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1 #!/bin/bash
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2
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3 tool_path=$(dirname $0)
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5 filein=$1
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6 fileout_label=$2
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7 fileout_annot=$3
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8 fileout_het=$4
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9 fileout_imiss=$5
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10 fileout_sum=$6
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11 filelog=$7
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15 perl $tool_path/VCFToolsStats.pl --input $filein --out $fileout_label
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17 cp $fileout_label.annotation $fileout_annot ; rm $fileout_label.annotation
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18 cp $fileout_label.het $fileout_het ; rm $fileout_label.het
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19 cp $fileout_label.imiss $fileout_imiss ; rm $fileout_label.imiss
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20 cp $fileout_label.TsTv.summary $fileout_sum ; rm $fileout_label.TsTv.summary
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22 cp vcftools.log $filelog
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23 rm vcftools.log
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