# HG changeset patch # User cpt # Date 1685932830 0 # Node ID 843ea2c82e9aaecaddb78683cacdf21f6ff68dd6 # Parent 3aac15f277c52985ecb9653f21d47f2f7edb209f planemo upload commit 94b0cd1fff0826c6db3e7dc0c91c0c5a8be8bb0c diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt-macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt-macros.xml Mon Jun 05 02:40:30 2023 +0000 @@ -0,0 +1,115 @@ + + + + python + biopython + requests + cpt_gffparser + + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. 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Maughmer}, - title = {CPT Galaxy Tools}, - year = {2017-2020}, - note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} - } - - - - diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py --- a/cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py Fri May 20 08:41:43 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,91 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python -import sys -import argparse -from CPT_GFFParser import gffParse, gffWrite, gffSeqFeature -from Bio import SeqIO -from Bio.SeqFeature import SeqFeature -from Bio.SeqFeature import FeatureLocation -import logging - -logging.basicConfig(level=logging.INFO) - - -def glimmer3_to_gff3(glimmer, genome): - seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(genome, "fasta")) - - current_record = None - for line in glimmer: - if line.startswith(">"): - chromId = line.strip().replace(">", "") - if chromId in seq_dict: - if current_record is not None: - yield current_record - current_record = seq_dict[chromId] - else: - raise Exception( - "Found results for sequence %s which was not in fasta file sequences (%s)" - % (chromId, ", ".join(seq_dict.keys())) - ) - - if not line.startswith(">"): - (gene_id, gstart, gend, phase, score) = line.strip().split() - gstart = int(gstart) - gend = int(gend) - - if "+" in phase: - strand = 1 - start = gstart - end = gend - else: - strand = -1 - start = gend - end = gstart - - # Correct for gff3 - start -= 1 - - if start > end: - #gene found on boundary (ex [4000, 200]) from glimmer assuming circular genome - #-------------start<=======|sequence end|========>end------ - if strand > 0: - end = len(current_record) - else: - start = 0 - gene_id+="_truncated" - - cds_feat = gffSeqFeature( - FeatureLocation(start, end), - type="CDS", - strand=strand, - id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id), - qualifiers={ - "source": "Glimmer3", - "ID": "%s.cds_%s" % (current_record.id, gene_id), - }, - source="Glimmer3" - ) - - gene = gffSeqFeature( - FeatureLocation(start, end), - type="gene", - strand=strand, - id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id), - qualifiers={ - "source": "Glimmer3", - "ID": "%s.%s" % (current_record.id, gene_id), - }, - source="Glimmer3" - ) - gene.sub_features = [cds_feat] - current_record.features.append(gene) - yield current_record - - -if __name__ == "__main__": - parser = argparse.ArgumentParser(description="Convert Glimmer to GFF3") - parser.add_argument("glimmer", type=argparse.FileType("r"), help="Glimmer3 Output") - parser.add_argument("genome", type=argparse.FileType("r"), help="Fasta Genome") - args = parser.parse_args() - - for result in glimmer3_to_gff3(**vars(args)): - gffWrite([result], sys.stdout) diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml --- a/cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml Fri May 20 08:41:43 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,41 +0,0 @@ - - - convert formats - - cpt-macros.xml - macros.xml - - - -@GENOME_SELECTOR_PRE@ - -python $__tool_directory__/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py -$glimmer -@GENOME_SELECTOR@ -> $data - - - - - - - - - - - - - - - - - - - **What it does** - - Converts an input Glimmer3 table to the GFF3 format. If the Glimmer3 output indicates a gene wrapping - around over the sequence boundary (as if circular) then it will only convert the upstream fragment and - label it as "_truncated" in the resulting GFF. - - - diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer/macros.xml --- a/cpt_convert_glimmer/macros.xml Fri May 20 08:41:43 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,43 +0,0 @@ - - - - - python - biopython - cpt_gffparser - - - - - - - - - - - - - - - "$gff3_data" - - - genomeref.fa - - - ln -s $genome_fasta genomeref.fa; - - - genomeref.fa - - - - - - - "$sequences" - - - - - diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer/test-data/ConvGlim_In.fasta --- a/cpt_convert_glimmer/test-data/ConvGlim_In.fasta Fri May 20 08:41:43 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,2936 +0,0 @@ ->Miro -TTAGTAATGGCTAAAACCATATGTAACATCAATCATGACTTTATAACGGCATACACGCAT -TTTTGCGTTATTGTAATCCACTGGGATCGCTACCACGTCAGCAGGATCCACCTTTACCTG -AATGACTCTACCAACACCGCCCCCGTAGTGTGGAAGGTATGATTTAGCCGCAACGTGTAG -GCCAGTAGAACAGGTGCGCGTTTTATCTTCGTCTACCATGTTTCGAGGCATGGAGACAGT -CACACCAGGACTATTATCAAATTTGCCAGTAGCGAGATCTTTATAGTTATCGCGCACACG -TTTCCAGGCAAGGAAACAACCATCATCGGTCAGTTCAATGTCATTATGTACAAGGAACCC -ATAAAGCTGGTATACAGCATCGCGTGAAGGGTTTCGCATCAACCGTTCAAAGAAGTTCAC -CAGATGTTCATACGGACGATCGTTATACATTTCGCGAATGATTCGTTGAGTGATATCAGA -ATCAAACACTACATCTTTATATAGAAGCTGATGACCAATGATTTTAATGTTGCCTTTGCT -ATAGGTTCGGATCGCTTCTTGAGTATCCAAACAAGTTACAGCACCTTTGACATCACCAGC -TTTCAGCATTTCATGCGCTTTCTTAAAGTTCGGATGTGTTTCACCCGCCATGAAAACGCG -CCCTTCGTATACAACCGTAATGAACGATTCAGATCCGATCATACGCGGTACAGTGTCTGA -TACTTTAGGCTTTTGTTTTACATCCCTTTTCTTAGGGAATTCCGCTAACTTGCGGTTGAT -AACGCGCCCAATGGTTCGGGCGCTTACGTTGAACTGTTGGGCCAGTGCTGTTTTACTTGC -CCCCGTCAACCATCCATTATAGATAGCTTTCTGTTGTACTTCGTCGAGAATTTTGACCAT -TATTTCCACCGTATTAATTTCTTAAACTCACTGAGATTCTTTTCGTTGTTGTAAATCGGA -CGAATTGAATAAGAATCGCTATGTTCAACAAGTGAAGCCAGTAACGGGTTTAGTGATTTA -AAGATTTCCCATGCCTGATCAACACGTTTTTTCATATTGCTGCGTTTAACGCGCATTGAT -GCTACGGACTCACGCAGAATCGGACAACGCACCCTGGAAAGATTTTTACCATCTTTCTCA -TACCCTTCCAGACACACTATACGTTCGAGGGTATCAACAATCTTATACAGTTTTTCATTA -TATCGGTTTTTCACAATCCGATCAAGCGATACACCGAAACGGCTATGCAATGCGTCTGTT -TCTGTTGAGTGATCCTTCCCAATCCATCCAGGCAAGCAATTATCTTTCAATGCCTTTTCA -GATTTAACATACTGCTTGCACAGCATATCATCAAAGCATACCAGATTTGAATCCGGGATC -CACTTCCAGAGGCTGTTACGTATAGCAAACACAACAGGGATCCCAGTATGGCGCATGATA -CGCGATAAAGTAGATTCTTTCATTGCTGAATCCATAGACAACCCGGAATTTTCACCATCT -AAGCGGCTATATTCATCAATACCATACAACCGAACACCTGGGGCTTTATCCAGTGATAAA -AACTCTGATTTTGTCATAAACAGAGAAGTTTTTGCCAGATTGCCGTTACTATCCAACTCA -TAACGATATACGGTCGGGGTTTTTGGGCGCGGTTCTGAATTTTTCGGTGCATATAGCGCT -TTTGATTTTTCGCGATCTGCATCATAGATCTCTTTTTCTTTTGTCATTTCACTGGTACGG -AGATACACAATTTCCGATTCATCAAAATGACCTTTCCGAACGATATCATTAACAATCTCA -CGCTTTGAATCACTATCGTAATATGCAACAAAGCTAACACGGCTTAGGTTATGCATTTTA -GCATACCCGACGATATACGGTTTAACCGTGTTGGTATCCACTTTTAACAGAATGAGTTTC -TTCTGTTTCCACGGATAATAAATGCGTGTGATGTCCTGGCGTTTGGTTGTTTCTGGCTTA -TACTTGCTCCAGCGGCCTCCGCTACCAGTTACCTGATACCATGCATCTTTACCGTCGTAT -TCGTTCGCCCAATACCCAGCAACATAATCATCATTATATTTGTTTGGTTTGACTAGTTCG -CTATGGATCCAGCCAATAGAATCACCATTGATGCGAAAATTAGCATCTTTACCAACAAAG -TTTTGTACCATTGAAGGCAGAGAATGGAACCACGTCAGTTTATCACGCACGGTTTGTAAC -TTATCGAATTCTGATTTAACTCGATTGAAATATACCCGGCTGATTTGTTTCAGACGTTCT -TTAACAATCCCTACTGTCATTTTATCCATACTCAACTCTTCGCGAGAAGGCATGAAATCA -AGTTCACCGATCGGGAAGTCAATAATATACGTATACTGGCTTTCTGTATAGCAATAGAAC -ATCGAGGTATCATACAAATCTTTATCCAGAGGATAAATGATGTTACCCATGCGAGCATAT -ACACCGCTAGTGTATGCTGATTTATGACGGATCACCCCGCTATCGTTGGTTGCTTCTTTC -GGCTGATAGTTGATTTTGAGAATAGAAGCACCAACAAAGTTAGGACGAATATCAGTAAAT -GATTCGTATACCCTTGCTGCTTCGTTTTCCCATTCTTTGATATCTTCAACCTTAACCGGA -ACAGTGATAGTAACCCCGTTAGGTTCATCGCTTTCAATCTCATACAGAGGATCGCAGAAA -GGTTCCCCATCATCCATATAGATTGTGTAACCGCATTTGATACCGTCTTTTACGGATTCC -ACCGTGAAAGCATCGGAATAGCAAAGCGGAGATTTGCAACCCAGACCCATAGAACCGATC -AGGTCGTTTGAATCATTTTTAGTTGATTCGAAGTAAACGGTAAACGCATCACTAACGAAA -TCAGGAGACATACCGATCCCGTAGTCACGAATAACAAAACGAGGATCAACAGCAGTTGGC -AACTGGACATCAAACGGGTTCTGATTTCCCGCTTCTTTGTGTCCATCAATCGCATTACAA -GACAGTTCGCGAATGATTGCGCGGATCTTGTATTTGTATACTGTCGAAGAAAGGATCTTA -TACGCTTTCTTGTTTGCGCGTAGAGATAGTTTGTTTCGTCCCTTGCTGGTATCTGTACCA -ACACGGTAGATGGTTTGCGGTGTATCTTCGCGTAATTTCATTGTTTATTTCTCACTTAAC -ATTAAAAATAACTTGGTCACAAGAGTACTTCGTTGGCTTTTTGTTCAGACCATATTCTAC -TACTTCACAATAGGTGTCAAGGAATTTTACCAATTTTTCTTCCTCGACCTGCTGTTTCTT -CATATCAAGGATACCCCACACGATAGCCCCGATAATGACAGAAAAGAACGCACAAAATCC -GAATATGGTCAGATATTTTCCCAACTTAGGCGCATTATAACGTGTCATACCTTACCCCTC -TTTGCGAATGTATGCAAGTTCTTCATGGGTTACTGGACGGATATACAGACGGCCTTTTGT -ATATGCCTTGCGCCCGCTGATCCAAATGTTTTTCATATCCTTAACACCGTTCATCACATC -GTTGTAAAACTTCTTATCAGCTTTAGCCTGATAGACTTCACGGCCTTGATAATCTTTCAT -GAACAAACAATAAAGGATCTCATTCTTATCAACTAGATTAGCATCCTTTGTAGTTGTTTT -ACTTGGTGAAGGTTTCGCACCCAGGCGCAAGGCCATAGCTTGCCACACTTTACCATGTTC -ATAACCGCGCCCGACAAGAGCATGAGCGATTTCGTGTAAAAGAGTGTCTAAAATATCCTC -GTAGATATCTTCCGCAACATGACGACCAGACAGTTCGATCAGTTTTTTGGTATAACTGCA -ACGGCCCAGAGTTTTTGTAATGCGTCCATTGATCCGGAATGTCCAACCATTACTGATCAA -ACCGTGTTTTTCCATCATGGTACGCGCCCAGTGGGTTACTTCCATTGCACTACGAGTTTT -CAACATTTTAGAATCTCCTTTGCTTGGTACAAAACCAATATAGCAAAAAGCCCCCTGCAT -TGCAAGAGGCTTTGTAATTATTTCAACTTCTTAGAAAGTTCTTTTAAATCATTGAGATAC -TCAATTTTAGGGGTTGTTTCTTCCCAGTATTTCAATTGTTTGCGCAATTCTTCGGCTTCG -TCTTCCAGCTTTTTTCTTTCGTCCGTGGTTAGATGGTAGATGTTCATAGCCACTAACATT -TCGGCATGATTCTCGCAACCTATCCACGTAGACACAAATTTAACCGCTTCGCTGCGACTA -AGGCCACGCAGAGAATCAGGAGATTCTACCATTTGAGCAATAAACGCAACCTTTGCCAGT -GCTTTATCTAACGCTTCCTTAGTTTCCTGGATACGCTTATTGATGCGCTGTTGATATACA -TTCATACGGATATCAACAAAATCCTTTAGAAGCGTTTCAGGGCGTTCGTATGAGTATAGT -TTACCCTCAAAGATAACGTTAATGTTTGGGTTTGAGTTTTCAATCAAACCGAAATCTTTC -AGGATCTTTTCACGGGTTAACCCATTAGCATACTCTCGCTTGAGCGTTACTTCATACCGA -AAATCTTCTTTCGATAGATCCTTGTAGCTAACGATAACGCCTTTTTCTTCCAGCTTGTCA -AGGATTGCAATGTATTTCACACGGTCATATTTCACTGGGATCTCAGTGATCACCAATTTG -GTTTTACCTTGCAATTCATAGGTGCCGTAAATCGTACCGTCTGTGATTTCACCTTTAAAG -TAAGGATATTTCAGATCCAGTGTGAAATCTTTATCATTCAGATATGCAATACACCCGTTA -ACAACTGATTTAGGATCATGAGGCGGAATGTTTGTTGCATATGCTTTTGCAATCCCGCTA -AACCCGTTAACCAGTACCATCGGAATGATCGGGAGATAGTACGCTGGCGGTACATGTTCC 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-ATTCGATGAACTGACCAACAGCGGAATCACCTTCTGTCAGAAACAATGTTGTTTCTACCC -CTGGAGTATCGATACCGGAAGCCGGAACGTGTTTAGCAATCTTTGCCTTTTTCGCTTTCT -TTTTCGCTTTGGTGATCGCGGCGGCTTCTGCTGCTTGTTTACGAATCAATGCGGATTCAA -TGATCGGAGTAATGATTTCTGGAGTATCCATAATCATTTTTGCGATCTTTTTGTAATTCA -AATTCGCATGATTGTTAAACTCACCTGCTGTATTTGCCAATCGCTCTTTTGTTTGGCTAT -CGAATGCAGGTGCATTAAAGTTATGCAGGAATACCACAAGAGTTAAGCATTCTTTTACAC -GTGCTTTCGGGATCTCGATACTATGCTTTTTCTTGATCATCGGTTCAAGTTCAGAATAGA -TACCATCGATCATACACTCAACATGAACACCGCCATTTTTCGTATCCAGACCGTTAACAA -AGGATTTCTGTTTAAACCCGTCCTCAGTGCTCGCCAGAATGAAGCTGAGGCGATTATTTG -TCTGGACAATGGTTTTATCCCCATACATGGAAGCGTACAGCGGGAAGCGATTAGAGAGCG -TTTCGCCGTTATATGTGAATTTCACGGACGGGAAAGCAACGGCAAGGGCCATTAAGCGAT -CCTTAATCACTTCTTTGGTTTCTTCATCGATACCAGTTACACCAAACATAGAGAAGTCTG -GAGTAAACTTAACAGTAGTACCCTGTTCTTTACTGGGGCTGGTTCGGTAATCGATGTTCT -GTGCGCCGTCCGTACAGTTAATGGTTACTTTGCGTTTCCCGTTTGCAGTCTCGCCAATAA -AAATCGAGCTATAACAGTTTGTCAGGAAAGAACCAACACCATTCATACCCATCGTTACGC -GGTTTTTATCATCGAAGTTAGAACCCGATTTTGCCATAGTCCATGCCGCAACTGGTTTAG 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-AATAACGATTGACATATGGGCCACTTTTTGTTTGCCATTTTTCTGTACAATCATTCCAGA -AAGAACAAGAAAATTCCACACGATATACGAACATGATATAATCCTCACAAGTAAACTCAA -GGTTTACAAGTACGATACCACTTATCTAATTTTTCTGCAAGCATTTCGTTGATAATTTTT -GCAATTTCGTACCGTCCGTGAGTAGTACCCAGTTCCAGGTAAATCACATCAAGTGCGCAC -ACAATCGCATCAATACTTTCTTCAACGATATTACCGCCGCGTTGAGGTTGAATGAGGCAT -TCGCTGATCTCACCAACTTCCGCTGATAGGTGATGAACCACATCACTCTTCGTGCGTTTC -TTCACTTTATGAGCGATTTCAAAAAACTTATCAAGTACGATCGCCGTTTCTTCTCGCGTT -GCAGTATTCTCGGATGTCGTCTCCGTTTGTTGAACAACGTATTTTGTAAAATAGTTTTCA -AACACGTTGAAAGGGATCACATGAGGAACACCATTCAAAAACACCCCTTCTTTACAAACA -TAATGGATTTGGCGCGGAATAGACAACCCGCCGCTGCGTTCCAAATGTCGTTTAACGCTT -GCTACAAAATCGAACTCTTTCCCGTATCCAGCCGATATACTGTGATACGTGAGTAGGCCA -AATGCAGAAACATAGAGATCATTTTCTTTATACAGATTCATTTACAATACCTTTATGGTA -GCCAAAAATATAACAATCAATTGAAGGACGTTCACCAGGGAAGTGAATGCATTGCATGAT -GCGTTCAGCCATTAGATCTTCTCCCATGTATACCGAAGTAGTTTCTTCGTTGTAATGGGT -ATCATACGACGTTTTAAGCGTCATGCCCGGAAGCCCTGCAATGTGCATGAATTTAGAATT -GGTGCAAGGTTTTCCTACTTCACCGTTGATCATTAACACTGCATTAGTTTTACGTGCTTT 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Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py Mon Jun 05 02:40:30 2023 +0000 @@ -0,0 +1,91 @@ +#!/usr/bin/env python +import sys +import argparse +from CPT_GFFParser import gffParse, gffWrite, gffSeqFeature +from Bio import SeqIO +from Bio.SeqFeature import SeqFeature +from Bio.SeqFeature import FeatureLocation +import logging + +logging.basicConfig(level=logging.INFO) + + +def glimmer3_to_gff3(glimmer, genome): + seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(genome, "fasta")) + + current_record = None + for line in glimmer: + if line.startswith(">"): + chromId = line.strip().replace(">", "") + if chromId in seq_dict: + if current_record is not None: + yield current_record + current_record = seq_dict[chromId] + else: + raise Exception( + "Found results for sequence %s which was not in fasta file sequences (%s)" + % (chromId, ", ".join(seq_dict.keys())) + ) + + if not line.startswith(">"): + (gene_id, gstart, gend, phase, score) = line.strip().split() + gstart = int(gstart) + gend = int(gend) + + if "+" in phase: + strand = 1 + start = gstart + end = gend + else: + strand = -1 + start = gend + end = gstart + + # Correct for gff3 + start -= 1 + + if start > end: + # gene found on boundary (ex [4000, 200]) from glimmer assuming circular genome + # -------------start<=======|sequence end|========>end------ + if strand > 0: + end = len(current_record) + else: + start = 0 + gene_id += "_truncated" + + cds_feat = gffSeqFeature( + FeatureLocation(start, end), + type="CDS", + strand=strand, + id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id), + qualifiers={ + "source": "Glimmer3", + "ID": "%s.cds_%s" % (current_record.id, gene_id), + }, + source="Glimmer3", + ) + + gene = gffSeqFeature( + FeatureLocation(start, end), + type="gene", + strand=strand, + id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id), + qualifiers={ + "source": "Glimmer3", + "ID": "%s.%s" % (current_record.id, gene_id), + }, + source="Glimmer3", + ) + gene.sub_features = [cds_feat] + current_record.features.append(gene) + yield current_record + + +if __name__ == "__main__": + parser = argparse.ArgumentParser(description="Convert Glimmer to GFF3") + parser.add_argument("glimmer", type=argparse.FileType("r"), help="Glimmer3 Output") + parser.add_argument("genome", type=argparse.FileType("r"), help="Fasta Genome") + args = parser.parse_args() + + for result in glimmer3_to_gff3(**vars(args)): + gffWrite([result], sys.stdout) diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml Mon Jun 05 02:40:30 2023 +0000 @@ -0,0 +1,40 @@ + + convert formats + + cpt-macros.xml + macros.xml + + + '$data' ]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + **What it does** + + Converts an input Glimmer3 table to the GFF3 format. If the Glimmer3 output indicates a gene wrapping + around over the sequence boundary (as if circular) then it will only convert the upstream fragment and + label it as "_truncated" in the resulting GFF. + + + diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Mon Jun 05 02:40:30 2023 +0000 @@ -0,0 +1,74 @@ + + + + progressivemauve + + bcbiogff + + + + 2.4.0 + + 10.1371/journal.pone.0011147 + + + 10.1093/bioinformatics/btm039 + + + '$xmfa' + + + + + + '$sequences' + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + '$gff3_data' + + + #if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached': + '${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}' + #else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history': + genomeref.fa + #end if + + + #if $reference_genome.reference_genome_source == 'history': + ln -s '$reference_genome.genome_fasta' genomeref.fa; + #end if + + + #if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached': + '${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}' + #else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history': + genomeref.fa + #end if + + diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a test-data/ConvGlim_In.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/ConvGlim_In.fasta Mon Jun 05 02:40:30 2023 +0000 @@ -0,0 +1,2936 @@ +>Miro +TTAGTAATGGCTAAAACCATATGTAACATCAATCATGACTTTATAACGGCATACACGCAT +TTTTGCGTTATTGTAATCCACTGGGATCGCTACCACGTCAGCAGGATCCACCTTTACCTG +AATGACTCTACCAACACCGCCCCCGTAGTGTGGAAGGTATGATTTAGCCGCAACGTGTAG +GCCAGTAGAACAGGTGCGCGTTTTATCTTCGTCTACCATGTTTCGAGGCATGGAGACAGT +CACACCAGGACTATTATCAAATTTGCCAGTAGCGAGATCTTTATAGTTATCGCGCACACG +TTTCCAGGCAAGGAAACAACCATCATCGGTCAGTTCAATGTCATTATGTACAAGGAACCC +ATAAAGCTGGTATACAGCATCGCGTGAAGGGTTTCGCATCAACCGTTCAAAGAAGTTCAC +CAGATGTTCATACGGACGATCGTTATACATTTCGCGAATGATTCGTTGAGTGATATCAGA +ATCAAACACTACATCTTTATATAGAAGCTGATGACCAATGATTTTAATGTTGCCTTTGCT 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