# HG changeset patch
# User climate
# Date 1642288863 0
# Node ID d5355f6fa02bf0e9fc25d41c71e99142db73e896
"planemo upload for repository https://github.com/NordicESMhub/galaxy-tools/tree/master/tools/cdo commit da614bb8e3e9b19a5167ff19b625a71d9976108a"
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b cdo_operations.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cdo_operations.xml Sat Jan 15 23:21:03 2022 +0000
@@ -0,0 +1,293 @@
+
+ Climate Data Manipulation Operators operations for standard processing of climate and NWP model output.
+
+ macros.xml
+ macros_operations.xml
+
+
+
+
+ 0
+ -'$cdo_oper.operator.opt',$cdo_oper.operator.trunc
+ #else
+ -'$cdo_oper.operator.opt'
+ #end if
+ #elif $cdo_oper.operator.opt == 'collgrid'
+ #if str($cdo_oper.operator.nx)
+ #if str($cdo_oper.operator.names)
+ -'$cdo_oper.operator.opt',$cdo_oper.operator.nx,'$cdo_oper.operator.names'
+ #else
+ -'$cdo_oper.operator.opt',$cdo_oper.operator.nx
+ #end if
+ #else
+ -'$cdo_oper.operator.opt'
+ #end if
+ #elif $cdo_oper.operator.opt == 'distgrid'
+ -'$cdo_oper.operator.opt',$cdo_oper.operator.nx,$cdo_oper.operator.ny
+ #elif $cdo_oper.operator.opt == 'splitsel'
+ #if str($cdo_oper.operator.noffset)
+ #if str($cdo_oper.operator.nskip)
+ -'$cdo_oper.operator.opt',$cdo_oper.operator.nsets,$cdo_oper.operator.noffset,$cdo_oper.operator.nskip
+ #else
+ -'$cdo_oper.operator.opt',$cdo_oper.operator.nsets,$cdo_oper.operator.noffset
+ #end if
+ #else
+ -'$cdo_oper.operator.opt',$cdo_oper.operator.nsets
+ #end if
+ #elif $cdo_oper.operator.opt == 'select' or $cdo_oper.operator.opt == 'delete' or $cdo_oper.operator.opt == 'selname' or $cdo_oper.operator.opt == 'delname' or $cdo_oper.operator.opt == 'seltimestep' or $cdo_oper.operator.opt == 'sellonlatbox' or $cdo_oper.operator.opt == 'expr' or $cdo_oper.operator.opt == 'ml2pl' or $cdo_oper.operator.opt == 'ml2hl' or $cdo_oper.operator.opt == 'intlevel'
+ -'$cdo_oper.operator.opt','$cdo_oper.operator.params'
+ #elif $cdo_oper.operator.opt == 'setattribute'
+ -'$cdo_oper.operator.opt',FILE='$cdo_oper.operator.attr_file'
+ #else
+ -'$cdo_oper.operator.opt'
+ #end if
+ #if $cdo_oper.operator.opt == 'copy' or $cdo_oper.operator.opt == 'cat' or $cdo_oper.operator.opt == 'merge' or $cdo_oper.operator.opt == 'mergetime' or $cdo_oper.operator.opt == 'collgrid' or $cdo_oper.operator.opt == 'select' or $cdo_oper.operator.opt == 'delete' or $cdo_oper.operator.opt == 'replace'
+ #for $ifile in $cdo_oper.operator.add_file
+ '${ifile}'
+ #end for
+ #elif $cdo_oper.operator.add_file and '$cdo_oper.operator.add_file' != '' and '$cdo_oper.operator.add_file' != 'None' and $cdo_oper.operator.add_file is not None
+ '$cdo_oper.operator.add_file'
+ #end if
+ #if $i == 0
+ #if $cdo_oper.operator.opt == 'splitcode' or $cdo_oper.operator.opt == 'splitparam' or $cdo_oper.operator.opt == 'splitname' or $cdo_oper.operator.opt == 'splitlevel' or $cdo_oper.operator.opt == 'splitgrid' or $cdo_oper.operator.opt == 'splitzaxis' or $cdo_oper.operator.opt == 'splittabnum' or $cdo_oper.operator.opt == 'splithour' or $cdo_oper.operator.opt == 'splitday' or $cdo_oper.operator.opt == 'splitseas' or $cdo_oper.operator.opt == 'splityear' or $cdo_oper.operator.opt == 'splityearmon' or $cdo_oper.operator.opt == 'splitmon'
+ #set output = 'output_dir/outfile_'
+ #else
+ #set output = 'output_dir/outfile.netcdf'
+ #end if
+ #end if
+ #end for
+ '${output}'
+ ]]>
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+
+
+
+ `_.
+
+ ]]>
+
+
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Sat Jan 15 23:21:03 2022 +0000
@@ -0,0 +1,33 @@
+
+ 2.0.0
+ 0
+
+
+ cdo
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+
+ topic_3318
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+ operation_3438
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+
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+ 10.5281/zenodo.3539275
+
+
+
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b macros_info.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros_info.xml Sat Jan 15 23:21:03 2022 +0000
@@ -0,0 +1,81 @@
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diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b macros_operations.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros_operations.xml Sat Jan 15 23:21:03 2022 +0000
@@ -0,0 +1,336 @@
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+
+
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear.nc
Binary file test-data/WMI_Lear.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_addc.nc
Binary file test-data/WMI_Lear_addc.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_copy.nc
Binary file test-data/WMI_Lear_copy.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_expr.nc
Binary file test-data/WMI_Lear_expr.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_griddes.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/WMI_Lear_griddes.txt Sat Jan 15 23:21:03 2022 +0000
@@ -0,0 +1,6 @@
+#
+# gridID 1
+#
+gridtype = generic
+gridsize = 1
+cdo griddes: Processed 10 variables [0.00s 22MB].
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_invertlat.nc
Binary file test-data/WMI_Lear_invertlat.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_names.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/WMI_Lear_names.txt Sat Jan 15 23:21:03 2022 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+ altitude latitude longitude pressure tdry dp mr wspd wdir Drops
+cdo showname: Processed 10 variables [0.00s 22MB].
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_sellonlatbox.nc
Binary file test-data/WMI_Lear_sellonlatbox.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_sellonlatbox_units.nc
Binary file test-data/WMI_Lear_sellonlatbox_units.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_showdate.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/WMI_Lear_showdate.txt Sat Jan 15 23:21:03 2022 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+ 2003-07-06
+cdo showdate: Processed 10 variables over 180 timesteps [0.00s 22MB].
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/WMI_Lear_timesteps.nc
Binary file test-data/WMI_Lear_timesteps.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/attributes.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/attributes.txt Sat Jan 15 23:21:03 2022 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+Drops@units="number of elements"
+Drops@long_name = "Accumulated # of sonde drops"
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/drops1.nc
Binary file test-data/drops1.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/drops2.nc
Binary file test-data/drops2.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/drops_cat.nc
Binary file test-data/drops_cat.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/lat_long.nc
Binary file test-data/lat_long.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/lat_long_modified.nc
Binary file test-data/lat_long_modified.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/latitude.nc
Binary file test-data/latitude.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/latitude3.nc
Binary file test-data/latitude3.nc has changed
diff -r 000000000000 -r d5355f6fa02b test-data/latitude_diff.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/latitude_diff.txt Sat Jan 15 23:21:03 2022 +0000
@@ -0,0 +1,183 @@
+ -1 : Date Time Level Gridsize Miss : Minimum Mean Maximum : Parameter ID
+ 1 : 2003-07-06 06:30:13 0 1 0 : 43.585 : -1
+ 2 : 2003-07-06 06:30:19 0 1 0 : 43.585 : -1
+ 3 : 2003-07-06 06:30:29 0 1 0 : 43.585 : -1
+ 4 : 2003-07-06 06:30:39 0 1 0 : 43.585 : -1
+ 5 : 2003-07-06 06:30:49 0 1 0 : 43.585 : -1
+ 6 : 2003-07-06 06:30:59 0 1 0 : 43.584 : -1
+ 7 : 2003-07-06 06:31:09 0 1 0 : 43.584 : -1
+ 8 : 2003-07-06 06:31:19 0 1 0 : 43.584 : -1
+ 9 : 2003-07-06 06:31:29 0 1 0 : 43.584 : -1
+ 10 : 2003-07-06 06:31:39 0 1 0 : 43.584 : -1
+ 11 : 2003-07-06 06:31:49 0 1 0 : 43.583 : -1
+ 12 : 2003-07-06 06:31:59 0 1 0 : 43.583 : -1
+ 13 : 2003-07-06 06:32:09 0 1 0 : 43.583 : -1
+ 14 : 2003-07-06 06:32:19 0 1 0 : 43.583 : -1
+ 15 : 2003-07-06 06:32:29 0 1 0 : 43.583 : -1
+ 16 : 2003-07-06 06:32:39 0 1 0 : 43.584 : -1
+ 17 : 2003-07-06 06:32:49 0 1 0 : 43.584 : -1
+ 18 : 2003-07-06 06:32:59 0 1 0 : 43.585 : -1
+ 19 : 2003-07-06 06:33:09 0 1 0 : 43.585 : -1
+ 20 : 2003-07-06 06:33:19 0 1 0 : 43.586 : -1
+ 21 : 2003-07-06 06:33:29 0 1 0 : 43.587 : -1
+ 22 : 2003-07-06 06:33:39 0 1 0 : 43.587 : -1
+ 23 : 2003-07-06 06:33:49 0 1 0 : 43.588 : -1
+ 24 : 2003-07-06 06:33:59 0 1 0 : 43.589 : -1
+ 25 : 2003-07-06 06:34:09 0 1 0 : 43.589 : -1
+ 26 : 2003-07-06 06:34:19 0 1 0 : 43.590 : -1
+ 27 : 2003-07-06 06:34:29 0 1 0 : 43.591 : -1
+ 28 : 2003-07-06 06:34:39 0 1 0 : 43.591 : -1
+ 29 : 2003-07-06 06:34:49 0 1 0 : 43.592 : -1
+ 30 : 2003-07-06 06:34:59 0 1 0 : 43.592 : -1
+ 31 : 2003-07-06 06:35:09 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 32 : 2003-07-06 06:35:19 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 33 : 2003-07-06 06:35:29 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 34 : 2003-07-06 06:35:39 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 35 : 2003-07-06 06:35:49 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 36 : 2003-07-06 06:35:59 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 37 : 2003-07-06 06:36:09 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 38 : 2003-07-06 06:36:19 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 39 : 2003-07-06 06:36:29 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 40 : 2003-07-06 06:36:39 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 41 : 2003-07-06 06:36:49 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 42 : 2003-07-06 06:36:59 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 43 : 2003-07-06 06:37:09 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 44 : 2003-07-06 06:37:19 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 45 : 2003-07-06 06:37:29 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 46 : 2003-07-06 06:37:39 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 47 : 2003-07-06 06:37:49 0 1 0 : 43.593 : -1
+ 48 : 2003-07-06 06:37:59 0 1 0 : 43.592 : -1
+ 49 : 2003-07-06 06:38:09 0 1 0 : 43.588 : -1
+ 50 : 2003-07-06 06:38:19 0 1 0 : 43.585 : -1
+ 51 : 2003-07-06 06:38:29 0 1 0 : 43.577 : -1
+ 52 : 2003-07-06 06:38:39 0 1 0 : 43.570 : -1
+ 53 : 2003-07-06 06:38:49 0 1 0 : 43.562 : -1
+ 54 : 2003-07-06 06:38:59 0 1 0 : 43.554 : -1
+ 55 : 2003-07-06 06:39:09 0 1 0 : 43.544 : -1
+ 56 : 2003-07-06 06:39:19 0 1 0 : 43.535 : -1
+ 57 : 2003-07-06 06:39:29 0 1 0 : 43.527 : -1
+ 58 : 2003-07-06 06:39:39 0 1 0 : 43.521 : -1
+ 59 : 2003-07-06 06:39:49 0 1 0 : 43.513 : -1
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