output: main.o Sam.o Alignments.o Fasta.o FastaRecord.o
	g++ -std=c++11 main.o Sam.o Alignments.o Fasta.o FastaRecord.o -o csa
main.o: main.cpp
	g++ -c -std=c++11 main.cpp
Sam.o: Sam.cpp
	g++ -c -std=c++11 Sam.cpp
Alignments.o: Alignments.cpp
	g++ -c -std=c++11 Alignments.cpp
Fasta.o: Fasta.cpp
	g++ -c -std=c++11 Fasta.cpp
FastaRecord.o: FastaRecord.cpp
	g++ -c -std=c++11 FastaRecord.cpp
clean:
	rm *.o csa
