# HG changeset patch # User cstrittmatter # Date 1579700504 18000 # Node ID 9655179094577d75931a2a32c743e2cd0d1dec7b planemo upload commit 15239f1674081ab51ab8dd75a9a40cf1bfaa93e8 diff -r 000000000000 -r 965517909457 EURL_VTEC_WGS_PT.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/EURL_VTEC_WGS_PT.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,347 @@ +# -*- coding: utf-8 -*- +""" +############################################################################ +# Istituto Superiore di Sanita' +# European Union Reference Laboratory (EU-RL) for Escherichia coli, including Verotoxigenic E. coli (VTEC) +# Developer: Arnold Knijn arnold.knijn@iss.it +############################################################################ +""" + +import argparse +import sys +import os +import HTML +import datetime +import fileinput + +BASE_URL = 'https://galaxytrakr.org' +TOOL_DIR = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)) + +def insertFile(filename, report): + with open(filename) as html_in: + for line in html_in: + report.write(line) + +def insertFileAsTable(filename, report, hasheader=False, tabclass="table table-rep"): + with open(filename) as table_in: + table_data = [[str(col) for col in row.split('\t')] for row in table_in] + insertTable(table_data, report, hasheader, tabclass) + +def insertTable(table_data, report, hasheader=False, tabclass="table table-rep"): + if hasheader: + htmlcode = HTML.table(table_data[1:], attribs={'class':tabclass}, header_row=table_data[0]) + else: + htmlcode = HTML.table(table_data, attribs={'class':tabclass}) + report.write(htmlcode) + +def openFileAsTable(filename): + with open(filename) as table_in: + table_data = [[str(col) for col in row.split('\t')] for row in table_in] + return table_data + +def __main__(): + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument('--serotyping', dest='serotyping', help='perform serotyping', action='store_true') + parser.add_argument('--virulotyping', dest='virulotyping', help='perform virulotyping', action='store_true') + parser.add_argument('--shigatoxintyping', dest='shigatoxintyping', help='perform shigatoxintyping', action='store_true') + parser.add_argument('-1', '--input1', dest='input1', help='forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input1_ext', dest='input1_ext', help='extension of forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input1_name', dest='input1_name', help='name of forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('-2', '--input2', dest='input2', help='reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input2_ext', dest='input2_ext', help='extension of reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input2_name', dest='input2_name', help='name of reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--html1', dest='html1', help='html FASTQC file') + parser.add_argument('--html1_id', dest='html1_id', help='html FASTQC file id') + parser.add_argument('--html1_path', dest='html1_path', help='html FASTQC file path') + parser.add_argument('--text1', dest='text1', help='text FASTQC file') + parser.add_argument('--html2', dest='html2', help='html FASTQC file') + parser.add_argument('--html2_id', dest='html2_id', help='html FASTQC file id') + parser.add_argument('--html2_path', dest='html2_path', help='html FASTQC file path') + parser.add_argument('--text2', dest='text2', help='text FASTQC file') + parser.add_argument('--trimmed1', dest='trimmed1', help='trimmed forward FASTQ file') + parser.add_argument('--trimmed2', dest='trimmed2', help='trimmed reverse FASTQ file') + parser.add_argument('--trimmedunpaired', dest='trimmedunpaired', help='trimmed unpaired FASTQ file') + parser.add_argument('--log', dest='logfile', help='log file') + parser.add_argument('--virulotyper', dest='virulotyper', help='Virulotyping Mapping reads') + parser.add_argument('--virulotyper_id', dest='virulotyper_id', help='Virulotyping Mapping reads id') + parser.add_argument('--blastn_STX', dest='blastn_STX', help='Blastn for Shiga toxin') + parser.add_argument('--mlstsevenloci', dest='mlstsevenloci', help='Multi Locus Alleles table') + parser.add_argument('--spades_log', dest='spades_log', help='SPAdes log') + parser.add_argument('--blastn_O', dest='blastn_O', help='Blastn for O') + parser.add_argument('--blastn_H', dest='blastn_H', help='Blastn for H') + parser.add_argument('--output', dest='output', help='output report html file') + args = parser.parse_args() + + os.system("printf 'EURL VTEC WGS PT v2.3\n\nTool versions\n=============\n' > " + args.logfile) + if args.input2: + # FASTQC + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/rgFastQC.py -i " + args.input1 + " -d " + args.html1_path + " -o " + args.html1 + " -t " + args.text1 + " -f " + args.input1_ext + " -j " + args.input1_name + " -e " + "fastqc") + os.system("rm -r " + args.html1_path) + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/rgFastQC.py -i " + args.input2 + " -d " + args.html2_path + " -o " + args.html2 + " -t " + args.text2 + " -f " + args.input2_ext + " -j " + args.input2_name + " -e " + "fastqc") + os.system("rm -r " + args.html2_path) + os.system("fastqc -v >> " + args.logfile) + # TRIMMING + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/fastq_positional_quality_trimming.py -1 " + args.input1 + " --maxlt 300 --lt 17 --rt 0 --minqt 25 --avgqt 27.0 --minlf -1 --trimmed1 " + args.trimmed1 + " --log trimming_logfile -2 " + args.input2 + " --trimmed2 " + args.trimmed2 + " --trimmedunpaired " + args.trimmedunpaired) + os.system("ln -s " + args.trimmed1 + " input_1.fq") + os.system("ln -s " + args.trimmed2 + " input_2.fq") + os.system("printf '\nfastq_positional_quality_trimming v1.0\n' >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: maxlt=300, lt=17, rt=0, minqt=25, avgqt=27.0, minlf=-1\n' >> " + args.logfile) + if args.virulotyping: + # VIRULOTYPER + os.system("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/patho_typing_pt.pl 'python " + TOOL_DIR + "/scripts/patho_typing.py -s Escherichia coli -f " + args.input1 + " " + args.input2 + " -o output_dir -j 1 --minGeneCoverage 90 --minGeneIdentity 90 --minGeneDepth 15'") + os.system("cat pathotyper_rep_tot_tab > " + args.virulotyper) + os.system("printf '\n\nViruloTyper\n===========\npatho_typing v0.3\n' >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: minGeneCoverage=90, minGeneIdentity=90, minGeneDepth=15\n\n' >> " + args.logfile) + os.system("cat " + TOOL_DIR + "/data/ViruloTyping_db.txt >> " + args.logfile) + if args.shigatoxintyping: + # SHIGATOXIN FILTERING + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filtered1STX.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/stx.fa input_1.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filtered2STX.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/stx.fa input_2.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/fastq_pair filtered1STX.fq filtered2STX.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/fastq_pair filtered1STX.fq.single.fq input_2.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/fastq_pair filtered2STX.fq.single.fq input_1.fq") + os.system("cat filtered1STX.fq.paired.fq > filtered1STX_paired.fq") + os.system("cat filtered1STX.fq.single.fq.paired.fq >> filtered1STX_paired.fq") + os.system("cat input_1.fq.paired.fq >> filtered1STX_paired.fq") + os.system("cat filtered2STX.fq.paired.fq > filtered2STX_paired.fq") + os.system("cat input_2.fq.paired.fq >> filtered2STX_paired.fq") + os.system("cat filtered2STX.fq.single.fq.paired.fq >> filtered2STX_paired.fq") + os.system("printf '\n\nShigatoxinTyper\n===============\nduk v20110303\n' >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: k=23\n\n' >> " + args.logfile) + # SHIGATOXIN ASSEMBLY: SPADES + os.system("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/spades.pl spades_contigs_stx spades_contig_stats_stx spades_scaffolds_stx spades_scaffold_stats_stx spades_log_stx NODE spades.py --disable-gzip-output --careful -t \${GALAXY_SLOTS:-16} -k '21,33,55' --pe1-ff --pe1-1 fastq:filtered1STX_paired.fq --pe1-2 fastq:filtered2STX_paired.fq") + os.system("spades.py -v >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: careful, k=21,33,55, pe1-ff, pe1-1, pe1-2\n\n' >> " + args.logfile) + # SHIGATOXIN NCBI BLAST+ blastn + os.system("blastn -query 'spades_contigs_stx' -db '" + TOOL_DIR + "/data/stx' -task blastn -evalue 0.001 -out '" + args.blastn_STX + "' -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads ${GALAXY_SLOTS:-8} -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0") + os.system("blastn -version >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: evalue=0.001, strand=both, dust=yes, max_target_seqs=10, perc_identity=95.0\n\n' >> " + args.logfile) + os.system("cat " + TOOL_DIR + "/data/ShigatoxinTyping_db.txt >> " + args.logfile) + # SHIGATOXINTYPER: FILTER, CUT AND CONCATENATE BLASTN OUTPUT + os.system("echo 'sseqid\tpident\tlength\tpositive' > blastn_shigatoxin_fct") + os.system("awk -F '\t' '($3>99 && $4>1200) { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' " + args.blastn_STX + " > blastn_shigatoxin_fc") + shigatoxin_typing = openFileAsTable("blastn_shigatoxin_fc") + os.system("cat blastn_shigatoxin_fc >> blastn_shigatoxin_fct") + if os.stat('blastn_shigatoxin_fc').st_size == 0: + os.system("echo '-\t-\t-\t-' >> blastn_shigatoxin_fct") + # SEQUENCETYPER + os.system("mentalist call --output_votes -o 'mentalist_out' --db '/afs/galaxy/tool-data/mentalist_databases/escherichia_coli_pubmlst_k31_2018-10-09/escherichia_coli_pubmlst_k31_m023_2018-10-09.jld' -1 input_1.fq -2 input_2.fq") + os.system("mv mentalist_out.byvote " + args.mlstsevenloci) + sequence_typing = openFileAsTable(args.mlstsevenloci) + sequence_qc = openFileAsTable("mentalist_out.coverage.txt") + os.system("printf '\n\nSequenceTyper\n=============\n' >> " + args.logfile) + os.system("mentalist -v | grep MentaLiST >> " + args.logfile) + os.system("printf '\n' >> " + args.logfile) + os.system("cat " + TOOL_DIR + "/data/SequenceTyping_db.txt >> " + args.logfile) + if args.serotyping: + # SEROTYPE FILTERING + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredO1.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/O_type.fsa input_1.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredH1.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/H_type.fsa input_1.fq") + os.system("cat filteredO1.fq > filteredOH1.fq") + os.system("cat filteredH1.fq >> filteredOH1.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredO2.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/O_type.fsa input_2.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredH2.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/H_type.fsa input_2.fq") + os.system("cat filteredO2.fq > filteredOH2.fq") + os.system("cat filteredH2.fq >> filteredOH2.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/fastq_pair filteredOH1.fq filteredOH2.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/fastq_pair filteredOH1.fq.single.fq input_2.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/fastq_pair filteredOH2.fq.single.fq input_1.fq") + os.system("cat filteredOH1.fq.paired.fq > filteredOH1_paired.fq") + os.system("cat filteredOH1.fq.single.fq.paired.fq >> filteredOH1_paired.fq") + os.system("cat input_1.fq.paired.fq >> filteredOH1_paired.fq") + os.system("cat filteredOH2.fq.paired.fq > filteredOH2_paired.fq") + os.system("cat input_2.fq.paired.fq >> filteredOH2_paired.fq") + os.system("cat filteredOH2.fq.single.fq.paired.fq >> filteredOH2_paired.fq") + os.system("printf '\n\nSeroTyper\n=========\nduk v20110303\n' >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: k=23\n\n' >> " + args.logfile) + # SEROTYPE ASSEMBLY: SPADES + os.system("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/spades.pl spades_contigs_oh spades_contig_stats_oh spades_scaffolds_oh spades_scaffold_stats_oh " + args.spades_log + " NODE spades.py --disable-gzip-output --careful -t \${GALAXY_SLOTS:-16} -k '21,33,55' --pe1-ff --pe1-1 fastq:filteredOH1_paired.fq --pe1-2 fastq:filteredOH2_paired.fq") + os.system("spades.py -v >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: careful, k=21,33,55, pe1-ff, pe1-1, pe1-2\n\n' >> " + args.logfile) + # SEROTYPE NCBI BLAST+ blastn + os.system("blastn -query 'spades_contigs_oh' -db '" + TOOL_DIR + "/data/O_type' -task blastn -evalue 0.001 -out '" + args.blastn_O + "' -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads ${GALAXY_SLOTS:-8} -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0") + os.system("blastn -query 'spades_contigs_oh' -db '" + TOOL_DIR + "/data/H_type' -task blastn -evalue 0.001 -out '" + args.blastn_H + "' -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads ${GALAXY_SLOTS:-8} -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0 -ungapped") + os.system("blastn -version >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: evalue=0.001, strand=both, dust=yes, max_target_seqs=10, perc_identity=95.0\n\n' >> " + args.logfile) + os.system("cat " + TOOL_DIR + "/data/SeroTyping_db.txt >> " + args.logfile) + # SEROTYPER: FILTER, CUT AND CONCATENATE BLASTN OUTPUT + os.system("echo 'sseqid\tpident\tlength\tpositive' > blastn_OH_fc") + os.system("awk -F '\t' '$4>800 { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' " + args.blastn_O + " | sort -nrk 2 -nrk 3 > blastn_O_fc") + sero_typing_o = openFileAsTable("blastn_O_fc") + os.system("cat blastn_O_fc >> blastn_OH_fc") + os.system("awk -F '\t' '$4>800 { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' " + args.blastn_H + " | sort -nrk 2 -nrk 3 > blastn_H_fc") + sero_typing_h = openFileAsTable("blastn_H_fc") + os.system("cat blastn_H_fc >> blastn_OH_fc") + if os.stat('blastn_O_fc').st_size == 0 and os.stat('blastn_H_fc').st_size == 0: + os.system("echo '-\t-\t-\t-' >> blastn_OH_fc") + else: + # FASTQC + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/rgFastQC.py -i " + args.input1 + " -d " + args.html1_path + " -o " + args.html1 + " -t " + args.text1 + " -f " + args.input1_ext + " -j " + args.input1_name + " -e " + "fastqc") + os.system("rm -r " + args.html1_path) + os.system("fastqc -v >> " + args.logfile) + # TRIMMING + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/fastq_positional_quality_trimming.py -1 " + args.input1 + " --maxlt 360 --lt 10 --rt 0 --minqt 25 --avgqt 27.0 --minlf 50 --trimmed1 " + args.trimmed1 + " --log trimming_logfile") + os.system("ln -s " + args.trimmed1 + " input_1.fq") + os.system("echo 'fastq_positional_quality_trimming v1.0' >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: maxlt=360, lt=10, rt=0, minqt=25, avgqt=27.0, minlf=50\n' >> " + args.logfile) + if args.virulotyping: + # VIRULOTYPER + os.system("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/patho_typing_pt.pl 'python " + TOOL_DIR + "/scripts/patho_typing.py -s Escherichia coli -f " + args.input1 + " -o output_dir -j 1 --minGeneCoverage 90 --minGeneIdentity 90 --minGeneDepth 15'") + os.system("cat pathotyper_rep_tot_tab > " + args.virulotyper) + os.system("printf '\n\nViruloTyper\n===========\npatho_typing v0.3\n' >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: minGeneCoverage=90, minGeneIdentity=90, minGeneDepth=15\n\n' >> " + args.logfile) + os.system("cat " + TOOL_DIR + "/data/ViruloTyping_db.txt >> " + args.logfile) + if args.shigatoxintyping: + # SHIGATOXIN FILTERING + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filtered1STX.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/stx.fa input_1.fq") + os.system("printf '\n\nShigatoxinTyper\n===============\nduk v20110303\n' >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: k=23\n\n' >> " + args.logfile) + # SHIGATOXIN ASSEMBLY: SPADES + os.system("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/spades.pl spades_contigs_stx spades_contig_stats_stx spades_scaffolds_stx spades_scaffold_stats_stx spades_log_stx NODE spades.py --disable-gzip-output --careful -t \${GALAXY_SLOTS:-16} -k '21,33,55' --iontorrent --pe1-ff --pe1-s fastq:filtered1STX.fq") + os.system("spades.py -v >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: careful, k=21,33,55, iontorrent, pe1-ff, pe1-s\n\n' >> " + args.logfile) + # SHIGATOXIN NCBI BLAST+ blastn + os.system("blastn -query 'spades_contigs_stx' -db '" + TOOL_DIR + "/data/stx' -task blastn -evalue 0.001 -out '" + args.blastn_STX + "' -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads ${GALAXY_SLOTS:-8} -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0") + os.system("blastn -version >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: evalue=0.001, strand=both, dust=yes, max_target_seqs=10, perc_identity=95.0\n\n' >> " + args.logfile) + os.system("cat " + TOOL_DIR + "/data/ShigatoxinTyping_db.txt >> " + args.logfile) + # SHIGATOXINTYPER: FILTER, CUT AND CONCATENATE BLASTN OUTPUT + os.system("echo 'sseqid\tpident\tlength\tpositive' > blastn_shigatoxin_fct") + os.system("awk -F '\t' '($3>99 && $4>1200) { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' " + args.blastn_STX + " > blastn_shigatoxin_fc") + shigatoxin_typing = openFileAsTable("blastn_shigatoxin_fc") + os.system("cat blastn_shigatoxin_fc >> blastn_shigatoxin_fct") + if os.stat('blastn_shigatoxin_fc').st_size == 0: + os.system("echo '-\t-\t-\t-' >> blastn_shigatoxin_fct") + # SEQUENCETYPER + os.system("mentalist call --output_votes -o 'mentalist_out' --db '/afs/galaxy/tool-data/mentalist_databases/escherichia_coli_pubmlst_k31_2018-10-09/escherichia_coli_pubmlst_k31_m023_2018-10-09.jld' -1 input_1.fq") + os.system("mv mentalist_out.byvote " + args.mlstsevenloci) + sequence_typing = openFileAsTable(args.mlstsevenloci) + sequence_qc = openFileAsTable("mentalist_out.coverage.txt") + os.system("printf '\n\nSequenceTyper\n=============\n' >> " + args.logfile) + os.system("mentalist -v | grep MentaLiST >> " + args.logfile) + os.system("printf '\n' >> " + args.logfile) + os.system("cat " + TOOL_DIR + "/data/SequenceTyping_db.txt >> " + args.logfile) + if args.serotyping: + # SEROTYPE FILTERING + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredO1.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/O_type.fsa input_1.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredH1.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/H_type.fsa input_1.fq") + os.system("cat filteredO1.fq > filteredOH1.fq") + os.system("cat filteredH1.fq >> filteredOH1.fq") + os.system("printf '\n\nSeroTyper\n=========\nduk v20110303\n' >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: k=23\n\n' >> " + args.logfile) + # SEROTYPE ASSEMBLY: SPADES + os.system("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/spades.pl spades_contigs_oh spades_contig_stats_oh spades_scaffolds_oh spades_scaffold_stats_oh " + args.spades_log + " NODE spades.py --disable-gzip-output --careful -t \${GALAXY_SLOTS:-16} -k '21,33,55' --iontorrent --pe1-ff --pe1-s fastq:filteredOH1.fq") + os.system("spades.py -v >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: careful, k=21,33,55, iontorrent, pe1-ff, pe1-s\n\n' >> " + args.logfile) + # SEROTYPE NCBI BLAST+ blastn + os.system("blastn -query 'spades_contigs_oh' -db '" + TOOL_DIR + "/data/O_type' -task blastn -evalue 0.001 -out '" + args.blastn_O + "' -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads ${GALAXY_SLOTS:-8} -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0") + os.system("blastn -query 'spades_contigs_oh' -db '" + TOOL_DIR + "/data/H_type' -task blastn -evalue 0.001 -out '" + args.blastn_H + "' -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads ${GALAXY_SLOTS:-8} -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0 -ungapped") + os.system("blastn -version >> " + args.logfile) + os.system("printf 'parameters: evalue=0.001, strand=both, dust=yes, max_target_seqs=10, perc_identity=95.0\n\n' >> " + args.logfile) + os.system("cat " + TOOL_DIR + "/data/SeroTyping_db.txt >> " + args.logfile) + # SEROTYPER: FILTER, CUT AND CONCATENATE BLASTN OUTPUT + os.system("echo 'sseqid\tpident\tlength\tpositive' > blastn_OH_fc") + os.system("awk -F '\t' '$4>800 { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' " + args.blastn_O + " | sort -nrk 2 -nrk 3 > blastn_O_fc") + sero_typing_o = openFileAsTable("blastn_O_fc") + os.system("cat blastn_O_fc >> blastn_OH_fc") + os.system("awk -F '\t' '$4>800 { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' " + args.blastn_H + " | sort -nrk 2 -nrk 3 > blastn_H_fc") + sero_typing_h = openFileAsTable("blastn_H_fc") + os.system("cat blastn_H_fc >> blastn_OH_fc") + if os.stat('blastn_O_fc').st_size == 0 and os.stat('blastn_H_fc').st_size == 0: + os.system("echo '-\t-\t-\t-' >> blastn_OH_fc") + try: + report = open(args.output, 'w') + # write head html + insertFile(TOOL_DIR + "/report_head.html", report) + report.write("

EURL VTEC WGS PT

Report for %s

%s" % (args.input1_name, datetime.datetime.utcnow().strftime("%Y-%m-%d %H:%M UTC"))) + insertFile(TOOL_DIR + "/report_head2.html", report) + # write results + report.write("

Summary

\n") + if args.serotyping: + report.write("

Serotype: ") + if len(sero_typing_o) == 0: + report.write("O?") + else: + report.write("%s" % sero_typing_o[0][0][sero_typing_o[0][0].rfind("O"):]) + if len(sero_typing_h) == 0: + report.write(":H?") + else: + report.write(":%s" % sero_typing_h[0][0][sero_typing_h[0][0].rfind("H"):]) + report.write("

\n") + report.write("

Sequence type: ") + if len(sequence_typing) < 2: + report.write("Sequence typing failed") + elif sequence_typing[1][1] == "failed": + report.write("Sequence typing failed") + else: + report.write("ST%s" % sequence_typing[1][8]) + report.write("

\n") + if args.virulotyping: + os.system("sort " + args.virulotyper + " | awk '/eae_|stx1._|stx2._|ehxa_/ && $2>50 && !seen[substr($1, 1, index($1, \"_\")-2)]++ { printf(\"%s%s\",sep,substr($1, 1, index($1, \"_\")-1));sep=\", \" }END{print \"\"}' > virulotyper_rep") + for line in fileinput.input("virulotyper_rep", inplace=True): + print line.replace("1a", "1"), + for line in fileinput.input("virulotyper_rep", inplace=True): + print line.replace("2a", "2"), + for line in fileinput.input("virulotyper_rep", inplace=True): + print line.replace("1b", "1"), + for line in fileinput.input("virulotyper_rep", inplace=True): + print line.replace("2b", "2"), + report.write("

Virulotypes: ") + insertFile("virulotyper_rep", report) + report.write("

\n") + if args.shigatoxintyping: + report.write("

Stx Subtypes: ") + if len(shigatoxin_typing) == 0: + report.write("No subtype match found") + else: + shigatoxin_subtype = "" + shigatoxin_types = openFileAsTable(TOOL_DIR + "/data/stx_subtypes") + for subtype in shigatoxin_typing: + blast_pident_100 = float(subtype[1]) == 100 + if (blast_pident_100): + for item in shigatoxin_types: + if item[0] == subtype[0]: + shigatoxin_subtype = item[1] + " " + shigatoxin_subtype + if len(shigatoxin_subtype) == 0: + shigatoxin_subtype = "No complete subtype match found" + report.write("%s" % shigatoxin_subtype) + report.write("

\n") + # Quality Check + disclaimer = False + sequence_qc_cov = 0 + for x in range(7): + if float(sequence_qc[x+1][2]) < 1: + disclaimer = True + sequence_qc_cov = sequence_qc_cov + float(sequence_qc[x+1][3]) + if sequence_qc_cov < 210: + disclaimer = True + if disclaimer: + report.write("

Disclaimer: The data analysed do not fulfill minimum quality parameters, please consider repeating the sequencing.

\n") + report.write("

Raw data quality check

\n") + if args.input2: + report.write("

FASTQC result forward: Webpage

\n" % (BASE_URL, args.html1_id)) + report.write("

FASTQC result reverse: Webpage

\n" % (BASE_URL, args.html2_id)) + else: + report.write("

FASTQC result: Webpage

\n" % (BASE_URL, args.html1_id)) + if args.serotyping: + report.write("

Serotyping

\n") + insertFileAsTable("blastn_OH_fc", report, True) + report.write("

Multi Locus Sequence Typing

\n") + if len(sequence_typing) > 1: + insertTable(sequence_typing, report, True) + if args.virulotyping: + report.write("

Virulotyping

\n") + report.write("

This table is filtered for results with >90%% gene coverage, unfiltered results can be found here

\n" % (BASE_URL, args.virulotyper_id)) + insertFileAsTable("pathotyper_rep_tab", report, True, "table table-cross") + if args.shigatoxintyping: + report.write("

Shiga toxin typing

\n") + insertFileAsTable("blastn_shigatoxin_fct", report, True) + # write tail html + insertFile(TOOL_DIR + "/report_tail.html", report) + finally: + report.close() + +if __name__ == "__main__": + __main__() + + diff -r 000000000000 -r 965517909457 HTML.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/HTML.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,361 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: iso-8859-1 -*- +""" +HTML.py - v0.04 2009-07-28 Philippe Lagadec + +This module provides a few classes to easily generate HTML code such as tables +and lists. + +Project website: http://www.decalage.info/python/html + +License: CeCILL (open-source GPL compatible), see source code for details. + http://www.cecill.info +""" + +__version__ = '0.04' +__date__ = '2009-07-28' +__author__ = 'Philippe Lagadec' + +#--- LICENSE ------------------------------------------------------------------ + +# Copyright Philippe Lagadec - see http://www.decalage.info/contact for contact info +# +# This module provides a few classes to easily generate HTML tables and lists. +# +# This software is governed by the CeCILL license under French law and +# abiding by the rules of distribution of free software. You can use, +# modify and/or redistribute the software under the terms of the CeCILL +# license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL +# "http://www.cecill.info". +# +# A copy of the CeCILL license is also provided in these attached files: +# Licence_CeCILL_V2-en.html and Licence_CeCILL_V2-fr.html +# +# As a counterpart to the access to the source code and rights to copy, +# modify and redistribute granted by the license, users are provided only +# with a limited warranty and the software's author, the holder of the +# economic rights, and the successive licensors have only limited +# liability. +# +# In this respect, the user's attention is drawn to the risks associated +# with loading, using, modifying and/or developing or reproducing the +# software by the user in light of its specific status of free software, +# that may mean that it is complicated to manipulate, and that also +# therefore means that it is reserved for developers and experienced +# professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore +# encouraged to load and test the software's suitability as regards their +# requirements in conditions enabling the security of their systems and/or +# data to be ensured and, more generally, to use and operate it in the +# same conditions as regards security. +# +# The fact that you are presently reading this means that you have had +# knowledge of the CeCILL license and that you accept its terms. + +#--- THANKS -------------------------------------------------------------------- + +# - Michal Cernoevic, for the idea of column styles. + +#--- REFERENCES ---------------------------------------------------------------- + +# HTML 4.01 specs: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html + +# Colors: http://www.w3.org/TR/html4/types.html#type-color + +# Columns alignement and style, one of the oldest and trickiest bugs in Mozilla: +# https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=915 + + +#--- CONSTANTS ----------------------------------------------------------------- + +# Table style to get thin black lines in Mozilla/Firefox instead of 3D borders +#TABLE_STYLE_THINBORDER = "border: 1px solid #000000; border-collapse: collapse;" +#TABLE_STYLE_THINBORDER = "border: 1px solid #000000;" + + +#=== CLASSES =================================================================== + +class TableCell (object): + """ + a TableCell object is used to create a cell in a HTML table. (TD or TH) + + Attributes: + - text: text in the cell (may contain HTML tags). May be any object which + can be converted to a string using str(). + - header: bool, false for a normal data cell (TD), true for a header cell (TH) + - bgcolor: str, background color + - width: str, width + - align: str, horizontal alignement (left, center, right, justify or char) + - char: str, alignment character, decimal point if not specified + - charoff: str, see HTML specs + - valign: str, vertical alignment (top|middle|bottom|baseline) + - style: str, CSS style + - attribs: dict, additional attributes for the TD/TH tag + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.6 + """ + + def __init__(self, text="", bgcolor=None, header=False, width=None, + align=None, char=None, charoff=None, valign=None, style=None, + attribs=None): + """TableCell constructor""" + self.text = text + self.bgcolor = bgcolor + self.header = header + self.width = width + self.align = align + self.char = char + self.charoff = charoff + self.valign = valign + self.style = style + self.attribs = attribs + if attribs==None: + self.attribs = {} + + def __str__(self): + """return the HTML code for the table cell as a string""" + attribs_str = "" + if self.bgcolor: self.attribs['bgcolor'] = self.bgcolor + if self.width: self.attribs['width'] = self.width + if self.align: self.attribs['align'] = self.align + if self.char: self.attribs['char'] = self.char + if self.charoff: self.attribs['charoff'] = self.charoff + if self.valign: self.attribs['valign'] = self.valign + if self.style: self.attribs['style'] = self.style + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + if self.text: + text = str(self.text) + else: + # An empty cell should at least contain a non-breaking space + text = ' ' + if self.header: + return '%s' % (attribs_str, text) + else: + return '%s' % (attribs_str, text) + +#------------------------------------------------------------------------------- + +class TableRow (object): + """ + a TableRow object is used to create a row in a HTML table. (TR tag) + + Attributes: + - cells: list, tuple or any iterable, containing one string or TableCell + object for each cell + - header: bool, true for a header row (TH), false for a normal data row (TD) + - bgcolor: str, background color + - col_align, col_valign, col_char, col_charoff, col_styles: see Table class + - attribs: dict, additional attributes for the TR tag + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.5 + """ + + def __init__(self, cells=None, bgcolor=None, header=False, attribs=None, + col_align=None, col_valign=None, col_char=None, + col_charoff=None, col_styles=None): + """TableCell constructor""" + self.bgcolor = bgcolor + self.cells = cells + self.header = header + self.col_align = col_align + self.col_valign = col_valign + self.col_char = col_char + self.col_charoff = col_charoff + self.col_styles = col_styles + self.attribs = attribs + if attribs==None: + self.attribs = {} + + def __str__(self): + """return the HTML code for the table row as a string""" + attribs_str = "" + if self.bgcolor: self.attribs['bgcolor'] = self.bgcolor + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + result = '' % attribs_str + for cell in self.cells: + col = self.cells.index(cell) # cell column index + if not isinstance(cell, TableCell): + cell = TableCell(cell, header=self.header) + # apply column alignment if specified: + if self.col_align and cell.align==None: + cell.align = self.col_align[col] + if self.col_char and cell.char==None: + cell.char = self.col_char[col] + if self.col_charoff and cell.charoff==None: + cell.charoff = self.col_charoff[col] + if self.col_valign and cell.valign==None: + cell.valign = self.col_valign[col] + # apply column style if specified: + if self.col_styles and cell.style==None: + cell.style = self.col_styles[col] + result += str(cell) + result += '\n' + return result + +#------------------------------------------------------------------------------- + +class Table (object): + """ + a Table object is used to create a HTML table. (TABLE tag) + + Attributes: + - rows: list, tuple or any iterable, containing one iterable or TableRow + object for each row + - header_row: list, tuple or any iterable, containing the header row (optional) + - border: str or int, border width + - style: str, table style in CSS syntax (thin black borders by default) + - width: str, width of the table on the page + - attribs: dict, additional attributes for the TABLE tag + - col_width: list or tuple defining width for each column + - col_align: list or tuple defining horizontal alignment for each column + - col_char: list or tuple defining alignment character for each column + - col_charoff: list or tuple defining charoff attribute for each column + - col_valign: list or tuple defining vertical alignment for each column + - col_styles: list or tuple of HTML styles for each column + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.1 + """ + + def __init__(self, rows=None, border='1', style=None, width=None, + cellspacing=None, cellpadding=4, attribs=None, header_row=None, + col_width=None, col_align=None, col_valign=None, + col_char=None, col_charoff=None, col_styles=None): + """TableCell constructor""" + self.border = border + self.style = style + # style for thin borders by default + #if style == None: self.style = TABLE_STYLE_THINBORDER + self.width = width + self.cellspacing = cellspacing + self.cellpadding = cellpadding + self.header_row = header_row + self.rows = rows + if not rows: self.rows = [] + self.attribs = attribs + if not attribs: self.attribs = {} + self.col_width = col_width + self.col_align = col_align + self.col_char = col_char + self.col_charoff = col_charoff + self.col_valign = col_valign + self.col_styles = col_styles + + def __str__(self): + """return the HTML code for the table as a string""" + attribs_str = "" + #if self.border: self.attribs['border'] = self.border + if self.style: self.attribs['style'] = self.style + if self.width: self.attribs['width'] = self.width + if self.cellspacing: self.attribs['cellspacing'] = self.cellspacing + if self.cellpadding: self.attribs['cellpadding'] = self.cellpadding + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + result = '\n' % attribs_str + # insert column tags and attributes if specified: + if self.col_width: + for width in self.col_width: + result += ' \n' % width + # First insert a header row if specified: + if self.header_row: + if not isinstance(self.header_row, TableRow): + result += str(TableRow(self.header_row, header=True)) + else: + result += str(self.header_row) + # Then all data rows: + for row in self.rows: + if not isinstance(row, TableRow): + row = TableRow(row) + # apply column alignments and styles to each row if specified: + # (Mozilla bug workaround) + if self.col_align and not row.col_align: + row.col_align = self.col_align + if self.col_char and not row.col_char: + row.col_char = self.col_char + if self.col_charoff and not row.col_charoff: + row.col_charoff = self.col_charoff + if self.col_valign and not row.col_valign: + row.col_valign = self.col_valign + if self.col_styles and not row.col_styles: + row.col_styles = self.col_styles + result += str(row) + result += '' + return result + + +#------------------------------------------------------------------------------- + +class List (object): + """ + a List object is used to create an ordered or unordered list in HTML. + (UL/OL tag) + + Attributes: + - lines: list, tuple or any iterable, containing one string for each line + - ordered: bool, choice between an ordered (OL) or unordered list (UL) + - attribs: dict, additional attributes for the OL/UL tag + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/lists.html + """ + + def __init__(self, lines=None, ordered=False, start=None, attribs=None): + """List constructor""" + if lines: + self.lines = lines + else: + self.lines = [] + self.ordered = ordered + self.start = start + if attribs: + self.attribs = attribs + else: + self.attribs = {} + + def __str__(self): + """return the HTML code for the list as a string""" + attribs_str = "" + if self.start: self.attribs['start'] = self.start + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + if self.ordered: tag = 'ol' + else: tag = 'ul' + result = '<%s%s>\n' % (tag, attribs_str) + for line in self.lines: + result += '
  • %s\n' % str(line) + result += '\n' % tag + return result + +#=== FUNCTIONS ================================================================ + +# much simpler definition of a link as a function: +def Link(text, url): + return '%s' % (url, text) + +def link(text, url): + return '%s' % (url, text) + +def table(*args, **kwargs): + 'return HTML code for a table as a string. See Table class for parameters.' + return str(Table(*args, **kwargs)) + +def list(*args, **kwargs): + 'return HTML code for a list as a string. See List class for parameters.' + return str(List(*args, **kwargs)) + + +#=== MAIN ===================================================================== + +# Show sample usage when this file is launched as a script. + +if __name__ == '__main__': + + # open an HTML file to show output in a browser + f = open('test.html', 'w') + + t = Table() + t.rows.append(TableRow(['A', 'B', 'C'], header=True)) + t.rows.append(TableRow(['D', 'E', 'F'])) + t.rows.append(('i', 'j', 'k')) + f.write(str(t) + '

    \n') + print (str(t)) + f.close() diff -r 000000000000 -r 965517909457 data/H_type.fsa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/data/H_type.fsa Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,2377 @@ +>fliC_307_AY249994_H9 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAAAATAATATCAACAAGAACCAGTCTGCG +CTGTCGAGTTCTATCGAGCGTCTGTCTTCTGGCTTGCGTATTAACAGCGCGAAGGATGACGCCGCGGGTCAG +GCGATTGCTAACCGTTTTACTTCTAACATTAAAGGCCTGACTCAGGCTGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCCGTTGCACAGACCACTGAAGGCGCGCTGTCCGAAATTAACAACAACTTACAGCGTATTCGTGAACTGACG +GTTCAGGCTTCTACCGGGACTAACTCCGATTCGGATCTGGACTCCATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTG +GACGAAATTGACCGCGTATCCGGCCAGACCCAGTTCAACGGCGTGAACGTGCTGTCCAAAGATGGCTCGATG +AAAATTCAGGTCGGCGCGAACGATGGCGAAACGATTACTATTGATCTGAAGAAAATTGACTCTGATACGCTG +AATCTGGCTGGTTTTAACGTTAACGGTAAAGGTTCTGTAGCGAATACAGCTGCGACAAGCGACGATTTAAAA +CTGGCTGGTTTCACTAAGGGCACCACAGATACCAATGGCGTGACCGCGTATACAAACACAATTAGTAATGAC +AAAGCCAAAGCTTCCGATCTGTTAGCTAATATCACCGATGGATCAGTGATCACTGGGGGAGGGGCAAACGCT +TTTGGCGTGGCTGCAAAGAATGGTTACACCTATGATGCAGCAAGTAAATCTTATAGTTTTGCTGCAGATGGT +GCCGATTCAGCGAAGACGTTAAGCATCATTAATCCAAACACCGGTGATTCGTCGCAGGCGACAGTGACTATT +GGTGGTAAAGAGCAGAAAGTTAATATTTCCCAGGATGGAAAAATTACTGCGGCAGATGATAATGCGACGCTG +TATTTAGATAAACAGGGAAACTTGACAAAAACGAATGCAGGTAACGATACCGCAGCGACTTGGGATGGTTTA +ATTTCCAACAGCGATTCTACCGGTGCGGTTCCAGTTGGGGTTGCAACTACAATTACAATTACTTCTGGTACA +GCTTCCGGAATGTCTGTTCAGTCCGCAGGAGCAGGAATTCAGACCTCAACAAATTCTCAGATTCTTGCAGGT +GGTGCATTTGCGGCTAAGGTAAGTATTGAGGGAGGCGCTGCTACAGACATTTTGGTAGCAAGTAATGGAAAC +ATAACAGCGGCTGATGGTAGTGCACTTTATCTTGATGCGACTACTGGTGGATTCACTACAACGGCTGGAGGA +AATACAGCTGCTTCGTTAGATAATTTAATTGCTAACAGTAAGGATGCTACCTTAACCGTAACTTCAGGTACC +GGCCAGAACACTGTTTATAGCACAACAGGAAGTGGCGCTCAGTTCACCAGTTTAGCAAAAGTAGACACAGTC +AATGTCACCAACGCACATGTCAGTGCCGAAGGTATGGCAAATCTGACAAAAAGCAATTTTACCATTGATATG +GGCGGTACAGGTACAGTAACTTACACAGTTTCCAATGGGGATGTGAAAGCTGCTGCAAATGCTGATGTTTAT +GTCGAAGATGGTGCACTTTCAGCCAATGCTACAAAAGATGTAACCTACTTTGAACAAAAAAATGGGGCTATT +ACCAACAGCACCGGTGGTACCATCTATGAAACAGCTGATGGTAAGTTAACAACAGAAGCTACTACTGCATCC +AGTTCCACCGCCGATCCCCTGAAAGCTCTGGACGAAGCCATCAGCTCCATCGACAAATTCCGCTCCTCCCTC +GGTGCGGTGCAAAACCGTCTGGATTCCGCGGTCACCAACCTGAACAACACCACTACCAACCTGTCCGAAGCG +CAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTATGCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATCATCCAGCAG +GCCGGTAACTCCGTGCTGGCAAAAGCTAACCAGGTACCGCAGCAGGTTCTGTCTCTGCTGCAGGGTTAA +>fliC_52_AJ605764_H4 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAGAACAACATCAACAAAAACCAGTCTGCG +CTGTCGACTTCTATCGAGCGCCTCTCTTCTGGTCTGCGTATTAACAGCGCTAAAGATGACGCCGCGGGCCAG +GCGATTGCTAACCGCTTTACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC +GTTCAGGCCTCTACCGGCACGAACTCTGATTCCGACCTGTCTTCTATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTT +GATGAAATTGACCGTGTATCTGGTCAGACCCAGTTCAACGGTGTGAACGTGCTGTCGAAAAACGATTCGATG +AAGATTCAGATTGGTGCCAATGATAACCAGACGATCAGCATTGGCTTGCAACAAATCGACAGTACCACTTTG +AATCTGAAAGGATTTACCGTGTCCGGCATGGCGGATTTCAGCGCGGCGAAACTGACGGCTGCTGATGGTACA +GCAATTGCTGCTGCGGATGTCAAGGATGCTGGGGGTAAACAAGTCAATTTACTGTCTTACACTGACACCGCG +TCTAACAGTACTAAATATGCGGTCGTTGATTCTGCAACCGGTAAATACATGGAAGCCACTGTAGTCATTACC +GGTACGGCGGCGGCGGTAACTGTTGGTGCAGCGGAAGTGGCGGGAGCCGCTACAGCCGATCCGTTAAAAGCA +CTGGATGCCGCAATCGCTAAAGTCGACAAATTCCGCTCCTCCCTCGGTGCCGTTCAAAACCGTCTGGATTCT +GCGGTCACCAACCTGAACAACACCACCACCAACCTGTCTGAAGCGCAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTAT +GCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATTATCCAGCAGGCGGGCAACTCCGTGCTGTCTAAAGCC +AACCAGGTACCGCAGCAAGTTCTGTCTCTGTTACAAGGCTAA +>fliC_51_AJ536600_H4 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAGAACAACATCAACAAAAACCAGTCTGCG +CTGTCGACTTCTATCGAGCGCCTCTCTTCTGGTCTGCGTATTAACAGCGCTAAAGATGACGCCGCGGGCCAG +GCGATTGCTAACCGCTTTACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC +GTTCAGGCCTCTACCGGCACGAACTCTGATTCCGACCTGTCTTCTATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTT +GATGAAATTGACCGTGTATCTGGTCAGACCCAGTTCAACGGTGTGAACGTGCTGTCGAAAAACGATTCGATG +AAGATTCAGATTGGTGCCAATGATAACCAGACGATCAGCATTGGCTTGCAACAAATCGACAGTACCACTTTG +AATCTGAAAGGATTTACCGTGTCCGGCATGGCGGATTTCAGCGCGGCGAAACTGACGGCTGCTGATGGTACA +GCAATTGCTGCTGCGGATGTCAAGGATGCTGGGGGTAAACAAGTCAATTTACTGTCTTACACTGACACCGCG +TCTAACAGTACTAAATATGCGGTCGTTGATTCTGCAACCGGTAAATACATGGAAGCCACTGTAGCCATTACC +GGTACGGCGGCGGCGGTAACTGTTGGTGCAGCGGAAGTGGCGGGAGCCGCTACAGCCGATCCGTTAAAAGCA +CTGGATGCCGCAATCGCTAAAGTCGACAAATTCCGCTCCTCCCTCGGTGCCGTTCAAAACCGTCTGGATTCT +GCGGTCACCAACCTGAACAACACCACCACCAACCTGTCTGAAGCGCAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTAT +GCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATTATCCAGCAGGCCGGTAACTCCGTGCTGGCAAAAGCT +AACCAGGTACCACAGCAGGTTCTGTCTCTGCTGCAGGGTTAA +>fliC_54_AJ605766_H17 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAGAACAACATCAACAAAAACCAGTCTGCG +CTGTCGACTTCTATCGAGCGCCTCTCTTCTGGTCTGCGTATTAACAGCGCTAAAGATGACGCCGCGGGCCAG +GCGATTGCTAACCGCTTTACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC 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+GCGATTGCTAACCGCTTTACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC +GTTCAGGCCTCTACCGGCACGAACTCTGATTCCGACCTGTCTTCTATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTT +GATGAAATTGACCGTGTATCTGGTCAGACCCAGTTCAACGGTGTGAACGTGCTGTCGAAAAACGATTTGATG +AAGATTCAGATTGGTGCCAATGATAACGAGACGATCAGCATTGGCTTGCAACAAATCGACAGTACCACTTTG +AATCTGAAAGGATTTACCGTGTCCGGCATGGCGGATTTCAGCGCGGCGAAACTGACGGCTGCTGATGGTACA +GCAATTGCTGCTGCGGATGTCAAGGATGCTGAGGGTAAACAAGTCAATTTACTGTCTTACACTGACACCGCG +TCTAACAGTACTAAATATGCGGTCGTTGATTCTGCAACCGGTAAATACATGAAAGCCACTGTAGCCATTACC +AATACGGCGGCGGAGGTAACTGTTGGTCCAGCGGAAGTGGCGGGAGCCGCTACAGCCGATCCGTTAAAAGCA +CTGGATGCCGCAATCGCTAAAGTCGACAAATTCCGCTCCTCCCTCGGTGCCGTTCAAAACCGTCTGGATTCT +GCGGTCACCAACCTGAACAACACCACCACCAACCTGTCTGAAGCGCAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTAT +GCGACCGAAGTGTCCAATATGTCGAAAGCGCAGATCATCCAGCAGGCCGGTAACTCCGTGCTGGCAAAAGCC +AACCAGGTACCGCAGCAGGTTCTGTCTCTGCTGCAGGGTTAA +>fliC_50_AJ515904_H17 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${html_file_1.files_path} + --text1 $text_file_1 --trimmed1 $trimmed1 + -2 ${library.input_pc.reverse} --input2_ext ${library.input_pc.reverse.ext} --input2_name '${library.input_pc.reverse.name}' + --html2 $html_file_2 --html2_id $__app__.security.encode_id($html_file_2.dataset.id) --html2_path ${html_file_2.files_path} + --text2 $text_file_2 --trimmed2 $trimmed2 --trimmedunpaired $trimmedunpaired + #end if + #if $serotyping: + --serotyping + --spades_log $spades_log --blastn_O $blastn_O --blastn_H $blastn_H + #end if + #if $virulotyping: + --virulotyping + --virulotyper $virulotyper --virulotyper_id $__app__.security.encode_id($virulotyper.dataset.id) + #end if + #if $shigatoxintyping: + --shigatoxintyping + --blastn_STX $blastn_STX + #end if + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +**EURL VTEC WGS PT Overview** +This tool performs various typing tools: + +- Raw data quality check (FASTQC) + +- Trimming (FASTQ positional and quality trimming) + +- Virulotyping (patho_typing tool from the INNUENDO Project) + +- Multi Locus Sequence Typing (MentaLiST 7 loci) + +- Filtering (DUK) + +- Assembly (SPAdes) + +- Serotyping (blastn) + +- Shigatoxintyping (blastn against the shiga toxin subtype database from the Statens Serum Institut (SSI) and Technical University of Denmark DTU) + +Istituto Superiore di Sanità + +European Union Reference Laboratory (EU-RL) for Escherichia coli, including Verotoxigenic E. coli (VTEC) + +Developer: Arnold Knijn arnold.knijn@iss.it + +The development of the Virulotyping tool has been supported by INNUENDO project (https://www.innuendoweb.org) co-funded by the European Food Safety Authority (EFSA), grant agreement GP/EFSA/AFSCO/2015/01/CT2 +("New approaches in identifying and characterizing microbial and chemical hazards") and by the ONEIDA project (LISBOA-01-0145-FEDER-016417) co-funded by FEEI - “Fundos Europeus Estruturais e de Investimento” +from “Programa Operacional Regional Lisboa 2020” and by national funds from FCT - “Fundação para a Ciência e a Tecnologia” and BacGenTrack (TUBITAK/0004/2014) +[FCT/ Scientific and Technological Research Council of Turkey (Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araşrrma Kurumu, TÜBITAK)]. + + + @ARTICLE{andrews_s, + author = {Andrews, S}, + keywords = {bioinformatics, ngs, qc}, + title = {{FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data}}, + url = {http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/} + } + 10.1093/bioinformatics/btu135 + 10.1186/gb-2009-10-3-r25 + 10.1038/nmeth.1923 + 10.1099/mgen.0.000146 + @ARTICLE{li-copeland, + author = {Li, M, Copeland, A, and Han, J}, + keywords = {bioinformatics, ngs}, + title = {{DUK – A Fast and Efficient Kmer Based Sequence Matching Tool}}, + url = {https://www.osti.gov/servlets/purl/1016000/} + } + @ARTICLE{edwards_ra, + author = {Edwards, RA}, + keywords = {bioinformatics, ngs}, + title = {{fastq-pair}}, + url = {https://github.com/linsalrob/EdwardsLab/} + } + 10.1089/cmb.2012.0021 + 10.1186/1471-2105-10-421 + 10.1186/s13742-015-0080-7 + 10.1128/JCM.00008-15 + + diff -r 000000000000 -r 965517909457 report_head.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/report_head.html Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,24 @@ +EURL VTEC WGS PT summary report + +


    + diff -r 000000000000 -r 965517909457 report_head2.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/report_head2.html Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,2 @@ +
    ARIES +ISS-EURL VTEC

    Istituto Superiore di Sanità

    +Department of Food Safety, Nutrition and Veterinary Public Health
    European Union Reference Laboratory for E. coli
    diff -r 000000000000 -r 965517909457 report_tail.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/report_tail.html Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,2 @@ +
    + diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/.gitattributes --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/.gitattributes Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,17 @@ +# Auto detect text files and perform LF normalization +* text=auto + +# Custom for Visual Studio +*.cs diff=csharp + +# Standard to msysgit +*.doc diff=astextplain +*.DOC diff=astextplain +*.docx diff=astextplain +*.DOCX diff=astextplain +*.dot diff=astextplain +*.DOT diff=astextplain +*.pdf diff=astextplain +*.PDF diff=astextplain +*.rtf diff=astextplain +*.RTF diff=astextplain diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/.gitignore --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/.gitignore Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,53 @@ +# mpmachado_stuff - file with different mpmachado stuffs +mpmachado_stuff.* + +# Python stuff +*.py[cod] + +# Windows image file caches +Thumbs.db +ehthumbs.db + +# Folder config file +Desktop.ini + +# Recycle Bin used on file shares +$RECYCLE.BIN/ + +# Windows Installer files +*.cab +*.msi +*.msm +*.msp + +# Windows shortcuts +*.lnk + +# ========================= +# Operating System Files +# ========================= + +# OSX +# ========================= + +.DS_Store +.AppleDouble +.LSOverride + +# Thumbnails +._* + +# Files that might appear in the root of a volume +.DocumentRevisions-V100 +.fseventsd +.Spotlight-V100 +.TemporaryItems +.Trashes +.VolumeIcon.icns + +# Directories potentially created on remote AFP share +.AppleDB +.AppleDesktop +Network Trash Folder +Temporary Items +.apdisk diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/__init__.py diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/__init__.pyc Binary file scripts/ReMatCh/modules/__init__.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/checkMLST.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/checkMLST.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,215 @@ +import sys +import os +import urllib2 +import urllib +import csv +from glob import glob +import re +import functools +try: + import xml.etree.cElementTree as ET +except ImportError: + import xml.etree.ElementTree as ET +import utils +import rematch_module + + +def determine_species(species): + species = species.lower().split(' ') + + if len(species) >= 2: + species = species[:2] + if species[1] in ('spp', 'spp.', 'complex'): + species = [species[0]] + + return species + + +def check_existing_schema(species, schema_number, script_path): + species = determine_species(species) + + if schema_number is None: + schema_number = '' + else: + schema_number = '#' + str(schema_number) + + mlst_schemas_folder = os.path.join(os.path.dirname(script_path), 'modules', 'mlst_schemas', '') + reference = [] + files = [f for f in os.listdir(mlst_schemas_folder) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(mlst_schemas_folder, f))] + for file_found in files: + file_path = os.path.join(mlst_schemas_folder, file_found) + if file_found.startswith('_'.join(species) + schema_number) and file_found.endswith('.fasta'): + reference = file_path + + if len(reference) > 1: + if schema_number == '': + schema_number = '#1' + for scheme in reference: + if os.path.splitext(scheme)[0].endswith(schema_number): + reference = [scheme] + break + if len(reference) == 0: + reference = None + elif len(reference) == 1: + reference = reference[0] + return reference + + +def write_mlst_reference(species, mlst_sequences, outdir, time_str): + print 'Writing MLST alleles as reference_sequences' + '\n' + reference_file = os.path.join(outdir, str(species.replace('/', '_').replace(' ', '_') + '.' + time_str + '.fasta')) + with open(reference_file, 'wt') as writer: + for header, sequence in mlst_sequences.items(): + writer.write('>' + header + '\n') + fasta_sequence_lines = rematch_module.chunkstring(sequence, 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + return reference_file + + +def getST(mlst_dicts, dict_sequences): + SequenceDict = mlst_dicts[0] + STdict = mlst_dicts[1] + lociOrder = mlst_dicts[2] + + alleles_profile = ['-'] * len(lociOrder) + for x, sequence_data in dict_sequences.items(): + if sequence_data['header'] not in SequenceDict: + print sequence_data['header'] + ' not found between consensus sequences!' + break + if sequence_data['sequence'] in SequenceDict[sequence_data['header']].keys(): + allele_number = SequenceDict[sequence_data['header']][sequence_data['sequence']] + alleles_profile[lociOrder.index(sequence_data['header'])] = allele_number + else: + for sequence_st, allele_number in SequenceDict[sequence_data['header']].items(): + if sequence_st in sequence_data['sequence']: + alleles_profile[lociOrder.index(sequence_data['header'])] = allele_number + + alleles_profile = ','.join(alleles_profile) + st = '-' + if alleles_profile in STdict: + st = STdict[alleles_profile] + + return st, alleles_profile + + +downloadPubMLST = functools.partial(utils.timer, name='Download PubMLST module') + + +@downloadPubMLST +def downloadPubMLSTxml(originalSpecies, schema_number, outdir): + print 'Searching MLST database for ' + originalSpecies + + xmlURL = 'http://pubmlst.org/data/dbases.xml' + try: + content = urllib2.urlopen(xmlURL) + xml = content.read() + tree = ET.fromstring(xml) + except: + print "Ooops! There might be a problem with the PubMLST service, try later or check if the xml is well formated at " + xmlURL + raise + + xmlData = {} + + if schema_number is None: + schema_number = 1 + + success = 0 + for scheme in tree.findall('species'): + species_scheme = scheme.text.splitlines()[0].rsplit('#', 1) + number_scheme = species_scheme[1] if len(species_scheme) == 2 else 1 + species_scheme = species_scheme[0] + if determine_species(species_scheme) == determine_species(originalSpecies): + if schema_number == number_scheme: + success += 1 + xmlData[scheme.text.strip()] = {} + for info in scheme: # mlst + for database in info: # database + for retrievedDate in database.findall('retrieved'): + retrieved = retrievedDate.text + xmlData[scheme.text.strip()][retrieved] = [] + for profile in database.findall('profiles'): + profileURl = profile.find('url').text + xmlData[scheme.text.strip()][retrieved].append(profileURl) + for lociScheme in database.findall('loci'): + loci = {} + for locus in lociScheme: + locusID = locus.text + for locusInfo in locus: + locusUrl = locusInfo.text + loci[locusID.strip()] = locusUrl + xmlData[scheme.text.strip()][retrieved].append(loci) + if success == 0: + sys.exit("\tError. No schema found for %s. Please refer to https://pubmlst.org/databases/" % (originalSpecies)) + elif success > 1: + keys = xmlData.keys() + keys = sorted(keys) + print "\tWarning. More than one schema found for %s. only keeping the first one... %s" % (originalSpecies, keys[0]) + for key in keys[1:]: + del xmlData[key] + + pubmlst_dir = os.path.join(outdir, 'pubmlst', '') + if not os.path.isdir(pubmlst_dir): + os.makedirs(pubmlst_dir) + + for SchemaName, info in xmlData.items(): + STdict = {} + SequenceDict = {} + mlst_sequences = {} + + species_name = '_'.join(determine_species(SchemaName)).replace('/', '_') + + for RetrievalDate, URL in info.items(): + schema_date = species_name + '_' + RetrievalDate + outDit = os.path.join(pubmlst_dir, schema_date) # compatible with windows? See if it already exists, if so, break + + if os.path.isdir(outDit): + pickle = os.path.join(outDit, str(schema_date + '.pkl')) + if os.path.isfile(pickle): + print "\tschema files already exist for %s" % (SchemaName) + mlst_dicts = utils.extractVariableFromPickle(pickle) + SequenceDict = mlst_dicts[0] + for lociName, alleleSequences in SequenceDict.items(): + for sequence in alleleSequences: + if lociName not in mlst_sequences.keys(): + mlst_sequences[lociName] = sequence + else: + break + return mlst_dicts, mlst_sequences + + elif any(species_name in x for x in os.listdir(pubmlst_dir)): + print "Older version of %s's scheme found! Deleting..." % (SchemaName) + for directory in glob(str(pubmlst_dir + str(species_name + '_*'))): + utils.removeDirectory(directory) + os.makedirs(outDit) + else: + os.makedirs(outDit) + + contentProfile = urllib2.urlopen(URL[0]) + profileFile = csv.reader(contentProfile, delimiter='\t') + header = profileFile.next() # skip header + try: + indexCC = header.index('clonal_complex') if 'clonal_complex' in header else header.index('CC') + except: + indexCC = len(header) + lociOrder = header[1:indexCC] + for row in profileFile: + ST = row[0] + alleles = ','.join(row[1:indexCC]) + STdict[alleles] = ST + for lociName, lociURL in URL[1].items(): + if lociName not in SequenceDict.keys(): + SequenceDict[lociName] = {} + url_file = os.path.join(outDit, lociURL.rsplit('/', 1)[1]) + urllib.urlretrieve(lociURL, url_file) + sequences, ignore, ignore = rematch_module.get_sequence_information(url_file, 0) + for key in sequences.keys(): + header = re.sub("\D", "", sequences[key]['header']) + sequence = sequences[key]['sequence'].upper() + SequenceDict[lociName][sequence] = header + if lociName not in mlst_sequences.keys(): + mlst_sequences[lociName] = sequence + os.remove(url_file) + mlst_dicts = [SequenceDict, STdict, lociOrder] + utils.saveVariableToPickle(mlst_dicts, outDit, schema_date) + return mlst_dicts, mlst_sequences diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/checkMLST.pyc Binary file scripts/ReMatCh/modules/checkMLST.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/download.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/download.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,432 @@ +import utils +import os.path +import multiprocessing +import sys +import functools +import time + + +def getReadRunInfo(ena_id): + import urllib + + url = 'http://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=' + ena_id + '&result=read_run' + + readRunInfo = None + try: + url = urllib.urlopen(url) + readRunInfo = url.read().splitlines() + if len(readRunInfo) <= 1: + readRunInfo = None + except Exception as error: + print error + + return readRunInfo + + +def getDownloadInformation(readRunInfo): + header_line = readRunInfo[0].split('\t') + info_line = readRunInfo[1].split('\t') + + downloadInformation = {'fastq': None, 'submitted': None, 'cram_index': None} + download_types = ['aspera', 'ftp'] + + for i in range(0, len(header_line)): + header = header_line[i].lower().rsplit('_', 1) + if header[0] in downloadInformation.keys(): + if header[1] in download_types: + if len(info_line[i]) > 0: + files_path = info_line[i].split(';') + if len(files_path) > 2: + print 'WARNING: Were found more files than expected in ' + header[1] + ' download links!' + if downloadInformation[header[0]] is None: + downloadInformation[header[0]] = {} + downloadInformation[header[0]][header[1]] = files_path + + return downloadInformation + + +def getSequencingInformation(readRunInfo): + header_line = readRunInfo[0].split('\t') + info_line = readRunInfo[1].split('\t') + + sequencingInformation = {'run_accession': None, 'instrument_platform': None, 'instrument_model': None, 'library_layout': None, 'library_source': None, 'extra_run_accession': None, 'nominal_length': None, 'read_count': None, 'base_count': None} + + for i in range(0, len(header_line)): + header = header_line[i].lower() + if header in sequencingInformation.keys(): + if len(info_line[i]) > 0: + sequencingInformation[header] = info_line[i] + + if len(readRunInfo) > 2: + extra_run_accession = [] + for i in range(2, len(readRunInfo)): + info = readRunInfo[i].split('\t') + for j in range(0, len(header_line)): + header = header_line[j].lower() + if header == 'run_accession': + if len(info[j]) > 0: + extra_run_accession.append(info[j]) + if len(extra_run_accession) >= 1: + sequencingInformation['extra_run_accession'] = ','.join(extra_run_accession) + + return sequencingInformation + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def downloadWithAspera(aspera_file_path, asperaKey, outdir, pickle_prefix): + command = ['ascp', '-QT', '-l', '300m', '-P33001', '-i', asperaKey, str('era-fasp@' + aspera_file_path), outdir] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, 3600, True) + + utils.saveVariableToPickle(run_successfully, outdir, str(pickle_prefix + '.' + aspera_file_path.rsplit('/', 1)[1])) + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def downloadWithWget(ftp_file_path, outdir, pickle_prefix): + file_download = ftp_file_path.rsplit('/', 1)[1] + command = ['wget', '--tries=2', ftp_file_path, '-O', os.path.join(outdir, file_download)] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, 3600, True) + + utils.saveVariableToPickle(run_successfully, outdir, str(pickle_prefix + '.' + file_download)) + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def downloadWithCurl(ftp_file_path, outdir, pickle_prefix): + file_download = ftp_file_path.rsplit('/', 1)[1] + command = ['curl', '--retry', '2', ftp_file_path, '-O', os.path.join(outdir, file_download)] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, 3600, True) + + utils.saveVariableToPickle(run_successfully, outdir, str(pickle_prefix + '.' + file_download)) + + +def getPickleRunSuccessfully(directory, pickle_prefix): + run_successfully = True + read_pickle = False + + files = findFiles(directory, pickle_prefix, '.pkl') + if files is not None: + for file_found in files: + if run_successfully: + run_successfully = utils.extractVariableFromPickle(file_found) + read_pickle = True + + os.remove(file_found) + + if not read_pickle: + run_successfully = False + + return run_successfully + + +def curl_installed(): + command = ['which', 'curl'] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, False) + return run_successfully + + +def download(downloadInformation_type, asperaKey, outdir): + pickle_prefix = 'download' + + run_successfully = False + + if asperaKey is not None and downloadInformation_type['aspera'] is not None: + pool = multiprocessing.Pool(processes=2) + for file_download in downloadInformation_type['aspera']: + pool.apply_async(downloadWithAspera, args=(file_download, asperaKey, outdir, pickle_prefix,)) + pool.close() + pool.join() + + run_successfully = getPickleRunSuccessfully(outdir, pickle_prefix) + + if downloadInformation_type['ftp'] is not None and not run_successfully: + if curl_installed(): + pool = multiprocessing.Pool(processes=2) + for file_download in downloadInformation_type['ftp']: + pool.apply_async(downloadWithCurl, args=(file_download, outdir, pickle_prefix,)) + pool.close() + pool.join() + run_successfully = getPickleRunSuccessfully(outdir, pickle_prefix) + if not run_successfully: + pool = multiprocessing.Pool(processes=2) + for file_download in downloadInformation_type['ftp']: + pool.apply_async(downloadWithWget, args=(file_download, outdir, pickle_prefix,)) + pool.close() + pool.join() + run_successfully = getPickleRunSuccessfully(outdir, pickle_prefix) + + return run_successfully + + +def downloadFiles(downloadInformation, asperaKey, outdir, download_cram_bam_True): + run_successfully = False + cram_index_run_successfully = False + + if downloadInformation['fastq'] is not None: + run_successfully = download(downloadInformation['fastq'], asperaKey, outdir) + + if not run_successfully: + if downloadInformation['submitted'] is not None: + if not download_cram_bam_True: + cram_bam = False + for i in downloadInformation['submitted']: + if downloadInformation['submitted'][i][0].endswith(('.cram', '.bam')): + cram_bam = True + break + if not cram_bam: + run_successfully = download(downloadInformation['submitted'], asperaKey, outdir) + + elif download_cram_bam_True: + run_successfully = download(downloadInformation['submitted'], asperaKey, outdir) + if run_successfully and downloadInformation['cram_index'] is not None: + cram_index_run_successfully = download(downloadInformation['cram_index'], asperaKey, outdir) + + return run_successfully, cram_index_run_successfully + + +def sortAlignment(alignment_file, output_file, sortByName_True, threads): + outFormat_string = os.path.splitext(output_file)[1][1:].lower() + command = ['samtools', 'sort', '-o', output_file, '-O', outFormat_string, '', '-@', str(threads), alignment_file] + if sortByName_True: + command[6] = '-n' + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + + if not run_successfully: + output_file = None + + return run_successfully, output_file + + +def alignmentToFastq(alignment_file, outdir, threads, pair_end_type): + fastq_basename = os.path.splitext(alignment_file)[0] + outfiles = None + bamFile = fastq_basename + '.temp.bam' + # sort cram + run_successfully, bamFile = sortAlignment(alignment_file, bamFile, True, threads) + if run_successfully: + command = ['samtools', 'fastq', '', bamFile] + if pair_end_type.lower() == 'paired': + command[2] = '-1 ' + str(fastq_basename + '_1.fq') + ' -2 ' + str(fastq_basename + '_2.fq') + elif pair_end_type == 'single': + command[2] = '-0 ' + str(fastq_basename + '.fq') + + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + if run_successfully: + if pair_end_type.lower() == 'paired': + outfiles = [str(fastq_basename + '_1.fq'), str(fastq_basename + '_2.fq')] + elif pair_end_type.lower() == 'single': + outfiles = [str(fastq_basename + '.fq')] + + if os.path.isfile(bamFile): + os.remove(bamFile) + + return run_successfully, outfiles + + +def formartFastqHeaders(in_fastq_1, in_fastq_2): + import itertools + + out_fastq_1 = in_fastq_1 + '.temp' + out_fastq_2 = in_fastq_2 + '.temp' + writer_in_fastq_1 = open(out_fastq_1, 'wt') + writer_in_fastq_2 = open(out_fastq_2, 'wt') + outfiles = [out_fastq_1, out_fastq_2] + with open(in_fastq_1, 'rtU') as reader_in_fastq_1, open(in_fastq_2, 'rtU') as reader_in_fastq_2: + plus_line = True + quality_line = True + number_reads = 0 + for in_1, in_2 in itertools.izip(reader_in_fastq_1, reader_in_fastq_2): + if len(in_1) > 0: + in_1 = in_1.splitlines()[0] + in_2 = in_2.splitlines()[0] + if in_1.startswith('@') and plus_line and quality_line: + if in_1 != in_2: + sys.exit('The PE fastq files are not aligned properly!') + in_1 += '/1' + '\n' + in_2 += '/2' + '\n' + writer_in_fastq_1.write(in_1) + writer_in_fastq_2.write(in_2) + plus_line = False + quality_line = False + elif in_1.startswith('+') and not plus_line: + in_1 += '\n' + writer_in_fastq_1.write(in_1) + writer_in_fastq_2.write(in_1) + plus_line = True + elif plus_line and not quality_line: + in_1 += '\n' + in_2 += '\n' + writer_in_fastq_1.write(in_1) + writer_in_fastq_2.write(in_2) + writer_in_fastq_1.flush() + writer_in_fastq_2.flush() + number_reads += 1 + quality_line = True + else: + in_1 += '\n' + in_2 += '\n' + writer_in_fastq_1.write(in_1) + writer_in_fastq_2.write(in_2) + return number_reads, outfiles + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def gzipFiles(file_2_compress, pickle_prefix, outdir): + out_file = None + if file_2_compress.endswith('.temp'): + out_file = os.path.splitext(file_2_compress)[0] + else: + out_file = file_2_compress + + command = ['gzip', '--stdout', '--best', file_2_compress, '>', str(out_file + '.gz')] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, True, None, True) + if run_successfully: + os.remove(file_2_compress) + + utils.saveVariableToPickle(run_successfully, outdir, str(pickle_prefix + '.' + os.path.basename(file_2_compress))) + + +def findFiles(directory, prefix, suffix): + list_files_found = [] + files = [f for f in os.listdir(directory) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(directory, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith(prefix) and file_found.endswith(suffix): + file_path = os.path.join(directory, file_found) + list_files_found.append(file_path) + + if len(list_files_found) == 0: + list_files_found = None + + return list_files_found + + +def compressFiles(fastq_files, outdir, threads): + pickle_prefix = 'compress' + compressed_fastq_files = None + + pool = multiprocessing.Pool(processes=threads) + for fastq in fastq_files: + pool.apply_async(gzipFiles, args=(fastq, pickle_prefix, outdir,)) + pool.close() + pool.join() + + run_successfully = getPickleRunSuccessfully(outdir, pickle_prefix) + if run_successfully: + compressed_fastq_files = findFiles(outdir, '', '.gz') + + return run_successfully, compressed_fastq_files + + +def bamCram_2_fastq(alignment_file, outdir, threads, pair_end_type): + run_successfully, fastq_files = alignmentToFastq(alignment_file, outdir, threads, pair_end_type) + if run_successfully: + if pair_end_type.lower() == 'paired': + number_reads, fastq_files = formartFastqHeaders(fastq_files[0], fastq_files[1]) + + run_successfully, fastq_files = compressFiles(fastq_files, outdir, threads) + + return run_successfully, fastq_files + + +def check_correct_links(downloadInformation): + for i in downloadInformation: + if downloadInformation[i] is not None: + if downloadInformation[i]['aspera'] is not None: + for j in range(0, len(downloadInformation[i]['aspera'])): + if downloadInformation[i]['aspera'][j].startswith('fasp.sra.ebi.ac.uk/'): + downloadInformation[i]['aspera'][j] = downloadInformation[i]['aspera'][j].replace('fasp.sra.ebi.ac.uk/', 'fasp.sra.ebi.ac.uk:/', 1) + if downloadInformation[i]['ftp'] is not None: + for j in range(0, len(downloadInformation[i]['ftp'])): + if '#' in downloadInformation[i]['ftp'][j]: + downloadInformation[i]['ftp'][j] = downloadInformation[i]['ftp'][j].replace('#', '%23') + return downloadInformation + + +def get_fastq_files(download_dir, cram_index_run_successfully, threads, download_paired_type): + run_successfully = False + downloaded_files = findFiles(download_dir, '', '') + if cram_index_run_successfully: + cram_file = None + for i in downloaded_files: + if i.endswith('.cram'): + cram_file = i + run_successfully, downloaded_files = bamCram_2_fastq(cram_file, download_dir, threads, download_paired_type) + else: + if len(downloaded_files) > 0: + run_successfully = True + + return run_successfully, downloaded_files + + +def rename_move_files(list_files, new_name, outdir, download_paired_type): + list_new_files = {} + run_successfully = False + + for i in range(0, len(list_files)): + temp_name = utils.rchop(os.path.basename(list_files[i]), 'astq.gz') + if len(temp_name) == len(os.path.basename(list_files[i])): + temp_name = utils.rchop(os.path.basename(list_files[i]), 'q.gz') + if download_paired_type.lower() == 'paired': + if temp_name.endswith(('_R1_001.f', '_1.f')): + list_new_files[i] = os.path.join(outdir, new_name + '_1.fq.gz') + elif temp_name.endswith(('_R2_001.f', '_2.f')): + list_new_files[i] = os.path.join(outdir, new_name + '_2.fq.gz') + else: + if not temp_name.endswith(('_R1_001.f', '_R2_001.f')): + list_new_files[i] = os.path.join(outdir, new_name + '.fq.gz') + if temp_name.endswith(('_1.f', '_2.f')): + print 'WARNING: possible single-end file conflict with pair-end (' + list_files[i] + ')!' + + if len(list_new_files) == 2 and download_paired_type.lower() == 'paired': + run_successfully = True + elif len(list_new_files) == 1 and download_paired_type.lower() == 'single': + run_successfully = True + + if run_successfully: + try: + for i in range(0, len(list_files)): + if i not in list_new_files: + if os.path.isfile(list_files[i]): + os.remove(list_files[i]) + else: + os.rename(list_files[i], list_new_files[i]) + list_new_files = list_new_files.values() + except Exception as e: + print e + run_successfully = False + + if not run_successfully: + list_new_files = None + + return run_successfully, list_new_files + + +download_timer = functools.partial(utils.timer, name='Download module') + + +@download_timer +def runDownload(ena_id, download_paired_type, asperaKey, outdir, download_cram_bam_True, threads, instrument_platform): + download_dir = os.path.join(outdir, 'download', '') + utils.removeDirectory(download_dir) + os.mkdir(download_dir) + + run_successfully = False + downloaded_files = None + sequencingInformation = {'run_accession': None, 'instrument_platform': None, 'instrument_model': None, 'library_layout': None, 'library_source': None, 'extra_run_accession': None, 'nominal_length': None, 'read_count': None, 'base_count': None, 'date_download': None} + + readRunInfo = getReadRunInfo(ena_id) + if readRunInfo is not None: + downloadInformation = getDownloadInformation(readRunInfo) + downloadInformation = check_correct_links(downloadInformation) + sequencingInformation = getSequencingInformation(readRunInfo) + sequencingInformation['date_download'] = time.strftime("%Y-%m-%d") + + if instrument_platform.lower() == 'all' or (sequencingInformation['instrument_platform'] is not None and sequencingInformation['instrument_platform'].lower() == instrument_platform.lower()): + if download_paired_type.lower() == 'both' or (sequencingInformation['library_layout'] is not None and sequencingInformation['library_layout'].lower() == download_paired_type.lower()): + run_successfully, cram_index_run_successfully = downloadFiles(downloadInformation, asperaKey, download_dir, download_cram_bam_True) + if run_successfully: + run_successfully, downloaded_files = get_fastq_files(download_dir, cram_index_run_successfully, threads, sequencingInformation['library_layout']) + if run_successfully and downloaded_files is not None: + run_successfully, downloaded_files = rename_move_files(downloaded_files, sequencingInformation['run_accession'], outdir, sequencingInformation['library_layout']) + + utils.removeDirectory(download_dir) + + return run_successfully, downloaded_files, sequencingInformation diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/download.pyc Binary file scripts/ReMatCh/modules/download.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/mlst_schemas/escherichia_coli#1.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/mlst_schemas/escherichia_coli#1.fasta Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,87 @@ +>recA +GTGGAAACCATCTCTACCGGTTCGCTTTCACTGGATATCGCGCTTGGGGCAGGTGGTCTGCCGATGGGCCGTATCGTCGA +AATCTACGGACCGGAATCTTCCGGTAAAACCACGCTGACGCTGCAGGTGATCGCCGCAGCGCAGCGTGAAGGTAAAACCT +GTGCGTTTATCGATGCTGAACACGCGCTGGACCCAATCTACGCACGTAAACTGGGCGTCGATATCGACAACCTGCTGTGC +TCCCAGCCGGACACCGGCGAGCAGGCACTGGAAATCTGTGACGCCCTGGCGCGTTCTGGCGCAGTAGACGTTATCGTCGT +TGACTCCGTGGCGGCACTGACGCCGAAAGCGGAAATCGAAGGCGAAATCGGCGACTCTCACATGGGCCTTGCGGCACGTA +TGATGAGCCAGGCGATGCGTAAGCTGGCGGGTAACCTGAAGCAGTCCAACACGCTGCTGATCTTCATCAACCAGATCCGT +ATGAAAATTGGTGTGATGTTCGGTAACCCGGAAACCACTACCGGTGGTAACGCGCTGAAATTCTACGCCTCTGTTCGTCT +CGACATCCGTCGTATCGGCGCGGTGAAAGAGGGCGAAAACGTGGTGGGTAGCGAAACCCGCGTGAAAGTGGTGAAGAACA +AAATCGCTGCGCCGTTTAAACAGGCTGAATTCCAGATCCTCTACGGCGAAGGTATCAACTTCTACGGCGAACTGGTTGAC +CTGGGCGTAAAAGAGAAGCTGATCGAGAAAGCAGGCGCGTGGTACAGCTACAAAGGTGAGAAGATCGGTCAGGGTAAAGC +GAATGCGACTGCCTGGCTGAAAGATAACCCGGAAACCGCGAAAGAGATCGAGAAGAAAGTACGTGAGTTGCTGCTGAGCA +ACCCGAACTCAACGCCGGATTTCTCTGTAG +>purA +TGAAAAAACCGTTCTCCATCTTATTCCATCAGGTATTCTCCGCGAGAATGTAACCAGCATCATCGGTAACGGTGTTGTGC +TGTCTCCGGCCGCGCTGATGAAAGAGATGAAAGAACTGGAAGACCGTGGCATCCCCGTTCGTGAGCGTCTGCTGCTGTCT +GAAGCATGTCCGCTGATCCTTGATTATCACGTTGCGCTGGATAACGCGCGTGAGAAAGCGCGTGGCGCGAAAGCGATCGG +CACCACCGGTCGTGGTATCGGGCCTGCTTATGAAGATAAAGTAGCACGTCGCGGTCTGCGTGTTGGCGACCTTTTCGACA +AAGAAACCTTCGCTGAAAAACTGAAAGAAGTGATGGAATATCACAACTTCCAGTTGGTTAACTACTACAAAGCTGAAGCG +GTTGATTACCAGAAAGTTCTGGATGATACGATGGCTGTTGCCGACATCCTGACTTCTATGGTGGTTGACGTTTCTGACCT +GCTCGACCAGGCGCGTCAGCGTGGCGATTTCGTCATGTTTGAAGGTGCGCAGGGTACGCTGCTGGATATCGACCACGGTA +CTTATCCGTACGTAACTTCTTCCAACACCACTGCTGGTGGCGTGGCGACCGGTTCCGGCCTGGGCCCGCGTTATGTTGAT +TACGTTCTGGGTATCCTCAAAGCTTACTCCACTCGTGTAGGTGCAGGTCCGTTCCCGACCGAACTGTTTGATGAAACTGG +CGAGTTCCTCTGCAAGCAGGGTAACGAATTCGGCGCAACTACGGGGCGTCGTCGTCGTACCGGCTGGCTGGACACCGTTG +CCGTTCGTCGTGCGGTACAGCTGAACTCCCTGTCTGGCTTCTGCCTGACTAAACTGGACGTTCTGGATGGCCTGAAAG +>mdh +GTATTGGCCAGGCGCTTGCACTACTGTTAAAAACCCAACTGCCTTCAGGTTCAGAACTCTCTCTGTATGATATCGCTCCA +GTGACTCCCGGTGTGGCTGTCGATCTGAGCCATATCCCTACTGCTGTGAAAATCAAAGGTTTTTCTGGTGAAGATGCGAC +TCCGGCGCTGGAAGGCGCAGATGTCGTTCTTATCTCTGCAGGCGTAGCGCGTAAACCGGGTATGGATCGTTCCGACCTGT +TTAACGTTAACGCCGGCATCGTGAAAAACCTGGTACAGCAAGTTGCGAAAACCTGCCCGAAAGCGTGCATTGGTATTATC +ACTAACCCGGTTAACACCACAGTTGCAATTGCTGCTGAAGTGCTGAAAAAAGCCGGTGTTTATGACAAAAACAAACTGTT +CGGCGTTACCACGCTGGATATCATTCGTTCCAACACCTTTGTTGCGGAACTGAAAGGCAAACAGCCAGGCGAAGTTGAAG +TGCCGGTTATTGGCGGTCACTCTGGTGTTACCATTCTGCCGCTGCTGTCACAGGTTCCTGGCGTTAGTTTTACCGAGCAG +GAAGTGGCTGATCTGACCAAACGCATCCAGAACGCGGGTACTGAAGTGGTTGAAGCGAAGGCCGGTGGCGGGTCTGCAAC +CCTGTCTATGGGCCAGGCAGCTGCACGTTTTGGTCTGTCTCTGGTTCGTGCACTGCAGGGCGAACAAGGCGTTGTCGAAT +GTGCCTACGTTGAAGGCGACGGTCAGTACGCCCGTTTCTTCTCTCAACCGCTGCTGCTGGGTAAAAACGGCGTGGAAGAG +CGTAAATCTATCGGTACCCTGAGCGCATTTGAACAGAACGCGCTGGAAGGTA +>icd +CATATGCAACGTGGTGGCAGACGAGCAAACCAGTAGCGCTCGAAGGAGAGGTGAATGGAAAGTAAAGTAGTTGTTCCGGC +ACAAGGCAAGAAGATCACCCTGCAAAACGGCAAACTCAACGTTCCTGAAAATCCGATTATCCCTTACATTGAAGGTGATG +GAATCGGTGTAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAA +ATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCT +TGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACG +TTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAA +CACCCTGAACTGACCGATATGGTTATCTTCCGTGAAAACTCGGAAGACATTTATGCGGGTATCGAATGGAAAGCAGACTC +TGCCGACGCCGAGAAAGTGATTAAATTCCTGCGTGAAGAGATGGGGGTGAAGAAAATTCGCTTCCCGGAACATTGTGGTA +TCGGTATTAAGCCGTGTTCGGAAGAAGGCACCAAACGTCTGGTTCGTGCAGCGATCGAATACGCAATTGCTAACGATCGT +GACTCTGTGACTCTGGTGCACAAAGGCAACATCATGAAGTTCACCGAAGGAGCGTTTAAAGACTGGGGCTACCAGCTGGC +GCGTGAAGAGTTTGGCGGTGAACTGATCGACGGTGGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCG +TCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAG +>gyrB +CTATCGACGAAGCGCTCGCGGGTCACTGTAAAGAAATTATCGTCACCATTCACGCCGATAACTCTGTCTCTGTACAGGAT +GACGGGCGCGGCATTCCGACCGGTATTCACCCGGAAGAGGGCGTATCGGCGGCGGAAGTGATCATGACCGTTCTGCACGC +AGGCGGTAAATTTGACGATAACTCCTATAAAGTGTCCGGCGGTCTGCACGGCGTTGGTGTTTCGGTAGTAAACGCCCTGT +CGCAAAAACTGGAGCTGGTTATCCAGCGCGAGGGTAAAATTCACCGTCAGATCTACGAACACGGTGTACCGCAGGCCCCG +CTGGCGGTTACCGGCGAGACTGAAAAAACCGGCACCATGGTGCGTTTCTGGCCCAGCCTCGAAACCTTCACCAATGTGAC +CGAGTTCGAATATGAAATTCTGGCGAAACGTCTGCGTGAGTTGTCGTTCCTCAACTCCGGCGTTTCCATTCGTCTGCGCG +ACAAGCGCGACGGCAAAGAAGACCACTTCCACTATGAAGGCGGCATCAAGGCGTTCGTTGAATATCTGAACAAGAACAAA +ACGCCGATCCACCCGAATATCTTCTACTTCTCCACTGAAAAAGACGGTATTGGCGTCGAAGTGGCGTTGCAGTGGAACGA +TGGCTTCCAGGAAAACATCTACTGCTTTACCAACAACATTCCGCAGCGTGACGGCGGTACTCACCTGGCAGGCTTCCGTG +CGGCGATGACCCGTACCCTGAACGCCTACATGGACAAAGAAGGCTACAGCAAAAAAGCCAAAGTCAGCGCCACCGGTGAC +GATGCGCGTGAAGGCCTGATTGCGGTCGTTTCCGTGAAAGTGCCGGACCCGAAATTCTCC +>fumC +AGTACGCAGCGAAAAAGATTCGATGGGGGCGATTGATGTCCCGGCAGATAAGCTGTGGGGCGCACAAACTCAACGCTCGC +TGGAGCATTTCCGCATTTCGACGGAGAAAATGCCCACCTCACTGATTCATGCGCTGGCGCTAACCAAGCGTGCAGCGGCA +AAAGTTAATGAAGATTTAGGCTTGTTGTCTGAAGAGAAAGCGAGCGCCATTCGTCAGGCGGCGGATGAAGTACTGGCAGG +ACAGCATGACGACGAATTCCCGCTGGCTATCTGGCAGACCGGCTCCGGCACGCAAAGTAACATGAACATGAACGAAGTGC +TGGCTAACCGGGCCAGTGAATTACTCGGCGGTGTGCGCGGGATGGAACGTAAAGTTCACCCTAACGACGACGTGAACAAA +AGCCAAAGTTCCAACGATGTCTTTCCGACGGCGATGCACGTTGCGGCGCTGCTGGCGCTGCGCAAGCAACTCATTCCTCA +GCTTAAAACCCTGACACAGACACTGAATGAGAAATCCCGTGCTTTTGCCGATATCGTCAAAATTGGTCGTACTCACTTGC +AGGATGCCACGCCGTTAACGCTGGGGCAGGAGATTTCCGGCTGGGTAGCGATGCTCGAGCATAATCTCAAACATATCGAA +TACAGCCTGCCTCACGTAGCGGAACTGGCTCTTGGCGGTACAGCGGTGGGTACTGGACTAAATACCCATCCGGAGTATGC +GCGTCGCGTAGCAGATGAACTGGCAGTCATTACCTGTGCACCGTTTGTTACCGCGCCGAACAAATTTGAAGCGCTGGCGA +CCTGTGATGCCCTGGTTCAGGCGCACGGCGCGTTGAAAGGGTTGGCTGCGTCACTGATGAAAATCGCCA +>adk +TGACCTTCGTGTCATCCGGCATTTTTCTTTTCATCATCTGCACTTTCCGCAAATTATCTCGCCATTAACCGTTTCAGCCC +CAGGTGCCTTTCTTGAGGCAATCGCCTGTTGGTGGTATCGTTTATCGCTTTTTCAAAAAATTCGACACATTTTAAGGGGA +TTTTCGCAATGCGTATCATTCTGCTTGGCGCTCCGGGCGCGGGGAAAGGGACTCAGGCTCAGTTCATCATGGAGAAATAT +GGTATTCCGCAAATCTCCACTGGCGATATGCTGCGTGCTGCGGTCAAATCTGGCTCCGAGCTGGGTAAACAAGCAAAAGA +CATTATGGATGCTGGCAAACTGGTCACCGACGAACTGGTGATCGCGCTGGTTAAAGAGCGCATTGCTCAGGAAGACTGCC +GTAATGGTTTCCTGTTGGACGGCTTCCCGCGTACCATTCCGCAGGCAGACGCGATGAAAGAAGCGGGCATCAATGTTGAT +TACGTTCTGGAATTCGACGTACCGGACGAACTGATCGTTGACCGTATCGTCGGTCGCCGCGTTCATGCGCCGTCTGGTCG +TGTTTATCACGTTAAATTCAATCCGCCGAAAGTAGAAGGCAAAGACGACGTTACCGGTGAAGAACTGACTACCCGTAAAG +ATGATCAGGAAGAGACCGTACGTAAACGTCTGGTTGAATACCATCAGATGACAGCACCGCTGATCGGCTACTACTCCAAA +GAAGCAGAAGCGGGTAATACCAAATACGCGAAAGTTGACGGCACCAAGCCGGTTGCTGAAGTTCGCGCTGATCTGGAAAA +AATCCTCGGCTAATTCGAAAGCGCGCACGGACAGTCCCCTCGCCCCCTCGGGGAGAGGGTTAGGGTGAGGGGAACAGGCC +CGCACAAGCAAACTTATCAGCAATCTCAGGCCGGATATTCATTCGGCCTTTTACAA diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/rematch_module.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/rematch_module.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,1042 @@ +import os.path +import multiprocessing +import utils +import functools +import sys +import pickle + + +def index_fasta_samtools(fasta, region_None, region_outfile_none, print_comand_True): + command = ['samtools', 'faidx', fasta, '', '', ''] + shell_true = False + if region_None is not None: + command[3] = region_None + if region_outfile_none is not None: + command[4] = '>' + command[5] = region_outfile_none + shell_true = True + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, shell_true, None, print_comand_True) + return run_successfully, stdout + + +# Indexing reference file using Bowtie2 +def indexSequenceBowtie2(referenceFile, threads): + if os.path.isfile(str(referenceFile + '.1.bt2')): + run_successfully = True + else: + command = ['bowtie2-build', '--threads', str(threads), referenceFile, referenceFile] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + return run_successfully + + +# Mapping with Bowtie2 +def mappingBowtie2(fastq_files, referenceFile, threads, outdir, conserved_True, numMapLoc, bowtieOPT): + sam_file = os.path.join(outdir, str('alignment.sam')) + + # Index reference file + run_successfully = indexSequenceBowtie2(referenceFile, threads) + + if run_successfully: + command = ['bowtie2', '-k', str(numMapLoc), '-q', '', '--threads', str(threads), '-x', referenceFile, '', '--no-unal', '', '-S', sam_file] + + if len(fastq_files) == 1: + command[9] = '-U ' + fastq_files[0] + elif len(fastq_files) == 2: + command[9] = '-1 ' + fastq_files[0] + ' -2 ' + fastq_files[1] + else: + return False, None + + if conserved_True: + command[4] = '--sensitive' + else: + command[4] = '--very-sensitive-local' + + if bowtieOPT is not None: + command[11] = bowtieOPT + + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + + if not run_successfully: + sam_file = None + + return run_successfully, sam_file + + +def split_cigar(cigar): + cigars = ['M', 'I', 'D', 'N', 'S', 'H', 'P', '=', 'X'] + + splited_cigars = [] + numbers = '' + for char in cigar: + if char not in cigars: + numbers += char + else: + splited_cigars.append([int(numbers), char]) + numbers = '' + + return splited_cigars + + +def recode_cigar_based_on_base_quality(cigar, bases_quality, softClip_baseQuality, mapping_position, direct_strand_true, softClip_cigarFlagRecode): + cigar = split_cigar(cigar) + soft_left = [] + soft_right = [] + cigar_flags_for_reads_length = ('M', 'I', 'S', '=', 'X') + read_length_without_right_s = sum([cigar_part[0] for cigar_part in cigar if cigar_part[1] in cigar_flags_for_reads_length]) - (cigar[len(cigar) - 1][0] if cigar[len(cigar) - 1][1] == 'S' else 0) + for x, base in enumerate(bases_quality): + if ord(base) - 33 >= softClip_baseQuality: + if x <= cigar[0][0] - 1: + if cigar[0][1] == 'S': + soft_left.append(x) + elif x > read_length_without_right_s - 1: + if cigar[len(cigar) - 1][1] == 'S': + soft_right.append(x) + + left_changed = (False, 0) + if len(soft_left) > 0: + soft_left = min(soft_left) + 1 + if soft_left == 1: + cigar = [[cigar[0][0], softClip_cigarFlagRecode]] + cigar[1:] + left_changed = (True, cigar[0][0]) + elif cigar[0][0] - soft_left > 0: + cigar = [[soft_left, 'S']] + [[cigar[0][0] - soft_left, softClip_cigarFlagRecode]] + cigar[1:] + left_changed = (True, cigar[0][0] - soft_left) + + right_changed = (False, 0) + if len(soft_right) > 0: + soft_right = max(soft_right) + 1 + cigar = cigar[:-1] + if soft_right - read_length_without_right_s > 0: + cigar.append([soft_right - read_length_without_right_s, softClip_cigarFlagRecode]) + right_changed = (True, soft_right - read_length_without_right_s) + if len(bases_quality) - soft_right > 0: + cigar.append([len(bases_quality) - soft_right, 'S']) + + if left_changed[0]: + # if direct_strand_true: + mapping_position = mapping_position - left_changed[1] + # if right_changed[0]: + # if not direct_strand_true: + # mapping_position = mapping_position + right_changed[1] + + return ''.join([str(cigar_part[0]) + cigar_part[1] for cigar_part in cigar]), str(mapping_position) + + +def verify_is_forward_read(sam_flag_bit): + # 64 = 1000000 + forward_read = False + bit = format(sam_flag_bit, 'b').zfill(7) + if bit[-7] == '1': + forward_read = True + return forward_read + + +def verify_mapped_direct_strand(sam_flag_bit): + # 16 = 10000 -> mapped in reverse strand + direct_strand = False + bit = format(sam_flag_bit, 'b').zfill(5) + if bit[-5] == '0': + direct_strand = True + return direct_strand + + +def verify_mapped_tip(reference_length, mapping_position, read_length, cigar): + tip = False + if 'S' in cigar: + cigar = split_cigar(cigar) + if cigar[0][1] == 'S': + if mapping_position - cigar[0][0] < 0: + tip = True + if cigar[len(cigar) - 1][1] == 'S': + if mapping_position + cigar[len(cigar) - 1][0] > reference_length: + tip = True + return tip + + +def change_sam_flag_bit_mapped_reverse_strand_2_direct_strand(sam_flag_bit): + bit = list(format(sam_flag_bit, 'b').zfill(5)) + bit[-5] = '0' + return int(''.join(bit), 2) + + +def change_sam_flag_bit_mate_reverse_strand_2_direct_strand(sam_flag_bit): + bit = list(format(sam_flag_bit, 'b').zfill(6)) + bit[-6] = '0' + return int(''.join(bit), 2) + + +def move_read_mapped_reverse_strand_2_direct_strand(seq, bases_quality, sam_flag_bit, cigar): + seq = utils.reverse_complement(seq) + bases_quality = ''.join(reversed(list(bases_quality))) + sam_flag_bit = change_sam_flag_bit_mapped_reverse_strand_2_direct_strand(sam_flag_bit) + cigar = ''.join([str(cigar_part[0]) + cigar_part[1] for cigar_part in reversed(split_cigar(cigar))]) + return seq, bases_quality, str(sam_flag_bit), cigar + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def parallelized_recode_soft_clipping(line_collection, pickleFile, softClip_baseQuality, sequences_length, softClip_cigarFlagRecode): + lines_sam = [] + for line in line_collection: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if line.startswith('@'): + lines_sam.append(line) + else: + line = line.split('\t') + if not verify_mapped_tip(sequences_length[line[2]], int(line[3]), len(line[9]), line[5]): + line[5], line[3] = recode_cigar_based_on_base_quality(line[5], line[10], softClip_baseQuality, int(line[3]), verify_mapped_direct_strand(int(line[1])), softClip_cigarFlagRecode) + lines_sam.append('\t'.join(line)) + with open(pickleFile, 'wb') as writer: + pickle.dump(lines_sam, writer) + + +def recode_soft_clipping_from_sam(sam_file, outdir, threads, softClip_baseQuality, reference_dict, softClip_cigarFlagRecode): + pickle_files = [] + sequences_length = {} + for x, seq_info in reference_dict.items(): + sequences_length[seq_info['header']] = seq_info['length'] + + with open(sam_file, 'rtU') as reader: + pool = multiprocessing.Pool(processes=threads) + line_collection = [] + x = 0 + for x, line in enumerate(reader): + line_collection.append(line) + if x % 10000 == 0: + pickleFile = os.path.join(outdir, 'remove_soft_clipping.' + str(x) + '.pkl') + pickle_files.append(pickleFile) + pool.apply_async(parallelized_recode_soft_clipping, args=(line_collection, pickleFile, softClip_baseQuality, sequences_length, softClip_cigarFlagRecode,)) + line_collection = [] + if len(line_collection) > 0: + pickleFile = os.path.join(outdir, 'remove_soft_clipping.' + str(x) + '.pkl') + pickle_files.append(pickleFile) + pool.apply_async(parallelized_recode_soft_clipping, args=(line_collection, pickleFile, softClip_baseQuality, sequences_length, softClip_cigarFlagRecode,)) + line_collection = [] + pool.close() + pool.join() + + os.remove(sam_file) + + new_sam_file = os.path.join(outdir, 'alignment_with_soft_clipping_recoded.sam') + with open(new_sam_file, 'wt') as writer: + for pickleFile in pickle_files: + if os.path.isfile(pickleFile): + lines_sam = None + with open(pickleFile, 'rb') as reader: + lines_sam = pickle.load(reader) + if lines_sam is not None: + for line in lines_sam: + writer.write(line + '\n') + os.remove(pickleFile) + + return new_sam_file + + +# Sort alignment file +def sortAlignment(alignment_file, output_file, sortByName_True, threads): + outFormat_string = os.path.splitext(output_file)[1][1:].lower() + command = ['samtools', 'sort', '-o', output_file, '-O', outFormat_string, '', '-@', str(threads), alignment_file] + if sortByName_True: + command[6] = '-n' + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + if not run_successfully: + output_file = None + return run_successfully, output_file + + +# Index alignment file +def indexAlignment(alignment_file): + command = ['samtools', 'index', alignment_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + return run_successfully + + +def mapping_reads(fastq_files, reference_file, threads, outdir, conserved_True, numMapLoc, rematch_run, softClip_baseQuality, softClip_recodeRun, reference_dict, softClip_cigarFlagRecode, bowtieOPT): + # Create a symbolic link to the reference_file + reference_link = os.path.join(outdir, os.path.basename(reference_file)) + os.symlink(reference_file, reference_link) + + bam_file = None + # Mapping reads using Bowtie2 + run_successfully, sam_file = mappingBowtie2(fastq_files, reference_link, threads, outdir, conserved_True, numMapLoc, bowtieOPT) + + if run_successfully: + # Remove soft clipping + if rematch_run == softClip_recodeRun or softClip_recodeRun == 'both': + print 'Recoding soft clipped regions' + sam_file = recode_soft_clipping_from_sam(sam_file, outdir, threads, softClip_baseQuality, reference_dict, softClip_cigarFlagRecode) + + # Convert sam to bam and sort bam + run_successfully, bam_file = sortAlignment(sam_file, str(os.path.splitext(sam_file)[0] + '.bam'), False, threads) + + if run_successfully: + os.remove(sam_file) + # Index bam + run_successfully = indexAlignment(bam_file) + + return run_successfully, bam_file, reference_link + + +def create_vcf(bam_file, sequence_to_analyse, outdir, counter, reference_file): + gene_vcf = os.path.join(outdir, 'samtools_mpileup.sequence_' + str(counter) + '.vcf') + + command = ['samtools', 'mpileup', '--count-orphans', '--no-BAQ', '--min-BQ', '0', '--min-MQ', str(7), '--fasta-ref', reference_file, '--region', sequence_to_analyse, '--output', gene_vcf, '--VCF', '--uncompressed', '--output-tags', 'INFO/AD,AD,DP', bam_file] + + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, False) + if not run_successfully: + gene_vcf = None + return run_successfully, gene_vcf + + +# Read vcf file +class Vcf(): + def __init__(self, vcfFile): + self.vcf = open(vcfFile, 'rtU') + self.line_read = self.vcf.readline() + while self.line_read.startswith('#'): + self.line_read = self.vcf.readline() + self.line = self.line_read + + def readline(self): + self.line_stored = self.line + self.line = self.vcf.readline() + return self.line_stored + + def close(self): + self.vcf.close() + + +def get_variants(gene_vcf): + variants = {} + + vfc_file = Vcf(gene_vcf) + line = vfc_file.readline() + while len(line) > 0: + fields = line.splitlines()[0].split('\t') + if len(fields) > 0: + fields[1] = int(fields[1]) + + info_field = {} + for i in fields[7].split(';'): + i = i.split('=') + if len(i) > 1: + info_field[i[0]] = i[1] + else: + info_field[i[0]] = None + + format_field = {} + format_field_name = fields[8].split(':') + format_data = fields[9].split(':') + + for i in range(0, len(format_data)): + format_field[format_field_name[i]] = format_data[i].split(',') + + fields_to_store = {'REF': fields[3], 'ALT': fields[4].split(','), 'info': info_field, 'format': format_field} + if fields[1] in variants: + variants[fields[1]][len(variants[fields[1]])] = fields_to_store + else: + variants[fields[1]] = {0: fields_to_store} + + line = vfc_file.readline() + vfc_file.close() + + return variants + + +def indel_entry(variant_position): + entry_with_indel = [] + entry_with_snp = None + for i in variant_position: + keys = variant_position[i]['info'].keys() + if 'INDEL' in keys: + entry_with_indel.append(i) + else: + entry_with_snp = i + + return entry_with_indel, entry_with_snp + + +def get_alt_noMatter(variant_position, indel_true): + dp = sum(map(int, variant_position['format']['AD'])) + index_alleles_sorted_position = sorted(zip(map(int, variant_position['format']['AD']), range(0, len(variant_position['format']['AD']))), reverse=True) + index_dominant_allele = None + if not indel_true: + ad_idv = index_alleles_sorted_position[0][0] + + if len([x for x in index_alleles_sorted_position if x[0] == ad_idv]) > 1: + index_alleles_sorted_position = sorted([x for x in index_alleles_sorted_position if x[0] == ad_idv]) + + index_dominant_allele = index_alleles_sorted_position[0][1] + if index_dominant_allele == 0: + alt = '.' + else: + alt = variant_position['ALT'][index_dominant_allele - 1] + + else: + ad_idv = int(variant_position['info']['IDV']) + + if float(ad_idv) / float(dp) >= 0.5: + if len([x for x in index_alleles_sorted_position if x[0] == index_alleles_sorted_position[0][0]]) > 1: + index_alleles_sorted_position = sorted([x for x in index_alleles_sorted_position if x[0] == index_alleles_sorted_position[0][0]]) + + index_dominant_allele = index_alleles_sorted_position[0][1] + if index_dominant_allele == 0: + alt = '.' + else: + alt = variant_position['ALT'][index_dominant_allele - 1] + else: + ad_idv = int(variant_position['format']['AD'][0]) + alt = '.' + + return alt, dp, ad_idv, index_dominant_allele + + +def count_number_diferences(ref, alt): + number_diferences = 0 + + if len(ref) != len(alt): + number_diferences += 1 + + for i in range(0, min(len(ref), len(alt))): + if alt[i] != 'N' and ref[i] != alt[i]: + number_diferences += 1 + + return number_diferences + + +def get_alt_correct(variant_position, alt_noMatter, dp, ad_idv, index_dominant_allele, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele): + alt = None + low_coverage = False + multiple_alleles = False + + if dp >= minimum_depth_presence: + if dp < minimum_depth_call: + alt = 'N' * len(variant_position['REF']) + low_coverage = True + else: + if ad_idv < minimum_depth_call: + alt = 'N' * len(variant_position['REF']) + low_coverage = True + if float(ad_idv) / float(dp) < minimum_depth_frequency_dominant_allele: + multiple_alleles = True + else: + if float(ad_idv) / float(dp) < minimum_depth_frequency_dominant_allele: + alt = 'N' * len(variant_position['REF']) + if index_dominant_allele is not None: + variants_coverage = [int(variant_position['format']['AD'][i]) for i in range(0, len(variant_position['ALT']) + 1) if i != index_dominant_allele] + if sum(variants_coverage) > 0: + if float(max(variants_coverage)) / float(sum(variants_coverage)) > 0.5: + multiple_alleles = True + elif float(max(variants_coverage)) / float(sum(variants_coverage)) == 0.5 and len(variants_coverage) > 2: + multiple_alleles = True + else: + multiple_alleles = True + else: + alt = alt_noMatter + else: + low_coverage = True + + return alt, low_coverage, multiple_alleles + + +def get_alt_alignment(ref, alt): + if alt is None: + alt = 'N' * len(ref) + else: + if len(ref) != len(alt): + if len(alt) < len(ref): + if alt == '.': + alt = ref + alt += 'N' * (len(ref) - len(alt)) + else: + if alt[:len(ref)] == ref: + alt = '.' + else: + alt = alt[:len(ref)] + + return alt + + +def get_indel_more_likely(variant_position, indels_entry): + indel_coverage = {} + for i in indels_entry: + indel_coverage[i] = int(variant_position['info']['IDV']) + return indel_coverage.index(str(max(indel_coverage.values()))) + + +def determine_variant(variant_position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, indel_true): + alt_noMatter, dp, ad_idv, index_dominant_allele = get_alt_noMatter(variant_position, indel_true) + + alt_correct, low_coverage, multiple_alleles = get_alt_correct(variant_position, alt_noMatter, dp, ad_idv, index_dominant_allele, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele) + + alt_alignment = get_alt_alignment(variant_position['REF'], alt_correct) + + return variant_position['REF'], alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_noMatter, alt_alignment + + +def confirm_nucleotides_indel(ref, alt, variants, position_start_indel, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, alignment_true): + alt = list(alt) + + for i in range(0, len(alt) - 1): + if len(alt) < len(ref): + new_position = position_start_indel + len(alt) - i - 1 + alt_position = len(alt) - i - 1 + else: + if i + 1 > len(ref): + break + new_position = position_start_indel + 1 + i + alt_position = 1 + i + + if alt[alt_position] != 'N': + if new_position not in variants: + if alignment_true: + alt[alt_position] = 'N' + else: + alt = alt[: alt_position] + break + + entry_with_indel, entry_with_snp = indel_entry(variants[new_position]) + new_ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_noMatter, alt_alignment = determine_variant(variants[new_position][entry_with_snp], minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + if alt_noMatter != '.' and alt[alt_position] != alt_noMatter: + alt[alt_position] = alt_noMatter + + return ''.join(alt) + + +def snp_indel(variants, position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele): + entry_with_indel, entry_with_snp = indel_entry(variants[position]) + + if len(entry_with_indel) == 0: + ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_noMatter, alt_alignment = determine_variant(variants[position][entry_with_snp], minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + else: + ref_snp, alt_correct_snp, low_coverage_snp, multiple_alleles_snp, alt_noMatter_snp, alt_alignment_snp = determine_variant(variants[position][entry_with_snp], minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + + indel_more_likely = entry_with_indel[0] + if len(entry_with_indel) > 1: + indel_more_likely = get_indel_more_likely(variants[position], entry_with_indel) + + ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_noMatter, alt_alignment = determine_variant(variants[position][indel_more_likely], minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, True) + + if alt_noMatter == '.': + ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_noMatter, alt_alignment = ref_snp, alt_correct_snp, low_coverage_snp, multiple_alleles_snp, alt_noMatter_snp, alt_alignment_snp + else: + if alt_correct is None and alt_correct_snp is not None: + alt_correct = alt_correct_snp + elif alt_correct is not None and alt_correct_snp is not None: + if alt_correct_snp != '.' and alt_correct[0] != alt_correct_snp: + alt_correct = alt_correct_snp + alt_correct[1:] if len(alt_correct) > 1 else alt_correct_snp + if alt_noMatter_snp != '.' and alt_noMatter[0] != alt_noMatter_snp: + alt_noMatter = alt_noMatter_snp + alt_noMatter[1:] if len(alt_noMatter) > 1 else alt_noMatter_snp + if alt_alignment_snp != '.' and alt_alignment[0] != alt_alignment_snp: + alt_alignment = alt_alignment_snp + alt_alignment[1:] if len(alt_alignment) > 1 else alt_alignment_snp + + # if alt_noMatter != '.': + # alt_noMatter = confirm_nucleotides_indel(ref, alt_noMatter, variants, position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + # if alt_correct is not None and alt_correct != '.': + # alt_correct = confirm_nucleotides_indel(ref, alt_correct, variants, position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + # if alt_alignment != '.': + # alt_alignment = confirm_nucleotides_indel(ref, alt_alignment, variants, position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, True) + + return ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_noMatter, alt_alignment + + +def get_true_variants(variants, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, sequence): + variants_correct = {} + variants_noMatter = {} + variants_alignment = {} + + correct_absent_positions = {} + correct_last_absent_position = '' + + noMatter_absent_positions = {} + noMatter_last_absent_position = '' + + multiple_alleles_found = [] + + counter = 1 + while counter <= len(sequence): + if counter in variants: + noMatter_last_absent_position = '' + + ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_noMatter, alt_alignment = snp_indel(variants, counter, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele) + + if alt_alignment != '.': + variants_alignment[counter] = {'REF': ref, 'ALT': alt_alignment} + + if alt_noMatter != '.': + variants_noMatter[counter] = {'REF': ref, 'ALT': alt_noMatter} + + if alt_correct is None: + if counter - len(correct_last_absent_position) in correct_absent_positions: + correct_absent_positions[counter - len(correct_last_absent_position)]['REF'] += ref + else: + correct_absent_positions[counter] = {'REF': ref, 'ALT': ''} + correct_last_absent_position += ref + else: + if alt_correct != '.': + if len(alt_correct) < len(ref): + if len(alt_correct) == 1: + correct_absent_positions[counter + 1] = {'REF': ref[1:], 'ALT': ''} + else: + correct_absent_positions[counter + 1] = {'REF': ref[1:], 'ALT': alt_correct[1:]} + + correct_last_absent_position = ref[1:] + else: + variants_correct[counter] = {'REF': ref, 'ALT': alt_correct} + correct_last_absent_position = '' + else: + correct_last_absent_position = '' + + if multiple_alleles: + multiple_alleles_found.append(counter) + + counter += len(ref) + else: + variants_alignment[counter] = {'REF': sequence[counter - 1], 'ALT': 'N'} + + if counter - len(correct_last_absent_position) in correct_absent_positions: + correct_absent_positions[counter - len(correct_last_absent_position)]['REF'] += sequence[counter - 1] + else: + correct_absent_positions[counter] = {'REF': sequence[counter - 1], 'ALT': ''} + correct_last_absent_position += sequence[counter - 1] + + if counter - len(noMatter_last_absent_position) in noMatter_absent_positions: + noMatter_absent_positions[counter - len(noMatter_last_absent_position)]['REF'] += sequence[counter - 1] + else: + noMatter_absent_positions[counter] = {'REF': sequence[counter - 1], 'ALT': ''} + noMatter_last_absent_position += sequence[counter - 1] + + counter += 1 + + for position in correct_absent_positions: + if position == 1: + variants_correct[position] = {'REF': correct_absent_positions[position]['REF'], 'ALT': 'N'} + else: + if position - 1 not in variants_correct: + variants_correct[position - 1] = {'REF': sequence[position - 2] + correct_absent_positions[position]['REF'], 'ALT': sequence[position - 2] + correct_absent_positions[position]['ALT']} + else: + variants_correct[position - 1] = {'REF': variants_correct[position - 1]['REF'] + correct_absent_positions[position]['REF'][len(variants_correct[position - 1]['REF']) - 1:], 'ALT': variants_correct[position - 1]['ALT'] + correct_absent_positions[position]['ALT'][len(variants_correct[position - 1]['ALT']) - 1 if len(variants_correct[position - 1]['ALT']) > 0 else 0:]} + + for position in noMatter_absent_positions: + if position == 1: + variants_noMatter[position] = {'REF': noMatter_absent_positions[position]['REF'], 'ALT': 'N'} + else: + if position - 1 not in variants_noMatter: + variants_noMatter[position - 1] = {'REF': sequence[position - 2] + noMatter_absent_positions[position]['REF'], 'ALT': sequence[position - 2] + noMatter_absent_positions[position]['ALT']} + else: + variants_noMatter[position - 1] = {'REF': variants_noMatter[position - 1]['REF'] + noMatter_absent_positions[position]['REF'][len(variants_noMatter[position - 1]['REF']) - 1:], 'ALT': variants_noMatter[position - 1]['ALT'] + noMatter_absent_positions[position]['ALT'][len(variants_noMatter[position - 1]['ALT']) - 1 if len(variants_noMatter[position - 1]['ALT']) > 0 else 0:]} + + return variants_correct, variants_noMatter, variants_alignment, multiple_alleles_found + + +def clean_variant_in_extra_seq_left(variant_dict, position, length_extra_seq, multiple_alleles_found, number_multi_alleles): + number_diferences = 0 + + if position + len(variant_dict[position]['REF']) - 1 > length_extra_seq: + if multiple_alleles_found is not None and position in multiple_alleles_found: + number_multi_alleles += 1 + + temp_variant = variant_dict[position] + del variant_dict[position] + variant_dict[length_extra_seq] = {} + variant_dict[length_extra_seq]['REF'] = temp_variant['REF'][length_extra_seq - position:] + variant_dict[length_extra_seq]['ALT'] = temp_variant['ALT'][length_extra_seq - position:] if len(temp_variant['ALT']) > length_extra_seq - position else temp_variant['REF'][length_extra_seq - position] + number_diferences = count_number_diferences(variant_dict[length_extra_seq]['REF'], variant_dict[length_extra_seq]['ALT']) + else: + del variant_dict[position] + + return variant_dict, number_multi_alleles, number_diferences + + +def clean_variant_in_extra_seq_rigth(variant_dict, position, sequence_length, length_extra_seq): + if position + len(variant_dict[position]['REF']) - 1 > sequence_length - length_extra_seq: + variant_dict[position]['REF'] = variant_dict[position]['REF'][: - (position - (sequence_length - length_extra_seq)) + 1] + variant_dict[position]['ALT'] = variant_dict[position]['ALT'][: - (position - (sequence_length - length_extra_seq)) + 1] if len(variant_dict[position]['ALT']) >= - (position - (sequence_length - length_extra_seq)) + 1 else variant_dict[position]['ALT'] + + number_diferences = count_number_diferences(variant_dict[position]['REF'], variant_dict[position]['ALT']) + + return variant_dict, number_diferences + + +def cleanning_variants_extra_seq(variants_correct, variants_noMatter, variants_alignment, multiple_alleles_found, length_extra_seq, sequence_length): + number_multi_alleles = 0 + number_diferences = 0 + + counter = 1 + while counter <= sequence_length: + if counter <= length_extra_seq: + if counter in variants_correct: + variants_correct, number_multi_alleles, number_diferences = clean_variant_in_extra_seq_left(variants_correct, counter, length_extra_seq, multiple_alleles_found, number_multi_alleles) + if counter in variants_noMatter: + variants_noMatter, ignore, ignore = clean_variant_in_extra_seq_left(variants_noMatter, counter, length_extra_seq, None, None) + if counter in variants_alignment: + variants_alignment, ignore, ignore = clean_variant_in_extra_seq_left(variants_alignment, counter, length_extra_seq, None, None) + elif counter > length_extra_seq and counter <= sequence_length - length_extra_seq: + if counter in variants_correct: + if counter in multiple_alleles_found: + number_multi_alleles += 1 + variants_correct, number_diferences_found = clean_variant_in_extra_seq_rigth(variants_correct, counter, sequence_length, length_extra_seq) + number_diferences += number_diferences_found + if counter in variants_noMatter: + variants_noMatter, ignore = clean_variant_in_extra_seq_rigth(variants_noMatter, counter, sequence_length, length_extra_seq) + if counter in variants_alignment: + variants_alignment, ignore = clean_variant_in_extra_seq_rigth(variants_alignment, counter, sequence_length, length_extra_seq) + else: + if counter in variants_correct: + del variants_correct[counter] + if counter in variants_noMatter: + del variants_noMatter[counter] + if counter in variants_alignment: + del variants_alignment[counter] + + counter += 1 + + return variants_correct, variants_noMatter, variants_alignment, number_multi_alleles, number_diferences + + +def get_coverage(gene_coverage): + coverage = {} + + with open(gene_coverage, 'rtU') as reader: + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + line = line.split('\t') + coverage[int(line[1])] = int(line[2]) + + return coverage + + +def get_coverage_report(coverage, sequence_length, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, length_extra_seq): + if len(coverage) == 0: + return sequence_length - 2 * length_extra_seq, 100.0, 0.0 + + count_absent = 0 + count_lowCoverage = 0 + sum_coverage = 0 + + counter = 1 + while counter <= sequence_length: + if counter > length_extra_seq and counter <= sequence_length - length_extra_seq: + if coverage[counter] < minimum_depth_presence: + count_absent += 1 + else: + if coverage[counter] < minimum_depth_call: + count_lowCoverage += 1 + sum_coverage += coverage[counter] + counter += 1 + + mean_coverage = 0 + percentage_lowCoverage = 0 + if sequence_length - 2 * length_extra_seq - count_absent > 0: + mean_coverage = float(sum_coverage) / float(sequence_length - 2 * length_extra_seq - count_absent) + percentage_lowCoverage = float(count_lowCoverage) / float(sequence_length - 2 * length_extra_seq - count_absent) * 100 + + return count_absent, percentage_lowCoverage, mean_coverage + + +# Get genome coverage data +def compute_genome_coverage_data(alignment_file, sequence_to_analyse, outdir, counter): + genome_coverage_data_file = os.path.join(outdir, 'samtools_depth.sequence_' + str(counter) + '.tab') + command = ['samtools', 'depth', '-a', '-q', '0', '-r', sequence_to_analyse, alignment_file, '>', genome_coverage_data_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, True, None, False) + return run_successfully, genome_coverage_data_file + + +def write_variants_vcf(variants, outdir, sequence_to_analyse, sufix): + vcf_file = os.path.join(outdir, str(sequence_to_analyse + '.' + sufix + '.vcf')) + with open(vcf_file, 'wt') as writer: + writer.write('##fileformat=VCFv4.2' + '\n') + writer.write('#' + '\t'.join(['SEQUENCE', 'POSITION', 'ID_unused', 'REFERENCE_sequence', 'ALTERNATIVE_sequence', 'QUALITY_unused', 'FILTER_unused', 'INFO_unused', 'FORMAT_unused']) + '\n') + for i in sorted(variants.keys()): + writer.write('\t'.join([sequence_to_analyse, str(i), '.', variants[i]['REF'], variants[i]['ALT'], '.', '.', '.', '.']) + '\n') + + compressed_vcf_file = vcf_file + '.gz' + command = ['bcftools', 'convert', '-o', compressed_vcf_file, '-O', 'z', vcf_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + command = ['bcftools', 'index', compressed_vcf_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, False) + + if not run_successfully: + compressed_vcf_file = None + + return run_successfully, compressed_vcf_file + + +def parse_fasta_inMemory(fasta_memory): + fasta_memory = fasta_memory.splitlines() + sequence_dict = {} + for line in fasta_memory: + if len(line) > 0: + if line.startswith('>'): + sequence_dict = {'header': line[1:], 'sequence': ''} + else: + sequence_dict['sequence'] += line + + return sequence_dict + + +def compute_consensus_sequence(reference_file, sequence_to_analyse, compressed_vcf_file, outdir, sufix): + sequence_dict = None + + gene_fasta = os.path.join(outdir, str(sequence_to_analyse + '.fasta')) + + run_successfully, stdout = index_fasta_samtools(reference_file, sequence_to_analyse, gene_fasta, False) + if run_successfully: + command = ['bcftools', 'norm', '-c', 's', '-f', gene_fasta, '-Ov', compressed_vcf_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + command = ['bcftools', 'consensus', '-f', gene_fasta, compressed_vcf_file, '-H', '1'] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + sequence_dict = parse_fasta_inMemory(stdout) + + return run_successfully, sequence_dict + + +def create_sample_consensus_sequence(outdir, sequence_to_analyse, reference_file, variants, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, sequence, length_extra_seq): + variants_correct, variants_noMatter, variants_alignment, multiple_alleles_found = get_true_variants(variants, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, sequence) + + variants_correct, variants_noMatter, variants_alignment, number_multi_alleles, number_diferences = cleanning_variants_extra_seq(variants_correct, variants_noMatter, variants_alignment, multiple_alleles_found, length_extra_seq, len(sequence)) + + run_successfully = False + consensus = {'correct': {}, 'noMatter': {}, 'alignment': {}} + for variant_type in ['variants_correct', 'variants_noMatter', 'variants_alignment']: + run_successfully, compressed_vcf_file = write_variants_vcf(eval(variant_type), outdir, sequence_to_analyse, variant_type.split('_', 1)[1]) + if run_successfully: + run_successfully, sequence_dict = compute_consensus_sequence(reference_file, sequence_to_analyse, compressed_vcf_file, outdir, variant_type.split('_', 1)[1]) + if run_successfully: + consensus[variant_type.split('_', 1)[1]] = {'header': sequence_dict['header'], 'sequence': sequence_dict['sequence'][length_extra_seq:len(sequence_dict['sequence']) - length_extra_seq]} + + return run_successfully, number_multi_alleles, consensus, number_diferences + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def analyse_sequence_data(bam_file, sequence_information, outdir, counter, reference_file, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, threads): + count_absent = None + percentage_lowCoverage = None + meanCoverage = None + number_diferences = 0 + + # Create vcf file (for multiple alleles check) + run_successfully, gene_vcf = create_vcf(bam_file, sequence_information['header'], outdir, counter, reference_file) + if run_successfully: + # Create coverage tab file + run_successfully, gene_coverage = compute_genome_coverage_data(bam_file, sequence_information['header'], outdir, counter) + + if run_successfully: + variants = get_variants(gene_vcf) + + coverage = get_coverage(gene_coverage) + + run_successfully, number_multi_alleles, consensus_sequence, number_diferences = create_sample_consensus_sequence(outdir, sequence_information['header'], reference_file, variants, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, sequence_information['sequence'], length_extra_seq) + + count_absent, percentage_lowCoverage, meanCoverage = get_coverage_report(coverage, sequence_information['length'], minimum_depth_presence, minimum_depth_call, length_extra_seq) + + utils.saveVariableToPickle([run_successfully, counter, number_multi_alleles, count_absent, percentage_lowCoverage, meanCoverage, consensus_sequence, number_diferences], outdir, str('coverage_info.' + str(counter))) + + +def clean_header(header): + problematic_characters = ["|", " ", ",", ".", "(", ")", "'", "/", ":"] + new_header = str(header) + if any(x in header for x in problematic_characters): + for x in problematic_characters: + new_header = new_header.replace(x, '_') + return header, new_header + + +def get_sequence_information(fasta_file, length_extra_seq): + sequence_dict = {} + headers = {} + headers_changed = False + + with open(fasta_file, 'rtU') as reader: + blank_line_found = False + sequence_counter = 0 + temp_sequence_dict = {} + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if not blank_line_found: + if line.startswith('>'): + if len(temp_sequence_dict) > 0: + if temp_sequence_dict.values()[0]['length'] - 2 * length_extra_seq > 0: + sequence_dict[temp_sequence_dict.keys()[0]] = temp_sequence_dict.values()[0] + else: + print '{header} sequence ignored due to length <= 0'.format(header=temp_sequence_dict.values()[0]['header']) + del headers[temp_sequence_dict.values()[0]['header']] + temp_sequence_dict = {} + + original_header, new_header = clean_header(line[1:]) + if new_header in headers: + sys.exit('Found duplicated sequence headers: {original_header}'.format(original_header=original_header)) + + sequence_counter += 1 + temp_sequence_dict[sequence_counter] = {'header': new_header, 'sequence': '', 'length': 0} + headers[new_header] = str(original_header) + if new_header != original_header: + headers_changed = True + else: + temp_sequence_dict[sequence_counter]['sequence'] += line + temp_sequence_dict[sequence_counter]['length'] += len(line) + else: + sys.exit('It was found a blank line between the fasta file above line ' + line) + else: + blank_line_found = True + + if len(temp_sequence_dict) > 0: + if temp_sequence_dict.values()[0]['length'] - 2 * length_extra_seq > 0: + sequence_dict[temp_sequence_dict.keys()[0]] = temp_sequence_dict.values()[0] + else: + print '{header} sequence ignored due to length <= 0'.format(header=temp_sequence_dict.values()[0]['header']) + del headers[temp_sequence_dict.values()[0]['header']] + + return sequence_dict, headers, headers_changed + + +def determine_threads_2_use(number_sequences, threads): + if number_sequences >= threads: + return 1 + else: + return threads / number_sequences + + +def sequence_data(sample, reference_file, bam_file, outdir, threads, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, debug_mode_true, notWriteConsensus): + sequence_data_outdir = os.path.join(outdir, 'sequence_data', '') + utils.removeDirectory(sequence_data_outdir) + os.mkdir(sequence_data_outdir) + + sequences, headers, headers_changed = get_sequence_information(reference_file, length_extra_seq) + + threads_2_use = determine_threads_2_use(len(sequences), threads) + + pool = multiprocessing.Pool(processes=threads) + for sequence_counter in sequences: + sequence_dir = os.path.join(sequence_data_outdir, str(sequence_counter), '') + utils.removeDirectory(sequence_dir) + os.makedirs(sequence_dir) + pool.apply_async(analyse_sequence_data, args=(bam_file, sequences[sequence_counter], sequence_dir, sequence_counter, reference_file, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, threads_2_use,)) + pool.close() + pool.join() + + run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences = gather_data_together(sample, sequence_data_outdir, sequences, outdir.rsplit('/', 2)[0], debug_mode_true, length_extra_seq, notWriteConsensus) + + return run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences + + +def chunkstring(string, length): + return (string[0 + i:length + i] for i in range(0, len(string), length)) + + +def write_consensus(outdir, sample, consensus_sequence): + consensus_files = {} + for consensus_type in ['correct', 'noMatter', 'alignment']: + consensus_files[consensus_type] = os.path.join(outdir, str(sample + '.' + consensus_type + '.fasta')) + with open(consensus_files[consensus_type], 'at') as writer: + writer.write('>' + consensus_sequence[consensus_type]['header'] + '\n') + fasta_sequence_lines = chunkstring(consensus_sequence[consensus_type]['sequence'], 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + return consensus_files + + +def gather_data_together(sample, data_directory, sequences_information, outdir, debug_mode_true, length_extra_seq, notWriteConsensus): + run_successfully = True + counter = 0 + sample_data = {} + + consensus_files = None + consensus_sequences_together = {'correct': {}, 'noMatter': {}, 'alignment': {}} + + write_consensus_first_time = True + + genes_directories = [d for d in os.listdir(data_directory) if not d.startswith('.') and os.path.isdir(os.path.join(data_directory, d, ''))] + for gene_dir in genes_directories: + gene_dir_path = os.path.join(data_directory, gene_dir, '') + + files = [f for f in os.listdir(gene_dir_path) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(gene_dir_path, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith('coverage_info.') and file_found.endswith('.pkl'): + file_path = os.path.join(gene_dir_path, file_found) + + if run_successfully: + run_successfully, sequence_counter, multiple_alleles_found, count_absent, percentage_lowCoverage, meanCoverage, consensus_sequence, number_diferences = utils.extractVariableFromPickle(file_path) + + if not notWriteConsensus: + for consensus_type in consensus_sequence: + consensus_sequences_together[consensus_type][sequence_counter] = {'header': consensus_sequence[consensus_type]['header'], 'sequence': consensus_sequence[consensus_type]['sequence']} + + if write_consensus_first_time: + for consensus_type in ['correct', 'noMatter', 'alignment']: + file_to_remove = os.path.join(outdir, str(sample + '.' + consensus_type + '.fasta')) + if os.path.isfile(file_to_remove): + os.remove(file_to_remove) + write_consensus_first_time = False + consensus_files = write_consensus(outdir, sample, consensus_sequence) + + gene_identity = 0 + if sequences_information[sequence_counter]['length'] - 2 * length_extra_seq - count_absent > 0: + gene_identity = 100 - (float(number_diferences) / (sequences_information[sequence_counter]['length'] - 2 * length_extra_seq - count_absent)) * 100 + + sample_data[sequence_counter] = {'header': sequences_information[sequence_counter]['header'], 'gene_coverage': 100 - (float(count_absent) / (sequences_information[sequence_counter]['length'] - 2 * length_extra_seq)) * 100, 'gene_low_coverage': percentage_lowCoverage, 'gene_number_positions_multiple_alleles': multiple_alleles_found, 'gene_mean_read_coverage': meanCoverage, 'gene_identity': gene_identity} + counter += 1 + + if not debug_mode_true: + utils.removeDirectory(gene_dir_path) + + if counter != len(sequences_information): + run_successfully = False + + return run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences_together + + +rematch_timer = functools.partial(utils.timer, name='ReMatCh module') + + +@rematch_timer +def runRematchModule(sample, fastq_files, reference_file, threads, outdir, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, minimum_gene_coverage, conserved_True, debug_mode_true, numMapLoc, minimum_gene_identity, rematch_run, softClip_baseQuality, softClip_recodeRun, reference_dict, softClip_cigarFlagRecode, bowtieOPT, gene_list_reference, notWriteConsensus): + rematch_folder = os.path.join(outdir, 'rematch_module', '') + utils.removeDirectory(rematch_folder) + os.mkdir(rematch_folder) + + # Map reads + run_successfully, bam_file, reference_file = mapping_reads(fastq_files, reference_file, threads, rematch_folder, conserved_True, numMapLoc, rematch_run, softClip_baseQuality, softClip_recodeRun, reference_dict, softClip_cigarFlagRecode, bowtieOPT) + + if run_successfully: + # Index reference file + run_successfully, stdout = index_fasta_samtools(reference_file, None, None, True) + if run_successfully: + print 'Analysing alignment data' + run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences = sequence_data(sample, reference_file, bam_file, rematch_folder, threads, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, debug_mode_true, notWriteConsensus) + + if run_successfully: + print 'Writing report file' + number_absent_genes = 0 + number_genes_multiple_alleles = 0 + mean_sample_coverage = 0 + with open(os.path.join(outdir, 'rematchModule_report.txt'), 'wt') as writer: + writer.write('\t'.join(['#gene', 'percentage_gene_coverage', 'gene_mean_read_coverage', 'percentage_gene_low_coverage', 'number_positions_multiple_alleles', 'percentage_gene_identity']) + '\n') + for i in range(1, len(sample_data) + 1): + writer.write('\t'.join([gene_list_reference[sample_data[i]['header']], str(round(sample_data[i]['gene_coverage'], 2)), str(round(sample_data[i]['gene_mean_read_coverage'], 2)), str(round(sample_data[i]['gene_low_coverage'], 2)), str(sample_data[i]['gene_number_positions_multiple_alleles']), str(round(sample_data[i]['gene_identity'], 2))]) + '\n') + + if sample_data[i]['gene_coverage'] < minimum_gene_coverage or sample_data[i]['gene_identity'] < minimum_gene_identity: + number_absent_genes += 1 + else: + mean_sample_coverage += sample_data[i]['gene_mean_read_coverage'] + if sample_data[i]['gene_number_positions_multiple_alleles'] > 0: + number_genes_multiple_alleles += 1 + + if len(sample_data) - number_absent_genes > 0: + mean_sample_coverage = float(mean_sample_coverage) / float(len(sample_data) - number_absent_genes) + else: + mean_sample_coverage = 0 + + writer.write('\n'.join(['#general', '>number_absent_genes', str(number_absent_genes), '>number_genes_multiple_alleles', str(number_genes_multiple_alleles), '>mean_sample_coverage', str(round(mean_sample_coverage, 2))]) + '\n') + + print '\n'.join([str('number_absent_genes: ' + str(number_absent_genes)), str('number_genes_multiple_alleles: ' + str(number_genes_multiple_alleles)), str('mean_sample_coverage: ' + str(round(mean_sample_coverage, 2)))]) + + if not debug_mode_true: + utils.removeDirectory(rematch_folder) + + return run_successfully, sample_data if 'sample_data' in locals() else None, {'number_absent_genes': number_absent_genes if 'number_absent_genes' in locals() else None, 'number_genes_multiple_alleles': number_genes_multiple_alleles if 'number_genes_multiple_alleles' in locals() else None, 'mean_sample_coverage': round(mean_sample_coverage, 2) if 'mean_sample_coverage' in locals() else None}, consensus_files if 'consensus_files' in locals() else None, consensus_sequences if 'consensus_sequences' in locals() else None diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/rematch_module.pyc Binary file scripts/ReMatCh/modules/rematch_module.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/seqFromWebTaxon.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/seqFromWebTaxon.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,135 @@ +#!/usr/bin/env python + +# -*- coding: utf-8 -*- + +''' +Adapted from: +https://github.com/mickaelsilva/pythonscripts/blob/master/SeqOfWeb/SeqFromWebTaxon.py +mickaelsilva +''' + +import urllib2 +import sys +import urllib +import xml.etree.ElementTree as ET +import time +import argparse +import os + + +def runSeqFromWebTaxon(taxonname, outputfile, getmachine, getOmicsDataType, getLibraryType, print_True): + print '\n' + 'Searching RunIDs for ' + taxonname + + taxonname = urllib.quote(taxonname) + url = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/Taxon%3A" + taxonname + "&display=xml" + try: + content = urllib2.urlopen(url) + xml = content.read() + tree = ET.fromstring(xml) + taxonid = '' + except: + print "Ooops!There might be a problem with the ena service, try later or check if the xml is well formated at " + url + raise + for child in tree: + taxonid = child.get('taxId') + if (taxonid): + print "\n" + "Taxon ID found: " + taxonid + url = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/search?query=%22tax_tree%28" + taxonid + "%29%22&result=read_run&display=xml" + + content = urllib2.urlopen(url) + xml = content.read() + tree = ET.fromstring(xml) + + runid = '' + n = 0 + with open(outputfile, "wb") as f: + f.write('#' + str(time.strftime("%d/%m/%Y")) + "\n") + model = '' + prjid = '' + length_line = 0 + omics = '' + libraryType = '' + for child in tree: + runid = child.get('accession') + + n += 1 + + if getmachine is True or getOmicsDataType is True or getLibraryType is True: + for child2 in child: + if child2.tag == 'EXPERIMENT_REF': + expid = child2.get('accession') + url2 = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/" + expid + "&display=xml" + content = urllib2.urlopen(url2) + xml = content.read() + tree2 = ET.fromstring(xml) + try: + for child3 in tree2: + for child4 in child3: + if child4.tag == 'PLATFORM': + for child5 in child4: + for child6 in child5: + if child6.tag == 'INSTRUMENT_MODEL': + model = child6.text + elif child4.tag == 'STUDY_REF': + prjid = child4.get('accession') + elif child4.tag == 'DESIGN': + if getOmicsDataType is True or getLibraryType is True: + for child5 in child4: + if child5.tag == 'LIBRARY_DESCRIPTOR': + for child6 in child5: + if child6.tag == 'LIBRARY_SOURCE' and getOmicsDataType is True: + omics = child6.text + elif child6.tag == 'LIBRARY_LAYOUT' and getLibraryType is True: + libraryType = child6[0].tag + except: + model = 'not found' + omics = 'not found' + libraryType = 'not found' + f.write(str(runid) + "\t" + model + "\t" + prjid + "\t" + omics + "\t" + libraryType + "\n") + if print_True: + line = "run acession %s sequenced on %s from project %s for %s %s end data" % (runid, model, prjid, omics, libraryType) + if length_line < len(line): + length_line = len(line) + sys.stderr.write("\r" + line + str(' ' * (length_line - len(line)))) + sys.stderr.flush() + else: + f.write(str(runid) + '\t' * 4 + "\n") + if print_True: + line = "run acession %s" % (runid, prjid) + if length_line < len(line): + length_line = len(line) + sys.stderr.write("\r" + line + str(' ' * (length_line - len(line)))) + sys.stderr.flush() + print "\n" + print "\nfound %s run id's" % n + + else: + print "taxon name does not exist" + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(description="This program gets a list of sequencing runs and machine were the sequencing was performed, given a taxon name accepted by the European nucleotide Archive") + parser.add_argument('-i', nargs=1, type=str, help='taxon name', metavar='"Streptococcus agalactiae"', required=True) + parser.add_argument('-o', nargs=1, type=str, help='output file name', required=True) + parser.add_argument('-g', help='True to include sequencing machine in the output', action='store_true', required=False) + parser.add_argument('--getOmicsDataType', help='Informs the programme to include OMICS data type (examples: GENOMIC / TRANSCRIPTOMIC / SYNTHETIC) in the output', action='store_true') + parser.add_argument('--getLibraryType', help='Informs the programme to include library type (examples: PAIRED / SINGLE) in the output', action='store_true') + + args = parser.parse_args() + + getmachine = args.g + taxonname = args.i[0] + + outdir = os.path.dirname(os.path.abspath(args.o[0])) + if not os.path.isdir(outdir): + os.makedirs(outdir) + outputfile = os.path.abspath(args.o[0]) + + getOmicsDataType = args.getOmicsDataType + getLibraryType = args.getLibraryType + + runSeqFromWebTaxon(taxonname, outputfile, getmachine, getOmicsDataType, getLibraryType, True) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/seqFromWebTaxon.pyc Binary file scripts/ReMatCh/modules/seqFromWebTaxon.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/utils.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/utils.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,295 @@ +import pickle +import traceback +import shlex +import subprocess +from threading import Timer +import shutil +import time +import functools +import os.path +import sys + + +def start_logger(workdir): + time_str = time.strftime("%Y%m%d-%H%M%S") + sys.stdout = Logger(workdir, time_str) + logfile = sys.stdout.getLogFile() + return logfile, time_str + + +class Logger(object): + def __init__(self, out_directory, time_str): + self.logfile = os.path.join(out_directory, str('run.' + time_str + '.log')) + self.terminal = sys.stdout + self.log = open(self.logfile, "w") + + def write(self, message): + self.terminal.write(message) + self.log.write(message) + self.log.flush() + + def flush(self): + pass + + def getLogFile(self): + return self.logfile + + +def get_cpu_information(outdir, time_str): + with open(os.path.join(outdir, 'cpu_information.' + time_str + '.cpu.txt'), 'wt') as writer: + command = ['cat', '/proc/cpuinfo'] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + writer.write(stdout) + + with open(os.path.join(outdir, 'cpu_information.' + time_str + '.slurm.txt'), 'wt') as writer: + for environment in sorted(os.environ): + if environment.startswith('SLURM_'): + writer.write('#' + environment + '\n' + os.environ[environment] + '\n') + + +def setPATHvariable(doNotUseProvidedSoftware, script_path): + path_variable = os.environ['PATH'] + script_folder = os.path.dirname(script_path) + # Set path to use provided softwares + if not doNotUseProvidedSoftware: + bowtie2 = os.path.join(script_folder, 'src', 'bowtie2-2.2.9') + samtools = os.path.join(script_folder, 'src', 'samtools-1.3.1', 'bin') + bcftools = os.path.join(script_folder, 'src', 'bcftools-1.3.1', 'bin') + + os.environ['PATH'] = str(':'.join([bowtie2, samtools, bcftools, path_variable])) + + # Print PATH variable + print '\n' + 'PATH variable:' + print os.environ['PATH'] + + +def checkPrograms(programs_version_dictionary): + print '\n' + 'Checking dependencies...' + programs = programs_version_dictionary + which_program = ['which', ''] + listMissings = [] + for program in programs: + which_program[1] = program + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(which_program, False, None, False) + if not run_successfully: + listMissings.append(program + ' not found in PATH.') + else: + print stdout.splitlines()[0] + if programs[program][0] is None: + print program + ' (impossible to determine programme version) found at: ' + stdout.splitlines()[0] + else: + if program.endswith('.jar'): + check_version = ['java', '-jar', stdout.splitlines()[0], programs[program][0]] + programs[program].append(stdout.splitlines()[0]) + else: + check_version = [stdout.splitlines()[0], programs[program][0]] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(check_version, False, None, False) + if stdout == '': + stdout = stderr + if program == 'wget': + version_line = stdout.splitlines()[0].split(' ', 3)[2] + else: + version_line = stdout.splitlines()[0].split(' ')[-1] + replace_characters = ['"', 'v', 'V', '+'] + for i in replace_characters: + version_line = version_line.replace(i, '') + print program + ' (' + version_line + ') found' + if programs[program][1] == '>=': + program_found_version = version_line.split('.') + program_version_required = programs[program][2].split('.') + if len(program_version_required) == 3: + if len(program_found_version) == 2: + program_found_version.append(0) + else: + program_found_version[2] = program_found_version[2].split('_')[0] + for i in range(0, len(program_version_required)): + if int(program_found_version[i]) < int(program_version_required[i]): + listMissings.append('It is required ' + program + ' with version ' + programs[program][1] + ' ' + programs[program][2]) + else: + if version_line != programs[program][2]: + listMissings.append('It is required ' + program + ' with version ' + programs[program][1] + ' ' + programs[program][2]) + return listMissings + + +def requiredPrograms(asperaKey, downloadCramBam): + programs_version_dictionary = {} + programs_version_dictionary['wget'] = ['--version', '>=', '1.12'] + programs_version_dictionary['bowtie2'] = ['--version', '>=', '2.2.9'] + programs_version_dictionary['samtools'] = ['--version', '==', '1.3.1'] + programs_version_dictionary['bcftools'] = ['--version', '==', '1.3.1'] + if asperaKey is not None: + programs_version_dictionary['ascp'] = ['--version', '>=', '3.6.1'] + if downloadCramBam: + programs_version_dictionary['gzip'] = ['--version', '>=', '1.6'] + missingPrograms = checkPrograms(programs_version_dictionary) + if len(missingPrograms) > 0: + sys.exit('\n' + 'Errors:' + '\n' + '\n'.join(missingPrograms)) + + +def general_information(logfile, version, outdir, time_str, doNotUseProvidedSoftware, asperaKey, downloadCramBam): + # Check if output directory exists + + print '\n' + '==========> ReMatCh <==========' + print '\n' + 'Program start: ' + time.ctime() + + # Tells where the logfile will be stored + print '\n' + 'LOGFILE:' + print logfile + + # Print command + print '\n' + 'COMMAND:' + script_path = os.path.abspath(sys.argv[0]) + print sys.executable + ' ' + script_path + ' ' + ' '.join(sys.argv[1:]) + + # Print directory where programme was lunch + print '\n' + 'PRESENT DIRECTORY:' + present_directory = os.path.abspath(os.getcwd()) + print present_directory + + # Print program version + print '\n' + 'VERSION:' + scriptVersionGit(version, present_directory, script_path) + + # Get CPU information + get_cpu_information(outdir, time_str) + + # Set and print PATH variable + setPATHvariable(doNotUseProvidedSoftware, script_path) + + # Check programms + requiredPrograms(asperaKey, downloadCramBam) + + return script_path + + +def scriptVersionGit(version, directory, script_path): + print 'Version ' + version + + try: + os.chdir(os.path.dirname(script_path)) + command = ['git', 'log', '-1', '--date=local', '--pretty=format:"%h (%H) - Commit by %cn, %cd) : %s"'] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(command, False, 15, False) + print stdout + command = ['git', 'remote', 'show', 'origin'] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(command, False, 15, False) + print stdout + os.chdir(directory) + except: + print 'HARMLESS WARNING: git command possibly not found. The GitHub repository information will not be obtained.' + + +def runTime(start_time): + end_time = time.time() + time_taken = end_time - start_time + hours, rest = divmod(time_taken, 3600) + minutes, seconds = divmod(rest, 60) + print 'Runtime :' + str(hours) + 'h:' + str(minutes) + 'm:' + str(round(seconds, 2)) + 's' + return round(time_taken, 2) + + +def timer(function, name): + @functools.wraps(function) + def wrapper(*args, **kwargs): + print('\n' + 'RUNNING {0}\n'.format(name)) + start_time = time.time() + + results = list(function(*args, **kwargs)) # guarantees return is a list to allow .insert() + + time_taken = runTime(start_time) + print('END {0}'.format(name)) + + results.insert(0, time_taken) + return results + return wrapper + + +def removeDirectory(directory): + if os.path.isdir(directory): + shutil.rmtree(directory) + + +def saveVariableToPickle(variableToStore, outdir, prefix): + pickleFile = os.path.join(outdir, str(prefix + '.pkl')) + with open(pickleFile, 'wb') as writer: + pickle.dump(variableToStore, writer) + + +def extractVariableFromPickle(pickleFile): + with open(pickleFile, 'rb') as reader: + variable = pickle.load(reader) + return variable + + +def trace_unhandled_exceptions(func): + @functools.wraps(func) + def wrapped_func(*args, **kwargs): + try: + func(*args, **kwargs) + except: + print 'Exception in ' + func.__name__ + traceback.print_exc() + return wrapped_func + + +def kill_subprocess_Popen(subprocess_Popen, command): + print 'Command run out of time: ' + str(command) + subprocess_Popen.kill() + + +def runCommandPopenCommunicate(command, shell_True, timeout_sec_None, print_comand_True): + run_successfully = False + if not isinstance(command, basestring): + command = ' '.join(command) + command = shlex.split(command) + + if print_comand_True: + print 'Running: ' + ' '.join(command) + + if shell_True: + command = ' '.join(command) + proc = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, shell=True) + else: + proc = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) + + not_killed_by_timer = True + if timeout_sec_None is None: + stdout, stderr = proc.communicate() + else: + timer = Timer(timeout_sec_None, kill_subprocess_Popen, args=(proc, command,)) + timer.start() + stdout, stderr = proc.communicate() + timer.cancel() + not_killed_by_timer = timer.isAlive() + + if proc.returncode == 0: + run_successfully = True + else: + if not print_comand_True and not_killed_by_timer: + print 'Running: ' + str(command) + if len(stdout) > 0: + print 'STDOUT' + print stdout.decode("utf-8") + if len(stderr) > 0: + print 'STDERR' + print stderr.decode("utf-8") + return run_successfully, stdout, stderr + + +def rchop(string, ending): + if string.endswith(ending): + string = string[:-len(ending)] + return string + + +def reverse_complement(seq): + complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A', 'N': 'N'} + + reverse_complement = '' + + seq = reversed(list(seq.upper())) + + for base in seq: + reverse_complement += complement[base] + + return reverse_complement diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/modules/utils.pyc Binary file scripts/ReMatCh/modules/utils.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/rematch.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/rematch.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,466 @@ +#!/usr/bin/env python + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +rematch.py - Reads mapping against target sequences, checking mapping +and consensus sequences production + + +Copyright (C) 2017 Miguel Machado + +Last modified: April 12, 2017 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see . +""" + +import os +import sys +import time +import argparse +import modules.utils as utils +import modules.seqFromWebTaxon as seqFromWebTaxon +import modules.download as download +import modules.rematch_module as rematch_module +import modules.checkMLST as checkMLST + + +version = '3.2' + + +def searchFastqFiles(directory): + filesExtensions = ['.fastq.gz', '.fq.gz'] + pairEnd_filesSeparation = [['_R1_001.f', '_R2_001.f'], ['_1.f', '_2.f']] + + listIDs = {} + directories = [d for d in os.listdir(directory) if not d.startswith('.') and os.path.isdir(os.path.join(directory, d, ''))] + for directory_found in directories: + if directory_found != 'pubmlst': + directory_path = os.path.join(directory, directory_found, '') + + fastqFound = [] + files = [f for f in os.listdir(directory_path) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(directory_path, f))] + for file_found in files: + if file_found.endswith(tuple(filesExtensions)): + fastqFound.append(file_found) + + if len(fastqFound) == 1: + listIDs[directory_found] = [os.path.join(directory_path, f) for f in fastqFound] + elif len(fastqFound) >= 2: + file_pair = [] + + # Search pairs + for PE_separation in pairEnd_filesSeparation: + for fastq in fastqFound: + if PE_separation[0] in fastq or PE_separation[1] in fastq: + file_pair.append(fastq) + + if len(file_pair) == 2: + break + else: + file_pair = [] + + # Search single + if len(file_pair) == 0: + for PE_separation in pairEnd_filesSeparation: + for fastq in fastqFound: + if PE_separation[0] not in fastq or PE_separation[1] not in fastq: + file_pair.append(fastq) + + if len(file_pair) >= 1: + file_pair = file_pair[0] + + if len(file_pair) >= 1: + listIDs[directory_found] = [os.path.join(directory_path, f) for f in file_pair] + + return listIDs + + +def getListIDs_fromFile(fileListIDs): + list_ids = [] + + with open(fileListIDs, 'rtU') as lines: + for line in lines: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + list_ids.append(line) + + if len(list_ids) == 0: + sys.exit('No runIDs were found in ' + fileListIDs) + + return list_ids + + +def getTaxonRunIDs(taxon_name, outputfile): + seqFromWebTaxon.runSeqFromWebTaxon(taxon_name, outputfile, True, True, True, False) + + runIDs = [] + with open(outputfile, 'rtU') as reader: + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if not line.startswith('#'): + line = line.split('\t') + runIDs.append(line[0]) + + return runIDs + + +def getListIDs(workdir, fileListIDs, taxon_name): + searched_fastq_files = False + listIDs = [] + if fileListIDs is None and taxon_name is None: + listIDs = searchFastqFiles(workdir) + searched_fastq_files = True + elif fileListIDs is not None: + listIDs = getListIDs_fromFile(os.path.abspath(fileListIDs)) + elif taxon_name is not None and fileListIDs is None: + listIDs = getTaxonRunIDs(taxon_name, os.path.join(workdir, 'IDs_list.seqFromWebTaxon.tab')) + + if len(listIDs) == 0: + sys.exit('No IDs were found') + return listIDs, searched_fastq_files + + +def format_gene_info(gene_specific_info, minimum_gene_coverage, minimum_gene_identity, reported_data_type): + info = None + if gene_specific_info['gene_coverage'] >= minimum_gene_coverage and gene_specific_info['gene_identity'] >= minimum_gene_identity: + if gene_specific_info['gene_number_positions_multiple_alleles'] == 0: + info = str(gene_specific_info[reported_data_type]) + else: + info = 'multiAlleles_' + str(gene_specific_info[reported_data_type]) + else: + info = 'absent_' + str(gene_specific_info[reported_data_type]) + + return info + + +def write_data_by_gene(gene_list_reference, minimum_gene_coverage, sample, data_by_gene, outdir, time_str, run_times, minimum_gene_identity, reported_data_type): + combined_report = os.path.join(outdir, 'combined_report.data_by_gene.' + run_times + '.' + reported_data_type + '.' + time_str + '.tab') + + if reported_data_type == 'coverage_depth': + reported_data_type = 'gene_mean_read_coverage' + elif reported_data_type == 'sequence_coverage': + reported_data_type = 'gene_coverage' + + combined_report_exist = os.path.isfile(combined_report) + with open(combined_report, 'at') as writer: + seq_list = gene_list_reference.keys() + if not combined_report_exist: + writer.write('#sample' + '\t' + '\t'.join([gene_list_reference[seq] for seq in seq_list]) + '\n') + + results = {} + headers = [] + for i in data_by_gene: + results[data_by_gene[i]['header']] = format_gene_info(data_by_gene[i], minimum_gene_coverage, minimum_gene_identity, reported_data_type) + headers.append(data_by_gene[i]['header']) + + if len(headers) != gene_list_reference: + for gene in gene_list_reference: + if gene not in headers: + results[gene] = 'NA' + + writer.write(sample + '\t' + '\t'.join([results[seq] for seq in seq_list]) + '\n') + + +def write_sample_report(sample, outdir, time_str, fileSize, run_successfully_fastq, run_successfully_rematch_first, run_successfully_rematch_second, time_taken_fastq, time_taken_rematch_first, time_taken_rematch_second, time_taken_sample, sequencingInformation, sample_data_general_first, sample_data_general_second, fastq_used): + sample_report = os.path.join(outdir, 'sample_report.' + time_str + '.tab') + report_exist = os.path.isfile(sample_report) + + header_general = ['sample', 'sample_run_successfully', 'sample_run_time', 'files_size', 'download_run_successfully', 'download_run_time', 'rematch_run_successfully_first', 'rematch_run_time_first', 'rematch_run_successfully_second', 'rematch_run_time_second'] + header_data_general = ['number_absent_genes', 'number_genes_multiple_alleles', 'mean_sample_coverage'] + header_sequencing = ['run_accession', 'instrument_platform', 'instrument_model', 'library_layout', 'library_source', 'extra_run_accession', 'nominal_length', 'read_count', 'base_count', 'date_download'] + + with open(sample_report, 'at') as writer: + if not report_exist: + writer.write('#' + '\t'.join(header_general) + '\t' + '_first\t'.join(header_data_general) + '_first\t' + '_second\t'.join(header_data_general) + '_second\t' + '\t'.join(header_sequencing) + '\t' + 'fastq_used' + '\n') + + writer.write('\t'.join([sample, str(all([run_successfully_fastq is not False, run_successfully_rematch_first is not False, run_successfully_rematch_second is not False])), str(time_taken_sample), str(fileSize), str(run_successfully_fastq), str(time_taken_fastq), str(run_successfully_rematch_first), str(time_taken_rematch_first), str(run_successfully_rematch_second), str(time_taken_rematch_second)]) + '\t' + '\t'.join([str(sample_data_general_first[i]) for i in header_data_general]) + '\t' + '\t'.join([str(sample_data_general_second[i]) for i in header_data_general]) + '\t' + '\t'.join([str(sequencingInformation[i]) for i in header_sequencing]) + '\t' + ','.join(fastq_used) + '\n') + + +def concatenate_extraSeq_2_consensus(consensus_sequence, reference_sequence, extraSeq_length, outdir): + reference_dict, ignore, ignore = rematch_module.get_sequence_information(reference_sequence, extraSeq_length) + consensus_dict, genes, ignore = rematch_module.get_sequence_information(consensus_sequence, 0) + for k, values_consensus in consensus_dict.items(): + for values_reference in reference_dict.values(): + if values_reference['header'] == values_consensus['header']: + if extraSeq_length <= len(values_reference['sequence']): + right_extra_seq = '' if extraSeq_length == 0 else values_reference['sequence'][-extraSeq_length:] + consensus_dict[k]['sequence'] = values_reference['sequence'][:extraSeq_length] + consensus_dict[k]['sequence'] + right_extra_seq + consensus_dict[k]['length'] += extraSeq_length + len(right_extra_seq) + + consensus_concatenated = os.path.join(outdir, 'consensus_concatenated_extraSeq.fasta') + with open(consensus_concatenated, 'wt') as writer: + for i in consensus_dict: + writer.write('>' + consensus_dict[i]['header'] + '\n') + fasta_sequence_lines = rematch_module.chunkstring(consensus_dict[i]['sequence'], 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + + return consensus_concatenated, genes, consensus_dict + + +def clean_headers_reference_file(reference_file, outdir, extraSeq): + problematic_characters = ["|", " ", ",", ".", "(", ")", "'", "/", ":"] + print 'Checking if reference sequences contain ' + str(problematic_characters) + '\n' + headers_changed = False + new_reference_file = str(reference_file) + sequences, genes, headers_changed = rematch_module.get_sequence_information(reference_file, extraSeq) + if headers_changed: + print 'At least one of the those characters was found. Replacing those with _' + '\n' + new_reference_file = os.path.join(outdir, os.path.splitext(os.path.basename(reference_file))[0] + '.headers_renamed.fasta') + with open(new_reference_file, 'wt') as writer: + for i in sequences: + writer.write('>' + sequences[i]['header'] + '\n') + fasta_sequence_lines = rematch_module.chunkstring(sequences[i]['sequence'], 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + return new_reference_file, genes, sequences + + +def write_mlst_report(sample, run_times, consensus_type, st, alleles_profile, lociOrder, outdir, time_str): + mlst_report = os.path.join(outdir, 'mlst_report.' + time_str + '.tab') + mlst_report_exist = os.path.isfile(mlst_report) + with open(mlst_report, 'at') as writer: + if not mlst_report_exist: + writer.write('\t'.join(['#sample', 'ReMatCh_run', 'consensus_type', 'ST'] + lociOrder) + '\n') + writer.write('\t'.join([sample, run_times, consensus_type, str(st)] + alleles_profile.split(',')) + '\n') + + +def run_get_st(sample, mlst_dicts, consensus_sequences, mlstConsensus, run_times, outdir, time_str): + if mlstConsensus == 'all': + for consensus_type in consensus_sequences: + print 'Searching MLST for ' + consensus_type + ' consensus' + st, alleles_profile = checkMLST.getST(mlst_dicts, consensus_sequences[consensus_type]) + write_mlst_report(sample, run_times, consensus_type, st, alleles_profile, mlst_dicts[2], outdir, time_str) + print 'ST found: ' + str(st) + ' (' + alleles_profile + ')' + else: + st, alleles_profile = checkMLST.getST(mlst_dicts, consensus_sequences[mlstConsensus]) + write_mlst_report(sample, run_times, mlstConsensus, st, alleles_profile, mlst_dicts[2], outdir, time_str) + print 'ST found for ' + mlstConsensus + ' consensus: ' + str(st) + ' (' + alleles_profile + ')' + + +def runRematch(args): + workdir = os.path.abspath(args.workdir) + if not os.path.isdir(workdir): + os.makedirs(workdir) + + asperaKey = os.path.abspath(args.asperaKey.name) if args.asperaKey is not None else None + + # Start logger + logfile, time_str = utils.start_logger(workdir) + + # Get general information + script_path = utils.general_information(logfile, version, workdir, time_str, args.doNotUseProvidedSoftware, asperaKey, args.downloadCramBam) + + # Set listIDs + listIDs, searched_fastq_files = getListIDs(workdir, args.listIDs.name if args.listIDs is not None else None, args.taxon) + + if args.mlst is not None: + time_taken_PubMLST, mlst_dicts, mlst_sequences = checkMLST.downloadPubMLSTxml(args.mlst, args.mlstSchemaNumber, workdir) + args.softClip_recodeRun = 'first' + args.conservedSeq = False + + if args.reference is None: + reference_file = checkMLST.check_existing_schema(args.mlst, args.mlstSchemaNumber, script_path) + args.extraSeq = 200 + if reference_file is None: + print 'It was not found provided MLST scheme sequences for ' + args.mlst + print 'Trying to obtain reference MLST sequences from PubMLST' + if len(mlst_sequences) > 0: + reference_file = checkMLST.write_mlst_reference(args.mlst, mlst_sequences, workdir, time_str) + args.extraSeq = 0 + else: + sys.exit('It was not possible to download MLST sequences from PubMLST!') + else: + print 'Using provided scheme as referece: ' + reference_file + else: + reference_file = os.path.abspath(args.reference.name) + + # Run ReMatCh for each sample + print '\n' + 'STARTING ReMatCh' + '\n' + + # Clean sequences headers + reference_file, gene_list_reference, reference_dict = clean_headers_reference_file(reference_file, workdir, args.extraSeq) + + if args.mlst is not None: + problem_genes = False + for header in mlst_sequences: + if header not in gene_list_reference: + print 'MLST gene {header} not found between reference sequences'.format(header=header) + problem_genes = True + if problem_genes: + sys.exit('Missing MLST genes from reference sequences (at least sequences names do not match)!') + + if len(gene_list_reference) == 0: + sys.exit('No sequences left') + + # To use in combined report + + number_samples_successfully = 0 + for sample in listIDs: + sample_start_time = time.time() + print '\n\n' + 'Sample ID: ' + sample + + # Create sample outdir + sample_outdir = os.path.join(workdir, sample, '') + if not os.path.isdir(sample_outdir): + os.mkdir(sample_outdir) + + run_successfully_fastq = None + time_taken_fastq = 0 + sequencingInformation = {'run_accession': None, 'instrument_platform': None, 'instrument_model': None, 'library_layout': None, 'library_source': None, 'extra_run_accession': None, 'nominal_length': None, 'read_count': None, 'base_count': None, 'date_download': None} + if not searched_fastq_files: + # Download Files + time_taken_fastq, run_successfully_fastq, fastq_files, sequencingInformation = download.runDownload(sample, args.downloadLibrariesType, asperaKey, sample_outdir, args.downloadCramBam, args.threads, args.downloadInstrumentPlatform) + else: + fastq_files = listIDs[sample] + + fileSize = None + + run_successfully_rematch_first = None + run_successfully_rematch_second = None + time_taken_rematch_first = 0 + time_taken_rematch_second = 0 + if run_successfully_fastq is not False: + fileSize = sum(os.path.getsize(fastq) for fastq in fastq_files) + # Run ReMatCh + time_taken_rematch_first, run_successfully_rematch_first, data_by_gene, sample_data_general_first, consensus_files, consensus_sequences = rematch_module.runRematchModule(sample, fastq_files, reference_file, args.threads, sample_outdir, args.extraSeq, args.minCovPresence, args.minCovCall, args.minFrequencyDominantAllele, args.minGeneCoverage, args.conservedSeq, args.debug, args.numMapLoc, args.minGeneIdentity, 'first', args.softClip_baseQuality, args.softClip_recodeRun, reference_dict, args.softClip_cigarFlagRecode, args.bowtieOPT, gene_list_reference, args.notWriteConsensus) + if run_successfully_rematch_first: + if args.mlst is not None and (args.mlstRun == 'first' or args.mlstRun == 'all'): + run_get_st(sample, mlst_dicts, consensus_sequences, args.mlstConsensus, 'first', workdir, time_str) + write_data_by_gene(gene_list_reference, args.minGeneCoverage, sample, data_by_gene, workdir, time_str, 'first_run', args.minGeneIdentity, 'coverage_depth') + if args.reportSequenceCoverage: + write_data_by_gene(gene_list_reference, args.minGeneCoverage, sample, data_by_gene, workdir, time_str, 'first_run', args.minGeneIdentity, 'sequence_coverage') + if args.doubleRun: + rematch_second_outdir = os.path.join(sample_outdir, 'rematch_second_run', '') + if not os.path.isdir(rematch_second_outdir): + os.mkdir(rematch_second_outdir) + consensus_concatenated_fasta, consensus_concatenated_gene_list, consensus_concatenated_dict = concatenate_extraSeq_2_consensus(consensus_files['noMatter'], reference_file, args.extraSeq, rematch_second_outdir) + if len(consensus_concatenated_gene_list) > 0: + time_taken_rematch_second, run_successfully_rematch_second, data_by_gene, sample_data_general_second, consensus_files, consensus_sequences = rematch_module.runRematchModule(sample, fastq_files, consensus_concatenated_fasta, args.threads, rematch_second_outdir, args.extraSeq, args.minCovPresence, args.minCovCall, args.minFrequencyDominantAllele, args.minGeneCoverage, args.conservedSeq, args.debug, args.numMapLoc, args.minGeneIdentity, 'second', args.softClip_baseQuality, args.softClip_recodeRun, consensus_concatenated_dict, args.softClip_cigarFlagRecode, args.bowtieOPT, gene_list_reference, args.notWriteConsensus) + if not args.debug: + os.remove(consensus_concatenated_fasta) + if run_successfully_rematch_second: + if args.mlst is not None and (args.mlstRun == 'second' or args.mlstRun == 'all'): + run_get_st(sample, mlst_dicts, consensus_sequences, args.mlstConsensus, 'second', workdir, time_str) + write_data_by_gene(gene_list_reference, args.minGeneCoverage, sample, data_by_gene, workdir, time_str, 'second_run', args.minGeneIdentity, 'coverage_depth') + if args.reportSequenceCoverage: + write_data_by_gene(gene_list_reference, args.minGeneCoverage, sample, data_by_gene, workdir, time_str, 'second_run', args.minGeneIdentity, 'sequence_coverage') + else: + print 'No sequences left after ReMatCh module first run. Second run will not be performed' + if os.path.isfile(consensus_concatenated_fasta): + os.remove(consensus_concatenated_fasta) + if os.path.isdir(rematch_second_outdir): + utils.removeDirectory(rematch_second_outdir) + + if not searched_fastq_files and not args.keepDownloadedFastq and fastq_files is not None: + for fastq in fastq_files: + if os.path.isfile(fastq): + os.remove(fastq) + + time_taken = utils.runTime(sample_start_time) + + write_sample_report(sample, workdir, time_str, fileSize, run_successfully_fastq, run_successfully_rematch_first, run_successfully_rematch_second, time_taken_fastq, time_taken_rematch_first, time_taken_rematch_second, time_taken, sequencingInformation, sample_data_general_first if run_successfully_rematch_first else {'number_absent_genes': None, 'number_genes_multiple_alleles': None, 'mean_sample_coverage': None}, sample_data_general_second if run_successfully_rematch_second else {'number_absent_genes': None, 'number_genes_multiple_alleles': None, 'mean_sample_coverage': None}, fastq_files if fastq_files is not None else '') + + if all([run_successfully_fastq is not False, run_successfully_rematch_first is not False, run_successfully_rematch_second is not False]): + number_samples_successfully += 1 + + return number_samples_successfully, len(listIDs) + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='rematch.py', description='Reads mapping against target sequences, checking mapping and consensus sequences production', formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('-r', '--reference', type=argparse.FileType('r'), metavar='/path/to/reference_sequence.fasta', help='Fasta file containing reference sequences', required=False) + parser_optional_general.add_argument('-w', '--workdir', type=str, metavar='/path/to/workdir/directory/', help='Path to the directory where ReMatCh will run and produce the outputs with reads (ended with fastq.gz/fq.gz and, in case of PE data, pair-end direction coded as _R1_001 / _R2_001 or _1 / _2) already present (organized in sample folders) or to be downloaded', required=False, default='.') + parser_optional_general.add_argument('-j', '--threads', type=int, metavar='N', help='Number of threads to use', required=False, default=1) + parser_optional_general.add_argument('--mlst', type=str, metavar='"Streptococcus agalactiae"', help='Species name (same as in PubMLST) to be used in MLST determination. ReMatCh will use Bowtie2 very-sensitive-local mapping parameters and will recode the soft clip CIGAR flags of the first run', required=False) + parser_optional_general.add_argument('--doNotUseProvidedSoftware', action='store_true', help='Tells ReMatCh to not use Bowtie2, Samtools and Bcftools that are provided with it') + + parser_optional_rematch = parser.add_argument_group('ReMatCh module facultative options') + parser_optional_rematch.add_argument('--conservedSeq', action='store_true', help=argparse.SUPPRESS) + # parser_optional_rematch.add_argument('--conservedSeq', action='store_true', help='This option can be used with conserved sequences like MLST genes to speedup the analysis by alignning reads using Bowtie2 sensitive algorithm') + parser_optional_rematch.add_argument('--extraSeq', type=int, metavar='N', help='Sequence length added to both ends of target sequences (usefull to improve reads mapping to the target one) that will be trimmed in ReMatCh outputs', required=False, default=0) + parser_optional_rematch.add_argument('--minCovPresence', type=int, metavar='N', help='Reference position minimum coverage depth to consider the position to be present in the sample', required=False, default=5) + parser_optional_rematch.add_argument('--minCovCall', type=int, metavar='N', help='Reference position minimum coverage depth to perform a base call. Lower coverage will be coded as N', required=False, default=10) + parser_optional_rematch.add_argument('--minFrequencyDominantAllele', type=float, metavar='0.6', help='Minimum relative frequency of the dominant allele coverage depth (value between [0, 1]). Positions with lower values will be considered as having multiple alleles (and will be coded as N)', required=False, default=0.6) + parser_optional_rematch.add_argument('--minGeneCoverage', type=int, metavar='N', help='Minimum percentage of target reference gene sequence covered by --minCovPresence to consider a gene to be present (value between [0, 100])', required=False, default=70) + parser_optional_rematch.add_argument('--minGeneIdentity', type=int, metavar='N', help='Minimum percentage of identity of reference gene sequence covered by --minCovCall to consider a gene to be present (value between [0, 100]). One INDEL will be considered as one difference', required=False, default=80) + parser_optional_rematch.add_argument('--numMapLoc', type=int, metavar='N', help=argparse.SUPPRESS, required=False, default=1) + # parser_optional_rematch.add_argument('--numMapLoc', type=int, metavar='N', help='Maximum number of locations to which a read can map (sometimes useful when mapping against similar sequences)', required=False, default=1) + parser_optional_rematch.add_argument('--doubleRun', action='store_true', help='Tells ReMatCh to run a second time using as reference the noMatter consensus sequence produced in the first run. This will improve consensus sequence determination for sequences with high percentage of target reference gene sequence covered') + parser_optional_rematch.add_argument('--reportSequenceCoverage', action='store_true', help='Produce an extra combined_report.data_by_gene with the sequence coverage instead of coverage depth') + parser_optional_rematch.add_argument('--notWriteConsensus', action='store_true', help='Do not write consensus sequences') + parser_optional_rematch.add_argument('--bowtieOPT', type=str, metavar='"--no-mixed"', help='Extra Bowtie2 options', required=False) + parser_optional_rematch.add_argument('--debug', action='store_true', help='DeBug Mode: do not remove temporary files') + + parser_optional_mlst = parser.add_argument_group('MLST facultative options') + parser_optional_rematch.add_argument('--mlstReference', action='store_true', help='If the curated scheme for MLST alleles is available, tells ReMatCh to use these as reference (force Bowtie2 to run with very-sensitive-local parameters, and sets --extraSeq to 200), otherwise ReMatCh uses the first alleles of each MLST gene fragment in PubMLST as reference sequences (force Bowtie2 to run with very-sensitive-local parameters, and sets --extraSeq to 0)') + parser_optional_mlst.add_argument('--mlstSchemaNumber', type=int, metavar='N', help='Number of the species PubMLST schema to be used in case of multiple schemes available (by default will use the first schema)', required=False) + parser_optional_mlst.add_argument('--mlstConsensus', choices=['noMatter', 'correct', 'alignment', 'all'], type=str, metavar='noMatter', help='Consensus sequence to be used in MLST determination (available options: %(choices)s)', required=False, default='noMatter') + parser_optional_mlst.add_argument('--mlstRun', choices=['first', 'second', 'all'], type=str, metavar='first', help='ReMatCh run outputs to be used in MLST determination (available options: %(choices)s)', required=False, default='all') + + parser_optional_download = parser.add_argument_group('Download facultative options') + parser_optional_download.add_argument('-a', '--asperaKey', type=argparse.FileType('r'), metavar='/path/to/asperaweb_id_dsa.openssh', help='Tells ReMatCh to download fastq files from ENA using Aspera Connect. With this option, the path to Private-key file asperaweb_id_dsa.openssh must be provided (normaly found in ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh).', required=False) + parser_optional_download.add_argument('-k', '--keepDownloadedFastq', action='store_true', help='Tells ReMatCh to keep the fastq files downloaded') + parser_optional_download.add_argument('--downloadLibrariesType', type=str, metavar='PAIRED', help='Tells ReMatCh to download files with specific library layout (available options: %(choices)s)', choices=['PAIRED', 'SINGLE', 'BOTH'], required=False, default='BOTH') + parser_optional_download.add_argument('--downloadInstrumentPlatform', type=str, metavar='ILLUMINA', help='Tells ReMatCh to download files with specific library layout (available options: %(choices)s)', choices=['ILLUMINA', 'ALL'], required=False, default='ILLUMINA') + parser_optional_download.add_argument('--downloadCramBam', action='store_true', help='Tells ReMatCh to also download cram/bam files and convert them to fastq files') + + parser_optional_softClip = parser.add_argument_group('Soft clip facultative options') + parser_optional_softClip.add_argument('--softClip_baseQuality', type=int, metavar='N', help='Base quality phred score in reads soft clipped regions', required=False, default=7) + parser_optional_download.add_argument('--softClip_recodeRun', type=str, metavar='first', help='ReMatCh run to recode soft clipped regions (available options: %(choices)s)', choices=['first', 'second', 'both', 'none'], required=False, default='none') + parser_optional_download.add_argument('--softClip_cigarFlagRecode', type=str, metavar='M', help='CIGAR flag to recode CIGAR soft clip (available options: %(choices)s)', choices=['M', 'I', 'X'], required=False, default='X') + + parser_optional_download_exclusive = parser.add_mutually_exclusive_group() + parser_optional_download_exclusive.add_argument('-l', '--listIDs', type=argparse.FileType('r'), metavar='/path/to/list_IDs.txt', help='Path to list containing the IDs to be downloaded (one per line)', required=False) + parser_optional_download_exclusive.add_argument('-t', '--taxon', type=str, metavar='"Streptococcus agalactiae"', help='Taxon name for which ReMatCh will download fastq files', required=False) + + args = parser.parse_args() + + if args.reference is None and not args.mlstReference: + parser.error('At least --reference or --mlstReference should be provided') + elif args.reference is not None and args.mlstReference: + parser.error('Only --reference or --mlstReference should be provided') + else: + if args.mlstReference: + if args.mlst is None: + parser.error('Please provide species name using --mlst') + + if args.minFrequencyDominantAllele < 0 or args.minFrequencyDominantAllele > 1: + parser.error('--minFrequencyDominantAllele should be a value between [0, 1]') + + if args.minGeneCoverage < 0 or args.minGeneCoverage > 100: + parser.error('--minGeneCoverage should be a value between [0, 100]') + if args.minGeneIdentity < 0 or args.minGeneIdentity > 100: + parser.error('--minGeneIdentity should be a value between [0, 100]') + + start_time = time.time() + + number_samples_successfully, samples_total_number = runRematch(args) + + print '\n' + 'END ReMatCh' + print '\n' + str(number_samples_successfully) + ' samples out of ' + str(samples_total_number) + ' run successfully' + time_taken = utils.runTime(start_time) + del time_taken + + if number_samples_successfully == 0: + sys.exit('No samples run successfully!') + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/utils/README.md --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/README.md Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,183 @@ +ReMatCh +======= +*Reads mapping against target sequences, checking mapping and consensus sequences production* + + + +Table of Contents +-- + +[Combine alignment consensus](#combine-alignment-consensus) +[Convert Ns to gaps](#convert-ns-to-gaps) +[gffParser](#gffparser) +[Restart ReMatCh](#restart-rematch) +[Strip Alignment](#strip-alignment) + + +## Combine Alignment Consensus + +Combine the alignment consensus sequences from ReMatCh first run by reference sequences into single files. + +**Dependencies** +- Python (2.7.x) + +**Usage** + + usage: combine_alignment_consensus.py [-h] [--version] + -w /path/to/rematch/working/directory/ + [-o /path/to/output/directory/] + + Combine the alignment consensus sequences from ReMatCh first run by reference sequences into single files + + optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + --version Version information + + Required options: + -w /path/to/rematch/working/directory/ + --workdir /path/to/rematch/working/directory/ Path to the directory where ReMatCh was running (default: None) + + General facultative options: + -o --outdir /path/to/output/directory/ Path to the directory where the combined sequence files will stored (default: .) + + + +## Convert Ns to Gaps + + +Convert the Ns into gaps in a fasta file. + +**Dependencies** +- Python (2.7.x) + +**Usage** + + usage: convert_Ns_to_gaps.py [-h] [--version] + -i /path/to/input/file.fasta + -o /path/to/converted/output/file.fasta + + Convert the Ns into gaps + + optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + --version Version information + + Required options: + -i --infile /path/to/input/file.fasta Path to the fasta file (default: None) + -o --outfile /path/to/converted/output/file.fasta Converted output fasta file (default: converted_Ns_to_gaps.fasta) + + + +## gffParser + + +Parser for GFF3 files, as the ones obtained by [PROKKA](https://github.com/tseemann/prokka). This files require to have both the features and sequence. It will retrieve the CDS sequences in the GFF file, allowing these to be extended by the number of nucleotides specifiend in `--extraSeq`. A selection of CDS of interest to be parsed can also be obtained by providing `--select` with a txt file of the IDs of interest, one per line. As an alternative, wanted sequences can be obtained from the GFF file from a txt file containing the coontig ID, start and end position (one per line) of the sequences of interest, using the `-fromFile` option. `-extraSeq` can also be obtain through this method. + +**Dependencies** +- Python (2.7.x) +- [Biopython](http://biopython.org/) (1.68 or similar) + +**Usage** + + usage: gffParser.py [-h] + -i INPUT [-x EXTRASEQ] [-k] [-o OUTPUTDIR] + [-s SELECT] [-f FROMFILE] [--version] + + GFF3 parser for feature sequence retrival, containing both sequences and annotations. + + optional arguments: + -h, --help Show this help message and exit + -i --input INPUT + GFF3 file to parse, containing both sequences and annotations (like the one obtained from PROKKA). + -x --extraSeq EXTRASEQ + Extra sequence to retrieve per feature in gff. + -k, --keepTemporaryFiles + Keep temporary gff(without sequence) and fasta files. + -o --outputDir OUTPUTDIR + Path to where the output is to be saved. + -s --select SELECT + txt file with the IDs of interest, one per line + -f --fromFile FROMFILE + Sequence coordinates to be retrieved. Requires contig ID and coords (contig,strart,end) in a csv file, one per line. + --version Display version, and exit. + +**Output** + +*.fasta* +Multi-fasta file with the retrieved sequences. +Headers will contain the feature ID, followed by '=', and the position of that feature in the sequence, starting with the original sequence ID,a '# and' the start and end coordinates separated with '_' (>featureID=contig#start_end). +If the `--fromFile` option is used, there's no feature ID, so the header will only contain it's position in the original sequence, followed by the start and end coordinates separated with '_' (>contig#start_end). + +*.txt* +Feature ID of the sequences that failed to be retireved, due to the start position or end position being outside of the sequence where the feature is (due to the `--extraSeq` option). + + + +## Restart ReMatCh + + +Restart a ReMatCh run abruptly terminated + +**Dependencies** +- Python (2.7.x) + +**Usage** + + usage: restart_rematch.py [-h] [--version] -i + /path/to/initial/workdir/directory/ + [-w /path/to/workdir/directory/] [-j N] + [--runFailedSamples] + + Restart a ReMatCh run abruptly terminated + + optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + --version Version information + + Required options: + -i /path/to/initial/workdir/directory/, --initialWorkdir /path/to/initial/workdir/directory/ + Path to the directory where ReMatCh was running (default: None) + + General facultative options: + -w, --workdir /path/to/workdir/directory/ + Path to the directory where ReMatCh will run again (default: .) + -j N, --threads N + Number of threads to use instead of the ones set in initial ReMatCh run (default: None) + --runFailedSamples + Will run ReMatCh for those samples missing, as well as for samples that did not run successfully in initial ReMatCh run (default: False) + + + +## Strip Alignment + + +Strip alignment positions containing gaps, +missing data and invariable positions. + +**Dependencies** +- Python (2.7.x) +- [Biopython](http://biopython.org/) (1.68 or similar) + +**Usage** + + usage: strip_alignment.py [-h] [--version] + -i /path/to/aligned/input/file.fasta -o /path/to/stripped/output/file.fasta [--notGAPs] + [--notMissing] [--notInvariable] + + Strip alignment positions containing gaps, missing data and invariable positions + + optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + --version Version information + + Required options: + -i, --infile /path/to/aligned/input/file.fasta + Path to the aligned fasta file (default: None) + -o, --outfile /path/to/stripped/output/file.fasta + Stripped output fasta file (default: alignment_stripped.fasta) + + General facultative options: + --notGAPs Not strip positions with GAPs (default: False) + --notMissing Not strip positions with missing data (default: False) + --notInvariable + Not strip invariable sites (default: False) diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/utils/combine_alignment_consensus.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/combine_alignment_consensus.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,111 @@ +#!/usr/bin/env python + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +combine_alignment_consensus.py - Combine the alignment consensus +sequences from ReMatCh first run by reference sequences into single +files + + +Copyright (C) 2017 Miguel Machado + +Last modified: March 20, 2017 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see . +""" + +import os +import argparse +import time +import sys + + +version = '0.1' + + +def concatenate_files(input_files_list, outdir): + all_executed_printed = False + for x, input_file in enumerate(input_files_list): + sample = os.path.basename(input_file).rsplit('.', 2)[0] + with open(input_file, 'rtU') as reader: + writer = None + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if line.startswith('>'): + file_output = os.path.join(outdir, line[1:] + '.fasta') + if writer is not None: + writer.flush() + writer.close() + if os.path.isfile(file_output): + writer = open(file_output, 'at') + else: + writer = open(file_output, 'wt') + writer.write('>' + sample + '\n') + else: + if len(line) > 0: + writer.write(line + '\n') + writer.flush() + writer.close() + + if (x + 1) % 100 == 0: + print '\n' + str(round((float(x + 1) / len(input_files_list)) * 100, 2)) + '% of IDs already processed' + all_executed_printed = True + if not all_executed_printed: + print '\n' + str(round((float(x + 1) / len(input_files_list)) * 100, 2)) + '% of IDs already processed' + + +def combine_alignment_consensus(args): + outdir = os.path.abspath(args.outdir) + if not os.path.isdir(outdir): + os.makedirs(outdir) + + outdir = os.path.join(outdir, 'combine_alignment_consensus_' + time.strftime("%Y%m%d-%H%M%S"), '') + os.makedirs(outdir) + + workdir = os.path.abspath(args.workdir) + + alignment_files = [] + directories = [d for d in os.listdir(workdir) if not d.startswith('.') and os.path.isdir(os.path.join(workdir, d, ''))] + for sample_dir in directories: + sample_dir_path = os.path.join(workdir, sample_dir, '') + files = [f for f in os.listdir(sample_dir_path) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(sample_dir_path, f))] + for file_found in files: + if file_found.endswith('.alignment.fasta'): + file_found_path = os.path.join(sample_dir_path, file_found) + alignment_files.append(file_found_path) + + if len(alignment_files) > 0: + concatenate_files(alignment_files, outdir) + else: + sys.exit('No ReMatCh alignment.fasta files were found!') + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='combine_alignment_consensus.py', description='Combine the alignment consensus sequences from ReMatCh first run by reference sequences into single files', formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-w', '--workdir', type=str, metavar='/path/to/rematch/working/directory/', help='Path to the directory where ReMatCh was running', required=True) + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('-o', '--outdir', type=str, metavar='/path/to/output/directory/', help='Path to the directory where the combined sequence files will stored', required=False, default='.') + + args = parser.parse_args() + + combine_alignment_consensus(args) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/utils/convert_Ns_to_gaps.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/convert_Ns_to_gaps.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,81 @@ +#!/usr/bin/env python + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +convert_Ns_to_gaps.py - Convert the Ns into gaps + + +Copyright (C) 2017 Miguel Machado + +Last modified: March 22, 2017 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see . +""" + +import os +import argparse + + +version = '0.1' + + +def conversion(infile, outfile): + last_printed = 0 + counter = 1 + with open(infile, 'rtU') as reader: + with open(outfile, 'wt') as writer: + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if line.startswith('>'): + writer.write(line + '\n') + if counter % 10 == 0: + print '\n' + str(counter) + ' sequences already processed' + last_printed = counter + counter += 1 + else: + if len(line) > 0: + line = line.replace('N', '-') + writer.write(line + '\n') + if last_printed < counter: + print '\n' + str(counter - 1) + ' sequences already processed' + + +def convert_Ns_2_gaps(args): + outdir = os.path.dirname(os.path.abspath(args.outfile)) + if not os.path.isdir(outdir): + os.makedirs(outdir) + + outfile = os.path.abspath(args.outfile) + + infile = os.path.abspath(args.infile.name) + + conversion(infile, outfile) + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='convert_Ns_to_gaps.py', description='Convert the Ns into gaps', formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-i', '--infile', type=argparse.FileType('r'), metavar='/path/to/input/file.fasta', help='Path to the fasta file', required=True) + parser_required.add_argument('-o', '--outfile', type=str, metavar='/path/to/converted/output/file.fasta', help='Converted output fasta file', required=True, default='converted_Ns_to_gaps.fasta') + + args = parser.parse_args() + + convert_Ns_2_gaps(args) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/utils/gffParser.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/gffParser.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,195 @@ +#!/usr/bin/env python + +import argparse, sys, os +from Bio import SeqIO +from Bio.Seq import Seq +from Bio.SeqRecord import SeqRecord +from Bio.Alphabet import IUPAC +import ntpath + +def parseID(filename): + #get wanted feature IDs + gffIDs=[] + with open(filename, 'r') as in_handle: + for line in in_handle: + line=line.strip() + gffIDs.append(line) + return gffIDs + +def retrieveSeq_File(fastaFile, coordFile, extraSeq, filename, outputDir): + #Parsing the sequence file, using the provided txt file containing the contig ID and positions to retrieve sequences. + handle = open(fastaFile, "rU") + records_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(handle, "fasta")) + handle.close() + + Seq2Get={} + with open(coordFile, 'r') as sequeces2get: + for line in sequeces2get: + line=line.split(',') + coords=(int(line[-2]), int(line[-1])) + contigID=line[0] + if contigID in Seq2Get.keys(): + Seq2Get[contigID].append(coords) + else: + Seq2Get[contigID]=[coords] + + with open(outputDir+'/'+filename+'.fasta','w') as output_handle: + fails=0 + successes=0 + records=[] + for contig, listCoords in Seq2Get.items(): + contigSeq=records_dict[contig].seq + for coord in listCoords: + coord1=coord[0]-extraSeq + coord2=coord[1]+extraSeq + if coord1 < 0 or coord2 > len(contigSeq): + fail_log=open(outputDir+'/'+filename+'_fails.txt', 'a') + fail_log.write(contig + ',' + str(coord[0])+','+ str(coord[1])+'\n') + fail_log.close() + fails+=1 + else: + geneseq=str(contigSeq[coord1:coord2]) + record = SeqRecord(Seq(geneseq), id=str(str(contig)+'#'+str(coord1)+'_'+str(coord2)), description='') + records.append(record) + successes+=1 + SeqIO.write(records, output_handle, "fasta") + + print 'Retrived %s features successfully from %s with %s bp as extra sequence.' % (str(successes), filename, str(extraSeq)) + if fails>0: + print '%s featrued failed to retrieve. Check %s_fails.txt file.' % (str(fails), filename) + +def retrieveSeq(fastaFile, gffFeatures, extraSeq, filename, outputDir): + #parsing the sequence file into a SeqIO dictionary. one contig per entry + handle = open(fastaFile, "rU") + records_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(handle, "fasta")) + handle.close() + + with open(outputDir+'/'+filename+'.fasta','w') as output_handle: + fails=0 + successes=0 + records=[] + for locus, location in gffFeatures.items(): + #print locus + contigSeq=records_dict[location[0]].seq + coord1=location[1]-extraSeq + coord2=location[2]+extraSeq + if coord1 < 0 or coord2 > len(contigSeq): + fail_log=open(outputDir+'/'+filename+'_fails.txt', 'a') + fail_log.write(locus+'\n') + fail_log.close() + fails+=1 + else: + geneseq=str(contigSeq[coord1:coord2]) + if location[3] == '-': + seq = Seq(geneseq) + geneseq =str(seq.reverse_complement()) + record = SeqRecord(Seq(geneseq), id=str(locus+'-'+str(location[0])+'#'+str(location[1])+'_'+str(location[2])), description='') + records.append(record) + successes+=1 + SeqIO.write(records, output_handle, "fasta") + print 'Retrived %s features successfully from %s with %s bp as extra sequence.' % (str(successes), filename, str(extraSeq)) + if fails>0: + print '%s featrued failed to retrieve. Check %s_fails.txt file.' % (str(fails), filename) + +def parseFeatures(tempGFF): + #parsing the feature file into a dictionary + gffFeatures={} + + with open(tempGFF, 'r') as temp_genes: + for line in temp_genes: + line=line.split('\t') + if "CDS" in line[2]: + ID=line[-1].split(';') + locusID=str(ID[0].split('=')[1]) + contig=line[0] + begining=int(line[3])-1 #to get the full sequence + end=int(line[4]) + strand=line[6] + location=[contig, begining, end, strand] + gffFeatures[locusID]=location + return gffFeatures + +def gffParser(gffFile, extraSeq=0, outputDir='.', keepTemporaryFiles=False, IDs=None, coordFile=None): + + filename=ntpath.basename(gffFile).replace('.gff', '') + + #cleaning temp files if they exist + if os.path.isfile(outputDir+'/'+filename+'_features.gff'): + os.remove(outputDir+'/'+filename+'_features.gff') + if os.path.isfile(outputDir+'/'+filename+'_sequence.fasta'): + os.remove(outputDir+'/'+filename+'_sequence.fasta') + + #cleaning fails file if it exists + if os.path.isfile(outputDir+'/'+filename+'_fails.txt'): + os.remove(outputDir+'/'+filename+'_fails.txt') + + if coordFile is None: + + if IDs is not None: + selectIDs=parseID(IDs) + else: + selectIDs=None + + #separating the gff into 2 different files: one with the features and another with the conting sequences + with open(gffFile, 'r') as in_handle, open(outputDir+'/'+filename+'_features.gff', 'a') as temp_genes, open(outputDir+'/'+filename+'_sequence.fasta', 'a') as temp_contigs: + for line in in_handle: + if not line.startswith('##'): + if '\t' in line: + if selectIDs is not None: + items=line.split('\t') + ID=items[-1].split(';')[0] + ID=ID.split('=')[1] + if ID in selectIDs: + temp_genes.write(line) + else: + temp_genes.write(line) + else: + temp_contigs.write(line) + + gffFiles=parseFeatures(outputDir+'/'+filename+'_features.gff') + + retrieveSeq(outputDir+'/'+filename+'_sequence.fasta', gffFiles, extraSeq, filename, outputDir) + + else: + with open(gffFile, 'r') as in_handle, open(outputDir+'/'+filename+'_sequence.fasta', 'a') as temp_contigs: + for line in in_handle: + if not line.startswith('##'): + if '\t' in line: + pass + else: + temp_contigs.write(line) + + retrieveSeq_File(outputDir+'/'+filename+'_sequence.fasta', coordFile, extraSeq, filename, outputDir) + + #removing temp files + if not keepTemporaryFiles: + try: + os.remove(outputDir+'/'+filename+'_features.gff') + except: + pass + os.remove(outputDir+'/'+filename+'_sequence.fasta') + +def main(): + + version='1.0.0' + + parser = argparse.ArgumentParser(prog='gffParser.py', description='GFF3 parser for feature sequence retrival.', epilog='by C I Mendes (cimendes@medicina.ulisboa.pt)') + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser.add_argument('-i', '--input', help='GFF3 file to parse, containing both sequences and annotations (like the one obtained from PROKKA).', type=argparse.FileType('r'), required=True) + parser.add_argument('-x', '--extraSeq', help='Extra sequence to retrieve per feature in gff.', default=0, type=int, required=False) + parser.add_argument('-k','--keepTemporaryFiles', help='Keep temporary gff(without sequence) and fasta files.', action='store_true') + parser.add_argument('-o', '--outputDir', help='Path to where the output is to be saved.', default='.', required=False) + + + parser_optional_selected_regions_exclusive = parser.add_mutually_exclusive_group() + parser_optional_selected_regions_exclusive.add_argument('-s', '--select', help='txt file with the IDs of interest, one per line', type=argparse.FileType('r'), required=False) + parser_optional_selected_regions_exclusive.add_argument('-f', '--fromFile', help='Sequence coordinates to be retrieved. Requires contig ID and coords (contig,strart,end) in a csv file. One per line.', type=argparse.FileType('r'), required=False) + + args = parser.parse_args() + + gffParser(os.path.abspath(args.input.name), args.extraSeq, os.path.abspath(args.outputDir), args.keepTemporaryFiles, os.path.abspath(args.select.name) if args.select is not None else None, os.path.abspath(args.fromFile.name) if args.fromFile is not None else None) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/utils/restart_rematch.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/restart_rematch.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,280 @@ +#!/usr/bin/env python + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +restart_rematch.py - Restarts a ReMatCh run abruptly terminated + + +Copyright (C) 2017 Miguel Machado + +Last modified: February 09, 2017 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see . +""" + +import os +import argparse +import subprocess +import time + + +version = '0.1' + + +def runRematch(args): + print '\n' + '==========> Restarting ReMatCh <==========' + '\n' + + workdir = os.path.abspath(args.workdir) + if not os.path.isdir(workdir): + os.makedirs(workdir) + + initialWorkdir = os.path.abspath(args.initialWorkdir) + + files_required = get_files_required(initialWorkdir) + + samples_run = get_samples_run(files_required['sample_report']['file']) + + command, list_ids, taxon, threads, initial_present_directory = get_rematch_command(files_required['run']['file']) + + if list_ids is not None: + total_samples = getListIDs_fromFile(list_ids) + elif taxon: + total_samples = getTaxonRunIDs(files_required['IDs_list.seqFromWebTaxon']['file']) + else: + samples_fastq = searchFastqFiles(initialWorkdir) + total_samples = samples_fastq.keys() + + samples_to_run = list(set(total_samples).symmetric_difference(set(sum(samples_run.values(), []) if not args.runFailedSamples else samples_run['True'] if 'True' in samples_run else ['']))) + + print str(len(samples_to_run)) + ' samples out of ' + str(len(total_samples)) + ' will be analysed by ReMatCh' + '\n' + + if list_ids is not None or taxon: + samples_to_run_file = write_samples_to_run(samples_to_run, workdir) + else: + setSamples_fromFolders(samples_to_run, samples_fastq, workdir) + + command.extend(['-w', workdir]) + command.extend(['-j', str(threads) if args.threads is None else str(args.threads)]) + if list_ids is not None or taxon: + command.extend(['-l', samples_to_run_file]) + + print 'ReMatCh will start in 5 seconds...' + time.sleep(5) + + os.chdir(initial_present_directory) + subprocess.call(command) + + +def write_samples_to_run(samples_to_run, workdir): + samples_to_run_file = os.path.join(workdir, 'restart_rematch.samples_to_run.txt') + with open(samples_to_run_file, 'wt') as writer: + for sample in samples_to_run: + writer.write(sample + '\n') + return samples_to_run_file + + +def get_files_required(initialWorkdir): + files_required = {'sample_report': {'extension': 'tab'}, 'run': {'extension': 'log'}, 'IDs_list.seqFromWebTaxon': {'extension': 'tab'}} + files = sorted([f for f in os.listdir(initialWorkdir) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(initialWorkdir, f))]) + for file_found in files: + file_path = os.path.join(initialWorkdir, file_found) + file_modification = os.path.getmtime(file_path) + for prefix, values in files_required.items(): + if file_found.startswith(prefix + '.') and file_found.endswith('.' + values['extension']): + if 'file' not in values: + files_required[prefix]['file'] = file_path + files_required[prefix]['modification'] = file_modification + else: + if file_modification > files_required[prefix]['modification']: + files_required[prefix]['file'] = file_path + files_required[prefix]['modification'] = file_modification + return files_required + + +def get_samples_run(sample_report_file): + samples_run = {} + with open(sample_report_file, 'rtU') as reader: + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if not line.startswith('#'): + sample_info = line.split('\t') + if sample_info[1] not in samples_run: + samples_run[sample_info[1]] = [] + samples_run[sample_info[1]].append(sample_info[0]) + return samples_run + + +def get_rematch_command(log_file): + variables = {'command': False, 'directory': False} + with open(log_file, 'rtU') as reader: + for line in reader: + if any([isinstance(value, bool) for value in variables.values()]): + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if line == 'COMMAND:': + variables['command'] = True + elif line == 'PRESENT DIRECTORY:': + variables['directory'] = True + else: + if variables['command'] is True: + variables['command'] = line.split(' ') + elif variables['directory'] is True: + variables['directory'] = line + else: + break + command = {'command': [], 'listIDs': None, 'taxon': False, 'threads': None} + if all([not isinstance(value, bool) for value in variables.values()]): + counter = 0 + while counter < len(variables['command']): + if variables['command'][counter].startswith('-'): + if variables['command'][counter] not in ('-t', '--taxon'): + if variables['command'][counter] in ('-l', '--listIDs'): + command['listIDs'] = variables['command'][counter + 1] + counter += 1 + elif variables['command'][counter] in ('-w', '--workdir'): + counter += 1 + elif variables['command'][counter] in ('-j', '--threads'): + command['threads'] = int(variables['command'][counter + 1]) + counter += 1 + elif variables['command'][counter] == '--mlst': + species = [] + counter += 1 + while counter < len(variables['command']) and not variables['command'][counter].startswith('-'): + if len(variables['command'][counter]) > 0: + species.append(variables['command'][counter]) + counter += 1 + command['command'].extend(['--mlst', ' '.join(species)]) + else: + command['command'].append(variables['command'][counter]) + if counter + 1 < len(variables['command']) and not variables['command'][counter + 1].startswith('-'): + command['command'].append(variables['command'][counter + 1]) + counter += 1 + else: + command['taxon'] = True + for i in range(counter, len(variables['command'])): + if i + 1 < len(variables['command']): + if variables['command'][i + 1].startswith('-'): + counter = i + break + else: + counter = i + else: + command['command'].append(variables['command'][counter]) + counter += 1 + return command['command'], command['listIDs'], command['taxon'], command['threads'], variables['directory'] + + +def getTaxonRunIDs(IDs_list_seqFromWebTaxon_file): + list_ids = [] + with open(IDs_list_seqFromWebTaxon_file, 'rtU') as reader: + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if not line.startswith('#'): + line = line.split('\t') + list_ids.append(line[0]) + return list_ids + + +def getListIDs_fromFile(listIDs_file): + list_ids = [] + with open(listIDs_file, 'rtU') as lines: + for line in lines: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + list_ids.append(line) + return list_ids + + +def searchFastqFiles(initialWorkdir): + filesExtensions = ['.fastq.gz', '.fq.gz'] + pairEnd_filesSeparation = [['_R1_001.f', '_R2_001.f'], ['_1.f', '_2.f']] + + list_ids = {} + directories = [d for d in os.listdir(initialWorkdir) if not d.startswith('.') and os.path.isdir(os.path.join(initialWorkdir, d, ''))] + for directory_found in directories: + directory_path = os.path.join(initialWorkdir, directory_found, '') + + fastqFound = [] + files = [f for f in os.listdir(directory_path) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(directory_path, f))] + for file_found in files: + if file_found.endswith(tuple(filesExtensions)): + fastqFound.append(file_found) + + if len(fastqFound) == 1: + list_ids[directory_found] = [os.path.join(directory_path, f) for f in fastqFound] + elif len(fastqFound) >= 2: + file_pair = [] + + # Search pairs + for PE_separation in pairEnd_filesSeparation: + for fastq in fastqFound: + if PE_separation[0] in fastq or PE_separation[1] in fastq: + file_pair.append(fastq) + + if len(file_pair) == 2: + break + else: + file_pair = [] + + # Search single + if len(file_pair) == 0: + for PE_separation in pairEnd_filesSeparation: + for fastq in fastqFound: + if PE_separation[0] not in fastq or PE_separation[1] not in fastq: + file_pair.append(fastq) + + if len(file_pair) >= 1: + file_pair = file_pair[0] + + if len(file_pair) >= 1: + list_ids[directory_found] = [os.path.join(directory_path, f) for f in file_pair] + + return list_ids + + +def setSamples_fromFolders(samples_to_run, samples_fastq, workdir): + for sample in samples_to_run: + sample_dir = os.path.join(workdir, sample, '') + if not os.path.isdir(sample_dir): + os.mkdir(sample_dir) + for file_found in samples_fastq[sample]: + link_path = os.path.join(sample_dir, os.path.basename(file_found)) + if os.path.islink(link_path): + os.remove(link_path) + if not os.path.isfile(link_path): + os.symlink(file_found, link_path) + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='restart_rematch.py', description='Restart a ReMatCh run abruptly terminated', formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-i', '--initialWorkdir', type=str, metavar='/path/to/initial/workdir/directory/', help='Path to the directory where ReMatCh was running', required=True) + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('-w', '--workdir', type=str, metavar='/path/to/workdir/directory/', help='Path to the directory where ReMatCh will run again', required=False, default='.') + parser_optional_general.add_argument('-j', '--threads', type=int, metavar='N', help='Number of threads to use instead of the ones set in initial ReMatCh run', required=False) + parser_optional_general.add_argument('--runFailedSamples', action='store_true', help='Will run ReMatCh for those samples missing, as well as for samples that did not run successfully in initial ReMatCh run') + + args = parser.parse_args() + + runRematch(args) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/ReMatCh/utils/strip_alignment.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/strip_alignment.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,167 @@ +#!/usr/bin/env python + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +strip_alignment.py - Strip alignment positions containing gaps, +missing data and invariable positions + + +Copyright (C) 2017 Miguel Machado + +Last modified: March 20, 2017 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see . +""" + +from Bio import SeqIO +import os +import argparse +import sys + + +version = '0.1' + + +def get_sequences(infile): + print 'Getting sequences' + sequences_SeqIO = list(SeqIO.parse(infile, 'fasta')) + + sequence_length = None + sequences_dict = {} + all_executed_printed = False + for x, sequence in enumerate(sequences_SeqIO): + if sequence_length is None: + sequence_length = len(sequence.seq) + if sequence_length != len(sequence.seq): + sys.exit('Sequences with different length!') + sequences_dict[sequence.id] = list(sequence.seq) + + if (x + 1) % 10 == 0: + print '\n' + str(round((float(x + 1) / len(sequences_SeqIO)) * 100, 2)) + '% of sequences already processed (getting sequences)' + if x + 1 == len(sequences_SeqIO): + all_executed_printed = True + if not all_executed_printed: + print '\n' + str(round((float(x + 1) / len(sequences_SeqIO)) * 100, 2)) + '% of sequences already processed (getting sequences)' + + return sequences_dict, sequence_length + + +def positions_type(sequences_dict, sequence_length, notGAPs, notMissing, notInvariable): + print 'Determining positions type' + positions_2_keep = [] + invariable = [] + missing = [] + gaps = [] + gaps_missing = 0 + all_executed_printed = False + for i in range(0, sequence_length): + data = [] + for sample in sequences_dict: + data.append(sequences_dict[sample][i]) + possibilities = set(data) + if len(possibilities) == 1: + invariable.append(i) + if len(possibilities.intersection(set(['N']))) > 0: + missing.append(i) + if len(possibilities.intersection(set(['-']))) > 0: + gaps.append(i) + if len(possibilities.intersection(set(['N', '-']))) > 0: + gaps_missing += 1 + if len(possibilities) > 1 and len(possibilities.intersection(set(['N', '-']))) == 0: + positions_2_keep.append(i) + + if (i + 1) % 10000 == 0: + print '\n' + str(round((float(i + 1) / sequence_length) * 100, 2)) + '% of positions already processed (determining positions type)' + if i + 1 == len(sequences_dict): + all_executed_printed = True + if not all_executed_printed: + print '\n' + str(round((float(i + 1) / sequence_length) * 100, 2)) + '% of positions already processed (determining positions type)' + + print 'Positions to keep (no matter): ' + str(len(positions_2_keep)) + print 'Invariable sites: ' + str(len(invariable)) + print 'Positions with missing data ("N"): ' + str(len(missing)) + print 'Positions with GAPs ("-"): ' + str(len(gaps)) + print 'Positions with GAPs or missing data: ' + str(gaps_missing) + + if notGAPs: + positions_2_keep.extend(gaps) + if notMissing: + positions_2_keep.extend(missing) + if notInvariable: + positions_2_keep.extend(invariable) + + positions_2_keep = sorted(set(positions_2_keep)) + + print 'Positions to keep (final): ' + str(len(positions_2_keep)) + + return positions_2_keep + + +def chunkstring(string, length): + return (string[0 + i:length + i] for i in range(0, len(string), length)) + + +def write_fasta(sequences_dict, positions_2_keep, outfile): + print 'Writing stripped sequences' + all_executed_printed = False + with open(outfile, 'wt') as writer: + for x, sample in enumerate(sequences_dict): + writer.write('>' + sample + '\n') + fasta_sequence_lines = chunkstring(''.join([sequences_dict[sample][i] for i in positions_2_keep]), 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + + if (x + 1) % 100 == 0: + print '\n' + str(round((float(x + 1) / len(sequences_dict)) * 100, 2)) + '% of sequences already processed (writing stripped sequences)' + if x + 1 == len(sequences_dict): + all_executed_printed = True + if not all_executed_printed: + print '\n' + str(round((float(x + 1) / len(sequences_dict)) * 100, 2)) + '% of sequences already processed (writing stripped sequences)' + + +def strip_alignment(args): + outdir = os.path.dirname(os.path.abspath(args.outfile)) + if not os.path.isdir(outdir): + os.makedirs(outdir) + + outfile = os.path.abspath(args.outfile) + + infile = os.path.abspath(args.infile.name) + + sequences_dict, sequence_length = get_sequences(infile) + positions_2_keep = positions_type(sequences_dict, sequence_length, args.notGAPs, args.notMissing, args.notInvariable) + write_fasta(sequences_dict, positions_2_keep, outfile) + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='strip_alignment.py', description='Strip alignment positions containing gaps, missing data and invariable positions', formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-i', '--infile', type=argparse.FileType('r'), metavar='/path/to/aligned/input/file.fasta', help='Path to the aligned fasta file', required=True) + parser_required.add_argument('-o', '--outfile', type=str, metavar='/path/to/stripped/output/file.fasta', help='Stripped output fasta file', required=True, default='alignment_stripped.fasta') + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('--notGAPs', action='store_true', help='Not strip positions with GAPs') + parser_optional_general.add_argument('--notMissing', action='store_true', help='Not strip positions with missing data') + parser_optional_general.add_argument('--notInvariable', action='store_true', help='Not strip invariable sites') + + args = parser.parse_args() + + strip_alignment(args) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/duk Binary file scripts/duk has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/fastq_pair Binary file scripts/fastq_pair has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/fastq_positional_quality_trimming.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/fastq_positional_quality_trimming.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,156 @@ +# -*- coding: utf-8 -*- +""" +This tool trims paired-end FASTQ files on the basis of quality score or left/right position, retaining mate integrity. +Reads without mate after filtering are saved in a separate output file. +""" + +import math +import optparse +import sys + +def average(values): + """ Arithmetic mean of a list of values """ + return math.fsum(values) / len(values) if len(values) else float('nan') + + +def phred2sanger(phred_scores): + """ Convert an array of Phred quality scores (integers in [0, 93]) to a Sanger-encoded quality string""" + return ''.join([chr(score + 33) for score in phred_scores]) + + +def sanger2phred(sanger_string): + """ Convert a Sanger-encoded quality string to an array of Phred quality scores""" + return [ord(ch) - 33 for ch in sanger_string] + + +def trimming(sequ, qual, maxlengthtrim, lefttrim, righttrim, minqualtrim, avgqualtrim): + """ Trimming of sequence and quality of a read""" + # Maximum length trimming + if maxlengthtrim != -1: + if len(sequ) > maxlengthtrim: + sequ = sequ[: maxlengthtrim] + qual = qual[: maxlengthtrim] + # Left- and right-side trimming + if righttrim == 0: + sequ = sequ[lefttrim :] + qual = qual[lefttrim :] + else: + sequ = sequ[lefttrim : -righttrim] + qual = qual[lefttrim : -righttrim] + # Minimum quality right-side trimming + while len(sequ) and qual[-1] < minqualtrim: + qual = qual[:-1] + sequ = sequ[:-1] + # Average quality right-side trimming + while len(sequ) and average(qual) < avgqualtrim: + qual = qual[:-1] + sequ = sequ[:-1] + return sequ, qual + + +def __main__(): + parser = optparse.OptionParser() + parser.add_option('-1', '--input1', dest='input1', help='forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_option('-2', '--input2', dest='input2', help='reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_option('--maxlt', dest='maxlengthtrim', type='int', default=400, help='maximum length trimming') + parser.add_option('--lt', dest='lefttrim', type='int', default=0, help='left-side trimming') + parser.add_option('--rt', dest='righttrim', type='int', default=0, help='right-side trimming') + parser.add_option('--minqt', dest='minqualtrim', type='int', default=15, help='minimum quality right-side trimming') + parser.add_option('--avgqt', dest='avgqualtrim', type='float', default=20, help='average quality right-side trimming') + parser.add_option('--minlf', dest='minlen', type='int', default=25, help='minimum length filtering') + parser.add_option('--trimmed1', dest='trimmed1', help='trimmed forward FASTQ file') + parser.add_option('--trimmed2', dest='trimmed2', help='trimmed reverse FASTQ file') + parser.add_option('--trimmedunpaired', dest='trimmedunpaired', help='trimmed unpaired FASTQ file') + parser.add_option('--log', dest='logfile', help='log file') + (options, args) = parser.parse_args() + if len(args) > 0: + parser.error('Wrong number of arguments') + + maxlengthtrim = options.maxlengthtrim + lefttrim = options.lefttrim + righttrim = options.righttrim + minqualtrim = options.minqualtrim + avgqualtrim = options.avgqualtrim + minlen = options.minlen + + total_reads = 0 + discarded_reads = 0 + forward = open(options.input1) + if options.input2: + paired = True + passing_paired_reads = 0 + passing_unpaired_reads = 0 + reverse = open(options.input2) + trimmed_reverse = open(options.trimmed2, 'w') + trimmed_unpaired = open(options.trimmedunpaired, 'w') + else: + paired = False + passing_reads = 0 + trimmed_forward = open(options.trimmed1, 'w') + log = open(options.logfile, 'w') + try: + while True: + headL = forward.next().rstrip() + sequL = forward.next().rstrip() + commL = forward.next().rstrip() + sangL = forward.next().rstrip() + qualL = sanger2phred(sangL) + trimmed_sequL, trimmed_qualL = trimming(sequL, qualL, maxlengthtrim, lefttrim, righttrim, minqualtrim, avgqualtrim) + if paired: + try: + headR = reverse.next().rstrip() + sequR = reverse.next().rstrip() + commR = reverse.next().rstrip() + sangR = reverse.next().rstrip() + except StopIteration: + sys.exit('Reverse FASTQ file contain less reads than forward FASTQ file.') + qualR = sanger2phred(sangR) + trimmed_sequR, trimmed_qualR = trimming(sequR, qualR, maxlengthtrim, lefttrim, righttrim, minqualtrim, avgqualtrim) + # Filter by residual length + if paired: + if len(trimmed_sequL) >= minlen and len(trimmed_sequR) >= minlen: + trimmed_forward.write(headL + '\n' + trimmed_sequL + '\n' + commL + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualL) + '\n') + trimmed_reverse.write(headR + '\n' + trimmed_sequR + '\n' + commR + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualR) + '\n') + passing_paired_reads += 1 + elif len(trimmed_sequL) >= minlen and len(trimmed_sequR) < minlen: + trimmed_unpaired.write(headL + '\n' + trimmed_sequL + '\n' + commL + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualL) + '\n') + passing_unpaired_reads += 1 + elif len(trimmed_sequL) < minlen and len(trimmed_sequR) >= minlen: + trimmed_unpaired.write(headR + '\n' + trimmed_sequR + '\n' + commR + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualR) + '\n') + passing_unpaired_reads += 1 + else: + discarded_reads += 1 + else: + if len(trimmed_sequL) >= minlen: + trimmed_forward.write(headL + '\n' + trimmed_sequL + '\n' + commL + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualL) + '\n') + passing_reads += 1 + else: + discarded_reads += 1 + total_reads += 1 + except StopIteration: + if paired: + try: + reverse.next() + except StopIteration: + log.write("Total paired reads : %d\n" % total_reads) + log.write("Passing paired reads : %d\n" % passing_paired_reads) + log.write("Passing unpaired reads : %d\n" % passing_unpaired_reads) + log.write("Discarded paired reads : %d\n" % discarded_reads) + else: + sys.exit('Forward FASTQ file contain less reads than reverse FASTQ file.') + else: + log.write("Total reads : %d\n" % total_reads) + log.write("Passing reads : %d\n" % passing_reads) + log.write("Discarded reads : %d\n" % discarded_reads) + finally: + forward.close() + trimmed_forward.close() + log.close() + if paired: + reverse.close() + trimmed_reverse.close() + trimmed_unpaired.close() + + +if __name__ == "__main__": + __main__() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/__init__.py diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/__init__.pyc Binary file scripts/modules/__init__.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/run_rematch.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/run_rematch.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,112 @@ +import functools +import os +import sys + +import utils + +def remove_alignment(alignment_file): + directory = os.path.dirname(alignment_file) + files = [f for f in os.listdir(directory) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(directory, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith(os.path.splitext(os.path.basename(alignment_file))[0]): + file_found = os.path.join(directory, file_found) + os.remove(file_found) + + +def remove_reference_stuff(outdir, reference_file): + files = [f for f in os.listdir(outdir) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(outdir, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith(os.path.splitext(os.path.basename(reference_file))[0]): + file_found = os.path.join(outdir, file_found) + os.remove(file_found) + + +def clean_rematch_folder(consensus_files, bam_file, reference_file, outdir, doNotRemoveConsensus, debug_mode_true): + if not debug_mode_true: + if not doNotRemoveConsensus: + for consensus_type, file_path in consensus_files.items(): + if os.path.isfile(file_path): + os.remove(file_path) + if bam_file is not None: + remove_alignment(bam_file) + remove_reference_stuff(outdir, reference_file) + + +def sequence_data(sample, reference_file, bam_file, outdir, threads, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, debug_mode_true, rematch): + sequence_data_outdir = os.path.join(outdir, 'sequence_data', '') + utils.removeDirectory(sequence_data_outdir) + os.mkdir(sequence_data_outdir) + + sequences, headers = utils.get_sequence_information(reference_file, length_extra_seq) + + threads_2_use = rematch.determine_threads_2_use(len(sequences), threads) + + import multiprocessing + + pool = multiprocessing.Pool(processes=threads) + for sequence_counter in sequences: + sequence_dir = os.path.join(sequence_data_outdir, str(sequence_counter), '') + utils.removeDirectory(sequence_dir) + os.makedirs(sequence_dir) + pool.apply_async(rematch.analyse_sequence_data, args=(bam_file, sequences[sequence_counter], sequence_dir, sequence_counter, reference_file, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, threads_2_use,)) + pool.close() + pool.join() + + run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences = rematch.gather_data_together(sample, sequence_data_outdir, sequences, outdir.rsplit('/', 2)[0], debug_mode_true, length_extra_seq, False) + + return run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences + + +def write_report(outdir, sample_data, minimum_gene_coverage, minimum_gene_identity): + print 'Writing report file' + number_absent_genes = 0 + number_genes_multiple_alleles = 0 + mean_sample_coverage = 0 + with open(os.path.join(outdir, 'rematchModule_report.txt'), 'wt') as writer: + writer.write('\t'.join(['#gene', 'percentage_gene_coverage', 'gene_mean_read_coverage', 'percentage_gene_low_coverage', 'number_positions_multiple_alleles', 'percentage_gene_identity']) + '\n') + for i in range(1, len(sample_data) + 1): + writer.write('\t'.join([sample_data[i]['header'], str(round(sample_data[i]['gene_coverage'], 2)), str(round(sample_data[i]['gene_mean_read_coverage'], 2)), str(round(sample_data[i]['gene_low_coverage'], 2)), str(sample_data[i]['gene_number_positions_multiple_alleles']), str(round(sample_data[i]['gene_identity'], 2))]) + '\n') + + if sample_data[i]['gene_coverage'] < minimum_gene_coverage or sample_data[i]['gene_identity'] < minimum_gene_identity: + number_absent_genes += 1 + else: + mean_sample_coverage += sample_data[i]['gene_mean_read_coverage'] + if sample_data[i]['gene_number_positions_multiple_alleles'] > 0: + number_genes_multiple_alleles += 1 + + if len(sample_data) - number_absent_genes > 0: + mean_sample_coverage = float(mean_sample_coverage) / float(len(sample_data) - number_absent_genes) + else: + mean_sample_coverage = 0 + + writer.write('\n'.join(['#general', '>number_absent_genes', str(number_absent_genes), '>number_genes_multiple_alleles', str(number_genes_multiple_alleles), '>mean_sample_coverage', str(round(mean_sample_coverage, 2))]) + '\n') + + print '\n'.join([str('number_absent_genes: ' + str(number_absent_genes)), str('number_genes_multiple_alleles: ' + str(number_genes_multiple_alleles)), str('mean_sample_coverage: ' + str(round(mean_sample_coverage, 2)))]) + '\n' + + return number_absent_genes, number_genes_multiple_alleles, mean_sample_coverage + + +module_timer = functools.partial(utils.timer, name='Module ReMatCh') + + +@module_timer +def run_rematch(rematch, outdir, reference_file, bam_file, threads, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, minimum_gene_coverage, minimum_gene_identity, debug_mode_true, doNotRemoveConsensus): + module_dir = os.path.join(outdir, 'rematch', '') + utils.removeDirectory(module_dir) + os.makedirs(module_dir) + + sys.path.append(os.path.join(os.path.dirname(rematch), 'modules', '')) + import rematch_module as rematch + + print 'Analysing alignment data' + run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences = sequence_data('sample', reference_file, bam_file, module_dir, threads, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, debug_mode_true, rematch) + + if run_successfully: + number_absent_genes, number_genes_multiple_alleles, mean_sample_coverage = write_report(outdir, sample_data, minimum_gene_coverage, minimum_gene_identity) + + if not debug_mode_true: + utils.removeDirectory(module_dir) + + clean_rematch_folder(consensus_files, bam_file, reference_file, outdir, doNotRemoveConsensus, debug_mode_true) + + return run_successfully, {'number_absent_genes': number_absent_genes if 'number_absent_genes' in locals() else None, 'number_genes_multiple_alleles': number_genes_multiple_alleles if 'number_genes_multiple_alleles' in locals() else None, 'mean_sample_coverage': round(mean_sample_coverage, 2) if 'mean_sample_coverage' in locals() else None}, sample_data if 'sample_data' in locals() else None diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/run_rematch.pyc Binary file scripts/modules/run_rematch.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/seq_conf/escherichia_coli/typing.config --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/seq_conf/escherichia_coli/typing.config Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,20 @@ +#reference_file (fasta file full path) +escherichia_coli.fasta +#length_extra_seq (int) +0 +#maximum_number_absent_genes (int) +1 +#maximum_number_genes_multiple_alleles (int) +1 +#minimum_read_coverage (x, int) +25 +#minimum_depth_presence (x, int) +5 +#minimum_depth_call (x, int) +10 +#minimum_depth_frequency_dominant_allele (0-1, double) +0.60 +#minimum_gene_coverage (0-100, int) +60 +#minimum_gene_identity (0-100, int) +70 diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/seq_conf/escherichia_coli/typing.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/seq_conf/escherichia_coli/typing.fasta Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,20045 @@ +>astA_1_AF161000 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGGAGACCCACATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGTCTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_2_AF161001 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+GGTATTGTCCGTTCCGATATTGCCTATCAGATTTATCGTGATTTCGCCGAAAACAAAGGGCTTTTTGTACCTGGTGCCAATGATATTCCGGTATATGATAAGGACGGAAAACTTGTGGGAAGACTGGGTAAAGCCCCAATGGCCGATTTCAGCAGTGTGAGCTCAAATGGCGTTGCTACGCTTGTATCGCCTCAGTATATCGTCAGCGTAAAGCATAACGGAGGATATCGGAGTGTGAGCTTTGGTAATGGGAAAAATACATATTCCCTTGTTGACCGTAATAACCACCCTTCTATTGACTTCCATGCTCCACGTCTGAATAAACTGGTTACAGAAGTTATTCCCTCAGCGGTAACATCAGAAGGAACCAAAGCCAATGCTTATAAATACACTGAACGTTACACCGCTTTTTATCGGGTGGGTAGTGGTACGCAGTACACTAAGGACAAGGACGGAAATTTAGTTAAGGTTGCCGGTGGATATGCTTTTAAAACAGGAGGAACCACAGGAGTTCCTCTGATATCTGATGCAACAATAGTCTCTAATCCCGGGCAAACTTATAATCCTGTAAACGGCCCTTTACCTGACTATGGAGCCCCTGGGGATAGTGGTTCTCCTTTGTTTGCTTATGATAAACAACAAAAAAAATGGGTTATTGTTGCTGTATTAAGAGCATATGCAGGTATTAATGGTGCTACGAACTGGTGGAATGTCATACCAACAGATTATCTGAACCAGGTTATGCAGGACGATTTCGAT +>pic_2_FN554766 +ATCGAAATCGTCCTGCATAACCTGGTTCAGATAATCTGTTGGTATGACATTCCACCAGTTCGTAGCACCATTAATACCTGCATATGCTCTTAATACAGCAACAATAACCCATTTTTTTTGTTGTTTATCATAAGCAAACAAAGGAGAACCACTATCCCCAGGGGCTCCATAGTCAGGTAAAGGGCCGTTTACAGGATTATAAGTTTGCCCGGGATTAGAGACTATTGTTGCATCAGATATCAGAGGAACTCCTGTGGTTCCTCCTGTTTTAAAAGCATATCCACCGGCAACCTTAACTAAATTTCCGTCCTTGTCCTTAGTGTACTGCGTACCACTACCCACCCGATAAAAAGCGGTGTAACGTTCAGTGTATTTATAAGCATTGGCTTTGGTTCCTTCTGATGTTACCGCTGAGGGAATAACTTCTGTAACCAGTTTATTCAGACGTGGAGCATGGAAGTCAATAGAAGGGTGGTTATTACGGTCAACAAGGGAATATGTATTTTTCCCATTACCAAAGCTCACACTCCGATATCCTCCGTTATGCTTTACGCTGACGATATACTGAGGTGATACAAGCGTAGCAACGCCATTTGAGCTCACACTGCTGAAATCGGCCATTGGGGCTTTACCCAGTCTTCCCACAAGTTTTCCGTCCTTATCATATACCGGAATATCATTGGCACCAGGTACAAAAAGCCCTTTGTTTTCGGCGAAATCACGATAAATCTGATAGGCAATATCGGAACGGACAATACC +>pic_3_AWDB01000074 +GGTATTGTCCGTTCCGATATTGCCTATCAGATTTATCGTGATTTCGCCGAAAACAAAGGGCTTTTTGTACCTGGTGCCAATGATATTCCGGTATATGATAAGGACGGAAAACTTGTGGGAAGACTGGGTAAAGCCCCAATGGCCGATTTCAGCAGTGTGAGCTCAAATGGTGTTGCTACGCTTGTATCGCCTCAGTATATCGTCAGCGTAAAGCATAACGGAGGATATCGGAGTGTGAGCTTTGGTAATGGGAAAAATACATATTCCCTTGTTGACCGTAATAACCACCCTTCTATTGACTTCCATGCTCCACGTCTGAATAAACTGGTTACAGAAGTTATTCCCTCAGCGGTAACATCCGAAGGAACCAAAGCCAATGCTTATAAATACACTGAACGTTACACCGCTTTTTATCGGGTGGGTAGTGGTACGCAGTACACTAAGGACAAGGACGGAAATTTAGTTAAGGTTGCCGGTGGATATGCTTTTAAAACAGGAGGAACCACAGGAGTTCCTCTGATATCTGATGCAACAATAGTCTCTAATCCCGGGCAAACTTATAATCCTGTAAACGGCCCTTTACCTGACTATGGAGCCCCTGGGGATAGTGGTTCTCCTTTGTTTGCTTATGATAAACAACAAAAAAAATGGGTTATTGTTGCTGTATTAAGAGCATATGCAGGTATTAATGGTGCTACGAACTGGTGGAATGTCATACCAACAGATTATCTGAACCAGGTTATGCAGGACGATTTCGAT +>picU_1_AE014075 +ATCGAAATCGTCCTGCATAACCTGGTTCAGATAATCTGTTGGTATGACATTCCACCAGTTCGTAGCACCATTAATACCTGCATATGCTCTTAATACAGCAACAATAACCCATTTTTTTTGTTGTTCATCATAAGCAAACAAAGGAGAACCACTGTCCCCAGGGGCACCATAGTCAGGTAAAGGTCCGTTTACAGGATTATAGGTTTGCCCGGGATTAGAGACTATTGTTGCATCAGATATCAGAGGAACTCCTGTGGTTCCTCCTGTTTTAAAAGCATATCCGCCGGCAACCTTAACTAAATTTCCGTCCTTGTCCTTAGTGTACTGCGTACCACTACCCACCCGATAAAAAGCGGTGTAACGTTCAGTGTCTTTATAAGCATTGGCTTTGGTTCCTTCTGATGTTATCGCTGAGGGAATAACTTCTGTAACCAGTTTATTCAGACGTGGAGCATGGAAGTCAACAGAAGAGTGGTTATTACGGTCAACAAGGGAATATGTATTTTTCCCATTACCAAAGCTCACACTCTGATATCCTCCGTTATGCTTTACGCTGACGATATACTGAGGTGATACAAGCGTAGCAACGCCATTTGAGCTCACACTGCTGAAATCGGCCATTGGGGCTTTATCCAGTCTCCCCACAAGTTTTCCGTCCTTATCATATACCGGAATATCTGTGGCACCAGGTACAAAAAGCCCTTTGTTTTCAGCGAAATCACGATAAATCTGATAGGCAATATCGGAACGGACAAT +>picU_2_CP009072 +ATTGTCCGTTCCGATATTGCCTATCAGATTTATCGTGATTTCGCTGAAAACAAAGGGCTTTTTGTACCTGGTGCCACAGATATTCCGGTATATGATAAGGACGGAAAACTTGTGGGGAGACTGGATAAAGCCCCAATGGCCGATTTCAGCAGTGTGAGCTCAAATGGCGTTGCTACGCTTGTATCACCTCAATATATCGTCAGCGTAAAGCATAACGGAGGATATCAGAGTGTGAGCTTTGGTAATGGGAAAAATACATATTCCCTTGTTGACCGTAATAACCACTCTTCTGTTGACTTCCATGCTCCACGTCTGAATAAACTGGTTACAGAAGTTATTCCCTCAGCGATAACATCAGAAGGAACCAAAGCCAATGCTTATAAAGACACTGAACGTTACACCGCTTTTTATCGGGTGGGTAGTGGTACGCAGTACACTAAGGACAAGGACGGAAATTTAGTTAAGGTTGCCGGCGGATATGCTTTTAAAACAGGAGGAACCACAGGAGTTCCTCTGATATCTGATGCAACAATAGTCTCTAATCCCGGGCAAACCTATAATCCTGTAAACGGACCTTTACCTGACTATGGTGCCCCTGGGGACAGTGGTTCTCCTTTGTTTGCTTATGATGAACAACAAAAAAAATGGGTTATTGTTGCTGTATTAAGAGCATATGCAGGTATTAATGGTGCTACGAACTGGTGGAATGTCATACCAACAGATTATCTGAACCAGGTTATGCAGGACGATTTCGAT +>sat_1_AE014075 +GCAAATATTGATATATCAAATGTATGGGCGAGAGACTATCTTGATCTTGCACAAAATAAAGGTATTTTCCAGCCCGGAGCAACAGACGTAACAATCACTTTAAAAAACGGAGATAAATTCTCTTTCCATAATCTCTCAATTCCGGATTTTTCTGGTGCAGCAGCGAGTGGCGCAGCTACCGCAATAGGAGGTTCTTATAGTGTTACTGTTGCACATAACAAAAAGAACCCTCAGGCCGCAGAAACCCAGGTTTACGCTCAGTCTTCTTACAGGGTTGTTGACAGAAGAAATTCCAATGATTTTGAGATTCAGAGGTTAAATAAATTTGTTGTGGAAACAGTAGGTGCCACCCCGGCAGAGACCAACCCTACAACATATTCTGATGCATTAGAACGCTACGGTATAGTCACTTCTGACGGTTCAAAAAAAATCATAGGTTTTCGTGCTGGCTCTGGAGGAACATCATTTATTAATGGTGAATCCAAAATCTCAACAAATTCAGCATATAGCCATGATCTGTTAAGTGCTAGTCTATTTGAGGTCACCCAATGGGACTCATACGGCATGATGATTTATAAAAATGATAAAACATTTCGTAATCTTGAAATATTCGGAGACAGCGGCTCTGGAGCATACTTATATGATAACAAACTAGAAAAATGGGTATTAGTCGGAACAACCCATGGTATTGCCAGCGTTAATGGTGACCAACTGACATGGATAACAAAATACAATGATAAACTGGTTAGTGAGTTAAAAGATACCTA +>sat_2_JX050263 +GCAAATATTGATATATCAAATGTATGGGCGAGAGACTATCTTGATCTTGCACAAAATAAAGGTATTTTCCAGCCCGGAGCAACAGACGTAACAATCACTTTAAAAAACGGAGATAAATTCTCTTTCCATAATCTCTCAATTCCGGATTTTTCTGGTGCAGCAGCGAGTGGCGCAGCTACCGCAATAGGAGGTTCTTATAGTGTTACTGTTGCACATAACAAAAAGAACCCTCAGGCCGCAGAAACTCAGGTTTACGCTCAGTCTTCTTACAGGGTTGTTGACAGAAGAAATTCCAATGATTTTGAGATTCAGAGGTTAAATAAATTTGTTGTGGAAACAGTAGGTGCCACCCCGGCAGAGACCAACCCTACAACATATTCTGATGCATTAGAACGCTACGGTATAGTCACTTCTGACGGTTCAAAAAAAATCATAGGTTTTCGTGCTGGCTCTGGAGGAACATCATTTATTAATGGTGAATCCAAAATCTCAACAAATTCAGCATATAGCCATGATCTGTTAAGTGCTAGTCTATTTGAGGTCACCCAATGGGACTCATACGGCATGATGATTTATAAAAATGATAAAACATTTCGTAATCTTGAAATATTCGGAGACAGCGGCTCTGGAGCATACTTATATGATAACAAACTAGAAAAATGGGTATTAGTCGGAACAACCCATGGTATTGCCAGCGTTAATGGTGACCAACTGACATGGATAACAAAATACAATGATAAACTGGTTAGTGAGTTAAAAGATACCTA +>sat_3_CP007799 +GCAAATATTGATATATCAAATGTATGGGCGAGAGACTATCTTGATCTTGCACAAAATAAAGGTATTTTCCAGCCCGGAGCAACAGACGTAACAATCACTTTAAAAAACGGAGATAAATTCTCTTTCCATAATCTCTCAATTCCGGATTTTTCTGGTGCAGCAGCGAGTGGCGCAGCTACCGCAATAGGAGGTTCTTATAGTGTTACTGTTGCACATAACAAAAAGAACCCTCAGGCCGCAGAAACTCAGGTTTACGCTCAGTCTTCTTACAAGGTTGTTGACAGAAGAAATTCCAATGATTTTGAGATTCAGAGGTTAAATAAATTTGTTGTGGAAACAGTAGGTGCCACCCCGGCAGAGACCAACCCTACAACATATTCTGATGCATTAGAACGCTACGGTATAGTCACTTCTGACGGTTCAAAAAAAATCATAGGTTTTCGTGCTGGCTCTGGAGGAACATCATTTATTAATGGTGAATCCAAAATCTCAACAAATTCAGCATATAGCCATGATCTGTTAAGTGCTAGTCTATTTGAGGTCACCCAATGGGACTCATACGGCATGATGATTTATAAAAATGATAAAACATTTCGTAATCTTGAAATATTCGGAGACAGCGGCTCTGGAGCATACTTATATGATAACAAACTAGAAAAATGGGTATTAGTCGGAACAACCCATGGTATTGCCAGCGTTAATGGTGACCAACTGACATGGATAACAAAATACAATGATAAACTGGTTAGTGAGTTAAAAGATACCTA +>sat_4_AIFY01000051 +GCAAATATTGATATATCAAATGTATGGGCGAGAGACTATCTTGATCTTGCACAAAATAAAGGTATTTTCCAGCCCGGAGCAACAGACGTAACAATCACTTTAAAAAACGGAGATAAATTCTCTTTCCATAATCTCTCAATTCCGGATTTTTCTGGTGCAGCAGCGAGTGGCGCAGCTACCGCAATAGGAGGTTCTTATAGTGTTACTGTTGCACATAACAAAAAGAACCCTCAGGCCGCAGAAACTCAGGTTTACGCTCAGTCTTCTTACAAGGTTGTTGACAGAAGAAATTCCAATGATTTTGAGATTCAGAGGTTAAATAAATTTGTTGTGGAAACAGTAGGTGCCACCCCGGCAGAGACCAACCCTACAACATATTCTGATGCATTAGAACGCTACGGTATAGTCACTTCTGACGGTTCAAAAAAAATCATAGGTTTTCGTGCTGGCTCTGGAGGAACATCATTTATTAATGGTGAATCCAAAATCTCAACAAATTCAGCATATAGCCATGATCTGCTAAGTGCTAGTCTATTTGAGGTCACCCAATGGGACTCATACGGCATGATGATTTATAAAAATGATAAAACATTTCGTAATCTTGAAATATTCGGAGACAGCGGCTCTGGAGCATACTTATATGATAACAAACTAGAAAAATGGGTATTAGTCGGAACAACCCATGGTATTGCCAGCGTTAATGGTGACCAACTGACATGGATAACAAAATACAATGATAAACTGGTTAGTAAGTTAAAAGATACCTA +>boa_1_AY876285 +TCAGTAGTCAGGTATGATCTCCCTTACCAGACGATAAGAGATTTTTCTGAGAATAAAGGGCAATTCACGCCGGGCAGTTTGAATATTCCCATTTACAACAAAACAGACGCGATTATTGGCTATTTGAATAAAGCGCCAATGCCTGATTTCAGCAGTGCCAATCATCAGTCCGCGGTTGCTACTCTTGTTTCACCACAGTATATCGTAAGCGTAAAACATAATGGCGGTTATCAAAGCGTCAGTTTTGGTGATGGCGAAAATAAATATCGTCTTGTTGACAGAAATAATCAGCCGGGACGAGATTTTCATGCCCCACGTTTAAATAAGTTAGTTACAGAAGTTGAACCTTCTTTGATGACGCAGTCAGGGATGGTGTCTGGCGCTTATAGTGATAAAAATCGCTATCCCACATTCTACCGGATAGGGTCCGGGACCCAGGAAATTAAACAGACAGACGGGCAAATCATCTCCCTTTCCGGCGCATACAATTACCTGACCGGAGGAACGGCGGGTTCACTGGGGTCCTATGCTCAGGGCCAGATGATCAGTGCCAATACCAATAAACAGTTGTATAACCTGGCGCAGGGTCCAATGGGAACCCATCCCCGCAGTGGTGATAGCGGTTCACCTTTATTTGCCTATGATTCTGTTTTACAACAGTGGGTCATTGTTGGCGTGGATAGCTCCGGCGGTGGCGGAGGAACTAACTGGACGGTGGTTGATGCGGATTTTGTAAACCAGTCCATTCAGGAAGATACCGAT +>boa_2_CP006692 +TCAGTAGTCAGATATGATCTCCCTTACCAGACAATAAGAGATTTTTCTGAGAATAAAGGACAATTCACGCCGGGCAGTTTGAATATTCCCATTTACAACAAAACAGACGCGATTATTGGCTATTTGAATAAAGCGCCAATGCCTGATTTCAGCAGTGCCAATCACCAGTCCGCGGTTGCCACTCTTGTTTCACCACAGTATATCGTAAGTGTAAAACATAATGGCGGTTATCAAAGCGTCAGTTTTGGTGATGGCGAAAATAAATATCGTCTTGTTGACAGAAATAATCAGCCGGGACGAGATTTTCATGCCCCACGTTTAAATAAGTTAGTTACAGAAGTTGAACCTTCTTTGATGACGCAGTCAGGGATGGTGTCTGGCGCTTATAGTGATAAAAATCGCTATCCCACATTCTACCGGATAGGGTCCGGGACCCAGGAAATTAAACAGACAGACGGGCAAATCATCTCCCTTTCCGGCGCATACAATTACCTGACCGGAGGAACGGCGGGTTCACTGGGGTCCTATGCTCAGGGCCAGATGATCAGTGCCAATACCAATAAACAGTTGTATAACCTGGCGCAGGGTCCAATGGGAACCCATCCCCGCAGTGGTGATAGCGGTTCACCTTTATTTGCCTATGATTCTGTTTTACAACAGTGGGTCATTGTTGGCGTGGATAGCTCCGGCGGTGGCGGAGGAACTAACTGGACGGTGGTTGATGCGGATTTTGTAAACCAGTCCATTCAGGAAGATACCGAT \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/typing.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/typing.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,62 @@ +import os.path +import functools + +import utils + +def simplify_data_by_gene(data_by_gene): + cleaned_data_by_gene = {} + for counter, data in data_by_gene.items(): + cleaned_data_by_gene[data['header']] = {'gene_identity': data['gene_identity'], 'gene_coverage': data['gene_coverage'], 'gene_depth': data['gene_mean_read_coverage']} + return cleaned_data_by_gene + + +def possible_types(data_by_gene, typing_rules_file, min_gene_coverage, min_gene_identity, min_gene_depth): + data_by_gene = simplify_data_by_gene(data_by_gene) + + possible_pathotypes = [] + with open(typing_rules_file, 'rtU') as reader: + genes = [] + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + line = line.split('\t') + if line[0].startswith('#'): + genes = map(str.lower, line[1:]) + else: + profile = line[1:] + congruence = [] + for x, gene_requirement in enumerate(profile): + gene_requirement = True if gene_requirement == '1' else False if gene_requirement == '0' else None + if gene_requirement is None: + congruence.append(True) + else: + if data_by_gene[genes[x]]['gene_coverage'] >= min_gene_coverage and data_by_gene[genes[x]]['gene_identity'] >= min_gene_identity and data_by_gene[genes[x]]['gene_depth'] >= min_gene_depth: + gene_present = True + else: + gene_present = False + + if gene_present == gene_requirement: + congruence.append(True) + else: + congruence.append(False) + if all(congruence): + possible_pathotypes.append(line[0]) + return possible_pathotypes + + +module_timer = functools.partial(utils.timer, name='Module Typing') + + +@module_timer +def typing(data_by_gene, typing_rules_file, min_gene_coverage, min_gene_identity, min_gene_depth, outdir): + possible_pathotypes = possible_types(data_by_gene, typing_rules_file, min_gene_coverage, min_gene_identity, min_gene_depth) + with open(os.path.join(outdir, 'patho_typing.report.txt'), 'wt') as writer: + if len(possible_pathotypes) > 0: + writer.write('\n'.join(possible_pathotypes) + '\n') + print '\n' + 'Pathotypes found:' + '\n' + print '\n'.join(possible_pathotypes) + '\n' + else: + writer.write('NA' + '\n') + print '\n' + 'It was not possible to identify any possible pathotype match' + '\n' + + return None, None diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/typing.pyc Binary file scripts/modules/typing.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/utils.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/utils.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,337 @@ +import pickle +import traceback +import shlex +import subprocess +from threading import Timer +import shutil +import time +import functools +import os.path +import sys +import argparse + + +def start_logger(workdir): + time_str = time.strftime("%Y%m%d-%H%M%S") + sys.stdout = Logger(workdir, time_str) + logfile = sys.stdout.getLogFile() + return logfile, time_str + + +class Logger(object): + def __init__(self, out_directory, time_str): + self.logfile = os.path.join(out_directory, str('run.' + time_str + '.log')) + self.terminal = sys.stdout + self.log = open(self.logfile, "w") + + def write(self, message): + self.terminal.write(message) + self.log.write(message) + self.log.flush() + + def flush(self): + pass + + def getLogFile(self): + return self.logfile + + +def checkPrograms(programs_version_dictionary): + print '\n' + 'Checking dependencies...' + programs = programs_version_dictionary + which_program = ['which', ''] + listMissings = [] + for program in programs: + which_program[1] = program + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(which_program, False, None, False) + if not run_successfully: + listMissings.append(program + ' not found in PATH.') + else: + print stdout.splitlines()[0] + if programs[program][0] is None: + print program + ' (impossible to determine programme version) found at: ' + stdout.splitlines()[0] + else: + if program.endswith('.jar'): + check_version = ['java', '-jar', stdout.splitlines()[0], programs[program][0]] + programs[program].append(stdout.splitlines()[0]) + else: + check_version = [stdout.splitlines()[0], programs[program][0]] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(check_version, False, None, False) + if stdout == '': + stdout = stderr + if program == 'wget': + version_line = stdout.splitlines()[0].split(' ', 3)[2] + else: + version_line = stdout.splitlines()[0].split(' ')[-1] + replace_characters = ['"', 'v', 'V', '+'] + for i in replace_characters: + version_line = version_line.replace(i, '') + print program + ' (' + version_line + ') found' + if programs[program][1] == '>=': + program_found_version = version_line.split('.') + program_version_required = programs[program][2].split('.') + if len(program_version_required) == 3: + if len(program_found_version) == 2: + program_found_version.append(0) + else: + program_found_version[2] = program_found_version[2].split('_')[0] + for i in range(0, len(program_version_required)): + if isinstance(program_found_version[i], (int, long)): + if int(program_found_version[i]) < int(program_version_required[i]): + listMissings.append('It is required ' + program + ' with version ' + programs[program][1] + ' ' + programs[program][2]) + else: + if version_line != programs[program][2]: + listMissings.append('It is required ' + program + ' with version ' + programs[program][1] + ' ' + programs[program][2]) + return listMissings + + +def requiredPrograms(): + programs_version_dictionary = {} + programs_version_dictionary['rematch.py'] = ['--version', '>=', '3.2'] + missingPrograms = checkPrograms(programs_version_dictionary) + if len(missingPrograms) > 0: + sys.exit('\n' + 'Errors:' + '\n' + '\n'.join(missingPrograms)) + + +def general_information(logfile, version, outdir, time_str): + # Check if output directory exists + + print '\n' + '==========> patho_typing <==========' + print '\n' + 'Program start: ' + time.ctime() + + # Tells where the logfile will be stored + print '\n' + 'LOGFILE:' + print logfile + + # Print command + print '\n' + 'COMMAND:' + script_path = os.path.abspath(sys.argv[0]) + print sys.executable + ' ' + script_path + ' ' + ' '.join(sys.argv[1:]) + + # Print directory where programme was lunch + print '\n' + 'PRESENT DIRECTORY:' + present_directory = os.path.abspath(os.getcwd()) + print present_directory + + # Print program version + print '\n' + 'VERSION:' + scriptVersionGit(version, present_directory, script_path) + + # Check programms + requiredPrograms() + + return script_path + + +def setPATHvariable(doNotUseProvidedSoftware, script_path): + path_variable = os.environ['PATH'] + script_folder = os.path.dirname(script_path) + # Set path to use provided softwares + if not doNotUseProvidedSoftware: + bowtie2 = os.path.join(script_folder, 'src', 'bowtie2-2.2.9') + samtools = os.path.join(script_folder, 'src', 'samtools-1.3.1', 'bin') + bcftools = os.path.join(script_folder, 'src', 'bcftools-1.3.1', 'bin') + + os.environ['PATH'] = str(':'.join([bowtie2, samtools, bcftools, path_variable])) + + # Print PATH variable + print '\n' + 'PATH variable:' + print os.environ['PATH'] + + +def scriptVersionGit(version, directory, script_path): + print 'Version ' + version + + try: + os.chdir(os.path.dirname(script_path)) + command = ['git', 'log', '-1', '--date=local', '--pretty=format:"%h (%H) - Commit by %cn, %cd) : %s"'] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(command, False, 15, False) + print stdout + command = ['git', 'remote', 'show', 'origin'] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(command, False, 15, False) + print stdout + os.chdir(directory) + except: + print 'HARMLESS WARNING: git command possibly not found. The GitHub repository information will not be obtained.' + + +def runTime(start_time): + end_time = time.time() + time_taken = end_time - start_time + hours, rest = divmod(time_taken, 3600) + minutes, seconds = divmod(rest, 60) + print 'Runtime :' + str(hours) + 'h:' + str(minutes) + 'm:' + str(round(seconds, 2)) + 's' + return round(time_taken, 2) + + +def timer(function, name): + @functools.wraps(function) + def wrapper(*args, **kwargs): + print('\n' + 'RUNNING {0}\n'.format(name)) + start_time = time.time() + + results = list(function(*args, **kwargs)) # guarantees return is a list to allow .insert() + + time_taken = runTime(start_time) + print('END {0}'.format(name)) + + results.insert(0, time_taken) + return results + return wrapper + + +def removeDirectory(directory): + if os.path.isdir(directory): + shutil.rmtree(directory) + + +def saveVariableToPickle(variableToStore, pickleFile): + with open(pickleFile, 'wb') as writer: + pickle.dump(variableToStore, writer) + + +def extractVariableFromPickle(pickleFile): + with open(pickleFile, 'rb') as reader: + variable = pickle.load(reader) + return variable + + +def trace_unhandled_exceptions(func): + @functools.wraps(func) + def wrapped_func(*args, **kwargs): + try: + func(*args, **kwargs) + except: + print 'Exception in ' + func.__name__ + traceback.print_exc() + return wrapped_func + + +def kill_subprocess_Popen(subprocess_Popen, command): + print 'Command run out of time: ' + str(command) + subprocess_Popen.kill() + + +def runCommandPopenCommunicate(command, shell_True, timeout_sec_None, print_comand_True): + run_successfully = False + if not isinstance(command, basestring): + command = ' '.join(command) + command = shlex.split(command) + + if print_comand_True: + print 'Running: ' + ' '.join(command) + + if shell_True: + command = ' '.join(command) + proc = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, shell=True) + else: + proc = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) + + not_killed_by_timer = True + if timeout_sec_None is None: + stdout, stderr = proc.communicate() + else: + timer = Timer(timeout_sec_None, kill_subprocess_Popen, args=(proc, command,)) + timer.start() + stdout, stderr = proc.communicate() + timer.cancel() + not_killed_by_timer = timer.isAlive() + + if proc.returncode == 0: + run_successfully = True + else: + if not print_comand_True and not_killed_by_timer: + print 'Running: ' + str(command) + if len(stdout) > 0: + print 'STDOUT' + print stdout.decode("utf-8") + if len(stderr) > 0: + print 'STDERR' + print stderr.decode("utf-8") + return run_successfully, stdout, stderr + + +def required_length(tuple_length_options, argument_name): + class RequiredLength(argparse.Action): + def __call__(self, parser, args, values, option_string=None): + if len(values) not in tuple_length_options: + msg = 'Option {argument_name} requires one of the following number of arguments: {tuple_length_options}'.format( + argument_name=self.argument_name, tuple_length_options=tuple_length_options) + raise argparse.ArgumentTypeError(msg) + setattr(args, self.dest, values) + return RequiredLength + + +def get_sequence_information(fasta_file, length_extra_seq): + sequence_dict = {} + headers = {} + + with open(fasta_file, 'rtU') as reader: + blank_line_found = False + sequence_counter = 0 + temp_sequence_dict = {} + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if not blank_line_found: + if line.startswith('>'): + if len(temp_sequence_dict) > 0: + if temp_sequence_dict.values()[0]['length'] - 2 * length_extra_seq > 0: + sequence_dict[temp_sequence_dict.keys()[0]] = temp_sequence_dict.values()[0] + headers[temp_sequence_dict.values()[0]['header'].lower()] = sequence_counter + else: + print temp_sequence_dict.values()[0]['header'] + ' sequence ignored due to length <= 0' + temp_sequence_dict = {} + + if line[1:].lower() in headers: + sys.exit('Found duplicated sequence headers') + + sequence_counter += 1 + temp_sequence_dict[sequence_counter] = {'header': line[1:].lower(), 'sequence': '', 'length': 0} + else: + temp_sequence_dict[sequence_counter]['sequence'] += line.upper() + temp_sequence_dict[sequence_counter]['length'] += len(line) + else: + sys.exit('It was found a blank line between the fasta file above line ' + line) + else: + blank_line_found = True + + if len(temp_sequence_dict) > 0: + if temp_sequence_dict.values()[0]['length'] - 2 * length_extra_seq > 0: + sequence_dict[temp_sequence_dict.keys()[0]] = temp_sequence_dict.values()[0] + headers[temp_sequence_dict.values()[0]['header'].lower()] = sequence_counter + else: + print temp_sequence_dict.values()[0]['header'] + ' sequence ignored due to length <= 0' + + return sequence_dict, headers + + +def simplify_sequence_dict(sequence_dict): + simple_sequence_dict = {} + for counter, info in sequence_dict.items(): + simple_sequence_dict[info['header']] = info + del simple_sequence_dict[info['header']]['header'] + return simple_sequence_dict + + +def chunkstring(string, length): + return (string[0 + i:length + i] for i in range(0, len(string), length)) + + +def clean_headers_sequences(sequence_dict): + problematic_characters = ["|", " ", ",", ".", "(", ")", "'", "/", ":"] + # print 'Checking if reference sequences contain ' + str(problematic_characters) + '\n' + + headers_changed = False + new_headers = {} + for i in sequence_dict: + if any(x in sequence_dict[i]['header'] for x in problematic_characters): + for x in problematic_characters: + sequence_dict[i]['header'] = sequence_dict[i]['header'].replace(x, '_') + headers_changed = True + new_headers[sequence_dict[i]['header'].lower()] = i + + if headers_changed: + print 'At least one of the those characters was found. Replacing those with _' + '\n' + + return sequence_dict, new_headers diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/modules/utils.pyc Binary file scripts/modules/utils.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/patho_typing.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/patho_typing.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,405 @@ +#!/usr/bin/env python + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +patho_typing.py - In silico pathogenic typing directly from raw +Illumina reads + + +Copyright (C) 2017 Miguel Machado + +Last modified: July 06, 2017 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see . + +2017-12-05 ISS +In order to use the module within the EURL_WGS_Typer pipeline with a +different virulence database for E coli, mapping against the +typing_rules.tab was deactivated. +""" + +import argparse +import os +import time +import sys + +import modules.utils as utils +import modules.run_rematch as run_rematch +import modules.typing as typing + +version = '0.3' + + +def set_reference(species, outdir, script_path, trueCoverage): + reference_file = None + trueCoverage_file = None + trueCoverage_sequences = None + trueCoverage_headers = None + trueCoverage_config = None + typing_file = None + typing_sequences = None + typing_headers = None + typing_rules = None + typing_config = None + + species_folder = os.path.join(os.path.dirname(script_path), 'modules', 'seq_conf', '_'.join([s.lower() for s in species]), '') + + if os.path.isdir(species_folder): + typing_rules = os.path.join(species_folder, 'typing_rules.tab') + typing_file = os.path.join(species_folder, 'typing.fasta') + typing_sequences, ignore = utils.get_sequence_information(typing_file, 0) + typing_sequences, typing_headers = utils.clean_headers_sequences(typing_sequences) + typing_sequences = utils.simplify_sequence_dict(typing_sequences) + typing_config = os.path.join(species_folder, 'typing.config') + if trueCoverage: + trueCoverage_file = os.path.join(species_folder, 'trueCoverage.fasta') + trueCoverage_sequences, ignore = utils.get_sequence_information(trueCoverage_file, 0) + trueCoverage_sequences, trueCoverage_headers = utils.clean_headers_sequences(trueCoverage_sequences) + trueCoverage_sequences = utils.simplify_sequence_dict(trueCoverage_sequences) + trueCoverage_config = os.path.join(species_folder, 'trueCoverage.config') + + trueCoverage_typing_sequences = trueCoverage_sequences.copy() + for header in typing_sequences: + if header not in trueCoverage_sequences: + trueCoverage_typing_sequences[header] = typing_sequences[header] + else: + print 'Sequence {header} of typing.fasta already present in trueCoverage.fasta'.format(header=header) + + reference_file = os.path.join(outdir, 'trueCoverage_typing.fasta') + write_sequeces(reference_file, trueCoverage_typing_sequences) + else: + reference_file = os.path.join(outdir, 'typing.fasta') + write_sequeces(reference_file, typing_sequences) + else: + species_present = [] + seq_conf_folder = os.path.join(os.path.dirname(script_path), 'modules', 'seq_conf', '') + species_folder = [d for d in os.listdir(seq_conf_folder) if not d.startswith('.') and os.path.isdir(os.path.join(seq_conf_folder, d, ''))] + for species in species_folder: + species = species.split('_') + species[0] = species[0][0].upper() + species[0][1:] + species_present.append(' '.join(species)) + sys.exit('Only these species are available:' + '\n' + '\n'.join(species_present)) + + return reference_file, trueCoverage_file, trueCoverage_sequences, trueCoverage_headers, trueCoverage_config, typing_file, typing_sequences, typing_headers, typing_rules, typing_config + + +def confirm_genes_fasta_rules(typing_fasta_headers, typing_rules_file): + with open(typing_rules_file, 'rtU') as reader: + genes = [] + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + line = line.split('\t') + if line[0].startswith('#'): + genes = line[1:] + break + missing_genes = [] + for gene in genes: + if gene.lower() not in typing_fasta_headers: + missing_genes.append(gene) + if len(missing_genes) > 0: + sys.exit('The following genes required for typing are not present in typing fasta file: {missing_genes}'.format(missing_genes=', '.join(missing_genes))) + + +def index_fasta_samtools(fasta, region_None, region_outfile_none, print_comand_True): + command = ['samtools', 'faidx', fasta, '', '', ''] + shell_true = False + if region_None is not None: + command[3] = region_None + if region_outfile_none is not None: + command[4] = '>' + command[5] = region_outfile_none + shell_true = True + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, shell_true, None, print_comand_True) + return run_successfully, stdout + + +def indexSequenceBowtie2(referenceFile, threads): + if os.path.isfile(str(referenceFile + '.1.bt2')): + run_successfully = True + else: + command = ['bowtie2-build', '--threads', str(threads), referenceFile, referenceFile] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + return run_successfully + + +def run_bowtie(fastq_files, referenceFile, threads, outdir, conserved_True, numMapLoc): + sam_file = os.path.join(outdir, str('alignment.sam')) + + run_successfully = indexSequenceBowtie2(referenceFile, threads) + if run_successfully: + command = ['bowtie2', '-k', str(numMapLoc), '-q', '', '--threads', str(threads), '-x', referenceFile, '', '--no-unal', '-S', sam_file] + + if len(fastq_files) == 1: + command[9] = '-U ' + fastq_files[0] + elif len(fastq_files) == 2: + command[9] = '-1 ' + fastq_files[0] + ' -2 ' + fastq_files[1] + else: + return False, None + + if conserved_True: + command[4] = '--sensitive' + else: + command[4] = '--very-sensitive-local' + + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + + if not run_successfully: + sam_file = None + + return run_successfully, sam_file + + +def sortAlignment(alignment_file, output_file, sortByName_True, threads): + outFormat_string = os.path.splitext(output_file)[1][1:].lower() + command = ['samtools', 'sort', '-o', output_file, '-O', outFormat_string, '', '-@', str(threads), alignment_file] + if sortByName_True: + command[6] = '-n' + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + if not run_successfully: + output_file = None + return run_successfully, output_file + + +def indexAlignment(alignment_file): + command = ['samtools', 'index', alignment_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + return run_successfully + + +def mapping_reads(fastq_files, referenceFile, threads, outdir, conserved_True, numMapLoc): + print '\n' + 'Mapping the reads' + '\n' + run_successfully, sam_file = run_bowtie(fastq_files, referenceFile, threads, outdir, conserved_True, numMapLoc) + if run_successfully: + run_successfully, bam_file = sortAlignment(sam_file, str(os.path.splitext(sam_file)[0] + '.bam'), False, threads) + if run_successfully: + os.remove(sam_file) + run_successfully = indexAlignment(bam_file) + if run_successfully: + index_fasta_samtools(referenceFile, None, None, True) + return run_successfully, bam_file + + +def include_rematch_dependencies_path(): + command = ['which', 'rematch.py'] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + rematch = stdout.splitlines()[0] + utils.setPATHvariable(False, rematch) + return rematch + + +def split_bam(bam_file, list_sequences, outdir, threads): + new_bam = os.path.join(outdir, 'partial.bam') + command = ['samtools', 'view', '-b', '-u', '-h', '-o', new_bam, '-@', str(threads), bam_file, ' '.join(list_sequences)] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + return run_successfully, new_bam + + +def parse_config(config_file): + config = {'reference_file': None, 'length_extra_seq': None, 'maximum_number_absent_genes': None, 'maximum_number_genes_multiple_alleles': None, 'minimum_read_coverage': None, 'minimum_depth_presence': None, 'minimum_depth_call': None, 'minimum_depth_frequency_dominant_allele': None, 'minimum_gene_coverage': None, 'minimum_gene_identity': None} + + with open(config_file, 'rtU') as reader: + field = None + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + line = line.split(' ')[0] + if line.startswith('#'): + line = line[1:].split(' ')[0] + field = line + else: + if field is not None: + if field in ['length_extra_seq', 'maximum_number_absent_genes', 'maximum_number_genes_multiple_alleles', 'minimum_read_coverage', 'minimum_depth_presence', 'minimum_depth_call', 'minimum_gene_coverage', 'minimum_gene_identity']: + line = int(line) + if field in ['minimum_gene_coverage', 'minimum_gene_identity']: + if line < 0 or line > 100: + sys.exit('minimum_gene_coverage in trueCoverage_rematch config file must be an integer between 0 and 100') + elif field == 'minimum_depth_frequency_dominant_allele': + line = float(line) + if line < 0 or line > 1: + sys.exit('minimum_depth_frequency_dominant_allele in trueCoverage_rematch config file must be a double between 0 and 1') + config[field] = line + field = None + + for field in config: + if config[field] is None: + sys.exit(field + ' in trueCoverage_rematch config file is missing') + + return config + + +def clean_pathotyping_folder(outdir, reference_file, debug_mode_true): + if not debug_mode_true: + files = [f for f in os.listdir(outdir) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(outdir, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith(('alignment.', os.path.splitext(os.path.basename(reference_file))[0])): + file_found = os.path.join(outdir, file_found) + os.remove(file_found) + + +def write_sequeces(out_file, sequences_dict): + with open(out_file, 'wt') as writer: + for header in sequences_dict: + writer.write('>' + header + '\n') + writer.write('\n'.join(utils.chunkstring(sequences_dict[header]['sequence'], 80)) + '\n') + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='patho_typing.py', description='In silico pathogenic typing directly from raw Illumina reads', formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-f', '--fastq', nargs='+', action=utils.required_length((1, 2), '--fastq'), type=argparse.FileType('r'), metavar=('/path/to/input/file.fq.gz'), help='Path to single OR paired-end fastq files. If two files are passed, they will be assumed as being the paired fastq files', required=True) + parser_required.add_argument('-s', '--species', nargs=2, type=str, metavar=('Yersinia', 'enterocolitica'), help='Species name', required=True) + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('-o', '--outdir', type=str, metavar='/path/to/output/directory/', help='Path to the directory where the information will be stored', required=False, default='.') + parser_optional_general.add_argument('-j', '--threads', type=int, metavar='N', help='Number of threads to use', required=False, default=1) + parser_optional_general.add_argument('--trueCoverage', action='store_true', help='Assess true coverage before continue typing') + parser_optional_general.add_argument('--noCheckPoint', action='store_true', help='Ignore the true coverage checking point') + parser_optional_general.add_argument('--minGeneCoverage', type=int, metavar='N', help='Minimum typing percentage of target reference gene sequence covered to consider a gene to be present (value between [0, 100])', required=False) + parser_optional_general.add_argument('--minGeneIdentity', type=int, metavar='N', help='Minimum typing percentage of identity of reference gene sequence covered to consider a gene to be present (value between [0, 100]). One INDEL will be considered as one difference', required=False) + parser_optional_general.add_argument('--minGeneDepth', type=int, metavar='N', help='Minimum typing gene average coverage depth of present positions to consider a gene to be present (default 15, or 1/3 of average sample coverage assessed by true coverage analysis)', required=False) + parser_optional_general.add_argument('--doNotRemoveConsensus', action='store_true', help='Do not remove ReMatCh consensus sequences') + parser_optional_general.add_argument('--debug', action='store_true', help='DeBug Mode: do not remove temporary files') + + args = parser.parse_args() + + if args.minGeneCoverage is not None and (args.minGeneCoverage < 0 or args.minGeneCoverage > 100): + parser.error('--minGeneCoverage should be a value between [0, 100]') + if args.minGeneIdentity is not None and (args.minGeneIdentity < 0 or args.minGeneIdentity > 100): + parser.error('--minGeneIdentity should be a value between [0, 100]') + + start_time = time.time() + + args.outdir = os.path.abspath(args.outdir) + if not os.path.isdir(args.outdir): + os.makedirs(args.outdir) + + # Start logger + logfile, time_str = utils.start_logger(args.outdir) + + script_path = utils.general_information(logfile, version, args.outdir, time_str) + print '\n' + + rematch = include_rematch_dependencies_path() + + args.fastq = [fastq.name for fastq in args.fastq] + + reference_file, trueCoverage_file, trueCoverage_sequences, trueCoverage_headers, trueCoverage_config, typing_file, typing_sequences, typing_headers, typing_rules, typing_config = set_reference(args.species, args.outdir, script_path, args.trueCoverage) + original_reference_file = str(reference_file) + + #confirm_genes_fasta_rules(typing_headers, typing_rules) + + run_successfully, bam_file = mapping_reads(args.fastq, reference_file, args.threads, args.outdir, False, 1) + if run_successfully: + rematch_dir = os.path.join(args.outdir, 'rematch', '') + if not os.path.isdir(rematch_dir): + os.makedirs(rematch_dir) + + if args.trueCoverage: + trueCoverage_dir = os.path.join(rematch_dir, 'trueCoverage', '') + if not os.path.isdir(trueCoverage_dir): + os.makedirs(trueCoverage_dir) + + print '\n' + run_successfully, trueCoverage_bam = split_bam(bam_file, trueCoverage_headers, trueCoverage_dir, args.threads) + if run_successfully: + run_successfully = indexAlignment(trueCoverage_bam) + if run_successfully: + reference_file = os.path.join(trueCoverage_dir, 'reference.fasta') + write_sequeces(reference_file, trueCoverage_sequences) + index_fasta_samtools(reference_file, None, None, True) + config = parse_config(trueCoverage_config) + runtime, run_successfully, sample_data_general, data_by_gene = run_rematch.run_rematch(rematch, trueCoverage_dir, reference_file, trueCoverage_bam, args.threads, config['length_extra_seq'], config['minimum_depth_presence'], config['minimum_depth_call'], config['minimum_depth_frequency_dominant_allele'], config['minimum_gene_coverage'], config['minimum_gene_identity'], args.debug, args.doNotRemoveConsensus) + + if run_successfully and sample_data_general['mean_sample_coverage'] is not None and sample_data_general['number_absent_genes'] is not None and sample_data_general['number_genes_multiple_alleles'] is not None: + if args.minGeneDepth is None: + args.minGeneDepth = sample_data_general['mean_sample_coverage'] / 3 + + exit_info = [] + if sample_data_general['mean_sample_coverage'] < config['minimum_read_coverage']: + exit_info.append('Sample coverage ({mean_sample_coverage}) lower than the minimum required ({minimum_read_coverage})'.format(mean_sample_coverage=sample_data_general['mean_sample_coverage'], minimum_read_coverage=config['minimum_read_coverage'])) + if sample_data_general['number_absent_genes'] > config['maximum_number_absent_genes']: + exit_info.append('Number of absent genes ({number_absent_genes}) higher than the maximum allowed ({maximum_number_absent_genes})'.format(number_absent_genes=sample_data_general['number_absent_genes'], maximum_number_absent_genes=config['maximum_number_absent_genes'])) + if sample_data_general['number_genes_multiple_alleles'] > config['maximum_number_genes_multiple_alleles']: + exit_info.append('Number of genes with multiple alleles ({number_genes_multiple_alleles}) higher than the maximum allowed ({maximum_number_genes_multiple_alleles})'.format(number_genes_multiple_alleles=sample_data_general['number_genes_multiple_alleles'], maximum_number_genes_multiple_alleles=config['maximum_number_genes_multiple_alleles'])) + + if len(exit_info) > 0: + print '\n' + '\n'.join(exit_info) + '\n' + e = 'TrueCoverage requirements not fulfilled' + print '\n' + e + '\n' + if not args.noCheckPoint: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + time_taken = utils.runTime(start_time) + sys.exit(e) + else: + e = 'TrueCoverage module did not run successfully' + print '\n' + e + '\n' + if not args.noCheckPoint: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + time_taken = utils.runTime(start_time) + sys.exit(e) + + print '\n' + typing_dir = os.path.join(rematch_dir, 'typing', '') + if not os.path.isdir(typing_dir): + os.makedirs(typing_dir) + run_successfully, bam_file = split_bam(bam_file, typing_headers, typing_dir, args.threads) + if run_successfully: + run_successfully = indexAlignment(bam_file) + if run_successfully: + reference_file = os.path.join(typing_dir, 'reference.fasta') + write_sequeces(reference_file, typing_sequences) + index_fasta_samtools(reference_file, None, None, True) + rematch_dir = str(typing_dir) + if not run_successfully: + if args.noCheckPoint: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + time_taken = utils.runTime(start_time) + sys.exit('Something in the required TrueCoverage analysis went wrong') + + if run_successfully: + config = parse_config(typing_config) + if args.minGeneCoverage is not None: + config['minimum_gene_coverage'] = args.minGeneCoverage + if args.minGeneIdentity is not None: + config['minimum_gene_identity'] = args.minGeneIdentity + + runtime, run_successfully, sample_data_general, data_by_gene = run_rematch.run_rematch(rematch, rematch_dir, reference_file, bam_file, args.threads, config['length_extra_seq'], config['minimum_depth_presence'], config['minimum_depth_call'], config['minimum_depth_frequency_dominant_allele'], config['minimum_gene_coverage'], config['minimum_gene_identity'], args.debug, args.doNotRemoveConsensus) + if run_successfully and data_by_gene is not None: + if args.minGeneDepth is None: + args.minGeneDepth = 15 + + #runtime, ignore, ignore = typing.typing(data_by_gene, typing_rules, config['minimum_gene_coverage'], config['minimum_gene_identity'], args.minGeneDepth, args.outdir) + else: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + time_taken = utils.runTime(start_time) + sys.exit('ReMatCh run for pathotyping did not run successfully') + else: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + time_taken = utils.runTime(start_time) + sys.exit('Something did not run successfully') + + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + + print '\n' + time_taken = utils.runTime(start_time) + del time_taken + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/patho_typing_pt.pl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/patho_typing_pt.pl Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,62 @@ +#!/usr/bin/env perl +## A wrapper script to collect patho_typing.py output +use strict; +use warnings; +use Cwd; +use English; +use File::Copy; +use File::Basename; + +# Parse arguments +my ($python) = @ARGV; + +# Run program +runPathoTyping(); +collectOutput(); +exit 0; + +# Run patho_typing +sub runPathoTyping { + my $abs_path = Cwd::abs_path($PROGRAM_NAME); + my $scriptdir = dirname($abs_path); + my $rematchdir = "$scriptdir/ReMatCh"; + my $newpath = "PATH=$ENV{PATH}:$rematchdir"; + `$newpath; $python`; + return 0; +} + +sub collectOutput{ + my $patho_type = ""; + open(my $fh, '<', 'output_dir/rematch/rematchModule_report.txt') || die "Could not open file 'output_dir/rematch/rematchModule_report.txt' $!"; + my @rematch_lines = <$fh>; + close($fh); + my @rematch_table = ""; + my @rematch_total_table = ""; + my $highest_coverage = 0; + foreach(@rematch_lines) { + if ($_ =~ m/\t/) { # Only table lines + my @elems = split('\t', $_); + if ($_ =~ m/#/) { # First line + s/_/ /g for @elems; + push(@rematch_table,join("\t", @elems[0,1,2,5])); + push(@rematch_total_table,join("\t", @elems[0,1,2,5])); + } + else { + push(@rematch_total_table,join("\t", @elems[0,1,2,5])); + if ($elems[1] > 90.0) { # Only genes with over 90% coverage in report table + my @genelems = split('_', $elems[0]); + $elems[0] = "$elems[0]"; + push(@rematch_table,join("\t", @elems[0,1,2,5])); + } + } + } + } + open($fh, '>', 'pathotyper_rep_tab') || die "Could not open file 'pathotyper_rep_tab' $!"; + print $fh @rematch_table; + close($fh); + open($fh, '>', 'pathotyper_rep_tot_tab') || die "Could not open file 'pathotyper_rep_tot_tab' $!"; + print $fh @rematch_total_table; + close($fh); + + return 0; +} diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/rgFastQC.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/rgFastQC.py Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,162 @@ +""" +Rewrite of rgFastQC.py for Version 0.11.2 of FastQC. + +Changes implemented from tmcgowan at +https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/view/tmcgowan/fastqc +and iuc at https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/iuc/fastqc +with minor changes and bug fixes + +SYNOPSIS + + rgFastQC.py -i input_file -j input_file.name -o output_html_file [-d output_directory] + [-f fastq|bam|sam] [-n job_name] [-c contaminant_file] [-e fastqc_executable] + +EXAMPLE (generated by Galaxy) + + rgFastQC.py -i path/dataset_1.dat -j 1000gsample.fastq -o path/dataset_3.dat -d path/job_working_directory/subfolder + -f fastq -n FastQC -c path/dataset_2.dat -e fastqc + +""" + +import re +import os +import shutil +import subprocess +import optparse +import tempfile +import glob +import gzip +import bz2 +import zipfile + +class FastQCRunner(object): + + def __init__(self,opts=None): + ''' + Initializes an object to run FastQC in Galaxy. To start the process, use the function run_fastqc() + ''' + + # Check whether the options are specified and saves them into the object + assert opts != None + self.opts = opts + + def prepare_command_line(self): + ''' + Develops the Commandline to run FastQC in Galaxy + ''' + + # Check whether a given file compression format is valid + # This prevents uncompression of already uncompressed files + infname = self.opts.inputfilename + linf = infname.lower() + trimext = False + # decompression at upload currently does NOT remove this now bogus ending - fastqc will barf + # patched may 29 2013 until this is fixed properly + if ( linf.endswith('.gz') or linf.endswith('.gzip') ): + f = gzip.open(self.opts.input) + try: + f.readline() + except: + trimext = True + f.close() + elif linf.endswith('bz2'): + f = bz2.open(self.opts.input,'rb') + try: + f.readline() + except: + trimext = True + f.close() + elif linf.endswith('.zip'): + if not zipfile.is_zipfile(self.opts.input): + trimext = True + if trimext: + f = open(self.opts.input) + try: + f.readline() + except: + raise Exception("Input file corruption, could not identify the filetype") + infname = os.path.splitext(infname)[0] + + # Replace unwanted or problematic charaters in the input file name + self.fastqinfilename = re.sub(ur'[^a-zA-Z0-9_\-\.]', '_', os.path.basename(infname)) + # check that the symbolic link gets a proper ending, fastqc seems to ignore the given format otherwise + if 'fastq' in opts.informat: + # with fastq the .ext is ignored, but when a format is actually passed it must comply with fastqc's + # accepted formats.. + opts.informat = 'fastq' + elif not self.fastqinfilename.endswith(opts.informat): + self.fastqinfilename += '.%s' % opts.informat + + # Build the Commandline from the given parameters + command_line = [opts.executable, '--outdir %s' % opts.outputdir] + if opts.contaminants != None: + command_line.append('--contaminants %s' % opts.contaminants) + if opts.limits != None: + command_line.append('--limits %s' % opts.limits) + command_line.append('--quiet') + command_line.append('--extract') # to access the output text file + command_line.append(self.fastqinfilename) + command_line.append('-f %s' % opts.informat) + self.command_line = ' '.join(command_line) + + def copy_output_file_to_dataset(self): + ''' + Retrieves the output html and text files from the output directory and copies them to the Galaxy output files + ''' + + # retrieve html file + result_file = glob.glob(opts.outputdir + '/*html') + with open(result_file[0], 'rb') as fsrc: + with open(self.opts.htmloutput, 'wb') as fdest: + shutil.copyfileobj(fsrc, fdest) + + # retrieve text file + text_file = glob.glob(opts.outputdir + '/*/fastqc_data.txt') + with open(text_file[0], 'rb') as fsrc: + with open(self.opts.textoutput, 'wb') as fdest: + shutil.copyfileobj(fsrc, fdest) + + def run_fastqc(self): + ''' + Executes FastQC. Make sure the mandatory import parameters input, inputfilename, outputdir and htmloutput have been specified in the options (opts) + ''' + + # Create a log file + dummy,tlog = tempfile.mkstemp(prefix='rgFastQC',suffix=".log",dir=self.opts.outputdir) + sout = open(tlog, 'w') + + self.prepare_command_line() + sout.write(self.command_line) + sout.write('\n') + sout.write("Creating symlink\n") # between the input (.dat) file and the given input file name + os.symlink(self.opts.input, self.fastqinfilename) + sout.write("check_call\n") + subprocess.check_call(self.command_line, shell=True) + sout.write("Copying working %s file to %s \n" % (self.fastqinfilename, self.opts.htmloutput)) + self.copy_output_file_to_dataset() + sout.write("Finished") + sout.close() + +if __name__ == '__main__': + op = optparse.OptionParser() + op.add_option('-i', '--input', default=None) + op.add_option('-j', '--inputfilename', default=None) + op.add_option('-o', '--htmloutput', default=None) + op.add_option('-t', '--textoutput', default=None) + op.add_option('-d', '--outputdir', default="/tmp/shortread") + op.add_option('-f', '--informat', default='fastq') + op.add_option('-n', '--namejob', default='rgFastQC') + op.add_option('-c', '--contaminants', default=None) + op.add_option('-l', '--limits', default=None) + op.add_option('-e', '--executable', default='fastqc') + opts, args = op.parse_args() + + assert opts.input != None + assert opts.inputfilename != None + assert opts.htmloutput != None + #assert os.path.isfile(opts.executable),'##rgFastQC.py error - cannot find executable %s' % opts.executable + if not os.path.exists(opts.outputdir): + os.makedirs(opts.outputdir) + + fastqc_runner = FastQCRunner(opts) + fastqc_runner.run_fastqc() diff -r 000000000000 -r 965517909457 scripts/spades.pl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/spades.pl Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,133 @@ +#!/usr/bin/env perl +## A wrapper script to call spades.py and collect its output +use strict; +use warnings; +use File::Temp qw/ tempfile tempdir /; +use File::Copy; +use Getopt::Long; + +# Parse arguments +my ($out_contigs_file, + $out_contigs_stats, + $out_scaffolds_file, + $out_scaffolds_stats, + $out_log_file, + $new_name, + @sysargs) = @ARGV; + +## GetOptions not compatible with parsing the rest of the arguments in an array. +## Keeping the not-so-nice parse-in-one-go method, without named arguments. +# GetOptions( +# 'contigs-file=s' => \$out_contigs_file, +# 'contigs-stats=s' => \$out_contigs_stats, +# 'scaffolds-file=s' => \$out_scaffolds_file, +# 'scaffolds-stats=s' => \$out_scaffolds_stats, +# 'out_log_file=s' => \$out_log_file, +# ); + +# my @sysargs = @ARGV; + +# Create temporary folder to store files, delete after use +#my $output_dir = tempdir( CLEANUP => 0 ); +my $output_dir = 'output_dir'; +# Link "dat" files as fastq, otherwise spades complains about file format + +# Create log handle +open my $log, '>', $out_log_file or die "Cannot write to $out_log_file: $?\n"; + +# Run program +# To do: record time +runSpades(@sysargs); +collectOutput($new_name); +extractCoverageLength($out_contigs_file, $out_contigs_stats); +extractCoverageLength($out_scaffolds_file, $out_scaffolds_stats); +print $log "Done\n"; +close $log; +exit 0; + +# Run spades +sub runSpades { + my $cmd = join(" ", @_) . " -o $output_dir"; + my $return_code = system($cmd); + if ($return_code) { + print $log "Failed with code $return_code\nCommand $cmd\nMessage: $?\n"; + die "Failed with code $return_code\nCommand $cmd\nMessage: $?\n"; + } + return 0; +} + +# Collect output +sub collectOutput{ + my ($new_name) = @_; + + # Collects output + #if a new name is given for the contigs and scaffolds, change them before moving them + if ( $new_name ne 'NODE') { + renameContigs($new_name); + } + else { + if ( -e "$output_dir/contigs.fasta") { + move "$output_dir/contigs.fasta", $out_contigs_file; + } + if ( -e "$output_dir/scaffolds.fasta") { + move "$output_dir/scaffolds.fasta", $out_scaffolds_file; + } + } + + open LOG, '<', "$output_dir/spades.log" + or die "Cannot open log file $output_dir/spades.log: $?"; + print $log $_ while (); + return 0; +} + +#Change name in contig and scaffolds file +sub renameContigs{ + my ($name) = @_; + + open my $in, '<',"$output_dir/contigs.fasta" or die $!; + open my $out,'>', $out_contigs_file; + + while ( my $line = <$in>) { + #remove the NODE_ so we can rebuilt the display_id with our contig name with the contig number. + #also move the remainder of the length + if ( $line =~ />NODE_(\d+)_(.+)/) { + $line = ">$name" . "_$1 $2\n"; + } + print $out $line; + } + close $in; + close $out; + + + open $in, '<',"$output_dir/scaffolds.fasta" or die $!; + open $out,'>', $out_scaffolds_file; + + while ( my $line = <$in>) { + #remove the NODE_ so we can rebuilt the display_id with our contig name with the contig number. + #also move the remainder of the length + if ( $line =~ />NODE_(\d+)_(.+)/) { + $line = ">$name" . "_$1 $2\n"; + } + print $out $line; + } + close $in; + close $out; + +} + + +# Extract +sub extractCoverageLength{ + my ($in, $out) = @_; + open FASTA, '<', $in or die $!; + open TAB, '>', $out or die $!; + print TAB "#name\tlength\tcoverage\n"; + while (){ + next unless /^>/; + chomp; + die "Not all elements found in $_\n" if (! m/^>(NODE|\S+)_(\d+)(?:_|\s)length_(\d+)_cov_(\d+\.*\d*)/); + my ($name,$n, $l, $cov) = ($1,$2, $3, $4); + print TAB "$name" . "_$n\t$l\t$cov\n"; + } + close TAB; +} diff -r 000000000000 -r 965517909457 test-data/blastn_H --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/blastn_H Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,6 @@ +NODE_9_length_113741_cov_22.962397 fliC_269_AY337465_H11 99.93 1459 1 0 84783 86241 1459 1 0.0 2664 fliC_269_AY337465_H11 2913 1458 1458 0 99.93 1 1 GCAGCAGAGACAGTACGTTCTGCGTGGTCTGGTTAGCCTGCGCCAGAACAGAGGTACCCGCTTGTTGCAGGATCTGCGCACGAGACATGTTAGACACTTCGGTCGCGTAGTCAGCATCTTCGATACGGCTACGGGCAGAAGACAGGTTGTTTACGGTGTTGCCAAGGTTGGTGATAGCAGAGTCGAAACGGTTTTGTACTGCACCGAGGTCAGAACGCAGATTGTCAACTTTAGCCAATGCTTTGTCGATAGTTTCGAGCGGGTTGGTGGTAGATTGCAACGATTTTGCTGCATCTTCGTTTACCAGAATCGGGCTACCACCTTCTGATTTGCTCAGATACATGACTTTATTGTTACCAGAAGCAGTCTCCGTTATCGTTTTACCATCTGCACTAACATCGTAAGTTGCACCGTTAACAACTAACGTGCTTCCTGTTTTCTTAGCTGCATTGAGATCAAGATCGGAAAGTGTGGCAGCCTTGTTATCAACTTTGGTTGTCGTATAAAGGCCAGCGCTATTTTTGTAAACTGTCTCACTCGTAATCAAAGAAGCTTTTTTGTCAGCATCTGTCACAGTAAATGTCACTGACTTACCATCAATTTCTGCAGAATATACACCATTCCCATTGCCATCCGCTGCAGTTGTTGTTGTGAATTCAACTCCATTAAACGTGAATTTATCATTCTGTGCTTTATTCTTAGCCGCTGCTGCGAGTGCTGTAGCATCAATCCCTGTACCAGCTATGTTTGTGTCAGATTTAGTTGTCAGTGAACCATCTGCTGCACTAACAAAAATATCATTCCCTGTAGTATCTTTAACAGCTCCGCTATCTACGTTAACAGTATAAGCATCACCGCCAACATCATAGTTATCAGTACCTGTCGCTTTAAATTTAGAAATCAGGTCACTGCCAGTTGCTTTCTGCGCGCCATCGATATTAAAACCGTCCAGGCCGAGAGTTTTCGCATCAATTTTTGCCAGATTGATAGTGATGGTTTCACCATCATTAGCACCAACCTGAATTTTCATTTCATTATTTTCAGCAAGGACTTTCACGCCGTTAAACTGAGTTTGCTCAGATACACGGTCAATTTCTTCCAGACGTTGAGTAATTTCAGCCTGGATAGAAGAAAGATCGCTGTCAGAGTTAGTACCGTTAGTTGCCTGAACAGTCAGTTCACGTACACGCTGCAGGTTGTTGTTAATTTCATTCAGCGCACCTTCAGTGGTCTGCGCAACAGAAATACCATCATTCGCGTTACGGGAAGCCTGAGTCAGACCTTTAATATTTGCTGTAAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCTGCTGCGTCATCTTTAGCACTGTTAATACGCAGGCCAGAAGAGAGACGTTCAATGGCGGAGCTCAGAGAAGACTGAGATTTGTTCAGGTTATTCTGGGTCAACAGCGACAGGCTGTTTGTATTAATGACTTGTGCCAT GCAGCAGAGACAGTACGTTCTGCGTGGTCTGGTTAGCCTGCGCCAGAACAGAGGTACCCGCTTGTTGCAGGATCTGCGCACGAGACATGTTAGACACTTCGGTCGCGTAGTCAGCATCTTCGATACGGCTACGGGCAGAAGACAGGTTGTTTACGGTGTTGCCAAGGTTGGTGATAGCAGAGTCGAAACGGTTTTGTACTGCACCGAGGTCAGAACGCAGATTGTCAACTTTAGCCAATGCTTTGTCGATAGTTTCGAGCGGGTTGGTGGTAGATTGCAACGATTTTGCTGCATCTTCGTTTACCAGAATCGGGCTACCACCTTCTGATTTGCTCAGATACATGACTTTATTGTTACCAGAAGCAGTCTCCGTTATCGTTTTACCATCTGCACTAACATCGTAAGTTGCACCGTTAACAACTAACGTGCTTCCTGTTTTCTTAGCTGCATTGAGATCAAGATCGGAAAGTGTGGCAGCCTTGTTATCAACTTTGGTTGTCGTATAAAGGCCAGCGCTATTTTTGTAAACTGTCTCACTCGTAATCAAAGAAGCTTTTTTGTCAGCATCTGTCACAGTAAATGTCACTGACTTACCATCAATTTCTGCAGAATATACACCATTCCCATTGCCATCCGCTGCAGTTGTTGTTGTGAATTCAACTCCATTAAACGTGAATTTATCATTCTGTGCTTTATTCTTAGCCGCTGCTGCGAGTGCTGTAGCATCAATCCCTGTACCAGCTATGTTTGTGTCAGATTTAGTTGTCAGTGAACCATCTGCTGCACTAACAAAAATATCATTCCCTGTAGTATCTTTAACAGCTCCGCTATCTACGTTAACAGTATAAGCATCACCGCCAACATCATAGTTATCAGTACCTGTCGCTTTAAATTTAGAAATCAGGTCACTGCCAGTTGCTTTCTGCGCGCCATCGATATTAAAACCGTCCAGGCCGAGAGTTTTCGCATCAATTTTTGCCAGATTGATAGTGATGGTTTCACCATCATTAGCACCAACCTGAATTTTCATTTCATTATTTTCAGCAAGGACTTTCACGCCGTTAAACTGAGTTTGCTCAGATACACGGTCAATTTCTTCCAGACGTTGAGTAATTTCAGCCTGGATAGAAGAAAGATCGCTGTCAGAGTTAGTACCGTTAGTTGCCTGAACAGTCAGTTCACGTACACGCTGCAGGTTGTTGTTAATTTCATTCAGCGCACCTTCAGTGGTCTGCGCAACAGAAATACCATCATTCGCGTTACGGGAAGCCTGAGTCAGACCTTTAATATTTGCTGTAAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCTGCTGCGTCATCTTTAGCACTGTTAATACGCAGGCCAGAAGAGAGACGTTCAATGGCGGAGCTCAGAGAAGACTGAGATTTGTTCAGGTTATTCTGGGTCAACAGCGACAGGCTGTTGGTATTAATGACTTGTGCCAT 113741 1467 fliC_269_AY337465_H11 +NODE_9_length_113741_cov_22.962397 fliC_276_AY337472_H11 99.79 1459 3 0 84783 86241 1459 1 0.0 2655 fliC_276_AY337472_H11 2903 1456 1456 0 99.79 1 1 GCAGCAGAGACAGTACGTTCTGCGTGGTCTGGTTAGCCTGCGCCAGAACAGAGGTACCCGCTTGTTGCAGGATCTGCGCACGAGACATGTTAGACACTTCGGTCGCGTAGTCAGCATCTTCGATACGGCTACGGGCAGAAGACAGGTTGTTTACGGTGTTGCCAAGGTTGGTGATAGCAGAGTCGAAACGGTTTTGTACTGCACCGAGGTCAGAACGCAGATTGTCAACTTTAGCCAATGCTTTGTCGATAGTTTCGAGCGGGTTGGTGGTAGATTGCAACGATTTTGCTGCATCTTCGTTTACCAGAATCGGGCTACCACCTTCTGATTTGCTCAGATACATGACTTTATTGTTACCAGAAGCAGTCTCCGTTATCGTTTTACCATCTGCACTAACATCGTAAGTTGCACCGTTAACAACTAACGTGCTTCCTGTTTTCTTAGCTGCATTGAGATCAAGATCGGAAAGTGTGGCAGCCTTGTTATCAACTTTGGTTGTCGTATAAAGGCCAGCGCTATTTTTGTAAACTGTCTCACTCGTAATCAAAGAAGCTTTTTTGTCAGCATCTGTCACAGTAAATGTCACTGACTTACCATCAATTTCTGCAGAATATACACCATTCCCATTGCCATCCGCTGCAGTTGTTGTTGTGAATTCAACTCCATTAAACGTGAATTTATCATTCTGTGCTTTATTCTTAGCCGCTGCTGCGAGTGCTGTAGCATCAATCCCTGTACCAGCTATGTTTGTGTCAGATTTAGTTGTCAGTGAACCATCTGCTGCACTAACAAAAATATCATTCCCTGTAGTATCTTTAACAGCTCCGCTATCTACGTTAACAGTATAAGCATCACCGCCAACATCATAGTTATCAGTACCTGTCGCTTTAAATTTAGAAATCAGGTCACTGCCAGTTGCTTTCTGCGCGCCATCGATATTAAAACCGTCCAGGCCGAGAGTTTTCGCATCAATTTTTGCCAGATTGATAGTGATGGTTTCACCATCATTAGCACCAACCTGAATTTTCATTTCATTATTTTCAGCAAGGACTTTCACGCCGTTAAACTGAGTTTGCTCAGATACACGGTCAATTTCTTCCAGACGTTGAGTAATTTCAGCCTGGATAGAAGAAAGATCGCTGTCAGAGTTAGTACCGTTAGTTGCCTGAACAGTCAGTTCACGTACACGCTGCAGGTTGTTGTTAATTTCATTCAGCGCACCTTCAGTGGTCTGCGCAACAGAAATACCATCATTCGCGTTACGGGAAGCCTGAGTCAGACCTTTAATATTTGCTGTAAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCTGCTGCGTCATCTTTAGCACTGTTAATACGCAGGCCAGAAGAGAGACGTTCAATGGCGGAGCTCAGAGAAGACTGAGATTTGTTCAGGTTATTCTGGGTCAACAGCGACAGGCTGTTTGTATTAATGACTTGTGCCAT GCAGCAGAGACAGTACGTTCTGCGTGGTCTGGTTAGCCTGCGCCAGAACAGAGGTACCCGCTTGTTGCAGGATCTGCGCACGAGACATGTTAGACACTTCGGTCGCGTAGTCAGCATCTTCGATACGGCTACGGGCAGAAGACAGGTTGTTTACGGTGTTGCCAAGGTTGGTGATAGCAGAGTCGAAACGGTTTTGTACTGCACCGAGGTCAGAACGCAGATTGTCAACTTTAGCCAATGCTTTGTCGATAGTTTCGAGCGGGTTGGTGGTAGATTGCAACGATTTTGCTGCATCTTCGTTTACCAGAATCGGGCTACCACCTTCTGATTTGCTCAGATACATGACTTTATTGTTACCAGAAGCAGTCTCCGTTATCGTTTTACCATCTGCACTAACATCGTAAGTTGCACCGTTAACAACTAACGTGCTTCCTGTTTTCTTAGCTGCATTGAGATCAAGATCGGAAAGTGTGGCAGCCTTGTTATCAACTTTGGTTGTCGTATAAAGGCCAGCGCTATTTTTGTAAACTGTCTCACTCGTAATCAAAGAAGCTTTTTTGTCAGCATCTGTCACAGTAAATGTCACTGACTTACCATCAATTTCTGCAGAATATACACCATTCCCATTGCCATCCGCTGCAGTTGTTGTTGTGAATTCAACTCCATTAAACGTGAATTTATCATTCTGTGCTTTATTCTTAGCCGCTGCTGCGAGTGCTGTAGCATCAATCCCTGTACCAGCTATGTTTGTGTCAGATTTAGTTGTCAGTGAACCATCTGCTGCACTAACAAAAATATCATTCCCTGTAGTATCTTTAACAGCTCCGCTATCTACGTTAACAGTATAAGCATCACCGCCAACATCATAGTTATCAGTACCTGTCGCTTTAAATTTAGAAATCAGGTCACTGCCAGTTGCTTTCTGCGCGCCATCGATATTAAAACCGTCCAGGCCGAGAGTTTTCGCATCAATTTTTGCCAGATTGATAGTGATGGTTTCACCATCATTAGCACCAACCTGAATTTTCATTTCATTATTTTCAGCAAGGACTTTCACGCCGTTAAACTGAGTTTGCTCAGATACACGGTCAATTTCTTCCAGACGTTGAGTAATTTCAGCCTGGATAGAAGAAAGATCGCTGTCAGAGTTAGTACCGTTAGTTGCCTGAACAGTCAGTTCACGTACACGCTGCAGGTTGTTGTTAATTTCATTCAGCGCGCCTTCAGTGGTCTGCGCAACAGAATTACCATCATTCGCGTTACGGGAAGCCTGAGTCAGACCTTTAATATTTGCTGTAAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCTGCTGCGTCATCTTTAGCACTGTTAATACGCAGGCCAGAAGAGAGACGTTCAATGGCGGAGCTCAGAGAAGACTGAGATTTGTTCAGGTTATTCTGGGTCAACAGCGACAGGCTGTTGGTATTAATGACTTGTGCCAT 113741 1467 fliC_276_AY337472_H11 +NODE_9_length_113741_cov_22.962397 fliC_55_AJ884568_H40 96.46 649 23 0 85593 86241 649 1 0.0 1082 fliC_55_AJ884568_H40 1183 626 626 0 96.46 1 1 TATCTTTAACAGCTCCGCTATCTACGTTAACAGTATAAGCATCACCGCCAACATCATAGTTATCAGTACCTGTCGCTTTAAATTTAGAAATCAGGTCACTGCCAGTTGCTTTCTGCGCGCCATCGATATTAAAACCGTCCAGGCCGAGAGTTTTCGCATCAATTTTTGCCAGATTGATAGTGATGGTTTCACCATCATTAGCACCAACCTGAATTTTCATTTCATTATTTTCAGCAAGGACTTTCACGCCGTTAAACTGAGTTTGCTCAGATACACGGTCAATTTCTTCCAGACGTTGAGTAATTTCAGCCTGGATAGAAGAAAGATCGCTGTCAGAGTTAGTACCGTTAGTTGCCTGAACAGTCAGTTCACGTACACGCTGCAGGTTGTTGTTAATTTCATTCAGCGCACCTTCAGTGGTCTGCGCAACAGAAATACCATCATTCGCGTTACGGGAAGCCTGAGTCAGACCTTTAATATTTGCTGTAAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCTGCTGCGTCATCTTTAGCACTGTTAATACGCAGGCCAGAAGAGAGACGTTCAATGGCGGAGCTCAGAGAAGACTGAGATTTGTTCAGGTTATTCTGGGTCAACAGCGACAGGCTGTTTGTATTAATGACTTGTGCCAT TATCCTTGACTGCACCGCTATCTACGTTAACGGTATAAGCATCACCGCCAACATCATAGTTATCAGTACCTGTCGCTTTAAATTTAGAAATCAGGTCACTGCCGGTTGCTTTCTGCGCGCCATCGATATTAAAACCGTCCAGGCCGAGAGTTTTCGCATCAATTTTTGCCAGATTGATAGTGATGGCTTCACCATCATTAGCACCAACCTGAATTTTCATTTCATTATTTTCAGCAAGGACTTTCACGCCGTTAAACTGAGTTTGCTCAGATACACGGTCAATTTCTTCCAGACGTTGAGTAATTTCAGCCTGGATAGAAGAAAGATCGCTGTCAGAGTTAGTACCGTTAGTTGCCTGAACAGAAAGTTCACGAATACGCTGCAGGTTGTTGTTAATTTCATTCAGCGCACCTTCAGTGGTCTGCGCAACAGAAATACCATCATTCGCGTTACGGGAAGCCTGGGTCAGACCTTTAATATTTGCCGTAAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCTGCTGCATCGTCTTTTGCGCTGTTAATACGCAGACCAGAAGACAGACGCTCAATAGCAGAGCTAAGAGAAGACTGAGATTTGTTCAGGTTATTCTGGGTCAACAGCGACAGGCTGTTTGTATTAATGACTTGTGCCAT 113741 1479 fliC_55_AJ884568_H40 +NODE_9_length_113741_cov_22.962397 fliC_84_AIHL01000060_H21 96.97 594 18 0 85648 86241 594 1 0.0 1005 fliC_84_AIHL01000060_H21 1098 576 576 0 96.97 1 1 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ATAATTATCAGTACCTGTCGCTTTAAATTTAGAAATCAGGTCACTGCCGGTTGCTTTCTGCGCGCCATCGATATTAAAACCGTCCAGGCCGAGAGTTTTCGCATCAATTTTTGCCAGATTGATAGTGATGGTTTCACCATCATTAGCACCAACCTGAATTTTCATTTCATTATTTTCAGCAAGGACTTTCACGCCGTTAAACTGAGTTTGCTCAGATACACGGTCAATTTCTTCCAGACGTTGAGTAATTTCAGCCTGGATAGAAGAAAGATCGCTGTCAGAGTTAGTACCGTTAGTTGCCTGAACAGAAAGTTCACGAATACGCTGCAGGTTGTTGTTAATTTCATTCAGCGCACCTTCAGTGGTCTGCGCAACAGAAATACCATCATTCGCGTTACGGGAAGCCTGGGTCAGACCTTTAATATTTGCCGTAAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCTGCTGCATCGTCTTTTGCGCTGTTAATACGCAGACCAGAAGACAGACGCTCAATAGCAGAGCTAAGAGAAGACTGAGATTTGTTCAGGTTATTCTGGGTCAACAGCGACAGGCTGTTTGTATTAATGACTTGTGCCAT 113741 1476 fliC_84_AIHL01000060_H21 +NODE_9_length_113741_cov_22.962397 fliC_84_AIHL01000060_H21 95.67 531 23 0 84778 85308 1476 946 0.0 867 fliC_84_AIHL01000060_H21 947 508 508 0 95.67 1 1 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TTAACGCAGCAGAGACAGTACGTTCTGCGTGGTCTGGTTAGCCTGTGCCAGAACAGAGGTACCCGCTTGTTGCAGGATCTGCGCACGAGACATGTTAGACACTTCGGTCGCGTAGTCAGCATCTTCGATACGGCTACGGGCAGAAGACAGGTTGTTTACGGTGTTGCCAAGGTTGGTGATGGCAGAGTCGAAACGGTTTTGTACTGCACCGAGGTCAGAACGCAGATTGTCAACTTTAGCCAATGCTTTGTCGATAGTTTCGAGCGGGTTGGTGGTAGATTGCAACGATTTTGCTGCATCTTCGTTTACCAGAATCGGGCTACCACCTTCTGATTTGCTCAGATACATGACTTTATTGTTACCAGAAGCAGTCTCCGTTATCGTTTTACCATCTGCACTAACATCGTAAGTTGCACCGTTAACAACTAACGTGCTTCCTGTTTTCTTGGCAGCGTTCAGATCAAGATCAGATAGTGTCGCTGCTTTATTTTCAACTTTTGTTGCAGTCAATTGCCCTGCACTATTTTTGTA 113741 1476 fliC_84_AIHL01000060_H21 +NODE_9_length_113741_cov_22.962397 fliC_109_AM231154_H27 98.56 348 5 0 84778 85125 1461 1114 2e-175 614 fliC_109_AM231154_H27 671 343 343 0 98.56 1 1 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TTATAATCGTTTCACTTTATAAATTCTAAGTATGAGAATAAGTAAGATAAACTCAGCAAATACATAAGCAATTGCAGCGCCTATTTCAGCAAAGAAATAACTCAGGCATAATGATAAAATAATAGTTGAAACACCCGTAATGGCCACTATATAAGAAAATTCTTTTTTATACCCTCTTATGGACAATCCAACCGAACCAAACATAAAATTGTATATCCCCATAAATATTGCAAAAGACATTATTGATAAAGGGATGAACGCGCTTCTAATTTCAGCGATACTTTGAACCTTATATCCCAATATAGTACCCACCCCCCCTAAACTCAGGACAATGAAAACCATGAACTTTAGCTGAATATTTGTGCTTGCATATAGCAGGCTTTTATATTCTCCAACTTTGTATGGTTCTAATTTCAATTCATGTTGCTTTATCAACCTCGTGAAATAGTATTGATTTAACGGGGTTGCTATAGACTGAATACATTTAATAATTTTCTCTGCCGTCGCGTACAGAGACGTTGCAACAGGCGAAGCAAGAGTGCCAAGAATAATAATATTACTATTTCTGTATAGAATAACAAATATATTAGCAATAAACAGATGATAACCTGTGCATATATATTCTAAAATTTCCGCCCATTGAATTTTAGCTTTATTAGTCTTATTTTGATAATATATATATATAAGCGATAGCACGCCAGATAAAAAATACGAACCAGACACACAAATGACATAATAATAACTTGTTAAATAGCCTGCTGGTCCATTATAAAAATAAATAAGACATAATGACATACCACGAGCAATTAGTACAAAAACAGCCAATGGCCTATTGTTATTCGTAGCCTGAAAAAAATAATTAGATTGCAATATCATCCCTACTGGGTACAATAAAAACAATCCCAAGTATACACTTAATGTTTTATTAATTAAATACGTTATAAATAAAAGACATATTCCTGAAATAACAAATAAACACAACCTACAGATTAGTGTCAGAATGTAAACTTTAAATATTTCATCTTTTGTCACACTTGAAATTACCTTCTGCACACTTATAATATCAAAACTGTATAGCGAAAATATAAGCACATATAGTGCTAGTACTTCACCAACAGCAATACTTGAAAAGATGTTTTCCCCTAAGGTAATAAGAAAAAATGGGAATACCAACACAGGAAATATGGCATTCGCACCCTGAATTATTGCCAACTCCAATACTGAATGATATTCCTTTATTTTTTGAAGTTTTTTTTTCAACAT 135594 1263 wzx_208_AF529080_O26 +NODE_4_length_135594_cov_24.959756 wzy_192_AF529080_O26 100.00 1023 0 0 31819 32841 1023 1 0.0 1846 wzy_192_AF529080_O26 2046 1023 1023 0 100.00 1 1 TCATAATGAGTATGGTAACCCAAATACAATGTAATCATAATCGATTTGGAGTGTATAATATATTGATAATGCAAAAGTGAATAACAGTAAATATGAATAAAGTATATATCTGGTCGGTCTACTTAAATACTGTGCGATAGACATCATTACCAGATACTTCAGTAATAGCGCATTTCGAAAAATCCTATTTATTTCGTCGATATATAAAAGTAGTGGTGAAAATACGGAAAGAAATAACATTAGCGAGAATATTATATCAATCCATTGTTTAGTATGTAAATCAGTTATTACTATTTTTTTTCTGAAGTAACATAACAGAAAAAGATCAAAAAGATAAGGACCTGCCCATATAATAAGAGAATGAACCTTAATGCCATCAGCTATATATGCATGTAACGTCCTAGTGTTAAATAATAAAATTAACATTTTAATCAAGAGTGGCACTACAATAAAAGACAGCACCAGTCCAAAAACCATTAACTTATTATAACCCCTCCAGGTACGAAATTGGATTATTACCCACGCCAATACATAAACAATGCCTAAACTATGGAAAAGAGGTGCCATAAAGACAAAACAAAGAGAGTTAAATTTATGCTCTTTTTCTAACTCGATAAGAGAATTTATGACAAATAAAAAAAGAAATGTATTCCTGATTTGAACAATGTCAATAGGCATTGGACACAACATGTAAAGCAGCAAACCAAATGCTGTATACTTACTGTATTGTATTAATCGTAGGAATGTGGTCCCAAGGAATAAACCCAGCAAGCCAATTATGACTTCATGGGTACCGCCTAAATACTTAACACCATAAATTAACCAGCGATAACCAATCTCGGCATAAAGTTCATTGACATTAAATATATCAACATACGCTTCATAGTCTTGATTCTGCCTATTAATAATAAATAAAGTAGTAATAATAAGCACAATTACCAAATTACTTAGCTTGTTTGCTCTAGCGTAGTTGAATGCAATAATCCATAAACCTAAAACCATCACAAATATGATGTAATACAT TCATAATGAGTATGGTAACCCAAATACAATGTAATCATAATCGATTTGGAGTGTATAATATATTGATAATGCAAAAGTGAATAACAGTAAATATGAATAAAGTATATATCTGGTCGGTCTACTTAAATACTGTGCGATAGACATCATTACCAGATACTTCAGTAATAGCGCATTTCGAAAAATCCTATTTATTTCGTCGATATATAAAAGTAGTGGTGAAAATACGGAAAGAAATAACATTAGCGAGAATATTATATCAATCCATTGTTTAGTATGTAAATCAGTTATTACTATTTTTTTTCTGAAGTAACATAACAGAAAAAGATCAAAAAGATAAGGACCTGCCCATATAATAAGAGAATGAACCTTAATGCCATCAGCTATATATGCATGTAACGTCCTAGTGTTAAATAATAAAATTAACATTTTAATCAAGAGTGGCACTACAATAAAAGACAGCACCAGTCCAAAAACCATTAACTTATTATAACCCCTCCAGGTACGAAATTGGATTATTACCCACGCCAATACATAAACAATGCCTAAACTATGGAAAAGAGGTGCCATAAAGACAAAACAAAGAGAGTTAAATTTATGCTCTTTTTCTAACTCGATAAGAGAATTTATGACAAATAAAAAAAGAAATGTATTCCTGATTTGAACAATGTCAATAGGCATTGGACACAACATGTAAAGCAGCAAACCAAATGCTGTATACTTACTGTATTGTATTAATCGTAGGAATGTGGTCCCAAGGAATAAACCCAGCAAGCCAATTATGACTTCATGGGTACCGCCTAAATACTTAACACCATAAATTAACCAGCGATAACCAATCTCGGCATAAAGTTCATTGACATTAAATATATCAACATACGCTTCATAGTCTTGATTCTGCCTATTAATAATAAATAAAGTAGTAATAATAAGCACAATTACCAAATTACTTAGCTTGTTTGCTCTAGCGTAGTTGAATGCAATAATCCATAAACCTAAAACCATCACAAATATGATGTAATACAT 135594 1023 wzy_192_AF529080_O26 +NODE_4_length_135594_cov_24.959756 wzx_144_AB812060_O140 95.56 45 2 0 37707 37751 45 1 6e-12 73.4 wzx_144_AB812060_O140 80 43 43 0 95.56 1 1 ATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGTGCACTGCAT ATCCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCAT 135594 1314 wzx_144_AB812060_O140 +NODE_4_length_135594_cov_24.959756 wzx_164_EU294176_O159 97.62 42 1 0 37710 37751 42 1 2e-11 71.6 wzx_164_EU294176_O159 78 41 41 0 97.62 1 1 CACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGTGCACTGCAT CACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCAT 135594 1380 wzx_164_EU294176_O159 +NODE_57_length_30709_cov_37.569322 wzy_222_AB812027_O68 100.00 28 0 0 21814 21841 1080 1107 4e-06 51.8 wzy_222_AB812027_O68 56 28 28 0 100.00 1 1 GGAAGGTGCGAACAAGTTCCTGATATGA GGAAGGTGCGAACAAGTTCCTGATATGA 30709 1107 wzy_222_AB812027_O68 diff -r 000000000000 -r 965517909457 test-data/report_out.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/report_out.html Wed Jan 22 08:41:44 2020 -0500 @@ -0,0 +1,160 @@ +EURL VTEC Typer summary report + +

    + +
    ARIES +ISS-EURL VTEC

    EURL VTEC Typer

    Report for Strain_1_L792.fastq

    2018-05-17 11:16 UTC

    Istituto Superiore di Sanità

    +Department of Food Safety, Nutrition and Veterinary Public Health
    European Union Reference Laboratory for E. coli
    +

    Summary

    +O26:H11
    ST21

    eae, ehxa, stx1a, stx1b +

    +

    Raw data quality check

    +

    FASTQC result: Webpage

    +

    Trimming analysis

    + + + + + + + +
    Maximum length trimming360
    Left-side trimming10
    Right-side trimming0
    Minimum Phred quality score for right-side trimming25
    Average Phred quality score for right-side trimming27
    Minimum length filtering50

    Assembly statistics

    + + + + + + + + + + + + +
    Estimated genome size:5000000 bp +
    Assembled nucleotides:5493390 bp +
    Estimated coverage:1.1 x +
    N. contigs:315 +
    Average contig length:17439 +
    Median contig length:4504 +
    Maximum contig length:164788 +
    N. contigs >= 200 bp:315 (100.0 %) +
    N. contigs >= 2,000 bp:224 (71.1 %) +
    N50:52450 +
    NG50:59152 +

    Serotyping

    + + + + + + +
    sseqidpidentlengthpositive +
    wzx_208_AF529080_O26100.0012631263 +
    wzy_192_AF529080_O26100.0010231023 +
    fliC_269_AY337465_H1199.9314591458 +
    fliC_276_AY337472_H1199.7914591456 +

    Multi Locus Sequence Typing

    + + + +
    SampleSTadkfumCgyrBicdmdhpurArecAmismatchesuncertaintydepthmaxMAF +
    dataset_100812116412169770-31.59271428570.333333333333 +

    Virulotyping

    +

    This table is filtered for results with >90% gene coverage, unfiltered results can be found here

    + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
    #genepercentage gene coveragegene mean read coveragepercentage gene identity +
    ehxa_7_hm138194100.022.75100.0 +
    nlea_8_ae00517499.9227.3699.85 +
    celb_8_af540491100.0254.9298.61 +
    iss_13_cu928160100.028.4999.71 +
    nlea_7_cp00116499.9217.899.85 +
    nlea_13_ap01096093.9514.5699.92 +
    katp_1_ab011549100.0108.79100.0 +
    espb_13_af05442193.1210.9199.89 +
    toxb_3_ab456530100.027.1599.98 +
    stx1b_14_am230663_a100.018.51100.0 +
    celb_9_x06119100.0177.1399.31 +
    iha_5_ap010953100.038.17100.0 +
    espp_3_gq259888100.041.34100.0 +
    stx1a_15_af461168_a99.8920.9299.79 +
    espa_23_aj225018100.09.57100.0 +
    nlec_6_ap010960100.018.5799.8 +
    lpfa_3_ap010953100.015.77100.0 +
    nleb_11_af45344197.5812.9499.9 +
    toxb_4_fj386569100.025.599.97 +
    iss_11_ae014075100.015.8397.66 +
    ehxa_4_x9412993.5616.2899.71 +
    espa_22_fm201463100.018.99100.0 +
    nlea_12_am422003100.021.17100.0 +
    stx1b_11_ab071620_c100.011.8499.63 +
    eae_45_ecu5950392.6228.6399.85 +
    espp_4_ab01154995.6229.8399.87 +
    espp_1_hm13819499.0337.4199.97 +
    cif_2_ay12853599.8819.2499.88 +
    cif_1_ay12853799.8818.1499.88 +
    espj_1_ab303060100.063.45100.0 +
    nleb_12_fm20146393.5416.3299.57 +
    nlec_3_ap01095394.5320.9399.46 +
    ehxa_5_fj38656999.6323.1299.97 +
    iss_12_cu928158100.023.7799.42 +
    celb_10_d00021100.0150.0198.61 +
    toxb_2_gq25988899.2924.5799.98 +

    +