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comparison bowtie_color_wrapper.xml @ 1:2506bd84cc54 draft

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Updated command line format per dev team standards.
author Dave B. <dave@bx.psu.edu>
date Mon, 01 Apr 2013 14:30:05 -0400
parents fd0914e451c5
children 393c6829d3c1
comparison
equal deleted inserted replaced
0:fd0914e451c5 1:2506bd84cc54
6 <command interpreter="python"> 6 <command interpreter="python">
7 bowtie_wrapper.py 7 bowtie_wrapper.py
8 ## Hackish setting of number of threads 8 ## Hackish setting of number of threads
9 --threads="4" 9 --threads="4"
10 ## Outputs 10 ## Outputs
11 --output=$output 11 --output="${output}"
12 #if str( $singlePaired.sPaired ) == "single" 12 #if str( $singlePaired.sPaired ) == "single"
13 #if $output_unmapped_reads_l 13 #if $output_unmapped_reads_l
14 --output_unmapped_reads=$output_unmapped_reads_l 14 --output_unmapped_reads="${output_unmapped_reads_l}"
15 #end if 15 #end if
16 #if $output_suppressed_reads_l 16 #if $output_suppressed_reads_l
17 --output_suppressed_reads=$output_suppressed_reads_l 17 --output_suppressed_reads="${output_suppressed_reads_l}"
18 #end if 18 #end if
19 #else 19 #else
20 #if $output_unmapped_reads_l and $output_unmapped_reads_r 20 #if $output_unmapped_reads_l and $output_unmapped_reads_r
21 --output_unmapped_reads_l=$output_unmapped_reads_l 21 --output_unmapped_reads_l="${output_unmapped_reads_l}"
22 --output_unmapped_reads_r=$output_unmapped_reads_r 22 --output_unmapped_reads_r="${output_unmapped_reads_r}"
23 #end if 23 #end if
24 #if $output_suppressed_reads_l and $output_suppressed_reads_l 24 #if $output_suppressed_reads_l and $output_suppressed_reads_l
25 --output_suppressed_reads_l=$output_suppressed_reads_l 25 --output_suppressed_reads_l="${output_suppressed_reads_l}"
26 --output_suppressed_reads_r=$output_suppressed_reads_r 26 --output_suppressed_reads_r="${output_suppressed_reads_r}"
27 #end if 27 #end if
28 #end if 28 #end if
29 ## Inputs 29 ## Inputs
30 --dataType="solid" 30 --dataType="solid"
31 --suppressHeader=$suppressHeader 31 --suppressHeader="${suppressHeader}"
32 --genomeSource=$refGenomeSource.genomeSource 32 --genomeSource="${refGenomeSource.genomeSource}"
33 #if $refGenomeSource.genomeSource == "history": 33 #if $refGenomeSource.genomeSource == "history":
34 ##index already exists 34 ##index already exists
35 #if $refGenomeSource.ownFile.extension.startswith( 'bowtie_' ): 35 #if $refGenomeSource.ownFile.extension.startswith( 'bowtie_' ):
36 ##user previously built 36 ##user previously built
37 --ref="${refGenomeSource.ownFile.extra_files_path}/${refGenomeSource.ownFile.metadata.base_name}" 37 --ref="${refGenomeSource.ownFile.extra_files_path}/${refGenomeSource.ownFile.metadata.base_name}"
38 --do_not_build_index 38 --do_not_build_index
39 #else: 39 #else:
40 ##build index on the fly 40 ##build index on the fly
41 --ref=$refGenomeSource.ownFile 41 --ref="${refGenomeSource.ownFile}"
42 --indexSettings=$refGenomeSource.indexParams.indexSettings 42 --indexSettings="${refGenomeSource.indexParams.indexSettings}"
43 #if $refGenomeSource.indexParams.indexSettings == "indexFull": 43 #if $refGenomeSource.indexParams.indexSettings == "indexFull":
44 --iautoB=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB 44 --iautoB="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB}"
45 #if $refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB == "set": 45 #if $refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB == "set":
46 --ipacked=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.packed 46 --ipacked="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.packed}"
47 --ibmax=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmax 47 --ibmax="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmax}"
48 --ibmaxdivn=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmaxdivn 48 --ibmaxdivn="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmaxdivn}"
49 --idcv=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.dcv 49 --idcv="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.dcv}"
50 #end if 50 #end if
51 --inodc=$refGenomeSource.indexParams.nodc 51 --inodc="${refGenomeSource.indexParams.nodc}"
52 --inoref=$refGenomeSource.indexParams.noref 52 --inoref="${refGenomeSource.indexParams.noref}"
53 --ioffrate=$refGenomeSource.indexParams.offrate 53 --ioffrate="${refGenomeSource.indexParams.offrate}"
54 --iftab=$refGenomeSource.indexParams.ftab 54 --iftab="${refGenomeSource.indexParams.ftab}"
55 --intoa=$refGenomeSource.indexParams.ntoa 55 --intoa="${refGenomeSource.indexParams.ntoa}"
56 --iendian=$refGenomeSource.indexParams.endian 56 --iendian="${refGenomeSource.indexParams.endian}"
57 --iseed=$refGenomeSource.indexParams.seed 57 --iseed="${refGenomeSource.indexParams.seed}"
58 --icutoff=$refGenomeSource.indexParams.cutoff 58 --icutoff="${refGenomeSource.indexParams.cutoff}"
59 #end if 59 #end if
60 #end if 60 #end if
61 #else 61 #else
62 ##use pre-built index 62 ##use pre-built index
63 --ref="${refGenomeSource.index.fields.path}" 63 --ref="${refGenomeSource.index.fields.path}"
64 #end if 64 #end if
65 --paired=$singlePaired.sPaired 65 --paired="${singlePaired.sPaired}"
66 #if $singlePaired.sPaired == "single": 66 #if $singlePaired.sPaired == "single":
67 --input1=$singlePaired.sInput1 67 --input1="${singlePaired.sInput1}"
68 --params=$singlePaired.sParams.sSettingsType 68 --params="${singlePaired.sParams.sSettingsType}"
69 #if $singlePaired.sParams.sSettingsType == "full": 69 #if $singlePaired.sParams.sSettingsType == "full":
70 --skip=$singlePaired.sParams.sSkip 70 --skip="${singlePaired.sParams.sSkip}"
71 --alignLimit=$singlePaired.sParams.sAlignLimit 71 --alignLimit="${singlePaired.sParams.sAlignLimit}"
72 --trimH=$singlePaired.sParams.sTrimH 72 --trimH="${singlePaired.sParams.sTrimH}"
73 --trimL=$singlePaired.sParams.sTrimL 73 --trimL="${singlePaired.sParams.sTrimL}"
74 --mismatchSeed=$singlePaired.sParams.sMismatchSeed 74 --mismatchSeed="${singlePaired.sParams.sMismatchSeed}"
75 --mismatchQual=$singlePaired.sParams.sMismatchQual 75 --mismatchQual="${singlePaired.sParams.sMismatchQual}"
76 --seedLen=$singlePaired.sParams.sSeedLen 76 --seedLen="${singlePaired.sParams.sSeedLen}"
77 --rounding=$singlePaired.sParams.sRounding 77 --rounding="${singlePaired.sParams.sRounding}"
78 --maqSoapAlign=$singlePaired.sParams.sMaqSoapAlign 78 --maqSoapAlign="${singlePaired.sParams.sMaqSoapAlign}"
79 --tryHard=$singlePaired.sParams.sTryHard 79 --tryHard="${singlePaired.sParams.sTryHard}"
80 --valAlign=$singlePaired.sParams.sValAlign 80 --valAlign="${singlePaired.sParams.sValAlign}"
81 --allValAligns=$singlePaired.sParams.sAllValAligns 81 --allValAligns="${singlePaired.sParams.sAllValAligns}"
82 --suppressAlign=$singlePaired.sParams.sSuppressAlign 82 --suppressAlign="${singlePaired.sParams.sSuppressAlign}"
83 --best=$singlePaired.sParams.sBestOption.sBest 83 --best="${singlePaired.sParams.sBestOption.sBest}"
84 #if $singlePaired.sParams.sBestOption.sBest == "doBest": 84 #if $singlePaired.sParams.sBestOption.sBest == "doBest":
85 --maxBacktracks=$singlePaired.sParams.sBestOption.sdMaxBacktracks 85 --maxBacktracks="${singlePaired.sParams.sBestOption.sdMaxBacktracks}"
86 --strata=$singlePaired.sParams.sBestOption.sdStrata 86 --strata="${singlePaired.sParams.sBestOption.sdStrata}"
87 #else: 87 #else:
88 --maxBacktracks=$singlePaired.sParams.sBestOption.snMaxBacktracks 88 --maxBacktracks="${singlePaired.sParams.sBestOption.snMaxBacktracks}"
89 #end if 89 #end if
90 --offrate=$singlePaired.sParams.sOffrate 90 --offrate="${singlePaired.sParams.sOffrate}"
91 --seed=$singlePaired.sParams.sSeed 91 --seed="${singlePaired.sParams.sSeed}"
92 --snpphred=$singlePaired.sParams.sSnpphred 92 --snpphred="${singlePaired.sParams.sSnpphred}"
93 --snpfrac=$singlePaired.sParams.sSnpfrac 93 --snpfrac="${singlePaired.sParams.sSnpfrac}"
94 --keepends=$singlePaired.sParams.sKeepends 94 --keepends="${singlePaired.sParams.sKeepends}"
95 #end if 95 #end if
96 #else: 96 #else:
97 --input1=$singlePaired.pInput1 97 --input1="${singlePaired.pInput1}"
98 --input2=$singlePaired.pInput2 98 --input2="${singlePaired.pInput2}"
99 --maxInsert=$singlePaired.pMaxInsert 99 --maxInsert="${singlePaired.pMaxInsert}"
100 --mateOrient=$singlePaired.pMateOrient 100 --mateOrient="${singlePaired.pMateOrient}"
101 --params=$singlePaired.pParams.pSettingsType 101 --params="${singlePaired.pParams.pSettingsType}"
102 #if $singlePaired.pParams.pSettingsType == "full": 102 #if $singlePaired.pParams.pSettingsType == "full":
103 --skip=$singlePaired.pParams.pSkip 103 --skip="${singlePaired.pParams.pSkip}"
104 --alignLimit=$singlePaired.pParams.pAlignLimit 104 --alignLimit="${singlePaired.pParams.pAlignLimit}"
105 --trimH=$singlePaired.pParams.pTrimH 105 --trimH="${singlePaired.pParams.pTrimH}"
106 --trimL=$singlePaired.pParams.pTrimL 106 --trimL="${singlePaired.pParams.pTrimL}"
107 --mismatchSeed=$singlePaired.pParams.pMismatchSeed 107 --mismatchSeed="${singlePaired.pParams.pMismatchSeed}"
108 --mismatchQual=$singlePaired.pParams.pMismatchQual 108 --mismatchQual="${singlePaired.pParams.pMismatchQual}"
109 --seedLen=$singlePaired.pParams.pSeedLen 109 --seedLen="${singlePaired.pParams.pSeedLen}"
110 --rounding=$singlePaired.pParams.pRounding 110 --rounding="${singlePaired.pParams.pRounding}"
111 --maqSoapAlign=$singlePaired.pParams.pMaqSoapAlign 111 --maqSoapAlign="${singlePaired.pParams.pMaqSoapAlign}"
112 --minInsert=$singlePaired.pParams.pMinInsert 112 --minInsert="${singlePaired.pParams.pMinInsert}"
113 --maxAlignAttempt=$singlePaired.pParams.pMaxAlignAttempt 113 --maxAlignAttempt="${singlePaired.pParams.pMaxAlignAttempt}"
114 --forwardAlign=$singlePaired.pParams.pForwardAlign 114 --forwardAlign="${singlePaired.pParams.pForwardAlign}"
115 --reverseAlign=$singlePaired.pParams.pReverseAlign 115 --reverseAlign="${singlePaired.pParams.pReverseAlign}"
116 --tryHard=$singlePaired.pParams.pTryHard 116 --tryHard="${singlePaired.pParams.pTryHard}"
117 --valAlign=$singlePaired.pParams.pValAlign 117 --valAlign="${singlePaired.pParams.pValAlign}"
118 --allValAligns=$singlePaired.pParams.pAllValAligns 118 --allValAligns="${singlePaired.pParams.pAllValAligns}"
119 --suppressAlign=$singlePaired.pParams.pSuppressAlign 119 --suppressAlign="${singlePaired.pParams.pSuppressAlign}"
120 --best=$singlePaired.pParams.pBestOption.pBest 120 --best="${singlePaired.pParams.pBestOption.pBest}"
121 #if $singlePaired.pParams.pBestOption.pBest == "doBest": 121 #if $singlePaired.pParams.pBestOption.pBest == "doBest":
122 --maxBacktracks=$singlePaired.pParams.pBestOption.pdMaxBacktracks 122 --maxBacktracks="${singlePaired.pParams.pBestOption.pdMaxBacktracks}"
123 --strata=$singlePaired.pParams.pBestOption.pdStrata 123 --strata="${singlePaired.pParams.pBestOption.pdStrata}"
124 #else: 124 #else:
125 --maxBacktracks=$singlePaired.pParams.pBestOption.pnMaxBacktracks 125 --maxBacktracks="${singlePaired.pParams.pBestOption.pnMaxBacktracks}"
126 #end if 126 #end if
127 --offrate=$singlePaired.pParams.pOffrate 127 --offrate="${singlePaired.pParams.pOffrate}"
128 --seed=$singlePaired.pParams.pSeed 128 --seed="${singlePaired.pParams.pSeed}"
129 --snpphred=$singlePaired.pParams.pSnpphred 129 --snpphred="${singlePaired.pParams.pSnpphred}"
130 --snpfrac=$singlePaired.pParams.pSnpfrac 130 --snpfrac="${singlePaired.pParams.pSnpfrac}"
131 --keepends=$singlePaired.pParams.pKeepends 131 --keepends="${singlePaired.pParams.pKeepends}"
132 #end if 132 #end if
133 #end if 133 #end if
134 </command> 134 </command>
135 <inputs> 135 <inputs>
136 <conditional name="refGenomeSource"> 136 <conditional name="refGenomeSource">