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diff change_o/define_clones.sh @ 78:aff3ba86ef7a draft
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| author | davidvanzessen |
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| date | Mon, 31 Aug 2020 11:20:08 -0400 |
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--- a/change_o/define_clones.sh Wed Jun 19 04:31:44 2019 -0400 +++ b/change_o/define_clones.sh Mon Aug 31 11:20:08 2020 -0400 @@ -21,7 +21,7 @@ output=${10} output2=${11} - DefineClones.py -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link + python3 $dir/DefineClones.py -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1 else @@ -29,7 +29,7 @@ output=$4 output2=$5 - DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method + python3 $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1 fi