# HG changeset patch
# User cpt
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+ }
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diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py
--- a/cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py Fri May 20 08:41:43 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,91 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-import sys
-import argparse
-from CPT_GFFParser import gffParse, gffWrite, gffSeqFeature
-from Bio import SeqIO
-from Bio.SeqFeature import SeqFeature
-from Bio.SeqFeature import FeatureLocation
-import logging
-
-logging.basicConfig(level=logging.INFO)
-
-
-def glimmer3_to_gff3(glimmer, genome):
- seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(genome, "fasta"))
-
- current_record = None
- for line in glimmer:
- if line.startswith(">"):
- chromId = line.strip().replace(">", "")
- if chromId in seq_dict:
- if current_record is not None:
- yield current_record
- current_record = seq_dict[chromId]
- else:
- raise Exception(
- "Found results for sequence %s which was not in fasta file sequences (%s)"
- % (chromId, ", ".join(seq_dict.keys()))
- )
-
- if not line.startswith(">"):
- (gene_id, gstart, gend, phase, score) = line.strip().split()
- gstart = int(gstart)
- gend = int(gend)
-
- if "+" in phase:
- strand = 1
- start = gstart
- end = gend
- else:
- strand = -1
- start = gend
- end = gstart
-
- # Correct for gff3
- start -= 1
-
- if start > end:
- #gene found on boundary (ex [4000, 200]) from glimmer assuming circular genome
- #-------------start<=======|sequence end|========>end------
- if strand > 0:
- end = len(current_record)
- else:
- start = 0
- gene_id+="_truncated"
-
- cds_feat = gffSeqFeature(
- FeatureLocation(start, end),
- type="CDS",
- strand=strand,
- id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
- qualifiers={
- "source": "Glimmer3",
- "ID": "%s.cds_%s" % (current_record.id, gene_id),
- },
- source="Glimmer3"
- )
-
- gene = gffSeqFeature(
- FeatureLocation(start, end),
- type="gene",
- strand=strand,
- id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
- qualifiers={
- "source": "Glimmer3",
- "ID": "%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
- },
- source="Glimmer3"
- )
- gene.sub_features = [cds_feat]
- current_record.features.append(gene)
- yield current_record
-
-
-if __name__ == "__main__":
- parser = argparse.ArgumentParser(description="Convert Glimmer to GFF3")
- parser.add_argument("glimmer", type=argparse.FileType("r"), help="Glimmer3 Output")
- parser.add_argument("genome", type=argparse.FileType("r"), help="Fasta Genome")
- args = parser.parse_args()
-
- for result in glimmer3_to_gff3(**vars(args)):
- gffWrite([result], sys.stdout)
diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml
--- a/cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml Fri May 20 08:41:43 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,41 +0,0 @@
-
-
- convert formats
-
- cpt-macros.xml
- macros.xml
-
-
-
-@GENOME_SELECTOR_PRE@
-
-python $__tool_directory__/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py
-$glimmer
-@GENOME_SELECTOR@
-> $data
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
- **What it does**
-
- Converts an input Glimmer3 table to the GFF3 format. If the Glimmer3 output indicates a gene wrapping
- around over the sequence boundary (as if circular) then it will only convert the upstream fragment and
- label it as "_truncated" in the resulting GFF.
-
-
-
diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer/macros.xml
--- a/cpt_convert_glimmer/macros.xml Fri May 20 08:41:43 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,43 +0,0 @@
-
-
-
-
- python
- biopython
- cpt_gffparser
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
- "$gff3_data"
-
-
- genomeref.fa
-
-
- ln -s $genome_fasta genomeref.fa;
-
-
- genomeref.fa
-
-
-
-
-
-
- "$sequences"
-
-
-
-
-
diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer/test-data/ConvGlim_In.fasta
--- a/cpt_convert_glimmer/test-data/ConvGlim_In.fasta Fri May 20 08:41:43 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,2936 +0,0 @@
->Miro
-TTAGTAATGGCTAAAACCATATGTAACATCAATCATGACTTTATAACGGCATACACGCAT
-TTTTGCGTTATTGTAATCCACTGGGATCGCTACCACGTCAGCAGGATCCACCTTTACCTG
-AATGACTCTACCAACACCGCCCCCGTAGTGTGGAAGGTATGATTTAGCCGCAACGTGTAG
-GCCAGTAGAACAGGTGCGCGTTTTATCTTCGTCTACCATGTTTCGAGGCATGGAGACAGT
-CACACCAGGACTATTATCAAATTTGCCAGTAGCGAGATCTTTATAGTTATCGCGCACACG
-TTTCCAGGCAAGGAAACAACCATCATCGGTCAGTTCAATGTCATTATGTACAAGGAACCC
-ATAAAGCTGGTATACAGCATCGCGTGAAGGGTTTCGCATCAACCGTTCAAAGAAGTTCAC
-CAGATGTTCATACGGACGATCGTTATACATTTCGCGAATGATTCGTTGAGTGATATCAGA
-ATCAAACACTACATCTTTATATAGAAGCTGATGACCAATGATTTTAATGTTGCCTTTGCT
-ATAGGTTCGGATCGCTTCTTGAGTATCCAAACAAGTTACAGCACCTTTGACATCACCAGC
-TTTCAGCATTTCATGCGCTTTCTTAAAGTTCGGATGTGTTTCACCCGCCATGAAAACGCG
-CCCTTCGTATACAACCGTAATGAACGATTCAGATCCGATCATACGCGGTACAGTGTCTGA
-TACTTTAGGCTTTTGTTTTACATCCCTTTTCTTAGGGAATTCCGCTAACTTGCGGTTGAT
-AACGCGCCCAATGGTTCGGGCGCTTACGTTGAACTGTTGGGCCAGTGCTGTTTTACTTGC
-CCCCGTCAACCATCCATTATAGATAGCTTTCTGTTGTACTTCGTCGAGAATTTTGACCAT
-TATTTCCACCGTATTAATTTCTTAAACTCACTGAGATTCTTTTCGTTGTTGTAAATCGGA
-CGAATTGAATAAGAATCGCTATGTTCAACAAGTGAAGCCAGTAACGGGTTTAGTGATTTA
-AAGATTTCCCATGCCTGATCAACACGTTTTTTCATATTGCTGCGTTTAACGCGCATTGAT
-GCTACGGACTCACGCAGAATCGGACAACGCACCCTGGAAAGATTTTTACCATCTTTCTCA
-TACCCTTCCAGACACACTATACGTTCGAGGGTATCAACAATCTTATACAGTTTTTCATTA
-TATCGGTTTTTCACAATCCGATCAAGCGATACACCGAAACGGCTATGCAATGCGTCTGTT
-TCTGTTGAGTGATCCTTCCCAATCCATCCAGGCAAGCAATTATCTTTCAATGCCTTTTCA
-GATTTAACATACTGCTTGCACAGCATATCATCAAAGCATACCAGATTTGAATCCGGGATC
-CACTTCCAGAGGCTGTTACGTATAGCAAACACAACAGGGATCCCAGTATGGCGCATGATA
-CGCGATAAAGTAGATTCTTTCATTGCTGAATCCATAGACAACCCGGAATTTTCACCATCT
-AAGCGGCTATATTCATCAATACCATACAACCGAACACCTGGGGCTTTATCCAGTGATAAA
-AACTCTGATTTTGTCATAAACAGAGAAGTTTTTGCCAGATTGCCGTTACTATCCAACTCA
-TAACGATATACGGTCGGGGTTTTTGGGCGCGGTTCTGAATTTTTCGGTGCATATAGCGCT
-TTTGATTTTTCGCGATCTGCATCATAGATCTCTTTTTCTTTTGTCATTTCACTGGTACGG
-AGATACACAATTTCCGATTCATCAAAATGACCTTTCCGAACGATATCATTAACAATCTCA
-CGCTTTGAATCACTATCGTAATATGCAACAAAGCTAACACGGCTTAGGTTATGCATTTTA
-GCATACCCGACGATATACGGTTTAACCGTGTTGGTATCCACTTTTAACAGAATGAGTTTC
-TTCTGTTTCCACGGATAATAAATGCGTGTGATGTCCTGGCGTTTGGTTGTTTCTGGCTTA
-TACTTGCTCCAGCGGCCTCCGCTACCAGTTACCTGATACCATGCATCTTTACCGTCGTAT
-TCGTTCGCCCAATACCCAGCAACATAATCATCATTATATTTGTTTGGTTTGACTAGTTCG
-CTATGGATCCAGCCAATAGAATCACCATTGATGCGAAAATTAGCATCTTTACCAACAAAG
-TTTTGTACCATTGAAGGCAGAGAATGGAACCACGTCAGTTTATCACGCACGGTTTGTAAC
-TTATCGAATTCTGATTTAACTCGATTGAAATATACCCGGCTGATTTGTTTCAGACGTTCT
-TTAACAATCCCTACTGTCATTTTATCCATACTCAACTCTTCGCGAGAAGGCATGAAATCA
-AGTTCACCGATCGGGAAGTCAATAATATACGTATACTGGCTTTCTGTATAGCAATAGAAC
-ATCGAGGTATCATACAAATCTTTATCCAGAGGATAAATGATGTTACCCATGCGAGCATAT
-ACACCGCTAGTGTATGCTGATTTATGACGGATCACCCCGCTATCGTTGGTTGCTTCTTTC
-GGCTGATAGTTGATTTTGAGAATAGAAGCACCAACAAAGTTAGGACGAATATCAGTAAAT
-GATTCGTATACCCTTGCTGCTTCGTTTTCCCATTCTTTGATATCTTCAACCTTAACCGGA
-ACAGTGATAGTAACCCCGTTAGGTTCATCGCTTTCAATCTCATACAGAGGATCGCAGAAA
-GGTTCCCCATCATCCATATAGATTGTGTAACCGCATTTGATACCGTCTTTTACGGATTCC
-ACCGTGAAAGCATCGGAATAGCAAAGCGGAGATTTGCAACCCAGACCCATAGAACCGATC
-AGGTCGTTTGAATCATTTTTAGTTGATTCGAAGTAAACGGTAAACGCATCACTAACGAAA
-TCAGGAGACATACCGATCCCGTAGTCACGAATAACAAAACGAGGATCAACAGCAGTTGGC
-AACTGGACATCAAACGGGTTCTGATTTCCCGCTTCTTTGTGTCCATCAATCGCATTACAA
-GACAGTTCGCGAATGATTGCGCGGATCTTGTATTTGTATACTGTCGAAGAAAGGATCTTA
-TACGCTTTCTTGTTTGCGCGTAGAGATAGTTTGTTTCGTCCCTTGCTGGTATCTGTACCA
-ACACGGTAGATGGTTTGCGGTGTATCTTCGCGTAATTTCATTGTTTATTTCTCACTTAAC
-ATTAAAAATAACTTGGTCACAAGAGTACTTCGTTGGCTTTTTGTTCAGACCATATTCTAC
-TACTTCACAATAGGTGTCAAGGAATTTTACCAATTTTTCTTCCTCGACCTGCTGTTTCTT
-CATATCAAGGATACCCCACACGATAGCCCCGATAATGACAGAAAAGAACGCACAAAATCC
-GAATATGGTCAGATATTTTCCCAACTTAGGCGCATTATAACGTGTCATACCTTACCCCTC
-TTTGCGAATGTATGCAAGTTCTTCATGGGTTACTGGACGGATATACAGACGGCCTTTTGT
-ATATGCCTTGCGCCCGCTGATCCAAATGTTTTTCATATCCTTAACACCGTTCATCACATC
-GTTGTAAAACTTCTTATCAGCTTTAGCCTGATAGACTTCACGGCCTTGATAATCTTTCAT
-GAACAAACAATAAAGGATCTCATTCTTATCAACTAGATTAGCATCCTTTGTAGTTGTTTT
-ACTTGGTGAAGGTTTCGCACCCAGGCGCAAGGCCATAGCTTGCCACACTTTACCATGTTC
-ATAACCGCGCCCGACAAGAGCATGAGCGATTTCGTGTAAAAGAGTGTCTAAAATATCCTC
-GTAGATATCTTCCGCAACATGACGACCAGACAGTTCGATCAGTTTTTTGGTATAACTGCA
-ACGGCCCAGAGTTTTTGTAATGCGTCCATTGATCCGGAATGTCCAACCATTACTGATCAA
-ACCGTGTTTTTCCATCATGGTACGCGCCCAGTGGGTTACTTCCATTGCACTACGAGTTTT
-CAACATTTTAGAATCTCCTTTGCTTGGTACAAAACCAATATAGCAAAAAGCCCCCTGCAT
-TGCAAGAGGCTTTGTAATTATTTCAACTTCTTAGAAAGTTCTTTTAAATCATTGAGATAC
-TCAATTTTAGGGGTTGTTTCTTCCCAGTATTTCAATTGTTTGCGCAATTCTTCGGCTTCG
-TCTTCCAGCTTTTTTCTTTCGTCCGTGGTTAGATGGTAGATGTTCATAGCCACTAACATT
-TCGGCATGATTCTCGCAACCTATCCACGTAGACACAAATTTAACCGCTTCGCTGCGACTA
-AGGCCACGCAGAGAATCAGGAGATTCTACCATTTGAGCAATAAACGCAACCTTTGCCAGT
-GCTTTATCTAACGCTTCCTTAGTTTCCTGGATACGCTTATTGATGCGCTGTTGATATACA
-TTCATACGGATATCAACAAAATCCTTTAGAAGCGTTTCAGGGCGTTCGTATGAGTATAGT
-TTACCCTCAAAGATAACGTTAATGTTTGGGTTTGAGTTTTCAATCAAACCGAAATCTTTC
-AGGATCTTTTCACGGGTTAACCCATTAGCATACTCTCGCTTGAGCGTTACTTCATACCGA
-AAATCTTCTTTCGATAGATCCTTGTAGCTAACGATAACGCCTTTTTCTTCCAGCTTGTCA
-AGGATTGCAATGTATTTCACACGGTCATATTTCACTGGGATCTCAGTGATCACCAATTTG
-GTTTTACCTTGCAATTCATAGGTGCCGTAAATCGTACCGTCTGTGATTTCACCTTTAAAG
-TAAGGATATTTCAGATCCAGTGTGAAATCTTTATCATTCAGATATGCAATACACCCGTTA
-ACAACTGATTTAGGATCATGAGGCGGAATGTTTGTTGCATATGCTTTTGCAATCCCGCTA
-AACCCGTTAACCAGTACCATCGGAATGATCGGGAGATAGTACGCTGGCGGTACATGTTCC
-GGATCTTCATGAACTGGCGTTAAATCACCATCCATATAAATTGCTTTGAATATTGGCGAT
-AGTTTACACTTGATGTAACGAGGTGCGCCAGGTTTCTTAACCAAACGGGAACCAAAGAAC
-CCATCACGGTCGAATAACGGAATGTTATTGCACCAGTGCGCCGCCATAAGGGATAACGCT
-TCTTCTACAGAGGTTTCCCCGTGGTGATACCCATACATAGCAACACCGCCAGCGATAGAA
-GCTACTTTCTGAAATCCCGTTCCGCCCTGCATAGCAGAGTGAATAAAGAAACGGTGAACG
-GGTTTAAACCCGTCTACCAGGTGCGGGATCGCACGTGAATAAATCGTGTAAAGGGCAAAC
-GTTAGCCCTTCCACCTGTACAACATCTTTAATACTTCTTTCCATTAGTCAACCTTAGAAA
-ATTTGTGTTTTCCATTAACCCAATCTTTACGCGGATCAGATTCGTCGCCGAAGCATAGTT
-CTAACACTTCTTTGTATTCGTCGTCAAGTACAATGACATCATACTTCAACTGATCACCCA
-GAACACGGTCGTAATCTTCTTTGCGTAAAGAACCCAGCCCCTTGATATATCGTACATCTT
-TTGCTTTATCGCGGAACGGTGCAAACTCATCAAGAGAATAGAACCATTTTTCCTCGCGCC
-CAACTTTAGCGATAACGATCGGGGTTCGAATATATCGGATCCGTTTCTCAGTGAACAAAG
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-CATCGACCATGATGCCGATATTATCATAAGTCATTCCGGAAGTATCACCAGGATGAATAT
-TGAGGATAGCCATTAGCTCAAACAGTTCTTTGTTTTTGATAATGTCTGTAAAACTCATAC
-CCCATGTATTCAGAGGCTTACCACGTAGCGGGAAAGCGCCTTGTGTTTCTTCGTTACGGC
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-CTGGAGTATCGATACCGGAAGCCGGAACGTGTTTAGCAATCTTTGCCTTTTTCGCTTTCT
-TTTTCGCTTTGGTGATCGCGGCGGCTTCTGCTGCTTGTTTACGAATCAATGCGGATTCAA
-TGATCGGAGTAATGATTTCTGGAGTATCCATAATCATTTTTGCGATCTTTTTGTAATTCA
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-GTGCTTTCGGGATCTCGATACTATGCTTTTTCTTGATCATCGGTTCAAGTTCAGAATAGA
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-TTTCGCCGTTATATGTGAATTTCACGGACGGGAAAGCAACGGCAAGGGCCATTAAGCGAT
-CCTTAATCACTTCTTTGGTTTCTTCATCGATACCAGTTACACCAAACATAGAGAAGTCTG
-GAGTAAACTTAACAGTAGTACCCTGTTCTTTACTGGGGCTGGTTCGGTAATCGATGTTCT
-GTGCGCCGTCCGTACAGTTAATGGTTACTTTGCGTTTCCCGTTTGCAGTCTCGCCAATAA
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-CCACGTACTCAACCTTGCGATATTGGCCCATTATGAAACGTTCATGCGCTTCTTTGTTAA
-CCGATCCGACGTACATATTTGGACGCAACCGAATATGATCGCGATCGCTCATACAAAATG
-ATTCGTCAACCTTTGCGCCTTTTTTGGCTGGTTGTGGTTTCTGTTCTGGTTCATCATCTG
-CCAGAAGAAAATCTAAACTCATATTCACCTCTTTGTTTAATCACTGACATTATATAGGGT
-TCTATGAAAAAGAAAACCCCTTTCGGGGTTTACTTGTTATAAGGGAAACCATCACGAACC
-ATTTGAGGTTTATCAACCGTTCGTTTTGCTTCGCCTCCGCAATCACAATCTTTCGGTGCA
-TCACGGGTAGCAATGCTTGCCATTTTTGGAAATTCTTTATTACACTTGGTGCATTTATAG
-GTATAGGTAGGCATTAATAAATCTCTTTTAAACTCAACATCTTAACTAAACGGGCTTTGT
-CTATGTCAAAAACACATTGACGTGCGCCCGGATACAACTTTTCAACTTCGTATACCATGC
-AGACGAAACCAACATTGTGCATGTACTCGCGTTCATATGCATTGAACCAACGAGAAAGGC
-GCTGTATTGACTGAAACCCAAAATATAACCCAGCCGCTTGAAAGTCTATGTTATCTTTTT
-CAAGGTTGCGCATCAATCGATTATCGTCATCCGGCGCTGGATGTCGGTGATCATCCATAT
-CAATATAGATATCAGGATTCATACAGAATTGATCAAGCCATTCAGCGGTATCCATCGACA
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-AAGAACAAGAAAATTCCACACGATATACGAACATGATATAATCCTCACAAGTAAACTCAA
-GGTTTACAAGTACGATACCACTTATCTAATTTTTCTGCAAGCATTTCGTTGATAATTTTT
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-GCTACAAAATCGAACTCTTTCCCGTATCCAGCCGATATACTGTGATACGTGAGTAGGCCA
-AATGCAGAAACATAGAGATCATTTTCTTTATACAGATTCATTTACAATACCTTTATGGTA
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-Miro Glimmer3 CDS 124222 124968 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00226;Parent=Miro.orf00226;
-Miro Glimmer3 gene 125117 125872 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00228;
-Miro Glimmer3 CDS 125117 125872 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00228;Parent=Miro.orf00228;
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-Miro Glimmer3 gene 146539 146856 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00256;
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-Miro Glimmer3 gene 149897 150346 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00263;
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-Miro Glimmer3 gene 150424 150684 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00264;
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-Miro Glimmer3 gene 150694 151143 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00266;
-Miro Glimmer3 CDS 150694 151143 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00266;Parent=Miro.orf00266;
-Miro Glimmer3 gene 151171 152604 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00267;
-Miro Glimmer3 CDS 151171 152604 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00267;Parent=Miro.orf00267;
-Miro Glimmer3 gene 152630 152893 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00268;
-Miro Glimmer3 CDS 152630 152893 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00268;Parent=Miro.orf00268;
-Miro Glimmer3 gene 152905 153741 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00269;
-Miro Glimmer3 CDS 152905 153741 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00269;Parent=Miro.orf00269;
-Miro Glimmer3 gene 153750 154019 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00270;
-Miro Glimmer3 CDS 153750 154019 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00270;Parent=Miro.orf00270;
-Miro Glimmer3 gene 154052 154534 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00271;
-Miro Glimmer3 CDS 154052 154534 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00271;Parent=Miro.orf00271;
-Miro Glimmer3 gene 154854 156977 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00273;
-Miro Glimmer3 CDS 154854 156977 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00273;Parent=Miro.orf00273;
-Miro Glimmer3 gene 157045 157287 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00274;
-Miro Glimmer3 CDS 157045 157287 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00274;Parent=Miro.orf00274;
-Miro Glimmer3 gene 157287 157781 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00275;
-Miro Glimmer3 CDS 157287 157781 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00275;Parent=Miro.orf00275;
-Miro Glimmer3 gene 157781 157987 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00276;
-Miro Glimmer3 CDS 157781 157987 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00276;Parent=Miro.orf00276;
-Miro Glimmer3 gene 158008 158259 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00277;
-Miro Glimmer3 CDS 158008 158259 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00277;Parent=Miro.orf00277;
-Miro Glimmer3 gene 158320 158511 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00278;
-Miro Glimmer3 CDS 158320 158511 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00278;Parent=Miro.orf00278;
-Miro Glimmer3 gene 158652 159179 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00279;
-Miro Glimmer3 CDS 158652 159179 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00279;Parent=Miro.orf00279;
-Miro Glimmer3 gene 159200 159667 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00280;
-Miro Glimmer3 CDS 159200 159667 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00280;Parent=Miro.orf00280;
-Miro Glimmer3 gene 159737 160702 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00281;
-Miro Glimmer3 CDS 159737 160702 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00281;Parent=Miro.orf00281;
-Miro Glimmer3 gene 160745 161413 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00282;
-Miro Glimmer3 CDS 160745 161413 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00282;Parent=Miro.orf00282;
-Miro Glimmer3 gene 161651 161950 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00284;
-Miro Glimmer3 CDS 161651 161950 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00284;Parent=Miro.orf00284;
-Miro Glimmer3 gene 162030 165803 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00285;
-Miro Glimmer3 CDS 162030 165803 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00285;Parent=Miro.orf00285;
-Miro Glimmer3 gene 165815 166927 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00286;
-Miro Glimmer3 CDS 165815 166927 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00286;Parent=Miro.orf00286;
-Miro Glimmer3 gene 166977 167645 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00287;
-Miro Glimmer3 CDS 166977 167645 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00287;Parent=Miro.orf00287;
-Miro Glimmer3 gene 167654 171466 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00288;
-Miro Glimmer3 CDS 167654 171466 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00288;Parent=Miro.orf00288;
-Miro Glimmer3 gene 171503 172030 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00289;
-Miro Glimmer3 CDS 171503 172030 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00289;Parent=Miro.orf00289;
-Miro Glimmer3 gene 172147 172794 . + . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00290;
-Miro Glimmer3 CDS 172147 172794 . + 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00290;Parent=Miro.orf00290;
-Miro Glimmer3 gene 172795 172953 . - . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00291;
-Miro Glimmer3 CDS 172795 172953 . - 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00291;Parent=Miro.orf00291;
-Miro Glimmer3 gene 173061 173351 . - . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00292;
-Miro Glimmer3 CDS 173061 173351 . - 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00292;Parent=Miro.orf00292;
-Miro Glimmer3 gene 173351 174148 . - . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00293;
-Miro Glimmer3 CDS 173351 174148 . - 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00293;Parent=Miro.orf00293;
-Miro Glimmer3 gene 174453 174872 . - . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00295;
-Miro Glimmer3 CDS 174453 174872 . - 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00295;Parent=Miro.orf00295;
-Miro Glimmer3 gene 174939 175187 . - . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00298;
-Miro Glimmer3 CDS 174939 175187 . - 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00298;Parent=Miro.orf00298;
-Miro Glimmer3 gene 175224 175604 . - . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00299;
-Miro Glimmer3 CDS 175224 175604 . - 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00299;Parent=Miro.orf00299;
-Miro Glimmer3 gene 175636 176010 . - . source=Glimmer3;ID=Miro.orf00300;
-Miro Glimmer3 CDS 175636 176010 . - 0 source=Glimmer3;ID=Miro.cds_orf00300;Parent=Miro.orf00300;
diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer_to_gff3.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py Mon Jun 05 02:40:30 2023 +0000
@@ -0,0 +1,91 @@
+#!/usr/bin/env python
+import sys
+import argparse
+from CPT_GFFParser import gffParse, gffWrite, gffSeqFeature
+from Bio import SeqIO
+from Bio.SeqFeature import SeqFeature
+from Bio.SeqFeature import FeatureLocation
+import logging
+
+logging.basicConfig(level=logging.INFO)
+
+
+def glimmer3_to_gff3(glimmer, genome):
+ seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(genome, "fasta"))
+
+ current_record = None
+ for line in glimmer:
+ if line.startswith(">"):
+ chromId = line.strip().replace(">", "")
+ if chromId in seq_dict:
+ if current_record is not None:
+ yield current_record
+ current_record = seq_dict[chromId]
+ else:
+ raise Exception(
+ "Found results for sequence %s which was not in fasta file sequences (%s)"
+ % (chromId, ", ".join(seq_dict.keys()))
+ )
+
+ if not line.startswith(">"):
+ (gene_id, gstart, gend, phase, score) = line.strip().split()
+ gstart = int(gstart)
+ gend = int(gend)
+
+ if "+" in phase:
+ strand = 1
+ start = gstart
+ end = gend
+ else:
+ strand = -1
+ start = gend
+ end = gstart
+
+ # Correct for gff3
+ start -= 1
+
+ if start > end:
+ # gene found on boundary (ex [4000, 200]) from glimmer assuming circular genome
+ # -------------start<=======|sequence end|========>end------
+ if strand > 0:
+ end = len(current_record)
+ else:
+ start = 0
+ gene_id += "_truncated"
+
+ cds_feat = gffSeqFeature(
+ FeatureLocation(start, end),
+ type="CDS",
+ strand=strand,
+ id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
+ qualifiers={
+ "source": "Glimmer3",
+ "ID": "%s.cds_%s" % (current_record.id, gene_id),
+ },
+ source="Glimmer3",
+ )
+
+ gene = gffSeqFeature(
+ FeatureLocation(start, end),
+ type="gene",
+ strand=strand,
+ id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
+ qualifiers={
+ "source": "Glimmer3",
+ "ID": "%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
+ },
+ source="Glimmer3",
+ )
+ gene.sub_features = [cds_feat]
+ current_record.features.append(gene)
+ yield current_record
+
+
+if __name__ == "__main__":
+ parser = argparse.ArgumentParser(description="Convert Glimmer to GFF3")
+ parser.add_argument("glimmer", type=argparse.FileType("r"), help="Glimmer3 Output")
+ parser.add_argument("genome", type=argparse.FileType("r"), help="Fasta Genome")
+ args = parser.parse_args()
+
+ for result in glimmer3_to_gff3(**vars(args)):
+ gffWrite([result], sys.stdout)
diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml Mon Jun 05 02:40:30 2023 +0000
@@ -0,0 +1,40 @@
+
+ convert formats
+
+ cpt-macros.xml
+ macros.xml
+
+
+ '$data' ]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ **What it does**
+
+ Converts an input Glimmer3 table to the GFF3 format. If the Glimmer3 output indicates a gene wrapping
+ around over the sequence boundary (as if circular) then it will only convert the upstream fragment and
+ label it as "_truncated" in the resulting GFF.
+
+
+
diff -r 3aac15f277c5 -r 843ea2c82e9a macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Mon Jun 05 02:40:30 2023 +0000
@@ -0,0 +1,74 @@
+
+
+
+ progressivemauve
+
+ bcbiogff
+
+
+
+ 2.4.0
+
+ 10.1371/journal.pone.0011147
+
+
+ 10.1093/bioinformatics/btm039
+
+
+ '$xmfa'
+
+
+
+
+
+ '$sequences'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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