# HG changeset patch # User cstrittmatter # Date 1579535435 18000 # Node ID c8c0131be5268d853895b12a4af0ab6b2965c0eb planemo upload commit 15239f1674081ab51ab8dd75a9a40cf1bfaa93e8 diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 Ecoli_Serotyper.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/Ecoli_Serotyper.py Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,177 @@ +#!/usr/bin/env python3 +# -*- coding: utf-8 -*- +""" +############################################################################ +# Istituto Superiore di Sanita' +# European Union Reference Laboratory (EU-RL) for Escherichia coli, including Verotoxigenic E. coli (VTEC) +# Developer: Arnold Knijn arnold.knijn@iss.it +############################################################################ +""" + +import argparse +import sys +import os +import HTML +import datetime + +BASE_URL = 'https://galaxytrakr.org' +TOOL_DIR = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)) + +def insertFile(filename, report): + with open(filename) as html_in: + for line in html_in: + report.write(line) + +def insertFileAsTable(filename, report, hasheader=False, tabclass="table table-rep"): + with open(filename) as table_in: + table_data = [[str(col) for col in row.split('\t')] for row in table_in] + insertTable(table_data, report, hasheader, tabclass) + +def insertTable(table_data, report, hasheader=False, tabclass="table table-rep"): + if hasheader: + htmlcode = HTML.table(table_data[1:], attribs={'class':tabclass}, header_row=table_data[0]) + else: + htmlcode = HTML.table(table_data, attribs={'class':tabclass}) + report.write(htmlcode) + +def openFileAsTable(filename): + with open(filename) as table_in: + table_data = [[str(col) for col in row.split('\t')] for row in table_in] + return table_data + +def __main__(): + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument('--input_type', dest='input_type', help='type of input files (FASTQ or Contigs)') + parser.add_argument('-1', '--input1', dest='input1', help='forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input1_ext', dest='input1_ext', help='extension of forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input1_name', dest='input1_name', help='name of forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('-2', '--input2', dest='input2', help='reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input2_ext', dest='input2_ext', help='extension of reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input2_name', dest='input2_name', help='name of reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--html1', dest='html1', help='html FASTQC file') + parser.add_argument('--html1_id', dest='html1_id', help='html FASTQC file id') + parser.add_argument('--html1_path', dest='html1_path', help='html FASTQC file path') + parser.add_argument('--html2', dest='html2', help='html FASTQC file') + parser.add_argument('--html2_id', dest='html2_id', help='html FASTQC file id') + parser.add_argument('--html2_path', dest='html2_path', help='html FASTQC file path') + parser.add_argument('--log', dest='logfile', help='log file') + parser.add_argument('--spades_log', dest='spades_log', help='SPAdes log') + parser.add_argument('--blastn_O', dest='blastn_O', help='Blastn for O') + parser.add_argument('--blastn_H', dest='blastn_H', help='Blastn for H') + parser.add_argument('--output', dest='output', help='output report html file') + args = parser.parse_args() + + log = open(args.logfile, 'w') + log.write("E coli Serotyper v1.2\n\nTool versions\n=============\n") + if args.input2: + # FASTQC + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/rgFastQC.py -i " + args.input1 + " -d " + args.html1_path + " -o " + args.html1 + " -t text1 -f " + args.input1_ext + " -j " + args.input1_name + " -e " + "fastqc") + os.system("rm -r " + args.html1_path) + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/rgFastQC.py -i " + args.input2 + " -d " + args.html2_path + " -o " + args.html2 + " -t text2 -f " + args.input2_ext + " -j " + args.input2_name + " -e " + "fastqc") + os.system("rm -r " + args.html2_path) + log.write(os.popen('fastqc -v').read()) + # TRIMMING + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/fastq_positional_quality_trimming.py -1 " + args.input1 + " --maxlt 300 --lt 17 --rt 0 --minqt 25 --avgqt 27.0 --minlf -1 --trimmed1 trimmed1 --log trimming_logfile -2 " + args.input2 + " --trimmed2 trimmed2 --trimmedunpaired trimmedunpaired") + log.write("\nfastq_positional_quality_trimming v1.0\n") + log.write("parameters: maxlt=300, lt=17, rt=0, minqt=25, avgqt=27.0, minlf=-1\n") + # FILTERING + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredO1.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/O_type.fsa trimmed1") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredH1.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/H_type.fsa trimmed1") + os.system("cat filteredO1.fq > filteredOH1.fq") + os.system("cat filteredH1.fq >> filteredOH1.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredO2.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/O_type.fsa trimmed2") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredH2.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/H_type.fsa trimmed2") + os.system("cat filteredO2.fq > filteredOH2.fq") + os.system("cat filteredH2.fq >> filteredOH2.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/fastq_pair filteredOH1.fq filteredOH2.fq") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/fastq_pair filteredOH1.fq.single.fq trimmed2") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/fastq_pair filteredOH2.fq.single.fq trimmed1") + os.system("cat filteredOH1.fq.paired.fq > filteredOH1_paired.fq") + os.system("cat filteredOH1.fq.single.fq.paired.fq >> filteredOH1_paired.fq") + os.system("cat trimmed1.paired.fq >> filteredOH1_paired.fq") + os.system("cat filteredOH2.fq.paired.fq > filteredOH2_paired.fq") + os.system("cat trimmed2.paired.fq >> filteredOH2_paired.fq") + os.system("cat filteredOH2.fq.single.fq.paired.fq >> filteredOH2_paired.fq") + log.write("\n\nFiltering\n=========\nduk v20110303\n") + log.write("parameters: k=23\n") + # ASSEMBLY: SPADES + os.system("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/spades.pl spades_contigs spades_contig_stats spades_scaffolds spades_scaffold_stats " + args.spades_log + " NODE spades.py --disable-gzip-output --careful -t \${GALAXY_SLOTS:-16} -k '21,33,55' --pe1-ff --pe1-1 fastq:filteredOH1_paired.fq --pe1-2 fastq:filteredOH2_paired.fq") + log.write("\n\nAssembly\n========\n") + log.write(os.popen("spades.py -v").read()) + log.write("parameters: careful, k=21,33,55, pe1-ff, pe1-1, pe1-2\n") + else: + if args.input_type == "fastq": + # FASTQC + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/rgFastQC.py -i " + args.input1 + " -d " + args.html1_path + " -o " + args.html1 + " -t text1 -f " + args.input1_ext + " -j " + args.input1_name + " -e " + "fastqc") + os.system("rm -r " + args.html1_path) + log.write(os.popen('fastqc -v').read()) + # TRIMMING + os.system("python " + TOOL_DIR + "/scripts/fastq_positional_quality_trimming.py -1 " + args.input1 + " --maxlt 360 --lt 10 --rt 0 --minqt 25 --avgqt 27.0 --minlf 50 --trimmed1 trimmed1 --log trimming_logfile") + log.write("fastq_positional_quality_trimming v1.0") + log.write("parameters: maxlt=360, lt=10, rt=0, minqt=25, avgqt=27.0, minlf=50\n") + # FILTERING + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredO1.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/O_type.fsa trimmed1") + os.system(TOOL_DIR + "/scripts/duk -m filteredH1.fq -k 23 " + TOOL_DIR + "/data/H_type.fsa trimmed1") + os.system("cat filteredO1.fq > filteredOH1.fq") + os.system("cat filteredH1.fq >> filteredOH1.fq") + log.write("\n\nFiltering\n=========\nduk v20110303\n") + log.write("parameters: k=23\n") + # ASSEMBLY: SPADES + os.system("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/spades.pl spades_contigs spades_contig_stats spades_scaffolds spades_scaffold_stats " + args.spades_log + " NODE spades.py --disable-gzip-output --careful -t \${GALAXY_SLOTS:-16} --iontorrent -s fastq:filteredOH1.fq") + log.write("\n\nAssembly\n========\n") + log.write(os.popen("spades.py -v").read()) + log.write("parameters: careful, iontorrent\n") + else: + os.system("ln -s " + args.input1 + " spades_contigs") + # NCBI BLAST+ blastn + os.system("blastn -query 'spades_contigs' -db '" + TOOL_DIR + "/data/O_type' -task blastn -evalue 0.001 -out '" + args.blastn_O + "' -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads ${GALAXY_SLOTS:-8} -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0") + os.system("blastn -query 'spades_contigs' -db '" + TOOL_DIR + "/data/H_type' -task blastn -evalue 0.001 -out '" + args.blastn_H + "' -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads ${GALAXY_SLOTS:-8} -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0 -ungapped") + log.write("\n\nSeroTyper\n=========\n") + log.write(os.popen("blastn -version").read()) + log.write("parameters: evalue=0.001, strand=both, dust=yes, max_target_seqs=10, perc_identity=95.0\n\n") + log.write(os.popen("cat " + TOOL_DIR + "/data/SeroTyping_db.txt").read()) + log.close() + # SEROTYPER: FILTER, CUT AND CONCATENATE BLASTN OUTPUT + os.system("echo 'sseqid\tpident\tlength\tpositive' > blastn_OH_fc") + os.system("awk -F '\t' '$4>800 { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' " + args.blastn_O + " | sort -nrk 2 -nrk 3 > blastn_O_fc") + sero_typing_o = openFileAsTable("blastn_O_fc") + os.system("cat blastn_O_fc >> blastn_OH_fc") + os.system("awk -F '\t' '$4>800 { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' " + args.blastn_H + " | sort -nrk 2 -nrk 3 > blastn_H_fc") + sero_typing_h = openFileAsTable("blastn_H_fc") + os.system("cat blastn_H_fc >> blastn_OH_fc") + if os.stat('blastn_O_fc').st_size == 0 and os.stat('blastn_H_fc').st_size == 0: + os.system("echo '-\t-\t-\t-' >> blastn_OH_fc") + try: + report = open(args.output, 'w') + # write head html + insertFile(TOOL_DIR + "/report_head.html", report) + report.write("

E coli Serotyper

Report for %s

%s" % (args.input1_name, datetime.datetime.utcnow().strftime("%Y-%m-%d %H:%M UTC"))) + insertFile(TOOL_DIR + "/report_head2.html", report) + # write results + report.write("

Summary

\n") + if len(sero_typing_o) == 0: + report.write("O?") + else: + report.write("%s" % sero_typing_o[0][0][sero_typing_o[0][0].rfind("O"):]) + if len(sero_typing_h) == 0: + report.write(":H?") + else: + report.write(":%s" % sero_typing_h[0][0][sero_typing_h[0][0].rfind("H"):]) + if args.input_type == "fastq": + report.write("

Raw data quality check

\n") + if args.input2: + report.write("

FASTQC result forward: Webpage

\n" % (BASE_URL, args.html1_id)) + report.write("

FASTQC result reverse: Webpage

\n" % (BASE_URL, args.html2_id)) + else: + report.write("

FASTQC result: Webpage

\n" % (BASE_URL, args.html1_id)) + report.write("

Serotyping

\n") + insertFileAsTable("blastn_OH_fc", report, True) + # write tail html + insertFile(TOOL_DIR + "/report_tail.html", report) + finally: + report.close() + +if __name__ == "__main__": + __main__() + + diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 HTML.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/HTML.py Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,361 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: iso-8859-1 -*- +""" +HTML.py - v0.04 2009-07-28 Philippe Lagadec + +This module provides a few classes to easily generate HTML code such as tables +and lists. + +Project website: http://www.decalage.info/python/html + +License: CeCILL (open-source GPL compatible), see source code for details. + http://www.cecill.info +""" + +__version__ = '0.04' +__date__ = '2009-07-28' +__author__ = 'Philippe Lagadec' + +#--- LICENSE ------------------------------------------------------------------ + +# Copyright Philippe Lagadec - see http://www.decalage.info/contact for contact info +# +# This module provides a few classes to easily generate HTML tables and lists. +# +# This software is governed by the CeCILL license under French law and +# abiding by the rules of distribution of free software. You can use, +# modify and/or redistribute the software under the terms of the CeCILL +# license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL +# "http://www.cecill.info". +# +# A copy of the CeCILL license is also provided in these attached files: +# Licence_CeCILL_V2-en.html and Licence_CeCILL_V2-fr.html +# +# As a counterpart to the access to the source code and rights to copy, +# modify and redistribute granted by the license, users are provided only +# with a limited warranty and the software's author, the holder of the +# economic rights, and the successive licensors have only limited +# liability. +# +# In this respect, the user's attention is drawn to the risks associated +# with loading, using, modifying and/or developing or reproducing the +# software by the user in light of its specific status of free software, +# that may mean that it is complicated to manipulate, and that also +# therefore means that it is reserved for developers and experienced +# professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore +# encouraged to load and test the software's suitability as regards their +# requirements in conditions enabling the security of their systems and/or +# data to be ensured and, more generally, to use and operate it in the +# same conditions as regards security. +# +# The fact that you are presently reading this means that you have had +# knowledge of the CeCILL license and that you accept its terms. + +#--- THANKS -------------------------------------------------------------------- + +# - Michal Cernoevic, for the idea of column styles. + +#--- REFERENCES ---------------------------------------------------------------- + +# HTML 4.01 specs: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html + +# Colors: http://www.w3.org/TR/html4/types.html#type-color + +# Columns alignement and style, one of the oldest and trickiest bugs in Mozilla: +# https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=915 + + +#--- CONSTANTS ----------------------------------------------------------------- + +# Table style to get thin black lines in Mozilla/Firefox instead of 3D borders +#TABLE_STYLE_THINBORDER = "border: 1px solid #000000; border-collapse: collapse;" +#TABLE_STYLE_THINBORDER = "border: 1px solid #000000;" + + +#=== CLASSES =================================================================== + +class TableCell (object): + """ + a TableCell object is used to create a cell in a HTML table. (TD or TH) + + Attributes: + - text: text in the cell (may contain HTML tags). May be any object which + can be converted to a string using str(). + - header: bool, false for a normal data cell (TD), true for a header cell (TH) + - bgcolor: str, background color + - width: str, width + - align: str, horizontal alignement (left, center, right, justify or char) + - char: str, alignment character, decimal point if not specified + - charoff: str, see HTML specs + - valign: str, vertical alignment (top|middle|bottom|baseline) + - style: str, CSS style + - attribs: dict, additional attributes for the TD/TH tag + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.6 + """ + + def __init__(self, text="", bgcolor=None, header=False, width=None, + align=None, char=None, charoff=None, valign=None, style=None, + attribs=None): + """TableCell constructor""" + self.text = text + self.bgcolor = bgcolor + self.header = header + self.width = width + self.align = align + self.char = char + self.charoff = charoff + self.valign = valign + self.style = style + self.attribs = attribs + if attribs==None: + self.attribs = {} + + def __str__(self): + """return the HTML code for the table cell as a string""" + attribs_str = "" + if self.bgcolor: self.attribs['bgcolor'] = self.bgcolor + if self.width: self.attribs['width'] = self.width + if self.align: self.attribs['align'] = self.align + if self.char: self.attribs['char'] = self.char + if self.charoff: self.attribs['charoff'] = self.charoff + if self.valign: self.attribs['valign'] = self.valign + if self.style: self.attribs['style'] = self.style + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + if self.text: + text = str(self.text) + else: + # An empty cell should at least contain a non-breaking space + text = ' ' + if self.header: + return '%s' % (attribs_str, text) + else: + return '%s' % (attribs_str, text) + +#------------------------------------------------------------------------------- + +class TableRow (object): + """ + a TableRow object is used to create a row in a HTML table. (TR tag) + + Attributes: + - cells: list, tuple or any iterable, containing one string or TableCell + object for each cell + - header: bool, true for a header row (TH), false for a normal data row (TD) + - bgcolor: str, background color + - col_align, col_valign, col_char, col_charoff, col_styles: see Table class + - attribs: dict, additional attributes for the TR tag + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.5 + """ + + def __init__(self, cells=None, bgcolor=None, header=False, attribs=None, + col_align=None, col_valign=None, col_char=None, + col_charoff=None, col_styles=None): + """TableCell constructor""" + self.bgcolor = bgcolor + self.cells = cells + self.header = header + self.col_align = col_align + self.col_valign = col_valign + self.col_char = col_char + self.col_charoff = col_charoff + self.col_styles = col_styles + self.attribs = attribs + if attribs==None: + self.attribs = {} + + def __str__(self): + """return the HTML code for the table row as a string""" + attribs_str = "" + if self.bgcolor: self.attribs['bgcolor'] = self.bgcolor + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + result = '' % attribs_str + for cell in self.cells: + col = self.cells.index(cell) # cell column index + if not isinstance(cell, TableCell): + cell = TableCell(cell, header=self.header) + # apply column alignment if specified: + if self.col_align and cell.align==None: + cell.align = self.col_align[col] + if self.col_char and cell.char==None: + cell.char = self.col_char[col] + if self.col_charoff and cell.charoff==None: + cell.charoff = self.col_charoff[col] + if self.col_valign and cell.valign==None: + cell.valign = self.col_valign[col] + # apply column style if specified: + if self.col_styles and cell.style==None: + cell.style = self.col_styles[col] + result += str(cell) + result += '\n' + return result + +#------------------------------------------------------------------------------- + +class Table (object): + """ + a Table object is used to create a HTML table. (TABLE tag) + + Attributes: + - rows: list, tuple or any iterable, containing one iterable or TableRow + object for each row + - header_row: list, tuple or any iterable, containing the header row (optional) + - border: str or int, border width + - style: str, table style in CSS syntax (thin black borders by default) + - width: str, width of the table on the page + - attribs: dict, additional attributes for the TABLE tag + - col_width: list or tuple defining width for each column + - col_align: list or tuple defining horizontal alignment for each column + - col_char: list or tuple defining alignment character for each column + - col_charoff: list or tuple defining charoff attribute for each column + - col_valign: list or tuple defining vertical alignment for each column + - col_styles: list or tuple of HTML styles for each column + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.1 + """ + + def __init__(self, rows=None, border='1', style=None, width=None, + cellspacing=None, cellpadding=4, attribs=None, header_row=None, + col_width=None, col_align=None, col_valign=None, + col_char=None, col_charoff=None, col_styles=None): + """TableCell constructor""" + self.border = border + self.style = style + # style for thin borders by default + #if style == None: self.style = TABLE_STYLE_THINBORDER + self.width = width + self.cellspacing = cellspacing + self.cellpadding = cellpadding + self.header_row = header_row + self.rows = rows + if not rows: self.rows = [] + self.attribs = attribs + if not attribs: self.attribs = {} + self.col_width = col_width + self.col_align = col_align + self.col_char = col_char + self.col_charoff = col_charoff + self.col_valign = col_valign + self.col_styles = col_styles + + def __str__(self): + """return the HTML code for the table as a string""" + attribs_str = "" + #if self.border: self.attribs['border'] = self.border + if self.style: self.attribs['style'] = self.style + if self.width: self.attribs['width'] = self.width + if self.cellspacing: self.attribs['cellspacing'] = self.cellspacing + if self.cellpadding: self.attribs['cellpadding'] = self.cellpadding + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + result = '\n' % attribs_str + # insert column tags and attributes if specified: + if self.col_width: + for width in self.col_width: + result += ' \n' % width + # First insert a header row if specified: + if self.header_row: + if not isinstance(self.header_row, TableRow): + result += str(TableRow(self.header_row, header=True)) + else: + result += str(self.header_row) + # Then all data rows: + for row in self.rows: + if not isinstance(row, TableRow): + row = TableRow(row) + # apply column alignments and styles to each row if specified: + # (Mozilla bug workaround) + if self.col_align and not row.col_align: + row.col_align = self.col_align + if self.col_char and not row.col_char: + row.col_char = self.col_char + if self.col_charoff and not row.col_charoff: + row.col_charoff = self.col_charoff + if self.col_valign and not row.col_valign: + row.col_valign = self.col_valign + if self.col_styles and not row.col_styles: + row.col_styles = self.col_styles + result += str(row) + result += '' + return result + + +#------------------------------------------------------------------------------- + +class List (object): + """ + a List object is used to create an ordered or unordered list in HTML. + (UL/OL tag) + + Attributes: + - lines: list, tuple or any iterable, containing one string for each line + - ordered: bool, choice between an ordered (OL) or unordered list (UL) + - attribs: dict, additional attributes for the OL/UL tag + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/lists.html + """ + + def __init__(self, lines=None, ordered=False, start=None, attribs=None): + """List constructor""" + if lines: + self.lines = lines + else: + self.lines = [] + self.ordered = ordered + self.start = start + if attribs: + self.attribs = attribs + else: + self.attribs = {} + + def __str__(self): + """return the HTML code for the list as a string""" + attribs_str = "" + if self.start: self.attribs['start'] = self.start + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + if self.ordered: tag = 'ol' + else: tag = 'ul' + result = '<%s%s>\n' % (tag, attribs_str) + for line in self.lines: + result += '
  • %s\n' % str(line) + result += '\n' % tag + return result + +#=== FUNCTIONS ================================================================ + +# much simpler definition of a link as a function: +def Link(text, url): + return '%s' % (url, text) + +def link(text, url): + return '%s' % (url, text) + +def table(*args, **kwargs): + 'return HTML code for a table as a string. See Table class for parameters.' + return str(Table(*args, **kwargs)) + +def list(*args, **kwargs): + 'return HTML code for a list as a string. See List class for parameters.' + return str(List(*args, **kwargs)) + + +#=== MAIN ===================================================================== + +# Show sample usage when this file is launched as a script. + +if __name__ == '__main__': + + # open an HTML file to show output in a browser + f = open('test.html', 'w') + + t = Table() + t.rows.append(TableRow(['A', 'B', 'C'], header=True)) + t.rows.append(TableRow(['D', 'E', 'F'])) + t.rows.append(('i', 'j', 'k')) + f.write(str(t) + '

    \n') + print (str(t)) + f.close() diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 data/H_type.fsa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/data/H_type.fsa Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,2377 @@ +>fliC_307_AY249994_H9 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAAAATAATATCAACAAGAACCAGTCTGCG +CTGTCGAGTTCTATCGAGCGTCTGTCTTCTGGCTTGCGTATTAACAGCGCGAAGGATGACGCCGCGGGTCAG +GCGATTGCTAACCGTTTTACTTCTAACATTAAAGGCCTGACTCAGGCTGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCCGTTGCACAGACCACTGAAGGCGCGCTGTCCGAAATTAACAACAACTTACAGCGTATTCGTGAACTGACG +GTTCAGGCTTCTACCGGGACTAACTCCGATTCGGATCTGGACTCCATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTG +GACGAAATTGACCGCGTATCCGGCCAGACCCAGTTCAACGGCGTGAACGTGCTGTCCAAAGATGGCTCGATG +AAAATTCAGGTCGGCGCGAACGATGGCGAAACGATTACTATTGATCTGAAGAAAATTGACTCTGATACGCTG +AATCTGGCTGGTTTTAACGTTAACGGTAAAGGTTCTGTAGCGAATACAGCTGCGACAAGCGACGATTTAAAA +CTGGCTGGTTTCACTAAGGGCACCACAGATACCAATGGCGTGACCGCGTATACAAACACAATTAGTAATGAC +AAAGCCAAAGCTTCCGATCTGTTAGCTAATATCACCGATGGATCAGTGATCACTGGGGGAGGGGCAAACGCT +TTTGGCGTGGCTGCAAAGAATGGTTACACCTATGATGCAGCAAGTAAATCTTATAGTTTTGCTGCAGATGGT +GCCGATTCAGCGAAGACGTTAAGCATCATTAATCCAAACACCGGTGATTCGTCGCAGGCGACAGTGACTATT +GGTGGTAAAGAGCAGAAAGTTAATATTTCCCAGGATGGAAAAATTACTGCGGCAGATGATAATGCGACGCTG +TATTTAGATAAACAGGGAAACTTGACAAAAACGAATGCAGGTAACGATACCGCAGCGACTTGGGATGGTTTA +ATTTCCAACAGCGATTCTACCGGTGCGGTTCCAGTTGGGGTTGCAACTACAATTACAATTACTTCTGGTACA +GCTTCCGGAATGTCTGTTCAGTCCGCAGGAGCAGGAATTCAGACCTCAACAAATTCTCAGATTCTTGCAGGT +GGTGCATTTGCGGCTAAGGTAAGTATTGAGGGAGGCGCTGCTACAGACATTTTGGTAGCAAGTAATGGAAAC +ATAACAGCGGCTGATGGTAGTGCACTTTATCTTGATGCGACTACTGGTGGATTCACTACAACGGCTGGAGGA +AATACAGCTGCTTCGTTAGATAATTTAATTGCTAACAGTAAGGATGCTACCTTAACCGTAACTTCAGGTACC +GGCCAGAACACTGTTTATAGCACAACAGGAAGTGGCGCTCAGTTCACCAGTTTAGCAAAAGTAGACACAGTC +AATGTCACCAACGCACATGTCAGTGCCGAAGGTATGGCAAATCTGACAAAAAGCAATTTTACCATTGATATG +GGCGGTACAGGTACAGTAACTTACACAGTTTCCAATGGGGATGTGAAAGCTGCTGCAAATGCTGATGTTTAT +GTCGAAGATGGTGCACTTTCAGCCAATGCTACAAAAGATGTAACCTACTTTGAACAAAAAAATGGGGCTATT +ACCAACAGCACCGGTGGTACCATCTATGAAACAGCTGATGGTAAGTTAACAACAGAAGCTACTACTGCATCC +AGTTCCACCGCCGATCCCCTGAAAGCTCTGGACGAAGCCATCAGCTCCATCGACAAATTCCGCTCCTCCCTC +GGTGCGGTGCAAAACCGTCTGGATTCCGCGGTCACCAACCTGAACAACACCACTACCAACCTGTCCGAAGCG +CAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTATGCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATCATCCAGCAG +GCCGGTAACTCCGTGCTGGCAAAAGCTAACCAGGTACCGCAGCAGGTTCTGTCTCTGCTGCAGGGTTAA +>fliC_52_AJ605764_H4 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAGAACAACATCAACAAAAACCAGTCTGCG +CTGTCGACTTCTATCGAGCGCCTCTCTTCTGGTCTGCGTATTAACAGCGCTAAAGATGACGCCGCGGGCCAG +GCGATTGCTAACCGCTTTACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC +GTTCAGGCCTCTACCGGCACGAACTCTGATTCCGACCTGTCTTCTATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTT +GATGAAATTGACCGTGTATCTGGTCAGACCCAGTTCAACGGTGTGAACGTGCTGTCGAAAAACGATTCGATG +AAGATTCAGATTGGTGCCAATGATAACCAGACGATCAGCATTGGCTTGCAACAAATCGACAGTACCACTTTG +AATCTGAAAGGATTTACCGTGTCCGGCATGGCGGATTTCAGCGCGGCGAAACTGACGGCTGCTGATGGTACA +GCAATTGCTGCTGCGGATGTCAAGGATGCTGGGGGTAAACAAGTCAATTTACTGTCTTACACTGACACCGCG +TCTAACAGTACTAAATATGCGGTCGTTGATTCTGCAACCGGTAAATACATGGAAGCCACTGTAGTCATTACC +GGTACGGCGGCGGCGGTAACTGTTGGTGCAGCGGAAGTGGCGGGAGCCGCTACAGCCGATCCGTTAAAAGCA +CTGGATGCCGCAATCGCTAAAGTCGACAAATTCCGCTCCTCCCTCGGTGCCGTTCAAAACCGTCTGGATTCT +GCGGTCACCAACCTGAACAACACCACCACCAACCTGTCTGAAGCGCAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTAT +GCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATTATCCAGCAGGCGGGCAACTCCGTGCTGTCTAAAGCC +AACCAGGTACCGCAGCAAGTTCTGTCTCTGTTACAAGGCTAA +>fliC_51_AJ536600_H4 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAGAACAACATCAACAAAAACCAGTCTGCG +CTGTCGACTTCTATCGAGCGCCTCTCTTCTGGTCTGCGTATTAACAGCGCTAAAGATGACGCCGCGGGCCAG +GCGATTGCTAACCGCTTTACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC +GTTCAGGCCTCTACCGGCACGAACTCTGATTCCGACCTGTCTTCTATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTT +GATGAAATTGACCGTGTATCTGGTCAGACCCAGTTCAACGGTGTGAACGTGCTGTCGAAAAACGATTCGATG +AAGATTCAGATTGGTGCCAATGATAACCAGACGATCAGCATTGGCTTGCAACAAATCGACAGTACCACTTTG +AATCTGAAAGGATTTACCGTGTCCGGCATGGCGGATTTCAGCGCGGCGAAACTGACGGCTGCTGATGGTACA +GCAATTGCTGCTGCGGATGTCAAGGATGCTGGGGGTAAACAAGTCAATTTACTGTCTTACACTGACACCGCG +TCTAACAGTACTAAATATGCGGTCGTTGATTCTGCAACCGGTAAATACATGGAAGCCACTGTAGCCATTACC +GGTACGGCGGCGGCGGTAACTGTTGGTGCAGCGGAAGTGGCGGGAGCCGCTACAGCCGATCCGTTAAAAGCA +CTGGATGCCGCAATCGCTAAAGTCGACAAATTCCGCTCCTCCCTCGGTGCCGTTCAAAACCGTCTGGATTCT +GCGGTCACCAACCTGAACAACACCACCACCAACCTGTCTGAAGCGCAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTAT +GCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATTATCCAGCAGGCCGGTAACTCCGTGCTGGCAAAAGCT +AACCAGGTACCACAGCAGGTTCTGTCTCTGCTGCAGGGTTAA +>fliC_54_AJ605766_H17 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAGAACAACATCAACAAAAACCAGTCTGCG +CTGTCGACTTCTATCGAGCGCCTCTCTTCTGGTCTGCGTATTAACAGCGCTAAAGATGACGCCGCGGGCCAG +GCGATTGCTAACCGCTTTACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC +GTTCAGGCCTCTACCGGCACGAACTCTGATTCCGACCTGTCTTCTATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTT +GATGAAATTGACCGTGTATCTGGTCAGACCCAGTTCAACGGTGTGAACGTGCTGTCGAAAAACGATTCGATG +AAGATTCAGATTGGTGCCAATGATAACCAGACGATCAGCATTGGCTTGCAACAAATCGACAGTACCACTTTG +AATCTGAAAGGATTTACCGTGTCCGGCATGGCGGATTTCAGCGCGGCGAAACTGACGGCTGCTGATGATACA +GCAATTGCTGCTGCGGATGTCAAGGATGCTGGGGGTAAACAAGTCAATTTACTGTCTTACACTGACACCGCG +TCTAACAGTACTAAATATGCGGTCGTTGATTCTGCAACCGGTAAATACATGGAAGCCACTGTAGTCATTACC +GGTACGGCGGCGGCGGTAACTGTTGGTGCAGCGGAAGTGGCGGGAGCCGCTACAGCCGATCCGTTAAAAGCA +CTGGATGCCGCAATCGCTAAAGTCGACAAATTCCGCTCCTCCCTCGGTGCCGTTCAAAACCGTCTGGATTCT +GCGGTCACCAACCTGAACAACACCACCACCAACCTGTCTGAAGCGCAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTAT +GCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATTATCCAGCAGGCGGGCAACTCCGTGCTGTCTAAAGCC +AACCAGGTACCGCAGCAAGTTCTGTCTCTGTTACAAGGCTAA +>fliC_53_AJ605765_H4 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAGAACAACATCAACAAAAACCAGTCTGCG +CTGTCGACTTCTATCGAGCGCCTCTCTTCTGGTCTGCGTATTAACAGCGCTAAAGATGACGCCGCGGGCCAG +GCGATTGCTAACCGCTTTACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC +GTTCAGGCCTCTACCGGCACGAACTCTGATTCCGACCTGTCTTCTATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTT +GATGAAATTGACCGTGTATCTGGTCAGACCCAGTTCAACGGTGTGAACGTGCTGTCGAAAAACGATTTGATG +AAGATTCAGATTGGTGCCAATGATAACGAGACGATCAGCATTGGCTTGCAACAAATCGACAGTACCACTTTG +AATCTGAAAGGATTTACCGTGTCCGGCATGGCGGATTTCAGCGCGGCGAAACTGACGGCTGCTGATGGTACA +GCAATTGCTGCTGCGGATGTCAAGGATGCTGAGGGTAAACAAGTCAATTTACTGTCTTACACTGACACCGCG +TCTAACAGTACTAAATATGCGGTCGTTGATTCTGCAACCGGTAAATACATGAAAGCCACTGTAGCCATTACC +AATACGGCGGCGGAGGTAACTGTTGGTCCAGCGGAAGTGGCGGGAGCCGCTACAGCCGATCCGTTAAAAGCA +CTGGATGCCGCAATCGCTAAAGTCGACAAATTCCGCTCCTCCCTCGGTGCCGTTCAAAACCGTCTGGATTCT +GCGGTCACCAACCTGAACAACACCACCACCAACCTGTCTGAAGCGCAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTAT +GCGACCGAAGTGTCCAATATGTCGAAAGCGCAGATCATCCAGCAGGCCGGTAACTCCGTGCTGGCAAAAGCC +AACCAGGTACCGCAGCAGGTTCTGTCTCTGCTGCAGGGTTAA +>fliC_50_AJ515904_H17 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGAACACTCAGAACAACATCAACAAAAACCAGTCTGCG +CTGTCGACTTCTATCGAGCGCCTCTCTTCTGGTCTGCGTATTAACAGCGCTAAAGATGACGCTGCGGGCCAG +GCGATTGCTAACCGCTTCACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC +GTTCAGGCCTCTACCGGCACGAACTCTGATTCCGACCTGTCTTCTATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTT +GATGAAATTGACCGTGTATCTGGTCAGACCCAGTTCAACGGTGTGAACGTGCTGTCGAAAAACGATTCGATG +AAGATTCAGATTGGTGCCAATGATAACCAGACGATCAGCATTGGCTTGCAACAAATCGACAGTACCACTTTG +AATCTGAAAGGATTTACCGTGTCCGGCATGGCGGATTTCAGCGCGGCGAAACTGACGGCTGCTGATGGTACA +GCAATTGCTGCTGCGGATGTCAAGGATGCTGGGGGTAAACAAGTCAATTTACTGTCTTACACTGACACCGCG +TCTAACAGTACTAAATATGCGGTCGTTGATTCTGCAACCGGTAAATACATGGCAGCCACTGTAGTCATTACC +AGTACGGCGGCGGCGGTAACTGTTGGTGCAACGGAAGTGGCGGGAGCCGCTACAGCCGAACCGTTAAAAGCA +CTGGATGCCGCAATCGCTAAAGTCGACAAATTCCGCTCCTCCCTCGGTGCCGTTCAAAACCGTCTGGATTCT +GCGGTCACCAACCTGAACAACACCACCACCAACCTGTCTGAAGCGCAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTAT +GCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATTATCCAGCAGGCGGGCAACTCCGTGCTGTCTAAAGCC +AACCAGGTACCGCAGCAAGTTCTGTCTCTGTTACAAGGCTAA +>fliC_284_AY337482_H10 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAAAATAATATCAACAAGAACCAGTCTGCG +CTGTCGAGTTCTATCGAGCGTCTGTCTTCTGGCTTGCGTATTAACAGCGCGAAGGATGACGCCGCGGGTCAG +GCGATTGCTAACCGTTTTACTTCTAACATTAAAGGCCTGACTCAGGCTGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTGTTGCGCAGACCACCGAAGGCGCGCTGTCCGAAATTAACAACAACTTACAGCGTGTGCGTGAGCTGACT +GTTCAGGCGACCACCGGTACTAACTCTGAGTCTGACCTGTCTTCTATCCAGGACGAAATCAAATCTCGCCTG +GAAGAGATTGATCGTGTTTCAAGTCAGACTCAATTTAACGGCGTGAATGTTTTGGCTAAAGATGGGAAAATG +AACATTCAGGTTGGGGCAAATGATGGACAGACTATCACTATTGATCTGAAAAAGATCGATTCATCTACACTA +AACCTCTCCAGTTTTGATGCTGCAAACTTGGGCACCAGTGTTAAAGATGGGGCCACCATCAATAAGCAAGTG +GCAGTAGGTGCTGGCGACTTTAAAGATAAAGCTTCAGGATCGTTAGGTACCCTAAAATTAGTTGAGAAAGAC +GGTAAGTACTATGTAAATGACACTAAAAGTAGTAAGTACTACGATGCCGAAGTAGATACTAGTAAGGGTGAA +ATTAACTTCAACTCTACAAATGAAAGTGGAACTACTCCTACTGCAGCGACGGAAGTAACTACTGTTGGCCGC 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+ATGAGTTTAATCAAAAACAGTTTTTGGAACCTTTGCGGGTATGTACTTCCAGCTATTGTGACACTACCAGCTTTGGGTATTATGGGGCGAAAATTAGGCCCAGAATTATTTGGTGTATTCACTTTGGCATTAGCTGTTGTGGGTTATGCAAGCATTTTTGATGCAGGCCTTACTCGCGCAGTGATACGAGAAGTCGCAATTGAAAAAGATAATGAAGAAAATAAGTTGAAAATTATTTCTTCAGCGACAGTTGTAATTATTTATTTGAGTTTGGCCGCCTCACTCTTATTATTTTTTTTTAGTGGTCATATCGCATTGCTACTGAATATTAGTGAGACTTTTTTTCATAATGTAAGTGTCTCGCTTAAAATTCTCGCAGCATCCATACCATTATTTTTGATTACTCAAATATGGTTGTCAATTTTAGAAGGTGAAGAAAGATTTGGCTTACTTAATATCTACAAATCAATTACCGGAGCGATATTAGCAATCTCACCGGCATTATTTATACTTATTAAACCCTCTTTGATGTATGCGATAATAGGCTTAGTTCTAGCAAGGTTTTTATGTTTTATTTTGGCTTTTATAATTTGTTACGATAAAGTGCTTAAAGCTAAACTAACAATCGATATACCAACAATTAAAAGATTGTTTATGTTCGGTGGTTGGATTACAGTAAGTAATATCATCAGCCCTGTGCTATCATATTTTGATAGGTTTATTGTTTCAAATCAACTTGGGGCTGCTAATGTTGCTTTTTATACTGCACCATCAGAAATTATTTCTCGGCTTAGTATAATTCCAGGTGCATTTTCAAGAGCCTTATTCCCAAGATTAGCTAATGCAAATAATTCCGTTGAAAGATATAAAACGAAAAGATTAATTACAATTTCACTTTTAATAATCATCACCCCTATTTTTTGTATTGGCGTGTTATTTTCAGAGAAGATAATGGTTTTATGGATGGGGGCATCATTTTTTGGTGAGCCAGGTTTGGTATTATCAATATTACTGATTGGCTTTATTTTTAATGGATTAGCACAAGTACCATTTGCCAGTATTCAATCCCGAGGTCATGCTAAGATAACTGCATTCGTTCATCTCTTAGAGTTGTTTCCTTATTTATTACTTTTATTTTACCTCATAAAAGCACATGGGGTTGTTGGCGCGAGTATTGCGTGGTCAGTGAGGATGATAGTAGATTATATAGCATTAAGTCTTTTGGACGGTAAGTATATTAATAAATAA +>wzx_405_5564-64_O128ac +ATGAACAAAAAAGAAATAATTATCTTGCTTATAGCCAGAATTCTACAGATTCTCATTAGTTTATTCACAATGAGATTGATGACAACGATTTTAAGCAATGAGCAAATGGGGGAGTATTATATTTTTTTAGCAATCTATATGTTGGCATCATTGGGTATAATTAATCCAATAGGACAATATGTGAATCGCAACACTTATTTATGGTGGAGAGAGGGAGTACTAACCCAATACATTAATCGATATATTAATTTTGTTTTGTGTTTTTCGCTTATTTATGTGATTTTGTATGGACTTGGTGAATGTTTGTTTAAAGGAATAAATACACCATTTTGGATGTTATTCTGTTATTTATATATAGTATGTTTATCTCTAAATCAATTTCTATTACATACTTTAAATATCTTAAATTTTAAGATAGTATTTTCCATTATGACGTTGATGACTTCTGTATTAAGTTTATCAGGGGCATATTTATTTATTGAATATAGCATAGCTAAACAAACTGTTAGTATATATTACTGGGTTGCAGGAATCATAATTGGCAATTTTATTTCTTTATGTATATGCGTTGTATATCTGAGAAGTAAAAATACGTTCCAAAAATCAATTCTTAAATCTATCAATGTAAGCATAAAAGAAGTTTTTAATTTTTGCTGTCCAATTATGATAACAACTTTGTTCATTTGGTTTCAAAGCTCTGGATATCGATTTGCTGTCGAGCAAATGTTTGGCTTAAAGTTTTTAGGTATACTAGCTGTATGTTTTGCTGTGTCAGGGCAAATAATGTCAGTGATTGAGTCTTTAGTGACACAGATATTTCAACCAACATTATTTAAGCATATGGATAATGTCAAAAATAGAAAGCAACATCTAGATTTTTATATTAATGAAAATATAGCAATTTATGCTAGTGTATTATTTTTTTGTACTTTCTTTATGCGCGAAATATTTTTGGTTTTAGTTGACAATAAATATCTTCCTTACTTCTATATAGGTATAATAGCTTTATGGAGTGAATTTTTTAGGATATCAACCAATACTTTGTCTTTAGTGTTTTTTTGCGAAAAGAAAATGAAGGTAGGAATTTTTCCTTATTTAATTGGCTCATTAAGCCTGGCTTTTTCGATCGTCTTGTTCAGGTTGTTAAATGTAAATTTGGGTATTTTAATAGCTTTTGCTATTGGGGTTGCACAATTGGCCTCCTTTATCGTTTGCTTAATTACGGTAAAAAAAATCTCTTATTTTAAAATAAATTTCATCTTCTTAATGAAGAGGATAATAATAGTACTACCCTCTGTGTTAATTGCCCATTGCATTCCTAAATTTGAAATGATTAATGCTATCCATTTTATTATCATTTTCGGTGTCGGTTTATTTTACTTAATCTCTTTAGTTACTTCTTTTATGTTTATTAAACAACCAGGAGGCGTTTATGGAAGTTAA +>wzy_400_KP835694_O125ab +ATGATTTATAAACAATACAAACTGGTATTGGCTCAATTTTATGGCTTTATTGGGTTGATAATGATTGCTGTATTGAGCACTTCTGTCAAAGTTGAAATTGATGCTATCCTAATTTGGTTTTTATCTGTAATATTTACAATTGCAATTCTTTTTTTTGTATATAATCGAATGTGGGTATGGTTTGATGGAATATTTATAATATTATCGCCTTTTTATTTTTTTGTGTCTTTTTTGTTGTATTATTTTTTTGGTGTTAATGTATTTAATGTTGAAAATAATATAATCAACACTTCATTCTTATATTGTGTTGCTGTTTGGTGTATAGTTGCATCGATTAGTTTGATTAGGCCTCACGGTATCAATATATTTCTTTTAAACAAACAATATAACTATGACAATAACTATAATCTATTTATTCCATCATGCATAGCATGGTTAATATCATTATTTTTTCTATATCAATCAAGAAATCTTTCTCTGAATGCTTTGGGCGAAAGTACTCGCCTAGAGTTAATTAATTCGGTAAGTCAAAGTGGATGGTATCTGAAATATGTGGTTATTGCTTATTTTTGGATTTTACTTGATTTAAAGGTAGTAAAAAAAAGTCTCACAAATTATAGTTTCGTAATATACAGCATACCTGTGCTTTTATATTTTTATACTTTAATGCTGGTAGGTTCAAGACGAGAAATTGCTTTATCTTTTATTATGGCTGTATTGCTATCACTTTATAAAGCTAAATTTAAGATACCATTAAAAGTAGCGTTGTTCAGTATTCTATTTGTATCAACGATTATACTTTTTGGGATATATCGTTCAGATTATAATGTCGAATCAAGCATAAGATTATTGAATGCTTTGGGTGAATTTATTTATCCTATATCTACACTTCAATATTATTCTTCGATACATTATCAGACTCAATTTTTTGGTATATCCTATCTTCAGTTCATTGTAAACTTTATACCAAAAGAATTATTTATGGGATTAAAGCCAGACACATTAGCTATTCAATTTGCAAAGGAAGTTTATTTGCCAAGTCAAGAGTTTATGATGGGATATGCATTTACTCCTTTTACAGAAGCTTTTATTAATTATAATTATTATGGTGTAATTATATTTCCTGCCATTTTATGTGGTTATTCATATATAATGGAAAGGTTAATTGGGAGCAACTATTTTCTTTATCTTGTTTTTCTTTCCCAATCTATCAATTTCCAACGCTCAGAGTTTTCTTCTATGATATTTGAATTAGGTATGTTCTTTATGGCATACATATGCTTGAGATTATCGATGCAAATAGTTTTTTTTAAATTCAAATAA +>wzy_405_5564-64_O128ac +ATGATTTCTTACGGAGTGCTATTTCTCTTCTCTTATATCAATGCTGTACTTCAGAAGAGAGTAACCGTAACATTACTATTTTTTATAATGATAATTGTTTCTTTCTTTAAATATAATATTGGATTTGATTGGGGGAATTATCATGAAATTTACCTTCAGCAAGGAGATGGCTTTTTTTTTTATGAACCCCTATTTTCTCTCTTAATTATTCTTTCCAATAAGGTTGCATTAGAATATAAATATTTTATATCAATGTGCTCATTAATTACACTGATTGTTTATTATTCTGGTATGCGGTGTTTTGCAAGAGATATAAAAGAGTTAGCTTTAGCATTAACTTATTTTGTTGTCTCTTATTGCTACTTTGAACACTTTAATATTATTCGACAAACTTTAGCAATCGCTTTATTCTTTTATAGTTGGAAATATATTATTGAGACTAACTTTATAATGTATAGCCTCTTTATTTTTTTTGCATCTATGATTCATGCGGCGGCGGTTGTATTGCTCCCATTTTACTTTTTTCTTAGAATTGATAATTTTAAACCTGTATATTATGGTATAGTGGTCTTATTTATTATTATTGTTGTTAGATTCGATATTAACAGCATCCTTTTAAGTTCACTTAATTTATTTAAAAATTTCGATTTTGTAGCTAGGTATTTAGCAAATTCAACAGATTTGGCTGACTTTGCATCAAAAAAATCTGATCTTGGATTAAGTAAGATGTACCCAGCAATTATATTTGTTTTCTGTTGTTTTTGGGGAGGGATTAGGTTAGAGTCTCGAAGAGACTATGTTTTTTTTAATGCTGGCTTTATTGCAATAACTTTACTGCTCTTAAGCTATCAGGTTGATATTTTGTTTAGATTTTTCTCTTTTTTTGAGACTTCATTTGTCTTGTTGTACTGCATTATTTTTTCTGGTTTTAATAAAAAAAGTAAAATTATACTGCATATGGTTAATTTAATTGTATATACGGTAATGACATTTAACATGTTATCAGTAATGGGCTTGATTCCTTATGAATCATACATTTTCTAA +>wzx_145_E68_O141ab/O141ac +ATGTCGAAATTAAAAAGCAATTTAGTGTATTTAACATTTGCTCAAGCCATAAGCTATATATTTCCTCTTCTGACATTGCCTTACTTAAGTCACAAACTTGATCCTAGTGATTTTGGAATGTTAGGGGTGTGTCAAGCAATAGTTCAATATTTTATAATTGTAACCGATTACGGCTTTAATATTACAACAACAAAAGAAATATCAATAAATCGAAATAATAAAAAAAAGATTTCAAAGATATTTTCCACAACATTATTAGCAAAGATTTTTTTGTTGTTTGTCTCTGCAATAGGGTTAATTATTTCTGGATGGGCTGTGAAGTCGATCTCTGGTTATGAGTTATTATTGATTTGCTGTTTTGTAGGCGTTATTGGTAATACGTTTTATCCTTTATGGTTGTTTCAAGGGACTGAAACCATGAAAATACCTGTAATAATGTCCTCTGGTGCTAAGTTACTTTTACTATTAAGTATTTTTATTTTTGTAAAAGACCGAGCAGATCTCAATATTGCAGCATTATTATTAAATTCAGGAAATTTTTTTGCAGGCATATTGGGATTAATTTACATTAAAACAAGGAAGCTGGTTTTTTGGTATAGGCCAACATTACAAGAAGTCTATATTGTTTTACTTGAAGGCTGGCCAGTATTTATCTCCACTGTTGCAATTAGTTTTTATACTACATTTAACACAGTACTGTTAAGTTATAAAGTCAGTTCTGCAGAAGTAGGCTTTTATAATGCTGCGGATAAAATAAGAATAGCTATACAGTCAATGTTTGGTCCCATTACTCAAGCATTTTATCCTAGAATCGTACATTTATATAAAGTTGAACGAGAAGCTGCTATAAACTTGTTGAACAAAGGCATGCTGTTAATCTTGGGGTTGACGATTCCTTCAGCGTTACTCTTCTTTAATTGTTCAGATTATATAGTAGCACATTATTTGAGTAGTTCCTTTTCTCAGACTGCTTCTTACTTGAAGCTTTTGAGTTTTTTACCAATAATTATTGGTATAGCGACAGTATATTGTAATTGGGGATTACTAGGGGATGGTTATGGAAAAGTAGTTAGTAAGATTTATGTTTCATTTGGCCTAATACACTTTCTGTATGCAACACCACTTATAATAATATTTAAAGTCAATGGACTTATTTTGTCAGTATATATAACACAAACACTGATAACTTTAACTACAATATATCATTACTATAGAAAGGTATATAATGGATTTAATAAATAG diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 data/O_type.nhr Binary file data/O_type.nhr has changed diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 data/O_type.nin Binary file data/O_type.nin has changed diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 data/O_type.nsq Binary file data/O_type.nsq has changed diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 data/SeroTyping_db.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/data/SeroTyping_db.txt Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,3 @@ +Statens Serum Institut & Technical University of Denmark +O type database: v20160606 +H type database: v20160606 diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 ecoliserotyper.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/ecoliserotyper.xml Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,151 @@ + + performs serotyping of Escherichia coli + + + python + scipy + perl + perl-bioperl + bowtie2 + samtools + bcftools + bwa + blast + spades + fastqc + + + + + + + python + $__tool_directory__/Ecoli_Serotyper.py --input_type ${origin.input_type} --log $logfile --output $report_out --blastn_O $blastn_O --blastn_H $blastn_H + #if str( $origin.input_type ) == "contigs": + -1 $origin.input_1 --input1_name '$origin.input_1.name' + #else: + -1 $origin.library.input_1 --input1_ext ${origin.library.input_1.ext} --input1_name '${origin.library.input_1.name}' + --html1 $html_file_1 --html1_id $__app__.security.encode_id($html_file_1.dataset.id) --html1_path ${html_file_1.files_path} + --spades_log $spades_log + #if str( $origin.library.type ) == "paired": + -2 $origin.library.input_2 --input2_ext ${origin.library.input_2.ext} --input2_name '${origin.library.input_2.name}' + --html2 $html_file_2 --html2_id $__app__.security.encode_id($html_file_2.dataset.id) --html2_path ${html_file_2.files_path} + #end if + #end if + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +**E coli Serotyper Overview** + +This tool performs various operations: + +- Optionally: Quality assessment (FastQC) + +- Optionally: Trimming (FASTQ positional and quality trimming) + +- Optionally: Filtering (DUK) + +- Optionally: Assembly (SPAdes) + +- Serotyping (Blast+ against serotype databases from the Center for Genomic Epidemiology CGE) + +Istituto Superiore di Sanita' + +European Union Reference Laboratory (EU-RL) for Escherichia coli, including Verotoxigenic E. coli (VTEC) + +Developer: Arnold Knijn arnold.knijn@iss.it + + + + @ARTICLE{andrews_s, + author = {Andrews, S}, + keywords = {bioinformatics, ngs, qc}, + priority = {2}, + title = {{FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data}}, + url = {http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/} + } + @ARTICLE{andrews_s, + author = {Li, M, Copeland, A, and Han, J}, + keywords = {bioinformatics, ngs}, + title = {{DUK – A Fast and Efficient Kmer Based Sequence Matching Tool}}, + url = {https://www.osti.gov/servlets/purl/1016000/} + } + @ARTICLE{andrews_s, + author = {Edwards, RA}, + keywords = {bioinformatics, ngs}, + title = {{fastq-pair}}, + url = {https://github.com/linsalrob/EdwardsLab/} + } + 10.1089/cmb.2012.0021 + 10.1186/1471-2105-10-421 + 10.1186/s13742-015-0080-7 + 10.1128/JCM.00008-15 + + diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 report_head.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/report_head.html Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,24 @@ +E coli Serotyper summary report + +


    + diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 report_head2.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/report_head2.html Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,2 @@ +
    ARIES +ISS-EURL VTEC

    Istituto Superiore di Sanità

    +Department of Food Safety, Nutrition and Veterinary Public Health
    European Union Reference Laboratory for E. coli
    diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 report_tail.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/report_tail.html Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,2 @@ +
    + diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 scripts/duk Binary file scripts/duk has changed diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 scripts/fastq_pair Binary file scripts/fastq_pair has changed diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 scripts/fastq_positional_quality_trimming.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/fastq_positional_quality_trimming.py Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,156 @@ +# -*- coding: utf-8 -*- +""" +This tool trims paired-end FASTQ files on the basis of quality score or left/right position, retaining mate integrity. +Reads without mate after filtering are saved in a separate output file. +""" + +import math +import optparse +import sys + +def average(values): + """ Arithmetic mean of a list of values """ + return math.fsum(values) / len(values) if len(values) else float('nan') + + +def phred2sanger(phred_scores): + """ Convert an array of Phred quality scores (integers in [0, 93]) to a Sanger-encoded quality string""" + return ''.join([chr(score + 33) for score in phred_scores]) + + +def sanger2phred(sanger_string): + """ Convert a Sanger-encoded quality string to an array of Phred quality scores""" + return [ord(ch) - 33 for ch in sanger_string] + + +def trimming(sequ, qual, maxlengthtrim, lefttrim, righttrim, minqualtrim, avgqualtrim): + """ Trimming of sequence and quality of a read""" + # Maximum length trimming + if maxlengthtrim != -1: + if len(sequ) > maxlengthtrim: + sequ = sequ[: maxlengthtrim] + qual = qual[: maxlengthtrim] + # Left- and right-side trimming + if righttrim == 0: + sequ = sequ[lefttrim :] + qual = qual[lefttrim :] + else: + sequ = sequ[lefttrim : -righttrim] + qual = qual[lefttrim : -righttrim] + # Minimum quality right-side trimming + while len(sequ) and qual[-1] < minqualtrim: + qual = qual[:-1] + sequ = sequ[:-1] + # Average quality right-side trimming + while len(sequ) and average(qual) < avgqualtrim: + qual = qual[:-1] + sequ = sequ[:-1] + return sequ, qual + + +def __main__(): + parser = optparse.OptionParser() + parser.add_option('-1', '--input1', dest='input1', help='forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_option('-2', '--input2', dest='input2', help='reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_option('--maxlt', dest='maxlengthtrim', type='int', default=400, help='maximum length trimming') + parser.add_option('--lt', dest='lefttrim', type='int', default=0, help='left-side trimming') + parser.add_option('--rt', dest='righttrim', type='int', default=0, help='right-side trimming') + parser.add_option('--minqt', dest='minqualtrim', type='int', default=15, help='minimum quality right-side trimming') + parser.add_option('--avgqt', dest='avgqualtrim', type='float', default=20, help='average quality right-side trimming') + parser.add_option('--minlf', dest='minlen', type='int', default=25, help='minimum length filtering') + parser.add_option('--trimmed1', dest='trimmed1', help='trimmed forward FASTQ file') + parser.add_option('--trimmed2', dest='trimmed2', help='trimmed reverse FASTQ file') + parser.add_option('--trimmedunpaired', dest='trimmedunpaired', help='trimmed unpaired FASTQ file') + parser.add_option('--log', dest='logfile', help='log file') + (options, args) = parser.parse_args() + if len(args) > 0: + parser.error('Wrong number of arguments') + + maxlengthtrim = options.maxlengthtrim + lefttrim = options.lefttrim + righttrim = options.righttrim + minqualtrim = options.minqualtrim + avgqualtrim = options.avgqualtrim + minlen = options.minlen + + total_reads = 0 + discarded_reads = 0 + forward = open(options.input1) + if options.input2: + paired = True + passing_paired_reads = 0 + passing_unpaired_reads = 0 + reverse = open(options.input2) + trimmed_reverse = open(options.trimmed2, 'w') + trimmed_unpaired = open(options.trimmedunpaired, 'w') + else: + paired = False + passing_reads = 0 + trimmed_forward = open(options.trimmed1, 'w') + log = open(options.logfile, 'w') + try: + while True: + headL = next(forward).rstrip() + sequL = next(forward).rstrip() + commL = next(forward).rstrip() + sangL = next(forward).rstrip() + qualL = sanger2phred(sangL) + trimmed_sequL, trimmed_qualL = trimming(sequL, qualL, maxlengthtrim, lefttrim, righttrim, minqualtrim, avgqualtrim) + if paired: + try: + headR = next(reverse).rstrip() + sequR = next(reverse).rstrip() + commR = next(reverse).rstrip() + sangR = next(reverse).rstrip() + except StopIteration: + sys.exit('Reverse FASTQ file contain less reads than forward FASTQ file.') + qualR = sanger2phred(sangR) + trimmed_sequR, trimmed_qualR = trimming(sequR, qualR, maxlengthtrim, lefttrim, righttrim, minqualtrim, avgqualtrim) + # Filter by residual length + if paired: + if len(trimmed_sequL) >= minlen and len(trimmed_sequR) >= minlen: + trimmed_forward.write(headL + '\n' + trimmed_sequL + '\n' + commL + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualL) + '\n') + trimmed_reverse.write(headR + '\n' + trimmed_sequR + '\n' + commR + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualR) + '\n') + passing_paired_reads += 1 + elif len(trimmed_sequL) >= minlen and len(trimmed_sequR) < minlen: + trimmed_unpaired.write(headL + '\n' + trimmed_sequL + '\n' + commL + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualL) + '\n') + passing_unpaired_reads += 1 + elif len(trimmed_sequL) < minlen and len(trimmed_sequR) >= minlen: + trimmed_unpaired.write(headR + '\n' + trimmed_sequR + '\n' + commR + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualR) + '\n') + passing_unpaired_reads += 1 + else: + discarded_reads += 1 + else: + if len(trimmed_sequL) >= minlen: + trimmed_forward.write(headL + '\n' + trimmed_sequL + '\n' + commL + '\n' + phred2sanger(trimmed_qualL) + '\n') + passing_reads += 1 + else: + discarded_reads += 1 + total_reads += 1 + except StopIteration: + if paired: + try: + next(reverse) + except StopIteration: + log.write("Total paired reads : %d\n" % total_reads) + log.write("Passing paired reads : %d\n" % passing_paired_reads) + log.write("Passing unpaired reads : %d\n" % passing_unpaired_reads) + log.write("Discarded paired reads : %d\n" % discarded_reads) + else: + sys.exit('Forward FASTQ file contain less reads than reverse FASTQ file.') + else: + log.write("Total reads : %d\n" % total_reads) + log.write("Passing reads : %d\n" % passing_reads) + log.write("Discarded reads : %d\n" % discarded_reads) + finally: + forward.close() + trimmed_forward.close() + log.close() + if paired: + reverse.close() + trimmed_reverse.close() + trimmed_unpaired.close() + + +if __name__ == "__main__": + __main__() diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 scripts/rgFastQC.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/rgFastQC.py Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,162 @@ +""" +Rewrite of rgFastQC.py for Version 0.11.2 of FastQC. + +Changes implemented from tmcgowan at +https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/view/tmcgowan/fastqc +and iuc at https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/iuc/fastqc +with minor changes and bug fixes + +SYNOPSIS + + rgFastQC.py -i input_file -j input_file.name -o output_html_file [-d output_directory] + [-f fastq|bam|sam] [-n job_name] [-c contaminant_file] [-e fastqc_executable] + +EXAMPLE (generated by Galaxy) + + rgFastQC.py -i path/dataset_1.dat -j 1000gsample.fastq -o path/dataset_3.dat -d path/job_working_directory/subfolder + -f fastq -n FastQC -c path/dataset_2.dat -e fastqc + +""" + +import re +import os +import shutil +import subprocess +import optparse +import tempfile +import glob +import gzip +import bz2 +import zipfile + +class FastQCRunner(object): + + def __init__(self,opts=None): + ''' + Initializes an object to run FastQC in Galaxy. To start the process, use the function run_fastqc() + ''' + + # Check whether the options are specified and saves them into the object + assert opts != None + self.opts = opts + + def prepare_command_line(self): + ''' + Develops the Commandline to run FastQC in Galaxy + ''' + + # Check whether a given file compression format is valid + # This prevents uncompression of already uncompressed files + infname = self.opts.inputfilename + linf = infname.lower() + trimext = False + # decompression at upload currently does NOT remove this now bogus ending - fastqc will barf + # patched may 29 2013 until this is fixed properly + if ( linf.endswith('.gz') or linf.endswith('.gzip') ): + f = gzip.open(self.opts.input) + try: + f.readline() + except: + trimext = True + f.close() + elif linf.endswith('bz2'): + f = bz2.open(self.opts.input,'rb') + try: + f.readline() + except: + trimext = True + f.close() + elif linf.endswith('.zip'): + if not zipfile.is_zipfile(self.opts.input): + trimext = True + if trimext: + f = open(self.opts.input) + try: + f.readline() + except: + raise Exception("Input file corruption, could not identify the filetype") + infname = os.path.splitext(infname)[0] + + # Replace unwanted or problematic charaters in the input file name + self.fastqinfilename = re.sub(r'[^a-zA-Z0-9_\-\.]', '_', os.path.basename(infname)) + # check that the symbolic link gets a proper ending, fastqc seems to ignore the given format otherwise + if 'fastq' in opts.informat: + # with fastq the .ext is ignored, but when a format is actually passed it must comply with fastqc's + # accepted formats.. + opts.informat = 'fastq' + elif not self.fastqinfilename.endswith(opts.informat): + self.fastqinfilename += '.%s' % opts.informat + + # Build the Commandline from the given parameters + command_line = [opts.executable, '--outdir %s' % opts.outputdir] + if opts.contaminants != None: + command_line.append('--contaminants %s' % opts.contaminants) + if opts.limits != None: + command_line.append('--limits %s' % opts.limits) + command_line.append('--quiet') + command_line.append('--extract') # to access the output text file + command_line.append(self.fastqinfilename) + command_line.append('-f %s' % opts.informat) + self.command_line = ' '.join(command_line) + + def copy_output_file_to_dataset(self): + ''' + Retrieves the output html and text files from the output directory and copies them to the Galaxy output files + ''' + + # retrieve html file + result_file = glob.glob(opts.outputdir + '/*html') + with open(result_file[0], 'rb') as fsrc: + with open(self.opts.htmloutput, 'wb') as fdest: + shutil.copyfileobj(fsrc, fdest) + + # retrieve text file + text_file = glob.glob(opts.outputdir + '/*/fastqc_data.txt') + with open(text_file[0], 'rb') as fsrc: + with open(self.opts.textoutput, 'wb') as fdest: + shutil.copyfileobj(fsrc, fdest) + + def run_fastqc(self): + ''' + Executes FastQC. Make sure the mandatory import parameters input, inputfilename, outputdir and htmloutput have been specified in the options (opts) + ''' + + # Create a log file + dummy,tlog = tempfile.mkstemp(prefix='rgFastQC',suffix=".log",dir=self.opts.outputdir) + sout = open(tlog, 'w') + + self.prepare_command_line() + sout.write(self.command_line) + sout.write('\n') + sout.write("Creating symlink\n") # between the input (.dat) file and the given input file name + os.symlink(self.opts.input, self.fastqinfilename) + sout.write("check_call\n") + subprocess.check_call(self.command_line, shell=True) + sout.write("Copying working %s file to %s \n" % (self.fastqinfilename, self.opts.htmloutput)) + self.copy_output_file_to_dataset() + sout.write("Finished") + sout.close() + +if __name__ == '__main__': + op = optparse.OptionParser() + op.add_option('-i', '--input', default=None) + op.add_option('-j', '--inputfilename', default=None) + op.add_option('-o', '--htmloutput', default=None) + op.add_option('-t', '--textoutput', default=None) + op.add_option('-d', '--outputdir', default="/tmp/shortread") + op.add_option('-f', '--informat', default='fastq') + op.add_option('-n', '--namejob', default='rgFastQC') + op.add_option('-c', '--contaminants', default=None) + op.add_option('-l', '--limits', default=None) + op.add_option('-e', '--executable', default='fastqc') + opts, args = op.parse_args() + + assert opts.input != None + assert opts.inputfilename != None + assert opts.htmloutput != None + #assert os.path.isfile(opts.executable),'##rgFastQC.py error - cannot find executable %s' % opts.executable + if not os.path.exists(opts.outputdir): + os.makedirs(opts.outputdir) + + fastqc_runner = FastQCRunner(opts) + fastqc_runner.run_fastqc() diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 scripts/spades.pl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/spades.pl Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,133 @@ +#!/usr/bin/env perl +## A wrapper script to call spades.py and collect its output +use strict; +use warnings; +use File::Temp qw/ tempfile tempdir /; +use File::Copy; +use Getopt::Long; + +# Parse arguments +my ($out_contigs_file, + $out_contigs_stats, + $out_scaffolds_file, + $out_scaffolds_stats, + $out_log_file, + $new_name, + @sysargs) = @ARGV; + +## GetOptions not compatible with parsing the rest of the arguments in an array. +## Keeping the not-so-nice parse-in-one-go method, without named arguments. +# GetOptions( +# 'contigs-file=s' => \$out_contigs_file, +# 'contigs-stats=s' => \$out_contigs_stats, +# 'scaffolds-file=s' => \$out_scaffolds_file, +# 'scaffolds-stats=s' => \$out_scaffolds_stats, +# 'out_log_file=s' => \$out_log_file, +# ); + +# my @sysargs = @ARGV; + +# Create temporary folder to store files, delete after use +#my $output_dir = tempdir( CLEANUP => 0 ); +my $output_dir = 'output_dir'; +# Link "dat" files as fastq, otherwise spades complains about file format + +# Create log handle +open my $log, '>', $out_log_file or die "Cannot write to $out_log_file: $?\n"; + +# Run program +# To do: record time +runSpades(@sysargs); +collectOutput($new_name); +extractCoverageLength($out_contigs_file, $out_contigs_stats); +extractCoverageLength($out_scaffolds_file, $out_scaffolds_stats); +print $log "Done\n"; +close $log; +exit 0; + +# Run spades +sub runSpades { + my $cmd = join(" ", @_) . " -o $output_dir"; + my $return_code = system($cmd); + if ($return_code) { + print $log "Failed with code $return_code\nCommand $cmd\nMessage: $?\n"; + die "Failed with code $return_code\nCommand $cmd\nMessage: $?\n"; + } + return 0; +} + +# Collect output +sub collectOutput{ + my ($new_name) = @_; + + # Collects output + #if a new name is given for the contigs and scaffolds, change them before moving them + if ( $new_name ne 'NODE') { + renameContigs($new_name); + } + else { + if ( -e "$output_dir/contigs.fasta") { + move "$output_dir/contigs.fasta", $out_contigs_file; + } + if ( -e "$output_dir/scaffolds.fasta") { + move "$output_dir/scaffolds.fasta", $out_scaffolds_file; + } + } + + open LOG, '<', "$output_dir/spades.log" + or die "Cannot open log file $output_dir/spades.log: $?"; + print $log $_ while (); + return 0; +} + +#Change name in contig and scaffolds file +sub renameContigs{ + my ($name) = @_; + + open my $in, '<',"$output_dir/contigs.fasta" or die $!; + open my $out,'>', $out_contigs_file; + + while ( my $line = <$in>) { + #remove the NODE_ so we can rebuilt the display_id with our contig name with the contig number. + #also move the remainder of the length + if ( $line =~ />NODE_(\d+)_(.+)/) { + $line = ">$name" . "_$1 $2\n"; + } + print $out $line; + } + close $in; + close $out; + + + open $in, '<',"$output_dir/scaffolds.fasta" or die $!; + open $out,'>', $out_scaffolds_file; + + while ( my $line = <$in>) { + #remove the NODE_ so we can rebuilt the display_id with our contig name with the contig number. + #also move the remainder of the length + if ( $line =~ />NODE_(\d+)_(.+)/) { + $line = ">$name" . "_$1 $2\n"; + } + print $out $line; + } + close $in; + close $out; + +} + + +# Extract +sub extractCoverageLength{ + my ($in, $out) = @_; + open FASTA, '<', $in or die $!; + open TAB, '>', $out or die $!; + print TAB "#name\tlength\tcoverage\n"; + while (){ + next unless /^>/; + chomp; + die "Not all elements found in $_\n" if (! m/^>(NODE|\S+)_(\d+)(?:_|\s)length_(\d+)_cov_(\d+\.*\d*)/); + my ($name,$n, $l, $cov) = ($1,$2, $3, $4); + print TAB "$name" . "_$n\t$l\t$cov\n"; + } + close TAB; +} diff -r 000000000000 -r c8c0131be526 test-data/a_contigs.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/a_contigs.fasta Mon Jan 20 10:50:35 2020 -0500 @@ -0,0 +1,97794 @@ +>NODE_1_length_55894_cov_10.726949 +GTCACCATTACTGGCGACATGACACCGTTCACCCAATGTACAAACGCGTACTCGCATTCC +GGTATTCGCAATCCGACTACTATCTCCAGCGCTGCTTATCCGCGAAGAATTACCGGTTAC +AGCAACCCGTGCGCGTTCACCGGAGCTGCCAATGTGACTGTTAAAGCCGACACTTCCAAT +CCGCACGCTATAACCCATACTGGCAATTTGCGCGGCATACCCAGCGGTTGCGATTCGGGC +GTATCCTCACAACAGCCGATGCGAGCATGATCGTCGCTGCGGGCAAACTGACTGCAAAAT +GGTATCTCTCCGGGGTCTGTGGCCAGTTTTTGCATAGAGGAAACTTCCTGATGCGCGAAG +TTTTCATCCGCCAGCCATTTTTTCCACGCATACTCAACCAGACTCTCCGCCCAGTCCGTA +TATCCTTCCTCAATCAGTGCATGATGAATATCGGCATAACTACCGCCGCGTGGGAAATGG +CGCAGGAACCAGCGATACATCACCGCTCCGATACGCCATTCTCGCAGGTCTGCTCGTGTA +ATGATCATTCGTTAGTGCCGGTGATAGCCATCGACCATGCTTTTAAAGGTTTCGTGTGGC +GTACGCCCCGTGGTGCAAAGATAAAGATGACCGAAGATAAAAAAGAGGCTTATAAATGCC +AGAGCAAAATGCGCCTGCAATAACCAGTATCTTACGCCAGGAAACACATCTCCCACGGCT +TGCGGATAGAGACACAGCAGCCCCGTCAATAGTAACAACGGCAGCAATCCATACATAACA +CCAACATAGGCGACCTGCTGTAAGGGATTAAATTTAGACTGGGTTGTTGCCGGGAAAGGA +TGTTCTTCCCCCTGCATAATGCCAAACAAATAAAATCGCGTTTGTTTTGCCGCTCGCTCC +AGCCACCCCTGACGACGAATGCGATAGTGGTGACCATTACCCCCAACGGCATTGATCAGC +ACAAAGCCGAGCCAGCATGCGAGTAACAAAAATCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGA +CTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCAGCGCAAAGTGATTTATCAGCCCACTTGCCAGCAAC +AATACAAAGAGTAACGCATTCGACCAGTGCCATAATCTGACCGCTTTGCAGTAAAGATAA +ATCTTCTCACCATAATCGGTGACTGATTTCTTCACGCCACGAGCACGAAGCAAGGCATGC +AGCCCCAGCACCAACCACATCCCAACCAGCAATACTCCGGCAATGATCAACCACACCGGC +CAAAATTCGGGAGTGAACTGTGGCACATAGTTCGCTAACTGGCTCTGAAACTGTTCAGCA +TGTTGCGACGGGTTCATACATTTTCCTTTTTAATCAAATGTTGACCGAACCGGCGATACA +GATGCGGTTTCCCGGCACCAGGTAGCTGATATTGATAGTATTTATTTTGCTGCAACCACG +CCTGAATTTCTGGGCTATCTTCGCGACCAAAGATCAATGCGTGTTCCGGGCAGGCGCTGA +CGCAAATGGGCGGAAAGCCTTTTGCCAGTCGGGACTCAGCGCAGAAATCACATTTATCTG +CCACTTTAGTGACAGGGTTAAGGTAGCGAACCTGGTACGGACAAGCGCCAATGCAATAAC +TGCAGCCGATGCACTGCGATTTTTCTACCCGCACGATCCCCTGCTCATCACGCCACGACG +CCCCTGTCGGGCATACGTCGATGCACGGAGCATCTTCGCAGTGCTGACATGACTGGCGAA +AAAAGTGATACTGCGTTTCGTTGTCGTTATCGGTGACTGGAATGTGTGCTATCGATAAAC +GGCTTCCCTGAGCGGGGACGTGGTTAGTTTTACGGCATGCGCGGGCGCAAATATTACAGC +CATTGCACCGTGACTCGTCATGAATCATGGCATACCGAACTTCCTTTTCTTGCCTCGTGT +TCGCTAACAGAGAAGACGCAGAACCAGTAAAAAAGATTACTGTTCCCATCCCCAGAACAA +ATTTGCGTCGAGTGAAGGACATCTGATTATCCCCTAATGCAGTGGCTGCAACTGTCCACC +CTATCCATGACATCTCCCTGAAATTTCAGGGGTTCTGAAACTGCTCTACCTCGAACCATT +CGCATAAGCCATAAGCCTTGCCATAGGTCATAAATCGCTCGCTAAACAAGTACAACACCG +CCGTCGATGACTCCACCTGCCGTATATCGGCATATTCAGGTGCAACATCCATCGCGGCGA +TCGCGGCTTCAATCTGCGCTTCCTGGAAGTAATATGGCGCTTGCATCAGCATGGCGACTT +TGTAAGGACGAGGATATGTCTGGCACTCAAAACGAACGGCGTGTGCAATGGCGCGACAAA +TGTCCTGCTCCACAACTTGCAAAGACATCGCCGCGTAGTTTTCACTCATGGCCTGCGTTG +AGTAATAGTAATCATCCTGGCTTCCCGTCATACAAGCGATATCCGCGTAGTCTCCGTTCT +GCTTAATGCTTTCCAGCAAAACTGACAGCTCCTCTTCTGCAACCGAATAGGGTGGCGAGA +GAAACACGCGCGCGCCACCAGCTGCCCAGCCGCAGAATGCTGGCGAATGAACTCTGCCAG +GATTTCAGCCGGTTCTGGTTCGGTTACCGTATCAACGGGGTGACGCATCCCCTGTAACCA +TTGCCGCTTCGCCTCGTCAACTTCGCTGACTTTCGCTAACGGCAATTCATCCCGATGGTT +CATCTCACCCATTCCTTACACAGGCAGTAGATTGTGTGCTGCCAGATCGGCGGCAATATC +TTCCAGCCCCAGACGCTGCAATGTTTCGCGGGTCGGACAACCAAGCTGTGGGTCCCAGCC +CATTTCTTTGTAGAACATCGTGAGCGAAGCATGCATATCGTCACGATCCATTTTGTCAGT +ACCTTCAGTAAAGACCGGGATCTGCGGATCCTTGTCGAATACCCAGGAACAGATAAGATC +GTGTTCATTACGCATATCTTTGGTTTGCATCAGTTTTACCGTGTAGGCACGATGCAACGT +AAAGATACGCTCTGCAGCTAAATCTAATTTTTCCTGAGTCATCTCTTCGCCGGTGATCGC +TTTGAAGAATTTGGCTTCAAGCGCCAGATCGCCCCGGTAATTACGGCTTTTCAGCGGCGA +AACGGTCATTGGCCAGACCCAGTTGCACAGGGTGACGGCGTTATGCAAACAGACCCGCAA +CAGCGACCACTTTGCATATTTAATTTTTGCGTCATTGATTGGCGTGTAGTTTTTGGTTTC +ATCGTAGGCATCTTCAGAACCAAAAAGCTCTTTCGCCACTTCACGCTGCAGTTTCAATGG +CAAACCCGAACCAATAAAATTGATATGGGTATGCGTCATGCAGTCACGGTTGAACATACA +GTTAACAATGGAACCGACCTGCGCTGACGCTTCATTGGCATGGTGAACCGGATAGCCAAA +CGGCGACCAGAGTTTATTTTTTGCGTAGCCCCAGTACTCTTCACCCAAATTCCAGCGTTC +TGCGATGGCATATGAACCATCAGCCAGGTGACTCAGCTCACCCACACGATGCGCCAGACG +GTAGTAAAAATCTTTAATGAAATTAACGTCACCCGCTTCCAGTTGATCCCAGTGAATTTC +CGCATACTCTTCAGCTGGCAGAACACGCTTGAACACCCCTTTGCTGTAACAATAAGTAAA +GTCGCGATGCAGCTGCCCGTAGTTACACCATAGGCCGTAGTCATCGAACAAATTCAGACC +AACCAGGTTACCAATCACACGACCATCGTCTTTATCTTCAAAATCTTTCGGCCCGTTCGG +GAAGATGGTGGTATGGACAAAGTTAGCTACACAAGTGTTACCACCTGTGCTGGGCACGCC +AAACTCTTTCACCCGAGGAATATTCATTTGGGTCATACAACGGATCGGGCAAGAGTGGCA +GCCACTCATTTTTACTGTGTATTTCTCTGCCGCCGGACCTAAGTCAAAAACGGATTTATA +GGTACGAAAGCCGACCGTGTTCTGATTGCCTGGCGGAATTTCCCCCGTTTCAATCGGACC +ACCTTCAGCCGCGCCCCAAAACAGCCCTTTACGTGCTGTCCAACGTGACTTGGGATCTGA +ATACTCTGCCCACGATTGCGGCGTACTTGGCACGACATGGTTGTTATTCGCACCAATAAG +TTCAGTCATCATGTAATCGTTGAGACGCTTCATCTCCTGACGATCGGCAATGTTGACCCC +TTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAACCCATAATTGCGCCAGTTCC +CGCACCGCCGCTGTGGTTACGGCTATTCAACATGCCAGAGAGAGGAACAAGGTTTTCCCC +AGCCTGACCAATAGCCGCCACACAGGTTTCCGGACTGGTCAATCGACAAATTTCTTCCGT +CGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATC +TTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCC +AGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACAACTAAATTTCC +TTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCC +AGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTCGTGCCTGG +CGGTACTTCGTCATACATAATTTTGTAGCCGAAGCCCATGCCACCGACAAAACTTTTAAA +CTTACTGGAATCTTCGAGGGTAATATTTCCTGTCGTGAGATTGACTCTTAATATATTACC +TGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTCCTTTGCAAGATTCACACAGTAATATCTTTCCAC +TCGATAATTTTTACGCCCCTGTTGGGCAGGCGTTTGCGCATTCACCGCATAACACACATT +TCGAGGATTTTTTACTTTCGGTATTTACGGTGGCCATCATCCACGGGCATGCCGTAGTAC +AGGCGCTACAGCCAATACAGCGTTTATGATCGACGGTAATACAGCCTTCTTTCTGCTGCC +AGGTAATCGCACCAATCGGGCAGACGTTCATGCATTGCGGCTCTTTGCATTGACGGCAGG +TGTCCGCGGTATAGTTGAGATCGCCATACAGGCCGCCGCCAGAGCCAACCCCGTTGTCGC +CAAAGAAATAATTGCGGTGGATTTTGATACGGGAGAAGAATGTCCCTACTGAGCCATCGT +TGAAGTTGGTACAAGAGATTTCACAGCGGTGGCAACCCGTGCATCGCGCTCGCTGGGTCA +CCAGCACCCCTTTGGGTGTATTTATCAACCCTACTGTGCCGCTATCAATATCTTCCTGTT +TGCAACCCAAAAGTGACAGTAACGCAGGGGCAATTGTTAGACCAGCAAGGCCTTTTCCTG +ATATACGCAAGAATTCTAATCGCGTTAAGCCAATATCTAATAGTGGACGATCAACCGGGT +TCATTTATTTCGCATCCTCTTCGCAAACACAGTGCTGACAATTCAGCAGCCTGATATTAA +GCATTCAACTAATACGCTGCTGACTCTGTCCCCAACACCAGATATTTTCCCTAACCCGAT +AGTGTATGAGAAAAGATTTAACGCCGATAAACTAATCCTTTATGGTTAGGAGAAAAAATA +ATGTGATTATTCTGAGCCCTTAACATTGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAA +TTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATT +TGTGACGTTCATTGCAGAAAATAAAAATAATATTATCGTTATAAATTAAAATACATACCG +CGATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCA +AGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAAT +GACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGC +TGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAGATCGCGCATTTC +CAGCACAACTTTACCGACAACTCTGCACATTTCTCGGTACAGTTCATCCTCTTTTGTCCG +ATTTCCCATTCTTTATACCTATTTATCATGCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAA +TTAAACAAAAATCAAACAAAATCAGACAAATAACGCGATAAATTATTTTAACTATAGCAA +TTGAGCGATGATATATTTATACACCGGATGAACTTTCACTTATCCTCACACTAACAACTT +TGGCACCAGACGTTGCGCAAACAGCGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAA +ATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTGTTTTTGTT 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+GTGCGCTGATCGCTGTGGCAATCGACGCAAATCTTAATCCGTCCTTTGTCACTTAACGTC +TGCATCGTATCTTGCTGTGGATGCAGGGAATGGCAGCTGGCGCACGCCAC +>NODE_1653_length_110_cov_12.563636 +GGCACAAAAGCAGGTGGATGTGCTGTACCGCGACCAGGAGGCCTGGACTCGCGCGGCGAT +CCTCAATACCGCCCGCTGCGGTATGTTTAGCTCGGATCGCTCTATTCGCG +>NODE_1654_length_110_cov_12.272727 +GCCGATCCTGGCGTAGTCGAGAAGCTGCTTGAAGAGAAGCAGGCTATCGCGATGCCATCG +TAACCCACAATTGCCGGATGCGAGTCGGTAACGGTTTGTAGGCCTGATAA +>NODE_1655_length_110_cov_12.254545 +GCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGAT +GCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGT +>NODE_1656_length_110_cov_12.218182 +TGTCGCCGCTGTTGGCAATTCTGGCGTTTGCGCCAAAGCTGGCGATTTGCACCAGGTCAC +CATTACTGGCGACATGACACCGTTCACCCAATGTACAAACGCGTACTCGC +>NODE_1657_length_110_cov_12.181818 +GCTTCCTTGAGACTCCGTATCGTAAAGTGACCGACGGTGTTGTAACTGACGAAATTCACT +ACCTGTCTGCTATCGAAGAAGGCAACTACGTTATCGCCCAGGCGAACTCC +>NODE_1658_length_111_cov_12.054545 +CTGATGCGCGTCAATCCACTGGCACAGCGTGCGTAAAGTCTGCGGCGTTAAGCCTTTTTG +GCAAGCGACGAGGATCCTGTTCGTTGGAGCTGCTGCCGTGGATTAGCTGTG +>NODE_1659_length_110_cov_12.036364 +GTTACCGAAGGAGTAAACAATCGCGTTAGCCACAATAAAATGATCGCCGATATAGGCTTC +GCCCTGTGAAGTCAGACGAACTGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAAT +>NODE_1660_length_110_cov_11.836364 +TCGGTAAGCCCGTCTTTTCACGGCGTTACCGGATGCGTAAGGCCGTGACGTTTTAACGTC +CCTGCTCAGCTTTATTACCTTCAGGTAAGGCTTCGCCACGCCTGAAGACA +>NODE_1661_length_110_cov_11.818182 +TGGTTTCGCTACCGCGATGGCGCTGAATGCCGACGCGACCGAAAAAGTAATTTCGGTGCA +GGAAATGCACGCGCAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCGGATATTTTTC +>NODE_1662_length_110_cov_11.818182 +TGGAAGGTATCAACAGCCCGGTAGCGAAGTTCCTTAATGCAGAAATCATCGAAGCCATCC +TGGATCGTACTGCCGCGCAAGATGGCGATATGATTTTCTTCGGTGCCGAC +>NODE_1663_length_110_cov_11.800000 +GATGGTAACTGTAGCGAAAGCAAAAGCGTAATTTCTGTTTTCGTAATAATTCACGGCCCT +GCATGCGAATGCAGGGCCGTTTTCGTTACTCCGCCACACTCTCGCGCAGC +>NODE_1664_length_110_cov_11.672727 +ACCCAGCAGGCCATATCTTCAATGGTCGACTTCACACCATAAGTTTCAGCATCTAACGCC +CCTGGCGAAACATGAACTGCCTTGCCTTCGCGATATCCCCAGGCGTAATT +>NODE_1665_length_110_cov_11.618182 +CGGATTACGGTTGCTGTTTAACATCCCGCCGTTGGTGTTGGGCAGCATTTGCTGCCGGGC +GGGATTTCGCTCCCCCGGCTGTGACTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGT +>NODE_1666_length_110_cov_11.509091 +TTATGAGTCTTATCCTTGGATGATTAAGGATGCCTATTCACCACGGCGCGGGACTTACAT +TATTCATCTTAATCCATATCTCATGCCGTTTTTTACTCTGCTTGATAAGA +>NODE_1667_length_110_cov_11.454545 +GTGGTGGACATGTGGTTAACAGCAGCGGCGTAGAAGTTGACTGGATGGGCAACGCCGTGG +TGCCTTATCTCACACCATATCGTGAAACCATTGTGGAATTGCGTAGCGAC +>NODE_1668_length_110_cov_11.418182 +TGAGCAAAGCAGGTGCGTCGCTTGCGACCTGTTACGGCCCTGTCAGCGCCGACGTTATGG +CAAAAGCAGAGAACATTCGTCTGCTGATCCTCGACGTTGATGGCGTACTG +>NODE_1669_length_110_cov_11.345455 +ATGATTAAAGCGGAACATGCTGGCGATACATGTTCTGCCTTTTCGGATGTAGTGAACTTT +GTTGTGGGTAGAACGCAGGATTTTGCAGGGAGTGCCGTGGTGGTCGACGT +>NODE_1670_length_110_cov_11.327273 +AGGTTCGGGGCCCGCGCGTCAGCGTGGGAGGTGCTTTTAGATTCTGAGCGGCGCGGCCTT +GGCCGCTGCAAGCGAAGGCCTCTTTGTGTTTGTTCACAGTGGTTTCAGAG +>NODE_1671_length_110_cov_11.327273 +ATTCGTTTGGCGTGTTAGGCGCAACGGGGCGCGGACTGGCTGAAGCTGTCGGCGTTGAAG 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+ATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGATTGAT +GACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAA +>NODE_1835_length_110_cov_6.672727 +CCACGTCCATGCCTTCAACCACTTCAGCAAACACGCAGTAGCCCCAACCTTGCAGGCTTT +CGCCAGAGAAGTTCAGGAAGTCGTTATCAACCACGTTGATGAAGAACTGT +>NODE_1836_length_110_cov_6.636364 +CTCGCGTAAACCCGGTGGCAGTGGAGCTGCGCTTAAGGTCGAAACTTTCCCCAGAACTAT +CCGATACATATCAGGGCCAACGTTTAATGGAAAATGAAAGTGCGTATCGT +>NODE_1837_length_110_cov_6.636364 +TGGTGAAGACTTTGCTTGGCGGCGACAACCTGATTGAAGTGAATAACCTTGCCGCCGACC +CGCTGATTAAACCCGCACAAATTGTTGATGGTGCAACATGGACGCGCACG +>NODE_1838_length_110_cov_6.618182 +GTTATTGGGCTTAACGCGGCGCTGGTTTCGCTCTGGTTTGTCGGCCAGGCGGGCGTATGG +ACGTTACGCCGCTGATGCGCGTTGATGGTTTCGCCATGCTTTACACCGGG +>NODE_1839_length_110_cov_6.600000 +TTCATCAGTCTTTAAGAAACAAGAGGTTAGCTGGTTGTCTTCGATTTGTCGTAGGTCCCT +TCGCCCGCTCCAATTTATCTTCACCTGATCAATCTGCCATTTTTGCTGTA +>NODE_1840_length_110_cov_6.490909 +GGCAACCAACGTTATGGCAAAGGATATTCAGCTTCTTAACGTTTCATATGATCCAACGCG 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+TATCTGGCTTGCGCAGCAGCAGATGGATGAGTCAGTTTTACAGGTCAGGCAAAGCTGCGT +GAAGCGTTTTATCCGCAGGAGATTGAACAAGAGCGACGACAAAAAAAAC +>NODE_2121_length_109_cov_7.129630 +GACCACATTATGGTGGTTAACAAGCCGAGCGGTTTGTTGTCTGTGCGGGTCGTCTGGAAG +AGCACAAAGATAGCGTGATGACGCGCATTCAGCGTATTCAGCGTGATTA +>NODE_2122_length_109_cov_7.129630 +CTGCACCAGCACCGCCTTCCAGTTCTGCCAGCGCACGCTGAACCACATCGCGCGTGGGTT +GCCGCGACGCGAGTAATCATGCGCGCGCGGTTCATTAAATCCGGTAAAG +>NODE_2123_length_109_cov_7.129630 +CCCCATACTGCCTGTCCTATATTCCACAACACGACCAGTACCGGAACGACAATTACGTCC +GCCATACCCAGCGCCCCCACCGGGCATAACCGCGCGTAAGCTTTTGGTC +>NODE_2124_length_109_cov_7.111111 +GCTCCAGCTCGCGCACCACATCACCAATACGTATCGCACTCGCCGGTTTACCCAGCGAAT +GCCGCCATTTTTTCCACGAACAGCAGTCACGTAGCCGGCACGACTAAGT +>NODE_2125_length_109_cov_7.111111 +ATTGCTGTTTTACAGCTGATCCTTCTGTTCTTATAACACAAGGAAACGTACTTAAAGGTG +CGTCCGGTGAACCAATCGGACGCGCCTTTAATAACTATAAATAAGTGTC +>NODE_2126_length_109_cov_7.092593 +TCAGGTAGTCGAGCAGTTTACGACGCTGAGAAACCATGCGCAGCAGACCACGACGCTGTG +GTGATCTTTTTTGTGCTCTGCAAAGTGGCCCTGCAGGTGGTTGATCTGT +>NODE_2127_length_109_cov_7.092593 +GGCACAAAAGCAGGTGGATGTGCTGTACCGCGACCAGGAGGCCTGGACTCGCGCGCGATC +CTCAATACCGCCCGCTGCGGTATGTTTAGCTCGGATCGCTCTATTCGCG +>NODE_2128_length_109_cov_7.092593 +TTAATCCCACTCCTTTTTCCATCGGCCTGAAAAACTGTAGCGAAGTGGTCAGAGCTACGT +GACTATGGACGGTACACCCAATGCAGACGACTCAAATCTTTTTGCGCTG +>NODE_2129_length_109_cov_7.074074 +TGATCCGTAAGGCATTTGTGATGCAGGTTAACCCCGACGCTCACGAAGAGTATCACGTCG +GCATAACCCCATCTGGCCGGAACTGGAAGCAGTGTTGAAATCTCACGGT +>NODE_2130_length_109_cov_7.074074 +ATCTGGGTCAGTAAAAGTGAAATTAAACGTGATGCCGAGGAGCTAAAACGCCTTGCGCGG +AAATTGTTGATCTGGGGAAAAACGCGCTGGATAAGATCCCGTTAGATGC +>NODE_2131_length_109_cov_7.074074 +GCTGACCGCACTTTGCGTGCCGGTGGGCCTGCGCTGTTGTTCGAAAACCCTAAAGCTACT +CAATGCCGGTGCTGTGCAACCTGTTCGGTACGCCAAAGCGCGTGGCGAT +>NODE_2132_length_109_cov_7.074074 +GGAAATCCCCATATCGGCAATGAGTTTGACCAGTTCATCGCGCGTTGGCGGAGTTTCCAG +ATAATGGATAATGGTCGGTTCTGTGCCGCTGTTGCGGATCATCTCCAGC +>NODE_2133_length_109_cov_7.055556 +TTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCGGGAT +CATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAGATGGTGGTCGAAGAG +>NODE_2134_length_109_cov_7.055556 +CGTCAGTTCCAGTGCCAGAGCAGTAAACGCCATCAACAACCACGCGCCCCGGCCTGTGAA +CATTGGTTCAAAAATCGCAACATAATCATTTCCCTGCAATATGCATAGA +>NODE_2135_length_109_cov_7.055556 +TGTATGACCGAGATTACGACGGTGATCATCAAAGCCAATCCAGACCGAGGTCACACGCCC +GGACCGTAACCCGAGAACCACGCATCTTTCGAACTGTTAGTGGTACCGG +>NODE_2136_length_109_cov_7.018519 +TCAATTAAGGTCTGCGCCGGAATATGGTTGCGGTAAATCACCACATTATGCCCATGCTGC +GCAACTGATCTGCCAGGTTGTACGTAAAAGAGTCGATATTATCGAGCAG +>NODE_2137_length_109_cov_7.018519 +GAAAAATATCCGCCATGACACGCTATTATTTGATCTGCGCGTGCATTTCCTGCACGAAAT +TACTTTTTCGGTCGCGTCGGCATTCAGCGCCATCGCGGTAGCGAAACCA +>NODE_2138_length_109_cov_7.018519 +CGTACCAGGAGTCGGAGAGCGGAACCAGCCGGTGAGTCTGCTGCCCGGCGGGCGTCTTCC +TGCCGTCCTGGCGGCTTTTTCGGTCCGTTGTTTCAGGGTCGCAAGCTGC +>NODE_2139_length_109_cov_7.000000 +CAGGAATGTTGAGACCCGCACGTTTCATCGCCGCCCGATAACCTTCCAACCGCAGCGCGC 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+AGCAGTTTCAGACAGTGCCTGACGAAATTCTCTCTGTATCTGCCTGAAGCGTAAGCTTCT +GCCGTGACAGTGACAAAACGCAGAACTGCTCTGGATGCATCTCTGGTCA +>NODE_2160_length_109_cov_6.851852 +GATGGTAACTGTAGCGAAAGCAAAAGCGTAATTTCTGTTTTCGTAATAATTCACGCCCTG +CATGCGAATGCAGGGCCGTTTTCGTTACTCCGCCACACTCTCGCGCAGC +>NODE_2161_length_109_cov_6.851852 +TCTACTTTGATCACACCGTCGCCCTGACAGGCTTCGCAGCGCCCGCCACGGACGTAAAGC +TGAAACGTCCTGGCGTATAACCACGCGCACGGGATTCCGGTACGCCCGC +>NODE_2162_length_109_cov_6.833333 +CAACACGCTGACCGTTTACACTACCCGCCCGGACACCTTTATGGGTTGTACCTACTGGCG +GTAGCTGCGGGTCATCCGCTGGCGCAGAAAGCGGCGGAAAATAATCCTG +>NODE_2163_length_109_cov_6.833333 +ATTTCAGGCCTGCACCATCCGCTCATTGCCCGGACTTCCGACAAATCCCGGCAACATATC +CCGGTGCTTGTTCAGCTCCCGCAGCGCGGCGCAGACTCGCTCCCACTTC +>NODE_2164_length_109_cov_6.814815 +GCGCAATGAGTTGTAAAATGCTTCGGTGGTCTGCCCGGAGAGCGTGCGCCCGGAGCGTCG +GTGATGGTGCCGGAGATCATAATCGGCAGCTCAACGCCCAGCGCTTCAA +>NODE_2165_length_109_cov_6.796296 +TTCCGTCAACTGTGCGGCAAGGTACTGGCGGTGAAACTGATCGCGGGGATCGCCTCGGGT 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+GAAATTCGCCCCGATTTGCCACACCTGTTTCCAAAACCGAATCAGGCAG +>NODE_2179_length_109_cov_6.722222 +AATTTTTCTTTCCTTTGCCTTGGTGCAAGAAATAAAACCCCGCCTCGCTTCGTCGCTTGG +CCGGAACGAAAACGAATGATGCGATTCAATTCAGCAACGTTTGGCTTGC +>NODE_2180_length_109_cov_6.722222 +TCCGTTCCTTTGCCTGATTTCAGGCTATCGATTGAGTCCATCAATCTCCGGGCGTAGCGG +GGGAACGCAGTAGATAAGCCGTCTCTTCCAGCGAGTTGTATTCTTCGAG +>NODE_2181_length_109_cov_6.722222 +CAGATGCGCCGAGTCGTTCCACACTCAAACTGGAAGAGGCATTTCATGTGTTTATCCTGC +GGATGAGTGGGATGAACGCCTGGCGAACGGGATGTGGGCGGTGGATTTG +>NODE_2182_length_109_cov_6.685185 +AGTTCGCGTTTATCCTGGCGGGACTGGGAATGGCATTGAATTTACTGCCGCAGGCGGACA +AAACCTAGTACTGGCAGGGGCGATCCTGTCGATTATGCTCAACCCGGTA +>NODE_2183_length_109_cov_6.685185 +CGACTTCTCACACAACGAAGCGATGAAACCGGAAGAGATTCGTGCGGTCGAAGACTGGTG +AACGCACAGATTCGTCGCAATTTGCCGATCGAAACCAACATCATGGATC +>NODE_2184_length_109_cov_6.685185 +TGGAAGATGGCGTACAGATCAGCTCTGGTGACACCCTGGCGCGTATTCCGCAGGATCCGG +CGGTACCAAGGACATCACCGGTGGTCTGCCGCGCGTTGCGGACCTGTTC +>NODE_2185_length_109_cov_6.648148 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+ACGCTGCAATTCTTGCAATGTTTTCTGTTTTTTTTGAAACATGTCCCCGAAACGGCTTAA +GGGTCCGGAAGGGGATAAATCCTGCTCCAGAACATTATAGTGCTCAAT +>NODE_2409_length_107_cov_6.358491 +GACATCGAAACGAGTATCAGAGGTGTCTATGAGTCACTCATCCGCCCCGAAAGGCTACTG +GAGCTGTCATTACAGATTGGCGACCGGAAGATCCTGCGTTCTGGCAA +>NODE_2410_length_108_cov_6.339623 +GAAGCGGCGAAATACACGTGGATATTCCAGCCACAGGCACAGGCTATCTGGATGGCGTCG +ATCATAATGCGCACACCGAAGCCAATGGCTCACGTATTGAGAATGACG +>NODE_2411_length_108_cov_6.339623 +CATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTCTGTACGACCGTCTGTTCAGCGTGCCGAACCTGGTG +CTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCA +>NODE_2412_length_108_cov_6.339623 +TGAAGGTAACACTCAGCCGCTGGAGTATTTTGCCGCGGAGTACCAGATGGGGCTTCCAAT +ATGATGGAAGCGAACCCGGGTGTGGATACCTTCCTGCCGAAAGGCGGT +>NODE_2413_length_108_cov_6.320755 +GACATCATTATGTCTGGAGACATCCTACAAACACCGGACGCACCAAAGCCACAGGCGCGC +TGGATAATTATTTTAAAATTACCGCTCGTGGCAGTACCGTTCGTCAGG +>NODE_2414_length_107_cov_6.320755 +CGTCTTCGGTAGACGCTTTGCGCTGGAAGGGCATCCACGGCTTGAAGCGATTGCCGCGCC +GGGACGTGGTGCGCTTTCCTGCAGACAGCGAATTGCCCGATCCCTAT +>NODE_2415_length_108_cov_6.320755 +TGGCAGTAGGGTGATTTCACCTGCATTTGCTGCAAGCGGGGTAAATGCCATCAGGCGGCC +GCCAGAAACAGTGACCTGAACATTGTTATTCTCCTTCACGATCGAAGC +>NODE_2416_length_108_cov_6.320755 +ATCCGCTGGTCCGATAACGACCAGACGTGGAGCCGTTTCACCTACGATGCACAGGCCGGT +GCGTGAATGTCACCGGGGCGGAGGGCTATTACAACGCCACGCTGGACT +>NODE_2417_length_108_cov_6.301887 +TTTGCCCCCAACAGACCATGAATGTTGCACATTAAAACATAACAGCCCGAAACTTGGATA +AAAAAGTGGTCGAACCGCGGAGTTACTTTTTATTTTGCGGCGCGTGCC +>NODE_2418_length_108_cov_6.245283 +GGCTGGCCGGTTTTTCACGTTTGGTTAAATGTTCGAGGATAAATTCCCGACTAGGATGGG +ATTCGCGTATTTTTCAGCTTCGCGTTCCTGGAAAGGATCTTGTGACAT +>NODE_2419_length_108_cov_6.226415 +AATCGCCGGGAAGCCCGTCTGTGCGCCGATAAAACCAACAGTATTCAGCAACGTTCCATC +TGTGCTTCGTTAGGCGCTTTCGGCATCACGGTGATGGTTTGCGACAGA +>NODE_2420_length_108_cov_6.226415 +ACATCACGTTTATATCGCCGCTGATTGCCGCTGTTACGGATACTGGTAATCAACCTTTAC +TTTCATAGAAATGCAGCGCCGATACCGCCACACCGCTGCGTTTCGCCA +>NODE_2421_length_108_cov_6.226415 +GCACCGTGGACGTACGACAACATCGCGTATATGAAAAACCAGCTCAAAATGCTGGCTTTG +GTTATGACTGGAGCCGCGAGCTGGCAACCTGTACGCCGGAATACTACC +>NODE_2422_length_108_cov_6.226415 +TAGCAATAGCTATATAATATAGCCTGTGCTATATCTGTATGTAATGCAATCATCCTCAAG +GATCGACGGGATTAGCAAGTCAGGAGGTCTTATGAATGAGTTCAAGAG +>NODE_2423_length_108_cov_6.150943 +TCGCTCGATTGATACCGCCGCGGCCTACAAGAACGAAGAAGGTGTCGGCAAAGCCTGAAA +AATGCCTCAGTCAACAGAGAAGAACTGTTCATCACCACTAAGCTGTGG +>NODE_2424_length_108_cov_6.150943 +CAGTTGGTGGTAATACTGAGCGAGAAAATCCGCGTAATAGTGCTGCCCGGTAACCTAGTC +GGGAGTACAAACGATAGCGCATACCAATGCCGCCGACCCAGGTACTGA +>NODE_2425_length_109_cov_6.132075 +AGAACTACTTCTCTAACATGTGTTATTATTAACAAAGATAAATGTAAGCAAGGAACTATC +CCAACGATAAATATTGCGTCACTAAATGGACATTGGAGTGACATATGAT +>NODE_2426_length_108_cov_6.132075 +TGCCCGTCAGTCAGGATTTCAAACTGGCGCATAAAGAGATCGACCAAATCCTGAACGCGC +GCAGGTACGCCCGCTGGCGGTTGGCGTACATAACGATCGCCAGTTGCT +>NODE_2427_length_108_cov_6.132075 +ATTTTATTCTTTCGACTGTGGTACTGATGTTCCTTGAGGCTAAAACCATCCCAGGCTGAT +TGCCAATATGCAACGTTGCACTAAACCTGGTGGTTACAACCTGATTGT +>NODE_2428_length_108_cov_6.113208 +TAATCACCGGTAATGGCACTCACGCCCTGGCCCATCAGCTCCGTCACCACCAGCCGGTGC +CCATCTCTTTGAGCATTTGTTCGAAGCTTAGCCCTTGTCCGGCAATCC +>NODE_2429_length_108_cov_6.113208 +AAAAGCAAAGCCTTTGTGCCGATGAATCTCTATACTGTTTCACAGACCTGCTGCCTGCGG +GGCGGCCATCTTCCTTTATTCGCTTATAAGCGTGGAGAATTAAAATGC +>NODE_2430_length_108_cov_6.075472 +CCTCGGGAAGATCGGGATATTGCTGATAATATCGCGACGATTTTACGCGATCAGGCGTCG +ATATTATCCTCAATGCCCATGTGGAGCGAATCAGTCACCATGAAAATC +>NODE_2431_length_108_cov_6.056604 +GAACTTACCGCTGGCATTGGTCCCCTCAACAGTGGCACCACTGTCTGCTATCAGGCACCA +CCGGATGTCATGGTGACATCTGTTGCCTTACCACCGGCAGACACTGCC +>NODE_2432_length_108_cov_6.037736 +GGCAATTATTAACAGTGTTGTAATTCCTGCTGGAGGAACTGTTTCTGGCGTAGAACTAAA +CAGCATGAAGCTGTTAGCGTTACATTTGATATTGAGAAGGAAACTTTA +>NODE_2433_length_108_cov_6.018868 +GGTGCTGGGCGGCCTGCCGAAAGTTTCTCGCTCTATTAACTGGGTCCGCGTTGCCAGCGT +TTTCCGGTCAAAATCATGGTCGATAAACCTGACCCGGAAATGTTCCGC +>NODE_2434_length_108_cov_6.018868 +ATACGCTCAGCGAAGGCGCAGAGATCCATCTCCCTGCGGACAGTCGCCTGACGCCTCTGC +CCGGGAGTTACTGGAAAGCCGCCATCTGCGCATCAAGTTTATTGACGA 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+ +

    + +
    ARIES +ISS-EURL VTEC

    E coli Serotyper

    Report for SPAdes contigs (fasta)

    2018-02-20 09:21 UTC

    Istituto Superiore di Sanità

    +Department of Food Safety, Nutrition and Veterinary Public Health
    European Union Reference Laboratory for E. coli
    +

    Serotyping

    + + + + + + +
    sseqidpidentlengthpositive +
    wzx_208_AF529080_O2699.8412631261 +
    wzy_192_AF529080_O26100.0010231023 +
    fliC_269_AY337465_H1199.9314591458 +
    fliC_276_AY337472_H1199.7914591456 +

    +