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[up]
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drwxr-xr-x |
 MDSplot-input.map
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59016 |
-rw-r--r-- |
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MDSplot-input.ped
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750667 |
-rw-r--r-- |
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MDSplot-output.ibs_matrix.txt
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78116 |
-rw-r--r-- |
|
MDSplot-output.mds_plot.txt
|
3370 |
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|
MDSplot-output.mds_plot.txt_old
|
3269 |
-rw-r--r-- |
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SNPden-hapmap
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376118 |
-rw-r--r-- |
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SNPden-result.txt
|
181 |
-rw-r--r-- |
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SNPden-result_bysample.txt
|
107 |
-rw-r--r-- |
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annotationStatsFromVCF.effect
|
72 |
-rw-r--r-- |
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annotationStatsFromVCF.location
|
70 |
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|
annotationStatsFromVCF.txt
|
110 |
-rw-r--r-- |
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annotationStatsFromVCF.vcf
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1622326 |
-rw-r--r-- |
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egglib-alignment.fa
|
2189054 |
-rw-r--r-- |
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egglib-result.txt
|
7330 |
-rw-r--r-- |
|
getHaplotypesFromPhasedVCF-input.vcf
|
33066357 |
-rw-r--r-- |
|
getHaplotypesFromPhasedVCF-result.distinct_haplotypes.fas
|
2689063 |
-rw-r--r-- |
|
getHaplotypesFromPhasedVCF-result.distinct_haplotypes.txt
|
2739214 |
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|
getHaplotypesFromPhasedVCF-result.haplo.fas
|
5438104 |
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gwas-hapmap
|
2801365 |
-rw-r--r-- |
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gwas-result.hapmap
|
2656886 |
-rw-r--r-- |
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gwas-result.stats
|
407 |
-rw-r--r-- |
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gwas-result.trait
|
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-rw-r--r-- |
|
gwas-trait
|
6329 |
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hapmap2mlmm-hapmap
|
2801365 |
-rw-r--r-- |
|
hapmap2mlmm-result_genot
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1804582 |
-rw-r--r-- |
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hapmap2mlmm-result_snp.hapmap
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ped2bed-input.map
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59016 |
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ped2bed-input.ped
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750667 |
-rw-r--r-- |
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ped2bed-result.bed
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48315 |
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ped2bed-result.bim_old
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61029 |
-rw-r--r-- |
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ped2bed-result.fam
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ped2fasta-result.fa
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3623 |
-rw-r--r-- |
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ped2fasta-sample.ped
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rooting-newick
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-rw-r--r-- |
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rooting-out_tree
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vcf2fastaAndHapmap-reference.fa
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vcf2fastaAndHapmap-result1.hapmap
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vcf2fastaAndHapmap-result2.flanking.txt
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-rw-r--r-- |
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vcf2fastaAndHapmap-result2.hapmap
|
324336 |
-rw-r--r-- |
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vcf2fastaAndHapmap-result3.flanking.txt
|
894599 |
-rw-r--r-- |
|
vcf2fastaAndHapmap-result3.gene_alignment.fas
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792 |
-rw-r--r-- |
|
vcf2fastaAndHapmap-result3.hapmap
|
324336 |
-rw-r--r-- |
|
vcf2fastaAndHapmap-sample.vcf
|
1622326 |
-rw-r--r-- |
