# HG changeset patch
# User cpt
# Date 1652464575 0
# Node ID d09ed5271c2482dc4e6cc7417c6202eb9494367d
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diff -r 000000000000 -r d09ed5271c24 cpt_convert_glimmer/cpt-macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt_convert_glimmer/cpt-macros.xml Fri May 13 17:56:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,115 @@
+
+
+
+
+ python
+ biopython
+ requests
+
+
+
+
+
+
+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2013-2017},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+
+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2013-2017},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+
+
+
+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {C. Ross},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2020-},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+
+
+
+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2013-2017},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {A. Criscione},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2019-2021},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+
+
+
+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {A. Criscione},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2019-2021},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+
+
+
+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {C. Maughmer},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2017-2020},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+
+
+
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {C. Maughmer},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2017-2020},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r d09ed5271c24 cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py Fri May 13 17:56:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,91 @@
+#!/usr/bin/env python
+import sys
+import argparse
+from CPT_GFFParser import gffParse, gffWrite, gffSeqFeature
+from Bio import SeqIO
+from Bio.SeqFeature import SeqFeature
+from Bio.SeqFeature import FeatureLocation
+import logging
+
+logging.basicConfig(level=logging.INFO)
+
+
+def glimmer3_to_gff3(glimmer, genome):
+ seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(genome, "fasta"))
+
+ current_record = None
+ for line in glimmer:
+ if line.startswith(">"):
+ chromId = line.strip().replace(">", "")
+ if chromId in seq_dict:
+ if current_record is not None:
+ yield current_record
+ current_record = seq_dict[chromId]
+ else:
+ raise Exception(
+ "Found results for sequence %s which was not in fasta file sequences (%s)"
+ % (chromId, ", ".join(seq_dict.keys()))
+ )
+
+ if not line.startswith(">"):
+ (gene_id, gstart, gend, phase, score) = line.strip().split()
+ gstart = int(gstart)
+ gend = int(gend)
+
+ if "+" in phase:
+ strand = 1
+ start = gstart
+ end = gend
+ else:
+ strand = -1
+ start = gend
+ end = gstart
+
+ # Correct for gff3
+ start -= 1
+
+ if start > end:
+ #gene found on boundary (ex [4000, 200]) from glimmer assuming circular genome
+ #-------------start<=======|sequence end|========>end------
+ if strand > 0:
+ end = len(current_record)
+ else:
+ start = 0
+ gene_id+="_truncated"
+
+ cds_feat = gffSeqFeature(
+ FeatureLocation(start, end),
+ type="CDS",
+ strand=strand,
+ id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
+ qualifiers={
+ "source": "Glimmer3",
+ "ID": "%s.cds_%s" % (current_record.id, gene_id),
+ },
+ source="Glimmer3"
+ )
+
+ gene = gffSeqFeature(
+ FeatureLocation(start, end),
+ type="gene",
+ strand=strand,
+ id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
+ qualifiers={
+ "source": "Glimmer3",
+ "ID": "%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
+ },
+ source="Glimmer3"
+ )
+ gene.sub_features = [cds_feat]
+ current_record.features.append(gene)
+ yield current_record
+
+
+if __name__ == "__main__":
+ parser = argparse.ArgumentParser(description="Convert Glimmer to GFF3")
+ parser.add_argument("glimmer", type=argparse.FileType("r"), help="Glimmer3 Output")
+ parser.add_argument("genome", type=argparse.FileType("r"), help="Fasta Genome")
+ args = parser.parse_args()
+
+ for result in glimmer3_to_gff3(**vars(args)):
+ gffWrite([result], sys.stdout)
diff -r 000000000000 -r d09ed5271c24 cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt_convert_glimmer/cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml Fri May 13 17:56:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,41 @@
+
+
+ convert formats
+
+ cpt-macros.xml
+ macros.xml
+
+
+
+@GENOME_SELECTOR_PRE@
+
+python $__tool_directory__/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py
+$glimmer
+@GENOME_SELECTOR@
+> $data
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ **What it does**
+
+ Converts an input Glimmer3 table to the GFF3 format. If the Glimmer3 output indicates a gene wrapping
+ around over the sequence boundary (as if circular) then it will only convert the upstream fragment and
+ label it as "_truncated" in the resulting GFF.
+
+
+
diff -r 000000000000 -r d09ed5271c24 cpt_convert_glimmer/macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt_convert_glimmer/macros.xml Fri May 13 17:56:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,66 @@
+
+
+
+
+ python
+ biopython
+ cpt_gffparser
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ "$gff3_data"
+
+
+#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+ "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}"
+#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+ genomeref.fa
+#end if
+
+
+#if $reference_genome.reference_genome_source == 'history':
+ ln -s $reference_genome.genome_fasta genomeref.fa;
+#end if
+
+
+#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+ "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}"
+#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+ genomeref.fa
+#end if
+
+
+
+
+
+
+ "$sequences"
+
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r d09ed5271c24 cpt_convert_glimmer/test-data/ConvGlim_In.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt_convert_glimmer/test-data/ConvGlim_In.fasta Fri May 13 17:56:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,2936 @@
+>Miro
+TTAGTAATGGCTAAAACCATATGTAACATCAATCATGACTTTATAACGGCATACACGCAT
+TTTTGCGTTATTGTAATCCACTGGGATCGCTACCACGTCAGCAGGATCCACCTTTACCTG
+AATGACTCTACCAACACCGCCCCCGTAGTGTGGAAGGTATGATTTAGCCGCAACGTGTAG
+GCCAGTAGAACAGGTGCGCGTTTTATCTTCGTCTACCATGTTTCGAGGCATGGAGACAGT
+CACACCAGGACTATTATCAAATTTGCCAGTAGCGAGATCTTTATAGTTATCGCGCACACG
+TTTCCAGGCAAGGAAACAACCATCATCGGTCAGTTCAATGTCATTATGTACAAGGAACCC
+ATAAAGCTGGTATACAGCATCGCGTGAAGGGTTTCGCATCAACCGTTCAAAGAAGTTCAC
+CAGATGTTCATACGGACGATCGTTATACATTTCGCGAATGATTCGTTGAGTGATATCAGA
+ATCAAACACTACATCTTTATATAGAAGCTGATGACCAATGATTTTAATGTTGCCTTTGCT
+ATAGGTTCGGATCGCTTCTTGAGTATCCAAACAAGTTACAGCACCTTTGACATCACCAGC
+TTTCAGCATTTCATGCGCTTTCTTAAAGTTCGGATGTGTTTCACCCGCCATGAAAACGCG
+CCCTTCGTATACAACCGTAATGAACGATTCAGATCCGATCATACGCGGTACAGTGTCTGA
+TACTTTAGGCTTTTGTTTTACATCCCTTTTCTTAGGGAATTCCGCTAACTTGCGGTTGAT
+AACGCGCCCAATGGTTCGGGCGCTTACGTTGAACTGTTGGGCCAGTGCTGTTTTACTTGC
+CCCCGTCAACCATCCATTATAGATAGCTTTCTGTTGTACTTCGTCGAGAATTTTGACCAT
+TATTTCCACCGTATTAATTTCTTAAACTCACTGAGATTCTTTTCGTTGTTGTAAATCGGA
+CGAATTGAATAAGAATCGCTATGTTCAACAAGTGAAGCCAGTAACGGGTTTAGTGATTTA
+AAGATTTCCCATGCCTGATCAACACGTTTTTTCATATTGCTGCGTTTAACGCGCATTGAT
+GCTACGGACTCACGCAGAATCGGACAACGCACCCTGGAAAGATTTTTACCATCTTTCTCA
+TACCCTTCCAGACACACTATACGTTCGAGGGTATCAACAATCTTATACAGTTTTTCATTA
+TATCGGTTTTTCACAATCCGATCAAGCGATACACCGAAACGGCTATGCAATGCGTCTGTT
+TCTGTTGAGTGATCCTTCCCAATCCATCCAGGCAAGCAATTATCTTTCAATGCCTTTTCA
+GATTTAACATACTGCTTGCACAGCATATCATCAAAGCATACCAGATTTGAATCCGGGATC
+CACTTCCAGAGGCTGTTACGTATAGCAAACACAACAGGGATCCCAGTATGGCGCATGATA
+CGCGATAAAGTAGATTCTTTCATTGCTGAATCCATAGACAACCCGGAATTTTCACCATCT
+AAGCGGCTATATTCATCAATACCATACAACCGAACACCTGGGGCTTTATCCAGTGATAAA
+AACTCTGATTTTGTCATAAACAGAGAAGTTTTTGCCAGATTGCCGTTACTATCCAACTCA
+TAACGATATACGGTCGGGGTTTTTGGGCGCGGTTCTGAATTTTTCGGTGCATATAGCGCT
+TTTGATTTTTCGCGATCTGCATCATAGATCTCTTTTTCTTTTGTCATTTCACTGGTACGG
+AGATACACAATTTCCGATTCATCAAAATGACCTTTCCGAACGATATCATTAACAATCTCA
+CGCTTTGAATCACTATCGTAATATGCAACAAAGCTAACACGGCTTAGGTTATGCATTTTA
+GCATACCCGACGATATACGGTTTAACCGTGTTGGTATCCACTTTTAACAGAATGAGTTTC
+TTCTGTTTCCACGGATAATAAATGCGTGTGATGTCCTGGCGTTTGGTTGTTTCTGGCTTA
+TACTTGCTCCAGCGGCCTCCGCTACCAGTTACCTGATACCATGCATCTTTACCGTCGTAT
+TCGTTCGCCCAATACCCAGCAACATAATCATCATTATATTTGTTTGGTTTGACTAGTTCG
+CTATGGATCCAGCCAATAGAATCACCATTGATGCGAAAATTAGCATCTTTACCAACAAAG
+TTTTGTACCATTGAAGGCAGAGAATGGAACCACGTCAGTTTATCACGCACGGTTTGTAAC
+TTATCGAATTCTGATTTAACTCGATTGAAATATACCCGGCTGATTTGTTTCAGACGTTCT
+TTAACAATCCCTACTGTCATTTTATCCATACTCAACTCTTCGCGAGAAGGCATGAAATCA
+AGTTCACCGATCGGGAAGTCAATAATATACGTATACTGGCTTTCTGTATAGCAATAGAAC
+ATCGAGGTATCATACAAATCTTTATCCAGAGGATAAATGATGTTACCCATGCGAGCATAT
+ACACCGCTAGTGTATGCTGATTTATGACGGATCACCCCGCTATCGTTGGTTGCTTCTTTC
+GGCTGATAGTTGATTTTGAGAATAGAAGCACCAACAAAGTTAGGACGAATATCAGTAAAT
+GATTCGTATACCCTTGCTGCTTCGTTTTCCCATTCTTTGATATCTTCAACCTTAACCGGA
+ACAGTGATAGTAACCCCGTTAGGTTCATCGCTTTCAATCTCATACAGAGGATCGCAGAAA
+GGTTCCCCATCATCCATATAGATTGTGTAACCGCATTTGATACCGTCTTTTACGGATTCC
+ACCGTGAAAGCATCGGAATAGCAAAGCGGAGATTTGCAACCCAGACCCATAGAACCGATC
+AGGTCGTTTGAATCATTTTTAGTTGATTCGAAGTAAACGGTAAACGCATCACTAACGAAA
+TCAGGAGACATACCGATCCCGTAGTCACGAATAACAAAACGAGGATCAACAGCAGTTGGC
+AACTGGACATCAAACGGGTTCTGATTTCCCGCTTCTTTGTGTCCATCAATCGCATTACAA
+GACAGTTCGCGAATGATTGCGCGGATCTTGTATTTGTATACTGTCGAAGAAAGGATCTTA
+TACGCTTTCTTGTTTGCGCGTAGAGATAGTTTGTTTCGTCCCTTGCTGGTATCTGTACCA
+ACACGGTAGATGGTTTGCGGTGTATCTTCGCGTAATTTCATTGTTTATTTCTCACTTAAC
+ATTAAAAATAACTTGGTCACAAGAGTACTTCGTTGGCTTTTTGTTCAGACCATATTCTAC
+TACTTCACAATAGGTGTCAAGGAATTTTACCAATTTTTCTTCCTCGACCTGCTGTTTCTT
+CATATCAAGGATACCCCACACGATAGCCCCGATAATGACAGAAAAGAACGCACAAAATCC
+GAATATGGTCAGATATTTTCCCAACTTAGGCGCATTATAACGTGTCATACCTTACCCCTC
+TTTGCGAATGTATGCAAGTTCTTCATGGGTTACTGGACGGATATACAGACGGCCTTTTGT
+ATATGCCTTGCGCCCGCTGATCCAAATGTTTTTCATATCCTTAACACCGTTCATCACATC
+GTTGTAAAACTTCTTATCAGCTTTAGCCTGATAGACTTCACGGCCTTGATAATCTTTCAT
+GAACAAACAATAAAGGATCTCATTCTTATCAACTAGATTAGCATCCTTTGTAGTTGTTTT
+ACTTGGTGAAGGTTTCGCACCCAGGCGCAAGGCCATAGCTTGCCACACTTTACCATGTTC
+ATAACCGCGCCCGACAAGAGCATGAGCGATTTCGTGTAAAAGAGTGTCTAAAATATCCTC
+GTAGATATCTTCCGCAACATGACGACCAGACAGTTCGATCAGTTTTTTGGTATAACTGCA
+ACGGCCCAGAGTTTTTGTAATGCGTCCATTGATCCGGAATGTCCAACCATTACTGATCAA
+ACCGTGTTTTTCCATCATGGTACGCGCCCAGTGGGTTACTTCCATTGCACTACGAGTTTT
+CAACATTTTAGAATCTCCTTTGCTTGGTACAAAACCAATATAGCAAAAAGCCCCCTGCAT
+TGCAAGAGGCTTTGTAATTATTTCAACTTCTTAGAAAGTTCTTTTAAATCATTGAGATAC
+TCAATTTTAGGGGTTGTTTCTTCCCAGTATTTCAATTGTTTGCGCAATTCTTCGGCTTCG
+TCTTCCAGCTTTTTTCTTTCGTCCGTGGTTAGATGGTAGATGTTCATAGCCACTAACATT
+TCGGCATGATTCTCGCAACCTATCCACGTAGACACAAATTTAACCGCTTCGCTGCGACTA
+AGGCCACGCAGAGAATCAGGAGATTCTACCATTTGAGCAATAAACGCAACCTTTGCCAGT
+GCTTTATCTAACGCTTCCTTAGTTTCCTGGATACGCTTATTGATGCGCTGTTGATATACA
+TTCATACGGATATCAACAAAATCCTTTAGAAGCGTTTCAGGGCGTTCGTATGAGTATAGT
+TTACCCTCAAAGATAACGTTAATGTTTGGGTTTGAGTTTTCAATCAAACCGAAATCTTTC
+AGGATCTTTTCACGGGTTAACCCATTAGCATACTCTCGCTTGAGCGTTACTTCATACCGA
+AAATCTTCTTTCGATAGATCCTTGTAGCTAACGATAACGCCTTTTTCTTCCAGCTTGTCA
+AGGATTGCAATGTATTTCACACGGTCATATTTCACTGGGATCTCAGTGATCACCAATTTG
+GTTTTACCTTGCAATTCATAGGTGCCGTAAATCGTACCGTCTGTGATTTCACCTTTAAAG
+TAAGGATATTTCAGATCCAGTGTGAAATCTTTATCATTCAGATATGCAATACACCCGTTA
+ACAACTGATTTAGGATCATGAGGCGGAATGTTTGTTGCATATGCTTTTGCAATCCCGCTA
+AACCCGTTAACCAGTACCATCGGAATGATCGGGAGATAGTACGCTGGCGGTACATGTTCC
+GGATCTTCATGAACTGGCGTTAAATCACCATCCATATAAATTGCTTTGAATATTGGCGAT
+AGTTTACACTTGATGTAACGAGGTGCGCCAGGTTTCTTAACCAAACGGGAACCAAAGAAC
+CCATCACGGTCGAATAACGGAATGTTATTGCACCAGTGCGCCGCCATAAGGGATAACGCT
+TCTTCTACAGAGGTTTCCCCGTGGTGATACCCATACATAGCAACACCGCCAGCGATAGAA
+GCTACTTTCTGAAATCCCGTTCCGCCCTGCATAGCAGAGTGAATAAAGAAACGGTGAACG
+GGTTTAAACCCGTCTACCAGGTGCGGGATCGCACGTGAATAAATCGTGTAAAGGGCAAAC
+GTTAGCCCTTCCACCTGTACAACATCTTTAATACTTCTTTCCATTAGTCAACCTTAGAAA
+ATTTGTGTTTTCCATTAACCCAATCTTTACGCGGATCAGATTCGTCGCCGAAGCATAGTT
+CTAACACTTCTTTGTATTCGTCGTCAAGTACAATGACATCATACTTCAACTGATCACCCA
+GAACACGGTCGTAATCTTCTTTGCGTAAAGAACCCAGCCCCTTGATATATCGTACATCTT
+TTGCTTTATCGCGGAACGGTGCAAACTCATCAAGAGAATAGAACCATTTTTCCTCGCGCC
+CAACTTTAGCGATAACGATCGGGGTTCGAATATATCGGATCCGTTTCTCAGTGAACAAAG
+AAGGCCAACGGCTAAAGAATGCAAGCAACAGAGTTAAAATGTCACCACCGTCAACGTCAG
+CATCGACCATGATGCCGATATTATCATAAGTCATTCCGGAAGTATCACCAGGATGAATAT
+TGAGGATAGCCATTAGCTCAAACAGTTCTTTGTTTTTGATAATGTCTGTAAAACTCATAC
+CCCATGTATTCAGAGGCTTACCACGTAGCGGGAAAGCGCCTTGTGTTTCTTCGTTACGGC
+ATTCGATGAACTGACCAACAGCGGAATCACCTTCTGTCAGAAACAATGTTGTTTCTACCC
+CTGGAGTATCGATACCGGAAGCCGGAACGTGTTTAGCAATCTTTGCCTTTTTCGCTTTCT
+TTTTCGCTTTGGTGATCGCGGCGGCTTCTGCTGCTTGTTTACGAATCAATGCGGATTCAA
+TGATCGGAGTAATGATTTCTGGAGTATCCATAATCATTTTTGCGATCTTTTTGTAATTCA
+AATTCGCATGATTGTTAAACTCACCTGCTGTATTTGCCAATCGCTCTTTTGTTTGGCTAT
+CGAATGCAGGTGCATTAAAGTTATGCAGGAATACCACAAGAGTTAAGCATTCTTTTACAC
+GTGCTTTCGGGATCTCGATACTATGCTTTTTCTTGATCATCGGTTCAAGTTCAGAATAGA
+TACCATCGATCATACACTCAACATGAACACCGCCATTTTTCGTATCCAGACCGTTAACAA
+AGGATTTCTGTTTAAACCCGTCCTCAGTGCTCGCCAGAATGAAGCTGAGGCGATTATTTG
+TCTGGACAATGGTTTTATCCCCATACATGGAAGCGTACAGCGGGAAGCGATTAGAGAGCG
+TTTCGCCGTTATATGTGAATTTCACGGACGGGAAAGCAACGGCAAGGGCCATTAAGCGAT
+CCTTAATCACTTCTTTGGTTTCTTCATCGATACCAGTTACACCAAACATAGAGAAGTCTG
+GAGTAAACTTAACAGTAGTACCCTGTTCTTTACTGGGGCTGGTTCGGTAATCGATGTTCT
+GTGCGCCGTCCGTACAGTTAATGGTTACTTTGCGTTTCCCGTTTGCAGTCTCGCCAATAA
+AAATCGAGCTATAACAGTTTGTCAGGAAAGAACCAACACCATTCATACCCATCGTTACGC
+GGTTTTTATCATCGAAGTTAGAACCCGATTTTGCCATAGTCCATGCCGCAACTGGTTTAG
+GAACTATTTTCCCATCTGGGGTTTTTACATCATCCTGGGGAATACCGCGCCCGTTATCAG
+AGATTTTAACCAGATTATGATCAATGGTTACATCAATCTTATTAGCATGTTTGAATTCAG
+TTCGGATCGCTTCATCAATCGAGTTATCAAGGATTTCGTTGATGATTTTAACCAACCCTT
+CCACGTACTCAACCTTGCGATATTGGCCCATTATGAAACGTTCATGCGCTTCTTTGTTAA
+CCGATCCGACGTACATATTTGGACGCAACCGAATATGATCGCGATCGCTCATACAAAATG
+ATTCGTCAACCTTTGCGCCTTTTTTGGCTGGTTGTGGTTTCTGTTCTGGTTCATCATCTG
+CCAGAAGAAAATCTAAACTCATATTCACCTCTTTGTTTAATCACTGACATTATATAGGGT
+TCTATGAAAAAGAAAACCCCTTTCGGGGTTTACTTGTTATAAGGGAAACCATCACGAACC
+ATTTGAGGTTTATCAACCGTTCGTTTTGCTTCGCCTCCGCAATCACAATCTTTCGGTGCA
+TCACGGGTAGCAATGCTTGCCATTTTTGGAAATTCTTTATTACACTTGGTGCATTTATAG
+GTATAGGTAGGCATTAATAAATCTCTTTTAAACTCAACATCTTAACTAAACGGGCTTTGT
+CTATGTCAAAAACACATTGACGTGCGCCCGGATACAACTTTTCAACTTCGTATACCATGC
+AGACGAAACCAACATTGTGCATGTACTCGCGTTCATATGCATTGAACCAACGAGAAAGGC
+GCTGTATTGACTGAAACCCAAAATATAACCCAGCCGCTTGAAAGTCTATGTTATCTTTTT
+CAAGGTTGCGCATCAATCGATTATCGTCATCCGGCGCTGGATGTCGGTGATCATCCATAT
+CAATATAGATATCAGGATTCATACAGAATTGATCAAGCCATTCAGCGGTATCCATCGACA
+AATAACGATTGACATATGGGCCACTTTTTGTTTGCCATTTTTCTGTACAATCATTCCAGA
+AAGAACAAGAAAATTCCACACGATATACGAACATGATATAATCCTCACAAGTAAACTCAA
+GGTTTACAAGTACGATACCACTTATCTAATTTTTCTGCAAGCATTTCGTTGATAATTTTT
+GCAATTTCGTACCGTCCGTGAGTAGTACCCAGTTCCAGGTAAATCACATCAAGTGCGCAC
+ACAATCGCATCAATACTTTCTTCAACGATATTACCGCCGCGTTGAGGTTGAATGAGGCAT
+TCGCTGATCTCACCAACTTCCGCTGATAGGTGATGAACCACATCACTCTTCGTGCGTTTC
+TTCACTTTATGAGCGATTTCAAAAAACTTATCAAGTACGATCGCCGTTTCTTCTCGCGTT
+GCAGTATTCTCGGATGTCGTCTCCGTTTGTTGAACAACGTATTTTGTAAAATAGTTTTCA
+AACACGTTGAAAGGGATCACATGAGGAACACCATTCAAAAACACCCCTTCTTTACAAACA
+TAATGGATTTGGCGCGGAATAGACAACCCGCCGCTGCGTTCCAAATGTCGTTTAACGCTT
+GCTACAAAATCGAACTCTTTCCCGTATCCAGCCGATATACTGTGATACGTGAGTAGGCCA
+AATGCAGAAACATAGAGATCATTTTCTTTATACAGATTCATTTACAATACCTTTATGGTA
+GCCAAAAATATAACAATCAATTGAAGGACGTTCACCAGGGAAGTGAATGCATTGCATGAT
+GCGTTCAGCCATTAGATCTTCTCCCATGTATACCGAAGTAGTTTCTTCGTTGTAATGGGT
+ATCATACGACGTTTTAAGCGTCATGCCCGGAAGCCCTGCAATGTGCATGAATTTAGAATT
+GGTGCAAGGTTTTCCTACTTCACCGTTGATCATTAACACTGCATTAGTTTTACGTGCTTT
+TCTCATTTGAATTTCACCCCGATTTGCGATACGTTCCATTCTTTTACGTCATCAACAATA
+TCATAATGGTTGATGTATGGTAAAGCAATTTTTAAATTACTCGCGTCTTGAATGTTGCGT
+AAGAAACGAGTAGGAGAAAGAAGACACAACCGCTCGGATCCGTTGTTTCCTTTAGCGGCA
+AATGATAGGGTTTCTCCCCCGTCAATCTTCATATCAACAGAAATCGTTTTGAATTCTGGT
+GCGTATGACGTGATTTTGCCGTTGTCTCTCGGTGTACTATAGAAACATACACTTTGTGGG
+ACATTATAACGGTCTGTTTCAATGTACATGTAATCGCCGTCAGTCATTCCCCACACGGTG
+TAGAGGGATCCGGTATAGTCACCAAAGGAATTTTTAAAATCTTCCTTCGTGGTGTATCCC
+AGAGAGCGCAATTGCATAAGCTGGCTATGCTGTTCGATTGCATCGGCTTTTTGTTGTTCC
+TGTACTTGCGCATCAACCGTTTCTTGCCAGGAATTATACGCATAGTAACCCACAACAGCG
+ATTACAGCCATAACCCCTACAGCTTTCCAGATTTTAGAGTCTTCGTTTTTGTTACTCATG
+CTATATTCCTTTTAAGAAAAAGGGCCGAAGCCCCTTTGTTAACGAAGATAAACCACATAA
+CCGCTTTGGTCAATCGCGCGGTCTGCGTCATTGAAGATATTACCACGAATGCCTTTTGCT
+GGTGCTTTCCAGCTTGCAGGTTTCAGGATATTACCATCATTATCGATGAAAGCGGCAACA
+GAACGCTGATTGAACATTTCACCAGTTTCTTTGTTGCGAGTATCCTGAACAACGCGATGA
+TATTTGCGGCCTTTCTCCAGAAAGAAAACAGTTTCGAAAGGAGAATCTTGGAAACGAGCG
+TTACGCGCTTTGTACATTGCTTCCATGAAAGGGGCTGCTTTTTCTGCGAGGATTTCGAAA
+GTGTTCATGGTATATCTCCTAAAGTGTGTTTCGTTTCGATGTAAGTACTATATCAAAGAT
+GGTTATTCTATGCAAGGCTTTTTTCGTTATCCATCAAATATTTTAAGTGTTCTTTTAATG
+CAGGGAGTTCGTTCAAATGGCGTTGCTTAACTTTCTCGTACTCTTTGCGTTCCCAGTTTT
+CAAGATTGCTTGCCAACGCTTCATCACAATAAGCGATCCCGCGTTCTGCATCCTGAACTT
+TCTGTTTCCATTGTGCAACTGCTTGTTGATAAAGAGAACCGTTAACCATCATAATAATTT
+CCTCCCTTGTTTCGATGGGGTAACTATACCAAAGCTACCCCAGAATGTTTTAACAAAAAG
+TGCTATTAGTAGGTATCCAGTTTATACATTTTGCACCAGTTCATGAATTCTTCGAAAGTC
+TGAGTATTAACACGTTTTTCCTTCTTCACTTTCTTAGTGATTACAGGACGGTTAGTAAAA
+CGTTTTTGCATTTTCACAGTGATTGCTACTTTATCGCCCAGGTCTTCAACCTTTTCAACC
+AGCGCCCACTGAGAACCAATTTCAGCGCCGAAAGTCAAACCAACAATCTCACCTGCTTTA
+ACGTGTGCTGCATATTTTACTTTAACCATTTTCGTATTCCTTTCTCTGTTTCGTTTCGAT
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