06 1.008 - 1339 opls_154 89 THR OG1 467 -0.683 15.9994 - 1340 opls_155 89 THR HG1 467 0.418 1.008 - 1341 opls_135 89 THR CG2 468 -0.18 12.011 - 1342 opls_140 89 THR HG21 468 0.06 1.008 - 1343 opls_140 89 THR HG22 468 0.06 1.008 - 1344 opls_140 89 THR HG23 468 0.06 1.008 - 1345 opls_235 89 THR C 469 0.5 12.011 - 1346 opls_236 89 THR O 469 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 90 ALA rtp ALA q 0.0 - 1347 opls_238 90 ALA N 470 -0.5 14.0067 - 1348 opls_241 90 ALA H 470 0.3 1.008 - 1349 opls_224B 90 ALA CA 470 0.14 12.011 - 1350 opls_140 90 ALA HA 470 0.06 1.008 - 1351 opls_135 90 ALA CB 471 -0.18 12.011 - 1352 opls_140 90 ALA HB1 471 0.06 1.008 - 1353 opls_140 90 ALA HB2 471 0.06 1.008 - 1354 opls_140 90 ALA HB3 471 0.06 1.008 - 1355 opls_235 90 ALA C 472 0.5 12.011 - 1356 opls_236 90 ALA O 472 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 91 SER rtp SER q 0.0 - 1357 opls_238 91 SER N 473 -0.5 14.0067 - 1358 opls_241 91 SER H 473 0.3 1.008 - 1359 opls_224B 91 SER CA 473 0.14 12.011 - 1360 opls_140 91 SER HA 473 0.06 1.008 - 1361 opls_157 91 SER CB 474 0.145 12.011 - 1362 opls_140 91 SER HB1 474 0.06 1.008 - 1363 opls_140 91 SER HB2 474 0.06 1.008 - 1364 opls_154 91 SER OG 475 -0.683 15.9994 - 1365 opls_155 91 SER HG 475 0.418 1.008 - 1366 opls_235 91 SER C 476 0.5 12.011 - 1367 opls_236 91 SER O 476 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 92 VAL rtp VAL q 0.0 - 1368 opls_238 92 VAL N 477 -0.5 14.0067 - 1369 opls_241 92 VAL H 477 0.3 1.008 - 1370 opls_224B 92 VAL CA 477 0.14 12.011 - 1371 opls_140 92 VAL HA 477 0.06 1.008 - 1372 opls_137 92 VAL CB 478 -0.06 12.011 - 1373 opls_140 92 VAL HB 478 0.06 1.008 - 1374 opls_135 92 VAL CG1 479 -0.18 12.011 - 1375 opls_140 92 VAL HG11 479 0.06 1.008 - 1376 opls_140 92 VAL HG12 479 0.06 1.008 - 1377 opls_140 92 VAL HG13 479 0.06 1.008 - 1378 opls_135 92 VAL CG2 480 -0.18 12.011 - 1379 opls_140 92 VAL HG21 480 0.06 1.008 - 1380 opls_140 92 VAL HG22 480 0.06 1.008 - 1381 opls_140 92 VAL HG23 480 0.06 1.008 - 1382 opls_235 92 VAL C 481 0.5 12.011 - 1383 opls_236 92 VAL O 481 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 93 ASN rtp ASN q 0.0 - 1384 opls_238 93 ASN N 482 -0.5 14.0067 - 1385 opls_241 93 ASN H 482 0.3 1.008 - 1386 opls_224B 93 ASN CA 483 0.14 12.011 - 1387 opls_140 93 ASN HA 483 0.06 1.008 - 1388 opls_136 93 ASN CB 484 -0.12 12.011 - 1389 opls_140 93 ASN HB1 484 0.06 1.008 - 1390 opls_140 93 ASN HB2 484 0.06 1.008 - 1391 opls_235 93 ASN CG 485 0.5 12.011 - 1392 opls_236 93 ASN OD1 485 -0.5 15.9994 - 1393 opls_237 93 ASN ND2 486 -0.76 14.0067 - 1394 opls_240 93 ASN HD21 486 0.38 1.008 - 1395 opls_240 93 ASN HD22 486 0.38 1.008 - 1396 opls_235 93 ASN C 487 0.5 12.011 - 1397 opls_236 93 ASN O 487 -0.5 15.9994 ; qtot 4 -; residue 94 CYS rtp CYS2 q 0.0 - 1398 opls_238 94 CYS N 488 -0.5 14.0067 - 1399 opls_241 94 CYS H 488 0.3 1.008 - 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1513 opls_140 101 ASP HB1 524 0.06 1.008 - 1514 opls_140 101 ASP HB2 524 0.06 1.008 - 1515 opls_271 101 ASP CG 525 0.7 12.011 - 1516 opls_272 101 ASP OD1 525 -0.8 15.9994 - 1517 opls_272 101 ASP OD2 525 -0.8 15.9994 - 1518 opls_235 101 ASP C 526 0.5 12.011 - 1519 opls_236 101 ASP O 526 -0.5 15.9994 ; qtot 5 -; residue 102 GLY rtp GLY q 0.0 - 1520 opls_238 102 GLY N 527 -0.5 14.0067 - 1521 opls_241 102 GLY H 527 0.3 1.008 - 1522 opls_223B 102 GLY CA 527 0.08 12.011 - 1523 opls_140 102 GLY HA1 527 0.06 1.008 - 1524 opls_140 102 GLY HA2 527 0.06 1.008 - 1525 opls_235 102 GLY C 528 0.5 12.011 - 1526 opls_236 102 GLY O 528 -0.5 15.9994 ; qtot 5 -; residue 103 ASN rtp ASN q 0.0 - 1527 opls_238 103 ASN N 529 -0.5 14.0067 - 1528 opls_241 103 ASN H 529 0.3 1.008 - 1529 opls_224B 103 ASN CA 530 0.14 12.011 - 1530 opls_140 103 ASN HA 530 0.06 1.008 - 1531 opls_136 103 ASN CB 531 -0.12 12.011 - 1532 opls_140 103 ASN HB1 531 0.06 1.008 - 1533 opls_140 103 ASN HB2 531 0.06 1.008 - 1534 opls_235 103 ASN CG 532 0.5 12.011 - 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1714 opls_303 114 ARG NE 600 -0.7 14.0067 - 1715 opls_304 114 ARG HE 600 0.44 1.008 - 1716 opls_302 114 ARG CZ 600 0.64 12.011 - 1717 opls_300 114 ARG NH1 601 -0.8 14.0067 - 1718 opls_301 114 ARG HH11 601 0.46 1.008 - 1719 opls_301 114 ARG HH12 601 0.46 1.008 - 1720 opls_300 114 ARG NH2 602 -0.8 14.0067 - 1721 opls_301 114 ARG HH21 602 0.46 1.008 - 1722 opls_301 114 ARG HH22 602 0.46 1.008 - 1723 opls_235 114 ARG C 603 0.5 12.011 - 1724 opls_236 114 ARG O 603 -0.5 15.9994 ; qtot 7 -; residue 115 CYS rtp CYS2 q 0.0 - 1725 opls_238 115 CYS N 604 -0.5 14.0067 - 1726 opls_241 115 CYS H 604 0.3 1.008 - 1727 opls_224B 115 CYS CA 604 0.14 12.011 - 1728 opls_140 115 CYS HA 604 0.06 1.008 - 1729 opls_214 115 CYS CB 605 0.0975 12.011 - 1730 opls_140 115 CYS HB1 605 0.06 1.008 - 1731 opls_140 115 CYS HB2 605 0.06 1.008 - 1732 opls_203 115 CYS SG 605 -0.2175 32.06 - 1733 opls_235 115 CYS C 606 0.5 12.011 - 1734 opls_236 115 CYS O 606 -0.5 15.9994 ; qtot 7 -; residue 116 LYS rtp LYSH q +1.0 - 1735 opls_238 116 LYS N 607 -0.5 14.0067 - 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1643 1646 1649 1647 1 improper_Z_CA_X_Y - 1646 1650 1647 1648 1 improper_Z_CA_X_Y - 1647 1652 1650 1651 1 improper_Z_N_X_Y - 1652 1659 1655 1656 1 improper_Z_CA_X_Y - 1654 1653 1649 1657 1 improper_Z_CA_X_Y - 1655 1657 1659 1660 1 improper_Z_CA_X_Y - 1658 1657 1653 1659 1 improper_Z_CA_X_Y - 1661 1665 1663 1664 1 improper_Z_N_X_Y - 1665 1687 1685 1686 1 improper_O_C_X_Y - 1673 1678 1676 1677 1 improper_Z_N_X_Y - 1676 1679 1678 1682 1 improper_O_C_X_Y - 1678 1680 1679 1681 1 improper_Z_N_X_Y - 1678 1683 1682 1684 1 improper_Z_N_X_Y - 1685 1689 1687 1688 1 improper_Z_N_X_Y - 1689 1701 1699 1700 1 improper_O_C_X_Y - 1691 1696 1694 1695 1 improper_O_C_X_Y - 1694 1697 1696 1698 1 improper_Z_N_X_Y - 1699 1703 1701 1702 1 improper_Z_N_X_Y - 1703 1725 1723 1724 1 improper_O_C_X_Y - 1711 1716 1714 1715 1 improper_Z_N_X_Y - 1714 1717 1716 1720 1 improper_O_C_X_Y - 1716 1718 1717 1719 1 improper_Z_N_X_Y - 1716 1721 1720 1722 1 improper_Z_N_X_Y - 1723 1727 1725 1726 1 improper_Z_N_X_Y - 1727 1735 1733 1734 1 improper_O_C_X_Y - 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-[ position_restraints ] -; atom type fx fy fz - 1 1 1000 1000 1000 - 5 1 1000 1000 1000 - 7 1 1000 1000 1000 - 10 1 1000 1000 1000 - 13 1 1000 1000 1000 - 16 1 1000 1000 1000 - 19 1 1000 1000 1000 - 23 1 1000 1000 1000 - 24 1 1000 1000 1000 - 25 1 1000 1000 1000 - 27 1 1000 1000 1000 - 29 1 1000 1000 1000 - 31 1 1000 1000 1000 - 35 1 1000 1000 1000 - 39 1 1000 1000 1000 - 40 1 1000 1000 1000 - 41 1 1000 1000 1000 - 43 1 1000 1000 1000 - 45 1 1000 1000 1000 - 48 1 1000 1000 1000 - 49 1 1000 1000 1000 - 51 1 1000 1000 1000 - 53 1 1000 1000 1000 - 55 1 1000 1000 1000 - 57 1 1000 1000 1000 - 59 1 1000 1000 1000 - 60 1 1000 1000 1000 - 61 1 1000 1000 1000 - 63 1 1000 1000 1000 - 66 1 1000 1000 1000 - 67 1 1000 1000 1000 - 68 1 1000 1000 1000 - 70 1 1000 1000 1000 - 72 1 1000 1000 1000 - 75 1 1000 1000 1000 - 78 1 1000 1000 1000 - 81 1 1000 1000 1000 - 83 1 1000 1000 1000 - 84 1 1000 1000 1000 - 87 1 1000 1000 1000 - 90 1 1000 1000 1000 - 91 1 1000 1000 1000 - 92 1 1000 1000 1000 - 94 1 1000 1000 1000 - 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