Mercurial > repos > chemteam > gmx_sim

comparison test-data/check_info_structure.txt @ 20:4c4f1761d31f draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 8660ff51cd1a65b04f862562957592fe152fc81d
author chemteam
date Tue, 12 Jul 2022 12:50:04 +0000
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
19:b7cebf442209 20:4c4f1761d31f
1 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:
2
3 Executable: /usr/local/bin.AVX2_256/gmx
4 Data prefix: /usr/local
5 Working dir: /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working
6 Command line:
7 gmx check -c ./struc.gro -vdwfac 0.8 -bonlo 0.4 -bonhi 0.7
8
9 Checking coordinate file ./struc.gro
10 94 atoms in file
11 coordinates found
12 box found
13 velocities absent
14
15 Checking for atoms closer than 0.8 and not between 0.4 and 0.7,
16 relative to sum of Van der Waals distance:
17
18 WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed
19 based on residue and atom names, since they could not be
20 definitively assigned from the information in your input
21 files. These guessed numbers might deviate from the mass
22 and radius of the atom type. Please check the output
23 files if necessary. Note, that this functionality may
24 be removed in a future GROMACS version. Please, consider
25 using another file format for your input.
26
27
28 WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed
29 based on residue and atom names, since they could not be
30 definitively assigned from the information in your input
31 files. These guessed numbers might deviate from the mass
32 and radius of the atom type. Please check the output
33 files if necessary. Note, that this functionality may
34 be removed in a future GROMACS version. Please, consider
35 using another file format for your input.
36
37 NOTE: From version 5.0 gmx check uses the Van der Waals radii
38 from the source below. This means the results may be different
39 compared to previous GROMACS versions.
40
41 ++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
42 A. Bondi
43 van der Waals Volumes and Radii
44 J. Phys. Chem. 68 (1964) pp. 441-451
45 -------- -------- --- Thank You --- -------- --------
46
47
48 atom# name residue r_vdw atom# name residue r_vdw distance
49
50 1 N LYS 1 0.155 2 H1 LYS 1 0.12 0.1008
51
52 1 N LYS 1 0.155 3 H2 LYS 1 0.12 0.1012
53
54 1 N LYS 1 0.155 4 H3 LYS 1 0.12 0.1019
55
56 1 N LYS 1 0.155 6 HA LYS 1 0.12 0.2103
57
58 1 N LYS 1 0.155 7 CB LYS 1 0.17 0.2447
59
60 1 N LYS 1 0.155 23 C LYS 1 0.17 0.2437
61
62 2 H1 LYS 1 0.12 5 CA LYS 1 0.17 0.205
63
64 3 H2 LYS 1 0.12 5 CA LYS 1 0.17 0.204
65
66 5 CA LYS 1 0.17 6 HA LYS 1 0.12 0.1093
67
68 5 CA LYS 1 0.17 8 HB1 LYS 1 0.12 0.2166
69
70 5 CA LYS 1 0.17 9 HB2 LYS 1 0.12 0.2169
71
72 5 CA LYS 1 0.17 10 CG LYS 1 0.17 0.2598
73
74 5 CA LYS 1 0.17 24 O LYS 1 0.152 0.235
75
76 5 CA LYS 1 0.17 25 N VAL 2 0.155 0.2455
77
78 6 HA LYS 1 0.12 7 CB LYS 1 0.17 0.2176
79
80 6 HA LYS 1 0.12 23 C LYS 1 0.17 0.215
81
82 7 CB LYS 1 0.17 8 HB1 LYS 1 0.12 0.1093
83
84 7 CB LYS 1 0.17 9 HB2 LYS 1 0.12 0.1089
85
86 7 CB LYS 1 0.17 11 HG1 LYS 1 0.12 0.2154
87
88 7 CB LYS 1 0.17 12 HG2 LYS 1 0.12 0.217
89
90 7 CB LYS 1 0.17 13 CD LYS 1 0.17 0.252
91
92 7 CB LYS 1 0.17 23 C LYS 1 0.17 0.2504
93
94 8 HB1 LYS 1 0.12 9 HB2 LYS 1 0.12 0.1744
95
96 8 HB1 LYS 1 0.12 10 CG LYS 1 0.17 0.2149
97
98 9 HB2 LYS 1 0.12 10 CG LYS 1 0.17 0.2132
99
100 10
101 10 CG LYS 1 0.17 11 HG1 LYS 1 0.12 0.1093
102
103 10 CG LYS 1 0.17 12 HG2 LYS 1 0.12 0.1094
104
105 10 CG LYS 1 0.17 14 HD1 LYS 1 0.12 0.2135
106
107 10 CG LYS 1 0.17 15 HD2 LYS 1 0.12 0.2152
108
109 10 CG LYS 1 0.17 16 CE LYS 1 0.17 0.251
110
111 11 HG1 LYS 1 0.12 12 HG2 LYS 1 0.12 0.1752
112
113 11 HG1 LYS 1 0.12 13 CD LYS 1 0.17 0.2145
114
115 12 HG2 LYS 1 0.12 13 CD LYS 1 0.17 0.2141
116
117 13 CD LYS 1 0.17 14 HD1 LYS 1 0.12 0.1091
118
119 13 CD LYS 1 0.17 15 HD2 LYS 1 0.12 0.1097
120
121 13 CD LYS 1 0.17 17 HE1 LYS 1 0.12 0.2158
122
123 13 CD LYS 1 0.17 18 HE2 LYS 1 0.12 0.2161
124
125 13 CD LYS 1 0.17 19 NZ LYS 1 0.155 0.2464
126
127 14 HD1 LYS 1 0.12 15 HD2 LYS 1 0.12 0.1756
128
129 14 HD1 LYS 1 0.12 16 CE LYS 1 0.17 0.2168
130
131 15 HD2 LYS 1 0.12 16 CE LYS 1 0.17 0.2152
132
133 16 CE LYS 1 0.17 17 HE1 LYS 1 0.12 0.1087
134
135 16 CE LYS 1 0.17 18 HE2 LYS 1 0.12 0.1097
136
137 16 CE LYS 1 0.17 20 HZ1 LYS 1 0.12 0.205
138
139 16 CE LYS 1 0.17 21 HZ2 LYS 1 0.12 0.2042
140
141 16 CE LYS 1 0.17 22 HZ3 LYS 1 0.12 0.2043
142
143 17 HE1 LYS 1 0.12 18 HE2 LYS 1 0.12 0.1752
144
145 17 HE1 LYS 1 0.12 19 NZ LYS 1 0.155 0.2104
146
147 18 HE2 LYS 1 0.12 19 NZ LYS 1 0.155 0.2104
148
149 19 NZ LYS 1 0.155 20 HZ1 LYS 1 0.12 0.1013
150
151 19 NZ LYS 1 0.155 21 HZ2 LYS 1 0.12 0.1007
152
153 19 NZ LYS 1 0.155 22 HZ3 LYS 1 0.12 0.1008
154
155 20
156 23 C LYS 1 0.17 24 O LYS 1 0.152 0.1227
157
158 23 C LYS 1 0.17 26 H VAL 2 0.12 0.2057
159
160 23 C LYS 1 0.17 27 CA VAL 2 0.17 0.2452
161
162 24 O LYS 1 0.152 25 N VAL 2 0.155 0.2265
163
164 25 N VAL 2 0.155 26 H VAL 2 0.12 0.1012
165
166 25 N VAL 2 0.155 28 HA VAL 2 0.12 0.212
167
168 25 N VAL 2 0.155 29 CB VAL 2 0.17 0.2483
169
170 25 N VAL 2 0.155 39 C VAL 2 0.17 0.2402
171
172 26 H VAL 2 0.12 27 CA VAL 2 0.17 0.2099
173
174 27 CA VAL 2 0.17 28 HA VAL 2 0.12 0.1087
175
176 27 CA VAL 2 0.17 30 HB VAL 2 0.12 0.2176
177
178 27 CA VAL 2 0.17 31 CG1 VAL 2 0.17 0.2542
179
180 27 CA VAL 2 0.17 35 CG2 VAL 2 0.17 0.2536
181
182 27 CA VAL 2 0.17 40 O VAL 2 0.152 0.2414
183
184 27 CA VAL 2 0.17 41 N PHE 3 0.155 0.2429
185
186 28 HA VAL 2 0.12 29 CB VAL 2 0.17 0.2139
187
188 28 HA VAL 2 0.12 39 C VAL 2 0.17 0.2153
189
190 29 CB VAL 2 0.17 30 HB VAL 2 0.12 0.1099
191
192 29 CB VAL 2 0.17 32 HG11 VAL 2 0.12 0.2179
193
194 29 CB VAL 2 0.17 33 HG12 VAL 2 0.12 0.2189
195
196 29 CB VAL 2 0.17 34 HG13 VAL 2 0.12 0.2179
197
198 29 CB VAL 2 0.17 36 HG21 VAL 2 0.12 0.2167
199
200 29 CB VAL 2 0.17 37 HG22 VAL 2 0.12 0.2176
201
202 29 CB VAL 2 0.17 38 HG23 VAL 2 0.12 0.2192
203
204 29 CB VAL 2 0.17 39 C VAL 2 0.17 0.2543
205
206 30
207 30 HB VAL 2 0.12 31 CG1 VAL 2 0.17 0.215
208
209 30 HB VAL 2 0.12 35 CG2 VAL 2 0.17 0.2146
210
211 31 CG1 VAL 2 0.17 32 HG11 VAL 2 0.12 0.1091
212
213 31 CG1 VAL 2 0.17 33 HG12 VAL 2 0.12 0.1089
214
215 31 CG1 VAL 2 0.17 34 HG13 VAL 2 0.12 0.1094
216
217 31 CG1 VAL 2 0.17 35 CG2 VAL 2 0.17 0.2487
218
219 32 HG11 VAL 2 0.12 33 HG12 VAL 2 0.12 0.1757
220
221 32 HG11 VAL 2 0.12 34 HG13 VAL 2 0.12 0.1765
222
223 33 HG12 VAL 2 0.12 34 HG13 VAL 2 0.12 0.1761
224
225 35 CG2 VAL 2 0.17 36 HG21 VAL 2 0.12 0.1084
226
227 35 CG2 VAL 2 0.17 37 HG22 VAL 2 0.12 0.1092
228
229 35 CG2 VAL 2 0.17 38 HG23 VAL 2 0.12 0.1092
230
231 36 HG21 VAL 2 0.12 37 HG22 VAL 2 0.12 0.176
232
233 36 HG21 VAL 2 0.12 38 HG23 VAL 2 0.12 0.1755
234
235 37 HG22 VAL 2 0.12 38 HG23 VAL 2 0.12 0.1767
236
237 39 C VAL 2 0.17 40 O VAL 2 0.152 0.1239
238
239 39 C VAL 2 0.17 43 CA PHE 3 0.17 0.2449
240
241 40
242 40 O VAL 2 0.152 41 N PHE 3 0.155 0.226
243
244 41 N PHE 3 0.155 42 H PHE 3 0.12 0.1006
245
246 41 N PHE 3 0.155 44 HA PHE 3 0.12 0.2084
247
248 41 N PHE 3 0.155 45 CB PHE 3 0.17 0.2467
249
250 41 N PHE 3 0.155 59 C PHE 3 0.17 0.2453
251
252 42 H PHE 3 0.12 43 CA PHE 3 0.17 0.2117
253
254 43 CA PHE 3 0.17 44 HA PHE 3 0.12 0.109
255
256 43 CA PHE 3 0.17 46 HB1 PHE 3 0.12 0.2198
257
258 43 CA PHE 3 0.17 47 HB2 PHE 3 0.12 0.2178
259
260 43 CA PHE 3 0.17 48 CG PHE 3 0.17 0.2554
261
262 43 CA PHE 3 0.17 60 O PHE 3 0.152 0.2405
263
264 43 CA PHE 3 0.17 61 N GLY 4 0.155 0.2431
265
266 44 HA PHE 3 0.12 45 CB PHE 3 0.17 0.2178
267
268 44 HA PHE 3 0.12 59 C PHE 3 0.17 0.2144
269
270 45 CB PHE 3 0.17 46 HB1 PHE 3 0.12 0.109
271
272 45 CB PHE 3 0.17 47 HB2 PHE 3 0.12 0.1089
273
274 45 CB PHE 3 0.17 49 CD1 PHE 3 0.17 0.2542
275
276 45 CB PHE 3 0.17 51 CD2 PHE 3 0.17 0.2528
277
278 45 CB PHE 3 0.17 59 C PHE 3 0.17 0.2487
279
280 46 HB1 PHE 3 0.12 47 HB2 PHE 3 0.12 0.1734
281
282 46 HB1 PHE 3 0.12 48 CG PHE 3 0.17 0.2139
283
284 47 HB2 PHE 3 0.12 48 CG PHE 3 0.17 0.2104
285
286 48 CG PHE 3 0.17 50 HD1 PHE 3 0.12 0.2158
287
288 48 CG PHE 3 0.17 52 HD2 PHE 3 0.12 0.2172
289
290 48 CG PHE 3 0.17 53 CE1 PHE 3 0.17 0.2437
291
292 48 CG PHE 3 0.17 55 CE2 PHE 3 0.17 0.2448
293
294 49 CD1 PHE 3 0.17 50 HD1 PHE 3 0.12 0.1082
295
296 49 CD1 PHE 3 0.17 51 CD2 PHE 3 0.17 0.244
297
298 49 CD1 PHE 3 0.17 54 HE1 PHE 3 0.12 0.2153
299
300 49 CD1 PHE 3 0.17 57 CZ PHE 3 0.17 0.2436
301
302 50
303 50 HD1 PHE 3 0.12 53 CE1 PHE 3 0.17 0.2161
304
305 51 CD2 PHE 3 0.17 52 HD2 PHE 3 0.12 0.1089
306
307 51 CD2 PHE 3 0.17 56 HE2 PHE 3 0.12 0.2157
308
309 51 CD2 PHE 3 0.17 57 CZ PHE 3 0.17 0.2439
310
311 52 HD2 PHE 3 0.12 55 CE2 PHE 3 0.17 0.2171
312
313 53 CE1 PHE 3 0.17 54 HE1 PHE 3 0.12 0.108
314
315 53 CE1 PHE 3 0.17 55 CE2 PHE 3 0.17 0.2446
316
317 53 CE1 PHE 3 0.17 58 HZ PHE 3 0.12 0.216
318
319 54 HE1 PHE 3 0.12 57 CZ PHE 3 0.17 0.2166
320
321 55 CE2 PHE 3 0.17 56 HE2 PHE 3 0.12 0.1079
322
323 55 CE2 PHE 3 0.17 58 HZ PHE 3 0.12 0.2152
324
325 56 HE2 PHE 3 0.12 57 CZ PHE 3 0.17 0.2174
326
327 57 CZ PHE 3 0.17 58 HZ PHE 3 0.12 0.1074
328
329 59 C PHE 3 0.17 60 O PHE 3 0.152 0.1233
330
331 59 C PHE 3 0.17 63 CA GLY 4 0.17 0.2439
332
333 60
334 60 O PHE 3 0.152 61 N GLY 4 0.155 0.2261
335
336 61 N GLY 4 0.155 62 H GLY 4 0.12 0.1014
337
338 61 N GLY 4 0.155 64 HA1 GLY 4 0.12 0.2097
339
340 61 N GLY 4 0.155 65 HA2 GLY 4 0.12 0.208
341
342 61 N GLY 4 0.155 66 C GLY 4 0.17 0.2418
343
344 62 H GLY 4 0.12 63 CA GLY 4 0.17 0.2113
345
346 63 CA GLY 4 0.17 64 HA1 GLY 4 0.12 0.109
347
348 63 CA GLY 4 0.17 65 HA2 GLY 4 0.12 0.1096
349
350 63 CA GLY 4 0.17 67 O GLY 4 0.152 0.2357
351
352 63 CA GLY 4 0.17 68 N ARG 5 0.155 0.2453
353
354 64 HA1 GLY 4 0.12 65 HA2 GLY 4 0.12 0.1769
355
356 64 HA1 GLY 4 0.12 66 C GLY 4 0.17 0.2199
357
358 65 HA2 GLY 4 0.12 66 C GLY 4 0.17 0.214
359
360 66 C GLY 4 0.17 67 O GLY 4 0.152 0.1224
361
362 66 C GLY 4 0.17 70 CA ARG 5 0.17 0.2528
363
364 67 O GLY 4 0.152 68 N ARG 5 0.155 0.2269
365
366 68 N ARG 5 0.155 69 H ARG 5 0.12 0.1006
367
368 68 N ARG 5 0.155 71 HA ARG 5 0.12 0.2006
369
370 68 N ARG 5 0.155 72 CB ARG 5 0.17 0.2455
371
372 69 H ARG 5 0.12 70 CA ARG 5 0.17 0.2121
373
374 70
375 70 CA ARG 5 0.17 71 HA ARG 5 0.12 0.1085
376
377 70 CA ARG 5 0.17 73 HB1 ARG 5 0.12 0.217
378
379 70 CA ARG 5 0.17 74 HB2 ARG 5 0.12 0.2158
380
381 70 CA ARG 5 0.17 75 CG ARG 5 0.17 0.2571
382
383 70 CA ARG 5 0.17 91 O1 ARG 5 0.152 0.2432
384
385 70 CA ARG 5 0.17 92 O2 ARG 5 0.152 0.2442
386
387 71 HA ARG 5 0.12 72 CB ARG 5 0.17 0.2124
388
389 71 HA ARG 5 0.12 90 C ARG 5 0.17 0.2062
390
391 72 CB ARG 5 0.17 73 HB1 ARG 5 0.12 0.1104
392
393 72 CB ARG 5 0.17 74 HB2 ARG 5 0.12 0.1091
394
395 72 CB ARG 5 0.17 76 HG1 ARG 5 0.12 0.2188
396
397 72 CB ARG 5 0.17 77 HG2 ARG 5 0.12 0.2156
398
399 72 CB ARG 5 0.17 78 CD ARG 5 0.17 0.2564
400
401 72 CB ARG 5 0.17 90 C ARG 5 0.17 0.2656
402
403 73 HB1 ARG 5 0.12 74 HB2 ARG 5 0.12 0.1759
404
405 73 HB1 ARG 5 0.12 75 CG ARG 5 0.17 0.2148
406
407 74 HB2 ARG 5 0.12 75 CG ARG 5 0.17 0.217
408
409 75 CG ARG 5 0.17 76 HG1 ARG 5 0.12 0.1079
410
411 75 CG ARG 5 0.17 77 HG2 ARG 5 0.12 0.1091
412
413 75 CG ARG 5 0.17 79 HD1 ARG 5 0.12 0.2096
414
415 75 CG ARG 5 0.17 80 HD2 ARG 5 0.12 0.2119
416
417 75 CG ARG 5 0.17 81 NE ARG 5 0.155 0.2454
418
419 76 HG1 ARG 5 0.12 77 HG2 ARG 5 0.12 0.1745
420
421 77 HG2 ARG 5 0.12 78 CD ARG 5 0.17 0.2156
422
423 78 CD ARG 5 0.17 79 HD1 ARG 5 0.12 0.1082
424
425 78 CD ARG 5 0.17 80 HD2 ARG 5 0.12 0.1091
426
427 78 CD ARG 5 0.17 82 HE ARG 5 0.12 0.2079
428
429 78 CD ARG 5 0.17 83 CZ ARG 5 0.17 0.2528
430
431 79 HD1 ARG 5 0.12 80 HD2 ARG 5 0.12 0.177
432
433 79 HD1 ARG 5 0.12 81 NE ARG 5 0.155 0.2117
434
435 80
436 80 HD2 ARG 5 0.12 81 NE ARG 5 0.155 0.211
437
438 81 NE ARG 5 0.155 82 HE ARG 5 0.12 0.1011
439
440 81 NE ARG 5 0.155 84 NH1 ARG 5 0.155 0.2347
441
442 81 NE ARG 5 0.155 87 NH2 ARG 5 0.155 0.2296
443
444 82 HE ARG 5 0.12 83 CZ ARG 5 0.17 0.2053
445
446 83 CZ ARG 5 0.17 85 HH11 ARG 5 0.12 0.2047
447
448 83 CZ ARG 5 0.17 86 HH12 ARG 5 0.12 0.2067
449
450 83 CZ ARG 5 0.17 88 HH21 ARG 5 0.12 0.204
451
452 83 CZ ARG 5 0.17 89 HH22 ARG 5 0.12 0.2059
453
454 84 NH1 ARG 5 0.155 85 HH11 ARG 5 0.12 0.1019
455
456 84 NH1 ARG 5 0.155 86 HH12 ARG 5 0.12 0.1006
457
458 84 NH1 ARG 5 0.155 87 NH2 ARG 5 0.155 0.231
459
460 85 HH11 ARG 5 0.12 86 HH12 ARG 5 0.12 0.1717
461
462 87 NH2 ARG 5 0.155 88 HH21 ARG 5 0.12 0.1001
463
464 87 NH2 ARG 5 0.155 89 HH22 ARG 5 0.12 0.1018
465
466 88 HH21 ARG 5 0.12 89 HH22 ARG 5 0.12 0.1722
467
468 90
469 90 C ARG 5 0.17 91 O1 ARG 5 0.152 0.125
470
471 90 C ARG 5 0.17 92 O2 ARG 5 0.152 0.1236
472
473 91 O1 ARG 5 0.152 92 O2 ARG 5 0.152 0.217
474
475
476 no atoms found outside box
477
478
479 GROMACS reminds you: "The only greatness for man is immortality." (James Dean)
480