Mercurial > repos > chemteam > parmconv
view test-data/LigA_output.top @ 7:5a97cb53a456 draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit 27e76b3f6ed12955fd60609aad4043bc9c60cba2"
| author | chemteam |
|---|---|
| date | Thu, 07 Oct 2021 09:52:50 +0000 |
| parents | b500cc25dd15 |
| children |
line wrap: on
line source
; base_GMX.itp created by acpype (v: 2020-10-24T12:16:34CEST) on Tue Feb 16 21:55:09 2021 [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb c2 c2 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 ha ha 0.00000 0.00000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46 0.0150 ce ce 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 c c 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 o o 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100 os os 0.00000 0.00000 A 3.00001e-01 7.11280e-01 ; 1.68 0.1700 c3 c3 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91 0.1094 h1 h1 0.00000 0.00000 A 2.47135e-01 6.56888e-02 ; 1.39 0.0157 oh oh 0.00000 0.00000 A 3.06647e-01 8.80314e-01 ; 1.72 0.2104 ho ho 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000 [ moleculetype ] ;name nrexcl base 3 [ atoms ] ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type 1 c2 1 MOL C 1 -0.311000 12.01000 ; qtot -0.311 2 ha 1 MOL H 2 0.109500 1.00800 ; qtot -0.202 3 ha 1 MOL H1 3 0.109500 1.00800 ; qtot -0.092 4 ce 1 MOL C1 4 0.022900 12.01000 ; qtot -0.069 5 c 1 MOL C2 5 0.384200 12.01000 ; qtot 0.315 6 o 1 MOL O 6 -0.575500 16.00000 ; qtot -0.260 7 o 1 MOL O1 7 -0.575500 16.00000 ; qtot -0.836 8 os 1 MOL O2 8 -0.351900 16.00000 ; qtot -1.188 9 c3 1 MOL C3 9 0.157300 12.01000 ; qtot -1.031 10 h1 1 MOL H2 10 0.051700 1.00800 ; qtot -0.979 11 c2 1 MOL C4 11 -0.174200 12.01000 ; qtot -1.153 12 ha 1 MOL H3 12 0.141000 1.00800 ; qtot -1.012 13 ce 1 MOL C5 13 -0.149200 12.01000 ; qtot -1.161 14 ce 1 MOL C6 14 -0.081000 12.01000 ; qtot -1.242 15 ha 1 MOL H4 15 0.142000 1.00800 ; qtot -1.100 16 c2 1 MOL C7 16 -0.248200 12.01000 ; qtot -1.348 17 ha 1 MOL H5 17 0.104000 1.00800 ; qtot -1.244 18 c3 1 MOL C8 18 0.131300 12.01000 ; qtot -1.113 19 h1 1 MOL H6 19 0.151700 1.00800 ; qtot -0.961 20 oh 1 MOL O3 20 -0.614800 16.00000 ; qtot -1.576 21 ho 1 MOL H7 21 0.374000 1.00800 ; qtot -1.202 22 c 1 MOL C9 22 0.376200 12.01000 ; qtot -0.826 23 o 1 MOL O4 23 -0.587000 16.00000 ; qtot -1.413 24 o 1 MOL O5 24 -0.587000 16.00000 ; qtot -2.000 [ bonds ] ; ai aj funct r k 1 2 1 1.0879e-01 2.8711e+05 ; C - H 1 3 1 1.0879e-01 2.8711e+05 ; C - H1 1 4 1 1.3461e-01 4.5798e+05 ; C - C1 4 5 1 1.4825e-01 2.9665e+05 ; C1 - C2 4 8 1 1.3710e-01 3.1372e+05 ; C1 - O2 5 6 1 1.2183e-01 5.3363e+05 ; C2 - O 5 7 1 1.2183e-01 5.3363e+05 ; C2 - O1 8 9 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ; O2 - C3 9 10 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C3 - H2 9 11 1 1.5095e-01 2.7347e+05 ; C3 - C4 9 18 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C3 - C8 11 12 1 1.0879e-01 2.8711e+05 ; C4 - H3 11 13 1 1.3461e-01 4.5798e+05 ; C4 - C5 13 14 1 1.4574e-01 3.2033e+05 ; C5 - C6 13 22 1 1.4825e-01 2.9665e+05 ; C5 - C9 14 15 1 1.0883e-01 2.8660e+05 ; C6 - H4 14 16 1 1.3461e-01 4.5798e+05 ; C6 - C7 16 17 1 1.0879e-01 2.8711e+05 ; C7 - H5 16 18 1 1.5095e-01 2.7347e+05 ; C7 - C8 18 19 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C8 - H6 18 20 1 1.4233e-01 2.6501e+05 ; C8 - O3 20 21 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O3 - H7 22 23 1 1.2183e-01 5.3363e+05 ; C9 - O4 22 24 1 1.2183e-01 5.3363e+05 ; C9 - O5 [ pairs ] ; ai aj funct 1 6 1 ; C - O 1 7 1 ; C - O1 1 9 1 ; C - C3 2 5 1 ; H - C2 2 8 1 ; H - O2 3 5 1 ; H1 - C2 3 8 1 ; H1 - O2 4 10 1 ; C1 - H2 4 11 1 ; C1 - C4 4 18 1 ; C1 - C8 5 9 1 ; C2 - C3 6 8 1 ; O - O2 7 8 1 ; O1 - O2 8 12 1 ; O2 - H3 8 13 1 ; O2 - C5 8 16 1 ; O2 - C7 8 19 1 ; O2 - H6 8 20 1 ; O2 - O3 9 14 1 ; C3 - C6 9 17 1 ; C3 - H5 9 21 1 ; C3 - H7 9 22 1 ; C3 - C9 10 12 1 ; H2 - H3 10 13 1 ; H2 - C5 10 16 1 ; H2 - C7 10 19 1 ; H2 - H6 10 20 1 ; H2 - O3 11 15 1 ; C4 - H4 11 16 1 ; C4 - C7 11 19 1 ; C4 - H6 11 20 1 ; C4 - O3 11 23 1 ; C4 - O4 11 24 1 ; C4 - O5 12 14 1 ; H3 - C6 12 18 1 ; H3 - C8 12 22 1 ; H3 - C9 13 17 1 ; C5 - H5 13 18 1 ; C5 - C8 14 19 1 ; C6 - H6 14 20 1 ; C6 - O3 14 23 1 ; C6 - O4 14 24 1 ; C6 - O5 15 17 1 ; H4 - H5 15 18 1 ; H4 - C8 15 22 1 ; H4 - C9 16 21 1 ; C7 - H7 16 22 1 ; C7 - C9 17 19 1 ; H5 - H6 17 20 1 ; H5 - O3 19 21 1 ; H6 - H7 [ angles ] ; ai aj ak funct theta cth 1 4 5 1 1.2042e+02 5.4810e+02 ; C - C1 - C2 1 4 8 1 1.2370e+02 5.8660e+02 ; C - C1 - O2 2 1 3 1 1.1690e+02 3.1882e+02 ; H - C - H1 2 1 4 1 1.2045e+02 4.1422e+02 ; H - C - C1 3 1 4 1 1.2045e+02 4.1422e+02 ; H1 - C - C1 4 5 6 1 1.2320e+02 5.7572e+02 ; C1 - C2 - O 4 5 7 1 1.2320e+02 5.7572e+02 ; C1 - C2 - O1 4 8 9 1 1.1609e+02 5.2718e+02 ; C1 - O2 - C3 5 4 8 1 1.1467e+02 5.7404e+02 ; C2 - C1 - O2 6 5 7 1 1.3025e+02 6.5187e+02 ; O - C2 - O1 8 9 10 1 1.0978e+02 4.2509e+02 ; O2 - C3 - H2 8 9 11 1 1.0856e+02 5.7321e+02 ; O2 - C3 - C4 8 9 18 1 1.0797e+02 5.6902e+02 ; O2 - C3 - C8 9 11 12 1 1.1568e+02 3.8409e+02 ; C3 - C4 - H3 9 11 13 1 1.2315e+02 5.3555e+02 ; C3 - C4 - C5 9 18 16 1 1.1156e+02 5.3053e+02 ; C3 - C8 - C7 9 18 19 1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C3 - C8 - H6 9 18 20 1 1.1019e+02 5.6484e+02 ; C3 - C8 - O3 10 9 11 1 1.0996e+02 3.9413e+02 ; H2 - C3 - C4 10 9 18 1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; H2 - C3 - C8 11 9 18 1 1.1156e+02 5.3053e+02 ; C4 - C3 - C8 11 13 14 1 1.2326e+02 5.4727e+02 ; C4 - C5 - C6 11 13 22 1 1.2042e+02 5.4810e+02 ; C4 - C5 - C9 12 11 13 1 1.2045e+02 4.1422e+02 ; H3 - C4 - C5 13 14 15 1 1.1665e+02 3.9497e+02 ; C5 - C6 - H4 13 14 16 1 1.2326e+02 5.4727e+02 ; C5 - C6 - C7 13 22 23 1 1.2320e+02 5.7572e+02 ; C5 - C9 - O4 13 22 24 1 1.2320e+02 5.7572e+02 ; C5 - C9 - O5 14 13 22 1 1.2098e+02 5.2802e+02 ; C6 - C5 - C9 14 16 17 1 1.2045e+02 4.1422e+02 ; C6 - C7 - H5 14 16 18 1 1.2315e+02 5.3555e+02 ; C6 - C7 - C8 15 14 16 1 1.1994e+02 4.1505e+02 ; H4 - C6 - C7 16 18 19 1 1.0996e+02 3.9413e+02 ; C7 - C8 - H6 16 18 20 1 1.1035e+02 5.7070e+02 ; C7 - C8 - O3 17 16 18 1 1.1568e+02 3.8409e+02 ; H5 - C7 - C8 18 20 21 1 1.0726e+02 3.9664e+02 ; C8 - O3 - H7 19 18 20 1 1.1026e+02 4.2593e+02 ; H6 - C8 - O3 23 22 24 1 1.3025e+02 6.5187e+02 ; O4 - C9 - O5 [ dihedrals ] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l func phase kd pn 1 4 5 6 9 180.00 9.10020 2 ; C- C1- C2- O 1 4 5 7 9 180.00 9.10020 2 ; C- C1- C2- O1 1 4 8 9 9 180.00 4.39320 2 ; C- C1- O2- C3 2 1 4 5 9 180.00 27.82360 2 ; H- C- C1- C2 2 1 4 8 9 180.00 27.82360 2 ; H- C- C1- O2 3 1 4 5 9 180.00 27.82360 2 ; H1- C- C1- C2 3 1 4 8 9 180.00 27.82360 2 ; H1- C- C1- O2 4 8 9 10 9 0.00 1.60387 3 ; C1- O2- C3- H2 4 8 9 11 9 0.00 1.60387 3 ; C1- O2- C3- C4 4 8 9 18 9 0.00 1.60387 3 ; C1- O2- C3- C8 5 4 8 9 9 180.00 4.39320 2 ; C2- C1- O2- C3 6 5 4 8 9 180.00 9.10020 2 ; O- C2- C1- O2 7 5 4 8 9 180.00 9.10020 2 ; O1- C2- C1- O2 8 9 11 12 9 0.00 0.00000 0 ; O2- C3- C4- H3 8 9 11 13 9 0.00 0.00000 0 ; O2- C3- C4- C5 8 9 18 16 9 0.00 0.65084 3 ; O2- C3- C8- C7 8 9 18 19 9 0.00 0.00000 0 ; O2- C3- C8- H6 8 9 18 19 9 0.00 1.04600 1 ; O2- C3- C8- H6 8 9 18 20 9 0.00 0.60250 3 ; O2- C3- C8- O3 8 9 18 20 9 0.00 4.91620 2 ; O2- C3- C8- O3 9 11 13 14 9 180.00 27.82360 2 ; C3- C4- C5- C6 9 11 13 22 9 180.00 27.82360 2 ; C3- C4- C5- C9 9 18 16 14 9 0.00 0.00000 0 ; C3- C8- C7- C6 9 18 16 17 9 0.00 0.00000 0 ; C3- C8- C7- H5 9 18 20 21 9 0.00 0.66944 3 ; C3- C8- O3- H7 9 18 20 21 9 0.00 1.04600 1 ; C3- C8- O3- H7 10 9 11 12 9 0.00 0.00000 0 ; H2- C3- C4- H3 10 9 11 13 9 0.00 0.00000 0 ; H2- C3- C4- C5 10 9 18 16 9 0.00 0.65084 3 ; H2- C3- C8- C7 10 9 18 19 9 0.00 0.65084 3 ; H2- C3- C8- H6 10 9 18 20 9 0.00 0.00000 0 ; H2- C3- C8- O3 10 9 18 20 9 0.00 1.04600 1 ; H2- C3- C8- O3 11 9 18 16 9 0.00 0.65084 3 ; C4- C3- C8- C7 11 9 18 19 9 0.00 0.65084 3 ; C4- C3- C8- H6 11 9 18 20 9 0.00 0.65084 3 ; C4- C3- C8- O3 11 13 14 15 9 180.00 4.18400 2 ; C4- C5- C6- H4 11 13 14 16 9 180.00 4.18400 2 ; C4- C5- C6- C7 11 13 22 23 9 180.00 9.10020 2 ; C4- C5- C9- O4 11 13 22 24 9 180.00 9.10020 2 ; C4- C5- C9- O5 12 11 9 18 9 0.00 0.00000 0 ; H3- C4- C3- C8 12 11 13 14 9 180.00 27.82360 2 ; H3- C4- C5- C6 12 11 13 22 9 180.00 27.82360 2 ; H3- C4- C5- C9 13 11 9 18 9 0.00 0.00000 0 ; C5- C4- C3- C8 13 14 16 17 9 180.00 27.82360 2 ; C5- C6- C7- H5 13 14 16 18 9 180.00 27.82360 2 ; C5- C6- C7- C8 14 13 22 23 9 180.00 9.10020 2 ; C6- C5- C9- O4 14 13 22 24 9 180.00 9.10020 2 ; C6- C5- C9- O5 14 16 18 19 9 0.00 0.00000 0 ; C6- C7- C8- H6 14 16 18 20 9 0.00 0.00000 0 ; C6- C7- C8- O3 15 14 13 22 9 180.00 4.18400 2 ; H4- C6- C5- C9 15 14 16 17 9 180.00 27.82360 2 ; H4- C6- C7- H5 15 14 16 18 9 180.00 27.82360 2 ; H4- C6- C7- C8 16 14 13 22 9 180.00 4.18400 2 ; C7- C6- C5- C9 16 18 20 21 9 0.00 0.69733 3 ; C7- C8- O3- H7 17 16 18 19 9 0.00 0.00000 0 ; H5- C7- C8- H6 17 16 18 20 9 0.00 0.00000 0 ; H5- C7- C8- O3 19 18 20 21 9 0.00 0.69733 3 ; H6- C8- O3- H7 [ dihedrals ] ; impropers ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function ; i j k l func phase kd pn 3 1 2 4 4 180.00 4.60240 2 ; H1- C- H- C1 4 6 5 7 4 180.00 4.60240 2 ; C1- O- C2- O1 5 1 4 8 4 180.00 4.60240 2 ; C2- C- C1- O2 9 13 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C5- C4- H3 13 23 22 24 4 180.00 4.60240 2 ; C5- O4- C9- O5 16 13 14 15 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C5- C6- H4 18 14 16 17 4 180.00 4.60240 2 ; C8- C6- C7- H5 22 11 13 14 4 180.00 4.60240 2 ; C9- C4- C5- C6