Mercurial > repos > cpt > cpt_helical_wheel

comparison generateHelicalWheel.py @ 1:9b276485c94a draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload commit 94b0cd1fff0826c6db3e7dc0c91c0c5a8be8bb0c
author cpt
date Mon, 05 Jun 2023 02:44:43 +0000
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
0:9caa9aa44fd8 1:9b276485c94a
1 ##
2
3 import argparse
4 from plotWheels.helical_wheel import helical_wheel
5
6 if __name__ == "__main__":
7 parser = argparse.ArgumentParser(description="Generate Helical Wheel")
8 parser.add_argument("--sequence", dest="sequence", type=str)
9 parser.add_argument("--seqRange", dest="seqRange", type=int, default=1)
10 parser.add_argument("--t_size", dest="t_size", type=int, default=32)
11 parser.add_argument("--rotation", dest="rotation", type=int, default=90)
12 parser.add_argument(
13 "--numbering", action="store_true", help="numbering for helical wheel"
14 )
15 parser.add_argument(
16 "--output",
17 dest="output",
18 type=argparse.FileType("wb"),
19 default="_helicalwheel.png",
20 ) # dest="output",default="_helicalwheel.png")
21 #### circle colors
22 parser.add_argument("--f_A", dest="f_A", default="#ffcc33")
23 parser.add_argument("--f_C", dest="f_C", default="#b5b5b5")
24 parser.add_argument("--f_D", dest="f_D", default="#db270f")
25 parser.add_argument("--f_E", dest="f_E", default="#db270f")
26 parser.add_argument("--f_F", dest="f_F", default="#ffcc33")
27 parser.add_argument("--f_G", dest="f_G", default="#b5b5b5")
28 parser.add_argument("--f_H", dest="f_H", default="#12d5fc")
29 parser.add_argument("--f_I", dest="f_I", default="#ffcc33")
30 parser.add_argument("--f_K", dest="f_K", default="#12d5fc")
31 parser.add_argument("--f_L", dest="f_L", default="#ffcc33")
32 parser.add_argument("--f_M", dest="f_M", default="#ffcc33")
33 parser.add_argument("--f_N", dest="f_N", default="#b5b5b5")
34 parser.add_argument("--f_P", dest="f_P", default="#ffcc33")
35 parser.add_argument("--f_Q", dest="f_Q", default="#b5b5b5")
36 parser.add_argument("--f_R", dest="f_R", default="#12d5fc")
37 parser.add_argument("--f_S", dest="f_S", default="#b5b5b5")
38 parser.add_argument("--f_T", dest="f_T", default="#b5b5b5")
39 parser.add_argument("--f_V", dest="f_V", default="#ffcc33")
40 parser.add_argument("--f_W", dest="f_W", default="#ffcc33")
41 parser.add_argument("--f_Y", dest="f_Y", default="#b5b5b5")
42 ### text colors
43 parser.add_argument("--t_A", dest="t_A", default="k")
44 parser.add_argument("--t_C", dest="t_C", default="k")
45 parser.add_argument("--t_D", dest="t_D", default="w")
46 parser.add_argument("--t_E", dest="t_E", default="w")
47 parser.add_argument("--t_F", dest="t_F", default="k")
48 parser.add_argument("--t_G", dest="t_G", default="k")
49 parser.add_argument("--t_H", dest="t_H", default="k")
50 parser.add_argument("--t_I", dest="t_I", default="k")
51 parser.add_argument("--t_K", dest="t_K", default="k")
52 parser.add_argument("--t_L", dest="t_L", default="k")
53 parser.add_argument("--t_M", dest="t_M", default="k")
54 parser.add_argument("--t_N", dest="t_N", default="k")
55 parser.add_argument("--t_P", dest="t_P", default="k")
56 parser.add_argument("--t_Q", dest="t_Q", default="k")
57 parser.add_argument("--t_R", dest="t_R", default="k")
58 parser.add_argument("--t_S", dest="t_S", default="k")
59 parser.add_argument("--t_T", dest="t_T", default="k")
60 parser.add_argument("--t_V", dest="t_V", default="k")
61 parser.add_argument("--t_W", dest="t_W", default="k")
62 parser.add_argument("--t_Y", dest="t_Y", default="k")
63
64 args = parser.parse_args()
65
66 # print(type(args.output))
67
68 f_colors = [
69 args.f_A,
70 args.f_C,
71 args.f_D,
72 args.f_E,
73 args.f_F,
74 args.f_G,
75 args.f_H,
76 args.f_I,
77 args.f_K,
78 args.f_L,
79 args.f_M,
80 args.f_N,
81 args.f_P,
82 args.f_Q,
83 args.f_R,
84 args.f_S,
85 args.f_T,
86 args.f_V,
87 args.f_W,
88 args.f_Y,
89 ]
90
91 t_colors = [
92 args.t_A,
93 args.t_C,
94 args.t_D,
95 args.t_E,
96 args.t_F,
97 args.t_G,
98 args.t_H,
99 args.t_I,
100 args.t_K,
101 args.t_L,
102 args.t_M,
103 args.t_N,
104 args.t_P,
105 args.t_Q,
106 args.t_R,
107 args.t_S,
108 args.t_T,
109 args.t_V,
110 args.t_W,
111 args.t_Y,
112 ]
113
114 colors = [f_colors, t_colors]
115
116 tmp_file = "./tmp.png"
117
118 helical_wheel(
119 sequence=args.sequence,
120 colorcoding=colors[0],
121 text_color=colors[1],
122 seqRange=args.seqRange,
123 t_size=args.t_size,
124 rot=args.rotation,
125 numbering=args.numbering,
126 filename=tmp_file,
127 )
128
129 with open("tmp.png", "rb") as f:
130 for line in f:
131 args.output.write(line)