Mercurial > repos > dereeper > roary_plots

diff Roary/t/data/gene_name_field/annotation_1.gff @ 0:c47a5f61bc9f draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
Uploaded
author dereeper
date Fri, 14 May 2021 20:27:06 +0000
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Roary/t/data/gene_name_field/annotation_1.gff	Fri May 14 20:27:06 2021 +0000
@@ -0,0 +1,173 @@
+##gff-version 3
+##sequence-region abc|SC|contig000001 1 2340
+##sequence-region abc|SC|contig000002 1 2340
+##sequence-region abc|SC|contig000003 1 2340
+##sequence-region abc|SC|contig000004 1 2340
+abc|SC|contig000001	Prodigal:2.60	CDS	172	1131	.	-	0	ID=abc_00001;Name=hly;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:Q2G1X0,protein motif:TIGRFAMs:TIGR01002,protein motif:Pfam:PF07968.6;locus_tag=abc_00001;product=Alpha-toxin,beta-channel forming cytolysin,Leukocidin/Hemolysin toxin family protein;protein_id=gnl|SC|abc_00001
+abc|SC|contig000001	Prodigal:2.60	CDS	1804	1950	.	+	0	ID=abc_00002;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60;locus_tag=abc_00002;product=hypothetical protein;protein_id=gnl|SC|abc_00002
+abc|SC|contig000002	Prodigal:2.60	CDS	172	1131	.	-	0	ID=abc_00003;Name=AAA;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:Q2G1X0,protein motif:TIGRFAMs:TIGR01002,protein motif:Pfam:PF07968.6;locus_tag=abc_00001;product=Alpha-toxin,beta-channel forming cytolysin,Leukocidin/Hemolysin toxin family protein;protein_id=gnl|SC|abc_00001
+abc|SC|contig000002	Prodigal:2.60	CDS	1804	1950	.	+	0	ID=abc_00004;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60;locus_tag=abc_00002;product=hypothetical protein;protein_id=gnl|SC|abc_00002
+abc|SC|contig000003	Prodigal:2.60	CDS	172	1131	.	-	0	ID=abc_00005;Name=BBB;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:Q2G1X0,protein motif:TIGRFAMs:TIGR01002,protein motif:Pfam:PF07968.6;locus_tag=abc_00001;product=Alpha-toxin,beta-channel forming cytolysin,Leukocidin/Hemolysin toxin family protein;protein_id=gnl|SC|abc_00001
+abc|SC|contig000003	Prodigal:2.60	CDS	1804	1950	.	+	0	ID=abc_00006;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60;locus_tag=abc_00002;product=hypothetical protein;protein_id=gnl|SC|abc_00002
+abc|SC|contig000004	Prodigal:2.60	CDS	172	1131	.	-	0	ID=abc_00007;Name=CCC;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60,similar to AA sequence:UniProtKB:Q2G1X0,protein motif:TIGRFAMs:TIGR01002,protein motif:Pfam:PF07968.6;locus_tag=abc_00001;product=Alpha-toxin,beta-channel forming cytolysin,Leukocidin/Hemolysin toxin family protein;protein_id=gnl|SC|abc_00001
+abc|SC|contig000004	Prodigal:2.60	CDS	1804	1950	.	+	0	ID=abc_00008;inference=ab initio prediction:Prodigal:2.60;locus_tag=abc_00002;product=hypothetical protein;protein_id=gnl|SC|abc_00002
+>abc|SC|contig000001
+ACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTTAAAATAGTTCTTTAAATTAT
+ATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCAAAAATTAGCCGAAAAACATCATTTCTGAAGTTA
+TCGGCTAAAGTTATAAATTATATTTATTTGTACATGAACAAATAATTTACATTAATTTGT
+CATTTCTTCTTTTTCCCAATCGATTTTATATCTTTCTGAAGAACGATCTGTCCATTTATC
+TTTAGTATTGGTACCTTTCCAATTTGTTGAAGTCCAATGCAATTGGTAGTCATCACGAAC
+TCGTTCGTATATTACATCTATATTTGTTTGTTGTTTGGATGCTTTTCTATCCATAGTAAT
+AACTGTAGCGAAGTCTGGTGAAAACCCTGAAGATAATAGAGAACTTGCTTTGTTAGGATC
+AAGGAAGTTCTCTGCTGCTTTCATAGAACCATTTCTAGTTTTCATGAAAAGTTGATTGCC
+ATATACCGGGTTCCAAGAATCTCTATCATATGGTCCCCAATTTTGATTCACCATATTGTT
+AAATATCACTTTCCAGCCTACTTTTTTATCAGTTGGGCTCTCTAAAATTGTTTTGAAATC
+AGGTTGAACATATTTCAGTGTATGACCAATCGAAACATTTGCACCAATAAGGCCGCCAAT
+TTTTCCTGTATCATCACCAGTAACATTACCGTTGAATCCATAAGTTAAAGTACTCATATA
+CTCTTTTGTATCAATCGAATTTCTTGGATAGTAATCAGATATTTGAGCTACTTCATTATC
+AGGTAGTTGCAACTGTACCTTAAAGGCTGAAGGCCAGGCTAAACCACTTTTGTTAGCACC
+TTCTTCGCTATAAACTCTATATTGACCAGCAATGGTACCTTTCGTTCTAATAACTAGCAG
+TTTTTTATTGTGATTTTTATCATCGATAAAACTATAAAATACTTTTTTGTGCATGCCATT
+TTCTTTATCATAAGTGACTAAATCACCTGTTTTTACTGTAGTATTGCTTCCAATATCTGT
+AGTACCGGTTTTAATATTAATATCAGAATCTGCGGCATTAGCGACAGGATTCATTAATAT
+GGAACCTAGCAATAGTGTTGTTGTTACTGAGCTGACTATACGTGTTTTCATTTTCATCAT
+CCTTCTATTTTTTTTAACGATTTGAGGAAACAATAATCAATATGTCAATTTAGAATATTG
+CAGTTGAGACATATCAAATATTTATAATCGTTTATATTAGTATATTTAATGTAGCAACTG
+ATAAATTACTGAGTGATGATGAGTGATTATTTTAAGAATATGTTTTTAACTTTTATTTAA
+AATTTGAAAGGAAGCATTTCAATTTCGAGGGTTAGTCAAAGTTGAATAAATTCTTTATGA
+AACAAGGAAAAGACATAGCTAATTTTATTGATTAATTTCTTTAAAACTAATGATTTGTTT
+GATTTAAAAATGTAATCGATTACAATATAAAAATACAAATATCTTAGAATTAAATCAATT
+AATTAACTATTAAATAAAAATTAAATATATATTAACTACTGTAAATTAATAAATAGAAAT
+AGAGAAAAAGGGTATTAATTATGTTTGGAATTTCGTCGGGAATAATTTTTGCCATTACAT
+AGAAATATCTAATAGATAATGAAAAAGTATCGTATGTATTTTTAATATAGTGTAAAATAT
+CATATGTAAAATAAAATGTAGATTTTTAGTTAGAGGCATTATAAGAAAATTTTGAGTATA
+GGTTAGCTTTTAATTATGAATCTTATTGAAATTTGATTAATAAATATATGATAGGGGATT
+AAAATGAAACTATTTTATATCGTATTTCTTATTATTATATGGCTGAATATATTTTTAGGA
+AATGAAATTATCCATACACTGACTGTTTTAATAACAACATTGTATATTGTTAATTCAAGA
+AAGGGGATTAAAAATGACAGAGTTGAATAATATTATAAACTCTCTTCAATCTTTGTTTGA
+GTCTGAATCAGGCTATAAAATTTCGAAAAATTCAGGAGTTCCATATCAAACAGTACAAGA
+TTTAAGAAATGGGAAAACCAAACTAGAAGATGCTAGATTTAGAACGATTATTAAACTTTA
+TAGTTACTATGTCTCATTAAAAGAACATTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATA
+ATTGAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCT
+ACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGACCATGTAACAAGCATTTTTGG
+GGCCCCAACACAGAAGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGATGGG
+>abc|SC|contig000002
+ACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTTAAAATAGTTCTTTAAATTAT
+ATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCAAAAATTAGCCGAAAAACATCATTTCTGAAGTTA
+TCGGCTAAAGTTATAAATTATATTTATTTGTACATGAACAAATAATTTACATTAATTTGT
+CATTTCTTCTTTTTCCCAATCGATTTTATATCTTTCTGAAGAACGATCTGTCCATTTATC
+TTTAGTATTGGTACCTTTCCAATTTGTTGAAGTCCAATGCAATTGGTAGTCATCACGAAC
+TCGTTCGTATATTACATCTATATTTGTTTGTTGTTTGGATGCTTTTCTATCCATAGTAAT
+AACTGTAGCGAAGTCTGGTGAAAACCCTGAAGATAATAGAGAACTTGCTTTGTTAGGATC
+AAGGAAGTTCTCTGCTGCTTTCATAGAACCATTTCTAGTTTTCATGAAAAGTTGATTGCC
+ATATACCGGGTTCCAAGAATCTCTATCATATGGTCCCCAATTTTGATTCACCATATTGTT
+AAATATCACTTTCCAGCCTACTTTTTTATCAGTTGGGCTCTCTAAAATTGTTTTGAAATC
+AGGTTGAACATATTTCAGTGTATGACCAATCGAAACATTTGCACCAATAAGGCCGCCAAT
+TTTTCCTGTATCATCACCAGTAACATTACCGTTGAATCCATAAGTTAAAGTACTCATATA
+CTCTTTTGTATCAATCGAATTTCTTGGATAGTAATCAGATATTTGAGCTACTTCATTATC
+AGGTAGTTGCAACTGTACCTTAAAGGCTGAAGGCCAGGCTAAACCACTTTTGTTAGCACC
+TTCTTCGCTATAAACTCTATATTGACCAGCAATGGTACCTTTCGTTCTAATAACTAGCAG
+TTTTTTATTGTGATTTTTATCATCGATAAAACTATAAAATACTTTTTTGTGCATGCCATT
+TTCTTTATCATAAGTGACTAAATCACCTGTTTTTACTGTAGTATTGCTTCCAATATCTGT
+AGTACCGGTTTTAATATTAATATCAGAATCTGCGGCATTAGCGACAGGATTCATTAATAT
+GGAACCTAGCAATAGTGTTGTTGTTACTGAGCTGACTATACGTGTTTTCATTTTCATCAT
+CCTTCTATTTTTTTTAACGATTTGAGGAAACAATAATCAATATGTCAATTTAGAATATTG
+CAGTTGAGACATATCAAATATTTATAATCGTTTATATTAGTATATTTAATGTAGCAACTG
+ATAAATTACTGAGTGATGATGAGTGATTATTTTAAGAATATGTTTTTAACTTTTATTTAA
+AATTTGAAAGGAAGCATTTCAATTTCGAGGGTTAGTCAAAGTTGAATAAATTCTTTATGA
+AACAAGGAAAAGACATAGCTAATTTTATTGATTAATTTCTTTAAAACTAATGATTTGTTT
+GATTTAAAAATGTAATCGATTACAATATAAAAATACAAATATCTTAGAATTAAATCAATT
+AATTAACTATTAAATAAAAATTAAATATATATTAACTACTGTAAATTAATAAATAGAAAT
+AGAGAAAAAGGGTATTAATTATGTTTGGAATTTCGTCGGGAATAATTTTTGCCATTACAT
+AGAAATATCTAATAGATAATGAAAAAGTATCGTATGTATTTTTAATATAGTGTAAAATAT
+CATATGTAAAATAAAATGTAGATTTTTAGTTAGAGGCATTATAAGAAAATTTTGAGTATA
+GGTTAGCTTTTAATTATGAATCTTATTGAAATTTGATTAATAAATATATGATAGGGGATT
+AAAATGAAACTATTTTATATCGTATTTCTTATTATTATATGGCTGAATATATTTTTAGGA
+AATGAAATTATCCATACACTGACTGTTTTAATAACAACATTGTATATTGTTAATTCAAGA
+AAGGGGATTAAAAATGACAGAGTTGAATAATATTATAAACTCTCTTCAATCTTTGTTTGA
+GTCTGAATCAGGCTATAAAATTTCGAAAAATTCAGGAGTTCCATATCAAACAGTACAAGA
+TTTAAGAAATGGGAAAACCAAACTAGAAGATGCTAGATTTAGAACGATTATTAAACTTTA
+TAGTTACTATGTCTCATTAAAAGAACATTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATA
+ATTGAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCT
+ACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGACCATGTAACAAGCATTTTTGG
+GGCCCCAACACAGAAGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGATGGG
+>abc|SC|contig000003
+ACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTTAAAATAGTTCTTTAAATTAT
+ATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCAAAAATTAGCCGAAAAACATCATTTCTGAAGTTA
+TCGGCTAAAGTTATAAATTATATTTATTTGTACATGAACAAATAATTTACATTAATTTGT
+CATTTCTTCTTTTTCCCAATCGATTTTATATCTTTCTGAAGAACGATCTGTCCATTTATC
+TTTAGTATTGGTACCTTTCCAATTTGTTGAAGTCCAATGCAATTGGTAGTCATCACGAAC
+TCGTTCGTATATTACATCTATATTTGTTTGTTGTTTGGATGCTTTTCTATCCATAGTAAT
+AACTGTAGCGAAGTCTGGTGAAAACCCTGAAGATAATAGAGAACTTGCTTTGTTAGGATC
+AAGGAAGTTCTCTGCTGCTTTCATAGAACCATTTCTAGTTTTCATGAAAAGTTGATTGCC
+ATATACCGGGTTCCAAGAATCTCTATCATATGGTCCCCAATTTTGATTCACCATATTGTT
+AAATATCACTTTCCAGCCTACTTTTTTATCAGTTGGGCTCTCTAAAATTGTTTTGAAATC
+AGGTTGAACATATTTCAGTGTATGACCAATCGAAACATTTGCACCAATAAGGCCGCCAAT
+TTTTCCTGTATCATCACCAGTAACATTACCGTTGAATCCATAAGTTAAAGTACTCATATA
+CTCTTTTGTATCAATCGAATTTCTTGGATAGTAATCAGATATTTGAGCTACTTCATTATC
+AGGTAGTTGCAACTGTACCTTAAAGGCTGAAGGCCAGGCTAAACCACTTTTGTTAGCACC
+TTCTTCGCTATAAACTCTATATTGACCAGCAATGGTACCTTTCGTTCTAATAACTAGCAG
+TTTTTTATTGTGATTTTTATCATCGATAAAACTATAAAATACTTTTTTGTGCATGCCATT
+TTCTTTATCATAAGTGACTAAATCACCTGTTTTTACTGTAGTATTGCTTCCAATATCTGT
+AGTACCGGTTTTAATATTAATATCAGAATCTGCGGCATTAGCGACAGGATTCATTAATAT
+GGAACCTAGCAATAGTGTTGTTGTTACTGAGCTGACTATACGTGTTTTCATTTTCATCAT
+CCTTCTATTTTTTTTAACGATTTGAGGAAACAATAATCAATATGTCAATTTAGAATATTG
+CAGTTGAGACATATCAAATATTTATAATCGTTTATATTAGTATATTTAATGTAGCAACTG
+ATAAATTACTGAGTGATGATGAGTGATTATTTTAAGAATATGTTTTTAACTTTTATTTAA
+AATTTGAAAGGAAGCATTTCAATTTCGAGGGTTAGTCAAAGTTGAATAAATTCTTTATGA
+AACAAGGAAAAGACATAGCTAATTTTATTGATTAATTTCTTTAAAACTAATGATTTGTTT
+GATTTAAAAATGTAATCGATTACAATATAAAAATACAAATATCTTAGAATTAAATCAATT
+AATTAACTATTAAATAAAAATTAAATATATATTAACTACTGTAAATTAATAAATAGAAAT
+AGAGAAAAAGGGTATTAATTATGTTTGGAATTTCGTCGGGAATAATTTTTGCCATTACAT
+AGAAATATCTAATAGATAATGAAAAAGTATCGTATGTATTTTTAATATAGTGTAAAATAT
+CATATGTAAAATAAAATGTAGATTTTTAGTTAGAGGCATTATAAGAAAATTTTGAGTATA
+GGTTAGCTTTTAATTATGAATCTTATTGAAATTTGATTAATAAATATATGATAGGGGATT
+AAAATGAAACTATTTTATATCGTATTTCTTATTATTATATGGCTGAATATATTTTTAGGA
+AATGAAATTATCCATACACTGACTGTTTTAATAACAACATTGTATATTGTTAATTCAAGA
+AAGGGGATTAAAAATGACAGAGTTGAATAATATTATAAACTCTCTTCAATCTTTGTTTGA
+GTCTGAATCAGGCTATAAAATTTCGAAAAATTCAGGAGTTCCATATCAAACAGTACAAGA
+TTTAAGAAATGGGAAAACCAAACTAGAAGATGCTAGATTTAGAACGATTATTAAACTTTA
+TAGTTACTATGTCTCATTAAAAGAACATTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATA
+ATTGAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCT
+ACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGACCATGTAACAAGCATTTTTGG
+GGCCCCAACACAGAAGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGATGGG
+>abc|SC|contig000004
+ACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTTAAAATAGTTCTTTAAATTAT
+ATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCAAAAATTAGCCGAAAAACATCATTTCTGAAGTTA
+TCGGCTAAAGTTATAAATTATATTTATTTGTACATGAACAAATAATTTACATTAATTTGT
+CATTTCTTCTTTTTCCCAATCGATTTTATATCTTTCTGAAGAACGATCTGTCCATTTATC
+TTTAGTATTGGTACCTTTCCAATTTGTTGAAGTCCAATGCAATTGGTAGTCATCACGAAC
+TCGTTCGTATATTACATCTATATTTGTTTGTTGTTTGGATGCTTTTCTATCCATAGTAAT
+AACTGTAGCGAAGTCTGGTGAAAACCCTGAAGATAATAGAGAACTTGCTTTGTTAGGATC
+AAGGAAGTTCTCTGCTGCTTTCATAGAACCATTTCTAGTTTTCATGAAAAGTTGATTGCC
+ATATACCGGGTTCCAAGAATCTCTATCATATGGTCCCCAATTTTGATTCACCATATTGTT
+AAATATCACTTTCCAGCCTACTTTTTTATCAGTTGGGCTCTCTAAAATTGTTTTGAAATC
+AGGTTGAACATATTTCAGTGTATGACCAATCGAAACATTTGCACCAATAAGGCCGCCAAT
+TTTTCCTGTATCATCACCAGTAACATTACCGTTGAATCCATAAGTTAAAGTACTCATATA
+CTCTTTTGTATCAATCGAATTTCTTGGATAGTAATCAGATATTTGAGCTACTTCATTATC
+AGGTAGTTGCAACTGTACCTTAAAGGCTGAAGGCCAGGCTAAACCACTTTTGTTAGCACC
+TTCTTCGCTATAAACTCTATATTGACCAGCAATGGTACCTTTCGTTCTAATAACTAGCAG
+TTTTTTATTGTGATTTTTATCATCGATAAAACTATAAAATACTTTTTTGTGCATGCCATT
+TTCTTTATCATAAGTGACTAAATCACCTGTTTTTACTGTAGTATTGCTTCCAATATCTGT
+AGTACCGGTTTTAATATTAATATCAGAATCTGCGGCATTAGCGACAGGATTCATTAATAT
+GGAACCTAGCAATAGTGTTGTTGTTACTGAGCTGACTATACGTGTTTTCATTTTCATCAT
+CCTTCTATTTTTTTTAACGATTTGAGGAAACAATAATCAATATGTCAATTTAGAATATTG
+CAGTTGAGACATATCAAATATTTATAATCGTTTATATTAGTATATTTAATGTAGCAACTG
+ATAAATTACTGAGTGATGATGAGTGATTATTTTAAGAATATGTTTTTAACTTTTATTTAA
+AATTTGAAAGGAAGCATTTCAATTTCGAGGGTTAGTCAAAGTTGAATAAATTCTTTATGA
+AACAAGGAAAAGACATAGCTAATTTTATTGATTAATTTCTTTAAAACTAATGATTTGTTT
+GATTTAAAAATGTAATCGATTACAATATAAAAATACAAATATCTTAGAATTAAATCAATT
+AATTAACTATTAAATAAAAATTAAATATATATTAACTACTGTAAATTAATAAATAGAAAT
+AGAGAAAAAGGGTATTAATTATGTTTGGAATTTCGTCGGGAATAATTTTTGCCATTACAT
+AGAAATATCTAATAGATAATGAAAAAGTATCGTATGTATTTTTAATATAGTGTAAAATAT
+CATATGTAAAATAAAATGTAGATTTTTAGTTAGAGGCATTATAAGAAAATTTTGAGTATA
+GGTTAGCTTTTAATTATGAATCTTATTGAAATTTGATTAATAAATATATGATAGGGGATT
+AAAATGAAACTATTTTATATCGTATTTCTTATTATTATATGGCTGAATATATTTTTAGGA
+AATGAAATTATCCATACACTGACTGTTTTAATAACAACATTGTATATTGTTAATTCAAGA
+AAGGGGATTAAAAATGACAGAGTTGAATAATATTATAAACTCTCTTCAATCTTTGTTTGA
+GTCTGAATCAGGCTATAAAATTTCGAAAAATTCAGGAGTTCCATATCAAACAGTACAAGA
+TTTAAGAAATGGGAAAACCAAACTAGAAGATGCTAGATTTAGAACGATTATTAAACTTTA
+TAGTTACTATGTCTCATTAAAAGAACATTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATA
+ATTGAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCT
+ACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGACCATGTAACAAGCATTTTTGG
+GGCCCCAACACAGAAGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGATGGG
\ No newline at end of file