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+++ b/bwa_wrapper.xml	Tue Apr 02 12:23:14 2013 -0400
@@ -13,11 +13,11 @@
       #end if
 
       ## reference source
-      --fileSource=$genomeSource.refGenomeSource
+      --fileSource="${genomeSource.refGenomeSource}"
       #if $genomeSource.refGenomeSource == "history":
         ##build index on the fly
         --ref="${genomeSource.ownFile}"
-        --dbkey=$dbkey
+        --dbkey="${dbkey}"
       #else:
         ##use precomputed indexes
         --ref="${genomeSource.indices.fields.path}"
@@ -25,53 +25,53 @@
       #end if
 
       ## input file(s)
-      --input1=$paired.input1
+      --input1="${paired.input1}"
       #if $paired.sPaired == "paired":
-        --input2=$paired.input2
+        --input2="${paired.input2}"
       #end if
 
       ## output file
-      --output=$output
+      --output="${output}"
 
       ## run parameters
-      --genAlignType=$paired.sPaired
-      --params=$params.source_select
+      --genAlignType="${paired.sPaired}"
+      --params="${params.source_select}"
       #if $params.source_select != "pre_set":
-        --maxEditDist=$params.maxEditDist
-        --fracMissingAligns=$params.fracMissingAligns
-        --maxGapOpens=$params.maxGapOpens
-        --maxGapExtens=$params.maxGapExtens
-        --disallowLongDel=$params.disallowLongDel
-        --disallowIndel=$params.disallowIndel
-        --seed=$params.seed
-        --maxEditDistSeed=$params.maxEditDistSeed
-        --mismatchPenalty=$params.mismatchPenalty
-        --gapOpenPenalty=$params.gapOpenPenalty
-        --gapExtensPenalty=$params.gapExtensPenalty
+        --maxEditDist="${params.maxEditDist}"
+        --fracMissingAligns="${params.fracMissingAligns}"
+        --maxGapOpens="${params.maxGapOpens}"
+        --maxGapExtens="${params.maxGapExtens}"
+        --disallowLongDel="${params.disallowLongDel}"
+        --disallowIndel="${params.disallowIndel}"
+        --seed="${params.seed}"
+        --maxEditDistSeed="${params.maxEditDistSeed}"
+        --mismatchPenalty="${params.mismatchPenalty}"
+        --gapOpenPenalty="${params.gapOpenPenalty}"
+        --gapExtensPenalty="${params.gapExtensPenalty}"
         --suboptAlign="${params.suboptAlign}"
-        --noIterSearch=$params.noIterSearch
-        --outputTopN=$params.outputTopN
-        --outputTopNDisc=$params.outputTopNDisc
-        --maxInsertSize=$params.maxInsertSize
-        --maxOccurPairing=$params.maxOccurPairing
+        --noIterSearch="${params.noIterSearch}"
+        --outputTopN="${params.outputTopN}"
+        --outputTopNDisc="${params.outputTopNDisc}"
+        --maxInsertSize="${params.maxInsertSize}"
+        --maxOccurPairing="${params.maxOccurPairing}"
         #if $params.readGroup.specReadGroup == "yes"
-          --rgid="$params.readGroup.rgid"
-          --rgcn="$params.readGroup.rgcn"
-          --rgds="$params.readGroup.rgds"
-          --rgdt="$params.readGroup.rgdt"
-          --rgfo="$params.readGroup.rgfo"
-          --rgks="$params.readGroup.rgks"
-          --rglb="$params.readGroup.rglb"
-          --rgpg="$params.readGroup.rgpg"
-          --rgpi="$params.readGroup.rgpi"
-          --rgpl="$params.readGroup.rgpl"
-          --rgpu="$params.readGroup.rgpu"
-          --rgsm="$params.readGroup.rgsm"
+          --rgid="${params.readGroup.rgid}"
+          --rgcn="${params.readGroup.rgcn}"
+          --rgds="${params.readGroup.rgds}"
+          --rgdt="${params.readGroup.rgdt}"
+          --rgfo="${params.readGroup.rgfo}"
+          --rgks="${params.readGroup.rgks}"
+          --rglb="${params.readGroup.rglb}"
+          --rgpg="${params.readGroup.rgpg}"
+          --rgpi="${params.readGroup.rgpi}"
+          --rgpl="${params.readGroup.rgpl}"
+          --rgpu="${params.readGroup.rgpu}"
+          --rgsm="${params.readGroup.rgsm}"
         #end if
       #end if
 
       ## suppress output SAM header
-      --suppressHeader=$suppressHeader
+      --suppressHeader="${suppressHeader}"
   </command>
   <inputs>
     <conditional name="genomeSource">